genome.fa.s768.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3548
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  272223

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893--1934	20	2.2	19	87	8	59	66	2	23	7	1.28
5170--5214	10	4.5	10	83	5	56	82	2	6	8	0.93
5171--5208	20	1.9	20	94	0	67	81	2	5	10	0.94
5170--5214	20	2.2	20	84	0	63	82	2	6	8	0.93
5686--5719	17	2.0	17	88	11	52	23	0	11	64	1.26
8284--8336	23	2.4	22	76	20	56	69	1	18	9	1.25
11170--11208	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
12084--12152	28	2.5	28	88	7	104	10	13	2	73	1.19
12196--12237	12	3.6	11	87	9	57	14	4	7	73	1.21
12196--12237	11	3.5	13	84	15	63	14	4	7	73	1.21
15318--15358	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
15516--15554	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
16449--16531	34	2.5	33	84	11	107	10	14	2	72	1.22
16569--16616	13	3.8	13	91	2	80	14	6	6	72	1.24
16569--16625	26	2.3	25	85	8	73	12	7	5	75	1.17
25438--25462	12	2.1	12	100	0	50	24	0	40	36	1.55
25932--25995	20	3.3	19	75	14	58	39	17	20	23	1.92
27765--27827	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
27825--27880	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
27824--27880	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
27889--27959	17	4.2	16	81	10	72	8	15	4	71	1.25
27844--27962	12	10.0	12	69	21	72	9	18	2	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27842--27944	18	5.6	18	72	12	84	7	18	2	70	1.24
27919--27960	21	2.0	22	90	4	68	7	14	2	76	1.10
27842--27948	6	17.7	6	69	7	65	7	18	2	71	1.23
28983--29046	29	2.3	27	82	15	76	4	15	4	75	1.14
29027--29062	12	3.0	12	87	0	54	13	8	2	75	1.15
30686--30750	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
33047--33082	17	2.1	18	89	5	56	63	5	22	8	1.43
45714--45756	22	1.9	23	85	4	61	25	16	11	46	1.80
48173--48221	22	2.2	23	78	10	57	42	20	8	28	1.80
55964--56017	23	2.4	22	77	20	58	9	20	1	68	1.27
57258--57291	9	3.7	9	92	4	50	11	5	8	73	1.24
63038--63089	20	2.5	22	79	14	58	73	5	17	3	1.19
67362--67407	21	2.2	22	80	11	60	58	2	30	8	1.40
72275--72318	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
81503--81553	19	2.7	18	82	11	57	72	1	7	17	1.18
92213--92264	14	3.9	14	90	5	81	25	11	0	63	1.28
92302--92347	12	3.9	12	82	2	58	13	6	13	67	1.41
96224--96312	23	3.9	23	95	0	151	35	3	26	33	1.73
97367--97431	29	2.2	31	86	10	91	32	9	21	36	1.85
108811--108851	11	3.7	11	96	0	73	17	4	0	78	0.93
111822--111868	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
117602--117743	70	2.2	63	79	13	148	38	11	23	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117627--117759	70	1.9	70	93	0	230	33	10	25	30	1.90
119647--119703	30	1.9	30	82	7	71	42	15	10	31	1.81
126136--126182	20	2.3	20	85	7	60	23	31	17	27	1.96
127753--127798	23	2.0	23	100	0	92	30	17	17	34	1.93
127873--128009	70	2.0	70	97	0	256	27	26	12	34	1.92
129553--129591	11	3.3	12	86	13	55	79	0	15	5	0.90
132632--132694	21	3.0	21	90	2	90	33	33	4	28	1.78
136154--136216	12	5.2	12	75	21	60	11	22	1	65	1.33
136255--136302	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
136255--136313	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
138704--138866	82	2.0	82	87	2	238	26	25	14	33	1.94
142327--142361	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
143293--143321	10	2.7	11	94	5	51	10	0	6	82	0.83
146709--146750	18	2.2	20	83	8	52	71	7	7	14	1.29
147829--147870	18	2.2	20	83	8	52	71	7	7	14	1.29
154706--154754	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
154706--154752	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
156330--156368	9	3.9	10	86	10	53	82	0	12	5	0.83
156303--156380	14	6.3	13	73	20	53	76	1	16	5	1.02
159091--159142	21	2.5	21	73	17	54	67	1	17	13	1.32
159172--159247	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
159195--159228	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162639--162687	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
162639--162685	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
185082--185124	12	3.6	12	83	0	50	16	20	4	58	1.56
185149--185190	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
194175--194221	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
196582--196629	24	2.0	24	100	0	96	29	25	12	33	1.92
197422--198231	406	2.0	405	95	0	1467	42	16	20	20	1.89
213171--213234	20	3.0	21	76	17	60	60	3	21	14	1.47
215166--215219	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
215166--215239	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
215166--215230	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
216906--216952	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
218622--218727	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
219753--219792	11	3.7	10	87	12	53	2	10	2	85	0.80
219752--219792	12	3.5	11	86	6	55	2	9	2	85	0.78
219744--219808	24	2.7	23	83	7	76	4	15	3	76	1.07
221317--221363	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
245466--245512	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
248979--249025	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
249570--249675	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
251423--251484	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
251423--251485	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252587--252620	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
256299--256360	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
256299--256361	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
256675--256709	12	2.8	12	95	4	61	71	2	8	17	1.23
257478--257511	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
262037--262083	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
265482--265546	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
267322--267384	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
267459--267534	12	6.6	12	77	8	59	7	17	3	71	1.26
267399--267512	6	18.7	6	71	7	86	6	17	3	72	1.19
268543--268592	15	3.4	15	78	10	59	4	14	6	76	1.13
268529--268603	29	2.6	28	79	8	80	8	13	5	73	1.23
270239--270303	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93

Tables:   1

The End!