Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold3086
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 53639
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.28, T:0.24
Found at i:13320 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 13176--13981 Score: 579
Period size: 83 Copynumber: 9.8 Consensus size: 82
13166 ACATGCAGCA
* *
13176 CGGCACCTT-GTGGCGTCGGATGTGCGGGGCCTCGGAGCACCA-CAGCACCTT-GTGCTTGGATG
1 CGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGAGCCTC-GAGCA-CATCGGCACCTTGGTGC-TGGATG
*
13238 T-CCGGAGCCTCGACCACCAT
62 TGCGGGAGCCTCGACCACCAT
* *
13258 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGGGCCTCGAGCACGATCAGCACCTTGGTGCTGGATG-G
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC-GGAGCCTCGAGCAC-ATCGGCACCTTGGTGCTGGATGTG
13322 CGGGAGCCTCG-CCACCAT
64 CGGGAGCCTCGACCACCAT
* * ** *
13340 CGGCACCTTGGT-G-TTGGACTG-GAGGAGCCTCGAGGTCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATG
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGA-TGTGCGGAGCCTCGAGCACATCGGCACCTTGGTGCT-GGATGTG
*
13402 CGGGCGACCT-GACC-CGCAGT
64 CGGGAG-CCTCGACCAC-CA-T
* *
13422 C-GCACCTT-GTTGCTCGGAATGTGCGGAGCCTCGAGCGCATCGGCACCTT-GTGCTTGGATGTG
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGAGCCTCGAGCACATCGGCACCTTGGTGC-TGGATGTG
* *
13484 GGGGAGGCCTCGACCACCGT
64 CGGGA-GCCTCGACCACCAT
* * * **
13504 CGGCA-CTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAGCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGATGCTTGAAATGC
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAGCCTCGAGCA-CATCGGCACCTTGGTGCTGGATGTG-
13568 CGGGAGCC-CTGACCACCAT
64 CGGGAGCCTC-GACCACCAT
* * *
13587 CGGCACCTTGGTGGCT-GGGTGCTGAGGAGCCAGTCGAGCAC--CGGCACCTTGGTGCTGG-GGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATG-TGCGGAGCC--TCGAGCACATCGGCACCTTGGTGCTGGATGT
* * * *
13648 GCAGGAAG-CTCGAGCAGCAA
63 GC-GGGAGCCTCGACCACCAT
* * ** * *
13668 CGACA-CTT-GT-GC-CAGGATGTGCAGGAGCACTCGAGCAGCACCTCCACCTTGGTACTTGCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTC-GGATGTGC-GGAGC-CTCGAGCA-CATCGGCACCTTGGTGC-TGGAT
**
13729 GT---GG-GCCTCGTGCACCAT
61 GTGCGGGAGCCTCGACCACCAT
* * *
13747 CGGCACCATAGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGACACC-TGGTGCTGGATGT
1 CGGCACC-TTGGTGGCTCGGATGTGC-GGAGCCTCGAGC-ACATCGGCACCTTGGTGCTGGATGT
**
13811 GCGGGAGCCTCGACCAGTAT
63 GCGGGAGCCTCGACCACCAT
* * * * *
13831 CGGTACCTT-GTGGCT-GGATATGCGGAGCCTCGAACCGCATCGGCACCTTGGGGACTCGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAGCCTCG-AGCACATCGGCACCTTGGTG-CT-GGATGT
13894 GCGGGAGCCTCAGA--ACCAT
63 GCGGGAGCCTC-GACCACCAT
* * *
13913 CCGGCAACTTGCT-GCTTGGAATGTGCGGGAG-CTCGAGCACCATC-GCACCTTGGTGCCTGGAT
1 -CGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGC-GGAGCCTCGAGCA-CATCGGCACCTTGGTG-CTGGAT
13975 GTGCGGG
61 GTGCGGG
13982 CTAAAGAAAG
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 80, Indels: 127
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
78 28 0.05
79 41 0.07
80 44 0.08
81 61 0.11
82 125 0.22
83 190 0.33
84 66 0.11
85 14 0.02
86 11 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (82 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAGCCTCGAGCACATCGGCACCTTGGTGCTGGATGTGCG
GGAGCCTCGACCACCAT
Found at i:13918 original size:43 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13176--13981 Score: 274
Period size: 40 Copynumber: 19.6 Consensus size: 40
13166 ACATGCAGCA
*
13176 CGGCACCTT-GTGGCGTCGGATGTGCGGG-GCCTCGGAGCACCA-
1 CGGCACCTTGGT-GC-T-GGATGTGCGGGAGCCTC--AGAACCAT
* *
13218 CAGCACCTT-GTGCTTGGATGT-CCGGAGCCTC-GACCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGC-TGGATGTGCGGGAGCCTCAGA--ACCAT
* * *
13258 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGGGCCTCGAGCACGAT
1 CGGCACCTTGGT-GCT-GGATGTGCGGGAGCCTC-AGAACCAT
* *
13301 CAGCACCTTGGTGCTGGATG-GCGGGAGCCTC-GCCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTGGATGTGCGGGAGCCTCAG-AACCAT
* * **
13340 CGGCACCTTGGTGTTGGACTG-G-AGGAGCCTC-GAGGTCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTGGA-TGTGCGGGAGCCTCAGA-ACCAT
* * *
13379 CGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGCGACCT--GACCCGCAGT
1 CGGCACCTTGGTGCT-GGATGTGCGGGAG-CCTCAGA-AC-CA-T
* *
13422 C-GCACCTTGTTGCTCGGAATGTGC-GGAGCCTC-GAGCGCAT
1 CGGCACCTTGGTGCT-GG-ATGTGCGGGAGCCTCAGAAC-CAT
* *
13462 CGGCACCTT-GTGCTTGGATGTGGGGGAGGCCTC-GACCACCGT
1 CGGCACCTTGGTGC-TGGATGTGCGGGA-GCCTCAGA--ACCAT
*
13504 CGGCA-CTTGGTGGCTCGGATGTGC-GGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCT-GGATGTGCGGGAGCCTC-AGAACCAT
* * * ** *
13545 CAGCACCTTGATGCTTGAAATGCCGGGAGCC-CTGACCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTGGATGTG-CGGGAGCCTCAGA--ACCAT
* *
13587 CGGCACCTTGGTGGCTGG--GTGCTGAGGAGCCAGTC-G-AGCAC
1 CGGCACCTTGGT-GCTGGATGTGC-G-GGAGCC--TCAGAACCAT
* * * * *
13628 CGGCACCTTGGTGCTGG-GGTGCAGGAAG-CTCGAGCAGCAA
1 CGGCACCTTGGTGCTGGATGTGC-GGGAGCCTC-AGAACCAT
* * * * * *
13668 CGACA-CTT-GTGCCAGGATGTGCAGGAGCACTCGAGCAGCAC
1 CGGCACCTTGGTG-CTGGATGTGCGGGAGC-CTC-AGAACCAT
** * * * *
13709 CTCCACCTTGGTACTTGCATGT---GG-GCCTCGTGCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGC-TGGATGTGCGGGAGCCTC-AGAACCAT
* *
13747 CGGCACCATAGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAA-CAT
1 CGGCACC-TTGGT-GCT-GGATGTGCGGGAGCCTC-AG-AACCAT
*
13791 CGACACC-TGGTGCTGGATGTGCGGGAGCCTC-G-ACCAGTAT
1 CGGCACCTTGGTGCTGGATGTGCGGGAGCCTCAGAACC---AT
* *
13831 CGGTACCTT-GTGGCTGGATATGC-GGAGCCTC-GAACCGCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTGGATGTGCGGGAGCCTCAGAA-C-CAT
*
13871 CGGCACCTTGGGGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCAGAACCAT
1 CGGCACCTTGGTG-CT-GGATGTGCGGGAGCCTCAGAACCAT
* * *
13913 CCGGCAACTTGCTGCTTGGAATGTGCGGGAG-CTCGAGCACCAT
1 -CGGCACCTTGGTGC-TGG-ATGTGCGGGAGCCTC-AGAACCAT
13956 C-GCACCTTGGTGCCTGGATGTGCGGG
1 CGGCACCTTGGTG-CTGGATGTGCGGG
13982 CTAAAGAAAG
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 90, Indels: 164
0.70 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.00
37 4 0.01
38 19 0.03
39 77 0.13
40 135 0.23
41 126 0.21
42 115 0.19
43 93 0.16
44 20 0.03
45 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (40 bp):
CGGCACCTTGGTGCTGGATGTGCGGGAGCCTCAGAACCAT
Found at i:17332 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17279--17429 Score: 187
Period size: 42 Copynumber: 3.6 Consensus size: 42
17269 GGTGGCTCGA
* *
17279 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGCGGTCGG
1 ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAGGTCGG
* * *
17321 ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCTGCACCTAAGAAGTCGG
1 ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAGGTCGG
* * * * *
17363 ATGTGCCCG-GCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCGA
1 ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAG-GTCGG
*
17405 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
1 ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATC
17430 GGCAACTTTG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 3
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 22 0.24
42 55 0.60
43 15 0.16
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.30, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
ATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAGGTCGG
Found at i:17993 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 17899--18067 Score: 232
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
17889 CAAGAGTCTC
* *
17899 CGGCACCTTGGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
17942 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCAT
* * *
17984 CGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCAC
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
18027 CGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
18068 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 10, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 63 0.56
43 48 0.42
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:18067 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 17899--18060 Score: 236
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
17889 CAAGAGTCTC
* * * *
17899 CGGCACCTTGGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCAGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATGT
*
17964 GCGGGAGCCTCGGCCACCAT
66 GCGGAAGCCTCGGCCACCAT
* * *
17984 CGGCAACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATG
1 CGGC-ACCTTGGTGGCTCAGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATG
18048 TGCGGAAGCCTCG
65 TGCGGAAGCCTCG
18061 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 60 0.88
86 8 0.12
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.35, T:0.19
Consensus pattern (85 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCAGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATGT
GCGGAAGCCTCGGCCACCAT
Found at i:23492 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 23460--23510 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
23450 TTAGGTTCTA
23460 GGCGGTGCTCCGACGATCCATCCC
1 GGCGGTGCTCCGACGATCCATCCC
**
23484 GGCGGTGCTCCGGTGATCCATCCC
1 GGCGGTGCTCCGACGATCCATCCC
23508 GGC
1 GGC
23511 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.39, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
GGCGGTGCTCCGACGATCCATCCC
Found at i:23642 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 23605--24359 Score: 935
Period size: 43 Copynumber: 17.8 Consensus size: 42
23595 GGAGCACATG
* ** *
23605 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTAGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
23648 CCACCATCGGCACCTTGGTGCT-TGATGTGGGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * **
23689 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAAATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
23732 CCACCATCGGCACCTTGGTGCT-TGATGTGCGGGAGCCCCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
23773 GCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTTCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
23816 GCGGCATCGGCACCTTGGTGCT-GGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
23857 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
23900 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * *
23942 CCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
23984 GCAGCATTGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
24026 GCAGCATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
24069 GCAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCATGTGGGGGAGCCTCGT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
24111 GCACCATCGGCACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
24154 GCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
24196 CCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
24239 CCAGCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
24281 GACACCATCGGTAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGG-CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
24325 GCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGG
24360 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 67, Indels: 32
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 99 0.16
42 214 0.34
43 308 0.49
44 8 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:23704 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 23609--24359 Score: 1008
Period size: 84 Copynumber: 8.9 Consensus size: 84
23599 CACATGGCAG
* ** * * * *
23609 CATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTAGGAGCCTTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGAT
*
23674 GTGGGGGAGCCTCGACCAC
66 GTGCGGGAGCCTCGACCAC
** * * *
23693 CATCGGCACCTTGGTGGCTCAAATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGAT
* * *
23758 GTGCGGGAGCCCCAAGCC-G
66 GTGCGGGAGCCTCGA-CCAC
* *
23777 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTTCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTGGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGAT
23842 GTGCGGGAGCCTCGACCAC
66 GTGCGGGAGCCTCGACCAC
*
23861 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TGGA
23926 TGTGCGGGAGCC-CTGACCAC
65 TGTGCGGGAGCCTC-GACCAC
* * *
23946 CATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATTGACACCTTGGTGCTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT-GGA
* *
24010 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
24030 CATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TGGA
* **
24095 TGTGGGGGAGCCTCGTGCAC
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *
24115 CATCGGCACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT-GGA
*
24180 TGTGCGGGAGCCTCGACCAG
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *
24200 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGGGGCTCGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCT-GG
24265 ATGTGCGGGAGCCTCGGA-CAC
64 ATGTGCGGGAGCCTC-GACCAC
* * *
24286 CATCGGTAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGG
1 CATCGG-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CT-G
24350 GATGTGCGGG
63 GATGTGCGGG
24360 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 59, Indels: 24
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.01
84 276 0.46
85 226 0.38
86 80 0.13
87 10 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (84 bp):
CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGAT
GTGCGGGAGCCTCGACCAC
Found at i:31501 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 31454--31598 Score: 209
Period size: 42 Copynumber: 3.4 Consensus size: 42
31444 CGAATGTCCG
*
31454 GGAGCCTCGAGCACCATCCGTACCTAGGCGGTCGGATGTGCC
1 GGAGCCTCGAGCACCATCCGTACCTAGGAGGTCGGATGTGCC
*
31496 GGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAGGTCGGATGTGCC
1 GGAGCCTCGAGCACCATCCGTACCTAGGAGGTCGGATGTGCC
* * * * * *
31538 GTAGCCTCGAGTACCATCCGTACCTTGGTGCCTCGGATGTGCG
1 GGAGCCTCGAGCACCATCCGTACCTAGGAG-GTCGGATGTGCC
31581 GGAGCCTCGAGCACCATC
1 GGAGCCTCGAGCACCATC
31599 GGCAACTTTG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 11, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 65 0.71
43 26 0.29
ACGTcount: A:0.17, C:0.33, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
GGAGCCTCGAGCACCATCCGTACCTAGGAGGTCGGATGTGCC
Found at i:32162 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 32068--32236 Score: 178
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 41
32058 CAAGAGTCTC
* * *
32068 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAACACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCAGATGTGCGGGAGCCTCG-GCACCAT
*
32111 CGGCACCTTGGTGCTCAGATGTACGGGAGCCTCGGCCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGG-CACCAT
* * * *
32153 CGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCAC
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCG-GCACCAT
* *
32196 CGACACCTTGGTGCT-AGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCA-GATGTGCGGGAGCCTCG-GCACCA
32237 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 9
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 61 0.56
43 46 0.43
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (41 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGGCACCAT
Found at i:32236 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 32068--32229 Score: 220
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
32058 CAAGAGTCTC
* * *
32068 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAACACCATCGGCACCTTGGTGCTCAGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAACACCACCGACACCTTGGTGCTCAGATGT
*
32133 ACGGGAGCCTCGGCCACCAT
66 ACGGAAGCCTCGGCCACCAT
* * *
32153 CGGCAACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCT-AGGAT
1 CGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAACACCACCGACACCTTGGTGCTCA-GAT
*
32216 GTGCGGAAGCCTCG
64 GTACGGAAGCCTCG
32230 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.01
85 58 0.87
86 8 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (85 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAACACCACCGACACCTTGGTGCTCAGATGT
ACGGAAGCCTCGGCCACCAT
Found at i:38762 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 38668--38836 Score: 216
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
38658 CAAGAGTCTC
*
38668 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
38711 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTG-GCCACTAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAG-CACCAT
* *
38753 CGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCAC
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCAT
* *
38796 CGGTACCTTGGTGCTAGGATGTGCG-GAAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAG-AGCCTCGAGCACCA
38837 AATTTAAAGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 12, Indels: 9
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.02
42 61 0.55
43 46 0.42
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:38816 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 38668--38827 Score: 250
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
38658 CAAGAGTCTC
* *
38668 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
*
38733 GCGGGAGCCTTGGCCACTAT
66 GCGGAAGCCTTGGCCACTAT
* * *
38753 CGGCAACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCACCGGTACCTTGGTGCTAGGATG
1 CGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
38817 TGCGGAAGCCT
65 TGCGGAAGCCT
38828 CGAGCACCAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 60 0.88
86 8 0.12
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
GCGGAAGCCTTGGCCACTAT
Found at i:39074 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 39046--39124 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
39036 CCGGTTAGGT
39046 TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
1 TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
* * *
39070 TCCCGGCGGTGCTCCAGCGATCCA
1 TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
** **
39094 T-CCGGTGGCACTCCGGTGATCCA
1 TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
39117 TCCCGGCA
1 TCCCGGCA
39125 TATAAAAAAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 10, Indels: 2
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 18 0.41
24 26 0.59
ACGTcount: A:0.13, C:0.39, G:0.29, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
Found at i:39272 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 39225--39672 Score: 550
Period size: 43 Copynumber: 10.5 Consensus size: 43
39215 ATGGCAGCAC
* *
39225 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGGGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* *
39268 CGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* *
39310 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
39353 CGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * *
39395 CGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGCAGCCTCAAGC-CGCAC
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CAT
* * **
39437 CGGTACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCGGCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * *
39480 CGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
39522 CGGCCCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* *
39565 CGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACACTAT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCAT
*
39608 CGGCAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* *
39651 CGGCACCTTGGTGCCTGGGATG
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATG
39673 GACGGGCTAA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 46, Indels: 18
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 152 0.43
43 190 0.54
44 8 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.28, G:0.38, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:39328 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 39218--39672 Score: 576
Period size: 85 Copynumber: 5.3 Consensus size: 85
39208 AGAGCACATG
* * *
39218 GCAGCACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGGGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
39283 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
39303 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
39368 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * *
39388 GGAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGCAGCCTCAAGC-CGCACCGGTACCTTGGTGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-G
* *
39451 CTCGGATATGCGGGAGCCTCGA
64 CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
39473 GCGGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGGCCCCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GC
*
39537 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
39558 CCAGCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACACTATCGGCAACCTTGGTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGC-ACCTTGGTG
39622 CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
64 CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
39644 GCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATG
39673 GACGGGCTAA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 48, Indels: 11
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 34 0.11
85 199 0.63
86 76 0.24
87 7 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.29, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (85 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:46545 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 46456--46565 Score: 134
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
46446 AACAAGAGTC
46456 TCGGCAACCTTGGTGGCTCGGAATATGCGAGAGCCTCGAGCACCA
1 TCGGCAACCTTGGT-GCTCGGAATATGCGAGAGCCTCGAGCACCA
* * *
46501 TGCGGCACCCTTGGTGCTCTGG-ATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCA
1 T-CGGCAACCTTGGTGCTC-GGAATATGCGAGAGCCTCGAG-CACCA
46546 TCGGCAACCTTGGATGCTCG
1 TCGGCAACCTTGG-TGCTCG
46566 ATGTACGAGA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 9
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
44 13 0.23
45 30 0.53
46 14 0.25
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (44 bp):
TCGGCAACCTTGGTGCTCGGAATATGCGAGAGCCTCGAGCACCA
Done.