Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Warning! 915496 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 30 of 161
Found at i:9418538 original size:9 final size:9
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Indices: 9418520--9418549 Score: 51
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1 TTAGGATTT
*
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1 TTAGGATTT
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1 TTA
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TTAGGATTT
Found at i:9418543 original size:18 final size:18
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9418510 GTTTCTCAGG
*
9418520 TTAGGATTTTTAGGGTTT
1 TTAGGATTTTTAAGGTTT
9418538 TTAGGATTTTTAAGGTTT
1 TTAGGATTTTTAAGGTTT
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1 TT
9418558 GGGGAAAAAG
Statistics
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0.95 0.05 0.00
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18 19 1.00
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TTAGGATTTTTAAGGTTT
Found at i:9418955 original size:127 final size:126
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9418673 AGTAGTATGA
* * * * * * *
9418683 TTTATCAGAAGGATTTTTGAAGTCGCGCTCACGTGTACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGAA
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*
9418748 AAATAATTTCGAGTTGATGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAA-CGCTTCAAGCAGGATGC
66 AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAATCGCTTCAAGCAGGATGC
* * * * * * *
9418808 TTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGTGCCCTCGTGGATGCACTTTTGCTACCGTTGGTCCTGGAA
1 TTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACATGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGAA
* *
9418873 GAAATAATTTCGAGTTGACATTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAATCGCTTCAAGCGGGATGC
66 -AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAATCGCTTCAAGCAGGATGC
* * * *
9418935 TTTATGAGAAGAGTTTGTGAAATCGCACCCACATGGACGTGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGAAA
1 TTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACATGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGAA
* *
9419000 AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAACAAT-GCTGT-AAGCAAGATGC
66 AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAA-AATCGCT-TCAAGCAGGATGC
* *
9419061 TATT-TGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCTCATGGACACGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGA
1 T-TTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACATGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGA
* * * * *
9419125 AAAATAATTTTGA---GACGTTTCTGAGCAAAT--TGTATAAAATTGCTTCTAGCAGGATGC
65 AAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAATCGCTTCAAGCAGGATGC
* *
9419182 TATATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGCTTTTGCTACAGTAG
1 TTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACATGGACGCGCTTTTGCTACAGTAG
9419238 CATATTCGGG
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 45, Indels: 20
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
120 5 0.01
121 67 0.18
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TTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACATGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCCTGGAA
AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTTTAAAAAATCGCTTCAAGCAGGATGC
Found at i:9420682 original size:416 final size:416
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Indices: 9419911--9420743 Score: 1470
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9419901 TGGGGACGTT
* * * *
9419911 ATGAAATGCCCAGAAGAAGGGATGATGTACTCCCTACGATGTCAACTGGTGAGGGGACCTTGTAC
1 ATGAAATGCCCAGAAGAAGGGATGATGTACTCCCTACGACGTCAACCGGTGAGGGGACCTCGCAC
* * *
9419976 GCTGCAGATGATTGTAGGTTAGAAGATGACTCTGATATGGATCCACCTCGAGAGCCCGAGCCCGA
66 GCTGCAGATGATTGTAAGTTAGAAGATGACTCCGATATGGATCCACCTCAAGAGCCCGAGCCCGA
* *
9420041 TAGTGCAGAAATTGGCTTATTTTTTGAACCGGAGCCTATTCCAACAGAACCTAAAGATGCTGAGA
131 TAGTACAGAAATTGGCTTATTTTTTGAACCGGAGCCTATTCCAACAGAACCTAAAGATGCTGAAA
9420106 GGAGTTCAGATGAAGAAGAAAATCCTCGATTCAGAGCATACTCACCTCCAGCCCACATGCATAAT
196 GGAGTTCAGATGAAGAAGAAAATCCTCGATTCAGAGCATACTCACCTCCAGCCCACATGCATAAT
* * *
9420171 GTCGATCTGTCTGCAGATGATGCATTAGACTTTTCAAATCTACCACACCGGTTGTGTGATCGTAC
261 GTCGATCTGTCTGCAGATGATACATTAGACTATCCAAATCTACCACACCGGTTGTGTGATCGTAC
9420236 AAGTTCAGGGCTAGATTCGGGTGAATTTGAAGTTGGTAATCAGTTTACCAATAAGGATAGTTTTA
326 AAGTTCAGGGCTAGATTCGGGTGAATTTGAAGTTGGTAATCAGTTTACCAATAAGGATAGTTTTA
9420301 TTGGTGCTTCGAAACAACATAGCATC
391 TTGGTGCTTCGAAACAACATAGCATC
9420327 ATGAAATGCCCAGAAGAAGGGATGATGTACTCCCTACGACGTCAACCGGTGAGGGGACCTCGCAC
1 ATGAAATGCCCAGAAGAAGGGATGATGTACTCCCTACGACGTCAACCGGTGAGGGGACCTCGCAC
* *
9420392 GCTGCAGATGATTGTAAGTTAGAAGATGACTCCGATGTGGATCCACCTCAAGAGCCCGGGCCCGA
66 GCTGCAGATGATTGTAAGTTAGAAGATGACTCCGATATGGATCCACCTCAAGAGCCCGAGCCCGA
* * *
9420457 TGGTATAGAAGTTGGCTTATTTTTTGAACCGGAGCCTATTCCAACAGAACCTAAAGATGCTGAAA
131 TAGTACAGAAATTGGCTTATTTTTTGAACCGGAGCCTATTCCAACAGAACCTAAAGATGCTGAAA
*
9420522 GGAGTTCAGATGAAGAAGAAAAT-CTACGATTCAGAGCATACTCACGTCCAGCCCACATGCATAA
196 GGAGTTCAGATGAAGAAGAAAATCCT-CGATTCAGAGCATACTCACCTCCAGCCCACATGCATAA
* *
9420586 TGTCGATCTGTCTGCAGATGATACGTTAGAGTATCCAAATCTACCACACCGGTTGTGTGATCGTA
260 TGTCGATCTGTCTGCAGATGATACATTAGACTATCCAAATCTACCACACCGGTTGTGTGATCGTA
9420651 CAAGTTCAGGGCTAGATTCGGGTGAATTTGAAGTTGGTAATCAGTTTACCAATAAGGATAGTTTT
325 CAAGTTCAGGGCTAGATTCGGGTGAATTTGAAGTTGGTAATCAGTTTACCAATAAGGATAGTTTT
9420716 ATTGGTGCTTCGAAACAACATAGCATC
390 ATTGGTGCTTCGAAACAACATAGCATC
9420743 A
1 A
9420744 AAAACGACGT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 20, Indels: 2
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
415 2 0.01
416 394 0.99
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Consensus pattern (416 bp):
ATGAAATGCCCAGAAGAAGGGATGATGTACTCCCTACGACGTCAACCGGTGAGGGGACCTCGCAC
GCTGCAGATGATTGTAAGTTAGAAGATGACTCCGATATGGATCCACCTCAAGAGCCCGAGCCCGA
TAGTACAGAAATTGGCTTATTTTTTGAACCGGAGCCTATTCCAACAGAACCTAAAGATGCTGAAA
GGAGTTCAGATGAAGAAGAAAATCCTCGATTCAGAGCATACTCACCTCCAGCCCACATGCATAAT
GTCGATCTGTCTGCAGATGATACATTAGACTATCCAAATCTACCACACCGGTTGTGTGATCGTAC
AAGTTCAGGGCTAGATTCGGGTGAATTTGAAGTTGGTAATCAGTTTACCAATAAGGATAGTTTTA
TTGGTGCTTCGAAACAACATAGCATC
Found at i:9422926 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 9422827--9423557 Score: 442
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9422817 TCAAATTATA
* * * *
9422827 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGTG-TTAGGGGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTA-TGGT
* * *
9422869 TTTTATTTAAGGGTTATGATTTTAAAGTTAAGGGTTTATGGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* *
9422911 ATTTAATTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTATATGGT
1 -TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* *
9422954 TTTAAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGTT
1 TTT-AAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGG-T
* *** * *
9422998 TTTAAGATAAGGGTT-T-AGGGTT---TT-AGGTTTTAAGGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* ** * *
9423034 TATTAATTTAAGGGTTTACAATTTTTAAGTTAAGAGTTTAGGGT
1 T-TTAAGTTAAGGG-TTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* ** * *
9423078 TTTAAAGTTAATGGTTATGGCTTTTAATTTAAGGGTTACAAT--T
1 TTT-AAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTT--TATGGT
* * *
9423121 TTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGTGCT
1 TTTAAGTTAAGGG-TTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTA-TGGT
*
9423164 TTTAATTTAAGGGTTAT-AGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTAGAGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGA-TTTTTAAGTTAAGGGTTT-A-----T-G-GT
* * *
9423214 TTTAATTTAACGGTTTAT-AGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGT
1 TTTAAGTTAA-GGGTTATGA-TTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* ** *
9423257 TTTAAAGTTAAGGGTTAGGGCTTTTAAGTTAAGGGTTACAAT--T
1 TTT-AAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTT--TATGGT
* * * * * *
9423300 TTTAAGTTAAGAGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGG-TTAGTGCT
1 TTTAAGTTAAG-GGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTA-TGGT
* ** *
9423343 TTTAATTTAAGGGTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
* ** *
9423385 TTTAAAGTTAAGTGTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTT
1 TTT-AAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGG-T
* * ***
9423429 TTTAAGTAAAAGGTT-T-AGGGTT---TTAA-GGTTTATGGTT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGG-T
* *
9423466 TTTAATTTAAGGGTTTACGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGTT
1 TTTAAGTTAAGGG-TTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGG-T
* * * ** *
9423510 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTTAAAAGTTTAGGGT
1 TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
9423552 TTTAAG
1 TTTAAG
9423558 GTTTTAAAGT
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 98, Indels: 94
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 2 0.00
37 39 0.07
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TTTAAGTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGT
Found at i:9422946 original size:64 final size:62
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Indices: 9422830--9423214 Score: 336
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9422820 AATTATATTT
* * * * * * *
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* * * * *
9422958 AAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGTTTTTAAGATAAGGGTTTAGGGTTTT-
1 AAGTTAAGGGTTATGG-TTTTAATTTAAGGG-TTATGATTTTTAAGTTAAGGG-TTATGGTTTTA
* * ** * *
9423022 AGGTT-----TTAAGGTTATTAATTTAAGGGTTTACAATTTTTAAGTTAAGAGTTTAGGGTTTTA
1 AAGTTAAGGGTTATGGTT-TTAATTTAAGGG-TTATGATTTTTAAGTTAAG-GGTTATGGTTTTA
* ** * *
9423082 AAGTTAATGGTTATGGCTTTTAATTTAAGGGTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTT
1 AAGTTAAGGGTTATGG-TTTTAATTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGG-TTATGGTTTTA
* *
9423146 AAGTTAAGGGTTAGTGCTTTTAATTTAAGGGTTAT-AGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTA
1 AAGTTAAGGGTTA-TGGTTTTAATTTAAGGGTTATGA-TTTTTAAGTTAAGGG-TTATGGTTTTA
*
9423210 GAGTT
1 AAGTT
9423215 TTAATTTAAC
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 30, Indels: 37
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
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59 42 0.15
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AAGTTAAGGGTTATGGTTTTAATTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTATGGTTTTA
Found at i:9423202 original size:29 final size:29
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9423159 GTGCTTTTAA
* *
9423169 TTTAAGGGTTATAG-TTTTTAAGTTAAGGG
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* *
9423198 TTTAAGGTTTTAGAGTTTTAATTTAACGG
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9423227 TTTA
1 TTTA
9423231 TAGTTTTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.25
29 21 0.75
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TTTAAGGTTATAGAGTTTTAAGTTAACGG
Found at i:9423238 original size:51 final size:50
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*
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* *
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9423264 TT
1 TT
9423266 AAGGGTTAGG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
50 11 0.22
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TTTTAATTTAAGGGTTATAGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTAAAG
Found at i:9423243 original size:29 final size:29
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*
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* *
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1 TTTTAAGTTAACGGTTTA-AGGTTTTAGAG
9423242 TT
1 TT
9423244 AAGGGTTTAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 20 0.74
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Consensus pattern (29 bp):
TTTTAAGTTAACGGTTTAAGGTTTTAGAG
Found at i:9423337 original size:64 final size:65
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Indices: 9423213--9423540 Score: 361
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* * * * *
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* * * *
9423278 TTTTAAGTTAAGGG-TTACAATTTTTAAGTTAAGAGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGGTTAGTGC
1 TTTTAATTTAAGGGTTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGGTTAGGGT
* ***
9423342 TTTTAATTTAAGGG-TTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTAAAGTT-AAGTGTTACAA
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9423405 T
65 T
* * * * * *
9423406 TTTTAAGTTAAGGGTTTA-AGGTTTTTAAGTAAAAGGTTTAGGGTTTT-AAG-----GTTTATGG
1 TTTTAATTTAAGGGTTTACA-ATTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGGTTAGGG
9423464 T
65 T
* * * *
9423465 TTTTAATTTAAGGGTTTACGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
1 TTTTAATTTAAGGGTTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGGTTAGGGT
9423530 TTTTAATTTAA
1 TTTTAATTTAA
9423541 AAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 31, Indels: 20
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
59 44 0.20
60 4 0.02
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TTTTAATTTAAGGGTTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAAGGTTAGGGT
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Indices: 9423438--9423467 Score: 51
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9423428 TTTTAAGTAA
9423438 AAGGTTTAGGGTTTT
1 AAGGTTTAGGGTTTT
*
9423453 AAGGTTTATGGTTTT
1 AAGGTTTAGGGTTTT
9423468 TAATTTAAGG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.30, T:0.50
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AAGGTTTAGGGTTTT
Found at i:9423490 original size:81 final size:80
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9423360 AATTTTTAAG
*
9423370 TTAAGGGTTTAAGGTTTTAAAGTTAAGTGTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTTAAG
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*
9423435 TAAAAGGTTTAGGGTT
66 T-AAAGGGTTAGGGTT
* * * * *
9423451 TTAA-GGTTTATGGTTTTTAATTTAAGGGTTTACGATTTTTAAGTTAAGGGTTTATGGTTTTTAA
1 TTAAGGGTTTAAGGTTTTAAAGTTAAGGG-TTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTTAA
*
9423515 GTTAAGGGTTAGGGTT
65 GTAAAGGGTTAGGGTT
9423531 TT
1 TT
9423533 TAATTTAAAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 8, Indels: 3
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
80 34 0.47
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TTAAGGGTTTAAGGTTTTAAAGTTAAGGGTTACAATTTTTAAGTTAAGGGTTTAAGGTTTTTAAG
TAAAGGGTTAGGGTT
Found at i:9423572 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 9423527--9423673 Score: 152
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9423517 TAAGGGTTAG
9423527 GGTTTTTAATTTAAAAGTTTAGGGTTTTAAGGTTTTAA
1 GGTTTTTAATTTAAAAGTTTAGGGTTTTAAGGTTTTAA
* ** * *
9423565 AGTTTTTAATTTAAGGGTTTAGGGTTTTTACGTTAAGGGTTAA
1 GGTTTTTAATTTAAAAGTTTAGGGTTTTAAGGTT-----TTAA
* *
9423608 GGTTTTTAATTTATGAA-TTTAGGGTTTTAGGGTTTTAA
1 GGTTTTTAATTTA-AAAGTTTAGGGTTTTAAGGTTTTAA
* *
9423646 GGTTTTAAATTTAAAGGTTTAGGGTTTT
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* * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* ** *
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1 TTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAA-GTTAAGGGTTAAGG
* *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAAGG
* * ** *
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1 TTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAA-GGGTTAAGG
* *
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1 TTTTTAAG-TTAA-G---GGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAAGG
9423871 TTT
1 TTT
9423874 GTCAATTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* *
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* *
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* * * * * * * * **
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1 TTTTTAATTTAAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAAGGTTTTTAATTTAAAAGTTTAGG
*
9423712 GTTTTAAGATTTTAAAG
65 GTTTTAAGGTTTTAAAG
9423729 TTT
1 TTT
9423732 AGGGTTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAAGGTTTTAAAG
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* * *
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*
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1 AAGG-TTTAGGGTTTTTAA-GTTTTAAATTTA
9423659 AAGGTTTAGGGTTTTTAA
1 AAGGTTTAGGGTTTTTAA
9423677 ATTAAAAGTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * *
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64 T
* * * * * * *
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*
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64 T
* * *
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63 GT
* * * * * * * * *
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*
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64 T
* * * * * * *
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*
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64 T
* * * * * *
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*
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** * * * *
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*
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*
9423355 G
64 T
*** * * * ***
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*
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62 AGT
* * * * * * *
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9423478 GT
63 GT
* * * *
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9423543 GT
63 GT
* * * * *
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1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGTGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGG-TTTTAAGATTTAAAG
*
9423603 G
64 T
* * * * * *
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1 TTAGGGTTTTTAAGTTA--AGTGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGG-GTTAGGGTTTTAAGATTTAAA
9423661 GGT
63 -GT
* * *
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1 TTAGGGTTTTTAAGTT--AAGTGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTTTTAAGA-TTTAA
9423727 AGT
62 AGT
* * *
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9423793 T
64 T
* *
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1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGTG--TTAGAGTTTTTAAG-TTAAGGGTTAGGGTT
9423845 AGGGTTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* * *
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* * *
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*
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*
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*
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1 TTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTT
*
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* *
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* * ***
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*
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* * * *
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1 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTT
* ***
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* *
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* **
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*
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* * *****
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1 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTT
* **
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1 TTTAAGT-TAAGGG-TTAGGGTT
* *
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1 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTT
***
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1 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTT
*
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* * * *
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* ***
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*
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* * ***
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*
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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**
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1 TTTAA-GTTAAGGGTTAGGGTT
*
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* *
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* * **
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* *
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* * *
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* * * ** *
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1 TTTAAGTT-AAGGGTTAGGGTT
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1 TTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTT
* *
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1 TTTAAG---TTAAGGGTTAGGGTT
* *
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1 TTTAAGTTAAGGGTTAGGGTT
*
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* *
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**
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1 TTTAAG-TTAAGGGTTAGGGTT
9423845 AGGGTTTTTA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 183, Indels: 122
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 15 0.02
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1 TTATAAAT
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1 TTATAAAT
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1 TTATAAAT
9423919 TTATAA
1 TTATAA
9423925 TAAATTAGTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
7 7 0.33
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* *
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*
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1 AGGAAACATAAAAGGGCT
9424452 AGGAAAC
1 AGGAAAC
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
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*
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* * *
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9426351 GGAAATTTCG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 4
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AATAATTTATAAATTTTTAAAA
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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ACGA
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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66 ACGA
* * * *
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ACGA
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* **
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* * * *
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*
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**
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*
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**
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* * * *
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*
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* ** *
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* *
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** *
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* * * * *
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*
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**
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* *** **
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**
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*
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9586756 ATTTTTTAAA
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*
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** * *** ** **
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** * *** ** **
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* **** *
9586968 ATATTGCGAG--A-G-G-TGAG--TTAA-GC-CTTTTA---ATTTTT-G-TT-T-TTCAAAATCA
746 ATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCAAGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTAAAATCA
* **
9587017 ACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAA
811 ACTCATATTGCGAGAAATGAGTTAAGCCT---------CCGA---ATTTTT-G-TT-T-TTCAAA
** ** ***
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1 TCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTT
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131 AACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTA
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196 AATTGACTCATATTGCGAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATA
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261 TTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAAATTGACT
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* *
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* * * *
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** ** **
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***
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66 ATGTTTTAAATTGACTCATATTGCGAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATC
9588184 AACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTA
131 AACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTA
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196 AATTGACTCATATTGCGAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATA
9588314 TTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAAATTGACT
261 TTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAAATTGACT
9588379 CATATTGCGAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATATTGCGAGA
326 CATATTGCGAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATATTGCGAGA
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391 AATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAAATTGACTCATATTGC
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456 GAGAGGTGAGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTT
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521 GAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTTTATGTTTTAAATTGACTCATATTGCGAGAGGTG
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586 AGTTAAGCCTTTTAATTTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCG
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**
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* ** ** ***
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*
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** ** ** * ***
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** ** * * *
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* *
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** * ** **
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*** *
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * **
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* ** ** *
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* * * *
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**
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732 TTCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCAAGGCACGCCGAGGTATTTTTAGTT
* ** ** ***
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*
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Statistics
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TTTTGTTTTTCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTTAAGCCTGCCGAGATTTTTAGTTTA
TGT
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Alignment explanation
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** * *** **
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** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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733 -TT-T-TTCAAAATCAACTCATATTGCGAGAAATGAGTTGAGCCTCGGGGCACGCCGAGGTATTT
** ** ** * ***
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** ** * * *
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*
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** * ** * ** ** **
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* *** ** ** *
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* * *** ** **
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** * *** ** **
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* * * *
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*
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** **
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** ** ** * ***
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* * * * *
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** **
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* * * * *
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** **
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** ** ** *
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*
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** ** * ***
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** ** *
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* *
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* *
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* ** * ** ** ** *
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*** ** ** ** *
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* *** ** **
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* * * * *
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*
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*
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** ** ** **
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* * * *
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** ** ** * **
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*** ** ** ** *
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*** ** ** ** *
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*** *
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* * * *
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * **
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* ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * **
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* ** ** ** *
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*** ** ** ** *
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*** ** ** ** *
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*** ** ** ** *
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* ** ** **
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* * * *
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898 TAAGCCTTTTAATTTTTGTTTT
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** * ** *
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** * ***
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** ** ** *
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*** * ** *
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** ** ** *
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* * *
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** * ** * ** **
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** * *** ** **
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** * ** **
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** * * * *
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* **
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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* *
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** *
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9599418 GCTCGGTTTT
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1 GAA GAA GAA GAA GAA -GAA GAA GAA GAA GAA G-AA G-AA GA-A GAA GAA
9599477 GAA
1 GAA
9599480 AGANNNNNNN
Statistics
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Done.