genome.fa.s981.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold118
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  277765

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9450--9492	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
9473--9505	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
9484--9578	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
9740--9774	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9698--9770	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
9659--9930	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
9884--9918	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9867--10089	120	1.9	120	96	0	410	48	6	2	42	1.40
10005--10039	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
10098--10131	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
10164--10358	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
17517--17711	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
17744--17777	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
17793--17971	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	48	1.43
17836--17870	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17786--18008	120	1.9	120	96	0	410	42	2	6	48	1.40
17957--17991	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17945--18216	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
18101--18135	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18297--18391	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
18370--18402	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
18383--18425	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984--22041	6	9.2	6	74	10	53	75	3	18	1	1.03
21989--22029	21	1.9	22	85	14	59	75	4	17	2	1.08
28601--28645	23	2.0	23	83	12	58	62	4	26	6	1.39
33073--33117	23	2.0	23	83	12	58	62	4	26	6	1.39
33831--33859	10	2.7	11	89	10	51	0	10	0	89	0.48
38154--38324	39	4.3	39	85	6	211	25	21	28	25	1.99
38101--38324	79	2.8	79	82	7	231	25	20	27	25	1.99
38181--38357	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
45506--45678	41	4.3	40	82	10	174	24	21	27	26	1.99
45453--45679	40	5.7	40	81	8	219	25	21	27	26	1.99
45534--45712	79	2.2	81	79	4	186	25	21	27	25	1.99
57892--57932	11	3.6	11	87	6	55	73	2	2	21	1.07
57959--57997	10	3.8	10	86	3	51	82	0	17	0	0.68
57960--58001	14	3.0	14	83	10	50	78	0	21	0	0.75
57959--57997	21	1.9	20	89	5	60	82	0	17	0	0.68
60464--60661	104	1.9	104	96	0	369	35	21	11	30	1.89
72231--72274	10	4.4	10	97	0	79	22	0	0	77	0.77
72493--72530	17	2.2	17	86	9	51	78	0	21	0	0.74
72620--72655	18	2.0	18	94	0	63	11	36	13	38	1.81
78123--78308	69	2.7	69	83	1	239	32	26	22	18	1.97
78330--78443	59	1.9	59	96	0	210	32	14	13	40	1.84
91596--91620	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96387--96757	185	2.0	186	94	0	654	32	7	4	54	1.49
97131--97181	19	2.8	19	85	5	61	43	0	0	56	0.99
97130--97200	27	2.7	27	80	4	74	49	0	0	50	1.00
99690--99740	17	2.7	19	76	14	61	41	0	0	58	0.98
101300--101414	29	3.8	29	77	16	108	40	0	16	41	1.54
101325--101394	34	2.1	34	91	2	115	45	0	11	42	1.40
101516--101792	124	2.2	125	90	2	441	41	15	17	25	1.89
101769--101818	22	2.3	22	96	0	91	52	22	10	16	1.73
105122--105294	61	2.9	59	84	9	192	50	5	5	38	1.49
107230--107302	30	2.3	32	77	11	80	64	2	2	30	1.21
108363--108395	16	2.1	16	100	0	66	48	6	27	18	1.71
108944--108971	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
108947--108991	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
109334--109363	14	2.1	14	93	0	51	46	6	23	23	1.75
109515--109539	13	1.9	13	100	0	50	20	8	8	64	1.46
114312--114354	20	2.3	19	84	11	61	30	0	2	67	1.03
115095--115129	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
119332--119389	29	2.0	30	83	10	75	34	22	24	18	1.96
119423--119465	21	2.0	21	86	8	61	9	2	32	55	1.44
119430--119465	14	2.6	14	90	0	54	8	0	33	58	1.28
126566--126602	16	2.2	18	90	9	60	56	32	5	5	1.45
126709--126742	17	1.9	18	88	5	52	58	11	29	0	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128748--128866	60	2.0	60	96	0	220	56	8	2	32	1.43
129243--129282	18	2.2	18	86	0	53	45	10	20	25	1.81
130824--130885	31	2.0	31	84	6	81	66	0	3	30	1.08
138430--138459	14	2.1	14	93	0	51	53	6	10	30	1.60
139779--139873	40	2.4	40	92	1	156	10	16	30	42	1.82
141694--141746	21	2.5	21	78	6	63	33	18	7	39	1.79
146865--146920	28	2.0	28	100	0	112	32	10	17	39	1.84
147209--147386	63	2.6	68	78	14	197	45	14	9	30	1.76
147275--147383	31	3.4	32	71	14	100	46	14	10	28	1.77
149191--149295	45	2.3	45	81	12	126	24	17	15	42	1.87
149275--149318	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
150333--150434	41	2.5	41	80	0	96	34	21	15	28	1.94
155066--155112	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
185406--185430	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
185630--185684	26	2.0	28	86	6	78	43	10	5	40	1.63
187940--188740	69	11.6	69	79	3	662	19	20	24	34	1.96
187940--188756	207	3.9	207	80	3	838	19	20	25	34	1.96
187940--188740	138	5.8	138	79	1	737	19	20	24	34	1.96
192619--192726	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
193573--193613	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92
193563--193608	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
193617--193689	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193618--193660	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
193624--193688	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
203057--203095	20	2.0	20	94	0	69	51	0	0	48	1.00
205825--205867	6	7.2	6	86	0	50	39	0	58	2	1.11
211128--211191	31	2.1	31	100	0	128	37	9	10	42	1.73
211422--211471	18	2.8	17	87	6	55	42	4	2	52	1.31
211616--211726	39	2.6	42	77	18	129	36	26	3	34	1.74
211716--211761	16	2.9	16	83	0	56	26	28	2	43	1.66
218293--218375	30	2.7	31	75	14	82	46	10	15	26	1.79
229361--229390	4	7.5	4	92	0	51	73	23	0	3	0.98
233374--233412	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
233638--233735	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
233640--233728	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
249482--249538	28	2.0	29	83	10	73	66	5	1	26	1.22
249472--249530	9	6.3	9	75	14	57	67	6	1	23	1.24
254335--254373	20	2.0	20	90	10	62	48	0	0	51	1.00
254475--254514	20	2.0	20	95	4	73	32	10	10	47	1.70
254610--254648	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
254688--254723	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
256932--256964	5	6.6	5	86	13	50	42	0	0	57	0.98
257160--257195	17	2.1	18	89	5	56	75	5	13	5	1.17
258081--258188	21	5.1	21	83	5	137	19	21	22	37	1.95

Tables:   1

The End!