genome.fa.s791.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  443907

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1167--1220	12	4.7	11	84	8	54	81	3	5	9	0.97
1178--1220	12	3.7	11	87	9	59	79	2	6	11	1.02
1190--1221	12	2.7	12	100	0	64	81	0	6	12	0.87
3447--3488	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
5775--5821	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
10223--10270	21	2.3	20	82	3	60	29	35	12	22	1.91
11784--11836	1	53.0	1	80	0	52	88	0	9	1	0.58
11750--11837	32	2.7	33	83	3	106	81	1	11	5	0.90
11752--11836	11	7.6	11	75	12	84	83	1	9	5	0.85
11752--11840	20	3.9	24	80	14	91	80	1	11	6	0.94
11752--11837	10	7.9	10	75	16	82	82	1	10	5	0.88
11752--11843	12	8.3	11	75	16	75	81	1	10	6	0.92
14579--14625	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
25081--25127	11	4.1	12	81	15	55	76	4	4	14	1.09
25049--25127	11	7.1	11	71	12	54	73	3	10	12	1.22
30755--30801	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
33326--33365	10	4.0	10	93	0	71	72	10	0	17	1.11
33329--33366	11	3.6	11	86	13	62	78	7	0	13	0.94
33327--33376	20	2.5	20	93	3	84	76	8	0	16	1.02
33414--33453	16	2.6	16	96	4	73	62	5	12	20	1.48
39827--39871	11	4.0	11	94	5	81	73	8	0	17	1.08
39830--39872	12	3.7	12	93	6	79	79	6	0	13	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39827--39872	23	2.0	23	100	0	92	73	8	0	17	1.07
39913--39971	17	3.5	17	90	4	93	59	5	11	23	1.52
39916--39971	16	3.4	16	90	2	85	60	5	10	23	1.50
41834--42011	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
41855--42010	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
48607--48645	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
49642--49675	12	2.8	12	100	0	68	17	0	5	76	0.98
50718--50835	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
51459--51513	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
62520--62551	14	2.2	15	94	5	57	31	9	6	53	1.58
66838--66872	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
71058--71112	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
73125--73192	26	2.7	26	90	2	111	38	13	16	32	1.87
73326--73360	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
76207--76268	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
76207--76269	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
78723--78776	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
78723--78796	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
78723--78787	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
79581--80098	257	2.0	257	99	0	1018	28	15	18	37	1.91
85432--85466	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
88887--88933	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96938--96964	10	2.7	10	100	0	54	55	22	0	22	1.44
102258--102299	12	3.5	12	90	0	66	76	9	2	11	1.12
102340--102384	13	3.8	12	91	8	74	68	0	11	20	1.19
102342--102384	12	3.5	12	90	6	59	72	0	9	18	1.11
102337--102384	24	2.0	25	95	4	89	64	0	12	22	1.27
111443--111503	23	2.7	23	77	5	63	29	4	14	50	1.64
112458--112503	12	3.9	12	94	5	85	76	8	0	15	1.02
112462--112505	11	3.9	11	88	5	70	77	6	0	15	0.97
112459--112503	23	2.0	23	100	0	90	77	8	0	13	0.98
112544--112595	16	3.4	15	78	10	61	63	3	11	21	1.43
126237--126287	15	3.6	14	73	21	52	70	3	17	7	1.27
127162--127196	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
138469--138530	21	3.0	20	83	7	70	33	32	3	30	1.74
138844--138885	18	2.3	18	91	0	66	85	2	4	7	0.80
139938--140000	21	3.0	21	85	2	81	31	3	31	33	1.74
139949--139981	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
141674--141708	15	2.4	15	95	4	63	8	0	5	85	0.73
142022--142084	21	3.0	21	85	2	81	31	3	31	33	1.74
142033--142065	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
143164--143205	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
145088--145150	24	2.7	22	81	13	65	7	17	1	73	1.16
145089--145141	21	2.5	21	80	14	56	7	18	0	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147318--147376	20	3.0	20	71	0	55	23	22	15	38	1.92
149536--149600	22	2.9	22	90	2	94	33	33	4	27	1.78
150650--150701	27	1.9	27	96	0	95	44	15	19	21	1.87
154228--154282	21	2.4	22	76	14	58	25	16	16	41	1.88
155005--155046	22	1.9	22	85	0	57	78	4	4	11	1.06
154999--155046	20	2.3	20	85	7	60	77	4	6	12	1.11
155006--155050	10	4.3	10	78	10	54	77	6	4	11	1.09
155944--156034	12	7.4	12	72	17	62	69	2	19	8	1.26
156022--156056	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
156044--156082	18	2.3	18	86	8	55	69	0	17	12	1.19
157547--157980	217	2.0	217	99	0	859	27	23	22	26	1.99
158336--158387	27	1.9	27	92	0	86	42	15	21	21	1.89
160166--160209	20	2.2	20	91	0	70	31	36	9	22	1.86
163970--164014	20	2.2	20	84	7	56	77	4	11	6	1.09
172501--172549	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
172492--172549	22	2.6	22	78	10	73	22	1	3	72	1.09
174274--174497	40	5.6	39	86	4	272	24	21	28	25	1.99
174274--174497	79	2.8	79	85	5	292	24	21	28	25	1.99
174274--174530	79	3.3	79	83	7	238	25	21	28	24	1.99
182172--182393	40	5.7	40	84	7	269	24	22	27	25	2.00
182172--182393	77	2.8	78	83	8	272	24	22	27	25	2.00
182172--182388	117	1.9	116	83	7	287	24	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182172--182412	79	3.1	76	79	12	238	24	22	28	24	2.00
186841--186893	21	2.5	21	87	3	70	30	3	32	33	1.76
195419--195467	20	2.5	20	75	0	53	42	16	20	20	1.89
197658--197709	25	2.3	22	81	15	61	71	1	21	5	1.17
202346--202388	23	1.9	23	95	4	79	34	4	11	48	1.60
206417--206474	30	1.9	31	85	3	82	41	15	22	20	1.90
206602--206650	21	2.3	21	96	0	89	32	28	22	16	1.95
207586--207669	40	2.1	40	100	0	168	22	14	17	45	1.85
210105--210166	3	20.7	3	96	0	115	64	0	1	33	1.03
210879--210916	7	5.3	7	90	3	58	81	0	2	15	0.80
211559--211669	44	2.5	44	81	11	129	31	23	18	27	1.97
211642--211841	85	2.4	84	87	0	274	29	21	22	28	1.99
211691--211835	44	3.4	43	75	5	141	30	20	21	27	1.98
211891--212301	100	4.1	100	86	2	540	28	22	19	29	1.98
211891--212301	50	8.2	50	70	2	236	28	22	19	29	1.98
217980--218004	12	2.1	12	100	0	50	8	8	20	64	1.46
218969--219062	44	2.1	44	94	0	161	38	13	5	42	1.67
219005--219130	66	1.9	67	87	8	186	39	15	5	39	1.70
219672--219696	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
224426--224480	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
230417--230461	23	2.0	23	86	0	63	37	24	6	31	1.81
232559--232583	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238885--238916	16	2.0	16	93	0	55	25	21	0	53	1.46
239182--239367	51	3.7	50	78	3	194	29	26	17	25	1.98
239715--239808	46	2.0	46	95	4	172	34	22	19	24	1.97
242457--242496	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
243557--243597	15	2.7	15	85	7	57	17	12	7	63	1.50
243634--243672	10	3.7	11	80	13	55	12	0	5	82	0.83
243633--243671	20	2.0	20	100	0	78	12	0	5	82	0.83
244015--244059	13	3.5	13	84	6	56	20	2	4	73	1.11
244013--244070	25	2.4	23	83	13	73	22	1	5	70	1.16
244015--244070	12	4.6	12	84	4	76	19	1	5	73	1.12

Tables:   1   2