genome.fa.s794.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold191
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  315193

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819--859	16	2.6	16	100	0	82	65	0	9	24	1.22
908--942	16	2.1	17	89	5	54	68	0	17	14	1.21
847--925	11	7.4	11	70	12	58	74	3	12	8	1.18
3698--3734	18	2.1	18	90	5	58	40	0	10	48	1.38
11279--11324	12	3.6	13	81	18	53	71	4	4	19	1.20
11279--11325	14	3.6	14	83	11	64	72	4	4	19	1.18
12890--12949	21	3.0	21	88	9	81	31	33	5	30	1.79
13252--13288	12	3.0	12	92	4	56	72	2	8	16	1.19
15489--15542	17	3.2	17	81	0	63	75	3	12	7	1.14
19732--19794	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
20685--20824	70	2.2	63	82	13	162	40	12	23	22	1.89
23869--23916	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
25668--25722	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
25738--25787	23	2.2	23	85	0	64	68	6	18	8	1.36
40988--41031	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
41403--41432	12	2.5	12	100	0	60	50	30	6	13	1.67
49681--49745	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
54686--54732	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
56996--57052	29	2.0	29	87	12	84	15	14	8	61	1.56
57793--57918	43	2.8	45	79	9	132	38	32	3	24	1.74
57793--57878	22	3.9	22	90	4	129	36	32	4	26	1.77
58668--58714	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61119--61155	13	2.6	15	87	8	51	72	2	10	13	1.21
61119--61157	14	2.9	13	88	3	51	69	2	10	17	1.28
62350--62396	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
64993--65098	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
66768--66814	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
69297--69342	16	2.8	17	87	12	69	80	0	10	8	0.91
69315--69348	15	2.3	15	89	0	50	79	0	11	8	0.94
73528--73571	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
78490--78544	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
80581--80617	18	2.1	18	94	0	65	24	5	5	64	1.36
82743--82772	10	2.9	10	95	5	51	80	6	3	10	1.01
82860--82901	11	3.8	11	84	9	50	85	4	2	7	0.80
94824--94870	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
96537--96643	48	2.2	47	85	12	139	15	23	0	59	1.42
98189--98235	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
103381--103438	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
103381--103441	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
108201--108331	50	2.6	54	76	12	125	36	12	15	35	1.86
116650--116704	20	2.8	20	83	5	67	23	23	14	38	1.92
118995--119024	14	2.1	14	93	0	51	70	0	10	20	1.16
122784--122836	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
124112--124153	18	2.2	19	83	8	50	14	7	7	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125614--125660	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
130642--130681	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
130754--130813	18	3.3	18	79	11	59	8	18	5	68	1.34
136597--136638	15	2.7	16	96	3	77	19	11	4	64	1.44
136675--136724	12	4.2	12	89	0	73	24	2	6	68	1.23
137707--137753	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
138467--138558	18	5.0	18	66	13	53	48	2	32	16	1.58
147121--147190	25	2.8	25	97	2	131	48	12	18	20	1.80
153872--153926	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
165647--165689	18	2.4	18	92	0	68	6	16	4	72	1.24
168183--168229	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
170922--170968	14	3.6	13	75	18	53	6	12	6	74	1.20
170904--170968	25	2.4	27	85	14	82	9	13	6	70	1.31
170923--170981	25	2.4	25	83	11	68	6	13	6	72	1.25
170973--170997	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
172450--172496	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
174221--174285	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
176061--176123	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
176121--176176	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
176120--176176	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
176138--176243	6	17.7	6	69	9	65	6	18	2	71	1.20
176191--176254	15	3.9	15	80	10	56	6	15	3	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177317--177385	11	5.8	11	73	17	50	17	7	4	71	1.26
177329--177375	13	3.5	13	75	13	51	19	6	4	70	1.26
179695--179791	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
182636--182670	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
187739--187894	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
187738--187891	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
187739--187894	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
187731--187915	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
187731--187915	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
204788--204844	27	2.2	26	81	9	62	7	21	1	70	1.20
204816--204850	12	2.9	12	86	0	52	5	22	0	71	1.07
207038--207090	11	5.0	11	84	13	67	15	7	1	75	1.11
207041--207081	12	3.6	12	87	9	59	12	7	2	78	1.06
207042--207068	10	2.7	10	100	0	54	14	7	0	77	0.97
208365--208389	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
213261--213372	46	2.4	46	92	1	179	33	11	8	45	1.72
221788--221825	17	2.2	17	100	0	76	68	5	10	15	1.36
228385--228431	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
234467--234513	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
237063--237096	12	2.7	13	90	4	52	70	2	5	20	1.21
237134--237189	15	3.6	15	92	7	94	62	5	12	19	1.49
237136--237189	17	3.3	17	92	5	85	64	5	11	18	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243887--243921	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
245558--245619	10	5.9	10	74	10	52	32	32	4	30	1.79
245580--245620	21	2.0	21	95	0	73	29	34	2	34	1.71
253006--253067	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
253006--253068	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
258839--258881	21	2.0	22	81	4	52	23	18	18	39	1.92
260514--260553	18	2.2	18	90	0	62	72	2	17	7	1.19
262357--262419	21	3.0	21	85	2	81	31	3	31	33	1.74
264057--264091	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
265399--265712	157	2.0	157	98	0	601	29	13	20	36	1.90
266945--266996	10	5.0	10	88	6	77	71	9	0	19	1.13
267039--267089	15	3.4	15	97	0	93	62	5	11	19	1.49
272067--272380	157	2.0	157	98	0	601	29	13	21	36	1.91
273633--273678	17	2.6	17	86	10	58	8	13	0	78	0.97
273650--273699	14	3.5	14	81	8	57	4	14	4	78	1.05
273650--273699	15	3.4	15	78	8	50	4	14	4	78	1.05
273636--273711	28	2.7	27	82	8	82	7	13	2	76	1.11
275227--275273	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
282836--282882	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
283657--283703	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
289017--289055	14	2.6	15	88	8	53	20	12	5	61	1.50
289097--289133	10	3.7	10	92	0	65	13	0	8	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289096--289133	20	1.9	20	100	0	76	13	0	7	78	0.94
290126--290172	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
290371--290684	157	2.0	157	94	0	556	36	19	13	30	1.90
298780--298885	48	2.2	48	80	9	119	59	1	24	14	1.45
300067--300113	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
304191--304224	16	2.1	16	88	0	50	55	20	5	17	1.62
310123--310234	46	2.4	46	88	2	163	45	8	11	33	1.72
315036--315083	1	48.0	1	100	0	96	100	0	0	0	0.00

Tables:   1

The End!