Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1981
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49918
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.19, T:0.33
Found at i:10329 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10279--10399 Score: 233
Period size: 37 Copynumber: 3.3 Consensus size: 37
10269 ACCCGAGCGA
*
10279 GTCTTACCCGGACAAAATCTCCACACGTAGTCATCGG
1 GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
10316 GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
1 GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
10353 GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
1 GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
10390 GTCTTACCCG
1 GTCTTACCCG
10400 TAATATATTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 83 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.33, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
GTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGTAGTCATCGG
Found at i:10674 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10612--11000 Score: 526
Period size: 47 Copynumber: 8.1 Consensus size: 47
10602 ACACGTTTCG
* * **
10612 CATTAGCCATTCGGCCTTACCACATATATTCATGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
* *
10659 CATTGGCCATTCGGCCTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
*
10706 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
*
10753 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
** *
10800 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACGCATATATATATACAGGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCA--C----ATATACGCATGTTCACATTCATCA
*
10853 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACAGATACGCATGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
** **
10900 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACGGGTTCACATTCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTAT--CAC--ATATACGCATGTTCACATTCATCA
* *
10951 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATACGCATGTTCACATCCATCA
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
10998 CAT
1 CAT
11001 AAAATCCTAA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 26, Indels: 20
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 217 0.71
49 7 0.02
51 40 0.13
53 42 0.14
ACGTcount: A:0.26, C:0.30, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (47 bp):
CATTGGCCATTCGGCCTTATCACATATACGCATGTTCACATTCATCA
Found at i:10882 original size:100 final size:98
Alignment explanation
Indices: 10612--11000 Score: 596
Period size: 94 Copynumber: 4.0 Consensus size: 98
10602 ACACGTTTCG
* *
10612 CATTAGCCATTCGGCCTTA-C-CACATATAT-T-CATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
* * *
10673 CCTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCA
66 CCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
** *
10706 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACAC----ATACGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
10767 CCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
66 CCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
*
10800 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACGCATATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTC
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCA--CACATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTC
*
10865 GGCCTTATCACAGATACGCATGTTCACATTCATCA
64 GGCCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
*
10900 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACGGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
1 CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
*
10965 CCTTATCACACATACGCATGTTCACATCCATCA
66 CCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
10998 CAT
1 CAT
11001 AAAATCCTAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 14, Indels: 16
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
92 2 0.01
94 101 0.37
95 1 0.00
96 5 0.02
98 75 0.28
100 87 0.32
ACGTcount: A:0.26, C:0.30, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (98 bp):
CATTGGCCATTCGGCCTTATCACACATATATATACAGGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGG
CCTTATCACACATACGCATGTTCACATTCATCA
Found at i:16703 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 16648--16696 Score: 66
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
16638 CTACTTCTAA
*
16648 AGAAAACTCAAGAGAGAATTCTTGG
1 AGAAAACTCAAGAGAGAATTCTTGC
*
16673 AGGAAACTCAAG-GAGAATT-TTGC
1 AGAAAACTCAAGAGAGAATTCTTGC
16696 A
1 A
16697 CTAAAACAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.18
24 7 0.32
25 11 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (25 bp):
AGAAAACTCAAGAGAGAATTCTTGC
Found at i:18446 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18410--18448 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18400 TCAGTTGCTG
18410 ATTAGTTAAATAAATTA
1 ATTAGTTAAATAAATTA
*
18427 ATTAGCTTAAGATTAATTA
1 ATTAG-TTAA-ATAAATTA
18446 ATT
1 ATT
18449 TAATAAAATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.26
18 4 0.21
19 10 0.53
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATTAGTTAAATAAATTA
Found at i:20712 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 20703--20784 Score: 76
Period size: 6 Copynumber: 13.7 Consensus size: 6
20693 TAAAAACAAA
* * *
20703 AAAATG AAAATG AAAAAG AAAGTG AAGAA-G AAAATG AAAATG AAAAAG
1 AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG AA-AATG AAAATG AAAATG AAAATG
* * * * *
20751 AAAAAG AAATTG AAAAAG AAAAAG AAATTG AAAA
1 AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG AAAATG AAAA
20785 AGTGAGAGAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 12, Indels: 4
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 2 0.03
6 59 0.95
7 1 0.02
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.18, T:0.11
Consensus pattern (6 bp):
AAAATG
Found at i:20786 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 20702--20777 Score: 89
Period size: 12 Copynumber: 6.2 Consensus size: 12
20692 ATAAAAACAA
20702 AAAAATGAAAATG
1 AAAAA-GAAAATG
*
20715 AAAAAGAAAGTG
1 AAAAAGAAAATG
*
20727 AAGAAGAAAATG
1 AAAAAGAAAATG
* *
20739 AAAATGAAAAAG
1 AAAAAGAAAATG
*
20751 AAAAAGAAATTG
1 AAAAAGAAAATG
*
20763 AAAAAGAAAAAG
1 AAAAAGAAAATG
20775 AAA
1 AAA
20778 TTGAAAAAGT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 11, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
12 47 0.90
13 5 0.10
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.18, T:0.09
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAGAAAATG
Found at i:20795 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20707--20786 Score: 115
Period size: 18 Copynumber: 4.4 Consensus size: 18
20697 AACAAAAAAA
* *
20707 TGAAAATGAAAAAGAAAG
1 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
* * *
20725 TGAAGAAGAAAATGAAAA
1 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
20743 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
1 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
20761 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
1 TGAAAAAGAAAAAGAAAT
20779 TGAAAAAG
1 TGAAAAAG
20787 TGAGAGAAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 55 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.20, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
TGAAAAAGAAAAAGAAAT
Found at i:42694 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 42642--43285 Score: 1056
Period size: 47 Copynumber: 13.6 Consensus size: 47
42632 GATAATTGTG
* *
42642 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
42689 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42736 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42784 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
42831 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42878 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42927 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
42974 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
43021 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
43070 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
43119 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
43166 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * *
43213 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
43260 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
43286 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 26, Indels: 14
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 24 0.04
47 356 0.63
48 22 0.04
49 162 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:42749 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 42642--43285 Score: 1056
Period size: 96 Copynumber: 6.8 Consensus size: 94
42632 GATAATTGTG
* *
42642 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
42707 GTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42736 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
42800 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
42831 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATAT
42896 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
64 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
42927 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* *
42992 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
43021 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
43086 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
62 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
43119 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
43184 GTGATGAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * * * * *
43213 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
43278 GTGATAAG
66 GTGATAAG
43286 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 23, Indels: 18
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
93 23 0.04
94 173 0.33
95 68 0.13
96 209 0.40
98 45 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:43009 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 42642--43285 Score: 1114
Period size: 143 Copynumber: 4.5 Consensus size: 143
42632 GATAATTGTG
* *
42642 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
*
42707 GTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
42772 G-CGATGTGATGA
131 GCCGATGTGATGA
42784 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
42849 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
42914 GCCGATGTGATGA
131 GCCGATGTGATGA
42927 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
42992 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
66 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
43057 GCCGATGTGATGA
131 GCCGATGTGATGA
43070 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* * * *
43135 ATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATGAGGCCTAA
64 ATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAA
43198 TGGCCGATGTGATGA
129 TGGCCGATGTGATGA
* * * * * * * *
43213 ATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
43278 GTGATAAG
66 GTGATAAG
43286 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 15, Indels: 7
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
141 54 0.11
142 128 0.26
143 211 0.44
145 91 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
GCCGATGTGATGA
Found at i:45552 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 45493--45819 Score: 460
Period size: 40 Copynumber: 8.2 Consensus size: 40
45483 AGGTCTCGAC
45493 GATG-ATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
45532 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
45572 GATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
45612 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
45652 GATGTATCCGGACTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
* *
45692 GATGTATCCGGGCTAAGTTCCGAAAGAGCATTCGTGCTAGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCG-AAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * * *
45733 AATATATCCGTGCTAA-ACCTCGAAGAGCATTCGTGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCC-CGAAGAGCATTCATGCTAGT
* * * * *
45773 GTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCAATCATGCTGGT
1 GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
*
45813 GACGTAT
1 GATGTAT
45820 ATTCGGGCCT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 26, Indels: 7
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 4 0.02
40 220 0.85
41 34 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
GATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGT
Found at i:49413 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 49353--49851 Score: 790
Period size: 49 Copynumber: 10.6 Consensus size: 47
49343 GATAATTGTG
* *
49353 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
49400 ATGTGAAAGTGTATATGTGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
49447 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
49496 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* *
49542 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
49589 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
49638 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
49687 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTATATAGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTA-ATGGCCGATGTGATGA
*
49735 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATGA-GCCTAATGGCCGATGTGATGA
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
* * * * *
49781 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGCC-GATGGCCAACGTGATGG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
*
49826 ATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
49852 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 18, Indels: 17
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 35 0.08
46 83 0.19
47 130 0.31
48 44 0.10
49 134 0.31
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGA
Found at i:49512 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 49353--49851 Score: 812
Period size: 142 Copynumber: 3.5 Consensus size: 143
49343 GATAATTGTG
* * *
49353 ATGTGAATGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
49418 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
49483 GCCGATGTGATGA
131 GCCGATGTGATGA
49496 ATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
* *
49560 GTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
66 GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
49625 GCCGATGTGATGA
131 GCCGATGTGATGA
49638 ATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
49703 ATGTGATAAGGCCTATATAGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATGA-GCCTA
64 ATGTGATAAGGCCTA-ATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTA
49765 ATGGCCGATGTGATGA
128 ATGGCCGATGTGATGA
* * * * * *
49781 ATGTGAAAGTGTATATATGTGA-CAGGCC-GATGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAAT
1 ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
49844 GTGATAAG
66 GTGATAAG
49852 TCCGAAGGGC
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 15, Indels: 12
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
139 38 0.11
140 5 0.01
141 11 0.03
142 137 0.41
143 42 0.12
144 13 0.04
145 66 0.20
146 25 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATAT
GTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATG
GCCGATGTGATGA
Done.