genome.fa.s818.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2195_ERROPOS1964815+
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  398699

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195--229	16	2.1	17	89	5	54	20	0	17	62	1.32
778--802	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
3918--3947	15	2.1	14	93	6	51	76	0	0	23	0.78
9504--9555	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
11475--11526	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13670--13721	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
31521--31583	23	2.7	23	82	0	72	22	12	15	49	1.79
32706--32772	26	2.6	26	92	2	109	46	2	4	46	1.38
38205--38264	27	2.2	27	90	0	93	30	1	5	63	1.25
40779--40830	18	2.9	18	80	11	63	36	21	21	21	1.95
40816--40846	16	1.9	16	93	0	53	29	19	22	29	1.98
40861--40895	18	1.9	18	100	0	70	28	25	5	40	1.78
40850--40874	10	2.5	10	100	0	50	28	20	0	52	1.47
47864--47888	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
64927--64957	8	3.9	8	95	0	53	0	16	0	83	0.64
65791--65831	20	2.1	19	86	13	57	41	2	2	53	1.27
66386--66443	31	1.9	30	82	10	73	51	5	17	25	1.65
66709--66770	31	2.0	32	87	3	90	30	12	6	50	1.66
71458--71494	16	2.3	16	90	0	56	21	0	5	72	1.04
71793--71871	29	2.6	28	88	7	95	36	10	11	41	1.75
71793--71871	31	2.6	31	90	6	117	36	10	11	41	1.75
73830--73898	34	2.0	34	94	0	120	46	20	8	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74680--74741	31	2.0	31	96	0	115	46	12	14	25	1.80
83303--83361	24	2.4	25	94	2	102	54	0	3	42	1.17
88225--88262	19	2.0	19	94	0	67	50	7	5	36	1.54
88441--88485	22	2.0	22	100	0	90	26	26	6	40	1.81
92308--92340	10	3.4	10	87	8	50	78	0	21	0	0.75
95790--95822	9	3.7	9	91	0	57	51	3	0	45	1.16
104189--104278	46	2.0	46	84	0	117	34	20	15	30	1.93
127894--128467	286	2.0	286	96	0	1058	35	16	24	23	1.95
133469--133555	42	2.1	42	80	8	97	24	19	20	35	1.96
133982--134012	15	2.0	16	93	6	55	16	25	0	58	1.38
142359--142401	4	10.8	4	94	0	77	27	0	46	25	1.53
142888--142921	6	5.7	6	92	0	59	47	0	14	38	1.45
145902--145966	29	2.2	29	83	8	78	35	7	15	41	1.76
148363--148412	25	2.0	25	100	0	100	16	44	16	24	1.86
148441--148471	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
158824--158866	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
159782--159814	16	2.0	17	88	5	50	18	12	6	63	1.48
165284--165347	32	2.0	32	82	11	78	64	6	1	28	1.27
167274--167323	13	4.4	11	75	24	50	26	4	2	68	1.18
167761--168143	192	2.0	190	86	5	538	38	14	9	37	1.79
168281--168378	27	3.5	27	78	17	101	62	1	3	33	1.18
174355--174392	14	2.7	14	87	0	58	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174404--174429	13	2.0	13	100	0	52	15	0	38	46	1.46
174416--174465	20	2.5	20	86	0	64	22	8	36	34	1.83
177851--177927	38	2.0	38	97	0	145	41	11	14	32	1.82
179928--179971	23	1.9	23	86	9	63	70	4	6	18	1.27
179941--179984	18	2.4	18	88	7	63	72	4	9	13	1.24
180431--180464	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
180902--180965	21	3.0	22	72	9	69	18	18	25	37	1.94
187333--188031	50	13.9	50	82	3	771	27	22	29	21	1.99
187390--188031	199	3.2	199	90	2	917	26	22	28	21	1.99
192513--192562	26	2.0	26	84	11	68	46	2	2	50	1.24
193376--193455	8	9.2	8	72	11	52	13	6	2	77	1.06
193364--193437	18	4.0	19	85	11	84	14	9	1	74	1.13
193427--193464	14	2.7	14	84	12	51	18	0	5	76	0.97
193499--193542	22	1.9	24	86	9	65	38	0	2	59	1.10
193510--193580	33	2.1	34	87	5	110	36	0	2	60	1.11
193534--193594	22	2.8	22	85	7	72	37	0	1	60	1.07
193542--193610	22	3.1	21	80	10	66	42	0	1	56	1.08
193657--193715	22	2.7	23	75	19	72	33	0	3	62	1.12
193999--194058	19	3.6	16	73	18	50	56	0	1	41	1.09
194038--194093	19	2.8	19	77	22	53	62	0	3	33	1.12
202642--202671	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
203067--203117	14	3.1	16	75	18	52	27	0	1	70	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203882--203920	18	2.2	19	90	9	64	20	0	2	76	0.90
203882--203926	17	2.6	18	86	6	58	17	0	4	77	0.92
203888--203926	18	2.2	18	86	9	53	17	0	5	76	0.96
207912--208025	59	1.9	60	87	1	167	22	12	10	54	1.68
207912--208025	60	1.9	60	87	3	167	22	12	10	54	1.68
209402--209489	39	2.2	40	77	2	97	44	7	7	39	1.63
210810--210862	12	4.4	12	97	0	97	66	0	33	0	0.92
212305--212334	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
213592--213655	26	2.6	25	75	22	71	48	0	1	50	1.10
217993--218026	17	2.0	17	100	0	68	58	5	5	29	1.45
218028--218069	11	3.7	11	79	14	50	26	0	2	71	0.98
226821--226869	9	5.4	9	90	0	71	24	12	24	38	1.90
235350--235389	19	2.2	18	86	4	53	72	5	5	17	1.21
242792--242876	25	3.2	25	66	23	64	24	12	7	55	1.62
242791--242933	56	2.5	56	81	8	157	24	11	9	54	1.65
245453--245760	151	2.0	151	97	0	580	46	11	9	32	1.73
248100--248132	15	2.2	15	94	0	57	72	0	3	24	0.98
254350--254396	19	2.5	19	76	13	53	31	4	0	63	1.13
255289--255632	179	1.9	176	85	4	476	46	9	13	31	1.73
267772--267821	26	1.9	26	84	8	66	48	2	4	46	1.32
267917--267962	21	2.2	22	88	7	69	58	8	8	23	1.56
271741--271778	13	2.7	14	88	8	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271750--271778	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
272622--272691	32	2.2	32	84	2	88	34	10	4	51	1.55
278752--278790	17	2.5	15	87	8	51	10	7	2	79	1.02
279721--279780	3	20.0	3	89	0	93	35	0	1	63	1.05
280054--280096	21	2.0	21	100	0	86	34	4	4	55	1.41
282894--282948	24	2.3	24	75	6	58	43	0	0	56	0.99
283043--283117	33	2.3	33	79	9	89	38	13	2	45	1.57
283119--283167	24	2.0	24	92	0	80	40	10	2	46	1.49
283125--283176	24	2.2	24	82	0	59	38	11	1	48	1.51
283197--283233	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
283597--283731	71	1.9	71	90	0	216	29	20	18	31	1.97
284611--284643	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
289398--289430	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
291752--291846	48	2.0	48	93	0	163	44	7	9	38	1.65
329959--329991	16	2.1	16	100	0	66	24	15	18	42	1.88
334705--334765	30	2.0	30	100	0	122	36	22	16	24	1.94
336938--336962	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
343899--343950	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
344034--344102	34	2.0	35	97	2	131	52	5	8	33	1.56
345322--345388	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
347434--347459	6	4.3	6	100	0	52	19	0	19	61	1.35
347670--347734	31	2.1	30	83	8	78	46	1	6	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355394--355474	38	2.1	38	95	0	144	39	6	22	32	1.79
359142--359172	4	7.8	4	100	0	62	51	0	0	48	1.00
364913--364983	29	2.4	30	86	6	101	28	16	8	46	1.76
366268--366332	30	2.4	25	77	22	85	35	6	10	47	1.63
366276--366338	30	2.1	30	100	0	126	28	6	12	52	1.64
366985--367046	31	2.0	31	100	0	124	35	6	19	38	1.77
373781--373806	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
375272--375330	26	2.2	27	85	14	79	40	28	16	13	1.87
379887--379912	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
384347--384477	44	2.9	46	69	18	130	45	19	19	16	1.86

Tables:   1   2