Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 50190067
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 915496 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 127 of 161
Found at i:40061748 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 40061740--40061769 Score: 60
Period size: 5 Copynumber: 6.0 Consensus size: 5
40061730 TAGTCGAATC
40061740 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
1 GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA GAAAA
40061770 ATACATCTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 25 1.00
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.20, T:0.00
Consensus pattern (5 bp):
GAAAA
Found at i:40062062 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 40062025--40062075 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
40062015 CCACATTAGC
*
40062025 TGGGCTAAGTTAATTGGGT-TTTGGTT
1 TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGGTT
*
40062051 TGGGCTAGGTTAAGTGGGTATTTGG
1 TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGG
40062076 GATCTGTTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.77
27 5 0.23
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.39, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
TGGGCTAAGTTAAGTGGGTATTTGGTT
Found at i:40064826 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 40064743--40064828 Score: 84
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
40064733 ATTACAACAT
40064743 TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
1 TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
* * * *
40064774 TC-AACATACAATTTACATAACATGAATTTTTTCA
1 TCTAA-ATA-AATTT-CATAAAAAGAA-TTTGTAA
40064808 TGCTAAATAAATTTCATAAAA
1 T-CTAAATAAATTTCATAAAA
40064829 TTTATATGCT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 10
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.05
31 5 0.11
32 5 0.11
33 15 0.34
34 11 0.25
35 4 0.09
36 2 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.12, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
TCTAAATAAATTTCATAAAAAGAATTTGTAA
Found at i:40065006 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 40064967--40065068 Score: 120
Period size: 38 Copynumber: 2.6 Consensus size: 39
40064957 TCCCCTCTTC
*
40064967 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTTCCTTTTCT
1 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCT
* *
40065006 TTCCTTCTTTTTCTTTCTTTC-C-TCTCCTTTCATTTTCT
1 TT-CTTCTTCTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCT
*
40065044 TTCATT-TTCTTTCTTTTTTTTTCTT
1 TTC-TTCTTC-TTCTTTTTTTCTCTT
40065069 TTTTCCCTCT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 9
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
37 3 0.06
38 28 0.54
39 4 0.08
40 17 0.33
ACGTcount: A:0.02, C:0.27, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (39 bp):
TTCTTCTTCTTCTTTTTTTCTCTTCTCCTTTCATTTTCT
Found at i:40065007 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 40064994--40065070 Score: 63
Period size: 10 Copynumber: 8.0 Consensus size: 10
40064984 TTCTCTTCTC
40064994 CTTTCCTTTT
1 CTTTCCTTTT
40065004 CTTTCCTTCTT
1 CTTTCCTT-TT
40065015 -TTT-C-TTT
1 CTTTCCTTTT
* *
40065022 CTTTCCTCTC
1 CTTTCCTTTT
*
40065032 CTTTCATTTT
1 CTTTCCTTTT
*
40065042 CTTTCATTTT
1 CTTTCCTTTT
40065052 CTTT-CTTTT
1 CTTTCCTTTT
* *
40065061 TTTTTCTTTT
1 CTTTCCTTTT
40065071 TTCCCTCTCC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 10
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
7 2 0.04
8 4 0.07
9 9 0.16
10 38 0.69
11 2 0.04
ACGTcount: A:0.03, C:0.26, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (10 bp):
CTTTCCTTTT
Found at i:40065175 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 40065127--40065184 Score: 71
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
40065117 ATATGGGCAT
* *
40065127 TGCCGCCTATAGGAATGGCACCATCGG
1 TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
* * *
40065154 TGCCGCCTATGGGAAAGACACCTTTGG
1 TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
40065181 TGCC
1 TGCC
40065185 TCCAGAGGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
TGCCGCCTATAGGAAAGACACCATCGG
Found at i:40065260 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 40065224--40065261 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
40065214 CACCTACAAC
*
40065224 TTTTTTTTGTCTGATTTTTG
1 TTTTTTTTGTATGATTTTTG
*
40065244 TTTTTTTTGTATTATTTT
1 TTTTTTTTGTATGATTTT
40065262 CGTAATTAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.03, G:0.11, T:0.79
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTTTGTATGATTTTTG
Found at i:40071529 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 40071475--40071549 Score: 150
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
40071465 GCCGTTATTT
40071475 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
1 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
40071514 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAA
1 GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAA
40071550 CAAGTAATTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.33, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
GCTTGGATGATTGGATGCGAGCTAAGGGATTTTCAATAG
Found at i:40075491 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 40075472--40075514 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
40075462 ATTATAGCTT
40075472 TATTTC-ATTACAACTC
1 TATTTCAATTACAACTC
*
40075488 TA-TTCAATTACAGCTC
1 TATTTCAATTACAACTC
40075504 TA-TTCAATTAC
1 TATTTCAATTAC
40075515 GTTAAACCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.12
16 22 0.88
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TATTTCAATTACAACTC
Found at i:40076474 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40076449--40076499 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
40076439 TGAAAAAAAT
*
40076449 TATTTAACCCAAATAA-CTCAAA
1 TATTAAACCCAAATAATCTC-AA
40076471 TATTAAACCCAAATAATCTCAA
1 TATTAAACCCAAATAATCTCAA
40076493 TATTAAA
1 TATTAAA
40076500 TTTGAATGAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 24 0.89
23 3 0.11
ACGTcount: A:0.51, C:0.20, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TATTAAACCCAAATAATCTCAA
Found at i:40082729 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 40082693--40082756 Score: 119
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
40082683 CAACTGGCAT
*
40082693 GTAGGGAATTTTAATTGCCAACTCTTCCAACA
1 GTAGGGAAATTTAATTGCCAACTCTTCCAACA
40082725 GTAGGGAAATTTAATTGCCAACTCTTCCAACA
1 GTAGGGAAATTTAATTGCCAACTCTTCCAACA
40082757 AGAATCTGCT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 31 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (32 bp):
GTAGGGAAATTTAATTGCCAACTCTTCCAACA
Found at i:40083992 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 40083968--40084006 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
40083958 GTTTAGTCCC
* *
40083968 TAGAGTTTTTTGGTT
1 TAGAGTTTTTAGGGT
*
40083983 TAGGGTTTTTAGGGT
1 TAGAGTTTTTAGGGT
40083998 TAGAGTTTT
1 TAGAGTTTT
40084007 GTTAAATAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.31, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
TAGAGTTTTTAGGGT
Found at i:40084181 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 40084163--40084203 Score: 66
Period size: 7 Copynumber: 6.0 Consensus size: 7
40084153 ATAATATTGT
40084163 GTTTA-G
1 GTTTAGG
*
40084169 GTTTAGA
1 GTTTAGG
40084176 GTTTAGG
1 GTTTAGG
40084183 GTTTAGG
1 GTTTAGG
40084190 GTTTAGG
1 GTTTAGG
40084197 GTTTAGG
1 GTTTAGG
40084204 AAAAATTATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.16
7 27 0.84
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.39, T:0.44
Consensus pattern (7 bp):
GTTTAGG
Found at i:40084458 original size:125 final size:124
Alignment explanation
Indices: 40084235--40084627 Score: 531
Period size: 125 Copynumber: 3.1 Consensus size: 124
40084225 GATTTTATTT
* *
40084235 TTTTTCTACAGTAGTTCCTGAAAAAATAATTTTGAGAATAC-TGTTCTGAACAAATAGTGTGAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTG-AAAAATAATTTTGAGAAGACGT-TTCTGAACAAATAGTGTGAAA
* * *
40084299 AACACTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATTGAAAAAAGCTCCCACTTGGACACTC
64 AACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
*
40084361 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAATAAATAGTGTGAAAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
*
40084426 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTTAGCAAAATTACTGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
66 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
* * * *
40084486 TTTTTCTACAGAAG-TTCTTGAAAAATTAATTTTGAGAAGACGATTAT-AAGCAAATAGTGTCAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTC-TGAAAAA-TAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAA-CAAATAGTGTGAA
* * * * * * *
40084549 AAACGATTCAAGCAGTATGCACTGTCAGCAAAACTGATGAAAAAAGCTCCCACGTCGATGCTC
63 AAACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAA-TTATGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
40084612 TTTTTCTACAGTAGTT
1 TTTTTCTACAGTAGTT
40084628 CATTTTTGGC
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 22, Indels: 11
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
124 3 0.01
125 118 0.49
126 115 0.48
127 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (124 bp):
TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
Found at i:40086998 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40086942--40086998 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
40086932 AAGAACTTCT
40086942 ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
1 ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
40086965 ATTTACTATT-AAAATATTAAAAATAA
1 ATTT--TATTAAAAATA-TAAAAAT-A
40086991 ATTTTATT
1 ATTTTATT
40086999 TTATTAAATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.13
24 10 0.33
25 11 0.37
26 5 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
Found at i:40087431 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40087389--40087431 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
40087379 GACTGGGAAA
* *
40087389 AGGAAACATATAAGGGTT
1 AGGATACATATAAGGGCT
*
40087407 AGAATACATATAAGGGCT
1 AGGATACATATAAGGGCT
40087425 AGGATAC
1 AGGATAC
40087432 GCACCTGGCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
AGGATACATATAAGGGCT
Found at i:40088027 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 40088017--40088041 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
40088007 TTATATACAT
40088017 AATACTA
1 AATACTA
40088024 AATACTA
1 AATACTA
40088031 AATACTA
1 AATACTA
40088038 AATA
1 AATA
40088042 TGAAACGACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.12, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (7 bp):
AATACTA
Found at i:40089222 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 40089188--40089257 Score: 113
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
40089178 ATTAATTAAA
40089188 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
* *
40089218 GAGAGCTTTAAGAAATTTAGGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
*
40089248 GAGAGTTTTT
1 GAGAGCTTTT
40089258 TGCCAAAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 36 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.26, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
Found at i:40094229 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40094203--40094243 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
40094193 GAACATTTGG
*
40094203 TGTATAGGCTAAAAAAGGCCT
1 TGTATAGCCTAAAAAAGGCCT
*
40094224 TGTATAGCCTAAAACAGGCC
1 TGTATAGCCTAAAAAAGGCC
40094244 CCTCGAGCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
TGTATAGCCTAAAAAAGGCCT
Found at i:40096716 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 40096678--40096709 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
40096668 ATTTCATAGT
40096678 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
40096693 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
40096708 TT
1 TT
40096710 TTTTTTACTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
TTCTATTTAAAAAGA
Found at i:40102376 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40102333--40102390 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
40102323 AGAGGGTATC
* *
40102333 TACAAATTAAATC-TCTAAGAT
1 TACAAATCATATCTTCTAAGAT
40102354 TACAAAATCATATCTTCTAAGAT
1 TAC-AAATCATATCTTCTAAGAT
* *
40102377 TGCATATCATATCT
1 TACAAATCATATCT
40102391 AAGATTGCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.10
22 18 0.58
23 10 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TACAAATCATATCTTCTAAGAT
Found at i:40103325 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 40103271--40103326 Score: 67
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
40103261 CTTATAGATA
* * *
40103271 AGCCCCTGTTGCGAACGCCTATAGGTG
1 AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
*
40103298 AGCCCCTGTATTCAAACACCTAAAGGTG
1 AGCCCCTGT-TGCAAACACCTAAAGGTG
40103326 A
1 A
40103327 ACCTTGAATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.38
28 15 0.62
ACGTcount: A:0.27, C:0.29, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
Found at i:40107233 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40107211--40107300 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
40107201 AAAGGAGAAG
40107211 TAATTTTTAAATTTTTTAA
1 TAATTTTTAAATTTTTTAA
*
40107230 TAATTTATATAAATTTTCCT-A
1 TAATTT-T-TAAATTTT-TTAA
** *
40107251 TAAGTTTCAAAATTTTTTTA
1 TAA-TTTTTAAATTTTTTAA
* *
40107271 TAA-TTCTATAATATTTTAA
1 TAATTTTTA-AATTTTTTAA
40107290 TAATTTTTAAA
1 TAATTTTTAAA
40107301 AAAATTAATA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 14
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.07
19 20 0.36
20 16 0.29
21 12 0.21
22 4 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTTAAATTTTTTAA
Found at i:40107902 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 40107874--40107917 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
40107864 TATAATTTTC
* *
40107874 TAATTTTTATAGT-TTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
40107893 TAATTCTTATAATATTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
40107913 TAATT
1 TAATT
40107918 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.50
20 11 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TAATTCTTATAATATTTTAA
Found at i:40107904 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 40107863--40107920 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 6.2 Consensus size: 9
40107853 TTATACAAAA
40107863 TTATAA-TT
1 TTATAATTT
*
40107871 TTCTAATTT
1 TTATAATTT
*
40107880 TTATAGTTT
1 TTATAATTT
*
40107889 TTAATAATTC
1 TT-ATAATTT
40107899 TTATAATATT
1 TTATAAT-TT
40107909 TTAATAATTT
1 TT-ATAATTT
40107919 TT
1 TT
40107921 GGACTTAAAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 6
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.12
9 16 0.40
10 14 0.35
11 5 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (9 bp):
TTATAATTT
Found at i:40107912 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40107863--40107917 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
40107853 TTATACAAAA
40107863 TTATAATTTTCTAAT--TT-
1 TTATAATTTT-TAATAATTC
*
40107880 TTATAGTTTTTAATAATTC
1 TTATAATTTTTAATAATTC
40107899 TTATAATATTTTAATAATT
1 TTATAAT-TTTTAATAATT
40107918 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.12
17 9 0.28
18 2 0.06
19 6 0.19
20 11 0.34
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (19 bp):
TTATAATTTTTAATAATTC
Found at i:40110024 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 40110015--40110040 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 6.5 Consensus size: 4
40110005 GGATATTAGC
40110015 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
1 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
40110041 TTAGATTAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 22 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (4 bp):
TTAA
Found at i:40113592 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 40113574--40113606 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
40113564 AATTTTGAAT
40113574 TATTTAGTGATAA
1 TATTTAGTGATAA
*
40113587 TATTTAGTGGTAA
1 TATTTAGTGATAA
40113600 TATTTAG
1 TATTTAG
40113607 GAAAAATCTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TATTTAGTGATAA
Found at i:40123183 original size:124 final size:125
Alignment explanation
Indices: 40122961--40123308 Score: 601
Period size: 125 Copynumber: 2.8 Consensus size: 125
40122951 TTTCGAGTTT
*
40122961 ACGTTTCTG-GTCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTAAA
1 ACGTTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAA
* *
40123025 ATCGCGCCCTCGTGGACTCGATTTTGCTATAGTAGGTCATGTAAAAAAT-AAATTTTTTTG
65 ATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
*
40123085 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCCTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
1 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
* *
40123150 TCGCGCCCTCGTGGACGCAATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAGAAATAAAATTTTTTTG
66 TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
40123210 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
1 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
* *
40123275 TCGTGCCCTCATGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
40123309 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 10, Indels: 3
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
124 105 0.50
125 107 0.50
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
Found at i:40124043 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 40124009--40124073 Score: 112
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
40123999 GAAGGGATGA
40124009 CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
1 CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
40124042 GTCGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGG
1 --CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGG
40124074 ATGATTGTGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 30 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.29, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
Found at i:40126505 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40126482--40126516 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
40126472 AATTTTAATT
40126482 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
40126500 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
40126517 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126505 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 40126444--40126694 Score: 376
Period size: 56 Copynumber: 4.3 Consensus size: 56
40126434 ACACTATGTA
*
40126444 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
40126500 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
40126556 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
40126612 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 ----------AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
40126677 C
56 C
*
40126678 AAATTATGTAAACTTAT
1 AAATTATGTAAAATTAT
40126695 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 4, Indels: 20
0.88 0.02 0.10
Matches are distributed among these distances:
56 126 0.70
66 55 0.30
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126552 original size:66 final size:63
Alignment explanation
Indices: 40126490--40126873 Score: 362
Period size: 56 Copynumber: 6.1 Consensus size: 63
40126480 TTAAATTAGG
*
40126490 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGG--------
1 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAA-ATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
*
40126546 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
1 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAA-ATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
* *
40126610 TCAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATT
1 TAAAATTA--TCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAA-TTTTAATTAAATTAGGTAAAA-T
40126675 ATCAAA
62 -T---A
*
40126681 TTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTA-G--
1 -TA---AAA-TTA--TCAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTTAATTAAATTAGGTA
40126743 -----A
58 AAATTA
*
40126744 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
1 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
* *
40126807 T----GTA--AAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
1 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
*
40126865 TCAAATTAT
1 TAAAATTAT
40126874 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 8, Indels: 65
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
55 19 0.07
56 81 0.29
57 21 0.07
58 36 0.13
59 5 0.02
62 4 0.01
63 3 0.01
64 7 0.02
66 50 0.18
67 1 0.00
68 1 0.00
71 1 0.00
72 1 0.00
75 4 0.01
76 44 0.15
77 6 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (63 bp):
TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
Found at i:40126561 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40126538--40126572 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
40126528 TTTTTTAATT
40126538 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
40126556 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
40126573 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126609 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 40126594--40126638 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 4.7 Consensus size: 10
40126584 TTTTTTAATT
*
40126594 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
*
40126604 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
40126612 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
40126622 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
40126632 AAATTAT
1 AAATTAT
40126639 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.23
10 24 0.77
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:40126617 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40126594--40126628 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
40126584 TTTTTTAATT
40126594 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
40126612 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
40126629 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126675 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 40126660--40126714 Score: 69
Period size: 10 Copynumber: 5.7 Consensus size: 10
40126650 ATTTTTAATT
*
40126660 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
*
40126670 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
40126678 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
*
40126688 AACTTATGTA
1 AAATTATGTA
40126698 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
40126708 AAATTAT
1 AAATTAT
40126715 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.18
10 32 0.82
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:40126695 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 40126612--40126770 Score: 291
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
40126602 TAAAATTATC
* *
40126612 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
40126677 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
*
40126688 AACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
40126753 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
40126764 AAATTAT
1 AAATTAT
40126771 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 79 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
CAAATTATGTA
Found at i:40126804 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 40126791--40126827 Score: 65
Period size: 10 Copynumber: 3.7 Consensus size: 10
40126781 AAATTTAATT
*
40126791 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
40126801 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
40126811 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
40126821 AAATTAT
1 AAATTAT
40126828 TAAGCCCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 26 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:40126806 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 40126698--40126947 Score: 348
Period size: 56 Copynumber: 4.5 Consensus size: 56
40126688 AACTTATGTA
*
40126698 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
40126754 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATGTA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA--TC
*
40126811 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
* ** *
40126867 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTTTGTTAATGGTTA-GTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAA--ATTAGGTAAAATTATC
*
40126922 AAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAA
40126948 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 9, Indels: 13
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 11 0.06
55 56 0.31
56 57 0.32
57 22 0.12
58 32 0.18
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (56 bp):
AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126808 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 40126678--40126887 Score: 377
Period size: 113 Copynumber: 1.9 Consensus size: 113
40126668 TAAAATTATC
* *
40126678 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
40126742 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
65 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
40126791 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
*
40126856 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
66 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
40126888 TCCCAAAATT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 3, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 84 0.90
114 9 0.10
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (113 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
Found at i:40126872 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40126849--40126883 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
40126839 AAATTTAATT
40126849 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
40126867 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
40126884 TAAGTCCCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:40126915 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 40126678--40126947 Score: 370
Period size: 113 Copynumber: 2.4 Consensus size: 112
40126668 TAAAATTATC
* *
40126678 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
40126743 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
66 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTAATT
40126791 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
* * **
40126855 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC-CAAAATTTTGTT
65 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTAATT
* * *
40126903 AATGGTTA-GTAAAATTA--TCAAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AA--ATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAA
40126948 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 10, Indels: 10
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
111 25 0.17
112 11 0.08
113 93 0.65
114 14 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (112 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTAATT
Found at i:40126958 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 40126739--40126974 Score: 225
Period size: 55 Copynumber: 4.2 Consensus size: 55
40126729 TTTAATTAAA
* * *
40126739 TTAGATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATT-TAATTAA--A
1 TTAG-TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTGT-GTTAATGG
* *** **
40126794 TTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCCAAAAAAAT-TTAATTAAA
1 TTA-GTAAAATTA--TCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAA-T-GG
*
40126852 TTAGGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTTTGTTAATGG
1 TTA-GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGG
*
40126908 TTAGTAAAATTATCAAATTATGTTAAATTATTAAGT-CCAACAATTGTGTTAATGG
1 TTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAA-AATTGTGTTAATGG
40126963 TTAGTAAAATTA
1 TTAGTAAAATTA
40126975 AGTTAGGGTT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 12, Indels: 22
0.82 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 8 0.05
55 72 0.46
56 27 0.17
57 33 0.21
58 18 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
TTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGG
Found at i:40126993 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40126970--40127046 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 4.7 Consensus size: 18
40126960 TGGTTAGTAA
40126970 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
40126988 AATTAAGTTA-GG---TT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
** *
40127002 -A--GGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
40127017 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
*
40127035 AATTAAATTAGG
1 AATTAAGTTAGG
40127047 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 14
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.07
12 2 0.04
13 1 0.02
14 2 0.04
15 2 0.04
16 1 0.02
17 2 0.04
18 32 0.71
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATTAAGTTAGGGTTTTT
Found at i:40127013 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 40126976--40128772 Score: 1027
Period size: 29 Copynumber: 65.8 Consensus size: 29
40126966 GTAAAATTAA
40126976 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127005 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127032 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127052 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127081 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127108 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127128 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127157 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127184 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127204 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127233 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127260 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127280 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127309 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127336 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127356 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40127385 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*** *
40127414 GTTAGGGTTAGGAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127443 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127472 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127501 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127530 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127559 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127588 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127617 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127646 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127675 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127704 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127733 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGATTAAGTTAT
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG-TT-AG---G
*
40127767 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTA------GGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40127802 GTTAGGGTTTTTATTTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127831 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40127858 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127878 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127907 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127936 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--A-GTTA-GGTTAGG
40127971 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128000 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40128027 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
40128053 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128082 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40128109 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
40128135 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128164 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40128191 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
40128217 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128246 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40128273 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
40128299 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128328 GTTTGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40128352 GTT----TTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAGTTAG-GTTAGG
40128381 GTT------TTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
** * *
40128402 -TTA---AATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40128422 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40128451 GTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40128475 GTT----TTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGG
1 GTTAGGGTTT--TTAA-TTAAGTTAG-GTTAGG
40128504 GTT------TTTAATTAAGTTAGGATT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG-TTAGG
** * *
40128525 -TTA---AATTAAATTAGGTTAGG-T---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40128546 -TTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40128574 GTTAGGGTTTTCAATTAAGTTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40128603 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--A-GTTA-GGTTAGG
40128638 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128667 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
40128694 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
40128720 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128749 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
40128773 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 1429, Mismatches: 173, Indels: 332
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 28 0.02
21 7 0.00
22 22 0.02
23 175 0.12
24 135 0.09
25 12 0.01
26 15 0.01
27 27 0.02
28 2 0.00
29 804 0.56
30 109 0.08
31 6 0.00
33 4 0.00
34 11 0.01
35 48 0.03
38 2 0.00
39 2 0.00
40 20 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
Found at i:40127039 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 40126970--40127377 Score: 356
Period size: 47 Copynumber: 8.2 Consensus size: 47
40126960 TGGTTAGTAA
*
40126970 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
*
40127017 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
* * *** *
40127064 AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTT--TTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATT
1 AATT-A---A-GTTAGGGTTT---TTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTGGGTT--TTT
* * *
40127120 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
1 A-ATTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
*
40127169 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
* * *** *
40127216 AATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTT--TTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATT
1 AATT-A---A-GTTAGGGTTT---TTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTGGGTT--TTT
* * *
40127272 AGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
1 A-ATTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
*
40127321 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
40127368 AATTAAGTTA
1 AATTAAGTTA
40127378 TGTTAGGGTT
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 44, Indels: 56
0.74 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
47 141 0.49
48 8 0.03
49 6 0.02
50 4 0.01
51 12 0.04
52 46 0.16
53 48 0.17
54 8 0.03
55 4 0.01
56 8 0.03
57 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.27, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
Found at i:40127068 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 40126976--40128819 Score: 1473
Period size: 76 Copynumber: 23.3 Consensus size: 76
40126966 GTAAAATTAA
*
40126976 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40127041 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40127052 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40127117 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40127128 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40127193 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40127204 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40127269 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40127280 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40127345 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* *
40127356 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT--A--AG-TTAGGGTT----
*
40127421 TTAGGAATTAAATTAGGTTAGG
57 TT--TAATTAAATTAGGTTAGG
* *
40127443 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGG
*
40127508 TTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
55 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
*
40127530 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT--A--A--TTAA-GTTAGGG
40127595 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
55 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
* *
40127617 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGG
*
40127682 TTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
55 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
* *
40127704 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GG------ATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
40127762 GTTATGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* * * *
40127773 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTATTTAAATTA-GGTTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---TTTA--
* * * *
40127837 GTT--TTTA-ATTA-A
61 ATTAAATTAGGTTAGG
*
40127849 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT--A--A--TTAA-GTTAGGG
*
40127914 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
55 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
40127936 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--A-GTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGGG
* *
40128001 TTTGGGTT--TTTAATTAAGTTAGG
55 TTT---TTAATTAAATTAGGTTAGG
*
40128024 GTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGGGTT
* *
40128085 TGGGTT--TTTAATTAAGTTAGG
57 T---TTAATTAAATTAGGTTAGG
*
40128106 GTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGGGTT
* *
40128167 TGGGTT--TTTAATTAAGTTAGG
57 T---TTAATTAAATTAGGTTAGG
*
40128188 GTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT-A---A-GTTAGGGTT
* *
40128249 TGGGTT--TTTAATTAAGTTAGG
57 T---TTAATTAAATTAGGTTAGG
*
40128270 GTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGGGT
1 GTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT----T
** * * *
40128330 TTGGGTT--TTTA-ATTA-A
58 TT-AATTAAATTAGGTTAGG
* * * *
40128346 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40128411 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* * *
40128422 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
40128487 GTTAGGATAGA
66 ATTAGGTTAGG
* ** * * * *
40128498 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATT----TTA-AATTAAATTAGGTTAGGTTTACGGTTTTTA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG-TTAGGGTTAGGGTT--TTTA-ATTAAG-TTAGGGTTTTTA
*
40128558 ATTAAATTAGGTTAGA
61 ATTAAATTAGGTTAGG
* * *
40128574 GTTAGGGTTTTCAATTAAGTTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GG-------TT--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128629 A--GGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40128638 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATT-A
40128703 ATTAGGTTAGGGTTAGG
65 A--A--TTA-GGTTAGG
*
40128720 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
40128785 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
40128796 GTTAGGGTTTTTAATTAAGATAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
40128820 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 1568, Mismatches: 83, Indels: 234
0.83 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
64 53 0.03
65 2 0.00
66 1 0.00
68 2 0.00
69 65 0.04
72 6 0.00
73 5 0.00
74 6 0.00
75 13 0.01
76 588 0.38
77 34 0.02
78 17 0.01
79 4 0.00
80 14 0.01
81 10 0.01
82 353 0.23
83 6 0.00
84 5 0.00
85 13 0.01
86 12 0.01
87 284 0.18
88 22 0.01
89 8 0.01
90 4 0.00
91 6 0.00
92 13 0.01
93 21 0.01
94 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (76 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
ATTAGGTTAGG
Found at i:40127089 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 40127023--40128819 Score: 1520
Period size: 58 Copynumber: 32.9 Consensus size: 58
40127013 TTTTAATTAA
40127023 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127081 GTTTGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127128 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGG--TTT--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40127175 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127233 GTTTGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127280 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGG--TTT--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127327 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *** *
40127385 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGGGTTAGGAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127443 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127501 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127559 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127617 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127675 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127733 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGT
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--A--ATT-AG----GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGT
40127798 TAGG
55 TAGG
* *
40127802 GTTAGGGTTTTTATTTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG--TTT--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40127849 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40127907 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT--A--A-GTTA-GGTTAGG
* *
40127971 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * **
40128027 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40128082 GTTTGGGTTTTTAATT--A--A-GTTAGGGTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGG
* *
40128135 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * **
40128191 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40128246 GTTTGGGTTTTTAATT--A--A-GTTAGGGTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGG
* *
40128299 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGG--TTT--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * * *
40128346 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGG-TT-T--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * * *
40128393 GTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40128451 GTTAGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * *
40128498 GTTTGGGTTTTTAATT--A--A-GTTA-GG--A---TTTTAAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* * * * *
40128545 TTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTCAATTAAGTTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
40128603 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT-AA--A--TTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
* *
40128667 GTTTGGGTTTTTAATT--A--A-GTTAGGGTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTT--TT-AATTAAGTTA-GGTTAGG
* *
40128720 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGG--TTT--TTAA-TTA----A--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
40128767 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGATAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
40128820 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 103, Indels: 346
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
47 340 0.23
48 4 0.00
49 40 0.03
50 2 0.00
51 34 0.02
52 84 0.06
53 174 0.12
54 24 0.02
55 14 0.01
56 29 0.02
57 3 0.00
58 502 0.34
59 38 0.03
60 7 0.00
61 1 0.00
62 8 0.01
63 9 0.01
64 99 0.07
65 3 0.00
67 1 0.00
69 49 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (58 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
Found at i:40127108 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40127085--40127122 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
40127075 GTTAGGGTTT
*
40127085 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127103 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127121 GG
1 GG
40127123 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:40127184 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40127161--40127198 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
40127151 GTTAGGGTTT
*
40127161 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127179 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127197 GG
1 GG
40127199 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:40127260 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40127237--40127274 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
40127227 GTTAGGGTTT
*
40127237 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127255 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127273 GG
1 GG
40127275 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:40127336 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40127313--40127350 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
40127303 GTTAGGGTTT
*
40127313 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127331 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAATTA
40127349 GG
1 GG
40127351 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.24, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:40127437 original size:82 final size:83
Alignment explanation
Indices: 40127344--40128813 Score: 787
Period size: 82 Copynumber: 17.7 Consensus size: 83
40127334 TTTTTAATTA
* * *
40127344 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
*
40127408 ATTAGAGTTAGGGTTAGG
66 GTTAGAGTTAGGGTTAGG
*
40127426 AATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
1 AATT--A--A-GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
* **
40127491 TTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
61 TTAGGGTTAGAGTTAGGG---TT-A-GG
* *
40127518 AATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
**
40127582 GTTA-AGGTTAGGGTTTTTAATTA
66 GTTAGA-GTTAGGG---TT-A-GG
* *
40127605 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
* **
40127669 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
66 GTTAGAGTTAGGG---TT-A-GG
* *
40127692 AATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
*
40127757 ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGG
66 GTT-AG--A-GTTAGGGTTA-GG
* *
40127780 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTATTTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAA
1 -----AATT--A--A-GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAA
* * *
40127845 TTAAGTTAGGGTT---TTTA--ATTA--
56 TTAAATTAGGGTTAGAGTTAGGGTTAGG
* *
40127866 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
**
40127930 GTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTA
66 GTTAGAGTTAGGG---TT-A-GG
* *
40127953 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 AATTA----A--GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* ** * **
40128018 GTTAGGGTTTTTAATTA-AATTAGG
60 ATTAGGG-TTAGAGTTAGGGTTAGG
* * * *
40128042 --TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAG
1 AATTA-AGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
** * **
40128105 GGTTTTTAATTA-AATTAGG
65 GG-TTAGAGTTAGGGTTAGG
* * * *
40128124 --TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAG
1 AATTA-AGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
** * **
40128187 GGTTTTTAATTA-AATTAGG
65 GG-TTAGAGTTAGGGTTAGG
* * * *
40128206 --TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAG
1 AATTA-AGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
** * **
40128269 GGTTTTTAATTA-AATTAGG
65 GG-TTAGAGTTAGGGTTAGG
* * * *
40128288 --TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAG
1 AATTA-AGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
** * *
40128351 GGTTTTTAATTA-AGTTAGG
65 GG-TTAGAGTTAGGGTTAGG
* *
40128370 -A-T-AG--A--GTTTGGG--TTT--TT-AATTA----A--GTTAGGGTTTTAAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
* * ***
40128416 GTTAGGGTTACGGTTTTT
66 GTTAGAGTTAGGGTTAGG
* * **** * * * *
40128434 AATTAAATTA-GGTTAGAG-TTAGGGTT--TTTA-ATTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
* *
40128492 GATAGAGTTTGGGTT---
66 GTTAGAGTTAGGGTTAGG
* * * * * *
40128507 -TTTAA-TTA-AGTTAGGATTTTAAATTAAATTAGGTTAGGTTTACGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
***
40128568 GTTAGAGTTAGGGTTTTC
66 GTTAGAGTTAGGGTTAGG
40128586 AATTAAGTTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
1 AATTAAGTTA-G---G-GTTAGGGTTTTTAATT-AA--A--TTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTA
* * * ***
40128651 ATTAAGTTA-GGTTAGGGTTTGGGTTTTT
55 ATTAAATTAGGGTTAGAGTTAGGGTTAGG
** *
40128679 AATTAAGTTAGGGTT----TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGT
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTT--TT-AATTAAATTA-GGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAAT
* *
40128740 TA-GGTTAGGGTTTGGGTT---
62 TAGGGTTAGAGTTAGGGTTAGG
* *
40128758 -TTTAA-TTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
40128814 GATAGGATTT
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 110, Indels: 188
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
63 5 0.00
64 5 0.00
65 20 0.02
66 1 0.00
67 2 0.00
69 1 0.00
70 5 0.00
71 13 0.01
72 13 0.01
73 2 0.00
74 6 0.01
75 8 0.01
76 152 0.13
77 11 0.01
78 10 0.01
79 1 0.00
80 8 0.01
81 7 0.01
82 376 0.32
83 2 0.00
84 5 0.00
86 3 0.00
87 313 0.26
88 9 0.01
89 8 0.01
90 5 0.00
91 6 0.01
92 15 0.01
93 109 0.09
94 2 0.00
95 7 0.01
98 57 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.45
Consensus pattern (83 bp):
AATTAAGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
GTTAGAGTTAGGGTTAGG
Found at i:40127709 original size:40 final size:38
Alignment explanation
Indices: 40127689--40127799 Score: 114
Period size: 40 Copynumber: 3.1 Consensus size: 38
40127679 GGGTTTTTAA
*
40127689 TTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-G
1 TTAAGTTAGGTT-AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
40127727 ----GTTA-G---GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
1 TTAAGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
*
40127757 ATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
1 -TTAAGTTAGGTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
40127797 TTA
1 TTA
40127800 GGGTTAGGGT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 1, Indels: 21
0.73 0.01 0.25
Matches are distributed among these distances:
29 23 0.38
30 1 0.02
33 1 0.02
34 3 0.05
35 4 0.07
36 1 0.02
39 3 0.05
40 25 0.41
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.24, T:0.45
Consensus pattern (38 bp):
TTAAGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
Found at i:40127853 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40127830--40127872 Score: 77
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
40127820 ATTAGGTTAG
40127830 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
40127848 AGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA
*
40127866 AATTAGG
1 AGTTAGG
40127873 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 24 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.23, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:40128000 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40127965--40128049 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40127955 TTAGGTTAGG
40127965 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40127989 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128014 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128036 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128050 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128041 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 40127971--40128445 Score: 238
Period size: 47 Copynumber: 9.1 Consensus size: 47
40127961 TAGGGTTAGG
*
40127971 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
40128018 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-T----TT-GGGTTTTTAATT-A---A
* * *** * * *
40128075 GGTTAGGGTTTGGGTT--TTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 -GTTAGGGTTT---TTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTGGGTT--TTTA-ATTA-A
*
40128129 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 G------TTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
40128182 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-T----TT-GGGTTTTTAATT-A---A
* * *** * * *
40128239 GGTTAGGGTTTGGGTT--TTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 -GTTAGGGTTT---TTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTGGGTT--TTTA-ATTA-A
*
40128293 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 G------TTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
* * *
40128346 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
* **
40128393 GTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
*
40128440 ATTAGG
1 GTTAGG
40128446 TTAGAGTTAG
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 47, Indels: 100
0.69 0.10 0.21
Matches are distributed among these distances:
47 147 0.44
48 2 0.01
52 4 0.01
53 28 0.08
54 12 0.04
55 10 0.03
56 12 0.04
57 16 0.05
58 46 0.14
59 50 0.15
61 4 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128064 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40128018--40128090 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40128008 TTTTAATTAA
40128018 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
* *
40128053 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
40128088 GTT
1 GTT
40128091 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.33, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
Found at i:40128082 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40128047--40128131 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40128037 TTAGGTTAGG
40128047 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128071 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128096 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128118 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128132 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128146 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40128100--40128172 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40128090 TTTTAATTAA
40128100 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
* *
40128135 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
40128170 GTT
1 GTT
40128173 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.33, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
Found at i:40128164 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40128129--40128213 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40128119 TTAGGTTAGG
40128129 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128153 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128178 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128200 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128214 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128228 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40128182--40128254 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40128172 TTTTAATTAA
40128182 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
* *
40128217 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
40128252 GTT
1 GTT
40128255 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.33, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
Found at i:40128246 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40128211--40128295 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40128201 TTAGGTTAGG
40128211 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128235 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128260 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128282 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128296 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128310 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40128264--40128336 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40128254 TTTTAATTAA
40128264 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
* *
40128299 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
40128334 GTT
1 GTT
40128337 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.33, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
Found at i:40128418 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40128379--40128416 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
40128369 GATAGAGTTT
* *
40128379 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTAAATTAAATTA
40128397 GGGTTTTAAATTAAATTA
1 GGGTTTTAAATTAAATTA
40128415 GG
1 GG
40128417 TTAGGGTTAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.24, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTAAATTAAATTA
Found at i:40128478 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 40128422--40128568 Score: 206
Period size: 47 Copynumber: 3.1 Consensus size: 47
40128412 TTAGGTTAGG
*
40128422 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
40128469 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
40128516 GTTAGGATTTTAAATTAAATTAGGTTAG-GTTTACGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG-TTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128563 ATTAGG
1 GTTAGG
40128569 TTAGAGTTAG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 11, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.01
47 87 0.99
ACGTcount: A:0.30, C:0.01, G:0.22, T:0.46
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128667 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40128632--40128716 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40128622 TTAGGTTAGG
40128632 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128656 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128681 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128703 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128717 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128731 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40128685--40128757 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
40128675 TTTTAATTAA
40128685 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
* *
40128720 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
40128755 GTT
1 GTT
40128758 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.33, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
Found at i:40128749 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40128714--40128798 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
40128704 TTAGGTTAGG
40128714 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128738 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
40128763 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
40128785 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
40128799 AGGGTTTTTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128790 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 40128720--40128836 Score: 198
Period size: 47 Copynumber: 2.5 Consensus size: 47
40128710 TAGGGTTAGG
* *
40128720 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
40128767 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
40128814 GATAGGATTTTTAATTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
40128837 AGTTTTTAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 66 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:40128849 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 40128797--40128880 Score: 132
Period size: 36 Copynumber: 2.3 Consensus size: 36
40128787 TAGGTTAGGG
40128797 TTAGGGTTTTTAATTAAGATAGGATTTTTAATTAAA
1 TTAGGGTTTTTAATTAAGATAGGATTTTTAATTAAA
* * * *
40128833 TTAGAGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAG
1 TTAGGGTTTTTAATTAAGATAGGATTTTTAATTAAA
40128869 TTAGGGTTTTTA
1 TTAGGGTTTTTA
40128881 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 43 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.19, T:0.50
Consensus pattern (36 bp):
TTAGGGTTTTTAATTAAGATAGGATTTTTAATTAAA
Found at i:40128929 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 40128876--40128939 Score: 94
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
40128866 AAGTTAGGGT
40128876 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
* * *
40128902 TTTTATTATATTAAATA-AACTTCTA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
40128927 TTTTATTACATCA
1 TTTTATTACATCA
40128940 GATAATAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.55
26 15 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
Found at i:40131174 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40131149--40131202 Score: 81
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
40131139 TGAAAATATA
40131149 AAAAAAAATAAAATTATTTT
1 AAAAAAAATAAAATTA-TTT
*
40131169 AAAAAATATAAAATTATTT
1 AAAAAAAATAAAATTATTT
*
40131188 AAAAAAAATGAAATT
1 AAAAAAAATAAAATT
40131203 GAGGGGAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.52
20 15 0.48
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.02, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAAAATAAAATTATTT
Found at i:40131272 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40131230--40131273 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
40131220 ATATATGGAT
*
40131230 TTGAGAGAATTTTGAAAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
*
40131252 TTGAGAGAA-TTAGAGAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
40131273 T
1 T
40131274 ATTAGATAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.55
22 9 0.45
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
Found at i:40147182 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40147140--40147183 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
40147130 CGATTTTCAT
* * * *
40147140 ACAGGCGTGTGCCTTGGTCAC
1 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
40147161 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
1 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
40147182 AC
1 AC
40147184 GGGCCTGTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.36, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
Found at i:40147877 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 40147857--40147908 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
40147847 ATAAAGACTT
40147857 AATAATACTTAATTA
1 AATAATACTTAATTA
* *
40147872 AATAATAATTTACTT-
1 AATAAT-ACTTAATTA
* *
40147887 AATACTTCTTAATTA
1 AATAATACTTAATTA
40147902 AATAATA
1 AATAATA
40147909 ATAATTCGAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 8, Indels: 4
0.69 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.19
15 16 0.59
16 6 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (15 bp):
AATAATACTTAATTA
Found at i:40147887 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 40147853--40147910 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
40147843 ACCAATAAAG
40147853 ACTTAATAATACTTAATTAAATAATAATTT
1 ACTTAATAATACTTAATTAAATAATAATTT
* *
40147883 ACTTAATACTTCTTAATTAAATAATAAT
1 ACTTAATAATACTTAATTAAATAATAAT
40147911 AATTCGAGGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (30 bp):
ACTTAATAATACTTAATTAAATAATAATTT
Found at i:40160619 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 40160595--40160642 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
40160585 GATTTATCGA
40160595 AAAAATTAACATAATT
1 AAAAA-TAACA-AATT
40160611 AAAAATAACGAAAATAT
1 AAAAATAAC--AAAT-T
40160628 AAAAATAACAAATT
1 AAAAATAACAAATT
40160642 A
1 A
40160643 CCATTGCTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.07
15 8 0.28
16 8 0.28
17 11 0.38
ACGTcount: A:0.69, C:0.06, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATAACAAATT
Found at i:40174028 original size:369 final size:369
Alignment explanation
Indices: 40173349--40174072 Score: 1286
Period size: 369 Copynumber: 2.0 Consensus size: 369
40173339 TTTGCACGTA
* *
40173349 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGTATAATTCTCGAAAGCTCATCG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
*
40173414 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGGAAGGTAGCATGAAC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
*
40173479 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTTAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
*
40173544 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACATATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
40173609 GATCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTTGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
* *
40173674 TTCGATGCTCCCTTAGTTGTCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
* *
40173718 TACTATTAGGAGTTGGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTTGAAAGCTCATAG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
*
40173783 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAGC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
* *
40173848 TGAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCGGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
* *
40173913 GTACAAACATGCACAATTCTGTTCGTAAGTTCATCTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
40173978 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGTCATGCTACAATTCGTATGGTTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
40174043 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
40174073 AAAATATAAT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 18, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
369 337 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (369 bp):
TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
Found at i:40178683 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 40178618--40178852 Score: 434
Period size: 61 Copynumber: 3.9 Consensus size: 61
40178608 ATTTATCTAG
* *
40178618 ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATATTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
*
40178679 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTTAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
40178740 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
*
40178801 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTTAGATAGATAGTATTTT
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTT
40178853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 169 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (61 bp):
ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
Found at i:40181549 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 40181067--40181534 Score: 873
Period size: 120 Copynumber: 3.9 Consensus size: 120
40181057 NNNNNNNTTT
40181067 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
1 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
*
40181132 ATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
66 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
40181187 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
1 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
40181252 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
66 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
** *
40181307 TTAAATATAATTTGTTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
1 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
* *
40181372 ATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATCTAAAATAATTATTA
66 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
*
40181427 TTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
1 TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
40181492 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
66 ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
40181535 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 12, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 336 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (120 bp):
TTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGA
ATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTA
Found at i:40182992 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 40182920--40183023 Score: 172
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
40182910 GAAAAAAAAC
* * * *
40182920 AAATTAAAATTAAGTTTAATATCATGAATCAAAAGGTGAACACTTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
40182969 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
40183018 AAATTA
1 AAATTA
40183024 TAACACATGA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 51 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (49 bp):
AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
Found at i:40185731 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 40185707--40185751 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 10
40185697 GAATGCAAGC
40185707 TTTATTATATA
1 TTTATTA-ATA
40185718 TTTATTAA-A
1 TTTATTAATA
40185727 TTTATTAATA
1 TTTATTAATA
*
40185737 --TATTTATA
1 TTTATTAATA
40185745 TTTATTA
1 TTTATTA
40185752 TGTATGTAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 7
0.76 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.24
9 9 0.31
10 6 0.21
11 7 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (10 bp):
TTTATTAATA
Found at i:40187373 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 40187175--40187378 Score: 390
Period size: 113 Copynumber: 1.8 Consensus size: 113
40187165 NNNNNNNNNN
* *
40187175 TAAATATATAATTTAATTATTTTTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAA
1 TAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGCATTTAATTAGTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAA
40187240 TAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAATAATATAATATAATTAATTTG
66 TAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAATAATATAATATAATTAATTTG
40187288 TAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGCATTTAATTAGTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAA
1 TAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGCATTTAATTAGTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAA
40187353 TAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAA
66 TAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAA
40187379 TATCCAAACT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
113 89 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (113 bp):
TAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGCATTTAATTAGTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAA
TAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAATAATATAATATAATTAATTTG
Found at i:40187864 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 40187847--40187905 Score: 100
Period size: 12 Copynumber: 4.9 Consensus size: 12
40187837 TTAATACAGA
40187847 AAAACATGAACC
1 AAAACATGAACC
*
40187859 AAAACATAAACC
1 AAAACATGAACC
40187871 AAAACATGAACC
1 AAAACATGAACC
*
40187883 AAAACATAAACC
1 AAAACATGAACC
40187895 AAAACATGAAC
1 AAAACATGAAC
40187906 TTAATAGAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 43 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.24, G:0.05, T:0.08
Consensus pattern (12 bp):
AAAACATGAACC
Found at i:40187874 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 40187847--40187905 Score: 118
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
40187837 TTAATACAGA
40187847 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
1 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
40187871 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
1 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
40187895 AAAACATGAAC
1 AAAACATGAAC
40187906 TTAATAGAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 35 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.24, G:0.05, T:0.08
Consensus pattern (24 bp):
AAAACATGAACCAAAACATAAACC
Found at i:40187907 original size:69 final size:67
Alignment explanation
Indices: 40187848--40187984 Score: 181
Period size: 68 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
40187838 TAATACAGAA
*
40187848 AAACATGAAC-CA-AA-ACATAAACCAAAACATGAACCAAAACATAAACCAAAACATGAACTTAA
1 AAACATGAACACATAACACATAAACCAAAACATGAA-CAAAACAGAAACCAAAACATGAACTTAA
40187910 TAG
65 TAG
* ** *
40187913 AAACATGAACATTATAACACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACTAAAACATGAACTTAA
1 AAACATGAACA-CATAACACATAAACCAAAACATGAACAAAACAGAAACCAAAACATGAACTTAA
*
40187978 CAG
65 TAG
40187981 AAAC
1 AAAC
40187985 CAAAACATGA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 5
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 10 0.16
67 1 0.02
68 32 0.52
69 19 0.31
ACGTcount: A:0.58, C:0.20, G:0.07, T:0.15
Consensus pattern (67 bp):
AAACATGAACACATAACACATAAACCAAAACATGAACAAAACAGAAACCAAAACATGAACTTAAT
AG
Found at i:40187966 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40187847--40187996 Score: 135
Period size: 23 Copynumber: 6.5 Consensus size: 23
40187837 TTAATACAGA
* *
40187847 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
1 AAAACATGAA-CTAAACAGAAACC
* *
40187871 AAAACATGAACCAAAACATAAACC
1 AAAACATGAA-CTAAACAGAAACC
* *
40187895 AAAACATGAACTTAATAGAAA-C
1 AAAACATGAACTAAACAGAAACC
* * *
40187917 ATGAACAT-TA-TAACACATAAACC
1 A-AAACATGAACTAA-ACAGAAACC
* *
40187940 AAAACATGAACTTAACAGAAACT
1 AAAACATGAACTAAACAGAAACC
*
40187963 AAAACATGAACTTAACAGAAACC
1 AAAACATGAACTAAACAGAAACC
40187986 AAAACATGAAC
1 AAAACATGAAC
40187997 ATTATAACAC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 11
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.02
22 13 0.12
23 55 0.52
24 36 0.34
ACGTcount: A:0.59, C:0.21, G:0.07, T:0.14
Consensus pattern (23 bp):
AAAACATGAACTAAACAGAAACC
Found at i:40187969 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 40187872--40187996 Score: 148
Period size: 45 Copynumber: 2.7 Consensus size: 46
40187862 ACATAAACCA
* *
40187872 AAACATGAACCAAAACATAAACCAAAACATGAACTTAATAGAAACAT
1 AAACATGAA-CTAAACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACAT
* *
40187919 GAACAT-TA-TAACACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAAC-T
1 AAACATGAACTAA-ACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACAT
* *
40187963 AAAACATGAACTTAACAGAAACCAAAACATGAAC
1 -AAACATGAACTAAACATAAACCAAAACATGAAC
40187997 ATTATAACAC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 9
0.80 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.05
45 35 0.53
46 21 0.32
47 7 0.11
ACGTcount: A:0.58, C:0.20, G:0.07, T:0.15
Consensus pattern (46 bp):
AAACATGAACTAAACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACAT
Found at i:40189122 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40189077--40189125 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
40189067 AGCCATTCGG
40189077 AAAATAATAGAATCAAAC
1 AAAATAATAGAATCAAAC
40189095 AAACATGCAATAGAAT-AAAC
1 AAA-AT--AATAGAATCAAAC
40189115 -AAATAATAGAA
1 AAAATAATAGAA
40189126 CCACATTGAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.25
18 5 0.18
19 4 0.14
20 4 0.14
21 8 0.29
ACGTcount: A:0.65, C:0.10, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (18 bp):
AAAATAATAGAATCAAAC
Found at i:40190089 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40190064--40190114 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
40190054 TAATTAATCC
40190064 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
* * *
40190086 ATATTTT-GAAGTTTAATAATA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
40190107 A-ATTTTAA
1 ATATTTTAA
40190115 TTTTTTTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 3
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.21
21 12 0.50
22 7 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
Found at i:40190103 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40190064--40190109 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
40190054 TAATTAATCC
40190064 ATATTTTAAAAGTTCAATAA-AA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
* *
40190086 ATATTTT-GAAGTTTAATAATAA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
40190108 AT
1 AT
40190110 TTTAATTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.48
22 11 0.52
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
Found at i:40190576 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 40190539--40190631 Score: 84
Period size: 32 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
40190529 TTTATATGGT
* *
40190539 ATTATACTATATATTTAAAT-TTATGTAATATAA
1 ATTATA-TATATATTTAAATATAATATAATAT-A
*
40190572 ATTATATA-ATATATAAATATAATATAATATA
1 ATTATATATATATTTAAATATAATATAATATA
40190603 A-TATAATATATATTATAAAAATATAATAT
1 ATTAT-ATATATATT-T--AAATATAATAT
40190632 GGATCAAAGT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 10
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.06
31 14 0.28
32 15 0.30
33 7 0.14
35 11 0.22
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (32 bp):
ATTATATATATATTTAAATATAATATAATATA
Found at i:40190595 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 40190564--40190631 Score: 74
Period size: 5 Copynumber: 14.2 Consensus size: 5
40190554 TAAATTTATG
*
40190564 TAATA TAA-A TTATA TAATA T-ATA -AATA TAATA TAATA TAATA TAATA
1 TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA
40190611 TATATTA TAA-A -AATA TAATA T
1 TA-A-TA TAATA TAATA TAATA T
40190632 GGATCAAAGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 2, Indels: 14
0.77 0.03 0.20
Matches are distributed among these distances:
3 2 0.04
4 11 0.20
5 35 0.65
6 2 0.04
7 4 0.07
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (5 bp):
TAATA
Found at i:40190967 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 40190931--40190991 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
40190921 TTTTATATTT
* *
40190931 TAAATTTATCAATTTTTATTTATGTACTTTA
1 TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTTA
* *
40190962 TAAATTGGTCAATTTTAATTTTTGTACTTT
1 TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTT
40190992 TCAAAATTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (31 bp):
TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTTA
Found at i:40192593 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40192558--40192598 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
40192548 GAAAATTTGC
*
40192558 ATTTTTTGTCCCTTTCATAT
1 ATTTTTGGTCCC-TTCATAT
40192578 ATTTTTGGTCCC-TCATAT
1 ATTTTTGGTCCCTTCATAT
40192596 ATT
1 ATT
40192599 AAAATTTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.45
20 11 0.55
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGGTCCCTTCATAT
Found at i:40192907 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 40192897--40192932 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
40192887 ACACACACAC
*
40192897 AG AG GG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
40192933 TATAAATATC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.53, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:40194444 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 40194425--40194457 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
40194415 GAAAAGCAAC
40194425 TAACAACAA-AATAAAT
1 TAACAACAACAATAAAT
*
40194441 TAACAAGAACAATAAAT
1 TAACAACAACAATAAAT
40194458 GAGATTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.67, C:0.12, G:0.03, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
TAACAACAACAATAAAT
Found at i:40202178 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 40202149--40202201 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
40202139 TTTCTAGTTA
*
40202149 TTTTATTTTATTT-TATTGTGAGACAT
1 TTTTATGTTATTTCTATTGTGA-ACAT
*
40202175 TTTTATGTTATTTCTATTTTGAACAT
1 TTTTATGTTATTTCTATTGTGAACAT
40202201 T
1 T
40202202 GCTATTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.71
27 7 0.29
ACGTcount: A:0.23, C:0.06, G:0.09, T:0.62
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATGTTATTTCTATTGTGAACAT
Found at i:40207863 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40207833--40207877 Score: 81
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
40207823 TAGAGATAAA
*
40207833 ATCATGTGCTTTATTTATATCT
1 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
40207855 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
1 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
40207877 A
1 A
40207878 GAATGTTTCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
ATCACGTGCTTTATTTATATCT
Found at i:40212036 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40212014--40212053 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
40212004 GCCATTTTTA
*
40212014 TTTTATTTTATTTTAATAT
1 TTTTATTTTAATTTAAT-T
*
40212033 TTTTGTTTTAATTTAATT
1 TTTTATTTTAATTTAATT
40212051 TTT
1 TTT
40212054 ACATTTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.21
19 15 0.79
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTTATTTTAATTTAATT
Found at i:40212059 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 40212006--40212059 Score: 63
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
40211996 TTAATTTAGC
*
40212006 CATTTTTATTTTATTTTATTTTAA
1 CATTTTTATTTTATTTAATTTTAA
* * *
40212030 TATTTTTGTTTTAATTTAATTTTTA
1 CATTTTTATTTT-ATTTAATTTTAA
40212055 CATTT
1 CATTT
40212060 AATTTTTTCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 1
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 10 0.42
25 14 0.58
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.02, T:0.70
Consensus pattern (24 bp):
CATTTTTATTTTATTTAATTTTAA
Found at i:40213957 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 40213866--40213969 Score: 154
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
40213856 AGAAAAAAAC
* ** * *
40213866 AAATTAAAATTAAGTTTAATATCATGAATCAAAAGGGGAACACTTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
*
40213915 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACTCAACACTGTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
40213964 AAATTA
1 AAATTA
40213970 TAACACATGA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 49 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (49 bp):
AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
Found at i:40216668 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 40216644--40216688 Score: 63
Period size: 9 Copynumber: 4.8 Consensus size: 9
40216634 GAATGCAAGC
40216644 TTTATTATATA
1 TTTATTA-A-A
40216655 TTTATTAAA
1 TTTATTAAA
40216664 TTTATTAAA
1 TTTATTAAA
*
40216673 TTTATTATA
1 TTTATTAAA
40216682 TTTATTA
1 TTTATTA
40216689 TGTATGTAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
9 25 0.76
10 1 0.03
11 7 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (9 bp):
TTTATTAAA
Found at i:40217445 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 40217416--40217453 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.0 Consensus size: 13
40217406 ATGTACATTT
40217416 TTCAATTATAACA
1 TTCAATTATAACA
40217429 TTCAATT-TAAC-
1 TTCAATTATAACA
40217440 TATCAATTATAACA
1 T-TCAATTATAACA
40217454 AGTCTTGTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.05
12 10 0.45
13 11 0.50
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (13 bp):
TTCAATTATAACA
Found at i:40218118 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 40218076--40218118 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
40218066 CCAGTATTAC
*
40218076 AATTGAAAAAAATAAGGTAA
1 AATTGAAAAAAATAAGCTAA
40218096 AATTGAAAAAACATGAAGCTAA
1 AATTGAAAAAA-AT-AAGCTAA
40218118 A
1 A
40218119 GATCTATTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.55
21 2 0.10
22 7 0.35
ACGTcount: A:0.63, C:0.05, G:0.14, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
AATTGAAAAAAATAAGCTAA
Found at i:40220274 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 40220228--40220279 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
40220218 TTAATTTAGC
* *
40220228 CATTTTATATTTTAATTTTTT
1 CATTTT-TAATTTAATTTTTA
**
40220249 TGTTTTTAATTTAATTTTTA
1 CATTTTTAATTTAATTTTTA
40220269 CA-TTTTAATTT
1 CATTTTTAATTT
40220280 TTCTTTTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 2
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.36
20 12 0.48
21 4 0.16
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.02, T:0.69
Consensus pattern (20 bp):
CATTTTTAATTTAATTTTTA
Found at i:40223246 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40223222--40223267 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
40223212 AAAACATGGC
* *
40223222 CGTGTGGCCATTCCACATGCT
1 CGTGTGGCCATTACACACGCT
40223243 CGTGTGGCCATTACACACGCT
1 CGTGTGGCCATTACACACGCT
40223264 CGTG
1 CGTG
40223268 CCCCTAGACC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.33, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
CGTGTGGCCATTACACACGCT
Found at i:40226744 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40226688--40226857 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 8.1 Consensus size: 21
40226678 CGAAGGCTGC
* * * *
40226688 ACAGAAGCACATAAGTGCTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* * *
40226709 ACAGAAAC-CTGTAAGGGTTGA
1 ACAGAAACTC-ATAAGAGTTAA
* *
40226730 ACAGAAGCTCATAAGAACTT-A
1 ACAGAAACTCATAAG-AGTTAA
* * * *
40226751 ACAAAAACCCATAAGGGTTGA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* * *
40226772 ATAGAAGCTCA-ATAGAGCTAA
1 ACAGAAACTCATA-AGAGTTAA
* * *
40226793 ACGGAAACCCATAAGGGTTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
*
40226814 ACAGAAACTCATATGAGTTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* *
40226835 ACA-AAAGCTCATGAGAGCTAA
1 ACAGAAA-CTCATAAGAGTTAA
40226856 AC
1 AC
40226858 TAAAAGTAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 34, Indels: 14
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.06
21 97 0.90
22 4 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.18, G:0.19, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
Found at i:40226759 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 40226688--40226837 Score: 167
Period size: 42 Copynumber: 3.6 Consensus size: 42
40226678 CGAAGGCTGC
* * **
40226688 ACAGAAGCACATAAGTGCTAAACAGAAACCTGTAAGGGTTGA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
40226730 ACAGAAGCTCATAAGAACTTAACAAAAACCCATAAGGGTTGA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
40226772 ATAGAAGCTCA-ATAGAGCTAAACGGAAACCCATAAGGGTTAA
1 ACAGAAGCTCATA-AGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
40226814 ACAGAAACTCATATGAGTTAAACA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACA
40226838 AAAGCTCATG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 18, Indels: 4
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 86 0.98
43 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.19, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
Found at i:40226944 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 40226917--40226981 Score: 94
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
40226907 GGGTAATTTG
40226917 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
1 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
* *
40226941 CCGTCAATTCATCCTTTGCATTTA
1 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
**
40226965 CTATCAATTCATCCTTT
1 CCGTCAATTCATCCTTT
40226982 TCCATAGAAC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 37 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.29, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (24 bp):
CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
Found at i:40232603 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 40232590--40232614 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
40232580 CATTTACAAA
40232590 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
40232598 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
40232606 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
40232614 A
1 A
40232615 TACAAAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAAAT
Found at i:40244875 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 40244797--40244877 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.9 Consensus size: 29
40244787 TATAACATTT
*
40244797 AATAAATTTAGATACCAAATT-GAACCAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
* *
40244825 AA-AAAATTAAATACCAAATTAGACCCAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
* *
40244853 AATAGATTTAAATACCAATTTAGAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAA
40244878 AAAAGTATTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 3
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.36
28 10 0.23
29 18 0.41
ACGTcount: A:0.56, C:0.14, G:0.06, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
Found at i:40250118 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 40250087--40250144 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
40250077 TAATTAATTA
**
40250087 ATTTTTAAAAAATAT
1 ATTTTTAAAATTTAT
40250102 ATTTTTATAAATTTAT
1 ATTTTTA-AAATTTAT
* *
40250118 ACTTTTAATAATTTTT
1 ATTTTTAA-AATTTAT
40250134 AATTTTTAAAA
1 -ATTTTTAAAA
40250145 ATATTTTTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 5
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.23
16 20 0.57
17 7 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
ATTTTTAAAATTTAT
Found at i:40250167 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 40250120--40250170 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
40250110 AAATTTATAC
*
40250120 TTTTAATA-ATTTTTAATTT
1 TTTTAATATTTTTTTAATTT
**
40250139 TTAAAAATATTTTTTTAATTT
1 TT-TTAATATTTTTTTAATTT
40250160 TTTTAATATTT
1 TTTTAATATTT
40250171 AAAAAATTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.08
20 11 0.44
21 12 0.48
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAATATTTTTTTAATTT
Found at i:40251875 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 40251845--40251878 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
40251835 TAACAAACAA
40251845 ATATGAATATCATAGAT
1 ATATGAATATCATAGAT
*
40251862 ATAT-AATATGATAGAT
1 ATATGAATATCATAGAT
40251878 A
1 A
40251879 GTCATTTCCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.75
17 4 0.25
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATATGAATATCATAGAT
Found at i:40254314 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40254290--40254330 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
40254280 ACTTAAATGG
*
40254290 TTAATTAACATAATTAACC
1 TTAATTAACATAATAAACC
* *
40254309 TTAATTTACTTAATAAACC
1 TTAATTAACATAATAAACC
40254328 TTA
1 TTA
40254331 TTATTAAATC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTAACATAATAAACC
Found at i:40255805 original size:57 final size:58
Alignment explanation
Indices: 40255699--40255812 Score: 153
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 58
40255689 GAAAATGGCC
* *
40255699 GAGAAATGAGAAATATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAATATGAAAATGAAAAAG
1 GAGAAATGAGAAACATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAAG
* *
40255757 GAGAAATG-GAAACATTTGTAAATG-AATGTGG-TCTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAA
1 GAGAAATGAGAAACA-TTGGAAATGAAATATGGAT-TTCTCCAAAATGAAAATGAAAAA
40255813 TGACCTGGAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 5
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 1 0.02
57 33 0.66
58 16 0.32
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (58 bp):
GAGAAATGAGAAACATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAAG
Found at i:40258056 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40258018--40258067 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
40258008 TGTAATTCAG
**
40258018 AATATTATAAAAATTGTAA
1 AATATTATAAAAATTACAA
40258037 AATATTAT-AAAATTACAA
1 AATATTATAAAAATTACAA
*
40258055 AATAATA-AAAAAT
1 AATATTATAAAAAT
40258068 ACTAACAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.70
19 8 0.30
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.02, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AATATTATAAAAATTACAA
Done.