Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: At_chr1
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Warning! 3754247 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 264 of 322
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* ** * *
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* * * *
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1 CCGATGGTGCCCGA-GGCTCTCGCACGA-CCAAGCACCAAGGT-TA
* * ** * *
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** * * * *
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* * ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* ** *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
** * * * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGA-C-CAAGCACCAAGGTTA
* ** * *
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* * **** * *
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* * ** ** * *
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* * * *
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* *
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* * ** * * * * * *
87621803 CCGTTGGAGTACGAGGCTCCCGTA-TATCCTAGCCACCGAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAG-CACCAAGGTTA
** * * * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAG-CACCAAGGTTA
* * ** *
87621889 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCAAGG-TG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * * * ** * ** *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* ** * ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAA-GCACCAAGGTTA
* * ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
** * * * * *
87622060 CCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCGAGG-TA
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCA-AGCACCAAGGTTA
* * * ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * **** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * ** ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTC-GCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * * * *
87622230 CTC-ATGGTGTCCGGGGCTC-CTGCA-AATCCTAGCACCAAGG-TG
1 C-CGATGGTGCCCGAGGCTCTC-GCACGA-CCAAGCACCAAGGTTA
* * ** * *
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* * * ** * **
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * ** ** * *
87622357 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
** * * ** * *
87622443 CCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGGTTG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * * * * * * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAGCACCAAGGTTA
* * *
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** * * * **
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* * ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * * ** * ** *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
* * * ** ** * *
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* ** * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGCACCAAGGTTA
** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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87622914 GGCTTAGTTT
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 327, Indels: 163
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 20 0.01
34 1 0.00
35 2 0.00
36 1 0.00
37 2 0.00
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* ***
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* * *
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* * * **
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* *
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* * *
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*
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** ** ** * * *
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* * * ** *
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* **** ** * * *
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* * * ** ** *
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* * * * ** * *
87621717 TGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 TGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
*
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64 CCCGCACAT-CATAGCACCAAGG
* * ** * * * ** * ** *
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* **
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* * * * *
87621887 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCAAGG-TGCCTATGGTGGCCGAGGCCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* ** ***
87621951 CGCACGACCA-AGGGCCTATTT
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** * * * * * **
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1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* ** *
87622037 CGCACGACCA-AGGGCCTAGG
66 CGCAC-ATCATAGCACCAAGG
** * * * ** * * *
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1 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGT-CCGAGGC
* ** *
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63 TCCCGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* **** ** * * *
87622142 TTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACTTTGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTC
1 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTC
* * * ** ** *
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* * * * * ** * *
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1 TGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
* * ** *
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64 CCCGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* * ** * *
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* * ** ** *
87622377 CGCGCGACCA-AGGGCTTAGTT
66 CGCAC-ATCATAGCACCAAG-G
* * ** *
87622398 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* ** *
87622463 CGCACGA-CAAAGGGCCTAGG
66 CGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* * * * *** * * *
87622483 TTGCAGATGGTGACCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAACCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGA-G--
* * *
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** * * ** * * * *
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* ** *
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64 CCCGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* * ** * *
87622666 TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* * ** ** *
87622731 CGCGCGACCA-AGGGCTTAGTT
66 CGCAC-ATCATAGCACCAAG-G
* * ** *
87622752 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* ** *
87622817 CGCACGA-CAAAGGGCCTAGG
66 CGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* * * * *** * * *
87622837 TTGCAGATGGTGACCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAACCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 -TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
* * * ** ** *
87622900 CCTGCATGACCA-AGGGCTTAGTT
64 CCCGCA-CATCATAGCACCAAG-G
* * * ** * * * * * *
87622923 TGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCCCGATGGTGCCCGAGTCTCCCGCACGACCAAG-GGCCTA-GG
1 TGC-CGATGGTGCCCGAGGCT-CCC------GCACGA--C-CAAG--GGCCTAGGTTGCCGATGG
* * ** ** * *
87622985 T-TGCCGATTG-TGCCAAGGGC-TC-CCGCACATCGAAG
53 TGT-CCGA-GGCT-CC-CGCACATCATAGCAC--CAAGG
** * * ** * * * *
87623020 CACCGA-GGTG-CCGATGGCGCCCGAGGCTCCTCCAA-GACC-AAG--G--GATTAGTTTGCTC-
1 TGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCC---GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA-TGGTGT-C-CG
* * ** * * *
87623076 ATGGTGTCCGGGGC-TCCTGGACATCCTA-G
59 A-GG-CTCCCGCACATCATAG-CA-CCAAGG
** * * * ** * * *
87623105 CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTTCCGAAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGAGTC
1 TGCC--GATG------GTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC
** * *
87623168 CGAGGCTCTTGCACATCCTAGCCACCGAGG
57 CGAGGCTCCCGCACATCATAG-CACCAAGG
** * * * *** *
87623198 TGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGA-GCCACCAAAATGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGC-CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
* ** *
87623261 CCCGCACAACCA-AGGGCCGAGG
64 CCCGCAC-ATCATAGCACCAAGG
* * * ** * * *
87623283 TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAATGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
** * * ** *
87623348 CGCGTGACCA-ATG-GCTTAGTT
66 CGC-ACATCATA-GCACCAAG-G
* * * * *
87623369 TGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
87623434 CGCACATCCA-AGCACCAAGG
66 CGCACAT-CATAGCACCAAGG
* * * * ** * *
87623454 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTCCCGACAGTGTCTGAAGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* * * *
87623519 CGCACGTAATAGTACCGAGG
66 CGCACATCATAGCACCAAGG
* * *
87623539 TGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATTGTG-CCAAGGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGA-GGCTC
*
87623603 CCGCACATCGA-AGCACCGAGG
65 CCGCACATC-ATAGCACCAAGG
* ** * * * * *
87623624 TGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
** * ** ** *
87623689 CGCGTGACCA-AGGGCTTAGTT
66 CGC-ACATCATAGCACCAAG-G
* * * * *
87623710 TGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTTGGTTGCCGATGGTG-CGCGAGGTTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGCTC
*
87623774 CCGCACAGCCA-AGCACCAAGG
65 CCGCACA-TCATAGCACCAAGG
* * * **
87623795 TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
* *
87623860 CGCATATCATAGCATCAAGG
66 CGCACATCATAGCACCAAGG
* *
87623880 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTG-CCTAAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCTC
*
87623944 CCG--CAT-ATTG----AA-G
65 CCGCACATCATAGCACCAAGG
** * * * ** * * *
87623957 CACCGATGGTG-CCAATAGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCT
1 TGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
* * * ** ** *
87624019 CCTGCATGACCA-AGGGCTTAGTT
64 CCCGCA-CATCATAGCACCAAG-G
* * * * * ** * *
87624042 TGCTC-TTGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 TGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
*
87624104 CCCGCACATCCA-AGCACCAAGT
64 CCCGCACAT-CATAGCACCAAGG
* * * * ** * **
87624126 TGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGG-TGCCGATACTG-CTCGAGGC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGTC-CGAGGC
87624188 TCCCGCACATC-TGAGGCACCAAGG
63 TCCCGCACATCAT-A-GCACCAAGG
** * *
87624212 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTC
* *
87624275 CCGCACATCCTAGCCACCGAGG
65 CCGCACATCATAG-CACCAAGG
* ** ** * ** *******************
87624297 TCCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACCTCCGAGCCACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG-GGCC-------TAGGTTGCCGATGGTGTCC
** * **
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* * * * ** ** *
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* * * * * ** * *
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* ** *
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** * * ** * * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * *
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* * ** **
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* ** * * ** ** * *
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* ** *
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* * * ** * * * ***
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* * * ** ** *
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* * * * * * * *
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* ** *
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* ** * *
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* * ** **
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* ** * * ** ** * *
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** * *
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** ** * *
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* *
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**
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* *
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**
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**
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*
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* *
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* ** ** * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * **
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1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* ** * * * *
87624832 AGGTTACCGACAGTGTCTGAGGCTCCCGCAC-TTCATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* *
87624875 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* * * *
87624917 AGGTTGTCGATGGTG-CCAAGGGCTCCCGCACATCGAA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * ** * * * * **
87624960 AGGTACCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCATGA-CCATGG-GCTT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGGCACCA
* * * * * **
87625002 AGTTTGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGCGA-CCAAGG-GCTT
1 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* * * * * *
87625045 AGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
*
87625088 AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAA-GCACCA
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * * * **
87625131 AGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGA-CCAAGG-GCGT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* ** * * * *
87625173 AGGTTACCGACAGTGTCTGAGGCTCCCGCAC-TTCATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* * *
87625216 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGA-CCAAGG-GCCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* * * *
87625258 AGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGC-CTA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAA-GGCACCA
*** * * * ** * * *
87625301 TTTTGCCGATGACATCGAAGCACCAAGG-TGCCG-ATGGTGCTCGAGGCTCTCGC
1 AGGTGCCGATG-----G-TGC-CCGAGGCTCCCGCA-CAT-C-CAAGGCAC-C-A
* * * * * * * *
87625354 ACG-ACC-AAGG-G-CCTAGGTTGCCG-ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA---TCCAAGG--CAC-CA
** * *
87625398 TATCATAGCACCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 -A-GGT-G--CCGATGGT---------GCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
** * * *
87625453 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* *
87625496 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
** * * *
87625538 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* *
87625581 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
** * * *
87625623 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* *
87625666 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
** * * *
87625708 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGGCACCA
* * *
87625751 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGG-GCCT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* * * * *
87625793 AGGTTGCTGATGGTGCCCAAGTCTCCCGCACATCGAA-GCACCG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * * * **
87625836 AGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGG-GCTT
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGGCACCA
* ** * * *
87625878 AGTTTGCTC-ATGGTATCCGGGGCTCCTGCACATCCTA-GCACCA
1 AG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* *
87625921 AGGTCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGATCCAA-GCACCA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
** * * * * * *
87625963 AATTGCCGTTGGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * *
87626006 AGGGGCCGA---T-----A-TCTCCCGCACATCCAA-GCACTA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * * * * * * * *
87626039 AGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTATATCCTAGCCACCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
** * *
87626082 AGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
* * *
87626125 AGGAGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGGCACCA
* * *
87626167 AGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGC-CTA
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAA-GGCACCA
*** * *
87626210 TTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGG
87626248 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3408, Mismatches: 912, Indels: 685
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
33 12 0.00
34 38 0.01
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38 1 0.00
39 1 0.00
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41 10 0.00
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ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCA
Found at i:87623071 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 87622803--87623092 Score: 492
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
87622793 GTTGCCGACA
87622803 GTGCCCGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGGTTGCAGATGGTGACCAAGGCTCCCGCACATC
1 GTGCCCGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGGTTGCAGATGGTGACCAAGGCTCCCGCACATC
* * *
87622868 GAACCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTCATGGT
66 GAACCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTCCAAGACCAAGGGATTAGTTTGCTCATGGT
87622933 GTCCGGGGCTCCCCGATG
131 GTCCGGGGCTCCCCGATG
* * * *
87622951 GTGCCCGAGTCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATTGTG-CCAAGGGCTCCCGCACAT
1 GTGCCCGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGGTTGCAGATGGTGACCAA-GGCTCCCGCACAT
*
87623015 CGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTCCAAGACCAAGGGATTAGTTTGCTCATGG
65 CGAACCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTCCAAGACCAAGGGATTAGTTTGCTCATGG
87623080 TGTCCGGGGCTCC
130 TGTCCGGGGCTCC
87623093 TGGACATCCT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 8, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
147 4 0.03
148 129 0.97
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (148 bp):
GTGCCCGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGGTTGCAGATGGTGACCAAGGCTCCCGCACATC
GAACCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTCCAAGACCAAGGGATTAGTTTGCTCATGGT
GTCCGGGGCTCCCCGATG
Found at i:87623675 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 87623241--87624323 Score: 1107
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
87623231 GCCACCAAAA
* * ** * * * *
87623241 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCC
1 TGCCGATGGTG-CCAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCC
* * * * *
87623306 GCACGACCAATGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCGTGACCAATGGCTTAGTTTG
65 GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCGTGACCAAGGGCTTAGTTTG
* *
87623371 CCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCG
129 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
* * *
87623436 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTCCC
194 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
* * * * * *
87623501 GACAGTGTCTGAAGCTCCCGCACGTAATAGTACCGAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
259 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
*
87623566 GACCAAGGGCCTAGGT
324 GACCAAGGGCCGAGGT
* * * *
87623582 TGCCGATTGTGCCAAGGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCT
1 TGCCGATGGTGCCAA-GGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCC
*
87623647 GCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTGACCAAGGGCTTAGTTTG
65 GCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCGTGACCAAGGGCTTAGTTTG
* *
87623712 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTTGGTTGCCGATGGTGCGCGAGGTTCCCG
129 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
* * * *
87623777 CACAGCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
194 CACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
* * *
87623842 GACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCATCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
259 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
87623907 GACCAAGGGCCGAGGT
324 GACCAAGGGCCGAGGT
* ** *
87623923 TGCCGATGGTGCCTAAGGCTCCCGCATATTGAAGCACCGATGGTGCC-A-A------TA-GCTCC
1 TGCCGATGGTGCC-AAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGA-GGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCC
* ** ** * * *
87623979 CGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTT
64 CGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC-GCGTGACCAAGGGCTTAGTT
* * * * * ** * *
87624042 TGCTC-TTGGTGTCCGGGGCTC-CTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGC
127 TGC-CGATGGTGACCGAGCCTCTC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGT
* * * * * **
87624103 TCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAG-TCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCG
189 TCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCT-CGAGGCTCACGCACGA-CCAAG--GGCG
* * *
87624166 -AGG-TGCCGATACTG-CTCGAGGCTCCCGCACATC-TGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
250 TAGGTTACCGACAGTGTCT-GAGGCTCCCGCACATCAT-A-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCG
** *
87624227 AGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGT
312 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGT
* * * *
87624254 TGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTCCCGATA-CTGCCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTG-CCAAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGATAGC-GCCCGAGGCTC
87624318 CCGCAC
63 CCGCAC
87624324 CTCCGAGCCA
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 89, Indels: 57
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.01
331 126 0.20
332 120 0.19
333 18 0.03
334 1 0.00
339 1 0.00
340 14 0.02
341 332 0.53
342 9 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (339 bp):
TGCCGATGGTGCCAAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCGTGACCAAGGGCTTAGTTTGCC
GATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCA
CATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACCGA
CAGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
CCAAGGGCCGAGGT
Found at i:87623716 original size:256 final size:256
Alignment explanation
Indices: 87623380--87623947 Score: 601
Period size: 256 Copynumber: 2.2 Consensus size: 256
87623370 GCCGATGGTG
* * * * * * **
87623380 CCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGC-ACATCCA
1 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCGTGA-CCA
** ** * * * *
87623444 AGCACCAAG-GTGCCGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTCCCGACAGT
65 AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGAC-CGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTCCCGACAGT
* * * * *
87623507 GTC-TGAAGCTCCCGCAC-GTAATAGTACCGAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC
129 G-CGCGAAGCTCCCGCACAGCAA-AGCACCAAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGACC
** *
87623570 AAGGGCCTAGGTTGCCGATTGTG-CCAAGGGCTCCCGCACATCGA-AGCACCGAGGTGCCGATAG
192 AAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCAA-GGCTCCCGCACATC-ATAGCACCAAGGTGCCGATAG
87623633 CA
255 CA
* * ** * *
87623635 CCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTGACCAA
1 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCGTGACCAA
* * * **
87623700 GGGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTTGGTTGCCGATGGTGC
66 GGGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTCCCGACAGTGC
* * * * * *
87623765 GCGAGGTTCCCGCACAGCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGG
131 GCGAAGCTCCCGCACAGCAAAGCACCAAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGACCAAGG
* * * * **
87623830 GCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCATCAAGGTGCCGATGGTG
196 GCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCAAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATAGCA
*
87623891 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTGCCTAAGGCTCCCGC
1 CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGC
87623948 ATATTGAAGC
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 50, Indels: 13
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
255 59 0.23
256 191 0.75
257 6 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (256 bp):
CCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCGTGACCAA
GGGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTCCCGACAGTGC
GCGAAGCTCCCGCACAGCAAAGCACCAAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGACCAAGG
GCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCAAGGCTCCCGCACATCATAGCACCAAGGTGCCGATAGCA
Found at i:87623968 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 87623925--87624002 Score: 106
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
87623915 GCCGAGGTTG
* * *
87623925 CCGATGGTGCCTAA-GGCTCCCGCATATTGAAGCA
1 CCGATGGTGCC-AATAGCTCCCGCACATCGAAGCA
87623959 CCGATGGTGCCAATAGCTCCCGCACATCGAAGCA
1 CCGATGGTGCCAATAGCTCCCGCACATCGAAGCA
87623993 CCGA-GGTGCC
1 CCGATGGTGCC
87624003 GATGGCGCCC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 3
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 8 0.20
34 32 0.80
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.27, T:0.17
Consensus pattern (34 bp):
CCGATGGTGCCAATAGCTCCCGCACATCGAAGCA
Found at i:87624240 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 87624058--87624323 Score: 471
Period size: 128 Copynumber: 2.1 Consensus size: 127
87624048 TGGTGTCCGG
*
87624058 GGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCA
1 GGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCA
* *
87624123 AGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCTCGA
66 AGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTCCCGATACTGCCCGA
87624185 GGCTCCCGCACAT-CTGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCAC
1 GGCTCCCGCACATCCT-A-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCAC
*
87624249 CAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTCCCGATACTGCCCGA
64 CAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTCCCGATACTGCCCGA
87624313 GGCTCCCGCAC
1 GGCTCCCGCAC
87624324 CTCCGAGCCA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 4, Indels: 3
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
126 2 0.02
127 13 0.10
128 118 0.89
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.27, T:0.16
Consensus pattern (127 bp):
GGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCA
AGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTCCCGATACTGCCCGA
Found at i:87625002 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 87624369--87625294 Score: 1286
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
87624359 NNNNNGGCTC
* * * * *
87624369 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
* * * * * * * *
87624434 CACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTC-CTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGC
66 CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCAC-GCACGACCAAGGGCGTAGGTTAC
*** * * * * * *
87624498 TC-TTGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
130 -CGACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * ** * ** *
87624562 ACAACCAAGGGCCGAGGTAACGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCG
194 ACGACCAAGGGCCGAGGTGACGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC-ACCAAGCACCGATGGTACCG
** *
87624627 ATAGTGCCCGAGGCACCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT-CTCGCA
258 ATAGCACCCGAGGCACCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCT-GCA
87624691 CGACCAAGGGCCTAGTTTG
322 CGACCAAGGGCCTAGTTTG
* * *
87624710 CCGATGGTGACCGAGCCTCTTGCACGACCAAGGGTCTACGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
1 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
87624775 CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
66 CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
87624840 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
131 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* * * * *
87624905 GACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGT-GCCAAGGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGA-GGTACCG
196 GACCAAGGGCCGAGG-TGACGATGGTGGCCGA-GGCCCCCGCACA-CCAAGCACCGATGGTACCG
* * * * * * *
87624968 ATAGCACCCGAGGCTCCTGCATGACCATGGGCTTAGTTTGCTGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGC
258 ATAGCACCCGAGGCACCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCTGCAC
*
87625033 GACCAAGGGCTTAGTTTG
323 GACCAAGGGCCTAGTTTG
87625051 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
1 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
87625116 CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
66 CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
*
87625181 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCAC
131 GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
*
87625246 GACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACAACCAAG
196 GACCAAGGGCCGAGGTGACGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC-ACCAAG
87625295 GGCCTATTTT
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CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCG
CACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCGTAGGTTACC
GACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACTTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
GACCAAGGGCCGAGGTGACGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACACCAAGCACCGATGGTACCGATA
GCACCCGAGGCACCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCCTGCACGAC
CAAGGGCCTAGTTTG
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* **
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** * **
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* * * * *
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* * *
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* *
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1 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCG
*
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** ** * **
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* * *
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*
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* * * * *
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87625504 ATG
193 ATG
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ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCG
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ACCAAGGGCCGAGGTGCCGACAGTGGCCGAGGCCCCCGCACAACCAAGCACCGATGGTGCCGATG
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* * *
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** *
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** *
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*
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* * * *
87625789 GCCTAGGTTGCTGATGGTGCCCAAGTCTCCCGCACATCGA-
131 GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATC-AT
* * * * * ** *
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1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGACAGTG
* * * * * *
87625893 TCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-GATCCAA
65 TCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAA
** ** * * *
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129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * ***
87625998 AGCCACCGAGGGGCCGA---T-----A-TCTCCCGCAC-ATCCAA--GCACTAAGTTGCCGTTGG
1 AG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGC-CTAGGTTGCCGACAG
* * * **
87626051 AGTCCGAGGCTCCCGTATATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATC
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* ** * * * *
87626115 CGAGCCACCAAGG-AGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-
126 CAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * ** ** *
87626160 AGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGC
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * * * ************************
87626225 CCGAGCCTCTCGCACGACCA-AGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 CCGAGGCTCCCGCA-TATCATA--G----------------CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGA
***********************************************************
87626289 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
112 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
***************************** * *
87626348 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGT
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* ** * * *
87626413 CCGAGGCTCCCACACGTCATACCACCGAGGTGTCGATGGTGCCAGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
66 CCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
*
87626478 GCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAGGGGCTCCCGCACATCGA-
131 GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCTCCCGCACATC-AT
* *** * * * * * **
87626518 AGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCTTACAAGACCACGGACTTAGTTTGCTC-ATGGTG
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGACAGTG
* * * *
87626582 TCCGGGGCCGATGGCGCC-CGAGGCTCTTACA-AG-ACCAAGGACTTAGTTTGCTC-ATGGTGTC
65 TCCGAGG-C--T--C-CCGC-A---T-AT-CATAGCACC---G----AG-GTGC-CGATGGTGCC
* * * ** * *
87626643 CGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-
109 CGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CAT
* * * * * * * * ** * * *
87626704 AGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTA-TATCCTAGCCACCGAGG-TGCCGATACT
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * ** * *
87626767 GCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGAGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGATCC
64 GTCCGAGGCTCCCGCATATCATAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA---
* ** ** *
87626832 CGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCAAACGTCAT
125 --C-C-A--A-GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * ** *
87626885 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGC
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * * * * * * ** *
87626950 CCGAGGCTCTCGCACATCGA-AGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCTTGCAC-ATCCTA
66 CCGAGGCTCCCGCATATC-ATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAA
** * ** * **
87627013 GCCACCGAGG-TGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCG
129 G-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * * **
87627055 AGCCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTG
1 AG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTG
* * * * ** * ** ***
87627119 GCCGAGGCCCCCGCACAACCA-AGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCA
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** * * * * * *
87627183 ATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCA-
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** * * * ** * * **
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1 AGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * * ** * ** * *
87627289 G-CTCGAGGTTCCCGCACGACCAT-G-GGCGTAGGTTGCTGACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACG-
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* ** * * *
87627350 TCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-
125 CCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * * ** * *
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1 AGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAG
*** * * ** ** * * * *
87627458 CACCCGAGGCTCCTGCATGACCA-AGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACAT
63 TGTCCGAGGCTCCCGCAT-ATCATAGCACCGAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCC--CGCA-
* * * * * * *
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122 -C--G-ACCAAGG-G-C-----C-TAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
* ** * * * * **
87627583 AG-GCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
1 AGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTG
* * * * * ** * * * *
87627647 CCCGAGGCTCCCGCGCTACCAAAG-GCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCA
65 TCCGAGGCTCCCGC-ATATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
** *
87627711 AGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCAT
128 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * ** *
87627754 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGC
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * * * * * *
87627819 CCAATGCTCCCGCACATCGA-AGCACCAAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAG
66 CCGAGGCTCCCGCATATC-ATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * * * *
87627883 GGCATAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCT
130 GGCCTAGGTTGC-CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * **
87627924 AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * ** * * * * *
87627988 CTCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCTAGGGGCTGATGGT-CGCCGAGGCACCCGCGCGACCAA
66 C-CGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAA
*
87628052 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAAAGGCTCCCGCACATCGA-
129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCTCCCGCACATC-AT
* *** * * * * **
87628094 AGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCTTACAAGACCAAGGACTTAGTTTGCTC-ATGGTG
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGACAGTG
* * * * * *
87628158 TCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAAC
65 TCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA-
** * * *
87628222 GTACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCT
129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
** *
87628263 AGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGA-ATGG
1 AG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACA--G
* * * ** * * * *******
87628326 TGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCGAAGGGGCGGA-GGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 TGTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCG-AGGTGCCGATGGTG------------CCCGAGG
***************************************** *
87628389 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG-TGCCCG-AGCCTC-T
114 CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT-CCCGCA-CATCAT
* * * ** *
87628445 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-
1 ---A-G--C-A---CCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** * * ** * ** * *
87628508 TGCTGATGGTG-CTCGAGGCTCCCGCACGACCAT-G-GGCGTAGGTTACCGACAGTGTCTGA-GC
54 TGCCGACAGTGTC-CGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGC
* ** * * * * *
87628569 TCTCGCAC-ATCTGAGGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCA-
115 TCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * ** ** *
87628625 AGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGC
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
** * ** ** * * * * *
87628690 CCGAGGCTCCCGCGCGACCA-AGGGCTTAGTTTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACAACCAA
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* * * *
87628754 GGGCCTAGGTTGCTGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACTTCCA-
129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CAT
* * * *
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* **
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*
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* * * * * * ** *
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* * ** ** * * * * *
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** *
87629093 AGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCAT
128 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * *
87629136 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGT
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* * * *
87629201 CCGAGGCTCCTGCAAATCATATCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCAAGG
66 CCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* * * *
87629266 GCCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCA-
131 GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * ** * * * **
87629305 AGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG
1 AGCACCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTG
* * * * * * *
87629370 CCCGAGCCTCTCGCCCACACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-AT
65 TCCGAG--GCT--CCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-
** * * * * * *
87629434 CCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTATATCCT
125 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
** * ** * * **
87629479 AGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGG-TGCCTATGG
1 AG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGACAG
* * * * * ** * **
87629542 TGCCCGACGCTCCCGGACGACCA-AGGGCTGAGGTGCCGATGGTGGTCGAGGACT-CCGCACGAC
63 TGTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGAC
** * * *
87629605 CAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCA-
126 CAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGC-ACATCAT
** ** * * * * * * **
87629650 AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-CCAAAGC-CTCTCAC-A-C----G-NT---TTGCCGATGGTG
1 AGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTG
* ** * ** ** * * * *
87629703 CCCGAGGCTCCCGCGCGACCA-AGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCAG-GCGACC
65 TCCGAGGCTCCCGC-ATATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACGACC
* * *
87629766 AAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCA-
127 AAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CAT
* * * * *
87629810 AGCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGT
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** * *
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* *
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131 GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGA-GGCTCCCGCACATC-AT
* * * * * * * ** *
87629980 AGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGC
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * ** ** * * * * *
87630045 CCGAGGCTCCTGCGC-GACCA-AGGGCTTAGTTTACCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCA
66 CCGAGGCTCC--CGCATATCATAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA
* * *
87630108 AGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCACATCCA-
128 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CAT
* * * * *
87630151 AGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGCCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * *
87630216 CCGAGGCTCCCGTATATCATAGAACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGACCAAGG
66 CCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
* *
87630281 GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATC--
131 GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * * * **
87630319 -G-A---A---G-C-A------CCAAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTG
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGACAGTG
* ** * * * *
87630367 TCCGGGGCTCCTACACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCAAG
65 TCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG
* * * *
87630432 GGCCGAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCA-
130 GGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * ** ** * *** *
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1 AGCACCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * * *** * *
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64 GTCCGAGGCTCCCGCATATCATAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CC
* * * * *
87630599 GAGGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-
127 AAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * ** ** *
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1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGT
* * * * ** * * *
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66 CCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGG--CTC-C-C--GCAC
* * * *
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123 G-ACCAAGG-GCCTA-GGTTGC-CGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * * * ** * **
87630822 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGT
1 AGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * ** ** **
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64 -GTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * ** * *
87630946 TCATAGTACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGACCCTCTCGCACGACCA-
125 CCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
** * * * * * * *** * * * **
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1 AGCACCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * ** * * ** * * * *
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64 -GTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGAC
*** * * * *
87631117 CATATCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAA
126 CA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCAT
* * * * * * ** * ** *
87631163 AG-GCCTAGGTTACCAATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGC
1 AGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * * * ** ** * * * *
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64 GTCCGAGGCTCCCGCAT-ATCATAGCACCGAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-
* ** * * * *
87631287 CCTAGCACCAAGG-TCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGATCCA-
125 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CAT
* ** * * * * ** * * * *
87631332 AGCACCAAATTGCCGTTGGTGTCTGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGG-GGCCGATACT
1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGACAGT
* * * *
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* * * * *
87631460 AGGGCCGAGG-TGTCGATGGTGGCCGAGGC-CCACGTACGACCA-
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** * ** * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * *
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** * * ** *
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * **
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1 AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGACAGTG
* * * * * *
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** * * * **
87631970 GCACC-AAGTTGTCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCG
129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * **
87632011 AGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTG
1 AG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTG
* * * * * *
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** * * *
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129 GGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
* * * ** * ***
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* * * ** *** *
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* * * *
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Statistics
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GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCAT
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* ** *
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* * * * * * *
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*** * ** * ** *
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* * ** ** * * * * ** * **
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* * * * * ** * * *
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* * ** * * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* ** *
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* * * ** * * * * *
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* ** * * * * ** ** * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
* *
87625201 CACT-TCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCAAGGGCCGAGG-TGC
66 CA-TATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC
87625264 CGA
130 CGA
87625267 TGGTGGCCGA
Statistics
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CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
CATATCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCC
GACAGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
GACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCACCGAGGTG
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87625932 GTGCCCGAGG
* * *
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* * * *
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*
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66 GGGGCCGATA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTCCCGCACATCCAAGCACCAAATTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGA
GGGGCCGATAT
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*
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* * **
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*
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87626249 NNNNNNNNNN
Statistics
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* * **
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* * *** * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
87626367 NNNNNNNNNN
* * *
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* *
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** * * *
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*
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64 AGGTGCCGATGGCGCCAGAGGC
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1 TC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
84 2 0.03
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GTGCCGATGGCGCCAGAGGC
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* * * *
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* ** *
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* * *
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1 GAGGCTC
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Statistics
Matches: 73, Mismatches: 16, Indels: 6
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Found at i:87626624 original size:59 final size:59
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*
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1 GC
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Statistics
Matches: 60, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:87626758 original size:85 final size:84
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87626625 TAGTTTGCTC
* * * * *
87626635 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
*
87626700 TCCAAGCACCAAGTTGCCG
66 TCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * *
87626719 TTGGAGTCCGAGGCTCCCGTATATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* *
87626784 ATCCGAGCCACCAAGGAGCCG
65 ATCCAAG-CACCAAGGTGCCG
* * * *
87626805 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGATCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-AT-CC-TA-G--CA---CCG-AGG-TGCCGATAGTGCCCGAG
** * *
87626870 GCTCCCAAACGT-CATAGCACCGAGGTGCCG
55 GCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * ** ** * * *
87626900 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* *
87626964 CATCGAAGCACCAAGTTGCCG
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** *
87626985 TTGGAGTCCGAGGCTCTTGCACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* *
87627050 ATCCGAGCCACCAAGGGGCCG
65 ATCCAAG-CACCAAGGTGCCG
* * ** * * *
87627071 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* ** ***
87627136 ACCAAGGGCCTATTTTGCCG
66 TCCAAGCACC-AAGGTGCCG
** * ** * * * *
87627156 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAG--CTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCC--TAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
** *
87627219 ACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
63 AC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
* * * * * * *
87627242 ATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCGAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGTTCCCGCACG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
* ** ** *
87627307 A-CCATGGGCGTAGGTTGCTG
65 ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * * *
87627327 ACAGTGTCTGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
** *
87627392 A-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
65 ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
* ** ** *
87627412 ATGGTG-CCAAGGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCAT
1 ATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA-
* ** ** *
87627476 GA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
64 CATCCAAGCACCAAG-GTGC-CG
* * * * * *
87627497 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGTGGGCTTAGTTTG-CTGATGG-T
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCC----G-ATAG--TGCCCGA-GGCT
**
87627560 GCCCG-AGGC-TCCTGCGCTACCAAAGGCTTAGTTTGCCG
58 -CCCGCA--CATCC-AAGC-ACC-AA-G----G--TGCCG
* * * * ** * * *
87627598 ATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* ** *
87627662 C-TACCAAAG-GCTTAGTTTGCCG
64 CAT-CC-AAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * ** * * *
87627684 ATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* *
87627748 TAT-CATAGCACCGAGGTGCCG
64 CATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * * * * *
87627769 ATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCAATGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
*
87627833 CATCGAAGCACCAAGGTGCCG
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** ** * * * * *
87627854 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCATAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCGAG-GTGC-CGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
*
87627917 ACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* ** * * * * *
87627939 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * * *
87628003 CATCCCAGCACCTAGGGGCTG
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * * **
87628024 ATGGT-CGCCGAGGCACCCGCGCGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCAAAGGCTCCCGC
1 ATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* *
87628087 ACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* *** * * * ** * * * * *
87628109 ATGGCGCCCGAGGCTCTTACA-AGACCAAGGACTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCTAGCACCGAG-GTGC-CGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
*
87628172 ACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * * *
87628194 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT-CAACGTACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTA-GCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* *
87628258 ATCCTAGCCACCGAGGTGCCG
65 ATCCAAG-CACCAAGGTGCCG
** * ** *
87628279 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGGTGCCG-ATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** * *
87628343 CGA-CCAAGGGCCGAAGGGGCGG
64 C-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCG
* **********************************************
87628365 A-GGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATGGTG-------------CCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCG
* ** *
87628429 NGG-TGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
53 AGGCT-CCCG---------CAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
* * * * * * *
87628471 ATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
* ** ** *
87628536 A-CCATGGGCGTAGGTTACCG
65 ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * * * *
87628556 ACAGTGTCTGA-GCTCTCGCACAT-CTGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCT-A-GCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** *
87628619 CGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
64 C-ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * ** * *
87628640 ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGA-GGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** ** *
87628704 CGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCG
64 C-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * * ** * * * *
87628726 ATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTGCTGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* *
87628791 TTCCAAGCACCAAGGTGTCG
65 ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * ** * * *
87628811 ATGGTGCTCGAGGC-CCCGCACGA-CCAAG-GGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGATCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCG-AGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* *
87628873 ACGT-CATAGCACCGAGGTGCCG
63 ACATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* ** * * *
87628895 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAAGGTCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGG-CTCCCGC
* *
87628958 ACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** ** * * * *
87628980 ATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** ** * *
87629044 CGA-CCAAGGGCTTAGTTTACCG
64 C-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * ** * * *
87629066 ATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* *
87629130 TAT-CATAGCACCGAGGTGCCG
64 CATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * * * * *
87629151 ATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGTCCGAGGCTCCTGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * *
87629215 AAT-CATATCACCGAGGTGCCG
64 CATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * ** * * *
87629236 ATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** ***
87629300 GA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
65 -ATCCAAGCACC-AAGGTGCCG
* * ** ** * * *
87629321 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAG--GCT--CC
* *
87629385 CACACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
60 CGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * * * * * *
87629410 ATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTATA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* *
87629475 TCCTAGCCACCGAGGTGCCG
66 TCCAAG-CACCAAGGTGCCG
** * * * * * *
87629495 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCTATGGTGCCCGACGCTCCCGGAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** **
87629560 GA-CCAAGGGCTGAGGTGCCG
65 -ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
** * ** * ** *
87629580 ATGGTGGTCGAGGACT-CCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGA-GGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* ** ** *
87629643 A-AGACCAAGGGCTTAGTTTGCCG
63 ACA-TCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * *** * *
87629666 ATGGTG-CCAAAG----C-CTC-T-C-A-CA-CGNTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
** ** *
87629720 A-CCAAGGGCTTAGTTTGCCG
65 ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * ** * * * *
87629740 ATGGTGCCCGAGCCTCTCAGGC-GA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTC-C-CGCACATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
*
87629803 ACATCCAAGCACCAAGGTACCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* ** * *
87629825 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CC-ATG-GGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTA-GCACCG-AGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
87629887 CACGT-CATAGCACCGAGGTGTCG
62 CACATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * ** * * * *
87629910 ATGGTGCCAGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAAGGGCTCCCGT
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGA-GGCTCCCGC
* *
87629973 ACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** ** * * * * *
87629995 ATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCGAG-GTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** ** * *
87630059 CGA-CCAAGGGCTTAGTTTACCG
64 C-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * ** * * * *
87630081 ATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
*
87630145 CATCCAAGCACCAAGGTGTCG
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** * * * *
87630166 ATGGTGCTCGAGCCTCACGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGTA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * *
87630230 TAT-CATAGAACCGAGGTGCCG
64 CATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * ** * * *
87630251 ATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
*
87630315 CATCGAAGCACCAAGGCT-CC-
64 CATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *** * ** * * * * ** *
87630335 -TGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTCATGGT-G-TCCGGGGCTCCTACACATCCTAGCACCAAG
1 ATG-GTGCCCGA-GGC-T--CCCGCACATCCTAGCACCGAGG-TGC--C-GATAGT-GC-CCGAG
* ** * * * * *
87630397 G-TGCCG-ATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACG-ACC-
55 GCTCCCGCA-CAT--CC-AAG--CACCAAGGTGCCG
* * ** * * * * **
87630429 AAGG-G-CCGAGG-TGCCG-ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGAT
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CAT--CCTA-G-CACCG-A-G-----GTGCCGATAGTG-----
*
87630490 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCG
49 ----CCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** *
87630530 TTGGAGTCCGAGGCTCTCGCACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACCGCCTGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* *
87630595 ATCTGAGGCACCAAGGTGCCG
65 ATC-CAAGCACCAAGGTGCCG
* ** * * *
87630616 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** ***
87630680 GA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
65 -ATCCAAGCACC-AAGGTGCCG
* * * ** * * * *
87630701 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
*
87630765 CATCCAAGCACCAAGGCGCCGATGGTG
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCC------G
* * ** * * * * *
87630792 CTCATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGTTCTC
1 ---ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCC
87630856 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
61 GCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
** * ** * **
87630880 ATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCGTAGGTTGCCGACAGTGTTCGAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCG-AGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* *
87630943 ACAT-CATAGTACCGAGGTGCCG
63 ACATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
** * * ** * * * * * * *
87630965 ATGGTGCCCGACCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTACGTTGCCGATGGTACTCGAGGTTCTCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGA-GGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * *
87631029 CATCCAAACACCAATGTGCCT
64 CATCCAAGCACCAAGGTGCCG
** * ** * * * * *
87631050 ATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGTCCGAGGCTCCTGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * *
87631114 AAT-CATATCACCGAGGTGCCG
64 CATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * * * * * *
87631135 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAAG-GCCTAGGTTACCAATGGTGCCCAAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCC-TAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* *
87631198 ACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** ** * * * * *
87631220 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGTATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCGAG-GTGC-CGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* *
87631283 ACATCCTAGCACCAAGGTCCCG
63 ACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * * * *
87631305 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGATCCAAGCACCAAATTGCCGTTGGTGTCTGAGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* * *
87631370 TCCTAGCCACCGAGGGGCCG
66 TCCAAG-CACCAAGGTGCCG
** * *
87631390 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** * *
87631455 GA-CCAAGGGCCGAGGTGTCG
65 -ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * ** *
87631475 ATGGTGGCCGAGGC-CCACGTACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCC-CGCAC-ATCCTAGCACCGA-GGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGC
* * ** ** * *
87631538 GCGA-CCAGGGGCTTAGTTTGTCG
63 AC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * * ** * *
87631561 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGG-TGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA
** *
87631625 CGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
64 C-ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * ** * *
87631646 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** *
87631710 GA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
65 -ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * ** * *
87631730 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** *
87631794 GA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
65 -ATCCAAGCACCAAGG-TGCCG
* * ** * * * *
87631815 ATGGGGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C
** ** *
87631880 A-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
65 ATCCAAGCACCAAG-GTGC-CG
* * * * * *
87631900 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* *
87631965 TCCAAGCACCAAGTTGTCG
66 TCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * *
87631984 TTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** *
87632049 GA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
65 -ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * *
87632069 ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
*
87632134 TCCTAGCACCAAGGTGCCG
66 TCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * *
87632153 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCTGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
*
87632218 TCCAAGCACCAAGTTGCCG
66 TCCAAGCACCAAGGTGCCG
* ** * * ** *
87632237 TTGGTGTTCGAAGCTCCCGCACATCCGAGCCACCGAGGTGCCGATACAGCCCGAGGCTCTCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCGAGGTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** *
87632302 GA-CCAAGGTCCGAGGTGCCG
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87629783 ATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* ** **
87629825 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CC-ATGGGCGTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTA-GCACCAAGG-TGCCG
** * * * * *
87629868 ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87629910 ATGGTGCCAGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * ** *
87629953 ATGGTG-CCAAGGGCTCCCGTACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGA-GGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** ** * *
87629995 ATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCAAG-GTGCCG
* * * ** ** * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * ** * *
87630081 ATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * *
87630124 ATGGTGCCCGAGGGTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** *
87630166 ATGGTGCTCGAGCCTCACGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * * * *
87630209 ACAGTGTCCGAGGCTCCCGTATATCATAGAACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87630251 ATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* **
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * * * * * *
87630335 -TGCATGACCAAGGGCT----TA-GT--TTGC-TCATGGTGTCCG
1 ATG-GTGCCCGA-GGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTG-CCG
* ** *
87630371 --GG-GCTCCTACACAT-CC-TAGCA-CC-------AAGGTGCCG
1 ATGGTGC-CCGAGGC-TCCCGCA-CATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87630403 ATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ***
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
*** *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCT-A-GCACCAAGGTGCCG
* ** *
87630616 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ***
87630658 ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* * * ** *
87630701 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *
87630744 ATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGCGCCGATGGTG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCC------G
* * ** *
87630792 CTCATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ---ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *
87630838 ATGGTGCCCAAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
** * ** **
87630880 ATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCGTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** ** * * *
87630923 ACAGTGTTCGAGGCTCCCGCACATCATAGTACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
** * * ** * *
87630965 ATGGTGCCCGACCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTACGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* * * * * * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
** * ** * *
87631050 ATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * * * *
87631093 ACAGTGTCCGAGGCTCCTGCAAATCATATCACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * *
87631135 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAAG-GCCTAGGTTACCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCC-TAGCACCAAGG-TGCCG
* ** *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** ** *
87631220 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGTATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCAAG-GTGC-CG
* * * *
87631263 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTCCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * **
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * *
87631347 TTGGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGGGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
**
87631390 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* ** * *
87631433 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ***
87631475 ATGGTGGCCGAGGC-CCACGTACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCC-CGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* ** ** * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTA-GCACCAAG-GTGCCG
* * * ** *
87631561 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* ** *
87631604 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87631688 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87631730 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87631772 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * ** *
87631815 ATGGGGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** ** *
87631857 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCAAG-GTGC-CG
* * * *
87631900 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGCGCCG
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* * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * *
87631984 TTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* * ** *
87632027 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* ** * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
*** * * ** *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * **
87632322 ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CC-AACGGTCTATTTAGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGC-ACCAAGGT-GCCG
* * ** ** ** *
87632365 ATGGTGCCCGATGCTCCCGCGCGA-CAAAGTGCTTAGTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAG-GTGCCG
* * * ** *
87632408 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *
87632451 ATGGCGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** *
87632493 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * * * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* ** * *
87632578 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * ** * *
87632621 ATTGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCTG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** ** *
87632663 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCTAGCACCAAG-GTGC-CG
* * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * *
87632748 ATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAGATCCAAGCACCAAGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
** * *
87632833 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGCGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* * ** *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** *** *
87632918 ATTGTGGCCGAGGAC-CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* * ** ** *
87632961 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGCTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCTAGCACCAAG-GTGCCG
** * * * * ** *
87633004 ATGGTGCCAAAGCCTCTCACACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *
87633047 ATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGTACCAAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * ** *
87633089 ATCGTGCTCAAGGCTTCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** * * **
87633132 ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT-CTGAGGCTCCCGCACACCCTAGCCACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCT-A-G--CAC-CA-A-GGT-G---CCG
* * * * *
87633184 A-GGT-ACCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCTG
1 ATGGTGCCCG--A-GGCTC-------CCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* * * * *****
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ***
87633276 ATGGTGGCCGAGGAC-CCCGCGCGA-CCAAGGTCCTATTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* * ** ** * *
87633319 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTACCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCTAGCACCAAG-GTGCCG
** * * * * ** *
87633362 ATGGTGCCAAAGCCTCTCACACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* * * *
87633405 ATGGTGCTCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** *
87633447 ATCGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * *
87633490 ACAGTGTCCGAGGCTCCCGTACATCATAGCACCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * ** * * *
87633532 ATGGTGCCCGAGGCTGCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAG-GTGCCG
* * * * *
87633575 ATGGTGCCCCAGTCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGGGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * *** *
87633617 ATGGT-CACCGAGGCTCCCGGACGA-CCAATGGC-CTATTTTACCG
1 ATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCAC-ATCC--TAGCACCAAGGTGCCG
* * ** ** *
87633660 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCTAGCACCAAG-GTGCCG
* * *
87633703 ATGGTGCCTGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * *
87633745 TTGGTGTCTGTGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGGGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
**
87633788 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* ** *
87633831 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ***
87633873 ATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACC-AAGGTGCCG
* ** *
87633916 ATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCGAAGCACCAAGGTGTCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * *
87633958 ATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGA-CCAAGGGCCAAGGTTGGCT
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
** * * * * *
87634001 ACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATATCATAGCGCCGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* ** *
87634043 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCG
* ** **
87634086 ATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACTGAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
* * * * ** ** *
87634128 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCTAGCACCAAG-GTGC-CG
* * * *
87634171 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCCCCAAGGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
*
87634213 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT-CTAAGCACCCAA-TTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCT-AGCA-CCAAGGTGCCG
* * * * * *
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1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
** * * *
87634298 ATACTGCCCGAGGCCCCCGCACATCCGAGCCACCAAAGTGCCG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCG
* *
87634341 GTGGTGCCCGATGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
87634363 GACCCAGGGC
Statistics
Matches: 5709, Mismatches: 1564, Indels: 825
0.70 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 4 0.00
33 16 0.00
34 24 0.00
35 12 0.00
36 4 0.00
37 3 0.00
38 3 0.00
39 1 0.00
40 10 0.00
41 80 0.01
42 2409 0.42
43 2866 0.50
44 57 0.01
45 13 0.00
46 20 0.00
47 14 0.00
48 8 0.00
49 14 0.00
50 12 0.00
51 41 0.01
52 33 0.01
53 36 0.01
54 1 0.00
55 1 0.00
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57 4 0.00
58 2 0.00
59 8 0.00
60 10 0.00
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
Found at i:87627793 original size:485 final size:465
Alignment explanation
Indices: 87626757--87632768 Score: 1577
Period size: 467 Copynumber: 12.7 Consensus size: 465
87626747 GCCACCGAGG
* * * * *
87626757 TGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGAGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGA-G----
**
87626822 CGCACGATCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCAAACGTCATAG
60 -G--C--TCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAG
* * *
87626887 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCC
120 CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCA
* * * * * * * * *
87626952 GAGGCTCTCGCACATCGAAGCACCAAGTTGCCG-TTGGAGTCCGAGGCTCTTGCACATCCTAGCC
185 G-GGCTCCCGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCA-CCCGAGGCTCCTGCAGA-CCAAG-G
* * * ** * *
87627016 ACCGAG-GTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGGGCCGATGGTGCCC
246 GCCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAG-CACCAAGGGGCCGATGGTGCCC
* *
87627080 GAGGCTCCCGCACAACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGC
309 GAGGCTCCCGCACAACCAAAGGCCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGC
** *
87627145 CTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGA
374 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGA
87627210 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
439 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
87627237 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCGAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGTTCCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* *
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66 GCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTGC
* *
87627367 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCAAGGGCTCCCGC
131 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCC-AGGGCTCCCGC
* *
87627432 ACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC
195 ACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTTTGC-C
* *
87627497 -ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGTGGGCTTAGTTTGCTGATGGTG
258 GATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAA------G-GGGC--------C-GATGGTG
* * * ** * * *
87627561 CCCGAGGCTCCTGCGCTACCAAAGGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGA-GCCTCTCGCACGACCA
306 CCCGAGGCTCCCGCACAACCAAAGGCCGAG-GTGCCGATGGTGACCGAGGCC-CCCGCACAACCA
87627625 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCT-ACCAA-AGGCTTAGTTTGCCGATGG
369 AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCG-TAACCAATA-GCTTAGTTTGCCGATGG
87627688 TGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
432 TGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* * *
87627722 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGGGGCTCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * * * ** * * * * *
87627786 TGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCAATGCTCCCGCACATCGA-AGCACCAAGGT
65 CGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTC-ATAGCACCGAGGT
* * * *
87627850 GCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCATAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCC
129 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGC-CGATGGTG-CCAGGGCTCC
* ** * ** *
87627914 TGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTG
192 CGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTTTG
* * *
87627979 CCGATGGTGCTCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCTAGGGGCTGATGGT-CGCCGAGGCACCCG
256 CCGATGGTGC-CGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCG
* * * * * * * * ** *
87628043 CGCGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGG-TG
319 CACAACCAAAGGCCGAGG-TGCCGATGGTGACC-GAGGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTG
* *** * * * * *
87628106 CCGATGGCGCCCGAGGCTCTTAC-AAGACCAA-GGACTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTC
382 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTA-ACCAATAG-CTTAGTTTGC-CGATGGTGACCGAGCCTC
* ** *
87628168 -CTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-
444 TC-GCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
87628189 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT-CAACGTACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAA-GCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
** * * * * **
87628253 CGCAC-ATCC-TAGCCACCG-AGG-TGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCG
65 CGCACGA-CCAT-G--GGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCG
** * *
87628313 AGGTGCCGAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGA-AG-GGGCGGA-GGGGNNNNN
125 AGGTGCCG-ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-C-ATAGTTTGCCGATGGTG-----
************************************** **
87628375 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGCCCGAG
182 ------------------CCAGGGCTCCCGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAG
* * * *
87628440 CCT-CTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGG-TTCTCGCACATCCAAGCAC
229 GCTCCT-GCA-GACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCT-GCACATCCCAGCAC
* * * * * * * ** * *
87628503 CAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACC-ATGGGCGTAGGTTACCGACAGTGTCTGA
290 CAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAAGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGACCGA
* * * ** * * * *** **
87628567 -GCTCTCGCACATCTGAGGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCAAGGGC
353 GGCCCCCGCACAACCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGC
** * * * **
87628630 CGAG-GTGCCGATGGTGGCCGAGGCC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
417 TTAGTTTGCCGATGGTGACCGA-GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * ** ** * * *
87628678 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGCGCCCGAGCCTC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * * * ** * * * *
87628742 TCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTGCTGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACTTCCA-AGCACCAAGG
64 CCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGT-CATAGCACCGAGG
* * * * ** *
87628806 TGTCGATGGTGCTCGAGGC-CCCGCACGACCAAGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCC-GAGGATC
128 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTG-CCAG-GGCTC
* * * ** * *
87628869 CCGCACGTC-ATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
191 CCGCACATCGA-AGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTT
* * ** * * * * *
87628933 TGCCGATGGTGCCAAGGTCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCT
254 TGCCGATGGTGCCGAGG-CTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
** * ** * * * * * * * * *
87628998 GCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTA
318 GCACAACCAAAGGCCGAG-GTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * *** ** * * ** * * *
87629063 CCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCG
382 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCG
* * ** *
87629128 CA-TATCATAGCACCGAGG-
447 CACGACCA-AGGGCCTAGGT
** * * ** * * ** *
87629146 TGCCGATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGTCCGAGGCTC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * *** ** * * * **
87629210 CTGCA-AATCATATCACCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCA-AGGGCCGA
64 CCGCACGA-C-CATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGA
* * * * *
87629271 GGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
126 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GGCT
* * ** ** * * ** * * * **
87629336 CCCGCGCGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT-CTCGCCCACACATCCTAGCA
190 CCCGCAC-ATCGAAGCACCAAG-GTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCT-G----CAGA-CCAAGGG
* * * * ** * * *
87629399 CCAAG-GTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGA
247 CCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGA
* * * * * ** * * * * **
87629463 GGCTCCCGTATATCC-TAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCA
311 GGCTCCCGCACAACCAAAG--GCCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAG-GG
* * * ** * * **
87629527 CCAAGG-TGCCTATGGTGCCCGACGCTCCCG-G-ACGACCAAGGGCTGAG-GTGCCGATGGTGGT
373 CCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTA--ACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGAC
* **
87629588 CGAGGACTC-CGCACGACCAAGGGCCTATTT
436 CGA-GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * ** ** * * *
87629618 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-CCAAAGC-C
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * ** * * * ** **
87629680 TCTCAC-A-C----G-NT---TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCA-AGGGCTTAGT
64 CCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGAG-
* * * * * * * *
87629734 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCAG-GCGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTT
127 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GGCT
* * * * ** * * * * *
87629798 CTCGCACATCCAAGCACCAAGGTACCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGT
190 CCCGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTT
** * * ** * * * *
87629863 TGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTGTCGATGGTGCCAGAGGCTCCC
254 TGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * * * * * * ** *
87629928 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCAAGGGCTCCCGTACATCGAAGCACCGAGG-T
318 GCACAACCAAAGGCCGAGG-TGCCGATGGTGACCGA-GGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTT
* * * * * ** * * *
87629991 GCCGATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTC-C
381 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTC
* * *
87630055 TGCGCGACCAAGGGCTTAGTT
446 -GCACGACCAAGGGCCTAGGT
* ** * * * ** * * *
87630076 TACCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGGTC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* ** ** * ** * * * ** *
87630140 CCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTG-CTCGAGCCTCACGCACGACCA-AGGGCCTA
64 CCGCACGA-CCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTC-CGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGA
** * * * * ** ** * *
87630201 GGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGTA-TATCATAGAACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGG
126 GG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GG
* *
87630264 CTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCA-CC
188 CT--C-C-CG--C-A----C-A---T--CGA---AGCACCAAGG-TGCCG---AT---AGCACCC
* * * * *
87630327 AAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTACACATCCTAGC
226 GAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTTTGC-CGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGC
* * * * *
87630391 ACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGA
288 ACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACCAAAGGCCGAGGTGCCGATGGTGACCGA
* ** ** * *
87630456 GGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCA-C
353 GGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAA-TAGC
** * * * * * ** *
87630520 CAAG-TTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCTCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGG-
417 TTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGT
* ** * * * *
87630568 TGCCGATACCGCCTGAGGCTCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATC-CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * * * ** * *
87630633 CGCACGACCAAGGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCA-AGGGCCTATT
65 CGCACGACCATGGG-CGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGA-G
* * * * * * *
87630695 TTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTC
127 GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GGCTC
* * * * * *
87630760 TCGCACATCCAAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCTCATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGG
191 CCGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGAT--AG--CA-----CCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGG
* * * * * **
87630825 GCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGG-TTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTC
246 GCCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCT-GCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCC
* * ** ** * *
87630889 GAGGCTCCCGCACGACC-AAGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTTCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAG
309 GAGGCTCCCGCACAACCAAAGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCA-AG
** * ** * *** ** *
87630952 TACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGACCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTACG-TTGCCGATGGT-A
371 GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTA-GTTTGCCGATGGTGA
** *** * *
87631014 CTCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAACACCAATG-
435 C-CGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* ** ** ** * * ** *
87631045 TGCCTATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGTCCGAGGCTC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * *** ** * * * * *
87631109 CTGCA-AATCATATCACCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAAG-GCCTA
64 CCGCACGA-C-CATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGA
* * * * ** ** * * *
87631170 GGTTACCAATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGG
126 GG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GG
* * * * ** ** * * *** * * * **
87631233 CTCCTGTATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACC
188 CTCCCGCA-CATCGAAGCACCAAG-GTGC-CGATAGCACCCGAGGCTCCTGCAGA-CCAAGGGCC
* * * * * * *** * * *
87631296 AAG-GTCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAGATCCAAGCACCAAATTGCCGTTGGTGTCTGAGG
249 TAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGG
* * * * ** * * * * **
87631360 CTCCCGCACATCC-TAGCCACCGAGGGGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACC
313 CTCCCGCACAACCAAAG--GCCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAG-GGCC
* *** ** ** * * *
87631424 AAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGTCGATGGTGGCCGAG
375 TAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGA-
* * **
87631487 GCC-CACGTACGACCAAGGGCCTATTT
439 GCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * ** ** * * *
87631513 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGA-CCAGGGGCTTAGTTTGTCGATGGTGCCCGAGCCTC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
* * * ** * * **
87631577 TCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCGAGG
64 CCGCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG-TCATAGCACCGAGG
* ** * * *
87631641 TGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGACGCTCC
128 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GGCTCC
* ** * * ** * * * *
87631705 CGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GT
192 CGCAC-ATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTTT
* * * ** * * * *
87631768 GCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGGGCCCAAGGCTCC
255 GCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCAC-ATCCCAGCACCAAGG-GGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* * * * * * * ** * *
87631832 CGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTT
317 CGCACAACCAAAG-GCCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTT
* * * ** * ** ** * *
87631896 GCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCC--TAGCACCAAG-GCGCCGATGGTGCCCGAGGCT
381 GC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAG--CTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCT
* ** *
87631957 CCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGT
443 CTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGT
* *** * * * *
87631979 TGTCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCC
* ** * * * * *
87632044 CGCACGACCAAGGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACATCCTAGCACCAAGGT
65 CGCACGACCATGGG-CGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGT
* ** * *
87632107 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCA-AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
129 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAG-GGCTC
** * ** * * ** *
87632169 CCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCTGCACATCCAAGCACCAAG-TT
191 CCGCACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCAGA-CCAAGGGCCTAGTTT
* * * * * * * *** *
87632233 GCCGTTGGTGTTCGAAGCTCCCGCACATCCGAGCCACCGAGGTGCCGATACAGCCCGAGGCTCTC
255 GCCGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAG-CACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * * * *
87632298 GCACGACC-AAGGTCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAACGGTCTA-TTTA
318 GCACAACCAAAGG-CCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTT-
* ** * *
87632361 GCCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCGCGACAAAGT-GCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCT
381 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGTAACCAA-TAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCT
87632425 CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
445 CGCACGACCAAGGGCCTAGGT
** * * * * *
87632446 TGCCGATGGCGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCC
1 TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
* * * **
87632511 GCACGACCAAGGGCCG-AGGTTGCCGATAGTGTCCGAGGCTCCTGCATATCATAGCACCGAGGTG
66 GCACGACCATGGG-CGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTG
* * * * * *
87632575 CCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATTGTGCCCAAGGCTCCCG
130 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTG-CCAGGGCTCCCG
* * * * *
87632640 CACATCGAAGCACCGAGGTGCTGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCT
194 CACATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCA-GACCAAGGGCCTAGTTTGC-
* * * *
87632705 C-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA
257 CGATGGTG-CCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
87632769 GATCCAAGCA
Statistics
Matches: 4179, Mismatches: 1056, Indels: 606
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
457 59 0.01
458 155 0.04
459 5 0.00
460 7 0.00
461 56 0.01
462 67 0.02
463 2 0.00
464 9 0.00
465 247 0.06
466 164 0.04
467 619 0.15
468 612 0.15
469 426 0.10
470 18 0.00
471 29 0.01
472 164 0.04
473 27 0.01
474 8 0.00
475 6 0.00
476 49 0.01
477 245 0.06
478 66 0.02
479 22 0.01
480 30 0.01
481 1 0.00
482 1 0.00
483 2 0.00
484 39 0.01
485 356 0.09
486 6 0.00
487 11 0.00
488 73 0.02
489 191 0.05
490 71 0.02
491 6 0.00
492 165 0.04
493 163 0.04
494 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (465 bp):
TGCCGACAGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
GCACGACCATGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACGTCATAGCACCGAGGTGC
CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCATAGTTTGCCGATGGTGCCAGGGCTCCCGCA
CATCGAAGCACCAAGGTGCCGATAGCACCCGAGGCTCCTGCAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGAT
GGTGCCGAGGCTCCTGCACATCCCAGCACCAAGGGGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAACC
AAAGGCCGAGGTGCCGATGGTGACCGAGGCCCCCGCACAACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
CCCGAGGCTCCCGCGTAACCAATAGCTTAGTTTGCCGATGGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAA
GGGCCTAGGT
Found at i:87629033 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 87628430--87635500 Score: 3285
Period size: 128 Copynumber: 55.5 Consensus size: 127
87628420 NNNNNNNNNN
* * * * *
87628430 GGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * * * * *
87628494 TCCAAGCACCAAGGTGCTGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGGCGTAGGTTACCGAC
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * ** * * *
87628558 AGTGTCTGA-GCTCTCGCAC-ATCTGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * **
87628621 ACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** * * * * *
87628685 GGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGCGCCCGAGCCTCTCGCACAA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * ** ** * *
87628750 CCAAGGGCCTAGGTTGCTGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACTTCCAAGCACCAAGG-TGTCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** * *
87628813 GGTGCTCGAGGC-CCCGCACGACCAAGGG-CGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGATCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** *
87628876 -TCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
64 ACCA-AGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * ** * * * *
87628940 GGTG-CCAAGGTCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATG
1 GGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * * *
87629003 ACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTACCGAT
64 ACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * ** * *
87629068 GGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA-TA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * * * *
87629132 TCATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGGGGCTCCTGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGAC
65 CCA-AGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * * *** *
87629196 AGTGTCCGAGGCTCCTGCA-AATCATATCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * * **
87629260 CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGAT
65 CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** * * *
87629323 GGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCCCAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-C-CGCAC
* * ** * * ** *
87629388 ACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCC
63 -GA-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCC
*
87629451 GTT
125 GAT
* * * * * ** **
87629454 GGAGTCCGAGGCTCCCGTA-TATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** * * * *
87629517 ATCCGAGCCACCAAGGTGCCTATGGTGCCCGACGCTCCCGGACGACCAAGGG-CTGAGG-TGCCG
64 A-CCAAG-GGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCT-AGGTTGCCG
87629580 AT
126 AT
** * ** *
87629582 GGTGGTCGAGGACT-CCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAG
1 GGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGACCAAGGGCCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * * *
87629646 ACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTG-CCAAAGC-CTCTCAC-A-C----G-NT---TTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** * * * *
87629699 GGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCAG-GCG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CCGCACG
* * ** * *
87629763 ACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TACCGA
64 ACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
87629826 T
127 T
* * ** *
87629827 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCATGGG-CGTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCG-AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** * * *
87629891 -TCATAGCACCGAGGTGTCGATGGTGCCAGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
64 ACCA-AGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * ** * * * *
87629955 GGTG-CCAAGGGCTCCCGTAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCCGATAGCGCCCGAGGCTCCTGCATG
1 GGTGCCCGA-GGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * * * *
87630018 ACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTACCGAT
64 ACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * * *
87630083 GGTGACCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCCGAGGGTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * * * *
87630147 TCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGCCTCACGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAC
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * * ** *
87630211 AGTGTCCGAGGCTCCCGTA-TATCATAGAACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCACGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * ** * *
87630275 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCAAGGCT-CC--T
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * ** *** * * * ** *
87630336 GCATGACCAAGGGCT-TAGTTTG-CTC-A-TG--G-TGT-CCG--GG-GCTCCTACACAT-CC-T
1 G-GTGCCCGA-GGCTCCCGCACGAC-CAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGC-TCCCGC
* * * ** * * * * *
87630388 A-GCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGA-GGCTCCCCCA--CGACC-AAGGGCCGAGGTGCCGATG
61 ACG-ACCAAGG-GCCTA-GGTG-CCGATGG-TGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG-GCCTA-G
*
87630448 GTGGCCGA-
119 GTTGCCGAT
* **
87630456 -G-G--C----C-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * * * * * ** *
87630511 TCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCTCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGG-TGCCGA
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGA
87630574 T
127 T
*** * ** * *
87630575 ACCGCCTGAGGCTCCCGCAC-ATCTGAGGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * **
87630639 ACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * *
87630703 GGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGG--CTC-C-C--
* * * *
87630768 CCAAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCTC-ATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGG
59 GCACG-ACCAAGG-GCCTA-GGTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
87630832 TTGCCGAT
120 TTGCCGAT
* * * ** * **
87630840 GGTGCCCAAGGTTCTCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** ** * ** *
87630904 CCAAGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTTCGAGGCTCCCGCAC-ATCATAGTACCGAGG-TGCCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGAT
** * * * * * * *
87630967 GGTGCCCGACCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTACGTTGCCGATGGTACTCGAGGTTCTCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
*** * * * ** * *
87631031 TCCAAACACCAATGTGCCTATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTACCGAC
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * * ***
87631095 AGTGTCCGAGGCTCCTGCA-AATCATATCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * * * * ** *
87631159 CCAAAGGCCTAGGTTACCAATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * ** * * * *
87631222 GGCGCCCGAGGCTCCTGTATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** * * ** ** *
87631285 ATCCTAGCACCAAGGTCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-GATCCAAGCACC-AAATTGCCGT
64 A-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
87631348 T
127 T
* * * ** * **
87631349 GGTGTCTGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGGGGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** * * *
87631412 ATCCTAGTCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGTCGA
64 A-CCAAG-GGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
87631476 T
127 T
* * * ** *
87631477 GGTGGCCGAGGC-CCACGTACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCG
1 GGTGCCCGAGGCTCC-CGCACGACCAAGGGCCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * *
87631541 ACCAGGGGCTTAGTTTGTCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
*
87631606 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGAC
* * *
87631671 CAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGAT
66 CAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* *
87631732 GGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGAC
* * * ** *
87631797 CAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGGGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGAT
66 CAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * ** * * * *
87631859 GGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* ** * * ** * * *
87631922 ATCCTAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGTCGT
64 A-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
87631985 T
127 T
* * ** * *
87631986 GGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * ** *
87632050 ACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** *
87632113 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * * ** * *
87632176 TCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCTGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTT
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
** * * ** *** *
87632239 GGTGTTCGAAGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCGAGGTGCCGATACAGCCCGAGGCTCTCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * * *
87632303 ACCAAGGTCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAACGGTCTA-TTTAGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT-GCCGAT
* * * * ** * * *
87632367 GGTGCCCGATGCTCCCGCGCGACAAAGTGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * ** * *
87632432 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGCGCCCGAGGTTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * *
87632495 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATAGTGTCCGAGGCTCCTGCA-TA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * *
87632559 TCATAGCACCGAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGAT
65 CCA-AGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * ** * * * *
87632623 TGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGGTGCTGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * * * * * ** *
87632687 CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGA
65 CCAAGGGCCTAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
87632749 T
127 T
* ** * * * * *
87632750 GGTGCTCGAGGCTCCCGCA-GATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * ** * ** * *
87632813 TCCTAGCCACCGAGGTGCCAATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGG-CGCCG
65 -CCAAG-GGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCG
87632876 AT
126 AT
* * * *
87632878 GGTGCCCGTGGCTCCCGCACGACCAAGGTCCGAGGTGCCGATTGTGGCCGAGGAC-CCCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGA
** * * * *
87632942 CCAAGGGCCTATTTTGTCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCTTAGCTTGCCGAT
65 CCAAGGGCCTA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
** * * * * *
87633006 GGTGCCAAAGCCTCTCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * * * * *
87633070 TCCAAGTACCAAGGTGTCGATCGTGCTCAAGGCTTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAC
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * ** * ** *
87633134 AGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCTGAGGCTCCCGCACACCCTAGCCACCGA-GGTACCGATACT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG--GCCG---A-GGT-G---CCGATGGTGCC----C-
* * ** * * * * *
87633197 GCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGGTGCTGGTGGTGCCCGA-CCTCTCGCACGACC
50 G--AG--GCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACC
*
87633260 AAGGG-TTGAGG-TGCCGAT
109 AAGGGCCT-AGGTTGCCGAT
* * * * ** *
87633278 GGTGGCCGAGGAC-CCCGCGCGACCAAGGTCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAG
1 GGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGACCAAGGGCCGA-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * ** * * *
87633342 ACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCAAAGCCTCTCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * ** * * * *
87633407 GGTGCTCGAGGTTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGTCGATCGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * ** *
87633471 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCATAGCACCGAGG-TGCCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * * * *
87633534 GGTGCCCGAGGCTGCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGTCGATGGTGCCCCAGTCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * * * ** *
87633598 TCCCAGCACCTAGGGGCCGATGGT-CACCGAGGCTCCCGGACGACCAATGGCCTATTTTACCGAT
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* ** * *
87633662 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
** * * * * * * * ** * *
87633726 TCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCTGTGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGG-GGCCGA
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGA
87633789 T
127 T
** * ** *
87633790 ACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGTCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * **
87633854 ACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGAT
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * ** * * * *
87633918 GGTGCCCGAGGTTCCCGCAC-ATCGAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * * ** * * * * *
87633982 CCAAGGGCCAAGGTTGGCTACAGTGTCCGAGGCTCCCGCA-TATCATAGCGCCGAGG-TGCCGAT
65 CCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGAT
* *
87634045 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* * * * * *
87634109 TCGAA--GCACTGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-
65 -CCAAGGGC-CT-AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CG
87634171 AT
126 AT
* * * * ** *
87634173 GGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCCCCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA
* ** * ** * * * * * ** * *
87634236 TCTAAGCACCCAATTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCTAGCCACCGAGG-TACCGA
65 -CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGA
87634299 T
127 T
** * * ** * * * *
87634300 ACTGCCCGAGGCCCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAAGTGCCGGTGGTGCCCGATGCTCCCGCACG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACG
* * * * * * ** * * * *
87634364 ACCCAGGGCCGAGGTGCCNG-CGGACGCACCCCA-CCTCAGGCTCGA-GAGGGGGCC-ACG-T--
64 ACCAAGGGCCTAGGTGCC-GATGG-TG--CCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGC
*
87634422 CG-G
124 CGAT
* * * * * * **** ** * * *
87634425 GGGGCAGCG-GATCTCTACCCCTTAAAGAGCTAA--AAAAACTTCGTCAAT-CTGCTACC-AGGA
1 GGTGC-CCGAG-GCTC--CCGC---ACGA-CCAAGGGCCGAGGT-GCCGATGGTGC--CCGAGG-
* * * * * ** * * * * *** *
87634485 AACAT-TCGTATGTCTAA--AAC--GGGGAC-ACT-TTTCTTTA-G--CCCGCA--ATCCGAGGC
54 --C-TCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGA-TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-
* ** ** *
87634538 ACCAGGGTGCCCCTGCT
113 GCCTAGGT-TGCC-GAT
* * ** * * * ** * * * *
87634555 GCT--CGGAGCATCCGCACATC--CAATGTTCTAG-GTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
1 GGTGCCCGAGGCTCC-CGCA-CGACCAAGGGC-CGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
** * * * ** * * * * * *
87634615 -ATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTTGAGGCTCTCGCA-TATCCGAGGCACCAAGG-TACC
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* * *
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* * *
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* * * *
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127 T
* * *
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* * * ** * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * *
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127 T
* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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** * * *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * * ** *
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* ** *
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* ** *
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* * ** * * ** *
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* * *
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*
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* * * * *
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** * **
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*** * ** * * ** *
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* * * * *
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* * *
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** * *
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* * ** * * *
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* * *
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** * * * ** *
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*
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** * * *
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** * * ** *
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* * * * *
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* * * ** **
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* *
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*
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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* *
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* * * * ** * *
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* ** ** * * *
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* ** ** * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** * * *
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* ** * * ** * * * * *** *
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* **
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* * ** *
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* ** ** * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * **
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* * * * *
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** ** * **
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* * * * * *
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*** * * *
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* * * ** *
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* * ** * * *
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* * ** ** * * ** * *
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* ** *
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* * * ** * * * *
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* * ** ** * * * * * * *
87630017 GACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCTGCGCGACCAAGGGCTTAGTTTACCGA
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* * * ** * *
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* ** * * * * *
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* ** * ** * * * * ** *
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* ** *
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* * ** * *
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** ** * * * ** * ** *
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* **
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* * **
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*** * * * *
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* * *
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* ** * ** * *
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* *
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* * * *
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* ** * **
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** *
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** * * * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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* * * * * *
87631266 GTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGTCCCGAT
129 GTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
** ** * * *
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* * ** * ** *
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** *
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**
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* ** *
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130 TGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGAT
* * * ** * * * *
87631817 GGGGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-C
* ** ** * * * * * ** * *
87631880 ACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-CGCCG
64 ATCAAGCACCGAG-GTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCG
* * * *
87631942 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGTCGTT
126 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * ** * *
87631986 GGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* ** * * * ** *
87632049 GACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGA
64 -ATCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
* *
87632112 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* ** * * *
87632155 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCTGCACA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* * * ** * * ** *
87632218 TCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTTCGAAGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCGAGG-TGCCGA
65 T-CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGA
*** * **
87632281 TACAGCCCGAGGCTCTCGCACGA-CCAAGGTCCGAGGTGCCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * * * * * *
87632324 GGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAACGGTCTA-TTTAGCCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCGCG
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTT-GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-
** ** * * *
87632388 A-CAAAGTGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
64 ATC-AAGCACCGAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
* * * *
87632452 TGGCGCCCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * * * * *
87632495 GGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTTGCCGATAGTGTCCGAGGCTCCTGCATAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * *
87632560 CATAGCACCGAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATTG
66 CA-AGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGG
* * *
87632625 TGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCTGAT
130 TGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * * * * * * *
87632665 GGCGCCCGAGGCTCCTGCATGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* * * ** * *
87632729 TCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCA-GATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTT
65 T-CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * *
87632792 GGAGTCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGTGCCAAT
128 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGAT
** * ** * * *
87632835 ACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGG-CGCCGATGGTGCCCGTGGCTCCCGCAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* ** * * ** *
87632898 GACCAAGGTCCGAGGTGCCGATTGTGGCCGAGGAC-CCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGTCGA
64 -ATCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
* ** ** *
87632962 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGCTTGCCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCAAGCACCGAG-GTGCCGAT
** * * * *
87633006 GGTGCCAAAGCCTCTCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * * * * * *
87633071 CCAAGTACCAAGGTGTCGATCGTGCTCAAGGCTTCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAG
66 -CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCG--A-
* * *
87633136 TGTCCGAGGCTCCCGCACATCTGAGGCTCCCGCACACCCTAGCCACCGAGGTACCGAT
127 --T----GG-T---GC-C--C-GAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCGAGGTGCCGAT
** * ** * * * * *
87633194 ACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAGG-TGCTGGTGGTGCCCGA-CCTCTCGCAC
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
* **** * * * **
87633256 GACCAAGGGTTGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGAC-CCCGCGCGACCAAGGTCCTATTTTGCCGA
64 -ATCAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
* ** ** * *
87633320 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTACCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCAAGCACCGAG-GTGCCGAT
** * * * * *
87633364 GGTGCCAAAGCCTCTCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCTCGAGGTTCCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * * * **
87633429 CCAAGCACCAAGGTGTCGATCGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAG
66 -CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGG
* *
87633494 TGTCCGAGGCTCCCGTACAT-CATAGCACCGAGGTGCCGAT
130 TGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCGAGGTGCCGAT
* * * * *
87633534 GGTGCCCGAGGCTGCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGTCGATGGTGCCCCAGTCTCCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * * * * ** *
87633599 CCCAGCACCTAGGGGCCGATGGT-CACCGAGGCTCCCGGACGACCAATGGCCTATTTTACCGATG
66 -CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATG
* ** ** *
87633663 GTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGAT
129 GTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCAAGCACCGAG-GTGCCGAT
* ** * * * * *
87633705 GGTGCCTGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCTGTGGCTCCCGCACA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* * ** * ** *
87633768 TCCTAGCCACCGAGGGGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGTCACCAAGG-TGCCG
65 T-CAAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCG
**
87633831 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGAT
126 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * ** *
87633875 GGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * * * * * * **
87633940 CGAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCAAGGTTGGCTACAG
66 C-AAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGG
* * *
87634005 TGTCCGAGGCTCCCGCATAT-CATAGCGCCGAGGTGCCGAT
130 TGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCGAGGTGCCGAT
*
87634045 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
* * * * * *
87634110 CGAAGCACTGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATG
66 C-AAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGC-CGATG
* * * * * *
87634174 GTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCCCCAAGGTGCCGAT
129 GTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* ** * * * * * *
87634215 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCTAAGCACCCA-ATTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTACA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
* * ** * * ** * *
87634278 TCCTAGCCACCGAGGTACCGATACTGCCCGAGGCCCCCGCAC-ATCCGAGCCACCAAAG-TGCCG
65 T-CAAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-GGCCTAGGTTGCCG
* * * ** *
87634341 GTGGTGCCCGATGCTCCCGCACGA-CCCAGGGCCGAGGTGCCNG-C
126 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGGTGCC-GAT
* * * ** * * * * * * * *
87634385 GGACGCACCCCA-CCTCAGGCTCGA-GAGGGGGCC-ACG-T--CG-GGGGGCAGCG-GATCTCTA
1 GG-TG--CCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CCGAG-GCTC--
* * *** ** * * * * * * * *
87634442 CC-C-CTTAAAGAGCTAAAAAAACTTCGTCAAT-CTGCTACC-AGGAAACAT-TCGTATGTCTAA
58 CCGCACAT-CA-AGC---ACCGAGGT-GCCGATGGTGC--CCGAGG---C-TCCCGCACGACCAA
** * * * * *** * **
87634502 --AAC--GG-GGAC-ACT-TTTCTTTA-G--CCCGCA-ATCCGAGGCACC-AGGGTGCCCCT
111 GGGCCTAGGTTGCCGA-TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCC-AAGCACCGA-GGTGCCGAT
* * * ** * *
87634552 GCTGCTCG-GAGCAT-CCGCAC-ATCCAATGTTCTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCA
1 GGTGCCCGAG-GC-TCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
* * * ** * * * * * *
87634614 CATCCAAGCACCAAGGTGCCAATGCTGCTTGAGGCTCTCGCA-TATCCGAGGCACCAAGG-TACC
63 CAT-CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCC
* * ** * *
87634677 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGA-CAAAGGGCCTAGGTTACCGAT
125 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGCACCGAGG-TGCCGAT
** * * * *
87634723 GGTGCCTAAGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCCCACACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
* ** * * * * ** **
87634788 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCCCACTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TGCCGA
65 TCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-ACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGA
* ** * *
87634851 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAGGGGCCTAGTTGCCGAT
127 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * *
87634894 GGTGCCGGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
* * ** * * *
87634958 CCAGGGGCCTAGGTTGCCGA---TG---GAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGGTG
65 TCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATG
* ** * ** * *
87635017 GT-ACCGAGGCTCGTGCACGA-CCAGGGGCCTAGGTTGTCGAT
129 GTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGAT
** * * * * * * *
87635058 CCTG-CCGAGACTTCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGATGTCTGAGGCTTCCGCACAT
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
** * * * * * * *
87635122 CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGCTGTCCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCGCCAAGG-TACCGAT
66 -CAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * *
87635185 GGTGTCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGGGA-CTAGGTTGCCGAT
128 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAA-GCACCGAGG-TGCCGAT
* * *
87635228 GGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
** * * *
87635292 -CAAAG-GGCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGAT
65 TC-AAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * ** *
87635355 GGTG-CCGAGGCTCTCGCACGA-CAAAG-GGCTAGGTTGCCGAT
128 GGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCGAGG-TGCCGAT
* * * *
87635396 GGTGCCTGAGGCTCCCGTAGGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA
1 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-A
* ** * * * ** ** * * *
87635461 CCAAGGTCCTAGGTTGCCAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC-ATCCTCGCACCAAGG-TGCTGGT
65 TCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGAT
* * * *
87635523 GGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCTGAT
128 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
* * * * *
87635565 GGT-CACCGAGGCTCCTC-AACAACCAAGAGCCTAGTTTGCTGATGGTG
1 GGTGC-CCGAGGCTCC-CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG
87635612 TTCGAGGTGT
Statistics
Matches: 5392, Mismatches: 1284, Indels: 673
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
151 32 0.01
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ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (169 bp):
GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT
CAAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGT
GCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCGAGGTGCCGAT
Found at i:87633674 original size:213 final size:208
Alignment explanation
Indices: 87633314--87634107 Score: 723
Period size: 213 Copynumber: 3.7 Consensus size: 208
87633304 GGTCCTATTT
* ** * * ** * *
87633314 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTGCCAAAGCCTCT
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCAAG-TTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCC
* * ** * * * ** * *
87633379 CACACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCTCGAGGTTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG
64 CGCAC-ATCCTAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGT
* * * * **
87633442 TGTCGATCGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
126 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
* *
87633507 CGTACATCATAGCACCGAGG
190 CGCACATCA-AGCACCAAGG
* * * * *
87633527 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTGCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGTCGATGGTGCCCCAGTCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGACCAAGGGCCAAG-TTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCC
* * * * * *
87633592 CGCACATCCCAGCACCTAGGGGCCGATGGT-CACCGAGGCTCCCGGACGACCAATGGCCTATTTT
64 CGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-CCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTT
* * *
87633656 ACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCC
127 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCC-GAGGCTCCC
*
87633721 GCACATCCAAGCACCAAGT
191 GCACAT-CAAGCACCAAGG
* * * * * ** * ** *
87633740 TGCCGTTGGTGTCTGTGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGGGGCCGATACTGCCCGAGGCTC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCT-CCGCACGA-CCAAG-GGCCAAGTTGCCGATAGTGCCCGAGGCTC
* *
87633804 CCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGT
63 CCGCACATCCTAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTT
* * * *
87633869 GCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCC
127 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCC
87633934 GCACATCGAAGCACCAAGG
191 GCACATC-AAGCACCAAGG
* * * * * *
87633953 TGTCGATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGACCAAGGGCCAAGGTTGGCTACAGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTC-CGCACGACCAAGGGCCAA-GTTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCC
* * * *
87634018 CGCATATCATAGCGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTG
64 CGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTG
*
87634083 CCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC
128 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
87634108 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 93, Indels: 32
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
211 1 0.00
212 82 0.17
213 338 0.72
214 50 0.11
215 1 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (208 bp):
TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCGCACGACCAAGGGCCAAGTTGCCGATAGTGCCCGAGGCTCCCG
CACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCG
ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGCACA
TCAAGCACCAAGG
Found at i:87634348 original size:255 final size:254
Alignment explanation
Indices: 87630361--87634381 Score: 1620
Period size: 255 Copynumber: 15.7 Consensus size: 254
87630351 TAGTTTGCTC
* * ** * * * * *
87630361 ATGGTGTCCGGGGCTCCTACACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCCCACG
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-
* ** ** * * ** ***
87630426 A-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCG
65 ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCG
* * * * * * *
87630488 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCTCGCAC
128 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCA-
* * ** * * *** * * *
87630552 A-TCCTAGCCACCGAG-GTGCCGATACCGCCTGAGGCTCCCGCACATCTGAGGCACCAAGGTGCC
191 AGACCAAG-GGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATC-CAAGCACCAAGGTGCC
87630615 G
254 G
** * * * * *
87630616 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
* ** * ** ** * * ** *
87630680 GA-CCAAG-GGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
65 -ATCCTAGCCACCGA-GGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGC
* * * *
87630742 CGATGGTGCCCGAGGTTCTCGCACATCCAAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCTC-ATGGTGCCCGA
126 CGATGGTGCCCGAGG--CTC-C-C--GCACG-ACCAA-GCACCGA-GGTGC-CGATGGCGCCCGA
* * * * * * *
87630806 GGCTCCCGTACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGTTCTCGCACATCCAAGCACC
181 GGCCCCCGCAAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACC
87630871 AAGGTGCCG
246 AAGGTGCCG
** ** * * *** *
87630880 ATGGTGGTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCGTAGGTTGCCGACAGTGTTCGAGGCTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCAC-CAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCA
* * ** ** * ** * *
87630944 CATCATAG-TACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTACGTTGCC
64 CATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCC
* * * * * * * * * ** *
87631007 GATGGTACTCGAGGTTCTCGCAC-ATCCAAACACCAATGTGCCTATGGTGGTCGAGGCTCCCGCA
127 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCA
* * * ** * * * * *
87631071 CGACCAAGGGCCTAGGTTACCGACAGTGTCCGAGGCTCCTGCAAAT-CATATCACCGAGGTGCCG
191 AGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCG
* * * ** * *
87631135 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAAGGC-CTAGGTTACCAATGGTGCCCAAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCC-AA-GCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGC
** * * * * ** ** *
87631198 ACATCGAAG-CACCGAGGTGCCGATGGC-GCCCGAGGCTCCTGTATGA-CCAAGGGCTTAGTTTG
63 ACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGAT-ACTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGCACCAAG-GTG
* * * * * * * *
87631260 CTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACCAAGGTCCCGATGGTGCCCGAGGCTCCC
125 C-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCC
** ** * * * * * *
87631323 GC-AGATCCAAGCACC-AAATTGCCGTTGGTGTCTGAGGCTCCCGCACATCCTAGCCACCGAGGG
188 GCAAGA-CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGT
87631386 GCCG
251 GCCG
** * * * *
87631390 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
* ** * ** * * ** ***
87631455 GA-CCAAG-GGCCGAGGTGTCGATGGTGGCCGAGGC-CCACGTACGA-CCAAGGGCCTATTTTGC
65 -ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCC-CGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGC
* * ** ** * * * *
87631516 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCGCGACCAGGGGCTTAGTTTGTCGATGGTGCCCGA-GCCTCTCG
126 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCC-CCCG
* * ** *
87631580 CACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGC
189 CAAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGC
87631644 CG
253 CG
* ** * * * * *
87631646 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
* ** ** * ** *
87631710 GA-CCAAG-GGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTGCCG
65 -ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* ** * * * *
87631772 ATGGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGGGCCCAAGGCTCCCGCAC
128 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGG-TGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCA-
* * ** * * * * * ** ** *
87631837 A-TCGAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCT
191 AGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGCACCAAG-GTGC-
87631899 C-
253 CG
* * * * ** * *
87631900 ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCACCAAGGCGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA
* * * * * ** * *
87631965 TCCAAG-CACCAAGTTGTCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGAT
66 TCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGAT
* ** * * *
87632029 GGTGCCCGACGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACA-T
130 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCA-AGA
* ** * * *
87632093 CCTAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCG
194 CCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * *
87632153 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CCTGAGGCTCCTGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCC-GAGGCTCCCGCAC
* * * * ** ** * * *
87632217 ATCCAAG-CACCAAGTTGCCGTTGGTGTTCGAAGCTCCCGCACATCCGAGCCACCGAGGTGCCGA
65 ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGA
*** * ** * * *
87632281 TACAGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAAGGTCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA
129 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCAAGA
* * * * * ** ** *
87632346 CCAACGGTCTA-TTTAGCCGATGGTGCCCGATGCTCCCGCGCGA-CAAAGTGCTTAGTTTGCCG
194 CCAAGGGCCTAGTTT-GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCG
* * ** * * * * *
87632408 ATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGCGCCCGAGGTTCCCGCA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCA
* * * ** * ** *
87632472 CATCCAAG-CACCAAGGTGTCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCGAGGTTGCC
64 CATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCC
* * * * * * * *
87632535 GATAGTGTCCGAGGCTCCTGCA-TATCATAGCACCGAGGTGCCAATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA
127 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCA-AGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCA
* * * * * * * *
87632599 CGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATTGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCTG
191 AGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * ** ** * * *
87632663 ATGGCGCCCGAGGCTCCTGCATGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-CATCCAAGCACCAAG-TTGC-CGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGC
* ** * * *
87632726 ACATCCTAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCAGATCCAAGCACCAAGTTGCCG
63 ACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * * * * * *
87632790 TTGGAGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCTAGCCACCGAGGTGCCAAT-ACTGCCCGAGGCTCCCGC
128 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAG-CACCGAGGTGCCGATGGC-GCCCGAGGCCCCCGC
* * ** * ** * ** *
87632853 ACA-TCCGAGCCACCAAG-GCGCCGATGGTGCCCGTGGCTCCCGCACGA-CCAAGGTCCGAGGTG
190 A-AGACCAAG-GGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGGTG
87632915 CCG
252 CCG
* * ** ** * * *
87632918 ATTGTGGCCGAGGAC-CCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGTCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGC
* * ** ** * ** ** * * * ** *
87632981 A-AGACCAAG-GGCTTAGCTTGCCGATGGTGCCAAAGCCTCTCACACGA-CCAAGGGCCTAGGTT
63 ACA-TCCTAGCCACCGAG-GTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-T
* * * * * * * * **
87633043 GCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCAC-ATCCAAGTACCAAGGTGTCGATCGTGCTCAAGGCTTCC
124 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCC
* *
87633107 GCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCTGAGGCTCCCGCACA
188 GCAAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCG--A---T----GG-T---GC-C--C-GAGGCTCCCGCACA
* * * *
87633172 CCCTAGCCACCGAGGTACCG
236 TCCAAG-CACCAAGGTGCCG
** * * * * * * *
87633192 ATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCTGGTGGTGCCCGA-CCTCTCGCAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
* **** ** * * ** ***
87633256 GA-CCAAG-GGTTGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGAC-CCCGCGCGA-CCAAGGTCCTATTTTGC
65 -ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGG-CTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGC
* ** ** * * * * * * *
87633317 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAAGACCAAGGGCTTAGTTTACCGATGGTG-CCAAAGCCTCTCA
126 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAG-GTGCCGATGGCGCCCGAGGCC-CCCG
* * * * *
87633381 CACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCTCGAGGTTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGTC
189 CAAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC
87633446 G
254 G
* * ** * *** *
87633447 ATCGTGCTCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGTA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCA
* ** * ** * * *
87633511 CATCATAG-CACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTGCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGTTTGTC
64 CATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCC
* * * * * * * *
87633574 GATGGTGCCCCAGTCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGGGCCGATGGTC-ACCGAGGCTCCCGG
127 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGG-CGCCCGAGGCCCCCGC
* * * * * ** ** *
87633637 ACGACCAATGGCCTATTTTACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCA-AGACCAAGGGCTTAGTTTGC
190 AAGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-TCCAAGCACCAAG-GTGC
87633701 CG
253 CG
* * *
87633703 ATGGTGCCTGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCTGTGGCTCCCGCACA
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA
* *
87633768 TCCTAGCCACCGAGGGGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCTAGTCACCAAGGTGCCGAT
66 TCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGAT
** * * *
87633833 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGAC
130 GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCAAGAC
* * * *
87633898 CAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCCGCACATCGAAGCACCAAGGTGTCG
195 CAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
* * ** * **
87633958 ATGGTGCTCGAGGCTCACGCACGA-CCAAGGGCCAAGGTTGGC-TACAGTGTCCGAGGCTCCCGC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAA-GTTGCCGT-TGGTGTCCGAGGCTCCCGC
* * * ** ** *
87634021 ATATCATAG-CGCCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGC
63 ACATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGC
* * * * *
87634084 CGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCGAAGCACTGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGC
126 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGC
* * * * * *
87634148 AAGACCAAGGGCTTAGTTTGCTC-ATGGTGTCCGGGGCTCCTGCACATCCTAGCCCCAAGGTGCC
190 AAGACCAAGGGCCTAGTTTGC-CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCC
87634212 G
254 G
* * *
87634213 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCTAAGCACCCAA-TTGCCGTTGGAGTCCGAGGCTCCCGTAC
1 ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCA-CCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
* * * * *
87634277 ATCCTAGCCACCGAGGTACCGATACTGCCCGAGGCCCCCGCACATCCGAGCCACCAAAGTGCCGG
65 ATCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGA
* * **
87634342 TGGTGCCCGATGCTCCCGCACGACCCAGGGCCGAGGTGCC
129 TGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGGTGCC
87634382 NGCGGACGCA
Statistics
Matches: 2930, Mismatches: 679, Indels: 314
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
252 3 0.00
253 221 0.08
254 354 0.12
255 1212 0.41
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257 80 0.03
258 7 0.00
259 1 0.00
260 4 0.00
261 1 0.00
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268 1 0.00
269 2 0.00
270 1 0.00
271 1 0.00
272 68 0.02
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274 45 0.02
275 3 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.35, G:0.31, T:0.16
Consensus pattern (254 bp):
ATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGTTGGTGTCCGAGGCTCCCGCACA
TCCTAGCCACCGAGGTGCCGATACTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATG
GTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCCCCCGCAAGACC
AAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCG
Found at i:87634949 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 87634675--87635500 Score: 948
Period size: 84 Copynumber: 9.8 Consensus size: 85
87634665 CACCAAGGTA
* * * * *
87634675 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACAAAGGGCCTAGGTTACCGATGGTGCCTAAGGCTCCCA
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC-GAGGCTCCCG
87634740 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * * *
87634761 CCGATGGTGTCCAAGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCCCA
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCG
** **
87634826 CTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TG
65 C-ACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
*
87634847 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCGGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC-GAGGCTCCCG
*
87634911 CACGACCAGGGGCCTAGG-TG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* *
87634931 CCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGA---TG--GAGGCTCCCGC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
*
87634991 ACGACCAGGGGCCTAGGTTG
66 ACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * ** * * ** * *
87635011 CCGGTGGT-ACCGAGGCTCGTGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGTCGATCCTGCCGAGACTTCCGC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
*
87635075 ACGACCAGGGGCCTAGGTTG
66 ACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * * *
87635095 CCGATGATGTCTGAGGCTTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGCTGTCCGAGGCTCCC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCC
* * * *
87635159 GTAC-ATCCAAGCGCCAAGG-TA
64 GCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTG
* * *
87635180 CCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGGACTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCG
87635245 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * *
87635266 CGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCCCG
87635329 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * *
87635350 CGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGCCTGAGGCTCCCG
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC-GAGGCTCCCG
* *
87635413 TAGGACCAAGGGCCTAGGTTG
65 CACGACCAAGGGCCTAGGTTG
* * * *
87635434 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGTCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAGGCTCTCGC
1 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
87635499 AC
66 AC
87635501 ATCCTCGCAC
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 71, Indels: 45
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
79 62 0.10
80 9 0.01
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83 2 0.00
84 225 0.35
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87 13 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAGGCTCCCGC
ACGACCAAGGGCCTAGGTTG
Found at i:87635528 original size:127 final size:128
Alignment explanation
Indices: 87634582--87635500 Score: 948
Period size: 127 Copynumber: 7.3 Consensus size: 128
87634572 ATCCAATGTT
* ** * * * *
87634582 CTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTTG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGC-CG
* * * * * * * * *
87634645 AGGCTCTCGCA-TATCCGAGGCACCAAGG-TACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACAAAGG
64 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGG-GCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGG
87634708 GC
127 GC
* * * *
87634710 CTAGGTTACCGATGGTG-CCTAAGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCA
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCG
* * * *
87634774 AGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCCCACTAC-ATCCAAGC
64 AGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGC-ACGA-CCAAGG
*
87634838 AC
127 GC
** * *
87634840 GAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCGGA
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC-GA
* * * *
87634903 GGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGC
65 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
87634966 CTAGGTTGCCGA---TG---GAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGGTGGTACCGAG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAG
** * * ** * * *
87635025 GCTCGTGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGTCGATCCTG-CCGAGACTTCCGCACGACCAGGGGC
66 GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * * *
87635087 CTAGGTTGCCGATGATGTCTGAGGCTTCCGCAC-ATCCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGCTGTCCG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTG-CCG
* * * * *
87635151 AGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCGCCAAGG-TACCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGG
64 AGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG
*
87635214 A
128 C
*
87635215 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTGCCGAG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAG
* *
87635280 GCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
66 GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* * *
87635342 CTAGGTTGCGGATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGCCTGA
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCC-GA
* * * * *
87635405 GGCTCCCGTAGGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGTC
65 GGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
* *
87635469 CTAGGTTGCCAATGGTG-CCGAGGCTCTCGCAC
1 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC
87635501 ATCCTCGCAC
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 99, Indels: 59
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
121 86 0.13
122 21 0.03
124 4 0.01
125 18 0.03
126 55 0.08
127 211 0.32
128 175 0.26
129 80 0.12
130 13 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (128 bp):
CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCGAG
GCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
Found at i:87635576 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 87634582--87635578 Score: 640
Period size: 211 Copynumber: 4.7 Consensus size: 211
87634572 ATCCAATGTT
* * ** * * *
87634582 CTAGGTTGCCTATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCAATGCTGCTTG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTGC-CG
* * * * * * * *
87634645 AGGCTCTCGCA-TATCCGAGGCACCAAGG-TACCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCATGACAAAGG
64 AGGCTCTCGCACGA--CAAAG-ACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGACCAAGC
* * * * * * * * *
87634708 GCCTAGGTTACCGATGGTGCCTAAGGCTCCCACACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
126 ACCAAGGTTGCGGATGGTACC-GAGGCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGTCC
* ** *
87634773 AAGGCTCCCACACGACCAAGGGC
189 GAGGCTCCCGTACGACCAAGGGA
* * * ** ** *
87634796 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCAAGGCTCCCACTAC-ATCCAAGCACGAAGG-TGCCGATGGTGCCC
1 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-ACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTG-CC
* ** * * ** * **
87634859 GAGGCTCCCGCACGACCAGGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCGGAGGCTCCCGCACGACCAGGGG
63 GAGGCTCTCGCACGA-CAAAGACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGACCAAGCA
* * * * *
87634923 CCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCTCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGA---TG---G
127 CCAAGGTTGCGGATGGT-ACCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGTCCG
* * *
87634981 AGGCTCCCGCACGACCAGGGGC
190 AGGCTCCCGTACGACCAAGGGA
* * ** * * * **
87635003 CTAGGTTGCCGGTGGT-ACCGAGGCTCGTGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGTCGATCCTGCCGAG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAG
* ** * * * * ** * **
87635067 ACT-TCCGCACGACCAGGGGCCTAGGTTGCCGATGATGTCTGAGGCTTCCGCAC-ATCCAAGGGC
66 GCTCT-CGCACGA-CAAAGACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCAC
* * * * * * * *
87635130 CTAGGTTGCCGATGCTGT-CCGAGGCTCCCGTAC-ATCCAAGCGCCAAGG-TACCGATGGTGTCC
128 CAAGGTTGCGGATG--GTACCGAGGCTCTCGCACGA-CAAAG-GGCTAGGTTGCCGATGGTGTCC
87635192 GAGGCTCCCGTACGACCAAGGGA
189 GAGGCTCCCGTACGACCAAGGGA
* **
87635215 CTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCGGATGGTGCCGAG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAG
** * * * ** *
87635280 GCTCTCGCACGACAAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA
66 GCTCTCGCACGACAAAGACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAA
*
87635345 GGTTGCGGATGGTGCCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTG-CCTGAGGCT
131 GGTTGCGGATGGTACCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTGTCC-GAGGCT
* *
87635409 CCCGTAGGACCAAGGGC
195 CCCGTACGACCAAGGGA
* *
87635426 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGACCAAGGTCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAG
1 CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAG
*** * * *
87635491 GCTCTCGCAC-ATCCTCGCACCAAGG-TGCTGGTGGTGCCCAAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCAC
66 GCTCTCGCACGA-CAAAG-ACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGA-CCAAGCAC
*
87635553 CAAGG-TGCTGATGGTCACCGAGGCTC
128 CAAGGTTGCGGATGGT-ACCGAGGCTC
87635579 CTCAACAACC
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 103, Indels: 67
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
205 36 0.06
206 61 0.09
207 64 0.10
208 1 0.00
209 4 0.01
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211 161 0.25
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213 91 0.14
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215 40 0.06
216 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.31, G:0.33, T:0.17
Consensus pattern (211 bp):
CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCAATGGTGCCGAG
GCTCTCGCACGACAAAGACCAAGGTTGCCGATGGTGCCCAAGGCTCCCGCACGACCAAGCACCAA
GGTTGCGGATGGTACCGAGGCTCTCGCACGACAAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTC
CCGTACGACCAAGGGA
Found at i:87635577 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 87635436--87635579 Score: 132
Period size: 42 Copynumber: 3.4 Consensus size: 42
87635426 CTAGGTTGCC
* * ** * *
87635436 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGTACGA-CCAAGGTCCTAGGTTGCC
1 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCGAGCACCAAGG-TGCT
* * **
87635479 AATGGTG-CCGAGGCTCTCGCACATCCTCGCACCAAGGTGCT
1 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCT
* *
87635520 GGTGGTGCCCAAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCT
1 GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCT
87635562 GATGGT-CACCGAGGCTCC
1 GATGGTGC-CCGAGGCTCC
87635580 TCAACAACCA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 17, Indels: 7
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 10 0.12
42 65 0.80
43 6 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCACCAAGGTGCT
Found at i:87637297 original size:13 final size:13
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Indices: 87637279--87637308 Score: 60
Period size: 13 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
87637269 CTGTTCGTCG
87637279 CCCGGGGAAGGCC
1 CCCGGGGAAGGCC
87637292 CCCGGGGAAGGCC
1 CCCGGGGAAGGCC
87637305 CCCG
1 CCCG
87637309 TGATGAACAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 17 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.43, G:0.43, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
CCCGGGGAAGGCC
Found at i:87651891 original size:85 final size:84
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Indices: 87651715--87652597 Score: 873
Period size: 85 Copynumber: 10.4 Consensus size: 84
87651705 CCAGGCACCA
* *
87651715 AGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGC
1 AGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
** * ** *
87651780 TCCCGCACCTCCTAGCCACCG
65 TCCCGCACGACCAAG-GGCCT
* *
87651801 AGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
*
87651866 TCCCGCACGACCAAGGGCCG
65 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * ** *** *
87651886 AGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGA-CCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGC
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACC-AAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG
* *
87651950 CTCTCGCACGACCAAGGGTCT
64 CTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * * *
87651971 AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCACGAGGC
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
*
87652036 TCCCGCACGACAAAGGGCCT
65 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * * * * *
87652056 AGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGC
1 AG-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
87652121 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
65 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
** ** ** *
87652141 ATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAG
1 A-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAG
* *
87652205 CCTCTCGCACGACCAAGGGCCT
63 GCTCCCGCACGACCAAGGGCCT
* * * * * *
87652227 AGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGC
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGC
87652292 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
65 TCCCGCACGACCAAGGGCCT
** * * *
87652312 AGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCA-AGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGG
87652376 CTCCCGCACGACCAAGGGCCT
64 CTCCCGCACGACCAAGGGCCT
** *
87652397 AGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAG
1 AGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTGCCCGAG
* ** *
87652461 GCTCCCGCAC-ATCGAAGCACCG
63 GCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
* * ** ** * * *
87652483 AGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCA-ATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGG
1 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACAT-CCAAGCACCAAG-GTGCCGATGGTGCCCGAGG
* * **
87652547 CTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-
64 CTCCCGCACGA-CCAAGGGCCT
87652567 AGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
1 A-GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
87652598 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 107, Indels: 42
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 5 0.01
85 479 0.72
86 184 0.28
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (84 bp):
AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
CCCGCACGACCAAGGGCCT
Found at i:87651936 original size:128 final size:126
Alignment explanation
Indices: 87651695--87652597 Score: 886
Period size: 128 Copynumber: 7.1 Consensus size: 126
87651685 TCTTCTTTAG
* * **
87651695 CCCGCACATCCCAGGCACCAAGGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCACAT-CCAAGCACCTAGGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCAAG
* * ** * ** * *
87651760 TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACCTCCTAGCCACCGAGG-TGCCGATGCTGCCCGAGGCT
63 GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAG-GGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
87651824 CCCGCACATCCGAGCCACCAAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGG
1 CCCGCACATCCAAG-CACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCAAGG
* ** *
87651889 TGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
64 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* *** * * **
87651952 CTCGCACGA-CCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCAAG
* * * *
87652016 GTGTCGATGGT-GCACGAGGCTCCCGCACGACAAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCT
63 GTGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * ***
87652080 CCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTT
1 CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCC-AAGG
* * * *
87652145 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
64 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * * **
87652208 CTCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAG
1 CCCGCAC-ATCCAAGCACCTAGG-TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACA-CCAAGGGCCAAG
** *
87652272 GTGCCGATGGT-GCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCT
63 GTGCCGATGGTGGC-CGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * *
87652336 CCCGCCCAT-CATAGCACCGAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG
1 CCCGCACATCCA-AGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ACCAAGGGCCAAGG
*
87652400 TTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
64 -TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * * ** *
87652464 CCCGCACATCGAAGCACCGAGGTGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTT
1 CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC-ACACCAAGGGCCAAG-G
* * * * ** *
87652529 TGCCGATGGTGTCCGGGGCTCCTGCAC-ATCCTAGCACC-AGGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
64 TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
87652591 CCCGCAC
1 CCCGCAC
87652598 GACCAAGGGC
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 109, Indels: 50
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 108 0.17
128 475 0.74
129 58 0.09
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (126 bp):
CCCGCACATCCAAGCACCTAGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACACCAAGGGCCAAGGTG
CCGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
Found at i:87652066 original size:213 final size:212
Alignment explanation
Indices: 87651716--87652607 Score: 949
Period size: 213 Copynumber: 4.2 Consensus size: 212
87651706 CAGGCACCAA
** * * *
87651716 GGTGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGC
1 GGTGCCGAT-GGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGC
** * * * *
87651780 TCCCGCACCTCCTAGCCACCGAGG-TGCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCA
64 TCCCGCACGACCAAG-CACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAG-CACCA
* *
87651844 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCC
127 AGGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCT
**
87651909 CCCGCACGACCAAGGGCCTAT
192 CCCGCACGACCAAGCACCTAT
** * * *
87651930 TTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGTT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* * * * * ** *
87651995 CCGGCAC-ATCCAAGCACCAAGG-TGTCGATGGTGCACGAGGCTCCCGCACGA-CAAAGGGCCTA
65 CCCGCACGA-CCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCAAGCACCAA
* * * ** *
87652057 GTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCAC-ATCCCAGCACCTAGGAGCCGATGGTGGCCGAGGC
128 G-GTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGA-CCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGC
**
87652121 TCCCGCACGACCAAGGGCCTAT
191 TCCCGCACGACCAAGCACCTAT
** * *
87652143 TTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC-TAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
* ** * * * * *
87652208 CTCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGGACATCCAAGCACCAAGG
65 CCCGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG
* ** *
87652273 TGCCGATGGTGCTCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCC
130 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGG-TGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
* * *
87652338 CGC-CCATCATAGCACCGA-
194 CGCACGACCA-AGCACCTAT
87652356 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGG-CTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCT
** * *
87652421 CCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCGAAGCACCGAGG
65 CCCGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG
* * ** * * * *
87652486 TGCCGATGGCGCCCGAGGCTCCTGCAATACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGTCCGGGGCTCC
130 TGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAG-GTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCC
* * *
87652551 TGCAC-ATCCTAGCACC-AG
194 CGCACGA-CCAAGCACCTAT
87652569 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
1 GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGC
87652608 CTATGCTACC
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 88, Indels: 38
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
212 8 0.01
213 461 0.81
214 103 0.18
ACGTcount: A:0.18, C:0.34, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (212 bp):
GGTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTC
CCGCACGACCAAGCACCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGT
GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCTCCCG
CACGACCAAGCACCTAT
Found at i:87652181 original size:256 final size:253
Alignment explanation
Indices: 87651718--87652470 Score: 1067
Period size: 256 Copynumber: 2.9 Consensus size: 253
87651708 GGCACCAAGG
* * *
87651718 TGCCGATGGGTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCC
1 TGCCGAT-GGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTG-CCGAGGCTCC
** * ** * * * * *
87651783 CGCACCTCCTAGCCACCGAGGTGCCGATGCTGCCCGAGGCTCCCGCACATCCGAGCCACCAAGGT
64 CGCACGACCAAG-GGCCTAGTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAG-CACCAAGGT
* * * *
87651848 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCGAGGTGCCGATGGTGGCCGAGGCCCCCG
127 GCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* *
87651913 CACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGTCTAGGT
192 CACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
*
87651975 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGTCGATGGTGCACGAGGCTCCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTCCGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCCC
* * *
87652040 GCACGACAAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCTAGGAGC
65 GCACGACCAAGGGCCTAG-TTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTGC
* *
87652105 CGATGGTGGCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTATTTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
129 CGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGC
*
87652170 ACGACCAAGGGCTTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
193 ACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCACGACCAAGGGCCTAGGT
* *
87652231 TGTCGATGGTGCGCGAGGTTCTCGG-ACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGCTCGAGGCTCC
1 TGCCGATGGTGCCCGAGGTTC-CGGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTGC-CGAGGCTCC
** * ** *
87652295 CGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGACAGTGTCCGAGGCTCCCGCCCATCATAGCACCGAGGTG
64 CGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACATCCCAGCACCAAGGTG
87652360 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
128 CCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCACGACCAAGGGCCTA-GTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCG
* * *
87652425 CACGACCAAGGGCCTAGGTTGCCGATGGTGCCCGAGGCTCCCGCAC
192 CACGACCAAGGGCCTAGTTTGCCGATGGTGCCCGAGCCTCTCGCAC
87652471 ATCGAAGCAC
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 45, Indels: 11
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
255 49 0.11
256 386 0.87
257 11 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (253 bp):
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* *
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* *
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ACCGGGACGGTTCGCCGGAGCACC
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*
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* ** * * * *
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* *
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* * ** *
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1 AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGG-TGCCGATGGTCTCCG
* *
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AGGCTCCCGCACATCCAAGCACCAAGGTGCCGATGGTCTCCG
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* **
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* **
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*
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AAATATATAAAATACATTAA
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87670926 AATTTTATAT
** *
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* *
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TTTTTTG
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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** *
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*
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*
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* *
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* * *
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*
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* * *
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1 TT-TAT-ATTTTTTTAATT
*
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** *
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*
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*
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*
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GACCCACCTAATCCCCGCTATACCCGCCCTGC
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* * *
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* *
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*
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* ** *
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1 TTAAA
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* *
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* *
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*
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*
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Indices: 87698626--87698677 Score: 61
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* *
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*
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87698674 ATTT
1 ATTT
87698678 GATCAGGCCC
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Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
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87699897 TGAAATTGCT
*
87699907 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG CATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
*
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1 TATG TA
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1 AAAATTA
*
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1 AAAATTA
*
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1 AAAATTA
*
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1 AAAATTA
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1 AAAATTA
*
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1 AAAATTA
*
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1 AAAAT
87704550 ATATTTATTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
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87708413 TAAAACCAGC
87708423 GGAAGGCTCTGGTAGCTATAGGGAAGGTTTACAGTCTGGTTTTAAGCCAAGCACCGCAAGAGTTT
1 GGAAGGCTCTGGTAGCTATAGGGAAGGTTTACAGTCTGGTTTTAAGCCAAGCACCGCAAGAGTTT
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131 GGGATGATAGAGATTATAAAGCAGCTTGATCCTGTCTGTCGTGAAACTGAAATTCCGTTTTCCCG
87708618 TCTATATGGGTGTAATCTTCTCCTAAACGCCGGCAGTCTAGGTGTTCAGATAAGAGACTATACGT
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*
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*
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*
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* * * *
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* *
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CG
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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** * * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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**
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* *** * * *
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* * * *
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1 ATA ATA ATA
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ATA
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* * *
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*
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* * *
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*
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* *
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*
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* * * *
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* ** *
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* *
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*
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**
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* *
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1 AAAA
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* * *
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* *
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***
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66 ACCCAATTGAGTGCAAAAAA
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ATATATTTTTATATA
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*
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ATATTTTTAATATAAA
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* * *
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*
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* **
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*
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* *
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**
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* *
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* * **
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* *
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*
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*
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*
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1 AA
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* *
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**
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**
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* *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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*
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***
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* **
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1 ATTAATATTACAAATATAATAACA
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* * **
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1 CCC
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* *
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ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
AATTAATTTAAAATATAT
Done.