genome.fa.s767.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404984

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
503--1047	47	11.6	47	90	3	837	32	8	29	29	1.86
503--1047	190	2.9	190	90	3	886	32	8	29	29	1.86
3083--3507	47	9.1	47	93	1	701	32	8	29	29	1.88
3083--3507	139	3.0	141	91	1	683	32	8	29	29	1.88
3083--3505	186	2.3	187	92	0	695	32	8	29	29	1.88
3626--3704	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
6954--7035	29	2.9	29	85	5	105	28	12	25	34	1.92
11483--11876	47	8.4	47	94	0	664	32	8	29	28	1.88
11995--12073	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
13975--14048	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
14360--14540	39	4.6	40	82	8	201	24	22	27	25	2.00
17534--17877	47	7.3	47	91	0	517	33	9	29	27	1.87
17996--18074	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
28921--28990	25	2.8	25	93	0	122	27	24	18	30	1.98
34750--34854	50	2.1	50	96	0	192	23	22	32	20	1.98
34764--34900	50	2.7	50	86	0	166	27	23	29	20	1.99
42073--42170	49	2.0	49	100	0	196	46	4	28	20	1.68
49702--49885	101	1.8	101	88	4	282	25	17	27	29	1.98
49700--49883	50	3.7	50	75	5	192	25	17	27	28	1.98
52551--52584	13	2.8	12	87	12	52	47	8	8	35	1.66
53799--54136	51	6.7	50	82	6	396	28	15	26	28	1.96
53799--54142	102	3.4	101	89	2	476	28	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60026--60158	68	2.0	68	93	0	230	29	13	15	42	1.85
75666--75714	24	2.0	24	100	0	98	38	20	12	28	1.89
87449--87474	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
89082--89242	79	2.0	79	93	0	277	28	10	24	36	1.89
108052--108242	39	4.8	39	87	7	185	25	20	27	25	1.99
108052--108294	79	3.1	79	82	7	287	25	21	27	25	1.99
108052--108275	40	5.7	40	87	6	280	25	21	27	25	1.99
115085--115199	47	2.4	47	86	0	158	33	22	20	22	1.97
115371--115405	15	2.3	15	95	0	61	45	20	11	22	1.82
115379--115410	15	2.1	15	94	0	55	46	18	9	25	1.79
126196--126222	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
140010--140047	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
148741--148871	66	2.0	67	84	8	173	49	4	3	41	1.41
149260--149297	20	1.9	20	89	10	60	44	18	2	34	1.64
153289--153320	13	2.5	13	100	0	64	65	9	6	18	1.42
156493--156565	26	2.8	26	87	0	101	41	21	16	20	1.90
160068--160106	12	3.1	12	82	10	51	53	0	10	35	1.35
160857--160905	25	2.0	25	83	0	62	36	0	18	44	1.50
165569--165614	21	2.1	21	84	4	56	45	21	19	13	1.84
167944--168008	30	2.2	30	88	0	94	18	26	38	16	1.92
168296--168390	50	1.9	49	86	2	136	43	7	25	24	1.80
169162--169210	13	3.8	13	78	10	64	34	4	14	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169165--169217	26	2.0	26	100	0	106	35	3	15	45	1.64
171084--171123	9	4.4	9	90	0	62	62	0	27	10	1.27
171662--171696	16	2.2	16	90	10	54	65	2	0	31	1.07
172935--173005	21	3.4	21	78	20	78	38	1	1	59	1.15
177572--177682	33	3.6	32	72	17	99	44	3	2	49	1.34
178919--179609	136	5.0	138	89	2	982	40	8	5	46	1.57
178919--179609	277	2.5	273	88	3	1005	40	8	5	46	1.57
181034--181062	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
199113--199248	41	3.3	41	88	0	209	21	25	16	36	1.94
208802--208862	31	2.0	31	100	0	122	32	6	27	32	1.83
210350--210587	64	3.7	64	80	6	198	39	22	17	21	1.92
210351--210559	96	2.2	96	78	3	215	40	21	16	21	1.91
210324--210587	32	8.3	32	76	4	178	39	21	17	21	1.92
210711--210990	27	10.4	27	83	2	321	23	22	20	33	1.97
211668--211714	24	1.9	24	91	4	76	25	36	0	38	1.56
238256--238317	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
238256--238318	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
239435--239459	11	2.3	11	100	0	50	24	0	12	64	1.27
241699--241734	18	2.1	17	94	5	63	75	5	5	13	1.17
243969--244010	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
249195--249239	20	2.3	19	84	7	54	31	11	33	24	1.90
252564--252618	10	5.0	12	78	13	57	20	5	1	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254058--254102	20	2.3	19	84	7	54	31	11	33	24	1.90
255088--255211	54	2.3	54	85	2	160	54	3	27	14	1.55
262819--262858	17	2.4	17	95	4	73	67	5	10	17	1.37
269483--269520	18	2.2	18	90	4	60	42	0	10	47	1.38
275199--275250	20	2.6	19	85	8	68	26	28	15	28	1.96
278513--278562	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
278519--278562	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
280234--280269	14	2.6	14	90	0	63	72	2	8	16	1.21
281311--281354	22	1.9	24	81	9	56	27	15	13	43	1.85
280639--281474	414	2.0	408	95	2	1375	27	17	17	37	1.93
288759--288807	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
288759--288805	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
305862--305899	15	2.5	15	95	0	67	34	23	5	36	1.78
308347--308392	19	2.4	19	82	13	58	6	15	2	76	1.09
308349--308392	20	2.2	20	88	8	63	6	13	2	77	1.07
313745--313796	23	2.3	22	75	21	54	9	21	1	67	1.29
316165--316193	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
320735--320773	12	3.4	11	86	10	51	74	2	0	23	0.94
323468--323507	19	2.1	19	95	0	71	35	20	20	25	1.96
330492--330544	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
333869--334370	47	10.6	47	91	3	772	29	29	8	32	1.87
333869--334370	96	5.3	96	92	2	811	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333869--334370	143	3.5	143	91	4	775	29	29	8	32	1.87
337163--337234	25	2.9	25	91	0	117	25	25	23	26	2.00
338310--338348	20	2.0	20	85	10	53	15	5	28	51	1.64
339065--339094	12	2.5	12	94	0	51	33	33	30	3	1.74
339497--339638	75	1.9	75	89	0	221	44	9	14	30	1.78
339713--339747	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
339839--339924	44	2.0	44	88	4	129	38	8	8	45	1.64
360275--360314	21	2.0	20	85	5	53	50	12	0	37	1.41
364301--364398	28	3.5	27	81	9	99	28	18	13	39	1.88
370420--370459	16	2.6	15	84	4	53	50	0	2	47	1.14
376594--376642	19	2.6	18	84	12	55	32	6	4	57	1.42
378322--378398	39	2.0	39	84	0	100	35	14	19	31	1.92
378432--378613	93	2.0	93	97	0	346	18	3	26	50	1.64
378457--378603	45	3.2	45	67	16	129	20	2	26	50	1.62
385661--385818	43	3.7	42	89	4	226	27	17	24	31	1.97
390222--390288	27	2.5	27	80	4	73	34	13	28	23	1.93
392662--392691	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
394424--394505	25	3.3	24	80	13	94	35	23	20	20	1.96
394393--394508	50	2.3	50	83	5	153	31	20	21	25	1.98
398591--398775	101	1.8	102	87	3	275	23	17	28	30	1.97
398587--398777	51	3.8	50	81	4	206	23	16	28	30	1.96

Tables:   1

The End!