Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold4996.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 36762
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.29, T:0.23
Warning! 1720 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:65 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 4--120 Score: 119
Period size: 42 Copynumber: 2.8 Consensus size: 42
1 CGC
* ** * * **
4 CACCTCGGTTGCTCGGATGTGGGGGAGCCTTGCGTAGTATCGG
1 CACCTTGG-TGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGTACCATCGG
*
47 CACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGTACCATCGG
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGTACCATCGG
* *
89 CACCTTGGTGCTGGGATAT-CGAGGAGCCTCGA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGC-AGGAGCCTCGA
121 CTCGTTGTGC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 10, Indels: 3
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.02
42 55 0.87
43 7 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.25, G:0.36, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
CACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGTACCATCGG
Found at i:111 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 75--168 Score: 77
Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 32
65 TGCAGGAGCC
*
75 TCGAGTACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATA
1 TCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATA
* * * * * **
107 TCGAGGAGCC-TCGACTCGTT-GTGC-AGGAGCC
1 TCGAGCA-CCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA-TA
138 TCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
1 TCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
169 GTCTAGGAGC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 13, Indels: 10
0.66 0.19 0.15
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.11
31 17 0.39
32 17 0.39
33 5 0.11
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (32 bp):
TCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATA
Found at i:136 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 63--183 Score: 215
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
53 GGTGCTTGGA
*
63 TGTGCAGGAGCCTCGAGTACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATCGAGGAGCCTCGACTCGT
1 TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATCGAGGAGCCTCGACTCGT
* *
126 TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTCTAGGAGCCTCGA
1 TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATCGAGGAGCCTCGA
184 GTCGCATCAG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 55 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.27, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (63 bp):
TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATCGAGGAGCCTCGACTCGT
Found at i:388 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 126--2630 Score: 1990
Period size: 85 Copynumber: 29.4 Consensus size: 84
116 CTCGACTCGT
* * *
126 TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGT-CTAGGAGCCTCGAGTC-GC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC-GGGAGCCTCGAG-CAGC
* *
189 ATCAGCACCTTGGTGGCTCTGA
64 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* ** ** * * * *
211 TGTGTGGGAAACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTG-TGGAGCCTCGGGCAGCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
* * *
275 CGGCACCTTGATGGTGGGA
66 CGGCACCTTGGTGCTCGGA
** * * * * *
294 TGTATGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCAGGACCCTCGAGCAGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* *
359 TCGGCACCTTGGTCCTAGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * *
379 CGTGCGGGAGCCTCGTGCACGCGCAGCATCGGCCCCTTAGTCCTGGGACGTGCGGGAGCCTCGAG
1 TGTGCGGGAGCCTC--G-A---GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
444 CAACATCGGTACCTTGATGGCTTGAA
60 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * * **
470 TGTGCGAGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCAGGAATGTGTGGGAGCCTCGAGCCGTTT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
** *
535 TTGCACCTTGGTGGATCGGA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * ** * * * *
555 TGCGCGGGGGTCGCGAGCACCATCGATAACTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTTGAGCACCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
620 CGGCACCTTGGTTGCTCGGA
66 CGGCACCTTGG-TGCTCGGA
* * * * * * *
640 TGTGAGAGAGCCTCGCGCAGTATCGGCACCTTGGTACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*
705 TGGCACCTTGGTGGCTCGGA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * * *
725 TGTGCGGGAGCCTTGGGCAGTATTGGCACCTTGGTGCTGGGCTGTGCGGAAGACTCGAGCAGCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
790 CGGCACCTTGGTGCTCGGA
66 CGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * *
809 GGTGCAGGA--CTCGAAGCAACATCGGGACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGC
1 TGTGCGGGAGCCTCG-AGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * *
872 ATTGGTACCTTGGTGCTGGGA
64 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * *
893 TGTGCGGCAGCATCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAGGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*
958 CGGCACCTTGGTGGCTTGGA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
*** * * * * * * * * *
978 TACACGGAAGCTTCGAGCACCGTAGGCAGCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCGAGCA-CAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-A
* *
1042 TCGGCAACTTTGTTGCAT-GGA
65 TCGGC-ACCTTGGTGC-TCGGA
* * * * * * * * *
1063 TGTACGGGAGTCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGATACTTGGATGTGCGGGAGCCGCTAGCACCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*
1128 CGGCACCTTGGCGGCTCGGA
66 CGGCACCTTGG-TGCTCGGA
* *
1148 TGTGCGGCAGCCTCGAGCA-CTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCCA-C
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGC
*
1211 ATGGGCACCTTGGTGGCTCGGA
64 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * *
1233 CGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTGGGATGTGGGGGAG-CTGCGAGCCGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCT-CGAGCAGCA
* * **
1297 TCGACACCTTAGTGGCTCATA
65 TCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * ** * * * *
1318 TTTGCGAGAGACTCGAGCAGTATTTGTACCTTGGTGTTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*
1383 -GGCACCTTGGTGCTGGGA
66 CGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * *
1401 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
*
1466 TCGGCACCTTGGTGCTGGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * *
1486 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGGACCTTGATGGCAT-GAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC-TGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * **
1550 ATCGGCACCTTGATACTTAGA
64 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * * ** * *
1571 TGTGCGGGAGTCGCTAGCACCATCAGCACCTTGGCGACTCAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* *
1636 TCGGTACCTTGGTGCTGGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * * * * *
1656 TGTACGGGAGCCTCAAGCCGAATCGACACCTCGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCGCGAGC-GCC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-C
*
1720 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGA
64 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * ** *
1741 TGTGGGGGAGGCTCGAGCCGCATCGGCACGTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
** * *
1806 TTTGTACCTTGGTACTCGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * * *
1826 TGTAC-GGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCAAGCCGTAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
**
1890 CGATACCTTGGTGGCTCGGA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * *
1910 CGTGCGGGAGCCGCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG-GGTGAGGCTCAAGCCGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGG-GAGCCTCGAGCAGCA
* * * * **
1974 TTGACACGTTGCTGGCTTAGA
65 TCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * *
1995 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCCGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* *
2060 TCAGCACCTTGGTGCTGGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* ** * * * * *
2080 TGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGGGCCTTGATGGCTTGAATGTGCGGGAGCCCCTAGCAGCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
2145 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
** * * * * *
2165 TGTGTAGGAGCTTCGAGCCA-TATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGCGCAGGAGTCGAGAGCCTC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGT-GCT--G--G-G-ATGTG-CGGGAGCCTC
* * *
2229 GAGCACCATCGCCACCTCGGTTGCTCGGA
57 GAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGA
* * * * * * * * * *
2258 TATGGGGGAGCCTTGCGTAGTATTGGCACCTTGGTGATTGGATGTG-GAGGAGCCTCGAGCACCA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCAGCA
* * *
2322 TCGGCACCTTGCTGCTGGGG
65 TCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* ** * *
2342 TGT-CGGGGAGCCTCGAGTC-GCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTGGGAGACTCGAGCAG
1 TGTGC-GGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
** *
2405 CATTTGTACCTTGGTGCTCGGA
63 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * ** * *
2427 TGTGC-AGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATGGTGGGATGTATGGGAGCCTTGAGCAGCAC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*
2491 CGTCACCTTGGTGGCTCGGA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * * * *
2511 TGTGCAGGACCCTCAAGCATCATCGGCACCTTGGTCCTGGGACGTGCGGGAGCCTCAAGCAGTAT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
* * * *
2576 CGGTACCTTGATGGCTTGAA
66 CGGCACCTTGGT-GCTCGGA
*
2596 TGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
2631 AATAGAATTG
Statistics
Matches: 1909, Mismatches: 447, Indels: 128
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 3 0.00
83 143 0.07
84 287 0.15
85 1283 0.67
86 58 0.03
87 3 0.00
88 3 0.00
89 2 0.00
90 33 0.02
91 34 0.02
92 27 0.01
93 33 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (84 bp):
TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
CGGCACCTTGGTGCTCGGA
Found at i:1065 original size:381 final size:378
Alignment explanation
Indices: 126--2630 Score: 1815
Period size: 381 Copynumber: 6.5 Consensus size: 378
116 CTCGACTCGT
* *
126 TGTGCAGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGT-CTAGGAGCCTCGAGTC-G
1 TGTGC-GGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGC-GGGAGCCTCGAG-CAG
* * * * ** *
188 CATCAGCACCTTGGTGGCTCT-GATGTGTGGGAA-ACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCG
62 CATCGGCACCTTGGTGGCT-TGGATGTG-CGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCG
* * * * * **
251 GATGTG-TGGAGCCTCGGGCAGCATCGGC-ACCTTGATGGTGGGATGTATGGGAGCCTCGAGCAG
125 GATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTGTTGCT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
* * * * * * * *
314 CATCGTCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCAGGACCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTAGGA
189 CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGA
* * * * * *
379 CGTGCGGGAGCCTCGTGCACGCGCAGCATCGGCCCCTTAGTCCTGGGACGTGCGGGAGCCTCG-A
253 TGTGCGGGAGCCTC--G-A---GCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGGGA--CTCGAA
* * * * * *
443 GCAACATCGGTACCTTGATGGCT-TGAATGTGCGAGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC
310 GCAACATCGGCACCTTGGTGGCTCAG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGC
* *
507 AGGAA
374 TGGGA
* ** ** * * * * * * *
512 TGTGTGGGAGCCTCGAGCCGTTTTTGCACCTTGGTGGATCGGATGCGCGGGGGTCGCGAGCACCA
1 TGTG-CGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
** * * * * *
577 TCGATAACTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
64 TCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGAT
* * * * * *
641 GTG-AGAGAGCCTCGCGCAGTATCGGC-ACCTTGGTACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
128 GTGCAG-GAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTGTTGC-TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * * *
704 TTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGGGCAGTATTGGCACCTTGGTGCTGGGCTG
191 TCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATG
* * * * *
769 TGCGGAAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAGGTGCAGGACTCGAAGCAACATCGG
255 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGGGACTCGAAGCAACATCGG
* * * *
834 GACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGTACCTTGGTGCTGGGA
320 CACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTGGGA
* * * *
893 TGTGCGGCAGCATCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAGGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCAT
1 TGTGCGG-AGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
*** * * * * * * *
958 CGGCACCTTGGTGGCTTGGATACACGGAAGCTTCGAGCACCGTAGGCAGCTTGGTACTGGGATCT
65 CGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
* *
1023 GCAGGAGCCTCGAGCA-CAATCGGCAACTTTGTTGCATGGATGTACGGGAGTCTCGAGCAGCATC
130 GCAGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCAACTTTGTTGC-TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * * ** * *
1087 GGTACCTTGATACTTGGATGTGCGGGAGCCGCT-AGCACCATCGGCACCTTGGCGGCTCGGATGT
193 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCC-TTGAGCAGTATCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGT
* * * * *
1151 GCGGCAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTC-AAGCCACATGG
256 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGGGA--CTCGAAGCAACATCG
* * * * *
1215 GCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTGGGA
319 GCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTGGGA
* * * * * * *
1275 TGTGGGGGAG-CTGCGAGCCGCATCGACACCTTAGTGGCTCA-TATTTGCGAGAGACTCGAGCAG
1 TGT-GCGGAGCCT-CGAGCCGCATCGGCACCTTGGT-GCT-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
* ** * * *
1338 TATTTGTACCTTGGT-G-TTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT-GGCACCTTGGTGCTGGG
62 CATCGGCACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGG
* * * * *
1400 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGC
126 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTGTTGCT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * *
1465 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGGACCTTGATGGCAT-GAA
190 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGT-GC-TGGGA
* * * ** * * * *
1529 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATACTTAGATGTGCGGGAGTCGCTAGCACCAT
253 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGGGACTCG-AAGCAACAT
* * * * *
1594 CAGCACCTTGGCGACTCAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTGGGA
317 CGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTGGGA
* * * * * * * *
1656 TGTACGGGAGCCTCAAGCCGAATCGACACCTCGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCGCGAGC-GCC
1 TGTGC-GGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-C
* * * * * *
1720 ATCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGGGGGAGGCTCGAGC-CGCATCGGCACGTTGGTGGCTCAG
63 ATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTCGG
* * ** * * * * *
1783 ATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTG-TACCTTGGTACTCGGATGTAC-GGAGCCTCGAGCAGC
126 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTGTTGCT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * ** * ** * *
1846 ATCGGTACCTTGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCAAGCCGTATCGATACCTTGGTGGCTCGGAC
190 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGT-GCTGGGAT
* * **
1911 GTGCGGGAGCCGCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG-GGTGAGGCTC-AAGCCGCA
254 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGG-GA--CTCGAAGCAACA
* * * * * * * *
1974 TTGACACGTTGCTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGA
316 TCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGA
* * *
2038 TGTGCAGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCAT
1 TGTGC-GGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
** * * * * * *
2103 CGGGGCCTTGATGGCTTGAATGTGCGGGAGCCCCTAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
65 CGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * * * * * *
2168 GTAGGAGCTTCGAGCCA-TATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGCGCAGGAGTCGAGAGCCTCGAG
130 GCAGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCAACTTTGTTGCT-GGATGTGC----G--G-GAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
2232 CACCATCGCCACCTCGGTTGCTCGGATATGGGGGAGCCTTGCGTAGTATTGGCACCTTGGTGATT
186 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCTG
*
2297 GGATGTG-GAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGCTGCT-GG-GGTGTCGGGGAGCCTCG-A
250 GGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTG-C-GGGA--CTCGAA
* * * * **
2358 GTC-GCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGC
310 G-CAACATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGC
*
2422 TCGGA
374 TGGGA
* * * * * ** * *
2427 TGTGCAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATGGTGGGATGTATGGGAGCCTTGAGCAGCACC
1 TGTGCGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * * * * *
2492 GTCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGG-ACCCTCAAGCATCATCGGCACCTTGGTCCTGGGACGT
66 GGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGC-GGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * * * * * *
2556 GCGGGAGCCTCAAGCAGTATCGG-TACCTTGATGGCTTGAATGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCATC
130 GCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTG-TTGC-TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
2620 GGCACCTTGGT
193 GGCACCTTGGT
2631 AATAGAATTG
Statistics
Matches: 1670, Mismatches: 379, Indels: 146
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
379 2 0.00
380 101 0.06
381 741 0.44
382 247 0.15
383 66 0.04
384 2 0.00
385 5 0.00
386 56 0.03
387 44 0.03
388 236 0.14
389 20 0.01
390 117 0.07
391 33 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (378 bp):
TGTGCGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
GGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG
CAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTTGTTGCTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGC
ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGG
AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAGGTGCGGGACTCGAAGCAACATCGGCACCTT
GGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTGGGA
Found at i:1179 original size:466 final size:464
Alignment explanation
Indices: 661--2630 Score: 1683
Period size: 466 Copynumber: 4.2 Consensus size: 464
651 CTCGCGCAGT
* * * * *
661 ATCGGCACCTTGG-TACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATTGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGCGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
** * * * * *
725 TGTGCGGGAGCCTTGGGCAGTATTGGCACCTTGGT-GCT-GGGCTGTGCGGAAGACTCGAGCAGC
65 TGTGCGGGAGCCTAAGGCAGAATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAC-GTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * ** ** * *
788 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGAGGTGCAGGA-CTCGAAGCAACATCGGGACCTTGGTGGCTCGGAT
129 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGAGCTCG-AGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGAT
* * * * *
852 GTACGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGCAGCATCGAGCAGCATC
193 GTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG-AGCCTCGAGCAGCATC
* * * *
917 GGCACCTTGGTGCTAGGAGGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGA-TAC
257 GGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGAGTAC
* * *
981 ACGGAAGCTTCGAGCACCGTAGGCAGCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCGAGCA-CAATCG
322 A-GG-AGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCGAGCAGC-ATCG
* * * * * *
1045 GCAACTTTG-TTGCATGGATGTACGGGAGTCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGATACTTGGATGTG
384 G-AACCTTGATGGCATGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATACTTAGATGTG
1109 CGGGAGCCGCTAGCACC
448 CGGGAGCCGCTAGCACC
* *
1126 ATCGGCACCTTGGCGGCTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGCGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
* * * *
1191 GTGCGGGAGCCTCAAGCCA-CATGGGCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
66 GTGCGGGAGCCT-AAGGCAGAATCGGCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * * * * *
1255 TCGGCACCTTAGTGCTGGGATGTGGGGGAGCTGCGAGCCGCATCGACACCTTAGTGGCTCATATT
130 TCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGAGCT-CGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATG
* * * *
1320 TGCGAGAGACTCGAGCAGTATTTGTACCTTGGTGTTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT-G
194 TGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTGC-GGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * *
1384 GCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTTGCTCGGATGTGC
258 GCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGA-GTAC
* * * * * *
1449 AGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGGA
322 AGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGAA
*
1514 CCTTGATGGCATGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATACTTAGATGTGCGGG
387 CCTTGATGGCATGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATACTTAGATGTGCGGG
*
1579 AGTCGCTAGCACC
452 AGCCGCTAGCACC
* * *
1592 ATCAGCACCTTGGCGACTCAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGCGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
* * * * *
1657 GTACGGGAGCCTCAA-GCCGAATCGACACCTCGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCGCGAGC-GCC
66 GTGCGGGAGCCT-AAGGCAGAATCGGCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-C
*
1720 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGAGGCTCGAGCCGCATCGGCACGTTGGTGGCTCAGAT
129 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGA-GCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGAT
* *
1785 GTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTACTCGGATGTACGGAGCCTCGAGCAGCATCG
193 GTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * *
1850 GTACCTTGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCAAGCCGTATCGATACCTTGGTGGCTCGGACGTGC
258 GCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGA-GTAC
* * * * * * * * * *
1915 GGGAGCCGCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG-GGTGAGGCTCAAGCCGCAT-TGA
322 AGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTACTGGGATCTGCAG-GAGCCTCGAGCAGCATCGGA
* * * * * * * **
1978 CACGTTGCTGGC-TTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTG
386 -ACCTTGATGGCATGA-ATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGAT-ACTTAGATGTG
* * *
2042 CAGGAGCCTCGAGC-CGC
448 CGGGAGCCGCTAGCAC-C
* * * * * ** * * *
2059 ATCAGCACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGGGCCTTGATGGCTTGAA
1 ATCGGCACCTTGGCGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
* * ** *
2123 TGTGCGGGAGCCCCT-A-GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGTAGGAGCTTCGAGCCA
65 TGTGCGGGAG--CCTAAGGCAGAATCGGCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAG-CA
* ** * * *
2185 -TATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGCGCAGGAGTCGAGAGCCTCGAGCAC-CATCGCCACCTCG
127 GCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGAT--G-TGG-G--G-GAG-CTCGAGC-CGCATCGGCACCTTG
* * * * * * * * * * * * * *
2248 GTTGCTCGGATATGGGGGAGCCTTGCGTAGTATTGGCACCTTGGTGATTGGATGTGGAGGAGCCT
182 GTGGCTCAGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGT-GCGGAGCCT
* * * * * *
2313 CGAGCACCATCGGCACCTTGCTGCTGGGGTGT-CGGGGAGCCTCGAGTCGCATCAGCACCTTGGT
246 CGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC-GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGT
* *** * * ** * * * *
2377 GGCTCAGATGTGTGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTGCA-GAGCCTCG
310 GGCTCGGA-GTACAGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCG
* * * * * * *
2441 AGCAGCATCGGCACCTTGATGG--TGGGATGTATGGGAGCCTTGAGCAGCACCGTCACCTTGGTG
374 AGCAGCATCGGAACCTTGATGGCAT-GAATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGAT-
* ** * * * * *
2504 GCTCGGATGTGCAGGACCCTCAAGCATC
437 ACTTAGATGTGCGGGAGCCGCTAGCACC
* * * * ** * * * *
2532 ATCGGCACCTTGGTC--CTGGGACGTGCGGGAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGATGGCTTGA
1 ATCGGCACCTTGG-CGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGG
** *
2595 ATGTGCGGGAGCC-CCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
64 ATGTGCGGGAGCCTAAG-GCAGAATCGGCACCTTGGT
2631 AATAGAATTG
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 210, Indels: 82
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
465 72 0.06
466 680 0.54
467 154 0.12
468 7 0.01
469 4 0.00
470 2 0.00
471 3 0.00
473 142 0.11
474 82 0.07
475 104 0.08
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (464 bp):
ATCGGCACCTTGGCGACTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
GTGCGGGAGCCTAAGGCAGAATCGGCACCTTGGTGGCTCGGACGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
CGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGAGCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTG
CGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCA
CCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGAGTACAGGA
GCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTACTGGGATCTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGAACCTT
GATGGCATGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATACTTAGATGTGCGGGAGCC
GCTAGCACC
Found at i:2541 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 126--2630 Score: 1966
Period size: 42 Copynumber: 58.8 Consensus size: 43
116 CTCGACTCGT
* * *
126 TGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
168 TGT-CTAGGAGCCTCGAGTC-GCATCAGCACCTTGGTGGCTCTGA
1 TGTGC-GGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* ** ** *
211 TGTGTGGGAAACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGT-GCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
253 TGTG-TGGAGCCTCGGGCAGCATCGGCACCTTGATGG-TGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
** * *
294 TGTATGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGGCTCGAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
337 TGTGCAGGACCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-CCTAGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * *
379 CGTGCGGGAGCCTCGTGCACGCGCAGCATCGGCCCCTTAGT-CCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTC--G-A---GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * *
427 CGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGTACCTTGATGGCTTGAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
470 TGTGCGAGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC-AGGAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-A
* * ** ** *
512 TGTGTGGGAGCCTCGAGCCGTTTTTGCACCTTGGTGGATCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * ** * *
555 TGCGCGGGGGTCGCGAGCACCATCGATAACTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
597 TGTGTGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * *
640 TGTGAGAGAGCCTCGCGCAGTATCGGCACCTTGGT-ACTTGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
682 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATTGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * *
725 TGTGCGGGAGCCTTGGGCAGTATTGGCACCTTGGT-GCTGGGC
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
767 TGTGCGGAAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
809 GGTGCAGGA--CTCGAAGCAACATCGGGACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCG-AGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
851 TGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGTACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
893 TGTGCGGCAGCATCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
935 GGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
*** * * * * * * * *
978 TACACGGAAGCTTCGAGCACCGTAGGCAGCTTGGT-ACTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * *
1020 TCTGCAGGAGCCTCGAGCA-CAATCGGCAACTTTGTTGCAT-GGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGA
* * * * * *
1063 TGTACGGGAGTCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGAT-ACTTGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
1105 TGTGCGGGAGCCGCTAGCACCATCGGCACCTTGGCGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
1148 TGTGCGGCAGCCTCGAGCA-CTATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
1190 TGTGCGGGAGCCTCAAGCCA-CATGGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
1233 CGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * **
1275 TGTGGGGGAG-CTGCGAGCCGCATCGACACCTTAGTGGCTCATA
1 TGTGCGGGAGCCT-CGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * ** * *
1318 TTTGCGAGAGACTCGAGCAGTATTTGTACCTTGGT-GTTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
1360 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT-GGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
1401 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTTGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
1444 TGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
1486 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGGACCTTGATGGCAT-GAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGA
* * **
1529 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGAT-ACTTAGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * * * *
1571 TGTGCGGGAGTCGCTAGCACCATCAGCACCTTGGCGACTCAGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
1614 TGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * *
1656 TGTACGGGAGCCTCAAGCCGAATCGACACCTCGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
1699 CGTGCGGGAGCCGCGAGC-GCCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * *
1741 TGTGGGGGAGGCTCGAGCCGCATCGGCACGTTGGTGGCTCAGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* ** * *
1784 TGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGT-ACTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
1826 TGTAC-GGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGT-ACTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * **
1867 TGTACGGGAGCCTCAAGCCGTATCGATACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
1910 CGTGCGGGAGCCGCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * * * **
1952 TGTG-GGTGAGGCTCAAGCCGCATTGACACGTTGCTGGCTTAGA
1 TGTGCGG-GAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
*
1995 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
2038 TGTGCAGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGT-GCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* ** * * *
2080 TGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGGGCCTTGATGGCTTGAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
2123 TGTGCGGGAGCCCCTAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
** * * *
2165 TGTGTAGGAGCTTCGAGCCA-TATCGGCACCTTGGTGGCTCCGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * *
2208 TGCGCAGGAGTCGAGAGCCTCGAGCACCATCGCCACCTCGGTTGCTCGGA
1 TGTGC----G--G-GAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * * * * *
2258 TATGGGGGAGCCTTGCGTAGTATTGGCACCTTGGT-GATTGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
2300 TGTG-GAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGCT-GCTGGGG
1 TGTGCG-GGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
2342 TGT-CGGGGAGCCTCGAGTC-GCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGA
1 TGTGC-GGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * ** *
2385 TGTGTGGGAGACTCGAGCAGCATTTGTACCTTGGT-GCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
2427 TGTGC-AGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGATGG-TGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
** * * *
2468 TGTATGGGAGCCTTGAGCAGCACCGTCACCTTGGTGGCTCGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * *
2511 TGTGCAGGACCCTCAAGCATCATCGGCACCTTGGT-CCTGGGA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * * * *
2553 CGTGCGGGAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGATGGCTTGAA
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
*
2596 TGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
1 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
2631 AATAGAATTG
Statistics
Matches: 1930, Mismatches: 458, Indels: 149
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.00
41 160 0.08
42 877 0.45
43 801 0.42
44 15 0.01
45 2 0.00
46 2 0.00
48 37 0.02
49 3 0.00
50 29 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
Found at i:3646 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3583--3705 Score: 133
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 42
3573 GGCTCCTACT
* * * * *
3583 TGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGG-TATCTTTGTGCTCGGA
1 TGTGTGGGAGCCTC-AGCACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGA
*
3625 TGTGTGGGAGCCTCAGCCACCATCGGCAACCTTGGTGCTTGGA
1 TGTGTGGGAGCCTCAG-CACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGA
* *
3668 TGTGTGGGGGCCTCGAGCACCATCGAC-ACCTTGGTGCT
1 TGTGTGGGAGCCTC-AGCACCATCGGCAACCTTGGTGCT
3706 AGGGTTTGCG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 8, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 33 0.47
43 34 0.49
44 2 0.03
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.34, T:0.25
Consensus pattern (42 bp):
TGTGTGGGAGCCTCAGCACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGA
Found at i:3681 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3583--3731 Score: 147
Period size: 42 Copynumber: 3.5 Consensus size: 42
3573 GGCTCCTACT
* * ** * *
3583 TGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGTATCTTTGTGCTCGGA
1 TGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGA
* *
3625 TGTGTGGGAGCCTC-AGCCACCATCGGCAACCTTGGTGCTTGGA
1 TGTGTGGGAGCCTCGAG-CACCATCGAC-ACCTTGGTGCTCGGA
* * *
3668 TGTGTGGGGGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGG
1 TGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGA
* * *
3710 TTTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 TGTGTGGGAGCCTCGAGCACCA
3732 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 53 0.59
43 34 0.38
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.34, T:0.23
Consensus pattern (42 bp):
TGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGA
Found at i:4006 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3943--4016 Score: 105
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
3933 GTTAGGTTCG
3943 CGGTGGTGCTCCGGCGATCCATCC
1 CGGTGGTGCTCCGGCGATCCATCC
* *
3967 CGGTAGTGCTCCAGCGATCCA-CC
1 CGGTGGTGCTCCGGCGATCCATCC
* *
3990 CGGTGGCGCTTCGGCGATCCATCC
1 CGGTGGTGCTCCGGCGATCCATCC
4014 CGG
1 CGG
4017 CATATAGAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.44
24 24 0.56
ACGTcount: A:0.11, C:0.38, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
CGGTGGTGCTCCGGCGATCCATCC
Found at i:4163 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4112--6659 Score: 2779
Period size: 43 Copynumber: 59.8 Consensus size: 43
4102 GGAGCACATG
* * *
4112 GCAGCATCGGCACCTTGGTAGCTCGGATGTGCGGGGGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
4155 GCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * ** * *
4197 CCACCATCGGCACCTTGTTGGCTCCAATGTGCAGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4240 GCAGCATTGGCACCTTGGTGG-TTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
4282 GCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGATCTTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
4325 GGAGCATCAGCACCTTAGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4367 GCCGCATCGGCACCTTCGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4410 GCGGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
4452 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
4495 GCAGCATCGGCAACTTGGT-GCTTGGATATGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * * *
4537 CCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGGGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * *
4579 GCAGCATCGATACCATGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4622 GCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
4664 GCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGAATGTGCAGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * ** *
4707 GCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTTTGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * ** *
4750 GCAAAACCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAAAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4793 GCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
4836 GCGGCATCGGCGCCTTGGT-GCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
4878 CCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
4921 GCAGCATTGGAACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
4964 GCAGAACCGACACCTTGTTGGCTCGGATGTGCAGGATCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
5007 GGAGCATCAGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** *
5049 GCCTCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5092 GCGGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5134 TCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5177 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCAGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * *
5219 CCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
5261 GCAGCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5304 GCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGCTGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5346 GCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5389 GCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5432 GCA-AAACTGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTCCGAGGATCCTCGA
1 GCAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGA
* * * ** *
5476 GGAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTACGAAAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
5518 GCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
5561 GCGGCATCGGCACCTTGGT-ACTTGGATGTGCTGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5603 CCACCATCGGTACCTTTGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCTA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5646 GCAGCATTGGAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5688 GCAGAACCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGATCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
5731 GGAGCATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGCGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5773 GCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5816 GCGGCATCAGCACCTTGGTGG-TTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5858 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
5901 GCAACATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATATGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * * *
5943 CCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
5985 GCAGCATCAGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
6027 GCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6070 GCAGTATTGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * * *
6113 GCAAAACCGGTACCTTGGTGGCTCAGG-TGTGCGAGGATCATCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTC-GGATGTGCG-GGAGCCTCGA
* * * *
6157 GGAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGAACCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6200 CCAGCATCGGCGCCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6242 CCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
6285 GCACCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGTTGTGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * *
6327 CCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
6369 GCAGCATCGGCACCTCAGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** *
6411 GCAGCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6454 GCAGCATCTGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6496 CCAGCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
6539 CCAGCATCGGCACCTTGGGGGCTCTGATGTGCGGGAGCCTCG-
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
6581 GAAACCGTTGGCAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * **
6625 GCACCATCGGCACCTTGGTGCCAGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGG
6660 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 2086, Mismatches: 381, Indels: 76
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.00
42 909 0.44
43 1108 0.53
44 63 0.03
45 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:4227 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 4112--6659 Score: 2735
Period size: 85 Copynumber: 29.9 Consensus size: 85
4102 GGAGCACATG
* * * *
4112 GCAGCATCGGCACCTTGGTAGCTCGGATGTGCGGGGGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
4177 TGGATGTGCGAGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * ** * * * *
4197 CCACCATCGGCACCTTGTTGGCTCCAATGTGCAGGAGCCTCAAGCAGCATTGGCACCTTGGTGGT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
*
4262 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * * *
4282 GCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGATCTTCGAGGAGCATCAGCACCTTAGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
4347 GGGATGTGCGGGAGCCCCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
4367 GCCGCATCGGCACCTTCGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
*
4432 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
4452 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
4517 TGGATATGCGGGAGCC-CTGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * * * ** *
4537 CCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGGGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGATACCATGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* *
4601 TCGAATGTGCGGGGGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
4622 GCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* * *
4686 TCGAATGTGCAGGAGCCTCAA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * ** * ** * *
4707 GCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTTTGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
** *
4772 TCGGATGTGCGAAAGCCCCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
4793 GCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCGCCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
4858 TGGATGTGTGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
4878 CCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGAACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
4943 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * * *
4964 GCAGAACCGACACCTTGTTGGCTCGGATGTGCAGGATCCTCGAGGAGCATCAGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
5029 AGGATGTGCGGGAGCCCCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
5049 GCCTCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
5114 TGGATGTGCGGGAGCCTTGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
5134 TCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
5199 TGGATGTGCAGGAGCC-CTGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * * **
5219 CCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGATACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* *
5283 TCGAATGTGCGGGGGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
5304 GCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGCTGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
*
5368 TCGGATGTGCAGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
5389 GCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA-AAACTGGTACCTTGGTGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGT-G
* * *
5453 CTTGGATGTCCGAGGATCCTCGA
64 CTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGA
* * * ** * *
5476 GGAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTACGAAAGCCCCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
5540 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * * *
5561 GCGGCATCGGCACCTTGGT-ACTTGGATGTGCTGGAGCCTCGACCACCATCGGTACCTTTGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* *
5625 TCCGATGTGCGGGAGCCTCTA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5646 GCAGCATTGGAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGACACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* * *
5710 TCGGATGTGCAGGATCCTTGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5731 GGAGCATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGCGCCCCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
*
5795 TCGGATGTGCGGGAGCCTCAA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
5816 GCGGCATCAGCACCTTGGTGG-TTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
*
5880 TCGAATGTGCGGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
5901 GCAACATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATATGCGGGAGCC-CTGACCACCATCGGCACCTTTGTGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC
* *
5964 TGGGATGTGTGGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
5985 GCAGCATCAGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
*
6049 TCGGATGTGCGGGAGCCTCAA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * ** * *
6070 GCAGTATTGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* *
6135 TCAGG-TGTGCGAGGATCATCGA
65 TC-GGATGTGCG-GGAGCCTCGA
* * * * * *
6157 GGAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGAACCCTCGACCAGCATCGGCGCCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
*
6222 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
6242 CCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
6307 TGGTTGTGCGGGAGCC-CTGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * * **
6327 CCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTCAGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
6391 GGGATGTGCAGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
6411 GCAGCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
6476 GGGATGTGTGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
6496 CCAGCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGGGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGC
*
6561 TCTGATGTGCGGGAGCCTCG-
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
6581 GAAACCGTTGGCAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG
1 G-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG
6645 C-CAGGGATGTGCGGG
64 CTC--GGATGTGCGGG
6660 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 2067, Mismatches: 367, Indels: 57
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
84 220 0.11
85 1366 0.66
86 389 0.19
87 92 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:5072 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 4114--6644 Score: 3285
Period size: 682 Copynumber: 3.7 Consensus size: 682
4104 AGCACATGGC
* ** * *
4114 AGCATCGGCACCTTGGTAGCTCGGATGTGCGGGGGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * *
4179 GATGTGCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGTTGGCTCCAATGTGCAGGAGCCTCAAGCAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
4244 CATTGGCACCTTGGTGG-TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGG
131 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGACACCTTGGT-GCTCGG
* * * * *
4308 ATGTGCAGGATCTTCGAGGAGCATCAGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCCGCA
195 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
* *
4373 TCGGCACCTTCGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
260 TCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
* *
4438 TGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
325 TGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATC
* * * *
4503 GGCAACTTGGTGCTTGGATATGCGGGAGCCCTGACCACCATCGGCACCTTTGTGCTGGGATGGGC
390 GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCCTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC
* *
4568 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGATACCATGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATCGGC
455 GGGAGCCTCGAGCACCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATCGGC
* *
4633 ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGAATGTGCAG
520 ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAG
** *
4698 GAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTTTGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTAC
585 GAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTAC
* * * *
4763 CTTGGTGGCTCGGATGTGCGA-AAGCCCCGAGC
650 CTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGGATCCTCGAGG
* * * * *
4795 CGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCGCCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
4860 GATGTGTGGGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
4925 CATTGGAACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGACACCTTGTTGGCTCGG
131 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGACACCTTGGT-GCTCGG
* * * * * **
4990 ATGTGCAGGATCCTCGAGGAGCATCAGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCCTCA
195 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
* *
5055 TCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
260 TCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
* * *
5120 TGCGGGAGCCTTGATCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
325 TGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATC
* *
5185 GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCCTGACCACCATCGGCACCTTTGTGCTGGGATGTGC
390 GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCCTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC
*
5250 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATCGGC
455 GGGAGCCTCGAGCACCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATCGGC
*
5315 ACCTTGGTGCTTGGCTGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAG
520 ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAG
* *
5380 GAGCCTCGAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAACTGGTAC
585 GAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTAC
* *
5445 CTTGGTGGCTTGGATGTCCGAGGATCCTCGAGG
650 CTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGGATCCTCGAGG
* * * * * *
5478 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTACGAAAGCCCCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTT
* ** * ** * *
5542 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGT-ACTTGGATGTGCTGGAGCCTCGACCA
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *** *
5606 CCATCGGTACCTTTGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCTAGCAGCATTGGA-ACCTTGGTGCTTG
130 CCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-AACCGACACCTTGGTGCTCG
* * * * * * ** *
5670 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-AACCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGATCCTTGAGGA
194 GATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAG-CACCTTAGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCCCGAGCA
* * * * *
5734 GCATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGCGCCCCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
257 GCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * ** * * *
5798 GATGTGCGGGAGCCTCAAGCGGCATCAGCACCTTGGTGG-TTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
321 GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAG
* * * * *
5862 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAG-CCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGCTTGG
386 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCCT-GACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
* * ** * * * * * *
5926 ATATGCGGGAGCC-CTGACCACCATCGGCACCTTTGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAG
449 ATGTGCGGGAGCCTC-GAGCACCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCAC
* * * *
5989 CATCAGCACCTTTGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
513 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
6054 TGTGCGGGAGCCTCAAGCAGTATTGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAA
578 TGTGCAGGAGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAA
*
6119 CCGGTACCTTGGTGGCTCAGG-TGTGCGAGGATCATCGAGG
643 CCGGTACCTTGGTGGCTC-GGATGTGCGAGGATCCTCGAGG
* * * *
6159 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGAACCCTCGACCAGCATCGGCGCCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* *
6224 GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** * * *
6289 CATCGGTACCTTGGT-GCTTGGTTGTGCGGGAGCC-CTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
131 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCAGAACCGACACCTTGGTGCTCGG
* * * *
6352 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTCAGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCA
195 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
* * * * *
6417 TCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCTGGGATG
260 TCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
* * * *
6482 TGTGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGACCAGCATC
325 TGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATC
* * * * * *
6547 GGCACCTTGGGGGCTCT-GATGTGCGGGAGCCTCGGA-AACCGTTGGCAACCTTGGTGCTTGGAT
390 GGCACCTT-GGTGCT-TGGATGTGCGGGAGCC-CTGACCACCATCGGC-ACCTTGGTGCTGGGAT
**
6610 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG
451 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGATACCTTGGTG
6645 CCAGGGATGT
Statistics
Matches: 1622, Mismatches: 203, Indels: 48
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
680 80 0.05
681 623 0.38
682 856 0.53
683 63 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (682 bp):
AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
GATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGACACCTTGGTGCTCGGA
TGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCCCGAGCAGCAT
CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
GCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCG
GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCCTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCG
GGAGCCTCGAGCACCATCGATACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATCGGCA
CCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGG
AGCCTCAAGCAGTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAAAACCGGTACC
TTGGTGGCTCGGATGTGCGAGGATCCTCGAGG
Found at i:7495 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 7413--8423 Score: 1134
Period size: 42 Copynumber: 23.8 Consensus size: 42
7403 GGAGCACATG
* *
7413 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGGGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
7456 GCACCATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
7498 CCACCATCGGTACCTTGGTCGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
7541 GCAGCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
7583 GGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT-TGCGGGAGGCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
7624 GCCA-CATCGGAACCTTGGTTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** *
7667 GTGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
7709 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
7752 GCAGCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
7794 GGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
7836 GCCGCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * ** *
7879 GCGGCATCAGCACATTGGTGCTTTGATGTGCCGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
7921 CCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
7964 GCACCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* * *
8006 CCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
8048 GTAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCTTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* ** *
8090 GCAGCATCGACACCTTGGTGCCTCAAATGTCCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
8133 GCAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCATGTGGGGGAGCCTC-A
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
8174 TGCACCATCGGCACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 -GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
8218 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
8260 CCAGCATCGGCTCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
8303 CCAGCATCGACACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-A
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
8345 GACACCATTGGCAACCCTT-GTGCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGC-A-CCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
8389 GTACCATCGGTACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGG
8424 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 130, Indels: 44
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 31 0.04
42 418 0.51
43 357 0.44
44 6 0.01
45 4 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:7538 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 7414--8423 Score: 1134
Period size: 85 Copynumber: 11.9 Consensus size: 84
7404 GAGCACATGG
* * * *
7414 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATTGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
7479 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * * *
7499 CACCATCGGTACCTTGGTCGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* *
7564 GGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * *
7584 GAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT-TGCGGGAGGCTCGAGCCA-CATCGGAACCTTGGTTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGG-TGCT
* *
7647 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
** * * * *
7668 TGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTT
* * *
7733 AGATGTGCGAGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * *
7753 CAGCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* *
7818 GATATGCGGGAGCCCCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGA-C
* * * * *
7838 C-GCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCGGCATCAGCACATTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* *
7902 TGATGTGCCGGAGCCTCGAC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * * *
7922 CACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
7987 GGATGTGCGGGAGCC-CTGAC
65 GGATGTGCGGGAGCCTC-GAC
* * * *
8007 CACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
8072 GATATGCGGGAGCTTCGAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAC
* ** * *
8091 CAGCATCGACACCTTGGTGCCTCAAATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* * *
8156 GCATGTGGGGGAGCCTC-ATG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGA-C
* * *
8176 CACCATCGGCACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
8241 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * *
8261 CAGCATCGGCTCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGACACCTTGGGGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCT
*
8326 CGGATGTGCGGGAGCCTCAGA-
64 TGGATGTGCGGGAGCCTC-GAC
* * * * * * *
8347 CACCATTGGCAACCCTT-GTGCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGTACCTTGGTGCC
1 CAGCATCGGC-A-CCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-C
*
8411 TGGGATGTGCGGG
63 TTGGATGTGCGGG
8424 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 787, Mismatches: 119, Indels: 37
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 25 0.03
84 165 0.21
85 512 0.65
86 77 0.10
87 4 0.01
88 4 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (84 bp):
CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
GATGTGCGGGAGCCTCGAC
Found at i:7994 original size:254 final size:255
Alignment explanation
Indices: 7417--8423 Score: 1167
Period size: 254 Copynumber: 4.0 Consensus size: 255
7407 CACATGGCAG
* * *
7417 CATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGGGCCTCGAGCACCATTGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* * *
7482 TGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGTACCTTGGTCGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCA
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTCGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * * * * * *
7547 TCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGAT-
131 TCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATG
* * * * ** ***
7610 TGCGGGAGGCTCGAGCCA-CATCGGAACCTTGGTTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTGG
196 TACGGGAGCCTCGAG-CAGCATCAGCACCTTGG-TGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * **
7671 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGG
* * * * * *
7735 ATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGC
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTCGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* *
7799 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCCCGAGCCGCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGAT
130 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGAT
* * * *
7864 GTACGGGAGCCTCGAGCGGCATCAGCACATTGGTGCTTTGATGTGCCGGAGCCTCGACCAC
195 GTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
7925 CGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* *
7990 TGTGCGGGAGCC-CTGACCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGC
66 TGTGCGGGAGCCTC-GACCACCATCGGCACCTTGGTCGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * **
8053 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCTTCGAGCAGCATC-GACACCTTGGTGCCTCAAA
130 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGA-ACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
8117 TGTCCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGC-TTGCATGTGGGGGAGCCTC-ATGCAC
194 TGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGCTTTG-ATGTGCGGGAGCCTCGA-GCAC
* * *
8179 CATCGGCACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* * * *
8244 TGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCTCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCA
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTCGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * * * * * *
8309 TCGACACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGACACCATTGGCAACCCTT-GT-GCTTG
131 TCGGCACCTT-GGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGG-AA-CCTTGGTGGCTCG
* * * * * * **
8371 AATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGTACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
192 GATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTG-CTTTGATGTGCGGG
8424 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 93, Indels: 33
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
253 116 0.18
254 347 0.54
255 100 0.16
256 60 0.09
257 13 0.02
258 6 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (255 bp):
CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
TGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTCGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
TCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATG
TACGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:13766 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 13703--13864 Score: 225
Period size: 42 Copynumber: 3.8 Consensus size: 42
13693 CCGGCACCCT
* * *
13703 GGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCCGCACCTA
1 GGTGG-TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTA
* *
13746 GGTGGTCAGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCACACCTA
1 GGTGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTA
* *
13788 GGAGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTT
1 GGTGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTA
* *
13830 GGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
1 GGTG-GTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATC
13865 GGCAACTTTG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 73 0.69
43 33 0.31
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GGTGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTA
Found at i:14428 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14334--14502 Score: 205
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
14324 CAAGAGTCTC
* *
14334 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAACACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
**
14377 TAGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGCCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCAT
* * * *
14419 CGGCAACCTTGGTGCTCGGCTGTGCGAGAGGCTCGAGCACCAC
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
14462 CGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
14503 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 16, Indels: 7
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 60 0.56
43 44 0.41
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:15082 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 14972--15105 Score: 241
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
14962 AGACGTTTCT
* *
14972 TGCTGACTTTCGCTTGGTGGTTCATGGTGAATTCTATCTGATTGTTACGTATTCTTTTGTTTTCC
1 TGCTGACTTTCGCTTGGCGGTTCATGGTGAATTCTATCCGATTGTTACGTATTCTTTTGTTTTCC
15037 TG
66 TG
*
15039 TGCTGACTTTCGCTTGGCGGTTCATGGTGAATTCTATCCGATTGTTACTTATTCTTTTGTTTTCC
1 TGCTGACTTTCGCTTGGCGGTTCATGGTGAATTCTATCCGATTGTTACGTATTCTTTTGTTTTCC
15104 TG
66 TG
15106 GTTTTGCACA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 64 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.18, G:0.22, T:0.49
Consensus pattern (67 bp):
TGCTGACTTTCGCTTGGCGGTTCATGGTGAATTCTATCCGATTGTTACGTATTCTTTTGTTTTCC
TG
Found at i:18648 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 18616--18691 Score: 127
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
18606 TCGGTTAGGT
18616 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
*
18640 TCCCGGCGGTGCTCCAGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
*
18664 T-CCGGCGGCGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
18687 TCCCG
1 TCCCG
18692 ACATATAGAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 2
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 21 0.44
24 27 0.56
ACGTcount: A:0.09, C:0.43, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
Found at i:18676 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18618--18689 Score: 117
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
18608 GGTTAGGTTC
18618 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
1 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
*
18641 CCCGGCGGTGCTCCAGCGATCCAT
1 -CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
*
18665 CCGGCGGCGCTCCGGCGATCCAT
1 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
18688 CC
1 CC
18690 CGACATATAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 23 0.51
24 22 0.49
ACGTcount: A:0.10, C:0.43, G:0.32, T:0.15
Consensus pattern (23 bp):
CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
Found at i:18872 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 18788--19671 Score: 1025
Period size: 42 Copynumber: 20.8 Consensus size: 42
18778 GGAGCATATG
* *
18788 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGGGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* **
18831 GCACCATCGGCACCTTGGTGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
18873 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
18916 CCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
18958 GGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19000 GCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCGCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
19043 GTGGTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
19085 CCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCGCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * *
19128 GTGGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19170 GGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19212 GGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19254 GGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
19296 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* **
19338 GTAGCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
19381 GTAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCATGTGGGGGAGCCTCGT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
19423 GCACCATCGGTACCTTGTTGGCTCAGATATGCAGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
19466 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
19508 CCAGCTTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
19551 CCAGCATTGGCACCTTGGGGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCG-
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19593 GACACCATCGGCAACCTTGATGCGT-AGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
19637 ACACCATCGGCACCTTGGTGCGTGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGG
19672 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 101, Indels: 24
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 423 0.58
43 297 0.41
44 8 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:18898 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 18788--19671 Score: 1027
Period size: 85 Copynumber: 10.4 Consensus size: 84
18778 GGAGCATATG
* * *
18788 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGGGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
**
18853 TAGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
18873 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
18938 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
18958 GGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* *
19022 TCGGATGTACGGGAGCCGCGA
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * * *
19043 GTGGTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* *
19108 CGGATGTACGGGAGCCGCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * * * *
19128 GTGGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
19193 GGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
19212 GGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
19277 GGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * **
19296 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCAACACCTTGGTGCCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
19361 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * * *
19381 GTAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGTACCTTGTTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * *
19446 CAGATATGCAGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
19466 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCTTGACCAGCTTCGGCACCTTGGTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
19531 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * *
19551 CCAGCATTGGCACCTTGGGGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCG-GACACCATCGGCAACCTTGATG
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGC-ACCTTGGTG
*
19615 CGT-AGATGTGCGGGAGCCTCGA
63 C-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
19637 ACACCATCGGCACCTTGGTGCGTGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TGGGATGTGCGGG
19672 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 95, Indels: 19
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
84 192 0.28
85 421 0.61
86 73 0.11
87 8 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
GGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:18986 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 18788--19671 Score: 1008
Period size: 127 Copynumber: 6.9 Consensus size: 127
18778 GGAGCATATG
* * *
18788 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGGGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
** * *
18853 TAGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
65 GGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
18916 CCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
* * *
18981 GGATGTGCGGGAGCCCCGAGCC-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCGCGA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * * * *
19043 GTGGTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * *** * *
19108 CGGATGTACGGGAGCCGCGAGTGGTATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 GGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
19170 GGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCCCCTTGGTGCTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
** * *
19235 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCCCCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * **
19296 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCAACACCTTGGTGCCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CT
* ** * * * * *
19361 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCTGCACCTTGGT-GCTTGCATGTGGGGGAGCCTCGT
65 GGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
19423 GCACCATCGGTACCTTGTTGGCTCAGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
19488 AGGATGTGCGGGAGCCTTGACCAGCTTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 GGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * *
19551 CCAGCATTGGCACCTTGGGGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCG-GACACCATCGGCAACCTTGATG
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTG
* * * *
19615 C-GTAGATGTGCGGGAGCCTCGAACACCATCGGCACCTTGGT-GCGTGGGATGTGCGGG
63 CTG-GGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGG
19672 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 99, Indels: 21
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
126 114 0.18
127 325 0.50
128 152 0.24
129 55 0.09
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (127 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
GGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:24876 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 24807--24900 Score: 152
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
24797 CCAGCGGTCG
* *
24807 GAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCCGGTGCGCCCCCGGCGGCCC
1 GAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGGCCGGTGCACCCCCGGCGGCCC
* *
24854 GAAGAGCACCGCACGTTGCGTGGTGGCTGGTGCACCCCCGGCGGCCC
1 GAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGGCCGGTGCACCCCCGGCGGCCC
24901 ATAAAAATCT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 43 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.38, G:0.38, T:0.12
Consensus pattern (47 bp):
GAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGGCCGGTGCACCCCCGGCGGCCC
Found at i:26996 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 26906--27029 Score: 142
Period size: 42 Copynumber: 2.9 Consensus size: 42
26896 AATGTTCGGA
* * * *
26906 AGCCTCAAGCACCATCCGCACCTAGGCGGTCGGATGTGCCGG
1 AGCCTCGAGCCCCATCCGCACCTAGGAGGTCAGATGTGCCGG
*
26948 AGCCTCGAGCCCCATCTGCACCTAGGAGGTCAGATGTGCCGG
1 AGCCTCGAGCCCCATCCGCACCTAGGAGGTCAGATGTGCCGG
* * * *
26990 AGCCTCG-GCCACCATCGGCAACCTTGGTGCTCAGATGTGC
1 AGCCTCGAGCC-CCATCCGC-ACCTAGGAGGTCAGATGTGC
27030 GAGAGGCTCG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 3
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.04
42 51 0.72
43 17 0.24
ACGTcount: A:0.19, C:0.35, G:0.30, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
AGCCTCGAGCCCCATCCGCACCTAGGAGGTCAGATGTGCCGG
Found at i:27355 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 27300--27375 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
27290 GGTTAGGTTC
* *
27300 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCTATT
1 CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCATT
*
27324 CCGGTGGTGCTCCGGTGATCCATT
1 CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCATT
* *
27348 -CGGTGGTGCTCCTGCGATCCATC
1 CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCATT
27371 CCGGT
1 CCGGT
27376 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.44
24 25 0.56
ACGTcount: A:0.08, C:0.33, G:0.33, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCATT
Found at i:27550 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 27474--28269 Score: 806
Period size: 42 Copynumber: 18.7 Consensus size: 41
27464 CACATGGCAG
* *
27474 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCA
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
27516 CTATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCGACCA
1 C-ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
27558 CCATCGACAGCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 -CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
27601 GTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTGGAGGA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
27643 GCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCCG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CA
* * *
27686 CATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGCCTCGAGCGG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-A
* * *
27729 CATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
27770 CCGTCGACCCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 -CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
27813 CCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAG-CTCTGACCA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCA
*
27855 CCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-A
* *
27898 CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
27939 GCATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCA
1 -CATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * ** *
27982 GCATCTGCACCTTGCTGCTTGCCTGTAG-GGGAGCCTCGTGCA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGCA
* * **
28024 CCATCAGCAACTTATTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 -CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
28067 GCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
28109 GCATCGGCACCTTAGTGGCTCGGATGCGCGGGAGCCTCGACCA
1 -CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
*
28152 GCATCGGCACCTTGAGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACA
1 -CATCGGCACCTTG-GTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CA
* ** *
28195 CCATCGGCAAACTTGGCACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 -CATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
*
28238 CCATCGGCACCTTGGTGCTTGGGATGTGCGGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGG
28270 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 96, Indels: 43
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.01
42 326 0.51
43 299 0.47
44 7 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (41 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
Found at i:27591 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 27470--28269 Score: 897
Period size: 85 Copynumber: 9.4 Consensus size: 84
27460 GGAGCACATG
* * * *
27470 GCAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCACTATTGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
27535 TGGATGTACGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * **
27555 CCACCATCGACAGCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
27620 TGGATGTGCGGGAGCCTGGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
27640 GGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* *
27704 TCAGATGTGCAGGAGCCTCGA
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * * *
27725 GCGGCATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGACCCCTTGGTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
27790 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
27810 GCACCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAG-CTCTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
27874 GGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
27894 GCAACATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
*
27959 CGGATGTACGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * ** * * * **
27979 GCAGCATCTGCACCTTGCTGCTTGCCTGTAG-GGGAGCCTCGTGCACCATCAGCAACTTATTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GC
28043 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
28064 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTAGTGGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
28129 CGGATGCGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * **
28149 CCAGCATCGGCACCTTGAGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACACCATCGGCAAACTTGGCA
1 GCAGCATCGGCACCTTG-GTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGC-ACCTTGGTG
*
28213 CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
28235 GCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGGATGTGCGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGG
28270 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 95, Indels: 25
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 113 0.19
85 408 0.67
86 81 0.13
87 5 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
GGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:27840 original size:212 final size:211
Alignment explanation
Indices: 27473--28269 Score: 989
Period size: 212 Copynumber: 3.8 Consensus size: 211
27463 GCACATGGCA
* * * *
27473 GCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCA-CTATTGGCACCTTGGTGCTTG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGCTCG
* * *
27537 GATGTACGGGAGCCTCGACCACCATCGACAGCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
65 GATGTACGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
27602 TATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTGGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
130 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCT-GAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
*
27667 GTGCGGGAGCCCCGAGCC
194 GTGCGGGAGCCTCGAGCC
* * * * *
27685 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGCCTCGAGCGGCATTGGCACCTTGGTGCTTGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGG
* * *
27750 ATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGACCCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
66 ATGTACGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
27815 ATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCTCTGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATG
131 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGC-CTGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATG
*
27880 TGCGGGAGCCTCGAGCA
195 TGCGGGAGCCTCGAGCC
* * * *
27897 ACATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCCTCG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCG
* * * * ** *
27961 GATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCTG-CACCTTGCT-GCTTGCCTGTAG-GGGAGCCTCGTGC
65 GATGTACGGGAGCCTCGACCACCATC-GACACCTTGGTGGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGC
* * ** *
28023 ACCATCAGCAACTTATTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
128 ACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCT-GAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
28088 GATGTGCGGGAGCCTCGA-CC
191 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCC
* * * *
28108 AGCATCGGCACCTTAGTGGCTCGGATGCGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGAGGGCTC
1 -GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTG-GTGCTC
* * * ** *
28173 GGATGTGCGGGAGCCTCGGA-CACCATCGGCAAACTTGG-CACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 GGATGTACGGGAGCCTC-GACCACCATCGAC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
28236 CACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGGATGTGCGGG
127 CACCATCGGCACCTTGGTGCTT-GGATGTGCGGG
28270 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 67, Indels: 30
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
211 70 0.14
212 311 0.62
213 69 0.14
214 52 0.10
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (211 bp):
GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGG
ATGTACGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGT
GCGGGAGCCTCGAGCC
Found at i:34292 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 34184--34299 Score: 151
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 42
34174 ATTCAGCGGG
*
34184 GCTCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGA
1 GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGA
* * * * *
34226 GGTCGGATGTACCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGT
1 GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGA
* *
34268 GCCTCTGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATC
1 G-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
34300 GGCAACTTTG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 11, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 37 0.60
43 25 0.40
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGA
Found at i:34324 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34190--34325 Score: 123
Period size: 42 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
34180 CGGGGCTCGA
* * * ** *
34190 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTAGGAG-GTCGG
1 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTGCCCCTG
* * * *
34232 ATGTACCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCTG
1 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTGCCCCTG
* * *
34275 ATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCAACTTTG-GCCCCTG
1 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTGCCCCTG
*
34317 TTGGTGCGG
1 AT-GTGCGG
34326 AAGCGTTGGG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 14, Indels: 3
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 40 0.51
43 38 0.49
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTGCCCCTG
Found at i:34863 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 34766--34934 Score: 223
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
34756 CAAGAGTCTC
*
34766 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
*
34809 CGGCACTTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGCCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCAT
* * *
34851 CGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCAC
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
** * *
34894 CGATACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
34935 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 12, Indels: 7
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.02
42 63 0.57
43 44 0.40
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.34, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:34914 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 34766--34934 Score: 225
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
34756 CAAGAGTCTC
* * * * *
34766 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACTTTGGTGCTCGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATGT
*
34831 GCGGGAGCCTC-AGCCACCAT
66 GCGGAAGCCTCGAG-CACCAT
* * *
34851 CGGCAACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGAGAGGCTCGAGCACCACCGATACCTTGGTGCTAGGATG
1 CGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATG
34915 TGCGGAAGCCTCGAGCACCA
65 TGCGGAAGCCTCGAGCACCA
34935 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 9, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 63 0.86
86 10 0.14
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.34, T:0.19
Consensus pattern (85 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTAGGATGT
GCGGAAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:35171 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 35144--35217 Score: 96
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
35134 CCGGTTAGGT
*
35144 TCCCGGCGATGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
* *
35168 TCCCGGTGGTGCTCCGGCGACCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
* *
35192 T-CCGGCGGCGCTCCGGTGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
35215 TCC
1 TCC
35218 TGGCATATAG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.45
24 23 0.55
ACGTcount: A:0.09, C:0.42, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
Found at i:35204 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 35154--35217 Score: 83
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
35144 TCCCGGCGAT
* *
35154 GCTCCGGCGATCCATCCCGGTGGT
1 GCTCCGGCGATCCAT-CCGGCGGC
*
35178 GCTCCGGCGACCCATCCGGCGGC
1 GCTCCGGCGATCCATCCGGCGGC
*
35201 GCTCCGGTGATCCATCC
1 GCTCCGGCGATCCATCC
35218 TGGCATATAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 21 0.60
24 14 0.40
ACGTcount: A:0.09, C:0.42, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
GCTCCGGCGATCCATCCGGCGGC
Found at i:35402 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 35316--36242 Score: 1034
Period size: 42 Copynumber: 21.8 Consensus size: 42
35306 GGAGCACATG
* *
35316 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGAAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
35359 GCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
35401 GCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGATCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
35444 GCGGCATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCCA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *** * *
35486 CCATTGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGGCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
** * * *
35529 GGTGTATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
35571 GCCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGAAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
35614 GCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGAGAGCCTCCA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
35656 CCACCGTTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
35699 GCACCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTGCGGGAGCC-CTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GA
* *
35741 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
35783 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
35825 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
35867 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
35909 GCAGCATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
35952 GCAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGCACGTGGGGGAGCCTCGT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
35994 GCACCATCGGTACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
36037 GCAGCATCAGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTC-AGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG-CGGGAGCCTCGA
* * * *
36079 CCAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
36122 CCAACATCGGCACATTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-
1 GCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
36164 GACACCATCGGAAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGG-CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
36208 GCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTACGGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGG
36243 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 111, Indels: 36
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.00
42 413 0.55
43 334 0.44
44 7 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:35442 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 35319--36242 Score: 1026
Period size: 85 Copynumber: 10.9 Consensus size: 85
35309 GCACATGGCA
* * * *
35319 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGAAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
35384 ATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
66 ATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
* * * * *
35404 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGATCCTCGAGCGGCATCGGCACATTGGTGCTTGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
*
35469 ATGTACGGGAGCCTCC-A-CC
66 ATGTGCGGGAGCC-CCGAGCC
*** * * ** *
35488 ATTGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGGCTCGAGGTGTATCGGCACCTTGGTGCTGG
1 -GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
35553 GATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
65 GATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
* * * * *
35574 ACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGAAGCCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGCTTGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
*
35639 ATGTGCGAGAGCCTCC-A-CC
66 ATGTGCGGGAGCC-CCGAGCC
* * * * * * *
35658 ACCGTTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTTG
1 -GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGG
* *
35723 GATGTGCGGGAGCCCTGAGCA
65 GATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
* *
35744 GCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
* * *
35808 ATGTGCGAGAGCCTCGAGCA
66 ATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
* *
35828 GCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
* *
35892 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
66 ATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
* * * * * *
35912 GCATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCTTGC
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
* * * *
35977 ACGTGGGGGAGCCTCGTGCAC
66 ATGTGCGGGAGCCCCGAGC-C
* * *
35998 -CATCGGTACCTTGTTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGCTGGG
1 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
* *
36062 ATGTGTC-AGAGCCTCGA-CC
66 ATGTG-CGGGAGCCCCGAGCC
* * * * * * * *
36081 AACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCAACCAACATCGGCACATTGGGGGCTC
1 -GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTG
*
36146 GGATGTGCGGGAGCCTCG-GACAC
64 GGATGTGCGGGAGCCCCGAG-C-C
* * *
36169 -CATCGGAAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTG
1 GCATCGG-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTG
*
36232 GGATGTACGGG
64 GGATGTGCGGG
36243 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 97, Indels: 39
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 165 0.23
85 468 0.65
86 78 0.11
87 9 0.01
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.36, T:0.20
Consensus pattern (85 bp):
GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
ATGTGCGGGAGCCCCGAGCC
Done.