Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1216
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48843
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.32
Found at i:2417 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2374--2552 Score: 161
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
2364 GCTACTCATT
* *
2374 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCGGTTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCGGATATAGTAACTCGCA
* *
2413 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCG-A
1 CAAATGCCTTCGGGACTT-AGCCGGATATAGTAACTCGCA
* * *
2452 CACAATG-CTTCGGG-CTTAGCCCGAAATTAGTATCTCGCA
1 CA-AATGCCTTCGGGACTTAGCCGGATA-TAGTAACTCGCA
* * * * *
2491 CAATTGCCTT-TGGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAG-CCGGATATAGTAAC-TCGCA
2532 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCC
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCC
2553 CGGACTCATT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 19, Indels: 20
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
37 5 0.05
38 17 0.15
39 35 0.32
40 39 0.35
41 15 0.14
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCGGATATAGTAACTCGCA
Found at i:5117 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 5066--5394 Score: 159
Period size: 45 Copynumber: 7.4 Consensus size: 45
5056 GATCGCATCT
5066 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
1 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
* **
5111 AGTCTTATC-CTCCTGAAGTTGCAGT-GAGGCAGGCTAAAG-ATGGCA
1 AGTCTTATCTC-CCTGAAGTTGCAGTGGA-GCAGACT-AAGCAAAGCA
* * * *
5156 AATCTTATCTCCTTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTAAAGTC-GA-CA
1 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACT-AAG-CAAAGCA
* * ** ** * **
5201 A-TCCTATCTCCCTGAAATTATAGTGGAGTGGATTAA--AACCTCA
1 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAA-AGCA
* * ** * * * *
5244 AATCTTATCTCTCTGAAGTTGCA-AAGAGTAGA-T-CGC--ATCT
1 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
* * *
5284 AGTTTTATCTCTCTTGAAGCTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
1 AGTCTTATCTC-CCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
* * * **
5330 AGTCTTATC-CTCCTAAAGTTGTAGT-GAGGTAGACTGAAG-ATGGCA
1 AGTCTTATCTC-CCTGAAGTTGCAGTGGA-GCAGACT-AAGCAAAGCA
*
5375 AATCTTATCTCCCTGAAGTT
1 AGTCTTATCTCCCTGAAGTT
5395 ACGGTGGAAT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 50, Indels: 44
0.69 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
40 11 0.05
41 9 0.04
42 7 0.03
43 12 0.06
44 49 0.23
45 104 0.49
46 20 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGCAAAGCA
Found at i:6698 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6655--6700 Score: 58
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
6645 AGTTTTTCTT
6655 ATTTTTTTAAATTCGACCTTTA
1 ATTTTTTTAAATTCGA-CTTTA
6677 ATTTATTTTAAATTCTGA-TTTA
1 ATTT-TTTTAAATTC-GACTTTA
6699 AT
1 AT
6701 CCTTTTGAAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.45
23 10 0.45
24 2 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.04, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTTTTAAATTCGACTTTA
Found at i:8505 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 8375--8558 Score: 184
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
8365 GCTCCTCGTT
* *
8375 CAAATGCCTTTGGGACATAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATT-TAGTAACTCGCA
*
8415 CAAATG-CTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAG-TAACTCGCA
* * *
8455 CAAATGGCTTCGGG-CTTAGCCCGGAATTAGTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
* * * *
8494 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAC-CA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATTTAGTAAC-T-CGCA
8535 CAAA-GCCTTC-GGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
8559 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 14, Indels: 15
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.02
39 46 0.37
40 60 0.49
41 14 0.11
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCA
Found at i:16159 original size:78 final size:82
Alignment explanation
Indices: 16042--16225 Score: 229
Period size: 78 Copynumber: 2.3 Consensus size: 82
16032 GCTCCTCGTT
* *
16042 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCC
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAACCC
* *
16105 GGATTTAGTAAC-TCGCA
65 GGATATAGTAACTTAGCA
* **
16122 CAAATGCCTTC-GG-CTTAGCCCGGAAT-TAGTATCTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCG
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCG
* *
16184 GATATGGTCACTTAGCA
66 GATATAGTAACTTAGCA
16201 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
16226 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 9, Indels: 10
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
77 3 0.03
78 52 0.58
79 13 0.14
80 22 0.24
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (82 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCG
GATATAGTAACTTAGCA
Found at i:16225 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 16042--16225 Score: 225
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
16032 GCTCCTCGTT
* *
16042 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
* *
16082 CAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTAGTAACTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
*
16122 CAAATGCCTTC-GG-CTTAGCCCGGA-ATTAGTATCTCGCA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATA-TAGTAACTCGCA
* * * *
16160 CAAATGCCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATGGTCACTTAGCA
1 CAAATGCCTTCGGGA-CTTAGCCCGGATATAGTAAC-TCGCA
16201 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
16226 CATCATTCAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 13, Indels: 12
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 34 0.27
39 2 0.02
40 77 0.62
41 12 0.10
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCA
Found at i:18523 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 18409--18605 Score: 340
Period size: 98 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
18399 TTTAAAATAA
* * * *
18409 TAAAGGAAATATTCCGAGTTTGGGATTTTAATGGAATTGTGCCCTAACGTATTGGGTGTGATTTC
1 TAAAGGAAATATTCCGAGTTTGGGATTCTAAAGGAATCGTGCCCTAACGTATTAGGTGTGATTTC
*
18474 TTAAATCTTGGATCAGTGGATGTTCTTTTAAAG
66 TTAAATCTTGGATAAGTGGATGTTCTTTTAAAG
*
18507 TAAAGGAAATATTCCGAGTTTGGGATTCTAAAGGACTCGTGCCCTAACGTATTAGGTGTGATTTC
1 TAAAGGAAATATTCCGAGTTTGGGATTCTAAAGGAATCGTGCCCTAACGTATTAGGTGTGATTTC
18572 TTAAATCTTGGATAAGTGGATGTTCTTTTAAAG
66 TTAAATCTTGGATAAGTGGATGTTCTTTTAAAG
18605 T
1 T
18606 TTTATTGTAC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 6, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 93 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (98 bp):
TAAAGGAAATATTCCGAGTTTGGGATTCTAAAGGAATCGTGCCCTAACGTATTAGGTGTGATTTC
TTAAATCTTGGATAAGTGGATGTTCTTTTAAAG
Found at i:21028 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 20946--21054 Score: 173
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
20936 TCCTTAAATT
*
20946 TTTCCATATGATGTCATAACTCACCAGTTACGGTATTACACGATATGGTCTTC
1 TTTCCATATGATGTCATAACCCACCAGTTACGGTATTACACGATATGGTCTTC
* * * *
20999 TTTCCATATGATGTCATAACCCACTAGTTATGGTCTTACACGATATGTTCTTC
1 TTTCCATATGATGTCATAACCCACCAGTTACGGTATTACACGATATGGTCTTC
21052 TTT
1 TTT
21055 AGTGCCATAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 51 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (53 bp):
TTTCCATATGATGTCATAACCCACCAGTTACGGTATTACACGATATGGTCTTC
Found at i:23147 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 23048--23267 Score: 205
Period size: 79 Copynumber: 2.8 Consensus size: 79
23038 CTCGTTCAAG
* * ** * *
23048 TGCCTTCGGGACATAGCCCGGTCATAGTAACTCATTC-AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTT
1 TGCCTTCGGGACATAACCCGG-AATAGTAACTCACACAAAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGA-AT
*
23112 TAA-AACTCGCACGAA
64 TAATAACTCGCACAAA
* * * *
23127 TGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTGTATCTCGCACAAAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTA
1 TGCCTTCGGGACATAACCCGGAATAGTAACTCACACAAAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTA
23192 ATAACTCGCACAAA
66 ATAACTCGCACAAA
* * ** * * *
23206 TACCTTC-GGATCTTAGTCCGGATATAGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 TGCCTTCGGGA-CATAACCCGGA-ATAGTAACTCA-CACAAAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
23268 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 9
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 16 0.14
79 68 0.59
80 26 0.22
81 6 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.28, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
TGCCTTCGGGACATAACCCGGAATAGTAACTCACACAAAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTA
ATAACTCGCACAAA
Found at i:23227 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 23085--23267 Score: 187
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
23075 TAACTCATTC
* *
23085 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGATTTTAA-AACTCGCACG
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA-ATTAATAACTCGCACA
* *
23125 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATT-GTATCTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
*
23164 AAGGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
* ** * * *
23204 AATACCTTC-GGATCTTAGTCCGG-ATATAGTCACTTAGCACA
1 AATGCCTTCGGGA-CTTAACCCGGAAT-TAATAAC-TCGCACA
*
23245 AA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
23268 CAGCATTCAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 16, Indels: 13
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
39 41 0.34
40 68 0.57
41 11 0.09
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
AATGCCTTCGGGACTTAACCCGGAATTAATAACTCGCACA
Found at i:34180 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 34017--34504 Score: 832
Period size: 47 Copynumber: 10.3 Consensus size: 47
34007 GAACATGCAG
*
34017 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATTTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
34064 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
34111 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
34160 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
34209 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
34256 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
34305 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
*
34352 ATATGTGATAAGGCCTAATGGTCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
34399 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
* * * * * * *
34446 ATATGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTAT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
*
34493 AAATGTGATAAG
1 ATATGTGATAAG
34505 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 13, Indels: 8
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 281 0.66
49 143 0.34
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
Found at i:34206 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 34017--34504 Score: 832
Period size: 96 Copynumber: 5.1 Consensus size: 94
34007 GAACATGCAG
*
34017 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATTTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
34082 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
66 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
34111 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCT
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCT
34176 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
64 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
34209 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
34274 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
66 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TAT
34305 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
*
34370 TGGTCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
66 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
* * * *
34399 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGACAGGGCCGAG
1 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
* * *
34464 TGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTAT
66 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
*
34493 AAATGTGATAAG
1 ATATGTGATAAG
34505 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 11, Indels: 8
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
94 143 0.38
96 189 0.50
98 47 0.12
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
Found at i:34678 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 34623--34700 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
34613 CCGAGCTCTA
* *
34623 AAGACCCGATGACTACGTGTGG-GATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
34659 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
34696 AAGAC
1 AAGAC
34701 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 20 0.53
37 18 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:36158 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 35915--36146 Score: 365
Period size: 40 Copynumber: 5.8 Consensus size: 40
35905 GAGAATTGAG
35915 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
35955 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
35995 AGTGATATATCCGGGCTAAATCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * *
36035 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * **
36075 AGAGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * *
36115 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
36147 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 19, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 173 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
AGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:40049 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 39998--40551 Score: 952
Period size: 47 Copynumber: 11.7 Consensus size: 47
39988 TTAGGATTCT
* *
39998 ATGTGATGGATGTGAACA-TGCATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAA-AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40045 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40092 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40139 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40186 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40235 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40284 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40331 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40378 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
40425 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * * * *
40472 ATGTG-TGAATGTGAAAGTGTATAT-TGTGACAGGGCCGAGTGGCCA
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
* * *
40517 ACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
40552 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 12, Indels: 10
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 20 0.04
46 37 0.08
47 337 0.69
49 96 0.20
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
Found at i:40341 original size:239 final size:234
Alignment explanation
Indices: 40019--40551 Score: 942
Period size: 239 Copynumber: 2.3 Consensus size: 234
40009 GTGAACATGC
40019 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
40084 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
66 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
40149 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATA
131 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATA
40214 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
194 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTG-TGAATGTGAAAGTG--T
40258 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
40323 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
66 AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
40388 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
131 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
40453 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGTGAATGTGAAAGTGT
196 TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGTGAATGTGAAAGTGT
* * * * * * * *
40492 ATAT-TGTGACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
40552 TCCCGAAGGC
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 8, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
233 48 0.17
234 5 0.02
236 14 0.05
237 32 0.11
239 187 0.65
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (234 bp):
ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCT
AATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATG
TGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGTGAATGTGAAAGTGT
Found at i:40724 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 40668--40746 Score: 122
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
40658 CCGAGCTCTA
* * *
40668 AAGACCCGATGACTACGTGTGGGGATTTTGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
*
40705 AAGACCCGATAACTTCGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
1 AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
40742 AAGAC
1 AAGAC
40747 TTCGTAATAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 38 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGACCCGATAACTACGTGTGGAGATTATGTCCGGGT
Found at i:45232 original size:79 final size:82
Alignment explanation
Indices: 45121--45305 Score: 247
Period size: 79 Copynumber: 2.3 Consensus size: 82
45111 GCTACTCGTT
* *
45121 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGG-TTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAACCC
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAACCC
* *
45184 GGATTTAGTAAC-TCGCA
65 GGATATAGTAACTTAGCA
**
45201 CAAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAAT-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCG
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCG
* *
45264 GATATGGTCACTTAGCA
66 GATATAGTAACTTAGCA
45281 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
45306 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 8, Indels: 8
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
78 3 0.03
79 56 0.60
80 34 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (82 bp):
CAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTTAACCCG
GATATAGTAACTTAGCA
Found at i:45305 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 45102--45305 Score: 247
Period size: 40 Copynumber: 5.1 Consensus size: 40
45092 CGGAATTTAA
** *
45102 CCGGATATAGCT-ACTCGTTCAAATGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
45142 CCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
45182 CCGGATTTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGG-CTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
45221 CCGGA-ATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGT
1 CCGGATA-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGC
* * *
45261 CCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
45301 CCGGA
1 CCGGA
45306 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 14, Indels: 14
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.01
39 34 0.24
40 95 0.66
41 12 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
Found at i:46495 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 46433--46547 Score: 205
Period size: 55 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
46423 TATTAGTTTA
46433 TTGCCCATGCTTCTTATTTT-TTCTTCCATTAACACAACATGTTTCATGACATGTT
1 TTGCCCATGCTTCTTATTTTATTCTTCCATTAACACAACATG-TTCATGACATGTT
*
46488 TTGCCCATGCTTCTTATTTTATTTTTCCATTAACACAACATGTTCATGACATGTT
1 TTGCCCATGCTTCTTATTTTATTCTTCCATTAACACAACATGTTCATGACATGTT
46543 TTGCC
1 TTGCC
46548 ATCATCCCTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 2
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 38 0.66
56 20 0.34
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (55 bp):
TTGCCCATGCTTCTTATTTTATTCTTCCATTAACACAACATGTTCATGACATGTT
Done.