genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62914138--62914170	16	2.0	17	88	5	50	42	0	6	51	1.26
62918632--62918672	20	2.0	20	100	0	82	31	14	24	29	1.95
62925091--62925161	21	3.5	20	73	17	65	45	1	2	50	1.25
62930629--62930812	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
62930629--62930809	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
62932259--62932301	22	2.0	21	82	13	52	55	11	2	30	1.48
62932882--62932914	17	1.9	17	88	11	50	60	9	6	24	1.49
62942316--62942392	38	2.0	38	97	0	145	28	18	15	37	1.91
62942545--62942678	68	2.0	68	83	5	173	48	6	3	41	1.47
62943109--62943139	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
62944515--62944550	18	2.0	18	100	0	72	38	5	27	27	1.79
62949409--62949466	29	2.1	28	80	6	64	24	36	0	39	1.55
62960164--62960220	13	4.3	13	82	6	62	24	0	1	73	0.92
62960171--62960221	15	3.5	15	84	10	63	25	0	1	72	0.95
62960169--62960220	20	2.6	20	80	17	63	25	0	1	73	0.94
62960197--62960230	15	2.3	15	89	0	50	26	5	0	67	1.13
62962433--62962491	30	1.9	31	86	3	84	28	23	5	42	1.75
62967105--62967708	307	2.0	300	86	5	849	31	14	11	42	1.81
62970866--62971154	144	2.0	144	100	0	578	29	22	17	30	1.97
62989544--62989851	40	7.7	40	99	0	607	30	20	27	21	1.98
62994794--62994833	5	8.2	5	88	5	64	80	0	17	2	0.83
62996765--62996804	5	8.2	5	88	5	64	80	0	17	2	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63007523--63007669	43	3.4	43	83	3	190	26	12	26	34	1.93
63014256--63014464	47	4.4	47	74	6	181	23	18	32	25	1.97
63016376--63016679	91	3.3	91	99	0	599	24	17	29	28	1.97
63016426--63016678	44	5.6	44	75	12	262	25	16	29	28	1.96
63018475--63018920	47	9.6	46	70	11	250	25	18	30	25	1.98
63018475--63018825	91	3.8	91	85	7	386	24	17	31	26	1.97
63018660--63018821	44	3.6	44	74	14	168	25	14	30	29	1.95
63018516--63018822	91	3.3	91	89	5	415	24	17	30	27	1.97
63022116--63022303	49	3.8	49	76	5	189	26	25	21	26	1.99
63022121--63022317	100	2.0	101	89	2	306	26	26	21	25	2.00
63026927--63027082	78	2.0	78	98	0	303	35	15	14	35	1.87
63027551--63027738	49	3.8	49	78	2	223	29	25	18	27	1.98
63027556--63027743	100	1.9	100	93	0	322	29	25	19	26	1.98
63030608--63030640	13	2.4	14	85	10	50	36	0	12	51	1.39
63031818--63031906	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
63031818--63031886	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
63037714--63037782	18	3.8	18	71	7	50	66	5	2	24	1.27
63039212--63040165	44	22.0	44	70	12	367	28	23	19	29	1.98
63039217--63040163	217	4.4	217	92	0	1529	28	23	19	29	1.98
63040950--63041004	27	2.1	28	83	12	73	61	10	12	14	1.56
63045714--63045812	23	4.3	23	89	0	153	31	24	21	23	1.98
63052093--63052140	23	2.1	23	92	0	78	31	27	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63062224--63062248	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
63063875--63064033	44	3.6	45	74	6	130	26	24	20	28	1.99
63063794--63064232	217	2.0	217	78	3	454	27	24	18	29	1.98
63064221--63065270	128	8.2	128	91	1	1595	25	24	19	30	1.98
63064223--63065270	383	2.7	384	92	0	1715	25	24	19	30	1.98
63066634--63066660	13	2.1	13	100	0	54	14	18	0	66	1.25
63067669--63067715	19	2.4	19	76	16	51	23	6	2	68	1.24
63068930--63068971	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
63074369--63074410	17	2.5	17	92	0	75	64	9	21	4	1.42
63076011--63076851	88	9.6	88	90	0	1252	27	27	24	20	1.99
63076016--63076423	44	9.3	44	63	8	141	26	28	23	20	1.99
63076920--63077003	44	1.9	44	82	4	107	30	15	21	32	1.94
63077028--63077121	44	2.1	44	90	3	145	27	18	23	30	1.97
63077244--63077355	44	2.5	44	77	8	120	30	18	25	25	1.98
63079409--63079450	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
63085427--63085457	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
63086590--63086633	14	3.2	13	81	12	52	13	11	43	31	1.80
63088903--63089210	40	7.7	40	97	0	544	22	28	20	29	1.98
63097501--63097577	35	2.1	37	88	4	113	37	12	25	23	1.91
63100590--63100645	26	2.2	26	96	0	103	42	21	7	28	1.79
63106222--63106269	22	2.2	22	100	0	96	29	8	29	33	1.86
63106244--63106701	74	6.3	72	78	8	432	38	15	21	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63106244--63106693	35	12.4	35	78	9	370	39	15	21	24	1.92
63106804--63106840	13	2.9	13	96	4	67	51	0	8	40	1.32
63108956--63109481	140	3.9	130	84	6	521	31	21	20	26	1.98
63109073--63109498	140	3.0	139	86	3	586	30	21	21	26	1.98
63112772--63113579	402	2.0	403	97	1	1510	25	17	21	35	1.95
63114538--63114562	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
63114906--63114961	16	3.5	16	82	0	67	28	25	5	41	1.77
63116154--63116211	20	2.9	21	92	5	93	67	0	0	32	0.91
63119519--63119551	13	2.5	13	95	5	57	81	0	15	3	0.80
63124570--63124598	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
63125963--63125997	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
63146373--63146443	18	3.9	17	75	20	63	38	1	4	56	1.28
63146404--63146443	18	2.3	18	91	4	64	37	2	2	57	1.26
63146606--63146826	44	5.5	39	73	21	197	34	30	4	30	1.78
63146691--63146741	16	3.2	16	85	0	75	21	33	5	39	1.78
63146606--63146858	117	2.2	117	100	0	506	32	30	4	31	1.78
63146808--63146859	16	3.2	16	86	0	77	23	32	5	38	1.78
63150280--63150330	24	2.2	24	89	6	79	72	5	0	21	1.05
63150278--63150329	14	3.5	14	78	14	50	71	5	0	23	1.07
63151705--63151756	20	2.7	19	77	17	54	34	19	5	40	1.75
63156639--63156678	20	2.0	20	100	0	80	30	0	40	30	1.57
63157767--63157805	21	1.9	20	84	5	51	48	12	5	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63162848--63162891	3	14.7	3	100	0	88	31	34	0	34	1.58
63162890--63162924	3	11.7	3	100	0	70	0	34	31	34	1.58
63163681--63163706	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
63178668--63178762	49	1.9	49	89	4	147	32	22	10	34	1.88
63180533--63180571	21	2.0	21	85	10	55	25	7	10	56	1.59
63182600--63182670	20	3.5	20	76	14	67	36	12	8	42	1.73
63182833--63182874	22	2.0	22	86	9	61	28	21	9	40	1.84
63199177--63199232	28	2.0	28	96	0	103	53	8	26	10	1.65
63199240--63199298	27	2.1	28	84	3	75	57	0	6	35	1.25
63199454--63199484	12	2.6	12	89	0	53	58	0	6	35	1.24
63199772--63199873	23	4.4	24	82	4	120	57	4	2	34	1.35
63199772--63199891	47	2.6	47	81	4	127	56	5	4	34	1.40
63199810--63199899	23	4.0	21	76	15	58	54	3	4	37	1.37
63201380--63201499	51	2.3	51	81	8	125	33	21	17	27	1.96
63201458--63201576	44	2.7	44	75	3	98	26	21	21	30	1.98
63201321--63201887	193	2.9	192	85	1	760	29	23	18	28	1.97
63201792--63202040	51	4.9	51	83	2	302	28	23	18	29	1.98
63209221--63209251	12	2.6	12	89	0	53	58	0	6	35	1.24
63209510--63209648	23	6.0	23	80	5	145	56	5	5	33	1.45
63209510--63209648	47	3.0	46	82	5	163	56	5	5	33	1.45
63212088--63212144	20	2.9	19	82	10	62	40	12	8	38	1.74
63212104--63212145	19	2.2	20	87	12	61	33	14	7	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63214505--63214673	90	1.9	90	87	4	252	35	11	15	37	1.84
63214947--63215051	50	2.1	51	80	7	115	61	0	0	36	1.09
63218625--63218671	17	2.7	18	83	9	62	25	14	8	51	1.71
63220669--63220736	22	3.0	22	78	2	73	36	22	20	20	1.95
63221052--63221140	27	3.3	27	85	6	135	23	21	20	34	1.96
63221143--63221321	27	6.6	27	80	6	168	34	7	17	40	1.79
63226973--63227004	13	2.5	13	100	0	64	46	0	6	46	1.27
63234866--63234929	25	2.6	25	84	0	74	31	20	18	29	1.96
63237946--63238017	23	3.1	22	73	15	56	45	19	18	16	1.85
63241413--63241708	40	7.4	39	82	5	281	34	17	29	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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