genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62652348--62652405	28	2.1	28	100	0	116	31	17	10	41	1.83
62654471--62654511	6	6.5	6	89	10	64	68	0	17	14	1.22
62660087--62660369	48	5.9	48	78	8	272	23	29	18	28	1.98
62662799--62662843	21	2.3	19	84	7	54	37	6	11	44	1.66
62665914--62665983	28	2.5	28	86	4	97	20	45	17	17	1.85
62667082--62667261	46	3.9	46	74	12	156	25	29	16	28	1.97
62670925--62670967	21	2.0	21	82	8	52	53	4	2	39	1.34
62681815--62681954	72	1.9	72	94	0	244	37	24	7	30	1.84
62683538--62683610	34	2.1	35	85	7	96	30	6	15	47	1.71
62686372--62686544	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
62686369--62686539	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
62693935--62694153	40	5.5	40	94	2	336	23	22	27	26	1.99
62693935--62694179	40	6.2	39	92	4	327	24	22	27	26	2.00
62699299--62699346	24	2.0	25	83	4	62	29	0	25	45	1.53
62703957--62704004	23	2.1	23	100	0	96	22	4	20	52	1.64
62706610--62706641	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
62710072--62710125	25	2.1	26	82	6	65	70	11	5	12	1.32
62711794--62711853	16	3.9	15	72	22	52	70	1	6	21	1.20
62716104--62716439	168	2.0	168	100	0	672	38	10	8	42	1.69
62719945--62719985	16	2.6	15	84	7	55	48	0	2	48	1.14
62720809--62720879	34	2.1	34	97	0	133	26	19	22	30	1.98
62723652--62723680	15	1.9	15	100	0	58	24	13	34	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62724696--62724742	10	4.6	10	82	12	60	61	2	0	36	1.08
62728248--62728284	16	2.3	16	85	0	56	54	16	16	13	1.72
62728508--62728582	29	2.6	29	91	0	123	24	18	29	28	1.98
62733269--62733312	11	3.9	11	79	5	52	59	4	0	36	1.18
62736241--62736463	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
62736241--62736463	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
62744218--62744479	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
62749110--62749212	43	2.4	43	78	1	109	26	24	21	28	1.99
62752271--62752392	46	2.6	47	83	7	140	27	22	14	35	1.94
62756618--62756733	50	2.4	47	82	5	135	28	21	14	35	1.93
62759413--62759450	19	2.0	20	89	5	60	28	10	0	60	1.30
62760667--62760705	12	3.3	12	82	7	53	61	2	0	35	1.10
62761120--62761164	22	2.0	22	83	8	56	11	17	0	71	1.14
62768163--62768340	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62768184--62768339	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62774892--62774966	22	3.4	22	88	3	107	24	38	10	26	1.88
62774911--62774969	11	5.4	11	70	0	55	22	38	8	30	1.83
62776236--62776294	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
62776647--62776686	11	3.6	11	93	0	62	72	5	5	17	1.21
62801721--62802068	50	6.9	50	79	4	360	29	26	18	26	1.98
62801706--62802055	100	3.5	99	81	4	427	28	26	18	26	1.98
62801708--62802066	151	2.4	150	81	6	438	29	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62810584--62810608	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
62812859--62812895	19	1.9	19	94	0	65	37	8	29	24	1.84
62813300--62813337	20	2.0	20	89	5	60	57	0	13	28	1.36
62817727--62818280	284	2.0	284	94	0	964	26	19	21	31	1.97
62826707--62826758	20	2.6	20	93	0	95	23	32	28	15	1.95
62858164--62858204	22	1.9	21	90	5	64	21	2	4	70	1.18
62859007--62859046	21	2.0	20	95	5	71	20	25	40	15	1.90
62861067--62861291	96	2.4	95	81	10	257	24	29	17	27	1.98
62861073--62861430	140	2.5	141	79	12	378	24	28	18	27	1.98
62861067--62861430	46	7.7	47	72	15	245	24	28	18	27	1.98
62861706--62861946	79	3.1	79	100	0	482	36	17	10	35	1.84
62863362--62863575	46	4.6	47	79	11	203	23	29	18	28	1.98
62863858--62863985	59	2.2	59	97	2	240	38	16	10	34	1.84
62878326--62878443	43	2.8	42	81	7	148	30	14	25	29	1.95
62880031--62880234	31	6.6	31	90	1	311	27	18	26	27	1.98
62880031--62880297	93	2.9	93	82	6	323	28	17	26	26	1.98
62880228--62880312	29	2.9	29	94	0	143	31	14	28	25	1.94
62880305--62880369	33	2.0	33	87	0	94	35	9	23	32	1.86
62882805--62882858	10	5.5	10	82	2	65	62	3	9	24	1.41
62885648--62885918	48	5.7	47	76	11	241	26	19	29	25	1.99
62885638--62885918	96	2.9	95	83	5	334	26	18	28	25	1.98
62903978--62904089	43	2.6	42	83	5	145	31	16	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62909576--62909608	17	1.9	17	93	0	57	21	18	21	39	1.93
62914022--62914070	25	1.9	26	83	4	64	48	8	4	38	1.52
62927009--62927048	18	2.2	19	90	4	64	40	0	0	60	0.97
62937620--62937685	32	2.1	31	97	2	123	22	34	27	15	1.94
62938621--62938723	37	2.8	38	83	2	129	26	17	31	25	1.97
62941755--62941932	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62941756--62941911	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62941752--62941932	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62945385--62945456	28	2.6	28	77	0	81	29	15	26	29	1.96
62946952--62947024	36	2.0	36	100	0	146	21	16	28	32	1.95
62948092--62948441	46	7.5	47	76	12	253	22	28	20	28	1.99
62948040--62948441	140	2.8	142	87	2	472	22	28	20	28	1.99
62949952--62950017	20	3.3	20	65	0	60	16	31	18	33	1.93
62949938--62950147	40	5.2	40	86	2	278	19	29	15	36	1.92
62950029--62950137	20	5.4	20	68	4	85	22	32	14	31	1.94
62952289--62952345	30	1.9	30	88	0	87	22	29	31	15	1.95
62961049--62961117	26	2.8	25	82	6	86	26	21	15	36	1.94
62961051--62961148	23	4.1	23	84	6	99	25	21	16	36	1.94
62961085--62961162	23	3.3	23	75	7	77	26	19	16	37	1.93
62963713--62963858	43	3.4	43	80	6	154	27	15	24	32	1.96
62965315--62965497	25	7.5	24	91	2	251	26	19	24	30	1.98
62965335--62965497	48	3.3	49	89	3	249	26	18	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62966589--62966653	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
62966664--62966777	27	4.2	27	94	0	183	40	9	23	26	1.85
62969619--62969672	27	2.0	27	85	7	74	42	9	24	24	1.83
62973145--62973189	15	3.0	15	78	12	56	57	17	15	8	1.63
62978975--62979046	26	2.8	26	93	2	119	27	25	20	26	1.99
62978985--62979059	26	2.9	26	90	5	93	28	24	20	28	1.99
62979266--62979380	31	3.7	31	91	1	187	33	16	26	24	1.96
62986524--62986605	31	2.7	31	96	1	148	34	17	25	23	1.96
62987759--62988278	260	2.0	260	100	0	1040	28	32	12	26	1.92
62991881--62991931	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
62991866--62992015	67	2.2	67	90	4	241	20	29	21	29	1.98
62993087--62993164	39	2.0	39	100	0	156	41	28	17	12	1.87
62998157--62998220	33	2.0	32	87	3	92	21	23	18	35	1.95
63008903--63009398	47	10.6	47	97	0	739	28	30	8	31	1.88
63020171--63020204	10	3.4	10	91	0	50	58	20	0	20	1.39
63022047--63022213	70	2.4	70	87	0	244	28	26	15	29	1.96
63022172--63022241	28	2.5	28	97	0	131	24	30	17	28	1.97
63027716--63027814	49	2.0	49	98	0	189	13	24	20	42	1.87
63027813--63027879	21	3.1	21	86	4	89	34	34	2	28	1.73
63027813--63027879	10	6.2	11	70	15	50	34	34	2	28	1.73
63030403--63030508	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
63032179--63032225	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63032470--63032747	139	2.0	139	99	0	547	27	11	25	35	1.90
63036856--63036885	11	2.6	12	94	5	53	6	3	6	83	0.90
63040815--63040845	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
63044869--63045016	74	2.0	74	95	0	269	30	22	6	39	1.80
63051379--63051553	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	21	1.98
63051386--63051557	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
63058268--63058323	23	2.5	24	83	11	66	37	0	14	48	1.44
63058480--63058544	24	2.8	22	79	6	58	23	21	16	38	1.93
63066692--63066735	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63071339--63071363	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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