genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  62  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18584193--18584288	26	3.7	26	95	0	156	36	22	23	16	1.94
18594430--18594482	22	2.3	23	76	20	58	69	5	3	20	1.25
18594553--18594616	20	3.1	20	70	24	51	73	3	4	18	1.14
18597498--18597540	21	2.0	21	100	0	86	27	16	4	51	1.64
18601037--18601151	54	2.1	54	93	0	194	29	27	17	25	1.97
18601434--18601480	17	2.8	17	81	15	53	55	2	2	40	1.24
18601774--18602548	109	7.2	106	91	3	1117	32	15	19	32	1.93
18601842--18602652	109	7.6	106	88	5	482	31	14	19	34	1.92
18602868--18602907	19	2.1	19	95	0	71	35	0	0	65	0.93
18602872--18602915	19	2.3	19	88	0	61	36	0	0	63	0.95
18602869--18602931	19	3.1	19	80	13	54	39	0	1	58	1.07
18604077--18604101	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
18611030--18611064	15	2.3	15	90	0	52	37	8	2	51	1.47
18620057--18620119	20	3.2	19	80	8	72	39	15	30	14	1.87
18620066--18620120	20	2.8	20	85	0	74	36	16	29	18	1.92
18625075--18625129	24	2.2	24	90	3	83	23	36	3	36	1.73
18632877--18632923	17	2.8	17	83	0	58	74	4	4	17	1.14
18634098--18634282	46	4.0	46	90	4	275	28	26	9	35	1.88
18638661--18638722	29	2.1	29	82	8	72	30	4	6	58	1.44
18646181--18646205	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
18647724--18647780	5	11.2	5	83	10	71	36	15	24	22	1.94
18648118--18648200	17	4.8	17	72	25	66	55	3	3	37	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18648778--18648808	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
18650344--18650388	18	2.5	17	79	10	54	64	2	0	33	1.06
18656219--18656364	37	3.9	37	74	5	139	19	19	10	50	1.77
18659573--18659615	3	14.3	3	85	9	61	34	2	0	62	1.08
18659760--18659809	26	1.9	26	87	0	73	34	14	0	52	1.42
18660156--18660197	19	2.2	20	82	4	50	30	2	16	50	1.58
18665989--18666340	44	8.0	45	71	3	223	29	18	25	26	1.98
18665989--18666421	221	2.0	222	92	0	733	29	18	24	27	1.98
18666614--18666891	132	2.1	132	82	1	333	30	20	21	26	1.98
18670771--18670822	21	2.6	21	87	6	72	40	15	9	34	1.80
18671923--18672088	44	3.8	45	80	10	200	28	27	17	27	1.98
18672149--18672290	43	3.2	43	63	13	108	19	27	26	26	1.99
18672170--18672485	44	7.1	44	61	12	126	19	24	28	26	1.99
18672099--18672639	177	3.1	175	87	3	789	21	25	26	27	1.99
18672099--18672639	88	6.1	88	90	0	760	21	25	26	27	1.99
18672625--18673026	44	9.1	44	74	8	300	30	26	14	28	1.95
18672625--18673026	88	4.6	89	76	7	388	30	26	14	28	1.95
18672625--18673026	132	3.0	132	91	0	633	30	26	14	28	1.95
18674304--18674336	14	2.3	15	89	5	50	27	30	12	30	1.92
18675154--18675208	26	2.2	26	86	3	76	61	5	10	21	1.49
18678088--18678156	33	2.1	33	94	0	120	31	28	15	23	1.95
18678091--18678157	17	4.0	17	74	3	64	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680014--18680084	17	4.2	17	67	7	54	21	30	19	28	1.97
18681877--18681933	28	2.0	28	83	6	71	21	24	28	26	1.99
18682043--18682098	25	2.2	25	96	0	103	25	16	21	37	1.93
18682143--18682213	36	2.0	36	88	0	106	33	22	16	26	1.96
18685484--18685514	15	2.1	15	100	0	62	58	6	16	19	1.59
18696130--18696164	17	2.1	17	100	0	70	54	11	0	34	1.37
18699920--18699975	20	2.8	20	81	5	60	33	10	19	35	1.87
18705975--18706412	110	4.0	110	98	0	831	30	21	14	34	1.93
18706713--18706737	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
18706982--18707045	33	1.9	33	84	6	85	57	3	0	39	1.14
18714955--18715713	44	17.4	43	72	10	350	27	24	20	27	1.99
18714899--18715718	217	3.8	217	92	0	1309	27	24	20	27	1.99
18715207--18715711	173	2.9	176	78	8	484	26	24	20	27	1.99
18716570--18716622	26	2.0	26	100	0	106	45	3	22	28	1.70
18722805--18722837	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
18726149--18726183	7	5.0	7	92	0	61	40	42	2	14	1.60
18731752--18731792	20	2.0	20	100	0	82	29	14	14	41	1.86
18733744--18733785	22	2.0	22	85	4	59	54	0	4	40	1.21
18739884--18739944	20	3.2	18	78	15	59	34	0	3	62	1.12
18740358--18740393	17	2.1	18	89	5	56	44	2	2	50	1.31
18745820--18745862	14	3.0	14	89	3	68	62	2	0	34	1.08
18746098--18746148	15	3.0	18	78	18	56	54	5	3	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18746118--18746153	15	2.4	15	90	0	54	55	5	2	36	1.38
18746314--18746459	69	2.1	69	96	1	267	28	19	24	28	1.98
18747460--18747519	23	2.6	22	75	12	59	55	1	3	40	1.27
18747729--18747754	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
18747780--18747836	6	9.2	6	81	7	60	75	5	5	14	1.15
18749212--18750080	50	17.5	50	69	7	434	23	20	23	33	1.97
18749210--18750088	100	8.9	100	85	5	943	23	20	23	33	1.97
18750214--18750589	44	8.1	44	67	18	181	28	21	17	32	1.96
18750156--18750584	141	3.0	142	95	1	779	28	20	17	33	1.95
18751882--18751927	14	3.2	15	81	9	51	10	15	2	71	1.23
18751882--18751942	22	2.7	21	85	10	68	9	13	1	75	1.12
18752752--18752780	14	2.0	15	93	6	51	0	31	0	68	0.89
18752780--18752860	6	13.7	6	84	7	76	12	3	16	67	1.35
18752792--18752867	35	2.2	35	80	0	89	11	2	17	68	1.31
18756226--18756276	15	3.0	18	78	18	56	54	5	3	35	1.43
18756246--18756281	15	2.4	15	90	0	54	55	5	2	36	1.38
18757519--18757578	23	2.6	22	75	12	59	55	1	3	40	1.27
18757667--18757735	3	23.0	3	90	0	111	63	0	4	31	1.14
18757761--18757817	6	9.2	6	81	7	60	75	5	5	14	1.15
18760590--18761162	50	11.5	49	69	5	326	22	19	23	33	1.97
18760495--18761162	100	6.7	100	82	2	655	22	19	23	33	1.97
18763139--18763207	29	2.3	29	87	2	93	11	7	5	75	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18773380--18773413	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
18778333--18778617	75	3.8	76	84	5	346	43	9	3	43	1.54
18778335--18778611	154	1.8	149	84	5	376	43	9	3	43	1.54
18780682--18780730	25	1.9	26	87	4	73	12	10	12	65	1.48
18785047--18785101	6	9.0	6	77	18	60	0	21	0	78	0.76
18785049--18785100	5	9.8	5	91	4	59	0	21	0	78	0.74
18796884--18797145	133	2.0	134	81	2	312	37	17	16	28	1.92
18797163--18797230	34	2.0	34	91	0	109	30	13	29	26	1.94
18800062--18800110	9	5.4	9	87	0	53	48	0	51	0	1.00
18801169--18801213	20	2.2	20	96	0	81	44	17	8	28	1.79
18803233--18803266	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
18811531--18811602	26	2.8	26	87	4	92	40	11	18	30	1.85
18811755--18811916	82	2.0	82	90	0	252	32	24	19	24	1.98
18815709--18815739	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
18818412--18818509	6	15.8	6	75	10	90	75	4	2	18	1.06
18820160--18820207	15	3.3	14	82	8	51	77	4	4	14	1.08
18824356--18824389	17	1.9	18	88	5	52	73	14	0	11	1.10
18824356--18824389	18	1.9	17	88	5	50	73	14	0	11	1.10
18825526--18825557	13	2.5	13	94	0	55	6	21	37	34	1.79
18826209--18826365	84	1.9	84	94	0	278	31	15	14	38	1.88
18826293--18826875	296	2.0	296	98	0	1121	35	15	13	35	1.87
18832665--18832772	17	6.2	17	77	4	99	12	40	25	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18832665--18832791	52	2.5	53	80	8	140	13	40	25	20	1.89
18832665--18832772	35	3.1	34	78	5	117	12	40	25	20	1.88
18834542--18834577	14	2.6	14	100	0	72	33	5	0	61	1.19
18842868--18843005	27	5.1	26	72	11	98	39	18	10	31	1.85
18843246--18843319	27	2.8	27	85	2	105	17	25	22	33	1.96
18843469--18843528	28	2.1	28	87	6	86	16	20	21	41	1.90
18855116--18855232	53	2.2	53	95	1	209	51	8	2	37	1.46
18859259--18859301	4	10.8	4	94	0	77	53	0	23	23	1.46
18861971--18862080	57	2.0	52	84	8	139	23	13	15	42	1.82
18862133--18862250	61	1.9	61	84	0	155	37	5	15	42	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205