Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Warning! 915496 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 25 of 161
Found at i:8099236 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 8099198--8099266 Score: 75
Period size: 25 Copynumber: 2.7 Consensus size: 25
8099188 CATCGCGACC
*
8099198 CACAGCTCATGTGAGCAGGCCAATTTT
1 CACAGCTCATGTGAGCA--CCAATATT
* **
8099225 CACAGCTCATGTAAGCACTTATATT
1 CACAGCTCATGTGAGCACCAATATT
*
8099250 CACAGCTCGTGTGAGCA
1 CACAGCTCATGTGAGCA
8099267 ACTCTATCTC
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CACAGCTCATGTGAGCACCAATATT
Found at i:8103866 original size:6 final size:6
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8103819 GGCGTCGGCT
* *
8103829 CCTTCC CCTTCC CCTTCC CCTTCC TCTTCC TCTTCC
1 CCTTCC CCTTCC CCTTCC CCTTCC CCTTCC CCTTCC
8103865 TCCGTGGACT
Statistics
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6 29 1.00
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Consensus pattern (6 bp):
CCTTCC
Found at i:8105074 original size:13 final size:13
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8105046 TTAGTTCCTT
8105056 TCTCATTTATGTG
1 TCTCATTTATGTG
8105069 TCTCATTTATGTG
1 TCTCATTTATGTG
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1 TCT
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Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
TCTCATTTATGTG
Found at i:8107603 original size:16 final size:16
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Indices: 8107560--8107603 Score: 52
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8107550 GATTGGGGTA
* *
8107560 AATGGAATAGAGCTGT
1 AATGGAATAGAGATGC
* *
8107576 AATAGAAAAGAGATGC
1 AATGGAATAGAGATGC
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1 AATGGAATAGAG
8107604 TTATAATCAA
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16 22 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
AATGGAATAGAGATGC
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8107550 GATTGGGGTA
8107560 AATGGAATAGAGCTGTAATAGAAAAGAGATGCAATGGAATAGAGTTATAATCAATAATTCAATTG
1 AATGGAATAGAGCTGTAATAGAAAAGAGATGCAATGGAATAGAGTTATAATCAATAATTCAATTG
8107625 TTTGGTACAATGG
66 TTTGGTACAATGG
8107638 AATGGAATAGAGCTGTAATAGAAAAGAGATGCAATGGAATAGAGTTATAATCAATAATTCAATTG
1 AATGGAATAGAGCTGTAATAGAAAAGAGATGCAATGGAATAGAGTTATAATCAATAATTCAATTG
8107703 TTTGGTACAATGG
66 TTTGGTACAATGG
8107716 AATGGAATAGAGCTGTAATAG
1 AATGGAATAGAGCTGTAATAG
8107737 TATTCTTTTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 99 1.00
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AATGGAATAGAGCTGTAATAGAAAAGAGATGCAATGGAATAGAGTTATAATCAATAATTCAATTG
TTTGGTACAATGG
Found at i:8107681 original size:16 final size:16
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Indices: 8107638--8107681 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
8107628 GGTACAATGG
* *
8107638 AATGGAATAGAGCTGT
1 AATGGAATAGAGATGC
* *
8107654 AATAGAAAAGAGATGC
1 AATGGAATAGAGATGC
8107670 AATGGAATAGAG
1 AATGGAATAGAG
8107682 TTATAATCAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 6, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 22 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (16 bp):
AATGGAATAGAGATGC
Found at i:8107915 original size:58 final size:59
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Indices: 8107835--8107985 Score: 184
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8107825 TTTTAATAAG
* * *
8107835 ATTATTATTGAATATAATTTAATAAAAATAATAAATAAATTTAAT-A-TTTTTTAACATA
1 ATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAATAAAT-AATTTAATAACATTCTTAACATA
** *
8107893 ATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATAATGTATAATTTAATAACATTCTTAATATA
1 ATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAATAAATAATTTAATAACATTCTTAACATA
*
8107951 ATTATTATTAAAATATGAA-TTAATAAAAATCATAA
1 ATTATTATT-AAATAT-AATTTAATAAAAATAATAA
8107986 TATATAATAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 8
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 8 0.10
57 11 0.14
58 40 0.51
59 11 0.14
60 9 0.11
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Consensus pattern (59 bp):
ATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAATAAATAATTTAATAACATTCTTAACATA
Found at i:8107994 original size:58 final size:58
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Indices: 8107827--8107994 Score: 168
Period size: 58 Copynumber: 2.9 Consensus size: 58
8107817 TTATTAAATT
* * *
8107827 TTAATA-AGATTATTATTGAATATAATTTAATAAAAATAATAA-ATA-AATTTAATATTTT
1 TTAATATA-ATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAATAATATATAA--TAACATTTC
* * *
8107885 TTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATAATGTATAATTTAATAACA-TTC
1 TTAATATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAT-AAT-ATATAATAACATTTC
*
8107943 TTAATATAATTATTATTAAAATATGAA-TTAATAAAAATCATAATATATAATA
1 TTAATATAATTATTATT-AAATAT-AATTTAATAAAAATAATAATATATAATA
8107995 TTAGAAAAAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 16
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
57 8 0.09
58 53 0.58
59 18 0.20
60 11 0.12
61 2 0.02
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (58 bp):
TTAATATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAATAATATATAATAACATTTC
Found at i:8110158 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 8110053--8110652 Score: 1076
Period size: 81 Copynumber: 7.4 Consensus size: 81
8110043 ATAGCAAATC
* * * * * * *
8110053 GCAC-AAATGCCTTCAGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCACAAATGCCTTCGGAACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
8110117 CCGGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
8110133 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
8110198 CCAGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
8110214 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
8110279 CCAGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
8110295 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
8110360 CCAGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
8110376 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
8110441 CCAGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
8110457 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
8110522 CCGGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
* *
8110538 ACACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
*
8110603 CCGGATATAGTCACTA
66 CCAGATATAGTCACTA
*
8110619 GCACAAAGTGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
1 GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
8110653 ATCCGAATAA
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 13, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
80 4 0.01
81 502 0.99
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GCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATGCCTTCGGGACTTAGC
CCAGATATAGTCACTA
Found at i:8118598 original size:41 final size:40
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8118455 AACCCAAGTA
* * * *
8118465 CCTTCGGGATTTA-ACCGGATATAG-CAAATCGCACAAATG
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTC-ACTAGCACAAATG
* *
8118504 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTAACTCGCACAAATG
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATG
8118544 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAAATG
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCAC-AAATG
* * *
8118585 CCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCGTCACTAGCGCAAATG
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATG
*
8118625 CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTCACTAGCACAAAGTG
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAA-TG
*
8118666 CCTTCGGGTCTTAGCCCGGATAT
1 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATAT
8118689 CATCCGAATA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 15, Indels: 6
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.07
40 94 0.57
41 60 0.36
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.23, T:0.24
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CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAATG
Found at i:8118689 original size:81 final size:80
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Indices: 8118465--8118689 Score: 328
Period size: 81 Copynumber: 2.8 Consensus size: 80
8118455 AACCCAAGTA
* * * * *
8118465 CCTTCGGGATTTAA-CCGGATATAG-CAAATCGCACAAATGCCTTCGGGACTTAGCCCGGATATA
1 CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTC-ACTAGCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
*
8118528 GTAACTCGCACAAATG
65 GTAACTAGCACAAATG
*
8118544 CCTTCGGGACTTAGCCCGGATATAGTCACTAGCACAAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
1 CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTCACTAGCAC-AAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
* *
8118609 GTCACTAGCGCAAATG
65 GTAACTAGCACAAATG
8118625 CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTCACTAGCACAAAGTGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
1 CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTCACTAGCACAAA-TGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATC
8118690 ATCCGAATAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 10, Indels: 6
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
79 12 0.09
80 19 0.14
81 101 0.77
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Consensus pattern (80 bp):
CCTTCGGGACTTAACCCGGATATAGTCACTAGCACAAATGCCTTCGGGTCTTAGCCCGGATATCG
TAACTAGCACAAATG
Found at i:8124460 original size:44 final size:45
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8124357 ACAGGACAGA
* *
8124367 ACAGAAATGAGTCATGTAAGTCCATATTAGAAATATGGCTTTGGAG
1 ACAGGAATGAGTCATGTAAGTCCATATTA-AAATATGGCATTGGAG
* * *
8124413 ACAGGATTGAGCCATGTAAGTCCATATT-ATATATGGCATTGGAG
1 ACAGGAATGAGTCATGTAAGTCCATATTAAAATATGGCATTGGAG
* * * * *
8124457 ACAGGAATAATTCATGTAAGTCCATGTCAAAGACATGGCATTGG
1 ACAGGAATGAGTCATGTAAGTCCATATTAAA-ATATGGCATTGG
8124501 CAGGATATTG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 13, Indels: 4
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 36 0.49
45 1 0.01
46 36 0.49
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
ACAGGAATGAGTCATGTAAGTCCATATTAAAATATGGCATTGGAG
Found at i:8126026 original size:522 final size:522
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Indices: 8125038--8126082 Score: 1449
Period size: 522 Copynumber: 2.0 Consensus size: 522
8125028 TTGATGATTA
* * * *
8125038 TCACATGAAAATTATGAAAAATGTGAAAGTAACCTAAAAACAGATTCAAGTAACAGAAATGACGT
1 TCACATGAAAACTAAGAAAAATGTGAAAGTAACCTAAAAACAGATTCAAGTAACAGAAATAACGG
* *
8125103 AACTTTTAAAAATCACTAAAAATTGCAGAAACATAGTTTGAAGATGAATAATATATTAAATTAAA
66 AACTTTTAAAAATCACTAAAAATTGCAGAAACATAGGTTGAAGATGAATAATATATGAAATTAAA
* * *
8125168 TCTTATTATGTATATTTTCTTATGGAATAAGCAAAACAGGTAAAGGTATTATATTTTATGAGATA
131 GCTCATTATGTATATTTTCATATGGAATAAGCAAAACAGGTAAAGGTATTATATTTTATGAGATA
* * *
8125233 TCTGAGTTTTAGTGAAACAGGGTCAGAGCAATTTCTGGATCCCCTGTTTCAAATTTGGAAATTCA
196 TCTGAGTTTTAGTGAAACAGGGCCAGAGCAATTTCTGGATCCCCTGTTCCAAATTTAGAAATTCA
* * *
8125298 CCATAAATTTTACAAAACTAATTAGAAGGTGTAATTTATATGGTTAGAATCCTTGTTGAATCTAG
261 CCATAAATTTTAAAAAACTAATTAGAAGGTGTAATTTACATGGTTAGAATCCTTATTGAATCTAG
*
8125363 TTTTGAGAGAAACAAACTGCTTAGTCATATGAATTTTTTACAGGAAGAAACATGGCTCGTAGTAA
326 TTTTAAGAGAAACAAACTGCTTAGTCATATGAATTTTTTACAGGAAGAAACATGGCTCGTAGTAA
* * * * * *
8125428 GAAGAGGTCAGTGTAGTTGAGTTTTGAAACAGTGGAAAATTTAACTAATAAACTTTACTAATTGG
391 GAAGAGGACAGTGCAGTTGAATTCTGAAACAGGGGAAAATTTAACTAATAAACTGTACTAATTGG
8125493 CCAAGTCAAAAATTCTAGAAAAAAATTAGTAGATATATATATGAGTCTAGTTTCAGAAAAAATTT
456 CCAAGTCAAAAATTCTAGAAAAAAATTAGTAGATATATATATGAGTCTAGTTTCAGAAAAAATTT
8125558 AC
521 AC
* * *
8125560 TCACATGAAAACTAAGAAAAATGTGAAAGTAACTTAAAAATAGATTCAAGTATCAGAAATAACGG
1 TCACATGAAAACTAAGAAAAATGTGAAAGTAACCTAAAAACAGATTCAAGTAACAGAAATAACGG
* * * * * *
8125625 GA-TTTTGAAAAATCAC-AAGAAATTGTAGAGACATTGGTTGATGGTGAATAATATATGAAATTA
66 AACTTTT-AAAAATCACTAA-AAATTGCAGAAACATAGGTTGAAGATGAATAATATATGAAATTA
* * * * *
8125688 AAGCTCGTTGTGTCTATTTTCATATGGAATAAGCAAAACAGGTAAAGGTTTTGTATTTTAT-AGG
129 AAGCTCATTATGTATATTTTCATATGGAATAAGCAAAACAGGTAAAGGTATTATATTTTATGA-G
* * * * *
8125752 GTATCTGAGTTTTGGTGAAATAGGGCCAGAGCGATTTCTGGATCCCCTGTTCCAACTTTAGAAAT
193 ATATCTGAGTTTTAGTGAAACAGGGCCAGAGCAATTTCTGGATCCCCTGTTCCAAATTTAGAAAT
* ** *
8125817 TCACCATAAATTTTAAAAAAGTAATTAGGTGGTGTACTTTACATGGTTAGAATCCTTATTGAATC
258 TCACCATAAATTTTAAAAAACTAATTAGAAGGTGTAATTTACATGGTTAGAATCCTTATTGAATC
* * * *
8125882 TAGTTTTAATAGAAGCAAAC-GGTATAGTCATATG-ATTTTTGTACA-GAGAGAAA-AGTGGTTC
323 TAGTTTTAAGAGAAACAAACTGCT-TAGTCATATGAATTTTT-TACAGGA-AGAAACA-TGGCTC
* * *
8125943 GTAGTAAGTAGA-GACAAGTGCAGTTGAATTCTGAAACAGGGGTAACTTTAACTAATAAACTGTA
384 GTAGTAAGAAGAGGAC-AGTGCAGTTGAATTCTGAAACAGGGGAAAATTTAACTAATAAACTGTA
* * * * *
8126007 CTAATTGGCTAATTCAAAAATTCTAGAAAAAATTTAGTAGATATATGTATGAGTCTAGTTTCAGG
448 CTAATTGGCCAAGTCAAAAATTCTAGAAAAAAATTAGTAGATATATATATGAGTCTAGTTTCAGA
8126072 AAAAATTTAC
513 AAAAATTTAC
8126082 T
1 T
8126083 GATCTTAATT
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 57, Indels: 16
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
521 20 0.04
522 438 0.96
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (522 bp):
TCACATGAAAACTAAGAAAAATGTGAAAGTAACCTAAAAACAGATTCAAGTAACAGAAATAACGG
AACTTTTAAAAATCACTAAAAATTGCAGAAACATAGGTTGAAGATGAATAATATATGAAATTAAA
GCTCATTATGTATATTTTCATATGGAATAAGCAAAACAGGTAAAGGTATTATATTTTATGAGATA
TCTGAGTTTTAGTGAAACAGGGCCAGAGCAATTTCTGGATCCCCTGTTCCAAATTTAGAAATTCA
CCATAAATTTTAAAAAACTAATTAGAAGGTGTAATTTACATGGTTAGAATCCTTATTGAATCTAG
TTTTAAGAGAAACAAACTGCTTAGTCATATGAATTTTTTACAGGAAGAAACATGGCTCGTAGTAA
GAAGAGGACAGTGCAGTTGAATTCTGAAACAGGGGAAAATTTAACTAATAAACTGTACTAATTGG
CCAAGTCAAAAATTCTAGAAAAAAATTAGTAGATATATATATGAGTCTAGTTTCAGAAAAAATTT
AC
Found at i:8127830 original size:27 final size:27
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Indices: 8127792--8127847 Score: 112
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
8127782 CTAAGATTTA
8127792 AATCTATCTGTAAGATCAAACTCTGAG
1 AATCTATCTGTAAGATCAAACTCTGAG
8127819 AATCTATCTGTAAGATCAAACTCTGAG
1 AATCTATCTGTAAGATCAAACTCTGAG
8127846 AA
1 AA
8127848 ATGGAACTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 29 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
AATCTATCTGTAAGATCAAACTCTGAG
Found at i:8130343 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 8130335--8130360 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
8130325 GTACACTTAT
8130335 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA AT
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA AT
8130361 TGTGGGTGGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:8133510 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8133489--8133556 Score: 109
Period size: 16 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
8133479 TTTGGTTCGC
*
8133489 TGTATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGAATAGAGG
8133505 TGTATTGGAATAGAGG
1 TGTATTGGAATAGAGG
*
8133521 TGTATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGAATAGAGG
*
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*
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1 TGTA
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* * *
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* ***
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*
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*
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*
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*
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1 AT
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TATAT
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*
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*
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* * * *
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*
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*
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AAAG
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*
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*
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*
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* *
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* * * ** * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* * *
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1 T
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* * *
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*
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* *
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* *
8160563 TCACACAAAACAAAAAACACAACCCTTTCTGAAAAACTCTTTTCTCACTTTTTTAT
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* * * * *
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* * *
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66 TCACACAAAACAAAAAACACAACCCTCTCTGAAAAACACTTTTCTC
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** * *
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1 TAGGGTCCAAGGTTCAACGTT
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1 TAGG
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1 TTTTATTT-AAAAATAAA
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** *
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*
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1 CCCTAAACTTTTTAAAATTGCATCATGAC
*
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1 CCCTAAACTTTTTAAAATTGCATCATGAC
* *
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1 CCCTAAACTTTTTAAAATTGCATCATGAC
* *
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* *
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***
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* * *
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*
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* *
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** *
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*** * *
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* * *
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* *
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1 ACAGCAGGC
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ACAGCAGGCCCACTGCA
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*
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Statistics
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AAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGG
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8169236 GGCAGCAGGC
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8169271 AAAAAAAAAAG
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8169294 AAAAA
1 AAAAA
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AAAAAAAAAAG
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*
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* *
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*
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*
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64 TTAATTTCTG
* *
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*
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*
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65 TAATTTCTG
* *
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* *
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64 TTAATTTCTG
*
8182121 TTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTAATT
1 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
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64 TTAATTTCTG
** *
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* * * *
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* *
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* * * ** *
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*
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* * * * *
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1 TTTTTT-TAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCAC--GCT-GAGGTA-
*
8182491 TTCTTTTAAATTTCTT
61 -T-TTTT-AATTTCTG
* * * * *
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1 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGT--CACGCTGAGG---
* *
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59 TATTTTT-AATTTCTG
* * ** * *
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1 TTTTTT--TAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGT--CACGCTGAGGTA-
*
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61 -T-TTTT-AATTTC--TG
* * * * ** * *
8182671 TTTTTTTCAAAAAAATCAACTCATATTGCGAGAGGTAAGTTGAGCCTCAGACCATGCCGAGGTAT
1 TTTTTTT----AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTA-
*
8182736 TTCTTTTAAATTTTTG
61 -T-TTTT-AATTTCTG
** * * * * * * ** * * *
8182752 TTTTTCAAAAAATCAACTCATATTGCGAAATGTGAGTTAAGCCTTGGACCATGCCGACGTATTTC
1 TTTTT-TTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTA--T-
8182817 TTTTAAATTTCTG
62 TTTT-AATTTCTG
** * ** *
8182830 TTTTTCAAAAATCAACTCATATTGTGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCCGAGGTATTTTT
1 TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
*
8182895 CAATTCCTG
66 -AATTTCTG
** * * * * * * *
8182904 TTTTTCAAAAATCAACTCATACTGCAAGGGGTGAGTTGAGCCTCGGGCCGCATGCCGAGGTATTC
1 TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGG--TCACGCTGAGGTA-T-
*
8182969 TTTTCAAATTCTG
62 TTTT-AATTTCTG
** * * *
8182982 TTTTTCAAAAATCAACTCATATTGCGAAAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTC
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8183031 GCACGCCGAG
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TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
AATTTCTG
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8181562 CTTTCAAGAA
*
8181572 ATATTTTTCAATTTCTGCTTTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
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* * *
8181637 TCTGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTCTGTCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGGTG
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127 AGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAG
*
8181726 ATATTTTTAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCT
1 ATATTTTTAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCG
*
8181791 GGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTCTGTCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGTTGAGT
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* * *
8181877 GTATTTTTAATTTCTGTCTTTTTTT---AAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCG
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*
8181939 GGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTTTGTCTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTT-A
66 GGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTCTG--TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGA-GTTGA
*
8182003 GTTGAGCCTCAGGTCACGCTGAGG
128 GTTGAGCCTCGGGTCACGCTGA-G
* *
8182027 TATTTTTTTTAAATTTC--TGTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
1 -A-TATTTTT-AATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
* * *
8182090 TCGGGTCACGCTGCGGGATTTTTAATTTCTGTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGT
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8182155 GAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAG
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* * *
8182180 GTAATTTTAATTTCTGTCTTTTTTTT----AATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTC
1 ATATTTTTAATTTCTAT-TTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTC
*
8182241 GGGTCACGCTGCGGTATTTTTAATTTCTGTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGA-TGT
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* * *
8182305 GAGTTGAGCCTCAGGTCACATACCGAG
126 GAGTTGAGCCTCGGGTCAC--GCTGAG
* ** ** * * * * *
8182332 GT-TTTTTTTTTTAAATTCATGTTTTCTAAAATCAACTCATATTGCGAGAGGTGAGTTGAGCCTC
1 ATATTTTTAATTTCTATT-TTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTC
** * * * * *
8182396 GGACCACATCCTGAGGTACTTTTCAATTTCTGTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATGCGAGAGGT
65 GGGTCAC--GCTGAGGTA-TTTTTAATTTCTGTTTTTT-TAAAATCAACTCATAATACGAGAGTT
* *
8182461 GAGTTGAGCCTC-AGACACATG-TCGAG
126 GAGTTGAGCCTCGGGTCAC--GCT-GAG
* * *
8182487 ATATTTCTTTTAAATTTC--TTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATATTGCGAGAAGTGAGTTGAGC
1 ATA--T-TTTT-AATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGC
* * * * * * **
8182550 CTCAGGTCACACGCTAAGGCATTTTTTTTAAATTTATGTTTTTTCAAAAAATCAACTCATATTGT
62 CTCGGGT--CACGCTGAGG---TATTTTT-AATTTCTGTTTTTT--TAAAATCAACTCATAATAC
*
8182615 GAGA-TGTGAGTTTAGCCTCGGGTCACACGCTGAGG
119 GAGAGT-TGAGTTGAGCCTCGGGT--CACGCTGA-G
* * * *
8182650 TATTTCTTTTAAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAAAATCAACTCATATTGCGAGAGGTAAGTTGAG
1 -ATAT-TTTT-AATTTCTATTTTTTTTTC--AAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAG
* ** * * * ** * *
8182715 CCTCAGACCATGCCGAGGTATTTCTTTTAAATTTTTGTTTTTCAAAAAATCAACTCATATTGCGA
61 CCTCGGGTCACGCTGAGGTA--T-TTTT-AATTTCTGTTTTT-TTAAAATCAACTCATAATACGA
* * * ** * *
8182780 -AATGTGAGTTAAGCCTTGGACCATGCCGACG
121 GAGT-TGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGA-G
* ** * **
8182811 -TATTTCT--TTTAAATTTCTGTTTTTCAAAAATCAACTCATATTGTGAGAGGTGAGTTGAGCCT
1 ATATTTTTAATTTCTATTT-T-TTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCT
* * ** * * * * *
8182873 CGGGTCACGCCGAGGTATTTTTCAATTCCTGTTTTTCAAAAATCAACTCATACTGCAAGGGGTGA
64 CGGGTCACGCTGAGGTATTTTT-AATTTCTGTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGTTGA
* * *
8182938 GTTGAGCCTCGGGCCGCATGCCGAG
128 GTTGAGCCTCGGG--TCACGCTGAG
* * * * * * *
8182963 GTA-TTCT--TTTCAAATTCTGTTTTTCAAAAATCAACTCATATTGCGAAAGGTGAGTTGAGCCT
1 ATATTTTTAATTTC-TATT-TTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCT
8183025 CGGGTC
64 CGGGTC
8183031 GCACGCCGAG
Statistics
Matches: 1121, Mismatches: 117, Indels: 136
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
148 63 0.06
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166 38 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (150 bp):
ATATTTTTAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCG
GGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTCTGTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGTTGAGTT
GAGCCTCGGGTCACGCTGAG
Found at i:8182052 original size:225 final size:224
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Indices: 8181593--8183030 Score: 1383
Period size: 225 Copynumber: 6.2 Consensus size: 224
8181583 TTTCTGCTTT
*
8181593 TTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCTGGTCACGCTGAGGTATTT
1 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
*
8181658 TTAATTTCTGTCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCT
64 TTAATTTCTGT-TTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCT
* *
8181723 GAGATATTTTTAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
128 GAGGTATTTTTAATTTCT-GTTTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
*
8181788 TCTGGTCACGCTGAGGTA---TTTTT-AATTTCTG
190 TCAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
* *
8181819 TCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGTTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
1 T-TTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
*
8181884 TAATTTCTGTCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTG
65 TAATTTCTGT-TTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTG
* *
8181949 AGGTATTTTTAATTTTTGTCTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTTAGTTGAGCCTCA
129 AGGTATTTTTAATTTCTGT-TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCA
8182014 GGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
193 GGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
* *
8182046 TTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGCGGGATTT
1 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
8182111 TTAATTTCTGTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGC
64 TTAATTTCTGTTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGC
* *
8182176 TGAGGTAATTTTAATTTCTGTCTTTTTTT-TAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCT
127 TGAGGTATTTTTAATTTCTGT-TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCT
* *
8182240 CGGGTCACGCTGCGGTA---TTTTT-AATTTCTG
191 CAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
* * * *
8182270 TTTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATACGAGATGTGAGTTGAGCCTCAGGTCACATACCGAGGTT
1 -TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCAC--GCTGAGG--
* * * * * *
8182335 TTTTTTTTTAAATTCATG-TTTTCTAAAATCAACTCATATTGCGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGA
59 --TATTTTTAATTTC-TGTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGG
* * * ** *
8182399 CCACATCCTGAGGTACTTTTCAATTTCTGTTTTTTCAAAAATCAACTCATAATGCGAGAGGTGAG
121 TCAC--GCTGAGGTA-TTTTTAATTTCTGTTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAG
* * * *
8182464 TTGAGCCTCA-GACACATG-TCGAGATATTTCTTTTAAATTTCTT
183 TTGAGCCTCAGGTCAC--GCT-GAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
* * * * *
8182507 TTTTTTTCAAAAATCAACTCATATTGCGAGAAGTGAGTTGAGCCTCAGGTCACACGCTAAGGCAT
1 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGT--CACGCTGAGG---
* * * * ** * *
8182572 TTTTTTTAAATTTATGTTTTTTCAAAAAATCAACTCATATTGTGAGATGTGAGTTTAGCCTCGGG
59 TATTTTT-AATTTCTGTTTTTT--TAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGG
* * *
8182637 TCACACGCTGAGGTATTTCTTTTAAATTTCTATTTTTTTTTCAAAAAAATCAACTCATATTGCGA
121 T--CACGCTGAGGTA--T-TTTT-AATTTCT-GTTTTTTTT----AAAATCAACTCATAATACGA
* ** * * * *
8182702 GAGGTAAGTTGAGCCTCAGACCATGCCGAGGTATTTCTTTTAAATTTTTG
175 GAGGTGAGTTGAGCCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
** * * * * * * ** * * *
8182752 TTTTTCAAAAAATCAACTCATATTGCGAAATGTGAGTTAAGCCTTGGACCATGCCGACGTATTTC
1 TTTTT-TTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTA--T-
** * **
8182817 TTTTAAATTTCTGTTTTTCAAAAATCAACTCATATTGTGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACG
62 TTTT-AATTTCTGTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACG
* * ** * * * *
8182882 CCGAGGTATTTTTCAATTCCTG-TTTTTCAAAAATCAACTCATACTGCAAGGGGTGAGTTGAGCC
126 CTGAGGTATTTTT-AATTTCTGTTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCC
* * * * * *
8182946 TCGGGCCGCATGCCGAGGTATTCTTTTCAAA-TTCTG
190 TCAGG--TCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
** * * *
8182982 TTTTTCAAAAATCAACTCATATTGCGAAAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTC
1 TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTC
8183031 GCACGCCGAG
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 118, Indels: 103
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
223 51 0.05
224 9 0.01
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240 46 0.04
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247 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (224 bp):
TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
AATTTCTGTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAG
GTATTTTTAATTTCTGTTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCAGGT
CACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTCTG
Found at i:8183255 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8183221--8183339 Score: 157
Period size: 29 Copynumber: 4.1 Consensus size: 29
8183211 TTAAATTTTT
8183221 TTGCATTTTGACCCCTAAACTTTTTAAAA
1 TTGCATTTTGACCCCTAAACTTTTTAAAA
* *
8183250 TTGCATTTTGACACTTAAACTTTTTAAAA
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***
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*
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* *
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*
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*
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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*
8204442 TC
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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66 GAATAGGTTAAAGATTGAGAATCATATCTCCCTGGGCAGCAGTGGAATAGATTGAAGATTGTAGA
* * *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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66 CGTTTTA
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* *
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* ** *
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**
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*
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*
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*
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*
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* * ** * * ** *
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*
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* *** *
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*
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*
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* ** *
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* *
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** *
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* *
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* * * *
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* * **
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* * *
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* *
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* *
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*
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*
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1 CGGCCACGTCAGCGCGAGTTGCTGACATGGCAGCAAATCGCGTCCTAGA
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* *
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*
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8253062 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
1 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
8253110 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
1 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
8253158 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
1 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
8253206 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
1 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA
*
8253254 AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AAA AGA AGA
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1 G
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1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
8259165 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
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1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG
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Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 7
0.77 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 14 0.34
19 1 0.02
21 24 0.59
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.12, C:0.13, G:0.39, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TGAGTTGGGGTAGCCTGTTC
Found at i:8261083 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 8261069--8261120 Score: 86
Period size: 9 Copynumber: 5.6 Consensus size: 9
8261059 TTTGGTTAAA
8261069 AATTACCCG
1 AATTACCCG
8261078 AATTACCCG
1 AATTACCCG
8261087 AATTACCCG
1 AATTACCCG
8261096 AAAATTACCCG
1 --AATTACCCG
8261107 AATTACCCG
1 AATTACCCG
8261116 AATTA
1 AATTA
8261121 AATCACTACA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 4
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
9 32 0.78
11 9 0.22
ACGTcount: A:0.38, C:0.29, G:0.10, T:0.23
Consensus pattern (9 bp):
AATTACCCG
Done.