Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 91551117
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 2824764 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 11 of 276
Found at i:3309407 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3309348--3309466 Score: 125
Period size: 36 Copynumber: 3.2 Consensus size: 36
3309338 ATTTTGTATA
* *
3309348 ATTTTCTTACGACTTTATAAAATTTT-ATATTTTAT
1 ATTTTTTTACGATTTTATAAAATTTTAATATTTTAT
*
3309383 ATTTTTTTACGATTTTTATAAAATTTTACAATTTTTTAT
1 ATTTTTTTACGA-TTTTATAAAATTTT--AATATTTTAT
** *
3309422 ATATTTTTTATAATTTT-TAATATTTTAATATTTTAT
1 AT-TTTTTTACGATTTTATAAAATTTTAATATTTTAT
3309458 AATTTTTTT
1 -ATTTTTTT
3309467 CTAATTTTTA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 7, Indels: 11
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
35 11 0.15
36 28 0.39
37 2 0.03
38 8 0.11
39 14 0.20
40 8 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (36 bp):
ATTTTTTTACGATTTTATAAAATTTTAATATTTTAT
Found at i:3309465 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 3309377--3309480 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 10.8 Consensus size: 10
3309367 AAATTTTATA
*
3309377 TTTTATATTT
1 TTTTATAATT
**
3309387 TTTTACGA-T
1 TTTTATAATT
**
3309396 TTTTATAAAA
1 TTTTATAATT
*
3309406 TTTTACAATT
1 TTTTATAATT
3309416 TTTTATATATT
1 TTTTATA-ATT
3309427 TTTTATAA--
1 TTTTATAATT
3309435 TTTT-TAA-T
1 TTTTATAATT
* *
3309443 ATTT-TAATA
1 TTTTATAATT
3309452 TTTTATAATTT
1 TTTTATAA-TT
*
3309463 TTTTCTAATT
1 TTTTATAATT
*
3309473 TTTAATAA
1 TTTTATAA
3309481 AAGAAGGGGC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 17, Indels: 12
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
7 3 0.04
8 10 0.14
9 10 0.14
10 30 0.42
11 18 0.25
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.01, T:0.64
Consensus pattern (10 bp):
TTTTATAATT
Found at i:3309472 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3309369--3309479 Score: 111
Period size: 36 Copynumber: 3.0 Consensus size: 36
3309359 ACTTTATAAA
* * *
3309369 ATTTT-ATATTTTAT-ATTTTTTTACGATTTTTATAAA
1 ATTTTAATATTTTATAATTTTTTT-CTAATTTT-TAAT
* *
3309405 ATTTTACA-ATTTTTTATATATTTTTTATAATTTTTAAT
1 ATTTTA-ATATTTTATA-AT-TTTTTTCTAATTTTTAAT
3309443 ATTTTAATATTTTATAATTTTTTTCTAATTTTTAAT
1 ATTTTAATATTTTATAATTTTTTTCTAATTTTTAAT
3309479 A
1 A
3309480 AAAGAAGGGG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 12
0.77 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
36 23 0.37
37 9 0.15
38 17 0.27
39 7 0.11
40 6 0.10
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.01, T:0.65
Consensus pattern (36 bp):
ATTTTAATATTTTATAATTTTTTTCTAATTTTTAAT
Found at i:3309473 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3309376--3309478 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 5.5 Consensus size: 19
3309366 AAAATTTTAT
*
3309376 ATTTTAT-ATTTTTTTACGA
1 ATTTTATAATTTTTTT-CTA
* ** *
3309395 TTTTTATAAAATTTTAC-A
1 ATTTTATAATTTTTTTCTA
* *
3309413 ATTTTTTATATATTTTTTATA
1 ATTTTATA-AT-TTTTTTCTA
* **
3309434 ATTTT-TAATATTTTAAT-
1 ATTTTATAATTTTTTTCTA
3309451 ATTTTATAATTTTTTTCTA
1 ATTTTATAATTTTTTTCTA
3309470 ATTTT-TAAT
1 ATTTTATAAT
3309479 AAAAGAAGGG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 15, Indels: 13
0.69 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.08
18 26 0.41
19 15 0.24
20 11 0.17
21 6 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.01, T:0.65
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTATAATTTTTTTCTA
Found at i:3309478 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3309415--3309478 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
3309405 ATTTTACAAT
3309415 TTTTTATATATTTTTTATAA
1 TTTTTA-AT-TTTTTTATAA
* *
3309435 TTTTTAATATTTTAAT-A
1 TTTTTAATTTTTTTATAA
*
3309452 TTTTATAATTTTTTTCTAA
1 TTTT-TAATTTTTTTATAA
3309471 TTTTTAAT
1 TTTTTAAT
3309479 AAAAGAAGGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 6
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.14
18 19 0.51
19 7 0.19
20 6 0.16
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTAATTTTTTTATAA
Found at i:3309574 original size:86 final size:87
Alignment explanation
Indices: 3309479--3309655 Score: 254
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
3309469 AATTTTTAAT
** *
3309479 AAAAGAAGGGGCTTAATTG-TTTTTTTTTAAAGG-TTGAGGG-TCTTTTTGATGCATTTTGAAAG
1 AAAAGAA-GGGCTTAATTGCTTTTTTTGAAAAGGTTTGAGGGCT-TTTTTGATGCATTTTAAAAG
*
3309541 TTCAAGTACTC-AATTGAGTGAAAA
64 TTCAAGTAC-CAAAATGAGTGAAAA
*
3309565 AAAATAAGGGCTTAATTGCTTTTTTTGAAAAGGTTTGAGGGCTTTTTTGATGCATTTTAAAAGTT
1 AAAAGAAGGGCTTAATTGCTTTTTTTGAAAAGGTTTGAGGGCTTTTTTGATGCATTTTAAAAGTT
3309630 CAAGTACCAAAATGAGTGAAAA
66 CAAGTACCAAAATGAGTGAAAA
3309652 AAAA
1 AAAA
3309656 AGACTTAATT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 7
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
85 11 0.13
86 19 0.23
87 51 0.62
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (87 bp):
AAAAGAAGGGCTTAATTGCTTTTTTTGAAAAGGTTTGAGGGCTTTTTTGATGCATTTTAAAAGTT
CAAGTACCAAAATGAGTGAAAA
Found at i:3311435 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3311401--3311459 Score: 86
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
3311391 CTAAAAACAT
3311401 AAAAATAAAAAATAT-ATAA-TTTTTTA
1 AAAAATAAAAAATATGA-AATTTTTTTA
*
3311427 AAAAATAAAAATTATGAAATTTTTTTA
1 AAAAATAAAAAATATGAAATTTTTTTA
3311454 AAAAAT
1 AAAAAT
3311460 TTTAAAAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.53
27 14 0.47
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
AAAAATAAAAAATATGAAATTTTTTTA
Found at i:3312581 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 3312538--3312606 Score: 104
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
3312528 TGGAAGAGTG
*
3312538 ACCAAAATACT-AAGTTTCGACAACAATAATAACT
1 ACCAAAATACTAAAATTT-GACAACAATAATAACT
*
3312572 ACCAAAATACTAAAATTTGATAACAATAATAACT
1 ACCAAAATACTAAAATTTGACAACAATAATAACT
3312606 A
1 A
3312607 AAAAAACCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 27 0.84
35 5 0.16
ACGTcount: A:0.54, C:0.17, G:0.04, T:0.25
Consensus pattern (34 bp):
ACCAAAATACTAAAATTTGACAACAATAATAACT
Found at i:3313187 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3313166--3313203 Score: 67
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
3313156 TTTGGTTCGT
3313166 TGTAATGGAATAGAGG
1 TGTAATGGAATAGAGG
3313182 TGTAATGGAATAGAGG
1 TGTAATGGAATAGAGG
*
3313198 CGTAAT
1 TGTAAT
3313204 AGTAATTCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.34, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
TGTAATGGAATAGAGG
Found at i:3313460 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3313437--3313603 Score: 90
Period size: 18 Copynumber: 8.6 Consensus size: 18
3313427 TTATTATTAA
3313437 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
3313455 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
***
3313473 AT-TAATATTAAATATTCTT
1 ATATAAT-TT-AATAAAATT
* *
3313492 ATATGAATTTACTAAAATC
1 ATAT-AATTTAATAAAATT
* *
3313511 ATA-ATATATAATACTATAA-A
1 ATATA-ATTTAATA--A-AATT
3313531 ATATAATTTAAAATAATTATTATT
1 ATATAATTT--AATAA--A--ATT
*
3313555 AAATATAATTTAATAAAAAT
1 --ATATAATTTAATAAAATT
3313575 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAATT
3313593 AT-TAATATTAA
1 ATATAAT-TTAA
3313604 ATATTCTTAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 15, Indels: 36
0.69 0.09 0.22
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.08
18 51 0.44
19 15 0.13
20 13 0.11
21 8 0.07
22 5 0.04
23 1 0.01
24 5 0.04
26 9 0.08
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATATAATTTAATAAAATT
Found at i:3313554 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 3313417--3313776 Score: 670
Period size: 120 Copynumber: 3.0 Consensus size: 120
3313407 TTAATCATAT
*
3313417 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATTATATAATTTAATAAAATTATTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATTATATAATTTAATAAAATTATTAATATT
3313482 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
3313537 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATTATATAATTTAATAAAATTATTAATATT
3313602 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
3313657 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAATATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAT-TATATAATTTAATAAAATTATTAATAT
3313721 TAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAA-ATAA
65 TAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
3313776 T
1 T
3313777 ATATAATCTA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 4, Indels: 3
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
119 8 0.03
120 227 0.97
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (120 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATTATATAATTTAATAAAATTATTAATATT
AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:3313559 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3313529--3313687 Score: 87
Period size: 26 Copynumber: 6.5 Consensus size: 26
3313519 TAATACTATA
3313529 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
*
3313555 AAATATAATTTAATAA-AAATA-TA-T
1 AAATATAATTTAA-AATAATTATTATT
* * *
3313579 -AATTTAA--TAAAATTATTAATATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
* *
3313602 AAATAT--TCTT-ATATGAA-T-TTACTA
1 AAATATAAT-TTAAAAT-AATTATTA-TT
* * *
3313626 AAATCATAA--T-ATATAA-TACTATA
1 AAAT-ATAATTTAAAATAATTATTATT
3313649 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
3313675 AAATATAATTTAA
1 AAATATAATTTAA
3313688 TAAATATATA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 13, Indels: 36
0.68 0.09 0.24
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.02
21 6 0.06
22 6 0.06
23 18 0.18
24 22 0.22
25 11 0.11
26 35 0.34
27 2 0.02
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (26 bp):
AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
Found at i:3313562 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3313516--3313683 Score: 125
Period size: 38 Copynumber: 4.2 Consensus size: 40
3313506 AAATCATAAT
3313516 ATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAA
1 ATATAATACTATAAAATATAATTTAAAA-AATTATTATTAA
* * *
3313557 ATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAAT-A
1 ATATAA--TACTATAAA-ATATAATTTAA-AAAATTATTATTAA
* *** * * *
3313600 TTA-AATA-T-TCTTATATGAATTTACTAAAATCA-TA--AT
1 ATATAATACTATAAAATAT-AATTTA-AAAAATTATTATTAA
3313636 ATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAA
1 ATATAATACTATAAAATATAATTTAAAA-AATTATTATTAA
3313677 ATATAAT
1 ATATAAT
3313684 TTAATAAATA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 18, Indels: 28
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
36 2 0.02
37 12 0.13
38 23 0.24
39 8 0.08
40 2 0.02
41 14 0.15
42 2 0.02
43 10 0.11
44 20 0.21
45 2 0.02
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (40 bp):
ATATAATACTATAAAATATAATTTAAAAAATTATTATTAA
Found at i:3313962 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 3313948--3313975 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 3.1 Consensus size: 9
3313938 CAAAAAGTTA
3313948 CATGAAATT
1 CATGAAATT
3313957 CATGAAATT
1 CATGAAATT
3313966 CATGAAATT
1 CATGAAATT
3313975 C
1 C
3313976 TATGTCATAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 19 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (9 bp):
CATGAAATT
Found at i:3315250 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 3315178--3315281 Score: 172
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
3315168 GAAAAAAAAC
* * *
3315178 AAATTAAAATTAAGTTTAATATCATGAATCAAAAGGTGAACAATTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACAATTTATA
*
3315227 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACAATTTATA
3315276 AAATTA
1 AAATTA
3315282 TAACACATGA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 51 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (49 bp):
AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACAATTTATA
Found at i:3317647 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3317628--3317657 Score: 60
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
3317618 AATAAATTGG
3317628 AATATTAAAAATAA
1 AATATTAAAAATAA
3317642 AATATTAAAAATAA
1 AATATTAAAAATAA
3317656 AA
1 AA
3317658 AAATTTAATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (14 bp):
AATATTAAAAATAA
Found at i:3317950 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3317910--3317983 Score: 96
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
3317900 TAAAATTAAA
*
3317910 AATAAT-AAAAATAAACTGTTTTGCACTAACTATTAC
1 AATAATCAAAAA-AAACTGATTTGCACTAACTATTAC
***
3317946 AATAATCACTCAAAACTGATTTGCACTAACTATTAC
1 AATAATCAAAAAAAACTGATTTGCACTAACTATTAC
3317982 AA
1 AA
3317984 CCACCTTAGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 31 0.94
37 2 0.06
ACGTcount: A:0.46, C:0.18, G:0.05, T:0.31
Consensus pattern (36 bp):
AATAATCAAAAAAAACTGATTTGCACTAACTATTAC
Found at i:3319966 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3319933--3319966 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
3319923 TAGAACTGTT
* *
3319933 AACATTAATGGGAGAC
1 AACATTAATGGCAAAC
3319949 AACATTAATGGCAAAC
1 AACATTAATGGCAAAC
3319965 AA
1 AA
3319967 TACAAAGTGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.15, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (16 bp):
AACATTAATGGCAAAC
Found at i:3322793 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3322767--3322810 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
3322757 AGACGAGCAA
* *
3322767 TACTCCACAGCAGGTGGAGTG
1 TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
3322788 TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
1 TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
3322809 TA
1 TA
3322811 ACAGCCCAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
Found at i:3323459 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3323426--3323459 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
3323416 GGAGATTGTT
* *
3323426 AACATTAATGGGAGAC
1 AACATTAATGGCAAAC
3323442 AACATTAATGGCAAAC
1 AACATTAATGGCAAAC
3323458 AA
1 AA
3323460 TACAAAGTGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.15, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (16 bp):
AACATTAATGGCAAAC
Found at i:3325794 original size:70 final size:69
Alignment explanation
Indices: 3325670--3325833 Score: 199
Period size: 70 Copynumber: 2.3 Consensus size: 69
3325660 GTTGTTTTAT
* * *
3325670 AGGTTTAGCTCAGACGGGTAACCTTATATGTATATACAACTTTGGCCAAACTATTTGATGTG-CA
1 AGGTTTAGC-CCGACGGGTAACCTAATATGTACATACAACTTTGGCCAAACTATTTGATGTGTC-
3325734 GAT-AA
64 GATAAA
*
3325739 AGGTTTAGCCCGTACGGGTAACCTAACT-TGTACATTACAACTTTGGCCAAGCTATTTGATGTGT
1 AGGTTTAGCCCG-ACGGGTAACCTAA-TATGTACA-TACAACTTTGGCCAAACTATTTGATGTGT
3325803 CGATAAA
63 CGATAAA
* *
3325810 AAGTTTAGCCCGGACAGGTAACCT
1 AGGTTTAGCCC-GACGGGTAACCT
3325834 GACACAAATG
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 6, Indels: 10
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
68 2 0.02
69 26 0.31
70 31 0.37
71 23 0.28
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (69 bp):
AGGTTTAGCCCGACGGGTAACCTAATATGTACATACAACTTTGGCCAAACTATTTGATGTGTCGA
TAAA
Found at i:3329127 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3329105--3329140 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
3329095 GATTAAGGGG
*
3329105 AACAAAAATAAATAAAT
1 AACAAAAAGAAATAAAT
3329122 AACAAAAAGAAATAAAT
1 AACAAAAAGAAATAAAT
3329139 AA
1 AA
3329141 AGAGAAATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.78, C:0.06, G:0.03, T:0.14
Consensus pattern (17 bp):
AACAAAAAGAAATAAAT
Found at i:3330261 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3330239--3330281 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
3330229 AAAAAAATAC
*
3330239 AAACTAAGAAAGAA
1 AAACAAAGAAAGAA
3330253 AAACAAAGAAAGAA
1 AAACAAAGAAAGAA
**
3330267 AAGGAAAG-AAGAA
1 AAACAAAGAAAGAA
3330280 AA
1 AA
3330282 GAAGGAGACG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.27
14 19 0.73
ACGTcount: A:0.74, C:0.05, G:0.19, T:0.02
Consensus pattern (14 bp):
AAACAAAGAAAGAA
Found at i:3330278 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3330244--3330282 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
3330234 AATACAAACT
**
3330244 AAGAAAGAAAAACA
1 AAGAAAGAAAAGGA
3330258 AAGAAAGAAAAGGA
1 AAGAAAGAAAAGGA
3330272 AAG-AAGAAAAG
1 AAGAAAGAAAAG
3330283 AAGGAGACGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.35
14 15 0.65
ACGTcount: A:0.74, C:0.03, G:0.23, T:0.00
Consensus pattern (14 bp):
AAGAAAGAAAAGGA
Found at i:3330525 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3330508--3330532 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
3330498 GAAAAAGGAT
3330508 TAAATTGTAAAA
1 TAAATTGTAAAA
3330520 TAAATTGTAAAA
1 TAAATTGTAAAA
3330532 T
1 T
3330533 TTGAGTAATA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
TAAATTGTAAAA
Found at i:3332237 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3332213--3332252 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
3332203 CTAGGATGAT
*
3332213 TGTTTTAGCATGTTTTGAATG
1 TGTTTGAGCATGTTTTGAATG
* *
3332234 TGTTTGATCGTGTTTTGAA
1 TGTTTGAGCATGTTTTGAA
3332253 CAGGTTAAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.25, T:0.53
Consensus pattern (21 bp):
TGTTTGAGCATGTTTTGAATG
Found at i:3338494 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3338468--3338509 Score: 84
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
3338458 ATTTTCCCTT
3338468 TCTCCTTTCTCTTCTAAGCAA
1 TCTCCTTTCTCTTCTAAGCAA
3338489 TCTCCTTTCTCTTCTAAGCAA
1 TCTCCTTTCTCTTCTAAGCAA
3338510 ATTTTCTTCC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TCTCCTTTCTCTTCTAAGCAA
Found at i:3339069 original size:15 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3339043--3339068 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
3339033 TTAGGTTAGG
3339043 AGTGAGAGATATA
1 AGTGAGAGATATA
3339056 AGTGAGAGATATA
1 AGTGAGAGATATA
3339069 TGAATAATGG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.31, T:0.23
Consensus pattern (13 bp):
AGTGAGAGATATA
Found at i:3341483 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3341466--3341492 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
3341456 ATTAACCCTC
3341466 GATTATATTCTA
1 GATTATATTCTA
3341478 GATTATATTCTA
1 GATTATATTCTA
3341490 GAT
1 GAT
3341493 CCAAATCAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
GATTATATTCTA
Found at i:3344357 original size:134 final size:135
Alignment explanation
Indices: 3344108--3344375 Score: 529
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
3344098 AAGGAACGCC
3344108 AGAAGAAGAGAAGGTTCGTGTTGTGATGTTACATTTGGAGGGCAGAGCTTTGGATTGGCACCATT
1 AGAAGAAGAGAAGGTTCGTGTTGTGATGTTACATTTGGAGGGCAGAGCTTTGGATTGGCACCATT
3344173 TTTACTCGCGACGGAATGGAGGTCTTCACATGCTAGCATGGCCAGCTTATTTGGAGAGTTTGCAA
66 TTTACTCGCGACGGAATGGAGGTCTTCACATGCTAGCATGGCCAGCTTATTTGGAGAGTTTGCAA
3344238 AACCT
131 AACCT
3344243 AGAAGAAG-GAAGGTTCGTGTTGTGATGTTACATTTGGAGGGCAGAGCTTTGGATTGGCACCATT
1 AGAAGAAGAGAAGGTTCGTGTTGTGATGTTACATTTGGAGGGCAGAGCTTTGGATTGGCACCATT
3344307 TTTACTCGCGACGGAATGGAGGTCTTCACATGCTAGCATGGCCAGCTTATTTGGAGAGTTTGCAA
66 TTTACTCGCGACGGAATGGAGGTCTTCACATGCTAGCATGGCCAGCTTATTTGGAGAGTTTGCAA
3344372 AACC
131 AACC
3344376 GTTTCGGTTT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
134 125 0.94
135 8 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (135 bp):
AGAAGAAGAGAAGGTTCGTGTTGTGATGTTACATTTGGAGGGCAGAGCTTTGGATTGGCACCATT
TTTACTCGCGACGGAATGGAGGTCTTCACATGCTAGCATGGCCAGCTTATTTGGAGAGTTTGCAA
AACCT
Found at i:3349688 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3349667--3349703 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
3349657 TGAATTGTCG
*
3349667 AATTCGAATAACTCAAAT
1 AATTCGAATAAATCAAAT
3349685 AATTCGAATAAATCAAAT
1 AATTCGAATAAATCAAAT
3349703 A
1 A
3349704 TCAAACTCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.14, G:0.05, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
AATTCGAATAAATCAAAT
Found at i:3355664 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3355647--3355696 Score: 63
Period size: 11 Copynumber: 4.4 Consensus size: 12
3355637 AACTAATCCT
3355647 CTCTCAAATTTC
1 CTCTCAAATTTC
3355659 CTCTC-AATTTC
1 CTCTCAAATTTC
3355670 CTCTCAAA-TTC
1 CTCTCAAATTTC
3355681 CT-TCAAAATTT-
1 CTCTC-AAATTTC
3355692 CTCTC
1 CTCTC
3355697 CAATCCATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 8
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.06
11 21 0.62
12 11 0.32
ACGTcount: A:0.24, C:0.34, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (12 bp):
CTCTCAAATTTC
Found at i:3355690 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3355646--3355696 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
3355636 AAACTAATCC
3355646 TCTCTCAAATTTCCTCTCAATT
1 TCTCTCAAATTTCCTCTCAATT
3355668 TCCTCTCAAA-TTCCT-TCAAAATT
1 T-CTCTCAAATTTCCTCTC--AATT
3355691 TCTCTC
1 TCTCTC
3355697 CAATCCATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.08
22 11 0.42
23 13 0.50
ACGTcount: A:0.24, C:0.33, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
TCTCTCAAATTTCCTCTCAATT
Found at i:3355753 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 3355662--3355759 Score: 126
Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51
3355652 AAATTTCCTC
*
3355662 TCAATTTCCTCTCAAATTCCTTCAAAATTTCTCTCCAATCCATATTTAATT
1 TCAATTTCCTCTCAAATTCCTTCAAAATTTCTCTCAAATCCATATTTAATT
* * * * *
3355713 TCAATTTGCTCTCAAGTT-CTTCTTAAATTTCTCTTAAATCCCTATTT
1 TCAATTTCCTCTCAAATTCCTTC-AAAATTTCTCTCAAATCCATATTT
3355760 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
50 4 0.10
51 36 0.90
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (51 bp):
TCAATTTCCTCTCAAATTCCTTCAAAATTTCTCTCAAATCCATATTTAATT
Found at i:3357894 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3357869--3357917 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
3357859 AGATAACGTA
* * *
3357869 CCGGAAGAACCAGAATCTCCG
1 CCGGAAGAACAACAATCGCCG
* *
3357890 TCGGAGGAACAACAATCGCCG
1 CCGGAAGAACAACAATCGCCG
3357911 CCGGAAG
1 CCGGAAG
3357918 CTAGAGAAAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 7, Indels: 0
0.75 0.25 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.31, G:0.29, T:0.08
Consensus pattern (21 bp):
CCGGAAGAACAACAATCGCCG
Found at i:3360328 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 3360074--3360371 Score: 596
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
3360064 TCCTTAACGA
3360074 TACGTAGATTTTCCATGAACATGTGCCGTCTTAGACCGCACACTTCGCCTCAAACTTATCAGATT
1 TACGTAGATTTTCCATGAACATGTGCCGTCTTAGACCGCACACTTCGCCTCAAACTTATCAGATT
3360139 TGGATTTAACGACGTGGTAGTTAATGTTGTTTTTGATGCTATGTTGTTTTAAAGCACCAATAAAA
66 TGGATTTAACGACGTGGTAGTTAATGTTGTTTTTGATGCTATGTTGTTTTAAAGCACCAATAAAA
3360204 CTATCATTGTTGGTAAACT
131 CTATCATTGTTGGTAAACT
3360223 TACGTAGATTTTCCATGAACATGTGCCGTCTTAGACCGCACACTTCGCCTCAAACTTATCAGATT
1 TACGTAGATTTTCCATGAACATGTGCCGTCTTAGACCGCACACTTCGCCTCAAACTTATCAGATT
3360288 TGGATTTAACGACGTGGTAGTTAATGTTGTTTTTGATGCTATGTTGTTTTAAAGCACCAATAAAA
66 TGGATTTAACGACGTGGTAGTTAATGTTGTTTTTGATGCTATGTTGTTTTAAAGCACCAATAAAA
3360353 CTATCATTGTTGGTAAACT
131 CTATCATTGTTGGTAAACT
3360372 GATTACCAAC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
149 149 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (149 bp):
TACGTAGATTTTCCATGAACATGTGCCGTCTTAGACCGCACACTTCGCCTCAAACTTATCAGATT
TGGATTTAACGACGTGGTAGTTAATGTTGTTTTTGATGCTATGTTGTTTTAAAGCACCAATAAAA
CTATCATTGTTGGTAAACT
Found at i:3361820 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 3361416--3361838 Score: 600
Period size: 125 Copynumber: 3.4 Consensus size: 125
3361406 CAAACATGCT
* * * * *
3361416 ACTGTAGCAAAAGTGTGTCCACGTGGGCGCGATTTCACAAATTTTTCTCATAAAGCATCCTGGTA
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTAACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGGTA
*
3361481 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
66 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
* *
3361541 ACTGTAGCAAAAACGCGTCCACGAGGGCGCGATTTTAA-AAATTCTTCTCA-AATAGCATCCTGC
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGA-TTTAACAAATTCTTCTCATAA-AGCATCCTGG
* * * * * * *
3361604 TTGAAGTGTTTTTTTATACTATTTGCTTAGAAACGTCAACTCGAAATAATTT-TTTCAGGACCT
64 TAGAAGCG--ATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
* * * *
3361667 ACTGTAGCAAAAGCGCGTTCATGTGGGCGCGATTTAACAAATTCTTCTCATAAAGCATTCTGGTA
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTAACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGGTA
3361732 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
66 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
* *
3361792 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCAGGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTC
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTAACAAATTCTTC
3361839 GCATCCTCGT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 32, Indels: 14
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
124 41 0.16
125 111 0.43
126 67 0.26
127 40 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (125 bp):
ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTAACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGGTA
GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
Found at i:3362474 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3362444--3362510 Score: 84
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
3362434 AAAATTACGA
3362444 AAAAAGATTCAAAATAATTT-T
1 AAAAAG-TTCAAAATAATTTAT
*
3362465 CAAAAGTTCAAAAT-ATTTAT
1 AAAAAGTTCAAAATAATTTAT
* *
3362485 AAAAATTTCAAAAAAATTTAT
1 AAAAAGTTCAAAATAATTTAT
3362506 AAAAA
1 AAAAA
3362511 ATCTAAAAAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.10
20 20 0.50
21 16 0.40
ACGTcount: A:0.60, C:0.06, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAGTTCAAAATAATTTAT
Found at i:3362504 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3362444--3362510 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
3362434 AAAATTACGA
*
3362444 AAAAAGATTCAAAATAATTT-T
1 AAAAAG-TTCAAAAAAATTTAT
* *
3362465 CAAAAGTTC-AAAATATTTAT
1 AAAAAGTTCAAAAAAATTTAT
*
3362485 AAAAATTTCAAAAAAATTTAT
1 AAAAAGTTCAAAAAAATTTAT
3362506 AAAAA
1 AAAAA
3362511 ATCTAAAAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 4
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.18
20 11 0.29
21 20 0.53
ACGTcount: A:0.60, C:0.06, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAGTTCAAAAAAATTTAT
Found at i:3362518 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3362474--3362528 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
3362464 TCAAAAGTTC
* *
3362474 AAAATATTTATAAAAATTTCA
1 AAAAAATTTATAAAAATATCA
3362495 AAAAAATTTATAAAAA-ATC-
1 AAAAAATTTATAAAAATATCA
*
3362514 TAAAAATTATATAAA
1 AAAAAATT-TATAAA
3362529 GAAAGTTAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.23
20 8 0.27
21 15 0.50
ACGTcount: A:0.64, C:0.04, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAATTTATAAAAATATCA
Found at i:3367002 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 3366926--3367051 Score: 180
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
3366916 GAGCAATACT
* * * *
3366926 TTCCTAGAATCTACTGGTATTAATATATGGTTCTTATGTCTAAATAGTATATCTTCGAGTTC
1 TTCCTAGAATCTACTAGTATTAATATATGATTCTTACGTCTAAATAGTAGATCTTCGAGTTC
* * * *
3366988 TTCCTAGAATCTACTATTATTGATATATGATTCTTCCGTCTAAATTGTAGATCTTCGAGTTC
1 TTCCTAGAATCTACTAGTATTAATATATGATTCTTACGTCTAAATAGTAGATCTTCGAGTTC
3367050 TT
1 TT
3367052 TTTAAAATAG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 56 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (62 bp):
TTCCTAGAATCTACTAGTATTAATATATGATTCTTACGTCTAAATAGTAGATCTTCGAGTTC
Found at i:3367799 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3367763--3367826 Score: 103
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
3367753 CTCAAATCCA
3367763 TTTTTTAAAATAATTATAA-TTTTTTAATAT
1 TTTTTTAAAATAATTATAATTTTTTTAATAT
* *
3367793 TTTTTTAAAATAATTTTAATTTTTTTTATAT
1 TTTTTTAAAATAATTATAATTTTTTTAATAT
3367824 TTT
1 TTT
3367827 CATCAATGGC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 18 0.58
31 13 0.42
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTTAAAATAATTATAATTTTTTTAATAT
Found at i:3369901 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3369868--3369923 Score: 76
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
3369858 ATGCCGAACT
*
3369868 GGAAGAACCACAACCACCACCGGA
1 GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
* * *
3369892 GGAAGGACCACAATCAGCACCAGA
1 GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
3369916 GGAAGAAC
1 GGAAGAAC
3369924 AACCGCCGCC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 27 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.30, G:0.25, T:0.02
Consensus pattern (24 bp):
GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
Found at i:3370186 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3370129--3370189 Score: 79
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
3370119 AAATAAAAAC
* * *
3370129 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAA
1 CCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAA
*
3370158 CCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAA
1 CCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAA
3370186 CCTA
1 CCTA
3370190 GAATGCCCAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 10 0.36
29 18 0.64
ACGTcount: A:0.48, C:0.25, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
CCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAA
Found at i:3370449 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3370416--3370471 Score: 76
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
3370406 ATGCCGAACT
*
3370416 GGAAGAACCACAACCACCACCGGA
1 GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
* * *
3370440 GGAAGGACCACAATCAGCACCAGA
1 GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
3370464 GGAAGAAC
1 GGAAGAAC
3370472 AACCGCCGCC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 27 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.30, G:0.25, T:0.02
Consensus pattern (24 bp):
GGAAGAACCACAACCACCACCAGA
Found at i:3370679 original size:548 final size:548
Alignment explanation
Indices: 3369643--3370737 Score: 2163
Period size: 548 Copynumber: 2.0 Consensus size: 548
3369633 GTTGGAGCCA
* * *
3369643 AATGCCCGGTTCAGCTCCATTTCCTGTTATGCCGAGCGGACCGTCGATATCTAGGCCAGCGGCGC
1 AATGCCCAGTTCAGCTCCATTTCCTGTTATGCAGAGCGGACCATCGATATCTAGGCCAGCGGCGC
3369708 AGGAGGGATCGGCTATGCCTTCGGGGAGCTCTCCTTTTTACCAATCGCTAGCAACGTATGGCTTT
66 AGGAGGGATCGGCTATGCCTTCGGGGAGCTCTCCTTTTTACCAATCGCTAGCAACGTATGGCTTT
3369773 CAAACACCGTCGTCGTTCATGATGCAAACACCTCCACATACACTATTCTTTAAAGGTGGATCATC
131 CAAACACCGTCGTCGTTCATGATGCAAACACCTCCACATACACTATTCTTTAAAGGTGGATCATC
3369838 GTCCCAAGTCCGACATCCAGATGCCGAACTGGAAGAACCACAACCACCACCGGAGGAAGGACCAC
196 GTCCCAAGTCCGACATCCAGATGCCGAACTGGAAGAACCACAACCACCACCGGAGGAAGGACCAC
3369903 AATCAGCACCAGAGGAAGAACAACCGCCGCCGGAAGCTAGAGGAAGGAGGAATCCAGCGCGCAAC
261 AATCAGCACCAGAGGAAGAACAACCGCCGCCGGAAGCTAGAGGAAGGAGGAATCCAGCGCGCAAC
3369968 TGTCGACGGCCGACATGTGGAACCGAATCCCCAGTCATAGACATTGATTGCCGTATTTAAATTTA
326 TGTCGACGGCCGACATGTGGAACCGAATCCCCAGTCATAGACATTGATTGCCGTATTTAAATTTA
3370033 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAAATTTTTTAAGAAAATT
391 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAAATTTTTTAAGAAAATT
3370098 TTGATAGTATTTGATATAATAAAATAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAA
456 TTGATAGTATTTGATATAATAAAATAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAA
3370163 ATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAG
521 ATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAG
3370191 AATGCCCAGTTCAGCTCCATTTCCTGTTATGCAGAGCGGACCATCGATATCTAGGCCAGCGGCGC
1 AATGCCCAGTTCAGCTCCATTTCCTGTTATGCAGAGCGGACCATCGATATCTAGGCCAGCGGCGC
3370256 AGGAGGGATCGGCTATGCCTTCGGGGAGCTCTCCTTTTTACCAATCGCTAGCAACGTATGGCTTT
66 AGGAGGGATCGGCTATGCCTTCGGGGAGCTCTCCTTTTTACCAATCGCTAGCAACGTATGGCTTT
3370321 CAAACACCGTCGTCGTTCATGATGCAAACACCTCCACATACACTATTCTTTAAAGGTGGATCATC
131 CAAACACCGTCGTCGTTCATGATGCAAACACCTCCACATACACTATTCTTTAAAGGTGGATCATC
3370386 GTCCCAAGTCCGACATCCAGATGCCGAACTGGAAGAACCACAACCACCACCGGAGGAAGGACCAC
196 GTCCCAAGTCCGACATCCAGATGCCGAACTGGAAGAACCACAACCACCACCGGAGGAAGGACCAC
3370451 AATCAGCACCAGAGGAAGAACAACCGCCGCCGGAAGCTAGAGGAAGGAGGAATCCAGCGCGCAAC
261 AATCAGCACCAGAGGAAGAACAACCGCCGCCGGAAGCTAGAGGAAGGAGGAATCCAGCGCGCAAC
3370516 TGTCGACGGCCGACATGTGGAACCGAATCCCCAGTCATAGACATTGATTGCCGTATTTAAATTTA
326 TGTCGACGGCCGACATGTGGAACCGAATCCCCAGTCATAGACATTGATTGCCGTATTTAAATTTA
3370581 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAAATTTTTTAAGAAAATT
391 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAAATTTTTTAAGAAAATT
3370646 TTGATAGTATTTGATATAATAAAATAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAA
456 TTGATAGTATTTGATATAATAAAATAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAA
3370711 ATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTA
521 ATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTA
3370738 ATTTAATTAA
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 3, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
548 544 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (548 bp):
AATGCCCAGTTCAGCTCCATTTCCTGTTATGCAGAGCGGACCATCGATATCTAGGCCAGCGGCGC
AGGAGGGATCGGCTATGCCTTCGGGGAGCTCTCCTTTTTACCAATCGCTAGCAACGTATGGCTTT
CAAACACCGTCGTCGTTCATGATGCAAACACCTCCACATACACTATTCTTTAAAGGTGGATCATC
GTCCCAAGTCCGACATCCAGATGCCGAACTGGAAGAACCACAACCACCACCGGAGGAAGGACCAC
AATCAGCACCAGAGGAAGAACAACCGCCGCCGGAAGCTAGAGGAAGGAGGAATCCAGCGCGCAAC
TGTCGACGGCCGACATGTGGAACCGAATCCCCAGTCATAGACATTGATTGCCGTATTTAAATTTA
TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGTTTATTTGATGTAATACGCATAGAAATTTTTTAAGAAAATT
TTGATAGTATTTGATATAATAAAATAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAA
ATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAG
Found at i:3370748 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3370677--3371253 Score: 824
Period size: 57 Copynumber: 10.1 Consensus size: 57
3370667 AAATAAAAAC
* * * *
3370677 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* * * *
3370734 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* *
3370791 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* *
3370848 CCTAAATTAATTAAAAACTCTAATTTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* * *
3370905 CCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTACTT-AAAACCCTTAAACCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCC-TAAATCTAA
*
3370962 CCTAAATTAATTTAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* * *
3371019 CCTAAATTAACTAAAAGCCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAACCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* *
3371076 CCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAAGCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* *
3371133 CCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAA-CCTAAACCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
* * * *
3371189 CCTAAATTAATTTAAAATCCTAAACCTAACCTAAATTAATTTAAAACCCT-AATCTAA
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
3371246 CCTAAATT
1 CCTAAATT
3371254 TTTTTGGCTT
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 28, Indels: 10
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
56 60 0.12
57 417 0.86
58 10 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.23, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (57 bp):
CCTAAATTAATTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAA
Found at i:3370886 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 3370677--3371253 Score: 826
Period size: 142 Copynumber: 4.1 Consensus size: 143
3370667 AAATAAAAAC
* * * *
3370677 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAATTT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATT
* *
3370742 AATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAA
66 AATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAATTAAA
3370806 AACCCTAAACCTAA
131 AACCCT-AACCTAA
* * * *
3370820 CCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACTCTAATTTAACCTAAATT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATT
* * *
3370884 AATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTACTT-AA
66 AATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAATTAAA
3370947 AACCCTTAAACCTAA
131 AACCC-T-AACCTAA
* *
3370962 CCTAAATTAATTTAAAACCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAAT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAAT
* * * * *
3371026 TAACTAAAAGCCCT-AATCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAA
65 TAATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAATTAA
*
3371090 AAACCCTAATCTAA
130 AAACCCTAACCTAA
*
3371104 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAAGCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATT
* * * *
3371169 AATTAAAAA-CCTAAACCTAACCTAAATTAATTTAAAATCCTAAACCTAACCTAAATTAATTTAA
66 AATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAATTAAA
*
3371233 AACCCTAATCTAA
131 AACCCTAACCTAA
3371246 CCTAAATT
1 CCTAAATT
3371254 TTTTTGGCTT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 32, Indels: 13
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 10 0.03
142 293 0.74
143 86 0.22
144 7 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.23, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (143 bp):
CCTAAATTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAATCTAACCTAAATT
AATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAACTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAATTAATTAAA
AACCCTAACCTAA
Found at i:3370910 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 3370703--3371198 Score: 109
Period size: 9 Copynumber: 52.3 Consensus size: 10
3370693 ACCTTAAACC
3370703 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3370713 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3370721 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
*
3370730 CTAACCTAATT
1 -TAACCTAAAT
*
3370741 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3370749 -AACCTTAAACC
1 TAACC-TAAA-T
3370760 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3370770 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3370778 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
3370787 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3370798 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3370806 -AACCCTAAACC
1 TAA-CCTAAA-T
3370817 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3370827 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3370835 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
3370844 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3370855 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3370863 -AACTCTAATT
1 TAAC-CTAAAT
3370873 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
*
3370883 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
3370891 -AACCCTAAAT
1 TAA-CCTAAAT
3370901 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
3370912 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3370920 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
3370929 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3370940 T-ACTTAAA-
1 TAACCTAAAT
* *
3370948 -ACCCTTAAACC
1 TAACC-TAAA-T
3370959 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
**
3370969 TAATTTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3370978 -ACCCT-AAT
1 TAACCTAAAT
3370986 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3370997 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
3371005 -AACCCTAAAT
1 TAA-CCTAAAT
3371015 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
3371026 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3371034 -AGCCCT-AAT
1 TA-ACCTAAAT
3371043 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3371054 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3371062 -AACCCTAAACC
1 TAA-CCTAAA-T
3371073 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3371083 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3371091 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
3371100 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3371111 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3371119 -AACCCTAAAGC
1 TAA-CCTAAA-T
3371130 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3371140 TAA-CTAAA-
1 TAACCTAAAT
3371148 -AACCCT-AAT
1 TAA-CCTAAAT
3371157 CTAACCTAAAT
1 -TAACCTAAAT
*
3371168 TAA-TTAAA-
1 TAACCTAAAT
*
3371176 -AACCTAAACC
1 TAACCTAAA-T
3371186 TAACCTAAAT
1 TAACCTAAAT
3371196 TAA
1 TAA
3371199 TTTAAAATCC
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 38, Indels: 178
0.62 0.07 0.31
Matches are distributed among these distances:
7 31 0.09
8 21 0.06
9 117 0.33
10 86 0.24
11 87 0.24
12 17 0.05
ACGTcount: A:0.50, C:0.23, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (10 bp):
TAACCTAAAT
Found at i:3371227 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3370684--3371250 Score: 308
Period size: 28 Copynumber: 20.0 Consensus size: 26
3370674 AACCCTAATT
3370684 TAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAA
1 TAATTAAAAACC-TAAACCTAACCT-AA
* *
3370712 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCTAA
3370739 TTTAATTAAAAACCTTAAACCTAACCTAAA
1 --TAATTAAAAACC-TAAACCTAACCT-AA
* *
3370769 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
3370797 TTAATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* *
3370826 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
**
3370854 TTAATTAAAAACTCT-AATTTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAAC-CTAAACCTAACCT-AA
*
3370882 TTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* *
3370911 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* *
3370939 TTACTTAAAACCCTTAAACCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAACC-TAAACCTAACCT-AA
* *
3370968 TTAATTTAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAA-TTAAAAACCTAAACCTAACCT-AA
*
3370996 TTAATTAAAAACCCTAAATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* * *
3371025 TTAACTAAAAGCCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAA-ACCTAAACCTAACCT-AA
3371053 TTAATTAAAAACCCTAAACCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* *
3371082 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
*
3371110 TTAATTAAAAACCCTAAAGCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
* *
3371139 TTAACTAAAAACCCT-AATCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAA-CCTAAACCTAACCT-AA
3371167 TTAATTAAAAACCTAAACCTAACCTAAA
1 -TAATTAAAAACCTAAACCTAACCT-AA
*
3371195 TTAATTTAAAATCCTAAACCTAACCTAAA
1 -TAA-TTAAAAACCTAAACCTAACCT-AA
* *
3371224 TTAATTTAAAACCCT-AATCTAACCTAA
1 -TAA-TTAAAAACCTAAACCTAACCTAA
3371251 ATTTTTTTGG
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 37, Indels: 44
0.86 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 18 0.04
28 234 0.49
29 213 0.44
30 15 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.23, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
TAATTAAAAACCTAAACCTAACCTAA
Found at i:3371280 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 3371265--3371289 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
3371255 TTTTGGCTTA
3371265 ATAATTTTAC
1 ATAATTTTAC
3371275 ATAATTTTAC
1 ATAATTTTAC
3371285 ATAAT
1 ATAAT
3371290 GTTAGATCTG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (10 bp):
ATAATTTTAC
Found at i:3376506 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 3376430--3376625 Score: 259
Period size: 51 Copynumber: 3.8 Consensus size: 51
3376420 TTATTGCTTA
* *
3376430 GCCCTTGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGTAGCATAGATCCCACCGTGAAACT
1 GCCCTAGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCGTGAAACT
* *
3376481 GCCCTTGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCGCGAAACT
1 GCCCTAGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCGTGAAACT
* * * *
3376532 GCCCTAGTGGTTGAGTCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCATGAAATT
1 GCCCTAGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCGTGAAACT
* * * * *
3376583 GGCCTAGTGGTTGAGTCCCCGGAGTGAAAGCAT-GAATCCCACC
1 GCCCTAGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAG-ATCCCACC
3376626 CAGAAACCGC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 11, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
50 1 0.01
51 132 0.99
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.29, T:0.20
Consensus pattern (51 bp):
GCCCTAGCGGTTGAGCCCCCGGTGTGGAAGCATAGATCCCACCGTGAAACT
Found at i:3381443 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3381404--3381460 Score: 73
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
3381394 TTTTATAAAT
3381404 AATTAATATTT-AT-TACTTAAAAATATTTAA
1 AATTAATATTTCATATA-TT-AAAATATTTAA
*
3381434 AATTTATATTTCATATATTAAAATATT
1 AATTAATATTTCATATATTAAAATATT
3381461 AACAAGTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
30 18 0.75
31 4 0.17
32 2 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (30 bp):
AATTAATATTTCATATATTAAAATATTTAA
Found at i:3382086 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 3382074--3382113 Score: 57
Period size: 8 Copynumber: 5.2 Consensus size: 8
3382064 TTTTAAAAAT
3382074 AATTTTTA
1 AATTTTTA
*
3382082 TATTTTTA
1 AATTTTTA
3382090 AA-TTTTA
1 AATTTTTA
3382097 AA-TTTTA
1 AATTTTTA
3382104 AATTTTTA
1 AATTTTTA
3382112 AA
1 AA
3382114 AATTAATTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
7 14 0.48
8 15 0.52
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (8 bp):
AATTTTTA
Found at i:3382095 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3382042--3382098 Score: 89
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
3382032 TATACTTTTT
*
3382042 AATAATTTTAATGATTTTTAATTTTTAAA
1 AATAATTTTAATGATTTTTAAATTTTAAA
*
3382071 AATAATTTTTAT-ATTTTTAAATTTTAAA
1 AATAATTTTAATGATTTTTAAATTTTAAA
3382099 TTTTAAATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 15 0.58
29 11 0.42
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
AATAATTTTAATGATTTTTAAATTTTAAA
Found at i:3382101 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3382074--3382113 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
3382064 TTTTAAAAAT
*
3382074 AATTTTTATATTTTTA
1 AATTTTTA-AATTTTA
3382090 AA-TTTTAAATTTTA
1 AATTTTTAAATTTTA
3382104 AATTTTTAAA
1 AATTTTTAAA
3382114 AATTAATTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.36
15 12 0.55
16 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTAAATTTTA
Found at i:3382119 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3382055--3382119 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
3382045 AATTTTAATG
*
3382055 ATTTTTAATTTTTAAAAA-TAA
1 ATTTTAAATTTTTAAAAATTAA
* * **
3382076 TTTTTATATTTTTAAATTTTAA
1 ATTTTAAATTTTTAAAAATTAA
3382098 ATTTTAAATTTTTAAAAATTAA
1 ATTTTAAATTTTTAAAAATTAA
3382120 TTAAATGCTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 9, Indels: 1
0.77 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.38
22 21 0.62
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAATTTTTAAAAATTAA
Found at i:3382709 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3382681--3382719 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
3382671 TAATATATAT
*
3382681 AAATACATAA-ATATTTTAA
1 AAATACATAATAAATTTTAA
*
3382700 AAATATATAATAAATTTTAA
1 AAATACATAATAAATTTTAA
3382720 TTTTATATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.53
20 8 0.47
ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
AAATACATAATAAATTTTAA
Found at i:3382849 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3382808--3382867 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
3382798 AACAATTTTC
*
3382808 CCCTT-CCCCCACCCTTGTCATTGT
1 CCCTTCCCCCCACCCTTGTCACTGT
* *
3382832 CCCTTCCCTCCCATCCTTGTCCCTGT
1 CCCTTCCC-CCCACCCTTGTCACTGT
3382858 CCCTCTCCCC
1 CCCT-TCCCC
3382868 TACTGTCTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.17
25 2 0.07
26 19 0.63
27 4 0.13
ACGTcount: A:0.05, C:0.57, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
CCCTTCCCCCCACCCTTGTCACTGT
Found at i:3382889 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3382857--3382908 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
3382847 CTTGTCCCTG
*
3382857 TCCCTCTCCCCTACTGTCTCATC
1 TCCCTCTCCCCGACTGTCTC-TC
*
3382880 TCCCTC-CCCCGATTGTCTCTC
1 TCCCTCTCCCCGACTGTCTCTC
3382901 TCCCTCTC
1 TCCCTCTC
3382909 TGCTGGTCTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.31
22 12 0.46
23 6 0.23
ACGTcount: A:0.06, C:0.54, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TCCCTCTCCCCGACTGTCTCTC
Found at i:3385509 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3385483--3385525 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
3385473 ATCAAGGCCC
*
3385483 AGAAAGAAGCAG-AGAA
1 AGAAAGAGGCAGAAGAA
3385499 A-AAAGAGGCAGAAGAA
1 AGAAAGAGGCAGAAGAA
*
3385515 AGAAAAAGGCA
1 AGAAAGAGGCA
3385526 AAAAGAAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.39
16 6 0.26
17 8 0.35
ACGTcount: A:0.63, C:0.07, G:0.30, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
AGAAAGAGGCAGAAGAA
Found at i:3389611 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 3389599--3389623 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
3389589 AGTCGATTGA
3389599 TATTTAG
1 TATTTAG
3389606 TATTTAG
1 TATTTAG
3389613 TATTTAG
1 TATTTAG
3389620 TATT
1 TATT
3389624 ATGTATATAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.12, T:0.60
Consensus pattern (7 bp):
TATTTAG
Found at i:3390802 original size:30 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3390742--3390789 Score: 96
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
3390732 TATTTTGATA
3390742 TTATTTGATGTAATAAAATAAAAGT
1 TTATTTGATGTAATAAAATAAAAGT
3390767 TTATTTGATGTAATAAAATAAAA
1 TTATTTGATGTAATAAAATAAAA
3390790 AAATTAGTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 23 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (25 bp):
TTATTTGATGTAATAAAATAAAAGT
Found at i:3390836 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3390808--3390855 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
3390798 TATTTTGATA
*
3390808 TTATTTGATGTATTAAAATAGAAGT
1 TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
3390833 TTATTTGATGTAATAAAATAGAA
1 TTATTTGATGTAATAAAATAGAA
3390856 ATTTTTGAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTATTTGATGTAATAAAATAGAAGT
Found at i:3391111 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 3391097--3391133 Score: 67
Period size: 9 Copynumber: 4.2 Consensus size: 9
3391087 AAATAGAAAT
3391097 TTTTGAATA
1 TTTTGAATA
3391106 TTTTGAATA
1 TTTTGAATA
3391115 TTTTGAATA
1 TTTTGAATA
3391124 TTTTG-ATA
1 TTTTGAATA
3391132 TT
1 TT
3391134 ATTTGAGAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.18
9 23 0.82
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.11, T:0.59
Consensus pattern (9 bp):
TTTTGAATA
Found at i:3391195 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3391164--3392276 Score: 1147
Period size: 23 Copynumber: 49.7 Consensus size: 23
3391154 ATTAATACCC
* *
3391164 TTAACTTAAAAACACTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391187 TTAAATT-AAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
**
3391209 TTAAATTAAAAACCCT-ACC-CC
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391230 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391253 TTAAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
*
3391275 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
** *
3391298 TTAACCTAAAAACCTTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391321 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391344 TTTAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
** *
3391366 TTATCTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391389 TTTAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* *
3391411 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391434 TTAAATT-AAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391456 TTAAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* *
3391478 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391501 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391524 TTAAATT-AAAACTCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391544 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391567 TTAAATTAAAAACCCTAATCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391590 TTAAATTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391613 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391636 TTAAATTAAAAATCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391657 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391680 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391703 TTAACTT-AAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391725 TTATATTAAAAACCTTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391748 TTAAATTAAAAACCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391769 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391792 TTAACTTAAAAACCTTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391815 TTAAATTAAAAACACTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391838 TTTAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* *
3391860 TTAACTTAAAAACCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391881 TTAACTTAAAAACCCTAACTTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391904 TTTAATT-AAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* *
3391925 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391948 TTAACTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3391971 TTAAATTAAAAACCCTAACC-AA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391993 ATAACTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
3392016 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392039 -TAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392061 TTAAACTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392084 TTAAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* * * *
3392106 CTAACTTAAAAACTCTAAACTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3392129 TTTAATTAAAAAACCTAAACCCT-A
1 TTAAATTAAAAACCCT-AA-CCTAA
* *
3392153 --AACTTAAAAACCCTAACC-CA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* **
3392173 TT-ACTTAAAAACCCTAACC-CC
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3392194 TTAACTTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCTAA
* * *
3392216 TTGACTTAAAAACCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3392237 TTAACTTTAAAACCCTAAACTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392260 TTTAATTAAAAACCCTA
1 TTAAATTAAAAACCCTA
3392277 CACTAAATTA
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 123, Indels: 90
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.01
21 159 0.17
22 257 0.28
23 468 0.51
24 27 0.03
25 2 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.25, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
TTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
Found at i:3391291 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 3391164--3392235 Score: 1002
Period size: 45 Copynumber: 23.9 Consensus size: 44
3391154 ATTAATACCC
* * *
3391164 TTAACTTAAAAACACTAACCTAATTAAATT-AAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391209 TTAAATTAAAAACCCTACCCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391253 TTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
** * *
3391298 TTAACCTAAAAACCTTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * * *
3391344 TTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTATCTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391389 TTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391434 TTAAATT-AAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCT-AACCTAA
* * *
3391478 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391524 TTAAATT-AAAACTCTAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391567 TTAAATTAAAAACCCTAATCTAATTAAATTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAA-C-CATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * * *
3391613 TTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAATCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391657 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391703 TTAACTT-AAAACCCTAACCTAATTATA-TTAAAAACCTTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTA-ACTTAAAAACCCTAACCTAA
*
3391748 TTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * * *
3391792 TTAACTTAAAAACCTTAACCTAATTAAATTAAAAACACTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391838 TTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391881 TTAACTTAAAAACCCTAA-C-TTAATTTAATTAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTT-A--AAAACCCT-AACCTAA
* * *
3391925 TTAACTTTAAAACCCTAACCTAATTAACTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391971 TTAAATTAAAAACCCTAACCAAATAACTTAAAAACTCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC-ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392016 TTAAATTAAAAACCCTAACCTAATAACTTAAAAACCCTAACCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC-ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3392061 TTAAACTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAACC--C
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCT-AACCTAA
* * * * *
3392106 CTAACTTAAAAACTCTAAACTAATTTAA-TTAAAAAACCTAAACCCT-A
1 TTAAATTAAAAACCCT-AAC-CA-TTAACTTAAAAACCCT-AA-CCTAA
* **
3392153 --AACTTAAAAACCCTAACCCATT-ACTTAAAAACCCTAACC-CC
1 TTAAATTAAAAACCCTAA-CCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3392194 TTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTGACTTAAAAACCCTAACC
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACC
3392236 CTTAACTTTA
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 94, Indels: 97
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 6 0.01
41 4 0.00
42 5 0.01
43 91 0.10
44 188 0.21
45 376 0.42
46 196 0.22
47 13 0.01
48 6 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.25, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (44 bp):
TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
Found at i:3391479 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 3391164--3392256 Score: 1152
Period size: 112 Copynumber: 9.8 Consensus size: 111
3391154 ATTAATACCC
* * *
3391164 TTAACTTAAAAACACTAACCTAATTAAATT-AAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCT-AC
1 TTAA-TTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACC--CTTAACTTAAAAACCCTAAC
** * * * *
3391227 C-CCTTAACTTAAAAACCCT-AACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAACC---C
62 CTAATTAAATTAAAAACCCTAAACC--CTTAACTTAAAAACCCT-AACCTAAT
** * * *
3391275 TTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAACCTAAAAACCTTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAC
1 TTAA-TTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACC--CTTAACTTAAAAACCCTAAC
* * *
3391340 CTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTATCTTAAAAACTCTAACCTAAT
62 CTAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* * * * *
3391390 TTAATTAAAAACCCTAAACC-CTTAACTTTAAAACCCTAACCTAATTAAATT-AAAACCCTAACC
1 TTAATTAAAAACCCT-AACCAATTAAATTAAAAACCCTAACC--CTTAACTTAAAAACCCTAACC
*
3391453 TAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTAAT
63 TAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* * *
3391502 TAAATTAAAAACCCTAACCTAATTAAATT-AAAACTCTAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTA
1 TTAATTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTA
* ** * *
3391566 ATTAAATTAAAAACCCTAATCTAATTAAATTAAAAACTCTAACCTAAT
65 ATTAAATTAAAAACCCTAAAC-CCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
*
3391614 TTAATTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAATCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTA
1 TTAATTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTA
*
3391679 ATTAAATTAAAAACCCT-AACCTAATTAACTT-AAAACCCTAACCTAA-
65 ATTAAATTAAAAACCCTAAACC--CTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
*
3391725 TTATATTAAAAACCTTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCT
1 TTA-ATTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCT
* * * * *
3391790 AATTAACTTAAAAA-CCTTAACCTAATTAAATTAAAAACACTAACCTAAT
64 AATTAAATTAAAAACCCTAAACC--CTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* * *
3391839 TTAATTAAAAACCCTAAACC-CTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACTTA
1 TTAATTAAAAACCCT-AACCAATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTA
* *
3391903 ATTTAATT-AAAACCCTAAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTAA-
65 ATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* ** *
3391948 TTAACTTAAAAACTCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCAAATAACTTAAAAACTCTAACC
1 TTAA-TTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCTAACC-CTTAACTTAAAAACCCTAACC
3392013 TAATTAAATTAAAAACCCT-AA-CCTAATAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
63 TAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCT--TAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* * * * *
3392062 TAAACTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCCTAACTTAAAAACTCTAAACT
1 TTAATTAAAAACCCTAACC-AATTAAATTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCT
* * * *
3392127 AATTTAATTAAAAAACCTAAACCCTAAACTTAAAAACCCTAACC-CA-
64 AATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
* ** * *
3392173 TTACTTAAAAACCCTAACCCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTGACTTAAAAACCCTAACC--
1 TTAATTAAAAACCCTAACCAATTAAATTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTA
* * *
3392236 CTTAACTTTAAAACCCTAAAC
65 ATTAAATTAAAAACCCTAAAC
3392257 TAATTTAATT
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 91, Indels: 67
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
108 16 0.02
109 8 0.01
110 73 0.08
111 113 0.13
112 349 0.41
113 244 0.28
114 41 0.05
115 15 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.25, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (111 bp):
TTAATTAAAAACCCTAACCAATTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAA
TTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAAT
Found at i:3392131 original size:291 final size:288
Alignment explanation
Indices: 3391164--3392276 Score: 1303
Period size: 291 Copynumber: 3.8 Consensus size: 288
3391154 ATTAATACCC
* * *
3391164 TTAACTTAAAAACACTAACCTAATTAAATT-AAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCT-AC
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAC
* * * * *
3391227 C-CCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT
64 CAAC-TAAATTAAAAACTCTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT
* * * *
3391291 AACCTAATTAACCTAAAAACCTTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAA-TTAAAA
128 AACC--ATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC--ACTTAACTTAAAA
* * * *
3391355 ACCCTAAACCCTTATCTTAAAAACTCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACC-CTTAACTTT
189 ACCCT-AACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCT-AACCAATTAAC-TT
3391419 AAAACCCTAACCTAATTAAATT-AAAACCCTAACCTAA
251 AAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* *
3391456 TTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTTAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACC
1 TTAAATTAAAAACCCT-AACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACC
* ** * * *
3391521 TAATTAAATT-AAAACTCT-AAC--CCTTAACTTTAAAACCCT-AACCTAATTAAATTAAAAACC
65 -AACTAAATTAAAAACTCTAAACTAATTTAA-TTAAAAACCCTAAACC--CTTAACTTAAAAACC
* * * * *
3391581 CTAATCTAATTAAATTAAAAACTCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAA
126 CTAA-C-CATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC-ACTTAACTTAAA
*
3391646 AATCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAATTAACTTA
188 AACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACC-AATTAACTTA
* *
3391711 AAACCCTAACCTAATTATATTAAAAACCTTAACCTAA
252 AAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
* * *
3391748 TTAAATTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAACTTAAAAACCTTAACCT
1 TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACC-
* * *
3391813 AATTAAATTAAAAACACTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAA
65 AACTAAATTAAAAACTCTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAA
* * *
3391878 CCCTTAACTTAAAAACCCTAACTTAATTTAATT-AAAACCCTAAACC-CTTAACTTTAAAACCCT
130 CCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT-AACCACTTAACTTAAAAACCCT
* * *
3391941 AACCTAATTAACTTAAAAACTCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCAAATAACTTAAAAAC
194 AACC--CTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCAATTAACTT-AAAAC
*
3392006 TCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
256 CCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
*
3392039 -TAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAAC-TAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAA
1 TTAAATTAAAAACCCTAACC--ATT-AACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCT-A
* * * *
3392102 ACC-CCTAACTTAAAAACTCTAAACTAATTTAATTAAAAAACCTAAACCCTAAACTTAAAAACCC
62 ACCAACTAAATTAAAAACTCTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCC
** *
3392166 TAACCCATT-ACTTAAAAACCCTAACC--CCTTAACTTAAAAACCCTAAACC-CTTGACTTAAAA
127 TAA-CCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTTAA-TTAAAAACCCT-AACCACTTAACTTAAAA
* * *
3392227 ACCCTAACCCTTAACTTTAAAACCCTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTA
189 ACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTA
3392277 CACTAAATTA
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 77, Indels: 63
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
289 57 0.08
290 47 0.07
291 353 0.49
292 193 0.27
293 41 0.06
294 15 0.02
295 8 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.25, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (288 bp):
TTAAATTAAAAACCCTAACCATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCA
ACTAAATTAAAAACTCTAAACTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAC
CATTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCACTTAACTTAAAAACCCTAA
CCCTTAACTTAAAAACCCTAACCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCAATTAACTTAAAACCCTAA
CCTAATTAAATTAAAAACCCTAACCTAA
Found at i:3392407 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 3392343--3392639 Score: 179
Period size: 54 Copynumber: 5.2 Consensus size: 54
3392333 TTGGTACTAA
3392343 CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
1 CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
* * * * ** * ** * *
3392397 CAATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAAT-ATT-TTGACTGGTACTAA
1 CAATTAATAATTTTATA-T-A-AT-TTGATA-ATTT-TACTAATCATTAAT-AC-AAT-TTAT
3392458 CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
1 CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
* * * * ** ** * ** * *
3392512 CAATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTA-ACTGGTACTAA
1 CAATTAATAATTTTATA-T-A-AT-TTGATA-ATTT-TACTAATCATTAATAC-AAT-TTAT
*
3392573 CAATTAATAATTTTATATAATTTGA-AATTTTTACTAACCATTAATACAATTTAT
1 CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAA-TTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
3392627 CAATTAATAATTT
1 CAATTAATAATTT
3392640 CACAAACTTA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 49, Indels: 42
0.66 0.19 0.16
Matches are distributed among these distances:
54 49 0.28
55 15 0.09
56 17 0.10
57 11 0.06
58 13 0.08
59 17 0.10
60 15 0.09
61 36 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (54 bp):
CAATTAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTAT
Found at i:3392472 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 3392282--3392587 Score: 194
Period size: 54 Copynumber: 5.2 Consensus size: 60
3392272 CCCTACACTA
* * *
3392282 AATTAATAATTTTACTTTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTTTCTTGGTACTAAC
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAAT-ATTTTAC-TGGTACTAAC
* * * * ** * ** * *
3392344 AATTAATAATTTTATA-T-A-AT-TTGATA-ATTT-TACTAATCATTAATAC-AAT-TTATC
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAAT-ATT-TTACTGGTACTAAC
3392398 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATATTTTGACTGGTACTAAC
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATATTTT-ACTGGTACTAAC
* * * * ** * ** * *
3392459 AATTAATAATTTTATA-T-A-AT-TTGATA-ATTT-TACTAATCATTAATAC-AAT-TTATC
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAAT-ATT-TTACTGGTACTAAC
*
3392513 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAACTGGTACTAAC
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATATTTT-ACTGGTACTAAC
3392574 AATTAATAATTTTA
1 AATTAATAATTTTA
3392588 TATAATTTGA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 49, Indels: 43
0.65 0.18 0.16
Matches are distributed among these distances:
54 36 0.21
55 8 0.05
56 17 0.10
57 15 0.09
58 16 0.09
59 20 0.11
60 12 0.07
61 36 0.21
62 14 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (60 bp):
AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATATTTTACTGGTACTAAC
Found at i:3392490 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 3392282--3392639 Score: 637
Period size: 115 Copynumber: 3.1 Consensus size: 115
3392272 CCCTACACTA
* **
3392282 AATTAATAATTTTACTTTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTTTCTTGGTACTAACAAT
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAAC-TGGTACTAACAAT
3392347 TAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
65 TAATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
* *
3392398 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATATTTTGACTGGTACTAACAATT
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAACTGGTACTAACAATT
3392463 AATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
66 AATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
3392513 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAACTGGTACTAACAATT
1 AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAACTGGTACTAACAATT
*
3392578 AATAATTTTATATAATTTGA-AATTTTTACTAACCATTAATACAATTTATC
66 AATAATTTTATATAATTTGATAA-TTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
3392628 AATTAATAATTT
1 AATTAATAATTT
3392640 CACAAACTTA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 7, Indels: 3
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
114 2 0.01
115 185 0.79
116 47 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (115 bp):
AATTAATAATTTTACATTCACATAATGTTAGATTTGGAAAAATGTTTTAACTGGTACTAACAATT
AATAATTTTATATAATTTGATAATTTTACTAATCATTAATACAATTTATC
Found at i:3401144 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 3401130--3401190 Score: 95
Period size: 9 Copynumber: 6.8 Consensus size: 9
3401120 TTTGGTTAAA
3401130 AATTACCCG
1 AATTACCCG
3401139 AATTACCCG
1 AATTACCCG
3401148 AATTACCCG
1 AATTACCCG
*
3401157 AATTAACCG
1 AATTACCCG
*
3401166 AATTAACCG
1 AATTACCCG
*
3401175 AATTAACCG
1 AATTACCCG
3401184 AATTACC
1 AATTACC
3401191 GAAAAATACC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 50 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.28, G:0.10, T:0.23
Consensus pattern (9 bp):
AATTACCCG
Found at i:3402279 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 3402191--3402295 Score: 138
Period size: 54 Copynumber: 1.9 Consensus size: 54
3402181 TGGGACACAC
* *
3402191 GGCCGTGTCTCAGCCTGTATAACTCACTGACTTGAGACACACAATCGTGTCGTA
1 GGCCATGTCTCAGCCTGTATAACTCACTGACTTGAGACACACAACCGTGTCGTA
* * * * * *
3402245 GGCCATGTGTCAGGCTGTGTAACTCTCTGACTTGATACACACGACCGTGTC
1 GGCCATGTCTCAGCCTGTATAACTCACTGACTTGAGACACACAACCGTGTC
3402296 ACAGACCGTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 43 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.24, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
GGCCATGTCTCAGCCTGTATAACTCACTGACTTGAGACACACAACCGTGTCGTA
Found at i:3414359 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3414333--3414382 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
3414323 TATAAGAATT
*
3414333 TTATGAAATTATATATTA
1 TTATTAAATTATAT-TTA
3414351 TTATTAAATTATATTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
*
3414368 ATATT-AATTAT-TTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
3414383 AATTATATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
16 6 0.20
17 7 0.23
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAAATTATATTTA
Found at i:3414365 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3414339--3414387 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
3414329 AATTTTATGA
*
3414339 AATTATATATTATTATT
1 AATTATAT-TTAATATT
3414356 AAATTATATTTAATATT
1 -AATTATATTTAATATT
3414373 AATTAT-TTTAA-ATT
1 AATTATATTTAATATT
3414387 A
1 A
3414388 TATAAATTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.13
15 5 0.17
16 6 0.20
17 7 0.23
18 8 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
AATTATATTTAATATT
Found at i:3414426 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 3414320--3414942 Score: 919
Period size: 90 Copynumber: 6.8 Consensus size: 90
3414310 AAGAATATTT
3414320 TATTAT-AAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
*
3414384 ATTATATAAATTCATGTAAAAAAAC
66 ATTATATAAATTCATATAAAAAAAC
3414409 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
*
3414474 ATTATATAAATTCATGTAAAAAAAC
66 ATTATATAAATTCATATAAAAAAAC
3414499 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
*
3414564 ATTATATAAATTCATGTAAAAAAAC
66 ATTATATAAATTCATATAAAAAAAC
3414589 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
**
3414654 ATTATATAAATTCATATAAGAAAATT
66 ATTATATAAATTCATATAA-AAAAAC
* * * *
3414680 TATTATCAAGAATTTTATGAAATTATATATCACTATTAAATTATA-TAACATATTAATTATTTTA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTA-ATATTAATTATTTTA
*
3414744 AATTATATAAATTCATATAAAAAAAT
65 AATTATATAAATTCATATAAAAAAAC
* * *
3414770 TATTATCAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTACATTTAATAATAATTATTTTAA
1 TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
* *
3414835 ATTATACAAATTCATATAAGAAAATTTAT
66 ATTATATAAATTCATATAA-AAAA---AC
* * * *
3414864 TAGTTATAATTATTTTAAATTTTATTAAATCATATATT-TTAATTAAAATATATTTAATATTAAT
1 TA-TTATAA--A----GAATTTTATGAAATTATATATTATT-ATTAAATTATATTTAATATTAAT
*
3414928 TATTTCAAATTATAT
58 TATTTTAAATTATAT
3414943 TTTATAGTAT
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 23, Indels: 20
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
89 6 0.01
90 338 0.68
91 87 0.18
94 4 0.01
95 5 0.01
97 1 0.00
100 2 0.00
101 52 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (90 bp):
TATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAA
ATTATATAAATTCATATAAAAAAAC
Found at i:3414449 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3414423--3414472 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
3414413 ATAAAGAATT
*
3414423 TTATGAAATTATATATTA
1 TTATTAAATTATAT-TTA
3414441 TTATTAAATTATATTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
*
3414458 ATATT-AATTAT-TTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
3414473 AATTATATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
16 6 0.20
17 7 0.23
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAAATTATATTTA
Found at i:3414455 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3414429--3414477 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
3414419 AATTTTATGA
*
3414429 AATTATATATTATTATT
1 AATTATAT-TTAATATT
3414446 AAATTATATTTAATATT
1 -AATTATATTTAATATT
3414463 AATTAT-TTTAA-ATT
1 AATTATATTTAATATT
3414477 A
1 A
3414478 TATAAATTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.13
15 5 0.17
16 6 0.20
17 7 0.23
18 8 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
AATTATATTTAATATT
Found at i:3414539 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3414513--3414562 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
3414503 ATAAAGAATT
*
3414513 TTATGAAATTATATATTA
1 TTATTAAATTATAT-TTA
3414531 TTATTAAATTATATTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
*
3414548 ATATT-AATTAT-TTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
3414563 AATTATATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
16 6 0.20
17 7 0.23
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAAATTATATTTA
Found at i:3414545 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3414519--3414567 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
3414509 AATTTTATGA
*
3414519 AATTATATATTATTATT
1 AATTATAT-TTAATATT
3414536 AAATTATATTTAATATT
1 -AATTATATTTAATATT
3414553 AATTAT-TTTAA-ATT
1 AATTATATTTAATATT
3414567 A
1 A
3414568 TATAAATTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.13
15 5 0.17
16 6 0.20
17 7 0.23
18 8 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
AATTATATTTAATATT
Found at i:3414628 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3414299--3414942 Score: 963
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 181
3414289 ATGATTTTAG
**
3414299 TAAATTCATATAAGAATATTTTATTAT-AAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTAT
1 TAAATTCATATAAGAA-AAATTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTAT
3414363 ATTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATG
65 ATTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATG
3414428 AAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
130 AAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
* *
3414480 TAAATTCATGTAA-AAAAACTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
1 TAAATTCATATAAGAAAAATTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
3414544 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
66 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
3414609 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
131 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
* * * *
3414660 TAAATTCATATAAGAAAATTTATTATCAAGAATTTTATGAAATTATATATCACTATTAAATTATA
1 TAAATTCATATAAGAAAAATTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
* * * *
3414725 -TAACATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATATAAAAAAATTATTATCAAGAATTTTATG
66 TTTA-ATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATG
* *
3414789 AAATTATATATTATTATTAAATTACATTTAATAATAATTATTTTAAATTATA
130 AAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
* * * *
3414841 CAAATTCATATAAGAAAATTTATTAGTTATAATTATTTTAAATTTTATTAAATCATATATT-TTA
1 TAAATTCATATAAGAAAA---ATTA-TTATAA--A----GAATTTTATGAAATTATATATTATT-
* *
3414905 ATTAAAATATATTTAATATTAATTATTTCAAATTATAT
55 ATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATAT
3414943 TTTATAGTAT
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 27, Indels: 20
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.02
180 170 0.40
181 182 0.43
184 3 0.01
185 5 0.01
187 1 0.00
190 1 0.00
191 50 0.12
192 2 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (181 bp):
TAAATTCATATAAGAAAAATTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
Found at i:3414629 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3414603--3414652 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
3414593 ATAAAGAATT
*
3414603 TTATGAAATTATATATTA
1 TTATTAAATTATAT-TTA
3414621 TTATTAAATTATATTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
*
3414638 ATATT-AATTAT-TTTA
1 TTATTAAATTATATTTA
3414653 AATTATATAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
16 6 0.20
17 7 0.23
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAAATTATATTTA
Found at i:3414635 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3414609--3414657 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
3414599 AATTTTATGA
*
3414609 AATTATATATTATTATT
1 AATTATAT-TTAATATT
3414626 AAATTATATTTAATATT
1 -AATTATATTTAATATT
3414643 AATTAT-TTTAA-ATT
1 AATTATATTTAATATT
3414657 A
1 A
3414658 TATAAATTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.13
15 5 0.17
16 6 0.20
17 7 0.23
18 8 0.27
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (16 bp):
AATTATATTTAATATT
Found at i:3414737 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3414699--3414739 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
3414689 GAATTTTATG
*
3414699 AAATTATATATCACTATT
1 AAATTATATAACACTATT
3414717 AAATTATATAACA-TATT
1 AAATTATATAACACTATT
3414734 -AATTAT
1 AAATTAT
3414740 TTTAAATTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 4 0.18
18 12 0.55
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
AAATTATATAACACTATT
Found at i:3414810 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3414299--3414865 Score: 967
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 180
3414289 ATGATTTTAG
*
3414299 TAAATTCATATAAGAATATTTTATTATAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
1 TAAATTCATATAAGAA-AATTTATTATAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
3414364 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
65 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
3414429 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
130 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
* **
3414480 TAAATTCATGTAA-AAAAACTATTATAAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
1 TAAATTCATATAAGAAAATTTATTAT-AAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
3414544 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
65 TTTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGA
3414609 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
130 AATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
* *
3414660 TAAATTCATATAAGAAAATTTATTATCAAGAATTTTATGAAATTATATATCACTATTAAATTATA
1 TAAATTCATATAAGAAAATTTATTAT-AAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATA
* * * *
3414725 -TAACATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATATAAAAAAATTATTATCAAGAATTTTATG
65 TTTA-ATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATG
* *
3414789 AAATTATATATTATTATTAAATTACATTTAATAATAATTATTTTAAATTATA
129 AAATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
*
3414841 CAAATTCATATAAGAAAATTTATTA
1 TAAATTCATATAAGAAAATTTATTA
3414866 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 17, Indels: 6
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.02
180 170 0.46
181 189 0.52
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (180 bp):
TAAATTCATATAAGAAAATTTATTATAAGAATTTTATGAAATTATATATTATTATTAAATTATAT
TTAATATTAATTATTTTAAATTATATAAATTCATGTAAAAAAACTATTATAAAGAATTTTATGAA
ATTATATATTATTATTAAATTATATTTAATATTAATTATTTTAAATTATA
Found at i:3415030 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3415002--3415041 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
3414992 ATTATTAAGA
*
3415002 ATTTT-ATTAAATTATAT
1 ATTTTAATTAAAATATAT
3415019 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTTAATTAAAATATAT
3415037 -TTTTA
1 ATTTTA
3415042 CAAGCGAGTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.48
18 11 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (18 bp):
ATTTTAATTAAAATATAT
Found at i:3415036 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3415002--3415039 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
3414992 ATTATTAAGA
3415002 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAA-TATAT
3415019 ATTTTAATTAAA-ATAT
1 ATTTT-ATTAAATATAT
3415035 ATTTT
1 ATTTT
3415040 TACAAGCGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.45
17 5 0.25
18 6 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
ATTTTATTAAATATAT
Found at i:3417464 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3417422--3417487 Score: 132
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
3417412 AGCTCCAAGG
3417422 CCCTTAGATTGACATGTTTCGCCTTGTTCTGCT
1 CCCTTAGATTGACATGTTTCGCCTTGTTCTGCT
3417455 CCCTTAGATTGACATGTTTCGCCTTGTTCTGCT
1 CCCTTAGATTGACATGTTTCGCCTTGTTCTGCT
3417488 TCTTGAAGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 33 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.27, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (33 bp):
CCCTTAGATTGACATGTTTCGCCTTGTTCTGCT
Found at i:3419023 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3419000--3419059 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
3418990 ATGTAATTCT
3419000 AATGTAATTCTAATATAG
1 AATGTAATTCTAATATAG
* * **
3419018 AATGTAA-AC-AATTTTCT
1 AATGTAATTCTAA-TATAG
*
3419035 TATGTAATTCTAATATAG
1 AATGTAATTCTAATATAG
3419053 AATGTAA
1 AATGTAA
3419060 CTTGTTTTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 10, Indels: 6
0.64 0.22 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 9 0.31
18 16 0.55
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AATGTAATTCTAATATAG
Found at i:3419470 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3419408--3419590 Score: 170
Period size: 59 Copynumber: 3.1 Consensus size: 57
3419398 AATAATTATG
*
3419408 TTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTAATATAAGAATA
1 TTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATA
* * * * * * * * * ** *
3419465 TTAATTATTAAGAATTT-CATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATG
1 TTAA-T-TT-ATATTTTACAGT--ATCATATATTATGATTTAAGTA-AATTAAT-ATAAGAATA
*
3419528 TTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTCAGTAAATTAATATAAGAATA
1 TTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATA
3419585 TTAATT
1 TTAATT
3419591 ATTAAGAATT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 26, Indels: 16
0.69 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
57 16 0.17
58 7 0.08
59 21 0.23
60 10 0.11
61 21 0.23
62 7 0.08
63 10 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (57 bp):
TTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATA
Found at i:3419497 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 3419430--3419617 Score: 179
Period size: 61 Copynumber: 3.1 Consensus size: 61
3419420 TTACAGTATC
*
3419430 ATATATTATGATTTGAGTAAATTAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATT
* * * * * ** * * * * *
3419491 ATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTAA-T-TT-ATATTTTACAGT--ATC
1 ATATATTATGATTTAAGTA-AATTAAT-ATAAGAATATTAATTATTAAGAATTT-CATTAAATT
* *
3419550 ATATATTATGATTTCAGTAAATTAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTTATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATT
3419611 ATATATT
1 ATATATT
3419618 TTAATTAAAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 27, Indels: 16
0.68 0.20 0.12
Matches are distributed among these distances:
57 10 0.11
58 7 0.08
59 20 0.22
60 10 0.11
61 28 0.30
62 7 0.08
63 10 0.11
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (61 bp):
ATATATTATGATTTAAGTAAATTAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATT
Found at i:3419584 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 3419387--3419649 Score: 508
Period size: 120 Copynumber: 2.2 Consensus size: 120
3419377 TTTTCAAGTT
*
3419387 ATATATTTAATAATAATTATGTTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAAT
1 ATATATTTAATAATAATTATGTTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTCAGTAAAT
3419452 TAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATTATATATTTTAATTAAA
66 TAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATTATATATTTTAATTAAA
3419507 ATATATTTAATAATAATTATGTTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTCAGTAAAT
1 ATATATTTAATAATAATTATGTTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTCAGTAAAT
*
3419572 TAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAA
66 TAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATTATATATTTTAATTAAA
3419627 ATATATTTAATAATAATTATGTT
1 ATATATTTAATAATAATTATGTT
3419650 TAAATATGAT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 2, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 141 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (120 bp):
ATATATTTAATAATAATTATGTTAATTTATATTTTACAGTATCATATATTATGATTTCAGTAAAT
TAATATAAGAATATTAATTATTAAGAATTTCATTAAATTATATATTTTAATTAAA
Found at i:3419626 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3419598--3419632 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
3419588 ATTATTAAGA
*
3419598 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAAATATAT
3419615 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTT-ATTAAAATATAT
3419633 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.31
18 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTAAAATATAT
Found at i:3419889 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3419868--3419936 Score: 120
Period size: 16 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
3419858 GATTAGCTAT
3419868 TACACCTCTAATCCAA
1 TACACCTCTAATCCAA
3419884 TACACCTCTAATCCCAA
1 TACACCTCTAAT-CCAA
3419901 TACACCTCTAATCCAA
1 TACACCTCTAATCCAA
*
3419917 TACGCCTCTAATCCAA
1 TACACCTCTAATCCAA
3419933 TACA
1 TACA
3419937 GCGAACCAAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 34 0.68
17 16 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.38, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
TACACCTCTAATCCAA
Found at i:3419910 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3419868--3419936 Score: 120
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
3419858 GATTAGCTAT
3419868 TACACCTCTAATCCAATACACCTCTAATCCCAA
1 TACACCTCTAATCCAATACACCTCTAAT-CCAA
*
3419901 TACACCTCTAATCCAATACGCCTCTAATCCAA
1 TACACCTCTAATCCAATACACCTCTAATCCAA
3419933 TACA
1 TACA
3419937 GCGAACCAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 8 0.23
33 27 0.77
ACGTcount: A:0.36, C:0.38, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (32 bp):
TACACCTCTAATCCAATACACCTCTAATCCAA
Found at i:3422821 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3422795--3422913 Score: 157
Period size: 23 Copynumber: 5.2 Consensus size: 23
3422785 AGTGCCACAT
3422795 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
1 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
*
3422818 TGATATGTAGCCGTAGCTACCAC
1 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
* * *
3422841 TGAAATATAGCCGAAGCTACCAT
1 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
** * *
3422864 TGATATGTAGTTGTAGCTACAAC
1 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
*
3422887 TGAAATGTAGCCGAAGCTACCAC
1 TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
3422910 TGAT
1 TGAT
3422914 CAATAACACT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 18, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 78 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (23 bp):
TGATATGTAGCCGAAGCTACCAC
Found at i:3422869 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 3422802--3422913 Score: 179
Period size: 46 Copynumber: 2.4 Consensus size: 46
3422792 CATTGATATG
*
3422802 TAGCCGAAGCTACCACTGATATGTAGCCGTAGCTACCACTGAAATA
1 TAGCCGAAGCTACCACTGATATGTAGCCGTAGCTACAACTGAAATA
* ** *
3422848 TAGCCGAAGCTACCATTGATATGTAGTTGTAGCTACAACTGAAATG
1 TAGCCGAAGCTACCACTGATATGTAGCCGTAGCTACAACTGAAATA
3422894 TAGCCGAAGCTACCACTGAT
1 TAGCCGAAGCTACCACTGAT
3422914 CAATAACACT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 60 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (46 bp):
TAGCCGAAGCTACCACTGATATGTAGCCGTAGCTACAACTGAAATA
Found at i:3429797 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3429748--3429798 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
3429738 CATTTGTTTG
3429748 TATAAATTATAATTGTATAAT
1 TATAAA-TAT-ATTGTATAAT
* * *
3429769 TTTAAAAATATTG-ATTAT
1 TATAAATATATTGTATAAT
3429787 TATAAATATATT
1 TATAAATATATT
3429799 AGTAAGAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.56
19 4 0.16
20 2 0.08
21 5 0.20
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TATAAATATATTGTATAAT
Found at i:3436786 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3436737--3436860 Score: 135
Period size: 42 Copynumber: 3.0 Consensus size: 42
3436727 ATGCTATCAT
*
3436737 GTATCGATACCAATAG-CCC-AGCTATAGTCTTACACGAATCTC
1 GTATCGATACCAAT-GTCCCAAAC-ATAGTCTTACACGAATCTC
* *
3436779 GTATCGATGCCAATGTCCCAAACATGGTCTTACACGAATCTC
1 GTATCGATACCAATGTCCCAAACATAGTCTTACACGAATCTC
* ** * * *
3436821 ATATCGATGTCAATGTCCTAGACATGGTCTTACACGAATC
1 GTATCGATACCAATGTCCCAAACATAGTCTTACACGAATC
3436861 ACATCTTAGT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 70 0.96
43 2 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.27, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
GTATCGATACCAATGTCCCAAACATAGTCTTACACGAATCTC
Found at i:3439235 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3439208--3439261 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
3439198 AGGATCAATA
*
3439208 GGAGGTACAGCTAGAGGTGCCTCC
1 GGAGGTACAACTAGAGGTGCCTCC
** * *
3439232 GGAGGTGTAACTGGATGTGCCTCC
1 GGAGGTACAACTAGAGGTGCCTCC
3439256 GGAGGT
1 GGAGGT
3439262 GATACCAGAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.20, G:0.41, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
GGAGGTACAACTAGAGGTGCCTCC
Found at i:3441654 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 3441592--3441654 Score: 83
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
3441582 TTTCATGATC
* *
3441592 CATTTCAATTCAATTCCATTTTCATATCATTTT
1 CATTTCAATTCAATTCCATGTTCAAATCATTTT
*
3441625 CATTTCAATTTC-ATTTCATGTTCAAATCAT
1 CATTTCAA-TTCAATTCCATGTTCAAATCAT
3441655 ATATCCCCTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 23 0.88
34 3 0.12
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (33 bp):
CATTTCAATTCAATTCCATGTTCAAATCATTTT
Found at i:3442760 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3442737--3442773 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
3442727 ATTATATATT
*
3442737 ATAATATTAATTATTAAA
1 ATAATATTAATTAATAAA
*
3442755 ATAATATTATTTAATAAA
1 ATAATATTAATTAATAAA
3442773 A
1 A
3442774 AAGGTAAATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATAATATTAATTAATAAA
Found at i:3444326 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3444305--3444347 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
3444295 GCTTAATTAA
3444305 TAAATAA-AGAATA-ACC
1 TAAATAATA-AATATACC
3444321 TAAATAATAAATATACC
1 TAAATAATAAATATACC
3444338 TAAATGAATA
1 TAAAT-AATA
3444348 GGATGAGGCG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.46
17 9 0.38
18 4 0.17
ACGTcount: A:0.60, C:0.09, G:0.05, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
TAAATAATAAATATACC
Found at i:3445352 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3445323--3445426 Score: 117
Period size: 21 Copynumber: 5.0 Consensus size: 21
3445313 TTTTAGTTTT
*
3445323 TGTTTAGCTCTTTCGAGCTTC
1 TGTTCAGCTCTTTCGAGCTTC
*
3445344 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTC
1 TGTTCAGCTCTTTCGAGCTTC
* *
3445365 TGTTCAACTCTTAT-GAGTTTC
1 TGTTCAGCTCTT-TCGAGCTTC
*
3445386 TGTTGAGCTCTTAT-GAGCTTC
1 TGTTCAGCTCTT-TCGAGCTTC
3445407 TGTTCAG--CTTTCGAGCTTC
1 TGTTCAGCTCTTTCGAGCTTC
3445426 T
1 T
3445427 ATTGGCATGT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 9, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.01
19 11 0.15
21 60 0.83
ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.19, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TGTTCAGCTCTTTCGAGCTTC
Found at i:3464735 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3464686--3464740 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
3464676 TTTTCTTAAT
*
3464686 AATAATTCTAAAAA-AAGTAA
1 AATAATT-TAAAAATAAATAA
*
3464706 AAGAATATTAAAAATAAAT-A
1 AATAAT-TTAAAAATAAATAA
3464726 AATAATTTAAAAATA
1 AATAATTTAAAAATA
3464741 TATTAATTTG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.30
20 17 0.57
21 4 0.13
ACGTcount: A:0.67, C:0.02, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (20 bp):
AATAATTTAAAAATAAATAA
Found at i:3465606 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3465568--3465695 Score: 104
Period size: 31 Copynumber: 4.2 Consensus size: 31
3465558 AACTACACCA
*
3465568 TTAGTCACTAAACTATGT-GTAAGTTTTCATT
1 TTAGTCACTAAACTAT-TAGAAAGTTTTCATT
* * ** * *
3465599 TTGGTCACTTAACTA--A-AAAAATTACAAT
1 TTAGTCACTAAACTATTAGAAAGTTTTCATT
* *
3465627 TTGGTCACTAAACTATTCGAAAGTTTTCATT
1 TTAGTCACTAAACTATTAGAAAGTTTTCATT
* *
3465658 TAAGTCACTAAACTATTTAG-AAGTTTTTATT
1 TTAGTCACTAAACTA-TTAGAAAGTTTTCATT
3465689 TTAGTCA
1 TTAGTCA
3465696 TTAGATTGTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 18, Indels: 10
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 21 0.28
31 50 0.68
32 3 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
TTAGTCACTAAACTATTAGAAAGTTTTCATT
Found at i:3466818 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3466762--3466818 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
3466752 GTGAATGATG
*
3466762 ATGAGAGAAAAACAAAGAG
1 ATGAGAGAAAAACAAAG-T
3466781 ATAGATGAAGAAAAAC-AAGT
1 AT-GA-G-AGAAAAACAAAGT
3466801 ATGAGAGAAAAACAAAGT
1 ATGAGAGAAAAACAAAGT
3466819 GAAGGAAAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 9
0.77 0.02 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.24
18 5 0.15
19 4 0.12
20 4 0.12
21 4 0.12
22 8 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.05, G:0.23, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
ATGAGAGAAAAACAAAGT
Found at i:3468338 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 3468066--3468395 Score: 633
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
3468056 TACCATTAAG
3468066 GAATGATTCAATATACGAACTTACTTGAACTCATAACAACTTCTAACACGATTAGACCACTATTC
1 GAATGATTCAATATACGAACTTACTTGAACTCATAACAACTTCTAACACGATTAGACCACTATTC
3468131 CGCTACTTTGACTTTTTCGTGATTTGTGTCCGTTCGAGTTGTTTCTTGATCTAGATAAATAATTT
66 CGCTACTTTGACTTTTTCGTGATTTGTGTCCGTTCGAGTTGTTTCTTGATCTAGATAAATAATTT
* *
3468196 TATTCAATTAAACTCATTCCAGCATTTAAAATAAT
131 TATTCAACTAAACTCATTCCAGCATATAAAATAAT
*
3468231 GAATGATTCAATATACGAACTTACTTTAACTCATAACAACTTCTAACACGATTAGACCACTATTC
1 GAATGATTCAATATACGAACTTACTTGAACTCATAACAACTTCTAACACGATTAGACCACTATTC
3468296 CGCTACTTTGACTTTTTCGTGATTTGTGTCCGTTCGAGTTGTTTCTTGATCTAGATAAATAATTT
66 CGCTACTTTGACTTTTTCGTGATTTGTGTCCGTTCGAGTTGTTTCTTGATCTAGATAAATAATTT
3468361 TATTCAACTAAACTCATTCCAGCATATAAAATAAT
131 TATTCAACTAAACTCATTCCAGCATATAAAATAAT
3468396 CAATTTAACT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
165 162 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
GAATGATTCAATATACGAACTTACTTGAACTCATAACAACTTCTAACACGATTAGACCACTATTC
CGCTACTTTGACTTTTTCGTGATTTGTGTCCGTTCGAGTTGTTTCTTGATCTAGATAAATAATTT
TATTCAACTAAACTCATTCCAGCATATAAAATAAT
Found at i:3470391 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3470367--3470404 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
3470357 CACTTATCTA
3470367 ACTTTA-AGACAATTTAAAC
1 ACTTTAGAGACAATTTAAAC
*
3470386 ACTTTAGAGAGAATTTAAA
1 ACTTTAGAGACAATTTAAA
3470405 ATCATTTTAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 11 0.65
ACGTcount: A:0.47, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
ACTTTAGAGACAATTTAAAC
Found at i:3470560 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3470506--3470548 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
3470496 GGACTTGGGA
3470506 CAGTTGCTG-TGTCACAAGTCCT
1 CAGTTG-TGTTGTCACAAGTCCT
3470528 CAGTTGTGTTGTCACAAGTCC
1 CAGTTGTGTTGTCACAAGTCC
3470549 CTGTTATTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.10
22 18 0.90
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (22 bp):
CAGTTGTGTTGTCACAAGTCCT
Found at i:3471104 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 3471073--3471129 Score: 114
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
3471063 AAAATAAAGA
3471073 ATAAAAATTTTTTTATATAAAATCTTAG
1 ATAAAAATTTTTTTATATAAAATCTTAG
3471101 ATAAAAATTTTTTTATATAAAATCTTAG
1 ATAAAAATTTTTTTATATAAAATCTTAG
3471129 A
1 A
3471130 GAATAGATCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 29 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
ATAAAAATTTTTTTATATAAAATCTTAG
Found at i:3472096 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 3472080--3472112 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
3472070 TATGTTATTT
3472080 TATAATAAAAA
1 TATAATAAAAA
3472091 TATAATAAATAA
1 TATAATAAA-AA
3472103 -ATAATAAAAA
1 TATAATAAAAA
3472113 GTAAGTGGTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.10
11 17 0.81
12 2 0.10
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (11 bp):
TATAATAAAAA
Found at i:3475523 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3475472--3475554 Score: 80
Period size: 26 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26
3475462 TCCATATTTT
* * *
3475472 AAATAAAAATATAAAAATTATGAAAA
1 AAATAAAAAAATAAAAAATATAAAAA
3475498 AAATAAAAAAATAAAAAA-ATAAAAA
1 AAATAAAAAAATAAAAAATATAAAAA
* *
3475523 AAATCCTAAAAAAT-AAAAATAAAAATAA
1 AAAT--AAAAAAATAAAAAATATAAA-AA
3475551 AAAT
1 AAAT
3475555 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 6
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.21
26 21 0.44
27 11 0.23
28 6 0.12
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.01, T:0.18
Consensus pattern (26 bp):
AAATAAAAAAATAAAAAATATAAAAA
Found at i:3475524 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3475502--3475553 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
3475492 TGAAAAAAAT
3475502 AAAAAAATAAAAAAATAAA
1 AAAAAAATAAAAAAATAAA
**
3475521 AAAAATCCT-AAAAAATAAA
1 AAAAA-AATAAAAAAATAAA
3475540 AATAAAAATAAAAA
1 AA-AAAAATAAAAA
3475554 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 5
0.74 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 18 0.69
20 8 0.31
ACGTcount: A:0.83, C:0.04, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAAATAAAAAAATAAA
Found at i:3475541 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 3475472--3475524 Score: 70
Period size: 8 Copynumber: 6.4 Consensus size: 8
3475462 TCCATATTTT
3475472 AAATAAAA
1 AAATAAAA
*
3475480 ATATAAAA
1 AAATAAAA
*
3475488 ATTATGAAAA
1 A-AAT-AAAA
3475498 AAATAAAA
1 AAATAAAA
3475506 AAATAAAA
1 AAATAAAA
3475514 AAATAAAA
1 AAATAAAA
3475522 AAA
1 AAA
3475525 ATCCTAAAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 4
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
8 31 0.76
9 5 0.12
10 5 0.12
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.02, T:0.17
Consensus pattern (8 bp):
AAATAAAA
Found at i:3475552 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 3475496--3475554 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 10.0 Consensus size: 6
3475486 AAATTATGAA
* **
3475496 AAAAAT AAAAA- AATAA- AAAAAT AAAAA- AAATCCT AAAAAAT AAAAAT
1 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAA-AAT -AAAAAT AAAAAT
3475543 AAAAAT AAAAAT
1 AAAAAT AAAAAT
3475555 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 8
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 11 0.26
6 28 0.65
7 1 0.02
8 3 0.07
ACGTcount: A:0.81, C:0.03, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
AAAAAT
Found at i:3475822 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3475802--3475847 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
3475792 TAAAGCAAAT
3475802 AAATTACTAAAA-ATTA-A
1 AAATTA-TAAAATATTATA
3475819 AAATTA-AAAATATTATA
1 AAATTATAAAATATTATA
3475836 AAATTATAAAAT
1 AAATTATAAAAT
3475848 CGATTCAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.15
16 4 0.15
17 13 0.50
18 5 0.19
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTATAAAATATTATA
Found at i:3476619 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3476553--3476624 Score: 92
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
3476543 TGAACTTTGA
* **
3476553 ATTTTTTTAAATATTTTTAATATCATTTTTATTTTT
1 ATTTTTTTAAAAATTTAAAATATCATTTTTATTTTT
*
3476589 ATTTTTTTAAAAATTTAAAAT-TTATATTTTATTTTT
1 ATTTTTTTAAAAATTTAAAATATCAT-TTTTATTTTT
3476625 CAAAAAATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 3 0.10
36 28 0.90
ACGTcount: A:0.32, C:0.01, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (36 bp):
ATTTTTTTAAAAATTTAAAATATCATTTTTATTTTT
Found at i:3476641 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3476571--3476641 Score: 72
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
3476561 AAATATTTTT
* **
3476571 AATATCATTTTTATTTTTATTTTTTTAAA
1 AATATAATTTTTATTTTTATTTTTCAAAA
* **
3476600 AATTTAAAATTTATATTTTATTTTTCAAAA
1 AATATAATTTTTAT-TTTTATTTTTCAAAA
3476630 AATAT-ATTTTTA
1 AATATAATTTTTA
3476642 ATTACTTTGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 9, Indels: 2
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.47
30 17 0.53
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (29 bp):
AATATAATTTTTATTTTTATTTTTCAAAA
Done.