Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 77927517
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 1491452 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 79 of 250
Found at i:25228334 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 25228309--25228369 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
25228299 TAGAATTTCC
25228309 TTTATTATTTCATTAATTAT
1 TTTATTATTTCATT-ATTAT
*
25228329 TTTATTTATTTCATTTTTAT
1 TTTA-TTATTTCATTATTAT
* *
25228349 TTTATTCTTGTCCTTATTAT
1 TTTATTATT-TCATTATTAT
25228369 T
1 T
25228370 ATTACCTTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.11
20 21 0.60
21 10 0.29
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.02, T:0.69
Consensus pattern (19 bp):
TTTATTATTTCATTATTAT
Found at i:25228387 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25228359--25228397 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
25228349 TTTATTCTTG
25228359 TCCTTATTATTATTA
1 TCCTTATTATTATTA
25228374 -CCTTATTATATATTA
1 TCCTTATTAT-TATTA
25228389 TCC-TATTAT
1 TCCTTATTAT
25228398 GTGCCTATTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.41
15 11 0.50
16 2 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (15 bp):
TCCTTATTATTATTA
Found at i:25233011 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 25232970--25233033 Score: 83
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
25232960 CCTTTTCATA
*
25232970 TTTCATATTTCATAACACTAGGCCGAAGCCT
1 TTTCAAATTTCATAACACTAGGCCGAAGCCT
** * *
25233001 TTTCAAATTTCATATTACTGGGCTGAAGCCT
1 TTTCAAATTTCATAACACTAGGCCGAAGCCT
25233032 TT
1 TT
25233034 ACTGTAAACG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 28 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TTTCAAATTTCATAACACTAGGCCGAAGCCT
Found at i:25233279 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25233246--25233392 Score: 190
Period size: 24 Copynumber: 6.2 Consensus size: 24
25233236 GGCCTTACCT
*
25233246 CTTTTAATAACTGGGGCAAAAGCC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
* *
25233270 CTTTTTATAACTGGGGAATAAGCC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
*
25233294 C-TTTAATAACTGGGGCGTAAGCC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
* * *
25233317 TTTTTGATAACTGGGGCATAAGTC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
*
25233341 CTTTTGATAACTGGGGCATAAGCC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
* *
25233365 C-GTAAATAACTGGGGCATAAGCC
1 CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
25233388 CTTTT
1 CTTTT
25233393 TCACTTCCTC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 17, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 39 0.38
24 65 0.62
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
CTTTTAATAACTGGGGCATAAGCC
Found at i:25233303 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 25233248--25233391 Score: 184
Period size: 47 Copynumber: 3.1 Consensus size: 47
25233238 CCTTACCTCT
* *
25233248 TTTAATAACTGGGGCAAAAGCCCTTTTTATAACTGGGGAATAAGCCC
1 TTTAATAACTGGGGCATAAGCCCTTTTTATAACTGGGGCATAAGCCC
* *
25233295 TTTAATAACTGGGGCGTAAG-CCTTTTTGATAACTGGGGCATAAGTCCT
1 TTTAATAACTGGGGCATAAGCCCTTTTT-ATAACTGGGGCATAAG-CCC
* * **
25233343 TTTGATAACTGGGGCATAAGCCC-GTAAATAACTGGGGCATAAGCCC
1 TTTAATAACTGGGGCATAAGCCCTTTTTATAACTGGGGCATAAGCCC
25233389 TTT
1 TTT
25233392 TTCACTTCCT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 10, Indels: 7
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
46 12 0.14
47 49 0.58
48 21 0.25
49 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
TTTAATAACTGGGGCATAAGCCCTTTTTATAACTGGGGCATAAGCCC
Found at i:25233332 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 25233247--25233393 Score: 215
Period size: 71 Copynumber: 2.1 Consensus size: 72
25233237 GCCTTACCTC
* * * *
25233247 TTTTAATAACTGGGGCAAAAGCCCTTTTTATAACTGGGGAATAAGCCCTTTAATAACTGGGGCGT
1 TTTTAATAACTGGGGCAAAAGCCCTTTTGATAACTGGGGAATAAGCCCGTAAATAACTGGGGCAT
25233312 AAG-CCT
66 AAGCCCT
* * * *
25233318 TTTTGATAACTGGGGCATAAGTCCTTTTGATAACTGGGGCATAAGCCCGTAAATAACTGGGGCAT
1 TTTTAATAACTGGGGCAAAAGCCCTTTTGATAACTGGGGAATAAGCCCGTAAATAACTGGGGCAT
25233383 AAGCCCT
66 AAGCCCT
25233390 TTTT
1 TTTT
25233394 CACTTCCTCC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
71 60 0.90
72 7 0.10
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.23, T:0.31
Consensus pattern (72 bp):
TTTTAATAACTGGGGCAAAAGCCCTTTTGATAACTGGGGAATAAGCCCGTAAATAACTGGGGCAT
AAGCCCT
Found at i:25233467 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 25233442--25233488 Score: 85
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
25233432 TTATGAATAC
25233442 ATCATGTGCATATCATACAT
1 ATCATGTGCATATCATACAT
25233462 ATCATGTGCATATCATACAT
1 ATCATGTGCATATCATACAT
*
25233482 ACCATGT
1 ATCATGT
25233489 TTATCAAATC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
ATCATGTGCATATCATACAT
Found at i:25233556 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 25233524--25233571 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
25233514 ATATATAAAC
* * *
25233524 CCTAGGGGTATAATGGTCATTTTTA
1 CCTAGGGGCAAAATAGTCATTTTTA
25233549 CCTAGGGGCAAAATAGTCATTTT
1 CCTAGGGGCAAAATAGTCATTTT
25233572 CATGTTATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 20 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
CCTAGGGGCAAAATAGTCATTTTTA
Found at i:25243066 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 25243032--25243161 Score: 183
Period size: 29 Copynumber: 4.5 Consensus size: 29
25243022 TAATCAACCG
* * *
25243032 CGCACACTTAGTGCCATGTACTTT-AAACT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCA-TTTCAAGCT
* *
25243061 CGCACACTTAGCGCCATGCATTTCAAGCT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
25243090 CGCACACTCAGTGCCATGCATTTC-AGCT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
*
25243118 CGCACAGTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
25243147 CGCACACTCAGTGCC
1 CGCACACTCAGTGCC
25243162 CTCTCAACCC
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 7, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 30 0.33
29 62 0.67
ACGTcount: A:0.24, C:0.34, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
CGCACACTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
Found at i:25243138 original size:57 final size:58
Alignment explanation
Indices: 25243032--25243161 Score: 190
Period size: 57 Copynumber: 2.3 Consensus size: 58
25243022 TAATCAACCG
* * *
25243032 CGCACACTTAGTGCCATGTACTTTAAACTCGCACACTTAGCGCCATGCATTTCAAGCT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCACTTTAAACTCGCACACTCAGCGCCATGCATTTCAAGCT
* * * *
25243090 CGCACACTCAGTGCCATGCA-TTTCAGCTCGCACAGTCAGTGCCATGCATTTCAAGCT
1 CGCACACTCAGTGCCATGCACTTTAAACTCGCACACTCAGCGCCATGCATTTCAAGCT
25243147 CGCACACTCAGTGCC
1 CGCACACTCAGTGCC
25243162 CTCTCAACCC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
57 47 0.72
58 18 0.28
ACGTcount: A:0.24, C:0.34, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (58 bp):
CGCACACTCAGTGCCATGCACTTTAAACTCGCACACTCAGCGCCATGCATTTCAAGCT
Found at i:25246044 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25246011--25246185 Score: 185
Period size: 27 Copynumber: 6.4 Consensus size: 27
25246001 ATTGTACAGA
* * *
25246011 ACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGC
1 ACTAAGTGTGCGAATTGATTATGTAGC
* *
25246038 ACTAAGTGTGCGAAATGA-AATG-ATGC
1 ACTAAGTGTGCGAATTGATTATGTA-GC
** *
25246064 ACTAAGTGTGCGAATTGACCATGTGGC
1 ACTAAGTGTGCGAATTGATTATGTAGC
25246091 AACTAAGTGTGCGAGATTGATTATGTAGC
1 -ACTAAGTGTGCGA-ATTGATTATGTAGC
*
25246120 ACTAAAGTGTGCG-ATTGATTACGTAGC
1 ACT-AAGTGTGCGAATTGATTATGTAGC
* *
25246147 ACTAAGTGTGCGAGTTGATTATATAGC
1 ACTAAGTGTGCGAATTGATTATGTAGC
*
25246174 ACTGAGTGTGCG
1 ACTAAGTGTGCG
25246186 GACTCAATAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 15, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 31 0.25
27 59 0.47
28 16 0.13
29 20 0.16
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
ACTAAGTGTGCGAATTGATTATGTAGC
Found at i:25246153 original size:83 final size:81
Alignment explanation
Indices: 25246010--25246164 Score: 197
Period size: 83 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
25246000 AATTGTACAG
* * *
25246010 AACTAAGTGTGCGATTTGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAAATGATGCACTAAGTGTGC
1 AACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAAACGATGCACTAAGTGTGC
25246075 GAATTGACCATGTGGC
66 GAATTGACCATGTGGC
* * *
25246091 AACTAAGTGTGCGAGATTGATTATGTAGCACTAAAGTGTGCG-ATTGATTACG-TAGCACTAAGT
1 AACTAAGTGTGCGA-ATTGACTATGTAGCACT-AAGTGTGCGAAATGA-AACGAT-GCACTAAGT
*
25246154 GTGCGAGTTGA
62 GTGCGAATTGA
25246165 TTATATAGCA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 6
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
81 14 0.22
82 19 0.30
83 30 0.48
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (81 bp):
AACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAAACGATGCACTAAGTGTGC
GAATTGACCATGTGGC
Found at i:25254634 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 25254589--25254707 Score: 159
Period size: 38 Copynumber: 3.1 Consensus size: 38
25254579 CCGAAGGTAT
*
25254589 TTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAAGCC
1 TTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAAGCA
* *
25254627 TTGTGCGAGATACTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCA
1 TTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAA-GCA
* *
25254666 TTCGTGCGAGTT-TAAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCA
1 TT-GTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAA-GCA
25254705 TTG
1 TTG
25254708 AATGAGTTAC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 7, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
38 34 0.47
39 30 0.42
40 8 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (38 bp):
TTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAAGCA
Found at i:25254727 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 25254644--25254753 Score: 123
Period size: 39 Copynumber: 2.8 Consensus size: 38
25254634 AGATACTAAT
**
25254644 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTTAAAA
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT-GAACGAGTTTAAAA
* *
25254683 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAATGAGTTACTATAA
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAACGAGTT--TAAAA
* *
25254723 -CCGGGCTATGTCCCGAAGGCACTTGAACGAG
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCA-TTGAACGAG
25254754 GAGCTAAATC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 5
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 6 0.10
39 43 0.70
40 12 0.20
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (38 bp):
TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAACGAGTTTAAAA
Found at i:25254727 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 25254579--25254743 Score: 190
Period size: 78 Copynumber: 2.1 Consensus size: 78
25254569 CGGACAAGAT
* * * * * **
25254579 CCGAAGGTATTTGTGCGAGTTATTAATTCCGGGTTAAGTCCCGAAGCCTTGTGCGAGATACTAAT
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATAAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGCATTGAACGAGATACTAAT
* *
25254644 TCCGGGTTAAGTC
66 ACCGGGCTAAGTC
* *
25254657 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTT-TAAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGAATGAGTTACT-A
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATAAAATCCGGGTTAAGTCCCGAA-GCATTGAACGAGATACTAA
*
25254720 TAACCGGGCTATGTC
65 T-ACCGGGCTAAGTC
25254735 CCGAAGGCA
1 CCGAAGGCA
25254744 CTTGAACGAG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 12, Indels: 4
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
77 23 0.32
78 50 0.68
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (78 bp):
CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATAAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGCATTGAACGAGATACTAAT
ACCGGGCTAAGTC
Found at i:25268434 original size:55 final size:54
Alignment explanation
Indices: 25268336--25268449 Score: 151
Period size: 55 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
25268326 AGCATGGCTG
*
25268336 CCAG-AACAGATATAGTGACAGAGTCACCAAATACAAATATTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGAAACAGATATAGTGACAGAGCCACCAAATACAAATATTGTGGCAGAGCCA
* * * *
25268389 CCAGAAACAGATATTTGTGGCAGAGCCACCAGAT-CAGATATTTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGAAACAGATA-TAGTGACAGAGCCACCAAATACAAATA-TTGTGGCAGAGCCA
25268444 CCAGAA
1 CCAGAA
25268450 CGCTTCCTCC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 5, Indels: 4
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
53 4 0.08
54 13 0.25
55 36 0.68
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.23, T:0.18
Consensus pattern (54 bp):
CCAGAAACAGATATAGTGACAGAGCCACCAAATACAAATATTGTGGCAGAGCCA
Found at i:25268447 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25268336--25268450 Score: 140
Period size: 27 Copynumber: 4.3 Consensus size: 26
25268326 AGCATGGCTG
* * *
25268336 CCAGAACAGATATAGTGACAGAGTCA
1 CCAGAACAGATATTGTGGCAGAGCCA
* *
25268362 CCAAATACAAATATTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGA-ACAGATATTGTGGCAGAGCCA
25268389 CCAGAAACAGATATTTGTGGCAGAGCCA
1 CCAG-AACAGATA-TTGTGGCAGAGCCA
*
25268417 CCAGATCAGATATTTGTGGCAGAGCCA
1 CCAGAACAGATA-TTGTGGCAGAGCCA
25268444 CCAGAAC
1 CCAGAAC
25268451 GCTTCCTCCA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.05
27 54 0.70
28 19 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.23, T:0.17
Consensus pattern (26 bp):
CCAGAACAGATATTGTGGCAGAGCCA
Found at i:25273114 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25273094--25273123 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
25273084 AACAAATGGT
25273094 CTAATTACCATCTAA
1 CTAATTACCATCTAA
25273109 CTAATTACCATCTAA
1 CTAATTACCATCTAA
25273124 GGACCTTTAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.27, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
CTAATTACCATCTAA
Found at i:25288942 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25288911--25288943 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
25288901 CGTAACTTTT
25288911 AACTTAATTAACATTTA
1 AACTTAATT-ACATTTA
25288928 AACTTAATT-CATTTA
1 AACTTAATTACATTTA
25288943 A
1 A
25288944 TTGCTTACCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.44
17 9 0.56
ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
AACTTAATTACATTTA
Found at i:25290415 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25290341--25290484 Score: 183
Period size: 28 Copynumber: 5.4 Consensus size: 27
25290331 GATATGACAC
* *
25290341 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGACA
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
*
25290368 --T-CTAAGTGAAAGAAGTCCATGGCA
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
*
25290392 GTGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCA
1 -TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
25290420 --T-CTAAGTGAAATAAGTCCATGGCAA
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGC-A
25290445 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
25290472 TGGTGCTAAGTGA
1 T-GTGCTAAGTGA
25290485 GAAATTTCCC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 6, Indels: 17
0.82 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 41 0.40
25 3 0.03
27 4 0.04
28 54 0.53
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.26, T:0.24
Consensus pattern (27 bp):
TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCA
Found at i:25290469 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 25290341--25290472 Score: 228
Period size: 52 Copynumber: 2.5 Consensus size: 52
25290331 GATATGACAC
* *
25290341 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGACATCTAAGTGAAAGAAGTCCATGGCAG
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCATCTAAGTGAAAGAAGTCCATGGCAA
*
25290393 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCATCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCAA
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCATCTAAGTGAAAGAAGTCCATGGCAA
*
25290445 TGTGCTAAGTGAAATAAGTCCATGGCAT
1 TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCAT
25290473 GGTGCTAAGT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 76 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (52 bp):
TGTGCTAAGTGAAATAAGACCATGGCATCTAAGTGAAAGAAGTCCATGGCAA
Found at i:25290563 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 25290508--25290707 Score: 278
Period size: 51 Copynumber: 3.9 Consensus size: 51
25290498 TGAACCTTAG
*
25290508 GAATAAAATAGCTTTGGACACAAGTGTGGTATTATGTGAAGGCCACTTTGT
1 GAATAAAATAGCTTTGGACACAAGTGTGGTACTATGTGAAGGCCACTTTGT
* * * *
25290559 GAATATAATAGCTTTAGACACAAGTGTGGTACTAAGTTAAGGCCACTTTGT
1 GAATAAAATAGCTTTGGACACAAGTGTGGTACTATGTGAAGGCCACTTTGT
* * *
25290610 GAATAAAATAGCTTCGGACACAAGTGTGGTACTATGTGAAGGCCATTTTCT
1 GAATAAAATAGCTTTGGACACAAGTGTGGTACTATGTGAAGGCCACTTTGT
* *
25290661 GAATAAAATAACTTTGG-CTACAGAG-GTTGTACTATGTGAAGGCCACT
1 GAATAAAATAGCTTTGGAC-ACA-AGTGTGGTACTATGTGAAGGCCACT
25290708 GTGTATCCAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 4
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 1 0.01
51 128 0.98
52 2 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (51 bp):
GAATAAAATAGCTTTGGACACAAGTGTGGTACTATGTGAAGGCCACTTTGT
Found at i:25293201 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 25293174--25293219 Score: 92
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
25293164 ATTTTTGGAC
25293174 CAAATTTCAATTTACCTATAGAAA
1 CAAATTTCAATTTACCTATAGAAA
25293198 CAAATTTCAATTTACCTATAGA
1 CAAATTTCAATTTACCTATAGA
25293220 CTAACTTTGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 22 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.04, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
CAAATTTCAATTTACCTATAGAAA
Found at i:25298320 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 25298248--25298397 Score: 171
Period size: 67 Copynumber: 2.2 Consensus size: 67
25298238 CATCATGTGT
* * * *
25298248 ACAAGAGAGCTACAAGACATTATGATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACC
1 ACAAGAGAGCTAC--GACA-TAT-ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACC
25298310 ATGTAG
62 ATGTAG
** * *
25298316 ACAAGAGAGCTACGGGATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGT
1 ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
25298381 AG
66 AG
25298383 ACAAGAGAGCTACGA
1 ACAAGAGAGCTACGA
25298398 GATAAACTGG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 7
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
64 20 0.29
65 7 0.10
66 4 0.06
67 26 0.37
68 13 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (67 bp):
ACAAGAGAGCTACGACATATATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGATACAAGTGAAGGACACCATGT
AG
Found at i:25298353 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 25298272--25298455 Score: 194
Period size: 67 Copynumber: 2.8 Consensus size: 64
25298262 AGACATTATG
* *
25298272 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGGGATAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
* * * * * *
25298336 ATGTAGCTAGGTCGCATGCGTGGTTCCAAGTGAAGGACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
1 ATGTAGCTAGGTCGCATGGGT-GATACTA-TG-TGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGAT
25298401 AA
63 AA
* * * *
25298403 ACTG--GCTAGGTCACATGGGTGGTACTAAGTGTTCACCATGT-GTACAAGAGAGC
1 A-TGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAG-ACAAGAGAGC
25298456 CGAACTATAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 11
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
62 1 0.01
63 19 0.19
64 21 0.21
65 8 0.08
66 16 0.16
67 31 0.32
68 2 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (64 bp):
ATGTAGCTAGGTCGCATGGGTGATACTATGTGTACACCATGTAGACAAGAGAGCTACGAGATAA
Found at i:25299475 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25299454--25299484 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
25299444 ACTATGGTAT
*
25299454 ATGAAATATTGATATA
1 ATGAAATAATGATATA
25299470 ATGAAATAATGATAT
1 ATGAAATAATGATAT
25299485 GTGTTTATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATGAAATAATGATATA
Found at i:25312156 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25312128--25312249 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 5.3 Consensus size: 22
25312118 TTCCACATCC
25312128 ATCACATTGGCCATTCGGCCTT
1 ATCACATTGGCCATTCGGCCTT
** * * *
25312150 ATCACATATATACACTTTC-ACATT
1 ATCACAT-T-GGC-CATTCGGCCTT
25312174 CATCACATTGGCCATTCGGCCTT
1 -ATCACATTGGCCATTCGGCCTT
* * * *
25312197 ATCTCATATATG-CATGTTC-ACATT
1 ATCACAT-T-GGCCA--TTCGGCCTT
25312221 CATCACATTGGCCATTCGGCCTT
1 -ATCACATTGGCCATTCGGCCTT
25312244 ATCACA
1 ATCACA
25312250 CATACACATG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 18, Indels: 24
0.62 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
22 26 0.37
23 12 0.17
24 12 0.17
25 20 0.29
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
ATCACATTGGCCATTCGGCCTT
Found at i:25312163 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 25312100--25312561 Score: 612
Period size: 47 Copynumber: 9.7 Consensus size: 47
25312090 CCCTTCGGGA
* * *
25312100 CTTATCACATTTATACACT-TCCACATCCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
25312147 CTTATCACATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
25312194 CTTATCTCATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * * *
25312241 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATCGGCCATTCGAC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * *
25312288 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCAGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
*
25312335 CTTATCTA-ATATATGCATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATC-ACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* *
25312382 CTTATCACACATACACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
25312429 CTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
* * ** *
25312478 CTTATCACATATACACACT-TTAACATTCATCACATCAGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACA-TGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
25312525 CTTATCACATATATATACACT-TTCACATTCATCACAT
1 CTTATCAC--ATATATACA-TGTTCACATTCATCACAT
25312562 CATGTACAGA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 30, Indels: 14
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 2 0.01
47 305 0.81
48 1 0.00
49 68 0.18
50 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CTTATCACATATATACATGTTCACATTCATCACATTGGCCATTCGGC
Found at i:25323202 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 25323077--25323240 Score: 154
Period size: 43 Copynumber: 3.8 Consensus size: 43
25323067 CGGAAAGCTC
* * *
25323077 GTACAATGCCAATATCCCAGACGTGGTCTTACATGT-AATCAA
1 GTACAATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACGTAAATCAA
* * * * * *
25323119 ATATCGATGCCACTGTCCCAGATAAGGTCTTACAC-AAAATCAA
1 GTA-CAATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACGTAAATCAA
* * *
25323162 GTACGATGCCAATGTCCTAGTCATGGTCTTACACGTAAATCATAA
1 GTACAATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACGTAAATC--AA
* *
25323207 GT-CAATGCCAACGTCCCAGACGTGGTCTTACACG
1 GTACAATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACG
25323241 ACAACACATA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 21, Indels: 8
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 28 0.29
43 37 0.39
44 27 0.28
45 4 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
GTACAATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACGTAAATCAA
Found at i:25325095 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25325026--25325127 Score: 132
Period size: 28 Copynumber: 3.6 Consensus size: 28
25325016 ATACAGAACA
* * *
25325026 TGTGACAGAGTCACCAGATACAGATATTT
1 TGTGGCAGAGCCACCAGA-ACAGATAATT
* *
25325055 TGTGGCAGTGCCACCAGAACAAATAATT
1 TGTGGCAGAGCCACCAGAACAGATAATT
*
25325083 TGTGGCAGGGCCACCAGAACAGATAATT
1 TGTGGCAGAGCCACCAGAACAGATAATT
*
25325111 TGTGGCATAGCCACCAG
1 TGTGGCAGAGCCACCAG
25325128 GACGCTTCCT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 1
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
28 49 0.77
29 15 0.23
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (28 bp):
TGTGGCAGAGCCACCAGAACAGATAATT
Found at i:25325353 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 25325233--25325353 Score: 188
Period size: 28 Copynumber: 4.3 Consensus size: 28
25325223 AAATTAACCC
* *
25325233 TAGGGGTATAAAAGTCATTTTGCATACA
1 TAGGGGTATAAAGGTAATTTTGCATACA
*
25325261 TAGGGGTAAAAAGGTAATTTTGCATACA
1 TAGGGGTATAAAGGTAATTTTGCATACA
* *
25325289 TAGAGGTATAATGGTAATTTTGCATACA
1 TAGGGGTATAAAGGTAATTTTGCATACA
*
25325317 TAGGGGTATAATGGTAATTTTGCATACA
1 TAGGGGTATAAAGGTAATTTTGCATACA
25325345 TAGGGGTAT
1 TAGGGGTAT
25325354 TCTAGTACAT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 86 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
TAGGGGTATAAAGGTAATTTTGCATACA
Found at i:25325628 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 25325601--25325631 Score: 53
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
25325591 CCAAAATACT
25325601 GGCTTTTC
1 GGCTTTTC
*
25325609 GGCATTTC
1 GGCTTTTC
25325617 GGCTTTTC
1 GGCTTTTC
25325625 GGCTTTT
1 GGCTTTT
25325632 GTCGATCTAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 21 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.23, G:0.26, T:0.48
Consensus pattern (8 bp):
GGCTTTTC
Found at i:25334407 original size:55 final size:52
Alignment explanation
Indices: 25334283--25334436 Score: 175
Period size: 55 Copynumber: 2.9 Consensus size: 52
25334273 TAAATTGTAC
* *
25334283 AGCACTAAGTGTGCG-ATTCGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATG
1 AGCACTAAGTGTGCGAATT-GACTATGTGGCACTAAGTGTGCG-AGTGAACATG
* * *
25334336 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATG
1 A-GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGT-GAAC-ATG
* * *
25334391 TAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTGGCACTAAGTGTGCGAGT
1 -AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGT
25334437 TGATTGTATA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 10, Indels: 8
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.03
54 37 0.43
55 45 0.52
56 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (52 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTGGCACTAAGTGTGCGAGTGAACATG
Found at i:25334424 original size:82 final size:80
Alignment explanation
Indices: 25334284--25334439 Score: 206
Period size: 82 Copynumber: 1.9 Consensus size: 80
25334274 AAATTGTACA
* * *
25334284 GCACTAAGTGTGCGATTCGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGATGCACTAAGTGT
1 GCACTAAGTGTGCGAGTCAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGA-GCACTAAGTGT
25334349 GCGAATTGACCATGCG
65 GCGAATTGACCATGCG
** *
25334365 GCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTG-GCACTAAGT
1 GCACTAAGTGTGCGAGTC-AACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGA--ACATGAGCACTAAGT
*
25334429 GTGCGAGTTGA
63 GTGCGAATTGA
25334440 TTGTATAGCA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 5
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 17 0.26
82 44 0.68
84 4 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (80 bp):
GCACTAAGTGTGCGAGTCAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGAGCACTAAGTGTG
CGAATTGACCATGCG
Found at i:25334441 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25334284--25334439 Score: 156
Period size: 27 Copynumber: 5.7 Consensus size: 27
25334274 AAATTGTACA
*
25334284 GCACTAAGTGTGCG-ATTCGACTATGTT
1 GCACTAAGTGTGCGAATT-GACTATGTG
*
25334311 GCACTAAGTGTGCGAAATGAAC-ATGAT-
1 GCACTAAGTGTGCGAATTG-ACTATG-TG
* *
25334338 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG
1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG
* * *
25334365 GCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGTA
1 GCACTAAGTGTGCGAAT-TGACTATGTG
* * *
25334393 GCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTG
1 GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG
*
25334420 GCACTAAGTGTGCGAGTTGA
1 GCACTAAGTGTGCGAATTGA
25334440 TTGTATAGCA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 12
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.02
27 80 0.73
28 27 0.25
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
GCACTAAGTGTGCGAATTGACTATGTG
Found at i:25334450 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25334283--25334460 Score: 144
Period size: 27 Copynumber: 6.6 Consensus size: 27
25334273 TAAATTGTAC
*
25334283 AGCACTAAGTGTGCGA-TTCGACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTT-GATTATGT
* ** **
25334310 TGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* ** *
25334336 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGC
1 A-GCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* * *
25334364 GGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGT-TGATTATGT
* *
25334392 AGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
* * *
25334419 GGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTGTAT
1 AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
*
25334446 AGCACTGAGTGTGCG
1 AGCACTAAGTGTGCG
25334461 GGCTCAATAT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 24, Indels: 8
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 100 0.81
28 23 0.19
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
AGCACTAAGTGTGCGAGTTGATTATGT
Found at i:25334451 original size:82 final size:80
Alignment explanation
Indices: 25334276--25334460 Score: 201
Period size: 82 Copynumber: 2.3 Consensus size: 80
25334266 GCGGGATTAA
* * *
25334276 ATTGTACAGCACTAAGTGTGCGATTCGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGATGCA
1 ATTGTACAGCACTAAGTGTGCGAGTCAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGA-GCA
25334341 CTAAGTGTGCGAATTG
65 CTAAGTGTGCGAATTG
*** * * ** *
25334357 ACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTG-G
1 ATTGTACAGCACTAAGTGTGCGAGTC-AACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGA--ACATGAG
*
25334421 CACTAAGTGTGCGAGTTG
63 CACTAAGTGTGCGAATTG
* *
25334439 ATTGTATAGCACTGAGTGTGCG
1 ATTGTACAGCACTAAGTGTGCG
25334461 GGCTCAATAT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 19, Indels: 5
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 20 0.24
82 58 0.71
84 4 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (80 bp):
ATTGTACAGCACTAAGTGTGCGAGTCAACTATGTAGCACTAAGTGTGCGAAATGAACATGAGCAC
TAAGTGTGCGAATTG
Found at i:25342182 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25342151--25342307 Score: 106
Period size: 27 Copynumber: 5.7 Consensus size: 26
25342141 TAAATGTACA
*
25342151 GCACTAAGTGTGCGATTCGACTATGTTT
1 GCACTAAGTGTGCGATT-GACTATG-TG
*
25342179 GCACTAAGTGCTGCGAAATGAAC-ATGAT-
1 GCACTAAGTG-TGCG-ATTG-ACTATG-TG
* *
25342207 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCCG
1 GCACTAAGTGTGCG-ATTGACTATG-TG
* *
25342235 GCACT-A-TGTGCGAGTCTAACTATGTA
1 GCACTAAGTGTGCGA-T-TGACTATGTG
* *
25342261 GCACTAAGTGTGCGATTTGATTACGTG
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTGACTATGTG
25342288 GCACTAAGTGTGCGAGTTGA
1 GCACTAAGTGTGCGA-TTGA
25342308 TTGTATAGAC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 15, Indels: 19
0.76 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 1 0.01
26 14 0.13
27 44 0.42
28 33 0.31
29 9 0.09
30 4 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
GCACTAAGTGTGCGATTGACTATGTG
Found at i:25343868 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25343806--25348312 Score: 492
Period size: 37 Copynumber: 122.7 Consensus size: 36
25343796 NNNNNNNNNN
* *
25343806 TCTCCTCCTTCCCCT-CCCCCT-CTCCCTCCTTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCC-TCCCC
25343841 -CTCCCCCTCCCCCTAACCCCCTCCTCCCTCCCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCT-ACCCCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* * *
25343878 TCTCTCCCCT-CCTCTACCCCCTCC-CTCTCCCCCCC
1 TCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
25343913 TCTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCC-CC-CCTCTCCTCCCTC
1 TCTCCCCCT-CCCCCTACC-CCCTCCTCC-CTCCTCCC-C
* *
25343950 TCTTCCTACTCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCC
1 TC-TCC--C-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* * * *
25343990 CCTTCCCCTCCTCCTACCCTCTCC-CCCT-CTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25344024 TCTCCCTCT-CCTCT-CCCTCC-CCTCCCTCCTCCCTAC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCC-CCTCCTCCCTCCTCCC--C
* * *
25344060 CCTCCTCCC-CCCCCT--CCCCTCCTTCCTACTCCCC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25344094 -C-CCTCCTCTCGACTCCT-CCCCCTCCTCCTACACCTACCATCC
1 TCTCC-CC-CTC--CCCCTACCCCCTCCTCC--CTCCT-CC--CC
* *
25344136 -CTCCCCC-CCCTCTACTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTA--C-CCCCTCCTCC-CTCCTCCCC
* * *
25344174 TCT-CTCC-CCCCCT-CCTCTCTCC-CCC-CCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25344206 TTTTCCCCCTCCTCTCCTTCTCCCTTCCTCCC-CCTCTCCC
1 -TCTCCCCCTCC-C-CCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTC-CCC
*
25344246 -C-CTCCCTCCCATCCTA-CCCCT-CTCCCCTCC-CTCCC
1 TCTCCCCCTCCC--CCTACCCCCTCCT-CCCTCCTC-CCC
* * *
25344281 TCT-CCCCTCCCCCT---CCCTACCTCCCCTACTACTC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCT-CCCTCCTCCCC
* * *
25344315 TCTCCTCCCTTCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTACTCTACCCTCC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTC-CTCCCT-C-CT--CC-CC
** *
25344358 TCTTCCCTCCTCCCCCCGCCCCC-CCTCCCCCCTCCTCC
1 TC-TCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-CC
25344396 -C-CCCCCTACCTCTCCTACCCCC-CCTCTCC-CCT-CCC
1 TCTCCCCCT-CC-C-CCTACCCCCTCCTC-CCTCCTCCCC
*
25344431 TC-CCCCCTCCCCCT-CCCCCTAC-CCCTCC-CCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25344463 T-T-CTCCTCCTCCCTACCCTCTCC-CCCTCTCTCCTACT
1 TCTCCCCCTCC-CCCTACCCCCTCCTCCCTC-CTCC--CC
* * * * *
25344500 TACACCCCCTCCCTCT-CCCCTTTC-CCCTCCTTCCTC
1 T-CTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCC-TCCCC
* * *
25344536 TCTCCTCCC-CCACTCCT-CCACCT-CTCCGCTACTCTCC
1 TCTCC-CCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCCC
25344573 TAC-CCCCCTCTCCCCT-CCCCC-CCTCCCCTCC-CCCC
1 T-CTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCCC
* **
25344608 TCCCCCCCTCTACCCCCCCCCCCTTCC-CCCTCCTCCCTC
1 TCTCCCCCTC--CCCCTACCCCC-TCCTCCCTCCTCCC-C
* * *
25344647 CCTCCCTCTCTCTCCCT-CCCCCTCTTACCCTCCTCCCCC
1 TCTCCC-C-CTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCT-CCCC
* * * *
25344686 GTCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCCCCTTTCCTCCTCTACC
1 -T-CTCCCCCT-CCCCCT-ACCCCCTCC-TCCCTCCTC-CCC
* * *
25344728 TACATCCCCCCCCCTCCT-CCCCC-CCCCCCCCCT-CCC
1 T-C-TCCCCCTCCC-CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25344764 TC-CCCCCTCTGTTCCCTCACCCCCTCTCTCCTCTCCT-TCC
1 TCTCCCCCTC---CCCCT-ACCCCCTC-CTCC-CTCCTCCCC
* * * *
25344804 TCCCCCTCCTCCTCCT-CCCCCTTACC-CCCCCCCCCCC
1 TCTCCC-CCTCCCCCTACCCCC-T-CCTCCCTCCTCCCC
* * *
25344841 T-TCTCCCCTCCTCC--CCCCCT-CTCCATTCCTTCCC
1 TCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCCC
* *
25344875 -CT-CCCCTCTCCCTACCCCC-CC-CTCTCC-CCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25344906 -C-CCCCTCTCTCCACT-CCTACCTCCTCCC-CCTCCCC
1 TCTCCCC-CTC-CCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25344941 -CTACCTCCCTCCCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCT-CCC
1 TCT-CC-CCCT-CCC-CCTACC-CCCT-CCTCCCTCCTCCCC
** *
25344981 TAAGCCTTCCTCCCTTTCCCTACTCGCCCTCCTCCCTCTCCCCCC
1 T----C-TCC-CCCTCCCCCTAC-C-CCCTCCTCCCTC-CTCCCC
* * *
25345026 TCCCCCCCTCCCCTCTCCTACCTACCCTCTCTCCCTCTTCTCC
1 TCTCCCCCT--CC-C-CCTACC--CCCTC-CTCCCTCCTCCCC
* ** *
25345069 T-TCTCCCTCCCCC--CCCCCTCCTCCCT-AACCCT
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * ** * *
25345101 TACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTACTACCCTCC-CCCC
1 T-CTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCCC
** *
25345138 TAACCCTCCT-CCCCT-CTCCCCTCCCCCCTTCCTCTCCC
1 TCTCCC-CCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCC-TCCTC-CCC
** *
25345176 -CTCCCTCCT-CCTTTACCCCCTCCTCCTCCCCTCCCC
1 TCTCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCCC
*
25345212 -CTCCTCCCTACCCCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCC-CGTCCC
1 TCTCC-CCCT-CCCC-CT-ACCCCCTC--CTCCCTCCTC--CCC
*
25345254 TCTACCCC-CCCCCT-CCCCCT--TCCC-CCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25345285 -CTCCCCC-CCTCTCCTA-ACCCTTCTCCTCTACCTCCCC
1 TCTCCCCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCC-CT-CCTCCCC
* * **
25345322 -CTCCCTCTCCACC--CCCCC-CCTCCCTCCTTACC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
**
25345354 TCTCCCCC-CCTCTCCT-CCCCCTTAT-CC-CC-CCCC
1 TCTCCCCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25345387 TCT-TCCC-CCCCCTACCCCCTCCTCTC-CCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25345420 GTCTCCCCCTCCCCCTTCCCACTCCCCCCCTCCTCCCTCC
1 -TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCT-CC-CC
* * * *
25345460 TCGCCTCCCTCCCTCT--CCCCTTCTCCCT-CT-CTC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25345493 TCTACCCCTCCCTCCT-CCTCTCCTCGCCTTCCCTACCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCC-CCTACC-C-CCT--CC-TCCCT-CCTCCCC
*
25345535 TC-CCTTCTCCCCCCCCTACCCCCCTCCT-CC-CC-CCCC
1 TCTCC--C-CCTCCCCCTA-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
** *
25345571 TCTTACCCCCTCCTCCCT-CCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCC
1 TC-T-CCCCCTCC-CCCTACCCCCTC-CTCCCTCCT-CC--CC
* *
25345613 TCTACCCCT-CCCCT-CCCCCTCCT-CTTCCCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* *
25345647 -C-CCCCC-CCCCCT-CCTCCTCTCGTTCCC-CCTCTCTCT
1 TCTCCCCCTCCCCCTACC-CC-CTC-CTCCCTCCTC-C-CC
* *
25345683 TCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCT-ACC
1 TCTCC---CC-CT-CCCCCT-ACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
25345724 T-TACCCCCTCTCCCC--CCTCCCTCC-CCCTCC-CCCC
1 TCT-CCCCCTC-CCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25345758 -C-CCTCCCTCCCCTCTAACCCCC-CC-CTCTGCCTCCCC
1 TCTCC-CCCTCCCC-CT-ACCCCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* *
25345794 -CTACCTCCCTCCCCCT-CTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCC
1 TCT-CC-CCCTCCCCCTAC-C-C-CCTCCTCCCTCCTCCCC
25345833 -CT-CCCC-CCCCCT-CCCCCTCCTACCC-CCTTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCC-TCCCC
* *
25345866 TATCTCCCCTCCCCCT-CCTCTTCCCCCT-CCTCCTCCCC
1 TCTC-CCCCTCCCCCTACC-C--CCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25345904 TCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTA-CCCCTCCCCCCTCC-CCCC
1 TCTCCCCCT-CC--C---CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25345944 TCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCC-CCCCCCTCCCC
1 TCT-C-CCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * * * * *
25345982 T-ACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCT-CCTCCCC
** *
25346019 TCTCCTCCCCTAACCCT-CTCCCCTCC-CCCCCCTCCCC
1 TCT-C-CCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25346056 TCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCCCTCC-CCCC
1 TC-TCCCCCTCCCCCT-ACCCCCTCCT--CCCTCCTCCCC
25346095 TCTCTTCCCCTCCCCGCCCCT-CCCCCTCC-CCCTCC-CCCC
1 TCTC--CCCCT---C-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25346134 TACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCC-CC-CCCTACC-CCCC
1 T-CT-CCCCCT-C--CCCC-TACC-CCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* * *
25346175 CCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCC-CC-CCC-CCTCCCC
1 TC-TCC-CCCTCCC-CCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25346212 TCTCCCCCCCCTCCCCT-CCCCC-CC-CCC-CCTCCCC
1 TCT-CCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25346246 -CTCCTCCTCCCCCTACCCTCC-CCTACGCCCCCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCC-CCTCCT-C-CCTCCTCCCC
25346283 TCCCTACTCCCCTTCCCCCTACCCCC-CCTCCC-CCTCCCC
1 T--CT-C-CCCC-TCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25346322 TCCCCCCCCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCCC
1 T-CTCCCCCT----CCCCCTAC-CCCCTCCTCCCT-CCTC-CCC
*
25346365 TCTCCCCC-CCCCCTTCCCCCCTCCTCTCC-CCT-CCC
1 TCTCCCCCTCCCCC-TACCCCCTCCTC-CCTCCTCCCC
25346400 TCCTCCCCCTCCCCCTACTCCCC-CC-CCCTCC-CCCC
1 T-CTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25346435 TC-CCTCCCT-CTCCT-CCCCCTCCTCCC-CC-CCTCT
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-CC
* *
25346468 TCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTCC
1 TCTCCC-CCTCCCC--CTACCCCCTC-CTCCCTCCTCC-CC
* *
25346509 AC-CCTCCCT-CCCCT-CCTTCCCT-CTCCC-CCCCCCC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACC--CCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25346543 TCTCCCCCCTCCCCC--CCCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTC
1 TCT-CCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CC-TCC--C--C
* * * * *
25346584 TTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTAC-CCCTACCCCCCC
1 -TCTCCC-CCTCCCCCTACC-CCCTCCTCCCT-CCTCCCC
*
25346623 CCTCCCCCT--CCCT-CCCCCTTCGCT-CCT-CTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCC-TC-CTCCCTCCTCCCC
* * *
25346656 T-TCCCCCCCCCCCT-CCCTCTCCTACCC-CCTCCCT
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCCC
25346690 TC-CCTTCCCTCCTCCC--CTCCCCTCCTCTCC-CCTCCCCC
1 TCTCC--CCCTCC-CCCTAC-CCCCTCCTC-CCTCCT-CCCC
* * * *
25346728 TCTTCCCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACC-C-CCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25346765 TCCTCCCCCCTTCCCCT--CCCCTCCTCTCTCCTCCCCC
1 T-CT-CCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCCC
* *
25346802 TCTCCCCCTCCTCCC--CCCCC-CC-CTCTCTTCCCC
1 TCTCCCCCTCC-CCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* **
25346835 -C-CCCCCTCCTCCTACCCCTCTCC-CCCTCCTTACC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCTCCTCCCC
* * * * *
25346869 TCCCCCCCCCCCCCT-CTCTCTCCCTCCCTCCTCCCG
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCCC
*
25346905 T-ACCCCC-CCCCCT---CCCTCCTCTCC-CCTCCTCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTC-CCTCCTCC-CC
* *
25346937 TCT-CCCCTACCCCCT-CTTCCCC-CCCCCCTTC-CCCC
1 TCTCCCCCT-CCCCCTAC--CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25346972 TCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCC
1 TCTCCC-CCTCC-CCCTACCC-C-CTCCTCCCTCCTCCCC
*
25347012 TC-CCCTCTCCCCC-ACCCCCTTTCCCTCCC-CCTACCCTC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCC--T-CCTCCCTCCT-CCC-C
* * *
25347050 TCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTAC-C-CCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347089 TCTCTCCC-CCCCCT--CCCCTCCCCCCCCCTCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCCC
* * * * *
25347123 CCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCT-C-CCCTCCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* ** * * *
25347156 CCTCCCCC-CCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACG
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC--CC
** *
25347193 TCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCT--TTCCC
1 TCTCCC-CCTCCCC-CTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* *
25347229 TC-CCCCTCTACCTCCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCTC
1 TCTCCCC-CT-CC-CCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCCC
*** *
25347268 -CTCCCCCTCTATTCT-CCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCT
1 TCTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCT---CCTCCCC
* * *
25347306 TACTCCTCCTCTTCTCTA---CCTCCTCCCT--TACCCC
1 T-CTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCCC
25347340 TCCTCCCTCCTTCCTTCCC--CCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCC
1 T-CTCCC-CC-TCC--CCCTACCCCCTC-CTCCCT-CCTCCCC
* *
25347381 GTC-CCCCCTCCTCCT-CTTCCCTCCTCCC-CCTCCCC
1 -TCTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25347416 -C-CCCCC-CCCCCT--CCCCTCCCCCCTCCT-CCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
*
25347446 TC-CCTCCTCCTCCCT-CCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCC
1 TCTCCCCCTCC-CCCTACCC-CCTC-CTCCCT-C-CTCCCC
* *
25347485 -C-CCCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCC-CC-CCGCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-CC
* *
25347518 TC-CCTCCCTCCCCCT-CCCTCTCCCTTCC-CCT-CCC
1 TCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347552 TC-CGCTCCTCCTCCT-CTCCCTCCT--CTCCTCCCC
1 TCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347585 CCTCCTCCTCCCTTCTA--CCCTCC-CCCTCACTTCCCC
1 TCTCCCCCTCCC-CCTACCCCCTCCTCCCTC-C-TCCCC
*
25347621 TCTTCTCCCCTCCCTCCT-CCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACCC
1 TC-TC-CCCCTCCC-CCTACC-CCCTC-CT-CCCT--CCT-C-CCC
*
25347666 -CTCCCCCT-CCCCTCCCCCCTCCCTCCC-CCTCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCCC
* *
25347700 T-TCCTACCC-CCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCC
1 TCTCC--CCCTCCCCCTACCC-CCTCCTCCCTCCT-C-C-CC
** * * * **
25347740 TCCTTTTCCCTACCTCT-CCCCCTCTCCCCCTATTTCCCTC
1 T-C-TCCCCCTCCCCCTACCCCCTC-CTCCCT-CCTCCC-C
* * * *
25347780 TCTACCCC-CCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTAC-CCTC
1 TCTCCCCCTCCCCC-TACCCC-CTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347816 TCTCCCTCTCTTCCCCC--CCTCCTACTTCCC-CCCCCCC
1 TCTCCC-C-C-TCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCCC
* *
25347853 TCT-CCCCTCTCCCT-CCTCCT-CTCCCTCC-CCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347885 TCCCCCCCT-CCTCTTCCCCCTCCCTCCC-CC-CCTCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCC-CC
* * *
25347920 TTCTACTCTCTCCCCTCT-CCCTCTCCCTCCC-CCTCCCC
1 -TCT-CCCCCTCCCC-CTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCCC
*
25347958 TCT-CCCCT--CCCTACCTACCCTCC-CCCTCCTACCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACC--CCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * *
25347992 T-T-CTCC-CCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCT-CCTCCCC
* * * *
25348027 CCTCCCTCCT-CCCCT-CCCCCCCCT-CTTCGTCCCC
1 TCTCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
25348061 -CT-CCCCT-CCCCTACTCCCC-CCTTCCC-CCT-CCC
1 TCTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCC-TCCCTCCTCCCC
* * * *
25348093 TACCCCTCCCTCTCCCT-CCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCC
1 T-CTCC-CCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCT-CCTCCCC
25348132 TTCTCCCCCCTCCCCCCCTA-CCCCTCCTCCC-CCTCCCC
1 -TCT-CCCCCT--CCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
* * * *
25348170 TCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCT-C-CCCTCCCTCTCC
1 T-CTCCC--CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCCC
* * *
25348208 TACCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCC
1 T-CTCCCCCTCCCC-CTACCCCCTCCT-CCC-TCCTCCCC
* * *
25348248 TCCCCCCCTCCCCTCTCCCTACCCTCCCCCCTCCTCCCTCC
1 TCTCCCCCTCCCC-CTACC--CCCTCCTCCCTCCT-CC-CC
*
25348289 TCTCCTCCT-CCCCT-CCCCCTCCTC
1 TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTC
25348313 TCTTCCCCCC
Statistics
Matches: 3361, Mismatches: 477, Indels: 1267
0.66 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
30 25 0.01
31 70 0.02
32 188 0.06
33 237 0.07
34 334 0.10
35 272 0.08
36 436 0.13
37 468 0.14
38 352 0.10
39 269 0.08
40 274 0.08
41 139 0.04
42 126 0.04
43 80 0.02
44 63 0.02
45 25 0.01
46 3 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCCC
Found at i:25343964 original size:52 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25343819--25348310 Score: 550
Period size: 51 Copynumber: 87.6 Consensus size: 50
25343809 CCTCCTTCCC
* * *
25343819 CTCCCCCT-CTCCCTCCTTCCCCCTCC-CCCTCCC-CCTAACC-C-CCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCC-TCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25343866 C-CCTCCCTCCCCTCT-CTCCCCTCCTCTACC-CCCTCC--CTCTCCCCCCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCCCC-CC-CTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25343914 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCT-TCCTACTCCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTC-CCTCCCTC-CTACCCT-CTCCCCCT
** *
25343966 CTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTTCCC-CTCCTCCTACCCTCTCCCCCT
1 CT-CCCCCTCCCCCCT-CCTCCCCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
25344018 CTCCCCTCTCCCTCTCCT-CTCCCTCCCCTCCCT-CCTCCCTACCCTCCTCCCCC-
1 CTCCCC-CTCCC-C-CCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCT-CCTACCCT-CTCCCCCT
* ** * * * *
25344071 CCCTCCCCTCCTTCCTACTCCCCCCCTCCTCTCGACTCCT-CCCCCT-CCTC-
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCC-CTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25344121 CTACACCTACCATCCCTCC-CCCCCCTCTACTCTCCCCTCCT-CCTCTCCCCCCCT
1 CTCCCCCT-CC-CCCCTCCTCCCCCC-CT-CCCT-CCCTCCTACC-CTCTCCCCCT
* * * *
25344175 CTCTCCCC-CCCTCCT-CTCTCCCCCC-CCC-CCCT-TTTCCCCCTCCTCTCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCC-C-CCT
* * *
25344224 -TCTCCCTTCCTCCC-CCTCTCCCCCTCCCTCCCATCCTACCC-CTCTCCCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCC-TCCTACCCTCTC-CCCCT
* * * * *
25344274 C-CCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTACCTCCCCTACTACTCTCTCCTCCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCT-CCCTCCTACCCTCTCC-CCCT
* *
25344325 -T-CCCCTCCCCCCT-CTCCCCCTACTCTACCCT-CCT-CTTCCCTCCTCCCCCCG
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC--C-CT-CCCTCCCTCCTACCCT-CT-CCCCCT
* * *
25344376 CCCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCT--CTCCTACCC-C-CCCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25344423 CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCTACCCCTCCCCCCTTCTCCTCCTCCCTACCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCT--CCCTCCCTCCTAC-CCT-CT-CC--CCCT
* * * * * *
25344482 CTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCTCCCTCTCC-CCTTTCCC-CTCCTTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCT-CCCCCCCTCCCTC-CCTCC-TACCCTCTCC-CCCT
* * * *
25344535 CT-CTCCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCT-ACT-CT--CCTAC-CCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCC-CTCCTCCCCCCCTCC-CTCCCTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * * *
25344582 CT-CCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCCCCCT-CTACCCCCCCCCCCT
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25344632 -TCCCCCTCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTTACCCTCCTCCCCCGT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCC-C-CCCTCCCT--CCCTCCTACCCT-CTCCCCC-T
*
25344688 CCTCCCCCTCCCCCCT-CTCCCCCCCCTTTCCT-CCT-CTA-CCTACATCCCCC-
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCC-TCCCTCCCTCCTACCCT-C-TCCCCCT
* * * * *
25344738 C-CCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCC-CCCTCTGTTCCCTCACCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTC-CTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25344789 CT-CTCCT-CTCCTTCCTCCCCCTCCT-CCT-CCTCC--CCCT-TACCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
* * * *
25344834 CCCCCCCTTCTCCCCTCCTCCCCCCCT--CTCCATTCCTTCCC-CT-CCCCT
1 CTCCCCC-TCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCC-CTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25344882 CTCCCTACCCCCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTA-CCTCCTCCCCCT
1 CTCCC--CCTCCCCC-CT-CCTCCCCCCCTCCCTCC-CTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * * *
25344937 CCCCCTACCTCCCTCCCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCT-CCCTAAGCCTTCCTCCCT
1 CTCCC--CCT-CC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCT----C-TCC-CCCT
* * *
25344996 TTCCCTACTCGCCCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCC--CCTCTCCTACCTACCCT
1 CTCCC-CCTC-CCC-CCT-CCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CT-CT-CC--CCCT
* * * * ** *
25345054 CTCTCCCTCTTCTCCTTCTCCCTCCCC-CCC-CCCTCCT-CCCT-AACCCTT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * ** *
25345102 ACCCCCCCT-CTCCCT-TTCTCCTACTACCCTCCCCCCTAACCCTC-CTCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCTCCCTCCT-ACCCTCTC-CCCCT
*
25345153 CT-CCCCTCCCCCCTTCCT-CTCCCCTCCCT-CCTCCTTTACCCCCTCCTCCTCCC-
1 CTCCCCCTCCCCCC-TCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCC--TA--CCCT-CTCC-CCCT
* * *
25345206 CTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCCCGT-CCCTCTACCCCCCCC
1 CTCCCCCT-C-CCC--CCTC-CTCCCCCCCTC-CCTCCCT-CC-TACCCTCT-CCCC--CT
* *
25345266 CTCCCCCTTCCCCCTCC-CCCTCCCC-CCCT--CTCCTAACCCT-T-CTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCTCCT-ACCCTCTCCCCCT
* * *
25345312 CTACCTCCC-CCTCCCT-CTCCACCCCCCCCCTCCCTCCTTACCTCTCCCCCCCTCT
1 CT-CC-CCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCC-TACC-CT-CTCCCC-CT
* *
25345367 CCTCCCCCTTATCCCCCC-CCTCTTCCCCC-CCCTACCC-CCT-CCTCTCCCTCCCCGT
1 -CTCCCCC---TCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCT-CCCTCCTACC-CT--CTCCCCCT
*
25345422 CTCCCCCTCCCCCTTCCCACTCCCCCCCT-CCTCCCTCCT-CGCCTC-CCTCCCT
1 CTCCCCCTCCCCC--CTC-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCC-CCCT
* * ** *
25345474 CTCCCCTTCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCT-CCTCCT-CTCCTCGCCTTCCCT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTC-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCC--CCCT
* * *
25345527 -ACCCCC-CCTCCCTTCTCCCCCCCCTACCC-CCCTCCT-CCC-C-CCCCTCTT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-C-T
* * * **
25345575 ACCCCCTCCTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCT-CTACCC-CT-CCCCT
1 -CTCCC-CCTCCC-CCC-TCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* **
25345627 CCCCCTCCTCTTCCCTCC-CCCCCCC-CCC-CCCTCCT-CCTCTCGTTCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CTC--TCCCCCT
*
25345677 CTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCT-CCTCCCTCCTA-CCT-TACCCCCT
1 CTC-C--C-CC--TCC-C-CCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
*
25345733 CTCCCCCCTCCCTCCC-CCTCCCCCCCCCTCCCTCCC-CTCTAACC-C-CCCCCT
1 CT-CCCCCTCCC-CCCTCCT--CCCCCCCTCCCTCCCTC-CTACCCTCTCCCCCT
* * *
25345784 CT--GCCT-CCCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCTACTCCT-CCCTCTTCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCT-CC-CCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTC-TCCCCCT
* * * * ** * *
25345835 CCCCCCCCCTCCCCCTCCTACCCCCTTCCC-CTAT-CTCCCCTCCCCCTCCT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* **
25345885 CTTCCCCCTCCTCCTCC-CCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC-CTCCCCC-
1 C-TCCCCCTCC-CC-CCTCCTCCCCCCCTCCC-TCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25345936 CTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCC-CTCC-CCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCT
1 CT-CCCCCTC--C-CCCCT-CCTC-CCCCCCTC-CCTCCCTCCTACCCT--CTCC-CCCT
* *
25345994 CTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCTCCTCTCCT-CC-CCTAACCCTCT-CCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCTC-CCTCCCTCCT-ACCCTCTCCCCCT
* * * *
25346043 CCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCC-CTCCCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCC-CCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
* *
25346096 CTCTTCCCCTCCCCGCC-CCTCCCCCTCC-CCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCT
1 CTC--CCCCTCCCC-CCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTA-----CCCT-CTCCCCCT
* * * * *
25346154 TTCCTCC-CCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCC-C-CCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCCCC--CCTCCCTCCCTCCTAC--CCTCTCCCCCT
* * *
25346206 CTCCCCTCTCCCCCC-CCTCCCCTCCC-CCC-CCCCCCT-CCCCCT-CCTC-
1 CTCCCC-CTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25346252 CTCCCCCTACCCTCC-CCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCT-TCCCCCT
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCT-C-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25346303 ACCCCCCCT-CCCCCTCC-CCTCCCCC-CCCTCCC-CC-CCCCTCTCCCCCC
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25346350 CTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCCCCTTCCC-CCCTCCT-CTCCCCTCCCTC-
1 CT-CC-CCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCC-TCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCCCCT
*
25346402 CTCCCCCTCCCCCTACTCC-CCCCCCCTCCC-CCCTCCCT-CCCTCTCCTCC-
1 CTCCCCCTCCCCC--CTCCTCCCCCCCTCCCTCCCT-CCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25346451 C-CCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCTCCC-CGTCTCC-CCCCTCT-CCCC-
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25346499 CTCCTCCTCCACCCT-C-CCTCCCCTCCTTCCCT-CT-CCC-CCCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * *
25346544 CTCCCCCCTCCCCCC-CCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTCT-TCTTCTCCCTCTT
1 CT-CCCCCTCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* * *
25346595 CTCCTTACCTCCCTACC-CCTACCCCCC-CCCTCCC-CCT--CC-CTCCCCCT
1 CTCC--CCCTCCC-CCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25346642 -TCGCTCCTCTCCCCT--TCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCC-
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCT-CC-CTCCTACCCTCTCCC--CCT
* * *
25346693 CTTCCCTCCTCCCCTCC-CCTCCTCTCCCCT-CC-CCCTCTTCCCCTC-CCCCCC
1 C-TCCC-CCTCCCC-CCTCCTCC-C-CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25346744 CTCTCCC-CCCCCCTCCTCCCCTCCTCCC-CCCTTCCCCT-CCC-CTCCTCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCC-T--CCTACCCTCTCC-CCCT
* *
25346794 CCTCCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCCC-CCC-CTCT-CTTCCC-C-CCCCC-
1 -CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25346840 CTCCTCCT-ACCCCT-CTCCCCCTCCTTACCTCCC-CC--CCC-C-CCCCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CC-TCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* * * *
25346886 CTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCC-CCCTCCCTCCT-CTCCCCTCCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CC-T-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCCCCT
* * *
25346938 CT-CCCCTACCCCCTCTTCCCCCCC-CCCTTCCC-CCTCTCCCTTCTCCTCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCC-TCCCTCCT-ACCC-TCTCC-CCCT
* * **
25346989 C-CCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCC-CTCTCCC-CC-ACCCCCTTTCCCT
1 CTCCC-C-CTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * * *
25347038 CCCCCTACCCTCTCCCCTCC-CTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCT
1 -CTCC--CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* * **
25347092 CTCCCCCCCCTCCCCTCC-CCCCCCCTCCCCCCCTCC--CCCTCTCCTTCT
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25347140 CCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCC-CCCCCCCCCCTACTCC-C-CCCTCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCC-CCT
* *
25347190 ACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCC--CCCTCTACCTCCCT
1 -C-TCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCC-CCTCCC--TCCCTCCTACCCTCT-CC-CCCT
* * * *
25347246 ACCCCCCCCTCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT-CCCTACCCCTCCCTT
1 --CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCC-CCCCCTC----C-CTCCCTCCTACCCT-CTCC-CCC-T
** * * *
25347307 ACTCCTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCTTACCCCT-CCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCT
1 -CTCC-CC-C-TC-CCCCCTCCTCCC---CCCCTCCCTCCCTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * *
25347365 CTCTCCCTCCCTCCCCGTCC-CCCCTCCTCCTCTTCCCTCCT-CCCCCTCCCCC-
1 CTCCCCCT-CC-CCCC-TCCTCCCCCCCTCC-C-TCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25347417 CCCCCCCCCCTCCCCTCC-CCCCTCCTCCCTCCCTCCT-CCTCCCTCCCTCCT
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CTCTCCC-CCT
25347468 CTCTCCCTACTCTCCCCC-CC-CCCTACCCCTCCC-CCCTCCT-CCC-C-CCCGCCT
1 CTC-CCC--CTC-CCCCCTCCTCCC--CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* *
25347519 C-CCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCT
1 CTCC-CCCTCCCCC-CTC-CTCCC--CCCCTCCCTCC-CTCCTAC-CCTCTCCC-CCT
* *
25347576 CT---CCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCC-CCT-CACT-T-CCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCC-CCC-CCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25347622 CTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTAC-ACCC-CT-CCCC-
1 C-TC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCT-CCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25347672 CT-CCCCTCCCCCCTCC-CTCCCCCT-CC-CCTTCCTA-CC-C-CCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * * **
25347715 -TCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTC-CCTA-CCTCTCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25347763 CTCCCCCTATTTCCCTCTCTACC-CCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCT
1 CTCCCCC----TCCC-CCCT-CCTCCCCCCC-T--CCCT-CCCT-CCTACCCTCTCCCCCT
** ** *
25347823 CT-CTTC-CCCCCCTCCTACTTCCCC-CCC-CCCT-CTCCCCTCTCCCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* * *
25347870 CCTCTCCCTCCCCCCTCC-CCCCCTCCT-CTTCCC-CCT-CCCTCCCCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* ** * * * * * *
25347918 CCTTCTACTCTCTCC-CCTCTCCCTCTCCCTCCC-CCTCCCCTCTCCCCTCC
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* ** * *
25347968 CTACCTACCCT-CCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCC-CCCCTC-CCTCCCT
1 CT-CC--CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCC-CCCT
* * *
25348019 C-CCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCC-CCC-CCTCTTCGT-CCCCCT-CCCCT
1 CTCCCCCTCCC-CCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCC-C-TCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25348068 C-CCCTACTCCCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCTCCCT-CT-CCCTC-CCCTCT
1 CTCCC-CCTCCCCCC-TCCTCCCCCCCT--CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
25348117 C-CCCCCTCCCCCC-CCTTCTCCCCCCT-CC-CCC-CCTACCCCTCCTCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCC-TC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTA-CCCT-CTCCCCCT
* * *
25348166 C-CCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCTACCCCCCCCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCC--CC-CTCCTCCCCCCCT-CCCT-CC-CTCCTA-CCCTCTCCCCCT
* *
25348223 CTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTCCCCCCCTCCCCTCTCCCTACCCTC-CCCCCT
1 CT-CCCCCTCC--CCCCTCCTCCCC-CCCTCCCT--CC-CT-CCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25348280 C-CTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCTCC-CCCTCC
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCC
25348311 TCTCTTCCCC
Statistics
Matches: 3316, Mismatches: 526, Indels: 1203
0.66 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.01
43 18 0.01
44 34 0.01
45 56 0.02
46 113 0.03
47 159 0.05
48 335 0.10
49 358 0.11
50 329 0.10
51 397 0.12
52 334 0.10
53 313 0.09
54 220 0.07
55 128 0.04
56 98 0.03
57 110 0.03
58 131 0.04
59 73 0.02
60 62 0.02
61 9 0.00
62 4 0.00
63 10 0.00
64 1 0.00
65 5 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (50 bp):
CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
Found at i:25344007 original size:112 final size:107
Alignment explanation
Indices: 25343839--25349402 Score: 493
Period size: 105 Copynumber: 51.1 Consensus size: 107
25343829 CCCTCCTTCC
* * *
25343839 CCCTCC-CCCTCCCCCTAACCCCCTCCTCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCT-CCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
*
25343903 TCTCCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCTCCCT-
64 CCT-CCCCCCTCTCCCCCTCCCCCC-CCTCCCCCCC-CTCCTCCCTA
* *
25343949 CTCTTCCTACTCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCT-TCCCCTCCTCCTACCCTCTC
1 C-CCTCCT-C-CCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCCCTC
* * * * *
25344013 CCCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCTA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
**
25344059 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCTCCTTCCTA-CTCCC-CCCCTCCTCTCGACT-C-CT-CCCCCTCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCC-CC-TCCTACCTCCCTCCCC-CCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* * * * * *
25344119 TCCT-ACACCTAC-CATCCCTCCCCCCCCTCTACTCTCCCCTCCTCCTCTC
63 CCCTCCCCCCT-CTC-CCCCTCCCCCCCCTC--C-CCCCCCTCCTCC-CTA
* * * * * * **
25344168 CCCCCCTCTCTCCCC-CCCTCCTCTCT-CC-CCCCCCCCCCTTTTCCCCCTCCTCT-CCTTCTCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTC-CTACCTCCCTCCCCCC-TCT-CCCCTCCTCTACCCCCTCC
25344229 CTTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCATCCTACCCCTCTCCCCTCCCTCCCT-
63 C--CCTCCCCCCTCTCCCCCTCCC-CCC--CCT--CCC-C-CCCCT-CCTCCCTA
*
25344282 CTCC-CCTCCCCCTCCCTACCTCCCCTACTACTCTCTCCTCCCTTCCC-CTCCCC-CCTCT-CCC
1 C-CCTCCTCCCCC-CCCT-CC-CCCCTCCTAC-CTC-CCTCCC--CCCTCTCCCCTCCTCTACCC
*
25344343 CCTACTCTACCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCC-CGCCCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTA
58 CCT-C-C--CCCTCC-C--CCCT-CTCCCCCTC-CCCCCCCTCCCCCC-CCT--CCTCCCTA
* * * * *
25344404 CCTCTCCTACCCCCCCTCTCCCCTCCCT-CCCCCCT-CCCCCTC-CCCCTACCCCTCCCCCCTTC
1 CC-CTCCTCCCCCCCCTCCCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC-TC
** * * * * *
25344466 TCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCTCC-CTCTC
62 -CC-CCTCCC--CCCTCTCCCCCTC-C-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * * * *
25344517 CCCT-TTCCCCTCCTTCCTCTCTCCT-CCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTACTCTCCTACCCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCC-CTCC-CC-CCTCTCCCCT-C-CT-CTA-CCCC
25344580 CTCTCCCCTCCCCCC-CT-CCCCT--CCCCCCTCCCCCCCTCTACC-CCC--
59 CTC-CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCC-CT-CCTCCCTA
* * * *
25344625 CCCCCCTTCCCCCTCCTCCCTCCCT-C--CCTCTCT-CTCCCTC-CCCCT-CT-TACCCTCCTCC
1 CCCTCC-TCCCCCCCCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCTCC
* ** * *
25344683 CCCGTCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCCCCT-TTCCTCCT-CTACCTA
63 CCC-T-C-CCCCCTCTCCCC-CTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * ** ***
25344730 -CATCCCCCCCCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTTC-CCTC-ACCCCCTCTC
1 CCCTCCTCCCCCC-CCT-CCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC-C
* * * * * **
25344792 TCCT-CTCCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCCCCTTACCC-CC-CCCCC
63 CCCTCCCCCCT-CTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCC---CCCTCCTCCCTA
* * *
25344838 CCCTTCTCCCCTCCTCC-CCCCCTCTCCATTCCTTCCC-CTCCCCTCT-CCCTACC-C--CCCCC
1 CCCTCCTCCCC-CC-CCTCCCCC-CTCC-TACC-TCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC
* * *
25344897 TCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTACCTCCTCC-CCCTCCCCCTACCTCCCTC
60 TC-CCCCTCCCCCCTCTC-CCCCTCC--CC-CC-CCTCCC-CCCCCT-CCTCCCTA
** * * * * *
25344952 CCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCTCCCTA-AGCCTTCCTCCCT-TTCCCTACTC-GCCCTCCT
1 CCCTCCT-CC-CCC-CCCTCCCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCT
* * * * **
25345014 CCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCTCCTACCTACCCTCTCTCCCT-
61 CCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCC-CCCCTCCCCCCCCTC-CTCCCTA
* *
25345062 CTTCTCCTTCTCCCTCCCC-CCCCCCTCCTCCCTAACCCTTACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTAC
1 C-CCTCC-TC-CCC-CCCCTCCCCCCTCCTACCT--CCC-T--CCCCCCTCTCCC---CTCCT-C
* *
25345126 TACCCTCCCCCCTAACCCTCCTCCCCTCT-CCCCTCCCCCCTTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCTTT
53 TA-CC-CCCTCC---CCCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCCCCC--CCTC-CCCC-CCCTCCTCC-CT
25345190 A
107 A
25345191 CCC-CCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCCCTACC-CCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCC-CGT-C
1 CCCTCCTCC-CC-CCCCT-CCCC-CCT-CCTACCTCC-CT-CCCCCCTCT-C-CCCTCCTC-TAC
* * * *
25345252 CCTCT-ACCC-CCCCCCTC-CCCCTTCCCCCTCCC-CCTCCCCC-CCTCTCCTAA
56 CCCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCTCCTC-CCT-A
* * ** * *
25345302 CCCTTCTCCTCTACCT-CCCCCTCC--CTCTCCAC-CCCCCCCCT-CCCTCCT-TA-CCTCTCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTAC-CTCC-CTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * * *
25345360 CC-CCTCTCCTC-CCCCTTATCCCCCCCCTCTTCCCCCC-CCTACC--
64 CCTCC-CCCCTCTCCCC--CTCCCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25345403 CCCTCCTCTCCCTCCCCGTCTCCCCCTCC-CCCTTCCCACTCCCCCC-CTCCTCCCTCCTC-GCC
1 CCCTCCTC-CCC-CCCC-TC-CCCCCTCCTACC-T-CC-CTCCCCCCTCT-C-CCCTCCTCTACC
* * ** *
25345465 TCCCTCCCTCT-CCCCTTCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCTCCTCCTCTCCTCGCCTT
57 -CCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCC-C-CTC-CCCCCCCTCCC-CC-CC-CTCCTC-CCTA
* * *
25345523 CCCTACC-CCCCCTCCCTTCTCCCCCCCCTACCCCCCTCCTCCC-C-CCCCT-CT-TACCCCCTC
1 CCCT-CCTCCCCC-CCC-TC-CCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC
** ** *
25345583 CTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCTCTACCCCTCCCCTCC-CCCT-
62 C-CCCTCCC-CCCTCT-CCCCCT-CCCCCCCCT-CCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * ** * *
25345633 CCTCTTCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCT-CCTCTCGTTCCCCCTCTCTCTTCTCCT-T-TCCTC
1 CC-C-T-CCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTC-C-CTCCCCC-CTCTCCCCTCCTCTACCCCC
** * * * *
25345695 TCCCCCCTCCCCCC-CTCCTCCCT-CCTACCTTACCCCCTCTCCCCCCT-
60 T-CCCCCTCCCCCCTCTCC-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
*
25345742 CCCTCC-CCCTCCCCCCCCCTCCCTCC--CCTCTAACC-CCCCCCTCTGCCTCC-CC-CTACCTC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCTCCC-CCCTCCTACCTC---CCTCCCCCCTCT-CC-CCTCCTCTACC-C
* * **
25345801 CCTCCCCCT-CTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCC-CCT-CC--
58 CCTCCCCCTCCCCCCT-CTCC-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25345847 CCCTCCT-ACCCCCTTCCCCTATCTCC--CCT-CC-CCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCT-CCCCTC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCC--CCTCCTACCTCCCTCCCCCCTC-T-CCCCTCCT-CTACCCC-C
** * * * *
25345906 TCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC-CTCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCC--CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCTA
* * *
25345955 CCCT-CTCCTCCCCTCC-CCCCCCTCC--CCTACCTCCTCCCTCT-CCC-CCTCTCCCCCCTCCC
1 CCCTCCTCC-CCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * *** *
25346014 TCTCCTCTCCTC-CCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTT
64 CCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCC-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTCC-CTA
* * **
25346060 CCC-CCT-CCCCCTC-CCCCCCTCCTA-C-CCCTCCCCCCTCTCTTCC-CCTCCCCGCCCCTCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTC-CCCTCCTCTAC-CCCCTCCC
* ** **
25346119 CCT-CCCCCTC-CCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCCCC
64 CCTCCCCCCTCTCCCCCT-CCCCCCCCTCC--CCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25346164 CCCTACC-CCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCC-CCCCCC-CTCCCCT-CTCCCCCCCCT-
1 CCCT-CCTCCCCCC--CCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC
* *
25346224 CCCCTCCCCCC-C-CCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCT--CCT-CCCTA
* * *
25346271 --CGCC-CCCCCCCCTCCCTACTCC-CCTTCC-CCCTACCCCCC-CTCCCCCTCCCCT-CCCCC-
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCC--C-CCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCCCCT
* * *
25346328 CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCC-CCTCCCTCCCT-CTCCCTCTCC-CCC--
61 CCC-CCTCCCCCCTCTCCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25346373 CCC-CCTTCCCCCCTCCTCTCCCCT-C--CCT-CCT-CCCCCTC-CCCCTACTCCCCCCCCCTCC
1 CCCTCC-TCCCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCCCT-C
* *
25346431 CCCCTCCCTCCCTCT---CCTCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCT-
62 CCCCTCCC-CCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCC-CTCCTCCCTA
* * * * *
25346475 CCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCT-CCACCCTCC-CTCCCCTCCT-T-CCCTCT-C
1 CC-CTCC-TCCCCCCCCTC-CCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* *
25346534 CCC-CCCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCC-CCTCCCCCCTCCCTTCCTT
63 CCCTCCCCCCTCT-CCCCCTCCCCCCCCTCC-CCCCCCT-CCTCCCTA
* * * ** **
25346580 CTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCTACCC-CCCCCCTC-CCCCTCC-CT-CCCCC
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCC-CCCCT-CCTA--CCT-CCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC
* * * ** *
25346641 TTCGCTCCTCTCCCCT-TCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCTACCC-CCTCCCTT
60 -TC-CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCC-CCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
*
25346691 CCCT--TCCCTCCTCCC-CTCCCCTCCT--CTCCC-CTCCCCCTCTTCCCCTCC-C--CCCCCTC
1 CCCTCCTCCC-CC-CCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTCCTCTACCCCCTC
* * *
25346747 TCCC-CCCCCCTC-CTCCCCTCCTCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTC
62 CCCCTCCCCCCTCTC-CCCCTCC-CCCCCC-TCCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * * *
25346795 CTCCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCC-CC-CCCTCTCTTCCCCC-C-CCCCTCCTCCTACCCCTCT
1 C-CCTCCTC-CCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCC-CT
**
25346856 CCCCCTCCTTACCTC-CCCCC-CCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTA
61 CCCCCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCCCCCC-CTC-C-CCC-CCCTCCTCCC-TA
* * * * * * * *
25346907 CCCCCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCCC
1 CCCTCCTCCC-CCC-CCTCCCCCCTCCTAC-CT-CCCTCCCCCCTC-T-CCCCTCCTCTACCCCC
* * * * *
25346972 TCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCT-CTCCCCCA
60 TC-CCCCTCCCCCCTCTCCC--C-CTCCCCCC-CCTCCCC-CCCCTCCT-CCCTA
* * *
25347026 CCC-CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCC--CCTCCCT-CCCCCTACTCTCTCTCCTC--CCCCCT
1 CCCTCC--TCCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCT-CTC-CCCTCCTCTACCCCCT
*
25347085 CCCCTCTCTCCCCC-CCCTCCCCTCCCCCCCC-CTCCCCCCCTCC-CCCT-
61 CCCC-CTC-CCCCCTCTC-CCCCTCCCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * * *
25347132 CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCT-CC-CCC-CCCCCC-CCCCCCTACTC--CCCCCTCCTA
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC-C
* * *
25347191 CGT-CTCCCTC-CTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTA
64 CCTCCCCCCTCTC-CCCCTCCCCCCCCTCC-CCC---CCCTCCTCC-CTA
* ***
25347239 -CCTCCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCT-CCTCCC-CCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTA-CCC
1 CCCT-CCT-CCCCCCCCTCC-CCCCTCCTACCTCCCTCC-CCCCTCT-CCCCTCCT--CTACCCC
* * * * * **
25347300 CT-CCCTTACTCCTCCTCT-TCTCTACCTCCTCCCT--TACCCCTCCTCCCT-
59 CTCCCCCT-C-CCCCCTCTCCCCCT-CC-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25347348 CCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCT-CC-CCGT-CCCCC-CT--CCTCCTCTTCCCTCCTC
1 CCCTCC-TCCCCCCCCTC-CCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCTC
*
25347407 CCCCTCCCCCC-C-CCCCC-CCCTCCCCT--CCCCCCTCCTCCCT-
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25347447 CCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCC-CCCCCC-CTACCCCTCC-C--CCCTCC
1 CCCTCCTCC-CCC-CCCTCCCCCCT-CCTAC-CTCCCTCCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCC-CC
* * * * *
25347507 TCCCCCCCGCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTC
60 TCCCCCTC-CC-CCCT--CTCCCCCTCCC-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTA
**
25347562 CTCCT-CTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCT-CCTCCCTTCTACCCTC-CCCCTCACT-T-CCCCT
1 C-CCTCCTCCC-CC-C-CCTCCCCCCTCCTACCTCCC-TCCCCCCTCTCCCCTC-CTCTACCCC-
* * * *
25347622 CTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCT-ACACCCCTCC-CCCTC
59 C-TC-CCCCTCCCCCCT-CTCCCCCTC-CCCC--CCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * *
25347675 CCCTCC-CCCCTCCCT-CCCCCTCC--CCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCT-CCCTCCT-A
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCTCCCCTCC-TCTACCC-CCTCC
* * * * * *** *
25347734 CTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTCCCTCTCTA
63 CCCTCCCCCCTCTCCC--CCTC-CCCCCCCTCCCCC-CCCT-CCTCCCTA
* * * *
25347784 CCC-CC-CCCCTTACCCCTCCCCTC-CCTACC-CTCTCTCCCTCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCC
1 CCCTCCTCCCC---CCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTCCT-CTAC--CC
* * * *
25347845 CCCCCCCCTCTCCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTCC-CC-CCCT-
58 CCTCCCCCTCCCCCCTCTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCCC-CCTCCTCCCTA
* * * *
25347894 -CCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCCT-TCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCC-CT-CCCCCT-
1 CCCTCCTCCCCC-CCCT-CCCCCCTCCTACCT-CCCTCCCCCCTCTCCC-CTCCTCTACCCCCTC
* * ** * *
25347954 CCCCTCTCCCCTC-CCTACCTACCCTCCCCCT-CCTACCCTTCTCCC-C
62 CCCCTCCCCCCTCTCC-CCCT-CCC-CCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * ** * *
25348000 CCCTCC-CCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTC-CCCCCCCTCTTCGTCCCC-C
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCC-CCCCTCTCCCCTCCTCTAC--CCCCTC
* * *
25348062 TCCCCTCCCCTACTC-CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CTCCCTC
62 -CCCCTCCCC-CCTCTCCCCC-TCCCCC-CCCT-CCCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25348111 CCCT-CTCCCCCCTCC-CCCCCCTTCT-CCCCCCTCCCCCC-CTACCCCT-C-CT-CCCCCT-CC
1 CCCTCCTCCCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * *
25348168 CCTCCTCCCT-TCCTCTCCT-TCCCCCCTCCCCTCCCT-CT-CCTA
64 CCTCCCCCCTCTCC-C-CCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25348210 CCC-CC-CCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTCC-C-CCCCTCCCCT-CTCCCT-A
1 CCCTCCTCCCCCCC-CTCCCCCCTCCTA-CCTCCCTCCCC-CCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* * *
25348269 CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCT-CTCCTCCTCCCCTCCC-CCT-CCT-
63 CCCTCCCCCCT-CTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * ** * * * *
25348312 CTCTTCCCCCCCCCCCTCCTCTTCTTCT-CCTCCCTCTCCCCC-CTTCCCTTCTATCTACCCCTT
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCC-CCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTC-CTCTACCCCCT
* *** * ** ** * * *
25348375 ACTTATCCCCCTTCT-CTTCTTACCCCTCTCCCCCTCCT-C-CCCTC
61 CCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25348419 CCCTCTTCCCCTTTCGCCTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCCCC-CT-CCCTCC-C--CCCCC
1 CCCTCCTCCCC---CCCCT-CCC-CCCTCCTAC-CTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC
* ** * **
25348479 TCCCCCTACCCTTTCCCCCCCTACTCCCCCCC-CCCCTTTCC-CCTCCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCT-C-CCCCCCCTCCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * * *
25348527 CCCTCCTCCCCCCCCT-ACCCCTCCT--CT-TCT-CCCCCTCTCTCTCTCCTC--CCTCCCT-CG
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTC-CCCTCCTCTACC-CCCTCCC
* *
25348584 CTTCCCCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCT-CCCCCCCTCC-CTCCTA
64 CCTCCCCCCTCT-C-C-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTA
* * * *
25348630 CCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCT-CCTCCC-CCCACC-CT-CCCTCCCGCTACCCCCTC
1 CC-C-TCCTC-CCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCCTC
* *** * * ** * *
25348691 CCCTTCCTTACTCT-TCCCTGCTTCTCCTCCCCCCCCCTACTCTCCCCA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCT-CCCCCCCCT-C-CTCCCTA
* *
25348739 TCTCTCCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCC-CCCTCCTCCCCTCT-CCCTCC-C--C
1 -CCCTCCTC-CCCC--CC-CTCC-CC-CCTC-CTA-CCTCCCTCC-CCCCTCTCCCCTCCTCTAC
* * * *
25348799 CTCCCTCCCCCTTACCCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCCTCT-TCCCCCCTCCCCCCTT
56 C-CCCTCCCCC-T-CCCCCCT-CTC-CCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* ** *
25348855 CCCTCCTCCTACCCTTCC-CCCCCCTCCT-CCTCTACCTACTACCCTCTCTCCC-GCTCTA--CC
1 CCCTCCTCC--CCC-CCCTCCCCCCTCCTACCTC--CCT-CCCCCCTCTC-CCCTCCTCTACCCC
* * * *
25348915 CTACCCCC-CCTCCTCTCTCCCTTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTC
59 CT-CCCCCTCC-CCCCTCTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCC-CCCT-CCT-CCCTA
** * * * *
25348969 CCCTCC-CCCCCTTTCTCTCCCCTCC-CCCTCCC-CTCCCCCTCCCCCCTTTCCT-TCCCCCCTC
1 CCCTCCTCCCCC-CCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTCTCCCC--TCCTCTACCCCCTC
* * ** * *
25349030 TCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCCCTA
62 -CC--CCTCCC-CCCTCTC-CCCCTCC-CCCCCCTCCCCCCCCT-CCTCCCTA
* * * *
25349083 CCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCT-CTTTCCCT--CCCCTCTCCCCTACCTC-CCCCCC
1 CCCT-CCTCCCC-CCCC--TCCCCCCTCCTAC-CTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC
* *
25349144 TCCCTC-CCCCCCTCT-CCCCTACCCCTCCC-CCCCCCCCTCC-CCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCT-CCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
** *
25349188 -CCTCC-CCCTCCCCC-CCCCCCT-CT--CT---TACCCCCCTCTCTACTCCCCT-CCCCCTTCC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC-TCC
* * *
25349243 CCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCT-CTCCCTA
63 CCCTC--CCCCCTCTCCCCCTCCC-CCCCCTCCCC-CCCCTCCTCCCTA
*
25349291 --CTCCTTCCCCTCCCCTCTCCCCTCTCC--CCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCTCC-CT-CCTC
1 CCCTCC-TCCCC-CCCCTC-CCCC-CTCCTACCTCCCTC-CCCCCT-CT-CCCCTCCTCTACC-C
* * **
25349350 CCT-CCCCT--CTCCTCT-CCCCTCCCCCCCCTTCCCTACC-CCTCCC--
58 CCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
25349393 CCCTCCTCCC
1 CCCTCCTCCC
25349403 TTTACCCCAT
Statistics
Matches: 4026, Mismatches: 703, Indels: 1457
0.65 0.11 0.24
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.00
95 8 0.00
96 16 0.00
97 6 0.00
98 32 0.01
99 89 0.02
100 81 0.02
101 98 0.02
102 206 0.05
103 161 0.04
104 266 0.07
105 299 0.07
106 212 0.05
107 195 0.05
108 270 0.07
109 297 0.07
110 213 0.05
111 289 0.07
112 210 0.05
113 141 0.04
114 162 0.04
115 200 0.05
116 137 0.03
117 81 0.02
118 73 0.02
119 60 0.01
120 49 0.01
121 31 0.01
122 24 0.01
123 18 0.00
124 2 0.00
125 27 0.01
126 37 0.01
127 12 0.00
128 14 0.00
129 4 0.00
130 5 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (107 bp):
CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCCCC
TCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
Found at i:25344110 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25344031--25344122 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 22
25344021 CCCTCTCCCT
* * *
25344031 CTCCTCTCCCTCCCCT-CCCTC
1 CTCCTCTCACTCCTCTCCCCCC
*
25344052 CTCC-CTACCCTCCTC-CCCCCC
1 CTCCTCT-CACTCCTCTCCCCCC
*
25344073 CTCCCCTC-CTTCCTACTCCCCCC
1 CTCCTCTCAC-TCCT-CTCCCCCC
*
25344096 CTCCTCTCGACTCCTC-CCCCTC
1 CTCCTCTC-ACTCCTCTCCCCCC
25344118 CTCCT
1 CTCCT
25344123 ACACCTACCA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 15
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.05
21 24 0.41
22 13 0.22
23 14 0.24
24 4 0.07
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
CTCCTCTCACTCCTCTCCCCCC
Found at i:25344198 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25343857--25344199 Score: 115
Period size: 26 Copynumber: 12.7 Consensus size: 26
25343847 CTCCCCCTAA
*
25343857 CCCCCTCCTCCCTCCCTCCC-CTCT-C
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-CCCTCTCTCC
*
25343882 TCCCCTCCTCTAC-CCCCTCC-CTCTCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCCC-CCTCTCTCC
* *
25343908 CCCCCTCTCCCCCTCCCCCCTC-CTCC
1 CCCCCTC-CTCTCTCCCCCCTCTCTCC
*
25343934 CCCCCT-CTC-CTCCCTCTCTTCCTACTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-C-CCT-CT-CTCC
* * ** *
25343962 CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
* * **
25343988 CCCCTTCCCCTCCTCCTACC-CTCTCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCCCCCTCTCTCC
* *
25344014 CCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCTCTC-CC
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-C-CCTCTCTCC
*
25344041 TCCCCTCC-CTCCTCCCTACCCTC-CTCCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCC--CCCTCTCT-CC
** *
25344069 CCCCCTCC-C-CTCCTTCCT-ACTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
25344092 CCCCCTCCTCTCGACTCCTCCCC-CTCCTCC
1 CCCCCTCCTCT---CTCC-CCCCTCT-CTCC
* * *
25344122 TACACCTACCATCCCTCCCCCCCCTCTACTCTC
1 -CCCCCT-CC-TCTCT-C-CCCCCTCT-CTC-C
25344155 CCCTCCTCCTCTC-CCCCCCTCTCTCC
1 CCC-CCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
25344181 CCCCCTCCTCTCTCCCCCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCC
25344200 CCCCCCTTTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 35, Indels: 77
0.69 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.06
24 10 0.04
25 33 0.14
26 66 0.27
27 38 0.16
28 38 0.16
29 5 0.02
30 10 0.04
31 12 0.05
32 11 0.05
33 6 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
Found at i:25344202 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25344173--25344296 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 6.9 Consensus size: 17
25344163 CTCTCCCCCC
*
25344173 CTCTCTCCCCCCCTCCT
1 CTCTCCCCCCCCCTCCT
*
25344190 CTCTCCCCCCCCCCCCT
1 CTCTCCCCCCCCCTCCT
* *
25344207 -TTTCCCCCTCCTCTCCT
1 CTCTCCCCC-CCCCTCCT
*
25344224 -TCTCCCTTCCTCCC-CCT
1 CTCTCCC--CCCCCCTCCT
*
25344241 CTCCCCCTCCCTCCCATCCT
1 CTCTCCC-CCC-CCC-TCCT
* *
25344261 ACCCCTCTCCCCTCCCTCC-
1 --CTCTC-CCCCCCCCTCCT
25344280 CTCTCCCCTCCCCCTCC
1 CTCTCCCC-CCCCCTCC
25344297 CTACCTCCCC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 15, Indels: 22
0.69 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.12
17 43 0.53
18 10 0.12
19 2 0.02
20 6 0.07
21 3 0.04
22 5 0.06
23 2 0.02
ACGTcount: A:0.02, C:0.71, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (17 bp):
CTCTCCCCCCCCCTCCT
Found at i:25344214 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25344154--25344206 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
25344144 CCTCTACTCT
* *
25344154 CCCCTC-CTCCTCTCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
25344170 CCCCTCTCT--CCCCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
*
25344185 CTCCTCTCTCCCCCCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
25344202 CCCCT
1 CCCCT
25344207 TTTCCCCCTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.40
16 6 0.20
17 12 0.40
ACGTcount: A:0.00, C:0.77, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
CCCCTCTCTCCCCCCCC
Found at i:25344316 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 25343818--25353540 Score: 465
Period size: 45 Copynumber: 212.6 Consensus size: 46
25343808 TCCTCCTTCC
* * *
25343818 CCTCCCCCTCTCCCTCCTTC-CCCCTCCCCCTCCC-CCTAACCCCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT---CCCCTACT
* *
25343866 CCCTCCCTCCCCTCTCTCCC-CTCCTCTACCCCCTCCCT-CTCCCC--C-
1 -CCT--CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25343911 CCTCTCCCCCTCCC-CCCTC-CTCC-CCCCCT--CTCCTCCCTCT-CTT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCC-CTAC-T
* *
25343954 CCTACTCCCC-CCCTCCC-C-CCTCCTACCTCCCTCCCCCCTTCCC--CT
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25343999 CCTCCTACCCTCTCC-CCCTCTCCCCTCTCCCT--CTCCTCTCCCT-CC
1 CCT-CTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
*
25344044 CCTC-CCTCCTCCCTACCCTC-CTCCC-CCCCCTCCCCTCCT-TCCTACT
1 CCTCTCC-CCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * *
25344090 CC-C-CCCCT-CCT--CTCGACTCCTCCCCCT-CCTCCTACACCTACCAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTA-C-T
* * *
25344134 CC-CTCCCCCCCCTCTACTCTCCCCTCCTCCT--CTCC-CCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
**
25344175 -CTCTCCCC-CCCTCCTCTCTCCCC-CCCCC-CCCTTTTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25344216 CCTCTCCTTCTCCCTTCCTCCCCCTCTCCCCCTCCCTCC-CATCCTACC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
25344264 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTACCTCCCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * * * *
25344311 ACTCTCTCCTCCCTTCCC-CT-CCC-CCCTCTCCC-CCTACTCTACCCT
1 CCTCTCCCCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA--CT
* * ** *
25344356 CCTCTTCCCT-CCTCCC-C-CCGCC-CCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * *
25344400 CCTACCTCTCCTACCCCCCCTCTCCCCT--CCCTCCCCCCTCCCC--CT
1 CCT--CTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25344445 CCCCCTACCCCTCCC-CCCTTCTCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTCCTACTT
1 -CCTCT-CCCCTCCCTCCC-TCTCC-CCT-CC--CCCTC-CCTCCTC-C-CCTAC-T
* * * * * *
25344501 ACAC-CCCCTCCCTCTCCCCTTTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCCACT
1 CCTCTCCCCT-CC-CT-CCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25344550 CCTC-CACCTCTCCGCT-ACTCTCCTACC-CCCCTCTCCCCTCCCCCCCT-CC
1 CCTCTC-CC-CTCC-CTCCCTCTCC--CCTCCCC-CT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25344599 CCTCCCCCCTCCCCCCCTCTACCC-CCCCC-CCCTTC-CCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25344642 CC-CT-CCCTCCCTCTCTCT-CCCTCCCCCTCTTACCCTCCTCCCC--CGT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCC-C-T-CCCTCCTCCCCTAC-T
* * *
25344688 CCTC-CCCCTCCC-CCCTCTCCCC-CCCCTTTCCTCCTCTACCTACAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTAC-T
* * * * **
25344733 CCCCCCCCCT-CCTCCC-C-CCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCC-CTACT
25344777 CC-CTCACCC-CCTCTCTCCTCTCCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCCCCTTAC-
1 CCTCTC-CCCTCC-CTC-CCTCTCC--CCTCCCCCT-C-CCTCCT-CCCC-TACT
* * * *
25344829 CC-C-CCCC-CCC-CCTTCTCCCCTCCTCC-CCC-CCTCTCC-ATT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25344868 CCT-TCCCCTCCCCTCTCC-CTACCCC-CCCCTCTCCC-CC-CCCC-CCT
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25344912 -CTCTCCACT-CCTACCTCCTCCCCCTCCCCCTACCTCC-CTCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CT-CCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
* * *** * * *
25344956 -C-CT-ACCTCCCTCCCTCCCCCCTCCCTAAGCCTTCCTCCCTTTC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
25344999 CCTACTCGCCCT-CCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCC-CTCTCCTACCTAC-
1 CCT-CTC-CCCTCCCTCCCTCT--CCCCT--CCCCCTCCCTC-CTCC--CCTACT
* * *
25345051 CCTCTCTCCCTCTTCTCCTTCT-CCCTCCCCCCCCCCTCCT-CCCTAAC-
1 CCTCTC-CCCTC-CCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * * * * * *
25345098 CCT-TACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTACTACCCTCCCCCCTAACCCTCCT
1 CCTCT-CCCCTCC-CTCCCTCTCCCCT-C-CCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
* **
25345148 CCCCTCTCCCCTCCC-CCCT-TCCTCT-CCCCTCCCTCCTCCTTTAC-
1 --CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25345192 CCCCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCTCCC-CC-CCTCTACT
1 CCTCTCC-CCT-CCCTCCCTCT-C-CCCT-CCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25345242 CC-CTCCCGTCCCTCTACCCCCCCCCTCCCCCTTCCC-CCTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTC--CCTCTCCCCTCCCCC-TCCCTCCTCCCCTACT
* **
25345287 CC-C-CCCCTCTCCTAACCCT-TCTCCTCTACCTCCC-CCT-CCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC-CCT--CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25345330 CCAC-CCCCCCCCTCCCTCCTTACCTCTCCCCC-CCTCTCCTCCCCCTTA-T
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-C-T-CCCCTCCCCCTCC-CTCCT-CCCC-TACT
* *
25345379 CC-CCCCCCT-CTTCCC-C-CCCCTACCCCCTCCTCTCCCTCCCCGT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCC-CT-CCTCCCC-TACT
* * *
25345424 CC-C-CCTCC-CCCTTCCCACTCCCC-CCCTCCTCCCTCCTCGCCTCCCT
1 CCTCTCC-CCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * * * *
25345470 CCCTCTCCCCT-TCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCTCCTCCTCTCCT
1 -CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25345517 CGC-CTTCCCTACCC-CCC-CTCCCTTCTCCCCC-CCCTACC-CCCCTCCT
1 C-CTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCC--CTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25345563 CC-CCCCCCTCTTACC-CCCTC-CTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC---CCTCCCTCTC-CCCTCCC---C-CTCCCTCCT-CC--CCTACT
* * * * *
25345616 ACCCCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCTCCCCC-CCC-CCCCCCCTCCT
1 -CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25345662 CCTCTCGTTCC-CCCTCTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCC--C-
1 CCTCTC--CCCTCCCTCCCTC-TC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25345708 CCTC-CTCCCT-CCTACCT-TACCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCCCC--CT
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCT--CCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25345752 CCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCC-CCCCCT--CTGCCTCCCCCTACCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCT-CCCCTCCCCCTCCCT-CCT-CCCCTA-CT
* * * *
25345800 CC-CTCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCC-CC-CCCCTCCC
1 CCTCT-CCCCTCCCTC-CCT-CTCCC-C-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
** * *
25345848 CCTCCTACCCCCTTCCC-CTATCTCCCCTCCCCCT-CCTCTTCCCCCTCCT
1 CCT-CT--CCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
** * * *
25345897 CCTC-CCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCC-CCT
1 CCTCTCCC-CT--CCCTCCC-TCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25345945 -CTACTCCCCTCCCTCTC-CTCCCCT--CCC-CCC-CCTCCCCTACCT
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* * *
25345987 CCTC-CCTCTCCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCTCCCCTAAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCC-CTCCTCCCCT-ACT
* **
25346033 CCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCC-CCTCCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCC-C-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25346080 CCT-ACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-CCCT-C-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTC-TCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25346125 CCTCCCCCCT-ACTCCC-C-CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * ** * * *
25346170 CC-C-CCCCTTCCT-CC-CTCCCTTCTACTTCCC-CCCCCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25346210 CCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCC-CCCCC-CCCT-C-CCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25346251 CCTC-CCCCTACCCTCCCCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTC-
1 CCTCTCCCCT-CCCT-CCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25346298 CCCCTACCCC-CCCTCCCCCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCCT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
*
25346344 CC-C-CCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCC-CCC-CCTTCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCC-TCCCCTACT
*
25346387 CCTCTCCCCTCCCT-CCTC-CCCCTCCCCCT-ACTCC-CCCC--C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25346426 CCTCCCCCCTCCCTCCCTCT--CCTCCCCCT-CCTCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25346468 TCTC-CCTCCTCCCCGTCTCC-C-CCCTCTCCCCCT-CCTCCTCCACC--CT
1 CCTCTCC-CCT-CCC-TC-CCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * ** *
25346514 CC-CTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * ** * *
25346561 CCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCT-CCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCC-TCCCTC-TCCCCTCCC-C--CTCCCT-CCTCCCCTACT
* * * * *
25346612 CCTAC-CCCCCCCCTCCCCCT-CCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCC
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCC-TCCCT-C-CTCCCCTACT
* * *
25346660 CCCCCCCCCTCCCTCTCCTAC-CCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCT-CC--CCC-TCCCTCCTCCCCT--ACT
* **
25346713 CCTCTCCCCT-CC-CCCTCTTCCCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* *
25346758 CCTCCCCTCCTCCC-CCCT-TCCCCTCCCCTCCTCTCTCCTCCCCCT-CT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCC-CCTCCCTCCT-CCCCTACT
* * *
25346805 CC-C-CCTCCTCCC-CCC-C-CCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCTC-C--CCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* *
25346851 CCTCTCCCCCTCCTTACCTC-CCCC-CCCCC-CCCT-CT---CT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25346890 CC-CT-CCCT-CCTCCCGTAC-CCCC-CCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCC-T-CTCCCCTCCCCCTCCCT-C-CTCCCCTACT
* * *
25346935 CCTCTCCCCTACC-CCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCC-CCTCTCCCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCC-TCCCTCCTC-CCCTACT
* * *
25346982 CCTCCCTCCCCTCTCTCCC-C-CCTCCT-CCCCTCCC-CTCTCCCCCACCC
1 CCT--CTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTA-CT
* * * *
25347029 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCC-CCCTACT-CTCT-CT
1 CCTCTCCC-CTCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25347075 CCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCC-CC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25347121 CCCCTCCCCCTCTCCTTCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCC-CCCC--C-
1 CCTCT-CCCCTC-CC-TC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25347166 CC-C-CCCC-CCCT-ACTCCCCCCTCCTACGTCTCCCTCCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC--C-CCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25347209 CC-C-CCCCT-CCTCCCT-TTCCCTCCCCCT--CTACCT-CCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* ** * *
25347248 CC-C-CCCCT-CCTCTCCTC-CTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
** * * * * * *
25347292 CC-CTACCCCTCCCTTACTC-CTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCTTACC
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25347338 CCTC-CTCCCT-CCTTCCT-TCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGT-CC
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-C-CTCCCT-CCTCCCC-TACT
* * * *
25347385 CCCCTCCTCCT-CTTCCCTCCTCCCCCTCCCCC-CCC-CCCCCCCT-CC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCT-CT-CCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25347430 CCTCCCCCCT-CCTCCCTC-CCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCTCCCTCCTC-C-CCTACT
* * * **
25347476 ACTCTCCCC-CCC-CCCT-ACCCCTCCCCC-CTCCTCCCCCCCGCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25347519 CC-CTCCCTCCCCCTCCCTCT-CCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25347564 CCTCT-CCCT-CCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25347609 CCTCACTTCCCCTCTTCTCCC-CT-CCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTAC-
1 CCT--C-TCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* *
25347657 CCTACACCCCTCCCCCTCCC-CTCCCC-CCTCCCTCCC-CCTCCCCTTCCT
1 CCT-CTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * ** *
25347705 ACC-CCCCCCTTCCCTCCTTCT-CCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTA--
1 -CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCC--TCCCCTACT
* * *
25347752 CCTCTCCCCCTCTCC-CCCTATTTCCCT--CTCTACCC-CC-CCCCTTAC-
1 CCTCT-CCCCTC-CCTCCCT-CTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCC-TACT
* * * *
25347797 CC-CTCCCCTCCCTACCCTCT---CTCCCTCT-CTTCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25347839 ACT-TCCCC-CCC-CCCTCTCCCCTCTCCCT-CCTCCTCTCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
* *
25347881 CCCCTCCCC-CCCT-CCTCTTCCCCCTCCCTCC-CCC-CCTCCTTCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-T-CCCCTCCC-CCTCCCTCCTCC-CCTACT
25347927 -CTCTCCCCT--CTCCCTCT-CCCTCCCCCTCCC-CTCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* * *
25347967 CCTACCTACCCT-CC-CCCTCCTACCCTTCTCCCC-CCCTCC-CCCCTCCCT
1 CCT--CTCCCCTCCCTCCCT-CT-CCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* *
25348015 CCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCTTCGTCCCC--CT
1 -CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTC--C-TCCCCTACT
* * * *
25348063 CCCCTCCCCT-ACT-CC-C-CCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTC-CCCTACT
*
25348106 CC-CTCCCCTCTCC-CCC-CTCCCC-CCCCTTCTCCCCCCTCCCC--C-
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCC--CTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25348148 CCT-ACCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCTCCCT---TCCTCTCCTTCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25348190 CCCCTCCCCTCCCTCTCCTACCCCCCCCCCCCTCTCC-CC-CCTCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCC-CCTACT
* *
25348237 CCTTCCTCCCCTCCC-CCC-CTCCCCTCTCCCTACCCTCC-CCCCTCCT
1 CC-T-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25348283 CC-CTCCTCTCCTCCTCCC-CTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCT-CCCCTCC-C-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * **
25348332 CTTCTTCTCCTCCCT--CTCCCCCCTTCCCTTCTAT-CTACCCCTTACT
1 CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCC-TACT
** * *
25348378 TATC-CCCCTTCTCTTCTTACCCCTCTCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTTCCCCT-TT
1 CCTCTCCCC-TC-C--C-T--CCCTCT-CCCCT-C-CCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
*
25348433 CGC-CTCCCCTCCCT-CCTACTCTCCCTAGCCCCCTCCCTCC-CCCC-CCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCT-CTC-CCCT--CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25348480 CCCCCTACCCTTTCCCCCCCTACT-CCC-CCCCC-CCCT--TTCCC--CT
1 -CCTCT-CCC-CTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25348523 CC-CT-CCCT-CCTCCC-C-CCCCTACCCCTCCTCTTCTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCC-CTCCTCCCCTACT
* * ** **
25348563 CTCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTC-CCCCCTCTCCT-CTCCCTCCCCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCC-CTACT
* * * *
25348610 CC-CTCCCC-CCCTCCCTCCTACCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CT-CC-CCTCC-CCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* * * * *
25348659 CCTCCCCCCACCCTCCCTC-CCGCTACCCCCT-CC-CCTTCCTTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25348703 -CT-T-CCCTGCTTCTC-CTCCCC-CCCCCT-ACT-CTCCCCATCTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCC-T-ACT
* * * **
25348744 CCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCC-CCCTCCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCT-CTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25348791 CC-CTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCC-CCTCCTCTCC-CCTCCCC-CCT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTC-T-CCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25348837 CTTCCCCCCTCCC-CCCT-T-CCCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCC-T-CCTCCCCTACT
* * * * * * *
25348883 CCTCT-ACCT-ACTACCCTCTCTCC-CGCTCTACCCTACCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
*
25348929 -CTCTCCCTTCTCCC-CCCTCTCCCC-CTCCCTCCCTCCCCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCC--CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
* * * *
25348974 CC-C-CCCTTTCTCTCCC-CTCCCCCTCCCCTCCCCCTCC-CCCCT-TT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
*
25349018 CCT-T-CCC-CCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCT-CCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCCC-C-CTCC-CTCCTCCCCTACT
* * *
25349065 CGC-C-CCCATCCCTCCCTAC-CCTACC-CCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCC--CCTCCCCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25349113 -CT-TTCCCTCCCCTCTCCCCTACCTCC-CCCCCTCCCTCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCTCT-CC-CCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25349159 CCCCTACCCCTCCC-CCC-C-CCCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-C-CCTCCTCCCCTACT
* * * **
25349204 CCCCTCTCTTACCC-CCCTCTCTACT-CCCCTCCC-CCTTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCC-TCCCCTACT
* * * *
25349247 CTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCC-CTCCCCT-CC-CCTCTCCCTACT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
*
25349293 CCT-TCCCCT--C-CCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCT-CTCCCCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
* * * * * *
25349336 ACCCCTCCCTCCTCCCTCCCCTCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCTTCCCTACC
1 -CCTCT-CC-CCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * **
25349387 CCTCCCCCCT-CCTCCCTTTACCCCATCTTCC-CCCTCCT-CCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCCC-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25349431 --TC-CCCCTACCTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTACCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT--CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* * *
25349477 ACCTCCCCCCCTTTCCTCCCTC-CCTACCTACCCCC-CCCT-CT-CTCTACT
1 -CCT-CTCCCC-TCCCTCCCTCTCC--CCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
25349525 CCTC-CCTTCCT-CCT-CC-CT-CCCTCCCCCTCTCC-CCTCCCCCTAAC-
1 CCTCTCC--CCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCT-CCCCT-ACT
** * * * * * *
25349569 CCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTACCCTGCTCCTCCC-CC-CCCCTTCT
1 CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25349614 CC-CCCCCCTCCC-CCCCCACCTCCTCCCCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
* *
25349662 CC-CTCCCC-CCC-CCCTCTCCATCCTTCCCCCTCTCCTGATCTCTCCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC--CC-TCCCCCTC-CCT--CCTC-CCCTACT
* * *
25349712 CCCCCCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCCTTCC-CCCTTCCTACCCTAC-
1 CCTCTCC-CCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCC--CCTCCC-TCCTCCCCTACT
* * *
25349761 CCTCCTCCCCTCTTCTCCCCCT-CTCT-CCCCTCCC-CCTCCCC--C-
1 CCT-CTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25349803 CC-CTCCCCTCCTTACTCC-CT-ACC-CCCCCTTCCTCTTCCCCCAC-
1 CCTCTCCCCTCCCT-C-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25349846 CTCTCTTCCTCTCTTCCC-CCCCCTCTCCTCCCTCCTTACCCTCC-CCCCTACC
1 C-CTC-TCC-C-C-TCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CC-T-CCCTCCTCCCCTACT
* * *
25349898 CCCCT-CCCTCTCT-CC-C-CCCCT-CCTCTCCCCTCCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * **
25349939 CC-CACCCCT-CCTAACCTCCTCCTCTCCCCC-CTCCTCCTTACCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCT-CTCCCCTCCCCCTC-CCTCC-T-CCCCTACT
25349987 CCTCCTCTCCCTCCCT-CCTCT-CCCTCCTCCCTCCC-CCT-CCC--C-
1 CCT-CTC-CCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25350029 CC-C-CCCCT-CCT-TCTCCCCCCTCCCCTCTCCCT-CT-CCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25350070 CC-CTCCCCTTACCTCCCT-TCCCCT-CCCC-CCTTCCCTCCCTTACCT
1 CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTA-CT
* * * *
25350115 CCCCCCCCCTCCCTACCTCTCCCTCTCCCCCTAACCTCC-CTCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCT-CCCTCCTC-CCCTACT
* * *
25350162 CCTCTCCCCT--CTCCC-C-CCCCTTCCTCTTCCTCCT-CCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25350203 -CT-T-CCC-CCCTCTCTCTCTCCTCCCTCC-CCC-CCTCCCCTTAAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * * *
25350245 -C-CTCCCC-CCCTCCCT-TTCCC-CCTCCT-CCTACTAACCCCTTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT--CCCC-TACT
* *
25350288 CCCTCTTCCCC-CCC-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCCTCCT
1 -CCTC-TCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25350336 CCCCTCTTCCCCT-CCTCCC-CT--CCTCCCCC-CCCT-TTACCTCTACCT
1 --CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTA-CT
* * * * * *
25350381 CCTTCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCGCCCTCTCCC-CCT-CCCTCCCT
1 CC-T-CTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * *
25350429 CCTCT-CCTTCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCTACCTCCCTTC-CCCCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCC--TCTC-CCC-TCCC--CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * **
25350479 -CTCT-CCTTACC-CCC-C-CCCCTAATCCCCT-CCTACC-CCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT--CCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25350521 CCTCCCCCCT-CCTCTCTTACTTCCCCTCTCCCCTCCC-CC-CCCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-C-TCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25350568 CCCCTCCCC-CCC-CCC-CTCCCCTCTCTCTCTACTACC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCT-CCTCCCCTACT
* * *
25350611 CCCTCTCCCGTCCTCCTCCC-CTTCCCTCTCCCC-ACCT-CTCCCCT-C-
1 -CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25350656 CCTC-CCCGC-CCCT-CCTACT--TCT-CCCCTCCCTCTCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* ** * * * * *
25350698 TCTCTCCCCCTCTCC-CCTCTCTGGCTTCTCCC-CCCT-CTACCCTCCC
1 CCTCT-CCCCTC-CCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * ** *
25350744 CCTCTACCCC-CCCTACCCCCCCTCCCCTCCCTCCT-CTTCC-CCCCCCCC
1 CCTCT-CCCCTCCCT---CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * * * *
25350792 CCTCTACTCTCCCTCCC-CTCCTCTACCTCTCCC-GC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25350835 CCTCTCCTCC-CCCAT-CCT-TCCCCCCCCCCTCCCCTCCTCCCC-CCT
1 CCTCTCC-CCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* *
25350880 CC-C-CCCCTACC-CCCTCCTCCCCTCTCCCCTCTCTCC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25350923 AC-C-CCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTTCACCCCCCTCCTCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CC-CCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * *
25350969 CCTCTTCCCTCCTCCTCCCTCCCCCCCCCCCCTACC-CCT-CCCTA--
1 CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25351013 GC-CGCCCCT-CCTCCCCTCTCCCC-CTCCCC-CCTTCCTCTCCT-CG
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25351056 CC-CTCCCCTCCCT-CCTC-CCACCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25351102 CCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCCC-CCCCCT-CCTCC-CCCCTACCT
1 CCTCTCC--CCT-CCCTCCC-TCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* *
25351150 ACCTC-CCCC-CCCTACCC-CTCTCCCTACCCC-CCTTCGTCTCCCC--CT
1 -CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTC--CTCCCCTACT
* * * *
25351195 -CTCCCCCCTACCCTCTTCTCCCCCCCTCCCCTTCCC-CCTCCCC--C-
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
25351239 CCTC-CCCCTCTCC-CCCTCT--CCTCCCCCT-CCTCC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25351279 CCCTCTCCCTCTCCC-CCCTC-CCTCCTCCTACCC-CCCTCC-CCCCCACT
1 -CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCC-CCTCC--CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25351326 CCTC-CCTCCTCCTTCCCCCGCTCCTCTCCCTCTCCTCACTCCTCCCT-CT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTC-CT-C-CCCTACT
* * * * **
25351375 CCCCCTCCTCC-CCCTCCC-CTCTACCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCT
1 -CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
**
25351422 CCTC-CCCTCTCCCTCCC-C-CCCC-CCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-C-CTCCC-TCCTCCC-CTA-CT
* * * * *
25351470 ACTCTCCCCTCCC-CTCTCCCCCCTTCCCCTCAC-CCT-CCCTA-T
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25351512 -C-C-CCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCTCC-CCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCC-CTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25351555 CCTTTACCCTCCCTCCCCCTCTACCCTCCCCCCCCCCTTCTCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCCCT--CCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25351603 CCGCT-ACCTCCC-CCCCCCCCCCTCCTCCCCCCCTTCCCTCCCTCTTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCC-T-CCTCCC-C-TACT
* * * * *
25351652 ACCTATCCCCCCCCCTTCCCTCCCCCCATTACTCCC-CCCT-C-CCCCTCCT
1 -CCTCT-CCCCTCCC-TCCCTCTCCCC--T-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25351701 CCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCCCTCCCCTCCCCCTACT
1 -CCTC-TCCCCTCCCTC-CCT---CTCCCCTCCCCCT--CCCT--CCT-CCCCTACT
* * * * * **
25351758 -CTCCCCCCGACCCTCACTCCCCCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCT
1 CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCT-CCCTCCTCC-CCTACT
* *
25351807 CCTCCCTCCCTCCC-CCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTCGGCCCCCCTAC-
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCT-CCCCTC-CCCCT-CCCTC--CTCCCCTACT
*
25351857 CCTCTACCC-CCC-CCC-CTCCCCT-CCCCTCCCT-CTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25351897 CCCCT-CCCTCCCTCTCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCCCATCCCCCCTCCTCCTAAT
1 CCTCTCCCCT-CC-CTCCCTC-TC--CCCT-C-C--CCC-TCCCTCCTCC-CCTACT
** ** *
25351953 AATCTTACCTACCCCTCCC-C-CCCCTCCCTCTCCC-CCTCCCCTACCCCT
1 CCTCTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA---CT
* * *
25352001 CCCTTCTCCCTCTCCCTCCCT-TCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCC-TCT
1 -CC-TCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCC-CTC-CTCCCCTACT
*
25352051 CC-CTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCC-CC-CCCC--CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25352093 CCTCT-CCCTCTCTCTCCTCT-CCC-CCCCC-CCCT-CT-TCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25352134 CC-CTCTCCTTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCTCCCTCTCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCC-CT-CCTC-CCCTACT
* * * * *
25352180 CC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTACC-CCTCCCCTCCCTT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-C-CCTCCCTCCTCCCCT-AC-T
* * * * * *
25352228 CCTTCTCACCT-ACTCACTCTCCTCTCCCTCC-CCCT-CTCCCC-CCC
1 CC-TCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* ** *
25352272 CCTCT-CCC-CCCTCACCTCCTCCCC-CCTCCCT-ACTCCTCCCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25352317 CCCCT-CCCTCCC-CCTACTCTCCCC-CCCTCTCCCTCCT-CCCTCCGT
1 CCTCTCCCCTCCCTCC--CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTAC-T
* * * *
25352362 CCTCCCCCCT-CCTACCC-CTCCTCTCCCTCC-CCCTCCCCCCCTTCGT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTAC-T
* * * * *
25352408 -TTCTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTCCT-CCCTCCC
1 CCTCTCCC-CT-CCCTCCCT-CTCC-CC-TCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25352458 CCTCT-CTCTCCGCTCCC-C-CCCCTCCCCC-CCTTCCGCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25352500 CCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCCCT-CT-CCCTCCT
1 CC--TCTCCCCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25352548 CCTCTCCCC-CCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCC-CT-C-CCT-CTC-C-CCTCCCCCTCCCT-C-CT-CCCCTACT
* * *
25352602 CC-CTCCTCCTCCCTCCCTACT-CTCT-CTCCTCCCTCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25352647 CC-CCCCCCT-CCTCCTCTTCTCTCCC-CCCCCTACCCT-C-CCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-C-TCTC-CCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
*
25352690 CCTC-CCCTCTCTCTCCCT-TCCTCC-CTCCCCTCCCTTCC-CCCCT-C-
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCC-CCTC-CCCCTCCC-TCCTCCCCTACT
* *
25352734 CCCCT-CCCTCCCTCCCT-TCCCTCTCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCC-CCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
* * * * * *
25352781 CC-CTCCTCCCCCCTACCCTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCT-CCCTCCT
1 CCTCTCC-CCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
** * **
25352827 -CTCTCCCCTCCCTACCC-CT-CTTTCCCCC-CCCTACCTCTCCTTTT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* **
25352871 TC-CTCCCCT-CC-CCCTC-CCCCT--CCCTCCCTCCTGTCC--C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25352908 CC-C-CCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACTCCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCC--TCCTCCCCTACT
* * * *
25352952 CCT-TCCCCCCCCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCC-CCCACCTCTCCT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTC-CCTCTCC--CCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * * * *
25352999 -TTATCACCCCCCCTTACCC-CCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCA
1 CCTCTC-CCCTCCC-T-CCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCC-TCCCCTACT
* * *
25353048 CC-CCCCCCGCCCTCCC-CTCCCCCCCTTCCTCTCCCCTCTCTCCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC--CC-CT-CCCTC-CTCCCCTACT
* * * * *
25353095 CCTCTCCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCTCTCATCC-CCCCTTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCC-TACT
* * * ** * *
25353142 CCCTCCCCCCCCCCTCCCCTTTTTCCTCTCCCCTCCCT-CTCCTCC-GCC
1 -CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * * *
25353190 CCTGT-CCC-CCCTCTCTTTCCCC-CCCTCCTCCC-CCTCCTCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25353233 CCCCCCCCCTCCCT-CCTCCTCCTTCTCCCCCCCCCTCC-CCCCGTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCC-CCTCCCCCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * * * *
25353280 CCTACCTACCCCTACCTTCCCCCTTCTCTCACCCC-CCC-CCTCCTCCTCCT
1 CCT--CT-CCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * * *
25353330 CCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCC-CCCCCTCCCTCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25353376 CCTCCTACCCCCTACTCTCCCTC-CCCCT-TCCCTCTCC-CCTCCCTCT-CT
1 CCT-CT--CCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCC-CTACT
* *
25353424 CCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCCCCTCCCCTCTCCTCCCCTA-T
1 CCTCTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCT--CC-CTCCTCCCCTACT
* * *
25353475 CCCCTCCCC-CCCT-CCTCTCCCCTCCCCC-CCCTCC-CCCC-CCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25353516 CCTC-CCCCTCCCCCCCTCTCTCCTC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC
25353541 TAATCAAGTC
Statistics
Matches: 7157, Mismatches: 1160, Indels: 2721
0.65 0.11 0.25
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.00
36 16 0.00
37 32 0.00
38 64 0.01
39 125 0.02
40 207 0.03
41 284 0.04
42 431 0.06
43 596 0.08
44 667 0.09
45 874 0.12
46 858 0.12
47 789 0.11
48 681 0.10
49 557 0.08
50 346 0.05
51 264 0.04
52 130 0.02
53 66 0.01
54 69 0.01
55 42 0.01
56 22 0.00
57 25 0.00
58 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
Found at i:25344359 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25344328--25344772 Score: 128
Period size: 25 Copynumber: 16.4 Consensus size: 27
25344318 CCTCCCTTCC
*
25344328 CCTCCCCCCT-CTCCCCCTACTCTACCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCC--CCCTACCCT
**
25344356 CCTCTTCCCTCCTCCCCCCGCC--CCC-
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCC-CCTACCCT
25344381 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCTCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACC-CT
* *
25344409 CCTACCCCC-CCT--CTCCCCT---C-
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
25344429 CCTCCCCCCTCC-CCCTCCCCCTA-CC-
1 CCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCCTACCCT
* *
25344454 CCTCCCCCCTTCTCCTCCTCCCTACCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCCTACCCT
*
25344482 -CTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCT-CCCT
1 CCT-CCCC-C-CTCCT-C---CCCCCCCTACCCT
** ** *
25344514 -CTCCCCTTTCC-CCTCCTTCCT-CTCT
1 CCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCCTACCCT
*
25344539 CCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTACTCT
1 CCTCCCCC-CTCCTCC-CC-C-CC-CTACCCT
25344571 CCTACCCCCCT-CTCCCCTCCCC--CCCT
1 CCT-CCCCCCTCCTCCCC-CCCCTACCCT
25344597 CC-CCTCCCC-CCTCCCCCCCTCTACCC-
1 CCTCC-CCCCTCCTCCCCCCC-CTACCCT
*
25344623 CC-CCCCCCT--TCCCCCTCCT-CCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
* *
25344646 CCCTCCCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTTACCCT
1 -CCTCCC-C-C-CT-CCTCCCCCCCCTACCCT
*
25344678 CCTCCCCCGTCCTCCCCCTCCC--CCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCCTACCCT
* * *
25344704 -CTCCCCCC-CCTTTCCTCCTCTACCTACAT
1 CCTCCCCCCTCC-TCCCCCCCCTACC--C-T
* **
25344733 CCCCCCCCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCT
1 CCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCCTACCCT
25344761 CCCTCCCCCCTC
1 -CCTCCCCCCTC
25344773 TGTTCCCTCA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 42, Indels: 117
0.67 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.03
21 3 0.01
22 4 0.01
23 7 0.02
24 21 0.07
25 71 0.22
26 35 0.11
27 26 0.08
28 32 0.10
29 26 0.08
30 18 0.06
31 35 0.11
32 19 0.06
33 10 0.03
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.72, G:0.01, T:0.23
Consensus pattern (27 bp):
CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
Found at i:25344511 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25344432--25344609 Score: 177
Period size: 71 Copynumber: 2.5 Consensus size: 71
25344422 TCCCCTCCCT
*
25344432 CCCCCCTCCCCCTCCCCCTACCCCTCCCCCCT-TCTCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTC-
1 CCCCCCTCCCCCTCCCCCT-CCCCTCCCCCCTCTCTCCTCC-CCC-ACCC-CTCCACCTCTC-CG
25344495 CTACT-TAC-A
61 CTACTCTACTA
* * ** *
25344504 -CCCCCTCCCTCTCCCCTTTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTAC
1 CCCCCCTCCCCCTCCCC-CTCCCCTCCCCCCTCTCTCCTCCCCCACCCCTCCACCTCTCCGCTAC
*
25344568 TCTCCTA
65 TCTACTA
25344575 CCCCCCTCTCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCCCTC
1 CCCCCCTC-CCCCT--CCCCCTCCCCTCCCCCCTC
25344610 CCCCCCTCTA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 16
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
68 1 0.01
69 15 0.17
70 5 0.06
71 29 0.34
72 16 0.19
73 4 0.05
74 12 0.14
75 4 0.05
ACGTcount: A:0.05, C:0.69, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (71 bp):
CCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCTCTCCTCCCCCACCCCTCCACCTCTCCGCTACT
CTACTA
Found at i:25344677 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 25343817--25348314 Score: 351
Period size: 14 Copynumber: 322.1 Consensus size: 14
25343807 CTCCTCCTTC
25343817 CCCTCCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCT--CT
*
25343833 CCTTCCCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25343845 CCCTCCCCCTAACC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25343859 CCCTCCTCCCTCCCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25343874 CCCCTCTCTCCC-CTC-
1 -CCCTC-C-CCCTCTCT
* *
25343889 CTCTACCCCCTCCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25343904 CTCC-CCCCCTCTCC
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25343918 CCCT-CCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25343929 -CCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25343942 -CCTCCCTCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25343954 CCTACTCCCCC-C-CT
1 CC--CTCCCCCTCTCT
25343968 CCC-CCCTCCTAC-CT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
25343982 CCCTCCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25343994 CCCCTCCTCCTAC-C-
1 -CCCTCCCCCT-CTCT
*
25344008 CTCTCCCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344021 CCCTCTCCCTCTCCTCT
1 CCCTC-CCC-CT-CTCT
*
25344038 CCCTCCCCTCCCTCCT
1 CCCTCCCC-CTCT-CT
*
25344054 CCCT-ACCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344066 -CC-CCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344076 CCCTCCTTCCTACTC-
1 CCCTCC-CCCT-CTCT
*
25344091 CCC-CCCTCCTCTCGA
1 CCCTCCC-CCTCTC-T
25344106 CTCCTCCCCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25344120 -CCTACACCTACCATCCCT
1 CCCT-C-CC--CC-TCTCT
25344138 CCC-CCCCCTCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25344152 CTCC-CCTCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25344165 CTCC-CCCCCTCTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25344179 CCCCCCCTCCTCTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* *
25344194 CCC-CCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25344207 -TTTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25344219 CTCCTTCTCC-CT-T
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25344232 -CCTCCCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344245 CCCTCCCTCC-C-AT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25344258 -CCTACCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344270 CCCTCCCTCC-CTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25344284 CCCCTCCCCCTCCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25344299 ACCT-CCCCTACTACT
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
*
25344314 CTCTCCTCCCT-TC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25344327 CCCTCCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25344340 CCC-CCTACTCT-A
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25344352 CCCTCCTCTTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25344366 -CCTCCCCCCGCCCC
1 CCCT-CCCCCTCTCT
25344380 CCCTCCCCC-CTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25344394 CCC-CCCCCTACCTCT
1 CCCTCCCCCT--CTCT
*
25344409 CCTACCCCCCCTCTCCCCT
1 CC--CTCCCCCTCT---CT
*
25344428 CCCTCCCCC-CTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344441 CCCTCCCCCT-AC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344453 CCCTCCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344465 CTCCTCCTCCCTAC-C-
1 C-CCTCC-CCCT-CTCT
*
25344480 CTCTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344494 CCTACTTACACCC-C-CT
1 CC--C-T-CCCCCTCTCT
*
25344510 CCCTCTCCCCTTTC-
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25344524 CCCTCCTTCCTCTCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25344539 -CCTCCCCCACTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25344553 CCACCTCTCCGCTACTCT
1 -C-CCTC-CCCCT-CTCT
25344571 -CCTACCCCC-CTCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25344584 CCCCTCCCCCCCTC-
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25344598 CCCT-CCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25344609 -CC-CCCCCTCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25344621 CCC-CCCCCCCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25344633 CCC-CCTCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344646 CCCTCCCTCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344660 CCCTCCCCCTCTTACC
1 CCCTCCCCCTC-T-CT
*
25344676 CTCCTCCCCCGTCCTCC
1 C-CCTCCCCC-T-CTCT
25344693 CCCTCCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344706 CCC-CCCCCTTTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25344718 CTCCTCTACCTACATC-
1 C-CCTCCCCCT-C-TCT
25344734 CCC-CCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25344746 CCCCCCCCCCCCCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25344761 CCCTCCCCCCTCTGTT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
25344777 CCCTCACCCC-CTCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25344791 CTCCTCTCCTTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25344805 CCC-CCTCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25344817 -CCTCCCCCTTACCCC
1 CCCTCCCCC-T-CTCT
* *
25344832 CCCCCCCCCTTCTCCC
1 CCCTCCCCC-TCT-CT
*
25344848 CTCCTCCCCCCCTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* *
25344863 CCAT--TCCT-TC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25344873 CCCTCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
*
25344888 ACCC-CCCCCTCTCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25344902 CCCCCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25344916 CCACTCCTACCTCCTCC
1 CC-CTCC-CCCT-CTCT
25344933 CCCTCCCCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25344947 CCCT-CCCCTCCTACCT
1 CCCTCCCCCT-CT--CT
* *
25344963 CCCTCCCTCCCCCCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
***
25344978 CCCTAAGCCT-TCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
** *
25344992 CCCTTTCCCTACTCG
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25345007 CCCTCCTCCCTCTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25345021 CCC-CCTCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345031 CCCT-CCCCTCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
* *
25345045 ACCT-ACCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345058 CCCTCTTCTCCT-TCT
1 CCCTC--CCCCTCTCT
25345073 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25345084 CCCTCCTCCCTAAC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25345098 CCTTACCCCCCCTCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
* * *
25345113 CCCTTTCTCCTACT-A
1 CCC-TCCCCCT-CTCT
**
25345128 CCCTCCCCC-CTAA
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345141 CCCTCCTCCC-CTCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25345155 CCCCTCCCCC-CT-T
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25345168 CCTCTCCCCTCCCTCCT
1 CC-CTCCCC-CTCT-CT
*
25345185 CCTTTACCCCCTCCTCCT
1 CC-CT-CCCCCT-CT-CT
25345203 CCCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25345217 CCCT-ACCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345229 -CC-CCCCCTCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25345242 CCCTCCCGTCC-CTCT
1 CCCTCCC--CCTCTCT
*
25345257 ACCC-CCCCC-CTCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25345270 CCCTTCCCCCTC-C-
1 CCC-TCCCCCTCTCT
*
25345283 CCCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25345297 -CCTAACCCT-TCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345309 CCTCTACCTCCC-C-CT
1 CC-CT-CC-CCCTCTCT
* *
25345324 CCCTCTCCACC-CCCC
1 CCCTC-CC-CCTCTCT
25345339 CCCTCCCTCCT-TAC-
1 CCCTCCC-CCTCT-CT
* *
25345353 CTCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345367 -CCTCCCCCT-TAT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345379 CCC-CCCCCTCTTCCCCC
1 CCCTCCCCCTC-T---CT
25345396 CCCTACCCCCTCCTCT
1 CCCT-CCCCCT-CTCT
* *
25345412 CCCTCCCCGTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345426 CCCTCCCCCT-TC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345438 CCACTCCCCCCCTCCT
1 CC-CTCCCCCTCT-CT
*
25345454 CCCTCCTCGCCTCCCT
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
25345470 CCCTCTCCCCT-TCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25345484 CCCTCTCTCTCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25345498 CCCTCCCTCCTC-CT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* * *
25345512 CTCCTCGCCTTCCCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* *
25345527 ACC-CCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25345540 -TCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345552 -AC-CCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345563 CCC-CCCCCTCTTACC
1 CCCTCCCCCTC-T-CT
*
25345578 CCCTCCTCCCTCCCTTT
1 CCCTCC-CCCT--CTCT
*
25345595 CTCTCCCCC-CTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25345608 CAGCCTCTACCC-CTC-
1 C--CCTC-CCCCTCTCT
25345623 CCCTCCCCCTCCTCTT
1 CCCTCCCCCT-CTC-T
*
25345639 CCCTCCCCC-C-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345651 CCCCCCCTCCTCCTCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
**
25345667 CGTTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25345681 --CTTCTCCT-T-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25345691 CCTCTCCCCCCTCCCC
1 CC-CT-CCCCCTCTCT
25345707 CCCTCCTCCCTC-CT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25345721 ACCTTACCCCCTCTC-
1 -CCCT-CCCCCTCTCT
25345736 CCC-CCTCCCTC-C-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25345748 CCCTCCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345762 CCCT-CCCCTCT-A
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345774 ACC-CCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345786 GCCTCCCCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25345800 CCCTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345814 CTACTCCTCCCTCT-T
1 C-CCTCC-CCCTCTCT
*
25345829 CCC-CCTCCC-C-CC
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25345841 CCCTCCCCCTCCTACC
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
* *
25345857 CCCTTCCCCTATCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345871 CCCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25345885 -CTTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345897 -CCT-CCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25345909 CCCT-CCCTTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25345921 TCCTACCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345934 CCCTCCCCCCTCTACT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
*
25345950 CCC-CTCCCTCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25345964 CCCCTCCCCC-CCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
**
25345978 CCC-CTACCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25345990 CCCTCTCCCC-CTCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25346004 CCCCCCTCCCTCTCCT
1 CCCTCC-CCCTCT-CT
*
25346020 CTCCTCCCCTAACCCTCT
1 C-CCTCCCC---CTCTCT
*
25346038 CCCCTCCCCC-CCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25346052 CCCCTCTTCCCC-CTCC
1 -CCCTC--CCCCTCTCT
*
25346068 CCCTCCCCCCCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25346083 ACCCCTCCCCCCTCTCTT
1 --CCCT-CCCCCTCTC-T
* *
25346101 CCC-CTCCC-CGC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346112 CCCTCCCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346124 CCCTCCCCC-CTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25346138 CCC-CCCTCCTACCCCTT
1 CCCTCCC-CCT--CTC-T
* *
25346155 TCCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346168 ACCC-CCCCCT-TCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
*
25346182 CCCT-CCCTTCTACTT
1 CCCTCCCCCTCT-C-T
*
25346197 CCC-CCCCCCCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25346209 CCCTCTCCCCCCCCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25346224 CCCCTCCCCC-CCCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25346238 CCCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346251 -CCTCCCCCTACCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25346265 CCCCTACGCCCC-C-C-
1 -CCCT-C-CCCCTCTCT
*
25346279 CCC-CTCCCTACTC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* *
25346292 CCCTTCCCCCTACCCC
1 CCC-TCCCCCT-CTCT
25346308 CCCT-CCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346319 CCCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346332 CCC-CCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346344 -CC-CCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346356 CCCTCTCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346369 CCC-CCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346380 CCC-CCCTCCTCTC-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25346393 CCCTCCCTCCTC-C-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25346406 CCCTCCCCCTACTC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25346420 CCC-CCCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346432 CCCTCCCTCC-CTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25346446 -CCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346458 -CC-CCCCCTCTTCT
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25346471 CCCTCCTCCCCGTCTCCC
1 CCCT-C-CCCC-TCT-CT
25346489 CCCTCTCCCC-CTC-
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25346502 CTCCTCCACCCTCCCT
1 C-CCTCC-CCCTCTCT
25346518 CCCCTCCTTCCCTCTC-
1 -CCCTCC--CCCTCTCT
* *
25346534 CCCCCCCCCTCTCCC
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25346549 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346560 CCCTCCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25346572 CCTTCCTTCTTCTTCT
1 CCCTCC-CCCTC-TCT
*
25346588 CCCTCTTCTCCT-TACCT
1 CCCTC--CCCCTCT--CT
*
25346605 CCCTACCCCTAC-C-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* *
25346618 CCC-CCCCTCCCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
*
25346632 CCCTCCCCCT-TCG
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346645 CTCCTCTCCCCT-TCC
1 C-CCTC-CCCCTCTCT
* *
25346660 CCCCCCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346674 CTCCTACCCCCTCCCTT
1 C-CCT-CCCCCTCTC-T
*
25346691 CCCT-TCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346703 CCC-CTCCCCTCCTCT
1 CCCTC-CCCCT-CTCT
25346718 CCCCTCCCCCTCT-T
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25346732 CCCCTCCCCCCCCTCT
1 -CCCT-CCCCCTCTCT
*
25346748 CCCCCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346761 CCCCTCCTCCC-CCCTT
1 -CCCTCC-CCCTCTC-T
25346777 CCC-CTCCCCTCCTCT
1 CCCTC-CCCCT-CTCT
25346792 CTCCT-CCCC-CTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25346805 CCC-CCTCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346816 CCCCCCCCCTCTCTT
1 CCCTCCCCCTCTC-T
*
25346831 CCC-CCCCCCCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25346843 CTCCTACCCCTCTCC
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* * *
25346858 CCCTCCTTACCTCCCC
1 CCCTCC--CCCTCTCT
*
25346874 CCCCCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346888 CTCC-CTCCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25346901 CCCGTACCCCC-C-C-
1 CCC-T-CCCCCTCTCT
25346914 CCCTCCCTCCTCTC-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25346928 CCCTCCTCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25346941 CCCTACCCCCTCT-T
1 CCCT-CCCCCTCTCT
* *
25346955 CCC-CCCCCCCTTCC
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25346969 CCCTCTCCCTTCTCCT
1 CCCTC-CCCCTCT-CT
25346985 CCCT-CCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25346998 CCC-CCCTC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347009 CCCT-CCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347022 CCCACCCCCT-T-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347034 CCCTCCCCCTACCCTCT
1 CCCTCCCCCT---CTCT
*
25347051 CCC-CTCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347062 CCCTACTCTCTCTCCT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
*
25347078 CCCCCCTCCCCTCTCT
1 -CCCTC-CCCCTCTCT
*
25347094 CCC-CCCCCTCCCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* * *
25347108 CCCCCCCCCTCCCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347122 CCCTCCCCCTCTCCTTCT
1 CCCT-CCCC-CT-C-TCT
* * *
25347140 CCCTCCCCTCCCCCC
1 CCCTCCCC-CTCTCT
25347155 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347166 CCC-CCCCCCCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25347180 CCC-CCCTCCTACGTCT
1 CCCTCCC-CCT-C-TCT
25347196 CCCTCCTCCC-CTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25347209 CCCCCCCTCCTCCCTTT
1 CCCTCCC-CCT--CTCT
25347226 CCCTCCCCCTCTACCT
1 CCCTCCCCCTCT--CT
*
25347242 CCCTACCCCC-CCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25347256 -CCT-CTCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347267 -CCTCCCCCTCTAT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347280 -TCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347292 CCCTACCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25347306 TACTCCTCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25347319 --CTCTACCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347330 CCCTTACCCCTC-CT
1 CCC-TCCCCCTCTCT
**
25347344 CCCTCCTTC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347356 CCC-CCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347369 CCCTCCCTCCCCGTCCC
1 CCCTCCC-CCTC-T-CT
*
25347386 CCCTCCTCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347399 CCCTCCTCCCCCTCC
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* * *
25347414 CCCCCCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347428 CCCCTCCCCC-CTCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
25347443 CCCTCCCTCCTC-CT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25347457 CCCTCCCTCCTCTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25347472 CCCT---ACTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347482 CCC-CCCCC-CTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25347494 CCCTCCCCC-CTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
* *
25347508 CCCCCCCGCCTCCCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25347523 CCCTCCCCCTCCCTCT
1 CCCTCCCCCT--CTCT
* *
25347539 CCCTTCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347553 CCGCTCCTCCTCCTCT
1 CC-CTCCCCCT-CTCT
*
25347569 CCCTCCTCTCCTC-CC
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
*
25347584 CCCTCCTCCTCCCTTCT
1 CCCTCC-CC-CTC-TCT
*
25347601 ACCCTCCCCCTCACT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25347616 ---T-CCCCTCTTCT
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25347627 CCC-CTCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347639 -CCTCCCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347651 CCCT-ACCCTACAC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25347664 CCCTCCCCCTCCCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25347679 CCC-CCCTCC-CTCC
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25347692 CCCTCCCCTTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347705 ACCC-CCCCCTTCCCT
1 -CCCTCCCCC-TCTCT
25347720 CCTTCTCCCTCCTACTCT
1 CC--CTCCC-CCT-CTCT
*** *
25347738 -CCTCCTTTTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347751 ACCTCTCCCCCTCTCC
1 -CC-CTCCCCCTCTCT
**
25347767 CCCTATTTCCCTCTCT
1 CCC--TCCCCCTCTCT
*
25347783 ACCCCCCCCCT-TAC-
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
*
25347797 CCCT-CCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347810 ACCCTCTCTCCCTCTCT
1 -CCCTC-C-CCCTCTCT
*
25347827 TCC-CCCCCTCCTACTT
1 CCCTCCCCCT-CT-C-T
*
25347843 CCC-CCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347856 CCCCTCTCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347870 -CCTCTCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347882 CCCTCCCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25347894 CCTCTTCCCCCTCCCT
1 CC-C-TCCCCCTCTCT
*
25347910 CCCCCCCTCCT-TCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* *
25347924 ACTCTCTCCC-CTCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25347938 CCCTCTCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347950 CCCT-CCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25347962 CCCT--CCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25347974 ACCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
* *
25347988 ACCCTTCTCC-C-C-
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25348000 CCCTCCCCCCTCCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
25348015 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25348026 CCCTCCCTCCTCCCCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
25348042 CCC-CCCCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25348054 -CGT-CCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25348064 CCCT-CCCCTACTCCC
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
*
25348079 CCCTTCCCCCTCCCT
1 CCC-TCCCCCTCTCT
* *
25348094 ACCCCTCCCTCTCCCT
1 --CCCTCCCCCTCTCT
25348110 CCCCTCTCCCC-C-CT
1 -CCCTC-CCCCTCTCT
*
25348124 CCC-CCCCCTTCTCCC
1 CCCTCCCCC-TCT-CT
*
25348139 CCCTCCCCCCCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25348153 CCCTCCTCCCCCTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25348167 CCCTCCTCCCTTCCTCT
1 CCCTCC-CCC-T-CTCT
*
25348184 CCTTCCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25348196 CCCTCCCTCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25348209 ACCCCCCCCCCCCTCT
1 --CCCTCCCCCTCTCT
*
25348225 CCC-CCCTCCTACCCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
* * *
25348240 TCCT-CCCCTCCCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25348253 CCCTCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
25348268 ACCCTCCCCC-CTCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
25348283 CCCTCCTCTCCTC-CT
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
25348298 CCCCTCCCCCTCCTCT
1 -CCCTCCCCCT-CTCT
25348314 C
1 C
25348315 TTCCCCCCCC
Statistics
Matches: 3332, Mismatches: 505, Indels: 1291
0.65 0.10 0.25
Matches are distributed among these distances:
10 41 0.01
11 189 0.06
12 408 0.12
13 639 0.19
14 770 0.23
15 552 0.17
16 416 0.12
17 212 0.06
18 81 0.02
19 23 0.01
20 1 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (14 bp):
CCCTCCCCCTCTCT
Found at i:25344863 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25344734--25344976 Score: 193
Period size: 71 Copynumber: 3.4 Consensus size: 71
25344724 TACCTACATC
* * * * * *
25344734 CCCCCCCCTCCT-CCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTTCC-CT-CACCCCCTCTCTCCT
1 CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCTCCCC-CCC-CCCCCCTCT-CTCCACTCCTCCCCCCCTCTCCT
25344796 CTCCTTCCT
63 CTCCTTCCT
* *
25344805 CCCCCTCCTCCT-CCTCCCCCTTACCCCCCCCCCCCCT-TCTCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCAT-
1 CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCT-CCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTCCCCCCCTCTCC-TC
*
25344867 TCCTTCCC
64 TCCTTCCT
* *
25344875 CTCCCCT-CTCCCTACC-CCCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTACCTCCTCCCCCTC
1 C-CCCCTCCT-CCTACCTCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCT-CC-CC-CCCTCTC
*
25344938 C-C-CCTACCT
61 CTCTCCTTCCT
25344947 CCCTCC-CCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCC
1 CCC-CCTCCTCCTACCTCCC-CCCTCCCCCC
25344977 TCCCTAAGCC
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 15, Indels: 30
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
68 3 0.02
69 3 0.02
70 42 0.30
71 54 0.38
72 21 0.15
73 11 0.08
74 7 0.05
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (71 bp):
CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTCCCCCCCTCTCCTCTC
CTTCCT
Found at i:25344979 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25344931--25345090 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 7.4 Consensus size: 22
25344921 CCTACCTCCT
* *
25344931 CCCCCTCC-CCCTACCTCCCT-
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
25344951 -CCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
*
25344972 CCCCCTCCCTAAGCCTTCCTCCCT-
1 CCCCCT-CCT-A-CCTCCCTCCCTC
** * *
25344996 TTCCCTACT--CGCCCT-CCT-
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
* ** *
25345014 CCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
* *
25345036 CCCTCTCCTACCTACCCTCTCTC
1 CCCCCTCCTACCT-CCCTCCCTC
* * *
25345059 CCTCTTCTCCT-TCTCCCTCCCCC
1 CC-C-CCTCCTACCTCCCTCCCTC
25345082 CCCCCTCCT
1 CCCCCTCCT
25345091 CCCTAACCCT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 23, Indels: 25
0.68 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.07
19 11 0.11
20 14 0.13
21 8 0.08
22 17 0.16
23 23 0.22
24 8 0.08
25 16 0.15
ACGTcount: A:0.04, C:0.68, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
Found at i:25345809 original size:133 final size:135
Alignment explanation
Indices: 25345670--25346576 Score: 429
Period size: 134 Copynumber: 6.9 Consensus size: 135
25345660 CTCCTCTCGT
*
25345670 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCT
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCC-TCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCT-CCTTACCCCCTCT
*
25345735 CCCCCCTCCCTCCCCCTCC-C-CCCCCCT-C-CCTCCCCTCTAACCCCC-CCC-TC-TGCCTCCC
64 CCCCCCTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCT--CCCCCTCCCTTCTTGCCTACC
*
25345793 CCTACCTCCC
127 CCT-CCCCCC
* *
25345803 TCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCCCCCC-CCTCCC-CCTCC-TACCCCCT-TCC
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCTCTCC
* * *
25345864 CCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC
66 CC--CCT-CCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTACCC
25345929 CTCCCCCC
128 CTCCCCCC
* *
25345937 TCCCCC-CTCTAC-TCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCT-CCC
1 TCCCCCTCTCT-CTTCTCCTCCCTCTCC-CCCCT-CCCCCCCT--CCTCCCTCCT-CCT-TACCC
* ** * *
25345999 CCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCTC-CCCTAAC-CCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTT-
59 CCTCTCCCCCCTCCCTC-CCCCTCCTCTCCC-CCCTCCTCCTCCCCT-CTCCCCCTCCCTTCTTG
25346060 -C--CCCCT-CCCCC
121 CCTACCCCTCCCCCC
* ** * * * *
25346071 TCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCC-CCCTCC-CCCTCCCCCC
1 TCCCCCTCT-CT-CTTCTCCTCCCTCTC-CCCCCT-CCC-CCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCC
* *
25346134 TACTCCCCCCT-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACC-CC-CCCCT-TCCTCCCTCCCTTC-T-
61 T-CTCCCCCCTCCCT-CCCC-CTCCTCTCCCCCCT-CCTCCTCCCCTCTCC-CCCTCCCTTCTTG
* *
25346193 ACTTCCCC-CCCCCC
121 CCTACCCCTCCCCCC
** *
25346207 T-CCCCTCTC-CCCCCCCTCCC-CT-CCCCC-CCCCCCCTCC-CCCTCCTCC-T-CCCCCTAC-C
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCT-CTC
** * **
25346263 CTCCCCTACGCC-CCCCC-CC-CTCCCTACTCC-CCTTCCCC-CTACCCC-CCC-TC-CCCCT-C
65 C-CCCCT-C-CCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCC-TCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTAC
25346319 CCCTCCCCCCCC
126 CCCT--CCCCCC
* * * * * *
25346331 TCCCCC-C-C-CCTCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCC-CCC-CCCCCTTCCCCCCTCCT
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCC-CCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCT-CT
* * * * *
25346390 CTCCCCTCCCTCCTCCC-CCTC-CCCCTACTCC-CCCCCCCTC-CCCCCTCCCTCCCTCT-CCTC
64 CCCCCCTCCCTCC-CCCTCCTCTCCCC-CCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCT-TCT-TGCCTA
*
25346450 CCCCT-CCTCC
125 CCCCTCCCCCC
* * * * *
25346460 -CCCCCTCT-TCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCTCCACCCT-CCCTCCC
1 TCCCCCTCTCTCT-TCTCCT-CCC-TCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCC-CCT
* *
25346521 CTCCTTCCCTCTCCC-CCCCC-CCTCTCCCCCCTCCCCCCCCCCTC-CCCCCTCCCTTC
62 CTCC--CCC-CTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTC
25346577 CTTCTTCTTC
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 65, Indels: 175
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
121 6 0.01
122 12 0.02
123 17 0.03
124 20 0.03
125 26 0.04
126 33 0.05
127 38 0.06
128 28 0.05
129 13 0.02
130 17 0.03
131 16 0.03
132 45 0.07
133 76 0.12
134 91 0.15
135 70 0.11
136 24 0.04
137 20 0.03
138 17 0.03
139 27 0.04
140 13 0.02
141 6 0.01
142 6 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (135 bp):
TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCTCTCC
CCCCTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTACCCCTC
CCCCC
Found at i:25345898 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 25345835--25346002 Score: 217
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
25345825 TCTTCCCCCT
* *
25345835 CCCCCCCCCT-CCCCCTCCTAC-CCCCTTCCC-CTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCT
1 CCCCCCCCCTCCCCCCT-CTACTCCCC-TCCCTCT-CCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCTCCT
25345897 CCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
63 CCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
*
25345928 CCTCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCT-CCCCCCC-C-T-CCCCTACCTCC
1 CCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCT-CCTCC
25345989 T-CCCTCTCCCCCTC
65 TCCCCTCTCCCCCTC
25346003 TCCCCCCTCC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 12
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
89 18 0.26
90 7 0.10
91 1 0.01
92 6 0.09
93 24 0.35
94 12 0.18
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (93 bp):
CCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCTCCTCCT
CCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
Found at i:25346070 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 25345730--25353533 Score: 590
Period size: 98 Copynumber: 80.6 Consensus size: 94
25345720 TACCTTACCC
* *
25345730 CCTCTCC-CCCCTCCCTC-CCCCTCCCCCCCC-CTCCCTC--CCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTC-CCCTCTTCCCCCT---CCCCCCCTC-CCCT
* *
25345790 CCCCCTACCTCCCTC-CCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTT
61 -CCCC--CCTCCCTCTCCCC-CTCTC-CCCCCTCCCTC-T
* * * * *
25345829 CC-C-CCTCCCC-CCCCCTCCCCCTCCTACCCCCTTCCCCT-ATCTCCCCT--CCCCCTCCTCTT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCT-CCCCTCC--CCCCCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCCCCTCCCCTC
25345888 CCCCCT-CCTC-CTCCCCTCT-CCCCCTCCCT-T
62 CCCCCTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25345918 -CTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCC-CCTCTACTCCCCT-CCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCC
1 CCTCTCCT-CCCCT-CCCTCTCCCCTCC-C--C-CCCCTCCCCTCTTC-CCCCT-CCCCCCCTCC
* *
25345980 CCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
25346017 CCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCT--CCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCTCCTCCCCT--CCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * *
25346079 TCCTACCC-CTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCC-CG
64 CCCT-CCCTCT-CCCCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* * * * * * *
25346111 CCCCTCC-CCCTCCCCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTC-CCCCCCCTACCCC-
1 CCTCTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCT-CCCCCCCCTCC--CCTCTTCCCCCTCCCCCCCT-CCCCT
** * *
25346173 CCCCTTCCTCCCTC-CCTTCTACTTCCCCCCCCCCTCC
61 CCCC--CCTCCCTCTCCCCCT-C-TCCCCCCTCCCTCT
*
25346210 CCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACG
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCT-CT--TCCCCCT-CCC-CCCCT-C-
*
25346273 CCCCCCCCCCTCCCTACT-CCCCT-T-CCCCCTACCC-C-
57 CCCTCCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* *
25346308 CC-CT-C-CCCCTCCC-CTCCCC-CCCCTCCCCCCCCCTC-T-CCCC-CCCTCCCT-CCCTCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC-CC
* *
25346364 CTCTCCC-CCCCCCCT-TCCCCCCT-CCTCT
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25346392 CCCCTCCCTCCTCC-CCCTC-CCCCTACTCCCCC-CCCCTC--CCCCCTCCCTCCCTCTCCT-CC
1 CCTCT-CCTCC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * * *
25346451 CCCT-CCTCCCCCCCTCTTCTCCCT-CCTCC
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25346480 CCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCC-CCCT
1 CC-TCTCCTCCC-CTCCCTCTCC-CCTCC-CCC-CCCTCCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-
25346544 CTCCCCCCTCCC-C-CCCCC-CTCCCCCCTCCCT-T
59 CTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* ** * ** * *
25346576 CCT-TCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCTAC--CCCCCCCCTCCCCCT-CCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCCCCT-CCCCT-CTTCCCCCTCC-CCCCCTCCCCTC
* * *
25346637 CCCCTTCGCTCCTCTCCCCT-TCCCCCC-CCCCCT
62 CCCCCTCCCT-CTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25346670 CCCTCTCCTACCCCCTCCCT-TCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCC
1 -CCTCTCCT--CCCCTCCCTCTCCCCT-CC-CC-CCCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCC-CCTCC
* * * *
25346734 CCTCCCCCC-CCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCCTCCCC
58 CCTCCCCCCTCC-CTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCC-CTCT
* * * * *
25346773 CCTTCCCCTCCCCT-CCTCTCTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCC-CCCCCCTCTCTTCCCC
1 CC-TCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCCCCCTCCCCCC-CTC--CCCT
*
25346835 CCCCCCT-CCTCCTACCCCTCT-CCCCCT-CCT-T
61 CCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25346866 ACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCC-C--CCCCCTCCCTCCTCTC
1 -CCT-CTCCTCCCCTCC-CTCTC-CCCTCCC-CC-CCC-T-CCCCTCTTCCCCCTCCC-CCCCTC
* * *
25346928 CCCTCCTCCTCTCCC-CTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCC
57 CCCTCC-CCCCTCCCTCT-CCCCCTC-TCCCCCCTCCC-T-CT
* * * * *
25346970 CCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCC-ACCCCCTTT
1 CCTCT-CC-TCCCCTCCCTCTCC-C-CTCCCCCC-CCTCCCCT---CT-TCCCCCTCCCCCCCTC
* *
25347034 CCCT-CCCCCTACCCTCT-CCCCTCCCTCCCCCT-ACTCT
57 CCCTCCCCCCT-CCCTCTCCCCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* *
25347071 -CTCTCCTCCCCCCTCCC-CT-CTCTCCCCCCCCTCCCCTC--CCCCC-CCCTCCC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCT--CCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* *
25347129 CCTCTCCTTCTCCCTCCCCT-CCCCC-CCC-CT
64 CC-CTCCCTCTCCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25347159 CC-C-CC-CCCC-CCC-C-CCCCTACTCCCCCCT--CCTACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * *
25347215 CTCCTCCCT-T-TCCCTC-CCCCTCTACCTC-
64 C-CCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *** *
25347243 CCTAC-CCCCCCCT-CCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCT
1 CCT-CTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TCCC-CCTCCC--CCCCTCCC-
* *
25347306 TACTCCTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCT-TACCCCTCCTCCCTCCTT
59 --CTCC-CC-CCTCCCT--CTCC-CCCTCT-CCCC-CCTCCCT-C-T
* * * *
25347352 CCT-TCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCC
1 CCTCT-CCTCCCCTC-C-CTCTCCC-CTCC--CCCCCCTCC-CCTCTTCCC-CCT-CCCC-CCCT
* *
25347416 CCCCCCCCCCCTCCC-CTCCCCC-CTCCTCCCTCCCTCCT
56 CCCCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * *
25347454 CCTC-CCT-CCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCG
1 CCTCTCCTCCCCTCC-CTCTCCC--CTC-CCCCCCCTCC--CCTCTTCCCCCTCC-CCCCCTCC-
* *
25347516 CCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTC-CCTTCCCCTCCCTC-
58 CCTCCC-CCCTCCCTCTCCCCCTCTCC--CCCCTCCCTCT
* * *
25347554 CGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCC-CTTCTACCCTCCCCCTCACTTC
1 C-CT-CTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCC-CCTCC-CCTCTTC-CCCCTCCCCC-C-C-TC
* * *
25347618 CCCTCTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACA
57 CCCTC--C-CCCCTCCCT-CTCC-CCCTCTCCCCCCT-CCCT-CT
* * ** *
25347663 CCCCT-C-CCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCCCCCT-CCC-CTTCCTAC-CCCCCCCTTCCCTCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC-
* * *
25347723 TCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCC-C-
63 -C-CCCTCC--CTCTCC-CCCTCTCCC-CCCTC-CCTCT
* * * * * *
25347760 CCTCTCC-CCCTATTTCCCTCTCTACC-CCCCCCCTTACCCCTC-CCCTCCCTACCCTCTCTCCC
1 CCTCTCCTCCC---CTCCCTCTC-CCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCC-CCCT-CCCCCCCTCCC
* *
25347822 TCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCCCC-C-CCCCCTCTCCCCTCT
59 -CTC--CCCCCTC-CCT-CTCCCCCTCTCCCCC-CT-CCCTCT
* * * **
25347863 CC-CTCCTCCTCTCCCTCCCCCCT-CCCCCCCT--CCTCTTCCCCCTCCCTCCC-CCCCT-CCTT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCC
* *
25347922 CT-ACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCCT
66 CTCCCTCTC-CCCCTCT-CC-C-CCCTCCCTCT
* * * * *
25347954 CCCCT-CTCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCT-TCTCCCCCCCTCCCCCCT-CCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT--CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TCCCCCTC-CCCCCCTCCCCTC
* *
25348016 CCTCCC-CCC-C-CCCTCC-CTCCTCCCCTCCCCCC
62 CC-CCCTCCCTCTCCC-CCTCTCC-CCCCTCCCTCT
* * * *
25348048 CCTCTTCGTCCCCCTCCC-CTCCCCTACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCC
1 CCTC-TCCT-CCCCTCCCTCTCCCCT-C-CCCCCCCT-CCCCT-CTTCCCCCTCCC-C-CCCT-C
*
25348112 CCTCTCCCCCCTCCC-C-CCCCTTCTCCCCCCTCCC-C-
57 CC-CTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25348147 CC-CTACC-CCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCCTTCCTCTCCT-TCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCT
1 CCTCT-CCTCC-CCTCCCTCTCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCC-CCCTCCCCT
* * *
25348209 ACCCCC-CCC-C-CCCTCTCCCCCCTCCTACCCT-T
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCT-CCCTCT
* * * *
25348241 CCTCCCCTCCCC-CCCTC-CCCTCTCCCTACCCTCC-CCCCTCCTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCC-CTCCC--CCC-CCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCCCTCCCCT
*
25348303 -CCCCCTCCTCTCTTCCCC-C-CCCCCCT-CCTCTT
61 CCCCCCTCC-CTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTC-T
* * *** * * *** * * *
25348335 CTTCTCCT-CCCTCTCC-C-CCCTTCCCTTCTATCTACCC-CTTACTTATCCCCCTTCTCTTCTT
1 CCTCTCCTCCCCTC-CCTCTCCCCTCCC--CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCC-CCTC-CCCT
* * *
25348396 ACCCCTCTCCCCCTCCTCCC-CTCCCCTCTTCCC-CT
61 -CCCCCCTCCCTCTCC-CCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * * * *
25348431 -TTCGCCTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCCCCCT-CCCTC--CCCCC-CCTCCCCCTACCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCC---CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCC-CCCCCTCCCCT
** *
25348491 TTCCCC-CCCTACTCCCCC-C-CCCCCTTTCCC-CT
61 CCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCC-CTCCCTCT
* * * *
25348523 CC-CTCC-CTCCTCCC-C-CCCCTACCCCTCCTCTTCTCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCG
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCC-CC-C--CT-CCCCTCT-TC-CCCCTCCCCCCCTCC
* *
25348584 CTTCCCCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCTCCC-CCC-CT
58 CCTCCCCCCTC-CCTCTCCC-CCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * * * *
25348622 CC-CTCCTACCTCATCCTCTCTCCCC-CTCTCCCCTCCTCCTC--CCCCCACCCTCCCTCCCGCT
1 CCTCTCCT-CC-CCTCC-CTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-CT
* * * ** * *
25348683 ACCCCCTCCC-CT-TCCTTACTCTTCCCTGCTTCT
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCT-CTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * * * * **
25348716 CCTCCCCCCCCCT-ACTCTCCCCATCTCTCCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCCCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCC-TCCCCCCCCTCCCCT--C-TTCCCCCTCC-CCCCCT-CCCC
* *
25348780 TCCTCCCCTCTCC-CTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCCCCT
60 TCC-CCCCTC-CCTCTCCCCCT--CTCCCCCCT--CCCTCT
* * *
25348820 CCTCTCC-CCTCCCCCCTCTTCCCC-CCTCCCCCCTTCCCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCTCC-CCTCCCTC-TCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCC--CCC-T-CCCCCCCTCC-
**
25348883 CCTCTACCTACTACCCTCTCTCCCGCTCTACCCTACCC-CCC-CT
58 CCTC--CCCCCT-CCCTCTC-CCC-CTCT-CCC--CCCTCCCTCT
* ** **
25348926 CCTCT-CTCCCTTCTCCC-C-CCTCTCCCCCTCCCT-CCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCT-TTCTC
1 CCTCTCCTCCC--CTCCCTCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCCCCTCCCCTC
* * * *
25348986 TCCCCTCCCCCT-CCCCTC-CCCCTCCCCCCTTT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * *
25349018 CCT-TCC-CCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTC-CCT-CTCCCCTCCC-C-C-CC-CT-C-CCCT-CT-TCCCCC-TCCCCCCC
* * * * ** *
25349081 TACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCC-CTCCTCTTTCCCTCC
55 TCCCCT--CCCCCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25349123 CCTCTCC-CCTACCTCCCCCCCTCCCT-CCCCCCCTCTCCC-C-TACCCCTCCCCCCC-CCCCT-
1 CCTCTCCTCC--CCTCCCTCTC-CCCTCCCCCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC
*
25349182 CCCCCT--C-CTCCCCCTC-CCCCCCCCCCTCT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* ** *
25349211 -CT-TACC-CCCCTCTCTACTCCCCTCCCCCTTC-CCCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCC
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTC-CCC---CTCCCCCCCTCCCC
* *
25349272 -CTCCCCTCCC-CTCTCCCTACTCCTTCCCCTCCCCTCT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCT-CTCC--CCCCT-CCCTCT
* * * ** * *
25349309 CCCCT-CTCCCCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCT-CCCTCCTCCCTCC-CCTCTCCTCTCCCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCT-CCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCC-C-CCCCTCCCCTC
* * * *
25349371 CCCCC-CCTTCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCCTTTACC
62 CCCCCTCC--CTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCC--T-CT
* * * **
25349409 CCATCTTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTACCTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTA
1 CC-TC-TCCTCC-CCTCCCTC-T-CCCCT-CC-CCC-CCCTCCCCTCTTCC-CCCTCCCCCCCT-
* *
25349474 CCTACCTCCCCCCCTTTCCTC-CCTCCCTACCTACCCCC-CCCTCT
56 CC--CCT-CCCCCC-TCCCTCTCC-CCCT--CTCCCCCCTCCCTCT
* ** ***
25349518 CTCTACTCCT-CCCTTCCTC-CTCCCTCCCTCCCCCTCTCCC-C-TCCCCCT--AACCCTCTTTT
1 C-CT-CTCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCC-CCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCT
* * * *
25349577 CCTCCCTCTCTTTACCCTGCTCCTCCCCCC-CCCT-T
61 CCCCCCTCCCTCT-CCC-CCT-CTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25349612 -CTC-CCCCCCCTCCCCCCCCACCTCCTCCCCCCT--CC-C-T-CCCCTCCCCTCCT-CCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* *
25349669 CCCCCCCTCTCCATCCT-TCCCCCTCTCCTGATCTCT
64 CCCTCCCTCTCC-CCCTCTCCCCC-CTCC----CTCT
* ** *
25349705 CC-CTACC-CCCC-CCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCT--CC-CTTCCCCCTTCCTACCCTACCCT
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCT-CTCCC-CTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCC-TCCCCCCCTCCCCT
* * *
25349764 CCTCCCCT-CTTCTCCCCCTCTCTCCCCTCCCCCT
61 CC-CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * * * * * *
25349798 CCCCCCCCTCCCCTCCTTACT-CCCTACCCCCCCT-TCCTCTTCCCCCACCTCTCTTCCTCTCTT
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCC-C-CTC
**
25349861 CCCCC-CCCTCTCCTCCCTC-CTTACCCTCCC-C-
62 CCCCCTCCCTCTCC-CCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* * *
25349892 CCT-ACC-CCCCTCCCTCTCTCCC-CCCCTCCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCCACCCCT--CCTA
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTTCCCC-CTCCC-CCCCTCCCCT-
* * * * *
25349952 ACCTCCT-CCTCTCCCCC-CTCCTCCTTACCC-CC
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* *
25349984 CCTCCTCCTCTCCCTCCCTCCTCTCCCT--CCTCCCTCCCC-C-T-CCCC-CCCCCCCTCCTTCT
1 CCT-CTCCTC-CCCTCCCT-CTC-CCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCC-CCT
* *
25350043 CCCCCCTCCC-CTCTCCCTCTCCCTCCTCCCTC-
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25350075 CC-CT--T-ACCTCCCT-TCCCCT-CCCCCCTTCCCTCCCTTACCTCC-CCCCCCCT-CCCT-AC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CTCTT-CCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* ** *
25350131 CTCTCCCTCTCCCCCTAACCTCCCTCCCTCT
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25350162 CCTCTCC-CCTCTCCC-C-CCCCTTCCTCTTCCTCCTCCCTACTCTTCCCCCCTCTCTCTCTCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCC-TCC-C--CCCCCTCCC--CTCTT-CCCCCTC-C-C-CCCCT
*** *
25350224 -CCCTCCCCCCCTCCC-CTTAATCCTC-CCCCCCTCCCTTT
56 CCCCT-CCCCCCTCCCTC-TCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25350262 CCCCCTCCTCCTACTAACCCCTTTCTCCCTCTTCCCCCC-CCCCTCCT-CCCCTCCCCCCCCCTC
1 -CCTCTCCTCC-CCT---CCCTCTC-CCCTC-CCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTC-C
* * *
25350325 CCTCCCCTCCTCCCCTCTTCCCCTCCTCCCCTCCTCCCCCC
58 CCTCCCC-CCT-CCCTCTCCCCCT-CTCCCC-CCTCCCTCT
* * * * * *
25350366 CCTTTACCTCTACCTCCTTC-CCCCCCCCCCTCACCTCCCC-C--CGCCCTCTCCCCCT-CCCTC
1 CCTCT-CCTC-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCC-C-CCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC
* * * *
25350426 CCTCCTCTCCT-TCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCT-A
62 CCCCCTC-CCTCT-CC-CCC--TCTCCCCCCTCCCTCT
* * ** * *
25350462 CCTC-CCTTCCCC-CTTCTCTCTCCTTACCCCCC-CCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCC-CCTCC
1 CCTCTCC-TCCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCT-CTTCCC-CCT-CCCCCCCTCC-CC
*** *
25350523 TCCCCCCT-CCTCTCTTACT-TCCCCTCTCCC-CT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* **
25350555 CC-C-CC-CCCCTACCC-C-CCTCCCCCCCCCCCTCCCCTCTCTCTCTACTACCCCCCTCTCCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TC-CCCCT-CCCCCC-CTCCC-
* * *
25350615 CTCCCGTCCT-CCTCCCCTTCCCTCTCCCCACCTCTCCCCT
59 CTCCC-CCCTCCCTCTCC--CCCTCTCCCC-CCTC-CCTCT
* * * *
25350655 CCCTCCCCGCCCCTCCTACTTCTCCCCT-CCCTCTCTCCCCTCTTCTCTCCC-CCTCTCCCCTCT
1 -CCTCTCCTCCCCTCC--C-TCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTC-C-CCCTCC-C-CCCCTC-
*
25350718 CTGGCTTCTCCCCCCTCTACC-CTCCCCCTCT-ACCCC-CCCTAC-
57 C---C--CTCCCCCCTC--CCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * * * * *
25350760 CC-CCCCTCCCCTCCCTC-CTCTTCCCCCCCC-CCCCTCTACTCTCCCTCCCCTCCTCTACCTCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCT--TCCCCCTCCCCCCCTC-CCCTC-
* * *
25350822 CCCGC-CCC-CTCCCCCTCT-CCTCC-CCC-AT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
** * *
25350850 CCT-TCC-CCCC-CCC-CTCCCCTCCTCCCCCCTCCCC-C--CCTAC-CCCCTCCTCCCCTCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCC
* *
25350907 CCTCTCTC-CCCCCTCTACCCCCCTCCC-CC
65 CCTCCCTCTCCCCCTCT-CCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25350936 CCTCTCC-CCTCTCCTTCACCCC-CCTCCTCCTACCCTCTTCCCTCCTCCTCCCTCC-CCCC-CC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCC-CCC-CCTCCCCTCC
* *
25350997 CCCCTACCC-CTCCCTAGCCGC-CCCTCCTCCCCTCT
63 CCCCT-CCCTCTCCC---CCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* * * * * * *
25351032 CCCCCTCC-CCCCTTCCTCTCCTCGCCCTCCCCT-CCCTCCTCCCACCT-CCTCCCT-CCCTACC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCCCTCCCCT--C
* * *
25351093 CCCCCTCCTCCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCC-CC
62 CCCCCT-C-CCTCTCC-CCCTCTCCCCCC---TCCCTCT
* * * **
25351131 CCCCTCCT-CCC-CCCTAC-CTACCTCCCCCCCCTACCCCTC-T--CCCTACCCCCCTTCGTCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTC-CCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCTCCCCTC
* *
25351190 CCCCTCTCCCCCCTACCCTCTTCTCCCCCCCTCCC-CTT
62 CCCC-CT-CCCTCT-CCC-CCTCT-CCCCCCTCCCTC-T
* * * *
25351228 CC-C-CCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTCTCCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCC-C-CCT-CCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-C
* *
25351290 TCCCCCCTCCCTCCTCCTACCCCCCTCCCCCC-CACTCCT
60 TCCCCCCTCCCT-CT-C--CCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * * * * * *
25351329 CC-CTCCTCCTTCC-CCCGCTCCTCTCCCTCTCCT-CACTCCTCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTC
1 CCTCTCCTCC--CCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCC-CCT-CCCCTC
* * * *
25351391 CCCTCTACCTCCCCCCCCCTCCCCCC-CCC-CT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * ** *
25351422 -C-CTCC-CCTCTCCCTC-CCCC-CCCCCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTCTCCCCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCC-C-CTCCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCTCCCCTCC
* * * *
25351482 CCTCTCCCCCCTTCCCCTCACCCTCCCTATCCC-C-
63 CCCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCC-CCC--TCCCTCT
* ** * *
25351516 CCTCTCCTCCCTCTCCCTCT--CCT-CCCCCCCTCCCC-CCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTCT
1 CCTCTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCT-CCCCTCC
* * *
25351577 ACCCTCCC-CCCCCCCTTCTCCCCCCTCCGCT-A
63 CCCCTCCCTCTCCCCC-TCTCCCCCCTCC-CTCT
* * * ** *
25351609 CCTCCCCCCCCCCCCCTCCTCCCC-CCCTTCCCT-CCCTCTTTCTACCTATCC-CCCCCCCTTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTC-TTC--CC---CCTCCCCCCCTCCC
**
25351671 CTCCCCCCATTACTC-CCCCCTC-CCCCTCCTCCCTCTT
59 CTCCCCCC-TCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTC-T
* * *
25351708 CCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCCCTCCCCTCCCCCTACTCTCCCCC-CGACCCT
1 -CCTCTCCTCCCCT--CC-CT-CT-CCCCT-CCCC-CCCCT-CCCCT-CT-TCCCCCTC--CCC-
* *
25351772 CACTCCCCCCTCCTCCCTCCC-CTCCCCCTC-CCCCTCCTCCCTC-
52 C-C-CTCCCCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * *
25351815 CCTC-CC-CCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTCGGCC-CCCCTACCCTCTACCC-CCCCCCCTCC
1 CCTCTCCTCCC-CT--CCCTCTCCCCTCCCC-C-CCCTCCCCT--CTTC-CCCCTCCCCCCCTCC
25351876 CCT--CCCCTCCCTCT-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCTCT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCT-CCC-CCCTCCCTCT
* * * **
25351912 CCCTCTTCTACCCT-CCTCGTCCCATCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCCC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCC-CCTCC----CCTCTT--C--CCCCTCCCCCCC
*
25351976 -CTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCTCCCT-T
55 TC-CCCTC-CCCCCT-CCCT-CTCC-CCC-TCT-CC-C-CCCTCCCTCT
* *
25352023 CGCT-TCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCC-CC
1 C-CTCTCCT-CC-CCTCCCTCTCCCCTC-CCC-CCCCTCCCCT--CTTCCCCCTCCCCC-CCTCC
* * *
25352086 CCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCC-CCCCCT
58 CCTCCC-CC-CTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25352125 CTTCCTACTCCCTCTCCTTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCTCCCTCTCCCTACCCTCCCCT
1 CCT-CTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCT-CT-TCCCCCTCCC-CCCCTCCCCT
*
25352189 CCCCCC-CCCTC-CCCTCCTCTCTTACCCCTCCC-CT
61 CCCCCCTCCCTCTCCC-CCTCTC--CCCCCTCCCTCT
*
25352223 CC-CTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCCTCCCCCTCTCCC-C--CCCCCTCTCCCCCCT
1 CCTC-TCC-TC-C-CCT-C-C-CTCTCCCCTCCC-CCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTC-CCCCCCT
* *
25352284 CACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCTC-
56 --CC-CCTCCCCCCTCCCT-CTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25352327 CCCCTACTCTCCCC-CCCTCTCCCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTCCTACCCCTCCTCTCCCTC
1 CCTCT-C-CTCCCCTCCCTCT-CC-CCTCCC-CC--CC-CTCCCCTCTTCCCCCTCC-CCCCCT-
* * * * *
25352391 CCCCTCCCCCCCTTCGTTTCTCCCTCT--CCCCTCCCTATT
56 CCCCT-CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * ** *
25352430 CCTCCTTCCT-CCCTTCCTC-CTCCCTCCCCCTCTCTCTCCGCTCCCCCCCCTCCCCCCCT-TCC
1 CCT-C-TCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCC-C-C-CTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCC
* * *
25352492 GCCCCCCT-CCTATCCCCC-CTCCCTCCC-CTCTCT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * ** * * *
25352525 CCCTCTCTCTCCCTCTCCCTC-CTCCTCTCCCCCCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCT-CCCT
1 -CCTCTC-CTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCC-CCCT-CCCCCCCTCCCCT
* *
25352588 --CCTCTACCC-CTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTACT
61 CCCCCCT-CCCTCTCC-CCCT-CTCCCCCCTCCCT-CT
* * * *
25352623 CTCTCTCCT-CCCT-CCTCCCCTCCTCCCCCCCCTCCTCCTCTTCTCTC-CCCCCCCTACCCT-C
1 C-CTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC
* *
25352684 CCCCT-AC-CT-CCCCTCT---CTCTCCCT-T
63 CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25352709 CCTC-CCTCCCCTCCCTTCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCTCCCTTCCCTCT-CCTCCCTCCCCT-C
1 CCTCTCCTCCCCTCCC-TCTCCCCTCCCCC-CCCTCCC-CTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC
*
25352771 CCCC-CCCTCTCCCTC-CTCCCCCCTACCCTCT
63 CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* ** *
25352802 CCTCTCCTCTTCCC-CCCTCCCTCCTCTCTCCCCTCCCTACCCCTCTTTCCCCC-CCCTACCTCT
1 CCTCTCCTC--CCCTCCCT--CTCC-C-CTCCCCCCCCT-CCCCTC-TTCCCCCTCCCCCCCTCC
**** *
25352865 CCTTTTTCCTCCC-CTCCCCCTCCCCCTCCCT-CC-CT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * ** * *
25352900 CCTGTCC-CCCC-CCC-CTCCTCC-CCCTCCCCTCCCC-C-TCCCTTTACTCCCCTCCCCTTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCC-TCCC
*
25352959 CCC-CCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCCCCCACCTCT
64 CCCTCCCTCT-C-CCCC-T-CTCCCCCCTC-CCTCT
** * * * *
25352994 CCTCTTTATCACCCCCCCT-TACCCCCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCACCCCCCCCGC
1 CCTC-TCCTC-CCCTCCCTCT-CCCCTCCCC--C-CC-CTCC-CC-T--CTTCC-CCCTCCCC-C
* * *
25353058 CCTCCCCTCCCCCCCTTCCTCT-CCCCTCTCTCCCCTACCTCT
53 CCTCCCCT-CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25353100 CCTCTCCCCCCCTCCC-C-CCCC-CCCCTCTCATCCCCCCTTACTCCCT-CCCCCC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTT-CCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
** * *
25353160 CTTTTTCCTCT-CCCCTC-CCTCTCCTCCGC-C-
64 C-CCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCC-CTCT
* * * *
25353190 CCTGTCC-CCCCTCTCTTTCCCC-CCCTCCTCCC-CCTCCTCTTCTCCCCCCCCCTCCCTCCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CC-CCCTCC-CCTCTTC-CCCCTCCCC-CCCTCC-CC
* *
25353252 TCCTTCTCCCCCCCCCTCCCCC-CGTCCTCCTACCTACCC-CT
60 TCC--C-CCCTCCCTCTCCCCCTC-TCC-CC--CCT-CCCTCT
* * * * *
25353293 ACCT-TCC-CCCTTCTCTCACCCC-CCCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCCC-CCCTCTC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTC-CCCCCCTCCC-CT-
* *
25353354 CCCCCCTCCCTC-CTCCCCTC-CTCCTCCTACCCCCT
61 CCCCCCTCCCTCTC-CCCCTCTC-CCCCCT-CCCTCT
* * * *
25353389 ACTCTCCCTCCCCCTTCCCTCTCCCCT-CCCTCTCTCCCCTC--CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCT
1 CCTCT-CCT-CCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCC-CTCCCCT
** *
25353451 CCCCCCTCCCCTCTCCTCCC-CTATCCCCTCCC-CC
61 CCCCCCT-CCCTCTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCTCT
25353485 CCTC-CTCTCCCCTCCC-C-CCCCT--CCCCCC-CCCC-C-TCCCCCTCCCCCCCTC
1 CCTCTC-CTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTC
25353534 TCTCCTCTAA
Statistics
Matches: 5646, Mismatches: 1015, Indels: 2100
0.64 0.12 0.24
Matches are distributed among these distances:
82 13 0.00
83 50 0.01
84 50 0.01
85 47 0.01
86 82 0.01
87 122 0.02
88 137 0.02
89 133 0.02
90 136 0.02
91 266 0.05
92 228 0.04
93 267 0.05
94 367 0.07
95 318 0.06
96 347 0.06
97 401 0.07
98 446 0.08
99 400 0.07
100 286 0.05
101 282 0.05
102 179 0.03
103 204 0.04
104 197 0.03
105 149 0.03
106 146 0.03
107 86 0.02
108 46 0.01
109 87 0.02
110 40 0.01
111 38 0.01
112 49 0.01
113 14 0.00
114 27 0.00
115 6 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (94 bp):
CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCC
CTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
Found at i:25346186 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 25345691--25347276 Score: 452
Period size: 133 Copynumber: 11.9 Consensus size: 134
25345681 CTTCTCCTTT
* *
25345691 CCTCTCC-CCCCT-CCCCCCCTCCTC-CCTCCTACCT-TACCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCC-C
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCT-CCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
* * *
25345751 TCC-CCCC-CCCTC-CCTCCCCTCTAACCCCC-CCCTCTGCCTCCCCCTACCTCCCTCCCCCTCT
65 TCCTCCCCACCCTCTCC-CCCC-C--CCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCT-CC-CCCTCCCCC-C-
* *
25345812 CTCTA--CTCCTC
122 CTCTACCCCCCCC
* * * * *
25345823 CCTCTTC-CCCCTCCCCCCCC-CTCCC-CCTCCTACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCC-CCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC-CCCACCTCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCC-CC
* * * * *
25345884 TCT--TCCCC-CTCCTC-CTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCC-CTCCCCCC
63 TCTCCTCCCCAC-CCTCTC-CCCCCCCCCCCCTCCC-TC-TACTTCCCCCTCCCCCTC-CCCCCC
* *
25345944 TCTACTCCCCTC
123 TCTACCCCCCCC
*
25345956 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCC-ACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
*
25346021 TCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CT-CTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTA
65 TCCTCCCC--ACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT-CTA
25346084 CCCCTCCCC
127 CCCC-CCCC
*
25346093 CCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCT-CCC-CCTCC-CCCTC-CCCCCTACTCCCCCCT-CCTACCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCT-CTCCCCCCTCCCT-CCCC
*
25346153 TTTCCTCCCC-CCC-CTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCC-CCCCCT---CCCC
63 TCTCCTCCCCACCCTCT-CCCCCCCC--CC-CCCTCCC-TCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCC
25346212 TCT---CCCCCC
123 TCTACCCCCCCC
* * * * * *
25346221 CCTCCCCTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCCC-CCC-CCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCACCTCCTCCCTCT-CCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCCCC
* * * * * *
25346283 TC-CCTACTC-CCCT-TCCCCCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCC-CCCTCC-CCCCCCCTC
63 TCTCCTCCCCACCCTCTCCCCC-CCCCCCCCTCCCTCT-ACTTCCCCCTCCC-CCTCCCCCCCTC
25346343 T-CCCCCCCTC
125 TACCCCCCC-C
*
25346353 CCTC-CCTCTCCCTCTCCCCCCC-CCCTTC-CCCCCT-CCTCT-CCCCTC-CCTCCTCC-CCCTC
1 CCTCTCCTC-CCCTC-CCCCCCCTCCC--CACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CC-CCTCCCTC
* * * *
25346411 CCC-CTACT-CCC-CCC-C-CCTCCCCCCTCCCTCCCTCT-CCTCCCCCT---CCTCCCCCCCTC
60 CCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTC
*
25346467 TTCTCCCTCCTCC
125 TAC-CCC-CC-CC
*
25346480 CCGTCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCA-C-CCTCCCTC-CCCTCCT-TCCCTCTCC-CCCC
1 CC-TCTCCTCCCCTC-CCCCC-CCTCC-CCACCTCCTCCCTCTCCC-CCTCTCCC-C-CCTCCCT
* * * ** * * ** *
25346539 CCCCTCTCC-CCCCTCCC-C-CCCCCCTCCCCCCTCCCT-TCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCT
59 CCCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
*
25346600 -TACCTCCCTACC
124 CTACC-CCC-CCC
* * * * *
25346612 CCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCC-CTTCGCT-CCTCTCCCCTTC-CCCCCCCCCCT-CCC
1 CCT-CTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCACCTC-CTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCC
* * *
25346673 TCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCT-CCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCCCT
63 TCTCCT--CCCCACCC-T--C-TCCC-CC-CCCC-CCCCTCCCTCT-ACTTCCCCCTC--CCCCT
*
25346737 CCCCCCC-CT-CTCCCCCC
116 CCCCCCCTCTACCCCCCCC
* * *
25346754 CC-CTCCTCCCCTCCTCCCCCCTTCCCCTCC-CCT-CCTCT-CTCCTC-CCCCTCTCCC-CCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCC-CCCCCC-TCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCC-CC
* ** * *** **
25346813 TC-CC-CCCCCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCT-CCTCCTAC--CCCTCTCCCCCTCCTTACCTCCC
63 TCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCT-CTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCTA
25346873 CCCCCCCC
127 CCCCCCCC
* * * *
25346881 CCTCT-CTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTC-CTCCTCTCCCC
1 CCTCTCCTC-CCCTCCC-CC-CCC-T-CCCCACCTCCTCCCT-CTC-CCCCTCTCCCCCCT-CCC
* * *
25346944 TACCCCCTCTTCC-CCCCCCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCT-CTCCCCCCTCC
58 T--CCCCTC-TCCTCCCCACCC-TCTCCC-C-CCC--C-CC-CCCT-CCCTCTACTTCCCCCTCC
* *
25347007 TCC-CCTCCCCTCT-CCCCCACCC
112 CCCTCCCCCCCTCTACCCCC-CCC
* * *
25347029 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCC-CTCCCCTCTC
1 CCTCT-CCT-CCCCT-CCC-C-CCCCT-CC-CCACCT-C-CTCCCT-CTCCCCCTCTCCCC-C-C
* * * * *
25347093 TCCCCCCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCTCCCCCT--CTC--CTTCTCCCT-CCCCTCCC
54 TCCCTCCCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCC
*
25347152 CCCCCCT-CCCCCCCC
119 CCCCTCTACCCCCCCC
* * * *
25347167 CC-C-CC-CCCCTACTCCCCCCT-CCTACGT-CTCCCTC-CTCCCCTCCCCCCCCT-CCT-CCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCT
* * * *
25347224 TTCC-CTCC-CCCTCTACCTCCCTACCCCCCCCT-CCTCT-CCTCCTCCTCCCCCTC
64 CTCCTCCCCACCCTCT-CC-CCC--CCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTC
25347277 TATTCTCCCC
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 143, Indels: 359
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
120 8 0.01
121 8 0.01
122 5 0.00
123 5 0.00
124 24 0.02
125 25 0.02
126 40 0.04
127 52 0.05
128 63 0.06
129 67 0.06
130 54 0.05
131 71 0.06
132 81 0.07
133 97 0.09
134 94 0.08
135 84 0.07
136 34 0.03
137 37 0.03
138 17 0.01
139 57 0.05
140 41 0.04
141 18 0.02
142 12 0.01
143 17 0.01
144 3 0.00
145 10 0.01
146 2 0.00
147 13 0.01
148 17 0.01
149 16 0.01
150 14 0.01
151 25 0.02
152 9 0.01
153 12 0.01
154 2 0.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (134 bp):
CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTCT
CCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCTACCCC
CCCC
Found at i:25346232 original size:113 final size:108
Alignment explanation
Indices: 25345739--25347234 Score: 171
Period size: 106 Copynumber: 13.9 Consensus size: 108
25345729 CCCTCTCCCC
* *
25345739 CCTCCCTCCCCCT-CCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTCCCCCTACCTCCC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCC-CCCTCCCCTCT--CCCCCCCCTC-CCCTCCCCCT-CC-CCC
* * * *
25345803 TCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCC-CT-C-CCCCCCCCTCCCCCTCCTA
60 TCCCCC-CTCTC--C-CC-CCC-CTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25345855 CC-CCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCT-TCCCCCTCCT--CCTCCCCTCTCCCCCTCCC
1 CCTCCCTCCCCCTA-CTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCC-CTCCCCCTCCC
** * ** *
25345916 TTCTTTCCTACCCCT-CCCC---CCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCT
64 CCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCC-C--CTCCCCCCCCT-T
** * *
25345961 CCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCT-
1 CCT-CCCTCCCCCTACT-CCC--CC-CC-CCCTC-CCCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCC-C-CCTC
*
25346025 CCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCC-CCCTCCCCCT-CCCCCCC-T
56 CCCCT--CCC-C-CCTCTCCCCCCCCTACCCCT-TTCCTCCC-CCCCCTCCCCCCCCTT
* * * **
25346080 CCTACCCCTCCCCCCT-CTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCC-CCTACTCCCCC
1 CCT--CCCT-CCCCCTACTC--CCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCCTCCCCTCCCCCT-CCCC
** * * * **
25346143 CTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCC-CCCCT-TCCTCCCTCCCTTCTACTT
59 CTCC--CCCC--T-CTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCC-CCCCCTT
* * *
25346197 CC-CCC-CCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCT-CCC-CTCCCCCCCC-CCCCTCCCCCTCCTCCT-CC
1 CCTCCCTCCCCCT--ACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25346256 CCCT-ACCCTCCCCTACGCCC---CC-CCCCCTCCCT-ACTCCCCTT
64 CCCTCTCCCCCCCCTAC-CCCTTTCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCTT
* * *
25346297 CC-CCCTACCCCC-CCTCCCCCTCCCCTCCCC-C-CCCTCCCCC-CCCCT-CTCC-CCCCCTCCC
1 CCTCCCT-CCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25346355 TCCCTCTCCCTCTCCCC-CCCCCCTTCC-CCCCTCCTCTCCCCTCCC-T
64 -CCCTCTCCC-C-CCCCTACCCCTTTCCTCCCC-CCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25346401 CCTCCCCCTCCCCCTACT-CCCCCCCCCTCCCCCCT-CCCTCCCTCTCCTCCCCCT-CCTC-CCC
1 CCT--CCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25346462 CCCTCTTCTCCCTCCT-CCCC-GT-CT--CCCCCCT-CTCCCCC-T
64 CCCTC-TCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25346501 CCT-CCTCCACCCT-C-CCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCC-CCTCTCCCCC-CTCCCC-CCC
1 CCTCCCTCC-CCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTC-CCCCTCCC
* * ** * ** *
25346560 CCCTC-CCCCCTCCCT--TCC-TTCTTCTTCTCCCT-CTTCTCCTT
64 CCCTCTCCCCC-CCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* *
25346601 ACCTCCCTACCCCTA---CCCCCCCCCTCCCC-CTCCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCC
1 -CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCC-TC-C-CCTC-CCCCTCCCCC
* * * * *
25346662 -CCCCCC-CTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCTC
60 TCCCCCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCC-TCCC--CCC-CCTCCCC-CCCCTT
* * *
25346714 CTCTCCCCTCCCCCT-CTTCCCCTCCCC-CCCCTCTCCCCCCCC-CTCCT-CCCCT---CCTCCC
1 C-CT-CCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25346772 CCCT-TCCCCTCCCCT-CCTCTCTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCC-T
64 CCCTCTCCCC-CCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * *
25346814 CC-CCCCCCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCCTCTCCCCCTCCTTACCTCCCCC-CC
1 CCTCCCTCCCCCT-AC-TCCCCCCCCCCTCC-CCT-CTCC-C-CCCCCTCC---CCTCCCCCTCC
* * * * *
25346877 CCC-CCCTCTCTCTCCCTCCCTCCT--CCCGTACC-CCCCCCCCTCCCTCCTC-T
57 CCCTCCC-CCCTCTCCC-CCC-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25346927 -C-CCCTCCTCCT-CTCCCCTACCCCCTCTTCC-C-CCCCCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCC-CCCCCCTC-CCCTCTCCCCCCCCT-CCCCTC-CCC--CTCC-CC
* * * *
25346987 CTCCCCTCTCTCCCCCCTCCT-CCCC--TCC-CCTCTCCC-CCACCCCCTT
59 CTCCCCCCTCTCCCCCC-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * * *
25347033 --TCCCTCCCCCTAC-CCTCTCCCCTCCCTCCCC-CTACTCTCTCTCCTC-CCCCCTCCCCTCTC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCC-C-CCCC-CCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCC-CTC
* * ***
25347093 TCCCC-C-CCCTCCCCT-CCCCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCTT
62 CCCCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCC-C-CCTT
* *
25347138 -CTCCCT-CCCCT-C-CCCCCCCCTCC-CCCCCCCCCCCCCCCTACTCCC-CCCTCCTACGTCTC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCC-CCTCCCCTCTCCCCCCCCT-C-CCCTCCC-CCT-C--C-C
* *
25347197 CCTCCTCCC-CTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCCCC
58 CCTCCCCCCTCTCCCCCCCCTAC-CCCTTT-CCTCCCCC
25347235 TCTACCTCCC
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 181, Indels: 365
0.65 0.12 0.23
Matches are distributed among these distances:
96 7 0.01
97 40 0.04
98 26 0.03
99 37 0.04
100 71 0.07
101 38 0.04
102 68 0.07
103 38 0.04
104 37 0.04
105 71 0.07
106 72 0.07
107 59 0.06
108 62 0.06
109 42 0.04
110 36 0.04
111 20 0.02
112 33 0.03
113 57 0.06
114 30 0.03
115 35 0.03
116 44 0.04
117 36 0.04
118 4 0.00
119 11 0.01
120 7 0.01
121 26 0.03
122 2 0.00
124 4 0.00
125 5 0.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (108 bp):
CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCC
CTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
Found at i:25346301 original size:126 final size:122
Alignment explanation
Indices: 25345728--25348305 Score: 617
Period size: 127 Copynumber: 20.3 Consensus size: 122
25345718 CCTACCTTAC
* * * *
25345728 CCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCCTCC-CC-CCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTC---CCTCCTCC-C--CCTC
* * * * *
25345791 CCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCT--TCCCCCTCCCCCCCC-CTCCCCCTCC
60 CCCCTA-CTCCCCCCCCCCCTCCCT-C-CCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCC
25345853 T
122 T
** * * *
25345854 ACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCT-CCTCCTC-CCCT-CTCCCCCTCCC
1 --CCCC-TCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
* * * * * *
25345916 TTCT-TTCCTACCCCTCCC-CCCTCCC-CCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCC-CTCCCCCCCC
62 -CCTACTCC-CCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCC-CCC-C-CCCCCCTCTCCCCCCCC
25345977 T
122 T
* * * * * **
25345978 CCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCT-CT-C-CCCCCTCCCTCTCCT--CTCCT-CCCCTAACCCT-
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCTA
* * *
25346036 CTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CTCTTCC-C-CCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCT
66 CT-CCC-CCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCC-CCCCCCC-CCT-CTCC-CCCCCCT
* * * * *
25346096 CTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCC-CTACT-CCC-CCCTCCTACCCCTTTCC
1 CCCCTCCCC-CCCC-CCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTC-CCTCCCCTCCCTCCT-CCCC-CTCC
* * *
25346158 TCCC--CCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCC
61 -CCCTACTCCC--CCCCCCCCTCCCTCCCTCCC-TCT-CCTCCCCCCCCCC-CCCCTCTCCCCCC
25346221 CCT
120 CCT
*
25346224 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCC-CC-CCCCC-CTCC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCT-C-CCTCCTCCCCCTCCCC
** * * *
25346286 CTACTCCCCTTCCCCCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCC
63 CTACTCCCCCCCCCCCT-CCCTCCCT--CCCTCTCCT-CCCCCCC-CCCCCCCTCTC-CCCCCCC
25346351 T
122 T
* *
25346352 -CCCTCCCTCTCCCTCTCCC-CCCCC-CCTTC-CCCCCTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
1 CCCCTCCC-C-CCC-CCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCC-CTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
* * *
25346413 CCTACTCCCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCT
62 CCTACTCCCCCCCCC-CCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCC-CC-CCCCCCCTC-TCCCCCCCCT
* * * *
25346478 CCCCGT--CTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCC
1 CCCC-TCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCC-CCCTCCCTCCCCTCCCT-CCTC-CCCCTCCC
* ** * * *
25346541 CCT-CTCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCC-CCCTC-CCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTAC
62 CCTACT-CCCCC-CCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCC-TCC--C--CCCCCCCCCCCTCTCC---C
*
25346603 CTCCCT
117 CCCCCT
* * * * *
25346609 ACCCCT--ACCCCCCCCCTCCCCCT-C-CCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCC-CTTCCCCCCCCCCC
1 -CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCC-TCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC
* * ** * * *
25346669 TCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCC-CTCCTCCCCTCCCCTCCTCTCCC-CTCCCCCTCTT
64 T-ACTCCCCCCCCCCCTCCC-TCCCTCCCTCTCCTCCCC-CCCC-CC-C-CCCTCTCCCCCCCCT
* *
25346732 CCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCCTCCC-CCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTCC
1 CCCCTCCCCCCCC-C-CCCTCCCCCTCCT--CCTCC-CCCTCCC-TCCCCT-CCCTCCTC-CCCC
* * * *
25346796 TCCCCCT-CTCCCCCTCCTCC-CCC-CCC-CCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCCTCTC
58 TCCCCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCC-CC-CCT-CTCC-C-C
25346857 CCCCT
118 CCCCT
*
25346862 CCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACC-CCCCCCCCTCCCTCCTC
1 CC---CCT--CCCCCCCCCCC-CTC-C-CCCT-CCTCCTCCC---CCTCCCTCCCCTCCCTCCTC
* ** * * * * **
25346926 TCCCCTCCTCCT-CTCCCCTACCCCCT-CTTCCC-CCC-CCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCC
54 -CCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCC-TCCCCCCCCCCCCCCT-CTCC
*
25346987 CTCCCCT
116 CCCCCCT
* * * *
25346994 -CTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCC
1 CCCCTCCCCCC-CC-CCCCTCCCC-CTCCTCCTCCCCC--TCCCT-CCCCT-CCCTC-CTCC-CC
* * * *
25347058 CTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCC
57 CTCCCCCTACTC-C-C-CC-CCCCCCT-CCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCC
25347122 CCCTCC-
117 CCC-CCT
* * * * *
25347128 CCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCC-CC-CCTCCCCC-CCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCT
1 CCC-CTCC--CCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCT-CCCCCTCC-
* * * ** * *
25347190 ACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCT-CCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTACCTCCCT-ACCCCC
61 -C-CCT-ACTCC-CCCC-CCCCCTCCCTCCCTCCCTCT-CCTCCCCC-CCCCCCCCCTCTCCCCC
25347252 CCCT
119 CCCT
* * ** * * *
25347256 CCTCTCCTCCTCCTCCCCCT--CTATTCTCC-CCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCT
1 CCCCTCC-CC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCC-CCTCCCT-CCCCTCCC-TCCTCCCCCTC-
* * ** * * *
25347318 TCTCTACCTCCTCCCTTACCCCT-CCTCCCT-CCT-TCCT---TCCCCCCCCTCTCT-CCCTCCC
60 CCCCTA-CTCC-CCC-CCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCC
25347376 T
122 T
* * ** * * *
25347377 CCCCGTCCCCCCTCCTCCT-CTTC-CCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCCCTCCCCCC
1 CCCC-TCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCT-CCCCC
* * *
25347439 TCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCCCC
64 TACTCCC-CCC-CCCCCTCCCTCCCTCC-CTCT-CCT-C-C-CCCCCCCCCC--CCTCTCCCCCC
25347504 TCCT
120 -CCT
* * * *
25347508 CCCC-CCCGCCTCCCTCCCTCCCCCT-C-CCTCTCCCTTCCC-CTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCT
1 CCCCTCCC-CC-CCCCCCCTCCCCCTCCTCCTC-CCCCTCCCTC-CCCTCC-CTCCTCCCCCTCC
* * * * * *
25347569 CCCTCCTCTCCTCCCCCCT-CCT-CCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCTCCCCT
61 CCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCC-TCT--CCTCCCCC-C-C--CCCCCCCTCTCCCCC
25347632 CCCT
119 CCCT
* * * *
25347636 CCTCCTCCCCCTCTCCCCT-ACCCTACACCCCTCCCCCTCCC-CTCCC-CCCTCCCTCCCCCTCC
1 CC-CCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCT-C-CTCCTCCCCCTCCCTC-CCCTCCCT-CCTCCCCCTCC
* * *
25347698 CCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCCCCCT
61 CCCTACT-CCCCCCCC--CCCTCC--CTCCCTCC--CTCTCCTCC----CCC--CC-CCCCCCCT
***
25347763 CTCCCCCTATTT
112 CTCCCCC-CCCT
* * * *
25347775 CCCTCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCC-CCT--CCCTACCCT-CTCTCCCTCTCTTCCCCC-CC
1 CCC-CTC-CCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCTCCCTC-C-TCCCCCTCC
* * * * *
25347835 TCCTACTTCCCCCCCCCCTCTC-CCCTCTCC-CTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTC-CCCCCCTCCT
61 CCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTC-CCTCTCCTCC-CCCCCCCCCCCCTCTCCCCCC-CCT
** *
25347897 CTTCCC-CCTCCCTCCCCCCCTCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCC-CCTCCCCTC
1 C--CCCTCC-CCC-CCCCCCCTCCCCCTCCTC-CTCCCC-CTCCCTC-CCCTCCCTCCTCCCC-C
* * * * * *
25347960 TCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCT-TCTCCC-CCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCC
58 T--CC-CCCTA-CT-CCC-CCCCCCCCT-CCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCC
25348023 CCCCCCT
116 CCCCCCT
* * * * * *
25348030 -CCCT-CCTCCCCTCCC-CCCCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCT-ACTCC-CCCCTTCCCCCT
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCT
* * *
25348090 -C-CCTACCCCTCCCT--CTCCCTCCC-CT-CTCCCCCCTCCCCCCCCT-TCTCCCCCCT
65 ACTCC-CCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCC-CCCCCCCCTCTCCCCCCCCT
** * * * *
25348143 CCCC-CCCTACCCCTCCTCCCCCTCC-CCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCT-CCCCTCCCTC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCC-CCCTCCCTC-CCCTCCCTCCTCCCCCT-CC-C
* * *
25348205 TCCTAC-CCCCCCCCCCCTCTCCCCCCT-CCTAC-CCTTCCTCCCCTCCCCCCCTC-CCCTCTCC
62 -CCTACTCCCCCCCCCCCTC-CCTCCCTCCCT-CTCC-TCC-CCCCCCCCCCCCTCTCCC-CCCC
25348266 CT
121 CT
* * *
25348268 ACCCTCCCCCCTCCTCCCT-CCTCTCCTCCT-CCCCTCCC
1 CCCCTCCCCCC-CCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCC
25348306 CCTCCTCTCT
Statistics
Matches: 1819, Mismatches: 336, Indels: 593
0.66 0.12 0.22
Matches are distributed among these distances:
113 18 0.01
114 35 0.02
115 19 0.01
116 37 0.02
117 45 0.02
118 30 0.02
119 31 0.02
120 48 0.03
121 39 0.02
122 43 0.02
123 54 0.03
124 54 0.03
125 77 0.04
126 185 0.10
127 212 0.12
128 187 0.10
129 135 0.07
130 105 0.06
131 98 0.05
132 44 0.02
133 58 0.03
134 47 0.03
135 67 0.04
136 70 0.04
137 30 0.02
138 26 0.01
139 11 0.01
140 10 0.01
141 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (122 bp):
CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCTA
CTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCT
Found at i:25346432 original size:301 final size:306
Alignment explanation
Indices: 25345885--25346464 Score: 678
Period size: 307 Copynumber: 1.9 Consensus size: 306
25345875 TCCCCCTCCT
* * *
25345885 CTTCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCCCCTCTACT
1 CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTC-TCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTACT
* * * *
25345950 CCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT
65 CCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCT
* * *
25346015 CTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
130 CTCCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
* *
25346080 CCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCCTACTCC-CCC-
195 CCTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCT-C-CCTCCCT
*
25346143 CTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
258 CTCCT-CCCC-CTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
* *
25346194 CTTCCCCC-CCCCCTCCCCTCTCCCCC-CCC-TC-CCCTCCCCCCCCCCCCT-CCCCCTCCTCCT
1 CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCT-CTACT
*
25346254 CCCCCTACCCTCCCCTACGCC-CCCCCCCCT-CCCTACTCCCCTTCCCCCTACCCCCCCT-CCCC
65 -CCCCT-CCCTCCCCT-CCCCTCCCCCCCCTCCCCTAC-CCCC-TCCCCCT-CCCCCCCTCCCCC
**
25346316 CTCCC-CTCCCCCCCCTCCCC-CCCCCTCTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCCCTC-TCCCCC-CCCC
124 CTCCCTCT-CCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCC-CCC-CCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCC
* * * *
25346377 CTTCCCCCCTCCT-CTCC-CCTCCCTC-CTCCCCCTCCCC-CTACT-CCCC-CCCCCTCCCCCCT
185 CTCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCT
25346436 CCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCC
250 CCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCC
25346465 TCTTCTCCCT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 22, Indels: 36
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
299 13 0.06
300 8 0.03
301 18 0.08
302 4 0.02
303 9 0.04
304 29 0.12
305 18 0.08
306 39 0.17
307 50 0.21
308 35 0.15
309 13 0.06
ACGTcount: A:0.03, C:0.75, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (306 bp):
CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTC
CCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTC
TCCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTC
CTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTC
CTCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
Found at i:25347117 original size:100 final size:95
Alignment explanation
Indices: 25345727--25347189 Score: 173
Period size: 97 Copynumber: 15.1 Consensus size: 95
25345717 TCCTACCTTA
* *
25345727 CCCCCT-CTCCCCCCTCCCTCCCCCTCC-CCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCC-CCCCCTCTGCC
1 CCCCCTCCTCCCCCC-CCCTCCCCC-CCACCCCCTCTCCCTCCCC-CT-ACCCTCCCCC-C-CCC
* **
25345789 TCCCCCTAC-CTCCCTCC-CCCTCTCTCTACTC-CTC
60 TCCCCCTACTCTCCCTCCTCCC-CCCTCCCCTCTCTC
* *** *
25345823 CCTCTTCCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCTCCTACCCCCT-TCCC-CTATCTCCCCTCCCCCTCCTC
1 CC-C--CCTCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CC-ACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCC-CC-C
* * * *
25345886 TTCCCCCT-C-CTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTC
59 CTCCCCCTACTCTCC-CTCCTC-CCCCCTCCCCTCTCTC
** * * * * * *
25345923 CTACC-CCTCCCCCCTCC-CCCCTCTACTCCC-CTCCCT-CTCCTCCCCT-CCCCCCCCT-CCCC
1 CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCCCCCCTCCCCC
*
25345982 TACCTCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCTC-C
66 TA-CT-CTCCCTCCTCCCCC-CTCCCCTCTCTC
* * *
25346013 CTCTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCC
1 C-C-CC-CTCCTCCCC---CCCCCTCCCC-CCCACCCCCTCTCC-C-TCCCCCT-ACCCTCCCCC
* * *
25346077 CCTCCTACCCCT-C-CCCCCTCTCTTCCCCTCC-CCGCCCCTC-C
56 CC-CCTCCCCCTACTCTCCCTC-C-TCCCC-CCTCC-CCTCTCTC
* ** * *
25346118 CCCTCCCCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCC-CCCCCTACCCCCCCCTTCCT
1 CCC-CCTCCTCCCCCCCCCT-CCCCC-CC-ACCCC-CT-CTCCCTCCCCCTACCCTCCCC--CC-
*
25346182 CCCTCCCTTCTACT-T-CC-CC-CCCCCCT-CCC-CTCTC
57 CCCTCCC-CCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* *
25346216 CCCCC-CCTCCCCTCCCCC-CCCCCCCTCCCCCTC-CTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCCCCC
1 CCCCCTCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTC-CCTCCCCCTACCCTCCCC--C-CCCCT
* * *
25346278 CCCCCT-CCCTACTCC-CCTTCCCCCTACCCC-CCCTC
61 CCCCCTACTCT-C-CCTCCTCCCCCCT-CCCCTCTCTC
* * * * * *
25346313 CCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCCCC
1 CCCC-CTCCT-CCCCCCC-CCTCCCCCC-CACCCCCTCTCCCTCCCCCTACC-CT-CCCCCCCCC
* *
25346378 TTCCCCCCTCCTCT-CC-CCTCCCTCCT-CCC-C-CT-
60 -T-CCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* * * *
25346410 CCCCCTACTCCCCCCCCCTCCCCCCTC-CCTCCCTCT-CCTCCCCCT--CCTCCCCCCCTCTTCT
1 CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCC-CACC-CCCTCTCCCTCCCCCTACCCT-CCCCCCCCCTCC
*
25346471 CCCTCCTC-CCCGT-CTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTC
63 CCCTACTCTCCC-TCCT-CCCCC-CT-CCCCT-CT-CTC
* * * *
25346508 CACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCC-CCCCCTCTCCC-CCCTCC-CCCCCCCCTCCCCCC
1 CCCCCT-CCTCCCC-CC--CCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCC-CCTACCCTCCC-CCCCCC
* * * * *
25346570 TCCCTTCCT--TCT-TCTTCTCCCTCTTCTCCT-TACCTC
60 TCCC--CCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCT--CTC
* * * * *
25346606 CCTACC-CCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCT-TCGCT-CCTCTCCCCTTCCCCCCCCC-
1 CC-CCCTCCT-CCCCCCCCCT-CCCC-CCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCC-TCCCCCCCCCT
*
25346667 CCTCCCT-CTCCTACCC-CCTCCCTTCCCTTCCCTC-CTC
61 CC-CCCTACT-CT-CCCTCCTCCC--CCCTCCCCTCTCTC
* * * ** *
25346704 CCCTCC-CCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCCCTC-CCC-CCCCTCT-CCC-CCCCCCTCCT-CC
1 CCC-CCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCC-CTACCCTCCCCCCCCCTCCC
*
25346763 CCT-C-CTCCCCCCTTCCCCTCC-CCTCCTCTCTC
64 CCTACTCTCCCTCC-TCCCC-CCTCC-CCTCTCTC
* * *
25346795 CTCCC-CCTCTCCCCCTCCTCCCCCCC-CCCCTCTCTTCC-CCCCC--CCCTCCTCCTACCCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCACCCC-CTCTCCCTCCCCCTACCCTCC-CC--CCCC-C
* * * *
25346855 TCCCCCTCCT-TACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTC
60 TCCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCC-CTCTCTC
*** * * * * *
25346891 CCTCCCTCCTCCCGTACCC-CCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTT
1 CC-CCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCC-CCTCT-CCCTCC-CC-CTACCCTCCCCCCCCCT
*
25346955 CCCCC--C-C-CCCT--TCCCCCTCTCCCTTCTCCTC
61 CCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCC-CTCCCCTCT-CTC
* * * * * * * *
25346986 CCTCC-CCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCTACCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCACCCC-CTCTCCCTCCCCC-TACCCTCCCCC-CCCCTC
* * * *
25347050 TCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCC-C-CTC
62 -CCCCT-ACTCTCCCT-C-CTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* *
25347086 CCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCC-CCTCCC-C-CCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCC
1 CCC-C-CTCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCCACC-CCCTCTCCCTCCCCCTAC-CC-TC-CCCCCCC
* * *
25347147 CTCCCCC-CCCCTCCC-CC-CCCCCC-CCCCCCTACTC
59 CTCCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCT-CTC
25347181 CCCCCTCCT
1 CCCCCTCCT
25347190 ACGTCTCCCT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 159, Indels: 371
0.66 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
88 11 0.01
89 13 0.01
90 46 0.04
91 49 0.05
92 47 0.05
93 72 0.07
94 57 0.06
95 83 0.08
96 65 0.06
97 101 0.10
98 84 0.08
99 68 0.07
100 79 0.08
101 60 0.06
102 68 0.07
103 61 0.06
104 33 0.03
105 21 0.02
106 6 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (95 bp):
CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCCCCCCTCCCCC
TACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
Found at i:25347156 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 25345961--25348330 Score: 479
Period size: 60 Copynumber: 39.1 Consensus size: 58
25345951 CCCTCCCTCT
* ** * *
25345961 CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCCCTCTCCTCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCC-CCCTCC-CCCTCTCCTTCTC-CCTCCCCTCCC-C-CCCCC
* * * *
25346022 CCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCC-CTCCC-CT-CTTCCCCCTCCCC-CTCCCCCCCT
1 CCTCCCCT--CCC-CCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTC-CCCCCCCC
* ** *
25346080 CCTACCCCT-CCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-C-CC-TCCCCCTCCCCCTCCCCCCTACTCC
1 CCT-CCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCC-CTCTCCTTCTCCCT-CCCCTCCCCCC--C-CC
***
25346140 CC-CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCCC-C-CCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCC
1 CCTCC-CCT-CCCCCCCCCT-CCCCCCCT-CCCCCTCTCCTT-CTCCCTCCC--CT-C--CCCCC
25346202 CCC
56 CCC
* * **
25346205 CCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCC-CCCCC-C-CCCTCCCCCTCCTCCT-CCCCCTAC
1 CCTCCCCTC-CCCCCCCCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCCCCCCCC
* * ** *
25346262 CCTCCCCTACGCCCCCCC-CCCTCCCTACTCCCCT-TCCCCCTACCC-CCCCT-CCCCCTCC
1 CCTCCCCT-CCCCCCCCCTCCCCCCCT-C-CCCCTCTCCTTCT-CCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * *
25346320 CCTCCCC-CCCCTCCCC-CCCCCTCTCCCCCCCTCC--CTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTC-CCCTC-CCCCCCCC
* * *
25346376 CCTTCCCC-CCTCCTCTCCCCT-CCCTCCTCCCCCTC-CC-CCT-ACTCCCC-CCCCCTCCCC
1 CC-TCCCCTCC-CC-C-CCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCC-CCCC
* * *
25346433 CCT-CCCT-CCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCCT-CTTCTCCCT--CCTCCCCGTCTCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC--C-CCCC
* * * * * * *
25346490 CCTCTCC-CCCTCCTCCT-CCACCCTCCCTCCCCTCCTTC-CCTCTCCCC-CCCCCCTCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCC-CCTCTCCTTCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCC
* ** *** *
25346546 CC-CCCCTCCCCCCCCC-CTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCTCCC--CC-TCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
*
25346606 CCTACCCCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCT-TCGC-TC-CTCTCCCCTTCCCCCCCCC
1 CCT-CCCCT-CCCCCCCCCT-CCCC-CCCTCCCCCTCTC-CTTCTCCCTCCCC-TCCCCCCCCC
** * * *
25346667 CCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTC-CCCTC-CCCTCCTCTCCCCTCCCCC
1 CCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC--CCCCTCCC-CCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCC
* * *
25346728 TCTTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCC-CTCCTCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCT
1 -CCTCCCCTCCCCCCCC-CT--CCCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCTCCC-TCCCCTCCCC-CC-C-
*
25346792 CT
57 CC
* * * *
25346794 CCTCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCCCCC-CCCCCTCT-CTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCC
1 CCT-CCCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCC-CC-CCCCC
* * *** * * *
25346853 TCTCCCC-CTCCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CT-TCTCCCT-C-CCC-TCCCCCCCCC
* * * * * * * **
25346915 CCT-CCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCT-CCCCTACCCCCTCTTCC-CCCC-CCCCTTCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * *
25346970 CCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCC-CTCC-TC-CCCTCCCCTCTCCCCCACCC
1 CCTC-CCCTCCCCCCCCCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTC-CCCCC-CCC
* *
25347029 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCT
1 CC-TCCCCTCCCCC--CCC-CTCCCC-CCCTCCCCCT-CTC-CT-T-CT---CCCTCCCCTC-CC
25347094 CCCCCC
53 CCCCCC
25347100 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25347158 TCCCCCCCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACGTCTCC--CT-CCTCCCCTCCCCCCCCT
1 -CCTCCCCTCCCCCCCCCT-C-CCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * ***
25347217 CCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTACCTCCCTACCCCC-C-CCTCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTAT
1 CCTCCC-CTCCC-CCCCC-CTCCCCCCCT-CCCCCTCTCCTTCTC-CCTCC-CCTCCCCC-CCCC
* *** * * *
25347280 TCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCTTC-TCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCT
1 CCT-CCCCTCC-CCC--CCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCT--C-CCTCCCCT-CCCC-CC-
25347344 CCC
56 CCC
* * * ** * *
25347347 TCCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTC-CCCCCT-CCTCCTCTTCCCTCCTCCC
1 -CCTCCCCTCCCCCCCC-CTC-CCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCC-CCCCCC
* *
25347409 CCTCCCC-CCCCCCCCC-CCTCCCCTCCCCC-CTCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT-TCTCCCTCC-CCTCCC-CCC-CC-C
* * *
25347469 TCTCCCTACTCTCCCCCCCC-CCTACCCCTCCCCC-CTCC-TC-CCCCCCGCCTCCCTCCCTCCC
1 CCTCCC--CTC-CCCCCCCCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCC-CCC-CCC
** * * * *
25347530 CCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCT-CCTC-CTCC-TCTCCCT--CCTCTCCTCCCC
1 CCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC-CCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
** *
25347585 CCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCTCC-CCTCCCTCCTCCTCCCCCTC
1 CCTCC-CCTCCC--CCCCCCTCCCCC-C-C-TCCCC-C-TCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCCCC-C
*
25347649 TCC
56 CCC
* * * * * *
25347652 CCTACCCTACACCCCTCCC-CCTCCCCTCCCCC-CTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTACCCCCC
1 CCTCCCCT-C-CCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCC-TCC-CCCCCCC
* ** * ** * * * **
25347712 CCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCC--CTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCT-CC-CT-CCCCTC-CCCCC---CC
25347775 C
58 C
* * * * *
25347776 CCT-CTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCC-CTCCCTAC-CCTCTCTCCCT-CTCTTCCCCCCCT
1 CCTCCCCT-CCCCCCCCC-T-CCCC-CCCTCCCCCT-CTCCT-TCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25347836 CCT-ACTTCCCCCCCCC-CTCTCCCCTCTCCCTCCTCC-TCTCCCT-CCC-CCCTCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * * *
25347891 CCTCCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCT--CCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCC
1 CCTCC-CCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT-TCT-CCCTC-CCCTCCCCCCCCC
* **
25347951 CCTCCCCTCTCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCTTCTCCC-CCCCTCCCCCCTCCCT
1 CCTCCCCTC-CCCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCT-CT--CCTTCTCCCTCCCCT-CCCCC-CCC-
25348015 C
58 C
* * ** *
25348016 CCTCCCC-CCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCTACTC
1 CCTCCCCTCCCCCC-CCCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CTTC-T--CCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25348077 CC-CCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTC-CCCTCT-CC-CCCCTCCCCCCCCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCT-CCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25348133 TCTCCCC-CCTCCCCCCCTACCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCC
1 CCTCCCCTCC-CCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCC-T-C-C-CC-TCCCCCCCCC
* * *
25348197 CCTCCCTCTCCTACCCCCCC-CCCCCTCTCCCCC-CTCCTACCCTTCCTCCCCTCCCCCCCTCC
1 CCTCCC-CTCC--CCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT--TCTCCCTCCCCTCCCCCCC-CC
* *
25348259 CCTCTCCCTACCCTCCCCCCTCCTCCCTCCTCTCCTCCTC-CCCTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCC
1 CCTC-CCCT-CCC-CCCCCCTCC-CCC-CCTC-CC-CCTCTCCTTCTCCCTCC-C-C-TCCCCCC
25348323 CCC
56 CCC
25348326 CCTCC
1 CCTCC
25348331 TCTTCTTCTC
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 298, Indels: 547
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
52 7 0.00
53 6 0.00
54 25 0.01
55 67 0.04
56 125 0.07
57 176 0.10
58 115 0.07
59 165 0.10
60 182 0.10
61 159 0.09
62 163 0.09
63 130 0.07
64 122 0.07
65 109 0.06
66 72 0.04
67 58 0.03
68 24 0.01
70 10 0.01
71 5 0.00
72 15 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (58 bp):
CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
Found at i:25347168 original size:204 final size:197
Alignment explanation
Indices: 25345691--25353529 Score: 794
Period size: 206 Copynumber: 38.1 Consensus size: 197
25345681 CTTCTCCTTT
* ** * *
25345691 CCTCTCCCCCCTCCCCC-C-CTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CCCCCTC
1 CCTC-CCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCC--CCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * ** * * * *
25345753 -CCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCC-CCTCTGCCTCCCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCT
63 TCCCTCTCCTCCCCCCCCTCT--CCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCT-CC-CCCACCCCCTTTCCCT
* * * * * ** *
25345816 ACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCTCCTACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCC
124 CCCCCCCCCTC-T-CCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCTCT-CCC-CCCC
* * *
25345880 CTCCTCTTCCCCCT
184 CTCCCCTCCCCCCC
* * ** * * * *
25345894 CCTCCTCCCCTCTCCCC-CT-CCCT-TCTTTCCTACCCCTCCCCC-CTCCCCCCTCTACTCCC-C
1 CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * *
25345954 TCCCTCTCCTCCCCTCCCC-C-CCCTCC-CCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC---CCCT-C
63 TCCCTCTCCTCCCC-CCCCTCTCCCCCCTCCT-CCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCC
* * * ** * * *
25346012 CCTCTCCTCTCCTC-CCCTAACCCTCTCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCT-T-CCCCCTC-CCCCT
126 CCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCT
25346072 CCCCCCC
191 CCCCCCC
* * **
25346079 TCCTACCCCTCCC-CCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCC-CTCCCCCCTACTCCCC
1 -CCT-CCCC-CCCTCCCCCTC-TCCCCT-CCCTCCCCTCCCCC-CCCCTC-CCCCCCCCCTCCCC
* *
25346142 CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTAC-CCCCCC-CTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCC-CCC
59 CCT-CT--CCCTCTCCTCCCCCCCCT-CTCCCCCCTCCTCC-CCCTCCC-TCT-C--CCCCACCC
* * * * * *
25346204 CCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCC
115 CCTTTCCCTC-CCCCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCCT--CTCTCCTCCT-CCCC--CCC-CCCC
* *
25346269 TACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTCCC
172 T-CTCTCCCCCCCCTCCC--CTCCCC--CCC
* *
25346300 CCTACCCCCCCT-CCCC-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCT
1 CCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCC-CCCTCT
* *
25346362 CCCTCTCC-CCCCCCCCT-TCCCCCCTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC--T-ACTCCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTC-CCCCTCCCT-CTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCC
* * * * * *
25346422 CCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTC-CTCCCCCT-CCTCCCCCCCTCT-TCTCCCTCCTCCCCGT
127 CCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCC-T
*
25346484 -CTCCCC
191 CCCCCCC
* * ** *
25346490 CCTCTCCCCCTCCTCCTC-CACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCCCCTCTCCCCC-CT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTC-CCCCCTCT
* * * * ** ** **
25346553 CCC-C-CC-CCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCT
64 CCCTCTCCTCCCC-CCCCTCTCCC-CCCTCCTCCCCCTCCCTC-TC-CCCCACC-CCCTTTCCCT
*
25346615 ACCCCCCCCCTC-CCCCTCCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCT
124 -CCCCCCCCCTCTCCCCTCCCT--CCC--C-CT-CTCT--CC-TCCTCCCCCCCC-CCCTCT-CT
*
25346679 ACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCC
177 -CCCCC-CCC-TCCCCTCCC-CC-CC
* *
25346705 CCTCCCCTCCTCTCCCCTC-CCCCT-CTTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCC
1 CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCC-CT-CCCCCCCC-CCTCCCC-CC
* * * *
25346768 TCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTCCTCCCC-CTCTCCCCCT-CCTC-CCCCCCCCCCTCTCT
61 T-CTCCC-TCTCCTCCCC-CCCCTCTCC-CCCCTC-CTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCC-CT-T
25346830 TCCC-CCCCCCCTCCTCCTACCCCT--CTCCCCCTC-CTTACCTCC-CCCCCCCCCCCTCTCTCT
119 TCCCTCCCCCCC-CCT-CT-CCCCTCCCTCCCCCTCTC-T-CCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTC-
* ***
25346890 CCCTCCCT--CCTCCCGTAC
178 CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* *
25346908 CC-CCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCT-CCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCC--CCCCC-C-TCCCCCCCCCCTCCCCC
25346971 CTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCT-CCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
60 CTCTCCC-TCTCCTCCC-CCCC-CTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
* *
25347035 CCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCC
121 CCTCCCCC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCT-CTCTC-CTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCC
25347100 CCTCCCCTCCCCCCC
183 CCTCCCCTCCCCCCC
* *
25347115 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCTACT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT-CT
** * *
25347180 CCC-C-CCT--CCTACGTCT---CCCTCCT-CCCCTCCC-C-CCCCTC-CTCCCTTTCCCTCCCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCC-CACCCCCTTTCCCTCCCC
** * * * *
25347234 CTCTAC-CT-CCCTACCC-CCCCCTCCTCTCCTCCT-CCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT-CC
128 C-CCCCTCTCCCCT-CCCTCCCCCT-CTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT-CTCTCCCCCCCCTCCC
*
25347294 CTACCCCTCC
189 CT-CCCCCCC
* * * ** * * *
25347304 CTTACTCCTCCT-CTTCTCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCTC
1 CCT-CCCCCCCTCCCCCTCT-CC-CCTCCC-T-CCCCTCC-CCCCCCCTCC--CCCCCCCCTCCC
* * ** * *
25347368 TCC-CTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCC-C-CCCCC-CCCCCCTC
58 CCCTCTCCCTCTCC-TCCCCCC-CCT-CTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTT
* * * * * ** *
25347429 CCCT-CCCCCCTC-CT-CCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCT-CTCTCCCTACTCTCCCCCCCCC
120 CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCT-CCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCC
*
25347490 CTACCCCTCCCCCCT
184 CT-CCCCTCCCCCCC
* ** * * *
25347505 CCTCCCCCCCGCCTCCCTC-CCTCC-CCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTC
1 CCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCC-CCTCCCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCC-CCCC
* ** * *
25347568 TCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACT-TCCCCTCTTCTCCCC-
61 TCTC-CCTCTCCTCCCCCC-CCT-CTCCCCCCT--CCTCCCCCTCCCTCTCCCC-C-AC-CCCCT
* * *
25347631 -TCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACCC-CTC-CC-CCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
118 TTCCCTCC-CC-CCCCCTCTCCCCT-CCCT-CCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCC
*
25347692 CCCTCCC-CTTCCTACCCCCCC
179 CCC-CCCTC-CCCT-CCCCCCC
* * * * ** * ** ** * * * *
25347713 CTTCCCTCCTTCTCCCTC-CTACTCTCCT-CCTTTTCCCTACCT-CTCCCCCTCTCCCCCTATTT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCC-CTCT
*
25347775 CCCTCT-CTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTTCCCC-CCCTCC
64 CCCTCTCCT--CCCCCCCC-T-CTCC-CCCCT-CCT-CCC-C-CTCCCTCTC--CCCCACCC-CC
* *
25347838 TACTTCCC-CCCCCCCTCTC-CCCTCTCCCTCCTCCTCTC-CCTCC-CCCCTCCCCCCCTC-CTC
117 T--TTCCCTCCCCCCCCCTCTCCC-CTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC-CCCCCCCTCTCTC
**
25347898 TTCCCCCT-CCCTCCCCCCC
178 CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* ** * **
25347917 TCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCTCCCTACCTACCCT-CC
1 -CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCC-CTCCCT-CCCCTCCCC-C-CCCCTCCC--CCCCCCCTCCC
* * * *
25347981 CCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCC
58 CCCT-CT-CCC-TCTCCTCCCC-CCCCTCTCCC-CCCT--CCTCCCCCTCCCT-CT-CCC-CCAC
* * * * *
25348046 CCCCTCTT-CGTCCCCCTCCC-CTCCCCT-ACTCCCCC-CT-TCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCT
113 CCCCT-TTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCC--CCCCCCCCTCT
*
25348106 C-CCTCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCC
175 CTCC-CCCC-C-CTCCCCTCCCCCCC
* * * * * *
25348131 CTTCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCTCCCT-TCCTCTCCTTCCCCCC
1 CCTC-CCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTCCCT-CCCCTCCCC-CC-CCCTCCCCCCCCCCTCCCCCC
* *
25348194 TC-CCCTC-CCTCTCCTACCCCC-CCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTC-CCCCC
61 TCTCCCTCTCCTC-CC--CCCCCTCTCCCCC-CTCCTCCC-CCT-CCC-T-CTCCCC-CACCCCC
* * ** * * *
25348255 CTCCCCTCTCCCTACCCTCCCCCCT-CCTCCCTC-CTCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCTCTTC
117 TTTCCCTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC-CCCCC-CCTCTCTCC
** *
25348318 CCCCCC-CCCCTCCTCTTCT
179 CCCCCCTCCCCTCC-CCCCC
* * * * ** * *** ** **
25348337 TCTCCTCCCTCTCCCCC-CTTCCCT-TCT-ATCTACCCCTTACTTATCCCCCTTCTCTTCTTACC
1 CCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCCC--CCCCCTCCCCC--C-CCCCTCCCC
* **
25348399 CCTCTCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTTCCCCTTTCGC-CTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCC
59 CCTCTCCCTCTCCTCCCC-CCCCTC-TCCCCCCTC-CTC-CCCCTCCCT-CT-C-C-CCC-A-CC
** *
25348463 CCC--TCCCT-CCCCCCCCTC-CCCCTACCCTTTCCC-C-C-CCTACTCCCCCCCCCCCT-T-TC
114 CCCTTTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCT-CCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTC
*
25348519 CCCTCCCT-CCCTCCTCCCCC
178 CCCCCCCTCCCCTCC-CCCCC
** * * * *
25348539 CC-CTACCCCTCCTCTTCTCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTCCCCCCTCTCCTCTCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTC-C-CTCCCCTCCC-CCC-C-CCTCCCCCC-C-CC-CTCC
* * * *
25348603 CTCCC-CTCCCTC-CC-CCCCTCCCTCCTACCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCTCCTCCC
57 C-CCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCT-CT-CC-C-CCCTC-CTCCCCCTC-CCTCTCC-CC-CAC
** * * * * * * * *
25348665 CCCACCCTCCCTCCCGCTACCCCCTC-CCCTTCCTTACTCTTCCCTGCTTCTCCTCCCCCCCCCT
113 CCC-CTTTCCCTCCC-C--CCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCC-CCCCCCCCCT
** * **
25348729 ACTCT-CCCCATCTCTCCTCTCCCCTA
173 -CTCTCCCCCCCCTCCCCTC-CCCCCC
** * * * * * *
25348755 CCTTTCCTCCTCCTCTCTATCCCC-CTCCTCCCCTCTCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCCC-
1 CCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTC-CCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* * *
25348818 CT-CCTCTCC-CCTCCCCCCTCTTCCCCCCTCC-CCCCTTCCCTC-CTCCTA--CCC-TTCCC-C
62 CTCCCTCTCCTCC-CCCCCCTC-TCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTC
* * * * *
25348875 CCCCTCCTCCTCTACCTACTACCCTCTCTCCCGCTCTAC-CCTACCCCCCCTCCTCTCTCCCTTC
125 CCCC-CC-CCTCT-CC-CCT-CCCTC-C-CCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCC--C
* *
25348939 TCCCC-CCTCTCCCCCTC
181 -CCCCTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25348956 CCTCCCTCCCCT-CCCCTC-CCCC-CCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCT-T
1 CCTCCC-CCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCT
* * *
25349017 TCCT-TCC-CCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCC
64 CCCTCTCCTCCCC-CCCCT--CTCCC-CCCTC-CTCC-C-CCTCCCT-CT--CCCCCA-CCC-CC
* * * * *
25349080 CTACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCTCTTTCCCTCCCCTCTCC-CCTACCTCCCCCCC
117 TTTCCCT---CCCCC-CCCC--TCTCCCCTCC-C--TCCC-CCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCC
* *
25349144 TCCCTCCCCCCCTCTCCCCTACCCCTCC
172 TCTCTCCCCCCC-CTCCCCT-CCCCCCC
* * * *
25349172 CC-CCCCCCCTCCCCCTC-CTCC-CCCTCCCC-CCCCCCCTCTCTTACCCCCCTCTCTACTCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCC-C-C-T-CCCCCCCCCCT-CCCCCC
* * * * * *
25349233 TCCCCCT-TCC-CCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCCCTCCC-CT-CCCCTCTCCCTACTC
61 TCTCCCTCTCCTCCC-C--C-CCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCT-TTC
* * * * * * * *
25349294 CTTCCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCTCCCTCCTCCCTCCCCTC
121 CCTCCCCCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCCTCT-CTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCTCTCCCC-C
25349359 TCCTCTCCCCTCCCCCCC
182 -CC-CTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25349377 CTTCCCTACCCCTCCCCC-CT--CCTCCCTTTACCCCATCTTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTA
1 CCTCCC--CCCCTCCCCCTCTCCCCTCCC--T-CCCC-TC--CCCCCCCCTCCC-C-CCCCCCTC
* * * * * *
25349439 CCTCC-CTACCTCTCCTCCCCCTCCCTC-CCCCCCTACCTACCTCCCCCCCTTTCCTCC-CTCCC
56 CCCCCTCTCCCTCTCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCT-CCT-CC-CCCTCCCTCTCCCCCACCCCC
* * * * *
25349501 --TACCTACCCCCCCCTCT-CTCT-ACTCCTCC-CT-TCCTCCTCCCTCCCTCCCCCTCTC-CCC
117 TTTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCC-CCC-CCCCCTCTCTCCC
25349559 TCCCCCTAACCCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTAC
180 -CCCCCT--CCC-C---T-C-CCC-C-C----C
* * *
25349592 CCTGCTCCTCCCC-CCCCCTTCTCCCCCCCCTCCCC-CCCCACCTCCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
1 CCT-C-CC-CCCCTCCCCC-TCTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCC-C
* * * * *
25349655 CCCT-CCTC-CCTCCCCCCCCCCT-CTCCATCCTTCCCCCTCTCCTGATCTCTCCCTACCCCC--
60 CTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCC-TCCCCCTC-CC---TCTC-CCCCACCCCCTT
* * * * *
25349715 CCCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCCTTCCCC-CT-TCCTACCCTACCCTCCTCCCCTCT-T-C
119 TCCCTCC-CCC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCT--CCT-CCCCCCCCCCCTCTCTCC
* *
25349776 TCCCCCT-CTCTCCCCTCCC
179 CCCCCCTCCCCTCCCC-CCC
* ** * * * ** * * *
25349795 CCTCCCCCCC-CTCCC-CT--CCTTACT-CCCTACCCCCCCTTCCTCTTCCCC-CACCTCTCTTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
* * ** * * *
25349854 CTCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCCTTACCCTCCCCCCTACCCCC-CTCCC--TCTCTCCCCC
66 CTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCT-CCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCC
* ** *
25349916 CCTCCTCTCCCCT-CCT-CCCCTCTC-CCACC-CCTCCTAACCTCCTCCTCTCCCCCCTCCT-CC
129 CC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCC-CC-CCCCCCCT-CTCTCCCCCC-CCTCCC
*
25349976 TTACCCCCCC
189 CT-CCCCCCC
*
25349986 TCCTCCTCTCCCTCCCTCCTCT-CCCT-CCT-CCCTCCCCCTCCCC-CCCCCCCTCCTTCTCCCC
1 -CCTCC-CCCCCTCCC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCC-CC--CTCCCC
* * * *
25350047 CCTC-CCCTCTCCCTCTCCCTCCTC-CCTCCCCTTACCT-CCCTTCCC-CTCCCCCCTTCCCTCC
59 CCTCTCCCTCT-CCTCCCCCCCCTCTCC-CCCC-T-CCTCCCCCTCCCTCT-CCCCC-ACCC-CC
* * * **
25350108 CTTACCTCCCCCCCCCTCCCTACCTCTCCCTCTCCCC-CTAACCTCCCTCCCTCTCCTCTCCCCT
117 TTTCCCTCCCCCCCCCT--CT-CCCCTCCCTC-CCCCTCTCTCCT-CCTCCC-C-CC-C-CCCCT
* *
25350172 CTC-CCCCCCCTTCCTCTTCCTCCTCCC
173 CTCTCCCCCCCCTCC-CCTCC-CC-CCC
* * * *** **
25350199 TACTCTTCCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCC-CCCCTCCCCTTAATCCTCCCCCCCTCCCTTTC
1 --C-CTCCCCCCCTCCCCCTCT-C-CCCTCCCTCCCCTCCCC--CCCCCTCCCCCCC-CCCTCCC
* ** ** * * * **
25350263 CCC-CT-CCTCCTACTAACCCCTTTCTCCCTCTTCC-CCCCC-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCCT
58 CCCTCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCT-CTCCCC-CACCCCCTTT
25350324 CCCTCCCCTCCTCCCCTCTTCCCCT-CCT-CCCCTC-CTCC-CC-CCCCTTTACCTCTACCTCCT
120 CCCT-CCC-CC-CCCCTC-TCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC----CC-C--CC-CCT
* *
25350384 -TCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCGC
173 CT-CTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCC-C
* * * * * * * * * *
25350410 CCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCTCTCCTTCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCTACCTCCCTTCCCCC
1 CCTCCCCCCCT-CC-CCCT-CTC-CCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCCCCCC
* * ** * *
25350475 T-TCTCTCTCCTTACCCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCC-CTCCTCTCT
61 TCTCCCTCTCC-T-CCCCCCCCTCT-CCCCCCTCCT-CCCCCTCCCT-CTCCCCCAC-CCCCT-T
* * *
25350538 TACTTCCCCTCTCCCCTC-CCCCCCCCTACCCCC-CTC-CC-CC-CCCCCCTCCCCTCTCTCTCT
119 TCCCTCCCC-C-CCCCTCTCCCCTCCCT-CCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCC-CCCC-CTCTCTC-
* **
25350598 ACTACCCCCCTCTCCCTCTCCCGT
178 -C--CCCCCCTC-CCCTCCCCCCC
* * * * * * ** * *
25350622 CCTCCTCCCCT-TCCCTCTCCCCACCTCTCCCCT-CCCTCCCCGCCCCTCCTACTTCTCCC-CTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTC
* * * **
25350684 CCTCT-CT-CCCCTCTTCTCTCCCCCT-CTCCCCTCTCTGGCTTCTCCCCC-CTCTACCCTCCCC
65 CCTCTCCTCCCCCCCCTCTC-CCCCCTCCTCCCC-CTC---CCTCTCCCCCAC-C--CCCTTTCC
* * * *
25350745 CTCTACCCCCCCT-ACCCC-CCCT-CCCCTCCCTCCTCTTCCCCCCCCCCCCTCTACTCTCCCTC
122 CTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCT-CTC-CCC-C
*
25350807 CCCTCCTCTACCTCTCCCGC
182 CCCTCCCCT-CC-C-CCC-C
* * * *
25350827 CC-CCTCCCCCT-CTCCTC-CCCCATCCTTCCCCCCCCCCTCCCCT-CCTCCCCCCTCCCCCC-C
1 CCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCCC-TCCCTCCCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * * * *
25350887 TACCCCCTCCTCCCCTCTCCCCTCTCTCCCC-CCTCTACCC-CCCTCCCCCCCTCTCCCCTCT-C
63 T-CCCTCTCCT-CCC-C-CCCCTCTCCCCCCTCCTC-CCCCTCCCTCTCCCCCAC-CCCCTTTCC
* * * * * *
25350949 CTTCACCCCCCTC-CTCCTACCCTCTTCCCTC-CTCCTCCCTCCCCCCCCCCC-CT-ACCCCTCC
122 CTCCCCCCCCCTCTCCCCT-CCCTC-CCCCTCTCTCCT-CCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCC
*
25351010 CTAGCCGCC-CCTCCTCC
184 CT--CC-CCTCC-CCCCC
* *
25351027 CCTCTCCCCCTCCCCC-CT-TCCTCTCCTCGCCCTCCCCTCCCTCCTCCCACCTCCTCCCTCCCT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTC-CCCTCCCC-CCC-CCTCCC-CC-CC-CCCTCCC-
* ** * ** * *
25351090 ACCC-C-CCCTCCTCCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCCCCCCCCTCCTCCCCCCTACCTACC
58 -CCCTCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCT-CT-CCCCC-ACC-CCC
* * * *
25351153 --TCCC-CCCCCTACCCCTCT-CCCTACC-CCCCTTCGTCTCCCCCTCTCCCCCCTACCCTCT-T
117 TTTCCCTCCCCC--CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTC-TCTCCTCCTC-CCCCCC-CCCCTCTCT
*
25351212 CTCCCCCCCTCCCCT---TCCC
177 C-CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* * *
25351231 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTC-CCT-CCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCCCCTC-CCCCC
* * * * *
25351296 -CTCCCTCCTCCT-ACCCCCCTCCCCCCCACTCCTCCCTCCT-CCT-TCCCCC-GCTCCTCTCCC
61 TCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCC-CTCCTCCC-CCTCCCTCTCCCCCACCCCCT-TTCC
* *
25351356 TCTCCTCACTCCTCCCTCTCCCC-CTCCTCCCCCTC-C-CCT-CTACCTCCCCCCCCCTCCCCCC
122 -CTCC-C-C-CC-CCCTCTCCCCTC-CCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CC-CCCCCCCCCTCTCTCC
25351417 CCCCTCCTCCCCTCTCCCTCCC
179 CCCC-CCTCCCCTC-CCC-CCC
* * * * * * * *
25351439 CC-CCCCCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTCTCCCCTCCCCT--CTCCCCCCT-TCCCCT
1 CCTCCCCCC-CTC-CCCCT-CTCCC-CTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* ** * *
25351500 CACCCTC-CCTATCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCTCCTCC-CCCCCTCCCCC-CTCCCTTTAC
62 CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCC-CCC-CT-CCTC-CC-CCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTT-C
* * * *
25351562 CCTCCCTCCCCCTCTACCCTCCC-CCCCC-C-CT--T-CTCCCCCCTCCGCTAC-CTCCCCCCCC
121 CCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT-CTCTCCCCCCCC
*
25351620 CCCCCTCCTCCCCC
185 TCCCCTCC-CCCCC
** * * ** *
25351634 CCTTCCCTCCCTCTTTCTACCTAT-CCC-CCC-CCCTTCCCTCCCCCCATTACTCCCCCCT-CCC
1 CC-TCCC-CCC-C--TCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCC-CCCCCC-TCCCCCCCCCCTCCCC
* *
25351695 CCTCCTCCCTCT--TCCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCC-CT-CCCCTCCCCC-T
59 CCT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCC--CCC-CTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTT
* * * * * * *
25351755 ACTCTCCCCCCGACCCTCACTCCC-CCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTC
119 TCCCTCCCCCC--CCCTCTC-CCCTCCCTCC-CCCT-CTCTCCTCCTCCCCC-CCCCCCTCTCTC
*
25351819 CCCCCTCTCCCCCTCTCCCCTCC
178 CCCCCCCT-CCCCTC-CCCC-CC
* * * * *
25351842 CCTCGGCCCCCCTACCCTCTACCCCCCCCCCTCCCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCTCCCCTCCCTC
1 CCTC--CCCCCCT-CCCCCT-CTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCC-CCCCCCTCCC-C
* *** * *
25351907 CCTCTCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCC-CATCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTC-
59 CCTCTCCCTCTCCT-CCC-CC-C--CCTC-TCCCCCCTCCTCCCCCT--CCCT--CT-CCCC-CA
** *
25351970 CCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCC-CTACCCCTCCCTTCTCCCTCTC-CCTCCCTTCGCTTCCTCC
112 CCCCCTTTCCCTC-CCCCC-CCCTCT-CCCCTCCC-TCCCCCTCTCTCCT-CC-TC-C--CC-CC
* *
25352033 CTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT-CCCCTC
167 C-CCCCTCTCTCCCC-C-CCCTCCCCTCCCCCCC
* * * * * * * * *
25352066 CCT-CCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCC-CCCCCCTCTTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
* **
25352129 CTACTCCCTCTCCTTCCCCCTCTCCCCCCTCC-CCTCCTCTCCCTCT-CCCTACCCTCCCCTCCC
66 CT-CT-CCTC-CC--CCCCCTCTCCCCCCTCCTCC-CC-CTCCCTCTCCCCCACCC-CCTTTCCC
* * * * * * ** * *
25352192 CCCCCCTCCCCTCCTCTCTTACCC-CTCCCCTCCCTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCC
123 TCCCCC-CCCCT-CTCCCCT-CCCTC-CCCCTCTC-TCCTCCTCCCCCCCCCCCTCT-CTC-CCC
* *
25352256 TCCC-CCTCTCCCCCCC
181 CCCCTCCCCTCCCCCCC
* *
25352272 CCTCTCCCCCCTCACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCT
1 CCTC-CCCCCCTC-CC-CCTCTCCCCT-CC--CTCC-CCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCC--C-CT
* * *
25352337 CCCCCCCTCTCCCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTCCTACCCCTCCTCTCCCTCCCCCTCCCCC-
55 -CCCCCCTCTCCCT-CT-CCTCC--CC-CCCCTCTCC--CCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCA
** * * * * * * *
25352401 CCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTCCCTAT-TCCTCCTTCCTCC-CT-TCCTCCTCCCTCCCCCTCT
112 CC--CCCTT-TCCCTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT
*
25352463 CTCTCCGCTCCCC-CCCCT-CCCCCC
173 CTCTCC-CCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* ** * * * * * *
25352487 CTTCCGCCCCC-CTCCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCTCCT
1 CCTCC-CCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTC-C-CCCCCCCTC-CCCCCCCCCTCC-CCC
* * * * * * *
25352551 CTCCCCCCTCTACT-CCTCCTCTCTACTCCCCCTCC-CTCCTCTACCC-CTCCTCCCTCCTCC--
60 CT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCT-C-CCCCCTCCTC-CCCCT-CCCTCTCC-CCCACCCCCTT
** * * * * * *
25352611 TCCCT-CCCTACTCTCTCTCCTCCCTCCTCCC-CTCCTCC-CCCCCCTCCTCCTCTTCTCTCCCC
119 TCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCC-CCCTCT-CTCCTCCTCCC-CCCCCCCCTCTCTCCCC
* **
25352673 CCCCTACCCTCCCCCTA
181 CCCCTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25352690 CCTCCCCTCTCTCTCCCTTCCTCCCTCCCCTCCCTTCCC-CCCTCCCCCTCCCTCCCTCCCTTCC
1 CCTCCCC-C-C-CTCCC--CCT--CTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCCC
* * * * * *
25352754 CTCTCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCTCCT-C-CCCCCTACCCTCT-CCTC-TCCTC-TTC
58 CCCT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
* * * * * * *
25352814 CC-CCCTCCCTCCTCTCTCCCCTCCCTACCCCTCTTTCC-CC-CCCCTACCTCTCCT-TTTTCCT
121 CCTCCC-CCC-CC-CTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC--CCCCCCCTCTCTCCCC
*
25352875 CCCCTCCCCCTCCCCCTC
181 CCCCT-CCCCTCCCCCCC
* * * * *
25352893 CCTCCCTCCTGTCCCCCCCCCCTCCTCC-CCCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACTCCCCTCCCCTTC
1 CCTCCC-CC---CCTCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCC-CCC-CT-C-CCCCCCCCCTCC
** * * * ** * * *
25352957 CCCC-C-CCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCCCCCACCT-CTCCTCTTTAT-CACC-CCCCCTTACC
57 CCCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCC
* *
25353017 C-CCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCACCC-C-CCCCGCCCTCCCCTCCCCCCCTTCCTC
122 CTCCCCCC--C-CCTCTCC-CC-T-CCCTCC-CCCTCTCTCC-TCCTCCCC-CCCCCCC-T-CTC
* * * *
25353079 TCCCCTCTCTCCCCTACCTCTCC
176 TCCCCCCCCTCCCCT-CCCCCCC
* * * * ** * * *
25353102 TCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCTCTCATCCCC-CCTTACTCCCTCCCCCCCCCCT-CCCCTTTT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTCC-CCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCT
* * * * * * * **
25353165 TCCTCTCC-CCTCCCTCTCCTCCGCCCCT-GTCCCCCCTCTCTTTCCCCC-CCTCCTCCCCCTCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCT-CTCC-CCCCTCCT-CCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCC
* *
25353227 TCTTCTCCCC-C-CCCCTCCCTCCTCCTCCTTCTCC-CC-CCCCCTCCCCCCGTC-CTCCTACCT
126 -C--CCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCT-C-TCTCCTCCTCCCCC-CCCCCC-TCTCTCC--CC-
* * *
25353287 ACCCCTACCTTCCCCCTTC
181 -CCCCTCCCCTCCCCC-CC
* * * *
25353306 TCTCACCCCCC-CCCTCCTCCTCCTCCTCCC-CCTCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCT
1 CCTC-CCCCCCTCCC-CCT-CTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* * *
25353368 C-CCCTCCTCCTCCTACCCCCTACTCTCCCTCCC-CCTTCCCTCTCCC-CTCCCTCTCTCCCC-T
62 CTCCCT-CTCCTCC--CCCCC--CTCTCCC-CCCTCC-TCCCCCTCCCTCTCCCCCAC-CCCCTT
* *
25353429 CCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCC-CCCTCCCCTCTCCTCCCCTATCCCCTCCCCCCCTCCTCT
119 TCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCC-CCTCTCTCCT--CC--TCCCC-CCCCCCCT-CTCT
25353493 CCCCTCCCC-CCCCTCCCCCCC
177 CCCC-CCCCTCCCCTCCCCCCC
25353514 CC-CCTCCCCCTCCCCC
1 CCTCC-CCCCCTCCCCC
25353530 CCTCTCTCCT
Statistics
Matches: 5587, Mismatches: 1122, Indels: 1850
0.65 0.13 0.22
Matches are distributed among these distances:
185 11 0.00
186 11 0.00
187 13 0.00
188 22 0.00
189 57 0.01
190 83 0.01
191 84 0.02
192 78 0.01
193 32 0.01
194 39 0.01
195 102 0.02
196 95 0.02
197 110 0.02
198 115 0.02
199 92 0.02
200 173 0.03
201 195 0.03
202 311 0.06
203 327 0.06
204 370 0.07
205 323 0.06
206 400 0.07
207 300 0.05
208 301 0.05
209 236 0.04
210 209 0.04
211 214 0.04
212 158 0.03
213 144 0.03
214 179 0.03
215 167 0.03
216 168 0.03
217 100 0.02
218 56 0.01
219 83 0.01
220 63 0.01
221 46 0.01
222 45 0.01
223 38 0.01
224 9 0.00
225 8 0.00
226 11 0.00
227 6 0.00
228 3 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (197 bp):
CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
CTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCCC
CCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCC
CC
Found at i:25347185 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 25347094--25347175 Score: 56
Period size: 1 Copynumber: 82.0 Consensus size: 1
25347084 TCCCCTCTCT
* * * * * * ** * * * *
25347094 CCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCT
1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
25347159 CCCCCCCCCCCCCCCCC
1 CCCCCCCCCCCCCCCCC
25347176 TACTCCCCCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 22, Indels: 0
0.73 0.27 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 59 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.85, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (1 bp):
C
Found at i:25347259 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25347253--25347595 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 114.7 Consensus size: 3
25347243 CCTACCCCCC
* * * *
25347253 CCT CCT -CT CCT CCT CCT CCC CCT CTAT TCT CCC CCT CCT CCCT ACC-
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C-CT CCT CCT CCT CCT -CCT -CCT
* * * *
25347299 CCT CC- CTT ACT CCT CCT CTT CTCT ACCT CCT CC- CTT ACC- CCT CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C-CT -CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT
* *
25347344 CCCT CCTT CCTT CCC CCC CCT CTCT CCCT CCCT CC- CCGT CC- CC- CCT
1 -CCT CC-T CC-T CCT CCT CCT C-CT -CCT -CCT CCT CC-T CCT CCT CCT
* * * * *
25347390 CCT CCT CTT CCCT CCT CCC CCT CC- CC- CCC CCC CCC CCT CC- CCT
1 CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
*
25347433 CC- CC- CCT CCT CCCT CCCT CCT CCT CCCT CCCT CCT CTCT CCCT ACT
1 CCT CCT CCT CCT -CCT -CCT CCT CCT -CCT -CCT CCT C-CT -CCT CCT
* * * *
25347479 -CT CC- CCC CCC CCT ACC- CCT CC- CC- CCT CCT CC- CCC CCG CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
* * *
25347519 CCCT CCCT CCC CCT CC- CTCT CC- CTT CC- CCT CCCT CC- GCT CCT CCT
1 -CCT -CCT CCT CCT CCT C-CT CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT
25347564 CCT -CT CCCT CCT -CT CCT CC- CC- CCT CCT CCT CC
1 CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CC
25347596 CTTCTACCCT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 34, Indels: 84
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
2 49 0.19
3 147 0.56
4 65 0.25
5 3 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.71, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
CCT
Found at i:25347697 original size:488 final size:470
Alignment explanation
Indices: 25345953--25348203 Score: 1096
Period size: 461 Copynumber: 4.7 Consensus size: 470
25345943 CTCTACTCCC
* *
25345953 CTCCCTCTCCTCCCC-TCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
1 CTCCCTC-CCTCCCCGTCCCCCCCCT-CCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC-C-CCCCCC-CCCTC-
* * * *
25346017 CCTCTCCTCC-CCTAACCCTCTCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCC
60 CCTC-CCCCCTCCT--CCCTC-CCCCTCCTCCCTCCCT--CCTC-TCTCCCT-ACTCTCCCCCCC
* * * *
25346079 TCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-CCCTCCC-CCTCC-CCCTCCCCCCTACTCCC
117 CCCTACCCCTCCCCCCTC-C-TCCCC-CCCC-CTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCC
* *
25346141 CCCTCCTACC-CCTTTCCTCCCC-CCCCTACC-CCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCCC
177 CCCTCCT-CCTCC--TCCTCCCCTCCCCT-CCTCCCCCC-TCCT-CCTCCC-TC-CCCT-CCCCC
* * *
25346203 CCCCTCCCCTC-TC-CCCC-CCCTCCCCT-CCCC-C-CCCCCCCT--CCCCCTCCTCCTCCCC-C
233 TCCTTCCCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTC
** * * * * ** *
25346259 TACCCTCCCCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTCCC-CCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCT
298 CCCCCT-CCCT-C-CCCCTCCCCC-CCCTCCTCCCTTTCCCTCCT---CTCCCTCCTACTCTCCT
* ** * * *
25346323 CC-CCCCCCT-CC-CCCCCCCTCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCT-CCCTCTCCCCC--CCCCCTTC
356 CCTCCCCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTCC-CCCTCTACCC-C-CCCCCTTACCCCTCC
* * * * *
25346381 CC-CCCT-CCTCTCCCCTCCCTC-CT-CCCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCTCCCCC
418 CCTCCCTACC-CT-CTCTCCCTCTCTACCCCC-CCTCCTACTTCCCCCCCC-CCTCT
* * * * * * *
25346434 CTCCCTCCCTCTCC-TCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCT--CT-
1 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCTCC-CCCC-CCCCCCCCCTCCCTC
* *
25346495 CCCCCTCCT-CCT-CCAC-CCTCCCT-CC-CCTC-CTTCCCT-CTC-CCCCCCCCCTCTCCCCCC
64 CCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCTC-TCCCTACTCTCCCCCCCCC-CT-ACCCC
* * ** * ** *
25346552 TCCCCCC-CC-CCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACC-CC
126 TCCCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCC-TCC--CTCCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCCCCT-CCTCC
* * *
25346614 TACC-CCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTTCGCTCCT--CTCCCCTTCCCCC-CC--CCCCTCCC
186 T-CCTCCTCCCCT-CCCCT-CCTCCCCCCTC-CTCCTCCCTCCCC-TCCCCCTCCTTCCCCT-CT
* * *
25346673 TCTCCTACC-CCCTCCCTTCCCTTCC-CTCCTCCCCT-CCCCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCC
245 TCTCC--CCTCCCTCCCCTCCC--CCTCTCCCCCCCTACCCC-CCTC-CCCCT-CCCCTC-CCCC
*
25346735 CTCCC-CCCCCTCTCCCCCCC-CCT-CC-TCCCCT-C-CTCCC-CC--CT-TCC-CCTCCCCTCC
302 CTCCCTCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCC-CC
** * * * *
25346789 T-CTCTCCTCCCCCTCTCCCCCT-CCTCCCCC-C--CCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTA
365 TAC-CT-CTCCCCCTCTCCCCCTATTTCCCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCT-C-CCTA
*** *
25346849 CCC-CTCTCCC-C-CT-CCTTACCTCC--C-CCCCCCCCCCTCTCT
426 CCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCC-CTCT
* *
25346888 CTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCC-CCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCT
1 CTCCCTCCCT-C-CCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTC-CCCCTCC-CC-C-CCCC-CCCCCCT
* * *
25346952 -CTTCCCCCC-CC-CCTTCCCCCT-CTCCCTTCTCCTCC-CTC-CCCT-CTCT-CCCCCCTCCT-
59 CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCC-TC-CCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTA
* * *
25347008 CCCCTCCCCTCTCC-CCCACCCCCT--TTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTC
122 CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCCCCT-C-C
* *
25347070 TCTCTCCTCC-CCCCTCCCCTCTCTCCCCCC-CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CCTCCCCCT
183 TC-CTCCTCCTCCCCTCCCCTC-CTCCCCCCTCCT--CCT-CCCTCCCCTCCCCCTCCTTCCCCT
* * ** * * **
25347132 CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCTACTCC-CCCCTCCTACGTC
243 CTTC-TC-CCCT-CCCTCCCCTCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCC--CCCC
25347195 TCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCT-C-C-CCCT-CTAC-CTCCCTACC-CCCCC
303 TCCCT-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCT-CCT-CCTCCCCC
* * * *
25347254 CT-CCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCT
364 CTACCTCTCCCCCT-CT-CCCC-CTATT-TCCCCCT-CTACC--CCCC-CCCTTACCCCTCC-CC
* * *
25347318 TCTCTA-CCTC-CT-CC-CT-TACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCT
420 TCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCT-CCTACTTCC--CCCCCCCCTCT
25347367 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCCC
1 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCC-CCTCC-C-TCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCC
25347432 TCCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCC
62 TCCCCCCTCCTCCCTCCC-CCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCC
* *
25347497 TCCCCCCTCCTCCCCCCCGCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTC
126 TCCCCCCTCCTCCCCCCC-CCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-C-CTCCTC
*
25347562 CTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCT
188 CTCCTC-CCCTCCCCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCC-TC--CCCTCCCCCTC-CTTCCCCTCTTCT
*
25347627 CCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
248 CCCCTCCCTCC-CCTCCCCCTCTCCCC--CCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
** * * ***
25347692 CCCTCCCCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCT
310 CCCTCCCCCCCCT--CCTCCCTTTCCCTCC-TCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCCCCTACCTCT
*
25347757 CCCCCTCTCCCCCTATTTCCCTCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCC
372 CCCCCTCTCCCCCTATTTCCCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCC
*
25347822 TCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCCCTCT
437 TCTCTACCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCCCTCT
* * * *
25347856 CCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCCT
1 CTCC-CTCCCTCC-CC-GT-CC-CCCCCCTCCCTCCCT-C-C-TCCCCCTCCC-CCCCCCC-CCC
* * * * *
25347921 TCTACTCTCTCCCCT-CTCCCTCTCCCTCC-CCCTCCC-CTCTCCCCTCCCTAC-CTACCCTCCC
56 CCT-CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTC-CT-CTCTCCCTACTCT-CCC-CCC
* *
25347982 CCTCCTACCCTTCTCCCCC-CCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCC
116 CC-CCTACCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCC-CCCTCCCT-CCCTCCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCC
* * * * * * *
25348046 CCCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCTACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTC
176 CCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCTCCCCTCCTCCCCCC-TCCTCCTCCCT-CCCCTCCCCCTCCTTC
* * * *
25348111 CCCTC-TCCCCCCTCCCCCCCCTTCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTC
239 CCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCC-TC-CCCCTCTCCCCCCCTACCCC-CCTCCCCCTCCCCTCCCC
* * *
25348175 CCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCC-CCTCCCT
301 CCTCCCTCCCCCTCCCCCC-CCTCCTCCCT
25348204 CTCCTACCCC
Statistics
Matches: 1392, Mismatches: 178, Indels: 391
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
453 1 0.00
454 21 0.02
455 2 0.00
456 30 0.02
457 46 0.03
458 51 0.04
459 40 0.03
460 52 0.04
461 78 0.06
462 55 0.04
463 40 0.03
464 52 0.04
465 36 0.03
466 23 0.02
467 11 0.01
468 16 0.01
469 23 0.02
470 4 0.00
471 8 0.01
472 5 0.00
473 10 0.01
474 12 0.01
475 11 0.01
476 16 0.01
477 17 0.01
478 18 0.01
479 39 0.03
480 44 0.03
481 24 0.02
482 9 0.01
483 4 0.00
484 9 0.01
485 16 0.01
486 17 0.01
487 33 0.02
488 68 0.05
489 46 0.03
490 43 0.03
491 43 0.03
492 70 0.05
493 45 0.03
494 51 0.04
495 50 0.04
496 69 0.05
497 20 0.01
498 14 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (470 bp):
CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCC
CCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCC
CCTCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCTCCTCCTCCC
CTCCCCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCTTCCCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCC
TCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCCCCCTCCT
CCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTC
CCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCTCCTAC
TTCCCCCCCCCCTCT
Found at i:25348008 original size:26 final size:23
Alignment explanation
Indices: 25347843--25352838 Score: 357
Period size: 23 Copynumber: 208.7 Consensus size: 23
25347833 CCTCCTACTT
* *
25347843 CCCCC-CC-CCCTCTCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25347864 CCTCCTCCTCTCC-CTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCT-C
*
25347888 CCCCCTCCT-CTTCCCCCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCT-C
* * *
25347912 CCCCCTCCTTCTACTCTCTCCCCT-
1 CCCCCTCC-TC-CCTCCCCCCCCTC
*
25347936 CTCCCT-CTCCCTCCCCCTCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCTC
* * * **
25347958 TCTCC-CCTCCCTACCTACCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25347979 CCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCC-TC-CCCCCCCTC
25348005 CCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25348028 CTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* **
25348052 TTCGTCCC-CCTCCC-CTCCCCTACTC
1 --C-CCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25348077 CCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCT-
1 CCCCC-TCCTCCCTCCC-CCCCCTC
* *
25348100 CCCTCTCCCTCCCCTCTCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25348125 CCCCC-CCT-TCTCCCCCCTC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25348145 CCCCCTAC-CCCTCCTCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25348167 CCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTC
1 CCC-CCT-CC-TCC-CTCC--CCCCCCTC
* *
25348196 CCCTC-CCTCTCCTACCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
* ** *
25348218 CCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTC
1 CCCC-CTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25348242 CTCCCCT-C-CCC-CCCTCCCCT-
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25348262 CTCCCT--ACCCTCCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
25348284 CCTCCTCTCCT-CCTCCCCTCCCCCTC
1 CC-CC-CTCCTCCCT-CCC-CCCCCTC
* * * *
25348310 CTCTCTTCC-CCCCCCCCCTCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** *
25348333 TTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * ** ** * *
25348356 -TCCCTTCTATCTACCCCTTACTTAT
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCC-CCCCT-C
* * ***
25348381 CCCCCTTCT-CTTCTTACCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25348403 TCCCCCTCCTCCC-CTCCCCTCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25348425 TCCCCT-TTCGCCTCCCCTCCCT-
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
**
25348447 CCTACT-CTCCCTAGCCCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CCCCC-CCCTC
* **
25348472 CCCCC-CCTCCC-CCTACCCTTTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCT-C
* *
25348495 CCCCCTACTCCC-CCCCCCCCTT
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25348517 TCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25348541 CTACCCCTCCT--CTTCTCCCCCTC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25348564 TCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25348588 CCCCCT-CTCCTCTCCCTCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCC-CTCCCCCCCCT-C
* * * *
25348612 CTCCCCCCCTCCCTCCTACCTCATC
1 C-CCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
* * *
25348637 CTCTCTCC-CCCTCTCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* * * * *
25348660 CTCCCCCCACCCTCCCTCCCGCTA
1 CCCCCTCCTCCCTCCC-CCCCCTC
* ** * *
25348684 CCCCCTCC-CCTTCCTTACTCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** *
25348707 CCTGCTTCT-CCTCCCCCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCT-C
* * *
25348731 TCTCCCCATCTCTCCTCTCCCCTACCTTT
1 -C-CCCC-TC-CTCC-CTCCCC-CCCCTC
* * **
25348760 CCTCCTCCTCTCT-ATCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25348782 CTCCCCT-CTCCCTCCCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCTC
* * *
25348806 CCCCTTACCCCCCTCCTCTCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25348831 CCCCCTCTTCCCCCCTCCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCC-TC
*
25348856 CCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCT-
1 CCCCCTCCT-CCC-TCCCCCCCCTC
* * ** *
25348880 CCTCCT-CTACCTACTACCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
* *
25348903 TCCCGCT-CTACCCTACCCCCCCT-
1 -CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25348926 -CCTCT-CTCCCTTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCC-TCCCCCCCCTC
25348948 TCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTC
1 -CCCCCT-CCTCCCTCCCC-CCCCTC
* *
25348974 CCCCC-CTTTCTCTCCCCTCCCC-C
1 CCCCCTC-CTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25348997 TCCCCTCC-CCCTCCCCCCTTTCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC---CC-TC
*
25349023 CCCCCT-CT-CCT-ACCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25349043 CCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCC-C
1 CC-CCCTCCTC-CCTCCC--C-C-CCCTC
* *
25349071 CATCCCTCCCTACCCTACCCCCCCTC
1 C-CCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
** **
25349097 CCCTAT-CTCCCCTCCTCTTTCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCC-C-CCCCCTC
* *
25349122 CCCTCTCCCCTACCT-CCCCCCCTC
1 CCC-C-CTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25349146 CCTCCC-CC-CCTCTCCCCTACCCCTC
1 CC-CCCTCCTCC-CTCCCC--CCCCTC
*
25349171 CCCCC-CC-CCCTCCCCCTCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25349191 CCCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCT-C
*
25349216 CCCCCTCTCTACTCC-CCTCCCCCTTC
1 CCCCCTC-CT-C-CCTCC-CCCCCCTC
*
25349242 CCCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTC
1 CCCC-CTCCTCCC--T-CCCCCCCCTC
* * **
25349269 CCCCTCCCCTCCCCTCTCCCTACTC
1 CCCC-CTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25349294 CTTCCCCT-C-CCCTCTCCCCTCTC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
**
25349317 CCCCC-CCT--CTCCCCCTACTACC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT--C
25349339 CCTCCCTCCTCCCTCCCCTCTCCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCC-C-CC-CTC
* *
25349366 CCCTCC-CCCCCCTTCCCTACCCCTC
1 CCC-CCTCCTCCC-TCCC-CCCCCTC
* ** *
25349391 CCCCCTCCTCCCTTTACCCCATCTT
1 CCCCCTCCTCCC--TCCCCCCCCTC
**
25349416 CCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25349440 CTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCC
1 CCCCCT-CCTC-CCTCCCCC-CCCT-C
* *
25349467 CCCCCTACCTACCTCCCCCCCTTTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCC-CTC
* *
25349492 CTCCCTCCCTACCTACCCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCT-CCCCCCCCTC
** *
25349517 TCTCTACTCCTCCCTTCCTCCTCCCTC
1 -C-CCCCTCCTCCC-TCC-CCCCCCTC
*
25349544 CCTCCC-CCTCTCC-CCTCCCCCT-
1 CC-CCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
** * * * **
25349566 AACCCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTAC
1 CCCCCTC-CTCCCTCCC-CCCCCT-C
** *
25349592 CCTGCTCCTCCC-CCCCCCTTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25349615 CCCCC-CCTCCC-CCCCCACCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25349636 CTCCCC-CCTCCCTCCCCTCCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25349660 CTCCCTCC-CCC-CCCCCTCTCCATC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-C-CC-TC
* * * *
25349684 CTTCCC-CCTCTCCTGATCTCTCCCTAC
1 C-CCCCTCCTC-CCT--CCCCCCCCT-C
* * *
25349711 CCCCCCCCT-CCTCCCTCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25349733 TCCCCT-C-CCTTCCCCCTTCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCT-C
25349756 CCTACCCTCCTCCCCTCTTCTCCCCCTCTC
1 CC--CCCTCCT-CCCTC--C-CCCCC-CTC
*
25349786 TCCCCTCC-CCCTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25349808 CCCTCCTTACTCCCTACCCCCCCTTCCTC
1 CCC-CC-TCCTCCCT--CCCCCC--CCTC
* * * * * *
25349837 TTCCCCCACCTCTCTTCCTCTCTTC
1 --CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25349862 CCCCC-CCTCTCCTCCCTCCTTACCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCTCCC-CC---CCCTC
*
25349889 CCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCCC-C-C-CCCTC
*
25349915 CCCTCCT-CTCCCCTCCTCCCCTCTC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCC-CCCCCCTC
* *
25349940 CCACC-CCT-CCTAACCTCCTCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CC-CC-CCCCTC
* *
25349965 CCCCCTCCTCCTTACCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25349988 CTCCTCTCCCTCCCTCCTCTCCCTC
1 C-CCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25350013 CTCCCTCC-CCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25350034 CCTCCTTCTCCC-CCCTCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25350056 TCCCTCTCC-CTCCTCCCTCCCCTTAC
1 -CCCCCTCCTC-CCTCCC-CCCCCT-C
* * *
25350082 CTCCCTTC-CCCT-CCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25350103 CCTCCCT--TACCTCCCCCCCCCTC
1 CC-CCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
*
25350126 CCTACCT-CTCCCTCTCCCCCTAACCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTC-CCCCC---CCTC
* *
25350153 CCTCCCT-CT-CCTCTCCCCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* **
25350175 CCCCC-CCT---TCCTCTTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25350194 CTCCCTACT-CTTCCCCCCTCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25350215 CTCTCTCCTCCCT-CCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
** * *
25350237 CCCTTAATCCTCCC-CCCCTCCCTTT
1 CCC--CCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
** * *
25350262 CCCCCTCCT-CCTACTAACCCCTTT
1 CCCCCTCCTCCCT-C-CCCCCCCTC
* *
25350286 CTCCCT-CTTCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25350307 CTCCCCTCC-CCC-CCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25350329 CCCTCCTCC-CCTCTTCCCCTCCT-
1 CCC-CCTCCTCC-CTCCCCCCCCTC
*
25350352 -CCCCTCCTCCC-CCCCCTTTACCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC---CCCTC
**
25350375 CTACCTCCTTCCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCTCC-TCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25350398 ACCTCCCCCCGCCCT-CTCCCCCTC
1 -CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
**
25350422 CCTCCCTCCTCTCCTTCCCTCCCTTTC
1 CC-CCCTCCTC-CC-TCCC-CCCCCTC
* * * *
25350449 TCGCCCT--TCCCT-ACCTCCCTT
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * **
25350470 CCCCCTTCTCTCTCCTTACCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** **
25350493 CCCCCTAATCCC-CTCCTACCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25350515 CCCCCTCCTCCC-CCCTCCTCTCTTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCC-CC-C-CCT-C
*
25350541 TTCCCCT-CTCCCCTCCCCCCCC-C
1 -CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
*
25350564 TACCCC-CCTCCC-CCCCCCCCTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25350586 CCCTCTCTCTCTACTACCCCCCTCTCC
1 CCCCCTC-CTC-CCT-CCCCCCCCT-C
25350613 CTCTCCCGTCCT-CCTCCCCTTCCCTCTC
1 C-C-CCC-TCCTCCCTCCCC--CCC-CTC
* *
25350641 CCCACCT-CTCCCCTCCCTCCCCGC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25350665 CCCTCCTACT-TCTCCCCTCCCTCTC
1 CCC-CCTCCTCCCTCCCC-CCC-CTC
* * * *
25350690 TCCCCTCTTCTCT-CCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25350712 CCCTCT-CTGGCTTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
** *
25350735 TACCCTCC-CCCTCTACCCCCCCTA
1 CCCCCTCCTCCCTC--CCCCCCCTC
* *
25350759 CCCCC-CCTCCCCTCCCTCCTCTTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCC-CCCCCTC
* * *
25350783 CCCCC-CCCCCCTCTACTCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC--CCCCCCCTC
25350807 CCCTCCT-CTACCTCTCCCGCCCCCTC
1 CCC-CCTCCT-CC-CTCCC-CCCCCTC
25350833 CCCCTCTCCTCCC-CCATCCTTCCCC-C
1 CCCC-CTCCTCCCTCC--CC--CCCCTC
25350859 CCCCCT-C-CCCTCCTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCT-C
*
25350882 CCCCCTACC-CCCTCCTCCCCTCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25350906 CCCTCTCTCCCCCCTCTACCCCCCTC
1 CCC-C-CTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* ** *
25350932 CCCCC-CTCTCCC-CTCTCCTTCAC
1 CCCCCTC-CTCCCTC-CCCCCCCTC
* * *
25350955 CCCCCTCCT-CCT-ACCCTCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25350976 CCTCCTCCTCCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25350998 CCCTACC-CCTCCCTAGCCGCCCCTCCTC
1 CCC--CCTCCTCCCT--CC-CCCC-CCTC
* *
25351026 CCCTCTCC-CCCT-CCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25351047 CTCTCCT-CGCCCTCCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25351070 CTCCCACCT-CCT-CCCTCCCTACC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT--C
* *
25351093 CCCCCTCCTCCTCTCCTTCCTCC-C
1 CCCCCTCCTCC-CTCC-CCCCCCTC
**
25351117 CCCCCTTTTCCC-CCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25351140 CCCCCTACCTACCTCCCCCCCCT-
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25351163 ACCCCT-CTCCCTACCCCCCTTCGTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCC--CCTC
*
25351188 TCCCCCT-CTCCC-CCCTACCCTCTTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCC--CCC-CCTC
**
25351213 TCCCCC-CCTCCC-CTTCCCCCTCC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25351236 CCCCCTCC-CCCT-CTCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25351256 -CTCCTCC-CCCTCCTCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25351277 CTCCCT-CTCCCTCTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25351300 CTCCTCCTACCCCCCTCCCCCCCACTC
1 C-CC-CCT-CCTCCCTCCCCCCC-CTC
* *
25351327 CTCCCTCCTCCTTCCCCCGCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-C-CCTC
* * * *
25351352 TCCCTCTCCTCACTCCTCCCTCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25351375 CCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACCTC
1 CCCCCTCCT--CCCTCCCC-C-CCCTC
* *
25351402 CCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25351426 CCCTCTCCCTCCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** ** **
25351449 TCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTC
1 -C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25351474 TCCCCT-C-CCCTCTCCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25351496 CCCTCAC-CCTCCCTATCCCCCCTCTC
1 CCC-C-CTCCTCCC--TCCCCCCCCTC
25351522 CTCCCTCTCCCTCTCCT-CCCCCCCTC
1 C-CCC-CT-CCTC-CCTCCCCCCCCTC
25351548 CCCCCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTC
1 CCCCCT-CC--T-CCCTCCC-CCCCCTC
** **
25351576 TACCCTCC-CCC-CCCCCTTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25351597 CCCCCTCCGCTACCT-CCCCCCC-C
1 CCCCCT-C-CTCCCTCCCCCCCCTC
*
25351620 CCCCCTCCTCCC-CCCCTTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
* * * *
25351643 CCTCTTTCTACCTATCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCT-CC-CTCCCCCCCCTC
** * *
25351667 TTCCCTCCCCCCATTACTCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCC--T-CCCCCCCCTC
25351692 CCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CC-C-TCCCCCCCCTC
25351718 TCCTACCCT-CT-CCTACCCCTACCCCTC
1 -CC--CCCTCCTCCCT-CCCC--CCCCTC
* *
25351745 CCCTCCCCCTACTCTCCCCCCGACCCTC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCCC-CC--CCCTC
*
25351773 ACTCCCC-CCT-CCTCCCTCCCCT-
1 -C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25351795 CCCCCTCC-CCCTCCTCCCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCC-CCCT-C
*
25351820 CCCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTC
1 CCCC-CTCCTCC-CTCCCC-CCCCTC
*
25351846 GGCCCC-CCTACCCTCTACCCCCCC-C
1 -CCCCCTCCT-CCCTC--CCCCCCCTC
*
25351871 CCTCC-CCTCCCCTCCCTCTCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCC-C-CCCCTC
* **
25351896 TCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTTCTAC
1 CCCCCT-CCTCCCTC-CCC-CCCCT-C
* *
25351923 CCTCCTCGTCCCATCCCCCCTCCT-
1 CCCCCTCCTCCC-TCCCCCC-CCTC
*** ** * **
25351947 CCTAATAAT-CTTACCTACCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
*
25351970 CCCCC-CCTCCCT-CTCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25351991 CCCTACC-CCTCCCTTCTCCCTCTCCCTC
1 CCC--CCTCCTCCC-TC-CCC-C-CCCTC
* * * *
25352019 CCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTC
1 CC--C-CCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25352045 CCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCTC
1 CCCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
25352070 CCCCCTCC-CCCTCCCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CCCCCCCCTC
25352094 CTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCCC-C
1 C-C-CCCTC-CTC-CCTC-CCCCCCCTC
* * * * *
25352121 CCCTCTTCCT-ACTCCCTCTCCTT
1 CCC-CCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352144 CCCCCT-CTCCC-CCCTCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352165 CTCTCCCT-CTCCCTACCCTCCCCTC
1 C-C-CCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
* * * * *
25352190 CCCCCCCCTCCC-CTCCTCTCTT
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** *
25352212 ACCCCT-C-CCCTCCCTTCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25352233 TCACCTACTCACTCTCCTCTCCCT-
1 CCCCCTCCTC-C-CTCCCCCCCCTC
*
25352257 CCCCCT-CTCCC-CCCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352278 CCCCCT-C-ACCTCCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** *
25352300 CCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352323 CCTCCC-CCTACTCTCCCCCCCTCTC
1 CC-CCCTCCT-CCCTCCCCCCC-CTC
* *
25352348 CCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
25352373 CTACCCCTCCT--CTCCCTCCCCCTCC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCC-CCCCCT-C
* **
25352398 CCCCCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTC
1 CCCCC-TCCTCCCTCCC-C-CCCCTC
*** * *
25352424 CCTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCC-CCCTC
* * *
25352449 CTCCCTCC-CCCTCTCTCTCCGCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-C-CCCCCCTC
** *
25352473 CCCCC-CCTCCC-CCCCTTCCGC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25352494 CCCCCTCCTATCC-CCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* * *
25352517 CCCTCT-CTCCCTCTCTCTCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* *
25352539 CTCCCTCCT-CCTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25352561 TACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25352585 CCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTC
1 CC-CC-CT-CCTC-CCTCCC-CCCCCTC
* * * *
25352613 CCTCCCTACTCTCTCTCCTCCCT-
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352636 CCTCC-CCT-CCTCCCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25352656 CCTCCTCTTCTCTCCCCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
* * *
25352680 CCTCCC-CCTACCTCCCCTCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25352703 TCCCTTCCTCCCTCCCCTCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25352727 CCCCCTCC-CCCT-CCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25352748 CCTTCCCT-CT-CCTCCCTCCCCTC
1 CC--CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25352771 CCCCCCCTCTCCCTCCTCCCCCCTA
1 CCCCCTC-CTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25352796 CCCTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCTC-CCCCCCCTC
*
25352821 CCTCCTCTCTCCCCTCCC
1 CCCCCTC-CT-CCCTCCC
25352839 TACCCCTCTT
Statistics
Matches: 3565, Mismatches: 806, Indels: 1204
0.64 0.14 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 27 0.01
20 75 0.02
21 323 0.09
22 440 0.12
23 623 0.17
24 615 0.17
25 574 0.16
26 403 0.11
27 274 0.08
28 116 0.03
29 64 0.02
30 23 0.01
31 8 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
Found at i:25348138 original size:106 final size:102
Alignment explanation
Indices: 25345694--25348326 Score: 462
Period size: 101 Copynumber: 25.5 Consensus size: 102
25345684 CTCCTTTCCT
* * * * *
25345694 CTCCCCCCT-CCCCCCCTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCT-C-CCCCCT-CCCTCCCCCT-CC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCT-CCCCTACT
* * *
25345754 CCCCCCCTCCCTCC-CCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTCCCC
65 CCCCCCTTCCC-CCTCC-CT-ACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * ** * *
25345794 CTACCTCCCT-CCCCCTCT-CTCTACTCCT-CCCTCTTCCCCCTCC-CCCCC-CCTC-CCCCTCC
1 CT-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTAC
* * * *
25345853 TACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTC
64 TCCCCCCTTCCCC---CT-CCCTACCCCTCC-C-TCTCCCTCCCC
* ** *
25345898 CTCCCCTCTCCCCCTCCCT--TCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCC-CC-CCTCTACTCCCCT-CCC
1 CTCCCCCCTCCCCC-CCCTCCTCCCTCCT-CCCCTCCCCCC-CCTCCTCC-C-CCTCCCCTCCCC
* *
25345958 T-CTCCTCCCC-TCCCCC-CCCT-CCCCT-AC-CT-CCTCCCT
61 TACTCC-CCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
*
25345994 CTCCCCCTCTCCCCCCTCC-CTCTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTC
1 CTCCCCC-CTCCCCCC-CCTC-CTCC-CTCCTCCCCT--CCC-C-CCCCTCCTCCCCCTCCCCTC
* * * * *
25346058 TTCCC-CCT-CCCCC-TCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCC
58 --CCCTACTCCCCCCTTCCCCCTC-CCTACCCCT-CCCTCTCCCTCCCC
* *
25346104 CTCCCCGCC-CCTCCCCCTCC-CCCTCC-CCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCCC-CC
1 CTCCCC-CCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCCCCCCCTCCT--CCC---CCTCCCCTCC
* * * * *
25346165 CCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCT---TCTACTTC-CCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * *
25346206 CTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTA
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCT--CCT-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTA
* * *
25346271 C-GCCCCC--CCCCCTCCCTACTCCCCTTCCCCCTACC-CCCC
63 CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTA--CCCC-TCCCTCTCCCTCCCC
* *
25346310 CT-CCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CC-CCCCTCTCCCCCCCTCC-CTCCCTCTCCCTCTCCC
1 CTCCCCCCT-CCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCCCTC-CCCTC-CCC
25346371 --C-CCCCCCTTCCCCCCTCCTCT-CCCCT-CC-CT-CCTCCCC
61 TACTCCCCCCTT-CCCCCTCC-CTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * *
25346408 CT-CCCCCTACTCCCCCCC-CCTCCCCCCT-CCCTCCCTCTCCTCC-CCCTCCTCCCC-CCCTCT
1 CTCCCCCCT-C-CCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCC-CCTCCCCTCCC-CT
* * * * *
25346468 TCTCCCTCC-TCCCCGT--CT-CCCC-CCTCTCCCCCTCCTC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCC-CTCTCCCTCCCC
* * * *
25346505 CTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCT-CTCCCC-CCCCCCTCT-C-CCCCCTCCCC-CCCC-CCT
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCC-TCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTACT
* * * *
25346564 CCCCCC-TCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCT-CTTCTCCTTACCTCC
65 CCCCCCTTCCC--CC-TC-CCTAC-CCCTCCCTCTCCCT-CC-CC
* * * *
25346607 CT-ACCCCTACCCCCCC-CCTCCC-CCT-CCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCC-CCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC--CCCTCCTC-CCCC-TCCCCTCCCCT
* * * *
25346667 CCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCT-TCCCTTCC-CT-CCT-CCC
62 ACTCCC-C-CCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * *
25346706 CT--CCCCTCCTCTCCCCTCC-CCCTCTTCCCCTCCCCCCCCT-CTCCCCCCCCCTCCTCCCCTC
1 CTCCCCCCTCC-CCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCC-CCTCCCCTA
*
25346767 CTCCCCCCTT-CCCCTCCC--CTCCT--CTCT-CCTCCCC
63 CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
25346801 CTCTCCCCCTCCTCCCCCC-CC-CCCTCTCTTCCCC-CCCCCCTCCTCCTACCCCTCTCCCC-CT
1 CTC-CCCCCTCC-CCCCCCTCCTCCCTC-C-TCCCCTCCCCCC-CCTCCT-CCCC-CTCCCCTC-
* ** * *
25346862 CCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCT-CTCCCTCCCTCCTCCCGTACCC
58 CCCTA-CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCT-CTCCC-TCCCC
* * * * *
25346910 C-CCCCCCTCCCTCCTCT-C-CCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCC-
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCC--CCCCCTCCTCCCCCTCCCC-TCCCCT
* * * *
25346971 -CT-CTCCCTT-CTCCTCCCT-CCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CTCCCT-C-CCC
* * *
25347011 CTCCCCTCTCCCCCACCC-CCTTTCCCT-C-CCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCT-C
1 CTCCCCCCTCCCCC-CCCTCC--TCCCTCCTCCCCT-CCC-C-CCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCC
* * ** *
25347072 TCTCCTCCCCCC-TCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCCCC-CTC-CCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * *
25347116 CTCCCCCC-CTCCCCCTCTCCT-TCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCC-CCCCCCCCCCCCCCCTA
1 CTCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTA
*
25347178 CTCCCCCC-TCCTACGTCTCCCT---CCTCCC-CTCCC-CCCC
63 CTCCCCCCTTCC--C-CCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * *
25347215 CTCCTCCCTTTCCCTCCC-CCT--CTACCT-CCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCTCCTCC-CCC
1 CTCC-CCCCTCCCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCTC-CC-CCTCC-CCTCCC
*
25347275 TCTATTCTCCCCC-T---CCTCCCTACCCCTCCCT-TACTCCTCCTCTTC
60 -CTACTC-CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCT-C-CCTCC-C--C
* * * * *
25347320 TCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTCC
1 -CTCCCCCCTCCC--CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC-CT-CC-CCCTCCCC-TCC
* * * * * *
25347385 CC-CCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCC
59 CCTACTCC-CCCCTTCCC-CCT--CCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* *
25347431 CTCCCCCCTCCTCCCTCCCTCCT-CCTCC-CTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTAC
1 CTCCCCCCTCC-CCC-CCCTCCTCCCTCCTC-CCCTCC-C-CCCCCT-C-CTCCCCCTCCCCT-C
* * *
25347494 CCCT-C-CCCCCTCCTCCCCCCCGCCT--CCCTCCCTC-CCC-CTCC
58 CCCTACTCCCCC-CTTCCCCCTC-CCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * * * *
25347535 CTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCC-CCTCCC--C
*
25347600 TACCCTCCCCCTCACTT-CCCCTCTTCT-CCCCTCCCTC-CTCCTCCCC
61 TA--CT-CCCC-C-CTTCCCCCTC-CCTACCCCTCCCTCTC-CCTCCCC
* * * * *
25347646 CTCTCCCCTACCCTACACC-CCTCCC-CCTCCCCTCCCCCCTC-CCTCCCCCTCCCCT-TCCTAC
1 CTCCCCCCT-CCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTAC
* * **
25347707 CCCCCCCTT--CCCT-CCTTCTCCCT-CCTACTCTCCTCCTT
64 TCCCCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCT-CTC-CCTCCCC
* * * ** *
25347745 TTCCCTACCTCTCCCCCTCTCC-CCCTATTTCCCTCTCTACCCCCCC-CCTTACCCCTCCCCT-C
1 CTCCC-CCCTC-CCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCC-CTC--CCCCCCCTCC-TCCCCCTCCCCTCC
* * *
25347807 CCTAC-CCTCTC-TCCCTCTCTTCCC--CCCCT-CCTACTTCCCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCCC-C-C-TCCCTACCCCTCCCT-C-T-CCCTCCCC
* *
25347852 CTCTCCCCTCTCCCTCCTCCT-CTCCCTCC-CCCCTCCCCCCCTCCTCTTCCCCCT-CCCTCCCC
1 CTC-CCCC-CTCCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCCCCC-CCTCCTCCCCCTCCCCTCCCC
** * *
25347914 CCCTCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCT-CTCCCTCCCCCTCCCCTCTCCC
61 TACTCC--C--CCCT-TCCCC-CTCCCTAC-CCCTCCCTCT-CCCTC-CCC
* * *
25347964 CTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCC-CCCC-CC
1 CTCCC-CCCT-CCC-CCCCCTCCT-CCCTCCTCCCCTCC-CCCCCCT-CCTCCC-CCTCCCCTCC
* * * *
25348027 CCTCCCTCCTCCCC-TCCCCC-CCCT-CTTCGTCCCCCTCCCCTCCCC
59 CCT-ACTCC-CCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCTCT-CCCTCCCC
* * * *
25348072 TACTCCCCCCTTCCCCCTC-CCTACC-CCTCCCTCTCCCTCCCCT-CTCCCCCCTCCCC-CCCCT
1 --CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCC-CTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCCCCTCCCCT
* *
25348133 TCTCCCCCC-T-CCCC-CCCTACCCCT-CCTCCCCCT-CCC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * * * * * **
25348169 CTCCTCCCTTCCTCTCCT--TCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCTACC-CCCCCCCCCCTCTCCCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCT-CCTCCCCCTCCCCTC-CCCTAC
* *
25348231 TCCTACCCTTCCTCCCCTCCC--CCCCTCCCCTCTCCCT-ACC
64 TCC-CCCCTT-C-CCCCTCCCTACCCCT-CCCTCTCCCTCCCC
* * *
25348271 CTCCCCCCT--CCTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCC-CC-CTCCTCCCCCTCCCC
25348327 CTCCTCTTCT
Statistics
Matches: 1912, Mismatches: 297, Indels: 643
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
93 12 0.01
94 35 0.02
95 42 0.02
96 50 0.03
97 92 0.05
98 110 0.06
99 116 0.06
100 137 0.07
101 162 0.08
102 160 0.08
103 104 0.05
104 148 0.08
105 152 0.08
106 99 0.05
107 81 0.04
108 76 0.04
109 103 0.05
110 84 0.04
111 47 0.02
112 35 0.02
113 9 0.00
114 14 0.01
115 22 0.01
116 22 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (102 bp):
CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTACTC
CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
Found at i:25348562 original size:40 final size:42
Alignment explanation
Indices: 25348518--25348664 Score: 144
Period size: 40 Copynumber: 3.5 Consensus size: 42
25348508 CCCCCCCTTT
25348518 CCCCTCCCTCCCTCCTCCC-CCC-CCTACCCCTCCTCTTCTC
1 CCCCTCCCTCCCTCCTCCCTCCCTCCTACCCCTCCTCTTCTC
* * * *
25348558 CCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTCCCC-CCTCTCCTC
1 CCCCTCCCTCCCTCCTCCCTCCCTC-CTACCCCTCCTCTTCTC
* * *
25348600 TCCCTCCCCTCCCTCCCCCCCTCCCTCCTACCTCATCCTC-TCTC
1 CCCCT-CCCTCCCT-CCTCCCTCCCTCCTACC-CCTCCTCTTCTC
*
25348644 CCCCTCTC-CCCTCCT-CCTCCC
1 CCCCTCCCTCCCTCCTCCCTCCC
25348665 CCCACCCTCC
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 14, Indels: 14
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 23 0.27
41 5 0.06
42 17 0.20
43 18 0.21
44 19 0.22
45 4 0.05
ACGTcount: A:0.02, C:0.70, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
CCCCTCCCTCCCTCCTCCCTCCCTCCTACCCCTCCTCTTCTC
Found at i:25349007 original size:63 final size:62
Alignment explanation
Indices: 25348938--25349402 Score: 188
Period size: 61 Copynumber: 7.1 Consensus size: 62
25348928 TCTCTCCCTT
25348938 CTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCC
1 CTCCCCCCTC-CCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCC
* * * * ** * *
25349001 CT-CCCCCTCCCCCCTTTCCTTCC-CCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCT-CTCCTCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCC-TCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCC
*
25349061 TACTCGCCCCCATCCCTCCCTACCCTACCC-CCCCTCCCCTATCTCCCCTCCTCTTTCCCTCCCC
1 --CTC-CCCCC-TCCC-CCCT-CCCT-CCCTCCCCT-CCC---CTCCCC-CC-CTTTCTCTCCCC
*
25349125 TCTCCCCT-AC
53 TC-CCCCTCCC
* *** *
25349135 CTCCCCCCCTCCCTCCC-CCC-CTCTCCCCTACCCCTCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCCCCTC
1 CT-CCCCCCTCCC-CCCTCCCTCCCTCCCCT-CCCCTCCCCCCCTTTCT-CTCC-CCTCCCCCTC
25349198 CC
61 CC
* * * *
25349200 CCCCCCCCTCTCTTACCCC-CCTCTCTACTCCCCTCCCCCTTCCCCCTCTTCTCCCTATCCCC-C
1 CTCCCCCCTC-C---CCCCTCC-CTC-CCTCCCCT-CCCC-TCCCCCCCTT-T--CTCTCCCCTC
25349263 CCCCTCCC
55 CCCCTCCC
* * * *
25349271 C-CTCCCCTCCCCTCTCCCTACTCCTTCCCCTCCCCT-CTCCCC--TCTC-CCCC-CCCTCTCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCTCCCT-C-CC-TCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCT-CC
25349330 C
62 C
* * * *
25349331 CTACTACCCCTCCCTCCTCCCTCCCCTCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCTTCCCTACCCCTCCCCC-
1 CT-C-CCCCCTCCCCCCTCCCT-CCCTC-CC-CTCCCCTCCCCCCCTTTCTCT-CCCCTCCCCCT
*
25349395 CTC
60 CCC
25349398 CTCCC
1 CTCCC
25349403 TTTACCCCAT
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 51, Indels: 94
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
59 9 0.03
60 13 0.04
61 31 0.10
62 21 0.07
63 26 0.09
64 28 0.09
65 23 0.08
66 16 0.05
67 27 0.09
68 22 0.07
69 9 0.03
70 18 0.06
71 30 0.10
72 11 0.04
73 12 0.04
74 3 0.01
75 4 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (62 bp):
CTCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCC
Found at i:25349131 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 25349119--25349402 Score: 61
Period size: 7 Copynumber: 39.7 Consensus size: 7
25349109 TCCTCTTTCC
25349119 CTCCCCT
1 CTCCCCT
25349126 CTCCCCT
1 CTCCCCT
25349133 ACCTCCCC-
1 --CTCCCCT
*
25349141 CCCTCCCT
1 CTC-CCCT
*
25349149 CCCCCCCT
1 -CTCCCCT
25349157 CTCCCCT
1 CTCCCCT
*
25349164 -ACCCCT
1 CTCCCCT
25349170 C-CCCC-
1 CTCCCCT
*
25349175 CCCCCCT
1 CTCCCCT
25349182 C-CCCCT
1 CTCCCCT
25349188 CCTCCCC-
1 -CTCCCCT
*
25349195 CTCCCCC
1 CTCCCCT
*
25349202 CCCCCCT
1 CTCCCCT
25349209 CTCTTACCC-
1 CTC---CCCT
25349218 C-CCTCTCT
1 CTCC-C-CT
25349226 ACTCCCCT
1 -CTCCCCT
25349234 C-CCCCT
1 CTCCCCT
25349240 -TCCCCCT
1 CT-CCCCT
25349247 CTTCTCCCT
1 C-TC-CCCT
*
25349256 ATCCCC-
1 CTCCCCT
25349262 C-CCCCT
1 CTCCCCT
25349268 C-CCCCT
1 CTCCCCT
25349274 CCCCTCCCCT
1 ---CTCCCCT
25349284 CT-CCCT
1 CTCCCCT
*
25349290 ACTCCTTCCC
1 -CTCC--CCT
25349300 CTCCCCT
1 CTCCCCT
25349307 CTCCCCT
1 CTCCCCT
25349314 CT-CCC-
1 CTCCCCT
25349319 C-CCCCT
1 CTCCCCT
25349325 CTCCCCCT
1 CT-CCCCT
25349333 ACTACCCCT
1 -CT-CCCCT
25349342 C-CCTCCT
1 CTCC-CCT
25349349 CCCTCCCCT
1 --CTCCCCT
25349358 CT--CCT
1 CTCCCCT
25349363 CTCCCCT
1 CTCCCCT
* *
25349370 CCCCCCC
1 CTCCCCT
*
25349377 CTTCCCT
1 CTCCCCT
*
25349384 -ACCCCT
1 CTCCCCT
*
25349390 CCCCCCT
1 CTCCCCT
25349397 CCTCCC
1 -CTCCC
25349403 TTTACCCCAT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 20, Indels: 91
0.66 0.06 0.28
Matches are distributed among these distances:
5 15 0.07
6 52 0.25
7 72 0.34
8 25 0.12
9 33 0.16
10 14 0.07
ACGTcount: A:0.03, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (7 bp):
CTCCCCT
Found at i:25349160 original size:128 final size:123
Alignment explanation
Indices: 25348924--25349160 Score: 275
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
25348914 CCTACCCCCC
* *
25348924 CTCCTCTCTCCCTTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCC
1 CTCCTCTCTCCCTACTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTCTCTCTCC
* * * *
25348989 CCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCTTTCCTTCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCT
66 CCTCCCCCTCCCCT-CACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCT
* *
25349048 CTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATC-CCTCCCTACCCTACCC-CCCCTCCCCTATCTCCCCTC
1 CTCCTCT-CTCCCTACTC-CCCCC-TCTCC-CCCT-CCCT-CCCTCCCCTCCCCT-CCCCCCCTC
*
25349111 -CTCTTTCCCTCCCCTCTCCCCT-ACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCC
59 TCTC-TCCCCTCCCC-CTCCCCTCACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCC
25349161 CCTACCCCTC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 9, Indels: 14
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
124 7 0.07
125 9 0.09
126 7 0.07
127 6 0.06
128 41 0.43
129 18 0.19
130 7 0.07
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (123 bp):
CTCCTCTCTCCCTACTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTCTCTCTCC
CCTCCCCCTCCCCTCACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCT
Found at i:25349169 original size:128 final size:122
Alignment explanation
Indices: 25348924--25349398 Score: 269
Period size: 128 Copynumber: 3.8 Consensus size: 122
25348914 CCTACCCCCC
* *
25348924 CTCCTCTCTCCCTTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTTTCTCTCC
1 CTCCTCTCTCCCTACTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTCTCTCTCC
* * * *
25348989 CCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCTTTCCTTCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCT
66 CCTCCCCCTCCCCT-CACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCTA-CCCCCTCCCTCT
* *
25349048 CTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATC-CCTCCCTACCCTACCC-CCCCTCCCCTATCTCCCCTC
1 CTCCTCT-CTCCCTACTC-CCCCC-TCTCC-CCCT-CCCT-CCCTCCCCTCCCCT-CCCCCCCTC
*
25349111 -CTCTTTCCCTCCCCTCTCCCCT-ACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCCCTA-CCCCT-CC
59 TCTC-TCCCCTCCCC-CTCCCCTCACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCT--CCTACCCCCTCCC
25349172 -C-
120 TCT
* * * * *
25349173 C-CC-C-C-CCCT-C-CCCCTC-CTCCCCCTCCC-CCCCCCCCTCTCTTACCCCCCTCTCTACTC
1 CTCCTCTCTCCCTACTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTCTCT-CTC
** *
25349230 CCCTCCCCCTTCCCCCTCTTCTCCCTATCCCC-CCC-CCTCCCCCTCCCCT-CCCCTCTCCCTAC
65 CCCTCCCCC-T-CCCCTCACCTCCC---CCCCTCCCTCC-CCCCCTCTCCTACCCC-CTCCCT-C
25349292 T
122 T
* * * *
25349293 CCTTCCCCTC-CCCT-CTCCCCTCTCCCCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCTCCCTCCTCCCTCCC
1 -C-TCCTCTCTCCCTACTCCCCCCT-CTCCCCCTC-CCTCC--CT-CCCCT-CC-CCTCCC-CCC
*
25349356 CTCTCCTCTCCCCTCCCCC-CCCTTC-CCTACCCCTCCC-CCCTCC
56 CTCT-CTCTCCCCTCCCCCTCCCCTCACCT-CCCC-CCCTCCCTCC
25349399 TCCCTTTACC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 25, Indels: 88
0.71 0.06 0.23
Matches are distributed among these distances:
112 11 0.04
113 20 0.07
114 9 0.03
115 16 0.06
116 6 0.02
117 16 0.06
118 5 0.02
119 2 0.01
120 4 0.01
121 2 0.01
123 3 0.01
124 10 0.04
125 16 0.06
126 14 0.05
127 8 0.03
128 52 0.19
129 20 0.07
130 14 0.05
131 6 0.02
132 5 0.02
133 13 0.05
134 1 0.00
135 4 0.01
136 19 0.07
137 2 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (122 bp):
CTCCTCTCTCCCTACTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCTCTCTCTCC
CCTCCCCCTCCCCTCACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCTACCCCCTCCCTCT
Found at i:25349313 original size:188 final size:187
Alignment explanation
Indices: 25348921--25349397 Score: 455
Period size: 188 Copynumber: 2.5 Consensus size: 187
25348911 TACCCTACCC
* * *
25348921 CCCCTCCTCTCTCCCTTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCC-CTCCCCTCCCC-CCCTTTC
1 CCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCCCCTCCC---C
* *
25348984 TCTCCCCT--CCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCTTTCCTTCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTC
63 TCTCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCC-CCCCCCTCTCCTTCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCCC
*
25349047 TCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCCCTACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCT
127 TCCCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCA-CCCTCCC-ACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCT
* ** *
25349110 CCTCTTTCC-CTCCCCTCTCCCCTACCTCCCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCCCTACCCCTCCCC
1 CCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCC--CCTCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCCCT-CCCCTCCCC
* * *
25349174 CCCCCCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCTCT-CTTACCCCCCTCT-CTACTCCCCTCCC
63 TCTCCCCTCCCCC-CCT-CCCCTCCCCCCCCCCCTCTCCTT-CCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCC
* *
25349237 CCTTCCCCCTCTTCTCCCTA-TC-CCCCC-CCCT-CC-CCCTCCCCTCCCCTCTCCCTA-CT-CC
125 CC-T-CCCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCACCCTCCCACCCTACCC-CCCCTC-CCCTATCTCCC
*
25349295 TT
186 CT
* *
25349297 CCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTCTCCCCCT-ACTACCCCTCCCTC-CTCCCTCCCCTCT
1 CCCCTCCCCTCTCCCCTCT--CCCCCCTCTCCCCCTCCCT-CCCC-CCCTCTC-CCCTCCCCTCC
* *
25349360 CCTCTCCCCTCCCCCCCCTTCCCTACCCCTCCCCCCTC
61 CCTCTCCCCT-CCCCCCCTCCCCT-CCCCCCCCCCCTC
25349398 CTCCCTTTAC
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 26, Indels: 45
0.77 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
187 22 0.09
188 73 0.30
189 26 0.11
190 35 0.15
191 7 0.03
192 28 0.12
193 26 0.11
194 23 0.10
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (187 bp):
CCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCCCCTCCCCTCT
CCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCTCCTTCCCCCCTCTCCTACCCCCCTCCCCCTCCC
CTCTCCTCCCTACTCGCCCCCACCCTCCCACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCT
Found at i:25349781 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 25349713--25349927 Score: 168
Period size: 64 Copynumber: 3.4 Consensus size: 64
25349703 CTCCCTACCC
*
25349713 CCCCCCTC-CTCCCTCTCCTCTCCCCTCCCTTCCCCCTTCCTACCCTACCCTCCTCCCCTCTTCT
1 CCCCCCTCTCTCCCTCTCCTCTCCCCCCCCTTCCCCCTTCCTACCCTACCC-CCTCCCCTCTTCT
* * *
25349777 -CCCCCTCTCTCCC-CTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCCTTACT-CCCTACCCCC-CCTTCCTCT
1 CCCCCCTCTCTCCCTCT-CCTCTCCCCCCCCTTCCC-CCTTCCTACCCTACCCCCTCC--CCTCT
25349838 TC-
62 TCT
* *
25349840 CCCCACCTCTCTTCCTCT-CT-TCCCCCCCCTCTCCTCCC-TCCTTACCCTCCCCCCTACCCC-C
1 CCCC-CCTCTCTCCCTCTCCTCTCCCCCCCCT-TCC-CCCTTCC-TACCCTACCCCCT-CCCCTC
25349901 --CT
61 TTCT
* * *
25349903 -CCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCCCC
1 CCCCCCTCTCTCCCTCTCCTCTCCCC
25349928 TCCTCCCCTC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 13, Indels: 35
0.72 0.08 0.21
Matches are distributed among these distances:
61 9 0.07
62 8 0.07
63 28 0.23
64 45 0.37
65 27 0.22
66 2 0.02
67 2 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (64 bp):
CCCCCCTCTCTCCCTCTCCTCTCCCCCCCCTTCCCCCTTCCTACCCTACCCCCTCCCCTCTTCT
Found at i:25350054 original size:84 final size:81
Alignment explanation
Indices: 25349861--25353540 Score: 348
Period size: 82 Copynumber: 44.2 Consensus size: 81
25349851 TTCCTCTCTT
* *
25349861 CCCCCCCCT-CTCCTCCCTCCTTACCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCC-CCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTC
25349925 CCCTCCTCCCCTCTCCC
65 CCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * * *
25349942 ACCCCTCCTAACCTCCTCCTCTCC-CCCCTCCTCCTTACCCCCC-CTCCTCCTCTCCCTCCCTCC
1 CCCCCCCCT--CCTCCTCC-CCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTC-CCT-CTCTCCCCCCCTCC
25350005 TCTCCCTCCTCCCTCCCC-CTCCC
61 TCT-CC-CCT-CCTCCCCTCTCCC
* * * ***
25350028 CCCCCCCCTCCTTCTCCCCCCTCCCCTCTCCCTCT-CCCTCCTCCCTC-C-CCTTACCTCC-CTT
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTC-CCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTC-T
25350089 CCCCTCC-CCCCT-TCCC
64 CCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * *
25350105 TCCCTTACCTCCCCCCCCCTCCCTACCTCTCCCTCTCCCCCTAACCTCCCTCCCTCTC-CTCTCC
1 -CCC---CC-CCCTCCTCCTCCC-CCCTC-CCCTC-CCCCCT-ACCCCCCTCCCTCTCTC-CCCC
* * *
25350169 CCT-CTC-CCCCCCCT-TCCTCT-TC
56 CCTCCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * * * *
25350191 CTCCTCCCTACTCTTCCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCCCCCTCCCCTTAATCCTCCCCCCCT
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTC-C-C-CTCCCCCCTACCCCCCT-CCC-T-CT-CTCCCCCCCT
* **
25350256 CC-CTTTCCC-CCTCCTCCTACT-AA
59 CCTC-TCCCCTCCTCC-CCT-CTCCC
*** * * *
25350279 CCCCTTTCTCCCTCTTCCCCCC-CCCCTCCTCCCCT-CCCCCC-CCCTCCCTCCCCTCCTCCCCT
1 CCCCCCCCT-CCTCCTCCCCCCTCCCCTCC-CCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCC-CC-CTCCT
25350341 CTTCCCCTCCTCCCCTCCTCCC
62 C-TCCCCTCCTCCCCT-CTCCC
* * *
25350363 CCCCCTTTACCTCTACCTCCTTCCCCCC-CCCC-CTCACCT-CCCCCCGCCCTCTC-CCCCTCCC
1 CCCCC----CC-CT-CCTCC-TCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCC-CCC
* *
25350424 TCC-CTCCTCTCCTTCCCTC-CCTTTC
58 TCCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCC---C
* * * * * * * *
25350449 TCGCCCTTCCCTACCTCCCTTCCCCCTTCTCT-CTCCTTACCCCCC-CCC-CTAATCCCCTCCTA
1 -C-CCC-CCCCT-CCT-CCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCT-CTCCCCCCCT-
* * * *
25350511 CCCCCCCCCTCCTCCCCCCTCCT
59 CCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* *** * * * * *
25350534 CTCTTACTTCC-CCTCTCCCCT-CCC-CCCCCCTACCCCCCTCCCCCCCCCCCTCCCCTCTCTCT
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCC-CCCCTC-CTCT
**
25350596 CTACTACC-CCCCTCT-CC
64 CCCCT-CCTCCCCTCTCCC
* * * * * *
25350613 CTCTCCCGTCCTCCT-CCCCTTCCCTCTCCCCACCT-CTCCCCTCCCTC-C-CCGCCCCTCCTAC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCC-CTCCCC-CCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCT-C
*
25350674 TTCTCC-CCTCCCTCTCTCCC
63 -TCCCCTCCTCCC-CTCTCCC
* ** * * * ** *
25350694 CTCTTCTCTCCCCCTCTCCCCTCTCTGGCTTCTCCCCCCT-CTACCCTCCCCCTCTACCCCCCCT
1 CCCCCCCCTCCTCCTC-CCCC-CTC---C-CCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCT-CCCCCCCT
*
25350758 ACC-C-CCCCTCCCCTCCCTCCTCTTCC
59 -CCTCTCCCCT--CCT-CC-CCTCTCCC
* * * *
25350784 CCCCCCCC-CCT-CTACTCTCCCTCCCCT--CCTCTACCTCTCCCGCCC-C-CTCCCCCTCTCCT
1 CCCCCCCCTCCTCCT-C-CCCCCTCCCCTCCCCCCTACC-C-CCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCT
*
25350843 C-CCCCATCCTTCCC-C-CCC
62 CTCCCC-TCCTCCCCTCTCCC
* * * *
25350861 CCCTCCCCTCCTCC-CCCCTCCCCCCCTACCCCCTCCTCCCCTCTCCCCTCTCTCCCCCCTCTAC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCC-CCTCCCCTCCCCCCTAC-CCCC-CT-CCCTCTCTCCCCCC-CT--
* * *
25350925 CCCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTT
59 -CCTCT-CCCCTC-CTCCCCTCTCC-C
* * * * * *
25350952 CACCCCCCTCCTCCTACCCTCTTCCCTCCTCCTCCCT-CCCCCC-CCC-CCCTACCCCTCCCTAG
1 CCCCCCCCTCCTCCT-CCCCCCT-CC-CCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCT-CCCC-CCCT-C
*
25351014 C-CGCCCCTCCTCCCCTCTCCC
60 CTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * *
25351035 CCTCCCCCCTTCCT-CTCCTCGCCCTCCCCTCCCTCCTCCCACCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCT
1 CC-CCCCCC-TCCTCCTCC-C-CCCTCCCCTCCCCCCTACC-CC-CCTCCCTCTCT-CCCCCCCT
*
25351099 CCTCCTCTCCTTCCTCCCC-C-CCC
59 CCT-CTC-CCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * *
25351122 TTTTCCCCCCC-CCTCCTCCCCCCT-ACCTACCTCC--CCCCCCTACCC-CTCTCCCTACCCC-C
1 ---CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCT-CCCTCTCTCCC--CCCCTC
**
25351181 CT-TCGTCT-C-CCCCTCTCCC
60 CTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
** * * * * *
25351200 CCCTACCCT-CTTCTCCCCCCCTCCCCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCCTCTCCTC-C
1 CCCCCCCCTCCTCCT-CCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTC
* *
25351263 CCCTCCTCCCCCCTCTC
65 CCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * *
25351280 CCTCTCCCT-CTCCCCCCTCCCTCCTCCTACCCCCCT-CCCCCC-CACTC-CT-CCCTCCTCCTT
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCC-CCCTCC-CCT-CCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCC-T
*
25351340 CCCCCGCTCCTCTCCCTCTCCTC
62 CTCCC-CTCCTC-CCCTCTCC-C
* * * *
25351363 ACTCCTCCCT-CTCC-CCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACCTCCCC-CCC-C-CTCCCCCCC-CC-C
1 -CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCT-CCCCTCCCCCCTACC-CCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTC
*
25351421 TCCTCC-CCTCTCC-CTCCC
63 TCC-CCTCCTCCCCTCTCCC
*** * ** * *
25351439 CCCCCCCCT-CT-CTCCCTTATTCCCT-CTACCTACTCTCCCCTCCC-CTCTCCCCCCTTCCCCT
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTAC-C-CCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCT
25351500 CACCCTCCCTATCCCCCCTCTCCTC
64 C-CCCT-CC--T--CCCCTCTCC-C
* * *
25351525 CCTCTCCCT-CTCCTCCCCCCCTCCCC-CCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTCTACCCTCCCCCC
1 CCCCCCCCTCCTCCT-CCCCCCTCCCCTCC-CCC-CTACCC-CCCT--CCCTCT---CTCCCCCC
* *
25351588 CCCCTTCTCCCC-CCTCCGCTACCTCCC
57 CTCC-TCTCCCCTCCTCCCCT--CTCCC
* * * * * **
25351615 CCCCCCCC-CCTCCTCCCCCCCTTCCCTCCCTCTTTCTACCTATCCC-C-C-CCCCTTCCCTCC-
1 CCCCCCCCTCCTCCT-CCCCCCTCCCCTCCCCCCTAC-CCCCCTCCCTCTCTCCCC--CCCTCCT
* * *
25351675 C-CCCATTACTCCCCCCTCCC
62 CTCCC-CTCCTCCCCTCTCCC
* * * * *
25351695 CCTCCTCCCTCTTCC-CCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTA--CCCCTACCC-CTCCCCTCCCCCTA
1 CC-CCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCT-CCC-C-CCTACCCCCCT-CCCTCTCTCC-CCCCCTC
* *
25351756 CTCTCCCC-CCGACCCTCACTCCC
60 CTCTCCCCTCC-TCCC-CTCTCCC
* * * *
25351779 CCCTCCTCCCTCC-CCTCCCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCTCCCCTCC-
1 CCC-CC-CCCTCCTCCT-CCCC-CCTCC-CCTCCC-CCCTACCCCC-CTCCCTCTCTCCCCCCCT
* * *
25351842 CCTCGGCCCC-CCTACCCTCTACC
59 CCTC-TCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * * *
25351865 CCCCCCCCTCC-CCT--CCCCT-CCCTCTCCCCT-CTCCCCTCCCTC-C-CTCTCCCTCTTCTAC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCC
25351923 CCTCCTCGTCCCATC-CCC
66 CCTCCTC--CCC-TCTCCC
* * ** ** *** *
25351941 CCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCC--CCTCCCTCTCCCCCTC-CCCTACCCCTCC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCT-CCCCTCCCCCCTACC-CCC-CTCCCTCTCTCCC--CCCCT-C
* *
25352003 CTTCTCCCTCTCCCTCCCTTCGCTTCCT
60 C-TCTCCC-CT-CCTCCC--CTC-TCCC
* * * *
25352031 CCCTCCTCTCTCTCC-CCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCT-CCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTC
1 CCCCCCCCTC-CTCCTCC-C-CCCTCCCCT-CCC-CCCTACCCCCCTCCCTCT-CTCCCCCCCTC
*
25352094 CTCT-CCCTCTCTCTCCTCTCCC
60 CTCTCCCCTC-CTCCCCTCTCCC
* * * * * *
25352116 CCCCCCCCTCTTCCTACTCCCTCTCCTTCCCCCTCT-CCCCCCTCCC-CTCCTCTCCCTCTCC-C
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTC-CCCTCCCCC-CTACCCCCCTCCCTCT-CTCCCCCCCTCCTC
*
25352178 TACCCTCC-CCTCC-C-CCC
63 TCCCCTCCTCC-CCTCTCCC
* ** * * * *
25352195 CCCTCCCCTCCTCTCTTACCCCTCCCCTCCCTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCCTCCC
1 CCCCCCCCTCCTC-CTCCCCCCTCCCCTCCC-CCCTAC-C-CC-CCTC-C-CT-CTCTCCCCCCC
25352260 -CCTCT-CCC-CC-CCCCTCTCCC
58 TCCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * ** * *
25352280 CCCTCACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCCCCC-CC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCC-CCCT-CCCCT-CCCCCCTACCC-CCCTCCCTCT-CTCCCCCCCTCC
*
25352344 TCT-CCCTCCT-CCCTC-CGTC
61 TCTCCCCTCCTCCCCTCTC-CC
* * * * * * *
25352363 CTCCCCCCTCCTAC-CCCTCCTCTCCCT-CCCCCTCCCCCCCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTCCC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTC-CCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCT-CC-C-CCCCT-CC
* *
25352426 TATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTCCTC
61 T-CTCC-CC-TCCTCCCCT-CTCC-C
* * * * *
25352452 CCTCCCCCT-CTCTCTCCGCTCCCCCCCCTCCCCCCCTTCCGCCC-CCCTC-CTATCCCCCCTCC
1 CCCCCCCCTCCTC-CTCC-C-CCCTCCCCT-CCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCT-CCCCCCCTCC
25352514 -CTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCC
61 TCTCCCCTC-CTCCC-CTCTC-CC
* * * *
25352537 CTCTCCCTCCTCCT-CTCCCCCCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCC
1 C-C-CCCCCCTCCTCCTCCCCCCTC--C-CCTCCCCCCTAC-CCCCCTCCCT-CTCT-CCCCCCC
25352601 TCC-CTCCTCCTCCCTCCCTACTCTCTCTC
58 TCCTCTCC-CCT-CCTCCC--CTCTC-C-C
* * * * *
25352630 CTCCCTCCTCC-CCTCCTCCCC-CCCCTCCTCCTCTTCTCTCCCC-CCC-CTAC-CCTCCCCCTA
1 CCCCCCCCTCCTCCTCC-CCCCTCCCCTCC-CCCCTAC-C-CCCCTCCCTCT-CTCC-CCCCCTC
*
25352690 C-CTCCCCTCTCTCTCCCT-TCCT
60 CTCTCCCCTC-CTC-CCCTCTCCC
* * * *
25352712 CCCTCCCCTCC-CTTCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCT-CCCTTCCCTCTCCTCCCTCCCCTCCCCC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCT-CCCCTCCC-CCCTACCC--CCCTC-CCTCTCTCCCC-CCCTC
* * *
25352775 CCCTCTCCCTCCTCCCCCCTACC
60 CTCTC-CCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * * * * *
25352798 CTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCT-CCCTCCTCTCTCCCCTCCCTACCCCTCTTTCCCCCCCCTACC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCC-CCCT--CCCTCTCT-CCCCCCCT-CC
** *
25352862 TCTCCTTTTTCCTCCCCTCCCCC
61 TCTCC--CCTCCTCCCCTCTCCC
* *
25352885 TCCCCCTCCCTCCCTCCTGTCCCCCC-CCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACTCCCC
1 -CCCCC-CCCT-CCTCC--TCCCCCCTCCCCT-C-CCCCCT--AC-CCCCCTCCCTCT-CT-CCC
* *
25352949 TCCCCTTCCCCCCCCCTCTCCTCCCCTTCCTCCC
54 -CCCC-T-CCTCTCCC-CTCCTCCCC-T-CTCCC
* **** * * * * *
25352983 CCCCCACCT-CTCCT-CTTTATCACC-CCCCCTTACCCCCC-CCCT-ACTCCTCTCCTCCT-TCC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCC
*
25353042 CCTCC-ACCC-C-CCC
66 CCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * * *
25353055 CGCCCTCC-CCTCC-CCCCCTTCCTCTCCCCTCT-CTCCCCTACCTCTCCTCTCCCCCCCTCC-C
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCT-CC-CT-CTCTCCCCCCCTCCTC
25353116 -CCCC-CC-CCCTCTCATCCC
63 TCCCCTCCTCCC-CTC-TCCC
* **** * * * *
25353134 CCCTTACTCCCTCC-CC-CCCCCCTCCCCTTTTTCCT-CTCCCCTCCCTCTC-CTCCGCC-CCTG
1 CCC---CCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTC
* *
25353194 TCCCC-CCT-CTCT-TTCC
63 TCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * *
25353210 CCCCCTCCTCCCCCT-CCTCTTCTCCC-CCCCCCT-CCCTCCT-CCTCCTTCTCCCCCCC-CCTC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTC-CCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCT-C-TCTCCCCCCCTCCTC
*
25353270 CCCCCGTCCTCCTACCTAC-CCC
63 TCCCC-TCCTCC--CCT-CTCCC
* * * * *
25353292 TACCTTCCCCCTTCT-CTCACCCCC-CCCCT-CCTCCT--CCTCCTCCCCCTCTCCCCCCC-CCT
1 --CC-CCCCCCTCCTCCTC-CCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCT
*
25353351 CTCCCC-CC-CTCC-CT-CC
62 CTCCCCTCCTCCCCTCTCCC
* * * * *
25353367 TCCCCTCCTCCTCCTACCCCCTACTCTCCCTCCCCCTTCCCTCTCCCCTCCCTCTCTCCCCTCC-
1 CCCCCCCCTCCTCCT-CCCCC--CTC-CCCTCCCCCCT-AC-C-CCCCTCCCTCTCTCCCCCCCT
* *
25353431 CCTCCCCCCCCCTCTCCC-CTCCC
59 CCTCTCCCCTCCTC-CCCTCTCCC
* ** * * *
25353454 CCCTCCCCT-CTCCTCCCCTATCCCCTCCCCCC--CTCCTCTCCC-CTC-CCCCCCCTCC-CCCC
1 CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCC
*
25353513 CCCCCTCCCC-CTCCC
66 CCTCCTCCCCTCTCCC
* *
25353528 CCCCTCTCTCCTC
1 CCCCCCCCTCCTC
25353541 TAATCAAGTC
Statistics
Matches: 2634, Mismatches: 524, Indels: 888
0.65 0.13 0.22
Matches are distributed among these distances:
72 29 0.01
73 34 0.01
74 51 0.02
75 68 0.03
76 70 0.03
77 82 0.03
78 84 0.03
79 136 0.05
80 143 0.05
81 151 0.06
82 236 0.09
83 200 0.08
84 213 0.08
85 194 0.07
86 201 0.08
87 150 0.06
88 128 0.05
89 131 0.05
90 97 0.04
91 63 0.02
92 58 0.02
93 29 0.01
94 26 0.01
95 18 0.01
96 24 0.01
97 14 0.01
98 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (81 bp):
CCCCCCCCTCCTCCTCCCCCCTCCCCTCCCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCC
CCTCCTCCCCTCTCCC
Found at i:25350194 original size:78 final size:73
Alignment explanation
Indices: 25350000--25350194 Score: 181
Period size: 78 Copynumber: 2.6 Consensus size: 73
25349990 CCTCTCCCTC
* *
25350000 CCTCCTCTCCCTCCTCC-CTCCCC-CTCCCCCCCC-CCC-TCCTTCTCCCCCCTCCCCTCTCCCT
1 CCTCC-CTCCCT-CTCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCT
*
25350061 CTCCCTCCTC
64 CTCCCTCCTA
*
25350071 CCTCCCCTTACCTC-CCT-TCCCCTC-CCCCCTTCCCTCCCTTACCTCCCCCCCCCTCCCTACCT
1 CCT-CCC-TCCCTCTCCTCTCCCCTCTCCCCC--CCCTCCCTT-CCTCCCCCCCCCT-CC--CCT
25350133 CTCCCTCTCCC-CCTAA
58 CTCCCTCTCCCTCCT-A
25350149 CCTCCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTTCCTCTTCCTCC
1 CCTCCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCTCCCCCCCC-TCC-CTTCCTCC
25350195 TCCCTACTCT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 5, Indels: 29
0.75 0.04 0.21
Matches are distributed among these distances:
70 12 0.12
71 6 0.06
72 9 0.09
73 3 0.03
74 1 0.01
75 11 0.11
76 7 0.07
77 12 0.12
78 32 0.32
79 8 0.08
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (73 bp):
CCTCCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCTCT
CCCTCCTA
Found at i:25350608 original size:61 final size:67
Alignment explanation
Indices: 25350489--25350619 Score: 170
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
25350479 CTCTCCTTAC
*
25350489 CCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCCCTCCTCTCTTACTTCCCCTCTCCC-
1 CCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCCCTCCTCTCTTACTCCCCCTCTCCCT
25350553 CT
66 CT
*
25350555 CCCCCCCCCT-A-CCCC-CCT-CCCCCCCCC-CCTCCCCTCT-CTCTC-TACTACCCCCCTCTCC
1 CCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCCCTCCTCTCTTACT--CCCCCTCTCC
25350613 CTCT
64 CTCT
25350617 CCC
1 CCC
25350620 GTCCTCCTCC
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 2, Indels: 10
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
59 4 0.07
60 5 0.08
61 19 0.32
62 14 0.23
63 3 0.05
64 4 0.07
65 1 0.02
66 10 0.17
ACGTcount: A:0.05, C:0.73, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (67 bp):
CCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCCCTCCTCTCTTACTCCCCCTCTCCCT
CT
Found at i:25351117 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 25351076--25351167 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 3.8 Consensus size: 23
25351066 CCTCCTCCCA
25351076 CCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCT
1 CCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCT
* *
25351099 CCTCCTCTCCTTCCTCCCCCCCCT
1 CCTCCTC-CCTCCCTACCCCCCCT
** * *
25351123 TTTCC-CCCCCCCTCCTCCCCCCT
1 CCTCCTCCCTCCCTAC-CCCCCCT
*
25351146 ACCTACCTCCCCCCCCTACCCC
1 -CCT-CCT-CCCTCCCTACCCC
25351168 TCTCCCTACC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 9
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.13
23 15 0.28
24 18 0.33
25 2 0.04
26 3 0.06
27 9 0.17
ACGTcount: A:0.04, C:0.73, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
CCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCT
Found at i:25351130 original size:135 final size:136
Alignment explanation
Indices: 25350838--25351172 Score: 302
Period size: 139 Copynumber: 2.4 Consensus size: 136
25350828 CCCTCCCCCT
*
25350838 CTCCTCCCCCATCCTTCCCCCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCCTCCTCCCCT
1 CTCCTCCCCC--CTTTCCCCCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCCTCCTCCCCT
*
25350903 CTCCCCTCTCTCCCCCCTCTACCCCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTTCACCCCCCTCCTCCTA
64 CTCCCCTCTCTCCCCCCTC-ACCCCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTACACCCCCCTCCTCCTA
25350968 CCCTCTTCC
128 CCCTCTTCC
* **
25350977 CTCCTCCTCCCTCCCCCCCCCCCCTACCCCTCCCTAGCCGCCCCTCCTCCCCTCT-CCCCCTCC-
1 CTCCTCCCCCCTTTCCCCCCCCCCT-CCCCT-CCT--CC-CCCCTCC-CCCC-CTACCCCCTCCT
* *
25351040 CCCCT-TCCTCTC-CT-CGCCCTC-CCCTCCCTCCTCCCACCTC-CTCCCTC-CCTAC-CCCCCC
59 CCCCTCTCCCCTCTCTCCCCCCTCACCC-CCCTCC-CCC-CCTCTC-CCCTCTCCTACACCCCCC
*
25351098 TCCTCCT-CTC-CTT-C
120 TCCTCCTACCCTCTTCC
**
25351112 CTCC-CCCCCCTTTTCCCCCCCCCTCCTCCCC-CCTACCTACCTCCCCCCCCTACCCCTCTCC
1 CTCCTCCCCCC-TTT-CCCCCCCC-CCTCCCCTCCT-CCCCCCT-CCCCCCCTACCCC-CTCC
25351173 CTACCCCCCT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 14, Indels: 40
0.75 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
131 2 0.01
132 11 0.07
133 8 0.05
134 8 0.05
135 6 0.04
136 15 0.09
137 20 0.12
138 24 0.15
139 26 0.16
140 11 0.07
141 8 0.05
142 12 0.07
143 12 0.07
144 2 0.01
ACGTcount: A:0.04, C:0.73, G:0.01, T:0.23
Consensus pattern (136 bp):
CTCCTCCCCCCTTTCCCCCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCCTCCTCCCCTCT
CCCCTCTCTCCCCCCTCACCCCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTACACCCCCCTCCTCCTACCC
TCTTCC
Found at i:25351480 original size:147 final size:144
Alignment explanation
Indices: 25351222--25351596 Score: 321
Period size: 146 Copynumber: 2.6 Consensus size: 144
25351212 CTCCCCCCCT
* *
25351222 CCCCT-TCCCCCTCC-CCCCCTCCCCCT-CTCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTC
1 CCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCCCC-CCCCTCCCCC-CC-CCCTCCTC-CCCTC
* *
25351284 TCCCTCTCCCCCCTCCCTC-CTCCTACCCCCCTCCCCCCCACTCCTCCCTCCTCCT-TCCCCCGC
62 TCCCTC-CCCCCCCCCCTCTCTCCTACCCCCCTCCCACCCACTCCTCCCTCC-CCTCTCCCCC-C
*
25351347 -T--CCTCTCCCTCTCCTCACTCC
124 TTCCCCTCACCCTC-CCT-A-TCC
*
25351368 TCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTC
1 CCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCC-CT-CCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTC
** * *
25351433 CCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTTA-TTCCCT-CTACCTACT-CTCCCCTCCCCTCTCCCCCCTT
64 CCTCCCCCCCCCCCTCTCT-CC-TACCCCCCTCCCACCCACTCCT-CCCTCCCCTCTCCCCCCTT
25351495 CCCCTCACCCTCCCTATCC
126 CCCCTCACCCTCCCTATCC
*** *
25351514 CCCCTCTCCTCCCT-CTCCCTCTCCTCCCCC-CCTCCCCCCTCCCTTTACCCTCCCT-C-CCCCT
1 CCCCTCTCC-CCCTCCT-CC-C-CCTCCCCCTCCTCCCCCC-CCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCT
*
25351575 CTACCCTCCCCCCCCCCTTCTC
61 CT-CCCTCCCCCCCCCCCTCTC
25351597 CCCCCTCCGC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 16, Indels: 38
0.78 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
145 7 0.04
146 62 0.32
147 59 0.30
148 28 0.14
149 22 0.11
150 9 0.05
151 7 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (144 bp):
CCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTCCC
TCCCCCCCCCCCTCTCTCCTACCCCCCTCCCACCCACTCCTCCCTCCCCTCTCCCCCCTTCCCCT
CACCCTCCCTATCC
Found at i:25351627 original size:102 final size:103
Alignment explanation
Indices: 25351411--25351632 Score: 219
Period size: 102 Copynumber: 2.2 Consensus size: 103
25351401 CCCCCCCCCT
* *
25351411 CCCCCCCCCCT-CCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTCT
1 CCCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTTATACCCTCTACCCACTCT
* * * *
25351475 CCCCTCCCCTCTCCCCCCTTCCCCTCACCCTCCCTATC
66 ACCCTCCCCTCTCCCCCCTTCCCCCCACCCTACCTACC
* * *
25351513 CCCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCT-CCTCCCCCCCTCCCC-C-CTCCCTT-TACCCTCCCT-CCCC
1 CCCCCCCCCCTCCCTC-CCCTCTCCCTCCCCCCC-CCCCTCTCTCCCTTATACCCT--CTACCCA
* * *
25351573 CTCTACCCTCCCC-C-CCCCCTTCTCCCCCCTCCGCTACCTCCC
62 CTCTACCCTCCCCTCTCCCCCCT-TCCCCCCACC-CTACCTACC
25351615 CCCCCCCCCCT-CCTCCCC
1 CCCCCCCCCCTCCCTCCCC
25351633 CCCTTCCCTC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 14, Indels: 16
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
100 9 0.09
101 18 0.18
102 45 0.45
103 17 0.17
104 10 0.10
ACGTcount: A:0.04, C:0.73, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (103 bp):
CCCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTTATACCCTCTACCCACTCT
ACCCTCCCCTCTCCCCCCTTCCCCCCACCCTACCTACC
Found at i:25351646 original size:146 final size:141
Alignment explanation
Indices: 25351189--25351646 Score: 303
Period size: 147 Copynumber: 3.2 Consensus size: 141
25351179 CCCTTCGTCT
* * * *
25351189 CCCCCTCTCCCCCCTACCCTCTTCTCCCCCCCTCCCCT-TCCCCCTCC-CCCCCTCCCC-CT--C
1 CCCCCTCTCCCCCCTTCCCTC-CCT-CACTCCT-CCCTATCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACC
* * *
25351249 TCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCCCTCCCTC-CT-CCT-AC-
63 TCCCCC-CCCCTCCCCC-CC-CCCTCCTC-CCCTCTCCCTC-CCCCCCCCCCTCTCTCCCTCACT
* **
25351310 CCCCCT-CCCCCCCACTCCTCC
123 CCCGCTACCTACCC-C-CC-CC
* *
25351331 CTCCTCCTTCCCCCGCTCCTCTCCCTCTCCTCACTCCTCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTC
1 C-CC-CC-TCTCCC-C-CCT-TCCCTC-CCTCACTCCTCCCTATCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTC
* *
25351396 TACCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTTATTC
59 TACCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCACTC
* * *
25351461 CCTCTACCTACTCTCCCC
124 CCGCTACCTACCCCCCCC
*
25351479 TCCCCTCTCCCCCCTT--C-CCCTCAC-CCTCCCTATCCCCC-CTCTCCTCCCTCTCCCTCT-CC
1 CCCCCTCTCCCCCCTTCCCTCCCTCACTCCTCCCTATCCCCCTC-CTCC-CCCTC-CCCTCTACC
25351538 TCCCCCCCTCC-CCCCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTCTACCCT-CCCCCCCCCCT-TCTCCC-
63 TCCCCCCC-CCTCCCC-CCC----CCCT-CCT-CCCCTCT-CCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCT
*
25351599 CCCT-CCGCTACCT-CCCCCCCC
119 CACTCCCGCTACCTACCCCCCCC
25351620 CCCCCTCCTCCCCCCCTTCCCTCCCTC
1 CCCCCT-CT-CCCCCCTTCCCTCCCTC
25351647 TTTCTACCTA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 24, Indels: 62
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
136 1 0.00
137 17 0.07
138 25 0.10
139 12 0.05
140 1 0.00
141 11 0.04
142 12 0.05
143 18 0.07
144 12 0.05
145 29 0.11
146 27 0.10
147 32 0.12
148 30 0.12
149 7 0.03
150 14 0.05
151 11 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (141 bp):
CCCCCTCTCCCCCCTTCCCTCCCTCACTCCTCCCTATCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACCTCC
CCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCCCCTCTCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCACTCCCGCTAC
CTACCCCCCCC
Found at i:25351743 original size:52 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25351687--25352846 Score: 165
Period size: 49 Copynumber: 23.1 Consensus size: 50
25351677 CCATTACTCC
25351687 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTA
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCT-CCCTCTCCT-CCCCTA
* *
25351739 CCCCT-CCCCTCC-CCCTACTCTCCCCCCGACCCTCACTCCCCCCTCCTCCCTCCCCTC
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCT-CT-T-CCCCC--CCCT--CTCCTCCCT-CT-CCTCCCCTA
25351796 CCCCTCCCCCTCCTCCCTC--CCTCCCCCCTCT-C-CCC-CT-CTCCCCT-
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCC-CCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
* * *
25351840 CCCCTCGGCCCC-CCTACCCTCTACCCCCCCCCCT-C-CCCTCCCCTCCCTCT-
1 CCCCTC--CCCCTCCT-CCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCC-CTA
* *
25351890 CCCCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCCC-ATCC-CCCCT-
1 CCCCTC-CCCCT-CCTCCCTCTTCCC-C--C--CCCT-CTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
*** *
25351944 CCTCCTAATAATCTTACCTACCC-C-TCCCCCCCCTC-CCTCTCC-C-CCTCCCCTA
1 CC-CC---TCCCCCT-CCT-CCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTC-CCTCTCCTCCCCTA
* * * * * * *
25351996 CCCCT--CCCTTCTCCCTC-TCCCTCCCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCT-
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCC-CTCTCCTC-CCCTA
* *
25352044 CCCCTCTCCCTCCCCTCCC-C-TCCCTCCCCC-CTCC-CCCTC-CC-CCCC-C
1 CCCCTC-CCC-CTCCTCCCTCTTCCC-CCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
* * * * * *
25352090 CCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCCCCCCCT-CTTCCTACTCCCTCTCCTTC
1 CC-CCTCCCCCTC-CTC-CCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCT-CT-CCTC-CCCTA
* * * *
25352145 CCCCTCTCCCC-CCTCCC-C-TCCTCTCCCTCTCCCTACCCTCCCCTCCCC-C
1 CCCCTC-CCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCT-CCT-CCCTCTCCTCCCCTA
*
25352194 CCCCT-CCCCTCCT--CTCTTACCCCTCCCCTC-CCTTCCT-T-CTCACCTACTCA
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTT-CCCC-CCCCTCTCCTCCCTCTCCTC-CC--CT-A
* * * *
25352244 CTCTCCTCTCCCTCC-CCCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCACCTCCTCC--
1 C-C-CCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCC-CCTA
* * *
25352294 CCCCTCCCTACTCCTCCC-C--CCCCCCCCTC-CCTCCCCCTACTCTCCC--
1 CCCCTCCC-CCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTC-CCCTA
* * * *
25352340 CCCCTCTCCCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCC-CTCCTACCC-CTCCTCTCCCTC
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCT-CTTCCCCCCCCTCTCCT-CCCTCTCCTC-CCCTA
* * * * * * *
25352391 CCCCTCCCCC-CCTTCGT-TT-CTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTTCCTC
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCT-CTCCTCC--CCTA
* * * * * *
25352441 CCTTCCTCCTCCCTCC-CCCTC-TCTCTCCGCTC-CC-CCCCCTCCCCCCCTT
1 CC--CCTCC-CCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
* * * *
25352490 CCGC-CCCCCTCCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCT-CTCCCTCT-CTCTCCCT-
1 CCCCTCCCCCTCC--TCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTC-CCCTA
* * * * * * *
25352539 CTCCCTCCTCCTCTCCCCCCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTA
1 C-CCCTCC-CC-CTCCTCCCTCTTC-CCCCCCCTCTCCTCCCTCT-CCTCCCCTA
** *
25352594 CCCCTCCTCCCTCCT-CCTC--CCTCCCTACTCTCTCTCCTCCCTCCTCCCCT-
1 CCCCTCC-CCCTCCTCCCTCTTCC-CCCCCCTCTC-CTCC-CTCTCCTCCCCTA
* *
25352644 CCTCCCCCCCCTCCTCCTCTTCTCTCCCCCCCCTAC-CCTCCCCCTACCTCCCCT-
1 CC-CCTCCCCCTCCTCC-C-TCT-TCCCCCCCCT-CTCCTCCCTCT-CCTCCCCTA
*
25352698 CTCTCTCCCTTCCTCCCTCCC-C-TCCCTTCCCCC-CTCC-CCCTC-CCT-CCCT-
1 C-CCCTCCC--CCT-CCTCCCTCTTCCC--CCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
* * * *
25352747 CCCTTCCCTCTCCTCCCTC-CCCTCCCCCCCCT-CTCCCTCCTCC-CCCCTA
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCC-CCCCCCTCTCCTCCCT-CTCCTCCCCTA
* * *
25352796 -CCCT-CTCCT-CT-CCTCTTCCCCCCTCC-CTCCTCTCTCCCCT-CCCTA
1 CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCC-CCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
25352841 CCCCTC
1 CCCCTC
25352847 TTTCCCCCCC
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 118, Indels: 319
0.66 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
44 9 0.01
45 72 0.09
46 73 0.09
47 57 0.07
48 60 0.07
49 91 0.11
50 91 0.11
51 76 0.09
52 75 0.09
53 63 0.08
54 64 0.08
55 35 0.04
56 14 0.02
57 34 0.04
58 15 0.02
59 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (50 bp):
CCCCTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCTCCCCTA
Found at i:25352058 original size:71 final size:66
Alignment explanation
Indices: 25345869--25348321 Score: 329
Period size: 66 Copynumber: 36.7 Consensus size: 66
25345859 CTTCCCCTAT
* * *
25345869 CTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCC-CCT-CCCTTCTTTCCTACCCCTC
1 CTCCCCT-CCCCTCC-CTTCTCCCT-CTCC-CCCCTC-CCCTCCTCCCCCTCTCT-CT-CCCCT-
25345932 CCCCCTCCCCC
58 -CCCCT-CCCC
** *
25345943 CTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTC-C-CCCTCTCC
1 CTCCCCTCCCCTCCCT-T-CT-CCCTCTCCCCCCTCCCCT-CCTCC-CCCTCTCTCTCCC-CTCC
25346006 CC-CCTCC
60 CCTCC-CC
* * * **
25346013 CTCTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCC-CCCC-CCT-CCCCTCT-TC-CCCCTCCCCCTC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCC-CCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCT-CCCCTC
25346073 CCC
64 CCC
** * * * *
25346076 C-CCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCT-TCCCCTCC-CCGCC-CCTCCCCCTCCCCCTCCCC-CCTA
1 CTCC-CCT-CCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCC-CCTCC-CCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCC-C
25346136 CTCCCC
61 CTCCCC
* * * * * * * *
25346142 C-CTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCCC-CCCTTCCTCCCTCC-CTTCTACTTCCCCCCC
1 CTCCCCT-CCCC-TCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCC-CCTC-TCT-C-T-CCCCTC
25346204 CCCTCCCC
59 CCCTCCCC
* * * * * *
25346212 TCTCCCC-CCCCTCCC--CTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGC
1 -CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCT-CCCCTCCTCC-CCCTCT-CTCTCCCCTCCCC
25346274 -CCCC
62 TCCCC
* *
25346278 C-CCCCTCCCTACTCCCCTTCCCCCTAC-CCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCC-C-C-CTCCCCCC
1 CTCCCCTCCC--CT-CCCTTCTCCCT-CTCCCCCCT-CCCCT--CCTCCCCCTCTCTCTCCCCTC
*
25346338 CCCTCTCC
59 CCCTCCCC
*
25346346 C-CCCCT-CCCTCCC-TCTCCCTCTCCCCCC-CCCCTTC-CCCCCTC-CTCTCCCCTCCCTCCTC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCT-CC-CCTC
25346405 CCC
64 CCC
** * * **
25346408 CTCCCCCTACTCCC-CCCCCCTCCC-C-CCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCTC-CTCCCCCCCTCTT
1 CT-CCCCT-C-CCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCC-CTCCTCCCCCTCTCT-CTCCCCTCCC
25346469 CTCCCTC
61 CTCCC-C
* *
25346476 CTCCCCGTCTCCC-CCC-TCTCCCCCTCCTCCTCC-ACCCTCC-CTCCCCTC-CT-TCCCTCTCC
1 CTCCCC-TC-CCCTCCCTTCTCCCTCTCC-CC-CCTCCCCTCCTC-CCCCTCTCTCTCCC-CTCC
*
25346535 CCCCCCC
60 CCTCCCC
* * * * * * *
25346542 CTCTCC-CCCCTCCC--CCCCCCCTCCCCCCTCCCTTCCT--TCTTCT-TCTCCCTCTTCTCCTT
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCC-C-TC-CCCT
25346601 ACCTCC
63 -CC-CC
* * * * * * *
25346607 CTACCCCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCT-TC-C-CCCCCCCCC
1 CT-CCCCT-CCCCTCCCTTCTCCCTCTC-CCCCCTCCCCTCCTC-CCCCTCTCTCTCCCCTCCCC
*
25346669 TCCCT
62 TCCCC
* * *
25346674 CTCCTAC-CCCCTCCCTTCCCTTCCCTC-CTCCCCTCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCCCT
1 CTCC-CCTCCCCTCCCTT--C-TCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTC-CCCCT--CTCTC-TCCCCT
25346737 CCCC-CCCC
58 CCCCTCCCC
* *
25346745 TCTCCCCCCCCCT-CC-TC-CCCTCCTCCCCCCTTCCCCTCC-CCTCCTCTCTCCTCCCCCTCTC
1 -CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCT-CTCCCCCC-TCCCCTCCTCCCCCTCTCT-CT-CCCCTC-C
*
25346806 CC-CCTC
60 CCTCCCC
25346812 CTCCCC-CCCC-CCC-TCT--CT-TCCCCCC-CCCCTCCTCCTACCC-CTCTC-CCCCTCCTTAC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCC--CCCTCTCTCTCCCCTCC---C
25346868 CTCCCC
61 CTCCCC
* * * * * * *
25346874 C-CCCC-CCCCTCTC-TCT-CC-CTCCCTCCTCCCGTACCCCCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCT-CCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCTCC
25346934 TCC
65 -CC
* * *
25346937 TCTCCCCT-ACC-CCC-TCTTCCC-C-CCCCCCTTCCC-CCTCTCCCT-TCTC-CTCCCTCCCCT
1 -CTCCCCTCCCCTCCCTTC-TCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTC-CCCTCCCCT
*
25346994 --CT
63 CCCC
* *
25346996 CTCCCC-CCTCCTCCCCTC-CCCTCTCCCCCAC-CCCCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCT-C
1 CTCCCCTCC-CCTCCCTTCTCCCTCTCCCCC-CTCCCC--T-CCTCCCCCT-CTCTCTCCCCTCC
25347057 CCTCCCC
60 CCTCCCC
* * * *
25347064 CTACTCTCTCTCCTCC-CCCCTCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCC-CCCCCCCTC-CCCCCCT
1 CT-C-C-C-CTCC-CCTCCCTTCTCC-CTCT--CCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCT
*
25347126 CCCCCTCTCC
58 -CCCCTCCCC
* *
25347136 TTCTCCCTCCCCTCCC--C-CCCCCTCCCCCC-CCCC-CC-CCCCCTACTC-C-CCCCTCCTACG
1 CTC-CCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCT-CTCTCTCCCCTCC--C-
25347193 TCTCCCTC
61 -CTCCC-C
* * * * * *
25347201 CTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCT-TTCCCTC-CCCCT-CTACCTCCCTAC-C-CCCCCCTCCTCT
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCT-CC-CCCT-CTCTCTCCCCTCCCCT
*
25347261 CCTC
63 CCCC
* ** * *
25347265 CTCCTC-CCCCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCTTCTCTACCTCC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCT-CCCCT-CC-T-C-CC-CCTC-TCTCT-CC-CC
* *
25347329 TCCCTTACCC
57 TCCCCTCCCC
* * *
25347339 CTCCTCCCTCCTTCCTTCCC-CCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTC-CTCTTCCC
1 CT-C-CCCTCC--CC-TCCCTTCTCC-CTCTCCC-CCCTCCCC-TCCTCCC-CCTCTCTC-T-CC
25347402 TCCTCCCCCTCCCC
55 -CCT-CCCCTCCCC
* * * * * * *
25347416 CCCCCCCCCCCTCCCCTC-CCCCCTCCTCCCT-CCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACT
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCC-CCCT--CT-CTCTC-CCCTCCC
25347479 CTCCCC
61 CTCCCC
* ** * * *
25347485 CCCCCCTACCCCTCCCCCCT-CCTC-CCCCCCGCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCC
1 CTCCCCT-CCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCC-TC-CCCT-CCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCC
25347548 T--CC
62 TCCCC
* * *
25347551 CTCCGCTCCTCCT-CC-TCTCCCTCCTCTCCTCC-CCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCC-CT
1 CTCCCCTCC-CCTCCCTTCTCCCT-CTC-CCCCCTCCCCTCCTCC-CCC-TCT-CTCTCCCCTC-
* *
25347612 CACTTCCC
59 CCCTCCCC
** * * * *
25347620 CTCTTCTCCCCTCCCTCCT-CCTC-CCCCTCTCCCCTACCCTACACC-C-CTC-CCCCTCCCCTC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCT--CCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCTC
25347680 CCC
64 CCC
* * * *
25347683 C-CTCCCTCCCCCTCCC--CTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTT
1 CTC-CCCT-CCCCTCCCTTCTCCCT-CTCCCCCCTCCCCTCC-TCCCCCT-CT-CTCTCC-CC--
* * *
25347745 TTCCCTACCT
57 TCCCCTCCCC
* * * *
25347755 CTCCCCCTCTCC-CCCTATTTCCCTCTCTACCCCC-CCCCT--TACCCCTC-CCCT-CCCTACCC
1 CT-CCCCTCCCCTCCCT-TCTCCCTCTC--CCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCT-CCC
*
25347814 TCTCTCC
61 -CTCCCC
* * * * *
25347821 CTCTCTTCCCC-CCCTCCT-ACT-TCCCCCC-CCCCT-CT-CCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCC-CCTC-CCCTC
25347880 CCC
64 CCC
* * *
25347883 C-CTCCC-CCCCTCCTCTTC-CCC-CTCCCTCCC-CCCCTCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTC
1 CTC-CCCTCCCCTCC-CTTCTCCCTCTCCC-CCCTCCCCTCC-TC-CCCCTCT-CTCTC-CCCTC
25347943 TCCCTCCCC
59 -CCCTCCCC
* * * *
25347952 CTCCCCTCTCCCCTCCCTACCTACCCTC-CCCCTCCTACCCTTCTCCCCC-C-CTCCCCCCT-CC
1 CT-CCC-CTCCCCTCCCT-TCT-CCCTCTCCCC-CCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCC
25348013 CTCCCTC
61 CTCCC-C
* * * *
25348020 C-CCCC-CCCCTCCCTCCTCCC-CTCCCCCC-CCTCTTCGTCCCCCTC-CCCTCCCCTACTCCCC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCC-CCTCCTCCCCCTCTCTCT-CCC--CT--CC
25348080 CCTTCCCC
60 CC-TCCCC
* *
25348088 CT-CCCTACCCCTCCC-TCTCCCTC-CCCTCTCC-CCCCTCCCCCCCCT-TCTCCCCCCTCCCC-
1 CTCCCCT-CCCCTCCCTTCTCCCTCTCCC-C-CCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCT
25348147 CCCTAC
63 CCC--C
* * * *
25348153 C-CCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCCT-TCCTCTCCTTCCCC-CCT-CCCCTC-C-CTCTCCTACC
1 CTCC-CCT-CCCCT-CCCTTCTCCCTCTCC-C-CCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCC
25348212 C-CCCC
61 CTCCCC
* * * *
25348217 C-CCCCTCTCCC-CCCTCCTACCCT-TCCTCCCCTCCCCCCCT-CCCCTCTCCCTACCCTCCCC-
1 CTCCCCTC-CCCTCCCTTCT-CCCTCTCC-CCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCT
*
25348277 CCTC
63 CCCC
* * * *
25348281 CT-CCCTCCTCT-CCTCCTCCC-CT-CCCCCTCCTCTCTTCCCCC
1 CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCC
25348322 CCCCCCTCCT
Statistics
Matches: 1797, Mismatches: 269, Indels: 639
0.66 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
58 12 0.01
59 15 0.01
60 50 0.03
61 91 0.05
62 115 0.06
63 150 0.08
64 139 0.08
65 145 0.08
66 167 0.09
67 153 0.09
68 133 0.07
69 159 0.09
70 129 0.07
71 59 0.03
72 94 0.05
73 46 0.03
74 49 0.03
75 26 0.01
76 24 0.01
77 17 0.01
78 1 0.00
79 5 0.00
80 13 0.01
81 5 0.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (66 bp):
CTCCCCTCCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCTCCC
C
Found at i:25352109 original size:100 final size:98
Alignment explanation
Indices: 25351964--25352940 Score: 339
Period size: 100 Copynumber: 9.6 Consensus size: 98
25351954 ATCTTACCTA
* *
25351964 CCCCT-CC-CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCC-CTCC-CT-TCTCCCTCTCCCTCCCTTC
1 CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCT-CCCTC-CCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCCTTC
25352024 GCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT
64 -CTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT
* **
25352060 CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCT-CCTCTCCCCCCCCCCC
1 CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCC-CTCCCTCTCTCTCCCTCT-CCCTCCCTTC
*
25352124 TCTTCCT-ACTCC-CTCTCCTTCCCC-CTCTCC-CCCCT
64 -CTTCCTCCCTCCTCTCT-C-TCCCCTCTC-CCTCCCCT
*
25352159 CCCCTCCTCTCCCTCTCC-CTACCCTCCCCTCCCCCC-CCCTCCCCTCCTCTCTTACCC-CTCCC
1 CCCCTCC-CTCCC-C-CCTC-CCCCTCCCC-CCCCCCTCCCT-CCCT-CTCTC-T-CCCTCT-CC
* *
25352221 CTCCCTTCCTT-CTCACCTACTCACTCT--CCTCTCCCTCCCCCT
56 CTCCCTTCCTTCCTC-CCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCT-CCCCT
* * * * * *
25352263 CTCC-CCC-CCCCTCTCCCCCCTCACCTCCTCCC-CCCTCCCTACTC-CTCCC-C-CCCCCCCCT
1 CCCCTCCCTCCCCCCT-CCCCCTC-CCCCCCCCCTCCCTCCCT-CTCTCTCCCTCTCCCTCCCTT
* * *
25352322 CCCTCC-CCCTACTCTC-CCCCCCTCTCCCTCCTCCCT
63 CCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCT-C-CCCT
* * * *
25352358 CCGTCCTCCC-CCCTCCTACCCCTCCTCTCCCTCCCCCTCCCCCCCTTCGTTTCTCCCTCTCCCC
1 CC--CCTCCCTCCCCCCT--CCC-CCTC-CCCCCCCCCTCCCTCCC-TC-TCTCTCCCTCT-CCC
* * *
25352422 TCCCTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTCCTCCCTCCCCCTCTCTCTCCGCT
57 TCCC---T--TCCTTCCTCCC-TCCT-CTCTCT-CCCCTCTCCCTCCCCT
* * *
25352472 CCCCCCCCTCCCCCCCTTCCGCCCCCCTCCTATCCCCCCTCCCTCCC-CTCTCTCCCTCTCTCTC
1 CCCCTCCCT-CCCCCC-TCC-CCCTCC-CC---CCCCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTC
*
25352536 CC-T-CTCCCT-CCTCCTCTC-C-CCCCTCTACTCCTCCTCTCT
59 CCTTCCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCT-C-CCTCC-C-CT
* * * *
25352575 ACTCC-CCCTCCCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTACTCTCTCTCCTCCCTCCT
1 -CCCCTCCCTCCC-CC-CTCCCCCTCC-CCC-CCCCCTCCCTCCCT-CTCTCTC-CCTCTC-CCT
* * * * *
25352639 CCCCTCCTCCCCCCCCTCCTCCTCTTCTCTCCC-CCCCCTACCCT
58 CCCTTCCT-TCCTCCCTCCT-CTC-TCTC-CCCTCTCCCTCCCCT
* * * *
25352683 CCCCCTACCTCCCCTCTCTCTCCCTTCCTCCCTCCCCTCCCTTCCC-C-C-CTCCCCCTCCCTCC
1 -CCCCTCCCTCCCC-C-CTC-CCCCTCC-CCCCCCCCTCCC-TCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCC
* *
25352745 CTCCCTTCC-CTCTCCTC-C-CTCCCCTC-CCC-CCCCT
60 CTTCCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT
* *
25352779 CTCCCT-CCTCCCCCCTACCCTCTCCTCTCCTCTTCCC-CCCTCCCTCCTCTCTCCC-CTCCCTA
1 C-CCCTCCCTCCCCCCT-CCCCCTCC-C-CC-C-CCCCTCCCTCCCT-CTCTCTCCCTCTCCCT-
* * * * * *
25352841 CCCCTCTTTCC-CCCCCCTAC-CTCT-CCTTTTTCCTCCCCT
58 CCCTTCCTTCCTCCCTCCT-CTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT
* *
25352880 CCCCCTCCC-CCTCCCTCCCTCCTGTCCCCCCCCCCT-CCTCCC-C-CTC-CCCTCCCCCTCCCT
1 -CCCCTCCCTCCCCCCTCCC-CC--TCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCCT
25352940 T
62 T
25352941 TACTCCCCTC
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 91, Indels: 221
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
92 1 0.00
93 17 0.03
94 30 0.04
95 24 0.04
96 29 0.04
97 21 0.03
98 60 0.09
99 62 0.09
100 75 0.11
101 41 0.06
102 54 0.08
103 47 0.07
104 34 0.05
105 24 0.04
106 17 0.03
107 4 0.01
108 13 0.02
109 21 0.03
110 18 0.03
111 8 0.01
112 17 0.03
113 23 0.03
114 15 0.02
115 3 0.00
116 22 0.03
ACGTcount: A:0.02, C:0.70, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (98 bp):
CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCCTTCCT
TCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT
Found at i:25352201 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 25351870--25352201 Score: 390
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
25351860 CTACCCCCCC
* * * *
25351870 CCCTCCCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCCC
1 CCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCTCCTCTACCCTCCTCGTCCC
*
25351935 ATCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCC
66 ACCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCC
* *
25352000 TCCCTTCTCCCTCTCCCTCCCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCT
131 TCCC-TCTCCCCCCCCCTCCCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCT
*
25352051 CCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTC-CCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCTCT-CTCTCCTC-T
1 CCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCCCCCCCCTCC-CT-CCTCTACCCTCCTCGT
* * * ** * * *
25352113 CCCCCCCCCCCTCTTCCTACT-CCCTCT-CCTTCCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCTCCCTCTC
63 CCCACCCCCCCTCCTCCTAATAATCT-TACC-TACCCCTCCCCCCCCT-CCCT-CTCCCCCTC-C
25352176 CCTA-CCCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC
123 CCTACCCCTCCCTCTCCCCCCCCCTCCC
25352202 CTCCTCTCTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 16, Indels: 16
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
180 9 0.07
181 81 0.64
182 13 0.10
183 19 0.15
184 5 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (180 bp):
CCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCTCCTCTACCCTCCTCGTCCC
ACCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCC
TCCCTCTCCCCCCCCCTCCCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCT
Found at i:25352225 original size:71 final size:68
Alignment explanation
Indices: 25352035--25353540 Score: 257
Period size: 71 Copynumber: 21.2 Consensus size: 68
25352025 CTTCCTCCCT
* **
25352035 CCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCC-CTCCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTC
1 CCTC-CTCTCCCCTC-CCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTC
25352099 CCTCTC
63 CCTCTC
* * * *
25352105 TCTCCTCTCCCC-CCCCCCCTCTTCCTACTCCCTCTCCTT-CCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTC
1 CCTCCTCTCCCCTCCCCCCC-CCTCC-CCT-CCTCT-CTTCCCCCCCCTCCCCCC-CCCCTCCTC
25352168 TCCCTCTC
61 TCCCTCTC
** * *
25352176 CCTACC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTACCCCTCCCCTCCCTTCCTTCTCACCTA
1 CCT-CCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTT-CCCC-CCCCTCCC--CCCCCCCTCCT-
*
25352240 CTCACTCTC
60 CTCCCTCTC
* * *
25352249 CTCTCCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCC
1 C-CT-CCTCTCCC-CTCCCCCCCCCTC-CCCTCCT---CT-CTTCCCCC-CCCT-C-CC-CCCCC
* * *
25352314 CCCCCCCTCCCTCCC
54 CCTCCTCTCCCTCTC
* * * * * **
25352329 CCTACTCTCCCC-CCCTCTCCCTCCTC-CCTC-CGTCCTCCCCCCT--CCTACCCCTCCTCTCCC
1 CCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCC-CCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCC
*
25352389 TCCC
65 TCTC
* * * * ** ** *
25352393 CCTCC-C-CCCCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTCC-CTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTCCTCCCT
1 CCTCCTCTCCCC-TC---CCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCC-CCCCCCTCCCCCCCCCCT-CCT
*
25352455 CCCCCTCTC
60 CTCCCTCTC
* * * * * ** *
25352464 TCTCCGCTCCCCCCCCTCCCCCCCTTCCGCC-CCCCTCCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCC-
1 CCTCCTCT-CCCCTCC-CCCCCCC-TCC-CCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCC-CCCC-CCCTCCT
*
25352527 CTCTCTCTC
60 CTCCCTCTC
* * * * **
25352536 CCTCTCCCTCCTCCTCTCCCCCCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCC
1 CCTC-CTCTCC-CCTC-CCCCCCCCT-CCCCTCCTCTCT--TCCCCC-CCCTCCCCCCCCCCTCC
*
25352601 TCCCTCCTCCTC
59 TCTC-CCT-CTC
* * * * **
25352613 CCTCCCTACTCTCTCTCCTCCCTCCTCCCCTCCTCCCCCCCCTCCTCCTCTTCTCTCCCCCCCCT
1 CCT-CCT-CTC-CCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCC-CC-CC-C-TC-C-CCCCCCCCT
* *
25352678 ACC-CTCCCCCTA
57 -CCTCTCCCTCTC
* * * *
25352690 CCTCCCCTCTCTCTCCCTTCCTCCCTCCCCT-C-C-CTTCCCCCCTCC-CCCTCCCTCCCTCC-C
1 CCTCCTCTC-CCCTCCC--CCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCCCCC-CCTCCC-CCCCCCCTCCTC
25352750 TTCCCTCT-
61 -TCCCTCTC
* * * * *
25352758 CCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCTCCTCCCCCCTACCCTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCTCC
1 CCTCCTCTCCCCTCCCCCCCC-CT-CC-CCTCCTCTCTTCCC-C-CCCCTCC-C-CCCCCCCTCC
25352822 -CTCCTCTCTCC
59 TCTCC-CTCT-C
* * *
25352833 CCTCC-CTACCCCTCTTTCCCCCCCCTACCTCTCCT-T-TTTCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCC-
1 CCTCCTCT-CCCCTC---CCCCCCCCT-CCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCCCC-CCCCCTCCT
25352894 CTCCCTCCTGTC
60 CTCCCT-C--TC
* * * * *
25352906 CC-CCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCC-CT-TT-ACTCCCCTCCCCTTCCCCCCCCCTC
1 CCTCCTCTCC-CCTCCCCC-CCCCT-CCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCCC--CCCCCCTCCTC
25352967 T-CCTC-C
61 TCCCTCTC
* * * * * * * * * *
25352973 CCTTC-CTCCCC-CCCCACCTCTCCTCT-TTATC-ACCCCCCCTTACCCCCCCCCT--ACT-CCT
1 CCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCT
25353031 CT-
66 CTC
* * *
25353033 CCTCCT-TCCCCTCCACCCCCCC-CGCCCTCC-C-C-T-CCCCCCCTTCCTCTCCCCT-CTCTCC
1 CCTCCTCTCCCCTCC-CCCCCCCTC-CCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCC
25353091 C-CTAC
64 CTCT-C
* * *
25353096 CTCTCCTCTCCCC-CCCTCCCCCC-CCCC-CCTCTCATCCCCCCTTACTCCCTCCCCCCCCCCTC
1 C-CTCCTCTCCCCTCCC-CCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCCCCC--CCTCCC-CCCCCCCTCCTC
*
25353158 -CCCTTTTTC
61 TCCC--TCTC
* * *
25353167 CTCTCCCCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGTCCCC-CCTCTCTTTCCCCCCCTCCTCCCCCTCCTCTT
1 C-CTCCTCTCCC-CTCC-CC-CCCC-CTCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCC-CCCCC-CC-C-T
* * *
25353231 CTCCCCCCCCCTC
57 C-CTCTCCCTCTC
* * ** * ** *
25353244 CCTCCTCCTCCTTCTCCCCCCCCCTCCCC-CCGTCCTCCTACCTACCCCTACCTTCCCCCTTCTC
1 CCTCCT-CTCC-CCTCCCCCCCCCTCCCCTCC-T-CT-CTTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTC
25353308 TCACC-C-C
61 TC-CCTCTC
* * * * *
25353315 CCCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTC-T-CCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCTC-
1 CCTCCT-CTCC-CCTCC-CCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCCTCT
*
25353377 CTCCTACCC
62 C-CCT-CTC
* *
25353386 CCTACTCT-CCCTCCCCCTTCCCTCTCCCCTCC-CTCTCTCCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCTCCC
1 CCTCCTCTCCCCTCCCCC--CCC-CTCCCCTCCTCTCT-TCCCC-CCCCTCCCCCCCCC-CTCCT
*
25353449 CTCCCCCCTC
60 CT-CCCTCTC
* * *
25353459 CC-CTCTCCTCCCCTATCCCCTCCC-CCCCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCCCCCC-CCTC
1 CCTC-CT-CTCCCCT-CCCCCCCCCTCCCCTCCTCT--CTTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTC
*
25353520 CCCCTC-C
61 TCCCTCTC
* *
25353527 CCCCCTCTCTCCTC
1 CCTCCTCTCCCCTC
25353541 TAATCAAGTC
Statistics
Matches: 1057, Mismatches: 211, Indels: 340
0.66 0.13 0.21
Matches are distributed among these distances:
60 30 0.03
61 8 0.01
62 22 0.02
63 12 0.01
64 52 0.05
65 13 0.01
66 15 0.01
67 36 0.03
68 55 0.05
69 64 0.06
70 70 0.07
71 126 0.12
72 114 0.11
73 106 0.10
74 59 0.06
75 56 0.05
76 81 0.08
77 62 0.06
78 22 0.02
79 22 0.02
80 20 0.02
81 10 0.01
82 2 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (68 bp):
CCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCT
CTC
Found at i:25352240 original size:108 final size:103
Alignment explanation
Indices: 25351965--25352356 Score: 257
Period size: 99 Copynumber: 3.9 Consensus size: 103
25351955 TCTTACCTAC
* * ** *
25351965 CCCTC-CCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCCTCCCT-TCTC-CCTCTCCCTCCCTTCGCT
1 CCCTCTCCCTCCCTCCC-CTCCCCC-CCCCT-CCCCTCCCTCTCTCTCCCCTCCC-CCCCCCCCT
*
25352027 -T-CCTCCCTC-CTCT-CTCTCCCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCT
62 CTACCT-ACTCACTCTCCTC-CCCCTCT-CC-CCCCTCCCCTCCCT
* * * *
25352069 -CC-C-CCCTCCC-CCTC-CCCCCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCCCCCCCTCTTC
1 CCCTCTCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCCTCTCTCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCTAC
*
25352129 CTACTCCCTCTCCTTCCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCT
66 CTACTCACTCTCC-TCCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCC-CT
* *
25352169 CCCTCTCCCTACCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCT-CCTCTCT-TACCCCTCCCCTCCCTTCCTT
1 CCCTCTCCCT-CCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCCTCTCTCT-CCCCTCCCC-CCC-CCCCT
* *
25352232 CTCACCTACTCACTCTCCTCTCCCTC-CCCCTCT-CCC-CCC-
62 CT-ACCTACTCACTCTCCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCCT
* * * *
25352271 CCCTCTCCC-CCCTCACCTCCTCCCCCCT-CCCT-ACTC-CTC-CCCC-CCCCCCCTCCCTC--C
1 CCCTCTCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCCTCTCTCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCTAC
* *
25352328 C-CCT-ACTCTCC-CCCCCTCTCCCTCCTCCC
66 CTACTCACTCTCCTCCCCCTCTCCCCCCTCCC
25352357 TCCGTCCTCC
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 24, Indels: 56
0.75 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
88 6 0.02
89 12 0.05
90 4 0.02
91 2 0.01
94 5 0.02
95 3 0.01
96 4 0.02
97 12 0.05
98 17 0.07
99 36 0.15
100 29 0.12
101 12 0.05
102 19 0.08
103 7 0.03
104 6 0.02
105 21 0.09
106 23 0.09
107 12 0.05
108 13 0.05
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (103 bp):
CCCTCTCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCCTCTCTCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCTAC
CTACTCACTCTCCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCCT
Found at i:25352513 original size:213 final size:224
Alignment explanation
Indices: 25352220--25352618 Score: 483
Period size: 213 Copynumber: 1.8 Consensus size: 224
25352210 TTACCCCTCC
* *
25352220 CCTCCCTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCTC
1 CCTCCCTTCCTCCTCACCTACCCACTCTCCTCTCCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCTC
*
25352285 ACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTC-CCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACT-CTC-CCCCCCTCT
66 ACCTCCTCCCCCCTCCCT-CCCCTCTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCCTCTCCCCCCTCT
* *
25352347 -C-CCTCCTCCCTCCGTCCTCCC-CCCT-C-CTACCCCTCCTCTC-CCTCC-CCCTCCCCCCCTT
130 ACTCCTCCTCCCTAC-TCC-CCCTCCCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCCCCCTT
25352405 CGTTTCTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTT
193 CGTTTCTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTT
* *
25352437 CCTCCCTTCCTCCTC-CCT-CCCCCTCT-CTCTCCGCTCCCCC-C-CCTCCCCCCCT-TCCGCCC
1 CCTCCCTTCCTCCTCACCTACCCACTCTCCTCTCC-CTCCCCCTCTCC-CCCCCCCTCTCCCCCC
* * * * * *
25352496 -C-CCTCCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCCCC
64 TCACCTCC--TCCCCCCTCCCTCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCCTCTCCCCCC
*
25352559 TCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCC
127 TCTACTCCTCCTCCCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCC
25352619 TACTCTCTCT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 14, Indels: 25
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
211 5 0.03
212 6 0.04
213 39 0.25
214 18 0.12
215 25 0.16
216 11 0.07
217 25 0.16
218 13 0.08
219 5 0.03
220 7 0.05
ACGTcount: A:0.03, C:0.69, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (224 bp):
CCTCCCTTCCTCCTCACCTACCCACTCTCCTCTCCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCTC
ACCTCCTCCCCCCTCCCTCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCCTCTCCCCCCTCTA
CTCCTCCTCCCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCCCCCTTCGT
TTCTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTT
Found at i:25352550 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25352542--25352662 Score: 60
Period size: 3 Copynumber: 40.3 Consensus size: 3
25352532 TCTCCCTCTC
* * *
25352542 CCT CCT CCT -CT CC- CC- CCT -CT ACT CCT CCT CTCT ACT CCC CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C-CT CCT CCT CCT
*
25352584 CCCT CCT -CT ACC- CCT CCT CCCT CCT CCT CCCT CCCT ACT -CT CTCT
1 -CCT CCT CCT -CCT CCT CCT -CCT CCT CCT -CCT -CCT CCT CCT C-CT
* *
25352629 CCT CCCT CCT CC- CCT CCT CCC CCC CCT CCT CCT C
1 CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C
25352663 TTCTCTCCCC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 8, Indels: 28
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
2 16 0.17
3 58 0.60
4 22 0.23
ACGTcount: A:0.03, C:0.68, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
CCT
Found at i:25352934 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25352872--25353530 Score: 151
Period size: 26 Copynumber: 24.7 Consensus size: 26
25352862 TCTCCTTTTT
* *
25352872 CCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCC-CTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
**
25352897 CCTCCTGT-CCCCCCCCCCTCCTCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
* ** *
25352922 CCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACT-CC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
*
25352947 CCTCCCCTTCCCCCCCCCTCTCCT-CC
1 CCTCCCC-TCCCCCCCCCCCTCCTCCC
*
25352973 CCT-TCCTCCCCCCCCACCTCTCCTCTTTATCAC
1 CCTCCCCTCCCCCCCC-CC-CTCCTC-----C-C
** *
25353006 CC-CCCCTTACCCCCCCCCTACTCCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCC-C
* *
25353032 TCCT-CCTTCCCCTCCACCCCC-CC-CGC
1 -CCTCCCCTCCCC-CC-CCCCCTCCTCCC
**
25353058 CCTCCCCTCCCCCCCTTCCT-CT-CC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
* ** * *
25353082 CCT-CTCT-CCCCTACCTCTCCTCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
25353106 CC-CCCCTCCCCCCCCCCCCTCTCATCCC
1 CCTCCCCT-CCCCCCCCCCCTC-C-TCCC
**
25353134 CC-CTTACTCCCTCCCCCCCC-CCTCCC
1 CCTC-CCCTCCC-CCCCCCCCTCCTCCC
* ** * * *
25353160 CTTTTTCCTCTCCCCTCCCTCTCCTCCG
1 C-CTCCCCTC-CCCCCCCCCCTCCTCCC
** * * *
25353188 CC-CCTGT-CCCCCCTCTCT-TTCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
* * *
25353211 CC-CCTCCT-CCCCCTCCTCTTCTCCC
1 CCTCC-CCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
* * *
25353236 CC-CCCCTCCCTCCTCCTCCTTCTCCC
1 CCTCCCCTCCC-CCCCCCCCTCCTCCC
* *
25353262 CC-CCCCTCCCCCCGTCCTCCTACCTACC
1 CCTCCCCTCCCCCC--CCCCCT-CCTCCC
* * *
25353290 CCTACCTTCCCCCTTCTCTCACC-CC-CCC
1 CCTCCCCTCCCCC--C-C-CCCCTCCTCCC
* *
25353318 CCTCCTCCTCCTCCTCCCCCT-CTCCC
1 CCTCC-CCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
25353344 CC-CCCCTCTCCCCCCCTCCCTCCT-CC
1 CCTCCCCTC-CCCCCCC-CCCTCCTCCC
* *
25353370 CCTCCTCCTCCTACCCCCTACTCTCCCTCCC
1 CCTCC-CCTCC--CCCCC-CCCCT-CCTCCC
* * *
25353401 CCTTCCCT-CTCCCCTCCCT-CTCTCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTC-CC
*
25353426 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCC-C-CTCCT-CCC
25353455 CCTCCCCTCTCCTCCCCTATCCCCTCC-CCC
1 CCTCCCCTC-CC-CCCC---CCCCTCCTCCC
*
25353485 CCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCC
1 CCTCCCCT-CCC-CCCCCCCCTCCTCCC
25353512 CC-CCCCTCCCCCTCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCC-CCCCCC
25353531 CTCTCTCCTC
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 94, Indels: 140
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.01
23 12 0.03
24 66 0.14
25 72 0.15
26 106 0.23
27 48 0.10
28 38 0.08
29 53 0.11
30 28 0.06
31 20 0.04
32 6 0.01
33 13 0.03
34 2 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.01, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
CCTCCCCTCCCCCCCCCCCTCCTCCC
Found at i:25353324 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25353318--25353381 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 23.0 Consensus size: 3
25353308 TCACCCCCCC
* * *
25353318 CCT CCT CCT CCT CCT CCC CCT -CT CC- CC- CCC CCT -CT CC- CCC CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
25353361 CCCT CCT CC- CCT CCT CCT CCT
1 -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
25353382 ACCCCCTACT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 12
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
2 12 0.24
3 36 0.71
4 3 0.06
ACGTcount: A:0.00, C:0.75, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (3 bp):
CCT
Found at i:25353434 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 25353317--25353513 Score: 199
Period size: 69 Copynumber: 2.8 Consensus size: 70
25353307 CTCACCCCCC
** * *
25353317 CCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCT-CCC-CCCCTCCCTCCTCCCCTCCTCCTC
1 CCCT-CTCCTCC-CCTATCCCTCTCCCCCCCTCTCTCCCCTCCCCT-CCTCCCCCCCT-CTCC-C
25353380 CTACCCCCTA
61 CTACCCCCTA
* *
25353390 CTCTC-CCTCCCCCT-TCCCTCTCCCCTCCCTCTCTCCCCTCCCCTCC-CCCCCCCTCTCCCCTC
1 CCCTCTCCT-CCCCTATCCCTCTCCCC-CCCTCTCTCCCCTCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCCCTA
*
25353452 CCCCCTC
64 CCCCCTA
*
25353459 CCCTCTCCTCCCCTATCCC-CTCCCCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCC
1 CCCTCTCCTCCCCTATCCCTCTCCCCCCCT-CTCTCCCCT-CCCCTCCTCCCCCCC
25353514 CCCCTCCCCC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 8, Indels: 20
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
68 4 0.04
69 33 0.31
70 27 0.25
71 27 0.25
72 8 0.07
73 8 0.07
ACGTcount: A:0.02, C:0.76, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (70 bp):
CCCTCTCCTCCCCTATCCCTCTCCCCCCCTCTCTCCCCTCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCCCTACC
CCCTA
Found at i:25354768 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 25354705--25359212 Score: 494
Period size: 37 Copynumber: 122.8 Consensus size: 36
25354695 ATAGCTTATA
* *
25354705 CTCTCCTCCTTCCCCT-CCCCCT-CTCCCTCCTTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCC-TCCC
25354740 C-CTCCCCCTCCCCCTAACCCCCTCCTCCCTCCCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCT-ACCCCCTCCTCCCT-CCTCCC
* * *
25354777 CTCTCTCCCCT-CCTCTACCCCCTCC-CTCTCCCCCC
1 CTCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
25354812 CTCTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCC-CC-CCTCTCCTCCC
1 CTCTCCCCCT-CCCCCTACC-CCCTCCTCC-CTCCTCCC
* *
25354848 TCTCTTCCTACTCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCC
1 -CTC-TCC--C-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCC
* * * *
25354889 CCCTTCCCCTCCTCCTACCCTCTCC-CCCT-CTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25354923 CTCTCCCTCT-CCTCT-CCCTCC-CCTCCCTCCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCC-CCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25354957 TACCCTCCTCCC-CCCCCT--CCCCTCCTTCCTACTCCC
1 --CTCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25354993 C-C-CCTCCTCTCGACTCCT-CCCCCTCCTCCTACACCTACCATC
1 CTCTCC-CC-CTC--CCCCTACCCCCTCCTCC--CTCCT-CC--C
* *
25355035 C-CTCCCCC-CCCTCTACTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTA--C-CCCCTCCTCC-CTCCTCCC
* * *
25355073 CTCT-CTCC-CCCCCT-CCTCTCTCC-CCC-CCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25355105 CTTTTCCCCCTCCTCTCCTTCTCCCTTCCTCCC-CCTCTCC
1 C-TCTCCCCCTCC-C-CCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTC-CC
*
25355145 C-C-CTCCCTCCCATCCTA-CCCCT-CTCCCCTCC-CTCC
1 CTCTCCCCCTCCC--CCTACCCCCTCCT-CCCTCCTC-CC
* * *
25355180 CTCT-CCCCTCCCCCT---CCCTACCTCCCCTACTACT
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCT-CCCTCCTCCC
* * *
25355214 CTCTCCTCCCTTCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTACTCTACCCTC
1 CTCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTC-CTCCCT-C-CT--CC-C
** *
25355257 CTCTTCCCTCCTCCCCCCGCCCCC-CCTCCCCCCTCCTC
1 CTC-TCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-C
25355295 C-C-CCCCCTACCTCTCCTACCCCC-CCTCTCC-CCT-CC
1 CTCTCCCCCT-CC-C-CCTACCCCCTCCTC-CCTCCTCCC
*
25355330 CTC-CCCCCTCCCCCT-CCCCCTAC-CCCTCC-CCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25355362 CT-T-CTCCTCCTCCCTACCCTCTCC-CCCTCTCTCCTAC
1 CTCTCCCCCTCC-CCCTACCCCCTCCTCCCTC-CTCC--C
* * * * * *
25355399 TTACACCCCCTCCCTCT-CCCCTTTC-CCCTCCTTCCT
1 CT-CTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCC-TCCC
* * *
25355435 CTCTCCTCCC-CCACTCCT-CCACCT-CTCCGCTACTCTC
1 CTCTCC-CCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCC
25355472 CTAC-CCCCCTCTCCCCT-CCCCC-CCTCCCCTCC-CCC
1 CT-CTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCC
* **
25355507 CTCCCCCCCTCTACCCCCCCCCCCTTCC-CCCTCCTCCC
1 CTCTCCCCCTC--CCCCTACCCCC-TCCTCCCTCCTCCC
* * *
25355545 TCCCTCCCTCTCTCTCCCT-CCCCCTCTTACCCTCCTCCCC
1 -CTCTCCC-C-CTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCT-CCC
* * * *
25355585 CGTCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCCCCTTTCCTCCTCTAC
1 C-T-CTCCCCCT-CCCCCT-ACCCCCTCC-TCCCTCCTC-CC
* * *
25355627 CTACATCCCCCCCCCTCCT-CCCCC-CCCCCCCCCT-CC
1 CT-C-TCCCCCTCCC-CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25355663 CTC-CCCCCTCTGTTCCCTCACCCCCTCTCTCCTCTCCT-TC
1 CTCTCCCCCTC---CCCCT-ACCCCCTC-CTCC-CTCCTCCC
* * * *
25355703 CTCCCCCTCCTCCTCCT-CCCCCTTACC-CCCCCCCCCC
1 CTCTCCC-CCTCCCCCTACCCCC-T-CCTCCCTCCTCCC
* * *
25355740 CT-TCTCCCCTCCTCC--CCCCCT-CTCCATTCCTTCC
1 CTCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCC
* *
25355774 C-CT-CCCCTCTCCCTACCCCC-CC-CTCTCC-CCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25355805 C-C-CCCCTCTCTCCACT-CCTACCTCCTCCC-CCTCCC
1 CTCTCCCC-CTC-CCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25355840 C-CTACCTCCCTCCCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCT-CC
1 CTCT-CC-CCCT-CCC-CCTACC-CCCT-CCTCCCTCCTCCC
** *
25355880 CTAAGCCTTCCTCCCTTTCCCTACTCGCCCTCCTCCCTCTCCCCC
1 CT----C-TCC-CCCTCCCCCTAC-C-CCCTCCTCCCTC-CTCCC
* * *
25355925 CTCCCCCCCTCCCCTCTCCTACCTACCCTCTCTCCCTCTTCTC
1 CTCTCCCCCT--CC-C-CCTACC--CCCTC-CTCCCTCCTCCC
* **
25355968 CT-TCTCCCTCCCCC--CCCCCTCCTCCCT-AACCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * * ** * *
25356000 TTACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTACTACCCTCC-CCC
1 CT-CTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCC
** *
25356037 CTAACCCTCCT-CCCCT-CTCCCCTCCCCCCTTCCTCTCC
1 CTCTCCC-CCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCC-TCCTC-CC
** *
25356075 C-CTCCCTCCT-CCTTTACCCCCTCCTCCTCCCCTCCC
1 CTCTCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCC
*
25356111 C-CTCCTCCCTACCCCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCC-CGTCC
1 CTCTCC-CCCT-CCCC-CT-ACCCCCTC--CTCCCTCCTC--CC
*
25356153 CTCTACCCC-CCCCCT-CCCCCT--TCCC-CCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25356184 C-CTCCCCC-CCTCTCCTA-ACCCTTCTCCTCTACCTCCC
1 CTCTCCCCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCC-CT-CCTCCC
* * **
25356221 C-CTCCCTCTCCACC--CCCCC-CCTCCCTCCTTAC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
**
25356253 CTCTCCCCC-CCTCTCCT-CCCCCTTAT-CC-CC-CCC
1 CTCTCCCCCTCC-C-CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25356286 CTCT-TCCC-CCCCCTACCCCCTCCTCTC-CCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25356319 CGTCTCCCCCTCCCCCTTCCCACTCCCCCCCTCCTCCCTC
1 C-TCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCT-CC-C
* * * *
25356359 CTCGCCTCCCTCCCTCT--CCCCTTCTCCCT-CT-CT
1 CTCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25356392 CTCTACCCCTCCCTCCT-CCTCTCCTCGCCTTCCCTACCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCC-CCTACC-C-CCT--CC-TCCCT-CCTCCC
*
25356434 CTC-CCTTCTCCCCCCCCTACCCCCCTCCT-CC-CC-CCC
1 CTCTCC--C-CCTCCCCCTA-CCCCCTCCTCCCTCCTCCC
** *
25356470 CTCTTACCCCCTCCTCCCT-CCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGC
1 CTC-T-CCCCCTCC-CCCTACCCCCTC-CTCCCTCCT-CC--C
* *
25356512 CTCTACCCCT-CCCCT-CCCCCTCCT-CTTCCCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCC
*
25356546 C-C-CCCCC-CCCCCT-CCTCCTCTCGTTCCC-CCTCTCTC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACC-CC-CTC-CTCCCTCCTC-C-C
* * *
25356582 TTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCT-AC
1 CTCTCC---CC-CT-CCCCCT-ACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
25356623 CT-TACCCCCTCTCCCC--CCTCCCTCC-CCCTCC-CCC
1 CTCT-CCCCCTC-CCCCTACC-CCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25356657 C-C-CCTCCCTCCCCTCTAACCCCC-CC-CTCTGCCTCCC
1 CTCTCC-CCCTCCCC-CT-ACCCCCTCCTCCCT-CCTCCC
* *
25356693 C-CTACCTCCCTCCCCCT-CTCTCTACTCCTCCCTCTTCCC
1 CTCT-CC-CCCTCCCCCTAC-C-C-CCTCCTCCCTCCTCCC
25356732 C-CT-CCCC-CCCCCT-CCCCCTCCTACCC-CCTTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCC-TCCC
* *
25356765 CTATCTCCCCTCCCCCT-CCTCTTCCCCCT-CCTCCTCCC
1 CTCTC-CCCCTCCCCCTACC-C--CCTCCTCCCTCCTCCC
*
25356803 CTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTA-CCCCTCCCCCCTCC-CCC
1 CTCTCCCCCT-CC--C---CCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25356843 CTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCC-CCCCCCTCCC
1 CTCT-C-CCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * * * * *
25356881 CT-ACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCT-CCTCCC
** *
25356918 CTCTCCTCCCCTAACCCT-CTCCCCTCC-CCCCCCTCCC
1 CTCT-C-CCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25356955 CTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCCCTCC-CCC
1 CTC-TCCCCCTCCCCCT-ACCCCCTCCT--CCCTCCTCCC
25356994 CTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCT-CCCCCTCC-CCCTCC-CCC
1 CTCTC--CCCCT---C-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25357033 CTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCC-CC-CCCTACC-CCC
1 CT-CT-CCCCCT-C--CCCC-TACC-CCCTCCTCCCT-CCTCCC
* * *
25357074 CCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCC-CC-CCC-CCTCCC
1 CTC-TCC-CCCTCCC-CCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25357111 CTCTCCCCCCCCTCCCCT-CCCCC-CC-CCC-CCTCCC
1 CTCT-CCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25357145 C-CTCCTCCTCCCCCTACCCTCC-CCTACGCCCCCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCC-CCTCCT-C-CCTCCTCCC
25357182 CTCCCTACTCCCCTTCCCCCTACCCCC-CCTCCC-CCTCCC
1 CT--CT-C-CCCC-TCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25357221 CTCCCCCCCCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCC
1 CT-CTCCCCCT----CCCCCTAC-CCCCTCCTCCCT-CCTC-CC
*
25357264 CTCTCCCCC-CCCCCTTCCCCCCTCCTCTCC-CCT-CC
1 CTCTCCCCCTCCCCC-TACCCCCTCCTC-CCTCCTCCC
25357299 CTCCTCCCCCTCCCCCTACTCCCC-CC-CCCTCC-CCC
1 CT-CTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25357334 CTC-CCTCCCT-CTCCT-CCCCCTCCTCCC-CC-CCTC
1 CTCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-C
* * *
25357367 TTCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTC
1 CTCTCCC-CCTCCCC--CTACCCCCTC-CTCCCTCCTCC-C
* *
25357408 CAC-CCTCCCT-CCCCT-CCTTCCCT-CTCCC-CCCCCC
1 CTCTCC-CCCTCCCCCTACC--CCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25357442 CTCTCCCCCCTCCCCC--CCCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTC
1 CTCT-CCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CC-TCC--C
* * * * *
25357481 TTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTAC-CCCTACCCCCC
1 --C-TCTCCC-CCTCCCCCTACC-CCCTCCTCCCT-CCTCCC
*
25357522 CCCTCCCCCT--CCCT-CCCCCTTCGCT-CCT-CTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCC-TC-CTCCCTCCTCCC
* *
25357555 CT-TCCCCCCCCCCCT-CCCTCTCCTACCC-CCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCT-CCCTCCTCCC
*
25357589 TTC-CCTTCCCTCCTCCC--CTCCCCTCCTCTCC-CCTCCCC
1 CTCTCC--CCCTCC-CCCTAC-CCCCTCCTC-CCTCCT-CCC
* * * *
25357627 CTCTTCCCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACC-C-CCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25357664 CTCCTCCCCCCTTCCCCT--CCCCTCCTCTCTCCTCCCC
1 CT-CT-CCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCC
* *
25357701 CTCTCCCCCTCCTCCC--CCCCC-CC-CTCTCTTCCC
1 CTCTCCCCCTCC-CCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* **
25357734 C-C-CCCCCTCCTCCTACCCCTCTCC-CCCTCCTTAC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCTCCTCCC
* * * *
25357768 CTCCCCCCCCCCCCCT-CTCTCTCCCTCCCTCCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCC
* *
25357804 GT-ACCCCC-CCCCCT---CCCTCCTCTCC-CCTCCTC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTC-CCTCCTCC-C
* *
25357836 CTCT-CCCCTACCCCCT-CTTCCCC-CCCCCCTTC-CCC
1 CTCTCCCCCT-CCCCCTAC--CCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25357871 CTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCC
1 CTCTCCC-CCTCC-CCCTACCC-C-CTCCTCCCTCCTCCC
*
25357911 CTC-CCCTCTCCCCC-ACCCCCTTTCCCTCCC-CCTACCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCC--T-CCTCCCTCCT-CCC
* * *
25357948 TCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCC
1 -CTCTCC-CCCTCCCCCTAC-C-CCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25357988 CTCTCTCCC-CCCCCT--CCCCTCCCCCCCCCTCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCC
* * * * *
25358022 CCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCT-C-CCCTCCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* ** * *
25358055 CCCTCCCCC-CCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCTAC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC--C
* ** *
25358092 GTCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCT--TTCC
1 CTCTCCC-CCTCCCC-CTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* *
25358128 CTC-CCCCTCTACCTCCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCT
1 CTCTCCCC-CT-CC-CCCTACCCCCTCCTCC-CTCCTCCC
***
25358167 C-CTCCCCCTCTATTCT-CCCCCTCCTCCCTACCCCTCCC
1 CTCTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCT---CCTCCC
* * * *
25358205 TTACTCCTCCTCTTCTCTA---CCTCCTCCCT--TACCC
1 CT-CTCCCCCTC-CCCCTACCCCCTCCTCCCTCCT-CCC
25358239 CTCCTCCCTCCTTCCTTCCC--CCCCCTCTCTCCCTCCCTCCC
1 CT-CTCCC-CC-TCC--CCCTACCCCCTC-CTCCCT-CCTCCC
* *
25358280 CGTC-CCCCCTCCTCCT-CTTCCCTCCTCCC-CCTCCC
1 C-TCTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25358315 C-C-CCCCC-CCCCCT--CCCCTCCCCCCTCCT-CC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
*
25358345 CTC-CCTCCTCCTCCCT-CCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCC
1 CTCTCCCCCTCC-CCCTACCC-CCTC-CTCCCT-C-CTCCC
* *
25358384 C-C-CCCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCC-CC-CCGC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCC-C
* *
25358417 CTC-CCTCCCTCCCCCT-CCCTCTCCCTTCC-CCT-CC
1 CTCTCC-CCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCC
* * *
25358451 CTC-CGCTCCTCCTCCT-CTCCCTCCT--CTCCTCCC
1 CTCTC-CCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25358484 CCCTCCTCCTCCCTTCTA--CCCTCC-CCCTCACTTCCC
1 CTCTCCCCCTCCC-CCTACCCCCTCCTCCCTC-C-TCCC
*
25358520 CTCTTCTCCCCTCCCTCCT-CCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACC
1 CTC-TC-CCCCTCCC-CCTACC-CCCTC-CT-CCCT--CCT-C-CC
*
25358565 C-CTCCCCCT-CCCCTCCCCCCTCCCTCCC-CCTCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCC
* *
25358599 CT-TCCTACCC-CCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTC
1 CTCTCC--CCCTCCCCCTACCC-CCTCCTCCCTCCT-C-C-C
** * * * **
25358639 CTCCTTTTCCCTACCTCT-CCCCCTCTCCCCCTATTTCCC
1 CT-C-TCCCCCTCCCCCTACCCCCTC-CTCCCT-CCTCCC
* * * *
25358678 TCTCTACCCC-CCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTAC-CCT
1 -CTCTCCCCCTCCCCC-TACCCC-CTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25358715 CTCTCCCTCTCTTCCCCC--CCTCCTACTTCCC-CCCCCC
1 CTCTCCC-C-C-TCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCC
* *
25358752 CTCT-CCCCTCTCCCT-CCTCCT-CTCCCTCC-CCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25358784 CTCCCCCCCT-CCTCTTCCCCCTCCCTCCC-CC-CCTC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCTCCTCC-C
* * *
25358819 CTTCTACTCTCTCCCCTCT-CCCTCTCCCTCCC-CCTCCC
1 C-TCT-CCCCCTCCCC-CTACCCCCT-CCTCCCTCCTCCC
*
25358857 CTCT-CCCCT--CCCTACCTACCCTCC-CCCTCCTACC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACC--CCCTCCTCCCTCCTCCC
* * *
25358891 CT-T-CTCC-CCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCT-CCTCCCT-CCTCCC
* * * *
25358926 CCCTCCCTCCT-CCCCT-CCCCCCCCT-CTTCGTCCC
1 CTCTCCC-CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
25358960 C-CT-CCCCT-CCCCTACTCCCC-CCTTCCC-CCT-CC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTAC-CCCCTCC-TCCCTCCTCCC
* * * *
25358992 CTACCCCTCCCTCTCCCT-CCCCTCTCCCCCCTCCCCCCC
1 CT-CTCC-CCCTCCCCCTACCCC-CTCCTCCCT-CCTCCC
25359031 CTTCTCCCCCCTCCCCCCCTA-CCCCTCCTCCC-CCTCCC
1 C-TCT-CCCCCT--CCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
* * * *
25359069 CTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCT-C-CCCTCCCTCTC
1 CT-CTCCC--CCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCT-CCTCCC
* * *
25359107 CTACCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCC
1 CT-CTCCCCCTCCCC-CTACCCCCTCCT-CCC-TCCTCCC
* * *
25359147 CTCCCCCCCTCCCCTCTCCCTACCCTCCCCCCTCCTCCCTC
1 CTCTCCCCCTCCCC-CTACC--CCCTCCTCCCTCCT-CC-C
*
25359188 CTCTCCTCCT-CCCCT-CCCCCTCCTC
1 CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTC
25359213 TCTTCCCCCC
Statistics
Matches: 3362, Mismatches: 477, Indels: 1267
0.66 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
30 25 0.01
31 70 0.02
32 188 0.06
33 237 0.07
34 334 0.10
35 273 0.08
36 436 0.13
37 468 0.14
38 352 0.10
39 269 0.08
40 274 0.08
41 139 0.04
42 126 0.04
43 80 0.02
44 63 0.02
45 25 0.01
46 3 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
CTCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCTCCCTCCTCCC
Found at i:25354864 original size:52 final size:50
Alignment explanation
Indices: 25354719--25359210 Score: 550
Period size: 51 Copynumber: 87.6 Consensus size: 50
25354709 CCTCCTTCCC
* * *
25354719 CTCCCCCT-CTCCCTCCTTCCCCCTCC-CCCTCCC-CCTAACC-C-CCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCC-TCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25354766 C-CCTCCCTCCCCTCT-CTCCCCTCCTCTACC-CCCTCC--CTCTCCCCCCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCCCC-CC-CTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25354814 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCTCCCTCTCT-TCCTACTCCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTC-CCTCCCTC-CTACCCT-CTCCCCCT
** *
25354866 CTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTTCCC-CTCCTCCTACCCTCTCCCCCT
1 CT-CCCCCTCCCCCCT-CCTCCCCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
25354918 CTCCCCTCTCCCTCTCCT-CTCCCTCCCCTCCCT-CCTCCCTACCCTCCTCCCCC-
1 CTCCCC-CTCCC-C-CCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCT-CCTACCCT-CTCCCCCT
* ** * * * *
25354971 CCCTCCCCTCCTTCCTACTCCCCCCCTCCTCTCGACTCCT-CCCCCT-CCTC-
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCC-CTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25355021 CTACACCTACCATCCCTCC-CCCCCCTCTACTCTCCCCTCCT-CCTCTCCCCCCCT
1 CTCCCCCT-CC-CCCCTCCTCCCCCC-CT-CCCT-CCCTCCTACC-CTCTCCCCCT
* * * *
25355075 CTCTCCCC-CCCTCCT-CTCTCCCCCC-CCC-CCCT-TTTCCCCCTCCTCTCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCC-C-CCT
* * *
25355124 -TCTCCCTTCCTCCC-CCTCTCCCCCTCCCTCCCATCCTACCC-CTCTCCCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCC-TCCTACCCTCTC-CCCCT
* * * * *
25355174 C-CCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTACCTCCCCTACTACTCTCTCCTCCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCT-CCCTCCTACCCTCTCC-CCCT
* *
25355225 -T-CCCCTCCCCCCT-CTCCCCCTACTCTACCCT-CCT-CTTCCCTCCTCCCCCCG
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC--C-CT-CCCTCCCTCCTACCCT-CT-CCCCCT
* * *
25355276 CCCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCT--CTCCTACCC-C-CCCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25355323 CCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCCCCTACCCCTCCCCCCTTCTCCTCCTCCCTACCCT
1 CTCC-CCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCT--CCCTCCCTCCTAC-CCT-CT-CC--CCCT
* * * * * *
25355382 CTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCTCCCTCTCC-CCTTTCCC-CTCCTTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCT-CCCCCCCTCCCTC-CCTCC-TACCCTCTCC-CCCT
* * * *
25355435 CT-CTCCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCT-ACT-CT--CCTAC-CCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCC-CTCCTCCCCCCCTCC-CTCCCTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * * *
25355482 CT-CCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCCCCCT-CTACCCCCCCCCCCT
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25355532 -TCCCCCTCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTTACCCTCCTCCCCCGT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCC-C-CCCTCCCT--CCCTCCTACCCT-CTCCCCC-T
*
25355588 CCTCCCCCTCCCCCCT-CTCCCCCCCCTTTCCT-CCT-CTA-CCTACATCCCCC-
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCC-TCCCTCCCTCCTACCCT-C-TCCCCCT
* * * * *
25355638 C-CCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCC-CCCTCTGTTCCCTCACCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTC-CTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25355689 CT-CTCCT-CTCCTTCCTCCCCCTCCT-CCT-CCTCC--CCCT-TACCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
* * * *
25355734 CCCCCCCTTCTCCCCTCCTCCCCCCCT--CTCCATTCCTTCCC-CT-CCCCT
1 CTCCCCC-TCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCC-CTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25355782 CTCCCTACCCCCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTA-CCTCCTCCCCCT
1 CTCCC--CCTCCCCC-CT-CCTCCCCCCCTCCCTCC-CTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * * *
25355837 CCCCCTACCTCCCTCCCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCT-CCCTAAGCCTTCCTCCCT
1 CTCCC--CCT-CC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCT----C-TCC-CCCT
* * *
25355896 TTCCCTACTCGCCCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCC--CCTCTCCTACCTACCCT
1 CTCCC-CCTC-CCC-CCT-CCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CT-CT-CC--CCCT
* * * * ** *
25355954 CTCTCCCTCTTCTCCTTCTCCCTCCCC-CCC-CCCTCCT-CCCT-AACCCTT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * ** *
25356002 ACCCCCCCT-CTCCCT-TTCTCCTACTACCCTCCCCCCTAACCCTC-CTCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCTCCCTCCT-ACCCTCTC-CCCCT
*
25356053 CT-CCCCTCCCCCCTTCCT-CTCCCCTCCCT-CCTCCTTTACCCCCTCCTCCTCCC-
1 CTCCCCCTCCCCCC-TCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCC--TA--CCCT-CTCC-CCCT
* * *
25356106 CTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCCCGT-CCCTCTACCCCCCCC
1 CTCCCCCT-C-CCC--CCTC-CTCCCCCCCTC-CCTCCCT-CC-TACCCTCT-CCCC--CT
* *
25356166 CTCCCCCTTCCCCCTCC-CCCTCCCC-CCCT--CTCCTAACCCT-T-CTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCTCCCTCCCTCCT-ACCCTCTCCCCCT
* * *
25356212 CTACCTCCC-CCTCCCT-CTCCACCCCCCCCCTCCCTCCTTACCTCTCCCCCCCTCT
1 CT-CC-CCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCC-TACC-CT-CTCCCC-CT
* *
25356267 CCTCCCCCTTATCCCCCC-CCTCTTCCCCC-CCCTACCC-CCT-CCTCTCCCTCCCCGT
1 -CTCCCCC---TCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCT-CCCTCCTACC-CT--CTCCCCCT
*
25356322 CTCCCCCTCCCCCTTCCCACTCCCCCCCT-CCTCCCTCCT-CGCCTC-CCTCCCT
1 CTCCCCCTCCCCC--CTC-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCC-CCCT
* * ** *
25356374 CTCCCCTTCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCT-CCTCCT-CTCCTCGCCTTCCCT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTC-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCC--CCCT
* * *
25356427 -ACCCCC-CCTCCCTTCTCCCCCCCCTACCC-CCCTCCT-CCC-C-CCCCTCTT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-C-T
* * * **
25356475 ACCCCCTCCTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCT-CTACCC-CT-CCCCT
1 -CTCCC-CCTCCC-CCC-TCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* **
25356527 CCCCCTCCTCTTCCCTCC-CCCCCCC-CCC-CCCTCCT-CCTCTCGTTCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CTC--TCCCCCT
*
25356577 CTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCT-CCTCCCTCCTA-CCT-TACCCCCT
1 CTC-C--C-CC--TCC-C-CCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
*
25356633 CTCCCCCCTCCCTCCC-CCTCCCCCCCCCTCCCTCCC-CTCTAACC-C-CCCCCT
1 CT-CCCCCTCCC-CCCTCCT--CCCCCCCTCCCTCCCTC-CTACCCTCTCCCCCT
* * *
25356684 CT--GCCT-CCCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCTACTCCT-CCCTCTTCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCT-CC-CCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTC-TCCCCCT
* * * * ** * *
25356735 CCCCCCCCCTCCCCCTCCTACCCCCTTCCC-CTAT-CTCCCCTCCCCCTCCT
1 CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* **
25356785 CTTCCCCCTCCTCCTCC-CCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC-CTCCCCC-
1 C-TCCCCCTCC-CC-CCTCCTCCCCCCCTCCC-TCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25356836 CTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCC-CTCC-CCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCT
1 CT-CCCCCTC--C-CCCCT-CCTC-CCCCCCTC-CCTCCCTCCTACCCT--CTCC-CCCT
* *
25356894 CTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCTCCTCTCCT-CC-CCTAACCCTCT-CCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCTC-CCTCCCTCCT-ACCCTCTCCCCCT
* * * *
25356943 CCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCC-CTCCCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCC-CCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCT-CCCCCT
* *
25356996 CTCTTCCCCTCCCCGCC-CCTCCCCCTCC-CCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCT
1 CTC--CCCCTCCCC-CCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTA-----CCCT-CTCCCCCT
* * * * *
25357054 TTCCTCC-CCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCC-C-CCCCCC
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CCTCCCCC--CCTCCCTCCCTCCTAC--CCTCTCCCCCT
* * *
25357106 CTCCCCTCTCCCCCC-CCTCCCCTCCC-CCC-CCCCCCT-CCCCCT-CCTC-
1 CTCCCC-CTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25357152 CTCCCCCTACCCTCC-CCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCT-TCCCCCT
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCT-C-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25357203 ACCCCCCCT-CCCCCTCC-CCTCCCCC-CCCTCCC-CC-CCCCTCTCCCCCC
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25357250 CTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCCCCTTCCC-CCCTCCT-CTCCCCTCCCTC-
1 CT-CC-CCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCC-TCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCCCCT
*
25357302 CTCCCCCTCCCCCTACTCC-CCCCCCCTCCC-CCCTCCCT-CCCTCTCCTCC-
1 CTCCCCCTCCCCC--CTCCTCCCCCCCTCCCTCCCT-CCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25357351 C-CCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCTCCC-CGTCTCC-CCCCTCT-CCCC-
1 CTCCCCCT-CCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTC-CCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * *
25357399 CTCCTCCTCCACCCT-C-CCTCCCCTCCTTCCCT-CT-CCC-CCCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * *
25357444 CTCCCCCCTCCCCCC-CCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTCT-TCTTCTCCCTCTT
1 CT-CCCCCTCCCCCCTCCTC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* * *
25357495 CTCCTTACCTCCCTACC-CCTACCCCCC-CCCTCCC-CCT--CC-CTCCCCCT
1 CTCC--CCCTCCC-CCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25357542 -TCGCTCCTCTCCCCT--TCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCC-
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCT-CC-CTCCTACCCTCTCCC--CCT
* * *
25357593 CTTCCCTCCTCCCCTCC-CCTCCTCTCCCCT-CC-CCCTCTTCCCCTC-CCCCCC
1 C-TCCC-CCTCCCC-CCTCCTCC-C-CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25357644 CTCTCCC-CCCCCCTCCTCCCCTCCTCCC-CCCTTCCCCT-CCC-CTCCTCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCC-T--CCTACCCTCTCC-CCCT
* *
25357694 CCTCCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCCC-CCC-CTCT-CTTCCC-C-CCCCC-
1 -CTCCCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25357740 CTCCTCCT-ACCCCT-CTCCCCCTCCTTACCTCCC-CC--CCC-C-CCCCTCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CC-TCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* * * *
25357786 CTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCC-CCCTCCCTCCT-CTCCCCTCCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCT-CC-T-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCCCCT
* * *
25357838 CT-CCCCTACCCCCTCTTCCCCCCC-CCCTTCCC-CCTCTCCCTTCTCCTCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCC-TCCCTCCT-ACCC-TCTCC-CCCT
* * **
25357889 C-CCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCC-CTCTCCC-CC-ACCCCCTTTCCCT
1 CTCCC-C-CTCCCCCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * * *
25357938 CCCCCTACCCTCTCCCCTCC-CTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCT
1 -CTCC--CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* * **
25357992 CTCCCCCCCCTCCCCTCC-CCCCCCCTCCCCCCCTCC--CCCTCTCCTTCT
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25358040 CCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCC-CCCCCCCCCCTACTCC-C-CCCTCCT
1 CTC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTAC-CCTCTCCC-CCT
* *
25358090 ACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCC--CCCTCTACCTCCCT
1 -C-TCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCC-CCTCCC--TCCCTCCTACCCTCT-CC-CCCT
* * * *
25358146 ACCCCCCCCTCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT-CCCTACCCCTCCCTT
1 --CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCC-CCCCCTC----C-CTCCCTCCTACCCT-CTCC-CCC-T
** * * *
25358207 ACTCCTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCTTACCCCT-CCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCT
1 -CTCC-CC-C-TC-CCCCCTCCTCCC---CCCCTCCCTCCCTCCTACCCT-CTCCCCCT
* * *
25358265 CTCTCCCTCCCTCCCCGTCC-CCCCTCCTCCTCTTCCCTCCT-CCCCCTCCCCC-
1 CTCCCCCT-CC-CCCC-TCCTCCCCCCCTCC-C-TCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * *
25358317 CCCCCCCCCCTCCCCTCC-CCCCTCCTCCCTCCCTCCT-CCTCCCTCCCTCCT
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACC-CTCTCCC-CCT
25358368 CTCTCCCTACTCTCCCCC-CC-CCCTACCCCTCCC-CCCTCCT-CCC-C-CCCGCCT
1 CTC-CCC--CTC-CCCCCTCCTCCC--CCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* *
25358419 C-CCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCT
1 CTCC-CCCTCCCCC-CTC-CTCCC--CCCCTCCCTCC-CTCCTAC-CCTCTCCC-CCT
* *
25358476 CT---CCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCC-CCT-CACT-T-CCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCC-CCC-CCT-CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25358522 CTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTAC-ACCC-CT-CCCC-
1 C-TC-CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCT-CCCT-CCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25358572 CT-CCCCTCCCCCCTCC-CTCCCCCT-CC-CCTTCCTA-CC-C-CCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* * * * * * **
25358615 -TCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTC-CCTA-CCTCTCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* *
25358663 CTCCCCCTATTTCCCTCTCTACC-CCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCT
1 CTCCCCC----TCCC-CCCT-CCTCCCCCCC-T--CCCT-CCCT-CCTACCCTCTCCCCCT
** ** *
25358723 CT-CTTC-CCCCCCTCCTACTTCCCC-CCC-CCCT-CTCCCCTCTCCCTCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCC-CCT
* * *
25358770 CCTCTCCCTCCCCCCTCC-CCCCCTCCT-CTTCCC-CCT-CCCTCCCCCCCT
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
* ** * * * * * *
25358818 CCTTCTACTCTCTCC-CCTCTCCCTCTCCCTCCC-CCTCCCCTCTCCCCTCC
1 -CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCC-CT
* ** * *
25358868 CTACCTACCCT-CCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCC-CCCCTC-CCTCCCT
1 CT-CC--CCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCC-CCCT
* * *
25358919 C-CCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCC-CCC-CCTCTTCGT-CCCCCT-CCCCT
1 CTCCCCCTCCC-CCCTCCTCCCC-CCCTCCCTCC-C-TCCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25358968 C-CCCTACTCCCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCTCCCT-CT-CCCTC-CCCTCT
1 CTCCC-CCTCCCCCC-TCCTCCCCCCCT--CCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
25359017 C-CCCCCTCCCCCC-CCTTCTCCCCCCT-CC-CCC-CCTACCCCTCCTCCCCCT
1 CTCCCCCTCCCCCCTCC-TC-CCCCCCTCCCTCCCTCCTA-CCCT-CTCCCCCT
* * *
25359066 C-CCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCTACCCCCCCCCCCCT
1 CTCCC-CCTCCC--CC-CTCCTCCCCCCCT-CCCT-CC-CTCCTA-CCCTCTCCCCCT
* *
25359123 CTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTCCCCCCCTCCCCTCTCCCTACCCTC-CCCCCT
1 CT-CCCCCTCC--CCCCTCCTCCCC-CCCTCCCT--CC-CT-CCTACCCTCTCCCCCT
* * *
25359180 C-CTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCTCC-CCCTCC
1 CTCCCCCTCC-CCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCC
25359211 TCTCTTCCCC
Statistics
Matches: 3316, Mismatches: 526, Indels: 1203
0.66 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.01
43 18 0.01
44 34 0.01
45 56 0.02
46 113 0.03
47 159 0.05
48 335 0.10
49 358 0.11
50 329 0.10
51 397 0.12
52 334 0.10
53 313 0.09
54 220 0.07
55 128 0.04
56 98 0.03
57 110 0.03
58 131 0.04
59 73 0.02
60 62 0.02
61 9 0.00
62 4 0.00
63 10 0.00
64 1 0.00
65 5 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (50 bp):
CTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCCCTCCCTCCTACCCTCTCCCCCT
Found at i:25354907 original size:112 final size:107
Alignment explanation
Indices: 25354739--25360302 Score: 493
Period size: 105 Copynumber: 51.1 Consensus size: 107
25354729 CCCTCCTTCC
* * *
25354739 CCCTCC-CCCTCCCCCTAACCCCCTCCTCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCT-CCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
*
25354803 TCTCCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCTCCCT-
64 CCT-CCCCCCTCTCCCCCTCCCCCC-CCTCCCCCCC-CTCCTCCCTA
* *
25354849 CTCTTCCTACTCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCT-TCCCCTCCTCCTACCCTCTC
1 C-CCTCCT-C-CCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCCCTC
* * * * *
25354913 CCCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCTA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
**
25354959 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCTCCTTCCTA-CTCCC-CCCCTCCTCTCGACT-C-CT-CCCCCTCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCC-CC-TCCTACCTCCCTCCCC-CCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* * * * * *
25355019 TCCT-ACACCTAC-CATCCCTCCCCCCCCTCTACTCTCCCCTCCTCCTCTC
63 CCCTCCCCCCT-CTC-CCCCTCCCCCCCCTC--C-CCCCCCTCCTCC-CTA
* * * * * * **
25355068 CCCCCCTCTCTCCCC-CCCTCCTCTCT-CC-CCCCCCCCCCTTTTCCCCCTCCTCT-CCTTCTCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTC-CTACCTCCCTCCCCCC-TCT-CCCCTCCTCTACCCCCTCC
25355129 CTTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCATCCTACCCCTCTCCCCTCCCTCCCT-
63 C--CCTCCCCCCTCTCCCCCTCCC-CCC--CCT--CCC-C-CCCCT-CCTCCCTA
*
25355182 CTCC-CCTCCCCCTCCCTACCTCCCCTACTACTCTCTCCTCCCTTCCC-CTCCCC-CCTCT-CCC
1 C-CCTCCTCCCCC-CCCT-CC-CCCCTCCTAC-CTC-CCTCCC--CCCTCTCCCCTCCTCTACCC
*
25355243 CCTACTCTACCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCC-CGCCCCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTA
58 CCT-C-C--CCCTCC-C--CCCT-CTCCCCCTC-CCCCCCCTCCCCCC-CCT--CCTCCCTA
* * * * *
25355304 CCTCTCCTACCCCCCCTCTCCCCTCCCT-CCCCCCT-CCCCCTC-CCCCTACCCCTCCCCCCTTC
1 CC-CTCCTCCCCCCCCTCCCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC-TC
** * * * * *
25355366 TCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCTCC-CTCTC
62 -CC-CCTCCC--CCCTCTCCCCCTC-C-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * * * *
25355417 CCCT-TTCCCCTCCTTCCTCTCTCCT-CCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTACTCTCCTACCCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCC-CTCC-CC-CCTCTCCCCT-C-CT-CTA-CCCC
25355480 CTCTCCCCTCCCCCC-CT-CCCCT--CCCCCCTCCCCCCCTCTACC-CCC--
59 CTC-CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCC-CT-CCTCCCTA
* * * *
25355525 CCCCCCTTCCCCCTCCTCCCTCCCT-C--CCTCTCT-CTCCCTC-CCCCT-CT-TACCCTCCTCC
1 CCCTCC-TCCCCCCCCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCTCC
* ** * *
25355583 CCCGTCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCCCCT-TTCCTCCT-CTACCTA
63 CCC-T-C-CCCCCTCTCCCC-CTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * ** ***
25355630 -CATCCCCCCCCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTTC-CCTC-ACCCCCTCTC
1 CCCTCCTCCCCCC-CCT-CCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC-C
* * * * * **
25355692 TCCT-CTCCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCCCCTTACCC-CC-CCCCC
63 CCCTCCCCCCT-CTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCC---CCCTCCTCCCTA
* * *
25355738 CCCTTCTCCCCTCCTCC-CCCCCTCTCCATTCCTTCCC-CTCCCCTCT-CCCTACC-C--CCCCC
1 CCCTCCTCCCC-CC-CCTCCCCC-CTCC-TACC-TCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC
* * *
25355797 TCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTACCTCCTCC-CCCTCCCCCTACCTCCCTC
60 TC-CCCCTCCCCCCTCTC-CCCCTCC--CC-CC-CCTCCC-CCCCCT-CCTCCCTA
** * * * * *
25355852 CCCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCCTCCCTA-AGCCTTCCTCCCT-TTCCCTACTC-GCCCTCCT
1 CCCTCCT-CC-CCC-CCCTCCCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCT
* * * * **
25355914 CCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCTCCTACCTACCCTCTCTCCCT-
61 CCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCC-CCCCTCCCCCCCCTC-CTCCCTA
* *
25355962 CTTCTCCTTCTCCCTCCCC-CCCCCCTCCTCCCTAACCCTTACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTAC
1 C-CCTCC-TC-CCC-CCCCTCCCCCCTCCTACCT--CCC-T--CCCCCCTCTCCC---CTCCT-C
* *
25356026 TACCCTCCCCCCTAACCCTCCTCCCCTCT-CCCCTCCCCCCTTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCTTT
53 TA-CC-CCCTCC---CCCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCCCCC--CCTC-CCCC-CCCTCCTCC-CT
25356090 A
107 A
25356091 CCC-CCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCCCTACC-CCTCTCCCCCCCTCTACTCCCTCC-CGT-C
1 CCCTCCTCC-CC-CCCCT-CCCC-CCT-CCTACCTCC-CT-CCCCCCTCT-C-CCCTCCTC-TAC
* * * *
25356152 CCTCT-ACCC-CCCCCCTC-CCCCTTCCCCCTCCC-CCTCCCCC-CCTCTCCTAA
56 CCCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCTCCTC-CCT-A
* * ** * *
25356202 CCCTTCTCCTCTACCT-CCCCCTCC--CTCTCCAC-CCCCCCCCT-CCCTCCT-TA-CCTCTCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTAC-CTCC-CTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * * *
25356260 CC-CCTCTCCTC-CCCCTTATCCCCCCCCTCTTCCCCCC-CCTACC--
64 CCTCC-CCCCTCTCCCC--CTCCCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25356303 CCCTCCTCTCCCTCCCCGTCTCCCCCTCC-CCCTTCCCACTCCCCCC-CTCCTCCCTCCTC-GCC
1 CCCTCCTC-CCC-CCCC-TC-CCCCCTCCTACC-T-CC-CTCCCCCCTCT-C-CCCTCCTCTACC
* * ** *
25356365 TCCCTCCCTCT-CCCCTTCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCTCCTCCTCTCCTCGCCTT
57 -CCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCC-C-CTC-CCCCCCCTCCC-CC-CC-CTCCTC-CCTA
* * *
25356423 CCCTACC-CCCCCTCCCTTCTCCCCCCCCTACCCCCCTCCTCCC-C-CCCCT-CT-TACCCCCTC
1 CCCT-CCTCCCCC-CCC-TC-CCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC
** ** *
25356483 CTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCTCTACCCCTCCCCTCC-CCCT-
62 C-CCCTCCC-CCCTCT-CCCCCT-CCCCCCCCT-CCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * ** * *
25356533 CCTCTTCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCT-CCTCTCGTTCCCCCTCTCTCTTCTCCT-T-TCCTC
1 CC-C-T-CCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTC-C-CTCCCCC-CTCTCCCCTCCTCTACCCCC
** * * * *
25356595 TCCCCCCTCCCCCC-CTCCTCCCT-CCTACCTTACCCCCTCTCCCCCCT-
60 T-CCCCCTCCCCCCTCTCC-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
*
25356642 CCCTCC-CCCTCCCCCCCCCTCCCTCC--CCTCTAACC-CCCCCCTCTGCCTCC-CC-CTACCTC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCTCCC-CCCTCCTACCTC---CCTCCCCCCTCT-CC-CCTCCTCTACC-C
* * **
25356701 CCTCCCCCT-CTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCC-CCT-CC--
58 CCTCCCCCTCCCCCCT-CTCC-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25356747 CCCTCCT-ACCCCCTTCCCCTATCTCC--CCT-CC-CCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCT-CCCCTC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCC--CCTCCTACCTCCCTCCCCCCTC-T-CCCCTCCT-CTACCCC-C
** * * * *
25356806 TCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC-CTCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCC--CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCTA
* * *
25356855 CCCT-CTCCTCCCCTCC-CCCCCCTCC--CCTACCTCCTCCCTCT-CCC-CCTCTCCCCCCTCCC
1 CCCTCCTCC-CCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * *** *
25356914 TCTCCTCTCCTC-CCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTT
64 CCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCC-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTCC-CTA
* * **
25356960 CCC-CCT-CCCCCTC-CCCCCCTCCTA-C-CCCTCCCCCCTCTCTTCC-CCTCCCCGCCCCTCCC
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTC-CCCTCCTCTAC-CCCCTCCC
* ** **
25357019 CCT-CCCCCTC-CCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCCCC
64 CCTCCCCCCTCTCCCCCT-CCCCCCCCTCC--CCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25357064 CCCTACC-CCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCC-CCCCCC-CTCCCCT-CTCCCCCCCCT-
1 CCCT-CCTCCCCCC--CCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTC
* *
25357124 CCCCTCCCCCC-C-CCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCT--CCT-CCCTA
* * *
25357171 --CGCC-CCCCCCCCTCCCTACTCC-CCTTCC-CCCTACCCCCC-CTCCCCCTCCCCT-CCCCC-
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCC--C-CCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCCCCT
* * *
25357228 CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCC-CCTCCCTCCCT-CTCCCTCTCC-CCC--
61 CCC-CCTCCCCCCTCTCCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25357273 CCC-CCTTCCCCCCTCCTCTCCCCT-C--CCT-CCT-CCCCCTC-CCCCTACTCCCCCCCCCTCC
1 CCCTCC-TCCCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCCCT-C
* *
25357331 CCCCTCCCTCCCTCT---CCTCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCT-
62 CCCCTCCC-CCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCC-CTCCTCCCTA
* * * * *
25357375 CCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCT-CCACCCTCC-CTCCCCTCCT-T-CCCTCT-C
1 CC-CTCC-TCCCCCCCCTC-CCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* *
25357434 CCC-CCCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCC-CCTCCCCCCTCCCTTCCTT
63 CCCTCCCCCCTCT-CCCCCTCCCCCCCCTCC-CCCCCCT-CCTCCCTA
* * * ** **
25357480 CTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCTACCC-CCCCCCTC-CCCCTCC-CT-CCCCC
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCC-CCCCT-CCTA--CCT-CCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC
* * * ** *
25357541 TTCGCTCCTCTCCCCT-TCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCTACCC-CCTCCCTT
60 -TC-CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCC-CCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
*
25357591 CCCT--TCCCTCCTCCC-CTCCCCTCCT--CTCCC-CTCCCCCTCTTCCCCTCC-C--CCCCCTC
1 CCCTCCTCCC-CC-CCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTCCTCTACCCCCTC
* * *
25357647 TCCC-CCCCCCTC-CTCCCCTCCTCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTC
62 CCCCTCCCCCCTCTC-CCCCTCC-CCCCCC-TCCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * * *
25357695 CTCCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCC-CC-CCCTCTCTTCCCCC-C-CCCCTCCTCCTACCCCTCT
1 C-CCTCCTC-CCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCT-CTACCCC-CT
**
25357756 CCCCCTCCTTACCTC-CCCCC-CCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTA
61 CCCCCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCCCCCC-CTC-C-CCC-CCCTCCTCCC-TA
* * * * * * * *
25357807 CCCCCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCCC
1 CCCTCCTCCC-CCC-CCTCCCCCCTCCTAC-CT-CCCTCCCCCCTC-T-CCCCTCCTCTACCCCC
* * * * *
25357872 TCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCT-CTCCCCCA
60 TC-CCCCTCCCCCCTCTCCC--C-CTCCCCCC-CCTCCCC-CCCCTCCT-CCCTA
* * *
25357926 CCC-CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCC--CCTCCCT-CCCCCTACTCTCTCTCCTC--CCCCCT
1 CCCTCC--TCCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCT-CTC-CCCTCCTCTACCCCCT
*
25357985 CCCCTCTCTCCCCC-CCCTCCCCTCCCCCCCC-CTCCCCCCCTCC-CCCT-
61 CCCC-CTC-CCCCCTCTC-CCCCTCCCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * * *
25358032 CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCT-CC-CCC-CCCCCC-CCCCCCTACTC--CCCCCTCCTA
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC-C
* * *
25358091 CGT-CTCCCTC-CTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTA
64 CCTCCCCCCTCTC-CCCCTCCCCCCCCTCC-CCC---CCCTCCTCC-CTA
* ***
25358139 -CCTCCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCT-CCTCCC-CCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTA-CCC
1 CCCT-CCT-CCCCCCCCTCC-CCCCTCCTACCTCCCTCC-CCCCTCT-CCCCTCCT--CTACCCC
* * * * * **
25358200 CT-CCCTTACTCCTCCTCT-TCTCTACCTCCTCCCT--TACCCCTCCTCCCT-
59 CTCCCCCT-C-CCCCCTCTCCCCCT-CC-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25358248 CCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCT-CC-CCGT-CCCCC-CT--CCTCCTCTTCCCTCCTC
1 CCCTCC-TCCCCCCCCTC-CCCCCT-CCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCC-CCTC
*
25358307 CCCCTCCCCCC-C-CCCCC-CCCTCCCCT--CCCCCCTCCTCCCT-
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25358347 CCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCC-CCCCCC-CTACCCCTCC-C--CCCTCC
1 CCCTCCTCC-CCC-CCCTCCCCCCT-CCTAC-CTCCCTCCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCC-CC
* * * * *
25358407 TCCCCCCCGCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTC
60 TCCCCCTC-CC-CCCT--CTCCCCCTCCC-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTA
**
25358462 CTCCT-CTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCT-CCTCCCTTCTACCCTC-CCCCTCACT-T-CCCCT
1 C-CCTCCTCCC-CC-C-CCTCCCCCCTCCTACCTCCC-TCCCCCCTCTCCCCTC-CTCTACCCC-
* * * *
25358522 CTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCT-ACACCCCTCC-CCCTC
59 C-TC-CCCCTCCCCCCT-CTCCCCCTC-CCCC--CCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * * *
25358575 CCCTCC-CCCCTCCCT-CCCCCTCC--CCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCT-CCCTCCT-A
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCTCCCCTCC-TCTACCC-CCTCC
* * * * * *** *
25358634 CTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTCCCTCTCTA
63 CCCTCCCCCCTCTCCC--CCTC-CCCCCCCTCCCCC-CCCT-CCTCCCTA
* * * *
25358684 CCC-CC-CCCCTTACCCCTCCCCTC-CCTACC-CTCTCTCCCTCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCC
1 CCCTCCTCCCC---CCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTCCT-CTAC--CC
* * * *
25358745 CCCCCCCCTCTCCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTCC-CC-CCCT-
58 CCTCCCCCTCCCCCCTCTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCCC-CCTCCTCCCTA
* * * *
25358794 -CCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCCT-TCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCC-CT-CCCCCT-
1 CCCTCCTCCCCC-CCCT-CCCCCCTCCTACCT-CCCTCCCCCCTCTCCC-CTCCTCTACCCCCTC
* * ** * *
25358854 CCCCTCTCCCCTC-CCTACCTACCCTCCCCCT-CCTACCCTTCTCCC-C
62 CCCCTCCCCCCTCTCC-CCCT-CCC-CCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * ** * *
25358900 CCCTCC-CCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTC-CCCCCCCTCTTCGTCCCC-C
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCC-CCCTCCTACCTCCCTCC-CCCCTCTCCCCTCCTCTAC--CCCCTC
* * *
25358962 TCCCCTCCCCTACTC-CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CTCCCTC
62 -CCCCTCCCC-CCTCTCCCCC-TCCCCC-CCCT-CCCCCCCCTCCTCCCTA
* *
25359011 CCCT-CTCCCCCCTCC-CCCCCCTTCT-CCCCCCTCCCCCC-CTACCCCT-C-CT-CCCCCT-CC
1 CCCTCCTCCCCCC-CCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCT-CCCCTCCTCTACCCCCTCCC
* * *
25359068 CCTCCTCCCT-TCCTCTCCT-TCCCCCCTCCCCTCCCT-CT-CCTA
64 CCTCCCCCCTCTCC-C-CCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * * *
25359110 CCC-CC-CCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTCC-C-CCCCTCCCCT-CTCCCT-A
1 CCCTCCTCCCCCCC-CTCCCCCCTCCTA-CCTCCCTCCCC-CCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCC
* * *
25359169 CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCT-CTCCTCCTCCCCTCCC-CCT-CCT-
63 CCCTCCCCCCT-CTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * ** * * * *
25359212 CTCTTCCCCCCCCCCCTCCTCTTCTTCT-CCTCCCTCTCCCCC-CTTCCCTTCTATCTACCCCTT
1 C-CCTCCTCCCCCCCCTCC-CCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTC-TCCCCTC-CTCTACCCCCT
* *** * ** ** * * *
25359275 ACTTATCCCCCTTCT-CTTCTTACCCCTCTCCCCCTCCT-C-CCCTC
61 CCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* * **
25359319 CCCTCTTCCCCTTTCGCCTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCCCC-CT-CCCTCC-C--CCCCC
1 CCCTCCTCCCC---CCCCT-CCC-CCCTCCTAC-CTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC
* ** * **
25359379 TCCCCCTACCCTTTCCCCCCCTACTCCCCCCC-CCCCTTTCC-CCTCCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCT-C-CCCCCCCTCCCC-CCCCTCCTCCCTA
* * * *
25359427 CCCTCCTCCCCCCCCT-ACCCCTCCT--CT-TCT-CCCCCTCTCTCTCTCCTC--CCTCCCT-CG
1 CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTC-CCCTCCTCTACC-CCCTCCC
* *
25359484 CTTCCCCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCT-CCCCCCCTCC-CTCCTA
64 CCTCCCCCCTCT-C-C-CCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTA
* * * *
25359530 CCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCT-CCTCCC-CCCACC-CT-CCCTCCCGCTACCCCCTC
1 CC-C-TCCTC-CCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCCTC
* *** * * ** * *
25359591 CCCTTCCTTACTCT-TCCCTGCTTCTCCTCCCCCCCCCTACTCTCCCCA
62 CCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCT-CCCCCCCCT-C-CTCCCTA
* *
25359639 TCTCTCCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCC-CCCTCCTCCCCTCT-CCCTCC-C--C
1 -CCCTCCTC-CCCC--CC-CTCC-CC-CCTC-CTA-CCTCCCTCC-CCCCTCTCCCCTCCTCTAC
* * * *
25359699 CTCCCTCCCCCTTACCCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCCTCT-TCCCCCCTCCCCCCTT
56 C-CCCTCCCCC-T-CCCCCCT-CTC-CCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
* ** *
25359755 CCCTCCTCCTACCCTTCC-CCCCCCTCCT-CCTCTACCTACTACCCTCTCTCCC-GCTCTA--CC
1 CCCTCCTCC--CCC-CCCTCCCCCCTCCTACCTC--CCT-CCCCCCTCTC-CCCTCCTCTACCCC
* * * *
25359815 CTACCCCC-CCTCCTCTCTCCCTTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCCTC
59 CT-CCCCCTCC-CCCCTCTCCC-CCTCCCCCCCCTCCCCC-CCCT-CCT-CCCTA
** * * * *
25359869 CCCTCC-CCCCCTTTCTCTCCCCTCC-CCCTCCC-CTCCCCCTCCCCCCTTTCCT-TCCCCCCTC
1 CCCTCCTCCCCC-CCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTC-CCCCCTCTCCCC--TCCTCTACCCCCTC
* * ** * *
25359930 TCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCCCTA
62 -CC--CCTCCC-CCCTCTC-CCCCTCC-CCCCCCTCCCCCCCCT-CCTCCCTA
* * * *
25359983 CCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCT-CTTTCCCT--CCCCTCTCCCCTACCTC-CCCCCC
1 CCCT-CCTCCCC-CCCC--TCCCCCCTCCTAC-CTCCCTCCCCCCTCTCCCCT-CCTCTACCCCC
* *
25360044 TCCCTC-CCCCCCTCT-CCCCTACCCCTCCC-CCCCCCCCTCC-CCCT-
60 TCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCT-CCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
** *
25360088 -CCTCC-CCCTCCCCC-CCCCCCT-CT--CT---TACCCCCCTCTCTACTCCCCT-CCCCCTTCC
1 CCCTCCTCCC-CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCT-CCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCC-TCC
* * *
25360143 CCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCT-CTCCCTA
63 CCCTC--CCCCCTCTCCCCCTCCC-CCCCCTCCCC-CCCCTCCTCCCTA
*
25360191 --CTCCTTCCCCTCCCCTCTCCCCTCTCC--CCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCTCC-CT-CCTC
1 CCCTCC-TCCCC-CCCCTC-CCCC-CTCCTACCTCCCTC-CCCCCT-CT-CCCCTCCTCTACC-C
* * **
25360250 CCT-CCCCT--CTCCTCT-CCCCTCCCCCCCCTTCCCTACC-CCTCCC--
58 CCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
25360293 CCCTCCTCCC
1 CCCTCCTCCC
25360303 TTTACCCCAT
Statistics
Matches: 4026, Mismatches: 703, Indels: 1457
0.65 0.11 0.24
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.00
95 8 0.00
96 16 0.00
97 6 0.00
98 32 0.01
99 89 0.02
100 81 0.02
101 98 0.02
102 206 0.05
103 161 0.04
104 266 0.07
105 299 0.07
106 212 0.05
107 195 0.05
108 270 0.07
109 297 0.07
110 213 0.05
111 289 0.07
112 210 0.05
113 141 0.04
114 162 0.04
115 200 0.05
116 137 0.03
117 81 0.02
118 73 0.02
119 60 0.01
120 49 0.01
121 31 0.01
122 24 0.01
123 18 0.00
124 2 0.00
125 27 0.01
126 37 0.01
127 12 0.00
128 14 0.00
129 4 0.00
130 5 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (107 bp):
CCCTCCTCCCCCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCCCCCCTCTCCCCTCCTCTACCCCCTCCCCC
TCCCCCCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTA
Found at i:25355010 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25354931--25355022 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 22
25354921 CCCTCTCCCT
* * *
25354931 CTCCTCTCCCTCCCCT-CCCTC
1 CTCCTCTCACTCCTCTCCCCCC
*
25354952 CTCC-CTACCCTCCTC-CCCCCC
1 CTCCTCT-CACTCCTCTCCCCCC
*
25354973 CTCCCCTC-CTTCCTACTCCCCCC
1 CTCCTCTCAC-TCCT-CTCCCCCC
*
25354996 CTCCTCTCGACTCCTC-CCCCTC
1 CTCCTCTC-ACTCCTCTCCCCCC
25355018 CTCCT
1 CTCCT
25355023 ACACCTACCA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 15
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.05
21 24 0.41
22 13 0.22
23 14 0.24
24 4 0.07
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
CTCCTCTCACTCCTCTCCCCCC
Found at i:25355098 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 25354757--25355099 Score: 115
Period size: 26 Copynumber: 12.7 Consensus size: 26
25354747 CTCCCCCTAA
*
25354757 CCCCCTCCTCCCTCCCTCCC-CTCT-C
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-CCCTCTCTCC
*
25354782 TCCCCTCCTCTAC-CCCCTCC-CTCTCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCCC-CCTCTCTCC
* *
25354808 CCCCCTCTCCCCCTCCCCCCTC-CTCC
1 CCCCCTC-CTCTCTCCCCCCTCTCTCC
*
25354834 CCCCCT-CTC-CTCCCTCTCTTCCTACTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-C-CCT-CT-CTCC
* * ** *
25354862 CCCCCTCCCCCCTCCTACCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
* * **
25354888 CCCCTTCCCCTCCTCCTACC-CTCTCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCCCCCTCTCTCC
* *
25354914 CCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCTCTC-CC
1 CCCCCTCCTCTCTCCC-C-CCTCTCTCC
*
25354941 TCCCCTCC-CTCCTCCCTACCCTC-CTCCC
1 CCCCCTCCTCT-CTCCC--CCCTCTCT-CC
** *
25354969 CCCCCTCC-C-CTCCTTCCT-ACTCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
25354992 CCCCCTCCTCTCGACTCCTCCCC-CTCCTCC
1 CCCCCTCCTCT---CTCC-CCCCTCT-CTCC
* * *
25355022 TACACCTACCATCCCTCCCCCCCCTCTACTCTC
1 -CCCCCT-CC-TCTCT-C-CCCCCTCT-CTC-C
25355055 CCCTCCTCCTCTC-CCCCCCTCTCTCC
1 CCC-CCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
25355081 CCCCCTCCTCTCTCCCCCC
1 CCCCCTCCTCTCTCCCCCC
25355100 CCCCCCTTTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 35, Indels: 77
0.69 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.06
24 10 0.04
25 33 0.14
26 66 0.27
27 38 0.16
28 38 0.16
29 5 0.02
30 10 0.04
31 12 0.05
32 11 0.05
33 6 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
CCCCCTCCTCTCTCCCCCCTCTCTCC
Found at i:25355102 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25355073--25355196 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 6.9 Consensus size: 17
25355063 CTCTCCCCCC
*
25355073 CTCTCTCCCCCCCTCCT
1 CTCTCCCCCCCCCTCCT
*
25355090 CTCTCCCCCCCCCCCCT
1 CTCTCCCCCCCCCTCCT
* *
25355107 -TTTCCCCCTCCTCTCCT
1 CTCTCCCCC-CCCCTCCT
*
25355124 -TCTCCCTTCCTCCC-CCT
1 CTCTCCC--CCCCCCTCCT
*
25355141 CTCCCCCTCCCTCCCATCCT
1 CTCTCCC-CCC-CCC-TCCT
* *
25355161 ACCCCTCTCCCCTCCCTCC-
1 --CTCTC-CCCCCCCCTCCT
25355180 CTCTCCCCTCCCCCTCC
1 CTCTCCCC-CCCCCTCC
25355197 CTACCTCCCC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 15, Indels: 22
0.69 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.12
17 43 0.53
18 10 0.12
19 2 0.02
20 6 0.07
21 3 0.04
22 5 0.06
23 2 0.02
ACGTcount: A:0.02, C:0.71, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (17 bp):
CTCTCCCCCCCCCTCCT
Found at i:25355114 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25355054--25355106 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
25355044 CCTCTACTCT
* *
25355054 CCCCTC-CTCCTCTCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
25355070 CCCCTCTCT--CCCCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
*
25355085 CTCCTCTCTCCCCCCCC
1 CCCCTCTCTCCCCCCCC
25355102 CCCCT
1 CCCCT
25355107 TTTCCCCCTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.40
16 6 0.20
17 12 0.40
ACGTcount: A:0.00, C:0.77, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
CCCCTCTCTCCCCCCCC
Found at i:25355216 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 25354718--25364440 Score: 465
Period size: 45 Copynumber: 212.6 Consensus size: 46
25354708 TCCTCCTTCC
* * *
25354718 CCTCCCCCTCTCCCTCCTTC-CCCCTCCCCCTCCC-CCTAACCCCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT---CCCCTACT
* *
25354766 CCCTCCCTCCCCTCTCTCCC-CTCCTCTACCCCCTCCCT-CTCCCC--C-
1 -CCT--CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25354811 CCTCTCCCCCTCCC-CCCTC-CTCC-CCCCCT--CTCCTCCCTCT-CTT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCC-CTAC-T
* *
25354854 CCTACTCCCC-CCCTCCC-C-CCTCCTACCTCCCTCCCCCCTTCCC--CT
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25354899 CCTCCTACCCTCTCC-CCCTCTCCCCTCTCCCT--CTCCTCTCCCT-CC
1 CCT-CTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
*
25354944 CCTC-CCTCCTCCCTACCCTC-CTCCC-CCCCCTCCCCTCCT-TCCTACT
1 CCTCTCC-CCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * *
25354990 CC-C-CCCCT-CCT--CTCGACTCCTCCCCCT-CCTCCTACACCTACCAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTA-C-T
* * *
25355034 CC-CTCCCCCCCCTCTACTCTCCCCTCCTCCT--CTCC-CCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
**
25355075 -CTCTCCCC-CCCTCCTCTCTCCCC-CCCCC-CCCTTTTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25355116 CCTCTCCTTCTCCCTTCCTCCCCCTCTCCCCCTCCCTCC-CATCCTACC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
25355164 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTACCTCCCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * * * *
25355211 ACTCTCTCCTCCCTTCCC-CT-CCC-CCCTCTCCC-CCTACTCTACCCT
1 CCTCTCCCCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA--CT
* * ** *
25355256 CCTCTTCCCT-CCTCCC-C-CCGCC-CCCCCTCCCCCCTCCTCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * *
25355300 CCTACCTCTCCTACCCCCCCTCTCCCCT--CCCTCCCCCCTCCCC--CT
1 CCT--CTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25355345 CCCCCTACCCCTCCC-CCCTTCTCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTCCTACTT
1 -CCTCT-CCCCTCCCTCCC-TCTCC-CCT-CC--CCCTC-CCTCCTC-C-CCTAC-T
* * * * * *
25355401 ACAC-CCCCTCCCTCTCCCCTTTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCCACT
1 CCTCTCCCCT-CC-CT-CCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25355450 CCTC-CACCTCTCCGCT-ACTCTCCTACC-CCCCTCTCCCCTCCCCCCCT-CC
1 CCTCTC-CC-CTCC-CTCCCTCTCC--CCTCCCC-CT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25355499 CCTCCCCCCTCCCCCCCTCTACCC-CCCCC-CCCTTC-CCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25355542 CC-CT-CCCTCCCTCTCTCT-CCCTCCCCCTCTTACCCTCCTCCCC--CGT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCC-C-T-CCCTCCTCCCCTAC-T
* * *
25355588 CCTC-CCCCTCCC-CCCTCTCCCC-CCCCTTTCCTCCTCTACCTACAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTAC-T
* * * * **
25355633 CCCCCCCCCT-CCTCCC-C-CCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCC-CTACT
25355677 CC-CTCACCC-CCTCTCTCCTCTCCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCCCCTTAC-
1 CCTCTC-CCCTCC-CTC-CCTCTCC--CCTCCCCCT-C-CCTCCT-CCCC-TACT
* * * *
25355729 CC-C-CCCC-CCC-CCTTCTCCCCTCCTCC-CCC-CCTCTCC-ATT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25355768 CCT-TCCCCTCCCCTCTCC-CTACCCC-CCCCTCTCCC-CC-CCCC-CCT
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25355812 -CTCTCCACT-CCTACCTCCTCCCCCTCCCCCTACCTCC-CTCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CT-CCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
* * *** * * *
25355856 -C-CT-ACCTCCCTCCCTCCCCCCTCCCTAAGCCTTCCTCCCTTTC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
25355899 CCTACTCGCCCT-CCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCC-CTCTCCTACCTAC-
1 CCT-CTC-CCCTCCCTCCCTCT--CCCCT--CCCCCTCCCTC-CTCC--CCTACT
* * *
25355951 CCTCTCTCCCTCTTCTCCTTCT-CCCTCCCCCCCCCCTCCT-CCCTAAC-
1 CCTCTC-CCCTC-CCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * * * * * *
25355998 CCT-TACCCCCCCTCTCCCTTTCTCCTACTACCCTCCCCCCTAACCCTCCT
1 CCTCT-CCCCTCC-CTCCCTCTCCCCT-C-CCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
* **
25356048 CCCCTCTCCCCTCCC-CCCT-TCCTCT-CCCCTCCCTCCTCCTTTAC-
1 --CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25356092 CCCCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCTCCC-CC-CCTCTACT
1 CCTCTCC-CCT-CCCTCCCTCT-C-CCCT-CCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25356142 CC-CTCCCGTCCCTCTACCCCCCCCCTCCCCCTTCCC-CCTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTC--CCTCTCCCCTCCCCC-TCCCTCCTCCCCTACT
* **
25356187 CC-C-CCCCTCTCCTAACCCT-TCTCCTCTACCTCCC-CCT-CCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC-CCT--CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25356230 CCAC-CCCCCCCCTCCCTCCTTACCTCTCCCCC-CCTCTCCTCCCCCTTA-T
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-C-T-CCCCTCCCCCTCC-CTCCT-CCCC-TACT
* *
25356279 CC-CCCCCCT-CTTCCC-C-CCCCTACCCCCTCCTCTCCCTCCCCGT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCC-CT-CCTCCCC-TACT
* * *
25356324 CC-C-CCTCC-CCCTTCCCACTCCCC-CCCTCCTCCCTCCTCGCCTCCCT
1 CCTCTCC-CCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * * * *
25356370 CCCTCTCCCCT-TCTCCCTCTCTCTCTACCCCTCCCTCCTCCTCTCCT
1 -CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25356417 CGC-CTTCCCTACCC-CCC-CTCCCTTCTCCCCC-CCCTACC-CCCCTCCT
1 C-CTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCC--CTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25356463 CC-CCCCCCTCTTACC-CCCTC-CTCCCTCCCTTTCTCTCCCCCCTACCAGCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC---CCTCCCTCTC-CCCTCCC---C-CTCCCTCCT-CC--CCTACT
* * * * *
25356516 ACCCCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCTCCCCC-CCC-CCCCCCCTCCT
1 -CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25356562 CCTCTCGTTCC-CCCTCTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCC--C-
1 CCTCTC--CCCTCCCTCCCTC-TC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25356608 CCTC-CTCCCT-CCTACCT-TACCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCCCC--CT
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCT--CCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25356652 CCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCC-CCCCCT--CTGCCTCCCCCTACCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCT-CCCCTCCCCCTCCCT-CCT-CCCCTA-CT
* * * *
25356700 CC-CTCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCC-CC-CCCCTCCC
1 CCTCT-CCCCTCCCTC-CCT-CTCCC-C-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
** * *
25356748 CCTCCTACCCCCTTCCC-CTATCTCCCCTCCCCCT-CCTCTTCCCCCTCCT
1 CCT-CT--CCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
** * * *
25356797 CCTC-CCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCC-CCT
1 CCTCTCCC-CT--CCCTCCC-TCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25356845 -CTACTCCCCTCCCTCTC-CTCCCCT--CCC-CCC-CCTCCCCTACCT
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* * *
25356887 CCTC-CCTCTCCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCTCCCCTAAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCC-CTCCTCCCCT-ACT
* **
25356933 CCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCC-CCTCCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCC-C-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25356980 CCT-ACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-CCCT-C-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-CTC-TCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25357025 CCTCCCCCCT-ACTCCC-C-CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * ** * * *
25357070 CC-C-CCCCTTCCT-CC-CTCCCTTCTACTTCCC-CCCCCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25357110 CCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCC-CCCCC-CCCT-C-CCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25357151 CCTC-CCCCTACCCTCCCCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTC-
1 CCTCTCCCCT-CCCT-CCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25357198 CCCCTACCCC-CCCTCCCCCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCCT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
*
25357244 CC-C-CCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCC-CCC-CCTTCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCC-TCCCCTACT
*
25357287 CCTCTCCCCTCCCT-CCTC-CCCCTCCCCCT-ACTCC-CCCC--C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25357326 CCTCCCCCCTCCCTCCCTCT--CCTCCCCCT-CCTCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25357368 TCTC-CCTCCTCCCCGTCTCC-C-CCCTCTCCCCCT-CCTCCTCCACC--CT
1 CCTCTCC-CCT-CCC-TC-CCTCTCCC-CTCCCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * ** *
25357414 CC-CTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * ** * *
25357461 CCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCT-CCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCC-TCCCTC-TCCCCTCCC-C--CTCCCT-CCTCCCCTACT
* * * * *
25357512 CCTAC-CCCCCCCCTCCCCCT-CCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCC
1 CCT-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCC-TCCCT-C-CTCCCCTACT
* * *
25357560 CCCCCCCCCTCCCTCTCCTAC-CCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCT-CC--CCC-TCCCTCCTCCCCT--ACT
* **
25357613 CCTCTCCCCT-CC-CCCTCTTCCCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* *
25357658 CCTCCCCTCCTCCC-CCCT-TCCCCTCCCCTCCTCTCTCCTCCCCCT-CT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCC-CCTCCCTCCT-CCCCTACT
* * *
25357705 CC-C-CCTCCTCCC-CCC-C-CCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCTC-C--CCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* *
25357751 CCTCTCCCCCTCCTTACCTC-CCCC-CCCCC-CCCT-CT---CT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25357790 CC-CT-CCCT-CCTCCCGTAC-CCCC-CCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCC-T-CTCCCCTCCCCCTCCCT-C-CTCCCCTACT
* * *
25357835 CCTCTCCCCTACC-CCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCC-CCTCTCCCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCC-TCCCTCCTC-CCCTACT
* * *
25357882 CCTCCCTCCCCTCTCTCCC-C-CCTCCT-CCCCTCCC-CTCTCCCCCACCC
1 CCT--CTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTA-CT
* * * *
25357929 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCC-CCCTACT-CTCT-CT
1 CCTCTCCC-CTCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25357975 CCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCC-CC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25358021 CCCCTCCCCCTCTCCTTCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCC-CCCC--C-
1 CCTCT-CCCCTC-CC-TC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25358066 CC-C-CCCC-CCCT-ACTCCCCCCTCCTACGTCTCCCTCCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC--C-CCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25358109 CC-C-CCCCT-CCTCCCT-TTCCCTCCCCCT--CTACCT-CCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* ** * *
25358148 CC-C-CCCCT-CCTCTCCTC-CTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
** * * * * * *
25358192 CC-CTACCCCTCCCTTACTC-CTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCTTACC
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25358238 CCTC-CTCCCT-CCTTCCT-TCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGT-CC
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-C-CTCCCT-CCTCCCC-TACT
* * * *
25358285 CCCCTCCTCCT-CTTCCCTCCTCCCCCTCCCCC-CCC-CCCCCCCT-CC
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCT-CT-CCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25358330 CCTCCCCCCT-CCTCCCTC-CCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCTCCCTCCTC-C-CCTACT
* * * **
25358376 ACTCTCCCC-CCC-CCCT-ACCCCTCCCCC-CTCCTCCCCCCCGCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25358419 CC-CTCCCTCCCCCTCCCTCT-CCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25358464 CCTCT-CCCT-CCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25358509 CCTCACTTCCCCTCTTCTCCC-CT-CCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTAC-
1 CCT--C-TCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* *
25358557 CCTACACCCCTCCCCCTCCC-CTCCCC-CCTCCCTCCC-CCTCCCCTTCCT
1 CCT-CTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * ** *
25358605 ACC-CCCCCCTTCCCTCCTTCT-CCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTA--
1 -CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCC--TCCCCTACT
* * *
25358652 CCTCTCCCCCTCTCC-CCCTATTTCCCT--CTCTACCC-CC-CCCCTTAC-
1 CCTCT-CCCCTC-CCTCCCT-CTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCC-TACT
* * * *
25358697 CC-CTCCCCTCCCTACCCTCT---CTCCCTCT-CTTCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25358739 ACT-TCCCC-CCC-CCCTCTCCCCTCTCCCT-CCTCCTCTCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
* *
25358781 CCCCTCCCC-CCCT-CCTCTTCCCCCTCCCTCC-CCC-CCTCCTTCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTC-T-CCCCTCCC-CCTCCCTCCTCC-CCTACT
25358827 -CTCTCCCCT--CTCCCTCT-CCCTCCCCCTCCC-CTCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* * *
25358867 CCTACCTACCCT-CC-CCCTCCTACCCTTCTCCCC-CCCTCC-CCCCTCCCT
1 CCT--CTCCCCTCCCTCCCT-CT-CCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* *
25358915 CCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCTTCGTCCCC--CT
1 -CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTC--C-TCCCCTACT
* * * *
25358963 CCCCTCCCCT-ACT-CC-C-CCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTC-CCCTACT
*
25359006 CC-CTCCCCTCTCC-CCC-CTCCCC-CCCCTTCTCCCCCCTCCCC--C-
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCC--CTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25359048 CCT-ACCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCTCCCT---TCCTCTCCTTCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25359090 CCCCTCCCCTCCCTCTCCTACCCCCCCCCCCCTCTCC-CC-CCTCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCC-CCTACT
* *
25359137 CCTTCCTCCCCTCCC-CCC-CTCCCCTCTCCCTACCCTCC-CCCCTCCT
1 CC-T-CTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25359183 CC-CTCCTCTCCTCCTCCC-CTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCT-CCCCTCC-C-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * **
25359232 CTTCTTCTCCTCCCT--CTCCCCCCTTCCCTTCTAT-CTACCCCTTACT
1 CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCC-TACT
** * *
25359278 TATC-CCCCTTCTCTTCTTACCCCTCTCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTTCCCCT-TT
1 CCTCTCCCC-TC-C--C-T--CCCTCT-CCCCT-C-CCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
*
25359333 CGC-CTCCCCTCCCT-CCTACTCTCCCTAGCCCCCTCCCTCC-CCCC-CCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCT-CTC-CCCT--CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25359380 CCCCCTACCCTTTCCCCCCCTACT-CCC-CCCCC-CCCT--TTCCC--CT
1 -CCTCT-CCC-CTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25359423 CC-CT-CCCT-CCTCCC-C-CCCCTACCCCTCCTCTTCTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCC-CTCCTCCCCTACT
* * ** **
25359463 CTCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTC-CCCCCTCTCCT-CTCCCTCCCCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCC-CTACT
* * * *
25359510 CC-CTCCCC-CCCTCCCTCCTACCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CT-CC-CCTCC-CCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* * * * *
25359559 CCTCCCCCCACCCTCCCTC-CCGCTACCCCCT-CC-CCTTCCTTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25359603 -CT-T-CCCTGCTTCTC-CTCCCC-CCCCCT-ACT-CTCCCCATCTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCC-T-ACT
* * * **
25359644 CCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCC-CCCTCCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCT-CTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25359691 CC-CTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCC-CCTCCTCTCC-CCTCCCC-CCT
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTC-T-CCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25359737 CTTCCCCCCTCCC-CCCT-T-CCCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCC-T-CCTCCCCTACT
* * * * * * *
25359783 CCTCT-ACCT-ACTACCCTCTCTCC-CGCTCTACCCTACCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
*
25359829 -CTCTCCCTTCTCCC-CCCTCTCCCC-CTCCCTCCCTCCCCTCCCCT-C-
1 CCTCTCCC--CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
* * * *
25359874 CC-C-CCCTTTCTCTCCC-CTCCCCCTCCCCTCCCCCTCC-CCCCT-TT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCT-CCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
*
25359918 CCT-T-CCC-CCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCT-CCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCCC-C-CTCC-CTCCTCCCCTACT
* * *
25359965 CGC-C-CCCATCCCTCCCTAC-CCTACC-CCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCT
1 C-CTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCC--CCTCCCCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25360013 -CT-TTCCCTCCCCTCTCCCCTACCTCC-CCCCCTCCCTCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCTCT-CC-CCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25360059 CCCCTACCCCTCCC-CCC-C-CCCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCT-CCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-C-CCTCCTCCCCTACT
* * * **
25360104 CCCCTCTCTTACCC-CCCTCTCTACT-CCCCTCCC-CCTTCCCC--CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCC-TCCCCTACT
* * * *
25360147 CTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCC-CTCCCCT-CC-CCTCTCCCTACT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTC-CCCTACT
*
25360193 CCT-TCCCCT--C-CCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCT-CTCCCCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCT-CCCCTACT
* * * * * *
25360236 ACCCCTCCCTCCTCCCTCCCCTCTCCTCTCCCCTCCCCCCCCTTCCCTACC
1 -CCTCT-CC-CCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * **
25360287 CCTCCCCCCT-CCTCCCTTTACCCCATCTTCC-CCCTCCT-CCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCT-CCCC-TCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25360331 --TC-CCCCTACCTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTACCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT--CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* * *
25360377 ACCTCCCCCCCTTTCCTCCCTC-CCTACCTACCCCC-CCCT-CT-CTCTACT
1 -CCT-CTCCCC-TCCCTCCCTCTCC--CCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
25360425 CCTC-CCTTCCT-CCT-CC-CT-CCCTCCCCCTCTCC-CCTCCCCCTAAC-
1 CCTCTCC--CCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCT-CCCCT-ACT
** * * * * * *
25360469 CCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTACCCTGCTCCTCCC-CC-CCCCTTCT
1 CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25360514 CC-CCCCCCTCCC-CCCCCACCTCCTCCCCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCT-CCCCCTCCCT--CCTCCCCTACT
* *
25360562 CC-CTCCCC-CCC-CCCTCTCCATCCTTCCCCCTCTCCTGATCTCTCCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC--CC-TCCCCCTC-CCT--CCTC-CCCTACT
* * *
25360612 CCCCCCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCCTTCC-CCCTTCCTACCCTAC-
1 CCTCTCC-CCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCC--CCTCCC-TCCTCCCCTACT
* * *
25360661 CCTCCTCCCCTCTTCTCCCCCT-CTCT-CCCCTCCC-CCTCCCC--C-
1 CCT-CTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25360703 CC-CTCCCCTCCTTACTCC-CT-ACC-CCCCCTTCCTCTTCCCCCAC-
1 CCTCTCCCCTCCCT-C-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25360746 CTCTCTTCCTCTCTTCCC-CCCCCTCTCCTCCCTCCTTACCCTCC-CCCCTACC
1 C-CTC-TCC-C-C-TCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CC-T-CCCTCCTCCCCTACT
* * *
25360798 CCCCT-CCCTCTCT-CC-C-CCCCT-CCTCTCCCCTCCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* * * **
25360839 CC-CACCCCT-CCTAACCTCCTCCTCTCCCCC-CTCCTCCTTACCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCT-CTCCCCTCCCCCTC-CCTCC-T-CCCCTACT
25360887 CCTCCTCTCCCTCCCT-CCTCT-CCCTCCTCCCTCCC-CCT-CCC--C-
1 CCT-CTC-CCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25360929 CC-C-CCCCT-CCT-TCTCCCCCCTCCCCTCTCCCT-CT-CCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25360970 CC-CTCCCCTTACCTCCCT-TCCCCT-CCCC-CCTTCCCTCCCTTACCT
1 CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTA-CT
* * * *
25361015 CCCCCCCCCTCCCTACCTCTCCCTCTCCCCCTAACCTCC-CTCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCCT-CCCTCCTC-CCCTACT
* * *
25361062 CCTCTCCCCT--CTCCC-C-CCCCTTCCTCTTCCTCCT-CCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25361103 -CT-T-CCC-CCCTCTCTCTCTCCTCCCTCC-CCC-CCTCCCCTTAAT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * * *
25361145 -C-CTCCCC-CCCTCCCT-TTCCC-CCTCCT-CCTACTAACCCCTTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT--CCCC-TACT
* *
25361188 CCCTCTTCCCC-CCC-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCCTCCT
1 -CCTC-TCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25361236 CCCCTCTTCCCCT-CCTCCC-CT--CCTCCCCC-CCCT-TTACCTCTACCT
1 --CCTC-TCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCT-CCCCTA-CT
* * * * * *
25361281 CCTTCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCGCCCTCTCCC-CCT-CCCTCCCT
1 CC-T-CTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCT-ACT
* * *
25361329 CCTCT-CCTTCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCTACCTCCCTTC-CCCCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCC--TCTC-CCC-TCCC--CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * **
25361379 -CTCT-CCTTACC-CCC-C-CCCCTAATCCCCT-CCTACC-CCCCCCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCT--CCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* * *
25361421 CCTCCCCCCT-CCTCTCTTACTTCCCCTCTCCCCTCCC-CC-CCCCTACC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-C-TCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25361468 CCCCTCCCC-CCC-CCC-CTCCCCTCTCTCTCTACTACC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCT-CCTCCCCTACT
* * *
25361511 CCCTCTCCCGTCCTCCTCCC-CTTCCCTCTCCCC-ACCT-CTCCCCT-C-
1 -CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25361556 CCTC-CCCGC-CCCT-CCTACT--TCT-CCCCTCCCTCTCTCCCCT-CT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTC-CTCCCCTACT
* ** * * * * *
25361598 TCTCTCCCCCTCTCC-CCTCTCTGGCTTCTCCC-CCCT-CTACCCTCCC
1 CCTCT-CCCCTC-CCTCC-CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * ** *
25361644 CCTCTACCCC-CCCTACCCCCCCTCCCCTCCCTCCT-CTTCC-CCCCCCCC
1 CCTCT-CCCCTCCCT---CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * * * *
25361692 CCTCTACTCTCCCTCCC-CTCCTCTACCTCTCCC-GC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25361735 CCTCTCCTCC-CCCAT-CCT-TCCCCCCCCCCTCCCCTCCTCCCC-CCT
1 CCTCTCC-CCTCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
* *
25361780 CC-C-CCCCTACC-CCCTCCTCCCCTCTCCCCTCTCTCC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25361823 AC-C-CCCCTCCCCCCCTCTCCCCTCTCCTTCACCCCCCTCCTCCTAC-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CC-CCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * *
25361869 CCTCTTCCCTCCTCCTCCCTCCCCCCCCCCCCTACC-CCT-CCCTA--
1 CCTCTCCCCT-C-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25361913 GC-CGCCCCT-CCTCCCCTCTCCCC-CTCCCC-CCTTCCTCTCCT-CG
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25361956 CC-CTCCCCTCCCT-CCTC-CCACCTCCTCCCTCCCTACCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* *
25362002 CCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCCC-CCCCCT-CCTCC-CCCCTACCT
1 CCTCTCC--CCT-CCCTCCC-TCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA-CT
* *
25362050 ACCTC-CCCC-CCCTACCC-CTCTCCCTACCCC-CCTTCGTCTCCCC--CT
1 -CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTC--CTCCCCTACT
* * * *
25362095 -CTCCCCCCTACCCTCTTCTCCCCCCCTCCCCTTCCC-CCTCCCC--C-
1 CCTCTCCCCT-CCCTC-CCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
25362139 CCTC-CCCCTCTCC-CCCTCT--CCTCCCCCT-CCTCC-CCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25362179 CCCTCTCCCTCTCCC-CCCTC-CCTCCTCCTACCC-CCCTCC-CCCCCACT
1 -CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCC-CCTCC--CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25362226 CCTC-CCTCCTCCTTCCCCCGCTCCTCTCCCTCTCCTCACTCCTCCCT-CT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTC-CT-C-CCCTACT
* * * * **
25362275 CCCCCTCCTCC-CCCTCCC-CTCTACCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCT
1 -CCTCTCC-CCTCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
**
25362322 CCTC-CCCTCTCCCTCCC-C-CCCC-CCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-C-CTCCC-TCCTCCC-CTA-CT
* * * * *
25362370 ACTCTCCCCTCCC-CTCTCCCCCCTTCCCCTCAC-CCT-CCCTA-T
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25362412 -C-C-CCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCTCC-CCCCT-C-
1 CCTCTCCCCTC-CCTCCCTCTCCC-CTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25362455 CCTTTACCCTCCCTCCCCCTCTACCCTCCCCCCCCCCTTCTCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCCCT--CCCTCTCCCCT-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * *
25362503 CCGCT-ACCTCCC-CCCCCCCCCCTCCTCCCCCCCTTCCCTCCCTCTTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCCC-T-CCTCCC-C-TACT
* * * * *
25362552 ACCTATCCCCCCCCCTTCCCTCCCCCCATTACTCCC-CCCT-C-CCCCTCCT
1 -CCTCT-CCCCTCCC-TCCCTCTCCCC--T-CCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25362601 CCCTCTTCCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCCCTCCCCTCCCCCTACT
1 -CCTC-TCCCCTCCCTC-CCT---CTCCCCTCCCCCT--CCCT--CCT-CCCCTACT
* * * * * **
25362658 -CTCCCCCCGACCCTCACTCCCCCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCT
1 CCTCTCCCC-TCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCT-CCCTCCTCC-CCTACT
* *
25362707 CCTCCCTCCCTCCC-CCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTCGGCCCCCCTAC-
1 CCTCTC-CCCTCCCTCCCTCT-CCCCTC-CCCCT-CCCTC--CTCCCCTACT
*
25362757 CCTCTACCC-CCC-CCC-CTCCCCT-CCCCTCCCT-CTCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25362797 CCCCT-CCCTCCCTCTCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCCCATCCCCCCTCCTCCTAAT
1 CCTCTCCCCT-CC-CTCCCTC-TC--CCCT-C-C--CCC-TCCCTCCTCC-CCTACT
** ** *
25362853 AATCTTACCTACCCCTCCC-C-CCCCTCCCTCTCCC-CCTCCCCTACCCCT
1 CCTCTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTA---CT
* * *
25362901 CCCTTCTCCCTCTCCCTCCCT-TCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTCCCC-TCT
1 -CC-TCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCTCC-CTC-CTCCCCTACT
*
25362951 CC-CTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCCC-CC-CCCC--CT
1 CCTCTCCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25362993 CCTCT-CCCTCTCTCTCCTCT-CCC-CCCCC-CCCT-CT-TCCTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25363034 CC-CTCTCCTTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCTCCCTCTCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCC-CT-CCTC-CCCTACT
* * * * *
25363080 CC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCTCCTCTCTTACC-CCTCCCCTCCCTT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC-C-CCTCCCTCCTCCCCT-AC-T
* * * * * *
25363128 CCTTCTCACCT-ACTCACTCTCCTCTCCCTCC-CCCT-CTCCCC-CCC
1 CC-TCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* ** *
25363172 CCTCT-CCC-CCCTCACCTCCTCCCC-CCTCCCT-ACTCCTCCCCCCCC
1 CCTCTCCCCTCCCTC-CCT-CTCCCCTCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25363217 CCCCT-CCCTCCC-CCTACTCTCCCC-CCCTCTCCCTCCT-CCCTCCGT
1 CCTCTCCCCTCCCTCC--CTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTAC-T
* * * *
25363262 CCTCCCCCCT-CCTACCC-CTCCTCTCCCTCC-CCCTCCCCCCCTTCGT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTAC-T
* * * * *
25363308 -TTCTCCCTCTCCCCTCCCTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTCCT-CCCTCCC
1 CCTCTCCC-CT-CCCTCCCT-CTCC-CC-TCC-CCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25363358 CCTCT-CTCTCCGCTCCC-C-CCCCTCCCCC-CCTTCCGCCCC-CCT
1 CCTCTCCCCTCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * *
25363400 CCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCCCT-CT-CCCTCCT
1 CC--TCTCCCCTCCCT-CCCTCTC-CCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25363448 CCTCTCCCC-CCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTCCCTCCTCTACCCCTCCT
1 CCTCTCCCCTCC-CT-C-CCT-CTC-C-CCTCCCCCTCCCT-C-CT-CCCCTACT
* * *
25363502 CC-CTCCTCCTCCCTCCCTACT-CTCT-CTCCTCCCTCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCC-CCTCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
*
25363547 CC-CCCCCCT-CCTCCTCTTCTCTCCC-CCCCCTACCCT-C-CCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCC-C-TCTC-CCCTCCCCCT-CCCTCCTCCCCTACT
*
25363590 CCTC-CCCTCTCTCTCCCT-TCCTCC-CTCCCCTCCCTTCC-CCCCT-C-
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCC-CCTC-CCCCTCCC-TCCTCCCCTACT
* *
25363634 CCCCT-CCCTCCCTCCCT-TCCCTCTCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCT-CT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCC-CTCC-CCCT-CCCT-CCTCCCCTACT
* * * * * *
25363681 CC-CTCCTCCCCCCTACCCTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCT-CCCTCCT
1 CCTCTCC-CCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
** * **
25363727 -CTCTCCCCTCCCTACCC-CT-CTTTCCCCC-CCCTACCTCTCCTTTT
1 CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTCCCCCTCCCT-CCTCCCCTACT
* **
25363771 TC-CTCCCCT-CC-CCCTC-CCCCT--CCCTCCCTCCTGTCC--C-
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * *
25363808 CC-C-CCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACTCCCCT-CC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCC--TCCTCCCCTACT
* * * *
25363852 CCT-TCCCCCCCCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCC-CCCACCTCTCCT-CT
1 CCTCT-CCCCTCCCTC-CCTCTCC--CCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * * * * *
25363899 -TTATCACCCCCCCTTACCC-CCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCA
1 CCTCTC-CCCTCCC-T-CCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCC-TCCCCTACT
* * *
25363948 CC-CCCCCCGCCCTCCC-CTCCCCCCCTTCCTCTCCCCTCTCTCCCCTA--
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCC--CC-CT-CCCTC-CTCCCCTACT
* * * * *
25363995 CCTCTCCTCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCTCTCATCC-CCCCTTACT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCCC-TACT
* * * ** * *
25364042 CCCTCCCCCCCCCCTCCCCTTTTTCCTCTCCCCTCCCT-CTCCTCC-GCC
1 -CCTCTCCCCTCCCT-CCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * * *
25364090 CCTGT-CCC-CCCTCTCTTTCCCC-CCCTCCTCCC-CCTCCTCTTCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CCTCCCTCCTCCCCTACT
* * * * *
25364133 CCCCCCCCCTCCCT-CCTCCTCCTTCTCCCCCCCCCTCC-CCCCGTCCT
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCT-CTCC-CCTCCCCCTCCCTCCTCCCC-TACT
* * * * *
25364180 CCTACCTACCCCTACCTTCCCCCTTCTCTCACCCC-CCC-CCTCCTCCTCCT
1 CCT--CT-CCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTC-CCCCTCCCTCCTCC-CCTACT
* * * * *
25364230 CCTCCCCCTCTCCCCCCCCCTCTCC-CCCCCTCCCTCCTCCCCTCCT
1 CCTCTCCC-CTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25364276 CCTCCTACCCCCTACTCTCCCTC-CCCCT-TCCCTCTCC-CCTCCCTCT-CT
1 CCT-CT--CCCCT-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTC-CCTCCTCCC-CTACT
* *
25364324 CCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCCCCTCCCCTCTCCTCCCCTA-T
1 CCTCTCCCCT--CCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCT--CC-CTCCTCCCCTACT
* * *
25364375 CCCCTCCCC-CCCT-CCTCTCCCCTCCCCC-CCCTCC-CCCC-CCC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
* *
25364416 CCTC-CCCCTCCCCCCCTCTCTCCTC
1 CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTC
25364441 TAATCAAGTC
Statistics
Matches: 7157, Mismatches: 1160, Indels: 2721
0.65 0.11 0.25
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.00
36 16 0.00
37 32 0.00
38 64 0.01
39 125 0.02
40 207 0.03
41 284 0.04
42 431 0.06
43 596 0.08
44 667 0.09
45 874 0.12
46 858 0.12
47 789 0.11
48 681 0.10
49 557 0.08
50 346 0.05
51 264 0.04
52 130 0.02
53 66 0.01
54 69 0.01
55 42 0.01
56 22 0.00
57 25 0.00
58 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
CCTCTCCCCTCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCCCTACT
Found at i:25355259 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 25355228--25355672 Score: 128
Period size: 25 Copynumber: 16.4 Consensus size: 27
25355218 CCTCCCTTCC
*
25355228 CCTCCCCCCT-CTCCCCCTACTCTACCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCC--CCCTACCCT
**
25355256 CCTCTTCCCTCCTCCCCCCGCC--CCC-
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCC-CCTACCCT
25355281 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCTCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACC-CT
* *
25355309 CCTACCCCC-CCT--CTCCCCT---C-
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
25355329 CCTCCCCCCTCC-CCCTCCCCCTA-CC-
1 CCTCCCCCCTCCTCCC-CCCCCTACCCT
* *
25355354 CCTCCCCCCTTCTCCTCCTCCCTACCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCCTACCCT
*
25355382 -CTCCCCCTCTCTCCTACTTACACCCCCT-CCCT
1 CCT-CCCC-C-CTCCT-C---CCCCCCCTACCCT
** ** *
25355414 -CTCCCCTTTCC-CCTCCTTCCT-CTCT
1 CCTCCCCCCTCCTCC-CCCCCCTACCCT
*
25355439 CCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTACTCT
1 CCTCCCCC-CTCCTCC-CC-C-CC-CTACCCT
25355471 CCTACCCCCCT-CTCCCCTCCCC--CCCT
1 CCT-CCCCCCTCCTCCCC-CCCCTACCCT
25355497 CC-CCTCCCC-CCTCCCCCCCTCTACCC-
1 CCTCC-CCCCTCCTCCCCCCC-CTACCCT
*
25355523 CC-CCCCCCT--TCCCCCTCCT-CCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
* *
25355546 CCCTCCCTCTCTCTCCCTCCCCCTCTTACCCT
1 -CCTCCC-C-C-CT-CCTCCCCCCCCTACCCT
*
25355578 CCTCCCCCGTCCTCCCCCTCCC--CCCT
1 CCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCCTACCCT
* * *
25355604 -CTCCCCCC-CCTTTCCTCCTCTACCTACAT
1 CCTCCCCCCTCC-TCCCCCCCCTACC--C-T
* **
25355633 CCCCCCCCCTCCTCCCCCCCCCCCCCCT
1 CCTCCCCCCTCCT-CCCCCCCCTACCCT
25355661 CCCTCCCCCCTC
1 -CCTCCCCCCTC
25355673 TGTTCCCTCA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 42, Indels: 117
0.67 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.03
21 3 0.01
22 4 0.01
23 7 0.02
24 21 0.07
25 71 0.22
26 35 0.11
27 26 0.08
28 32 0.10
29 26 0.08
30 18 0.06
31 35 0.11
32 19 0.06
33 10 0.03
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.72, G:0.01, T:0.23
Consensus pattern (27 bp):
CCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCT
Found at i:25355411 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25355332--25355509 Score: 177
Period size: 71 Copynumber: 2.5 Consensus size: 71
25355322 TCCCCTCCCT
*
25355332 CCCCCCTCCCCCTCCCCCTACCCCTCCCCCCT-TCTCCTCCTCCCTACCCTCTCCCCCTCTCTC-
1 CCCCCCTCCCCCTCCCCCT-CCCCTCCCCCCTCTCTCCTCC-CCC-ACCC-CTCCACCTCTC-CG
25355395 CTACT-TAC-A
61 CTACTCTACTA
* * ** *
25355404 -CCCCCTCCCTCTCCCCTTTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCCACTCCTCCACCTCTCCGCTAC
1 CCCCCCTCCCCCTCCCC-CTCCCCTCCCCCCTCTCTCCTCCCCCACCCCTCCACCTCTCCGCTAC
*
25355468 TCTCCTA
65 TCTACTA
25355475 CCCCCCTCTCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCCCTC
1 CCCCCCTC-CCCCT--CCCCCTCCCCTCCCCCCTC
25355510 CCCCCCTCTA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 16
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
68 1 0.01
69 15 0.17
70 5 0.06
71 29 0.34
72 16 0.19
73 4 0.05
74 12 0.14
75 4 0.05
ACGTcount: A:0.05, C:0.69, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (71 bp):
CCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCTCTCCTCCCCCACCCCTCCACCTCTCCGCTACT
CTACTA
Found at i:25355577 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 25354717--25359214 Score: 351
Period size: 14 Copynumber: 322.1 Consensus size: 14
25354707 CTCCTCCTTC
25354717 CCCTCCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCT--CT
*
25354733 CCTTCCCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25354745 CCCTCCCCCTAACC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25354759 CCCTCCTCCCTCCCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25354774 CCCCTCTCTCCC-CTC-
1 -CCCTC-C-CCCTCTCT
* *
25354789 CTCTACCCCCTCCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25354804 CTCC-CCCCCTCTCC
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25354818 CCCT-CCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25354829 -CCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25354842 -CCTCCCTCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25354854 CCTACTCCCCC-C-CT
1 CC--CTCCCCCTCTCT
25354868 CCC-CCCTCCTAC-CT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
25354882 CCCTCCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25354894 CCCCTCCTCCTAC-C-
1 -CCCTCCCCCT-CTCT
*
25354908 CTCTCCCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25354921 CCCTCTCCCTCTCCTCT
1 CCCTC-CCC-CT-CTCT
*
25354938 CCCTCCCCTCCCTCCT
1 CCCTCCCC-CTCT-CT
*
25354954 CCCT-ACCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25354966 -CC-CCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25354976 CCCTCCTTCCTACTC-
1 CCCTCC-CCCT-CTCT
*
25354991 CCC-CCCTCCTCTCGA
1 CCCTCCC-CCTCTC-T
25355006 CTCCTCCCCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25355020 -CCTACACCTACCATCCCT
1 CCCT-C-CC--CC-TCTCT
25355038 CCC-CCCCCTCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25355052 CTCC-CCTCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25355065 CTCC-CCCCCTCTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25355079 CCCCCCCTCCTCTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* *
25355094 CCC-CCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25355107 -TTTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25355119 CTCCTTCTCC-CT-T
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25355132 -CCTCCCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355145 CCCTCCCTCC-C-AT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25355158 -CCTACCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25355170 CCCTCCCTCC-CTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25355184 CCCCTCCCCCTCCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25355199 ACCT-CCCCTACTACT
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
*
25355214 CTCTCCTCCCT-TC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25355227 CCCTCCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25355240 CCC-CCTACTCT-A
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25355252 CCCTCCTCTTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25355266 -CCTCCCCCCGCCCC
1 CCCT-CCCCCTCTCT
25355280 CCCTCCCCC-CTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25355294 CCC-CCCCCTACCTCT
1 CCCTCCCCCT--CTCT
*
25355309 CCTACCCCCCCTCTCCCCT
1 CC--CTCCCCCTCT---CT
*
25355328 CCCTCCCCC-CTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355341 CCCTCCCCCT-AC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25355353 CCCTCCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25355365 CTCCTCCTCCCTAC-C-
1 C-CCTCC-CCCT-CTCT
*
25355380 CTCTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355394 CCTACTTACACCC-C-CT
1 CC--C-T-CCCCCTCTCT
*
25355410 CCCTCTCCCCTTTC-
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25355424 CCCTCCTTCCTCTCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25355439 -CCTCCCCCACTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25355453 CCACCTCTCCGCTACTCT
1 -C-CCTC-CCCCT-CTCT
25355471 -CCTACCCCC-CTCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25355484 CCCCTCCCCCCCTC-
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25355498 CCCT-CCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25355509 -CC-CCCCCTCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25355521 CCC-CCCCCCCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25355533 CCC-CCTCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355546 CCCTCCCTCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355560 CCCTCCCCCTCTTACC
1 CCCTCCCCCTC-T-CT
*
25355576 CTCCTCCCCCGTCCTCC
1 C-CCTCCCCC-T-CTCT
25355593 CCCTCCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355606 CCC-CCCCCTTTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25355618 CTCCTCTACCTACATC-
1 C-CCTCCCCCT-C-TCT
25355634 CCC-CCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25355646 CCCCCCCCCCCCCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25355661 CCCTCCCCCCTCTGTT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
25355677 CCCTCACCCC-CTCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25355691 CTCCTCTCCTTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25355705 CCC-CCTCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25355717 -CCTCCCCCTTACCCC
1 CCCTCCCCC-T-CTCT
* *
25355732 CCCCCCCCCTTCTCCC
1 CCCTCCCCC-TCT-CT
*
25355748 CTCCTCCCCCCCTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* *
25355763 CCAT--TCCT-TC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355773 CCCTCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
*
25355788 ACCC-CCCCCTCTCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25355802 CCCCCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25355816 CCACTCCTACCTCCTCC
1 CC-CTCC-CCCT-CTCT
25355833 CCCTCCCCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25355847 CCCT-CCCCTCCTACCT
1 CCCTCCCCCT-CT--CT
* *
25355863 CCCTCCCTCCCCCCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
***
25355878 CCCTAAGCCT-TCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
** *
25355892 CCCTTTCCCTACTCG
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25355907 CCCTCCTCCCTCTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25355921 CCC-CCTCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25355931 CCCT-CCCCTCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
* *
25355945 ACCT-ACCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25355958 CCCTCTTCTCCT-TCT
1 CCCTC--CCCCTCTCT
25355973 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25355984 CCCTCCTCCCTAAC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25355998 CCTTACCCCCCCTCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
* * *
25356013 CCCTTTCTCCTACT-A
1 CCC-TCCCCCT-CTCT
**
25356028 CCCTCCCCC-CTAA
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356041 CCCTCCTCCC-CTCT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25356055 CCCCTCCCCC-CT-T
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25356068 CCTCTCCCCTCCCTCCT
1 CC-CTCCCC-CTCT-CT
*
25356085 CCTTTACCCCCTCCTCCT
1 CC-CT-CCCCCT-CT-CT
25356103 CCCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25356117 CCCT-ACCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356129 -CC-CCCCCTCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25356142 CCCTCCCGTCC-CTCT
1 CCCTCCC--CCTCTCT
*
25356157 ACCC-CCCCC-CTCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25356170 CCCTTCCCCCTC-C-
1 CCC-TCCCCCTCTCT
*
25356183 CCCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25356197 -CCTAACCCT-TCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356209 CCTCTACCTCCC-C-CT
1 CC-CT-CC-CCCTCTCT
* *
25356224 CCCTCTCCACC-CCCC
1 CCCTC-CC-CCTCTCT
25356239 CCCTCCCTCCT-TAC-
1 CCCTCCC-CCTCT-CT
* *
25356253 CTCTCCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356267 -CCTCCCCCT-TAT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356279 CCC-CCCCCTCTTCCCCC
1 CCCTCCCCCTC-T---CT
25356296 CCCTACCCCCTCCTCT
1 CCCT-CCCCCT-CTCT
* *
25356312 CCCTCCCCGTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356326 CCCTCCCCCT-TC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356338 CCACTCCCCCCCTCCT
1 CC-CTCCCCCTCT-CT
*
25356354 CCCTCCTCGCCTCCCT
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
25356370 CCCTCTCCCCT-TCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25356384 CCCTCTCTCTCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25356398 CCCTCCCTCCTC-CT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* * *
25356412 CTCCTCGCCTTCCCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* *
25356427 ACC-CCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25356440 -TCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356452 -AC-CCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356463 CCC-CCCCCTCTTACC
1 CCCTCCCCCTC-T-CT
*
25356478 CCCTCCTCCCTCCCTTT
1 CCCTCC-CCCT--CTCT
*
25356495 CTCTCCCCC-CTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25356508 CAGCCTCTACCC-CTC-
1 C--CCTC-CCCCTCTCT
25356523 CCCTCCCCCTCCTCTT
1 CCCTCCCCCT-CTC-T
*
25356539 CCCTCCCCC-C-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356551 CCCCCCCTCCTCCTCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
**
25356567 CGTTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25356581 --CTTCTCCT-T-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25356591 CCTCTCCCCCCTCCCC
1 CC-CT-CCCCCTCTCT
25356607 CCCTCCTCCCTC-CT
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25356621 ACCTTACCCCCTCTC-
1 -CCCT-CCCCCTCTCT
25356636 CCC-CCTCCCTC-C-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25356648 CCCTCCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356662 CCCT-CCCCTCT-A
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356674 ACC-CCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356686 GCCTCCCCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25356700 CCCTCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356714 CTACTCCTCCCTCT-T
1 C-CCTCC-CCCTCTCT
*
25356729 CCC-CCTCCC-C-CC
1 CCCTCC-CCCTCTCT
*
25356741 CCCTCCCCCTCCTACC
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
* *
25356757 CCCTTCCCCTATCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356771 CCCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25356785 -CTTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356797 -CCT-CCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25356809 CCCT-CCCTTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25356821 TCCTACCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356834 CCCTCCCCCCTCTACT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
*
25356850 CCC-CTCCCTCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25356864 CCCCTCCCCC-CCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
**
25356878 CCC-CTACCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25356890 CCCTCTCCCC-CTCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25356904 CCCCCCTCCCTCTCCT
1 CCCTCC-CCCTCT-CT
*
25356920 CTCCTCCCCTAACCCTCT
1 C-CCTCCCC---CTCTCT
*
25356938 CCCCTCCCCC-CCCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25356952 CCCCTCTTCCCC-CTCC
1 -CCCTC--CCCCTCTCT
*
25356968 CCCTCCCCCCCTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25356983 ACCCCTCCCCCCTCTCTT
1 --CCCT-CCCCCTCTC-T
* *
25357001 CCC-CTCCC-CGC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357012 CCCTCCCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357024 CCCTCCCCC-CTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25357038 CCC-CCCTCCTACCCCTT
1 CCCTCCC-CCT--CTC-T
* *
25357055 TCCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357068 ACCC-CCCCCT-TCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
*
25357082 CCCT-CCCTTCTACTT
1 CCCTCCCCCTCT-C-T
*
25357097 CCC-CCCCCCCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25357109 CCCTCTCCCCCCCCT
1 CCCTC-CCCCTCTCT
* *
25357124 CCCCTCCCCC-CCCC
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25357138 CCCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357151 -CCTCCCCCTACCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25357165 CCCCTACGCCCC-C-C-
1 -CCCT-C-CCCCTCTCT
*
25357179 CCC-CTCCCTACTC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* *
25357192 CCCTTCCCCCTACCCC
1 CCC-TCCCCCT-CTCT
25357208 CCCT-CCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357219 CCCTCCCCC-CCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357232 CCC-CCCCC-CTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357244 -CC-CCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357256 CCCTCTCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357269 CCC-CCCCC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357280 CCC-CCCTCCTCTC-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25357293 CCCTCCCTCCTC-C-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25357306 CCCTCCCCCTACTC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25357320 CCC-CCCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357332 CCCTCCCTCC-CTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25357346 -CCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357358 -CC-CCCCCTCTTCT
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25357371 CCCTCCTCCCCGTCTCCC
1 CCCT-C-CCCC-TCT-CT
25357389 CCCTCTCCCC-CTC-
1 CCCTC-CCCCTCTCT
*
25357402 CTCCTCCACCCTCCCT
1 C-CCTCC-CCCTCTCT
25357418 CCCCTCCTTCCCTCTC-
1 -CCCTCC--CCCTCTCT
* *
25357434 CCCCCCCCCTCTCCC
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25357449 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357460 CCCTCCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* * *
25357472 CCTTCCTTCTTCTTCT
1 CCCTCC-CCCTC-TCT
*
25357488 CCCTCTTCTCCT-TACCT
1 CCCTC--CCCCTCT--CT
*
25357505 CCCTACCCCTAC-C-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* *
25357518 CCC-CCCCTCCCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
*
25357532 CCCTCCCCCT-TCG
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357545 CTCCTCTCCCCT-TCC
1 C-CCTC-CCCCTCTCT
* *
25357560 CCCCCCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357574 CTCCTACCCCCTCCCTT
1 C-CCT-CCCCCTCTC-T
*
25357591 CCCT-TCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357603 CCC-CTCCCCTCCTCT
1 CCCTC-CCCCT-CTCT
25357618 CCCCTCCCCCTCT-T
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25357632 CCCCTCCCCCCCCTCT
1 -CCCT-CCCCCTCTCT
*
25357648 CCCCCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357661 CCCCTCCTCCC-CCCTT
1 -CCCTCC-CCCTCTC-T
25357677 CCC-CTCCCCTCCTCT
1 CCCTC-CCCCT-CTCT
25357692 CTCCT-CCCC-CTCT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
*
25357705 CCC-CCTCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357716 CCCCCCCCCTCTCTT
1 CCCTCCCCCTCTC-T
*
25357731 CCC-CCCCCCCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25357743 CTCCTACCCCTCTCC
1 C-CCTCCCCCTCTCT
* * *
25357758 CCCTCCTTACCTCCCC
1 CCCTCC--CCCTCTCT
*
25357774 CCCCCCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357788 CTCC-CTCCCTC-CT
1 C-CCTCCCCCTCTCT
25357801 CCCGTACCCCC-C-C-
1 CCC-T-CCCCCTCTCT
25357814 CCCTCCCTCCTCTC-
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25357828 CCCTCCTCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357841 CCCTACCCCCTCT-T
1 CCCT-CCCCCTCTCT
* *
25357855 CCC-CCCCCCCTTCC
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25357869 CCCTCTCCCTTCTCCT
1 CCCTC-CCCCTCT-CT
25357885 CCCT-CCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357898 CCC-CCCTC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357909 CCCT-CCCCTCTCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25357922 CCCACCCCCT-T-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25357934 CCCTCCCCCTACCCTCT
1 CCCTCCCCCT---CTCT
*
25357951 CCC-CTCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25357962 CCCTACTCTCTCTCCT
1 CCCT-CCCCCTCT-CT
*
25357978 CCCCCCTCCCCTCTCT
1 -CCCTC-CCCCTCTCT
*
25357994 CCC-CCCCCTCCCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
* * *
25358008 CCCCCCCCCTCCCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358022 CCCTCCCCCTCTCCTTCT
1 CCCT-CCCC-CT-C-TCT
* * *
25358040 CCCTCCCCTCCCCCC
1 CCCTCCCC-CTCTCT
25358055 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358066 CCC-CCCCCCCTACT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25358080 CCC-CCCTCCTACGTCT
1 CCCTCCC-CCT-C-TCT
25358096 CCCTCCTCCC-CTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* *
25358109 CCCCCCCTCCTCCCTTT
1 CCCTCCC-CCT--CTCT
25358126 CCCTCCCCCTCTACCT
1 CCCTCCCCCTCT--CT
*
25358142 CCCTACCCCC-CCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
*
25358156 -CCT-CTCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358167 -CCTCCCCCTCTAT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358180 -TCTCCCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358192 CCCTACCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
** *
25358206 TACTCCTCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
**
25358219 --CTCTACCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358230 CCCTTACCCCTC-CT
1 CCC-TCCCCCTCTCT
**
25358244 CCCTCCTTC-CT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358256 CCC-CCCCCTCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358269 CCCTCCCTCCCCGTCCC
1 CCCTCCC-CCTC-T-CT
*
25358286 CCCTCCTCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358299 CCCTCCTCCCCCTCC
1 CCCTCC-CCCTCTCT
* * *
25358314 CCCCCCCCCCCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358328 CCCCTCCCCC-CTCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
25358343 CCCTCCCTCCTC-CT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25358357 CCCTCCCTCCTCTCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25358372 CCCT---ACTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358382 CCC-CCCCC-CTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
25358394 CCCTCCCCC-CTCCT
1 CCCTCCCCCTCT-CT
* *
25358408 CCCCCCCGCCTCCCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
25358423 CCCTCCCCCTCCCTCT
1 CCCTCCCCCT--CTCT
* *
25358439 CCCTTCCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358453 CCGCTCCTCCTCCTCT
1 CC-CTCCCCCT-CTCT
*
25358469 CCCTCCTCTCCTC-CC
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
*
25358484 CCCTCCTCCTCCCTTCT
1 CCCTCC-CC-CTC-TCT
*
25358501 ACCCTCCCCCTCACT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
25358516 ---T-CCCCTCTTCT
1 CCCTCCCCCTC-TCT
*
25358527 CCC-CTCCCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358539 -CCTCCCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358551 CCCT-ACCCTACAC-
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25358564 CCCTCCCCCTCCCCT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
*
25358579 CCC-CCCTCC-CTCC
1 CCCTCCC-CCTCTCT
*
25358592 CCCTCCCCTTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358605 ACCC-CCCCCTTCCCT
1 -CCCTCCCCC-TCTCT
25358620 CCTTCTCCCTCCTACTCT
1 CC--CTCCC-CCT-CTCT
*** *
25358638 -CCTCCTTTTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358651 ACCTCTCCCCCTCTCC
1 -CC-CTCCCCCTCTCT
**
25358667 CCCTATTTCCCTCTCT
1 CCC--TCCCCCTCTCT
*
25358683 ACCCCCCCCCT-TAC-
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
*
25358697 CCCT-CCCCTCCCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358710 ACCCTCTCTCCCTCTCT
1 -CCCTC-C-CCCTCTCT
*
25358727 TCC-CCCCCTCCTACTT
1 CCCTCCCCCT-CT-C-T
*
25358743 CCC-CCCCCCCTCT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358756 CCCCTCTCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358770 -CCTCTCCCTC-CC
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358782 CCCTCCCCC-C-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358794 CCTCTTCCCCCTCCCT
1 CC-C-TCCCCCTCTCT
*
25358810 CCCCCCCTCCT-TCT
1 CCCTCCC-CCTCTCT
* *
25358824 ACTCTCTCCC-CTCT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25358838 CCCTCTCCCTC-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358850 CCCT-CCCCTCTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
25358862 CCCT--CCCTAC-CT
1 CCCTCCCCCT-CTCT
25358874 ACCCTCCCCCTC-CT
1 -CCCTCCCCCTCTCT
* *
25358888 ACCCTTCTCC-C-C-
1 -CCCTCCCCCTCTCT
*
25358900 CCCTCCCCCCTCCCT
1 CCCT-CCCCCTCTCT
25358915 CCCTCCCCC-C-C-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358926 CCCTCCCTCCTCCCCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
25358942 CCC-CCCCCTCT-T
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358954 -CGT-CCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25358964 CCCT-CCCCTACTCCC
1 CCCTCCCCCT-CT-CT
*
25358979 CCCTTCCCCCTCCCT
1 CCC-TCCCCCTCTCT
* *
25358994 ACCCCTCCCTCTCCCT
1 --CCCTCCCCCTCTCT
25359010 CCCCTCTCCCC-C-CT
1 -CCCTC-CCCCTCTCT
*
25359024 CCC-CCCCCTTCTCCC
1 CCCTCCCCC-TCT-CT
*
25359039 CCCTCCCCCCCTAC-
1 CCCTCCCCCTCT-CT
*
25359053 CCCTCCTCCCCCTC-
1 CCCTCC-CCCTCTCT
25359067 CCCTCCTCCCTTCCTCT
1 CCCTCC-CCC-T-CTCT
*
25359084 CCTTCCCCC-CTC-
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25359096 CCCTCCCTCTC-CT
1 CCCTCCCCCTCTCT
* *
25359109 ACCCCCCCCCCCCTCT
1 --CCCTCCCCCTCTCT
*
25359125 CCC-CCCTCCTACCCT
1 CCCTCCC-CCT-CTCT
* * *
25359140 TCCT-CCCCTCCCC
1 CCCTCCCCCTCTCT
*
25359153 CCCTCCCCTCTCCCT
1 CCCTCCCC-CTCTCT
25359168 ACCCTCCCCC-CTCCT
1 -CCCTCCCCCTCT-CT
25359183 CCCTCCTCTCCTC-CT
1 CCCTCC-C-CCTCTCT
25359198 CCCCTCCCCCTCCTCT
1 -CCCTCCCCCT-CTCT
25359214 C
1 C
25359215 TTCCCCCCCC
Statistics
Matches: 3332, Mismatches: 505, Indels: 1291
0.65 0.10 0.25
Matches are distributed among these distances:
10 41 0.01
11 189 0.06
12 408 0.12
13 639 0.19
14 770 0.23
15 552 0.17
16 416 0.12
17 212 0.06
18 81 0.02
19 23 0.01
20 1 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (14 bp):
CCCTCCCCCTCTCT
Found at i:25355763 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25355634--25355876 Score: 193
Period size: 71 Copynumber: 3.4 Consensus size: 71
25355624 TACCTACATC
* * * * * *
25355634 CCCCCCCCTCCT-CCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCCTCTGTTCC-CT-CACCCCCTCTCTCCT
1 CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCTCCCC-CCC-CCCCCCTCT-CTCCACTCCTCCCCCCCTCTCCT
25355696 CTCCTTCCT
63 CTCCTTCCT
* *
25355705 CCCCCTCCTCCT-CCTCCCCCTTACCCCCCCCCCCCCT-TCTCCCCTCCTCCCCCCCTCTCCAT-
1 CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCT-CCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTCCCCCCCTCTCC-TC
*
25355767 TCCTTCCC
64 TCCTTCCT
* *
25355775 CTCCCCT-CTCCCTACC-CCCCCCTCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTACCTCCTCCCCCTC
1 C-CCCCTCCT-CCTACCTCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCT-CC-CC-CCCTCTC
*
25355838 C-C-CCTACCT
61 CTCTCCTTCCT
25355847 CCCTCC-CCTCCTACCTCCCTCCCTCCCCCC
1 CCC-CCTCCTCCTACCTCCC-CCCTCCCCCC
25355877 TCCCTAAGCC
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 15, Indels: 30
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
68 3 0.02
69 3 0.02
70 42 0.30
71 54 0.38
72 21 0.15
73 11 0.08
74 7 0.05
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (71 bp):
CCCCCTCCTCCTACCTCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCCACTCCTCCCCCCCTCTCCTCTC
CTTCCT
Found at i:25355879 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 25355831--25355990 Score: 59
Period size: 23 Copynumber: 7.4 Consensus size: 22
25355821 CCTACCTCCT
* *
25355831 CCCCCTCC-CCCTACCTCCCT-
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
25355851 -CCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
*
25355872 CCCCCTCCCTAAGCCTTCCTCCCT-
1 CCCCCT-CCT-A-CCTCCCTCCCTC
** * *
25355896 TTCCCTACT--CGCCCT-CCT-
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
* ** *
25355914 CCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
* *
25355936 CCCTCTCCTACCTACCCTCTCTC
1 CCCCCTCCTACCT-CCCTCCCTC
* * *
25355959 CCTCTTCTCCT-TCTCCCTCCCCC
1 CC-C-CCTCCTACCTCCCTCCCTC
25355982 CCCCCTCCT
1 CCCCCTCCT
25355991 CCCTAACCCT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 23, Indels: 25
0.68 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.07
19 11 0.11
20 14 0.13
21 8 0.08
22 17 0.16
23 23 0.22
24 8 0.08
25 16 0.15
ACGTcount: A:0.04, C:0.68, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
CCCCCTCCTACCTCCCTCCCTC
Found at i:25356709 original size:133 final size:135
Alignment explanation
Indices: 25356570--25357476 Score: 429
Period size: 134 Copynumber: 6.9 Consensus size: 135
25356560 CTCCTCTCGT
*
25356570 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTTTCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCT
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCC-TCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCT-CCTTACCCCCTCT
*
25356635 CCCCCCTCCCTCCCCCTCC-C-CCCCCCT-C-CCTCCCCTCTAACCCCC-CCC-TC-TGCCTCCC
64 CCCCCCTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCT--CCCCCTCCCTTCTTGCCTACC
*
25356693 CCTACCTCCC
127 CCT-CCCCCC
* *
25356703 TCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCCCCCC-CCTCCC-CCTCC-TACCCCCT-TCC
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCTCTCC
* * *
25356764 CCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCC
66 CC--CCT-CCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTACCC
25356829 CTCCCCCC
128 CTCCCCCC
* *
25356837 TCCCCC-CTCTAC-TCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCT-CCC
1 TCCCCCTCTCT-CTTCTCCTCCCTCTCC-CCCCT-CCCCCCCT--CCTCCCTCCT-CCT-TACCC
* ** * *
25356899 CCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCTC-CCCTAAC-CCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTT-
59 CCTCTCCCCCCTCCCTC-CCCCTCCTCTCCC-CCCTCCTCCTCCCCT-CTCCCCCTCCCTTCTTG
25356960 -C--CCCCT-CCCCC
121 CCTACCCCTCCCCCC
* ** * * * *
25356971 TCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCC-CCCTCC-CCCTCCCCCC
1 TCCCCCTCT-CT-CTTCTCCTCCCTCTC-CCCCCT-CCC-CCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCC
* *
25357034 TACTCCCCCCT-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACC-CC-CCCCT-TCCTCCCTCCCTTC-T-
61 T-CTCCCCCCTCCCT-CCCC-CTCCTCTCCCCCCT-CCTCCTCCCCTCTCC-CCCTCCCTTCTTG
* *
25357093 ACTTCCCC-CCCCCC
121 CCTACCCCTCCCCCC
** *
25357107 T-CCCCTCTC-CCCCCCCTCCC-CT-CCCCC-CCCCCCCTCC-CCCTCCTCC-T-CCCCCTAC-C
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCT-CTC
** * **
25357163 CTCCCCTACGCC-CCCCC-CC-CTCCCTACTCC-CCTTCCCC-CTACCCC-CCC-TC-CCCCT-C
65 C-CCCCT-C-CCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCC-TCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTAC
25357219 CCCTCCCCCCCC
126 CCCT--CCCCCC
* * * * * *
25357231 TCCCCC-C-C-CCTCTCC-CCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCC-CCC-CCCCCTTCCCCCCTCCT
1 TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCC-CCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCT-CT
* * * * *
25357290 CTCCCCTCCCTCCTCCC-CCTC-CCCCTACTCC-CCCCCCCTC-CCCCCTCCCTCCCTCT-CCTC
64 CCCCCCTCCCTCC-CCCTCCTCTCCCC-CCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCT-TCT-TGCCTA
*
25357350 CCCCT-CCTCC
125 CCCCTCCCCCC
* * * * *
25357360 -CCCCCTCT-TCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCTCCACCCT-CCCTCCC
1 TCCCCCTCTCTCT-TCTCCT-CCC-TCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCC-CCT
* *
25357421 CTCCTTCCCTCTCCC-CCCCC-CCTCTCCCCCCTCCCCCCCCCCTC-CCCCCTCCCTTC
62 CTCC--CCC-CTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTC
25357477 CTTCTTCTTC
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 65, Indels: 175
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
121 6 0.01
122 12 0.02
123 17 0.03
124 20 0.03
125 26 0.04
126 33 0.05
127 38 0.06
128 28 0.05
129 13 0.02
130 17 0.03
131 16 0.03
132 45 0.07
133 76 0.12
134 91 0.15
135 70 0.11
136 24 0.04
137 20 0.03
138 17 0.03
139 27 0.04
140 13 0.02
141 6 0.01
142 6 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (135 bp):
TCCCCCTCTCTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCTTACCCCCTCTCC
CCCCTCCCTCCCCCTCCTCTCCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTGCCTACCCCTC
CCCCC
Found at i:25356798 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 25356735--25356902 Score: 217
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 93
25356725 TCTTCCCCCT
* *
25356735 CCCCCCCCCT-CCCCCTCCTAC-CCCCTTCCC-CTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCT
1 CCCCCCCCCTCCCCCCT-CTACTCCCC-TCCCTCT-CCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCTCCT
25356797 CCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
63 CCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
*
25356828 CCTCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCT-CCCCCCC-C-T-CCCCTACCTCC
1 CCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCT-CCTCC
25356889 T-CCCTCTCCCCCTC
65 TCCCCTCTCCCCCTC
25356903 TCCCCCCTCC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 12
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
89 18 0.26
90 7 0.10
91 1 0.01
92 6 0.09
93 24 0.35
94 12 0.18
ACGTcount: A:0.03, C:0.72, G:0.00, T:0.25
Consensus pattern (93 bp):
CCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCTTCCCCCTCCTCCT
CCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACC
Found at i:25356970 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 25356630--25364433 Score: 590
Period size: 98 Copynumber: 80.6 Consensus size: 94
25356620 TACCTTACCC
* *
25356630 CCTCTCC-CCCCTCCCTC-CCCCTCCCCCCCC-CTCCCTC--CCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTC-CCCTCTTCCCCCT---CCCCCCCTC-CCCT
* *
25356690 CCCCCTACCTCCCTC-CCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTT
61 -CCCC--CCTCCCTCTCCCC-CTCTC-CCCCCTCCCTC-T
* * * * *
25356729 CC-C-CCTCCCC-CCCCCTCCCCCTCCTACCCCCTTCCCCT-ATCTCCCCT--CCCCCTCCTCTT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCT-CCCCTCC--CCCCCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCCCCTCCCCTC
25356788 CCCCCT-CCTC-CTCCCCTCT-CCCCCTCCCT-T
62 CCCCCTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25356818 -CTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCC-CCTCTACTCCCCT-CCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCC
1 CCTCTCCT-CCCCT-CCCTCTCCCCTCC-C--C-CCCCTCCCCTCTTC-CCCCT-CCCCCCCTCC
* *
25356880 CCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
25356917 CCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCT--CCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCTCCTCCCCT--CCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * *
25356979 TCCTACCC-CTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCC-CG
64 CCCT-CCCTCT-CCCCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* * * * * * *
25357011 CCCCTCC-CCCTCCCCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTC-CCCCCCCTACCCC-
1 CCTCTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCT-CCCCCCCCTCC--CCTCTTCCCCCTCCCCCCCT-CCCCT
** * *
25357073 CCCCTTCCTCCCTC-CCTTCTACTTCCCCCCCCCCTCC
61 CCCC--CCTCCCTCTCCCCCT-C-TCCCCCCTCCCTCT
*
25357110 CCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACG
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCT-CT--TCCCCCT-CCC-CCCCT-C-
*
25357173 CCCCCCCCCCTCCCTACT-CCCCT-T-CCCCCTACCC-C-
57 CCCTCCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* *
25357208 CC-CT-C-CCCCTCCC-CTCCCC-CCCCTCCCCCCCCCTC-T-CCCC-CCCTCCCT-CCCTCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC-CC
* *
25357264 CTCTCCC-CCCCCCCT-TCCCCCCT-CCTCT
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25357292 CCCCTCCCTCCTCC-CCCTC-CCCCTACTCCCCC-CCCCTC--CCCCCTCCCTCCCTCTCCT-CC
1 CCTCT-CCTCC-CCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * * *
25357351 CCCT-CCTCCCCCCCTCTTCTCCCT-CCTCC
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25357380 CCGTCTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCC-CCCT
1 CC-TCTCCTCCC-CTCCCTCTCC-CCTCC-CCC-CCCTCCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-
25357444 CTCCCCCCTCCC-C-CCCCC-CTCCCCCCTCCCT-T
59 CTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* ** * ** * *
25357476 CCT-TCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCTAC--CCCCCCCCTCCCCCT-CCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCCCCT-CCCCT-CTTCCCCCTCC-CCCCCTCCCCTC
* * *
25357537 CCCCTTCGCTCCTCTCCCCT-TCCCCCC-CCCCCT
62 CCCCCTCCCT-CTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25357570 CCCTCTCCTACCCCCTCCCT-TCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCC
1 -CCTCTCCT--CCCCTCCCTCTCCCCT-CC-CC-CCCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCC-CCTCC
* * * *
25357634 CCTCCCCCC-CCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCCTCCCC
58 CCTCCCCCCTCC-CTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCC-CTCT
* * * * *
25357673 CCTTCCCCTCCCCT-CCTCTCTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCCTCCCCC-CCCCCCTCTCTTCCCC
1 CC-TCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCCCCCTCCCCCC-CTC--CCCT
*
25357735 CCCCCCT-CCTCCTACCCCTCT-CCCCCT-CCT-T
61 CCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25357766 ACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCC-C--CCCCCTCCCTCCTCTC
1 -CCT-CTCCTCCCCTCC-CTCTC-CCCTCCC-CC-CCC-T-CCCCTCTTCCCCCTCCC-CCCCTC
* * *
25357828 CCCTCCTCCTCTCCC-CTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCC
57 CCCTCC-CCCCTCCCTCT-CCCCCTC-TCCCCCCTCCC-T-CT
* * * * *
25357870 CCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCC-ACCCCCTTT
1 CCTCT-CC-TCCCCTCCCTCTCC-C-CTCCCCCC-CCTCCCCT---CT-TCCCCCTCCCCCCCTC
* *
25357934 CCCT-CCCCCTACCCTCT-CCCCTCCCTCCCCCT-ACTCT
57 CCCTCCCCCCT-CCCTCTCCCCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* *
25357971 -CTCTCCTCCCCCCTCCC-CT-CTCTCCCCCCCCTCCCCTC--CCCCC-CCCTCCC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCT--CCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* *
25358029 CCTCTCCTTCTCCCTCCCCT-CCCCC-CCC-CT
64 CC-CTCCCTCTCCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25358059 CC-C-CC-CCCC-CCC-C-CCCCTACTCCCCCCT--CCTACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCC-CCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* * *
25358115 CTCCTCCCT-T-TCCCTC-CCCCTCTACCTC-
64 C-CCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *** *
25358143 CCTAC-CCCCCCCT-CCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCT
1 CCT-CTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TCCC-CCTCCC--CCCCTCCC-
* *
25358206 TACTCCTCCTCTTCTCTACCTCCTCCCT-TACCCCTCCTCCCTCCTT
59 --CTCC-CC-CCTCCCT--CTCC-CCCTCT-CCCC-CCTCCCT-C-T
* * * *
25358252 CCT-TCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCC
1 CCTCT-CCTCCCCTC-C-CTCTCCC-CTCC--CCCCCCTCC-CCTCTTCCC-CCT-CCCC-CCCT
* *
25358316 CCCCCCCCCCCTCCC-CTCCCCC-CTCCTCCCTCCCTCCT
56 CCCCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * *
25358354 CCTC-CCT-CCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCCCC-CCG
1 CCTCTCCTCCCCTCC-CTCTCCC--CTC-CCCCCCCTCC--CCTCTTCCCCCTCC-CCCCCTCC-
* *
25358416 CCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTC-CCTTCCCCTCCCTC-
58 CCTCCC-CCCTCCCTCTCCCCCTCTCC--CCCCTCCCTCT
* * *
25358454 CGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCC-CTTCTACCCTCCCCCTCACTTC
1 C-CT-CTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCC-CCTCC-CCTCTTC-CCCCTCCCCC-C-C-TC
* * *
25358518 CCCTCTTCTCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACA
57 CCCTC--C-CCCCTCCCT-CTCC-CCCTCTCCCCCCT-CCCT-CT
* * ** *
25358563 CCCCT-C-CCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCCCCCT-CCC-CTTCCTAC-CCCCCCCTTCCCTCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC-
* * *
25358623 TCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCC-C-
63 -C-CCCTCC--CTCTCC-CCCTCTCCC-CCCTC-CCTCT
* * * * * *
25358660 CCTCTCC-CCCTATTTCCCTCTCTACC-CCCCCCCTTACCCCTC-CCCTCCCTACCCTCTCTCCC
1 CCTCTCCTCCC---CTCCCTCTC-CCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCC-CCCT-CCCCCCCTCCC
* *
25358722 TCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCCCC-C-CCCCCTCTCCCCTCT
59 -CTC--CCCCCTC-CCT-CTCCCCCTCTCCCCC-CT-CCCTCT
* * * **
25358763 CC-CTCCTCCTCTCCCTCCCCCCT-CCCCCCCT--CCTCTTCCCCCTCCCTCCC-CCCCT-CCTT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCC
* *
25358822 CT-ACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCCT
66 CTCCCTCTC-CCCCTCT-CC-C-CCCTCCCTCT
* * * * *
25358854 CCCCT-CTCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCT-TCTCCCCCCCTCCCCCCT-CCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT--CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TCCCCCTC-CCCCCCTCCCCTC
* *
25358916 CCTCCC-CCC-C-CCCTCC-CTCCTCCCCTCCCCCC
62 CC-CCCTCCCTCTCCC-CCTCTCC-CCCCTCCCTCT
* * * *
25358948 CCTCTTCGTCCCCCTCCC-CTCCCCTACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCC
1 CCTC-TCCT-CCCCTCCCTCTCCCCT-C-CCCCCCCT-CCCCT-CTTCCCCCTCCC-C-CCCT-C
*
25359012 CCTCTCCCCCCTCCC-C-CCCCTTCTCCCCCCTCCC-C-
57 CC-CTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25359047 CC-CTACC-CCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCCTTCCTCTCCT-TCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCT
1 CCTCT-CCTCC-CCTCCCTCTCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCC-CCCTCCCCT
* * *
25359109 ACCCCC-CCC-C-CCCTCTCCCCCCTCCTACCCT-T
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCT-CCCTCT
* * * *
25359141 CCTCCCCTCCCC-CCCTC-CCCTCTCCCTACCCTCC-CCCCTCCTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCC-CTCCC--CCC-CCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCCCTCCCCT
*
25359203 -CCCCCTCCTCTCTTCCCC-C-CCCCCCT-CCTCTT
61 CCCCCCTCC-CTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTC-T
* * *** * * *** * * *
25359235 CTTCTCCT-CCCTCTCC-C-CCCTTCCCTTCTATCTACCC-CTTACTTATCCCCCTTCTCTTCTT
1 CCTCTCCTCCCCTC-CCTCTCCCCTCCC--CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCC-CCTC-CCCT
* * *
25359296 ACCCCTCTCCCCCTCCTCCC-CTCCCCTCTTCCC-CT
61 -CCCCCCTCCCTCTCC-CCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * * * *
25359331 -TTCGCCTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCCCCCT-CCCTC--CCCCC-CCTCCCCCTACCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCC---CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCC-CCCCCTCCCCT
** *
25359391 TTCCCC-CCCTACTCCCCC-C-CCCCCTTTCCC-CT
61 CCCCCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCC-CTCCCTCT
* * * *
25359423 CC-CTCC-CTCCTCCC-C-CCCCTACCCCTCCTCTTCTCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCG
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCC-CC-C--CT-CCCCTCT-TC-CCCCTCCCCCCCTCC
* *
25359484 CTTCCCCCCTCTCCTCTCCCTCCCCTCCCTCCC-CCC-CT
58 CCTCCCCCCTC-CCTCTCCC-CCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * * * *
25359522 CC-CTCCTACCTCATCCTCTCTCCCC-CTCTCCCCTCCTCCTC--CCCCCACCCTCCCTCCCGCT
1 CCTCTCCT-CC-CCTCC-CTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-CT
* * * ** * *
25359583 ACCCCCTCCC-CT-TCCTTACTCTTCCCTGCTTCT
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCT-CTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * * * * **
25359616 CCTCCCCCCCCCT-ACTCTCCCCATCTCTCCTCTCCCCTACCTTTCCTCCTCCTCTCTATCCCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCC-TCCCCCCCCTCCCCT--C-TTCCCCCTCC-CCCCCT-CCCC
* *
25359680 TCCTCCCCTCTCC-CTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCCCCT
60 TCC-CCCCTC-CCTCTCCCCCT--CTCCCCCCT--CCCTCT
* * *
25359720 CCTCTCC-CCTCCCCCCTCTTCCCC-CCTCCCCCCTTCCCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCTCCT
1 CCTCTCCTCC-CCTCCCTC-TCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCC--CCC-T-CCCCCCCTCC-
**
25359783 CCTCTACCTACTACCCTCTCTCCCGCTCTACCCTACCC-CCC-CT
58 CCTC--CCCCCT-CCCTCTC-CCC-CTCT-CCC--CCCTCCCTCT
* ** **
25359826 CCTCT-CTCCCTTCTCCC-C-CCTCTCCCCCTCCCT-CCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCT-TTCTC
1 CCTCTCCTCCC--CTCCCTCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCTCTTC-CCCCTCCCCCCCTCCCCTC
* * * *
25359886 TCCCCTCCCCCT-CCCCTC-CCCCTCCCCCCTTT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * *
25359918 CCT-TCC-CCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTC-CCT-CTCCCCTCCC-C-C-CC-CT-C-CCCT-CT-TCCCCC-TCCCCCCC
* * * * ** *
25359981 TACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCC-CTCCTCTTTCCCTCC
55 TCCCCT--CCCCCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25360023 CCTCTCC-CCTACCTCCCCCCCTCCCT-CCCCCCCTCTCCC-C-TACCCCTCCCCCCC-CCCCT-
1 CCTCTCCTCC--CCTCCCTCTC-CCCTCCCCCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC
*
25360082 CCCCCT--C-CTCCCCCTC-CCCCCCCCCCTCT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* ** *
25360111 -CT-TACC-CCCCTCTCTACTCCCCTCCCCCTTC-CCCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCC
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTC-CCC---CTCCCCCCCTCCCC
* *
25360172 -CTCCCCTCCC-CTCTCCCTACTCCTTCCCCTCCCCTCT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCT-CTCC--CCCCT-CCCTCT
* * * ** * *
25360209 CCCCT-CTCCCCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCT-CCCTCCTCCCTCC-CCTCTCCTCTCCCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCT-CCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCC-C-CCCCTCCCCTC
* * * *
25360271 CCCCC-CCTTCCCTACCCCTCCCCCCTCCTCCCTTTACC
62 CCCCCTCC--CTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCC--T-CT
* * * **
25360309 CCATCTTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTACCTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCCCCCCCTA
1 CC-TC-TCCTCC-CCTCCCTC-T-CCCCT-CC-CCC-CCCTCCCCTCTTCC-CCCTCCCCCCCT-
* *
25360374 CCTACCTCCCCCCCTTTCCTC-CCTCCCTACCTACCCCC-CCCTCT
56 CC--CCT-CCCCCC-TCCCTCTCC-CCCT--CTCCCCCCTCCCTCT
* ** ***
25360418 CTCTACTCCT-CCCTTCCTC-CTCCCTCCCTCCCCCTCTCCC-C-TCCCCCT--AACCCTCTTTT
1 C-CT-CTCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCC-CCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCT
* * * *
25360477 CCTCCCTCTCTTTACCCTGCTCCTCCCCCC-CCCT-T
61 CCCCCCTCCCTCT-CCC-CCT-CTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25360512 -CTC-CCCCCCCTCCCCCCCCACCTCCTCCCCCCT--CC-C-T-CCCCTCCCCTCCT-CCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* *
25360569 CCCCCCCTCTCCATCCT-TCCCCCTCTCCTGATCTCT
64 CCCTCCCTCTCC-CCCTCTCCCCC-CTCC----CTCT
* ** *
25360605 CC-CTACC-CCCC-CCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCT--CC-CTTCCCCCTTCCTACCCTACCCT
1 CCTCT-CCTCCCCTCCCT-CTCCC-CTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCC-TCCCCCCCTCCCCT
* * *
25360664 CCTCCCCT-CTTCTCCCCCTCTCTCCCCTCCCCCT
61 CC-CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * * * * * *
25360698 CCCCCCCCTCCCCTCCTTACT-CCCTACCCCCCCT-TCCTCTTCCCCCACCTCTCTTCCTCTCTT
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCC-C-CTC
**
25360761 CCCCC-CCCTCTCCTCCCTC-CTTACCCTCCC-C-
62 CCCCCTCCCTCTCC-CCCTCTC-CCCCCTCCCTCT
* * *
25360792 CCT-ACC-CCCCTCCCTCTCTCCC-CCCCTCCTCTCCCCTCCTCCCCTCTCCCACCCCT--CCTA
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTTCCCC-CTCCC-CCCCTCCCCT-
* * * * *
25360852 ACCTCCT-CCTCTCCCCC-CTCCTCCTTACCC-CC
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* *
25360884 CCTCCTCCTCTCCCTCCCTCCTCTCCCT--CCTCCCTCCCC-C-T-CCCC-CCCCCCCTCCTTCT
1 CCT-CTCCTC-CCCTCCCT-CTC-CCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCC-CCT
* *
25360943 CCCCCCTCCC-CTCTCCCTCTCCCTCCTCCCTC-
61 CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25360975 CC-CT--T-ACCTCCCT-TCCCCT-CCCCCCTTCCCTCCCTTACCTCC-CCCCCCCT-CCCT-AC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CTCTT-CCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
* ** *
25361031 CTCTCCCTCTCCCCCTAACCTCCCTCCCTCT
64 CCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * *
25361062 CCTCTCC-CCTCTCCC-C-CCCCTTCCTCTTCCTCCTCCCTACTCTTCCCCCCTCTCTCTCTCCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCC-TCC-C--CCCCCTCCC--CTCTT-CCCCCTC-C-C-CCCCT
*** *
25361124 -CCCTCCCCCCCTCCC-CTTAATCCTC-CCCCCCTCCCTTT
56 CCCCT-CCCCCCTCCCTC-TCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25361162 CCCCCTCCTCCTACTAACCCCTTTCTCCCTCTTCCCCCC-CCCCTCCT-CCCCTCCCCCCCCCTC
1 -CCTCTCCTCC-CCT---CCCTCTC-CCCTC-CCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTC-C
* * *
25361225 CCTCCCCTCCTCCCCTCTTCCCCTCCTCCCCTCCTCCCCCC
58 CCTCCCC-CCT-CCCTCTCCCCCT-CTCCCC-CCTCCCTCT
* * * * * *
25361266 CCTTTACCTCTACCTCCTTC-CCCCCCCCCCTCACCTCCCC-C--CGCCCTCTCCCCCT-CCCTC
1 CCTCT-CCTC-CCCTCCCTCTCCCCTCCCCC-C-CCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTC
* * * *
25361326 CCTCCTCTCCT-TCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCT-A
62 CCCCCTC-CCTCT-CC-CCC--TCTCCCCCCTCCCTCT
* * ** * *
25361362 CCTC-CCTTCCCC-CTTCTCTCTCCTTACCCCCC-CCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCC-CCTCC
1 CCTCTCC-TCCCCTC-CCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCT-CTTCCC-CCT-CCCCCCCTCC-CC
*** *
25361423 TCCCCCCT-CCTCTCTTACT-TCCCCTCTCCC-CT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* **
25361455 CC-C-CC-CCCCTACCC-C-CCTCCCCCCCCCCCTCCCCTCTCTCTCTACTACCCCCCTCTCCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCT-TC-CCCCT-CCCCCC-CTCCC-
* * *
25361515 CTCCCGTCCT-CCTCCCCTTCCCTCTCCCCACCTCTCCCCT
59 CTCCC-CCCTCCCTCTCC--CCCTCTCCCC-CCTC-CCTCT
* * * *
25361555 CCCTCCCCGCCCCTCCTACTTCTCCCCT-CCCTCTCTCCCCTCTTCTCTCCC-CCTCTCCCCTCT
1 -CCTCTCCTCCCCTCC--C-TCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTC-C-CCCTCC-C-CCCCTC-
*
25361618 CTGGCTTCTCCCCCCTCTACC-CTCCCCCTCT-ACCCC-CCCTAC-
57 C---C--CTCCCCCCTC--CCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * * * * *
25361660 CC-CCCCTCCCCTCCCTC-CTCTTCCCCCCCC-CCCCTCTACTCTCCCTCCCCTCCTCTACCTCT
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCT--TCCCCCTCCCCCCCTC-CCCTC-
* * *
25361722 CCCGC-CCC-CTCCCCCTCT-CCTCC-CCC-AT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
** * *
25361750 CCT-TCC-CCCC-CCC-CTCCCCTCCTCCCCCCTCCCC-C--CCTAC-CCCCTCCTCCCCTCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCC
* *
25361807 CCTCTCTC-CCCCCTCTACCCCCCTCCC-CC
65 CCTCCCTCTCCCCCTCT-CCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25361836 CCTCTCC-CCTCTCCTTCACCCC-CCTCCTCCTACCCTCTTCCCTCCTCCTCCCTCC-CCCC-CC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCC-CCC-CCTCCCCTCC
* *
25361897 CCCCTACCC-CTCCCTAGCCGC-CCCTCCTCCCCTCT
63 CCCCT-CCCTCTCCC---CCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* * * * * * *
25361932 CCCCCTCC-CCCCTTCCTCTCCTCGCCCTCCCCT-CCCTCCTCCCACCT-CCTCCCT-CCCTACC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCCCTCCCCT--C
* * *
25361993 CCCCCTCCTCCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCC-CC
62 CCCCCT-C-CCTCTCC-CCCTCTCCCCCC---TCCCTCT
* * * **
25362031 CCCCTCCT-CCC-CCCTAC-CTACCTCCCCCCCCTACCCCTC-T--CCCTACCCCCCTTCGTCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTC-CCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCTCCCCTC
* *
25362090 CCCCTCTCCCCCCTACCCTCTTCTCCCCCCCTCCC-CTT
62 CCCC-CT-CCCTCT-CCC-CCTCT-CCCCCCTCCCTC-T
* * * *
25362128 CC-C-CCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTCTCCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCC-CTCCCCC-C-CCT-CCCCT-CTTCCCCCTCCCCCCCTCCC-C
* *
25362190 TCCCCCCTCCCTCCTCCTACCCCCCTCCCCCC-CACTCCT
60 TCCCCCCTCCCT-CT-C--CCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * * * * * *
25362229 CC-CTCCTCCTTCC-CCCGCTCCTCTCCCTCTCCT-CACTCCTCCCTCTCCCCCTCCTCCCCCTC
1 CCTCTCCTCC--CCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCC-CCT-CCCCTC
* * * *
25362291 CCCTCTACCTCCCCCCCCCTCCCCCC-CCC-CT
62 CCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * ** *
25362322 -C-CTCC-CCTCTCCCTC-CCCC-CCCCCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTCTCCCCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCC-C-CTCCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCTCCCCTCC
* * * *
25362382 CCTCTCCCCCCTTCCCCTCACCCTCCCTATCCC-C-
63 CCCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCC-CCC--TCCCTCT
* ** * *
25362416 CCTCTCCTCCCTCTCCCTCT--CCT-CCCCCCCTCCCC-CCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTCT
1 CCTCTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCT-CCCCCCCT-CCCCTCC
* * *
25362477 ACCCTCCC-CCCCCCCTTCTCCCCCCTCCGCT-A
63 CCCCTCCCTCTCCCCC-TCTCCCCCCTCC-CTCT
* * * ** *
25362509 CCTCCCCCCCCCCCCCTCCTCCCC-CCCTTCCCT-CCCTCTTTCTACCTATCC-CCCCCCCTTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTC-TTC--CC---CCTCCCCCCCTCCC
**
25362571 CTCCCCCCATTACTC-CCCCCTC-CCCCTCCTCCCTCTT
59 CTCCCCCC-TCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTC-T
* * *
25362608 CCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCCCTCCCCTCCCCCTACTCTCCCCC-CGACCCT
1 -CCTCTCCTCCCCT--CC-CT-CT-CCCCT-CCCC-CCCCT-CCCCT-CT-TCCCCCTC--CCC-
* *
25362672 CACTCCCCCCTCCTCCCTCCC-CTCCCCCTC-CCCCTCCTCCCTC-
52 C-C-CTCCCCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCC-CCTCCCTCT
* * *
25362715 CCTC-CC-CCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTCGGCC-CCCCTACCCTCTACCC-CCCCCCCTCC
1 CCTCTCCTCCC-CT--CCCTCTCCCCTCCCC-C-CCCTCCCCT--CTTC-CCCCTCCCCCCCTCC
25362776 CCT--CCCCTCCCTCT-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCTCT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCT-CCC-CCCTCCCTCT
* * * **
25362812 CCCTCTTCTACCCT-CCTCGTCCCATCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTCCCCCCC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCC-CCTCC----CCTCTT--C--CCCCTCCCCCCC
*
25362876 -CTCCCTCTCCCCCTCCCCTACCCCTCCCTTCTCCCTCTCCCTCCCT-T
55 TC-CCCTC-CCCCCT-CCCT-CTCC-CCC-TCT-CC-C-CCCTCCCTCT
* *
25362923 CGCT-TCCTCCCTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCCCTCCCCCTCC-CC
1 C-CTCTCCT-CC-CCTCCCTCTCCCCTC-CCC-CCCCTCCCCT--CTTCCCCCTCCCCC-CCTCC
* * *
25362986 CCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCC-CCCCCT
58 CCTCCC-CC-CTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * * *
25363025 CTTCCTACTCCCTCTCCTTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCCTCCTCTCCCTCTCCCTACCCTCCCCT
1 CCT-CTCCTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCT-CT-TCCCCCTCCC-CCCCTCCCCT
*
25363089 CCCCCC-CCCTC-CCCTCCTCTCTTACCCCTCCC-CT
61 CCCCCCTCCCTCTCCC-CCTCTC--CCCCCTCCCTCT
*
25363123 CC-CTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCCTCCCCCTCTCCC-C--CCCCCTCTCCCCCCT
1 CCTC-TCC-TC-C-CCT-C-C-CTCTCCCCTCCC-CCCCCTC-CCCTCTTCCCCCTC-CCCCCCT
* *
25363184 CACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCTC-
56 --CC-CCTCCCCCCTCCCT-CTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25363227 CCCCTACTCTCCCC-CCCTCTCCCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTCCTACCCCTCCTCTCCCTC
1 CCTCT-C-CTCCCCTCCCTCT-CC-CCTCCC-CC--CC-CTCCCCTCTTCCCCCTCC-CCCCCT-
* * * * *
25363291 CCCCTCCCCCCCTTCGTTTCTCCCTCT--CCCCTCCCTATT
56 CCCCT-CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CT
* * ** *
25363330 CCTCCTTCCT-CCCTTCCTC-CTCCCTCCCCCTCTCTCTCCGCTCCCCCCCCTCCCCCCCT-TCC
1 CCT-C-TCCTCCCCTCCCTCTC-CCCTCCCCC-C-C-CTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCC
* * *
25363392 GCCCCCCT-CCTATCCCCC-CTCCCTCCC-CTCTCT
60 TCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * ** * * *
25363425 CCCTCTCTCTCCCTCTCCCTC-CTCCTCTCCCCCCTCTACTCCTCCTCTCTACTCCCCCT-CCCT
1 -CCTCTC-CTCCC-CTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCC-CCCT-CCCCCCCTCCCCT
* *
25363488 --CCTCTACCC-CTCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTACT
61 CCCCCCT-CCCTCTCC-CCCT-CTCCCCCCTCCCT-CT
* * * *
25363523 CTCTCTCCT-CCCT-CCTCCCCTCCTCCCCCCCCTCCTCCTCTTCTCTC-CCCCCCCTACCCT-C
1 C-CTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC
* *
25363584 CCCCT-AC-CT-CCCCTCT---CTCTCCCT-T
63 CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * *
25363609 CCTC-CCTCCCCTCCCTTCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCTCCCTTCCCTCT-CCTCCCTCCCCT-C
1 CCTCTCCTCCCCTCCC-TCTCCCCTCCCCC-CCCTCCC-CTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCC
*
25363671 CCCC-CCCTCTCCCTC-CTCCCCCCTACCCTCT
63 CCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCT-CCCTCT
* ** *
25363702 CCTCTCCTCTTCCC-CCCTCCCTCCTCTCTCCCCTCCCTACCCCTCTTTCCCCC-CCCTACCTCT
1 CCTCTCCTC--CCCTCCCT--CTCC-C-CTCCCCCCCCT-CCCCTC-TTCCCCCTCCCCCCCTCC
**** *
25363765 CCTTTTTCCTCCC-CTCCCCCTCCCCCTCCCT-CC-CT
58 CCTCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC-CCCTCCCTCT
* * ** * *
25363800 CCTGTCC-CCCC-CCC-CTCCTCC-CCCTCCCCTCCCC-C-TCCCTTTACTCCCCTCCCCTTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCC-CCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCC-TCCC
*
25363859 CCC-CCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCCCCCACCTCT
64 CCCTCCCTCT-C-CCCC-T-CTCCCCCCTC-CCTCT
** * * * *
25363894 CCTCTTTATCACCCCCCCT-TACCCCCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCACCCCCCCCGC
1 CCTC-TCCTC-CCCTCCCTCT-CCCCTCCCC--C-CC-CTCC-CC-T--CTTCC-CCCTCCCC-C
* * *
25363958 CCTCCCCTCCCCCCCTTCCTCT-CCCCTCTCTCCCCTACCTCT
53 CCTCCCCT-CCCCCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
* * * * *
25364000 CCTCTCCCCCCCTCCC-C-CCCC-CCCCTCTCATCCCCCCTTACTCCCT-CCCCCC-CCCCTCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCTCTT-CCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCC
** * *
25364060 CTTTTTCCTCT-CCCCTC-CCTCTCCTCCGC-C-
64 C-CCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCC-CTCT
* * * *
25364090 CCTGTCC-CCCCTCTCTTTCCCC-CCCTCCTCCC-CCTCCTCTTCTCCCCCCCCCTCCCTCCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCC-CC-CCCTCC-CCTCTTC-CCCCTCCCC-CCCTCC-CC
* *
25364152 TCCTTCTCCCCCCCCCTCCCCC-CGTCCTCCTACCTACCC-CT
60 TCC--C-CCCTCCCTCTCCCCCTC-TCC-CC--CCT-CCCTCT
* * * * *
25364193 ACCT-TCC-CCCTTCTCTCACCCC-CCCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCCC-CCCTCTC
1 -CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCC-CCTCTTCCCCCTC-CCCCCCTCCC-CT-
* *
25364254 CCCCCCTCCCTC-CTCCCCTC-CTCCTCCTACCCCCT
61 CCCCCCTCCCTCTC-CCCCTCTC-CCCCCT-CCCTCT
* * * *
25364289 ACTCTCCCTCCCCCTTCCCTCTCCCCT-CCCTCTCTCCCCTC--CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCT
1 CCTCT-CCT-CCCC-TCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCC-CCTCCCCCC-CTCCCCT
** *
25364351 CCCCCCTCCCCTCTCCTCCC-CTATCCCCTCCC-CC
61 CCCCCCT-CCCTCTCC-CCCTCTCCCCCCTCCCTCT
25364385 CCTC-CTCTCCCCTCCC-C-CCCCT--CCCCCC-CCCC-C-TCCCCCTCCCCCCCTC
1 CCTCTC-CTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTC
25364434 TCTCCTCTAA
Statistics
Matches: 5646, Mismatches: 1015, Indels: 2100
0.64 0.12 0.24
Matches are distributed among these distances:
82 13 0.00
83 50 0.01
84 50 0.01
85 47 0.01
86 82 0.01
87 122 0.02
88 137 0.02
89 133 0.02
90 136 0.02
91 266 0.05
92 228 0.04
93 267 0.05
94 367 0.07
95 318 0.06
96 347 0.06
97 401 0.07
98 446 0.08
99 400 0.07
100 286 0.05
101 282 0.05
102 179 0.03
103 204 0.04
104 197 0.03
105 149 0.03
106 146 0.03
107 86 0.02
108 46 0.01
109 87 0.02
110 40 0.01
111 38 0.01
112 49 0.01
113 14 0.00
114 27 0.00
115 6 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (94 bp):
CCTCTCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCTCCCCTCCCCC
CTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
Found at i:25357086 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 25356591--25358176 Score: 452
Period size: 133 Copynumber: 11.9 Consensus size: 134
25356581 CTTCTCCTTT
* *
25356591 CCTCTCC-CCCCT-CCCCCCCTCCTC-CCTCCTACCT-TACCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCC-C
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCT-CCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
* * *
25356651 TCC-CCCC-CCCTC-CCTCCCCTCTAACCCCC-CCCTCTGCCTCCCCCTACCTCCCTCCCCCTCT
65 TCCTCCCCACCCTCTCC-CCCC-C--CCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCT-CC-CCCTCCCCC-C-
* *
25356712 CTCTA--CTCCTC
122 CTCTACCCCCCCC
* * * * *
25356723 CCTCTTC-CCCCTCCCCCCCC-CTCCC-CCTCCTACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCC-CCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC-CCCACCTCCT-CCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCC-CC
* * * * *
25356784 TCT--TCCCC-CTCCTC-CTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCC-CTCCCCCC
63 TCTCCTCCCCAC-CCTCTC-CCCCCCCCCCCCTCCC-TC-TACTTCCCCCTCCCCCTC-CCCCCC
* *
25356844 TCTACTCCCCTC
123 TCTACCCCCCCC
*
25356856 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCC-ACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
*
25356921 TCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CT-CTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCTA
65 TCCTCCCC--ACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT-CTA
25356984 CCCCTCCCC
127 CCCC-CCCC
*
25356993 CCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCT-CCC-CCTCC-CCCTC-CCCCCTACTCCCCCCT-CCTACCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCC-CCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCT-CTCCCCCCTCCCT-CCCC
*
25357053 TTTCCTCCCC-CCC-CTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCC-CCCCCT---CCCC
63 TCTCCTCCCCACCCTCT-CCCCCCCC--CC-CCCTCCC-TCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCC
25357112 TCT---CCCCCC
123 TCTACCCCCCCC
* * * * * *
25357121 CCTCCCCTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCCC-CCC-CCCC
1 CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCACCTCCTCCCTCT-CCC-CCTCTCCCCCCTCCCTCCCC
* * * * * *
25357183 TC-CCTACTC-CCCT-TCCCCCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCC-CCCTCC-CCCCCCCTC
63 TCTCCTCCCCACCCTCTCCCCC-CCCCCCCCTCCCTCT-ACTTCCCCCTCCC-CCTCCCCCCCTC
25357243 T-CCCCCCCTC
125 TACCCCCCC-C
*
25357253 CCTC-CCTCTCCCTCTCCCCCCC-CCCTTC-CCCCCT-CCTCT-CCCCTC-CCTCCTCC-CCCTC
1 CCTCTCCTC-CCCTC-CCCCCCCTCCC--CACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CC-CCTCCCTC
* * * *
25357311 CCC-CTACT-CCC-CCC-C-CCTCCCCCCTCCCTCCCTCT-CCTCCCCCT---CCTCCCCCCCTC
60 CCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTC
*
25357367 TTCTCCCTCCTCC
125 TAC-CCC-CC-CC
*
25357380 CCGTCTCC-CCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCA-C-CCTCCCTC-CCCTCCT-TCCCTCTCC-CCCC
1 CC-TCTCCTCCCCTC-CCCCC-CCTCC-CCACCTCCTCCCTCTCCC-CCTCTCCC-C-CCTCCCT
* * * ** * * ** *
25357439 CCCCTCTCC-CCCCTCCC-C-CCCCCCTCCCCCCTCCCT-TCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCT
59 CCCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
*
25357500 -TACCTCCCTACC
124 CTACC-CCC-CCC
* * * * *
25357512 CCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCC-CTTCGCT-CCTCTCCCCTTC-CCCCCCCCCCT-CCC
1 CCT-CTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCCCCACCTC-CTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCC
* * *
25357573 TCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCT-CCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCCCT
63 TCTCCT--CCCCACCC-T--C-TCCC-CC-CCCC-CCCCTCCCTCT-ACTTCCCCCTC--CCCCT
*
25357637 CCCCCCC-CT-CTCCCCCC
116 CCCCCCCTCTACCCCCCCC
* * *
25357654 CC-CTCCTCCCCTCCTCCCCCCTTCCCCTCC-CCT-CCTCT-CTCCTC-CCCCTCTCCC-CCTCC
1 CCTCTCCTCCCCTCC-CCCCCC-TCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCC-CC
* ** * *** **
25357713 TC-CC-CCCCCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCT-CCTCCTAC--CCCTCTCCCCCTCCTTACCTCCC
63 TCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCT-CTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCTA
25357773 CCCCCCCC
127 CCCCCCCC
* * * *
25357781 CCTCT-CTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTC-CTCCTCTCCCC
1 CCTCTCCTC-CCCTCCC-CC-CCC-T-CCCCACCTCCTCCCT-CTC-CCCCTCTCCCCCCT-CCC
* * *
25357844 TACCCCCTCTTCC-CCCCCCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCT-CTCCCCCCTCC
58 T--CCCCTC-TCCTCCCCACCC-TCTCCC-C-CCC--C-CC-CCCT-CCCTCTACTTCCCCCTCC
* *
25357907 TCC-CCTCCCCTCT-CCCCCACCC
112 CCCTCCCCCCCTCTACCCCC-CCC
* * *
25357929 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCC-CTCCCCTCTC
1 CCTCT-CCT-CCCCT-CCC-C-CCCCT-CC-CCACCT-C-CTCCCT-CTCCCCCTCTCCCC-C-C
* * * * *
25357993 TCCCCCCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCTCCCCCT--CTC--CTTCTCCCT-CCCCTCCC
54 TCCCTCCCCTCTCCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCC
*
25358052 CCCCCCT-CCCCCCCC
119 CCCCTCTACCCCCCCC
* * * *
25358067 CC-C-CC-CCCCTACTCCCCCCT-CCTACGT-CTCCCTC-CTCCCCTCCCCCCCCT-CCT-CCCT
1 CCTCTCCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTC-CCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCT
* * * *
25358124 TTCC-CTCC-CCCTCTACCTCCCTACCCCCCCCT-CCTCT-CCTCCTCCTCCCCCTC
64 CTCCTCCCCACCCTCT-CC-CCC--CCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTC
25358177 TATTCTCCCC
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 143, Indels: 359
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
120 8 0.01
121 8 0.01
122 5 0.00
123 5 0.00
124 24 0.02
125 25 0.02
126 40 0.04
127 52 0.05
128 63 0.06
129 67 0.06
130 54 0.05
131 71 0.06
132 81 0.07
133 97 0.09
134 94 0.08
135 84 0.07
136 34 0.03
137 37 0.03
138 17 0.01
139 57 0.05
140 41 0.04
141 18 0.02
142 12 0.01
143 17 0.01
144 3 0.00
145 10 0.01
146 2 0.00
147 13 0.01
148 17 0.01
149 16 0.01
150 14 0.01
151 25 0.02
152 9 0.01
153 12 0.01
154 2 0.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (134 bp):
CCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCTCT
CCTCCCCACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCTCTACTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCTACCCC
CCCC
Found at i:25357132 original size:113 final size:108
Alignment explanation
Indices: 25356639--25358134 Score: 171
Period size: 106 Copynumber: 13.9 Consensus size: 108
25356629 CCCTCTCCCC
* *
25356639 CCTCCCTCCCCCT-CCCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTCCCCCTACCTCCC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCC-CCCTCCCCTCT--CCCCCCCCTC-CCCTCCCCCT-CC-CCC
* * * *
25356703 TCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCTTCCCC-CT-C-CCCCCCCCTCCCCCTCCTA
60 TCCCCC-CTCTC--C-CC-CCC-CTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25356755 CC-CCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCT-TCCCCCTCCT--CCTCCCCTCTCCCCCTCCC
1 CCTCCCTCCCCCTA-CTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCC-CTCCCCCTCCC
** * ** *
25356816 TTCTTTCCTACCCCT-CCCC---CCTCCCCCCTCTACTCCCCTCCCTCT
64 CCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCC-C--CTCCCCCCCCT-T
** * *
25356861 CCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCTCCTCTCCT-
1 CCT-CCCTCCCCCTACT-CCC--CC-CC-CCCTC-CCCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCC-C-CCTC
*
25356925 CCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-CCCCTCTTCC-CCCTCCCCCT-CCCCCCC-T
56 CCCCT--CCC-C-CCTCTCCCCCCCCTACCCCT-TTCCTCCC-CCCCCTCCCCCCCCTT
* * * **
25356980 CCTACCCCTCCCCCCT-CTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCC-CCTACTCCCCC
1 CCT--CCCT-CCCCCTACTC--CCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCCTCCCCTCCCCCT-CCCC
** * * * **
25357043 CTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCC-CCCCT-TCCTCCCTCCCTTCTACTT
59 CTCC--CCCC--T-CTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCC-CCCCCTT
* * *
25357097 CC-CCC-CCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCT-CCC-CTCCCCCCCC-CCCCTCCCCCTCCTCCT-CC
1 CCTCCCTCCCCCT--ACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25357156 CCCT-ACCCTCCCCTACGCCC---CC-CCCCCTCCCT-ACTCCCCTT
64 CCCTCTCCCCCCCCTAC-CCCTTTCCTCCCCC-CCCTCCCCCCCCTT
* * *
25357197 CC-CCCTACCCCC-CCTCCCCCTCCCCTCCCC-C-CCCTCCCCC-CCCCT-CTCC-CCCCCTCCC
1 CCTCCCT-CCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25357255 TCCCTCTCCCTCTCCCC-CCCCCCTTCC-CCCCTCCTCTCCCCTCCC-T
64 -CCCTCTCCC-C-CCCCTACCCCTTTCCTCCCC-CCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25357301 CCTCCCCCTCCCCCTACT-CCCCCCCCCTCCCCCCT-CCCTCCCTCTCCTCCCCCT-CCTC-CCC
1 CCT--CCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25357362 CCCTCTTCTCCCTCCT-CCCC-GT-CT--CCCCCCT-CTCCCCC-T
64 CCCTC-TCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25357401 CCT-CCTCCACCCT-C-CCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCC-CCTCTCCCCC-CTCCCC-CCC
1 CCTCCCTCC-CCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTC-CCCCTCCC
* * ** * ** *
25357460 CCCTC-CCCCCTCCCT--TCC-TTCTTCTTCTCCCT-CTTCTCCTT
64 CCCTCTCCCCC-CCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* *
25357501 ACCTCCCTACCCCTA---CCCCCCCCCTCCCC-CTCCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCC
1 -CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCC-CCCCC-TC-C-CCTC-CCCCTCCCCC
* * * * *
25357562 -CCCCCC-CTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCCCCTCCCCTC
60 TCCCCCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCC-TCCC--CCC-CCTCCCC-CCCCTT
* * *
25357614 CTCTCCCCTCCCCCT-CTTCCCCTCCCC-CCCCTCTCCCCCCCC-CTCCT-CCCCT---CCTCCC
1 C-CT-CCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCC
* * * *
25357672 CCCT-TCCCCTCCCCT-CCTCTCTCCT-CCCCCTCTCCCCCTCC-T
64 CCCTCTCCCC-CCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * *
25357714 CC-CCCCCCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCCTCTCCCCCTCCTTACCTCCCCC-CC
1 CCTCCCTCCCCCT-AC-TCCCCCCCCCCTCC-CCT-CTCC-C-CCCCCTCC---CCTCCCCCTCC
* * * * *
25357777 CCC-CCCTCTCTCTCCCTCCCTCCT--CCCGTACC-CCCCCCCCTCCCTCCTC-T
57 CCCTCCC-CCCTCTCCC-CCC-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * *
25357827 -C-CCCTCCTCCT-CTCCCCTACCCCCTCTTCC-C-CCCCCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCC-CCCCCCTC-CCCTCTCCCCCCCCT-CCCCTC-CCC--CTCC-CC
* * * *
25357887 CTCCCCTCTCTCCCCCCTCCT-CCCC--TCC-CCTCTCCC-CCACCCCCTT
59 CTCCCCCCTCTCCCCCC-CCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
* * * * *
25357933 --TCCCTCCCCCTAC-CCTCTCCCCTCCCTCCCC-CTACTCTCTCTCCTC-CCCCCTCCCCTCTC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCC-C-CCCC-CCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCC-CTC
* * ***
25357993 TCCCC-C-CCCTCCCCT-CCCCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCTT
62 CCCCCTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCC-C-CCTT
* *
25358038 -CTCCCT-CCCCT-C-CCCCCCCCTCC-CCCCCCCCCCCCCCCTACTCCC-CCCTCCTACGTCTC
1 CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCC-CCTCCCCTCTCCCCCCCCT-C-CCCTCCC-CCT-C--C-C
* *
25358097 CCTCCTCCC-CTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCCCC
58 CCTCCCCCCTCTCCCCCCCCTAC-CCCTTT-CCTCCCCC
25358135 TCTACCTCCC
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 181, Indels: 365
0.65 0.12 0.23
Matches are distributed among these distances:
96 7 0.01
97 40 0.04
98 26 0.03
99 37 0.04
100 71 0.07
101 38 0.04
102 68 0.07
103 38 0.04
104 37 0.04
105 71 0.07
106 72 0.07
107 59 0.06
108 62 0.06
109 42 0.04
110 36 0.04
111 20 0.02
112 33 0.03
113 57 0.06
114 30 0.03
115 35 0.03
116 44 0.04
117 36 0.04
118 4 0.00
119 11 0.01
120 7 0.01
121 26 0.03
122 2 0.00
124 4 0.00
125 5 0.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (108 bp):
CCTCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCC
CTCTCCCCCCCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCTT
Found at i:25357201 original size:126 final size:122
Alignment explanation
Indices: 25356628--25359205 Score: 617
Period size: 127 Copynumber: 20.3 Consensus size: 122
25356618 CCTACCTTAC
* * * *
25356628 CCCCTCTCCCCCCTCCCTCCCCCTCC-CC-CCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTC---CCTCCTCC-C--CCTC
* * * * *
25356691 CCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCTACTCCTCCCTCT--TCCCCCTCCCCCCCC-CTCCCCCTCC
60 CCCCTA-CTCCCCCCCCCCCTCCCT-C-CCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCC
25356753 T
122 T
** * * *
25356754 ACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCT-CCTCCTC-CCCT-CTCCCCCTCCC
1 --CCCC-TCCCC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
* * * * * *
25356816 TTCT-TTCCTACCCCTCCC-CCCTCCC-CCCTCTACTCCCCTCCCTCTCCTCCC-CTCCCCCCCC
62 -CCTACTCC-CCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCC-CCC-C-CCCCCCTCTCCCCCCCC
25356877 T
122 T
* * * * * **
25356878 CCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCT-CT-C-CCCCCTCCCTCTCCT--CTCCT-CCCCTAACCCT-
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCTA
* * *
25356936 CTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CTCTTCC-C-CCTCCCCCTCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCT
66 CT-CCC-CCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCC-CCCCCCC-CCT-CTCC-CCCCCCT
* * * * *
25356996 CTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCC-CTACT-CCC-CCCTCCTACCCCTTTCC
1 CCCCTCCCC-CCCC-CCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTC-CCTCCCCTCCCTCCT-CCCC-CTCC
* * *
25357058 TCCC--CCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCCCCCCCTCCCCTCTCCCCCC
61 -CCCTACTCCC--CCCCCCCCTCCCTCCCTCCC-TCT-CCTCCCCCCCCCC-CCCCTCTCCCCCC
25357121 CCT
120 CCT
*
25357124 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCC-CC-CCCCC-CTCC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCT-C-CCTCCTCCCCCTCCCC
** * * *
25357186 CTACTCCCCTTCCCCCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCC
63 CTACTCCCCCCCCCCCT-CCCTCCCT--CCCTCTCCT-CCCCCCC-CCCCCCCTCTC-CCCCCCC
25357251 T
122 T
* *
25357252 -CCCTCCCTCTCCCTCTCCC-CCCCC-CCTTC-CCCCCTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
1 CCCCTCCC-C-CCC-CCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCC-CTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCC
* * *
25357313 CCTACTCCCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCT
62 CCTACTCCCCCCCCC-CCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCC-CC-CCCCCCCTC-TCCCCCCCCT
* * * *
25357378 CCCCGT--CTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCC
1 CCCC-TCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCC-CCCTCCCTCCCCTCCCT-CCTC-CCCCTCCC
* ** * * *
25357441 CCT-CTCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCC-CCCTC-CCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTAC
62 CCTACT-CCCCC-CCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCC-TCC--C--CCCCCCCCCCCTCTCC---C
*
25357503 CTCCCT
117 CCCCCT
* * * * *
25357509 ACCCCT--ACCCCCCCCCTCCCCCT-C-CCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCC-CTTCCCCCCCCCCC
1 -CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCC-TCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC
* * ** * * *
25357569 TCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCC-CTCCTCCCCTCCCCTCCTCTCCC-CTCCCCCTCTT
64 T-ACTCCCCCCCCCCCTCCC-TCCCTCCCTCTCCTCCCC-CCCC-CC-C-CCCTCTCCCCCCCCT
* *
25357632 CCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCCTCCC-CCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTCC
1 CCCCTCCCCCCCC-C-CCCTCCCCCTCCT--CCTCC-CCCTCCC-TCCCCT-CCCTCCTC-CCCC
* * * *
25357696 TCCCCCT-CTCCCCCTCCTCC-CCC-CCC-CCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCCTCTC
58 TCCCCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCC-CC-CCT-CTCC-C-C
25357757 CCCCT
118 CCCCT
*
25357762 CCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACC-CCCCCCCCTCCCTCCTC
1 CC---CCT--CCCCCCCCCCC-CTC-C-CCCT-CCTCCTCCC---CCTCCCTCCCCTCCCTCCTC
* ** * * * * **
25357826 TCCCCTCCTCCT-CTCCCCTACCCCCT-CTTCCC-CCC-CCCCTTCCCCCTCTCCCTTCTCCTCC
54 -CCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCC-TCCCCCCCCCCCCCCT-CTCC
*
25357887 CTCCCCT
116 CCCCCCT
* * * *
25357894 -CTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCC
1 CCCCTCCCCCC-CC-CCCCTCCCC-CTCCTCCTCCCCC--TCCCT-CCCCT-CCCTC-CTCC-CC
* * * *
25357958 CTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCC
57 CTCCCCCTACTC-C-C-CC-CCCCCCT-CCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCC
25358022 CCCTCC-
117 CCC-CCT
* * * * *
25358028 CCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCC-CC-CCTCCCCC-CCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCT
1 CCC-CTCC--CCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCT-CCCCCTCC-
* * * ** * *
25358090 ACGTCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCT-CCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTACCTCCCT-ACCCCC
61 -C-CCT-ACTCC-CCCC-CCCCCTCCCTCCCTCCCTCT-CCTCCCCC-CCCCCCCCCTCTCCCCC
25358152 CCCT
119 CCCT
* * ** * * *
25358156 CCTCTCCTCCTCCTCCCCCT--CTATTCTCC-CCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCT
1 CCCCTCC-CC-CCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCC-CCTCCCT-CCCCTCCC-TCCTCCCCCTC-
* * ** * * *
25358218 TCTCTACCTCCTCCCTTACCCCT-CCTCCCT-CCT-TCCT---TCCCCCCCCTCTCT-CCCTCCC
60 CCCCTA-CTCC-CCC-CCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCC
25358276 T
122 T
* * ** * * *
25358277 CCCCGTCCCCCCTCCTCCT-CTTC-CCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCCCTCCCCCC
1 CCCC-TCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCT-CCCCC
* * *
25358339 TCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCCCC
64 TACTCCC-CCC-CCCCCTCCCTCCCTCC-CTCT-CCT-C-C-CCCCCCCCCC--CCTCTCCCCCC
25358404 TCCT
120 -CCT
* * * *
25358408 CCCC-CCCGCCTCCCTCCCTCCCCCT-C-CCTCTCCCTTCCC-CTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCT
1 CCCCTCCC-CC-CCCCCCCTCCCCCTCCTCCTC-CCCCTCCCTC-CCCTCC-CTCCTCCCCCTCC
* * * * * *
25358469 CCCTCCTCTCCTCCCCCCT-CCT-CCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCTCCCCT
61 CCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCC-TCT--CCTCCCCC-C-C--CCCCCCCTCTCCCCC
25358532 CCCT
119 CCCT
* * * *
25358536 CCTCCTCCCCCTCTCCCCT-ACCCTACACCCCTCCCCCTCCC-CTCCC-CCCTCCCTCCCCCTCC
1 CC-CCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCT-C-CTCCTCCCCCTCCCTC-CCCTCCCT-CCTCCCCCTCC
* * *
25358598 CCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCTCCCCCT
61 CCCTACT-CCCCCCCC--CCCTCC--CTCCCTCC--CTCTCCTCC----CCC--CC-CCCCCCCT
***
25358663 CTCCCCCTATTT
112 CTCCCCC-CCCT
* * * *
25358675 CCCTCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCC-CCT--CCCTACCCT-CTCTCCCTCTCTTCCCCC-CC
1 CCC-CTC-CCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCTCCCTC-C-TCCCCCTCC
* * * * *
25358735 TCCTACTTCCCCCCCCCCTCTC-CCCTCTCC-CTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTC-CCCCCCTCCT
61 CCCTACTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTC-CCTCTCCTCC-CCCCCCCCCCCCTCTCCCCCC-CCT
** *
25358797 CTTCCC-CCTCCCTCCCCCCCTCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCC-CCTCCCCTC
1 C--CCCTCC-CCC-CCCCCCCTCCCCCTCCTC-CTCCCC-CTCCCTC-CCCTCCCTCCTCCCC-C
* * * * * *
25358860 TCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCT-TCTCCC-CCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCC
58 T--CC-CCCTA-CT-CCC-CCCCCCCCT-CCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCC
25358923 CCCCCCT
116 CCCCCCT
* * * * * *
25358930 -CCCT-CCTCCCCTCCC-CCCCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCT-ACTCC-CCCCTTCCCCCT
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCT-CCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCT
* * *
25358990 -C-CCTACCCCTCCCT--CTCCCTCCC-CT-CTCCCCCCTCCCCCCCCT-TCTCCCCCCT
65 ACTCC-CCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCC-CCCCCCCCTCTCCCCCCCCT
** * * * *
25359043 CCCC-CCCTACCCCTCCTCCCCCTCC-CCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCT-CCCCTCCCTC
1 CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCC-CCCTCCCTC-CCCTCCCTCCTCCCCCT-CC-C
* * *
25359105 TCCTAC-CCCCCCCCCCCTCTCCCCCCT-CCTAC-CCTTCCTCCCCTCCCCCCCTC-CCCTCTCC
62 -CCTACTCCCCCCCCCCCTC-CCTCCCTCCCT-CTCC-TCC-CCCCCCCCCCCCTCTCCC-CCCC
25359166 CT
121 CT
* * *
25359168 ACCCTCCCCCCTCCTCCCT-CCTCTCCTCCT-CCCCTCCC
1 CCCCTCCCCCC-CCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCC
25359206 CCTCCTCTCT
Statistics
Matches: 1819, Mismatches: 336, Indels: 593
0.66 0.12 0.22
Matches are distributed among these distances:
113 18 0.01
114 35 0.02
115 19 0.01
116 37 0.02
117 45 0.02
118 30 0.02
119 31 0.02
120 48 0.03
121 39 0.02
122 43 0.02
123 54 0.03
124 54 0.03
125 77 0.04
126 185 0.10
127 212 0.12
128 187 0.10
129 135 0.07
130 105 0.06
131 98 0.05
132 44 0.02
133 58 0.03
134 47 0.03
135 67 0.04
136 70 0.04
137 30 0.02
138 26 0.01
139 11 0.01
140 10 0.01
141 4 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (122 bp):
CCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTCCCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCTA
CTCCCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCCT
Found at i:25357332 original size:301 final size:306
Alignment explanation
Indices: 25356785--25357364 Score: 678
Period size: 307 Copynumber: 1.9 Consensus size: 306
25356775 TCCCCCTCCT
* * *
25356785 CTTCCCCCTCCTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCCCCCCTCTACT
1 CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTC-TCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTACT
* * * *
25356850 CCCCTCCCTCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCT
65 CCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCT
* * *
25356915 CTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
130 CTCCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCT
* *
25356980 CCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCCTACTCC-CCC-
195 CCTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCT-C-CCTCCCT
*
25357043 CTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
258 CTCCT-CCCC-CTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
* *
25357094 CTTCCCCC-CCCCCTCCCCTCTCCCCC-CCC-TC-CCCTCCCCCCCCCCCCT-CCCCCTCCTCCT
1 CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCT-CTACT
*
25357154 CCCCCTACCCTCCCCTACGCC-CCCCCCCCT-CCCTACTCCCCTTCCCCCTACCCCCCCT-CCCC
65 -CCCCT-CCCTCCCCT-CCCCTCCCCCCCCTCCCCTAC-CCCC-TCCCCCT-CCCCCCCTCCCCC
**
25357216 CTCCC-CTCCCCCCCCTCCCC-CCCCCTCTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCCCTC-TCCCCC-CCCC
124 CTCCCTCT-CCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCC-CCC-CCCTC-CCCTCTTCCCCCTCCCC
* * * *
25357277 CTTCCCCCCTCCT-CTCC-CCTCCCTC-CTCCCCCTCCCC-CTACT-CCCC-CCCCCTCCCCCCT
185 CTCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCT
25357336 CCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCC
250 CCCTCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCC
25357365 TCTTCTCCCT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 22, Indels: 36
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
299 13 0.06
300 8 0.03
301 18 0.08
302 4 0.02
303 9 0.04
304 29 0.12
305 18 0.08
306 39 0.17
307 50 0.21
308 35 0.15
309 13 0.06
ACGTcount: A:0.03, C:0.75, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (306 bp):
CTTCCCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTCCCTACCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTACTC
CCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTACCCCCTCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTC
TCCCCCCCTCCCCTAACCCTCTCCCCCCCCCCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCCTC
CTACCCCTCCCCCCTCTCTCCCCCTCCCCGCCACTCCCCCTCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTC
CTCCCCCTCCTCCCCCCCCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTA
Found at i:25358017 original size:100 final size:95
Alignment explanation
Indices: 25356627--25358089 Score: 173
Period size: 97 Copynumber: 15.1 Consensus size: 95
25356617 TCCTACCTTA
* *
25356627 CCCCCT-CTCCCCCCTCCCTCCCCCTCC-CCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCC-CCCCCTCTGCC
1 CCCCCTCCTCCCCCC-CCCTCCCCC-CCACCCCCTCTCCCTCCCC-CT-ACCCTCCCCC-C-CCC
* **
25356689 TCCCCCTAC-CTCCCTCC-CCCTCTCTCTACTC-CTC
60 TCCCCCTACTCTCCCTCCTCCC-CCCTCCCCTCTCTC
* *** *
25356723 CCTCTTCCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCTCCTACCCCCT-TCCC-CTATCTCCCCTCCCCCTCCTC
1 CC-C--CCTCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CC-ACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCC-CC-C
* * * *
25356786 TTCCCCCT-C-CTCCTCCCCTCTCCCCCTCCCTTCTTTC
59 CTCCCCCTACTCTCC-CTCCTC-CCCCCTCCCCTCTCTC
** * * * * * *
25356823 CTACC-CCTCCCCCCTCC-CCCCTCTACTCCC-CTCCCT-CTCCTCCCCT-CCCCCCCCT-CCCC
1 CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCCCCCCTCCCCC
*
25356882 TACCTCCTCCCT-CTCCCCCTCTCCCCCCTC-C
66 TA-CT-CTCCCTCCTCCCCC-CTCCCCTCTCTC
* * *
25356913 CTCTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCC-CCCCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCC
1 C-C-CC-CTCCTCCCC---CCCCCTCCCC-CCCACCCCCTCTCC-C-TCCCCCT-ACCCTCCCCC
* * *
25356977 CCTCCTACCCCT-C-CCCCCTCTCTTCCCCTCC-CCGCCCCTC-C
56 CC-CCTCCCCCTACTCTCCCTC-C-TCCCC-CCTCC-CCTCTCTC
* ** * *
25357018 CCCTCCCCCTCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCC-CCCCCTACCCCCCCCTTCCT
1 CCC-CCTCCTCCCCCCCCCT-CCCCC-CC-ACCCC-CT-CTCCCTCCCCCTACCCTCCCC--CC-
*
25357082 CCCTCCCTTCTACT-T-CC-CC-CCCCCCT-CCC-CTCTC
57 CCCTCCC-CCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* *
25357116 CCCCC-CCTCCCCTCCCCC-CCCCCCCTCCCCCTC-CTCCTCCCCCTACCCTCCCCTACGCCCCC
1 CCCCCTCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTC-CCTCCCCCTACCCTCCCC--C-CCCCT
* * *
25357178 CCCCCT-CCCTACTCC-CCTTCCCCCTACCCC-CCCTC
61 CCCCCTACTCT-C-CCTCCTCCCCCCT-CCCCTCTCTC
* * * * * *
25357213 CCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCCCC
1 CCCC-CTCCT-CCCCCCC-CCTCCCCCC-CACCCCCTCTCCCTCCCCCTACC-CT-CCCCCCCCC
* *
25357278 TTCCCCCCTCCTCT-CC-CCTCCCTCCT-CCC-C-CT-
60 -T-CCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* * * *
25357310 CCCCCTACTCCCCCCCCCTCCCCCCTC-CCTCCCTCT-CCTCCCCCT--CCTCCCCCCCTCTTCT
1 CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCC-CACC-CCCTCTCCCTCCCCCTACCCT-CCCCCCCCCTCC
*
25357371 CCCTCCTC-CCCGT-CTCCCCCCTCTCCCCCTCCTCCTC
63 CCCTACTCTCCC-TCCT-CCCCC-CT-CCCCT-CT-CTC
* * * *
25357408 CACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCC-CCCCCTCTCCC-CCCTCC-CCCCCCCCTCCCCCC
1 CCCCCT-CCTCCCC-CC--CCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCC-CCTACCCTCCC-CCCCCC
* * * * *
25357470 TCCCTTCCT--TCT-TCTTCTCCCTCTTCTCCT-TACCTC
60 TCCC--CCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCT--CTC
* * * * *
25357506 CCTACC-CCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCT-TCGCT-CCTCTCCCCTTCCCCCCCCC-
1 CC-CCCTCCT-CCCCCCCCCT-CCCC-CCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCC-TCCCCCCCCCT
*
25357567 CCTCCCT-CTCCTACCC-CCTCCCTTCCCTTCCCTC-CTC
61 CC-CCCTACT-CT-CCCTCCTCCC--CCCTCCCCTCTCTC
* * * ** *
25357604 CCCTCC-CCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCCCTC-CCC-CCCCTCT-CCC-CCCCCCTCCT-CC
1 CCC-CCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCC-CTACCCTCCCCCCCCCTCCC
*
25357663 CCT-C-CTCCCCCCTTCCCCTCC-CCTCCTCTCTC
64 CCTACTCTCCCTCC-TCCCC-CCTCC-CCTCTCTC
* * *
25357695 CTCCC-CCTCTCCCCCTCCTCCCCCCC-CCCCTCTCTTCC-CCCCC--CCCTCCTCCTACCCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCACCCC-CTCTCCCTCCCCCTACCCTCC-CC--CCCC-C
* * * *
25357755 TCCCCCTCCT-TACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTC
60 TCCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCC-CTCTCTC
*** * * * * *
25357791 CCTCCCTCCTCCCGTACCC-CCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTT
1 CC-CCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCC-CCTCT-CCCTCC-CC-CTACCCTCCCCCCCCCT
*
25357855 CCCCC--C-C-CCCT--TCCCCCTCTCCCTTCTCCTC
61 CCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCC-CTCCCCTCT-CTC
* * * * * * * *
25357886 CCTCC-CCTCTCTCCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCTACCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCACCCC-CTCTCCCTCCCCC-TACCCTCCCCC-CCCCTC
* * * *
25357950 TCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCC-C-CTC
62 -CCCCT-ACTCTCCCT-C-CTCCCCCCTCCCCTCTCTC
* *
25357986 CCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCC-CCTCCC-C-CCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCC
1 CCC-C-CTCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCCACC-CCCTCTCCCTCCCCCTAC-CC-TC-CCCCCCC
* * *
25358047 CTCCCCC-CCCCTCCC-CC-CCCCCC-CCCCCCTACTC
59 CTCCCCCTACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCT-CTC
25358081 CCCCCTCCT
1 CCCCCTCCT
25358090 ACGTCTCCCT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 159, Indels: 371
0.66 0.10 0.24
Matches are distributed among these distances:
88 11 0.01
89 13 0.01
90 46 0.04
91 49 0.05
92 47 0.05
93 72 0.07
94 57 0.06
95 83 0.08
96 65 0.06
97 101 0.10
98 84 0.08
99 68 0.07
100 79 0.08
101 60 0.06
102 68 0.07
103 61 0.06
104 33 0.03
105 21 0.02
106 6 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.74, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (95 bp):
CCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCTCTCCCTCCCCCTACCCTCCCCCCCCCTCCCCC
TACTCTCCCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTC
Found at i:25358056 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 25356861--25359230 Score: 479
Period size: 60 Copynumber: 39.1 Consensus size: 58
25356851 CCCTCCCTCT
* ** * *
25356861 CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCC-CCCCTCCCTCTCCTCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCC-CCCTCC-CCCTCTCCTTCTC-CCTCCCCTCCC-C-CCCCC
* * * *
25356922 CCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCC-CTCCC-CT-CTTCCCCCTCCCC-CTCCCCCCCT
1 CCTCCCCT--CCC-CCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTC-CCCCCCCC
* ** *
25356980 CCTACCCCT-CCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-C-CC-TCCCCCTCCCCCTCCCCCCTACTCC
1 CCT-CCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCC-CTCTCCTTCTCCCT-CCCCTCCCCCC--C-CC
***
25357040 CC-CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTACCCCC-C-CCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCC
1 CCTCC-CCT-CCCCCCCCCT-CCCCCCCT-CCCCCTCTCCTT-CTCCCTCCC--CT-C--CCCCC
25357102 CCC
56 CCC
* * **
25357105 CCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCC-CCCCC-C-CCCTCCCCCTCCTCCT-CCCCCTAC
1 CCTCCCCTC-CCCCCCCCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCCCCCCCC
* * ** *
25357162 CCTCCCCTACGCCCCCCC-CCCTCCCTACTCCCCT-TCCCCCTACCC-CCCCT-CCCCCTCC
1 CCTCCCCT-CCCCCCCCCTCCCCCCCT-C-CCCCTCTCCTTCT-CCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * *
25357220 CCTCCCC-CCCCTCCCC-CCCCCTCTCCCCCCCTCC--CTCCCTCTCCCTCTCCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTC-CCCTC-CCCCCCCC
* * *
25357276 CCTTCCCC-CCTCCTCTCCCCT-CCCTCCTCCCCCTC-CC-CCT-ACTCCCC-CCCCCTCCCC
1 CC-TCCCCTCC-CC-C-CCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCC-CCCC
* * *
25357333 CCT-CCCT-CCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCCT-CTTCTCCCT--CCTCCCCGTCTCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC--C-CCCC
* * * * * * *
25357390 CCTCTCC-CCCTCCTCCT-CCACCCTCCCTCCCCTCCTTC-CCTCTCCCC-CCCCCCTCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCC-CCTCTCCTTCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCC
* ** *** *
25357446 CC-CCCCTCCCCCCCCC-CTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCTCCC--CC-TCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
*
25357506 CCTACCCCTACCCCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCT-TCGC-TC-CTCTCCCCTTCCCCCCCCC
1 CCT-CCCCT-CCCCCCCCCT-CCCC-CCCTCCCCCTCTC-CTTCTCCCTCCCC-TCCCCCCCCC
** * * *
25357567 CCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTC-CCCTC-CCCTCCTCTCCCCTCCCCC
1 CCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC--CCCCTCCC-CCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCC
* * *
25357628 TCTTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCC-CTCCTCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCT
1 -CCTCCCCTCCCCCCCC-CT--CCCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCTCCC-TCCCCTCCCC-CC-C-
*
25357692 CT
57 CC
* * * *
25357694 CCTCCCCCTCTCCCCCTCCT-CCCCCC-CCCCCTCT-CTTCCCCCCCCCCTCCTCCTACCCC
1 CCT-CCCCTC-CCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCC-CC-CCCCC
* * *** * * *
25357753 TCTCCCC-CTCCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CT-TCTCCCT-C-CCC-TCCCCCCCCC
* * * * * * * **
25357815 CCT-CCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCT-CCCCTACCCCCTCTTCC-CCCC-CCCCTTCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * *
25357870 CCTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCC-CTCC-TC-CCCTCCCCTCTCCCCCACCC
1 CCTC-CCCTCCCCCCCCCTCCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTC-CCCCC-CCC
* *
25357929 CCTTTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCT
1 CC-TCCCCTCCCCC--CCC-CTCCCC-CCCTCCCCCT-CTC-CT-T-CT---CCCTCCCCTC-CC
25357994 CCCCCC
53 CCCCCC
25358000 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25358058 TCCCCCCCCCCCCCCCCCTACTCCCCCCTCCTACGTCTCC--CT-CCTCCCCTCCCCCCCCT
1 -CCTCCCCTCCCCCCCCCT-C-CCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * ***
25358117 CCTCCCTTTCCCTCCCCCTCTACCTCCCTACCCCC-C-CCTCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTAT
1 CCTCCC-CTCCC-CCCCC-CTCCCCCCCT-CCCCCTCTCCTTCTC-CCTCC-CCTCCCCC-CCCC
* *** * * *
25358180 TCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCTTC-TCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCT
1 CCT-CCCCTCC-CCC--CCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCT--C-CCTCCCCT-CCCC-CC-
25358244 CCC
56 CCC
* * * ** * *
25358247 TCCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTC-CCCCCT-CCTCCTCTTCCCTCCTCCC
1 -CCTCCCCTCCCCCCCC-CTC-CCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCC-CCCCCC
* *
25358309 CCTCCCC-CCCCCCCCC-CCTCCCCTCCCCC-CTCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT-TCTCCCTCC-CCTCCC-CCC-CC-C
* * *
25358369 TCTCCCTACTCTCCCCCCCC-CCTACCCCTCCCCC-CTCC-TC-CCCCCCGCCTCCCTCCCTCCC
1 CCTCCC--CTC-CCCCCCCCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCC-CCC-CCC
** * * * *
25358430 CCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCT-CCTC-CTCC-TCTCCCT--CCTCTCCTCCCC
1 CCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC-CCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
** *
25358485 CCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCTCC-CCTCCCTCCTCCTCCCCCTC
1 CCTCC-CCTCCC--CCCCCCTCCCCC-C-C-TCCCC-C-TCTCCTTCTCCCTCC-CCTCCCCC-C
*
25358549 TCC
56 CCC
* * * * * *
25358552 CCTACCCTACACCCCTCCC-CCTCCCCTCCCCC-CTCCCTCCCCCTCCCCTTCCTACCCCCC
1 CCTCCCCT-C-CCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCC-TCC-CCCCCCC
* ** * ** * * * **
25358612 CCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCC--CTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCCTTCT-CC-CT-CCCCTC-CCCCC---CC
25358675 C
58 C
* * * * *
25358676 CCT-CTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCC-CTCCCTAC-CCTCTCTCCCT-CTCTTCCCCCCCT
1 CCTCCCCT-CCCCCCCCC-T-CCCC-CCCTCCCCCT-CTCCT-TCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25358736 CCT-ACTTCCCCCCCCC-CTCTCCCCTCTCCCTCCTCC-TCTCCCT-CCC-CCCTCCCCC
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCTCCCCCT-CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * * *
25358791 CCTCCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCT--CCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCC
1 CCTCC-CCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT-TCT-CCCTC-CCCTCCCCCCCCC
* **
25358851 CCTCCCCTCTCCCCTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCTTCTCCC-CCCCTCCCCCCTCCCT
1 CCTCCCCTC-CCCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCT-CT--CCTTCTCCCTCCCCT-CCCCC-CCC-
25358915 C
58 C
* * ** *
25358916 CCTCCCC-CCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC-CCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCTACTC
1 CCTCCCCTCCCCCC-CCCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CTTC-T--CCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25358977 CC-CCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTC-CCCTCT-CC-CCCCTCCCCCCCCT
1 CCTCCCCTCCCCCCCCCT-CCCC-CCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
* * * * *
25359033 TCTCCCC-CCTCCCCCCCTACCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCC
1 CCTCCCCTCC-CCCCCCCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCC-T-C-C-CC-TCCCCCCCCC
* * *
25359097 CCTCCCTCTCCTACCCCCCC-CCCCCTCTCCCCC-CTCCTACCCTTCCTCCCCTCCCCCCCTCC
1 CCTCCC-CTCC--CCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCT--TCTCCCTCCCCTCCCCCCC-CC
* *
25359159 CCTCTCCCTACCCTCCCCCCTCCTCCCTCCTCTCCTCCTC-CCCTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCC
1 CCTC-CCCT-CCC-CCCCCCTCC-CCC-CCTC-CC-CCTCTCCTTCTCCCTCC-C-C-TCCCCCC
25359223 CCC
56 CCC
25359226 CCTCC
1 CCTCC
25359231 TCTTCTTCTC
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 298, Indels: 547
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
52 7 0.00
53 6 0.00
54 25 0.01
55 67 0.04
56 125 0.07
57 176 0.10
58 115 0.07
59 165 0.10
60 182 0.10
61 159 0.09
62 163 0.09
63 130 0.07
64 122 0.07
65 109 0.06
66 72 0.04
67 58 0.03
68 24 0.01
70 10 0.01
71 5 0.00
72 15 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (58 bp):
CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCC
Found at i:25358068 original size:204 final size:197
Alignment explanation
Indices: 25356591--25364429 Score: 794
Period size: 206 Copynumber: 38.1 Consensus size: 197
25356581 CTTCTCCTTT
* ** * *
25356591 CCTCTCCCCCCTCCCCC-C-CTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCTCCCCCCTCCCT-CCCCCTC
1 CCTC-CCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCC--CCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * ** * * * *
25356653 -CCCCCCCCTCCCTCCCCTCTAACCCCCC-CCTCTGCCTCCCCCTACCTCCCTCCCCCTCTCTCT
63 TCCCTCTCCTCCCCCCCCTCT--CCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCT-CC-CCCACCCCCTTTCCCT
* * * * * ** *
25356716 ACTCCTCCCTCTTCCCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCTCCTACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCC
124 CCCCCCCCCTC-T-CCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCTCT-CCC-CCCC
* * *
25356780 CTCCTCTTCCCCCT
184 CTCCCCTCCCCCCC
* * ** * * * *
25356794 CCTCCTCCCCTCTCCCC-CT-CCCT-TCTTTCCTACCCCTCCCCC-CTCCCCCCTCTACTCCC-C
1 CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * *
25356854 TCCCTCTCCTCCCCTCCCC-C-CCCTCC-CCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCC---CCCT-C
63 TCCCTCTCCTCCCC-CCCCTCTCCCCCCTCCT-CCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCC
* * * ** * * *
25356912 CCTCTCCTCTCCTC-CCCTAACCCTCTCCCCTCC-CCCCCCTCCCCTCT-T-CCCCCTC-CCCCT
126 CCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCT
25356972 CCCCCCC
191 CCCCCCC
* * **
25356979 TCCTACCCCTCCC-CCCTCTCTTCCCCTCCCCGCCCCTCCCCCTCCCC-CTCCCCCCTACTCCCC
1 -CCT-CCCC-CCCTCCCCCTC-TCCCCT-CCCTCCCCTCCCCC-CCCCTC-CCCCCCCCCTCCCC
* *
25357042 CCTCCTACCCCTTTCCTCCCCCCCCTAC-CCCCCC-CTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCC-CCC
59 CCT-CT--CCCTCTCCTCCCCCCCCT-CTCCCCCCTCCTCC-CCCTCCC-TCT-C--CCCCACCC
* * * * * *
25357104 CCCTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCC
115 CCTTTCCCTC-CCCCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCCT--CTCTCCTCCT-CCCC--CCC-CCCC
* *
25357169 TACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTCCC
172 T-CTCTCCCCCCCCTCCC--CTCCCC--CCC
* *
25357200 CCTACCCCCCCT-CCCC-CTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCCTCT
1 CCT-CCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCC-CCCTCT
* *
25357262 CCCTCTCC-CCCCCCCCT-TCCCCCCTCCTCTCCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC--T-ACTCCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTC-CCCCTCCCT-CTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCC
* * * * * *
25357322 CCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCTC-CTCCCCCT-CCTCCCCCCCTCT-TCTCCCTCCTCCCCGT
127 CCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCC-T
*
25357384 -CTCCCC
191 CCCCCCC
* * ** *
25357390 CCTCTCCCCCTCCTCCTC-CACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCTCTCCCCCCCCCCTCTCCCCC-CT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTC-CCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTC-CCCCCTCT
* * * * ** ** **
25357453 CCC-C-CC-CCCCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACCCCT
64 CCCTCTCCTCCCC-CCCCTCTCCC-CCCTCCTCCCCCTCCCTC-TC-CCCCACC-CCCTTTCCCT
*
25357515 ACCCCCCCCCTC-CCCCTCCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCCCCCCCCCTCCCTCTCCT
124 -CCCCCCCCCTCTCCCCTCCCT--CCC--C-CT-CTCT--CC-TCCTCCCCCCCC-CCCTCT-CT
*
25357579 ACCCCCTCCCTTCCCTTCCCTCCTCC
177 -CCCCC-CCC-TCCCCTCCC-CC-CC
* *
25357605 CCTCCCCTCCTCTCCCCTC-CCCCT-CTTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCCCCTCCTCCCCTCC
1 CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCC-CT-CCCCCCCC-CCTCCCC-CC
* * * *
25357668 TCCCCCCTTCCCCTCCCCTCCTCTCTCCTCCCC-CTCTCCCCCT-CCTC-CCCCCCCCCCTCTCT
61 T-CTCCC-TCTCCTCCCC-CCCCTCTCC-CCCCTC-CTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCC-CT-T
25357730 TCCC-CCCCCCCTCCTCCTACCCCT--CTCCCCCTC-CTTACCTCC-CCCCCCCCCCCTCTCTCT
119 TCCCTCCCCCCC-CCT-CT-CCCCTCCCTCCCCCTCTC-T-CCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTC-
* ***
25357790 CCCTCCCT--CCTCCCGTAC
178 CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* *
25357808 CC-CCCCCCCTCCCTCCTCTCCCCT-CCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCC--CCCCC-C-TCCCCCCCCCCTCCCCC
25357871 CTCTCCCTTCTCCTCCCTCCCCTCTCTCCCCCCTCCT-CCCCTCCCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
60 CTCTCCC-TCTCCTCCC-CCCC-CTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
* *
25357935 CCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCTCTCTCCTCCCCCCTCCCCTCTCTCCCCCC
121 CCTCCCCC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCT-CTCTC-CTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCC
25358000 CCTCCCCTCCCCCCC
183 CCTCCCCTCCCCCCC
* *
25358015 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCTACT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT-CT
** * *
25358080 CCC-C-CCT--CCTACGTCT---CCCTCCT-CCCCTCCC-C-CCCCTC-CTCCCTTTCCCTCCCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCC-CACCCCCTTTCCCTCCCC
** * * * *
25358134 CTCTAC-CT-CCCTACCC-CCCCCTCCTCTCCTCCT-CCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCT-CC
128 C-CCCCTCTCCCCT-CCCTCCCCCT-CTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT-CTCTCCCCCCCCTCCC
*
25358194 CTACCCCTCC
189 CT-CCCCCCC
* * * ** * * *
25358204 CTTACTCCTCCT-CTTCTCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCTC
1 CCT-CCCCCCCTCCCCCTCT-CC-CCTCCC-T-CCCCTCC-CCCCCCCTCC--CCCCCCCCTCCC
* * ** * *
25358268 TCC-CTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCC-C-CCCCC-CCCCCCTC
58 CCCTCTCCCTCTCC-TCCCCCC-CCT-CTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTT
* * * * * ** *
25358329 CCCT-CCCCCCTC-CT-CCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCT-CTCTCCCTACTCTCCCCCCCCC
120 CCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCT-CCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCC
*
25358390 CTACCCCTCCCCCCT
184 CT-CCCCTCCCCCCC
* ** * * *
25358405 CCTCCCCCCCGCCTCCCTC-CCTCC-CCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTC
1 CCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCC-CCTCCCTCCC-CTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCC-CCCC
* ** * *
25358468 TCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACT-TCCCCTCTTCTCCCC-
61 TCTC-CCTCTCCTCCCCCC-CCT-CTCCCCCCT--CCTCCCCCTCCCTCTCCCC-C-AC-CCCCT
* * *
25358531 -TCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACCC-CTC-CC-CCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
118 TTCCCTCC-CC-CCCCCTCTCCCCT-CCCT-CCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCC
*
25358592 CCCTCCC-CTTCCTACCCCCCC
179 CCC-CCCTC-CCCT-CCCCCCC
* * * * ** * ** ** * * * *
25358613 CTTCCCTCCTTCTCCCTC-CTACTCTCCT-CCTTTTCCCTACCT-CTCCCCCTCTCCCCCTATTT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCC-CTCT
*
25358675 CCCTCT-CTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTTCCCC-CCCTCC
64 CCCTCTCCT--CCCCCCCC-T-CTCC-CCCCT-CCT-CCC-C-CTCCCTCTC--CCCCACCC-CC
* *
25358738 TACTTCCC-CCCCCCCTCTC-CCCTCTCCCTCCTCCTCTC-CCTCC-CCCCTCCCCCCCTC-CTC
117 T--TTCCCTCCCCCCCCCTCTCCC-CTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC-CCCCCCCTCTCTC
**
25358798 TTCCCCCT-CCCTCCCCCCC
178 CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* ** * **
25358817 TCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCCTCCCCTCTCCCCTCCCTACCTACCCT-CC
1 -CCTCCCCCCCTC-CCCCTCTCCC-CTCCCT-CCCCTCCCC-C-CCCCTCCC--CCCCCCCTCCC
* * * *
25358881 CCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCC
58 CCCT-CT-CCC-TCTCCTCCCC-CCCCTCTCCC-CCCT--CCTCCCCCTCCCT-CT-CCC-CCAC
* * * * *
25358946 CCCCTCTT-CGTCCCCCTCCC-CTCCCCT-ACTCCCCC-CT-TCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCT
113 CCCCT-TTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCC--CCCCCCCCTCT
*
25359006 C-CCTCCCCTCTCCCCCCTCCCCCCC
175 CTCC-CCCC-C-CTCCCCTCCCCCCC
* * * * * *
25359031 CTTCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCCTCCCT-TCCTCTCCTTCCCCCC
1 CCTC-CCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTCCCT-CCCCTCCCC-CC-CCCTCCCCCCCCCCTCCCCCC
* *
25359094 TC-CCCTC-CCTCTCCTACCCCC-CCCCCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTCCTCCCCTC-CCCCC
61 TCTCCCTCTCCTC-CC--CCCCCTCTCCCCC-CTCCTCCC-CCT-CCC-T-CTCCCC-CACCCCC
* * ** * * *
25359155 CTCCCCTCTCCCTACCCTCCCCCCT-CCTCCCTC-CTCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCTCTTC
117 TTTCCCTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC-CCCCC-CCTCTCTCC
** *
25359218 CCCCCC-CCCCTCCTCTTCT
179 CCCCCCTCCCCTCC-CCCCC
* * * * ** * *** ** **
25359237 TCTCCTCCCTCTCCCCC-CTTCCCT-TCT-ATCTACCCCTTACTTATCCCCCTTCTCTTCTTACC
1 CCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCT-CCCC--CCCCCTCCCCC--C-CCCCTCCCC
* **
25359299 CCTCTCCCCCTCCTCCCCTCCCCTCTTCCCCTTTCGC-CTCCCCTCCCTCCTACTCTCCCTAGCC
59 CCTCTCCCTCTCCTCCCC-CCCCTC-TCCCCCCTC-CTC-CCCCTCCCT-CT-C-C-CCC-A-CC
** *
25359363 CCC--TCCCT-CCCCCCCCTC-CCCCTACCCTTTCCC-C-C-CCTACTCCCCCCCCCCCT-T-TC
114 CCCTTTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCT-CCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTC
*
25359419 CCCTCCCT-CCCTCCTCCCCC
178 CCCCCCCTCCCCTCC-CCCCC
** * * * *
25359439 CC-CTACCCCTCCTCTTCTCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTCCCCCCTCTCCTCTCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTC-C-CTCCCCTCCC-CCC-C-CCTCCCCCC-C-CC-CTCC
* * * *
25359503 CTCCC-CTCCCTC-CC-CCCCTCCCTCCTACCTCATCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCCTCCTCCC
57 C-CCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCT-CT-CC-C-CCCTC-CTCCCCCTC-CCTCTCC-CC-CAC
** * * * * * * * *
25359565 CCCACCCTCCCTCCCGCTACCCCCTC-CCCTTCCTTACTCTTCCCTGCTTCTCCTCCCCCCCCCT
113 CCC-CTTTCCCTCCC-C--CCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCC-CCCCCCCCCT
** * **
25359629 ACTCT-CCCCATCTCTCCTCTCCCCTA
173 -CTCTCCCCCCCCTCCCCTC-CCCCCC
** * * * * * *
25359655 CCTTTCCTCCTCCTCTCTATCCCC-CTCCTCCCCTCTCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTTACCCCC-
1 CCTCCCCCCCTCC-CCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTC-CCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* * *
25359718 CT-CCTCTCC-CCTCCCCCCTCTTCCCCCCTCC-CCCCTTCCCTC-CTCCTA--CCC-TTCCC-C
62 CTCCCTCTCCTCC-CCCCCCTC-TCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTC
* * * * *
25359775 CCCCTCCTCCTCTACCTACTACCCTCTCTCCCGCTCTAC-CCTACCCCCCCTCCTCTCTCCCTTC
125 CCCC-CC-CCTCT-CC-CCT-CCCTC-C-CCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCC--C
* *
25359839 TCCCC-CCTCTCCCCCTC
181 -CCCCTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25359856 CCTCCCTCCCCT-CCCCTC-CCCC-CCTTTCTCTCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCT-T
1 CCTCCC-CCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCT
* * *
25359917 TCCT-TCC-CCCCTCTCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCCCCATCCCTCC
64 CCCTCTCCTCCCC-CCCCT--CTCCC-CCCTC-CTCC-C-CCTCCCT-CT--CCCCCA-CCC-CC
* * * * *
25359980 CTACCCTACCCCCCCTCCCCTATCTCCCCTCCTCTTTCCCTCCCCTCTCC-CCTACCTCCCCCCC
117 TTTCCCT---CCCCC-CCCC--TCTCCCCTCC-C--TCCC-CCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCC
* *
25360044 TCCCTCCCCCCCTCTCCCCTACCCCTCC
172 TCTCTCCCCCCC-CTCCCCT-CCCCCCC
* * * *
25360072 CC-CCCCCCCTCCCCCTC-CTCC-CCCTCCCC-CCCCCCCTCTCTTACCCCCCTCTCTACTCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCC-C-C-T-CCCCCCCCCCT-CCCCCC
* * * * * *
25360133 TCCCCCT-TCC-CCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTCCCCCTCCC-CT-CCCCTCTCCCTACTC
61 TCTCCCTCTCCTCCC-C--C-CCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCT-TTC
* * * * * * * *
25360194 CTTCCCCTCCCCTCTCCCCTCTCCCCCCCCTCTCCCCCTACTACCCCTCCCTCCTCCCTCCCCTC
121 CCTCCCCCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCCTCT-CTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCTCTCCCC-C
25360259 TCCTCTCCCCTCCCCCCC
182 -CC-CTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25360277 CTTCCCTACCCCTCCCCC-CT--CCTCCCTTTACCCCATCTTCCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTA
1 CCTCCC--CCCCTCCCCCTCTCCCCTCCC--T-CCCC-TC--CCCCCCCCTCCC-C-CCCCCCTC
* * * * * *
25360339 CCTCC-CTACCTCTCCTCCCCCTCCCTC-CCCCCCTACCTACCTCCCCCCCTTTCCTCC-CTCCC
56 CCCCCTCTCCCTCTCCTCCCCC-CCCTCTCCCCCCT-CCT-CC-CCCTCCCTCTCCCCCACCCCC
* * * * *
25360401 --TACCTACCCCCCCCTCT-CTCT-ACTCCTCC-CT-TCCTCCTCCCTCCCTCCCCCTCTC-CCC
117 TTTCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCC-CCC-CCCCCTCTCTCCC
25360459 TCCCCCTAACCCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTAC
180 -CCCCCT--CCC-C---T-C-CCC-C-C----C
* * *
25360492 CCTGCTCCTCCCC-CCCCCTTCTCCCCCCCCTCCCC-CCCCACCTCCTCCCCCCTCCCTCCCCTC
1 CCT-C-CC-CCCCTCCCCC-TCTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCTCCCC-C
* * * * *
25360555 CCCT-CCTC-CCTCCCCCCCCCCT-CTCCATCCTTCCCCCTCTCCTGATCTCTCCCTACCCCC--
60 CTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCC-TCCCCCTC-CC---TCTC-CCCCACCCCCTT
* * * * *
25360615 CCCCTCCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCCTTCCCC-CT-TCCTACCCTACCCTCCTCCCCTCT-T-C
119 TCCCTCC-CCC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCT--CCT-CCCCCCCCCCCTCTCTCC
* *
25360676 TCCCCCT-CTCTCCCCTCCC
179 CCCCCCTCCCCTCCCC-CCC
* ** * * * ** * * *
25360695 CCTCCCCCCC-CTCCC-CT--CCTTACT-CCCTACCCCCCCTTCCTCTTCCCC-CACCTCTCTTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
* * ** * * *
25360754 CTCTCTTCCCCCCCCTCTCCTCCCTCCTTACCCTCCCCCCTACCCCC-CTCCC--TCTCTCCCCC
66 CTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCT-CCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCC
* ** *
25360816 CCTCCTCTCCCCT-CCT-CCCCTCTC-CCACC-CCTCCTAACCTCCTCCTCTCCCCCCTCCT-CC
129 CC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCC-CC-CCCCCCCT-CTCTCCCCCC-CCTCCC
*
25360876 TTACCCCCCC
189 CT-CCCCCCC
*
25360886 TCCTCCTCTCCCTCCCTCCTCT-CCCT-CCT-CCCTCCCCCTCCCC-CCCCCCCTCCTTCTCCCC
1 -CCTCC-CCCCCTCCC-CCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCC-CC--CTCCCC
* * * *
25360947 CCTC-CCCTCTCCCTCTCCCTCCTC-CCTCCCCTTACCT-CCCTTCCC-CTCCCCCCTTCCCTCC
59 CCTCTCCCTCT-CCTCCCCCCCCTCTCC-CCCC-T-CCTCCCCCTCCCTCT-CCCCC-ACCC-CC
* * * **
25361008 CTTACCTCCCCCCCCCTCCCTACCTCTCCCTCTCCCC-CTAACCTCCCTCCCTCTCCTCTCCCCT
117 TTTCCCTCCCCCCCCCT--CT-CCCCTCCCTC-CCCCTCTCTCCT-CCTCCC-C-CC-C-CCCCT
* *
25361072 CTC-CCCCCCCTTCCTCTTCCTCCTCCC
173 CTCTCCCCCCCCTCC-CCTCC-CC-CCC
* * * *** **
25361099 TACTCTTCCCCCCTCTCTCTCTCCTCCCTCCC-CCCCTCCCCTTAATCCTCCCCCCCTCCCTTTC
1 --C-CTCCCCCCCTCCCCCTCT-C-CCCTCCCTCCCCTCCCC--CCCCCTCCCCCCC-CCCTCCC
* ** ** * * * **
25361163 CCC-CT-CCTCCTACTAACCCCTTTCTCCCTCTTCC-CCCCC-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCCT
58 CCCTCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCT-CTCCCC-CACCCCCTTT
25361224 CCCTCCCCTCCTCCCCTCTTCCCCT-CCT-CCCCTC-CTCC-CC-CCCCTTTACCTCTACCTCCT
120 CCCT-CCC-CC-CCCCTC-TCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC----CC-C--CC-CCT
* *
25361284 -TCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCGC
173 CT-CTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCC-C
* * * * * * * * * *
25361310 CCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCTCTCCTTCCCTCCCTTTCTCGCCCTTCCCTACCTCCCTTCCCCC
1 CCTCCCCCCCT-CC-CCCT-CTC-CCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCCCCCC
* * ** * *
25361375 T-TCTCTCTCCTTACCCCCCCCCCTAATCCCCTCCTACCCCCCCCCTCCTCCCCC-CTCCTCTCT
61 TCTCCCTCTCC-T-CCCCCCCCTCT-CCCCCCTCCT-CCCCCTCCCT-CTCCCCCAC-CCCCT-T
* * *
25361438 TACTTCCCCTCTCCCCTC-CCCCCCCCTACCCCC-CTC-CC-CC-CCCCCCTCCCCTCTCTCTCT
119 TCCCTCCCC-C-CCCCTCTCCCCTCCCT-CCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCC-CCCC-CTCTCTC-
* **
25361498 ACTACCCCCCTCTCCCTCTCCCGT
178 -C--CCCCCCTC-CCCTCCCCCCC
* * * * * * ** * *
25361522 CCTCCTCCCCT-TCCCTCTCCCCACCTCTCCCCT-CCCTCCCCGCCCCTCCTACTTCTCCC-CTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCC-CTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTC
* * * **
25361584 CCTCT-CT-CCCCTCTTCTCTCCCCCT-CTCCCCTCTCTGGCTTCTCCCCC-CTCTACCCTCCCC
65 CCTCTCCTCCCCCCCCTCTC-CCCCCTCCTCCCC-CTC---CCTCTCCCCCAC-C--CCCTTTCC
* * * *
25361645 CTCTACCCCCCCT-ACCCC-CCCT-CCCCTCCCTCCTCTTCCCCCCCCCCCCTCTACTCTCCCTC
122 CTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CCCCCCCCCCCTCT-CTC-CCC-C
*
25361707 CCCTCCTCTACCTCTCCCGC
182 CCCTCCCCT-CC-C-CCC-C
* * * *
25361727 CC-CCTCCCCCT-CTCCTC-CCCCATCCTTCCCCCCCCCCTCCCCT-CCTCCCCCCTCCCCCC-C
1 CCTCC-CCCCCTCCCCCTCTCCCC-TCCCTCCCCTCCCCC-CCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTC
* * * * * *
25361787 TACCCCCTCCTCCCCTCTCCCCTCTCTCCCC-CCTCTACCC-CCCTCCCCCCCTCTCCCCTCT-C
63 T-CCCTCTCCT-CCC-C-CCCCTCTCCCCCCTCCTC-CCCCTCCCTCTCCCCCAC-CCCCTTTCC
* * * * * *
25361849 CTTCACCCCCCTC-CTCCTACCCTCTTCCCTC-CTCCTCCCTCCCCCCCCCCC-CT-ACCCCTCC
122 CTCCCCCCCCCTCTCCCCT-CCCTC-CCCCTCTCTCCT-CCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCC
*
25361910 CTAGCCGCC-CCTCCTCC
184 CT--CC-CCTCC-CCCCC
* *
25361927 CCTCTCCCCCTCCCCC-CT-TCCTCTCCTCGCCCTCCCCTCCCTCCTCCCACCTCCTCCCTCCCT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTC-CCCTCCCC-CCC-CCTCCC-CC-CC-CCCTCCC-
* ** * ** * *
25361990 ACCC-C-CCCTCCTCCTCTCCTTCCTCCCCCCCCTTTTCCCCCCCCCTCCTCCCCCCTACCTACC
58 -CCCTCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCT-CT-CCCCC-ACC-CCC
* * * *
25362053 --TCCC-CCCCCTACCCCTCT-CCCTACC-CCCCTTCGTCTCCCCCTCTCCCCCCTACCCTCT-T
117 TTTCCCTCCCCC--CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTC-TCTCCTCCTC-CCCCCC-CCCCTCTCT
*
25362112 CTCCCCCCCTCCCCT---TCCC
177 C-CCCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* * *
25362131 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCCTCTCCTCCCCCTCCTCCCCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCT-CCCCTC-CCT-CCCCTCCCCCCCCCTC-CCCCCCCCCTC-CCCCC
* * * * *
25362196 -CTCCCTCCTCCT-ACCCCCCTCCCCCCCACTCCTCCCTCCT-CCT-TCCCCC-GCTCCTCTCCC
61 TCTCCCT-CTCCTCCCCCCCCTCTCCCCC-CTCCTCCC-CCTCCCTCTCCCCCACCCCCT-TTCC
* *
25362256 TCTCCTCACTCCTCCCTCTCCCC-CTCCTCCCCCTC-C-CCT-CTACCTCCCCCCCCCTCCCCCC
122 -CTCC-C-C-CC-CCCTCTCCCCTC-CCTCCCCCTCTCTCCTCCT-CC-CCCCCCCCCTCTCTCC
25362317 CCCCTCCTCCCCTCTCCCTCCC
179 CCCC-CCTCCCCTC-CCC-CCC
* * * * * * * *
25362339 CC-CCCCCCTCTCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTCTCCCCTCCCCT--CTCCCCCCT-TCCCCT
1 CCTCCCCCC-CTC-CCCCT-CTCCC-CTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* ** * *
25362400 CACCCTC-CCTATCCCCCCTCTCCTCCCTCTCCCTCTCCTCC-CCCCCTCCCCC-CTCCCTTTAC
62 CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCC-CCC-CT-CCTC-CC-CCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTT-C
* * * *
25362462 CCTCCCTCCCCCTCTACCCTCCC-CCCCC-C-CT--T-CTCCCCCCTCCGCTAC-CTCCCCCCCC
121 CCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT-CTCTCCCCCCCC
*
25362520 CCCCCTCCTCCCCC
185 TCCCCTCC-CCCCC
** * * ** *
25362534 CCTTCCCTCCCTCTTTCTACCTAT-CCC-CCC-CCCTTCCCTCCCCCCATTACTCCCCCCT-CCC
1 CC-TCCC-CCC-C--TCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCC-CCCCCC-TCCCCCCCCCCTCCCC
* *
25362595 CCTCCTCCCTCT--TCCCCCCCCTCTCCTACCCTCTCCTACCCCTACCC-CT-CCCCTCCCCC-T
59 CCT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCC--CCC-CTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTT
* * * * * * *
25362655 ACTCTCCCCCCGACCCTCACTCCC-CCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTC
119 TCCCTCCCCCC--CCCTCTC-CCCTCCCTCC-CCCT-CTCTCCTCCTCCCCC-CCCCCCTCTCTC
*
25362719 CCCCCTCTCCCCCTCTCCCCTCC
178 CCCCCCCT-CCCCTC-CCCC-CC
* * * * *
25362742 CCTCGGCCCCCCTACCCTCTACCCCCCCCCCTCCCCTCCCCTCCCTCTCCCCTCTCCCCTCCCTC
1 CCTC--CCCCCCT-CCCCCT-CTCCCCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCC-CCCCCCTCCC-C
* *** * *
25362807 CCTCTCCCTCTTCTACCCTCCTCGTCC-CATCCCCCCTCCTCCTAATAATCTTACCTACCCCTC-
59 CCTCTCCCTCTCCT-CCC-CC-C--CCTC-TCCCCCCTCCTCCCCCT--CCCT--CT-CCCC-CA
** *
25362870 CCCCCCCTCCCTCTCCCCCTCCC-CTACCCCTCCCTTCTCCCTCTC-CCTCCCTTCGCTTCCTCC
112 CCCCCTTTCCCTC-CCCCC-CCCTCT-CCCCTCCC-TCCCCCTCTCTCCT-CC-TC-C--CC-CC
* *
25362933 CTCCTCTCTCTCCCCTCTCCCTCCCCT-CCCCTC
167 C-CCCCTCTCTCCCC-C-CCCTCCCCTCCCCCCC
* * * * * * * * *
25362966 CCT-CCCCCCTCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCC-CCCCCCTCTTC
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
* **
25363029 CTACTCCCTCTCCTTCCCCCTCTCCCCCCTCC-CCTCCTCTCCCTCT-CCCTACCCTCCCCTCCC
66 CT-CT-CCTC-CC--CCCCCTCTCCCCCCTCCTCC-CC-CTCCCTCTCCCCCACCC-CCTTTCCC
* * * * * * ** * *
25363092 CCCCCCTCCCCTCCTCTCTTACCC-CTCCCCTCCCTTCCTTCTCACCTACTCACTCTCCTCTCCC
123 TCCCCC-CCCCT-CTCCCCT-CCCTC-CCCCTCTC-TCCTCCTCCCCCCCCCCCTCT-CTC-CCC
* *
25363156 TCCC-CCTCTCCCCCCC
181 CCCCTCCCCTCCCCCCC
* *
25363172 CCTCTCCCCCCTCACCTCCTCCCCCCTCCCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTCCCTCCCCCTACTCT
1 CCTC-CCCCCCTC-CC-CCTCTCCCCT-CC--CTCC-CCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCC--C-CT
* * *
25363237 CCCCCCCTCTCCCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTCCTACCCCTCCTCTCCCTCCCCCTCCCCC-
55 -CCCCCCTCTCCCT-CT-CCTCC--CC-CCCCTCTCC--CCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCA
** * * * * * * *
25363301 CCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTCCCTAT-TCCTCCTTCCTCC-CT-TCCTCCTCCCTCCCCCTCT
112 CC--CCCTT-TCCCTC-CCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCT
*
25363363 CTCTCCGCTCCCC-CCCCT-CCCCCC
173 CTCTCC-CCCCCCTCCCCTCCCCCCC
* ** * * * * * *
25363387 CTTCCGCCCCC-CTCCTATCCCCCCTCCCTCCCCTCTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCTCCT
1 CCTCC-CCCCCTC-CCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTC-C-CCCCCCCTC-CCCCCCCCCTCC-CCC
* * * * * * *
25363451 CTCCCCCCTCTACT-CCTCCTCTCTACTCCCCCTCC-CTCCTCTACCC-CTCCTCCCTCCTCC--
60 CT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCT-C-CCCCCTCCTC-CCCCT-CCCTCTCC-CCCACCCCCTT
** * * * * * *
25363511 TCCCT-CCCTACTCTCTCTCCTCCCTCCTCCC-CTCCTCC-CCCCCCTCCTCCTCTTCTCTCCCC
119 TCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCC-CCCTCT-CTCCTCCTCCC-CCCCCCCCTCTCTCCCC
* **
25363573 CCCCTACCCTCCCCCTA
181 CCCCTCCCCTCCCCCCC
* * * *
25363590 CCTCCCCTCTCTCTCCCTTCCTCCCTCCCCTCCCTTCCC-CCCTCCCCCTCCCTCCCTCCCTTCC
1 CCTCCCC-C-C-CTCCC--CCT--CTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCC-CCCCCCCTCCC
* * * * * *
25363654 CTCTCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCTCTCCCTCCT-C-CCCCCTACCCTCT-CCTC-TCCTC-TTC
58 CCCT-CTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCCACCCCCTTTC
* * * * * * *
25363714 CC-CCCTCCCTCCTCTCTCCCCTCCCTACCCCTCTTTCC-CC-CCCCTACCTCTCCT-TTTTCCT
121 CCTCCC-CCC-CC-CTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCC--CCCCCCCTCTCTCCCC
*
25363775 CCCCTCCCCCTCCCCCTC
181 CCCCT-CCCCTCCCCCCC
* * * * *
25363793 CCTCCCTCCTGTCCCCCCCCCCTCCTCC-CCCTCCCCTCCCCCTCCCTTTACTCCCCTCCCCTTC
1 CCTCCC-CC---CCTCCCCCTCTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCC-CCC-CT-C-CCCCCCCCCTCC
** * * * ** * * *
25363857 CCCC-C-CCCTCTCCTCCCCTTCCTCCCCCCCCACCT-CTCCTCTTTAT-CACC-CCCCCTTACC
57 CCCCTCTCCCTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCC
* *
25363917 C-CCCCCCTACTCCTCTCCTCCTTCCCCTCCACCC-C-CCCCGCCCTCCCCTCCCCCCCTTCCTC
122 CTCCCCCC--C-CCTCTCC-CC-T-CCCTCC-CCCTCTCTCC-TCCTCCCC-CCCCCCC-T-CTC
* * * *
25363979 TCCCCTCTCTCCCCTACCTCTCC
176 TCCCCCCCCTCCCCT-CCCCCCC
* * * * ** * * *
25364002 TCTCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCTCTCATCCCC-CCTTACTCCCTCCCCCCCCCCT-CCCCTTTT
1 CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTC-CCTCCCCTCC-CCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCT
* * * * * * * **
25364065 TCCTCTCC-CCTCCCTCTCCTCCGCCCCT-GTCCCCCCTCTCTTTCCCCC-CCTCCTCCCCCTCC
64 CCCTCTCCTCCCCCCCCT-CTCC-CCCCTCCT-CCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCC
* *
25364127 TCTTCTCCCC-C-CCCCTCCCTCCTCCTCCTTCTCC-CC-CCCCCTCCCCCCGTC-CTCCTACCT
126 -C--CCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCCT-C-TCTCCTCCTCCCCC-CCCCCC-TCTCTCC--CC-
* * *
25364187 ACCCCTACCTTCCCCCTTC
181 -CCCCTCCCCTCCCCC-CC
* * * *
25364206 TCTCACCCCCC-CCCTCCTCCTCCTCCTCCC-CCTCTCCCCCCCCCT-CTCCCCCCCTCCCTCCT
1 CCTC-CCCCCCTCCC-CCT-CTCC-CCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCT
* * *
25364268 C-CCCTCCTCCTCCTACCCCCTACTCTCCCTCCC-CCTTCCCTCTCCC-CTCCCTCTCTCCCC-T
62 CTCCCT-CTCCTCC--CCCCC--CTCTCCC-CCCTCC-TCCCCCTCCCTCTCCCCCAC-CCCCTT
* *
25364329 CCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCC-CCCTCCCCTCTCCTCCCCTATCCCCTCCCCCCCTCCTCT
119 TCCCTCCCCCCCCCTCTCCCCTCCCTCCC-CCTCTCTCCT--CC--TCCCC-CCCCCCCT-CTCT
25364393 CCCCTCCCC-CCCCTCCCCCCC
177 CCCC-CCCCTCCCCTCCCCCCC
25364414 CC-CCTCCCCCTCCCCC
1 CCTCC-CCCCCTCCCCC
25364430 CCTCTCTCCT
Statistics
Matches: 5587, Mismatches: 1122, Indels: 1850
0.65 0.13 0.22
Matches are distributed among these distances:
185 11 0.00
186 11 0.00
187 13 0.00
188 22 0.00
189 57 0.01
190 83 0.01
191 84 0.02
192 78 0.01
193 32 0.01
194 39 0.01
195 102 0.02
196 95 0.02
197 110 0.02
198 115 0.02
199 92 0.02
200 173 0.03
201 195 0.03
202 311 0.06
203 327 0.06
204 370 0.07
205 323 0.06
206 400 0.07
207 300 0.05
208 301 0.05
209 236 0.04
210 209 0.04
211 214 0.04
212 158 0.03
213 144 0.03
214 179 0.03
215 167 0.03
216 168 0.03
217 100 0.02
218 56 0.01
219 83 0.01
220 63 0.01
221 46 0.01
222 45 0.01
223 38 0.01
224 9 0.00
225 8 0.00
226 11 0.00
227 6 0.00
228 3 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.71, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (197 bp):
CCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCCCCCTCTCC
CTCTCCTCCCCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCCCTCCCTCTCCCCCACCCCCTTTCCCTCCCCCCC
CCTCTCCCCTCCCTCCCCCTCTCTCCTCCTCCCCCCCCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCC
CC
Found at i:25358085 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 25357994--25358075 Score: 56
Period size: 1 Copynumber: 82.0 Consensus size: 1
25357984 TCCCCTCTCT
* * * * * * ** * * * *
25357994 CCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCTCTCCTTCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCT
1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
25358059 CCCCCCCCCCCCCCCCC
1 CCCCCCCCCCCCCCCCC
25358076 TACTCCCCCC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 22, Indels: 0
0.73 0.27 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 59 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.85, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (1 bp):
C
Found at i:25358159 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 25358153--25358495 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 114.7 Consensus size: 3
25358143 CCTACCCCCC
* * * *
25358153 CCT CCT -CT CCT CCT CCT CCC CCT CTAT TCT CCC CCT CCT CCCT ACC-
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C-CT CCT CCT CCT CCT -CCT -CCT
* * * *
25358199 CCT CC- CTT ACT CCT CCT CTT CTCT ACCT CCT CC- CTT ACC- CCT CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT C-CT -CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT
* *
25358244 CCCT CCTT CCTT CCC CCC CCT CTCT CCCT CCCT CC- CCGT CC- CC- CCT
1 -CCT CC-T CC-T CCT CCT CCT C-CT -CCT -CCT CCT CC-T CCT CCT CCT
* * * * *
25358290 CCT CCT CTT CCCT CCT CCC CCT CC- CC- CCC CCC CCC CCT CC- CCT
1 CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
*
25358333 CC- CC- CCT CCT CCCT CCCT CCT CCT CCCT CCCT CCT CTCT CCCT ACT
1 CCT CCT CCT CCT -CCT -CCT CCT CCT -CCT -CCT CCT C-CT -CCT CCT
* * * *
25358379 -CT CC- CCC CCC CCT ACC- CCT CC- CC- CCT CCT CC- CCC CCG CCT
1 CCT CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT
* * *
25358419 CCCT CCCT CCC CCT CC- CTCT CC- CTT CC- CCT CCCT CC- GCT CCT CCT
1 -CCT -CCT CCT CCT CCT C-CT CCT CCT CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT
25358464 CCT -CT CCCT CCT -CT CCT CC- CC- CCT CCT CCT CC
1 CCT CCT -CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CC
25358496 CTTCTACCCT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 34, Indels: 84
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
2 49 0.19
3 147 0.56
4 65 0.25
5 3 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.71, G:0.01, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
CCT
Found at i:25358597 original size:488 final size:470
Alignment explanation
Indices: 25356853--25359103 Score: 1096
Period size: 461 Copynumber: 4.7 Consensus size: 470
25356843 CTCTACTCCC
* *
25356853 CTCCCTCTCCTCCCC-TCCCCCCCCTCCCCTACCTCCTCCCTCTCCCCCTCTCCCCCCTCCCTCT
1 CTCCCTC-CCTCCCCGTCCCCCCCCT-CCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCC-C-CCCCCC-CCCTC-
* * * *
25356917 CCTCTCCTCC-CCTAACCCTCTCCCCTCC-CCC-CCCTCCCCTCTTCCCCCTCCCCCTCCCCCCC
60 CCTC-CCCCCTCCT--CCCTC-CCCCTCCTCCCTCCCT--CCTC-TCTCCCT-ACTCTCCCCCCC
* * * *
25356979 TCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCCCTCCCCGC-CCCTCCC-CCTCC-CCCTCCCCCCTACTCCC
117 CCCTACCCCTCCCCCCTC-C-TCCCC-CCCC-CTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCT-CCCCC
* *
25357041 CCCTCCTACC-CCTTTCCTCCCC-CCCCTACC-CCCCCCTTCCTCCCTCCCTTCTACTTCCCCCC
177 CCCTCCT-CCTCC--TCCTCCCCTCCCCT-CCTCCCCCC-TCCT-CCTCCC-TC-CCCT-CCCCC
* * *
25357103 CCCCTCCCCTC-TC-CCCC-CCCTCCCCT-CCCC-C-CCCCCCCT--CCCCCTCCTCCTCCCC-C
233 TCCTTCCCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTC
** * * * * ** *
25357159 TACCCTCCCCTACGCCCCCCCCCCTCCCTACTCCCCTTCCC-CCTACCCCCCCTCCCCCTCCCCT
298 CCCCCT-CCCT-C-CCCCTCCCCC-CCCTCCTCCCTTTCCCTCCT---CTCCCTCCTACTCTCCT
* ** * * *
25357223 CC-CCCCCCT-CC-CCCCCCCTCTCCCCC-CCTCCCTCCCTCT-CCCTCTCCCCC--CCCCCTTC
356 CCTCCCCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTCC-CCCTCTACCC-C-CCCCCTTACCCCTCC
* * * * *
25357281 CC-CCCT-CCTCTCCCCTCCCTC-CT-CCCCCTCCCCCTACTCCCCCCCCCTCCCCC
418 CCTCCCTACC-CT-CTCTCCCTCTCTACCCCC-CCTCCTACTTCCCCCCCC-CCTCT
* * * * * * *
25357334 CTCCCTCCCTCTCC-TCCCCCTCCTCCCCCCCTCTTCTCCCTCCTCCCCGTCTCCCCCCT--CT-
1 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCTCC-CCCC-CCCCCCCCCTCCCTC
* *
25357395 CCCCCTCCT-CCT-CCAC-CCTCCCT-CC-CCTC-CTTCCCT-CTC-CCCCCCCCCTCTCCCCCC
64 CCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCTC-TCCCTACTCTCCCCCCCCC-CT-ACCCC
* * ** * ** *
25357452 TCCCCCC-CC-CCTCCCCCCTCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCTCTTCTCCTTACCTCCCTACC-CC
126 TCCCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCC-TCC--CTCCCCCTCCCTC-TCCCCTCCCCCCCCT-CCTCC
* * *
25357514 TACC-CCCCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTTCGCTCCT--CTCCCCTTCCCCC-CC--CCCCTCCC
186 T-CCTCCTCCCCT-CCCCT-CCTCCCCCCTC-CTCCTCCCTCCCC-TCCCCCTCCTTCCCCT-CT
* * *
25357573 TCTCCTACC-CCCTCCCTTCCCTTCC-CTCCTCCCCT-CCCCTCCTCTCCCCTCCCCCTCTTCCC
245 TCTCC--CCTCCCTCCCCTCCC--CCTCTCCCCCCCTACCCC-CCTC-CCCCT-CCCCTC-CCCC
*
25357635 CTCCC-CCCCCTCTCCCCCCC-CCT-CC-TCCCCT-C-CTCCC-CC--CT-TCC-CCTCCCCTCC
302 CTCCCTCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCC-CC
** * * * *
25357689 T-CTCTCCTCCCCCTCTCCCCCT-CCTCCCCC-C--CCCCCTCTCTTCCCCCCCCCCTCCTCCTA
365 TAC-CT-CTCCCCCTCTCCCCCTATTTCCCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCT-C-CCTA
*** *
25357749 CCC-CTCTCCC-C-CT-CCTTACCTCC--C-CCCCCCCCCCTCTCT
426 CCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCC-CTCT
* *
25357788 CTCCCTCCCTCCTCCCGTACCCCCCC-CCCTCCCTCCTCTCCCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCT
1 CTCCCTCCCT-C-CCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTC-CCCCTCC-CC-C-CCCC-CCCCCCT
* * *
25357852 -CTTCCCCCC-CC-CCTTCCCCCT-CTCCCTTCTCCTCC-CTC-CCCT-CTCT-CCCCCCTCCT-
59 CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCC-TC-CCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTA
* * *
25357908 CCCCTCCCCTCTCC-CCCACCCCCT--TTCCCTCCCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTC
122 CCCCTCCCCCCTCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCT-CCCTCTCCCCTCCC-CCCCCT-C-C
* *
25357970 TCTCTCCTCC-CCCCTCCCCTCTCTCCCCCC-CCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCC-CCTCCCCCT
183 TC-CTCCTCCTCCCCTCCCCTC-CTCCCCCCTCCT--CCT-CCCTCCCCTCCCCCTCCTTCCCCT
* * ** * * **
25358032 CTCCTTCTCCCTCCCCTCCCC-CCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCTACTCC-CCCCTCCTACGTC
243 CTTC-TC-CCCT-CCCTCCCCTCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCC--CCCC
25358095 TCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCT-C-C-CCCT-CTAC-CTCCCTACC-CCCCC
303 TCCCT-C-CCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCT-CCT-CCTCCCCC
* * * *
25358154 CT-CCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCTATTCTCCCCCTCCTCCCTACCCCTCCCTTACTCCTCCTCT
364 CTACCTCTCCCCCT-CT-CCCC-CTATT-TCCCCCT-CTACC--CCCC-CCCTTACCCCTCC-CC
* * *
25358218 TCTCTA-CCTC-CT-CC-CT-TACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCT
420 TCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCT-CCTACTTCC--CCCCCCCCTCT
25358267 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCCC
1 CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCC-CCTCC-C-TCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCC
25358332 TCCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCC
62 TCCCCCCTCCTCCCTCCC-CCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCC
* *
25358397 TCCCCCCTCCTCCCCCCCGCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTC
126 TCCCCCCTCCTCCCCCCC-CCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCT-C-CTCCTC
*
25358462 CTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTCTACCCTCCCCCTCACTTCCCCTCTTCT
188 CTCCTC-CCCTCCCCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCC-TC--CCCTCCCCCTC-CTTCCCCTCTTCT
*
25358527 CCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTCTCCCCTACCCTACACCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
248 CCCCTCCCTCC-CCTCCCCCTCTCCCC--CCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCC
** * * ***
25358592 CCCTCCCCTTCCTACCCCCCCCTTCCCTCCTTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTTTTCCCTACCTCT
310 CCCTCCCCCCCCT--CCTCCCTTTCCCTCC-TCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCCCCTACCTCT
*
25358657 CCCCCTCTCCCCCTATTTCCCTCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCC
372 CCCCCTCTCCCCCTATTTCCCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCC
*
25358722 TCTCTTCCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCCCTCT
437 TCTCTACCCCCCCTCCTACTTCCCCCCCCCCTCT
* * * *
25358756 CCCCTCTCCCTCCTCCTCTCCCTCCCCCCTCCCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCCTCCCCCCCTCCT
1 CTCC-CTCCCTCC-CC-GT-CC-CCCCCCTCCCTCCCT-C-C-TCCCCCTCCC-CCCCCCC-CCC
* * * * *
25358821 TCTACTCTCTCCCCT-CTCCCTCTCCCTCC-CCCTCCC-CTCTCCCCTCCCTAC-CTACCCTCCC
56 CCT-CCCTCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTC-CT-CTCTCCCTACTCT-CCC-CCC
* *
25358882 CCTCCTACCCTTCTCCCCC-CCTCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCCCCTCCCTCCTCCCCTCCCC
116 CC-CCTACCCCTC-CCCCCTCCTCCCCCC-CCCTCCCT-CCCTCCCCCTCCCT-CTCCCCTCCCC
* * * * * * *
25358946 CCCCTCTTCGTCCCCCTCCCCTCCCCTACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTC
176 CCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCTCCCCTCCTCCCCCC-TCCTCCTCCCT-CCCCTCCCCCTCCTTC
* * * *
25359011 CCCTC-TCCCCCCTCCCCCCCCTTCTCCCCCCTCCCCCCCTACCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTC
239 CCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCC-TC-CCCCTCTCCCCCCCTACCCC-CCTCCCCCTCCCCTCCCC
* * *
25359075 CCTTCCTCTCCTTCCCCCCTCC-CCTCCCT
301 CCTCCCTCCCCCTCCCCCC-CCTCCTCCCT
25359104 CTCCTACCCC
Statistics
Matches: 1392, Mismatches: 178, Indels: 391
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
453 1 0.00
454 21 0.02
455 2 0.00
456 30 0.02
457 46 0.03
458 51 0.04
459 40 0.03
460 52 0.04
461 78 0.06
462 55 0.04
463 40 0.03
464 52 0.04
465 36 0.03
466 23 0.02
467 11 0.01
468 16 0.01
469 23 0.02
470 4 0.00
471 8 0.01
472 5 0.00
473 10 0.01
474 12 0.01
475 11 0.01
476 16 0.01
477 17 0.01
478 18 0.01
479 39 0.03
480 44 0.03
481 24 0.02
482 9 0.01
483 4 0.00
484 9 0.01
485 16 0.01
486 17 0.01
487 33 0.02
488 68 0.05
489 46 0.03
490 43 0.03
491 43 0.03
492 70 0.05
493 45 0.03
494 51 0.04
495 50 0.04
496 69 0.05
497 20 0.01
498 14 0.01
ACGTcount: A:0.02, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (470 bp):
CTCCCTCCCTCCCCGTCCCCCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTCCC
CCCTCCTCCCTCCCCCTCCTCCCTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTACCCCTCCCC
CCTCCTCCCCCCCCCTCCCTCCCTCCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCTCCTCCTCCC
CTCCCCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTCCCCTCCCCCTCCTTCCCCTCTTCTCCCCTCCCTCCCC
TCCCCCTCTCCCCCCCTACCCCCCTCCCCCTCCCCTCCCCCCTCCCTCCCCCTCCCCCCCCTCCT
CCCTTTCCCTCCTCTCCCTCCTACTCTCCTCCTCCCCCCTACCTCTCCCCCTCTCCCCCTATTTC
CCCCTCTACCCCCCCCCTTACCCCTCCCCTCCCTACCCTCTCTCCCTCTCTACCCCCCCTCCTAC
TTCCCCCCCCCCTCT
Found at i:25358908 original size:26 final size:23
Alignment explanation
Indices: 25358743--25363738 Score: 357
Period size: 23 Copynumber: 208.7 Consensus size: 23
25358733 CCTCCTACTT
* *
25358743 CCCCC-CC-CCCTCTCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25358764 CCTCCTCCTCTCC-CTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCT-C
*
25358788 CCCCCTCCT-CTTCCCCCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCT-C
* * *
25358812 CCCCCTCCTTCTACTCTCTCCCCT-
1 CCCCCTCC-TC-CCTCCCCCCCCTC
*
25358836 CTCCCT-CTCCCTCCCCCTCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCTC
* * * **
25358858 TCTCC-CCTCCCTACCTACCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25358879 CCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCC-TC-CCCCCCCTC
25358905 CCCCCTCCCTCCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25358928 CTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* **
25358952 TTCGTCCC-CCTCCC-CTCCCCTACTC
1 --C-CCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25358977 CCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCT-
1 CCCCC-TCCTCCCTCCC-CCCCCTC
* *
25359000 CCCTCTCCCTCCCCTCTCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25359025 CCCCC-CCT-TCTCCCCCCTC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25359045 CCCCCTAC-CCCTCCTCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25359067 CCCTCCTCCCTTCCTCTCCTTCCCCCCTC
1 CCC-CCT-CC-TCC-CTCC--CCCCCCTC
* *
25359096 CCCTC-CCTCTCCTACCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
* ** *
25359118 CCCCTCTCCCCCCTCCTACCCTTC
1 CCCC-CTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25359142 CTCCCCT-C-CCC-CCCTCCCCT-
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25359162 CTCCCT--ACCCTCCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
25359184 CCTCCTCTCCT-CCTCCCCTCCCCCTC
1 CC-CC-CTCCTCCCT-CCC-CCCCCTC
* * * *
25359210 CTCTCTTCC-CCCCCCCCCTCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** *
25359233 TTCTTCTCCTCCCTCTCCCCCCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * ** ** * *
25359256 -TCCCTTCTATCTACCCCTTACTTAT
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCC-CCCCT-C
* * ***
25359281 CCCCCTTCT-CTTCTTACCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25359303 TCCCCCTCCTCCC-CTCCCCTCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25359325 TCCCCT-TTCGCCTCCCCTCCCT-
1 CCCCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
**
25359347 CCTACT-CTCCCTAGCCCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CCCCC-CCCTC
* **
25359372 CCCCC-CCTCCC-CCTACCCTTTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCT-C
* *
25359395 CCCCCTACTCCC-CCCCCCCCTT
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25359417 TCCCCTCCCTCCCTCCTCCCCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25359441 CTACCCCTCCT--CTTCTCCCCCTC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25359464 TCTCTCTCCTCCCTCCCTCGCTTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25359488 CCCCCT-CTCCTCTCCCTCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCC-CTCCCCCCCCT-C
* * * *
25359512 CTCCCCCCCTCCCTCCTACCTCATC
1 C-CCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
* * *
25359537 CTCTCTCC-CCCTCTCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* * * * *
25359560 CTCCCCCCACCCTCCCTCCCGCTA
1 CCCCCTCCTCCCTCCC-CCCCCTC
* ** * *
25359584 CCCCCTCC-CCTTCCTTACTCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** *
25359607 CCTGCTTCT-CCTCCCCCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCT-C
* * *
25359631 TCTCCCCATCTCTCCTCTCCCCTACCTTT
1 -C-CCCC-TC-CTCC-CTCCCC-CCCCTC
* * **
25359660 CCTCCTCCTCTCT-ATCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25359682 CTCCCCT-CTCCCTCCCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCTC
* * *
25359706 CCCCTTACCCCCCTCCTCTCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25359731 CCCCCTCTTCCCCCCTCCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCC-TC
*
25359756 CCTCCTCCTACCCTTCCCCCCCCT-
1 CCCCCTCCT-CCC-TCCCCCCCCTC
* * ** *
25359780 CCTCCT-CTACCTACTACCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
* *
25359803 TCCCGCT-CTACCCTACCCCCCCT-
1 -CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25359826 -CCTCT-CTCCCTTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCC-TCCCCCCCCTC
25359848 TCCCCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTC
1 -CCCCCT-CCTCCCTCCCC-CCCCTC
* *
25359874 CCCCC-CTTTCTCTCCCCTCCCC-C
1 CCCCCTC-CTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25359897 TCCCCTCC-CCCTCCCCCCTTTCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC---CC-TC
*
25359923 CCCCCT-CT-CCT-ACCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25359943 CCTCTCTCCTCTCCTCCCTACTCGCCC-C
1 CC-CCCTCCTC-CCTCCC--C-C-CCCTC
* *
25359971 CATCCCTCCCTACCCTACCCCCCCTC
1 C-CCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
** **
25359997 CCCTAT-CTCCCCTCCTCTTTCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCC-C-CCCCCTC
* *
25360022 CCCTCTCCCCTACCT-CCCCCCCTC
1 CCC-C-CTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25360046 CCTCCC-CC-CCTCTCCCCTACCCCTC
1 CC-CCCTCCTCC-CTCCCC--CCCCTC
*
25360071 CCCCC-CC-CCCTCCCCCTCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25360091 CCCCCTCCCCCCCCCCCTCTCTTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCT-C
*
25360116 CCCCCTCTCTACTCC-CCTCCCCCTTC
1 CCCCCTC-CT-C-CCTCC-CCCCCCTC
*
25360142 CCCCTCTTCTCCCTATCCCCCCCCCTC
1 CCCC-CTCCTCCC--T-CCCCCCCCTC
* * **
25360169 CCCCTCCCCTCCCCTCTCCCTACTC
1 CCCC-CTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25360194 CTTCCCCT-C-CCCTCTCCCCTCTC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
**
25360217 CCCCC-CCT--CTCCCCCTACTACC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT--C
25360239 CCTCCCTCCTCCCTCCCCTCTCCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCC-C-CC-CTC
* *
25360266 CCCTCC-CCCCCCTTCCCTACCCCTC
1 CCC-CCTCCTCCC-TCCC-CCCCCTC
* ** *
25360291 CCCCCTCCTCCCTTTACCCCATCTT
1 CCCCCTCCTCCC--TCCCCCCCCTC
**
25360316 CCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25360340 CTCCCTACCTCTCCTCCCCCTCCCTCC
1 CCCCCT-CCTC-CCTCCCCC-CCCT-C
* *
25360367 CCCCCTACCTACCTCCCCCCCTTTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCC-CTC
* *
25360392 CTCCCTCCCTACCTACCCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCT-CCCCCCCCTC
** *
25360417 TCTCTACTCCTCCCTTCCTCCTCCCTC
1 -C-CCCCTCCTCCC-TCC-CCCCCCTC
*
25360444 CCTCCC-CCTCTCC-CCTCCCCCT-
1 CC-CCCTCCTC-CCTCCCCCCCCTC
** * * * **
25360466 AACCCTCTTTTCCTCCCTCTCTTTAC
1 CCCCCTC-CTCCCTCCC-CCCCCT-C
** *
25360492 CCTGCTCCTCCC-CCCCCCTTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25360515 CCCCC-CCTCCC-CCCCCACCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25360536 CTCCCC-CCTCCCTCCCCTCCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25360560 CTCCCTCC-CCC-CCCCCTCTCCATC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-C-CC-TC
* * * *
25360584 CTTCCC-CCTCTCCTGATCTCTCCCTAC
1 C-CCCCTCCTC-CCT--CCCCCCCCT-C
* * *
25360611 CCCCCCCCT-CCTCCCTCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25360633 TCCCCT-C-CCTTCCCCCTTCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-CCCT-C
25360656 CCTACCCTCCTCCCCTCTTCTCCCCCTCTC
1 CC--CCCTCCT-CCCTC--C-CCCCC-CTC
*
25360686 TCCCCTCC-CCCTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25360708 CCCTCCTTACTCCCTACCCCCCCTTCCTC
1 CCC-CC-TCCTCCCT--CCCCCC--CCTC
* * * * * *
25360737 TTCCCCCACCTCTCTTCCTCTCTTC
1 --CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25360762 CCCCC-CCTCTCCTCCCTCCTTACCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCTCCC-CC---CCCTC
*
25360789 CCCCCTACCCCCCTCCCTCTCTCCC-C
1 CCCCCT-CCTCCCTCCC-C-C-CCCTC
*
25360815 CCCTCCT-CTCCCCTCCTCCCCTCTC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCC-CCCCCCTC
* *
25360840 CCACC-CCT-CCTAACCTCCTCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CC-CC-CCCCTC
* *
25360865 CCCCCTCCTCCTTACCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25360888 CTCCTCTCCCTCCCTCCTCTCCCTC
1 C-CCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25360913 CTCCCTCC-CCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25360934 CCTCCTTCTCCC-CCCTCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25360956 TCCCTCTCC-CTCCTCCCTCCCCTTAC
1 -CCCCCTCCTC-CCTCCC-CCCCCT-C
* * *
25360982 CTCCCTTC-CCCT-CCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25361003 CCTCCCT--TACCTCCCCCCCCCTC
1 CC-CCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
*
25361026 CCTACCT-CTCCCTCTCCCCCTAACCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTC-CCCCC---CCTC
* *
25361053 CCTCCCT-CT-CCTCTCCCCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* **
25361075 CCCCC-CCT---TCCTCTTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25361094 CTCCCTACT-CTTCCCCCCTCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25361115 CTCTCTCCTCCCT-CCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
** * *
25361137 CCCTTAATCCTCCC-CCCCTCCCTTT
1 CCC--CCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
** * *
25361162 CCCCCTCCT-CCTACTAACCCCTTT
1 CCCCCTCCTCCCT-C-CCCCCCCTC
* *
25361186 CTCCCT-CTTCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25361207 CTCCCCTCC-CCC-CCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25361229 CCCTCCTCC-CCTCTTCCCCTCCT-
1 CCC-CCTCCTCC-CTCCCCCCCCTC
*
25361252 -CCCCTCCTCCC-CCCCCTTTACCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC---CCCTC
**
25361275 CTACCTCCTTCCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCTCC-TCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25361298 ACCTCCCCCCGCCCT-CTCCCCCTC
1 -CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
**
25361322 CCTCCCTCCTCTCCTTCCCTCCCTTTC
1 CC-CCCTCCTC-CC-TCCC-CCCCCTC
* * * *
25361349 TCGCCCT--TCCCT-ACCTCCCTT
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * **
25361370 CCCCCTTCTCTCTCCTTACCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** **
25361393 CCCCCTAATCCC-CTCCTACCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25361415 CCCCCTCCTCCC-CCCTCCTCTCTTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCC-CC-C-CCT-C
*
25361441 TTCCCCT-CTCCCCTCCCCCCCC-C
1 -CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
*
25361464 TACCCC-CCTCCC-CCCCCCCCTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25361486 CCCTCTCTCTCTACTACCCCCCTCTCC
1 CCCCCTC-CTC-CCT-CCCCCCCCT-C
25361513 CTCTCCCGTCCT-CCTCCCCTTCCCTCTC
1 C-C-CCC-TCCTCCCTCCCC--CCC-CTC
* *
25361541 CCCACCT-CTCCCCTCCCTCCCCGC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* *
25361565 CCCTCCTACT-TCTCCCCTCCCTCTC
1 CCC-CCTCCTCCCTCCCC-CCC-CTC
* * * *
25361590 TCCCCTCTTCTCT-CCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * *
25361612 CCCTCT-CTGGCTTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
** *
25361635 TACCCTCC-CCCTCTACCCCCCCTA
1 CCCCCTCCTCCCTC--CCCCCCCTC
* *
25361659 CCCCC-CCTCCCCTCCCTCCTCTTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCC-CCCCCTC
* * *
25361683 CCCCC-CCCCCCTCTACTCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC--CCCCCCCTC
25361707 CCCTCCT-CTACCTCTCCCGCCCCCTC
1 CCC-CCTCCT-CC-CTCCC-CCCCCTC
25361733 CCCCTCTCCTCCC-CCATCCTTCCCC-C
1 CCCC-CTCCTCCCTCC--CC--CCCCTC
25361759 CCCCCT-C-CCCTCCTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCT-C
*
25361782 CCCCCTACC-CCCTCCTCCCCTCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25361806 CCCTCTCTCCCCCCTCTACCCCCCTC
1 CCC-C-CTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* ** *
25361832 CCCCC-CTCTCCC-CTCTCCTTCAC
1 CCCCCTC-CTCCCTC-CCCCCCCTC
* * *
25361855 CCCCCTCCT-CCT-ACCCTCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25361876 CCTCCTCCTCCCTCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25361898 CCCTACC-CCTCCCTAGCCGCCCCTCCTC
1 CCC--CCTCCTCCCT--CC-CCCC-CCTC
* *
25361926 CCCTCTCC-CCCT-CCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25361947 CTCTCCT-CGCCCTCCCCTCCCTC
1 C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25361970 CTCCCACCT-CCT-CCCTCCCTACC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT--C
* *
25361993 CCCCCTCCTCCTCTCCTTCCTCC-C
1 CCCCCTCCTCC-CTCC-CCCCCCTC
**
25362017 CCCCCTTTTCCC-CCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25362040 CCCCCTACCTACCTCCCCCCCCT-
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25362063 ACCCCT-CTCCCTACCCCCCTTCGTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCC--CCTC
*
25362088 TCCCCCT-CTCCC-CCCTACCCTCTTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCC--CCC-CCTC
**
25362113 TCCCCC-CCTCCC-CTTCCCCCTCC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25362136 CCCCCTCC-CCCT-CTCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25362156 -CTCCTCC-CCCTCCTCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25362177 CTCCCT-CTCCCTCTCCCCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
*
25362200 CTCCTCCTACCCCCCTCCCCCCCACTC
1 C-CC-CCT-CCTCCCTCCCCCCC-CTC
* *
25362227 CTCCCTCCTCCTTCCCCCGCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCC-C-CCTC
* * * *
25362252 TCCCTCTCCTCACTCCTCCCTCT-
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25362275 CCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCTACCTC
1 CCCCCTCCT--CCCTCCCC-C-CCCTC
* *
25362302 CCCCCCCCTCCCCCCCCCCTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCC-CCTC
*
25362326 CCCTCTCCCTCCC-CCCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** ** **
25362349 TCTCCCTTATTCCCTCTACCTACTC
1 -C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25362374 TCCCCT-C-CCCTCTCCCCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
*
25362396 CCCTCAC-CCTCCCTATCCCCCCTCTC
1 CCC-C-CTCCTCCC--TCCCCCCCCTC
25362422 CTCCCTCTCCCTCTCCT-CCCCCCCTC
1 C-CCC-CT-CCTC-CCTCCCCCCCCTC
25362448 CCCCCTCCCTTTACCCTCCCTCCCCCTC
1 CCCCCT-CC--T-CCCTCCC-CCCCCTC
** **
25362476 TACCCTCC-CCC-CCCCCTTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25362497 CCCCCTCCGCTACCT-CCCCCCC-C
1 CCCCCT-C-CTCCCTCCCCCCCCTC
*
25362520 CCCCCTCCTCCC-CCCCTTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
* * * *
25362543 CCTCTTTCTACCTATCCCCCCCC-C
1 CCCCCTCCT-CC-CTCCCCCCCCTC
** * *
25362567 TTCCCTCCCCCCATTACTCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCC--T-CCCCCCCCTC
25362592 CCCCCTCCTCCCTCTTCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CC-C-TCCCCCCCCTC
25362618 TCCTACCCT-CT-CCTACCCCTACCCCTC
1 -CC--CCCTCCTCCCT-CCCC--CCCCTC
* *
25362645 CCCTCCCCCTACTCTCCCCCCGACCCTC
1 CCC-CCTCCT-CCCTCCC-CC--CCCTC
*
25362673 ACTCCCC-CCT-CCTCCCTCCCCT-
1 -C-CCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25362695 CCCCCTCC-CCCTCCTCCCTCCCTCC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCC-CCCT-C
*
25362720 CCCCTCTCCCCCTCTCCCCTCCCCTC
1 CCCC-CTCCTCC-CTCCCC-CCCCTC
*
25362746 GGCCCC-CCTACCCTCTACCCCCCC-C
1 -CCCCCTCCT-CCCTC--CCCCCCCTC
*
25362771 CCTCC-CCTCCCCTCCCTCTCCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCC-C-CCCCTC
* **
25362796 TCCCCTCCCTCCCTCTCCCTCTTCTAC
1 CCCCCT-CCTCCCTC-CCC-CCCCT-C
* *
25362823 CCTCCTCGTCCCATCCCCCCTCCT-
1 CCCCCTCCTCCC-TCCCCCC-CCTC
*** ** * **
25362847 CCTAATAAT-CTTACCTACCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
*
25362870 CCCCC-CCTCCCT-CTCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
25362891 CCCTACC-CCTCCCTTCTCCCTCTCCCTC
1 CCC--CCTCCTCCC-TC-CCC-C-CCCTC
* * * *
25362919 CCTTCGCTTCCTCCCTCCTCTCTCTC
1 CC--C-CCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25362945 CCCTCTCCCTCCCCTCCCCTCCCTC
1 CCCCCT-CCT-CCCTCCCCCCCCTC
25362970 CCCCCTCC-CCCTCCCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCT--CCCCCCCCTC
25362994 CTCTCCCTCTCTCTCCTCTCCCCCCC-C
1 C-C-CCCTC-CTC-CCTC-CCCCCCCTC
* * * * *
25363021 CCCTCTTCCT-ACTCCCTCTCCTT
1 CCC-CCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363044 CCCCCT-CTCCC-CCCTCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363065 CTCTCCCT-CTCCCTACCCTCCCCTC
1 C-C-CCCTCCTCCCT-CCCCCCCCTC
* * * * *
25363090 CCCCCCCCTCCC-CTCCTCTCTT
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* ** *
25363112 ACCCCT-C-CCCTCCCTTCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25363133 TCACCTACTCACTCTCCTCTCCCT-
1 CCCCCTCCTC-C-CTCCCCCCCCTC
*
25363157 CCCCCT-CTCCC-CCCCCCTCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363178 CCCCCT-C-ACCTCCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCCCCCTC
** *
25363200 CCTACTCCTCCCCCCCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363223 CCTCCC-CCTACTCTCCCCCCCTCTC
1 CC-CCCTCCT-CCCTCCCCCCC-CTC
* *
25363248 CCTCCTCCCTCCGTCCTCCCCCCTC
1 CCCCCT-CCTCCCTCC-CCCCCCTC
25363273 CTACCCCTCCT--CTCCCTCCCCCTCC
1 C--CCCCTCCTCCCTCCC-CCCCCT-C
* **
25363298 CCCCCTTCGTTTCTCCCTCTCCCCTC
1 CCCCC-TCCTCCCTCCC-C-CCCCTC
*** * *
25363324 CCTATTCCTCCTTCCTCCCTTCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCC-CCC-CCCTC
* * *
25363349 CTCCCTCC-CCCTCTCTCTCCGCTC
1 CCCCCTCCTCCCTC-C-CCCCCCTC
** *
25363373 CCCCC-CCTCCC-CCCCTTCCGC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25363394 CCCCCTCCTATCC-CCCCTCCCTC
1 CCCCCTCCT-CCCTCCCCCCCCTC
* * *
25363417 CCCTCT-CTCCCTCTCTCTCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTC-CCCCCCCTC
* *
25363439 CTCCCTCCT-CCTCTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * * * *
25363461 TACTCCTCCTCTCTACTCCCCCTC
1 -CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25363485 CCTCCTCTACCCCTCCTCCCTCCTCCTC
1 CC-CC-CT-CCTC-CCTCCC-CCCCCTC
* * * *
25363513 CCTCCCTACTCTCTCTCCTCCCT-
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363536 CCTCC-CCT-CCTCCCCCCCCT-
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25363556 CCTCCTCTTCTCTCCCCCCCCTAC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCT-C
* * *
25363580 CCTCCC-CCTACCTCCCCTCTCTC
1 CC-CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* * *
25363603 TCCCTTCCTCCCTCCCCTCCCTTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCC-CCCCTC
*
25363627 CCCCCTCC-CCCT-CCCTCCCTC
1 CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
*
25363648 CCTTCCCT-CT-CCTCCCTCCCCTC
1 CC--CCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
* *
25363671 CCCCCCCTCTCCCTCCTCCCCCCTA
1 CCCCCTC-CTCCCTCC-CCCCCCTC
* *
25363696 CCCTCTCCTCTCCTCTTCCCCCCTC
1 CCCCCTCCTC-CCTC-CCCCCCCTC
*
25363721 CCTCCTCTCTCCCCTCCC
1 CCCCCTC-CT-CCCTCCC
25363739 TACCCCTCTT
Statistics
Matches: 3565, Mismatches: 806, Indels: 1204
0.64 0.14 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 27 0.01
20 75 0.02
21 323 0.09
22 440 0.12
23 623 0.17
24 615 0.17
25 574 0.16
26 403 0.11
27 274 0.08
28 116 0.03
29 64 0.02
30 23 0.01
31 8 0.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.70, G:0.01, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
CCCCCTCCTCCCTCCCCCCCCTC
Found at i:25359038 original size:106 final size:102
Alignment explanation
Indices: 25356594--25359226 Score: 462
Period size: 101 Copynumber: 25.5 Consensus size: 102
25356584 CTCCTTTCCT
* * * * *
25356594 CTCCCCCCT-CCCCCCCTCCTCCCTCCTACCTTACCCCCTCT-C-CCCCCT-CCCTCCCCCT-CC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCT-CCCCTACT
* * *
25356654 CCCCCCCTCCCTCC-CCTCTAACCCCCCCCTCTGCCTCCCC
65 CCCCCCTTCCC-CCTCC-CT-ACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * ** * *
25356694 CTACCTCCCT-CCCCCTCT-CTCTACTCCT-CCCTCTTCCCCCTCC-CCCCC-CCTC-CCCCTCC
1 CT-CCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTAC
* * * *
25356753 TACCCCCTTCCCCTATCTCCCCTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTC
64 TCCCCCCTTCCCC---CT-CCCTACCCCTCC-C-TCTCCCTCCCC
* ** *
25356798 CTCCCCTCTCCCCCTCCCT--TCTTTCCTACCCCTCCCCCCTCC-CC-CCTCTACTCCCCT-CCC
1 CTCCCCCCTCCCCC-CCCTCCTCCCTCCT-CCCCTCCCCCC-CCTCCTCC-C-CCTCCCCTCCCC
* *
25356858 T-CTCCTCCCC-TCCCCC-CCCT-CCCCT-AC-CT-CCTCCCT
61 TACTCC-CCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
*
25356894 CTCCCCCTCTCCCCCCTCC-CTCTCCTCTCCTCCCCTAACCCTCTCCCCTCCCCCCCCTCCCCTC
1 CTCCCCC-CTCCCCCC-CCTC-CTCC-CTCCTCCCCT--CCC-C-CCCCTCCTCCCCCTCCCCTC
* * * * *
25356958 TTCCC-CCT-CCCCC-TCCCCCCCTCCTACCCCTCCCCCCTCTCTTCCC
58 --CCCTACTCCCCCCTTCCCCCTC-CCTACCCCT-CCCTCTCCCTCCCC
* *
25357004 CTCCCCGCC-CCTCCCCCTCC-CCCTCC-CCCCTACTCCCCCCTCCTACCCCTTTCCTCCCC-CC
1 CTCCCC-CCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCCCCCCCTCCT--CCC---CCTCCCCTCC
* * * * *
25357065 CCTACCCCCCCCTTCCTCCCTCCCT---TCTACTTC-CCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCC-CCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * *
25357106 CTCCCCTCTCCCCCCCCTCCCCTCCCCCCCCCCCCTCCCCCTCCTCCTCCCCCTACCCTCCCCTA
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCT--CCT-CCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTA
* * *
25357171 C-GCCCCC--CCCCCTCCCTACTCCCCTTCCCCCTACC-CCCC
63 CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTA--CCCC-TCCCTCTCCCTCCCC
* *
25357210 CT-CCCCCTCCCCTCCCCCCCCTCCC-CC-CCCCTCTCCCCCCCTCC-CTCCCTCTCCCTCTCCC
1 CTCCCCCCT-CCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCCCTC-CCCTC-CCC
25357271 --C-CCCCCCTTCCCCCCTCCTCT-CCCCT-CC-CT-CCTCCCC
61 TACTCCCCCCTT-CCCCCTCC-CTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * *
25357308 CT-CCCCCTACTCCCCCCC-CCTCCCCCCT-CCCTCCCTCTCCTCC-CCCTCCTCCCC-CCCTCT
1 CTCCCCCCT-C-CCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCC-CCTCCCCTCCC-CT
* * * * *
25357368 TCTCCCTCC-TCCCCGT--CT-CCCC-CCTCTCCCCCTCCTC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCC-CTCTCCCTCCCC
* * * *
25357405 CTCCACCCTCCCTCCCCTCCTTCCCT-CTCCCC-CCCCCCTCT-C-CCCCCTCCCC-CCCC-CCT
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCC-TCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTACT
* * * *
25357464 CCCCCC-TCCCTTCCTTCTTCTTCTCCCT-CTTCTCCTTACCTCC
65 CCCCCCTTCCC--CC-TC-CCTAC-CCCTCCCTCTCCCT-CC-CC
* * * *
25357507 CT-ACCCCTACCCCCCC-CCTCCC-CCT-CCCTCCCCCTTCGCTCCTCTCCCCTTCCCC-CCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCC--CCCTCCTC-CCCC-TCCCCTCCCCT
* * * *
25357567 CCTCCCTCTCCTACCCCCTCCCT-TCCCTTCC-CT-CCT-CCC
62 ACTCCC-C-CCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * *
25357606 CT--CCCCTCCTCTCCCCTCC-CCCTCTTCCCCTCCCCCCCCT-CTCCCCCCCCCTCCTCCCCTC
1 CTCCCCCCTCC-CCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCC-CCTCCCCTA
*
25357667 CTCCCCCCTT-CCCCTCCC--CTCCT--CTCT-CCTCCCC
63 CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
25357701 CTCTCCCCCTCCTCCCCCC-CC-CCCTCTCTTCCCC-CCCCCCTCCTCCTACCCCTCTCCCC-CT
1 CTC-CCCCCTCC-CCCCCCTCCTCCCTC-C-TCCCCTCCCCCC-CCTCCT-CCCC-CTCCCCTC-
* ** * *
25357762 CCTTACCTCCCCCCCCCCCCCTCTCT-CTCCCTCCCTCCTCCCGTACCC
58 CCCTA-CTCCCCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCT-CTCCC-TCCCC
* * * * *
25357810 C-CCCCCCTCCCTCCTCT-C-CCCTCCTCCTCTCCCCTACCCCCTCTTCCCCCCCCCCTTCCCC-
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCC--CCCCCTCCTCCCCCTCCCC-TCCCCT
* * * *
25357871 -CT-CTCCCTT-CTCCTCCCT-CCCCTCTCTCCCCCCTCCTCCC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCT-CTCCCT-C-CCC
* * *
25357911 CTCCCCTCTCCCCCACCC-CCTTTCCCT-C-CCCCTACCCTCTCCCCTCCCTCCCCCTACTCT-C
1 CTCCCCCCTCCCCC-CCCTCC--TCCCTCCTCCCCT-CCC-C-CCCCT-CCTCCCCCTCCCCTCC
* * ** *
25357972 TCTCCTCCCCCC-TCCCCTCTCTCCCCCCCCTCCC-CTCCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCCCC-CTC-CCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * *
25358016 CTCCCCCC-CTCCCCCTCTCCT-TCTCCCTCCCCTCCCCCCCCCTCC-CCCCCCCCCCCCCCCTA
1 CTCCCCCCTC-CCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTA
*
25358078 CTCCCCCC-TCCTACGTCTCCCT---CCTCCC-CTCCC-CCCC
63 CTCCCCCCTTCC--C-CCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * *
25358115 CTCCTCCCTTTCCCTCCC-CCT--CTACCT-CCCTACCCCCCCCTCCTCTCCTCCTCCTCC-CCC
1 CTCC-CCCCTCCCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCCCT-CCCCCCCCTCCTC-CC-CCTCC-CCTCCC
*
25358175 TCTATTCTCCCCC-T---CCTCCCTACCCCTCCCT-TACTCCTCCTCTTC
60 -CTACTC-CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCT-C-CCTCC-C--C
* * * * *
25358220 TCTACCTCCTCCCTTACCCCTCCTCCCTCCTTCCTTCCCCCCCCTCTCTCCCTCCCTCCCCGTCC
1 -CTCCCCCCTCCC--CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTC-CT-CC-CCCTCCCC-TCC
* * * * * *
25358285 CC-CCTCCTCCTCTTCCCTCCTCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCT-CCC
59 CCTACTCC-CCCCTTCCC-CCT--CCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* *
25358331 CTCCCCCCTCCTCCCTCCCTCCT-CCTCC-CTCCCTCCTCTCTCCCTACTCTCCCCCCCCCCTAC
1 CTCCCCCCTCC-CCC-CCCTCCTCCCTCCTC-CCCTCC-C-CCCCCT-C-CTCCCCCTCCCCT-C
* * *
25358394 CCCT-C-CCCCCTCCTCCCCCCCGCCT--CCCTCCCTC-CCC-CTCC
58 CCCTACTCCCCC-CTTCCCCCTC-CCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * * * *
25358435 CTCTCCCTTCCCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCTCCCTCCTCTCCTCCCCCCTCCTCCTCCCTTC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCC-CCTCCC--C
*
25358500 TACCCTCCCCCTCACTT-CCCCTCTTCT-CCCCTCCCTC-CTCCTCCCC
61 TA--CT-CCCC-C-CTTCCCCCTC-CCTACCCCTCCCTCTC-CCTCCCC
* * * * *
25358546 CTCTCCCCTACCCTACACC-CCTCCC-CCTCCCCTCCCCCCTC-CCTCCCCCTCCCCT-TCCTAC
1 CTCCCCCCT-CCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTAC
* * **
25358607 CCCCCCCTT--CCCT-CCTTCTCCCT-CCTACTCTCCTCCTT
64 TCCCCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCT-CTC-CCTCCCC
* * * ** *
25358645 TTCCCTACCTCTCCCCCTCTCC-CCCTATTTCCCTCTCTACCCCCCC-CCTTACCCCTCCCCT-C
1 CTCCC-CCCTC-CCCCCCCTCCTCCCT-CCTCCC-CTC--CCCCCCCTCC-TCCCCCTCCCCTCC
* * *
25358707 CCTAC-CCTCTC-TCCCTCTCTTCCC--CCCCT-CCTACTTCCCCCCCCC
59 CCTACTCCCCCCTTCCC-C-C-TCCCTACCCCTCCCT-C-T-CCCTCCCC
* *
25358752 CTCTCCCCTCTCCCTCCTCCT-CTCCCTCC-CCCCTCCCCCCCTCCTCTTCCCCCT-CCCTCCCC
1 CTC-CCCC-CTCCC-CCCCCTCCTCCCTCCTCCCCT-CCCCCC-CCTCCTCCCCCTCCCCTCCCC
** * *
25358814 CCCTCCTTCTACTCTCTCCCCTCTCCCT-CTCCCTCCCCCTCCCCTCTCCC
61 TACTCC--C--CCCT-TCCCC-CTCCCTAC-CCCTCCCTCT-CCCTC-CCC
* * *
25358864 CTCCCTACCTACCCTCCCCCTCCTACCCTTCTCCCCCCCTCCCCCCTCCCTCCCTCC-CCCC-CC
1 CTCCC-CCCT-CCC-CCCCCTCCT-CCCTCCTCCCCTCC-CCCCCCT-CCTCCC-CCTCCCCTCC
* * * *
25358927 CCTCCCTCCTCCCC-TCCCCC-CCCT-CTTCGTCCCCCTCCCCTCCCC
59 CCT-ACTCC-CCCCTTCCCCCTCCCTAC-CCCTCCCTCT-CCCTCCCC
* * * *
25358972 TACTCCCCCCTTCCCCCTC-CCTACC-CCTCCCTCTCCCTCCCCT-CTCCCCCCTCCCC-CCCCT
1 --CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCC-CTCCCCCCCCTCCT-CCCCCTCCCCTCCCCT
* *
25359033 TCTCCCCCC-T-CCCC-CCCTACCCCT-CCTCCCCCT-CCC
62 ACTCCCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
* * * * * * * * **
25359069 CTCCTCCCTTCCTCTCCT--TCCCCCCTCCCCTCCCTCTCCTACC-CCCCCCCCCCTCTCCCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCT-CCTCCCCCTCCCCTC-CCCTAC
* *
25359131 TCCTACCCTTCCTCCCCTCCC--CCCCTCCCCTCTCCCT-ACC
64 TCC-CCCCTT-C-CCCCTCCCTACCCCT-CCCTCTCCCTCCCC
* * *
25359171 CTCCCCCCT--CCTCCCTCCTCTCCTCCTCCCCTCCCCCTCCTCTCTTCCCCCCCCCC
1 CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTC-CCTCCTCCCCTCCCCC-CC-CTCCTCCCCCTCCCC
25359227 CTCCTCTTCT
Statistics
Matches: 1912, Mismatches: 297, Indels: 643
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
93 12 0.01
94 35 0.02
95 42 0.02
96 50 0.03
97 92 0.05
98 110 0.06
99 116 0.06
100 137 0.07
101 162 0.08
102 160 0.08
103 104 0.05
104 148 0.08
105 152 0.08
106 99 0.05
107 81 0.04
108 76 0.04
109 103 0.05
110 84 0.04
111 47 0.02
112 35 0.02
113 9 0.00
114 14 0.01
115 22 0.01
116 22 0.01
ACGTcount: A:0.03, C:0.73, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (102 bp):
CTCCCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCTCCTCCCCTCCCCCCCCTCCTCCCCCTCCCCTCCCCTACTC
CCCCCTTCCCCCTCCCTACCCCTCCCTCTCCCTCCCC
Done.