genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75047503--75047562	30	2.0	30	93	0	102	26	20	21	31	1.98
75047539--75047590	27	1.9	27	84	0	68	30	19	23	26	1.98
75049789--75049919	47	2.8	46	80	4	129	34	27	12	25	1.93
75053440--75053702	130	2.0	130	98	0	508	24	18	26	30	1.98
75055869--75056019	28	5.4	28	89	1	205	33	27	12	26	1.93
75059027--75059082	28	2.0	28	96	0	103	26	32	8	32	1.87
75074034--75074104	25	2.8	25	85	4	81	26	22	16	33	1.96
75079045--75079084	21	2.0	21	85	5	55	42	12	15	30	1.83
75101082--75101172	45	2.0	45	97	0	173	38	23	13	25	1.91
75101103--75101176	21	3.4	21	67	17	60	39	25	13	21	1.90
75105937--75107321	40	34.6	40	96	0	2484	24	27	18	28	1.98
75146995--75147179	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
75146996--75147179	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
75146996--75147212	79	2.7	79	80	7	192	26	22	27	23	1.99
75161249--75161290	18	2.4	17	88	8	57	85	9	4	0	0.72
75161250--75161291	12	3.5	12	84	12	50	83	9	7	0	0.81
75161716--75162173	42	10.9	42	84	0	558	23	18	21	35	1.96
75162389--75162532	72	2.0	72	98	0	279	44	4	24	26	1.74
75162922--75163026	51	2.1	51	100	0	210	25	13	23	37	1.92
75164057--75164234	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75164058--75164213	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75164054--75164234	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75166268--75166324	23	2.4	24	91	5	98	36	0	8	54	1.32
75166304--75166745	153	2.9	152	83	4	510	40	4	11	42	1.61
75166310--75166765	158	3.0	152	82	6	485	41	3	12	42	1.61
75166697--75166758	31	2.0	31	81	3	72	33	3	8	54	1.46
75168992--75169036	21	2.1	21	100	0	90	22	17	6	53	1.67
75171169--75171207	6	6.2	6	85	11	51	12	0	5	82	0.83
75171169--75171207	14	3.0	13	88	7	53	12	0	5	82	0.83
75171754--75171790	19	2.0	18	89	5	56	13	13	5	67	1.39
75174195--75174224	15	2.0	15	93	0	51	36	0	16	46	1.47
75174690--75174897	56	3.7	56	88	0	308	25	15	23	36	1.93
75174689--75174931	112	2.2	111	83	2	315	24	16	23	35	1.94
75177436--75177460	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
75181034--75181091	29	2.0	29	100	0	116	55	6	10	27	1.59
75181362--75181626	56	4.7	56	89	0	395	25	14	24	35	1.93
75181938--75182057	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
75183187--75183371	40	4.6	39	83	5	203	24	22	28	24	2.00
75183187--75183369	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
75183224--75183404	79	2.3	78	75	9	179	27	19	27	25	1.99
75198153--75198179	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
75204848--75204967	43	2.8	43	68	10	111	31	27	11	29	1.92
75211941--75212055	43	2.7	43	85	5	144	23	14	25	36	1.93
75216829--75217016	94	2.0	94	92	0	313	31	10	19	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75223916--75224050	70	1.9	70	93	0	234	31	13	19	36	1.90
75224823--75224993	43	4.0	43	84	4	211	25	21	30	22	1.98
75224825--75224992	86	2.0	86	86	2	239	25	22	30	22	1.99
75224840--75225021	43	4.3	43	83	3	127	26	21	29	21	1.99
75228729--75228852	43	2.9	43	83	7	146	23	12	28	35	1.92
75231275--75231452	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75231276--75231431	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75231272--75231452	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75233410--75233493	23	3.7	23	88	0	132	44	28	7	20	1.78
75233479--75233524	22	2.1	21	84	4	56	58	19	4	17	1.55
75235394--75235419	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
75240068--75240106	13	2.7	14	85	14	53	25	0	30	43	1.55
75244740--75244774	17	2.1	17	89	5	54	37	0	11	51	1.38
75246528--75246668	57	2.4	59	80	6	155	33	21	19	26	1.97
75249349--75249554	37	5.6	37	100	0	412	24	32	19	24	1.98
75249758--75250939	47	25.1	47	96	0	2112	24	28	12	34	1.92
75256980--75257155	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
75256977--75257148	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
75259567--75259677	55	2.0	55	96	0	204	25	15	30	28	1.96
75264605--75264780	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
75264602--75264773	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
75268449--75268491	2	22.0	2	80	4	52	46	2	4	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75273142--75273229	42	2.1	42	97	0	167	22	32	11	32	1.90
75282418--75282497	31	2.6	30	88	5	108	30	8	15	46	1.75
75287493--75287560	33	2.1	33	94	0	118	23	8	39	27	1.84
75301266--75301351	44	2.0	44	86	2	120	32	10	11	45	1.75
75315035--75315091	27	2.1	27	100	0	114	38	7	14	40	1.73
75322811--75322856	23	2.0	23	95	0	83	36	13	23	26	1.91
75323373--75323405	15	2.2	15	100	0	66	45	0	24	30	1.53
75334495--75334562	16	4.2	16	90	0	109	29	0	35	35	1.58
75334811--75334854	17	2.6	17	83	16	56	52	0	4	43	1.22
75334828--75334876	24	2.1	22	85	14	64	55	0	2	42	1.11
75334847--75334902	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
75338928--75339047	47	2.6	47	93	0	195	34	6	28	30	1.83
75339166--75339244	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
75340913--75341326	103	4.0	104	97	0	697	38	7	17	36	1.77
75344315--75344378	29	2.1	30	94	5	112	34	10	9	45	1.72
75350353--75350378	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
75351434--75351514	26	3.1	26	92	0	144	33	11	3	51	1.55
75351748--75351786	14	2.9	14	88	3	62	0	25	0	74	0.82
75356315--75356409	18	5.3	18	73	14	79	37	14	11	35	1.83
75356583--75356731	45	3.3	45	91	0	237	41	20	19	18	1.90
75358277--75358326	5	10.2	5	95	4	93	62	0	0	38	0.96
75358282--75358369	24	3.5	25	76	14	92	57	2	1	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75358346--75358374	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
75358284--75358372	19	4.7	19	70	23	64	58	2	1	38	1.18
75362344--75362473	52	2.5	51	83	2	163	33	25	14	26	1.95
75371363--75371469	55	2.0	55	94	1	189	45	8	8	37	1.65
75391690--75391736	21	2.2	21	100	0	94	25	4	31	38	1.75
75397853--75398173	171	1.9	170	81	4	396	42	18	10	28	1.84
75398985--75399023	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
75398991--75399031	19	2.2	19	86	8	57	21	0	7	70	1.11
75399004--75399049	25	1.9	23	86	8	65	30	0	6	63	1.20
75399574--75399603	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
75400063--75400106	23	2.0	22	81	4	52	56	0	0	43	0.99
75404355--75404380	13	2.0	13	100	0	52	46	15	30	7	1.74
75408092--75408126	16	2.2	16	100	0	70	42	8	37	11	1.72
75409963--75409992	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
75410192--75410481	50	5.8	50	79	3	269	31	26	16	24	1.96
75410253--75410434	101	1.8	101	90	0	292	29	25	18	26	1.98
75410196--75410481	151	1.9	151	87	2	421	31	26	16	24	1.96
75413909--75413996	45	2.0	45	93	0	149	39	27	10	22	1.86
75415553--75415601	3	16.7	3	91	4	82	30	2	0	67	1.02
75416152--75416200	25	2.0	25	84	8	64	36	0	8	55	1.30
75420127--75420180	19	2.8	20	91	2	83	20	20	22	37	1.95
75431727--75431808	28	2.9	28	92	0	137	40	19	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75434888--75435090	55	3.8	54	74	10	166	22	6	29	41	1.79
75434918--75435123	55	3.8	55	74	13	158	22	7	26	43	1.80
75435020--75435130	53	2.1	53	81	3	123	19	9	31	39	1.83
75437306--75437386	32	2.6	30	77	11	81	25	14	20	38	1.92
75443317--75443383	34	2.0	34	87	0	98	29	5	22	41	1.77
75444551--75444608	20	2.8	20	82	12	55	25	3	24	46	1.68
75444568--75444608	20	2.0	20	86	9	57	24	2	24	48	1.63
75471831--75471888	30	1.9	30	86	6	82	25	31	24	18	1.98
75476246--75476449	102	2.0	102	98	0	390	27	5	23	43	1.77
75476820--75476877	27	2.1	28	87	3	82	20	15	15	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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