Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1069
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32506
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.20, T:0.32
Found at i:459 original size:45 final size:47
Alignment explanation
Indices: 397--921 Score: 715
Period size: 47 Copynumber: 11.5 Consensus size: 47
387 ATATTTGAAT
397 AATGTGAAAGTGT-TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG-GATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
442 AATGTG-AAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
490 -ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
536 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGG-CT-AT-G-CGATGTGAT-
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
580 AATGTGAAAGTGGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGT-G--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
630 AA--TG-AAGTGTA-ATATGTGATAA-G-CGAATGG-C-ATG-GGTG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
668 AATGTG-AAGTGTTATATATCTGAATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG-TATATATGTG-ATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
716 AATGTG-AAGTGTAATATATGTGATAAGGCCT-ATAGCCGATTGTGATG
1 AATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA-TGTGATG
763 AATGTGAAAGTGTATATATGTG-TAA-GCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
808 AATGTGAAA-TGTATATATGTGATAAGG-CTAATGG-CGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
852 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
899 AATGTGAAAGTGTATATATGTGA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGA
922 CGGCGAGTGC
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 12, Indels: 64
0.85 0.02 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 5 0.01
39 3 0.01
40 8 0.02
41 8 0.02
42 7 0.02
43 15 0.03
44 50 0.11
45 87 0.20
46 64 0.15
47 120 0.28
48 41 0.09
49 25 0.06
50 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:851 original size:136 final size:142
Alignment explanation
Indices: 397--921 Score: 753
Period size: 136 Copynumber: 3.8 Consensus size: 142
387 ATATTTGAAT
397 AATGTGAAAGTG-T-TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG-GATGAATGTG-AAGTGTATAT
1 AATGTGAAAGTGTTATATATGTGATAAGGCCTAATGG-CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
458 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAA
65 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCGAA
522 TGGCCGATGTGATG
129 TGGCCGATGTGATG
536 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGG-CT-AT-GCGATGTGAT-AATGTGAAAGTGGTATA
1 AATGTGAAAGTGT-TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCGATGTGATGAATGTGAAAGT-GTATA
597 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA--TG-AAGTGTA-ATATGTGATAAG-CGAA
64 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCGAA
*
657 TGG-C-ATG-GGTG
129 TGGCCGATGTGATG
* *
668 AATGTG-AAGTGTTATATATCTGAATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTA-A
1 AATGTGAAAGTGTTATATATGTG-ATAAGGCCTAATG-GCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
* *
730 TATATGTGATAAGGCCT-ATAGCCGATTGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTG-TAAGCCTA
64 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA-TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCGA
793 ATGGCCGATGTGATG
128 ATGGCCGATGTGATG
808 AATGTGAAA-TG-TATATATGTGATAAGG-CTAATGGCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATA
1 AATGTGAAAGTGTTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
868 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
66 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGA
922 CGGCGAGTGC
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 9, Indels: 56
0.84 0.02 0.13
Matches are distributed among these distances:
130 9 0.03
131 12 0.03
132 18 0.05
133 32 0.09
134 4 0.01
135 22 0.06
136 81 0.23
137 42 0.12
138 25 0.07
139 34 0.10
140 51 0.15
141 6 0.02
142 14 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (142 bp):
AATGTGAAAGTGTTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCGAATG
GCCGATGTGATG
Found at i:878 original size:226 final size:231
Alignment explanation
Indices: 397--917 Score: 718
Period size: 226 Copynumber: 2.3 Consensus size: 231
387 ATATTTGAAT
*
397 AATGTGAAAGTGT-TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGGATGAATGTGAAGTGTATATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCGAATGGCCGATGGATGAATGTGAAGTGTATATATA
* * *
461 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGC
65 TCTGATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGC
*
526 CGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCTATGCGATGTGATAATGTGAAAGT
130 CGATGTGATGAATGTGAAAGTG-ATATATATGTGATAAGCCTATGCGATGTGATAATGTGAAAGT
591 GGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
194 GG-ATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
630 AA--TG-AAGTGTA-ATATGTGATAAG-CGAATGG-C-ATGGGTGAATGTGAAGTGT-TATATAT
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCGAATGGCCGATGGATGAATGTGAAGTGTATATATAT
*
687 CTGAATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTAATATATGTGATAAGGCC-TATA
66 CTG-ATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATG-ATGTGAAAGTGT-ATATATGTGATAAGGCCGAATA
750 GCCGATTGTGATGAATGTGAAAGTG-TATATATGTG-TAAGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
128 GCCGA-TGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGCCT-AT-G-CGATGTGAT-AATGT
813 GAAA-T-G-TATATATGTGATAAGG-CTAATGG-CGATGTGATG
188 GAAAGTGGATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
852 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCGAATGGCCGATG-GATGAATGTG-AAGTGTATATA
917 T
63 T
918 GTGACGGCGA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 9, Indels: 40
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
222 12 0.05
223 7 0.03
224 24 0.09
225 28 0.11
226 68 0.26
227 53 0.20
228 21 0.08
229 2 0.01
230 20 0.08
231 11 0.04
232 6 0.02
233 7 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (231 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGCCGAATGGCCGATGGATGAATGTGAAGTGTATATATAT
CTGATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATGATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATAGCC
GATGTGATGAATGTGAAAGTGATATATATGTGATAAGCCTATGCGATGTGATAATGTGAAAGTGG
ATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:9214 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 9143--9317 Score: 200
Period size: 46 Copynumber: 3.8 Consensus size: 46
9133 TGGTTGAGCA
9143 TCCGAACTCG-TGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* * *
9188 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-GTGA--GATG-TAACTAGG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAA-T--G
*
9233 CATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACG
1 --TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* *
9281 -CCTGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGCTTATGG
1 TCC-GAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGG
9318 GCGGGTTACA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 9, Indels: 21
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.02
43 5 0.05
45 15 0.14
46 50 0.45
47 29 0.26
48 3 0.03
50 4 0.04
51 2 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (46 bp):
TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
Found at i:9298 original size:93 final size:92
Alignment explanation
Indices: 9140--9310 Score: 299
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 92
9130 GGATGGTTGA
*
9140 GCATCCGAACTCGTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCCGAACTCGTTGAGTT
1 GCATCCGAACTCGTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGTCCGAACTCGTTGAGTT
9205 GAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
66 GAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
*
9232 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACG-CCTGAGCTCGTTGAG
1 GCATCCGAACTCG-TGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGTCC-GAACTCGTTGAG
9296 TTGAGTCCGAGTTCG
64 TTGAGTCCGAGTTCG
9311 CTTATGGGCG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 2, Indels: 3
0.94 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
92 15 0.20
93 60 0.80
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (92 bp):
GCATCCGAACTCGTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGTCCGAACTCGTTGAGTT
GAGTCCGAGTTCGTGAGATGTAACTAG
Found at i:30420 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 30364--30645 Score: 337
Period size: 40 Copynumber: 7.1 Consensus size: 40
30354 CGGAATTTAA
** *
30364 CCGGATATAGCT-ACTCGTTCAAATGCCTTCGGGACATAGC
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
30404 CCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAAC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
30444 CCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGCCTTCGGG-CTTAGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
30483 CCGGA-ATTAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTTAGT
1 CCGGATA-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGC
*
30523 CCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTA-C
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
* *
30562 CCGGAT-TAGTAACTCGCACAAATGCCTTC-GGATCTAAGT
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGA-CTTAGC
* * *
30601 CCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGC
1 CCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
30641 CCGGA
1 CCGGA
30646 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 22, Indels: 22
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
37 3 0.01
38 28 0.13
39 44 0.21
40 119 0.57
41 15 0.07
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
Found at i:30596 original size:78 final size:79
Alignment explanation
Indices: 30364--30645 Score: 367
Period size: 79 Copynumber: 3.6 Consensus size: 79
30354 CGGAATTTAA
** * *
30364 CCGGATATAGCT-ACTCGTTCAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCACAAAT
1 CCGGATATAG-TAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGAT-TAGTAACTCGCACAAAT
**
30428 GCCTTCGGGA-CTTAAC
64 GCCTTC-GGATCTTAGT
* *
30444 CCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGCCTTCGGG-CTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCACAAATG
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGG-ATTAGTAACTCGCACAAATG
30508 CCTTCGGATCTTAGT
65 CCTTCGGATCTTAGT
*
30523 CCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTA-CCCGGATTAGTAACTCGCACAAATGC
1 CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTAGTAACTCGCACAAATGC
*
30587 CTTCGGATCTAAGT
66 CTTCGGATCTTAGT
* * *
30601 CCGGATATGGTCACTTAGCACAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
1 CCGGATATAGTAAC-TCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGA
30646 CATCATTCGA
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 16, Indels: 13
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 62 0.34
79 86 0.48
80 32 0.18
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (79 bp):
CCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATTAGTAACTCGCACAAATGC
CTTCGGATCTTAGT
Found at i:30622 original size:119 final size:118
Alignment explanation
Indices: 30383--30643 Score: 332
Period size: 119 Copynumber: 2.2 Consensus size: 118
30373 GCTACTCGTT
**
30383 CAAATGCCTTCGGGACATAGCCCGGTTATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
1 CAAATGCCTTC-GGACATAGCCCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
* * *
30448 ATTTAGTAACTCGCACCAATGCCTTCGGGCTTAGCCCGGAATTAGTAACTCGCA
65 ATTTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGCTAAGCCCGGAATTAGTAACTAGCA
* *
30502 CAAATGCCTTCGGATCTTAGTCCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTT-ACCCGG
1 CAAATGCCTTCGGA-CATAGCCCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGG
* * * *
30566 A-TTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGATCTAAGTCCGG-ATATGGTCACTTAGCA
65 ATTTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGG-GCTAAGCCCGGAAT-TAGTAAC-TAGCA
*
30621 CAAA-GCCTTCGGGACTTAGCCCG
1 CAAATGCCTTC-GGACATAGCCCG
30644 GACATCATTC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 12, Indels: 11
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 27 0.22
118 37 0.30
119 61 0.49
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (118 bp):
CAAATGCCTTCGGACATAGCCCGAATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAACCCGGA
TTTAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGGCTAAGCCCGGAATTAGTAACTAGCA
Done.