genome.fa.s982.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2800
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  275143

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26091--26133	16	2.8	16	78	3	52	53	2	2	41	1.26
33622--33652	12	2.6	12	89	0	53	16	25	16	41	1.88
35148--35188	16	2.8	14	88	7	55	48	0	2	48	1.14
38619--38650	15	2.1	15	100	0	64	6	21	18	53	1.67
40292--40330	18	2.1	19	90	4	62	69	0	2	28	1.02
55927--55993	34	1.9	35	87	3	100	34	8	11	44	1.73
57305--57361	4	14.2	4	96	0	105	24	0	24	50	1.49
67257--67570	46	6.8	46	89	0	396	41	14	23	20	1.89
68900--68963	33	2.0	32	84	3	83	37	14	15	32	1.87
69905--69938	17	2.0	17	88	0	50	76	8	2	11	1.12
70390--70423	14	2.4	14	90	9	52	64	0	2	32	1.08
72203--72446	44	5.6	43	75	5	224	25	22	21	30	1.99
72191--72439	87	2.9	86	91	3	383	24	23	21	30	1.99
72203--72445	131	1.9	130	79	6	276	25	22	21	30	1.99
78154--78209	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
79544--79586	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
79544--79586	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
79738--79796	26	2.4	26	86	8	79	40	0	28	30	1.57
79939--80034	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
86022--86077	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
87415--87457	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
87415--87457	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87610--87668	27	2.3	27	83	11	72	38	0	30	30	1.57
87813--87908	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
95446--95479	17	2.0	17	88	0	50	76	8	2	11	1.12
103583--103671	42	2.1	42	91	0	142	50	13	5	30	1.64
105973--105997	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
111556--111648	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
124197--124300	52	2.0	52	98	0	199	26	24	19	29	1.98
129441--129522	26	3.2	26	79	6	96	18	25	17	39	1.92
138210--138250	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
148689--148862	84	2.0	87	83	5	221	39	21	6	32	1.80
154995--155057	32	2.0	32	93	0	108	36	14	11	38	1.81
155096--155138	23	1.9	22	85	4	59	16	6	20	55	1.64
157692--157757	22	3.0	20	75	25	55	77	0	6	16	0.96
157702--157757	17	3.2	18	80	10	71	76	0	7	16	0.99
157698--157739	14	2.9	15	86	10	52	78	0	7	14	0.95
158280--158315	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
160357--160392	14	2.6	14	86	0	54	36	2	8	52	1.46
162072--162122	13	3.9	13	73	0	57	45	1	11	41	1.52
167702--168169	131	3.6	132	80	4	423	35	19	19	25	1.95
169136--169207	32	2.3	32	81	13	87	58	0	5	36	1.22
169252--169291	15	2.7	15	92	0	62	45	0	10	45	1.37
169476--169518	19	2.3	19	80	8	52	51	4	13	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171000--171481	44	11.0	44	81	1	527	28	26	14	29	1.95
171019--171481	88	5.3	88	87	0	640	29	26	14	28	1.95
183026--183313	131	2.2	131	84	2	364	35	20	18	25	1.95
183079--183456	132	2.9	132	81	4	399	35	17	19	26	1.94
184422--184493	32	2.3	32	81	13	87	58	0	5	36	1.22
184538--184577	15	2.7	15	92	0	62	45	0	10	45	1.37
184762--184804	19	2.3	19	80	8	52	51	4	13	30	1.62
186494--186542	2	25.5	2	84	15	68	46	0	2	51	1.12
197850--197889	21	2.0	20	85	14	55	47	5	5	42	1.47
200932--200968	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
202984--203018	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
202877--203160	120	2.4	120	89	2	437	44	1	4	48	1.33
203104--203138	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
203104--203158	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
212023--212049	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
212510--212554	19	2.3	20	81	11	58	48	2	0	48	1.13
222455--222480	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
223141--223183	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
223143--223187	3	15.0	3	80	0	54	35	0	6	57	1.25
223328--223399	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
223543--223638	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
227416--227501	21	4.1	21	83	0	91	17	22	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230269--230346	28	2.7	27	92	5	120	24	14	11	50	1.75
230571--230624	26	2.0	29	82	10	69	22	12	20	44	1.85
230572--230719	28	5.4	27	71	15	92	19	14	16	50	1.79
230764--230832	26	2.6	26	73	11	68	20	4	17	57	1.56
231255--231290	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
235884--236037	78	2.0	78	87	1	220	27	21	20	29	1.98
237661--237707	22	2.1	22	100	0	94	36	19	19	25	1.95
238051--238093	20	2.2	20	88	8	63	37	4	16	41	1.69
238292--238341	16	3.2	16	68	21	52	20	14	22	44	1.86
238292--238353	30	2.1	30	100	0	124	20	12	22	43	1.86
238298--238349	16	3.4	16	70	20	56	19	13	21	46	1.84
240039--240071	12	2.8	12	95	0	57	21	12	39	27	1.88
240834--240876	21	2.0	21	100	0	86	41	13	16	27	1.86
242686--243021	131	2.6	130	81	5	390	34	18	18	28	1.94
245941--246171	44	5.2	44	85	4	268	25	30	16	28	1.96
245941--246171	89	2.6	88	81	2	293	25	30	16	28	1.96
246321--246366	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
246328--246372	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
248964--249049	21	4.1	21	86	0	100	16	22	25	36	1.94
254032--254073	21	2.2	19	84	16	52	64	4	9	21	1.42
260950--261085	59	2.3	57	76	10	139	46	7	1	44	1.40
266365--266402	19	2.0	20	89	5	60	57	2	2	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269326--269427	52	2.0	52	92	0	168	28	11	14	45	1.80
269198--269418	116	1.9	113	90	2	352	27	12	12	47	1.77
269421--269472	27	1.9	27	92	0	86	21	11	11	55	1.66
272776--272922	41	3.6	40	74	13	131	52	7	21	19	1.70

Tables:   1

The End!