genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24238058--24238110	25	2.1	26	82	10	65	60	0	3	35	1.15
24238907--24238971	21	3.0	21	78	15	60	38	0	3	58	1.14
24243083--24243132	19	2.6	19	76	20	59	56	2	0	42	1.11
24254456--24254482	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
24255986--24256037	27	2.0	26	85	11	70	48	7	17	26	1.74
24256434--24256460	11	2.5	11	100	0	54	18	0	7	74	1.05
24256433--24256501	22	3.1	22	72	4	59	26	2	5	65	1.29
24257018--24257084	30	2.2	30	86	2	89	41	1	4	52	1.31
24272320--24272377	25	2.3	25	80	11	66	44	0	3	51	1.18
24274976--24275008	6	5.3	6	92	7	57	0	21	0	78	0.75
24276022--24276061	20	2.1	19	85	4	53	35	12	12	40	1.81
24278755--24279036	137	2.0	139	84	3	372	35	6	13	44	1.70
24279030--24279070	15	2.6	16	84	7	57	39	2	0	58	1.11
24280234--24280382	10	15.0	9	65	21	50	59	3	1	35	1.22
24280257--24280294	20	1.9	20	89	10	60	55	5	0	39	1.23
24280236--24280332	29	3.3	27	75	16	79	59	3	1	36	1.20
24280292--24280359	20	3.3	21	81	6	68	58	4	0	36	1.18
24280234--24280377	30	4.8	30	70	16	93	60	3	1	34	1.22
24280343--24280395	19	2.8	20	80	11	58	64	1	1	32	1.15
24281545--24281625	40	2.0	40	95	0	144	38	6	2	53	1.40
24285108--24285502	194	2.0	199	88	4	586	57	7	5	29	1.48
24285310--24285375	25	2.7	24	78	17	73	62	6	3	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24285966--24286020	16	3.4	16	87	0	83	34	5	29	30	1.80
24286228--24286272	15	2.9	15	90	3	63	51	0	0	48	1.00
24287838--24288023	94	2.0	94	93	0	318	34	14	14	36	1.87
24288665--24288693	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
24288779--24288950	85	2.0	85	94	0	299	29	23	15	31	1.96
24292522--24292580	26	2.2	26	81	3	64	40	0	6	52	1.28
24301095--24301154	31	1.9	31	83	6	77	56	3	13	26	1.52
24312527--24312613	33	2.6	33	96	0	165	20	24	24	31	1.98
24313244--24313292	24	2.0	24	100	0	98	63	12	8	16	1.51
24314471--24314563	29	3.1	28	67	8	69	19	20	20	39	1.92
24314637--24314795	40	4.0	40	96	0	282	45	18	5	31	1.71
24314672--24314781	23	5.3	22	67	24	87	44	18	5	31	1.72
24314682--24314749	19	3.5	19	69	21	59	45	16	4	33	1.67
24314690--24314758	17	3.7	17	70	20	57	46	18	4	30	1.69
24315054--24315088	18	1.9	18	88	0	52	45	14	11	28	1.79
24320400--24320508	55	2.0	55	96	0	200	32	15	14	37	1.88
24321962--24322069	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
24325811--24325852	21	2.0	22	81	13	52	40	2	9	47	1.49
24329911--24329945	15	2.4	15	90	4	54	45	2	0	51	1.16
24334869--24334951	30	2.7	30	94	1	139	45	4	4	44	1.46
24345923--24346194	136	2.0	136	97	0	517	44	9	18	27	1.80
24346456--24346569	51	2.2	51	96	0	210	33	14	23	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24346417--24346563	51	2.7	56	84	10	196	30	17	23	27	1.97
24349087--24349962	438	2.0	438	99	0	1734	29	14	23	31	1.94
24349825--24350704	440	2.0	440	99	0	1744	31	15	22	31	1.95
24354773--24354887	51	2.3	51	93	0	194	34	13	21	30	1.91
24357760--24357792	16	2.1	16	100	0	66	42	12	6	39	1.67
24361519--24361552	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
24361636--24361684	17	2.8	17	79	11	55	59	4	0	36	1.17
24361986--24362044	26	2.2	27	82	8	68	35	0	0	64	0.94
24372106--24372167	31	2.0	31	100	0	124	29	0	6	64	1.18
24374107--24374167	31	2.0	31	87	6	88	32	21	21	24	1.98
24380038--24380123	23	3.7	24	74	12	72	43	3	0	53	1.18
24381688--24381776	44	2.0	44	93	0	151	39	8	22	29	1.84
24384983--24385022	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
24384991--24385057	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
24385006--24385045	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
24388179--24388218	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
24388187--24388253	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
24388202--24388241	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
24391592--24391634	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
24391731--24391773	16	2.6	17	85	7	61	67	0	0	32	0.91
24393005--24393062	19	3.0	20	74	5	64	24	8	3	63	1.38
24395550--24395605	29	1.9	29	85	7	78	46	5	3	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24396208--24396275	34	2.0	34	94	0	118	25	30	10	33	1.89
24396406--24396444	18	2.2	18	86	4	53	25	0	7	66	1.18
24397407--24397715	108	2.9	108	97	0	564	42	4	11	41	1.62
24408853--24408944	48	1.9	48	95	0	166	29	21	19	29	1.98
24412271--24412362	47	2.0	47	97	0	175	28	17	9	44	1.80
24425033--24425102	33	2.2	33	92	2	115	62	10	0	27	1.26
24432412--24432462	17	2.9	17	71	11	50	68	9	0	21	1.18
24435044--24435076	17	1.9	17	93	0	57	66	9	18	6	1.40
24436566--24436728	46	3.5	46	95	0	263	23	23	13	39	1.90
24436762--24436898	54	2.5	54	96	0	247	28	23	21	27	1.99
24443597--24443629	10	3.4	10	95	4	59	75	0	6	18	1.00
24444914--24444969	15	3.6	15	77	17	53	33	0	3	62	1.12
24444945--24444986	20	2.0	21	90	4	68	35	0	0	64	0.94
24445348--24445387	21	1.9	21	85	10	55	35	0	2	62	1.09
24456373--24456404	15	2.1	15	94	0	55	18	31	6	43	1.75
24464580--24464605	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
24465783--24465830	22	2.2	22	88	0	69	54	0	4	41	1.20
24466784--24467015	33	7.0	33	80	5	177	18	43	10	28	1.82
24466784--24466995	66	3.2	66	80	1	228	17	43	9	28	1.81
24466784--24466951	33	5.1	33	86	0	183	17	44	10	27	1.81
24466784--24467015	99	2.3	99	78	2	216	18	43	10	28	1.82
24470249--24470302	21	2.6	19	75	18	54	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24472625--24472780	42	3.6	42	80	10	156	29	25	15	30	1.96
24472666--24472877	88	2.3	90	80	9	209	28	24	16	31	1.96
24472708--24472831	47	2.7	46	84	2	158	29	26	16	28	1.97
24472807--24472897	47	1.9	47	95	0	164	27	19	16	36	1.93
24472708--24472877	93	1.8	93	83	6	227	28	24	15	31	1.96
24472911--24473082	31	5.5	31	86	5	215	27	26	18	27	1.98
24472903--24473082	93	1.9	93	85	6	249	27	26	18	27	1.98
24473058--24473186	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
24476182--24476208	14	1.9	14	100	0	54	29	3	37	29	1.75
24478277--24478336	30	2.0	30	93	0	102	28	1	11	58	1.43
24478692--24478747	26	2.2	26	96	0	103	51	3	8	35	1.51
24479760--24479806	22	2.1	22	84	7	60	55	6	10	27	1.58
24481665--24482148	132	3.7	132	96	0	833	29	19	22	27	1.98
24484792--24484817	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
24494306--24494337	6	5.7	6	96	3	50	46	0	15	37	1.46
24494506--24494545	16	2.5	17	88	8	57	50	2	0	47	1.14
24496023--24496055	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
24497404--24497450	24	2.0	23	84	8	60	55	0	0	44	0.99
24497403--24497467	22	2.9	23	76	15	73	58	0	0	41	0.98
24500037--24500098	30	2.1	30	96	0	115	14	14	11	59	1.61
24505174--24505200	14	1.9	14	100	0	54	14	0	3	81	0.82
24505343--24505416	34	2.3	32	80	14	91	29	6	2	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24516922--24517246	162	2.0	163	87	1	472	35	16	15	32	1.91
24522825--24522869	20	2.3	19	81	7	54	60	2	0	37	1.09
24525674--24525720	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
24527785--24527822	19	2.0	19	100	0	76	36	10	5	47	1.61
24527788--24527832	19	2.4	19	85	7	56	33	13	8	44	1.75
24532581--24532634	27	2.0	28	85	3	74	53	1	1	42	1.22
24539888--24539927	19	2.2	18	86	4	53	37	7	2	52	1.43
24542533--24542825	146	2.0	146	96	0	541	36	18	11	33	1.87
24544729--24544893	59	2.8	59	86	5	224	36	19	12	30	1.89
24558445--24559200	177	4.3	177	85	3	989	29	18	21	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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