genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  219  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72780889--72780952	27	2.4	27	86	2	85	21	28	14	35	1.92
72781098--72781194	6	15.8	6	76	16	92	18	18	16	46	1.84
72781094--72781210	31	3.8	31	87	3	157	18	17	15	47	1.82
72782867--72783552	27	25.5	27	80	5	427	37	21	9	31	1.86
72783398--72783671	53	5.1	53	86	3	336	34	19	21	24	1.96
72783402--72783675	80	3.4	81	85	2	374	34	20	20	24	1.96
72783402--72783675	27	10.3	27	86	2	365	34	20	20	24	1.96
72784103--72784166	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
72784331--72784394	27	2.4	27	89	2	94	20	25	18	35	1.95
72784545--72784602	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
72784534--72784641	6	17.3	6	68	21	62	18	17	15	48	1.82
72784534--72784632	31	3.2	31	91	4	146	18	18	15	48	1.81
72790200--72790244	20	2.2	20	96	0	81	28	15	22	33	1.95
72790954--72791044	44	2.1	44	100	0	182	32	21	21	23	1.98
72798920--72799080	80	2.0	80	95	2	288	39	11	26	21	1.88
72806715--72806759	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
72810707--72810740	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
72814899--72814945	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
72816873--72816914	21	2.0	22	85	4	59	33	28	2	35	1.70
72826976--72827025	21	2.5	20	77	6	55	22	22	18	38	1.94
72827517--72827600	41	2.0	41	97	0	159	23	25	29	21	1.99
72831600--72831775	46	3.8	45	77	10	167	21	19	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72831597--72831767	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	29	1.98
72836732--72836839	56	1.9	56	98	0	207	25	19	25	28	1.99
72837950--72838001	27	1.9	27	100	0	104	34	26	17	21	1.95
72848796--72848834	17	2.3	17	95	0	69	56	12	10	20	1.65
72852219--72852443	40	5.6	40	82	2	263	24	26	23	25	2.00
72852183--72852443	80	3.3	79	80	5	267	24	26	23	26	2.00
72852219--72852443	120	1.9	121	83	4	294	24	26	23	25	2.00
72857235--72857280	6	7.5	6	85	2	56	41	26	15	17	1.88
72860814--72860861	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
72863051--72863237	55	3.5	54	80	5	200	20	24	18	36	1.94
72863051--72863245	54	3.6	54	80	4	214	21	24	17	37	1.94
72863224--72863327	47	2.2	47	89	3	156	27	25	12	33	1.92
72863224--72863345	47	2.6	47	86	2	138	25	25	13	35	1.93
72867226--72867269	15	2.6	16	82	17	54	45	9	0	45	1.35
72869902--72870042	27	5.2	28	85	8	195	35	24	23	17	1.95
72869902--72870042	54	2.6	54	91	4	223	35	24	23	17	1.95
72871664--72871719	26	2.2	26	93	0	94	37	25	7	30	1.82
72877390--72877548	27	5.9	27	80	11	166	34	20	24	20	1.96
72877408--72877548	54	2.6	54	92	2	230	34	21	24	19	1.96
72879168--72879223	26	2.2	26	96	0	103	33	28	7	30	1.84
72882867--72882919	28	1.9	28	92	3	90	24	26	22	26	2.00
72893808--72893974	68	2.5	65	78	10	178	29	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72893955--72894095	49	2.8	49	79	6	167	28	20	24	26	1.99
72893950--72894095	51	2.9	51	77	6	163	27	20	26	26	1.99
72897837--72898061	40	5.6	40	90	0	342	18	20	28	32	1.96
72904748--72904808	27	2.3	26	83	8	70	32	21	11	34	1.89
72904761--72904856	26	3.5	27	81	5	95	31	26	13	29	1.94
72911550--72911752	41	4.9	40	73	10	135	26	29	22	22	1.99
72911550--72911723	41	4.2	41	74	12	160	27	29	21	21	1.99
72913667--72913847	40	4.6	40	88	2	267	26	25	23	24	2.00
72917246--72918226	81	12.1	81	99	0	1899	28	22	8	40	1.84
72918225--72918357	54	2.5	53	81	6	151	37	19	12	30	1.89
72918230--72918437	27	7.6	27	75	8	127	40	18	10	30	1.84
72918225--72918380	81	1.9	81	83	7	201	39	18	11	30	1.86
72918258--72918439	54	3.3	54	80	3	177	41	18	8	31	1.81
72920574--72920732	39	4.1	39	90	0	255	23	28	25	22	1.99
72922447--72922628	28	6.5	28	93	0	285	32	29	12	25	1.92
72926346--72926422	40	1.9	40	89	5	120	44	7	14	33	1.74
72926631--72926700	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
72926630--72926713	25	3.4	24	82	8	89	28	23	22	25	1.99
72926921--72927004	31	2.7	31	88	1	134	28	13	28	29	1.94
72938643--72938728	43	2.0	43	90	0	136	29	30	19	20	1.97
72950709--72950805	46	2.1	48	84	3	126	34	12	23	29	1.92
72958469--72958502	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72970091--72970214	39	3.2	39	84	2	160	25	20	26	26	1.99
72970094--72970240	78	1.9	78	80	5	172	25	22	26	25	2.00
72979345--72979429	25	3.4	24	80	6	89	38	20	21	20	1.93
72983128--72983207	17	4.9	16	74	11	74	3	20	1	75	1.03
72983782--72983904	63	2.0	63	85	3	167	26	26	24	21	2.00
72988067--72988102	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
72988788--72988905	40	3.0	40	94	0	209	22	19	28	28	1.98
72997710--72997759	25	2.0	25	88	0	73	12	32	30	26	1.92
72998060--72998124	29	2.2	29	83	5	78	12	7	4	75	1.17
73002642--73002702	30	2.0	30	87	0	86	40	4	22	31	1.75
73007363--73007401	16	2.4	17	86	4	53	2	23	2	71	1.10
73014403--73014472	36	1.9	36	91	5	115	20	24	18	37	1.94
73016265--73016305	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
73025007--73025057	26	2.0	25	92	0	75	25	33	1	37	1.67
73027952--73027984	18	1.9	18	88	11	52	36	3	3	57	1.29
73032313--73032378	31	2.2	30	81	10	80	50	12	12	25	1.74
73039301--73039353	4	13.2	4	75	0	52	26	7	0	66	1.18
73039559--73039604	3	15.3	3	82	17	60	28	0	0	71	0.86
73039549--73039605	27	2.1	27	81	12	64	26	1	3	68	1.15
73039559--73039606	12	4.1	12	92	7	73	27	0	0	72	0.84
73044525--73044617	46	2.0	46	83	4	116	31	26	21	20	1.98
73050794--73050837	21	2.1	21	95	0	79	31	27	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73050815--73051077	46	5.6	47	75	13	202	24	29	18	26	1.98
73053923--73054767	44	18.6	44	75	11	520	32	16	20	30	1.95
73053872--73054143	138	2.0	138	88	1	411	30	18	22	29	1.97
73053872--73054723	134	6.2	137	78	8	507	32	16	20	30	1.95
73054192--73054765	45	12.8	44	79	7	485	33	15	20	30	1.94
73054061--73054765	134	5.2	133	81	5	578	33	15	20	30	1.94
73053923--73054765	89	9.3	89	74	10	521	32	16	20	30	1.95
73056366--73056429	3	21.3	3	90	6	103	31	3	0	65	1.08
73056607--73056659	3	18.0	3	88	7	74	28	0	1	69	0.99
73061016--73061043	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
73064177--73064365	50	3.6	50	82	7	202	22	28	23	25	1.99
73064470--73064501	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
73064712--73064769	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
73071275--73071343	33	2.1	33	81	10	79	26	4	2	66	1.24
73072164--73072443	35	7.5	35	72	13	218	19	23	22	34	1.96
73072200--73072484	41	7.4	41	71	13	264	19	24	21	34	1.97
73072160--73072481	76	4.2	76	97	0	599	19	24	22	34	1.96
73075034--73075114	34	2.4	34	85	2	99	33	16	19	30	1.94
73078777--73078827	25	2.0	25	81	7	59	27	1	9	60	1.39
73085642--73085689	13	3.7	13	83	5	53	31	4	25	39	1.74
73096050--73096257	38	5.5	38	82	7	244	21	19	26	32	1.97
73096050--73096257	75	2.8	76	87	4	294	21	19	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73096050--73096257	113	1.8	113	87	2	310	21	19	26	32	1.97
73102642--73102900	47	5.6	45	71	14	163	26	20	29	23	1.99
73105229--73105268	16	2.5	16	91	0	62	37	12	17	32	1.87
73105579--73105628	18	2.6	19	81	15	59	56	6	4	34	1.43
73111425--73111449	11	2.3	11	100	0	50	0	16	24	60	1.36
73113255--73113316	6	10.3	6	87	6	72	75	3	4	16	1.10
73113247--73113305	18	3.3	18	81	11	68	74	1	8	15	1.13
73116191--73116252	31	2.0	31	96	0	115	19	27	14	38	1.90
73122778--73122841	33	1.9	34	90	3	103	29	18	9	42	1.82
73128872--73128909	18	2.1	18	100	0	76	39	21	15	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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