genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  18  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5520220--5520397	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
5520221--5520376	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5520217--5520397	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
5521546--5521629	41	2.0	41	100	0	168	17	23	20	38	1.93
5526376--5526540	74	2.2	75	89	1	242	26	14	21	37	1.92
5526714--5526747	14	2.5	13	86	13	50	17	20	5	55	1.62
5526654--5527268	88	6.8	88	69	16	355	27	17	18	36	1.94
5526452--5527204	280	2.7	274	83	9	893	27	16	18	37	1.92
5527081--5527115	17	2.1	17	88	0	52	17	5	2	74	1.14
5526908--5527268	89	4.1	88	79	10	376	27	17	17	37	1.92
5528041--5528066	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
5528760--5528920	81	2.0	81	97	0	304	46	7	17	28	1.75
5529115--5529275	86	1.9	86	100	0	322	43	19	19	17	1.88
5533065--5533106	21	2.0	21	81	9	50	54	0	4	40	1.21
5533241--5533283	22	2.0	21	81	4	50	60	2	2	34	1.22
5534830--5534866	18	2.1	18	100	0	74	67	0	16	16	1.23
5536174--5536289	50	2.4	47	83	8	137	28	22	14	34	1.94
5545842--5545928	44	2.0	44	86	4	122	29	17	21	31	1.96
5550899--5550992	40	2.3	40	83	5	118	27	14	27	29	1.96
5563501--5563731	115	2.0	114	99	0	453	41	12	18	28	1.86
5563873--5564195	162	2.0	162	98	0	628	35	7	17	39	1.78
5564374--5564546	46	3.7	46	75	13	165	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5564371--5564541	93	1.8	93	91	0	279	25	21	24	28	1.99
5564760--5564932	46	3.7	46	76	15	176	23	21	24	30	1.99
5564757--5564927	93	1.8	93	91	0	279	23	21	25	29	1.99
5564237--5565008	386	2.0	386	97	0	1445	27	18	25	28	1.98
5565166--5565482	159	2.0	159	98	0	607	24	13	16	44	1.85
5565528--5565788	130	2.0	130	99	0	513	31	8	20	40	1.81
5569043--5569134	40	2.3	40	81	5	105	31	14	25	29	1.94
5575386--5575542	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
5575386--5575542	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
5580620--5580795	46	3.8	46	76	4	192	29	28	20	21	1.98
5580628--5580799	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	20	1.98
5580894--5580990	49	2.0	48	91	0	149	26	21	15	35	1.93
5583233--5583308	15	5.1	15	81	7	84	57	11	17	13	1.64
5583233--5583321	30	3.0	30	77	8	92	58	13	15	12	1.64
5588988--5589012	13	1.9	13	100	0	50	8	28	32	32	1.86
5594274--5594387	39	2.9	39	90	0	174	21	21	29	27	1.98
5594281--5594431	78	1.9	78	80	5	171	23	20	27	28	1.99
5596679--5596717	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
5600187--5600229	19	2.2	20	87	4	61	60	0	9	30	1.28
5601178--5601205	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
5613102--5613182	42	1.9	42	82	7	101	25	25	17	30	1.97
5613070--5613182	43	2.7	41	77	10	111	26	25	17	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5629296--5629514	39	5.6	39	88	1	305	29	17	24	27	1.98
5630337--5630361	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
5632459--5632517	24	2.4	25	80	2	66	28	22	18	30	1.97
5635902--5636079	40	4.5	40	87	3	245	23	24	27	24	2.00
5638961--5638998	16	2.4	16	86	8	51	73	2	5	18	1.14
5655391--5655420	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
5660796--5660973	40	4.5	40	77	9	168	25	20	28	25	1.99
5660795--5660972	79	2.2	80	80	7	193	25	21	28	25	1.99
5666811--5666910	39	2.6	38	84	3	112	31	3	20	46	1.66
5672782--5672954	46	3.7	46	74	10	172	22	19	27	31	1.98
5672779--5672949	93	1.8	93	88	0	261	22	19	28	30	1.98
5673148--5673185	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
5675309--5675388	40	2.0	39	90	2	124	23	22	27	26	2.00
5679577--5679760	40	4.6	42	81	13	194	26	22	26	25	2.00
5679577--5679760	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
5679629--5679793	79	2.1	79	81	8	185	27	21	26	24	1.99
5683519--5683691	46	3.7	46	78	10	181	23	20	26	30	1.98
5683516--5683686	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
5683915--5683952	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
5686505--5686734	40	5.8	40	94	0	361	28	21	26	23	1.99
5686498--5686762	120	2.2	120	86	1	363	28	20	26	24	1.99
5688803--5688880	40	2.0	40	84	5	104	32	24	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5695297--5695430	43	2.9	45	81	8	146	21	16	30	31	1.95
5695341--5695440	51	2.0	51	87	0	146	22	17	29	32	1.96
5700043--5700464	212	2.0	212	96	0	781	23	17	22	35	1.95
5703391--5703563	93	1.9	93	92	0	292	29	30	20	19	1.97
5703384--5703559	46	3.8	46	75	10	178	30	30	19	19	1.97
5703435--5703578	46	3.1	45	70	11	112	31	29	18	20	1.96
5705930--5706018	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
5705930--5706012	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
5705941--5706018	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
5708591--5709004	207	2.0	207	98	0	801	39	18	12	29	1.87
5709162--5709334	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	20	1.98
5709155--5709330	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	19	1.98
5709206--5709349	46	3.1	45	73	15	132	29	29	20	20	1.98
5716309--5716528	46	4.7	48	78	6	182	22	29	20	27	1.99
5716273--5716528	93	2.7	94	79	6	266	22	27	20	29	1.98
5719335--5719370	18	2.0	18	94	0	63	30	22	5	41	1.76
5726519--5726634	32	3.6	32	85	0	151	25	17	29	28	1.97
5733531--5733807	40	6.9	40	92	0	455	26	20	28	24	1.99
5738472--5738641	46	3.7	45	80	10	175	24	25	18	30	1.98
5738428--5738641	93	2.3	93	83	4	270	24	26	19	29	1.99
5740489--5740692	53	3.8	53	75	3	147	37	18	23	20	1.94
5743262--5743325	15	4.3	15	78	7	67	12	12	18	56	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5744547--5744597	24	2.1	24	96	0	93	29	5	21	43	1.76
5745841--5745897	30	1.9	30	82	7	71	40	5	28	26	1.77
5750434--5750581	40	3.7	40	91	2	226	25	20	29	25	1.99
5750928--5751192	135	2.0	135	100	0	530	23	19	20	36	1.95
5751978--5752058	40	2.0	40	100	0	162	22	13	29	34	1.92
5753018--5753147	50	2.6	50	83	2	172	26	18	25	30	1.98
5757735--5757846	49	2.3	47	83	10	136	27	16	31	25	1.96
5757711--5757822	24	4.6	24	72	14	86	25	16	31	25	1.97
5764076--5764110	17	1.9	19	88	11	56	62	0	20	17	1.32
5765371--5765508	73	1.9	73	81	3	170	26	14	31	28	1.95
5767394--5767432	15	2.6	15	87	0	60	17	15	15	51	1.77
5785697--5785917	40	5.6	40	74	10	177	26	23	26	23	2.00
5794168--5794297	50	2.6	50	88	2	190	24	17	27	30	1.97
5795588--5795648	31	2.0	31	96	0	113	37	9	24	27	1.87
5799840--5800019	28	6.6	27	94	2	288	31	28	13	26	1.94
5799840--5800019	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
5799840--5800019	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
5806121--5806316	98	2.0	98	98	0	383	21	26	19	33	1.97
5806547--5806667	61	2.0	61	98	0	233	20	24	13	41	1.88
5814986--5815045	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
5825472--5825649	51	3.6	49	83	5	223	30	26	16	26	1.97
5825461--5825649	101	1.9	101	88	3	292	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5825903--5825956	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
5828179--5828511	48	6.9	48	76	6	271	23	27	20	27	1.99
5828178--5828492	96	3.3	96	81	7	318	22	27	21	27	1.99
5828230--5828512	144	2.0	144	84	5	376	24	27	20	27	1.99
5833988--5834017	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
5837769--5838101	47	7.0	47	87	3	459	30	9	31	28	1.89
5837773--5838103	96	3.4	96	92	1	495	31	9	31	28	1.88
5837769--5838099	143	2.3	144	88	2	488	30	9	31	28	1.89
5840126--5840350	40	5.6	40	83	4	274	25	23	27	23	2.00
5840126--5840386	80	3.3	80	81	5	287	25	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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