genome.fa.s792.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2946
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411495

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
623--799	27	6.6	27	82	5	178	29	28	15	27	1.96
623--799	54	3.3	54	81	5	205	29	28	15	27	1.96
644--798	81	1.9	81	86	5	224	29	28	15	27	1.96
11913--12090	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
11914--12069	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
11910--12090	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14359--15082	318	2.3	317	91	1	1144	30	20	24	24	1.99
20363--20399	18	2.1	18	89	0	56	8	21	0	70	1.13
22403--22446	12	3.8	11	84	3	52	22	4	2	70	1.17
22405--22446	11	3.5	13	81	15	54	19	4	2	73	1.12
22418--22447	11	2.7	11	100	0	60	20	10	0	70	1.16
24992--25057	20	3.3	20	86	0	96	25	31	18	24	1.97
29995--30029	12	3.0	12	87	8	54	74	8	0	17	1.06
52396--52446	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
57662--57728	33	1.9	33	82	8	80	47	7	31	13	1.70
65571--65597	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
67318--67368	24	2.2	23	82	10	59	74	1	19	3	1.07
67318--67378	20	2.9	20	80	11	61	72	3	18	6	1.21
71645--71671	6	4.5	6	100	0	54	48	37	0	14	1.45
77019--77064	20	2.3	21	81	11	60	28	13	13	45	1.80
87604--87642	18	2.2	18	90	9	62	71	2	20	5	1.17
94047--94207	50	3.2	52	78	11	158	40	12	16	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98386--98433	20	2.4	20	89	0	69	25	31	16	27	1.97
100638--100685	21	2.3	21	82	7	53	33	4	16	45	1.67
101043--101081	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
111095--111130	13	2.8	13	100	0	72	69	0	5	25	1.10
113186--113230	14	3.1	14	90	3	63	73	4	20	2	1.11
113186--113236	14	3.5	15	86	2	61	74	3	19	1	1.07
123152--123202	27	1.9	26	88	4	75	66	0	21	11	1.23
123120--123194	21	3.7	19	72	13	62	69	2	20	8	1.26
125133--125178	20	2.3	21	81	11	60	45	13	13	28	1.80
128595--128658	20	3.2	21	86	4	71	23	28	15	32	1.95
128592--128658	30	2.2	30	80	12	75	22	26	14	35	1.93
129928--129963	19	1.9	19	88	5	56	5	19	2	72	1.17
134753--134790	20	1.9	20	89	10	60	65	2	5	26	1.27
137415--137614	100	2.0	100	90	0	310	37	19	10	34	1.85
140651--140677	11	2.5	11	100	0	54	77	7	0	14	0.97
147189--147235	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
148160--148288	18	7.4	17	66	20	61	53	2	27	17	1.55
148220--148325	48	2.2	47	86	9	144	59	0	24	15	1.42
149994--150040	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
157064--157093	12	2.6	12	94	5	53	20	10	0	70	1.16
157134--157180	13	3.7	13	86	13	71	19	4	6	70	1.26
166274--166311	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168172--168217	22	2.1	22	88	4	67	45	10	0	43	1.39
174123--174149	13	2.1	13	100	0	54	22	11	0	66	1.22
178669--178713	21	2.3	18	85	11	54	17	26	0	55	1.42
178822--178851	15	1.9	16	93	6	53	6	23	3	66	1.30
179707--179776	31	2.2	31	92	2	113	12	12	0	74	1.08
179824--179869	13	3.6	13	88	5	58	10	2	6	80	0.98
179824--179869	12	3.5	13	88	8	67	10	2	6	80	0.98
185582--185609	12	2.3	12	100	0	56	21	0	7	71	1.09
187353--187384	12	2.7	12	95	0	55	75	3	6	15	1.14
188777--188823	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
192871--192900	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
194451--194490	10	3.8	11	87	12	66	20	0	5	75	0.99
194451--194490	20	2.0	20	100	0	80	20	0	5	75	0.99
194451--194500	20	2.5	20	90	0	64	16	4	6	74	1.17
199893--199929	15	2.5	15	100	0	74	16	10	5	67	1.38
199966--200001	13	2.8	13	100	0	72	16	0	5	77	0.94
204597--204653	12	4.8	12	88	0	87	71	5	3	19	1.19
204593--204653	24	2.6	24	94	2	106	67	4	4	22	1.30
209812--209857	12	3.8	12	82	0	65	69	4	4	21	1.24
209803--209854	24	2.2	24	93	3	88	73	5	3	17	1.19
222699--222883	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
222699--222883	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222755--222916	79	2.1	79	83	6	204	26	20	27	25	1.99
239674--239791	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
240415--240469	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
241354--241383	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
242791--242854	27	2.3	28	89	7	96	10	10	3	75	1.17
242836--242860	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
242902--242941	11	3.7	11	86	3	55	12	0	7	80	0.91
243996--244102	56	1.9	56	86	3	153	25	20	13	41	1.88
244408--244456	23	2.2	22	82	10	55	38	18	14	28	1.90
246193--246247	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
246400--246446	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
259812--259867	15	3.7	15	97	2	103	19	12	5	62	1.49
259905--259942	12	3.2	12	100	0	76	21	0	7	71	1.11
260928--260974	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
265458--265512	29	2.0	27	82	13	67	60	12	14	12	1.60
266174--266668	247	2.0	247	91	0	810	22	20	20	36	1.95
266868--266899	10	3.2	10	95	0	55	71	6	0	21	1.07
269788--269855	10	6.8	10	72	12	59	25	29	16	29	1.96
269789--269855	20	3.3	20	87	4	91	25	29	16	28	1.97
270020--270074	28	2.0	28	85	0	74	29	7	10	52	1.63
270034--270090	28	2.0	28	86	6	80	31	8	8	50	1.64
273016--273047	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279593--279673	40	2.0	40	100	0	162	30	9	17	41	1.82
279975--280018	21	2.1	21	95	0	79	29	36	2	31	1.70
280333--280367	12	2.8	12	95	4	61	77	0	8	14	0.99
280333--280371	13	3.1	13	88	7	62	71	0	10	17	1.12
281140--281173	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
285894--285955	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
285894--285956	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
295280--295331	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
304919--304956	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
306658--306708	15	3.5	14	79	10	66	3	17	0	78	0.90
306637--306719	21	4.0	21	81	4	89	7	22	0	69	1.12
309506--309543	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
310029--310093	20	3.3	19	75	16	69	36	10	27	24	1.89
319910--319963	27	2.0	28	88	3	83	14	24	33	27	1.94
322679--322731	21	2.5	21	90	6	81	73	1	18	5	1.12
322725--322770	23	1.9	23	82	8	56	58	2	23	15	1.48
328733--328822	36	2.5	35	82	8	92	10	11	4	74	1.20
328796--328822	10	2.7	10	100	0	54	7	0	7	85	0.75
336724--336763	16	2.6	15	76	7	53	65	5	5	25	1.34
344709--344750	22	2.0	21	86	13	59	30	35	4	28	1.78
349806--349849	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
353050--353093	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359862--359905	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
362227--362270	23	1.9	23	85	0	61	65	11	2	20	1.35
367403--367428	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
367818--367856	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
369114--369167	18	3.2	17	73	21	51	12	25	1	59	1.44
369136--369187	18	2.9	18	80	8	61	15	19	5	59	1.56
369192--369290	6	16.0	6	72	8	65	5	20	3	71	1.18
370575--370637	21	3.0	21	83	2	81	30	4	33	31	1.78
374208--374245	12	3.2	12	92	0	67	73	7	0	18	1.06
374282--374318	13	2.7	14	87	8	58	64	5	10	18	1.43

Tables:   1   2