Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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7713 TCTTCTTTAG
*
7723 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
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1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
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1 CCCGCAC
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Statistics
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
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7791 CCGATGGTGT
* *
7801 CCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCA
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
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1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
7851 CC
1 CC
7853 AAGGTGCCGA
Statistics
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25 25 1.00
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CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
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7816 CTCCTAGCCA
* * *
7826 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGC
*
7869 CCGAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
7903 CCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * * *
7946 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
7989 CCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * * *
8031 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
8074 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* **
8116 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
8159 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
8202 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * * *
8245 GCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
8287 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
8330 CCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * *
8372 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* ** *
8415 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
8458 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
8501 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTAC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
8544 GCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
8586 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * *
8629 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* *
8671 CCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * *
8714 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
** * * * *
8756 CCGAGGCT-CCGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
8798 CCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
*
8840 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
8868 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 154, Indels: 84
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
41 13 0.02
42 271 0.34
43 486 0.61
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
Found at i:7898 original size:34 final size:34
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Indices: 7850--7928 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
7840 CATCCGAGCC
*
7850 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
7885 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
7919 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
7929 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:8052 original size:85 final size:84
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Indices: 7936--8854 Score: 736
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
7926 GCCTATTTTA
* * * * * *
7936 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
8001 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
8021 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
8086 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
*
8106 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
8171 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
8192 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
8257 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* ** *
8277 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
8342 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
8362 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
8427 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
8448 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
8513 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
8534 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
8597 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
8619 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
8682 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * *
8704 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** *
8766 GCA-ATACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCACAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
8788 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
8851 GCAC
64 GCAC
8855 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 99, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 1 0.00
83 2 0.00
84 74 0.10
85 451 0.63
86 183 0.26
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
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CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:8304 original size:256 final size:254
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Indices: 7826--8728 Score: 1089
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
7816 CTCCTAGCCA
* * *
7826 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * * *
7890 GG-------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
65 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* *
7948 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGC
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGC
*
8012 ACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
194 ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGT
* *
8074 CCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
8139 GCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
66 GCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* * *
8204 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
**
8269 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
195 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGT
* *
8330 CCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * *
8394 GGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGC
65 GGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCC
* * * ** *
8459 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAG
129 CGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAG
** * * * * * ** * *
8523 GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-
193 CACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
** ** * *
8585 CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCA
1 C-CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
** * ** * *
8648 TAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
63 -AGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG
*
8713 CCCGAGGCTCCCGCAC
127 CCCGAGCCTCCCGCAC
8729 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 23 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCAC
CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
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Indices: 8062--8796 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
8052 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
8062 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
8126 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
8191 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
8256 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
8321 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
8360 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
8425 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
8490 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
8555 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
8620 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
8659 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * **
8724 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCT-CCGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
8786 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
8797 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 25, Indels: 9
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 31 0.08
298 54 0.13
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:8948 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 8872--8950 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
8862 GGCCTATGCT
* *
8872 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
8896 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
8920 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
8944 ACCGGGA
1 ACCGGGA
8951 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:9214 original size:42 final size:42
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Indices: 9159--9408 Score: 205
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
9149 ACTTTAGCTT
*
9159 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
*
9201 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCCCCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCG---CACATCCAT-GCACCAAGGTGCCGA
* * ** * *
9246 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTG--G-
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAG-GTGCCGA
*
9285 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
* * *
9327 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGG-TGCCGA
*
9370 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGA-GCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-ATG-CACCAAGGTG
9409 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 22, Indels: 35
0.75 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
39 17 0.10
40 13 0.08
41 10 0.06
42 51 0.30
43 29 0.17
44 16 0.10
45 32 0.19
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
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Alignment explanation
Indices: 11795--11819 Score: 50
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11785 CACAAATGTC
11795 AGACATGGCATCT
1 AGACATGGCATCT
11808 AGACATGGCATC
1 AGACATGGCATC
11820 ACGTGTTGTA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (13 bp):
AGACATGGCATCT
Found at i:14233 original size:43 final size:43
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Indices: 14122--14566 Score: 433
Period size: 42 Copynumber: 10.5 Consensus size: 43
14112 TTGAAAGGGA
** *
14122 TCCCGCACGACCAA-GGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA-GC
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * *
14163 TCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCC
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * * *
14206 TCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGT
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * *
14249 TCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
** *
14291 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGC
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** *
14334 TCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 TCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
*
14376 TACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * *
14419 TCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGC
1 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * * * *
14461 TCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGC
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * **
14504 TCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
14546 TCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 TCCCGCACGACCAAGGGCCTA
14567 TGCTACCGGA
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.04
42 155 0.48
43 155 0.48
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (43 bp):
TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
Found at i:14276 original size:85 final size:82
Alignment explanation
Indices: 14124--14566 Score: 482
Period size: 85 Copynumber: 5.2 Consensus size: 82
14114 GAAAGGGATC
** ** **
14124 CCGCACGACCAA-GGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA-GCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGT
1 CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT--CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAG-
* *
14186 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
62 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
14207 CTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGG
1 C-CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT-C-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGG
*
14272 TGCCGATGGTGCTCGAGGCT
63 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
*
14292 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAG
1 -CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA-TG-GTCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCGAG
14356 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
62 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
*
14377 ACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGG
1 -CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT--CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGG
*
14442 TGCCGATGGCGCCCGAGGCT
63 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * * * * *
14462 CCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGG
1 CC-GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT-G-GTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGG
14526 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
63 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
14547 CCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 -CCGCACGACCAAGGGCCTA
14567 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 33, Indels: 32
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.01
84 20 0.06
85 260 0.84
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87 4 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (82 bp):
CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGC
CGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:14403 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14186--14566 Score: 548
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
14176 AGGGCTTAGT
* * *
14186 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTC
1 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTC
* * * *
14251 TCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTT
14316 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
130 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACC-AGG
*
14357 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
1 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTC
* * * * * *
14421 CCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTT
65 CCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTT
** * * *
14486 GCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGG
130 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAGG
14526 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
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14567 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 20, Indels: 5
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 184 0.98
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (169 bp):
TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACCCGAGGCTCC
CGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTG
CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAGG
Found at i:14647 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 14571--14649 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
14561 GGCCTATGCT
* *
14571 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
14595 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
14619 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
14643 ACCGGGA
1 ACCGGGA
14650 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
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Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:14911 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14856--15105 Score: 269
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
14846 ACTTTAGCTT
14856 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
14898 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
14940 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
14982 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
15024 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
15067 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
15106 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 21
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
42 108 0.62
43 42 0.24
44 10 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:23072 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 23002--23094 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
22992 TCTTCTTTAG
*
23002 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
23046 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
23088 CCCGCAC
1 CCCGCAC
23095 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
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ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:23116 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 23082--23130 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
23072 GATGGTGTCC
* *
23082 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
23107 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
23131 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:23155 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 23107--24148 Score: 743
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
23097 CCTAGCCACT
* * *
23107 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
23150 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
23184 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23227 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
23270 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
23312 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23355 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
23397 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
23440 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23483 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
23526 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
23568 GAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23611 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
23653 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
23696 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
23739 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23782 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
23825 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
23867 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
23910 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
23952 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
23995 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
24037 GAGGCTCCAGAGCATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCACACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
24081 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
24123 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
24149 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 86
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 1 0.00
42 255 0.32
43 481 0.61
44 24 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:23177 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 23129--23207 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
23119 CATCCGAGCC
*
23129 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
23164 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
23198 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
23208 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:23344 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 23215--24135 Score: 693
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 84
23205 GCCTATTTTA
* * * * * * *
23215 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
23280 CACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
23300 TCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
23365 CACATCCCAGCACCTAGGAG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* *
23385 CCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ** *
23450 CACGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * *
23471 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCG
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
*
23536 GACATCCAAGCACCAAGGTG
65 CACATCCAAGCACCAAGGTG
* * * ** *
23556 CCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
23621 CCCAT-CATAGCACCGAGGTG
65 CACATCCA-AGCACCAAGGTG
*
23641 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** ***
23706 CACGA-CCAAGGGCCTATTTTG
65 CAC-ATCCAAGCACC-AAGGTG
* * *
23727 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCG
1 CCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
** *
23792 CACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
65 CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* * * ** * * *
23813 CCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
23876 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
** * ** * * *
23898 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
23961 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
64 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TG
* ** * * * *
23983 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCA
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** *
24046 G-AGCATACCAAGGGCTTAGTTTG
64 GCA-CAT-CCAAGCACCAAG-GTG
* * * ** *
24069 CCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
24132 GCAC
64 GCAC
24136 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 109, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 445 0.63
86 249 0.35
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (84 bp):
CCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTG
Found at i:23650 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 23107--24007 Score: 1047
Period size: 256 Copynumber: 3.5 Consensus size: 254
23097 CCTAGCCACT
* * *
23107 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
23171 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
64 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
23229 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
* *
23293 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
23355 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
23420 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
23485 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
* * **
23550 AAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
194 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* *
23611 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
23676 CTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * * ** * **
23741 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCAC
* * * * * ** *
23805 CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CTC
193 CAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-C
* ** ** * * *
23867 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * ** * *
23931 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
63 GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
*
23996 AGGCTCCCGCAC
128 AGCCTCCCGCAC
24008 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 72, Indels: 28
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 37 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 435 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC
TATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:23700 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 23341--24077 Score: 1149
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
23331 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
23341 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
23405 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
23470 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
* *
23535 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
23600 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
23639 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
23704 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
23769 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
23834 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
23899 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
23938 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * *
24003 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCATACCAAGGGCTTAG
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-GACCAAGGGCTTAG
24065 TTTGCCGATGGTG
127 TTTGCCGATGGTG
24078 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 28, Indels: 11
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 1 0.00
298 58 0.14
299 345 0.85
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:24072 original size:256 final size:256
Alignment explanation
Indices: 23171--24148 Score: 697
Period size: 256 Copynumber: 3.8 Consensus size: 256
23161 ACGACCAAGG
* ** ** * * *
23171 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *** * * ** ** *
23236 GCATGACCAAGGGTCTAG-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG
66 GCACGACCAAGCACCGAGTG-TGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGG
* * ** * *
23298 -TGTCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGC
128 TTGCCGATGGTGAC-CGAGGCTCCTGCAC-ATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * * ** * * ** *
23360 TCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCT
190 TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCG
**
23422 ATTTT
253 A-GGT
* * * * *
23427 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * * * * ** * ** *
23492 GCACGACCAAGGGCCTAG-GTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-
66 GCACGACCAAGCACCGAGTG-TGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** ** ** *
23554 TGCCGATGGTG-CTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTC
129 TGCCGATGGTGAC-CGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * ** * ** * * ** *
23618 CCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAG
192 CCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG
*
23680 TTT
255 -GT
* * ** *
23683 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** ** * *
23748 GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
66 GCACGACCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* *
23813 CCGATGGT-ACGCGAGG-TTCTCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
131 CCGATGGTGAC-CGAGGCTCCT-GCACATCCAAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
23875 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
193 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
23939 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * *
24004 GCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTC-CAG-AGCATACCAAGGGCTTAG
66 GCACGA-CCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTC-GCA-C-GACCAAGGGCCTAG
* * * *
24065 TTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
127 GTTGCCGATGGTGACCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
24130 CCGCACGACCAAGGGCCTA
192 CCGCACGACCAAGGGCCTA
24149 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 85, Indels: 40
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
254 2 0.00
255 27 0.04
256 519 0.84
257 69 0.11
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (256 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCGAGTGTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
CCGATGGTGACCGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGT
Found at i:24229 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 24153--24231 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
24143 GGCCTATGCT
* *
24153 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
24177 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
24201 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
24225 ACCGGGA
1 ACCGGGA
24232 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:24495 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 24440--24731 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
24430 ACTTTAGCTT
* *
24440 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
24482 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
24524 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
24566 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
24608 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
24650 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
24693 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
24732 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:36301 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 36231--36323 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
36221 TCTTCTTTAG
*
36231 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
36275 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
36317 CCCGCAC
1 CCCGCAC
36324 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:36345 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 36311--36359 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
36301 GATGGTGTCC
* *
36311 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
36336 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
36360 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:36384 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 36336--37378 Score: 736
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 41
36326 CCTAGCCACT
* * *
36336 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
36379 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
36413 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
36456 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCA-CACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
36499 GAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
36541 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
36584 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
36626 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
36669 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
36712 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
36755 GAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
36797 GAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
36840 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
36882 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
36925 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
36968 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
37011 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
37054 GAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
37096 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
37139 GAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
37181 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
37224 GAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
37266 GAGGCTCCAGAGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCC--CGCA-CACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
37311 GGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
37353 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCAC-ACCAAGCGCCTA
37379 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 163, Indels: 88
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 1 0.00
42 252 0.32
43 477 0.60
44 11 0.01
45 20 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
GAGGCTCCCGCACACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:36406 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 36358--36436 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
36348 CATCCGAGCC
*
36358 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
36393 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
36427 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
36437 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:36879 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 36336--37236 Score: 1047
Period size: 256 Copynumber: 3.5 Consensus size: 254
36326 CCTAGCCACT
* * *
36336 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
36400 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
64 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
36458 GCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
* *
36522 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
193 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* * *
36584 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACAT-CAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
36649 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
36714 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
* * **
36779 AAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
194 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* *
36840 GAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
36905 CTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGA
65 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * * ** * **
36970 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGC
129 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCAC
* * * * * ** *
37034 CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTG-CTC
193 CAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-C
* ** ** * * *
37096 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGC
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGG
* * ** * *
37160 ACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCG
63 GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
*
37225 AGGCTCCCGCAC
128 AGCCTCCCGCAC
37237 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 72, Indels: 28
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 37 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 435 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCC
TATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:36929 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 36570--37307 Score: 1151
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
36560 GGGCCTAGTT
* * ** ** * *
36570 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
36634 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
36699 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
* *
36764 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
36829 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
36868 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
36933 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
36998 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
37063 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
37128 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
37167 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * *
37232 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTA
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCTTA
37294 GTTTGCCGATGGTG
126 GTTTGCCGATGGTG
37308 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 27, Indels: 12
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 1 0.00
298 58 0.14
299 320 0.79
300 27 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:37237 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 36400--37378 Score: 888
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 85
36390 ACGACCAAGG
* * ** * * *
36400 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
36465 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * ** * * *
36486 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
36549 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * ** * * *
36571 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCAATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
36634 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * *
36656 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
36721 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * ** * **
36742 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
36805 CGCACGGCCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * * * ** * *
36827 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
36890 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
36912 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
36977 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * *
36998 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
37063 GCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** *
37083 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
37148 GCAC-ATCATAGCACCGAGGT
66 GCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
37168 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
37233 GCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * *
37253 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C-G-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * **
37317 CCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
63 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGG-T
37340 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
37379 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 128, Indels: 41
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 6 0.01
85 453 0.61
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87 69 0.09
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:37459 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 37383--37461 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
37373 GGCCTATGCT
* *
37383 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
37407 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
37431 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
37455 ACCGGGA
1 ACCGGGA
37462 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:37726 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 37671--37962 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
37661 ACTTTAGCTT
* *
37671 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
37713 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
37755 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
37797 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
37839 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
37881 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
37924 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
37963 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:46482 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 46005--47715 Score: 1503
Period size: 42 Copynumber: 40.9 Consensus size: 42
45995 GCCACCAAGG
46005 TGCCGATGGTGCCCGA-GCTCCCGCACGACCAAGGGCC-AGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
46045 TGCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTA-TT
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
46086 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCGACGACCAAGGGTCTAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGC-ACGACCAAGGGCCTAGGT
* * ** *
46129 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* *
46171 TGTCGATGGTGCTCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* **
46213 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTA-G-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * **
46254 AGCCGATATGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACC-AGGGCCTAATT
1 TGCCGAT-GGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
46297 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
46339 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * *
46381 TGTCGATGGTGCGCGAGG-TTCCGGAC-ATCCAA--GCACAAGG-
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGC-CTAGGT
*
46421 TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * ** *
46464 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCCATCATAGCACCGAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
46507 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
46549 TGCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTA-TT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
46590 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCA-GACCAAGGGCTTAGTT
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
46632 TGCCGATGGTGCCGAGCCTCTCGCACGACCAA-GGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * ** *
46673 TGCCGATGGTACGCGAGTTCTCAC-CA--TCCAAGCACCAAGG-
1 TGCCGATGGTGC-CGAG-GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
46713 TG-CGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGAT-GGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * **
46756 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACC-AGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
46797 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** *
46840 TGCCGATGGTGCCCG-GG-TCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* *
46880 TGTCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
**
46921 TGCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCGCAC-ATCC-AGCACCTA-G-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
**
46960 -GCC-ATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
47000 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGTT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
47041 TGCCGATGGTGCCCGAGCCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * * ** *
47083 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* *
47125 TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGGCCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** ** *
47168 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG--C--CCATAGCACCGAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
47207 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
**
47250 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
47293 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
47336 TGCCGATGGTGCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * * ** *
47378 TGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
47420 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * ** *
47463 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAAGCACCGAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
47504 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** *
47547 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * *
47589 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAG-AGCAGTACCAAGGGCTTAGTT
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* * * **
47634 TGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGT
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47676 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
47716 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 209, Indels: 201
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 8 0.01
37 14 0.01
38 10 0.01
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40 93 0.07
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ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:47796 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 47720--47798 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
47710 GGCCTATGCT
* *
47720 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
47744 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
47768 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
47792 ACCGGGA
1 ACCGGGA
47799 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:48062 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 48007--48298 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
47997 ACTTTAGCTT
* *
48007 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
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48049 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
48091 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
48133 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
48175 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
48217 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
48260 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
48299 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
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Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:56269 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 56199--56291 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
56189 TCTTCTTTAG
*
56199 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
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* *
56243 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
56285 CCCGCAC
1 CCCGCAC
56292 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:56313 original size:25 final size:25
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Indices: 56279--56327 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
56269 GATGGTGTCC
* *
56279 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
56304 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
56328 CAAGGTGCCG
Statistics
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0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:56352 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 56304--57344 Score: 858
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
56294 CCTAGCCACT
* * *
56304 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
56347 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
56381 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
56424 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
56467 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
56509 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
56552 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* **
56594 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
56637 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
56680 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
56723 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
56765 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
56808 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
56850 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
56893 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
56936 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
56979 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
57022 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
57064 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
57107 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
57149 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
57192 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** * * * *
57234 GAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
57277 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
57319 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
57345 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 155, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
41 1 0.00
42 265 0.33
43 503 0.63
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:56374 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 56326--56404 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
56316 CATCCGAGCC
*
56326 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
56361 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
56395 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
56405 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:56780 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 56304--57204 Score: 1085
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
56294 CCTAGCCACT
* * *
56304 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * * *
56368 -------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGA
65 CCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* *
56426 GCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCAC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCAC
*
56490 CAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
194 CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCC
* *
56552 GAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
*
56617 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
66 CTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
* * *
56682 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
130 GCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACC
**
56747 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
195 AAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCC
* *
56808 GAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 GAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
* * *
56872 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCG
65 CCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
* * * ** * **
56937 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGG
129 AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCA
* * * * * ** * *
57001 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTC
193 CCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTC-C
** ** * *
57064 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
1 GAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AG
** * ** * *
57127 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
63 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
*
57192 GAGGCTCCCGCAC
128 GAGCCTCCCGCAC
57205 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 21 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
CTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
CCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCA
AGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGTCC
Found at i:56886 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 56538--57273 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
56528 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
56538 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
56602 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
56667 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
56732 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
56797 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
56836 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
56901 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
56966 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
57031 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
57096 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
57135 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
57200 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
57263 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
57274 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 26, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 85 0.21
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:57337 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 56368--57344 Score: 933
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
56358 ACGACCAAGG
* * ** * * *
56368 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
***
56433 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
56454 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
56517 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * *
56539 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** **
56602 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
56624 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
56689 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
56710 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
56773 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
56795 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
56858 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
56880 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
56945 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
56966 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
57031 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
57051 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
57116 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
57136 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
57201 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
57221 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
57286 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
57306 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
57345 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 125, Indels: 25
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 533 0.71
86 213 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:57425 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 57349--57427 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
57339 GGCCTATGCT
* *
57349 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
57373 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
57397 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
57421 ACCGGGA
1 ACCGGGA
57428 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:57691 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 57636--57927 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
57626 ACTTTAGCTT
* *
57636 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
57678 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
57720 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
57762 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
57804 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
57846 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
57889 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
57928 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:65899 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 65829--65921 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
65819 TCTTCTTTAG
*
65829 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
65873 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
65915 CCCGCAC
1 CCCGCAC
65922 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
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CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:65943 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 65909--65957 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
65899 GATGGTGTCC
* *
65909 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
65934 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
65958 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:65982 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 65934--66973 Score: 842
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
65924 CCTAGCCACT
* * *
65934 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
65977 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
66011 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * *
66054 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
66097 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
66139 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * *
66182 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CC
* **
66223 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
66266 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
66309 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
66352 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
66394 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
66437 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
66479 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
66522 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
66565 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
66608 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
66651 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
66693 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
66736 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
66778 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
66821 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** * * * *
66863 GAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
66906 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
66948 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
66974 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 154, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 32 0.04
42 233 0.29
43 500 0.63
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:66004 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 65956--66034 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
65946 CATCCGAGCC
*
65956 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
65991 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
66025 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
66035 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:66561 original size:299 final size:297
Alignment explanation
Indices: 66168--66902 Score: 1172
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
66158 GGGCCTAGTT
* * ** * *
66168 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
66231 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
66296 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
66361 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
66426 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
66465 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
66530 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66595 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
66660 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
66725 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
66764 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
66829 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
66892 TGCCGATGGTG
128 TGCCGATGGTG
66903 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 25, Indels: 11
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
297 35 0.09
298 52 0.13
299 319 0.78
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:66966 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 65998--66973 Score: 917
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
65988 ACGACCAAGG
* * ** * * *
65998 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
***
66063 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
66084 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
66147 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** *
66169 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGT-CGCCGAGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTC
** **
66230 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
64 CCGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
66253 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
66318 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
66339 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
66402 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
66424 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
66487 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
66509 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
66574 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
66595 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
66660 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
66680 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
66745 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
66765 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
66830 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
66850 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
66915 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
66935 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
66974 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 122, Indels: 31
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 79 0.10
85 462 0.61
86 210 0.28
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:67054 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 66978--67056 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
66968 GGCCTATGCT
* *
66978 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
67002 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
67026 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
67050 ACCGGGA
1 ACCGGGA
67057 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:67320 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 67265--67556 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
67255 ACTTTAGCTT
* *
67265 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
67307 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
67349 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
67391 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
67433 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
67475 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
67518 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
67557 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:75528 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 75458--75550 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
75448 TCTTCTTTAG
*
75458 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
75502 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
75544 CCCGCAC
1 CCCGCAC
75551 CTCCTAGCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
43 18 0.39
44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:75572 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 75538--75586 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
75528 GATGGTGTCC
* *
75538 GAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACT
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
75563 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
1 GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCAC
75587 CAAGGTGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.47, G:0.22, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
GAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACT
Found at i:75611 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 75563--76602 Score: 826
Period size: 43 Copynumber: 24.6 Consensus size: 42
75553 CCTAGCCACT
* * *
75563 GAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
*
75606 GAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * ** *
75640 GAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
75683 GAGCCTCTCGCATGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * *
75726 GAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
75768 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * *
75811 GAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-GGCGATGGT-CGCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CC
* **
75852 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
75895 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
75938 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * * **
75981 GAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTA
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
76023 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
76066 GAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * *
76108 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* ** *
76151 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCC
* * *
76194 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
76237 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * * *
76280 GAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* ** *
76322 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * *
76365 GAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* *
76407 GAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
* * * *
76450 GAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
* * * * *
76492 GAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCC
1 GAGGCTCCCGCACG-ACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCC
* * * *
76535 GGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGCCC
1 GAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCC
*
76577 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
76603 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 155, Indels: 92
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.04
35 4 0.01
41 32 0.04
42 232 0.29
43 498 0.63
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
GAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGCCC
Found at i:75633 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 75585--75663 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
75575 CATCCGAGCC
*
75585 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
75620 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
75654 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
75664 TATTTTACCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:76190 original size:299 final size:297
Alignment explanation
Indices: 75797--76531 Score: 1165
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 297
75787 GGGCCTAGTT
* * ** * *
75797 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAG-GGGCGATGGTCGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGT-GCCGAGGCTCC
75860 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
75925 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
75990 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
76055 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
76094 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
*
76159 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
64 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
76224 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
76289 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
194 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
76354 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
259 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
76393 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* ** * ** * *
76458 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGT
64 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCTTAGT
76520 TTGCCGATGGTG
127 TTGCCGATGGTG
76532 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 24, Indels: 13
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 36 0.09
298 52 0.13
299 318 0.78
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (297 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGC
CGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGC
ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG
ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:76595 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 75627--76602 Score: 901
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
75617 ACGACCAAGG
* * ** * * *
75627 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ***
75692 GCATGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
75713 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
75776 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** *
75798 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG--GGCGATGGT-CGCCGAGGCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTC
** **
75859 CCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
64 CCGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
75882 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
75947 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * **
75968 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTAGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
76031 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
76053 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
76116 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
76138 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
76203 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
76224 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
76289 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
76309 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
76374 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
76394 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
76459 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
76479 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-GTACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG-ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* *
76543 TGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
65 CGCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
76564 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
76603 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 121, Indels: 35
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 80 0.11
85 459 0.61
86 211 0.28
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:76683 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 76607--76685 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
76597 GGCCTATGCT
* *
76607 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
76631 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
76655 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
76679 ACCGGGA
1 ACCGGGA
76686 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:76949 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 76894--77143 Score: 244
Period size: 42 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
76884 ACTTTAGCTT
*
76894 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
*
76936 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAT-GCACCAAGGTGCCGA
* * ** * * *
76978 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAG-GTGCCGA
*
77020 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
* * *
77062 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGG-TGCCGA
*
77105 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGA-GCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCC-ATG-CACCAAGGTG
77144 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 24, Indels: 23
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.08
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44 11 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:88640 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 88587--89678 Score: 780
Period size: 43 Copynumber: 25.8 Consensus size: 41
88577 ATCCCAGGCA
* **
88587 CCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCA
1 CCAAGTTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * **
88630 CCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCA
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CACCAAG-GG
* * * * **
88673 CCGAGGTGCCGAT-GCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAG-GG
*
88715 CCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA--G
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* *
88755 ----G--GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
** * *
88791 CCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * * **
88834 TCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCA
1 -CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * *
88877 CCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * **
88919 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCA
1 CCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* ** *
88962 CCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
**
89004 CCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
** * *
89047 CTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * * * * **
89090 CCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* *
89133 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* ** * * * **
89175 CCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCA
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACACCA-AGGG
* * *
89218 CCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * *
89260 CCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACGACCAAGGG
1 CCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
** *
89303 CCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
** * *
89346 CTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGG
1 CCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * * * * **
89389 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCA
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* *
89432 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* ** * * **
89474 CCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCA
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACACCA-AGGG
* *
89517 CCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGG
* * **
89559 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGCA
1 CC-AAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGG
* * * *
89602 CCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAATACCAAGGG
1 CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-ACACCAAGGG
** * * *
89644 CTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACA
1 CCAAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
89679 TCCTAGTGTC
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 177, Indels: 83
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 30 0.04
36 2 0.00
41 1 0.00
42 290 0.35
43 504 0.61
44 4 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (41 bp):
CCAAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACACCAAGGG
Found at i:88737 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 88570--89641 Score: 513
Period size: 85 Copynumber: 12.7 Consensus size: 85
88560 TCTTCTTTAG
* *
88570 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGAT-GGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG
* *
88635 TTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
65 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *
88656 CCCGCACCTCCTAGCCACCGAGGTGCCGAT-GCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAG
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAG
88720 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
65 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * ** *
88741 CCCG--CA---C-G--ACCAAGG-GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAT
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AA
** *
88796 TTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
64 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *** * * * *
88818 CTCGCACGA-CCAAG-GGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAA
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAA
* *
88881 GGTGTCGATGGTGCTCGAGGCT
64 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * * *
88903 CCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTA
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAA
* *
88966 GGAGCCGATGGTGGCCGAGGCT
64 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * *** * ** **
88988 CCCGCACGA-CCAAGGGC-CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTT
1 CCCGCAC-ATCCCA-GCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCA
* *
89050 AGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
63 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * ** * * * * * * *
89074 CTCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAA
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAA
*
89137 GGTGCCGATGGTGCTCGAGGCT
64 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * ** * * * *
89159 CCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCG
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCA
*
89221 AGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCT
63 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * * **
89244 CCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACGA-CCAAGGGCCT
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-
*** *
89306 ATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCT
62 AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** ** * * * * ** *
89330 CCCGCACGA-CCAAG-GGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCT
1 CCCGCAC-ATCCCAGCCACCAAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCA
* * *
89392 AGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTT
63 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * ** *
89416 CTCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAG
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG
** *
89479 GTTGCCGACAGTGTCCGAGGCT
65 G-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * * ** *
89501 CCCGCACATCATAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAG
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG
89564 GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
65 G-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** *
89586 CCCGCACATCGAAG-CACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCA-ATACCAAG
1 CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACAT-CCAAG
89642 GGCTTAGTTT
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 146, Indels: 63
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
76 8 0.01
77 49 0.06
78 1 0.00
79 2 0.00
80 1 0.00
83 3 0.00
84 30 0.04
85 489 0.60
86 226 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (85 bp):
CCCGCACATCCCAGCCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG
TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:88762 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 88714--88792 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
88704 CATCCGAGCC
*
88714 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
88749 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
88783 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
88793 TATTTTGCCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:88809 original size:128 final size:122
Alignment explanation
Indices: 88570--89642 Score: 640
Period size: 128 Copynumber: 8.5 Consensus size: 122
88560 TCTTCTTTAG
* *
88570 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCACAT-CCAAGCACCTAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCG--CA--C--G-ACCAAG
* * ** * ** * * *
88635 TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACCGAG-GTGCCGA--T-GCGCCCGAGG
57 GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG-GGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGG
88696 CT
121 CT
* *
88698 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-GCCGAT
1 CCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGTGCCGAT
* * *
88762 GGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGA--TGGTGCCCGAGCCT
65 GGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGGCT
* *** * *
88818 CTCGCACGA-CCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC--CGCA--C--G-ACCAAG
* *
88882 GTGTCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGA--TGGTGTCCGAGG
57 GTGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGG
88944 CT
121 CT
* * *
88946 CCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG-------
* * *
89011 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGA--TGGTGCCCGAGCCT
58 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * *
89074 CTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCG-CA--C--G-ACCAAG
* *
89138 GTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT-GT--CCGAG
57 GTGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGA-GGTGGTGCCCGAG
89199 GCT
120 GCT
* * *
89202 CCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGT
1 CCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA--G----G-
* * * *
89266 TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGA--TGGTGGCCGAGGC
58 -TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGGC
89329 T
122 T
** * * * *
89330 CCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC-A------AG
* * * ** * * *
89394 GTTGCCGATGGT-ACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA--TGGTGCTCGA
57 G-TGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGA
89454 GGCT
119 GGCT
** ** * *
89458 CCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG--CA-C---G-ACCAAG
* *
89522 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA--TGGTGCCCGAGGC
57 GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGGC
89585 T
122 T
* * * **
89586 CCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAATACCAAGG
1 CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
89643 GCTTAGTTTG
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 117, Indels: 158
0.73 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
118 3 0.00
119 39 0.05
120 63 0.08
121 6 0.01
122 4 0.01
123 3 0.00
124 1 0.00
125 10 0.01
126 6 0.01
127 122 0.16
128 389 0.52
129 80 0.11
130 8 0.01
131 4 0.01
133 1 0.00
134 2 0.00
135 6 0.01
136 6 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (122 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGTGCCGATG
GTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAGGTGGTGCCCGAGGCT
Found at i:89106 original size:256 final size:255
Alignment explanation
Indices: 88593--89628 Score: 1153
Period size: 256 Copynumber: 4.1 Consensus size: 255
88583 GGCACCAAGG
* *
88593 TGCCGATGGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTG-TCCGAGGCT
1 TGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCTCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-CGAGGCT
** * * * * * *
88656 CCCGCACCTCCTAGCCACCGAGGTGCCGAT-GCGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAG
64 CCCGCACGACCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAG
* * *
88720 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GG-------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCC
127 GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * *
88777 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGT
192 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
88841 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** * * *
88905 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAG
66 CGCACGACCAAGCACCTAG-GTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTG
88970 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
130 CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
89035 CACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
194 CACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
89097 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
** ** * *
89161 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGT
66 CGCACGACCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGT
*
89225 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCC
129 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * * * *
89290 GAACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
193 GCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** * * * *
89353 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCT
* * **
89416 CTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTA
64 CCCGCACGA-CCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTA
** * * ** * **
89478 GGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
126 GG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
* * * ** *
89542 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGA
189 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTA
89606 GG-
253 GGT
*
89608 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
89629 CCGCAATACC
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 84, Indels: 43
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
246 4 0.01
247 105 0.15
248 33 0.05
255 23 0.03
256 445 0.66
257 69 0.10
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (255 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
CGCACGACCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGC
CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
CGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:89274 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 88606--89661 Score: 1220
Period size: 299 Copynumber: 3.6 Consensus size: 298
88596 CGATGGGTGC
* * * ** *
88606 CCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAG
1 CCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
** * * * * * * ***
88670 CCACCGAGGTGCCGAT-GCGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGA-GCCACCAAGGTGCCGATGGTG
65 -GGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGC-CTATTTTGCCGATGGTG
* *
88732 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAA--G----G---GCCGATGGTGGCCGAGGCC-CCCGCACGACCA
127 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA-GCCTCTCGCACGACCA
** * * ** *** *
88787 AGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGT
191 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGT
* * * ** * * **
88851 GCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTG-
254 GCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* ** * * *
88894 CTCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCC
1 C-CGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CC
* ** ** *
88957 CAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTG
62 AAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTG
89022 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA
127 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAA
* * *
89087 GGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT
192 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT
89152 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
257 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* *
89194 CCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * *
89259 GCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGAACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCC
66 GCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCC
89324 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGG
130 GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGG
89389 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA
195 CCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGA
89454 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
260 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
89493 CCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* ** * ** *
89558 GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCC
66 GCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCC
**
89621 CGAGGCTCCCGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG
129 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG
89662 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 70, Indels: 42
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
288 1 0.00
289 35 0.05
290 88 0.13
291 3 0.00
292 1 0.00
296 1 0.00
298 127 0.19
299 414 0.62
300 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (298 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCG
AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGC
CTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAG
GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
Found at i:89642 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 88756--89677 Score: 824
Period size: 85 Copynumber: 10.8 Consensus size: 85
88746 ACGACCAAGG
* * * ** * *
88756 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
88821 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * ** * * *
88842 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACA-TCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
88905 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * ** * *
88927 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA-TCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
88990 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTA-GGT
* * * * *
89012 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
89077 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGGGCCTAGG-T
* * * * * * ** * *
89098 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACA-TCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
89161 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAGG-T
** * ** * ** * *
89183 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
89246 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* ** *
89268 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG-AACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAA-GACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* *
89332 CGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTAG-GT
* * * * * * *
89354 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** *
89419 GCAC-ATCCAAGCACCAAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * ** *
89439 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
89504 GCAC-ATCATAGCACCGAGGT
66 GCACGACCA-AGGGCCTAGGT
*
89524 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* ** *
89589 GCAC-ATCGAAGCACCGAGGT
66 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* * * * * * *
89609 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCCGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
89674 GCAC
66 GCAC
89678 ATCCTAGTGT
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 124, Indels: 35
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 4 0.01
85 485 0.70
86 205 0.29
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGGT
Found at i:89779 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 89760--89791 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
89750 AGGTCATTTA
89760 GCCCAACCAAACTG
1 GCCCAACCAAACTG
89774 GCCCAACCAAACTG
1 GCCCAACCAAACTG
89788 GCCC
1 GCCC
89792 GGTGATTGGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.47, G:0.16, T:0.06
Consensus pattern (14 bp):
GCCCAACCAAACTG
Found at i:94890 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 94871--94902 Score: 64
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
94861 AGGTCATTTA
94871 GCCCAACCAAACTG
1 GCCCAACCAAACTG
94885 GCCCAACCAAACTG
1 GCCCAACCAAACTG
94899 GCCC
1 GCCC
94903 GGTGATTGGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.47, G:0.16, T:0.06
Consensus pattern (14 bp):
GCCCAACCAAACTG
Found at i:95531 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 95455--95533 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
95445 GGCCTATGCT
* *
95455 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
95479 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
95503 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
95527 ACCGGGA
1 ACCGGGA
95534 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:95798 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 95743--96034 Score: 326
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
95733 ACTTTAGCTT
* *
95743 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
95785 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
95827 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
95869 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
95911 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
95953 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
95996 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
96035 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 27, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 146 0.69
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44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:104007 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 103937--104029 Score: 143
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
103927 TCTTCTTTAG
*
103937 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCT
* *
103981 CCCGCACAT-CCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
1 CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
104023 CCCGCAC
1 CCCGCAC
104030 CTCCTAGCCG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 19 0.41
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44 9 0.20
ACGTcount: A:0.19, C:0.40, G:0.28, T:0.13
Consensus pattern (43 bp):
CCCGCACATCCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:104043 original size:22 final size:22
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Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
104005 CCGATGGTGT
* *
104015 CCGAGGCTCCCGCACCTCCTAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAG
104037 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAG
104059 CC
1 CC
104061 ACCAAGGTGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
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CCGAGGCTCCCGCACATCCGAG
Found at i:104084 original size:65 final size:64
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Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 64
103963 CGATGGGTGC
* *
103973 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAG
*
104037 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
104095 GACCAAGGGC
Statistics
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0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
64 21 0.39
65 33 0.61
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CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAG
Found at i:104085 original size:43 final size:42
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Period size: 43 Copynumber: 24.7 Consensus size: 42
104027 CACCTCCTAG
* * *
104037 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CGCCTAGGTGCCGATGGTGC
*
104080 CCGAGGCTCCCGCACGACC-A------AGG-GCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
104114 CCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * * *
104157 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
104200 CCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * * *
104242 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
104285 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* **
104327 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
104370 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
104413 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * * *
104456 GCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
104498 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
104541 CCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * *
104583 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* ** *
104626 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGG
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA-GGTGCCGATGGTGC
* * *
104669 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
104712 CCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTAC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * * *
104755 GCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* * ** *
104797 TCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * *
104840 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* *
104882 CCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
* * * *
104925 CCGAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
* ** * * * *
104967 CCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGT
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAG-GTGCCGATGGTGC
* * * *
105010 CCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGTTGCCGATGGTGC
1 CCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCGCCTAGG-TGCCGATGGTGC
*
105052 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTA
105080 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 155, Indels: 82
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.03
35 4 0.00
41 1 0.00
42 265 0.33
43 505 0.63
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCGCCTAGGTGCCGATGGTGC
Found at i:104109 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 104061--104139 Score: 131
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
104051 CATCCGAGCC
*
104061 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
*
104096 ACCAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACG
1 ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
104130 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
104140 TATTTTACCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.83
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCCCCCGCACG
Found at i:104515 original size:256 final size:254
Alignment explanation
Indices: 104037--104939 Score: 1089
Period size: 256 Copynumber: 3.6 Consensus size: 254
104027 CACCTCCTAG
* * *
104037 CCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * * *
104101 GG-------GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCC
65 GGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* *
104159 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGC
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGC
*
104223 ACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGT
194 ACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGT
* *
104285 CCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
104350 GCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
66 GCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCC
* * *
104415 GAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
130 GAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCA
**
104480 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
195 CCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGT
* *
104541 CCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
1 CCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * *
104605 GGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGC
65 GGCCTA-TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCC
* * * ** *
104670 CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAG
129 CGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAG
** * * * * * ** * *
104734 GGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-
193 CACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
** ** * *
104796 CTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCA
1 C-CGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA
** * ** * *
104859 TAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
63 -AGGGCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG
*
104924 CCCGAGGCTCCCGCAC
127 CCCGAGCCTCCCGCAC
104940 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 64, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 38 0.07
248 23 0.04
255 2 0.00
256 440 0.77
257 68 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
CCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
GCCTATTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCG
AGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCAC
CAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGT
Found at i:104621 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 104273--105008 Score: 1190
Period size: 299 Copynumber: 2.5 Consensus size: 298
104263 GGGCCTAGTT
* * ** ** *
104273 TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
104337 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
* *
104402 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
*
104467 GGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
*
104532 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
* *
104571 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
*
104636 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
65 CGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTT
104701 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
130 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
104766 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
195 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
104831 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
260 CGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
*
104870 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * ** * * **
104935 CGCAC-ATCGAAGCACCGA-GGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTT
65 CGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTT
104998 TGCCGATGGTG
129 TGCCGATGGTG
105009 TCCGGGGCTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 26, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
298 85 0.21
299 322 0.79
300 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (298 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTG
CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCGAGG
Found at i:105072 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 104103--105079 Score: 933
Period size: 85 Copynumber: 11.5 Consensus size: 86
104093 ACGACCAAGG
* * ** * * *
104103 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
***
104168 GCACGACCAAGGGTCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * *
104189 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
104252 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * ** * *
104274 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGG-AGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** **
104337 CGCACGACCAAGGGCCTATTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * *
104359 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
**
104424 GCACGACCAAGGGCCTAGGTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * ** * *
104445 GTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
**
104508 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
** * * * ** * *
104530 GCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** *
104593 CGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 CGCACGACCAAGCACCTAGGTT
* ** *
104615 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * *
104680 GCACGACCAAGGGCTTAGTTT
66 GCACGACCAAGCACCTAGGTT
* * * * * *
104701 GCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTACGCGAGGTTCTC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
104766 GCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* ** *
104786 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
104851 GCAC-ATCATAGCACCGAGG-T
66 GCACGACCA-AGCACCTAGGTT
*
104871 GCCGATGGTGCCCGAGGCTACCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
104936 GCAC-ATCGAAGCACCGAGG-T
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
* * ** * * * * *
104956 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCAGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCT
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
*
105021 GCAC-ATCCTAGCACC-AGGTT
66 GCACGA-CCAAGCACCTAGGTT
105041 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
1 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
105080 TGCTACCGGA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 125, Indels: 25
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 8 0.01
85 533 0.71
86 213 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCAAGCACCTAGGTT
Found at i:105160 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 105084--105162 Score: 106
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
105074 GGCCTATGCT
* *
105084 ACCGGAACGGTTCACCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
105108 GA-CGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
1 -ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
* *
105132 GCCGGGACGGATCGCCGGAGCACC
1 ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
105156 ACCGGGA
1 ACCGGGA
105163 ACCTAACCGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 47 0.98
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.35, G:0.38, T:0.06
Consensus pattern (24 bp):
ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
Found at i:105426 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 105371--105662 Score: 335
Period size: 42 Copynumber: 6.9 Consensus size: 42
105361 ACTTTAGCTT
* *
105371 TGGTGCT-GAAGGCTCCCGCTCATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCG-AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
105413 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
*
105455 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGA
* ** * * *
105497 TGGT-CTCCGAGGCTCCC-CACAACCAAGGGCCTAGTTTGCCGG
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG-GTGCCGA
* *
105539 TGGTG-TCCGATGCTCCCGCACATCCATGCACCAAGGTGCCGA
1 TGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
* *
105581 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCATCAAGGTTACCGA
1 TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGA
* *
105624 TGGTGGCT-GAGGCTCCCACACATCCGAGCCACCAAGGTG
1 TGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTG
105663 ATGGAGGCTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 25, Indels: 21
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 14 0.07
42 148 0.69
43 42 0.20
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.28, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
TGGTGCTCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGA
Found at i:113769 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 113699--113777 Score: 124
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
113689 CATCCGAGCC
113699 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ACCAAGG-GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
*
113734 ACCAAAGGGCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACG
1 ACC-AAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
113768 ACCAAGGGCC
1 ACCAAGGGCC
113778 TATTTTGCCG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 4
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
33 7 0.17
34 11 0.26
35 20 0.48
36 4 0.10
ACGTcount: A:0.20, C:0.37, G:0.35, T:0.08
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
Found at i:113789 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 113742--114368 Score: 576
Period size: 42 Copynumber: 15.2 Consensus size: 42
113732 CGACCAAAGG
*
113742 GCCGATGGTGGCCGAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
* * *
113784 GCCGATGGTGCCCGAGCCT-CCGCACGACCAAGGGTCTAGGTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
* * * *
113826 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ACCAAGGTGTCACCA--T
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-G-C-CTAGTT
*
113868 GTCGATGGT-GCTCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TT
* ** **
113910 GCCGAT--TGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAAGCACCTAGGA
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGA--CCAAGGGCCTAGTT
*
113951 GCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
*
113993 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
* *
114034 GCCGATGGT-GCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
* * * * ** *
114076 GTCGATGGTCG-CGAGG-TCTCGGAC-ATCCAAGCACC-AGGT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTT
114115 GCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT
1 GCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
* * * ** *
114158 GCCGA--GT-GTCGAGGCTCCCGC-CCATCATAGCACC--GAT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGTT
114195 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TT
* *
114238 GCCGATGGTGTCCGA-GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
114279 GCCGATGGTGGCCGAGGCT-CCGCACGACCAA-GG-CTA-TT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
*
114317 GCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTT
1 GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-G-TT
114360 GCCGATGGT
1 GCCGATGGT
114369 ACGCGAGGCT
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 60, Indels: 85
0.77 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
37 7 0.01
38 21 0.04
39 35 0.07
40 77 0.16
41 105 0.22
42 169 0.35
43 66 0.14
45 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
Found at i:113985 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 113783--114379 Score: 562
Period size: 83 Copynumber: 7.2 Consensus size: 83
113773 GGGCCTATTT
* * * * *
113783 TGCCGATGGTGCCCGAGCCT-CCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCC
1 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT-GTGTCCGAGGCTCC
*
113847 GGCACA-CCAAGGTGTCACC-A--
64 CGCACATCCAA---G-CACCTAGG
*
113867 TGTCGATGGTGCTCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT-TGTCCGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGTGTCCGAGGCTCCC
113930 GCACATCCCAAGCACCTAGG
65 GCACAT-CCAAGCACCTAGG
* * *
113950 AGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT-GTGTCCGAGGCTCCC
** *
114015 GCACGA-CCAAG-GGCTAGT
65 GCAC-ATCCAAGCACCTAGG
* * * * *
114033 TGCCGATGGTGCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATG-GTCGCGAGG-TCTC
1 TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGTGTC-CGAGGCTCCC
*
114096 GGACATCCAAGCACC-AGG
65 GCACATCCAAGCACCTAGG
*
114114 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA-GTGT-CGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGTGTCCGAGGCTCCC
* *
114177 GCCCAT-CATAGCACC--GA
65 GCACATCCA-AGCACCTAGG
114194 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGA-GCTCC
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT-GTGTCCGAGGCTCC
** **
114258 CGCACGA-CCAAGGGCCTATT
64 CGCAC-ATCCAAGCACCTAGG
114278 TGCCGATGGTGGCCGAGGCT-CCGCACGACCAA-GG-CTA--TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT-GTGTCCGAGGCTCC
*
114338 CGCACGA-CCAAG-GCCTAGG
64 CGCAC-ATCCAAGCACCTAGG
*
114357 TTTGCCGATGGTACGCGAGGCTC
1 --TGCCGATGGTGC-CGAGGCTC
114380 GCAC
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 42, Indels: 62
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
79 22 0.05
80 76 0.17
81 65 0.15
82 84 0.19
83 104 0.24
84 72 0.16
85 17 0.04
86 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (83 bp):
TGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGTGTCCGAGGCTCCCG
CACATCCAAGCACCTAGG
Found at i:114226 original size:202 final size:202
Alignment explanation
Indices: 113783--114364 Score: 563
Period size: 202 Copynumber: 2.8 Consensus size: 202
113773 GGGCCTATTT
* * * * *
113783 TGCCGATGGTGCCCGAGCCT-CCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGA-GCTCC
* * * *
113847 GGCAC-ACCAAGGTGTCACCA--TGTCGATGGT-GCTCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCTAGT
65 CGCACGACCAAGG-G-C-CTAGTTGCCGATGGTCGC-CGAGGCTCCGCACGACCAA-GACC-AG-
* * *
113908 TTGCCGAT--TGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAAGCACCTAGG--AGCCGATGGTGCCGAGGC
123 -TGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA--CCAAG-GCCTAGGTTTGCCGA--GTGTCGAGGC
* * ** *
113968 TCCCGCACGACCA-AGGGCCTA
182 TCCCGC-CCATCATAGCACCGA
113989 TTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAG-TTGCCGATGGTG-CCGAGCC
1 ---TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAG-C
* * *
114051 TCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTCG-CGAGG-TCTCGGAC-ATCCAAGCACCAG
62 TCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTCGCCGAGGCTC-CGCACGA-CCAAG-ACCA-
114113 GTGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TTGCCGAGTGTCGAGGCTCC
122 GTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTTGCCGAGTGTCGAGGCTCC
114176 CGCCCATCATAGCACCGA
185 CGCCCATCATAGCACCGA
*
114194 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGCTCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGCTCCC
* * * * *
114259 GCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGCTATTGCCGATG
66 GCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTCGCCGAGGCTCCGCACGACCAAGACCAGTGCCGATG
114324 GTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGGTTTGCCGA
131 GTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGGTTTGCCGA
114365 TGGTACGCGA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 24, Indels: 59
0.80 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
201 8 0.02
202 73 0.23
203 18 0.06
204 51 0.16
205 37 0.11
206 18 0.06
207 49 0.15
208 30 0.09
209 24 0.07
210 15 0.05
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (202 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGCTCCC
GCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTCGCCGAGGCTCCGCACGACCAAGACCAGTGCCGATG
GTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGCCTAGGTTTGCCGAGTGTCGAGGCTCCCGCCCATCATA
GCACCGA
Found at i:114257 original size:122 final size:124
Alignment explanation
Indices: 113742--114379 Score: 525
Period size: 122 Copynumber: 5.2 Consensus size: 124
113732 CGACCAAAGG
* *
113742 GCCGATGGTGGC-CGAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT-C
1 GCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGA-GGTG-CCGAGGCTCC
* ** * * * * * * ***
113804 CGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCAC-ACCAAGGTGTC-ACCA
62 CGCACCACCAA-GCACCA-GATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-GCCTAGTT
113867 T
124 T
* *
113868 GTCGATGGTGCTCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGA-TTGTCCGAGGCTCCCG
1 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGAGGTG-CCGAGGCTCCCG
*
113931 CA-CATCCCAAGCACCTAGGA-GCCGATGGT-GCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTT
64 CACCA--CCAAGCACC-A-GATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
* * *
113993 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGTTGCCGATGGTGCCGAGCCTCTCGC
1 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGA-GGTGCCGAGGCTCCCGC
* ** * * * * * ** *
114057 ACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTCG-CGAGG-TCTCGGAC-ATCCAAGCACC-AG-GT
65 ACCACCAAGCACC-A-GATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTT
*
114115 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA-GTGTCGAGGCTCCCGC
1 GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGAGGTGCCGAGGCTCCCGC
*
114179 -CCATCATAGCACC-GATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
65 ACCACCA-AGCACCAGATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
*
114238 GCCGATGGTG-TCCGA-GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTGCCGATGGTGGCCGAGGCT-CC
1 GCCGATGGTGCT-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGA-GGT-GCCGAGGCTCCC
* * * * *
114300 GCACGACCAAG-GCTA-TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-GGCCTAGGTTT
63 GCACCACCAAGCACCAGATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTT
* *
114360 GCCGATGGTACGCGAGGCTC
1 GCCGATGGTGCTCGAGGCTC
114380 GCAC
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 59, Indels: 69
0.77 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
119 11 0.03
120 5 0.01
121 30 0.07
122 128 0.30
123 31 0.07
124 76 0.18
125 73 0.17
126 66 0.16
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (124 bp):
GCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGAGGTGCCGAGGCTCCCGCA
CCACCAAGCACCAGATGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTT
Done.