genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57125007--57125039	16	2.1	16	100	0	66	42	6	0	51	1.26
57131980--57132035	29	1.9	29	88	0	85	62	1	1	33	1.16
57131978--57132044	29	2.3	29	82	7	75	62	2	1	32	1.19
57132236--57132289	19	2.8	20	81	13	60	25	9	0	64	1.23
57132303--57132410	32	3.5	30	73	13	94	27	4	2	64	1.27
57132345--57132401	22	2.6	22	76	13	64	26	3	3	66	1.24
57132378--57132476	9	10.8	9	73	21	55	33	1	0	65	0.99
57132377--57132433	10	5.8	10	74	17	57	29	1	0	68	1.00
57132377--57132439	29	2.2	28	85	2	81	28	1	0	69	0.97
57132295--57132421	63	2.0	63	82	11	154	30	3	2	62	1.25
57132424--57132448	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
57132386--57132483	45	2.1	48	83	12	125	32	1	1	65	1.06
57132586--57132816	90	2.6	87	79	12	222	34	8	18	39	1.80
57133240--57133278	1	39.0	1	89	0	60	0	5	0	94	0.29
57133234--57133277	10	4.5	10	94	2	72	0	9	0	90	0.44
57136072--57136126	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
57137744--57137795	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
57137776--57137866	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
57138031--57138065	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
57138046--57138365	61	5.3	61	68	17	238	49	6	2	42	1.40
57138130--57138181	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
57138017--57138426	120	3.4	120	95	0	723	49	4	2	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57138465--57138550	39	2.1	41	93	4	149	59	11	5	23	1.54
57141091--57141165	38	2.0	38	97	0	141	22	24	12	41	1.87
57142775--57142813	18	2.2	18	86	9	53	46	7	17	28	1.76
57143053--57143102	24	2.1	24	88	0	73	38	6	6	50	1.52
57143522--57143625	54	1.9	54	82	3	129	22	30	24	23	1.99
57146281--57146346	26	2.5	26	87	0	87	30	24	21	24	1.99
57150732--57150789	24	2.5	22	73	18	55	37	0	0	62	0.96
57160142--57160174	11	3.0	11	100	0	66	27	9	18	45	1.79
57161437--57161476	19	2.1	19	95	0	71	35	30	20	15	1.93
57164395--57164433	19	2.0	20	90	9	64	71	0	0	28	0.86
57164541--57164595	21	2.6	21	77	11	67	67	1	0	30	1.01
57164839--57164916	21	3.8	21	70	16	65	33	1	7	57	1.35
57165072--57165105	15	2.3	15	90	10	52	35	0	20	44	1.52
57177345--57177424	28	2.9	27	81	7	81	21	20	13	45	1.85
57177373--57177437	28	2.3	28	91	0	103	18	23	16	41	1.90
57177373--57177446	28	2.6	28	81	8	96	18	22	17	40	1.91
57177988--57178038	24	2.1	24	85	7	68	47	23	15	13	1.82
57180745--57180905	61	2.6	61	84	1	198	22	23	19	34	1.97
57181556--57181688	28	4.8	28	83	0	149	21	21	18	39	1.93
57182145--57182237	42	2.2	43	86	3	134	45	24	15	15	1.84
57182166--57182232	22	3.2	20	77	12	62	49	20	13	16	1.79
57187533--57187583	18	2.7	19	82	11	61	33	17	7	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57190669--57190883	50	4.4	50	84	6	260	18	32	20	28	1.96
57193777--57193828	23	2.2	24	82	3	70	15	13	15	55	1.69
57194613--57194708	48	2.0	49	97	2	185	48	14	4	32	1.63
57201339--57201435	33	3.1	31	71	14	90	28	17	7	46	1.75
57201335--57201454	64	1.9	62	83	6	152	29	19	9	42	1.82
57201822--57201881	31	1.9	31	83	6	77	36	18	1	43	1.60
57203763--57203847	20	4.3	20	77	3	82	37	20	29	12	1.90
57203791--57203827	19	1.9	19	88	0	56	40	18	27	13	1.88
57206281--57206751	233	2.0	233	100	0	942	39	10	15	34	1.81
57210101--57210206	20	5.3	20	70	10	83	42	19	25	12	1.86
57210177--57210216	20	2.0	20	90	9	64	45	17	27	10	1.80
57220369--57220426	27	2.1	27	96	0	107	25	17	17	39	1.91
57224433--57224478	24	1.9	24	81	0	56	34	4	4	56	1.39
57226798--57226840	21	2.0	21	86	0	59	44	16	4	34	1.68
57227711--57227757	20	2.3	20	82	7	60	46	17	14	21	1.83
57228670--57228727	29	2.0	29	100	0	116	44	24	10	20	1.82
57256395--57256439	21	2.1	21	84	8	56	40	51	2	6	1.41
57256792--57256851	27	2.2	27	84	0	75	21	20	23	35	1.96
57256805--57257207	27	15.0	27	83	0	394	19	17	20	42	1.89
57258703--57258769	27	2.5	27	85	0	98	17	17	19	44	1.87
57260478--57260519	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
57266892--57266931	21	1.9	21	84	0	53	42	2	2	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57267634--57267668	8	4.1	8	86	13	52	71	2	0	25	1.00
57268227--57268267	16	2.4	18	88	11	61	65	19	4	9	1.40
57273766--57273853	46	1.9	46	83	4	115	40	17	18	23	1.90
57274031--57274077	22	2.1	22	84	0	58	46	17	17	19	1.84
57274069--57274239	32	5.4	31	81	10	193	39	20	19	21	1.93
57274069--57274238	64	2.7	65	86	7	224	38	20	19	21	1.93
57274277--57274342	27	2.5	26	85	9	80	33	19	24	22	1.97
57274411--57274492	24	3.4	24	82	0	110	47	23	6	23	1.73
57274544--57275031	27	18.2	26	80	8	405	19	15	20	44	1.87
57275678--57275738	4	15.2	4	77	13	63	22	1	3	72	1.09
57275663--57275741	24	3.5	21	80	17	81	21	1	6	70	1.16
57275670--57275736	24	3.1	20	84	14	89	20	1	5	71	1.15
57275679--57275757	24	3.2	25	77	16	76	18	3	5	72	1.19
57275772--57275836	3	22.7	3	77	12	57	27	6	0	66	1.15
57277452--57277507	6	9.3	6	80	7	60	14	1	7	76	1.07
57278449--57278482	18	1.9	18	94	5	61	73	2	5	17	1.16
57284672--57284767	42	2.3	41	82	8	122	22	25	33	18	1.97
57289306--57289352	23	2.0	23	100	0	94	36	17	8	38	1.80
57290387--57290463	25	3.1	25	87	5	104	25	27	20	25	1.99
57299383--57299450	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
57299803--57299836	17	2.0	17	88	0	50	38	8	0	52	1.33
57306215--57306276	32	1.9	32	93	6	108	25	24	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57311666--57311782	45	2.6	44	86	5	155	22	15	25	36	1.93
57311666--57311820	44	3.5	43	84	6	152	21	14	27	35	1.93
57313518--57313573	28	2.0	28	96	0	103	25	7	23	44	1.78
57315793--57315826	3	11.3	3	87	0	50	2	26	0	70	1.01
57316718--57316771	25	2.1	26	86	10	76	62	0	3	33	1.12
57321168--57321264	25	3.9	25	81	5	115	37	21	21	19	1.95
57327692--57327753	25	2.5	25	81	5	63	37	16	22	24	1.94
57327713--57327761	25	2.0	25	91	0	80	30	16	26	26	1.97
57330907--57330946	10	3.8	10	81	12	53	60	2	2	35	1.24
57341819--57342049	116	2.0	116	99	0	453	38	10	12	38	1.78
57343200--57343226	14	1.9	14	100	0	54	22	25	14	37	1.93
57349587--57349611	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
57357687--57357719	16	2.1	16	88	11	50	15	0	15	69	1.19
57363196--57363269	24	3.1	23	72	18	62	36	17	5	40	1.73
57363381--57363495	30	3.9	30	83	2	142	27	24	13	34	1.92
57366871--57366935	22	3.0	21	69	13	51	43	13	20	23	1.87
57366947--57367187	32	7.5	32	79	3	220	39	21	18	19	1.93
57366954--57367187	64	3.7	64	79	7	253	40	22	17	19	1.92
57366947--57367187	96	2.5	97	79	7	269	39	21	18	19	1.93
57367365--57367446	24	3.5	24	86	1	103	45	26	8	19	1.79
57367487--57368098	27	22.7	27	81	3	531	23	20	19	36	1.95
57369737--57369977	50	4.8	50	83	5	256	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57371548--57371856	153	2.0	153	99	0	609	22	27	22	28	1.99
57377520--57377567	24	2.0	25	87	4	71	27	37	0	35	1.57
57379123--57379177	28	2.0	29	82	7	69	45	7	0	47	1.30
57390725--57390938	76	2.8	75	85	4	306	45	7	14	32	1.73
57391002--57391144	75	1.9	75	86	0	205	31	13	8	46	1.74
57391300--57391351	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
57391277--57391480	59	3.4	58	67	16	148	51	3	2	41	1.35
57391202--57391476	120	2.3	120	93	1	462	50	4	2	42	1.38
57392923--57392978	29	1.9	29	96	0	103	33	35	5	25	1.79
57396108--57396177	22	3.2	22	77	4	70	45	18	18	17	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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