genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  3  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628324--628482	47	3.4	47	74	11	191	22	20	28	28	1.98
645485--645935	93	4.8	93	99	0	877	29	29	19	21	1.98
653331--653780	93	4.8	93	98	0	857	28	27	20	24	1.99
669261--669290	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
676167--676319	40	3.8	40	87	3	211	26	23	26	23	2.00
680070--680240	93	1.8	93	91	2	281	29	28	21	20	1.98
680062--680237	46	3.8	46	77	14	191	30	28	21	20	1.98
691137--691359	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
691137--691359	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
699160--699344	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
699141--699344	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
707145--707289	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
711499--711590	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
711480--711643	40	4.1	40	78	10	167	24	26	23	25	2.00
717243--717427	40	4.7	40	79	10	193	24	27	22	25	2.00
717243--717427	79	2.3	81	80	8	209	24	27	22	25	2.00
718597--718772	56	3.1	56	98	0	334	23	21	9	46	1.80
720104--720200	49	2.0	49	97	0	185	31	19	23	24	1.98
723381--723532	68	2.2	68	100	0	304	31	16	25	26	1.96
723381--723645	68	3.9	68	83	8	184	32	16	26	23	1.96
726175--726206	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
726415--726797	50	7.6	50	75	8	294	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726467--726800	101	3.3	101	86	1	418	31	25	16	26	1.97
726415--726796	151	2.5	150	81	5	412	31	25	16	25	1.96
727152--727198	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
729401--729633	117	2.0	117	99	0	457	29	12	28	29	1.93
732354--732475	46	2.6	46	84	7	140	31	19	26	22	1.98
733667--733707	22	1.9	21	85	5	55	12	41	26	19	1.87
739737--739868	66	2.0	65	97	1	246	33	21	18	25	1.96
742762--742932	46	3.7	46	83	9	172	28	18	29	23	1.98
755316--755389	27	2.7	27	93	0	130	33	17	18	29	1.94
755315--755397	27	3.1	27	87	3	116	33	18	16	31	1.93
757122--757313	96	2.0	96	100	0	384	36	5	25	33	1.78
762807--762939	55	2.5	53	80	6	142	38	18	21	21	1.93
779140--779363	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
779101--779363	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
779101--779363	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
781628--781658	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
784937--785081	43	3.4	42	79	5	148	32	26	15	26	1.95
786804--786872	29	2.4	29	95	0	120	17	21	34	26	1.95
788872--788936	28	2.3	28	89	0	103	33	26	7	32	1.85
789041--789130	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
789041--789155	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
789594--789632	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790216--790249	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
795532--795596	28	2.3	28	86	0	94	33	26	6	33	1.81
795702--795783	28	3.0	27	85	7	112	20	25	21	31	1.98
795702--795816	55	2.1	56	80	8	128	20	24	20	33	1.97
797160--797197	20	1.9	20	84	10	51	44	2	28	23	1.67
798345--798385	20	2.0	20	86	9	57	34	9	7	48	1.64
800241--800514	48	5.7	48	79	7	261	29	18	28	23	1.97
800237--800511	144	1.9	144	81	7	335	29	17	28	23	1.97
801954--802251	40	7.5	40	92	1	447	24	21	28	25	1.99
806364--806431	34	2.0	34	100	0	136	20	11	26	41	1.87
812457--812500	22	2.0	23	86	4	63	45	20	4	29	1.71
813807--813939	48	2.8	48	79	6	146	35	28	16	19	1.94
815826--815928	50	2.1	50	100	0	206	15	9	26	48	1.76
825224--825401	27	6.6	27	83	3	196	26	15	27	30	1.96
825225--825380	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
825221--825401	82	2.2	81	82	2	220	26	15	27	30	1.96
827793--827838	22	2.1	22	95	0	83	26	21	21	30	1.99
829972--830009	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
830234--830452	46	4.7	46	84	7	300	30	26	20	22	1.98
830238--830406	93	1.8	93	92	0	284	29	27	20	21	1.98
830875--830934	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
834799--834903	50	2.1	50	98	0	201	20	14	15	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835101--835138	17	2.3	16	83	16	51	84	2	7	5	0.86
836459--836503	22	2.0	22	91	8	74	51	20	0	28	1.48
846930--847107	40	4.5	40	86	3	236	24	27	23	24	2.00
878181--878224	17	2.7	16	75	6	52	20	11	13	54	1.69
879650--879681	15	2.0	17	88	11	50	0	25	0	75	0.81
880981--881028	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
881056--881130	20	3.8	20	87	6	102	37	10	18	33	1.86
881180--881251	26	2.8	26	95	2	128	27	25	23	23	2.00
883924--883961	19	2.0	19	94	0	67	23	21	44	10	1.83
889348--889404	20	2.9	21	87	10	77	40	8	19	31	1.82
889454--889551	26	3.8	26	90	1	153	27	25	21	25	1.99
893405--893683	48	5.9	48	78	5	309	26	25	20	26	1.99
900479--900646	47	3.6	47	88	3	243	25	17	27	29	1.98
918451--919357	216	4.2	216	99	0	1787	32	19	21	26	1.97
920535--920958	27	15.7	27	76	7	236	31	8	19	40	1.82
920535--920914	54	7.0	54	77	8	267	30	8	19	41	1.81
920544--920914	81	4.6	79	78	8	282	29	7	19	42	1.80
920898--920967	26	2.6	27	86	8	90	31	10	17	41	1.82
924192--924303	41	2.7	41	87	0	161	24	28	22	25	1.99
925570--925603	17	2.0	17	100	0	68	29	5	11	52	1.61
925931--926038	43	2.5	43	92	0	171	27	24	17	30	1.97
927421--927821	27	14.9	27	80	5	265	31	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927764--927821	25	2.2	27	87	9	93	36	10	17	36	1.84
931041--931189	48	3.1	48	86	0	208	28	26	18	26	1.98
938874--938919	20	2.5	19	83	13	60	21	4	4	69	1.24
948781--949017	47	5.0	47	95	0	420	27	29	9	33	1.89
954963--955180	40	5.5	40	88	2	307	23	21	28	26	1.99
963996--964082	27	3.2	27	95	0	147	26	17	19	36	1.94
963993--964109	54	2.2	53	81	6	137	26	14	20	38	1.91
964067--964161	27	3.7	26	77	11	88	26	6	22	45	1.76
965058--965133	23	3.3	23	78	14	86	27	23	15	32	1.95
965033--965110	22	3.4	23	73	19	65	23	23	19	34	1.96
965033--965139	45	2.3	45	83	13	130	26	22	15	35	1.94
965308--965399	20	4.7	19	71	11	69	35	8	18	36	1.82
967887--967947	6	9.3	6	75	19	52	77	1	18	3	0.99
967887--967947	19	3.4	18	72	19	56	77	1	18	3	0.99
967887--967968	27	3.1	27	84	5	96	71	2	20	4	1.16
974111--974154	23	1.9	23	86	9	63	72	2	18	6	1.17
974311--974386	38	2.0	38	94	0	134	30	14	10	44	1.79
976260--976541	70	4.0	70	99	0	555	21	7	29	41	1.79
985243--985441	27	7.4	27	85	2	220	29	21	7	42	1.79
985444--985622	54	3.3	54	78	5	157	42	20	8	29	1.81
985444--985598	27	5.7	27	82	4	170	41	20	9	29	1.83
985472--985705	54	4.3	56	74	9	180	40	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
985480--985688	27	7.7	27	80	6	147	39	17	9	33	1.82
985702--985803	27	3.8	27	70	10	73	37	18	20	23	1.94
986613--986682	25	2.8	24	85	8	86	25	30	22	21	1.99
986830--986921	42	2.2	42	92	0	157	32	14	19	33	1.92
986945--987028	31	2.7	31	90	1	134	27	17	27	27	1.98
990056--990096	15	2.7	16	88	7	59	46	0	14	39	1.45
998265--998306	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
998265--998303	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
1011670--1011700	13	2.4	13	94	0	53	22	54	6	16	1.64
1014371--1014450	39	2.1	39	100	0	160	26	12	15	46	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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