Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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*
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* *
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*
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* *
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*
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261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
19094 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
326 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
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*
19224 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
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520 TAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGC
*
19354 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTT
585 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
*
19394 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTCGCCACGACC
1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
*
19459 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAAAT
66 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
19524 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
131 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
19589 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
196 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
19654 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCC-G-TTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
19717 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
326 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
19782 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAA
391 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTT-AAAAA
*
19847 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
455 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
19912 TAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGC
520 TAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGC
*
19977 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTT
585 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
20017 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
20082 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
66 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
20147 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
131 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
20212 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
196 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
* *
20277 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT-CTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATATATGTAAAAACTCCAT
261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
20341 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
326 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
20406 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAA
391 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTT-AAAAA
20471 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
455 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
20536 TAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGC
520 TAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGC
20601 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
585 ACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
*
20641 GTACACATAATATAAATCTGTTACATCCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
20706 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
66 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
*
20771 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAGGGAAACAAACATATATAT
131 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
20836 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
196 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
*
20901 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCAG-TTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
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326 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
21030 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAT
391 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAT
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456 CAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTT
21160 AAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCA
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586 CCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
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1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
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*
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* *
21718 AACCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCA
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* *
21890 GTACACATAATATTAATCTGTTACAGTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
21955 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
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131 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
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196 TATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
*
22150 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCAG-TTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
* *
22214 GACCGGAAGCTTCTTTCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATATCAAATTAGAGGAGATGATAACA
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455 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
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*
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1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
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*
22643 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAGGGAAACAAACATATATAT
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* *
22773 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT-CTGTTTGGTTTGTTTCTTGATCACACATGTAACAACTCCAT
261 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
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391 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTT-AAAAA
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455 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
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* *
23136 GTACACATAATATAAATCTGTTACATGCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTCGCCACGACC
1 GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
*
23201 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAAAT
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*
23266 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAGGGAAACAAACATATATAT
131 TTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATAT
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23434 CTTCTCTGAT
Statistics
Matches: 10110, Mismatches: 123, Indels: 61
0.98 0.01 0.01
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619 1 0.00
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Consensus pattern (624 bp):
GTACACATAATATAAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
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TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAT
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AAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCA
CCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCT
Found at i:24471 original size:569 final size:569
Alignment explanation
Indices: 23781--27959 Score: 2879
Period size: 569 Copynumber: 7.0 Consensus size: 569
23771 CGCCACGACC
23781 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
1 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
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*
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326 TTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAAT
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391 CAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTT
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1 AAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATT
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**
24545 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATG
196 ATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCATG
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261 ACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACAT
*
24675 TTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTCAAAAAT
326 TTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAAT
*
24740 CAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTT
391 CAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTT
24805 AAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCTTTACCTAATGAAATCTATTTTTGCACC
456 AAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCTTTACCTAATGAAATCTATTTTTGCACC
24870 TTTTTCAATTTAGTGATTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
521 TTTTTCAATTTAGTGATTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
* * ** ** * * *** *
24919 AAATTTGTTACATT-CA-TT-T-CAAAATT-GAAAAGCCAGA-AGATTTACCACGACCAAATATT
1 AAATAT-TCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTA-ATA-ATTTA-CA--AGC-AA-A--
* *** * *
24978 CATTTTCCATTTGT-ACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAAC-ATTGAAATTTCACA
56 CA-ATGAAATTT-TCAC---ATT---A-A-TT-ATAATTT--AA-CTAACAATTG--ATAT-ACA
* *** * * * ** * * *
25041 TTAATTATAATTTAACTAACA-AT-TGATATACATAATCATAGGAAACAAACAT--ATATATATA
104 -TAATCATAAGGAAACAAACATATAT-AT-TATAT-A-C-TA-CAAACTTACCTCGACAAATATA
** * * * * * * * * * ** * ** * *
25102 -TACTACAAACT-TACCTCGACAAATATAGT-TGTA-AAATGAGC--AGCCGACTAATCT-GACA
162 GTTGTA-AAAATGAAGC-AGCCGACTA-A-TCTG-ACACATTAGCTTTTCC-TC-GGTTTAGA-T
*** *
25160 CATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCTGTTTGGTTCGTTTCTTGATCACACATGTAAAAACTCCAT
219 C--T-G-TTTGGTTC-GTTT--CT-----------------TGATCACACATGTAAAAACTCCAT
25225 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
260 GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
*
25290 TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTCAAAAA
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390 TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATT
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518 ACCTTTTTCAATTTAGTGA-TTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
* * * * ** ** * * *
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***** * * * * *
25601 CATTTGTAC--T-TAA-TTCCAACATT--TAATAATTTACAAGCAAAC-ATTGAAATTTTCACAT
48 CAAGCAAACAATGAAATTTTC-ACATTAATTATAATTT--AA-CTAACAATTG--A-TAT-ACA-
* * **** * * * *** * ** *
25659 TAATTATTATTTCACTAACA-AT-TGATATACATAAT-CATAAGGAAAC-AAACATATATA-TT-
104 TAATCATAAGGAAACAAACATATAT-AT-TATATACTACA-AACTTACCTCGACAAATATAGTTG
* * * * * * * * * * *
25718 TTATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGT-TGTA-AAAGTGAAGCAGCTGACTAATCTCACC
166 TAAAAAT-GAAGC--AGC-CGAC---TA-A-TCTG-ACACA-T----TAGCT---T-TTC-CTCG
** * **** *
25781 CATTAG--CTTTTCCTCGGTTTAGATCTGTTGGTTCGTTTCTTGATCATACATGTAAAAACTCCA
211 GTTTAGATCTGTT--T-GGTTCGTTTC--------------TTGATCACACATGTAAAAACTCCA
25844 TGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAAC
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25909 ATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAA-TTTTCCCTTAAAAA
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*
25973 AATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCGAAGTTCATTTGGTGCATTTACCA
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* * * ** ** * * *
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1 AAA--TATT-CAT--TTTC--CATT-TG-TA-C-TTA-ATT--CCA--A-CATTTAATAATTTAC
* *** ** * * *** *
26224 CA-TTTACTTAATTCCAACTTT-A-A-TAATTTACAAGCAAACATGA-AATT--T-TCACATTAA
49 AAGCAAAC--AA-TGAAATTTTCACATTAA-TTATAATTTAAC-TAACAATTGATAT-ACA-TAA
* *** * * * *** * ** * *
26281 TTATAATTTAACTAACA-AT-TGATATACATAAT-CATAAGGAAAC-AAACATATATA-TT-TTA
107 TCATAAGGAAACAAACATATAT-AT-TATATACTACA-AACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAA
* * * * * * * * ** * ** * *
26340 TACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGT-TGTAAAAATGAAGC--AGCCGACTAATCT-GACAC
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*** * * *
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220 --T-G-TTTGGTTC-GTTT--CTT---------G-ATC--A-CACATGTAAAAACTCCATGACCG
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330 GTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAA
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523 TTTCAATTTAGTGATTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
* * * ** *
26758 AAATCTGTTACATCATTTCAAAATTGTGAAACCAAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCC
1 AAA--TATT-CAT--TTTC--CATT-TG-TA-CTTA-A-TT-CCA--A-C--AT-TT-A--AT--
* * * * * ** * *
26823 ATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTACAAGCAACAATGAAATTTCACATTAATTATAATT
42 AATT-TAC--AA-GCAAACA-ATGA-AATT---TTC-AC-AT-TAA-TT---A-TAATT-TAA-C
*
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88 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
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*
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*
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*
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* * * ** *
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* * * * * *
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*
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*
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*
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Found at i:26009 original size:620 final size:619
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* * * *
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*
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*
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*
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*
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TTTATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAC
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CCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATT
TTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATC
AAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTA
AGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCAC
CTTTTTCAATTTAGTGATTTTACTTAATTAATTATCTGTACACAATATAAATCTGTTACATCATT
TCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACC
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* *
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*
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66 AGGATAAGACTTGCTTAATTAGTC
* *
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AGGATAAGACTTGCTTAATTAGTC
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCCATATTCAGTCTG
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*
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*
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* *
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*
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*
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GAAGGATAAGACTTGCTTAAGT
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* * *
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* * **
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1 TCTGCCCT-ACTGCAACTTCA-GAGGATAAGACTTGCCATCTTAG
*
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* * *
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* * *
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TCTGCCCTACTGCAACTTCAGAGGATAAGACTTGCCATCTTAG
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32249 CTTTAATCTA
* * *
32259 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAAATTTGCCATCTTCAGTTTG
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*
32304 C-CTCACTGCAAC-TC-GAGGAGGATAAGACTTG-CTTACTT-AGTCTG
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*
32348 CTCCACTGCAACTTCAGGGAAATAAGACT
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Statistics
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CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCCATCTTCAGTCTG
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32098 CTTGCTTAGT
* * *
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* *
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* *
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* *
32317 CGAGGAGGATAAGACTTGCTTACTTAGTCTGCTCCACTGCAACTTCAGGGAAATAAGACTAGATG
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* *
32382 CGATCTGCTCTC
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TCTACTCTCGGCTTTA
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* * * * *
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* *
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* *
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CAACTTCAGGGAGATAAGATTAACGCTTTAATCAGCTCCACTA
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* * *
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* *
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* *
46033 GCATTTACCATTCAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATGATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
131 GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
* *
46098 ATCTATTTTTTCACCTTTTTCAATTTAGTAATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
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* * *
46163 AAATTTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAGCCAGAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
261 AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
* * *
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326 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
* *
46293 TAATTTAACTAACAATTGTTATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAA
391 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATAATACAAA
*
46358 CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCTGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
456 CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
* * * *
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586 TCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
46527 GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
1 GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
* * *
46592 TCCCTGAGAAAATCAAATTTCATGCATTTAATTACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
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131 GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
*
46722 ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATAT
196 ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
*
46787 AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTT
261 AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
* *
46852 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGGAAACAATGAATTTTTCACATTAATTA
326 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
46917 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATAATACAAA
391 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATAATACAAA
* * * *
46982 CTTACCTCCACCAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCTGACTCATCTGACACATTAGCTTTTCCT
456 CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
* * *
47047 CGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGCAAGTTTGT
521 CGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGAAAGCTTCT
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586 TCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
*
47151 GAGATGATAACATTTTTGTCTATTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
1 GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
47216 TCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
66 TCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
* * *
47281 GCATTTACCATTTAAGTCCGTTAGTTTGATAATCCATTATAAATTGACCCTTTTACCTAATAGAA
131 GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
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196 ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
* * *
47411 TAATCTGTTACAGTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTT
261 AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
47476 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
326 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
* *
47541 TAATTTAACTAACAATTGATAAACATAATCATAA-GATAACAAACATATATATAATATAATACAA
391 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGA-AACAAACATATATATTATATAATACAA
*
47605 ACTTACCTCGGCAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCC
455 ACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCC
* *
47670 TCGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACTGGAAGCTTC
520 TCGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGAAAGCTTC
*
47735 TTCCTTTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
585 TTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
47775 GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
1 GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
47840 TCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
66 TCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
47905 GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
131 GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
*
47970 ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGAGTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
196 ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
* * * *
48035 AAATCTGGTACATTCATTTCAAAATTGTGAAGCCACAAGATTTACCATGACCGAATATTCATTTT
261 AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
* *
48100 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAAAAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCATATTAATTA
326 CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
*
48165 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAA
391 TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATAATACAAA
48230 CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
456 CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
* *
48295 CGGTTTAGATCCGTTTGGTTCATTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTTCATGACCGAAAGCTTCT
521 CGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGAAAGCTTCT
* *
48360 TCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGC-ATTTA-AT
586 TCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
* * * *
48397 CACA-AATTTACAATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATT
1 GAGATGA-TAAC-ATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATT
* *
48461 TTTCCCTT-AAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCTTCCACTCTAAGTTCATTTG
64 TTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTG
* *
48525 GCGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCTCTTTACCTAATAG
129 GTGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAG
* *
48590 AAATCTATTTTTGCACATTTTTCAATTTAGTCATTTTTACTTAATTAATTAT
194 AAATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTAT
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Statistics
Matches: 2021, Mismatches: 90, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (624 bp):
GAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTT
TCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGT
GCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAA
ATCTATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATAT
AAATCTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTACCACGACCAAATATTCATTTT
CCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTA
TAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATAATACAAA
CTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCT
CGGTTTAGATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGAAAGCTTCT
TCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAG
Found at i:49798 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 49757--49799 Score: 50
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97584 TACTAGTTTCACATCCTGTTA
1 TGCTAGTTTCA-ATCCCGTTA
97605 ACTTTGATCC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 36 0.86
32 6 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (31 bp):
TGCTAGTTTCAATCCCGTTAGCTTCGCATCC
Done.