Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 96304692
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 2448173 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 216 of 313
Found at i:66463238 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 66463204--66463271 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
66463194 TAAACCTCTT
*
66463204 CACTTTCCTCCCAAAACTTTTACTC-CCTCC
1 CACTTTCCCCCCAAAACTTTTACTCTCCTCC
* *
66463234 CACTTTCCCCCCATAACTTTTGCTCTCCTCC
1 CACTTTCCCCCCAAAACTTTTACTCTCCTCC
66463265 CAACTTT
1 C-ACTTT
66463272 AACCCAAACC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
30 22 0.67
31 6 0.18
32 5 0.15
ACGTcount: A:0.18, C:0.46, G:0.01, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
CACTTTCCCCCCAAAACTTTTACTCTCCTCC
Found at i:66463377 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 66463344--66463383 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
66463334 TCAACCTCCA
*
66463344 AAACTTTTTATTTCTC-CCCT
1 AAACTTTTTACTTCTCACCCT
66463364 AAAC-TTTTACTTCTCACCCT
1 AAACTTTTTACTTCTCACCCT
66463384 TTACCCTCAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.56
20 8 0.44
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
AAACTTTTTACTTCTCACCCT
Found at i:66463886 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 66463871--66463897 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
66463861 AAATATATTC
66463871 GATTCAATTT
1 GATTCAATTT
66463881 GATTCAATTT
1 GATTCAATTT
66463891 GATTCAA
1 GATTCAA
66463898 ATTTCATCTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (10 bp):
GATTCAATTT
Found at i:66471520 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 66471335--66471640 Score: 549
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
66471325 TTGCCTACAC
66471335 TCTCTTCCAACCTTATATAATCAAACCAAGCATCATAATTCAATGGATTCTTCCTGACTTCATCC
1 TCTCTTCCAACCTTATATAATCAAACCAAGCATCATAATTCAATGGATTCTTCCTGACTTCATCC
* * * *
66471400 TCATACTAAAACCTCTTCTTCCCTACAATGGCATCCTCAATCCCTTCCTTATCTCCATATTGCTT
66 TCATACTAAAACCTCCTCTTCCCCAAAATGGCATCCTCAATCCCTTCCTTATCTCCATATTACTT
66471465 CTCAAAAGCCACAAAAAGTTTCTATAACAAT
131 CTCAAAAGCCACAAAAAGTTTCTATAACAAT
66471496 TCTCTTCCAACCTTATATAATCAAACCAAGCATCATAATTCAATGGATTCTTCCTGACTTCATCC
1 TCTCTTCCAACCTTATATAATCAAACCAAGCATCATAATTCAATGGATTCTTCCTGACTTCATCC
* *
66471561 TCATACTGAAACCTCCTCTTCCCCAAAATGGCATCCTCAATCCCTTCCTTTTCTCCATATTACTT
66 TCATACTAAAACCTCCTCTTCCCCAAAATGGCATCCTCAATCCCTTCCTTATCTCCATATTACTT
*
66471626 CTCAAAAGCCGCAAA
131 CTCAAAAGCCACAAA
66471641 CTTTCTATAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 7, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
161 138 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.32, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
TCTCTTCCAACCTTATATAATCAAACCAAGCATCATAATTCAATGGATTCTTCCTGACTTCATCC
TCATACTAAAACCTCCTCTTCCCCAAAATGGCATCCTCAATCCCTTCCTTATCTCCATATTACTT
CTCAAAAGCCACAAAAAGTTTCTATAACAAT
Found at i:66473719 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66473670--66473719 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
66473660 TTCATATCAA
66473670 TTTTAAATAAATTTTAAAAG
1 TTTTAAATAAATTTTAAAAG
** * *
66473690 AATTAGATAAATTTTAAAAT
1 TTTTAAATAAATTTTAAAAG
*
66473710 TTTTATATAA
1 TTTTAAATAA
66473720 TGTTTATGTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 7, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAAATAAATTTTAAAAG
Found at i:66475803 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 66475780--66475824 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
66475770 AAGCAAATTT
*
66475780 AGGGATCTTAAGGATGTC
1 AGGGATCGTAAGGATGTC
66475798 AGGGATCGTAAGGATGTC
1 AGGGATCGTAAGGATGTC
66475816 -GGAGATCGT
1 AGG-GATCGT
66475825 TTCACACTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.08
18 23 0.92
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.38, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
AGGGATCGTAAGGATGTC
Found at i:66476875 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 66476860--66477044 Score: 104
Period size: 7 Copynumber: 26.6 Consensus size: 7
66476850 TGTTACACCT
66476860 TAAACCC
1 TAAACCC
*
66476867 TAAATCC
1 TAAACCC
*
66476874 TAAACCA
1 TAAACCC
* *
66476881 TGAGCCC
1 TAAACCC
*
66476888 TTAACCCC
1 -TAAACCC
*
66476896 TAAACCA
1 TAAACCC
**
66476903 TAAATAC
1 TAAACCC
66476910 TAAACCC
1 TAAACCC
66476917 TAAACCC
1 TAAACCC
* *
66476924 TAAATCA
1 TAAACCC
*
66476931 TAAACAC
1 TAAACCC
*
66476938 TAAACCA
1 TAAACCC
66476945 TAAA-CC
1 TAAACCC
*
66476951 TACACCC
1 TAAACCC
*
66476958 TAAACCG
1 TAAACCC
*
66476965 TAAACAC
1 TAAACCC
**
66476972 TAAACTG
1 TAAACCC
* *
66476979 TTAACAC
1 TAAACCC
* *
66476986 TAAATCA
1 TAAACCC
66476993 TAAACCC
1 TAAACCC
*
66477000 TAAACCT
1 TAAACCC
66477007 TAAACCC
1 TAAACCC
* *
66477014 CAAACCA
1 TAAACCC
66477021 TAAA-CC
1 TAAACCC
* *
66477027 TACACCT
1 TAAACCC
*
66477034 TAAACTC
1 TAAACCC
66477041 TAAA
1 TAAA
66477045 TATATATATT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 50, Indels: 6
0.69 0.28 0.03
Matches are distributed among these distances:
6 8 0.06
7 112 0.90
8 5 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.32, G:0.02, T:0.19
Consensus pattern (7 bp):
TAAACCC
Found at i:66476969 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 66476910--66476976 Score: 100
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
66476900 CCATAAATAC
*
66476910 TAAACCCTAAACCCTAAATCATAAACACTAAACCA
1 TAAACCCTAAACCCTAAACCATAAACACTAAACCA
* *
66476945 TAAA-CCTACACCCTAAACCGTAAACACTAAAC
1 TAAACCCTAAACCCTAAACCATAAACACTAAAC
66476977 TGTTAACACT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 25 0.86
35 4 0.14
ACGTcount: A:0.49, C:0.33, G:0.01, T:0.16
Consensus pattern (35 bp):
TAAACCCTAAACCCTAAACCATAAACACTAAACCA
Found at i:66476975 original size:48 final size:49
Alignment explanation
Indices: 66476909--66477018 Score: 125
Period size: 48 Copynumber: 2.3 Consensus size: 49
66476899 ACCATAAATA
* *
66476909 CTAAACCCTAAACCCTAAA-TCATAAACACTAAACCATAAA-CCTACACC
1 CTAAACCCTAAACACTAAACT-ATAAACACTAAACCATAAACCCTAAACC
* * * *
66476957 CTAAACCGTAAACACTAAACTGTTAACACTAAATCATAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACACTAAACTATAAACACTAAACCATAAACCCTAAACC
* *
66477006 TTAAACCCCAAAC
1 CTAAACCCTAAAC
66477019 CATAAACCTA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 33 0.65
49 18 0.35
ACGTcount: A:0.47, C:0.33, G:0.02, T:0.18
Consensus pattern (49 bp):
CTAAACCCTAAACACTAAACTATAAACACTAAACCATAAACCCTAAACC
Found at i:66476989 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 66476893--66477012 Score: 168
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
66476883 AGCCCTTAAC
* *
66476893 CCCTAAACCATAAATACTAAACCCTAAACCCTAAATCATAAACACTAAACCATAAACCTACA
1 CCCTAAACCATAAACACTAAACCCTAAACACTAAATCATAAACACTAAACCATAAACCTACA
* ** * * *
66476955 CCCTAAACCGTAAACACTAAACTGTTAACACTAAATCATAAACCCTAAACCTTAAACC
1 CCCTAAACCATAAACACTAAACCCTAAACACTAAATCATAAACACTAAACCATAAACC
66477013 CCAAACCATA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 50 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.32, G:0.02, T:0.19
Consensus pattern (62 bp):
CCCTAAACCATAAACACTAAACCCTAAACACTAAATCATAAACACTAAACCATAAACCTACA
Found at i:66477224 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 66477211--66477256 Score: 65
Period size: 7 Copynumber: 6.6 Consensus size: 7
66477201 TATAAAATAA
66477211 TAAACCC
1 TAAACCC
*
66477218 CAAACCC
1 TAAACCC
66477225 TAAACCC
1 TAAACCC
*
66477232 TAAACTC
1 TAAACCC
*
66477239 TAAACCA
1 TAAACCC
66477246 TAAACCC
1 TAAACCC
66477253 TAAA
1 TAAA
66477257 ATCAAGACTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 33 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.37, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (7 bp):
TAAACCC
Found at i:66478837 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 66478710--66478857 Score: 140
Period size: 50 Copynumber: 3.0 Consensus size: 50
66478700 ACTTATGGAA
* * *** *
66478710 GGTAATAAAGTCCCTACTCCCAAAAAAATG-GGAGGAGGCTTATGAAAAGT
1 GGTAATAAAGACCTTACTCCCAAACGCATGTGGA-GAGGCTTACGAAAAGT
* * * * *
66478760 GGTAATAAAGACCTTGCTTCTAGACGCATGTGGAGAGGTTTACGAAACA-T
1 GGTAATAAAGACCTTACTCCCAAACGCATGTGGAGAGGCTTACGAAA-AGT
*
66478810 GGTAATAAAGACCTTACTCCCAAACGCAT-TAGGGGAGGCTTACGAAAA
1 GGTAATAAAGACCTTACTCCCAAACGCATGT-GGAGAGGCTTACGAAAA
66478858 AATGATAGTG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 17, Indels: 7
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.03
50 72 0.92
51 4 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (50 bp):
GGTAATAAAGACCTTACTCCCAAACGCATGTGGAGAGGCTTACGAAAAGT
Found at i:66486079 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 66485918--66486097 Score: 288
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 94
66485908 AACATATATA
* * *
66485918 ATGTATTCGGAGGATCTAATACACCATATCCCGTAAAAATAATCATGCTCGATTTTAAACGTGAT
1 ATGTATCCGGAGGATCTAATACACCATATCCCGTAAAAATAATCATGCTCAATTTTAAACCTGAT
66485983 TATTCAAGTTCGAGTTCAAGTCAAGTTTC
66 TATTCAAGTTCGAGTTCAAGTCAAGTTTC
** * *
66486012 ATGTATCCGGAGGATCTAATACGTCATATCCCGTAAAAGTAATCATGTTCAATTTTAAACCTGAT
1 ATGTATCCGGAGGATCTAATACACCATATCCCGTAAAAATAATCATGCTCAATTTTAAACCTGAT
*
66486077 TATTCAGGTTCGAGTTCAAGT
66 TATTCAAGTTCGAGTTCAAGT
66486098 TCTAATTAAA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 8, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
94 78 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (94 bp):
ATGTATCCGGAGGATCTAATACACCATATCCCGTAAAAATAATCATGCTCAATTTTAAACCTGAT
TATTCAAGTTCGAGTTCAAGTCAAGTTTC
Found at i:66488040 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 66488014--66488054 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
66488004 CAGCCTTCTC
66488014 AAAAAAAAAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAAAAAAAG
*
66488030 AAAAAAGAAAAGAAAAG
1 AAAAAA-AAAAAAAAAG
66488047 AAAGAAAA
1 AAA-AAAA
66488055 GGCAAATACA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 13 0.59
18 3 0.14
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAAAAAAAAAAAG
Found at i:66503143 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 66503080--66503317 Score: 345
Period size: 28 Copynumber: 8.5 Consensus size: 28
66503070 TTATTAAGTC
* *
66503080 CGCACACTCAGTGCTATATAATC-AACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503107 CGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503135 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503163 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503191 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503219 CGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
*
66503247 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
* * *
66503275 CGCACACTTAGTGCTGTACA-ATTTAAACC
1 CGCACACTTAGTGC--TACATAATCAAACT
66503304 CGCACACTTAGTGC
1 CGCACACTTAGTGC
66503318 CAATCTCATG
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 15, Indels: 4
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 22 0.11
28 148 0.77
29 19 0.10
30 4 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (28 bp):
CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAACT
Found at i:66503188 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 66503080--66503317 Score: 381
Period size: 56 Copynumber: 4.2 Consensus size: 56
66503070 TTATTAAGTC
* * * *
66503080 CGCACACTCAGTGCTATATAATCAA-CTCGCACACTTAGTGCTATATAATCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
66503135 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
66503191 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
* * *
66503247 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTGTACA-ATTTAAACC
1 CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGC--TACATAGTCAAACT
66503304 CGCACACTTAGTGC
1 CGCACACTTAGTGC
66503318 CAATCTCATG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 7, Indels: 4
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 23 0.13
56 126 0.73
57 20 0.12
58 4 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (56 bp):
CGCACACTTAGTGCTACATAATCAAGCTCGCACACTTAGTGCTACATAGTCAAACT
Found at i:66510030 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 66509791--66510004 Score: 392
Period size: 84 Copynumber: 2.5 Consensus size: 84
66509781 AGATAAAGTA
* * *
66509791 TAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
1 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
66509856 TATTCTTCTTAAGATATTC
66 TATTCTTCTTAAGATATTC
66509875 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
1 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
66509940 TATTCTTCTTAAGATATTC
66 TATTCTTCTTAAGATATTC
*
66509959 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG
1 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
66510005 AGAAGTGGTC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
84 126 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (84 bp):
TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
TATTCTTCTTAAGATATTC
Found at i:66510241 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 66509959--66510275 Score: 374
Period size: 143 Copynumber: 2.2 Consensus size: 144
66509949 TAAGATATTC
* * *
66509959 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAACTGCTCGTGTCTTAT
* * * *
66510024 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
66 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATATTGAGACAAAGTCCGGTACAGAAT
66510089 AATAGAT-AAAGTA
131 AATAGATAAAAGTA
* * * * * *
66510102 TAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-TACTTCTTGTGTTTTA
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAACTGCTCGTGTCTTA
* * * *
66510166 TGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAAT-TTCGAGACTAAGTCGGGTACAG
65 TGATTCTTTTT-AACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATATT-GAGACAAAGTCCGGTACAG
*
66510229 AATCAA-ATATAAAAGTA
128 AAT-AATAGATAAAAGTA
* * *
66510246 TACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
66510276 GAAACTCAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 22, Indels: 9
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 7 0.05
143 105 0.71
144 35 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (144 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAACTGCTCGTGTCTTAT
GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATATTGAGACAAAGTCCGGTACAGAAT
AATAGATAAAAGTA
Found at i:66510487 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66510277--66510923 Score: 707
Period size: 143 Copynumber: 4.5 Consensus size: 142
66510267 TGAAAATTTG
** * * * * *
66510277 AAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCATTAC-AAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * * * *
66510342 AAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCA
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA
66510407 TTTTTAAATATTA
130 TTTTTAAATATTA
* * * * * * *
66510420 AAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCATTACAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTT
* *
66510484 AAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA
*
66510549 TTTTTAACTATTA
130 TTTTTAAATATTA
* * * *
66510562 AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCATTA-CAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* ** ** *
66510627 AAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTGGTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTC
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-ATCTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTC
*
66510691 ATTTTTAAATATTG
129 ATTTTTAAATATTA
* * * *
66510705 AAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT-AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCATTAC-AAATCAA-AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGT
66510769 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACA-CTTCTCGTGAT-TTATGATT-TTTTTAATT
64 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-ATCTTCTCGTG-TCTTATGATTCTTTTTAATT
66510831 TCATTTTT-AATATTA
127 TCATTTTTAAATATTA
* ** * * * ** * * *
66510846 AAATTCGCATTTCGAGACTAAGTTGGA-TACAGAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAAG-TCCATTACA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGT
*
66510910 TAAAATGAAAATTT
64 TAAAATGGAAATTT
66510924 GAAACTCAAA
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 71, Indels: 24
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 62 0.15
142 142 0.34
143 215 0.51
144 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
AAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCATTACAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCAT
TTTTAAATATTA
Found at i:66510668 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66510277--66510848 Score: 724
Period size: 143 Copynumber: 4.0 Consensus size: 142
66510267 TGAAAATTTG
** * * *
66510277 AAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACGAAA-TAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * * * * *
66510342 AAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCA
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA
66510407 TTTTTAAATATTA
130 TTTTTAAATATTA
* * * * * * * *
66510420 AAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTAC-ATATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACGAAAT-AAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGT
*
66510483 TAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTC
64 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTC
*
66510548 ATTTTTAACTATTA
129 ATTTTTAAATATTA
* *
66510562 AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACGAAAT-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * ** *
66510627 AAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTGGTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTC
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTC
*
66510691 ATTTTTAAATATTG
129 ATTTTTAAATATTA
* * * * *
66510705 AAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATAATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACGAAATAA-AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
*
66510770 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTCGTGAT-TTATGATT-TTTTTAATTTC
65 AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTG-TCTTATGATTCTTTTTAATTTC
66510833 ATTTTT-AATATTA
129 ATTTTTAAATATTA
66510846 AAA
1 AAA
66510849 TTCGCATTTC
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 54, Indels: 18
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 10 0.03
142 138 0.38
143 217 0.59
144 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
AAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACGAAATAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCAT
TTTTAAATATTA
Found at i:66510828 original size:285 final size:283
Alignment explanation
Indices: 66510277--66510848 Score: 778
Period size: 285 Copynumber: 2.0 Consensus size: 283
66510267 TGAAAATTTG
* * * * *
66510277 AAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
** * * * *
66510342 AAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCA
66 AAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAATCGTC-AGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCA
* * * * *
66510407 TTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATATCAAATATAAAGTACACAT
130 TTTTTAAATATTAAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCAATTACATATCAAAGATAAAGTACAAAA
*
66510472 TTTTCAAATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTC
195 TTTTCAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTC
66510537 TTTTTAATTTCATTTTTAACTATTA
260 TTTTTAATTTCATTTTTAA-TATTA
*
66510562 AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
1 AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * *
66510627 AAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTC-GTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTC
66 AAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-CAA-TCGTCAGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTC
* ** *
66510691 ATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGA-AT-AATAGATAAAGTAT
129 ATTTTTAAATATTAAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCAATTAC--ATATCAA-AGATAAAGTAC
* *
66510754 AAAATTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTCGTGAT-TTA
191 AAAATTTTCAA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTG-TCTTA
66510817 TGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAATATTA
254 TGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAATATTA
66510846 AAA
1 AAA
66510849 TTCGCATTTC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 27, Indels: 15
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
284 8 0.03
285 169 0.67
286 71 0.28
287 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (283 bp):
AAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
AAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAATCGTCAGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCAT
TTTTAAATATTAAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCAATTACATATCAAAGATAAAGTACAAAAT
TTTCAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCT
TTTTAATTTCATTTTTAATATTA
Found at i:66511002 original size:220 final size:222
Alignment explanation
Indices: 66510697--66511145 Score: 609
Period size: 220 Copynumber: 2.0 Consensus size: 222
66510687 CTTCATTTTT
* *
66510697 AAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATAATAGATAAAGTATAAAATTTT
1 AAAT-TTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAATAATAGATAAAGTATAAAATTTT
* *
66510762 AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACA-CTTCTCGTGATTTATGA-TTTTT
65 AAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-ATCTTCTAGTGATTTATGATTTTTT
** * * * * *
66510825 TTAATTTCATTTTT-AATATTAAAATTCGCATTTCGAGACTAAGTTGGATACAGAATCAAATATA
129 TTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGACAAAGTCGGATACAAAATCAAAGATA
*
66510889 AAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
194 AAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
* ** * *
66510918 AAATTTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAA-AGATATAGTATAAATTTTT
1 AAATTTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAA-TAATAGATAAAGTATAAAATTTT
* * *
66510982 AAGAGTTTAAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTT
65 AAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGATTTATGATTTTTTT
* ** *
66511047 TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCGTTTACAAAATCAAAGATAC
130 TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGACAAAGTCGGATACAAAATCAAAGATAA
* *
66511112 AGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGG
195 AGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
66511140 AAATTT
1 AAATTT
66511146 AAAATGTGAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 26, Indels: 7
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
219 1 0.01
220 100 0.51
221 26 0.13
222 71 0.36
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (222 bp):
AAATTTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAATAATAGATAAAGTATAAAATTTTA
AGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGATTTATGATTTTTTTT
AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGACAAAGTCGGATACAAAATCAAAGATAAA
GTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
Found at i:66511108 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66510929--66511393 Score: 439
Period size: 143 Copynumber: 3.3 Consensus size: 142
66510919 AATTTGAAAC
* * * * * * *
66510929 TCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAA
1 TCAAATTTCGAGGCGAAGT-CGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
* * * * * *
66510994 TAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTT
65 TGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTATTATAATTCTTTTTAATTTCATTTT
66511059 TAAATATTAAAAT
130 TAAATATTAAAAT
* * * *
66511072 TCAAATTTCAAGGCAAAGTCGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAA
1 TCAAATTTCGAGGCGAAGTCG-TTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
** * * * * * * *
66511137 TGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAATTT-ATTTA
65 TGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTATTATAATTCTTTTTAATTTCATTTT
*
66511201 TAAATATTGAAAT
130 TAAATATTAAAAT
** * * * * * * * * * *
66511214 TTGAATTTTGAGCCGAACTCCGGTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGTGGTTAAGA
1 TCAAATTTCGAGGCGAAGT-CGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
* * * * *
66511279 TGGAAATTTACCATGTAATGCATGGAAAACTTCTCA-TGTAATATAAATCTTTTTAATTTCATTT
65 TGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT-AGTGTATTATAATTCTTTTTAATTTCATTT
* *
66511343 TTAAATATTTAAAC
129 TTAAATATTAAAAT
* *
66511357 TCAAATGTCGAGGCGAAGTCGGTTAAAAAATCAAAGA
1 TCAAATTTCGAGGCGAAGTC-GTTACAAAATCAAAGA
66511394 AAAACTTAAA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 66, Indels: 10
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
142 110 0.44
143 141 0.56
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (142 bp):
TCAAATTTCGAGGCGAAGTCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAT
GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTATTATAATTCTTTTTAATTTCATTTTT
AAATATTAAAAT
Found at i:66511223 original size:648 final size:651
Alignment explanation
Indices: 66509959--66511381 Score: 2264
Period size: 648 Copynumber: 2.2 Consensus size: 651
66509949 TAAGATATTC
*
66509959 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
66510024 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
66 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
*
66510089 AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCATACT
131 AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACT
* *
66510154 TCTTGTGTTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAG
196 TCTCGTGATTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAG
*
66510219 TCGGGTACAGAATCAAATATAAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTGAAACTCA
261 TCGGATACAGAATCAAATATAAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTGAAACTCA
66510284 AATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAG
326 AATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAG
66510349 AAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
391 AAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
** * * *
66510414 ATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAA
456 ATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCAATTACAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTCAA
* ** * *
66510479 ATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAA
521 AGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATAATTCTTTTAAA
* * * *
66510544 TTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTAT-GAAATGAAAGATAAAG
586 TTTCATTTATAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGCCGAACTCCAGTATAG-AATGAAAGATAAAG
66510608 TA
650 TA
66510610 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
66510675 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
66 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
66510740 AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACT
131 AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACT
**
66510805 TCTCGTGATTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTT-AATATTAAAATTCGCATTTCGAGACTAAG
196 TCTCGTGATTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAG
*
66510868 TTGGATACAGAATCAAATAT-AAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTGAAACTCA
261 TCGGATACAGAATCAAATATAAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTGAAACTCA
66510932 AATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAG
326 AATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAG
66510997 AAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
391 AAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
** * *
66511062 ATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTT-A
456 ATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCAATTAC-AAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTCA
* * * *
66511126 ACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTA
520 A-AGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATAATTCTTTTA
* * ** * *
66511191 AATTT-ATTTATAAATATTGAAATTTGAATTTTGAGCCGAACTCCGGTATAGAATTAAAGATAAA
584 AATTTCATTTATAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGCCGAACTCCAGTATAGAATGAAAGATAAA
66511255 GTA
649 GTA
* * * * * * * * ** * **
66511258 TAAACTTTTAAGTGGTTAAGATGGAAATTTACCATGTAATGCATGGAAAACTTCTCATGTAATAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
* * * * * * * *
66511323 AAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTTAAACTCAAATGTCGAGGCGAAGTCGGTTA
66 GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTA
66511382 AAAAATCAAA
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 57, Indels: 9
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
648 361 0.51
649 126 0.18
650 12 0.02
651 213 0.30
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (651 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
GATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAAT
AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACT
TCTCGTGATTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAG
TCGGATACAGAATCAAATATAAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTGAAACTCA
AATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATAG
AAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
ATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGTCAATTACAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTCAA
AGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATAATTCTTTTAAA
TTTCATTTATAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGCCGAACTCCAGTATAGAATGAAAGATAAAGT
A
Found at i:66511512 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 66511406--66511539 Score: 169
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
66511396 AACTTAAAGA
* * * * * *
66511406 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTCAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCTAAG
1 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
66511471 T
66 T
* ** * *
66511472 TCAAAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATAGCGAAG
1 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
66511537 T
66 T
66511538 TC
1 TC
66511540 TCGTGTTTAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 57 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (66 bp):
TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
T
Found at i:66511871 original size:142 final size:139
Alignment explanation
Indices: 66511472--66511909 Score: 479
Period size: 143 Copynumber: 3.1 Consensus size: 139
66511462 ATAGCTAAGT
* * * * * * *
66511472 TCAAAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATAGCGAAG
1 TCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAT-ATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * * *
66511537 TTCTCGTG-TTTATGATTCTTTTTTAATCTAACTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGGGA
65 TTCTCGTGTTTTATG-TT-TTTTTTAATTTAA-TTTTAAATATTAAAATTC-AAATTTCAAGGCA
* *
66511601 AGTCTGTTATGGAA
126 AGTCGGTTATAGAA
* * * * *
66511615 TTAAAGAAAAAGT-TTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAA
1 TCAAAGATAAAGTATAAAAT-TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATAGCAAA
* * *
66511679 CTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAA
64 CTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTTAATTT-A-ATTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAA
66511744 TGTCGGTTATAGAA
127 -GTCGGTTATAGAA
*
66511758 TCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATTGCAAACT
1 TCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATAGCAAACT
* * *
66511823 TCTTGTGTTTTATGTTTTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGTAAAG
66 TCTCGTGTTTTATGTTTTTTTT-AATTTAATT-TTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGG-CAAG
66511888 TCGGTTATCA-AA
128 TCGGTTAT-AGAA
66511900 TCAAA-ATAAA
1 TCAAAGATAAA
66511910 AATTCCGTGT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 35, Indels: 24
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
141 7 0.03
142 104 0.42
143 127 0.51
144 11 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (139 bp):
TCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATAGCAAACT
TCTCGTGTTTTATGTTTTTTTTAATTTAATTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAGTCG
GTTATAGAA
Found at i:66512247 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 66512079--66512252 Score: 226
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
66512069 TATGGAATTA
* * * *
66512079 AAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTGTAAATATTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTC
**
66512144 TCGGGTCTTATTCTTCTTCTT
66 TCGGGTCTTATGATTCTTCTT
* *
66512165 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTGTAAATATTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCA-AACTT
* *
66512228 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT
65 -CTCGGGTCTTATGATTCTTCTT
66512251 AA
1 AA
66512253 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 10, Indels: 4
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.04
86 73 0.96
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (86 bp):
AAGATAAAGTGTAAATATTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTC
TCGGGTCTTATGATTCTTCTT
Found at i:66512367 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 66512258--66512394 Score: 168
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
66512248 TTTAACTTCA
* * * *
66512258 TTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTAC-AGAATTATAGATAAAATATAA
1 TTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAACTCCGTTACGA-AATGAAACATAAAATATAA
66512322 ATTT
65 ATTT
* * * * * *
66512326 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
1 TTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAATATAAA
66512391 TTT
66 TTT
66512394 T
1 T
66512395 CAAGAGGTTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 10, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
68 57 0.98
69 1 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (68 bp):
TTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAATATAAA
TTT
Found at i:66512584 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 66512326--66512764 Score: 740
Period size: 143 Copynumber: 3.1 Consensus size: 143
66512316 ATATAAATTT
66512326 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
1 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
66512391 TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
66 TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
66512456 CTTTTTAATTTCA
131 CTTTTTAATTTCA
66512469 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
1 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
66512534 TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
66 TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
66512599 CTTTTTAATTTCA
131 CTTTTTAATTTCA
* * *
66512612 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTAAATATAAAGTATAAA
1 TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
* * * * * * *
66512677 CTTTT-AAGAGTTTAAAATGGAAAATTACCGTGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-
66 -TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGAT
*
66512740 T-TTTTTAATTTCG
130 TCTTTTTAATTTCA
*
66512753 TTTTTAAATATT
1 TTTTTAACTATT
66512765 AAAATTTGAA
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 12, Indels: 4
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
141 22 0.08
142 1 0.00
143 256 0.90
144 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (143 bp):
TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAATGAAACATAAAGTATAAA
TTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTTATGATT
CTTTTTAATTTCA
Found at i:66512820 original size:78 final size:79
Alignment explanation
Indices: 66512728--66512885 Score: 309
Period size: 79 Copynumber: 2.0 Consensus size: 79
66512718 GCAAACTTCT
66512728 AGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
1 AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
66512792 TTACAGAATCAAAG
66 TTACAGAATCAAAG
66512806 AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
1 AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
66512871 TTACAGAATCAAAG
66 TTACAGAATCAAAG
66512885 A
1 A
66512886 TACAATATAG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
78 12 0.15
79 67 0.85
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (79 bp):
AGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
TTACAGAATCAAAG
Found at i:66513131 original size:505 final size:507
Alignment explanation
Indices: 66512385--66513313 Score: 1291
Period size: 505 Copynumber: 1.8 Consensus size: 507
66512375 AAACATAAAG
* * * * *
66512385 TATAAATTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTTGTATCTT
1 TATAAATTTTCAACAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTATCGTATCTT
* * * * *
66512450 ATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAA
66 ATGATTCTTTTAAATTTCATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAA
* * *
66512515 ATGAAACATAAAGTATAAATTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAA
131 ATGAAACATAAAGTATAAATTTTCAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAAAA
* * * *
66512580 CTTCTTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGA
196 CTTATCGTATCTTATGATTCTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGA
* * * * *
66512645 ACTCCGTTAC-GAAATTAAATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAAATTACCGTG
260 ACTCCATTACTG-AATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAATTACCATG
* * * *
66512709 TGATGCAT-AGCAAACTTCTAGTGTTTTATG-AT-TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATT
324 TGATGCATGA-AAAACTTCTAGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACT
*
66512771 TGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTT
388 CGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTT
66512836 TAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATACAA
453 TAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATACAA
* * * * *
66512891 TATAGATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTT
1 TATAAATTTTCAACAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTATCGTATCTT
* * * *
66512956 CTGATTGC-TTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCTATTATGG
66 ATGATT-CTTTTAAATTTCATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGA
* * *
66513019 AATTAAAGATAAAGTATAAATTCTT-AAGTGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAA
130 AATGAAACATAAAGTATAAATT-TTCAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAA
* * *
66513083 AAGTTATCGTGTCTTCTGATT-TTTTTAAATTT-TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
194 AACTTATCGTATCTTATGATTCTTTTT-AATTTATTTTTA--AATATTGAAACTCAAATTTTGAG
* *
66513146 GCGAACTCCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACC
256 GCGAACTCCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAATTACC
*
66513211 ATGTGATGCATGAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
321 ATGTGATGCATGAAAAACTTCTAGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
* * *
66513276 CTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGA
386 CTCGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGA
66513314 AAAACTTAAT
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 48, Indels: 17
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
503 6 0.02
504 5 0.01
505 220 0.60
506 74 0.20
507 61 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TATAAATTTTCAACAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTATCGTATCTT
ATGATTCTTTTAAATTTCATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAA
ATGAAACATAAAGTATAAATTTTCAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAAAA
CTTATCGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAA
CTCCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAATTACCATGTG
ATGCATGAAAAACTTCTAGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGA
ATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGAGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAA
ATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATACAA
Found at i:66513313 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66512807--66513941 Score: 838
Period size: 143 Copynumber: 7.9 Consensus size: 142
66512797 GAATCAAAGA
* * ** * * * * * *
66512807 GTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCAG
1 GTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTG
* * * * * *
66512871 TTACAGAATCAAAGATACAA-TATAGATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATGC
66 TTACGGAATTAAAGATA-AAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGC
*
66512935 ATAGAAAAGTTATC
130 ATA-AAAAGTTCTC
* * * * * *
66512949 GTGTCTTCTGATTGC-TTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCT
1 GTGTCTTATGAAT-CTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT
* * * *
66513012 ATTATGGAATTAAAGATAAAGTAT-AAATTCTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTA-ACATGTGAT
65 GTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAATT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA-ATGTGAT
*
66513075 GCATAGAAAAGTTATC
128 GCATA-AAAAGTTCTC
* * * * *
66513091 GTGTCTTCTG-ATTTTTTTAAATTT--TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
1 GTGTCTTATGAATCTTTTT-AATTTAATTTTTA--AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGT
** * * *
66513153 CCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGAT
63 CTGTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGAT
*
66513218 GCATGAAAAACTTCTC
128 GCAT-AAAAAGTTCTC
* * *
66513234 GTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCG
1 GTGTCT-TATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT
* * * * * * *
66513298 GTTACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATT
65 GTTACGGAATTAAAG----A--TAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATG
** *
66513363 TGATTAATAACGAAGTTCTC
124 TGATGCATAA-AAAGTTCTC
* * * * * *
66513383 ATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATTTTTGAAG-GAATGTCT
1 GTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAA-GTCT
* * * * * * *
66513447 GTTATGGAATTAAAGAAAAAGT-TTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATT
65 GTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAAT-TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
* *
66513511 AATAACGAAGTTCTC
129 CATAA-AAAGTTCTC
* * * * * *
66513526 ATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATTTTTGAAG-GAATGTCT
1 GTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAA-GTCT
* * * * *
66513590 GTTATGGAATTAAAGAAAAAGT-TTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-TATGTGATG
65 GTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAAT-TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
** *
66513653 CATTGCAAACTTCTC
129 CA-TAAAAAGTTCTC
* * * * * * ** *
66513668 ATATTTTATG-AT-TTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-AATTC
1 GTGTCTTATGAATCTTTTT-AATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGG-CGAAGTC
* * * * *
66513730 GGTTAGCGG-ATCAAA-ATTAAAGTA-AAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTG
64 TGTTA-CGGAATTAAAGA-TAAAGTATAAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG
*
66513792 ATGCAGAACAAAGTTCTC
126 ATGCATAA-AAAGTTCTC
* * * * * * * *
66513810 GTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCG
1 GTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTG
* * * * * * *
66513875 TTATGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGC
66 TTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGC
66513939 ATA
130 ATA
66513942 GCAAACTTCT
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 135, Indels: 85
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
140 5 0.01
141 86 0.11
142 171 0.21
143 406 0.50
144 22 0.03
145 7 0.01
147 1 0.00
148 5 0.01
149 111 0.14
150 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
GTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTG
TTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCA
TAAAAAGTTCTC
Found at i:66514176 original size:233 final size:233
Alignment explanation
Indices: 66513760--66514185 Score: 642
Period size: 233 Copynumber: 1.8 Consensus size: 233
66513750 AGTAAAAACT
* * * * *
66513760 TTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
* * *
66513825 TTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGA
66 TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
* *
66513890 TAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
131 TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
66513955 GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
196 GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
* * *
66513993 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGA-GAAGTGCTCGTGTCTTAT-AATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACA-ACAAAGTGCTCGTGTATTATGAA-T
* * *
66514056 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
64 CTTTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATA
* *
66514121 GATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCT
129 GATAAAGTATAAATTTTTGAA-AGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
66514185 T
193 T
66514186 GCGTTTTATG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 18, Indels: 6
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
232 3 0.02
233 168 0.98
234 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (233 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
Found at i:66514411 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66513993--66515635 Score: 1348
Period size: 143 Copynumber: 11.5 Consensus size: 142
66513983 TAAATTTTTA
* * * * * *
66513993 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATAATT
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGCA-AACTTCTCGTGT-TTTTGATT
* * * * * * ** * *
66514056 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
63 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAA
66514121 GATAAAGTATAAATT
128 GATAAAGTATAAATT
* * * * *
66514136 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTTGCGTTTTATGATTTT
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGA--TT
* * * * * * *
66514201 TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACATAATCAAA
63 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAA
* *
66514266 TATAAAGTATACATT
128 GATAAAGTATAAATT
* *
66514281 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTC
1 TTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTC
* * * * * * *
66514345 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACATAATCAAAT
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
*
66514410 ATAAAGTATACATT
129 ATAAAGTATAAATT
* *
66514424 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTC
1 TTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTC
* * * * * *
66514488 TTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTAC-GAAATGAAA
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAG-AATCAAA
*
66514552 GATAAAGTATAAACT
128 GATAAAGTATAAATT
* **
66514567 TTT-AAGGGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTATGATT
1 TTTAAAAGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC-GTGTTTT-TGATT
* * * * *
66514630 -TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAA
63 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAA
*
66514694 GATACAGTATAAATT
128 GATAAAGTATAAATT
* ** * * * *
66514709 TTTAACAA-GTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATT-
1 TTTAA-AAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTC
* ** * * ** * *
66514772 TTTTTAAATTT--TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTA
64 TTTTT-AATTTCATTTTTA--AATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCA
*
66514835 AAGATAAAGTATAAAAT
126 AAGATAAAGTATAAATT
** * * *
66514852 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATC
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGTGTT-TTTGATTC
* *
66514916 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* **
66514981 AAAAACTTAATGTATTTATT
129 ----A--TAAAGTATAAATT
* ** * * * * * * *
66515001 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAGTTCTCGTGTGTTATGAATCT
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTCT
* * * * * * * * * *
66515066 ATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGA-AGGGATGTCTGTTA-TGAAATTAAA
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGA-CGAAGTCGGTTACAG-AATCAAA
* *
66515129 GAAAAAGTTTAAA-T
128 GATAAAGTATAAATT
* *
66515143 ATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-
1 TTTAAA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGATTC
* * * * * *
66515207 TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGAG-C-AATGTCTGTTATAGAATCAAA
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAA-GTCGGTTACAGAATCAAA
* **
66515270 GATACAGTATTGATT
128 GATAAAGTATAAATT
* * * ** * *
66515285 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGCAATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATT-T
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTT-TGATTCT
* * * * * * * * *
66515348 TTTTAATTTAATTATTAAATAGTAAAA-TTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAAT
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTT-GAATTTTGAGACGAAGTCGGTT-ACAGAATCAA-
66515411 AG-TAAAGTATAAATT
127 AGATAAAGTATAAATT
* * * * * * *
66515426 TTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTTGATTCT
* * * * * * *
66515491 TTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTAC-GAAATTATAG
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAG-AATCAAAG
* *
66515551 ATAAAGTAAAAAAT
129 ATAAAGTATAAATT
*
66515565 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGAGTCTTATT-ATTC
1 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TT-TTGATTC
66515629 TTTTTAA
64 TTTTTAA
66515636 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 1223, Mismatches: 222, Indels: 114
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
137 1 0.00
138 5 0.00
139 94 0.08
140 68 0.06
141 89 0.07
142 206 0.17
143 512 0.42
144 12 0.01
145 119 0.10
146 3 0.00
147 1 0.00
148 1 0.00
149 111 0.09
150 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTTGATTCTT
TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGACGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGAT
AAAGTATAAATT
Found at i:66514456 original size:521 final size:517
Alignment explanation
Indices: 66513474--66514472 Score: 1111
Period size: 521 Copynumber: 1.9 Consensus size: 517
66513464 AAAGTTTAAA
* * * *
66513474 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAAT
1 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAACAACGAAGTGCTCATGTCTTATGAAT
* * * * * *
66513539 CTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATTTTTGAAGGAATGTCTGTTATGGAATTAAA
66 CTATTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGGAAAGCCCGTTATGGAATTAAA
* * * *
66513604 GAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATTGCAAACTTCTCA
131 GAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACATGTGATGCATAGCAAACTTCTCA
* *
66513669 TATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGTT
196 CATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGGT
* ** * *
66513734 AGCGGATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGA
261 AGCGAATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGA
* * * * *
66513799 ACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGA
326 ACAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAAACTAGAATTTCGA
* * * * * **
66513864 GGCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTAC
391 GACAAAGTCCGGTATCAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAAGGAAATTTAC
66513929 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
456 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
* * * *
66513991 TATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAGA-GAAGTGCTCGTGTCTTAT-A
1 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATT-TGATGAACA-ACGAAGTGCTCATGTCTTATGA
* * * *
66514053 ATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTG-AGGCAAAGCCCGTTATGGAAT
64 A-TCTATTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG-AAAGCCCGTTATGGAAT
* * * * *
66514117 TATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACT
127 TAAAGAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAACT
** * * * * ** *
66514182 TCTTGCGTTTTATGATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA-GACT
191 TCTCACATTTTATGA---TTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-
* * * *
66514246 AAGTT-GGGTA-CATAATC-AAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTAC
252 AA-TTCGGGTAGC-GAATCAAAAT-TAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTAC
* * ** * * * *
66514307 CATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
313 AATGTGATGCAGAACAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAA
* * * ** * *
66514372 ATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTA-CATAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTT-
378 ACTAGAATTTCGAGACAAAGTCCGGTATCA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTA
*
66514435 AAAAGGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCT
442 AAAAGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
66514473 CGTATCTTTT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 75, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
516 8 0.02
517 133 0.34
518 29 0.07
520 17 0.04
521 203 0.52
522 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (517 bp):
TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAACAACGAAGTGCTCATGTCTTATGAAT
CTATTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGGAAAGCCCGTTATGGAATTAAA
GAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACATGTGATGCATAGCAAACTTCTCA
CATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGGT
AGCGAATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGA
ACAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAAACTAGAATTTCGA
GACAAAGTCCGGTATCAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAAGGAAATTTAC
CATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
Found at i:66514712 original size:285 final size:284
Alignment explanation
Indices: 66513993--66515635 Score: 1468
Period size: 285 Copynumber: 5.7 Consensus size: 284
66513983 TAAATTTTTA
* * * * *
66513993 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATAATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGCA-AACTTCTCGTGTTTTATGATT
* * * * * ** * *
66514056 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
64 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAA
* * * *
66514121 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTT
128 GATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * * * * *
66514186 GCGT-TTTATGATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGT
192 GTGTCTTT-TGA--TTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGACGAACT
** * * *
66514250 TGGGTAC-ATAATCAAATATAAAGTATACATT
254 CCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * *
66514281 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTT-TGATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTATGATT
* * * * * *
66514344 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACATAATCAAA
64 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAA
* * *
66514409 TATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTC
128 GATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * *
66514474 GTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCG
192 GTGTCTTTTGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCG
* *
66514539 TTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACT
257 TTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATT
**
66514567 TTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTATGATT
1 TTTAAGAGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC-GTGTTTTATGATT
* * * *
66514630 TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAG
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* * ** * * *
66514695 ATACAGTATAAATTTTTAACAA-GTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATC
129 ATAAAGTATAAATTTTTAA-AAGGTTA-AAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * *
66514759 GTGTCTTCTGATT-TTTTTAAATTT--TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
192 GTGTCTTTTGATTCTTTTT-AATTTAATTTTTA--AATATTAAAACTCGAATTTTGAGACGAACT
* * *
66514821 CCATTACTG-AATTAAAGATAAAGTATAAAAT
254 CCGTTAC-GAAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * * *
66514852 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATC
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATT
*
66514916 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* ** * ** * * * * *
66514981 AAAAACTTAATGTATTTATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAG
129 ----A--TAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAC
* * * * * * *
66515046 TTCTCGTGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGA-AGGGA
187 TTCTCGTGTCTTTTGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGA-CGA
** * * * * * *
66515110 TGTCTGTTATGAAATTAAAGAAAAAGTTTAAATA
251 ACTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* *
66515144 TTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
* * * * * *
66515209 TTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGA-GCAATGTCTGTTATAGAATCAAAGAT
66 TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAAGAT
* ** * * * ** * *
66515273 ACAGTATTGATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGCAATGCATTGCAAACTTCTCATG
131 AAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTG
* * * * * * * *
66515337 T-TTTATGATT-TTTTTAATTTAATTATTAAATAGTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTT
195 TCTTT-TGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTT
* *
66515400 GGCGGAA-CAATAG-TAAAGTATAAATT
259 -ACGAAATCAA-AGATAAAGTATAAATT
* * * * * *
66515426 TTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTT
* ** * * *
66515491 TTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTAC-GAAATTATAG
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAG-AATCAAAG
* *
66515551 ATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
129 ATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
*
66515616 AGTCTTATT-ATTCTTTTTAA
193 TGTCTT-TTGATTCTTTTTAA
66515636 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 196, Indels: 98
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
279 11 0.01
280 50 0.04
281 26 0.02
282 118 0.11
283 52 0.05
284 40 0.04
285 231 0.21
286 184 0.17
287 6 0.01
288 156 0.14
289 8 0.01
290 21 0.02
291 43 0.04
292 157 0.14
293 5 0.00
294 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (284 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAGAATCAAAGAT
AAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
CTTTTGATTCTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTAC
GAAATCAAAGATAAAGTATAAATT
Found at i:66514866 original size:949 final size:946
Alignment explanation
Indices: 66513042--66514889 Score: 2008
Period size: 949 Copynumber: 1.9 Consensus size: 946
66513032 GTATAAATTC
* * * * *
66513042 TTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTT
1 TTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCACAGAAAAGTGATCGTGTCTTATAATTTTT
* *
66513107 TTAAATTTTTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTAAAGAT
66 TTAAATTATTTTTA-GAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACTGAATTAAAGAT
* * *
66513172 AAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGAAAAACTTCTCGTG
130 AAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATGAAAAACTTCTCGCG
* *
66513237 TTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTA
195 TTATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGACGAAGTCGGGTA
* * * * *
66513302 CAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGAT
260 CAGAATC--A-AAAAAC-TAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGAT
* * * * * *
66513367 TAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATT
321 GAATAACGAACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAAT
* * * ** * *
66513432 TTTGAAGGAATGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAA
386 TTCGAACGAATGTCTGGTACAGAATCAAAGAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAA
* * * * * *
66513497 TTTATAATTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATA
451 TTTACAATGTGATGAATAACGAACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATA
* * * * * * * *
66513562 TTAAAACTCGATTTTTGAAGGAATGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAG
516 TTAAAACTCGAATTTTGAACGAATCTCCGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATAAATATTAAAGAG
*
66513627 GTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATTGCAAACTTCTCATATTTTATGATTTTTTAAATTTA
581 GTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATATTTTATGATTTTTTAAATTTA
* **
66513692 ATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGTTAGCGGATCAAAATTAAAGTAAAA
646 ATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAAGTCGGTTAGCAAATCAAAATTAAAGTAAAA
** * * *
66513757 ACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAA
711 ACTTTTACAAGTTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCAGAACAAAGTTATCGTGTATTATGAA
* * *
66513822 TCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTATGAAATTAT
776 TCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAACTCCATTATGAAATTAA
*
66513887 AGATAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
841 AGATAAAGTATAAAATTTT-CAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
66513952 TAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAT
905 TAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAT
* * *
66513994 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT-ACATTGTGATGCACAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCT
1 TTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACA-TGTGATGCACAGAAAAGTGATCGTGTCTTATAATT-T
* ** * *
66514058 TTTTAACTTCATTTTTA-AATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGC-CCGTTA-TGGAATTAT
64 TTTTAAATT-ATTTTTAGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAA-CTCCATTACT-GAATTAA
* * *
66514120 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCAT-AGCACACTTC
126 AGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATGA-AAAACTTC
* * * * * * *
66514184 TTGCGTTTTATGATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAG
190 TCGCGTTATATGA--ATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGACGAAG
* * * *
66514249 TTGGGTACATAATC-AAATA-TAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATG
253 TCGGGTACAGAATCAAAAAACTAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTACAATG
* * * * * * * *
66514311 TGATGCAT-AGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT
317 TGATGAATAACG-AACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACT
* * * * * * *
66514375 TGAATTTCGAGACTAA-GT-TGGGTACATAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAA-AGGTTAA
381 CGAATTTCGA-ACGAATGTCT-GGTACAGAATCAAAGAAAAAGTATA-AATATTAAAGAGGTTAA
* * * * * * * *
66514437 AA-GGAAAATTTACCATGTGATGCAT-AGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCA
443 AATGG-AAATTTACAATGTGATGAATAACG-AACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAA
* *
66514500 -TTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAA-CTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATA
506 TTTTTTAA-TATTAAAACTCGAATTTTGA-ACGAATCTCCGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATA
* * *
66514563 AACT-TTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTA
569 AA-TATTAAAGAGGT-TAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATAGCAAACTTCTCA-TATTTTA
* ** * ** *
66514625 TGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA-GACAAAGTCGGTTA-CAAA
630 TGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-AAGTCGGTTAGC-AA
* * * * *
66514688 ATCAAAGA-TACAGTATAAATTTTTAACAAG-TTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGA-
693 ATCAAA-ATTAAAGTAAAAACTTTT-ACAAGTTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCAGA-AC
* * * ** *
66514750 AAAGTTATCGTGTCTTCTG-ATTTTTTTAAATTTTTTTTATGAA-TATTGAAACTCA-AATTTTG
755 AAAGTTATCGTGTATTATGAATCTTTTT-AATTTCATTT-TCAATTATTGAAACT-AGAATTTTG
* *
66514812 AGGCGAACTCCATTACTG-AATTAAAGATAAAGTATAAAATTTT-AAGTGGTTAAAATGGAAATT
817 AGGCAAACTCCATTA-TGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTCAA--GGTTAAAAAGGAAATT
66514875 TACCATGTGATGCAT
879 TACCATGTGATGCAT
66514890 GAAAAACTTC
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 127, Indels: 67
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
947 21 0.03
948 233 0.32
949 239 0.32
950 15 0.02
951 5 0.01
952 153 0.21
953 10 0.01
954 61 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (946 bp):
TTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCACAGAAAAGTGATCGTGTCTTATAATTTTT
TTAAATTATTTTTAGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCATTACTGAATTAAAGATA
AAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATGAAAAACTTCTCGCGT
TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGACGAAGTCGGGTAC
AGAATCAAAAAACTAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATA
ACGAACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGA
ACGAATGTCTGGTACAGAATCAAAGAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
AATGTGATGAATAACGAACTTCTCATATCTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAA
ACTCGAATTTTGAACGAATCTCCGTTACGAAATGAAAGAAAAAGTATAAATATTAAAGAGGTTAA
AATGGAAATTTATATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTAT
TAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAAGTCGGTTAGCAAATCAAAATTAAAGTAAAAACTTT
TACAAGTTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCAGAACAAAGTTATCGTGTATTATGAATCTTT
TTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAACTCCATTATGAAATTAAAGATA
AAGTATAAAATTTTCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTC
TTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAT
Found at i:66514889 original size:428 final size:428
Alignment explanation
Indices: 66513993--66515635 Score: 1246
Period size: 428 Copynumber: 3.8 Consensus size: 428
66513983 TAAATTTTTA
* * * *
66513993 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACA-GAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGGA-AACTTCTCGTGTCTTATGATT
* * * * * *
66514056 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGC-CCGTTATGGAATTAT
64 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAA-CTCCGTTACGAAATGAA
* * *
66514120 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCT
128 AGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCC
* *
66514185 TGCGTTTTATGATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGT
193 AGCGTTTTATGA--TTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGT
* * * * **
66514250 TGGGTACATAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTACCATGTGAT
256 CGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTAAAATGTGAT
* * * * **
66514315 GCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAAT
321 GCATAGAAAACTTATCGTATCTTCTGATTCTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTAAAACTCAAAT
* * *** * * *
66514380 TTCGAGACTAAGTTGGGTACATAATCAAATATAAAGTATACATT
385 TTCGAGACGAACTCCAGTACATAATCAAAGATAAAGTATAAAAT
* * *
66514424 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTC
1 TTTAAGAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTGTCTTATGATTC
* * *
66514488 TTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTACGAAATGAAAG
65 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATGAAAG
* **
66514553 ATAAAGTATAAACTTTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTCCA
130 ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGT-TAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCCA
* *
66514617 GTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGG
194 GCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGG
* * *
66514681 TTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA-GTTAGAATGG-AAATTTAAAATGTGATG
259 GTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAA-AAGGTTA-AAAGGAAAATTTAAAATGTGATG
* * *
66514744 CATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATT-TTTTTAAATTT-TTTTTATGAATATTGAAACTCAAA
322 CATAGAAAACTTATCGTATCTTCTGATTCTTTTT-AATTTATTTTTA--AATATTAAAACTCAAA
* * * *
66514807 TTTTGAGGCGAACTCCATTAC-TGAATTAAAGATAAAGTATAAAAT
384 TTTCGAGACGAACTCCAGTACAT-AATCAAAGATAAAGTATAAAAT
* * *
66514852 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGT-TATATGAAT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-GAAACTTCTCGTGTCT-TATGATT
* * * * *
66514915 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAA
64 CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTAC-G-A--AAT
* * ** * * ** * * * *
66514980 GAAAAACTTAATGTATTTATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAA
125 GAAAGA--TAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAA
* * * * * * * * * * * * *
66515045 GTTCTC-GTGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGA-AGG
188 CTTC-CAGCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGA-C
* * * * ** * * * * **
66515108 GATGTCTGTTATGAAATTAAAGAAAAAGTTTAAA-TATTAAAGAGGTTAAAATGG-AAATTTACC
251 AAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAA-AGGTTAAAA-GGAAAATTTAAA
* * * * * * *
66515171 ATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAACA
314 ATGTGATGCATAGAAAACTTATCGTATCTTCTGATTCTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTAAAA
* ** * * * * * ** *
66515235 TTTGAATTTCGAG-C-AA-TGTCTGTTATAGAATCAAAGATACAGTATTGATT
378 CTCAAATTTCGAGACGAACT-CCAG-TACATAATCAAAGATAAAGTATAAAAT
* * ** * * * *
66515285 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGCAATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATT-T
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCT
* * * * * * * * * * *
66515348 TTTTAATTTAATTATTAAATAGT-AAAATTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAAT
66 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTT-GAATTTTGAGGCGAACTCCGTT-ACGAAATGAA-
* * * * * *
66515411 AG-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCT
128 AGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC-
* * * * * * ** *
66515475 C-GTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTC
192 CAGCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTC
* * * * * * * **
66515535 CGTTACGAAATTATAGATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGAT
257 GGGTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTAAAATGTGAT
* * * *
66515599 GCATAGCAAACTTCTCG-AGTCTTATTATTCTTTTTAA
321 GCATAGAAAACTTATCGTA-TCTTCTGATTCTTTTTAA
66515636 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 180, Indels: 91
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
421 90 0.09
422 14 0.01
423 1 0.00
424 2 0.00
425 81 0.08
426 6 0.01
427 10 0.01
428 270 0.27
429 9 0.01
430 12 0.01
431 206 0.21
432 42 0.04
433 46 0.05
434 86 0.09
435 110 0.11
436 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (428 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCT
TTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATGAAAGA
TAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCCAGC
GTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGGT
ACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAAGGAAAATTTAAAATGTGATGCATA
GAAAACTTATCGTATCTTCTGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAG
ACGAACTCCAGTACATAATCAAAGATAAAGTATAAAAT
Found at i:66515661 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 66515564--66515721 Score: 248
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
66515554 AAGTAAAAAA
* *
66515564 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT-CTCGAGTCTTATTAT
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGAGTCTTATGAT
66515627 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
64 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
* *
66515650 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGTGTCTTATGATTC
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
66515715 TTTTTAA
66 TTTTTAA
66515722 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 4
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.05
86 63 0.95
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (86 bp):
TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
TTTTTAAGATATAGTGTAAAT
Found at i:66515835 original size:229 final size:225
Alignment explanation
Indices: 66515420--66515840 Score: 648
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 225
66515410 TAGTAAAGTA
*
66515420 TAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
* *
66515485 GAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
66 GAATCTTTTTAACTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
*
66515550 GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
131 GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAACTTCTC
66515615 GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
196 GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
* *
66515645 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGTGTCTT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCA-AAGTT-CTCGTGTATT
* * * *
66515708 ATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTTCGTTATGGA
64 ATGAATCTTTTTAACTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAA
* * * *
66515773 ATTATAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAA
125 ATTATAGATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAA
66515838 CTT
190 CTT
66515841 GTCGTGCTTT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 14, Indels: 8
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
224 3 0.02
225 77 0.44
226 2 0.01
227 1 0.01
228 1 0.01
229 92 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (225 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
GAATCTTTTTAACTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAACTTCTC
GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
Found at i:66516106 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66515634--66517699 Score: 1943
Period size: 143 Copynumber: 14.6 Consensus size: 142
66515624 TATTCTTTTT
* * *
66515634 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * *
66515697 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAA
65 -CTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTTGAGGCGAA
* * * *
66515761 GTTCGTTATGGAATTA
127 GTCCGTTACGAAATCA
* * * * *
66515777 TAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * *
66515842 TCGTG-CTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAATTCACATTTCGAGACTAA
66 TCGTGTC-TTATGA--TTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAA
* *
66515906 GTCGGGTAC-AAATCA
127 GTCCGTTACGAAATCA
* * * * * *
66515921 AATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAAAACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * *
66515985 CTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATTTGTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* *
66516050 CCATTACGAAATGA
129 CCGTTACGAAATCA
* * *
66516064 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * **
66516129 TCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGTCC
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTCC
* *
66516194 GTTACGGAATTA
131 GTTACGAAATCA
* * * *
66516206 TAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * *
66516270 TCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCC
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTCC
* * *
66516335 ATTAAGAAATGA
131 GTTACGAAATCA
* *
66516347 AAGGTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
66516412 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTC
66 TCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
66516477 GGGTAC-AAATCA
130 CGTTACGAAATCA
* * * * *
66516489 AATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
66516553 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* * *
66516618 CCATTATGAAATGA
129 CCGTTACGAAATCA
* * *
66516632 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAACAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * ** *
66516697 TAGTGT-TGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGT
66 TCGTGTCT-TATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
*
66516761 -CGTTTACAAAATCA
129 CCG-TTACGAAATCA
* * ** * * *
66516775 AAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTAAAGTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * *
66516840 TCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
66516904 CGTTACGGAATTA
130 CGTTACGAAATCA
* * * * * *
66516917 AAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * *
66516982 TTGTGT-TATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAG
66 TCGTGTCT-TATG-AT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAG
* *
66517046 TCGGTTACAAAATCA
128 TCCGTTACGAAATCA
* * * ** *
66517061 AAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA
1 AAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * * *
66517126 AAGTTCTTGTGTGTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG
60 AACTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTG-AGG
* ** * * *
66517191 -GATGTTTGTTATGGAATTA
123 CGAAGTCCGTTACGAAATCA
* * * *
66517210 AAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
66517275 TCGCGTTTTATGATTTTATTTAATTTTATTTTTAAACATTAAAATTCGAATTTTGAGG-AAACGT
66 TCGTGTCTTATGATTTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAA-GT
* *
66517339 CGGTTACAAAATCA
129 CCGTTACGAAATCA
* * * * * *
66517353 AAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * ** * * * * * *
66517417 TCGTGTTTTATGA--TTTTTAATTTAATTATTAAATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAATCG
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTCC
*
66517480 GTTATTG--ATCA
131 GTTA-CGAAATCA
* * * * *
66517491 AA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAA---
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * *
66517552 ---GT-TC-T-CG----TTTTAATTTCATTTTTAATTATTAAAACTCGAATTTTTAGGCAAAGTC
65 CTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* * *
66517607 CATTACGGAATTA
130 CGTTACGAAATCA
* * *
66517620 TAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
*
66517684 CTCGGGTCTTATGATT
65 CTCGTGTCTTATGATT
66517700 CTTCGTAAGA
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 291, Indels: 118
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 1 0.00
128 42 0.03
129 54 0.03
130 2 0.00
131 1 0.00
132 1 0.00
133 2 0.00
135 1 0.00
136 2 0.00
137 2 0.00
138 39 0.02
139 56 0.04
140 4 0.00
141 131 0.08
142 433 0.28
143 523 0.33
144 116 0.07
145 45 0.03
146 1 0.00
148 2 0.00
149 51 0.03
150 64 0.04
151 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTCC
GTTACGAAATCA
Found at i:66516645 original size:285 final size:286
Alignment explanation
Indices: 66515634--66517702 Score: 2076
Period size: 285 Copynumber: 7.3 Consensus size: 286
66515624 TATTCTTTTT
* * *
66515634 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * * * *
66515697 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACTAGAATTTTAAGGCAAAG
65 -CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC
* * * * * *
66515762 TTCGTTATGGAATTATAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGA
129 TCCGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * *
66515827 TACATAGCAAACTTGTCGTG-CTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAATTC
194 TGCATAGCAAACTTCTCGTGTC-TTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC
* *
66515891 ACATTTCGAGACTAAGTCGGGTAC-AAATCA
256 AAATTTCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
* * * * * *
66515921 AATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAAAACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * *
66515985 CTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATTTGTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
* * *
66516050 CCATTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGAT
130 CCGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGAT
* * * * *
66516115 ACATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAAT
195 GCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAAT
* * * ** *
66516179 TTTGAG-GTAAAGTCCGTTACGGAATTA
260 TTCGAGACT-AAGTCGGTTACAAAATCA
* * * *
66516206 TAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * *
66516270 TCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
* * * *
66516334 CATTAAGAAATGAAAGGTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATG
131 CGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
66516399 CATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
196 CATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
*
66516464 TCGAGACTAAGTCGGGTAC-AAATCA
261 TCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
* * * * *
66516489 AATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
66516553 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
* *
66516618 CCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTACCATGTGAT
130 CCGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGAT
* * * *
66516683 GTATAACAAACTTCTAGTGT-TGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
195 GCATAGCAAACTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
* * * *
66516747 TTTCAAGGCAAAGTCGTTTACAAAATCA
259 TTTCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
* * ** * * *
66516775 AAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTAAAGTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
66516840 TCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
* * * * * * *
66516904 CGTTACGGAATTAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATG
131 CGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * * *
66516969 CATGGAAAACTTCTTGTGT-TATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAA
196 CATAGCAAACTTCTCGTGTCT-TATGATTC-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
* * *
66517033 TTTCGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCA
259 TTTCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
* * * ** *
66517061 AAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA
1 AAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * *
66517126 AAGTTCTTGTGTGTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG
60 AACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTG-AGG
** ** * * * *
66517191 -GATGTTTGTTATGGAATTAAAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
124 CGAACTCCGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
* * * * * *
66517255 TGTGATGCATAGAAAACTTGTCGCGTTTTATGATT-TTATTTAATTTTATTTTTAAACATTAAAA
189 TGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
* *
66517319 TTCGAATTTTGAGGA--AACGTCGGTTACAAAATCA
253 TTCAAATTTCGA-GACTAA-GTCGGTTACAAAATCA
* * * * * *
66517353 AAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * ** * * * *
66517417 TCGTGTTTTATGA---TTTTTAATTTAATTATTAAATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAATC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
* * * * * *
66517479 GGTTATTG--ATCAAA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGA
131 CGTTA-TGAAATGAAAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * * *
66517541 TGCATAGCGAA------GT-TC-------TCGTTTTAATTTCATTTTTAATTATTAAAACTCGAA
194 TGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
** * * ** ** *
66517592 TTTTTAGGCAAAGTCCATTACGGAATTA
259 TTTCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
* * *
66517620 TAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
*
66517684 CTCGGGTCTTATGATTCTT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTT
66517703 CGTAAGATAT
Statistics
Matches: 1505, Mismatches: 238, Indels: 94
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
266 2 0.00
267 80 0.05
268 32 0.02
271 2 0.00
274 1 0.00
275 1 0.00
280 1 0.00
281 56 0.04
282 39 0.03
283 154 0.10
284 190 0.13
285 347 0.23
286 173 0.11
287 179 0.12
288 11 0.01
290 1 0.00
291 4 0.00
292 122 0.08
293 106 0.07
294 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (286 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
CGTTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
CATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
TCGAGACTAAGTCGGTTACAAAATCA
Found at i:66517766 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 66517621--66517786 Score: 262
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
66517611 ACGGAATTAT
* *
66517621 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
66517686 CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
66 CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
* * *
66517707 AGATATAGTGTAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAAGTGC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGC
*
66517771 TCGTGTCTTATGATTC
65 TCGGGTCTTATGATTC
66517787 CTTTTAACTT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 2
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 72 0.99
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (86 bp):
AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
Found at i:66518171 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66517717--66518237 Score: 623
Period size: 143 Copynumber: 3.7 Consensus size: 142
66517707 AGATATAGTG
* * * *
66517717 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAAGTGCTCGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * *
66517782 GATTCCTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTTTGAGGCAAAGTCTGTTACGAAAT
66 GATT-CTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAAT
* * *
66517847 TATAGATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * *
66517860 TAAACTTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * * * * * *
66517924 GATTCTTTTAATTTTACTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTCCGATAC-AGAAT
66 GATTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGA-AAT
*
66517988 CAAATATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * * * * *
66518001 TAAAATTTTAAAAGGGTAAAACAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTTTTGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * * * *
66518066 GATTGTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAAT
66 GATT-CTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAAT
*
66518131 GAAACATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * *
66518144 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* *
66518209 GATTTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATT
66 GA-TTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATT
66518238 TAAATTTGAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 54, Indels: 10
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 1 0.00
141 74 0.23
142 82 0.26
143 159 0.50
144 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
GATTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAATC
AAACATAAAGTA
Found at i:66520809 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 66520734--66520842 Score: 132
Period size: 50 Copynumber: 2.2 Consensus size: 50
66520724 TGTGTGGCTT
* * *
66520734 GCCCGTGTGACCCAAATCCGAAGTCAATGAGTTACACT-ACCTGGACACGC
1 GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACA-TGACCTGGACACAC
* * *
66520784 GCCCGTGTGATCCAAAAT-CAAAGTCAGTGAGTTACATGGCCTGGGCACAC
1 GCCCGTGTGA-CCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
66520834 GCCCGTGTG
1 GCCCGTGTG
66520843 TCAGCCCGTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 4
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
49 1 0.02
50 44 0.86
51 6 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.29, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (50 bp):
GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
Found at i:66523710 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66523213--66525383 Score: 1781
Period size: 143 Copynumber: 15.4 Consensus size: 141
66523203 AGCGAAGTTG
* * * * * *
66523213 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * *
66523278 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTAA
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTTAA
66523343 TTTCATTTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * * *
66523357 ATTGAAACTCAAATTTTGA-GCCAAAGTCCGTTACGGAATTATAA-ATAAAGTATAAATTTTTAC
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCC-AAGTCCGTTACAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTA-
* * ** * *
66523420 A-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTTTTTTTA
63 AGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTT-
* * *
66523484 AAAATTTTATTTTTATAT
125 -TAATTTCATTTTTAAAT
* ** ** * * *
66523502 ATTAAAATTCAAATTTCAAGG-C-AGCATTGGTTACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAG--TCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAA
*
66523565 GAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGACGCATAGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAG-TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
66523630 ATTTCATTTTTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
* * ** *
66523645 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * * *
66523710 GGTTAAAATGGAAA-TTACAATGTGATACATAGCGAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAA-
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
* *
66523773 TTCATTGTTAGAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * * ** *
66523786 ATTGGAAATT-GAATTTTGA-TCGAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * *
66523849 TGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-A-A-C---TTTTCTTGTTTTATGATTTTTTATAAT
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
66523908 TTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * * *
66523921 ATTAAAATTTGAATTTCGACG-CAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAG
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *** ** **
66523985 AGGATAAACTGGAAATTTACAATGTGATGTGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGA-TTGCTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
66524049 TTT-A-----AAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* ** * ** * * * * * * *
66524057 ATTGAAACCCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGT
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * ** * *
66524122 GGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAATGTTTTATGAGTTTTTATAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
66524187 GTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * * * * * *
66524200 ATTAAAATTTGAATTTCGAGG-CAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTTTAAG
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * * * *
66524264 AAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTTTTAG
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
66524329 TTTCATTTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * * *
66524343 ATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* *
66524406 ATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTTTT-
65 A-GGTTAAAATGGAAATTT-ACATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
** *
66524469 ATTTTGTTATTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
* * * * * * *
66524484 ATTAAATTTCGAATTTTGAGGCCAGGT-CGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAG
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *
66524548 AGGTTAAGATGGAAATTGACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
*
66524613 TTT-ATTTTTCAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * *** * *
66524626 ATTGAAACTC-ACATTTTGAGATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAG
1 ATTAAAATTCGA-ATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * *
66524690 TGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTAT-A-ATTTTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
*
66524753 TTTCATGTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * * * * * * * *
66524767 TTTAAAATTTGAATTTTGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * ** * *
66524832 GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTAAG
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
66524897 TTGATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * *
66524910 ATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAA
* * ** *
66524973 GAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTA
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
* *
66525038 AGTTGATTTTTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
** * * * * *
66525053 ATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAA
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAA
* * * *
66525116 GAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTT
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTT
66525181 AATTTCATTTTTAAAT
126 AATTTCATTTTTAAAT
* * * * **
66525197 ATTGAAACTT-GAATTTTGTGGCAAAGTCCGATAC-G-A--AATTATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *
66525257 A-GTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TGTTTTT-
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-C-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
66525318 ATTTC-TTGTTTAAAT
127 ATTTCATT-TTTAAAT
** * * **
66525333 ATTAAAATTCCTATTTTGAGGCCACGTCGGCAACAGAATCAAAGATAAAGT
1 ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGT
66525384 GTAACTCCCT
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 308, Indels: 156
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
134 25 0.02
135 32 0.02
136 175 0.11
137 17 0.01
138 7 0.00
139 45 0.03
140 94 0.06
141 239 0.15
142 174 0.11
143 568 0.35
144 151 0.09
145 115 0.07
146 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
ATTAAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
GGTTAAAATGGAAATTTACATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTT
CATTTTTAAAT
Found at i:66524703 original size:283 final size:281
Alignment explanation
Indices: 66523224--66525383 Score: 1967
Period size: 283 Copynumber: 7.6 Consensus size: 281
66523214 TTAAAATTCA
* * * * * *
66523224 AATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGG
1 AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTAC-GAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGG
* * * *
66523289 AAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCA-TGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTT
65 AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT-AGTGTTTTATGA-T-TTTTTT-ATTTCATTTTT
* * * * * *
66523353 AAATATTGAAA-CTCAAATTTTGA-GCCAAAGTCCG-TTACGGAATTATAAATAAAGTATAAATT
126 AAATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCC-AAGT-CGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATT
* * * ** * * *
66523415 TTTACA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTT-
189 TTTA-AGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-TAAGTTCTCGTGTCTTATGATTC
* * *
66523478 TTTTTAAAAATTTTATTTTTATATATTAAAATTC
252 TTTTT---AA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTC
** * ** * * * * *
66523512 AAATTTCAAGGCAGCA-TTGGTTACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAAGAGGTTAAAAT
1 -AATTTTGAGGC-GAAGTCCGTTAC-GAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT
* * ** *
66523576 GGAAATTTATCATGTGACGCATAGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTT
63 GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTTTT-ATTTCATTTTT
* * * * *
66523641 AAATATTAAAA-TTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTT
126 AAATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTT
* * * * *
66523705 TAAGAGGTTAAAATGGAAA-TTACAATGTGATACATAGCGAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTT
191 TAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-TAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTT
* * * * *
66523769 TTAATTCATTGTTAGATATTGGAAATTG
255 TTAATTTATTTTTAAATATT-GAAACTC
* * * *
66523797 AATTTTGA-TCGAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGG
1 AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTA-CGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGG
**
66523861 AAATTTACCATGTGATG-A-A-C--TTTTCT--TGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAA
65 AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTT-T-ATTTCATTTTTAA
* * * * *
66523919 ATATTAAAATTT-GAATTTCGACG-CAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTT
128 ATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAA-GTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTT
* * ** *
66523982 AAGAGGATAAACTGGAAATTTACAATGTGATGTGCAGCG-AAGTTCTCGTGTCGTATGATTGC--
192 AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGA--TGCATAGTAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-CTT
*
66524044 TTTAATTTA-----AAATATTGAAACCC
254 TTTAATTTATTTTTAAATATTGAAACTC
* * * * *
66524067 AAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGTGGTTAAAATG
1 -AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTAC-GAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATG
* * * * *
66524132 GAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAATGTTTTATGAGTTTTTATAATGTCATTTTTA
64 GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTT-TTATTTCATTTTTA
* * * * * *
66524197 AATATTAAAATTT-GAATTTCGAGG-CAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTT
127 AATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAA-GTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTT
* * * *
66524260 TAAGAAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTT
191 TAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGT-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTT
*
66524325 TTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTC
255 TTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTC
* * *
66524353 AAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAATGGTTAAAATG
1 -AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATG
* ** *
66524418 GAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTTGTTATTAAA
64 GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTCATTTTTAAA
* * * * *
66524483 TATT-AAATTTCGAATTTTGAGGCCAGGTCGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAA
129 TATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTAA
* * *
66524547 GAGGTTAAGATGGAAATTGACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTA
194 GAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-TAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTA
*
66524612 ATTTATTTTTCAATATTGAAACTC
258 ATTTATTTTTAAATATTGAAACTC
** *
66524636 ACATTTTGAGATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATG
1 A-ATTTTGAGGCGAAGTCCGTTAC-GAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATG
* * * * *
66524701 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATAATTTTTTAATTTCATGTTTAAA
64 GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTCATTTTTAAA
* * * * * * * *
66524766 TTTTAAAATTT-GAATTTTGAGGCGAATTC-AGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTA
129 TATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGA-TTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTA
* **
66524829 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTT
193 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGT-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT
* *
66524894 AAGTTGATTTTTAAATATTGGAACTC
257 AA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTC
* * * * * *
66524920 GAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTACGAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAAGAGGTTAAAAT
1 -AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACG-AATTA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT
* ** * * * ** * *
66524984 GGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTAAGTTGATTTTT
63 GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATT-TTTTT-ATTTCATTTTT
** * * ** * * *
66525049 AAATATTGGAA-CTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAAATCATAAATAAAGTATAACTTC
126 AAATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAG-AATCAAAAATAAAGTATAAATTT
* *
66525112 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTT
190 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGT-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTC-T
*
66525177 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTG
253 TTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAAC-TC
* * * *
66525208 AATTTTGTGGCAAAGTCCGATACGAAATT----ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGTTAAAATGG
1 AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGG
* *
66525268 AAATTTATCATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGATGTTTTTATTTC-TTGTTTAA
65 AAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTCATT-TTTAA
** * *** *
66525331 ATATTAAAA-TTCCTATTTTGAGGCCACGTCGGCAACAGAATCAAAGATAAAGT
128 ATATTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGT
66525384 GTAACTCCCT
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 253, Indels: 133
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
270 4 0.00
271 14 0.01
272 64 0.04
273 1 0.00
274 1 0.00
275 9 0.01
276 99 0.06
277 40 0.03
278 5 0.00
279 128 0.08
280 59 0.04
281 10 0.01
282 49 0.03
283 312 0.20
284 249 0.16
285 25 0.02
286 220 0.14
287 81 0.05
288 90 0.06
289 94 0.06
290 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (281 bp):
AATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGA
AATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTCATTTTTAAATA
TTAAAATTTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGA
GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATT
TATTTTTAAATATTGAAACTC
Found at i:66524998 original size:710 final size:698
Alignment explanation
Indices: 66523213--66525340 Score: 2093
Period size: 710 Copynumber: 3.0 Consensus size: 698
66523203 AGCGAAGTTG
* * * * *
66523213 ATTAAAAT-TCAAATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATTAAAATCTC-AATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * **
66523277 AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT-TT-T-ATAATTTTTTA
* * *
66523342 ATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGCCAAAGTCCGTTACGGAATTATAAATAAAG
127 ATTTCA-TTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTA-AAATAAAG
* *
66523407 TATAAATTTTTACA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTT
190 TAT-AATTTTTA-AGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTACTAGTGTTT
* * * * * * *
66523471 TATGCTTTTTTTAAAAATTTTATTTTTATATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAGCATTGGTTAC
253 TATGATTTTTTT---AA-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCA-AATCGGTTAC
*
66523536 AGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGACGCATAG
313 AGAATCAAA-ATAAAGTATAACTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAG
* * * * * * *
66523600 -CAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGA
375 TGAAG-TTCTCGTGTATTATGATTCTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGA
* * *
66523664 GGCCAAGTCAATTAC-AGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-TTA
439 GGCCAAGTCCATTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * * * *
66523727 CAATGTGATACATAGCGAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAATTCATTGTTAGATATTGGA
503 CAATGTGATGCATAGC-AAATTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTATTTCATTATTAAATATT-GA
* * * * * * * * *
66523792 AATTGAATTTTGA-TCGAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAA
565 AATTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGATA-CGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
66523856 AATGGAAATTTACCATGTGATG-A-A-CT--TT-TCTTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTT
629 AATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCTAATTCTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTT
66523915 TTAAAT
693 TTAAAT
* * * * *
66523921 ATTAAAATTTGAATTTCGACGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGA
1 ATTAAAATCTCAATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * *** ** * *
66523986 GGATAAACTGGAAATTTACAATGTGATGTGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGATTGCTTTAATT
66 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTTTTATAATT-TTTTAATT
* * *
66524051 T-A----AAATATTGAAACCCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTA
130 TCATTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAA-ATAAAGTATA
* * * * *
66524111 ACTTTTCAAGTGGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAATGTTTTATGA
194 A-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTACTAGTGTTTTATGA
* * *
66524176 GTTTTTATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATAA
258 -TTTTTTTAAT-TCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-ATCGGTTACAGAAT-C
* * * *
66524241 AAAATAAACTATAATTTTTTAAGAAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTC
319 AAAATAAAGTATAA-CTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTC
* * *
66524306 TTGTGTCTTATGATTGTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTC
383 TCGTGTATTATGATTCTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTC
* *
66524371 CGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-ATGGTTAAAATGGAAATTTA-ACATGTGA
448 CATTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACA-ATGTGA
* * **
66524434 TGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTTGTTATTAAATATT-AAATTTCGAAT
511 TGCATAGCAAA-TTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTATTTCATTATTAAATATTGAAA-TT-GAAT
* * * *
66524498 TTTGAGGCCAGGT-CGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTAAGATGGAA
573 TTTGAGGCAAAGTCCGAT-A-CGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAA
* *
66524562 ATTGACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTT-TAATTT-ATTTTTCAA
636 ATTTAC-ATGTGATGCATAGCTAA-TTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTATAATTTCATTTTTAAA
66524625 T
698 T
* * * *
66524626 ATTGAAA-CTCACATTTTGA-G-ATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTA
1 ATTAAAATCTCA-ATTTCGACGCA--AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTA
* ** *
66524688 AGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATAATTTTTTAA
63 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTTTTATAATTTTTTAA
* * * ** * * ** * * *
66524753 TTTCATGTTTAAATTTTAAAATTTGAATTTTGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAGC
128 TTTCAT-TTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAA-ATAAAGT
* ** * * **
66524818 ATAGATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATA
191 ATA-ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTACTAGTGTTTTA
* ** * * **
66524883 TGATTCTTTTTAAGTTGATTTTTAAATATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAA
255 TGATT-TTTTTAA-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAA-TCGGTTACAG-A
66524947 ATCATAAATAAAGTATAACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAA
316 ATCA-AAATAAAGTATAACTT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAA
* * * * * *
66525012 GTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTAAG-TTGATTTTTAAATATTGGAACTCGAATTTTGAGGCA
379 GTTCTCGTGTATTATGATTCTTTTT-AGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCC
* *
66525076 AAGTCCTTTACGAAATCATAA-ATAAAGTAT-AACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
443 AAGTCCATTACGAAATCA-AAGATAAAGTATAAAATT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
* * * * *
66525139 TCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
506 TGTGATGCATAG-CAAATTCTCGTGTCTTATGA-T-TTTTTT-ATTTCATTATTAAATATTGAAA
* **
66525204 CTTGAATTTTGTGGCAAAGTCCGATACG---AAATTATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAA
567 -TTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGATACGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
* * *
66525265 TGGAAATTTATCATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGATGTTTT-T-ATTTC-TTG
631 TGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CTAA-TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATT-
66525326 TTTAAAT
692 TTTAAAT
66525333 ATTAAAAT
1 ATTAAAAT
66525341 TCCTATTTTG
Statistics
Matches: 1171, Mismatches: 187, Indels: 124
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
696 3 0.00
697 5 0.00
698 225 0.19
699 100 0.09
700 102 0.09
701 7 0.01
702 2 0.00
703 1 0.00
704 11 0.01
705 109 0.09
706 35 0.03
707 22 0.02
708 140 0.12
709 36 0.03
710 315 0.27
711 11 0.01
712 8 0.01
713 30 0.03
714 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (698 bp):
ATTAAAATCTCAATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTTTTATAATTTTTTAATTT
CATTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAAATAAAGTATAAT
TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTACTAGTGTTTTATGATTT
TTTTAATTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAATCGGTTACAGAATCAAAATAA
AGTATAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTAT
TATGATTCTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCATTACGA
AATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAA
ATTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTATTTCATTATTAAATATTGAAATTGAATTTTGAGGCAAAGT
CCGATACGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATGTGATGC
ATAGCTAATTCTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAAT
Found at i:66527724 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 66527444--66527788 Score: 419
Period size: 142 Copynumber: 2.4 Consensus size: 143
66527434 TACATAAAGC
* * * * *
66527444 ATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAAAATGTGATGCATAGCGAAGTGCTCGTG-TCTT
1 ATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGTTCTT
* * *
66527508 ATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACAAA
66 ATGA-TATTTTTAACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAGTTACAAA
* *
66527573 ATTATAGATGAAGT
130 ATCAAAGATGAAGT
* * * *
66527587 ATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGTTTTT
1 ATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGTTCTT
* * * * *
66527652 ATGA-ATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGTCAAAGTCAGTTATAGAA
66 ATGATATTTTTAACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAGTTACAAAA
*
66527716 TCAAAGATGCAGT
131 TCAAAGATGAAGT
* * * * *
66527729 ATAAA-TTTTAAAGAAGTT-AGATGCAAATTTGCAATGTGATGTATAACGAAGTTCTTGTGT
1 ATAAATTTTTAAA-AAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGT
66527789 CACGGAATTA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 28, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 41 0.24
142 72 0.42
143 52 0.30
144 7 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
ATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGTTCTT
ATGATATTTTTAACTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAGTTACAAAA
TCAAAGATGAAGT
Found at i:66527989 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66527800--66528947 Score: 876
Period size: 142 Copynumber: 8.1 Consensus size: 141
66527790 ACGGAATTAT
* * * *
66527800 AGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTGT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
* * * * * *
66527864 CGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGCGGCTAATTCG
66 CGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTCG
66527928 ATTATAAGGTCAA
131 -TTA-AAGGTCAA
* * * * *
66527941 AGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTCAAAATAAAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
**** * * * * * *
66528006 TACATCTTATGATTGTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGTCGAAGTT
66 CGTGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGC-AAATT
*
66528071 CGTT-ACGGAATCAA
129 CGTTAAAGG--TCAA
* * * * **
66528085 AGATAAAGTATTACTTTTTAAGTA-GTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAA
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
66528149 TTGTTTTTTATGCTT-TTTTT-ATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTC
65 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTC
* * *
66528212 GGCTACAGAATCAA
130 -GTTAAAG-GTCAA
* * * * **
66528226 AGATAAAGTATTACTTTTTAAGTA-GTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAA
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
66528290 TTGTTTTTTATGCTT-TTTTT-ATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTC
65 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTC
* * *
66528353 GGCTACAGAATCAA
130 -GTTAAAG-GTCAA
* * * *
66528367 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
66528431 TCATGTCTTATGATTCTTTTT-A---TA----T--AT-TGAAACA--CGAATTTTGAGCCGAAGT
65 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAA-ATTCGAATTTTGAGGC-AAAT
* * ** *
66528483 CCATTACAAATTTAA
128 TCGTTA-AAGGTCAA
* * * *
66528498 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * *
66528562 TCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGGCAAATTT
65 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTC
* * *
66528627 GTTCCGAA-GTTAT
130 GTT--AAAGGTCAA
* * * *
66528640 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * *
66528704 TCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGGCAAATTT
65 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTC
* * *
66528769 GTTCCGAA-GTTAT
130 GTT--AAAGGTCAA
* * * **
66528782 AGATAAAGTATAAATTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTAAT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
* * * *
66528847 TGTGTTTTATGCTTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCT-AGGCAAC
66 CGTGTCTTATG--ATTCTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-TGAGGCAA-
* * *
66528911 ATTGGTTACAGAATCAA
126 ATTCGTTAAAG-GTCAA
*
66528928 AGATAAAGTATAAAGTTTTA
1 AGATAAAGTATAAATTTTTA
66528948 TTAAATATTA
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 115, Indels: 73
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
131 99 0.12
132 8 0.01
133 3 0.00
135 3 0.00
139 4 0.00
140 3 0.00
141 257 0.30
142 276 0.32
143 24 0.03
144 107 0.13
145 41 0.05
146 28 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (141 bp):
AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
CGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAATTCG
TTAAAGGTCAA
Found at i:66528239 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66527800--66528947 Score: 872
Period size: 141 Copynumber: 8.1 Consensus size: 141
66527790 ACGGAATTAT
* * * **
66527800 AGATAAAGTATAAA-TTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTA-GTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAA
* * * * * * * * * *
66527863 TCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGCGGCTAATTCG
65 TTGTTTTTTATGCTTTTTTT-ATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTCG
* * *
66527928 ATTATA-AGGTCAA
129 GTTACAGA-ATCAA
* * * * * **
66527941 AGATAAAGTATAAAATTTTAAG-AGGTCAAAATAAAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTA-GTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAA
*** * * * * * *
66528005 TTACATCTTATGATTGTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGTCGAAGT
65 TTGTTTTTTATGCTT-TTTTT--ATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAG-
*
66528070 TC-GTTACGGAATCAA
126 TCGGTTACAGAATCAA
* * * *
66528085 AGATAAAGTATTACTTTTTAAGTAGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAAT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
* * *
66528150 TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTCGGC
66 TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGGT
66528215 TACAGAATCAA
131 TACAGAATCAA
* * * *
66528226 AGATAAAGTATTACTTTTTAAGTAGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAAT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
* * *
66528291 TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTCGGC
66 TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGGT
66528356 TACAGAATCAA
131 TACAGAATCAA
* * * * *
66528367 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAG----CGAA-
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
* * * * * * * * * **
66528427 -G-TTCTCATG-TCTTATGA--TTCTTTTTATATATTGAAACACGAATTTTGA-GCCGAAGTCCA
66 TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCC-AAGTCGG
*
66528486 TTACA-AATTTAA
130 TTACAGAA-TCAA
* * * * * * **
66528498 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
* * * * * * *
66528563 CGTGTCTTATTATTC-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGG-CAAATT
66 --TGT-TTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTC
* * * *
66528626 TGTT-CCGAAGTTAT
128 GGTTACAGAA-TCAA
* * * * * * **
66528640 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
* * * * * * *
66528705 CGTGTCTTATTATTC-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGG-CAAATT
66 --TGT-TTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTC
* * * *
66528768 TGTT-CCGAAGTTAT
128 GGTTACAGAA-TCAA
* * *
66528782 AGATAAAGTATAAATTTTTATG-AGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTAA
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTA-GTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAA
* *
66528846 TTGTGTTTTATGCTTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCT-AGG-CA
65 TTGTTTTTTATGC---TTTTTTT--ATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTT-TGAGGCCA
* *
66528909 ACATTGGTTACAGAATCAA
124 A-GTCGGTTACAGAATCAA
*
66528928 AGATAAAGTATAAAGTTTTA
1 AGATAAAGTATAAATTTTTA
66528948 TTAAATATTA
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 116, Indels: 63
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
130 5 0.01
131 93 0.11
133 5 0.01
134 6 0.01
135 1 0.00
137 3 0.00
139 7 0.01
140 5 0.01
141 260 0.30
142 256 0.30
143 43 0.05
144 103 0.12
145 38 0.04
146 28 0.03
147 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (141 bp):
AGATAAAGTATAAATTTTTAAGTAGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTAAT
TGTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGGT
TACAGAATCAA
Found at i:66528635 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 66528554--66528779 Score: 178
Period size: 71 Copynumber: 3.1 Consensus size: 77
66528544 TGATGCATAG
66528554 CGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTG
1 CGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTG
66528619 GCAAATTTGTTC
66 GCAAATTTGTTC
* * * ** * ** ** * * *
66528631 CGAAGTTATAG-AT-AAAGTATAAATTTTTAA----ATGGTTAAA-ATAGAAATTTAC-AA-TCT
1 CGAAGTTCTCGTGTCTTATTAT-TCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAA-CT-CGAATTTT
*
66528687 GAT-GC--A-TAG---
63 G-TGGCAAATTTGTTC
66528696 CGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTG
1 CGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTG
66528761 GCAAATTTGTTC
66 GCAAATTTGTTC
66528773 CGAAGTT
1 CGAAGTT
66528780 ATAGATAAAG
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 28, Indels: 40
0.60 0.17 0.24
Matches are distributed among these distances:
65 9 0.09
66 8 0.08
67 4 0.04
68 2 0.02
69 2 0.02
70 11 0.11
71 22 0.22
72 11 0.11
73 2 0.02
74 2 0.02
75 4 0.04
76 8 0.08
77 16 0.16
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (77 bp):
CGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTG
GCAAATTTGTTC
Found at i:66528992 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 66528880--66529016 Score: 204
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 69
66528870 AATTTTATTT
* * ** *
66528880 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCTAGGCAACATTGGTTACAGAATCAAAGAT-AAAGTATAAAGT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATACAGAATCAAAGATAAAAGTATAAAGT
66528944 TTTA
66 TTTA
* *
66528948 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATATAGAATCAAAGATAAAAGTATAAATT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATACAGAATCAAAGATAAAAGTATAAAGT
66529013 TTTA
66 TTTA
66529017 AGAGGTTAAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 1
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
68 46 0.75
69 15 0.25
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (69 bp):
TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATACAGAATCAAAGATAAAAGTATAAAGT
TTTA
Found at i:66529206 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66528948--66531197 Score: 2097
Period size: 143 Copynumber: 15.8 Consensus size: 141
66528938 TAAAGTTTTA
* * ** * * *
66528948 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATATAGAATCAAAGATAAAAGTATAAATT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGAT-AAAGTATAAATT
* *
66529013 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
65 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
66529078 TTAAATTTCATTT
130 TT-AATTTCATTT
* * * * *
66529091 ATAAATATTAAAATTTGAATTTCGAAGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAATATAAAGAATAAATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* * * * ** * * *
66529156 GTAAGAGGTTAAAATGGATACTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCG
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT--T
*
66529221 TTTAATTTTATTT
129 TTTAATTTCATTT
* * * * ** * * *
66529234 TTAAATATTCGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGGTCA-TTATGGAATTATAGATAAAGTATAAAC
1 TTAAATATT-AAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAT
* * * ** * ** *
66529298 TTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTT
64 TTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT
*
66529363 TTTTGAATTTTATTT
128 TTTT-AATTTCATTT
* * * * ** * * *
66529378 TTAAATATTCGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGGTCA-TTATGGAATTATAGATAAAGTATAAAC
1 TTAAATATT-AAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAT
* * * ** * ** *
66529442 TTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTT
64 TTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT
*
66529507 TTTTGAATTTTATTT
128 TTTT-AATTTCATTT
* * * * ** * * *
66529522 TTAAATATTCGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGGTCA-TTATGGAATTATAGATAAAGTATAAAC
1 TTAAATATT-AAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAT
* * * ** * ** *
66529586 TTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTT
64 TTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT
*
66529651 TTTTGAATTTTATTT
128 TTTT-AATTTCATTT
* * * * * *
66529666 TTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGG-CAATGTCGGTTAAAAAAAATCAAAGAT-ACGATAAAA
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCAGTT--ACAGAATCAAAGATAAAG-TATAA
* * * * * * *
66529729 ATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTTATCATGTGATTCATAGCAAACATCTCATGTTCTATTGT
62 ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTA-TGA
**
66529794 TTTTTTAATTTCAAAT
126 TTTTTTAATTTCATTT
* * * * * *
66529810 TTAGATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCTAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAATTATAAATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* * * ** *
66529875 TTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGTGAAGTTCTCGT-TTCTTATGATTGT
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTT-TTATGA-T-T
66529939 TTTTAATTT-ATTT
128 TTTTAATTTCATTT
* * * * * * ** * *
66529952 TTAAATACTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTTTGTGAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAATT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * * * *
66530016 TTTAAGTGGTTAAAATCGAAATTTACCTTGTGATGCATCGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
65 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTT
* *
66530081 TTATAATTTCCTTA
129 TT-TAATTTCATTT
* *
66530095 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGG-CAATGTC-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAA-G
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * *
66530157 TTTAAGAGGTTAAAATCGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTTC-CCT-TTTTATGATTTT
65 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA--TT
* *
66530220 TTTTAATTTTAATT
128 TTTTAATTTCATTT
* *
66530234 TTAAATATTAAATTTCGAATTTCGAGGCGC-AGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-CAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * * * * * **
66530298 TTTAAGAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCTTGTCGTATGATTGT
65 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T
*
66530363 TTTAAATTT-ATAT
129 TTT-AATTTCATTT
* * * ** ** * * * ****
66530376 TTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGTGAAGTCTAG-TACAAAATTAAAGGTAAAGTGGGCATT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTC-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATT
* * ** * *
66530440 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCT
65 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T
66530505 CTTTAATTTCATTT
129 -TTTAATTTCATTT
* * * * * * *
66530519 TTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAGATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
*
66530584 TTAAGAGGTTTAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTATT
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-T-TT
66530649 TTTAATTTCATTT
129 TTTAATTTCATTT
* * ** *
66530662 TTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCCAAGTCAGTTACATTATCAAAGATAAATTATAAATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* * * *** * *** * * *
66530727 TTAAGTGGTTTAAATTGAAATTTTTAATGTGATACATATTGAAGTTCTCGTGTCTTCTGATTCTC
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T-
*
66530792 TTTAATTTAATTT
129 TTTAATTTCATTT
** * * **
66530805 TTAAATATTGCAACTCGAATTTTGAGG-CAATGTCCA-TTATGGAATCAAAGATAAAGTATAAAT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GT-CAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAT
* * *
66530868 TCTTAAGAGGTTGAAATGGAAATTTACCATGTGATGAATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTT
64 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTT
66530933 TTTAATTTCATTT
129 TTTAATTTCATTT
* * * *
66530946 TTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACATAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* *
66531011 TTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGAATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTT
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTT
66531076 TAATTTCATTT
131 TAATTTCATTT
* * * *
66531087 TTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACATAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
1 TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* *
66531152 TTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTT
66 TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
66531198 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 1781, Mismatches: 282, Indels: 90
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 43 0.02
140 36 0.02
141 342 0.19
142 390 0.22
143 458 0.26
144 435 0.24
145 77 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
TTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTT
TAATTTCATTT
Found at i:66529440 original size:499 final size:497
Alignment explanation
Indices: 66528496--66529446 Score: 1168
Period size: 499 Copynumber: 1.9 Consensus size: 497
66528486 TTACAAATTT
* * *
66528496 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTT
1 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCGGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * *
66528561 CTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGGCAAATT
66 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGCCAAATC
* * * * * * *
66528626 TGTTCCGAAGTTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATG
131 AGTTCAGAAGTCAAAGATAAAGAATAAATTTGTAAATGGTTAAAATAGAAACTTACAATCTGATG
* **
66528691 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATT
196 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATT
* * ** * ** *
66528756 TTGTGGCAAATTTGTTCCGAAGTTATAGATAAAGTATAAATTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATT
261 TTGAGGCAAAGTCATTCCGAAGTTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAATAGAAATT
* **
66528821 TACCATGTGATGCATAGGAAACTAATTGTGTTTTATGCTTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAAT
326 TACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGC-TGCTTTTTTAAATTTTATTTTTAAAT
* * ** *
66528886 ATTAAAATTCGAATTTCTAGGCAACATTGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTATTA
390 ATTAAAACTCGAATTTCTAGGCAACAGTCATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTATTA
66528951 AATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATATAGAATC
455 AATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATATAGAATC
* *
66528994 AAAGATAAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGGGATGCATAGCAAA
1 AAAGAT-AAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTA-CAATCGGATGCATAGCAAA
* * *
66529057 CTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAATTTGAATTTCGAAGCCA
63 CTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAACTCGAATTTCG-AGCCA
* * * *
66529121 AGTCAGTTACAGAA-TCAAATATAAAGAATAAATTTGTAAGA-GGTTAAAATGGATACTTACAAT
127 AATCAGTT-CAGAAGTCAAAGATAAAGAATAAATTTGTAA-ATGGTTAAAATAGAAACTTACAAT
* *
66529184 GTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTCGAAAC
190 CTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATT-GAAAC
* **
66529249 TCGAATTTTGAGGCGAAGGTCATTATGGAA-TTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAA
254 TCGAATTTTGAGGC-AAAGTCATT-CCGAAGTTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTT-AA
*
66529313 AATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTG-TTT-TGC-GCTTTTTTGAATTTTA
316 AATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTGCTTTTTTAAATTTTA
* * ** * *
66529375 TTTTTAAATATTCGAAACTCGAATTT-TGAGGCGAA-GGTCATTATGGAATTATAGATAAAGTAT
381 TTTTTAAATATT-AAAACTCGAATTTCT-AGGC-AACAGTCATTACAGAATCAAAGATAAAGTAT
66529438 AAACTTTTA
443 AAACTTTTA
66529447 AAAGGTTAAA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 59, Indels: 25
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
498 64 0.17
499 208 0.55
500 30 0.08
501 36 0.09
502 43 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (497 bp):
AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCGGATGCATAGCAAACTT
CTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGCCAAATC
AGTTCAGAAGTCAAAGATAAAGAATAAATTTGTAAATGGTTAAAATAGAAACTTACAATCTGATG
CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATT
TTGAGGCAAAGTCATTCCGAAGTTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAATAGAAATT
TACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTGCTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATA
TTAAAACTCGAATTTCTAGGCAACAGTCATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTATTAA
ATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATATAGAATC
Found at i:66531621 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 66531596--66531637 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
66531586 AAAATAGAGA
* *
66531596 ATATCATATATAGATGCAGAAC
1 ATATCAGATACAGATGCAGAAC
*
66531618 ATATCAGATACAGGTGCAGA
1 ATATCAGATACAGATGCAGA
66531638 TTCCTACCCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
ATATCAGATACAGATGCAGAAC
Found at i:66532006 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 66531955--66532022 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
66531945 TATAGATATA
* *
66531955 CAGATTATAATCACTTAAAAGTTATTGCGT
1 CAGA-TATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
* **
66531985 CAGATATAATCATTTAGCAGTTATCGCAT
1 CAGATATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
66532014 CAGATATAA
1 CAGATATAA
66532023 GCACAGATAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 29 0.88
30 4 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
CAGATATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
Found at i:66539071 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 66539053--66539078 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
66539043 TAGAAACAAC
66539053 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AA
66539079 CATAGTGCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
AATAAA
Found at i:66539421 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 66539408--66539449 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 5.2 Consensus size: 8
66539398 GGTGGTCAAT
66539408 AATAAAGA
1 AATAAAGA
66539416 AATAAAGA
1 AATAAAGA
66539424 AAT-AA-A
1 AATAAAGA
66539430 AATAAAAGA
1 AAT-AAAGA
66539439 TAATAAAGA
1 -AATAAAGA
66539448 AA
1 AA
66539450 AGGGTAAAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 8
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.13
7 2 0.07
8 15 0.50
9 6 0.20
10 3 0.10
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.10, T:0.14
Consensus pattern (8 bp):
AATAAAGA
Found at i:66539857 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 66539776--66539917 Score: 164
Period size: 64 Copynumber: 2.2 Consensus size: 64
66539766 CTCTCTCACA
* * * * *
66539776 CCTATGTGATATCCCACAC-CCC-TGTGTAGCCCGGCTGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCCAT
1 CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTG-A-CCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAAC
66539839 G
64 G
* * * *
66539840 CCTATGTTAGATCCCACACGCCCGTGTGACTCGACCGTGTGTGATCTCCTTTGCTTCTCCAACG
1 CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTGACCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAACG
66539904 CC-ATGTGAGATCCC
1 CCTATGTGAGATCCC
66539918 TCATGCTCGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 10, Indels: 5
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
63 11 0.17
64 47 0.71
65 4 0.06
66 4 0.06
ACGTcount: A:0.15, C:0.35, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (64 bp):
CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTGACCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAACG
Found at i:66554089 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 66554072--66554101 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
66554062 GTCACACGAG
66554072 CGTGTGGTCGGC
1 CGTGTGGTCGGC
*
66554084 CGTGTGGTTGGC
1 CGTGTGGTCGGC
66554096 CGTGTG
1 CGTGTG
66554102 AGGGACACGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.20, G:0.50, T:0.30
Consensus pattern (12 bp):
CGTGTGGTCGGC
Found at i:66558485 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66558461--66558499 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
66558451 AAGCTTACAC
*
66558461 TCGGAACTTAGGATAGGGG
1 TCGGAACATAGGATAGGGG
66558480 TCGGAACATAGGATAGGGG
1 TCGGAACATAGGATAGGGG
66558499 T
1 T
66558500 TTAGGCTATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.41, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
TCGGAACATAGGATAGGGG
Found at i:66567676 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 66567418--66567731 Score: 398
Period size: 143 Copynumber: 2.2 Consensus size: 143
66567408 TACACCTCCC
* * ** *** *
66567418 ATTTTTTATAATTTCATTTTTTAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCAACGTTGGTTACAGAATC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAACGTCAATTACAGAACC
66567483 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
* * *
66567548 CTCGTGTTTTATG
131 CACGTCTGTTATG
* * * *
66567561 ATTTTTTTTAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAA-GTCAATTATAGAAC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGG-CAACGTCAATTACAGAAC
* * * *
66567625 CAGAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATGGCGAAG
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAG
66567689 TTCACGTCTGTTATG
129 TTCACGTCTGTTATG
* * *
66567704 ATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT
66567732 GAAACTCGAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 24, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
143 141 0.97
144 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (143 bp):
ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAACGTCAATTACAGAACC
AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAGTT
CACGTCTGTTATG
Found at i:66567723 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 66567679--66567835 Score: 233
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
66567669 CAATGTGATG
* *
66567679 CATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATT
1 CATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAAGATTGAAAATCGAATT
**
66567744 TTGATGCGAAGTC
66 TCAATGCGAAGTC
* * *
66567757 CATGGCGAATTTCACGTCTGTTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATT
1 CATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAAGATTGAAAATCGAATT
**
66567822 TTGATGCGAAGTC
66 TCAATGCGAAGTC
66567835 C
1 C
66567836 GTTACGGAAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 78 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (78 bp):
CATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAAGATTGAAAATCGAATT
TCAATGCGAAGTC
Found at i:66568346 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66567777--66570702 Score: 2570
Period size: 142 Copynumber: 20.6 Consensus size: 141
66567767 TTCACGTCTG
* * * *
66567777 TTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC-
* * * * * * *
66567842 GAATTAAAGATAAAATATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATATACAATGTGATACATAGAA
64 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAA
** *
66567907 AACTAATTGTGTT
129 AACTTCTCGTGTT
* * * * * * *
66567920 TT-TCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCGAAATTCGAGGC-AACGTCAGTTAC
1 TTAT-GATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCCGTTAC
* * * * *
66567983 AAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATCATGTGATGCATAGA
64 -GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
* *
66568048 AAACTTATTGTGTT
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * * * * * **
66568062 TTATGATTTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTA
1 TTATGA---TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA
* * * * *
66568127 CATAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAAATAGAAATTTACAATGTGATACATA-
63 C-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * *
66568191 ACGAAGTTCCCGTGTC
127 A-AAACTTCTCGTGTT
* * * *
66568207 TTATGATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAACAT-GAATTTTGAGGCGAACTCCATTAC
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAAC-TCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC
* * * * *
66568270 GCAATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGTGGTT-AAATGGAAATTCACCTTGTGATGCATAGA
64 G-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
66568334 AAACTTCTCGTGTT
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * * *
66568348 TTATGATTTTTTATAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTAGAACTTCGAGGC-AA---CGTT--G
1 TTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACG
* ** * * * * * *
66568407 -GT--TTGATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCAA
65 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAA
* * *
66568469 GCTACTCGTATT
130 ACTTCTCGTGTT
* * * * * * * *
66568481 TTATGA-CTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAAGTCAGTTAGAG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-CG
* * *
66568545 AATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTATCATGTGATGCATAGAAA
65 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAA
66568610 ACTTCTCGTGTT
130 ACTTCTCGTGTT
* * * * * * *
66568622 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTCCAAGGCCAAGTTCGTTACAG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC-G
* * * **
66568687 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGATATTTACCATGTGATGCTTAGCGA
65 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAA
* *
66568752 AGTTCTCGTGTC
130 ACTTCTCGTGTT
* * * * * * *
66568764 TTATAATCTTTTGACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCAAAGTCCGTTACGG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC-G
* * * *
66568829 AATTATAGATAAGAATATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAA
65 AATCAAAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAA
** *
66568894 AACTAATTGTG-T
129 AACTTCTCGTGTT
* * * * * * * * *
66568906 TT-TGCACTTTTTTAATTTTACTTTTAAATATTAAAATTTGAGTTTCGAGAC-AACGTCAGTTAC
1 TTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCCGTTAC
* * * ** * *
66568969 AAAATAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTATGATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGC
64 -GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
* *
66569034 AAACTTTTCGTATT
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * * * * *
66569048 TTATGATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAATTTTGAATTTTGAATTTTGAGGCAAATTCG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG-A-----AA-CTCGAATTTCGAGGCGAAGTCC
* * * *
66569113 GATAATGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGC
59 G-TTACGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * *
66569178 ATAGCGAAA-TTCTCATGTC
123 ATAG-AAAACTTCTCGTGTT
* * * * * ** *
66569197 TTATGATTGCTTTTAATTT-ACTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAAGTCTATTATG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-C
* * * * * * *
66569261 GAATTAAAGATAAAGTGTAAATTTCTAA-ATGGTTAAAATGGAAATTTTCAATATGATGCATAGC
64 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
* * * *
66569325 GAAGTTCTTGTGTC
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * * **
66569339 TAATGATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCCAATTAAGTTTTA
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCG--TTA
* * **
66569404 -AAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATGTTATAATGTGATGCATA-
63 CGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACCATGTGATGCATAG
* * *
66569467 ACAAAGTTTTCGTGTC
127 A-AAACTTCTCGTGTT
* * * * * *
66569483 TTATGATTGTTTTTAA-TT-ATTTTGAATTATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAAGTCCATTATG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-C
* ** * * * * * * *
66569546 GAATTAAAGATAAAGTGGAAATTTCTAAGTGGATAAAATGGAAATTTTCAATGTGATGCGTAGCA
64 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAA
* *
66569611 AAGTTCTCGTGTC
129 AACTTCTCGTGTT
* * * *
66569624 TTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTCAAGGCGAAGTCGGCTACA
1 TTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC-
* * *
66569689 GAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG-TAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGCA
64 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAA
*
66569753 AAGTTCTCGTGTT
129 AACTTCTCGTGTT
* * * * * *
66569766 TTATGAGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTATAG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-CG
* * * * * **
66569831 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGCGTAGCGA
65 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAA
*
66569896 A--TCTCGTGTC
130 ACTTCTCGTGTT
*
66569906 TTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACA
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC-
* * *
66569971 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATCA
64 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA-GA
*
66570036 AAA-TTCTCGTATT
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * *
66570049 TTATGATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTAT
1 TTATGATTTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-
* * * *
66570114 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATC
63 CGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA-G
*
66570179 AAAA-TTCTCGTATT
127 AAAACTTCTCGTGTT
* * * *
66570193 TTATGATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTAT
1 TTATGATTTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-
* * * *
66570258 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGT
63 CGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
* * *
66570323 GAAGTTCTCGTGTC
128 AAACTTCTCGTGTT
* * * *
66570337 TTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAAGTCTGTTATT
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTA-C
* *
66570402 GAATTATAA-ATAATA-TATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
64 GAATCA-AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
*
66570465 AAAACTAT-TTGTGTT
127 AAAACT-TCTCGTGTT
* ** * * * * * *
66570480 TTGTGCCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAATTTCAAAATTT-GTGGC-AACAT-TGATT
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA-CTC-GAATTTCGAGGCGAA-GTCCG-TT
* *
66570541 ACAGAATAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTT-CTCATGTGATGCAT
62 AC-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-CATGTGATGCAT
* *
66570605 AGCACACTTCTC--GTT
125 AGAAAACTTCTCGTGTT
* * * *
66570620 TTATGATTTTTTCTAATTTCATTTTTAAATATT-AAATTTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTAC
1 TTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAA-CTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC
*
66570684 AGAATTAAAGATAAAGTAT
64 -GAATCAAAGATAAAGTAT
66570703 TGATAAGTCA
Statistics
Matches: 2296, Mismatches: 400, Indels: 176
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
131 35 0.02
132 27 0.01
133 41 0.02
134 1 0.00
135 3 0.00
136 1 0.00
138 4 0.00
139 1 0.00
140 39 0.02
141 464 0.20
142 796 0.35
143 339 0.15
144 306 0.13
145 122 0.05
146 2 0.00
148 3 0.00
149 97 0.04
150 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACGA
ATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA
CTTCTCGTGTT
Found at i:66568891 original size:285 final size:285
Alignment explanation
Indices: 66567777--66570702 Score: 2775
Period size: 285 Copynumber: 10.3 Consensus size: 285
66567767 TTCACGTCTG
* * * * * * * **
66567777 TTATGATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATA
* * * * * * * *
66567842 GAATTAAAGATAAAATATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATATACAATGTGATACATAGAA
65 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* ** * * * * * * * * *
66567907 AACTAATTGTGT-TTTTCGCTT-TTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCGAAATTCGAGG
130 AAGTTCTCGTGTCTTAT-GATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * * *
66567970 C-AACGTCAGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATC
194 CGAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
* *
66568034 ATGTGATGCATAGAAAACTTATTGTGTT
258 ATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * * * * **
66568062 TTATGATTTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTA
1 TTATGA---TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTA
* * * * * * *
66568127 CATAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAAATAGAAATTTACAATGTGATACATAA
63 TAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * *
66568192 CGAAGTTCCCGTGTCTTATGATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAACAT-GAATTTTGA
128 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAAC-TCGAATTTTGA
* * * * * *
66568255 GGCGAACTCCATTAC-GCAATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGTGGTT-AAATGGAAATTCA
192 GGCGAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
*
66568318 CCTTGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
256 CCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * *
66568348 TTATGATTTTTTATAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTAGAACTTCGAGGC-AACGT-TGGTT-
1 TTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCT-GTTA
* * * *
66568410 T-G-AT---AG----AGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAG
63 TAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * *
66568466 C-AAGCTACTCGTATTTTATGA--CTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGA
128 CAAAG-TTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGA
* * * * * * *
66568528 GCCCAAGTCAGTTAGAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTAT
192 GGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
66568593 CATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
257 CATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * * * *
66568622 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTCCAAGGCCAAGT-TCGTTACA
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCT-GTTATA
* * * *
66568686 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGATATTTACCATGTGATGCTTAGCG
65 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * *
66568751 AAGTTCTCGTGTCTTAT-AATCTTTTGACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTC
130 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * * * *
66568815 AAAGTCCGTTACGGAATTATAGATAAGAATATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
195 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
** *
66568880 TGTGATGCATAGAAAACTAATTGTG-T
259 TGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * * * * * * *
66568906 TT-TGCACTTTTTTAATTTTACTTTTAAATATTAAAATTTGAGTTTCGAGAC-AACGTCAGTTAC
1 TTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCTGTTAT
* * * ** *
66568969 AAAATAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTATGATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGC
64 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * * *
66569034 AAACTTTTCGTATTTTATGATT-TTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAATTTTGAATTTTGAAT
129 AAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG-A-----AA-CTCGAAT
* * * * *
66569098 TTTGAGGCAAATTCGGATA-ATGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAA
187 TTTGAGGCGAAGTCCGTTACA-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAA
* * * *
66569162 ATTTACAATGTGATGCATAGCGAAA-TTCTCATGTC
251 ATTTACCATGTGATGCATAG-AAAACTTCTCGTGTT
* * * * * * * * *
66569197 TTATGATTGCTTTTAATTT-ACTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAAGTCTATTATG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATA
* * * * * *
66569261 GAATTAAAGATAAAGTGTAAATTTCTAA-ATGGTTAAAATGGAAATTTTCAATATGATGCATAGC
65 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * *
66569325 GAAGTTCTTGTGTCTAATGATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGG
129 AAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * ** ** * * **
66569390 CCAATTAAGTTTTAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATGTTATA
194 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACC
* * *
66569455 ATGTGATGCATA-ACAAAGTTTTCGTGTC
258 ATGTGATGCATAGA-AAACTTCTCGTGTT
* * * * * * ** *
66569483 TTATGATTGTTTTTAA-TT-ATTTTGAATTATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAAGTCCATTATG
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATA
* ** * * * * * *
66569546 GAATTAAAGATAAAGTGGAAATTTCTAAGTGGATAAAATGGAAATTTTCAATGTGATGCGTAGCA
65 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * **
66569611 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTCAAGGC
130 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * *
66569676 GAAGTCGGCTACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG-TAAAATGGAAATTTACCAT
195 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
* * *
66569740 ATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTT
260 GTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * *
66569766 TTATGAGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTATAG
1 TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATAG
* * * * * *
66569831 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGCGTAGCGA
66 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAA
66569896 A--TCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCG
131 AGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCG
* *
66569959 AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATG
196 AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATG
* *
66570024 TGATGCATATCAAAA-TTCTCGTATT
261 TGATGCATA-GAAAACTTCTCGTGTT
* *
66570049 TTATGATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTAT
1 TTATGATTTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTAT
* * *
66570114 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATC
64 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * * *
66570179 AAAATTCTCGTATTTTATGATT-TTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
129 AAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGA
* * *
66570243 GGCGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTAC
192 GGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* ** * *
66570308 CATATGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTC
257 CATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * * * *
66570337 TTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAAGTCTGTTATT
1 TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATA
* *
66570402 GAATTATAA-ATAATA-TATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
65 GAATCA-AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * ** * * * *
66570465 AAAACTAT-TTGTGTTTTGTGCCT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAATTTCAAAATTTG
128 CAAAGT-TCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA-CTCGAATTTTG
* * * * *
66570527 TGGC-AACAT-TGATTACAGAATAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATT
191 AGGCGAA-GTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATT
* *
66570590 T-CTCATGTGATGCATAGCACACTTCTC--GTT
254 TAC-CATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
* * * *
66570620 TTATGATTTTTTCTAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTACA
1 TTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATA
*
66570685 GAATTAAAGATAAAGTAT
65 GAATCAAAGATAAAGTAT
66570703 TGATAAGTCA
Statistics
Matches: 2192, Mismatches: 371, Indels: 158
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
272 10 0.00
273 104 0.05
274 108 0.05
275 1 0.00
276 2 0.00
278 2 0.00
279 2 0.00
281 2 0.00
282 112 0.05
283 217 0.10
284 347 0.16
285 528 0.24
286 89 0.04
287 299 0.14
288 140 0.06
289 5 0.00
290 53 0.02
291 135 0.06
292 36 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (285 bp):
TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCGAAGTCTGTTATAG
AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAA
AGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCG
AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATG
TGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTT
Found at i:66569090 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 66569078--66569102 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
66569068 TTTTTAAATA
66569078 TTGAATT
1 TTGAATT
66569085 TTGAATT
1 TTGAATT
66569092 TTGAATT
1 TTGAATT
66569099 TTGA
1 TTGA
66569103 GGCAAATTCG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.16, T:0.56
Consensus pattern (7 bp):
TTGAATT
Found at i:66572241 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66571945--66574511 Score: 2412
Period size: 143 Copynumber: 18.0 Consensus size: 141
66571935 AGTGACCATC
*
66571945 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAA-TTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-AAAGTTCTCGTG
* * * ** * *
66572008 TATTATGATTTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAACTCCGTTAC
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AAGTCGGTTAC
* *
66572072 GGAATTAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * * **
66572085 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAGAAAACTTCTATTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * *
66572150 TTTATGAATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTCAAGGCAATGTCGGTTAC
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAA-GTCGGTTAC
*
66572215 AGAATCAAATATA
129 AGAATCAAAGATA
*
66572228 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-------CATAGCAAAGTT
* * * * *
66572293 CTTGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATGTTAAAATTCGATTTTCTAGGCAAAGTC
59 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AAGTC
*
66572358 GGTTACAAAATCAAAGATA
123 GGTTACAGAATCAAAGATA
** * ** * * *
66572377 CTGTATAATTTTTTAAGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * ** *
66572442 CTTATGAATCTTTTTAATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGTTG-AAGTCCGTTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAG--GCAAGTCGGTTA
* * *
66572506 CGGAATTATAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * ** * *
66572520 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
66572585 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AAGTTTCGAGACAACTTCGGTTAC
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGCAA-GTCGGTTAC
* *
66572649 AAAATCAAAGTTA
129 AGAATCAAAGATA
* * *
66572662 AAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG
* * * * * ** ** **
66572726 TCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGAAAATGTTTGTTA
65 TTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAA-GTCGGTTA
* * *
66572791 CGGAATTATAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * *
66572805 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
66572870 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTCAACGTCGAT
66 TTTATG----ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAA-GTCGGT
66572935 TACAGAATCAAAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * *
66572951 AAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATAGC-AAGCTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAG-TTCTCGTG
* * * * * ***
66573015 TTATATGA-TTTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGACA-CCAAGTCTAATA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-A-AGGCAAGTCGGTTA
* *
66573078 GAGAATCAAAGTTA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * *
66573092 GAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * *
66573157 CTTATGATTGTTTTAAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAACTCCGTT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGC-AAGTCGGTT
* *
66573219 AC-GAAATTAAAGTTA
127 ACAG-AATCAAAGATA
** * ** *
66573234 AAGTATAAATTTTTAATTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATATAAAACTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * *
66573299 TTTTTGATTTTTTGTAATTTCATTTTTAGATATTAAAATTTGAATTT-AGAGGCAACGTCGGTTA
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCA-AGGCAA-GTCGGTTA
*
66573363 -ACGAAT-AAGAAATA
128 CA-GAATCAA-AGATA
* * * * *
66573377 AAGTTTGAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* ** **
66573442 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGTCAATTTG
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-AAGGCAAGTCGGTTAC
66573507 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * *
66573520 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* ** **
66573585 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGTCAATTTG
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-AAGGCAAGTCGGTTAC
66573650 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * *
66573663 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* ** **
66573728 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGTCAATTTG
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-AAGGCAAGTCGGTTAC
66573793 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * **
66573806 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
66573871 CTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATT-AAATTATGAAATTCGAGGTGAAGTCGGTT
66 TTTATGA-T-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-CGAATTTCAAGG-CAAGTCGGTT
*
66573935 ATAGAATCAAAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * * * **
66573950 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * ** * *
66574015 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAAGTCCGATAC
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AAGTCGGTTAC
* *
66574079 GGAATTATAA-ATA
129 AGAATCA-AAGATA
* * * * *
66574092 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAT-TAGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGT-TCTCGTG
** * * * * *
66574156 TTTTGCG-CTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGCAACGTCGGTTAT
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAA-GTCGGTTAC
66574220 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * **
66574233 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * ** * *
66574298 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAAGTCCGATAC
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AAGTCGGTTAC
* *
66574362 GGAATTATAA-ATA
129 AGAATCA-AAGATA
* * * * *
66574375 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAT-TAGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGT-TCTCGTG
** * * * * *
66574439 TTTTGCG-CTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGCAACGTCGGTTAT
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAA-GTCGGTTAC
66574503 AGAATCAAA
129 AGAATCAAA
66574512 CTTTTTAATT
Statistics
Matches: 2007, Mismatches: 348, Indels: 144
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
140 117 0.06
141 230 0.11
142 396 0.20
143 881 0.44
144 137 0.07
145 10 0.00
146 114 0.06
149 99 0.05
150 23 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAGTCGGTTACAG
AATCAAAGATA
Found at i:66572717 original size:285 final size:282
Alignment explanation
Indices: 66571945--66580803 Score: 2811
Period size: 285 Copynumber: 30.9 Consensus size: 282
66571935 AGTGACCATC
*
66571945 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAA-TTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-AAACTTCTCGTG
* * * ** *
66572008 TATTATGATTTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAC-TCCGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGGTTA
* * * * *
66572071 CGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAG
129 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * ** * * * *
66572136 AAAACTTCTATTGTTTTATGAATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTCAAG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* *
66572201 GCAATGTCGGTTACAGAATCAAATATA
258 G-AA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
66572228 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-------CATAGCAAACTT
* * * * * * *
66572293 CTTGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATGTTAAAATTCGATTTTCTAGGCAAAGTC
59 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTC
* ** * ** * *
66572358 GGTTACAAAATCAAAGATACTGTATAATTTTTTAAGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATG
124 GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * *
66572423 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATT
189 CATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAAT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* * * *
66572488 TTGAGTTGAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
253 TCGAG--GAAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * ** * *
66572520 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * *
66572585 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AAGTTTCGAGACAACTTCGGTTAC
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* * * *
66572649 AAAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATAG
130 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * *
66572713 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGAAT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* ** * *
66572778 AAAATGTTTGTTACGGAATTATAGATA
258 -GAA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * *
66572805 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * *
66572870 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTCAACGTCGAT
66 TTTATG----ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGT
* * * *
66572935 TACAGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCAT
127 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * *
66573000 AGC-AAGCTTCTCGTGT-TATATG-ATTTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTC
192 AGCAAAG-TTCTCGTGTCT-TATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC
** *** *
66573062 GACACCAAGTCTAATA-GAGAATCAAAGTTA
255 G--AGGAAGTCGGTTACG-GAATCAAAGATA
* * * * * * *
66573092 GAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * *
66573157 CTTATGATTGTTTTAAATTTA-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAAC-TCCGTT
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGC-AACGTCGGTT
* * ** *
66573219 AC-GAAATTAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAATTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
128 ACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * * * * * * *
66573283 ATAAAACTTCTCGTGTTTTTTGATTTTTTGTAATTTCATTTTTAGATATTAAAATTTGAATTTAG
192 AGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG
*
66573348 AGGCAACGTCGGTTAAC-GAAT-AAGAAATA
256 AGG-AA-GTCGGTT-ACGGAATCAA-AGATA
* * * * * *
66573377 AAGTTTGAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * ** *
66573442 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAATTT
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-AAGGCAACGTCGGTTA
* * * *
66573506 GAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAG
129 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * *
66573571 CAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAA
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-GA
* ** *
66573636 GCCAAGTCAATT-TGAGAATCAAAGATA
257 G-GAAGTCGGTTACG-GAATCAAAGATA
* * * *
66573663 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * ** *
66573728 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAATTT
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC-AAGGCAACGTCGGTTA
* * * * * **
66573792 GAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAG
129 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * *
66573857 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATT-AAATTATGAAATTCG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGA--ATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-CGAATTTCG
**
66573921 AGGTGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
256 A-G-GAAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * ** *
66573950 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * ** * *
66574015 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAA-GTCCGATA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGGTTA
* * * *
66574078 CGGAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
129 CAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * ** * *
66574142 GAAAACTAT-TAGTGT-TT-TGCGCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTT-G
193 GCAAAGT-TCTCGTGTCTTATG-AATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG
**
66574203 AAGGCAACGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
256 -AGG-AA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * ** *
66574233 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * ** * *
66574298 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAA-GTCCGATA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGGTTA
* * * *
66574361 CGGAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
129 CAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * ** * *
66574425 GAAAACTAT-TAGTGT-TT-TGCGCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTT-G
193 GCAAAGT-TCTCGTGTCTTATG-AATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG
** ** *
66574486 AAGGCAACGTCGGTTATAGAATCAAACTTTTT
256 -AGG-AA-GTCGGTTACGGAATCAAA--GATA
** * * * ** *
66574518 AA-T-TTCATTTTTAA-A---T---ATTGAAA-CT-CCAATTTGACT-CGA-AGTCCGA--T-AC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC-ATGTGA-TGC-ATAG-CAAACTTCTC
** * * **** ** * ** * * *
66574567 G-GAATTATAAATAAAGT-A-TAAACTTTTAAGAGGTTAAAA-TGGAAATTT--A--CCATGT-G
62 GTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAA-ATATTAAAATTCG-AATTTCAAGGCAACGTCG
* * * * * *** * *** * * * ** ** ** *
66574623 ATGCATAGAAAACTAATTG-TATTTTGTGCTTTTTTTA-A-TTTTATTTTTAAATATTAAAATTT
125 GT-TACAG-AATC-AA-AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACCATGT
* * ** ** * *** * ** * **
66574685 GAATTTCA-AGGCAATG-TC-AAT-TACAGAATCAA-AGATAAAGTATAAATTTTTAGGAGGTTA
185 G-A-TGCATA-GCAAAGTTCTCGTGT-C-TTATGAATTTTTTAA-T-TTCATTTTTA-AATATTA
* * ** * ** *
66574745 AAA-TAGAAATTTACCATGTG-A-T-GCATACCGAAGTTC-TTG-TG
242 AAATTCG-AATTT-CGA-G-GAAGTCGGTTACGGAA--TCAAAGATA
*** * * * ** * * * * * *
66574786 TCTTATGATTCTTTTGAATTTCATTTTGAAAAATTGAAATTCGA-AATTTGA-G--TTG--AA-G
1 AAGTATAAAT-TTTT-AA---GAGGTT--AAAATGGAAATT-TACCATGTGATGCATAGCAAACT
* *** ** * ** * *
66574844 TC-C--G--TTACGCAATTATGGATAGAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAA-TGGAAATT-AA-
58 TCTCGTGTTTTATG--ATT-TTTTTA-A-T-TTTATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAATTTCAAG
* * * * * * * *** *** ** * ** **
66574901 TC-ATGT--GATGCATAGA--AAAG-TAATTGTGTTTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAAT
116 GCAACGTCGGTTACAGA-ATCAAAGATAA-AGT-ATAAAT--TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT
** * * * ** *** * **
66574960 ATTAAAAT-TCGAGTTTCGA-GGCAACA--TC-AGT-TACAGAAT-AAAAGTTAAAGTATAAATT
176 -TTACCATGT-GA--TGC-ATAGCAA-AGTTCTCGTGT-C-TTATGAATTTTTTAA-T-TTCATT
** * * * ** * * ** *
66575018 TTTAAGAGGTTAAGA-TAGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAATTTTCGTG-TTTTATGAT
231 TTTAA-ATATTAAAATTCG-AA-TT-TCGA-G-GAAG--T--C---GGTTACG-GAATCAAAGAT
*
66575080 T
282 A
*** * ** ** * * *
66575081 TCTTATATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTCAAATTT--C--GAGA--CAAAGTC-AA-TT-AC
1 AAGTATA---AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTC
*** * ** * ** * ** * * * *
66575136 G-G-AAGATAAAGTATACAATTTTAAGAGTTTTAAAT-GGAAATTTAC-AATGT-GATGCATA-G
62 GTGTTTTATGATTTTTTTAATTTT---ATTTTTAAATATTAAAATT-CGAATTTCAAGGCA-ACG
* ** * * **** * ** * *
66575195 T-GGAATT-CTCGTGTCTTATGATTGTTTTTAATTTATTTTTAA-ATATTGAAACTTG-AATTT-
122 TCGG--TTAC-AGAATC-AAAGATAAAGTATAA---ATTTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTA
** * * * * * *** **** * * * * * ** ** *
66575255 GGAGGCTAACTTCGTTA-CGGAA-TTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATA
179 CCATG-TGA-TGC-ATAGC-AAAGTTCTCG-TGTCTTATGAATTTTTTA-A-TTTCATTTTTAAA
* * ** ** * *
66575318 T-TTAAAA-TGGATTTTTTA--AA-T---TTCAC--TTTTAAATATTA
237 TATTAAAATTCGAATTTCGAGGAAGTCGGTT-ACGGAATCAAAGA-TA
* * * * * ** * *
66575356 AAATTTGAATTTCATGGTCAAGTCA-ATTATAGAAT-CAAATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG
1 AAGTATAAATTT--T--T-AAG--AGGTTA-A-AATGGAAAT-T----TA-CCA--TGT--GATG
* * * ** *
66575419 TTAAAGCGGAAATTTAC-CATGTGTTACATAGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTAATTT
47 -CATAGC--AAACTT-CTC--GTGTTTTAT-G---A--T-TT-T-TTTAAT-----------TTT
* * * * *
66575483 CATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGTAACGTCGATTACAGAGTCAAAGATAGAGTATA
86 -ATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATA
* * * * * * *
66575548 AATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGC-AAGCTACTCGTATTTTATG
150 AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAG-TTCTCGTGTCTTATG
* * * *
66575612 -ACTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAAGTCAGTTA-GAGAATC
214 AATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG--GAAGTCGGTTACG-GAATC
*
66575675 AAAAATA
276 AAAGATA
** * * * *
66575682 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAGCGGAAATTTACCATGTGTTACATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * *
66575747 TTTATGCTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGTAACGTCGATTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTACA
* * * * * *
66575812 GAGTCAAAGATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGC-
131 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * *
66575876 AAGCTACTCGTATTTTATG-ACTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCC
196 AAG-TTCTCGTGTCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG--
* * *
66575940 CAAGTCAGTTA-GAGAATCAAAAATA
258 GAAGTCGGTTACG-GAATCAAAGATA
* * * *
66575965 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATACATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * * *
66576030 CTTATGATTGTTTTCAA-TTTA-TTTTAAGATTTTGAAACTCAAACTTT-GAGGCAAAC-TCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGC-AACGTCGGT
* * * * * * **
66576091 TACGGAATTAAAGATAAAGTGTAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT-----TCT--C-T-TGTTTTAT
127 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * ** * * * * * ** *
66576147 -G---AG-TCT--T-TATAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAAT-TT-CAAGGC-AACGTT
192 AGCAAAGTTCTCGTGTCTTA-TGAATTTTTTAAT-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTT
** * * * *
66576201 -G-GTTA--CAG-AATC-AAAT-ATAA-A-G
254 CGAGGAAGTCGGTTA-CGGAATCA-AAGATA
* * * * * * **
66576223 CA-TA-AAATTTTTAAGAGCTTAAAATGGAAATTTACCATATGGTGCATAGCGAAGTTCTCAAGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * ** * * *
66576286 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTGAAACTCAAATTTTGAGTCAAAGTCCGTTAC
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* * * *
66576351 -GAAATTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGAGATGCATAG
130 AG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* *** * * ** ** * * * *
66576415 AAAACCACTTGTGTTTTGCGCTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTTGAG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* * *
66576480 GCAGCTTCGGTTACAGAATAAAAGATA
258 GAAG--TCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * **
66576507 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATACATTGCAAACTTCTCGTAC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * *
66576572 TTTATGATTTATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAA-GTCTGT
66 TTTATGA--T-TTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGG-CAACGTCGGT
* * * * *
66576636 TATAGAATCAAAGATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCAT
127 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * *
66576701 AG-AGTAA-TTCTGGTGTCTTATG-ATTTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTT
192 AGCA--AAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC
* ** *
66576762 GAGGCGAACTCCATTACGGAATTAAAGATA
255 GA-G-GAAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * * *
66576792 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCTTCTGATGCATAGAAAACTTCTCTTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * ** * * * *
66576857 TTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAGGCGACATCTGTTAT
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* *
66576922 AGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
130 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * *
66576987 ATACTTCTCGTGAT-TTATGATTGTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAG
195 AAAGTTCTCGTG-TCTTATGAAT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
**
66577051 GCCAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
258 G--AAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * *
66577078 AAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAG-AGTAA-TTCTGGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA--AACTTCTCGT
* * * * ** **
66577141 GTCTTATGA-TTTTTTAA-TTTATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-TCCATT
64 GTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGGTT
* * * * *
66577203 ACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATA
128 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * * * *
66577268 GAAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGA
193 GCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGA
* * * *
66577333 GGCAATGTCGGCTACAGAATGAAATATA
257 GG-AA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * *
66577361 AAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * *
66577426 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTTCTAGGCAAAGTCGGTTA-
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* * * * * *
66577489 AGAAATCAAAGACACAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAGATGGAAATTTACAATGTGTTGCATAG
130 AG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * * * *
66577554 CGAAGTTCTAGTGCCTTGTGAATCTTTTTAATTTCTTTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGAAT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* ** * * *
66577619 TTCAAGTCCATTACGGAATTATATATA
258 --GAAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * ** *
66577646 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
** * * * * **
66577711 TTTCCGCTTTTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGGCAACGTTAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTACA
* * **
66577776 AAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGTG
131 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * * *
66577841 ATGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGGGGC
196 AAGTTCTCGTGTCTTATGAAT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-
**
66577906 AAAGTTC-GTTACGAGAAATTTACCATGTGATGA
259 -AAG-TCGGTTACG-G-AA--T--CA-AAGAT-A
* * ** * *** * ** * * ** * *
66577939 ATAG-AAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTA-AAAT-TCGAA
1 A-AGTATAA------AT-TTTTAAGA--GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAA
* *** **** ** * ** * * * *
66578001 -TT-TCGAG-GCAATG--TCGGCTACAGAATGAAATATAAAGTA-TAAATTTTGAAGTGGTTAAA
56 CTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTA-A-TTTTATTTTTAAA-TATTAAAATTCGAA-T--TT-CA
* * * * ** * *** **
66578060 ATGG-AA-AT---TTACCATGTGATGCATAGA-AAACT-T-CTTGTGTTCTATGCTTTTTTTTTA
114 A-GGCAACGTCGGTTA-CA-G-AAT-CAAAGATAAAGTATAAAT-T-TT-TAAG---AGGTTAAA
* ** ** * ** * * * * * * * *** *
66578117 TTTCATTTTTA-AAT-T-ATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGATTACAGAATCAAAGATA
168 ATGGAAATTTACCATGTGATGCATA-GCAAAGTTC---TC-GTGTC--TTA-TGAAT---TTTTT
* * * * * * * * *
66578179 AAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAA-TAGAAATTTATCATATGATGCATAG-CAAGCTTCTCGT
222 AA-TTTCATTTTTAAATA--TTAAAATTCG-AA-TT-TC----GA-GGA-AGTC--GGTT-ACG-
* ** * *
66578242 G-TTTTATGATTTTT
271 GAATCAAAGA---TA
** ** ** * * *
66578256 AA-T-TTGATTTTTAA-ATATTAAAATTCTAAATATAAGGCAACGTTGGTTACAGAAT-CAAAGA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA-TGGAAAT-TTA--C--C-AT-G-T---G-ATGCATAG-
* * * *** * ** * * ** ** * * ** *
66578317 TAAAGTACAAAT-TTTTAAGA--GGTTAAAATGAAAATTTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCT
52 CAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTA-AATATTA-AAAT-TCGAA-TT-T
** * * *
66578379 CGTGGCTTATGATTGTTCGTCGGTTACA-AAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAG
112 CAAGGC--A--A-----CGTCGGTTACAGAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-
* * * * *
66578443 AAA-GGAAGTTTGCCATGTGATGCATAGCGATGTTCTCGTGTCTTATGAGTCTTTTTAATTTCAT
166 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAAT-TTTTTAATTTCAT
* * * * * *
66578507 TTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTAAAGATA
230 TTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG--AAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * *
66578562 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * *
66578627 TTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTAC
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* * * *
66578692 AGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
130 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * *
66578757 AAACTTCTCGTGAT-TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-TAATTTTCTAA
195 AAAGTTCTCGTG-TCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTC-GA
* *
66578820 GCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGATTC
257 G-GAAGTCGGTTACGGAATCAAAGA-TA
* * * *
66578848 AA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTTCTTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAA--ACTTCTCG
* * * * * * * * * * *
66578912 TGTCTTATTAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGATACTCAAATCTCGAGGCGAA-GTCCG
63 TGTTTTA-TGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGG
* * *
66578976 TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAATTAGAAATTTACCATGTGATGCG
126 TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
* * ** * * ** ** * * **
66579041 TAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTA
191 TAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG
*
66579106 AGGCAACGTCGGTTAC-AAAGTCAAAGATA
256 AGG-AA-GTCGGTTACGGAA-TCAAAGATA
* * * * * * **
66579135 GAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGATGCATAGCGATGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTG
* * * * * ** *
66579199 TCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGT-GGGGCAAAGTTC-GT
65 TTTTATGA-TTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT-TCAAGGCAACG-TCGGT
* * * * *
66579262 TACAGAATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGT
127 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * ** * *
66579327 AGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGT-
192 AGCAAAGTTCTCGTGTCTTATG-AATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT-TC
* * * *
66579391 GGGGCAAAGTTC-GTTACAGAATTATAGATA
255 GAGG--AAG-TCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * *
66579421 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGTAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * *
66579486 TTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTGAAGGCAACGTCGGTTAC
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTAC
* * * *
66579551 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTGAAGATGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGC
130 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* *
66579616 -AAGCTTCTCGTGT-TATATG-ATTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAG
195 AAAG-TTCTCGTGTCT-TATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
**
66579678 GCCAAGTTAGTTA-GAGAATCAAAGATA
258 G--AAGTCGGTTACG-GAATCAAAGATA
* * ** * *
66579705 GAA-TATAATTTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTG
1 -AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTG
** * * * * **
66579769 CCTTATGATTGTTTTTAA-TTTATTTTTAGATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-T--GTT
65 TTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGC-AACGTCGGTT
* * * *
66579830 ACTA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGTAT
128 AC-AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * * *
66579894 ATAAAACTTCTTGTGT-TTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATTTC
192 AGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGA-ATTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC
** *
66579958 GAGGCAACGTTAGTTACAGAATCAAAGATA
255 GAGG-AA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * ** *
66579988 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGTATATAAAACTTCTTGTG-
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * **
66580052 TTTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATTTCGAGGCAACGTTAGTTA
66 TTTATGAT-TTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTA
* * *
66580117 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AGTGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAG
129 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * *
66580181 CATAGTTCTCGCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTTGAG
194 CAAAGTTCTCGTGTCTTATGA-ATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* *
66580246 GCCAAGTCGATTACAGAATCAAAGATA
258 G--AAGTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * * *
66580273 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATGGCGAAGTTCTCGTCT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * * ** * * *
66580338 GTTATGATTGTTTTCAATTTCATTTTTGAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAA-GCCTGTTA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGG-CAACGTCGGTTA
* * * * * * * * *
66580402 CGGAATGAAAGAAAAAATATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGAATGG
129 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * ** * * ** * * * *
66580467 AAAACTAAAT-GTGTTTTGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATGTTAAAATTTGAAATTCGAG
194 CAAAGT-TCTCGTGTCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG
* * * *
66580531 GCAACCTCGATTACAGAATTAAAGATA
258 G-AA-GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
* * * * * * *
66580558 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTTAGATGGAAGTTTATCATGTGATGCATAGCAAATTTGTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
* * * * * *
66580623 TTTATGATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATGTCAAGGTAAAGTCAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTACA
* * ** * *
66580688 AAATCAAAGATAAAGTAAAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAAAAATTTACAATGTGATGCATAGCG
131 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* *
66580753 AAGTTCTCGTGTCTTAT-AATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAATT
196 AAGTTCTCGTGTCTTATGAA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT
66580804 GGCAAACTCT
Statistics
Matches: 6542, Mismatches: 1461, Indels: 1145
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
256 73 0.01
257 64 0.01
258 7 0.00
259 2 0.00
260 6 0.00
261 3 0.00
262 2 0.00
263 1 0.00
264 1 0.00
265 2 0.00
266 11 0.00
267 22 0.00
268 25 0.00
269 38 0.01
270 28 0.00
271 21 0.00
272 26 0.00
273 21 0.00
274 22 0.00
275 19 0.00
276 15 0.00
277 7 0.00
278 2 0.00
279 13 0.00
280 18 0.00
281 77 0.01
282 70 0.01
283 1283 0.20
284 367 0.06
285 1558 0.24
286 998 0.15
287 310 0.05
288 347 0.05
289 144 0.02
290 22 0.00
291 42 0.01
292 214 0.03
293 28 0.00
294 29 0.00
295 26 0.00
296 18 0.00
297 44 0.01
298 13 0.00
299 13 0.00
300 29 0.00
301 20 0.00
302 23 0.00
303 5 0.00
304 16 0.00
305 12 0.00
306 16 0.00
307 6 0.00
308 26 0.00
309 21 0.00
310 3 0.00
311 7 0.00
312 14 0.00
313 3 0.00
314 12 0.00
315 6 0.00
316 11 0.00
317 14 0.00
318 23 0.00
319 25 0.00
320 37 0.01
321 21 0.00
322 17 0.00
323 28 0.00
324 17 0.00
325 15 0.00
326 15 0.00
327 10 0.00
328 3 0.00
329 7 0.00
330 13 0.00
331 7 0.00
332 2 0.00
333 3 0.00
334 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (282 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT
TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAACGTCGGTTACA
GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
AAGTTCTCGTGTCTTATGAATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGAA
GTCGGTTACGGAATCAAAGATA
Found at i:66573668 original size:858 final size:842
Alignment explanation
Indices: 66571945--66580801 Score: 3463
Period size: 858 Copynumber: 10.5 Consensus size: 842
66571935 AGTGACCATC
* *
66571945 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAATTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAATTCTCGTGT
* * * * * *
66572009 ATTATGATTTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAC-TCCG-TTA
65 TTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT-AAGCCAACGT-CGATTA
* * * * *
66572071 CGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG
* * ** *
66572136 AAAACTTCTATTGTTTTATGAATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTC-AA
191 CAAGCTTCTCGTG-TTTATG-ATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAA
* *
66572200 GGCAATGTCGGTTACAGAATCAAA-TATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
254 -CCAA-GTCGGTTACAGAATCAAAGT-TAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * *
66572264 CCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTTCTTGTGAT-TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAA
316 CAATGTGATG-------CATAGCAAAGTTCTCGTG-TCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAA
* * * * * * * ** *
66572328 ATGTTAAAATTCG-ATTTTCTAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACTGTATAATTTTTTA
373 ATATTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTA
** * * ** * * *
66572392 AGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTT
437 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTT
* * * * *
66572457 AATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGTTG-AA-GTCCGTT-ACGGAATTATAGAT
501 AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTGAG--GCAACGTCGGTTAAC-GAA-TAAAGAT
* * * * ** * *
66572519 AAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTA
561 AAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG
* * * * * * * *
66572584 TTTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAGTTTCGAGACAACTTCGGTTAC
625 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCAAGCCAA-GTCGATTAG
* * * *
66572649 AAAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATAG
688 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * **
66572713 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
752 CAAAGTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAG
*** * *
66572778 AAAATGTTTGTTACGGAATTATAGATA
816 AAAATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
* *
66572805 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA-TTCTCGTGT
* *
66572870 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTCAACGTCGAT
65 TTTATG----TTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGAT
* *
66572935 TACAGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCAT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCAT
* *
66573000 AGCAAGCTTCTCGTGTTATATGA-TTTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGA
189 AGCAAGCTTCTCGTGTT-TATGATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGA
*** * * * *
66573064 CACCAAGTCTAATAGAGAATCAAAGTTAGAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTAC
253 -ACCAAGTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * *
66573129 AATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTGTTTTAAATTT-A-TTTTAAGATTTTGA
317 AATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTGA
* * **
66573192 AACTCGAATTTTCAGGCGAACTCCGTTACGAAATTAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAATTGGTTA
380 AACTCGAATTTTCAGGCGAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
* * *
66573257 AAATGGAAATTTACCATGTAATGCATATAAAACTTCTCGTGTTTTTTGATTTTTTGTAATTTCAT
445 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTT-TAATTTCAT
* * * * *
66573322 TTTTAGATATTAAAATTTGAATTTAGAGGCAACGTCGGTTAACGAATAAGAAATAAAGTTTGAAT
509 TTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-GAGGCAACGTCGGTTAACGAATAA-AGATAAAGTATAAAT
* *
66573387 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTT
572 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTT
* *
66573452 TTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGTCAATTTGAGAATCAAAG
636 TTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTC-AAGCCAAGTCGATTAGAGAATCAAAG
* * *
66573517 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCG
698 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCG
**
66573582 TGTTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAA
763 TGTTTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-AAAGAAAATGTCAA
*
66573646 TT-TGAGAATCAAAGATA
826 TTACG-GAATCAAAGATA
* * * *
66573663 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAATTCTCGTGT
* * * * *
66573728 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAATTT
65 TTTATG-TTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-TAAGCCAACGTCGATTA
* * * **
66573792 GAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT-TAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG
* * * *
66573857 CAAAG-TTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAATTATGAAA-TTC
191 C-AAGCTTCTCGTGT-TTATGA-T-TTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAAT-TCAAATTTC
*** * * * *
66573920 GAGGTGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTT
251 GA-ACCAAGTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* **
66573985 ACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG
315 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG
* * ** * * *
66574050 AAACTCCAA-TTTGACTCGAAGTCCGATACGGAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGT
379 AAACTCGAATTTTCAGGCGAAGTCCGTTACGAAATTA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGT
* * ** * *
66574113 TAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAT-TAGTGTTTTGCG-CTTTTTTAATTTT
443 TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACT-TCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTC
*
66574176 ATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGCAACGTCGGTTATA-GAATCAAAGATAAAGTATA
507 ATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTG-AGGCAACGTCGGTTA-ACGAAT-AAAGATAAAGTATA
* * ** *
66574240 AATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGA
569 AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGA
* * * ** * *
66574305 TTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTTGACTCGAAGTCCGA-TACG-GAATT
633 TT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCAATTTCAAGCCAAGT-CGATTA-GAGAATC
* * * *
66574368 ATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACT
694 A-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGT
* ** * * * * ** *
66574432 AT-TAGTGTTTTGCG-CTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGCAACG
758 -TCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAAATG
** ** ** *
66574495 TCGGTTATAGAATCAAACTTTTT
822 TCAATTACGGAATCAAA--GATA
** * * * * * *
66574518 AA-T-TTCATTTTTAA-A---T---ATTGAAA-CT-CCAATTTGA--C-TCG--AAGTC-CGATA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC-ATGTGATGCATAGAAAATTCTCG-TG
**** * *** * ** * ** * * *
66574566 CGGAAT-TATAAATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAA-TGGAAATTT-A-CC-ATGT-GAT
64 TTTTATGTTTTTTTTAA-T-TTTATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGAT
* * * * *** * ** * ** **
66574625 GCATAGAAAACTAATTGTATTTTGTGCT-TTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGA-A
126 -TACAG-AATC-AA-AG-ATAAAGT-ATAAATTTTAA---GA-GGTTAAA-ATGGAAATTT-ACA
* * * * ** ** * *** * **
66574688 TTTCAAGGCA-ATGTCAA--TTAC-AGAATCAAAGATAAAGTATAA----ATTTTTAGGAGGTTA
179 TGT-GATGCATA-G-CAAGCTT-CTCGTGTTTATGAT-TTTTATAATTTCATTTTTA-AATATTA
** * * * *** * * ***
66574745 AAATAGAAATTT---ACCATGT-GATGCATACCGAAGTTCTTGTGTCTTATG-ATTCTTTTGAAT
238 AAATTCAAATTTCGAACCAAGTCG--G-TTACAGAA--TC-AAAGT-TAAAGTATAAATTT--AT
*** ** * * * * **
66574805 TTCATTTTGAAAAATTGAAATTCGA-AATTTGA-G--TTG--AAG-TC-CGT-TACGCA--ATTA
294 AAGAGGTT--AAAATGGAAATT-TACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT-CTTATGATT-
*** ** * ** * * * * * * *
66574859 TGGATAGAGTATAAACTTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTAATCATGTG-A-TGC-ATA-GAAA
354 TTTTTA-A-T-TTCATTTTTAA-ATATTGAAACTCG-AATT-TTCAGGCGAAGTCCGTTACG-AA
* * **** * *** * * * ** ** ** * *
66574919 AGTAATTG-TGTTTTGTGCTTTTTTTA-A-TTTTATTTTTAAATATTAAAAT-TCGAGTTTC-GA
412 ATTAA-AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACCATGT-GA--TGCATA
** * * ** *** * ** *
66574979 GGCAAC--ATC-AGTTACA-GAATAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATAGAAAT
472 GAAAACTTCTCGTGTTTTATG-AT--TTTTTTAA-T-TTCATTTTTAA-A---T-A-TTA-AAAT
* * * ** ** ** * * **** *
66575040 T-TATCATGTGATGCATA-G-CAAAATTTTCGTGTTTTATGATTTCTTATATTTCATTTTTAA-A
525 TCGA--ATTTGAGGCA-ACGTC--GGTTAAC--GAATAAAGATAAAGTATA---AATTTTTAAGA
** ** * * * *** * ** * **
66575101 TATTAAAATTCAAATTT-C--GAGA--CAAAGTC-AA-TT-ACG-G-AAGATAAAGTATACAATT
580 GGTTAAAATGGAAATTTACATGCGATGCATAG-CAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAA-T
* * ** * * * * * *** ** * * **
66575156 TTAAGAGTTTTAAAT-GGAAATTTACAATGTGATG-CATAGTGGAATTCTCGTGTCTTATGATTG
643 TT--CATTTTTAAATATTAAAATT-CAATTTCAAGCCA-AGTCG-ATTAGAGAATC-AAAGATAA
** * ** * * * * * *
66575219 TTTTTAATTTATTTTTAA-ATATTGAAACTTG-AATTTGGAGGCTAACTTCGTTACGGAATTAAA
702 AGTATAA---ATTTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTT--A--C---CAT-GTGA-TGCA-T--A
* * * ** * * * **
66575282 GATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGA-TATTTAAAATGGATTTTTTAAATTTCACTT
751 G-CAAAGT-T---CTCGT-----GTT-TTAT-GATTTTTTTAATTTCA-TTTTTAAA--T-A---
** ** ** *
66575346 TTAAATATTAAAATTTGAATTTCATGGTCAA-GTCAATTATAGAATCAAATATA
797 TTAAA-ATTCGAATTT-AA----A--GAAAATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
** * * *
66575399 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAGCGGAAATTTACCATGTGTTACATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA-TTCTCGTGT
* * * * **
66575464 TTTATGCTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGTAACGTCGATTACA
65 TTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGATTACA
* * * *
66575529 GAGTCAAAGATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCA
130 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCA
* * * * * *
66575594 AGCTACTCGTATTTTATGACTTTT-TAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCC
193 AGCTTCTCGT-GTTTATGATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGA-ACC
* * ** * ** *
66575658 AAGTCAGTTAGAGAATCAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAGCGGAAATTTACCATG
256 AAGTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATG
* * * * * * * * * *
66575723 TGTTACATAGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTG
321 TGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCG
* * * * * *
66575788 AA-TTTCAAGG-TAACGT-CGATTAC-AGAGTCAAAGATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAA
386 AATTTTC-AGGCGAA-GTCCG-TTACGA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* * * * * * * *
66575849 ATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCAAGCTACTCGTATTTTATGA-CTTTTTAATTTGATTTT
447 ATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTT
* * *
66575913 TAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAA-GTCAGTTAGA-GAATCAAAAATAAAGTATAAATT
512 TAAATATTAAAATTCGAATTT-GAG-GCAACGTCGGTTA-ACGAAT-AAAGATAAAGTATAAATT
* * * *
66575976 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATACATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTGT
573 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATT-T
* * * * * * * * *
66576041 TTTCAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCAAACTTTGAGGCAAACTCCG-TTACG-GAATTAA
636 TTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AA-TTTCAAGCCAAGT-CGATTA-GAGAATCAA
*
66576102 AGATAAAGTGTAAA--TTT------TT--AA--G----------TG-G-T---TA--AAA-TTCT
696 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCT
* * * * * * ** * **
66576137 CTTGTTTTATGAGTCTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAATTTCAAGGCAACGTTG
761 CGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAAATGTCA
* * *
66576202 GTTACAGAATCAAATATA
825 ATTACGGAATCAAAGATA
* * * * * * **
66576220 AAGCATAAAATTTTTAAGAGCTTAAAATGGAAATTTACCATATGGTGCATAGCGAAGTTCTCAAG
1 AAGTAT-AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAATTCTCGTG
* * * * * * * * * *
66576285 TCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTGAAACTCAAATTTTGAGTCAAAGTCCG-TT
64 TTTTATG-TTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGT-CGATT
* * *
66576349 AC-GAAATTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGAGATGCAT
127 ACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCAT
* * ** * * * * * *
66576413 AGAAAACCACTTGTGTTT-TGCGCTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTT
189 AGCAAGCTTCTCGTGTTTAT--GATTTTTAT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTC
** * * * *
66576477 GAGGC-AGCTTCGGTTACAGAATAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATT
251 GAACCAAG--TCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATT
* * * *
66576541 TATC-ATGTGATACATTGCAAACTTCTCGT-ACTTTATGATTTATTTTTTAATTTCATTTTTAAA
314 TA-CAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTC-TTATGA--T-TTTTTTAATTTCATTTTTAAA
* * * * * * * *
66576604 TATTAAAATTTGAA-TTTCGAGGCCAAGTCTGTTA-TAGAATCAAAGATAAAGTATTAATTTTTA
374 TATTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAAGTCCGTTACGA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTA
* * * * * *
66576667 AGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAGAGTAA-TTCTGGTGTCTTATGA-TTTTTT
437 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA-AAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTT
* * * **
66576730 AATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-TCCATT-ACGGAATTAAAGATA
501 AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTGAGGC-AACGTCGGTTAAC-GAA-TAAAGATA
* * * * * * *
66576792 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCTTCTGATGCATAGAAAACTTCTCTTGT
562 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATGC-GATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * *
66576857 TTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAGGCGACA-TCTG-TT
626 TTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAA-TTTCAAGCCA-AGTC-GATT
* * *
66576920 ATAGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
686 AGAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * *
66576985 GCATACTTCTCGTGATTTATGATTGTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA
751 GCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-AA
* ** ** **
66577050 GGCCAA-GTCGGTTATAGAATCAAAGATA
814 AGAAAATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
* * * * * *
66577078 AAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAGAGTAATTCTGGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA-AAATTCTCGTGT
* * * * * * * *
66577143 CTTATG-ATTTTTTAA-TTTATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-TCCATTAC
65 TTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT-AAGCCAACGTCGATTAC
* * * * * *
66577205 GGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGA
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC
* * * * * * **
66577270 AAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGG
192 AAGCTTCTCGTG-TTTATGA-TTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAAC
* * *
66577335 CAATGTCGGCTACAGAATGAAA-TATAAAGTATAAATTT-TGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTAC
255 CAA-GTCGGTTACAGAATCAAAGT-TAAAGTATAAATTTAT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * *
66577398 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGAT-TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
317 AATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG-TCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * * * *
66577462 ATTC-AATTTTCTAGGCAAAGTCGGTTAAGAAATCAAAGACACAGTATAAATTTTTAAGAGATTA
381 ACTCGAATTTTC-AGGCGAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
* * * ** * * ** * * *
66577526 AGATGGAAATTTACAATGTGTTGCATAGCGAAGTTCTAGTGCCTTGTGAATCTTTTTAATTTCTT
445 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCAT
* * * * ** * *
66577591 TTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGTTCAA-GTCCATT-ACGGAATTATATATAAAGTATAA
509 TTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTGAG-GCAACGTCGGTTAAC-GAA-TAAAGATAAAGTATAA
* * * * * * ** * ** *
66577654 ACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTCCGCT
570 ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGAT
* * * * * * * *
66577719 TTTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGGCAACGT-TAGTTACAAAATCAA
634 TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCAAGCCAA-GTCGA-TTAGAGAATCAA
* ** *
66577783 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGTGATGTTCT
696 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCT
* * * * * *
66577848 CGTGTCTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTT--------TG---
761 CGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAAATGTCA
*
66577902 -----GG-------G-CA
825 ATTACGGAATCAAAGATA
* ** * *
66577907 AAG---------TT----CGTTACGA--GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA-TTCTCGTGT
* * * * * ** * * **
66577957 TTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTAC
65 TTTATG-TTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGATTAC
* * * *
66578022 AGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC
* * * * * *
66578087 AAACTTCTTGTGTTCTATGCTTTTTTTTTATTTCATTTTTAAATTATTAAAATTCGAATTTC-AA
192 AAGCTTCTCGTGTT-TATG-ATTTTTATAATTTCATTTTTAAA-TATTAAAATTCAAATTTCGAA
* * * * *
66578151 GGCAATGTCGATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTT-TAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTA
254 -CCAA-GTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTAT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * * *
66578215 TC-ATATGATGCATAGC-AAGCTTCTCGTGTTTTATGA--TTTTTAATTTGATTTTTAAATATTA
316 -CAATGTGATGCATAGCAAAG-TTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG
* * * * * ** * *
66578276 AAATTCTAAATATAAGGC-AACGTTGGTTAC-AGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGG
379 AAACTCGAATTTTCAGGCGAA-GTCCGTTACGA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG
* ** ** * ** * **
66578339 TTAAAATGAAAATTTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGA--TTGTT--CGTC
442 TTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTC
** * * * * * ** **** *
66578400 --GGTTACAA-AGTCAAA---G-A-TAGA-GTATAAGT-TTTTAA-GAGGCTAG--AAAG--GAA
507 ATTTTTA-AATATTAAAATTCGAATTTGAGGCA-ACGTCGGTTAACGAATAAAGATAAAGTATAA
* ** * * * ** * *
66578450 GTTTGCCATGTGATGCATA-GCG--ATGTT-C-T-CG-TGTCTTATG---AG---TC-T-TTTTA
570 ATTT-TTAAGAGGTTAAAATG-GAAAT-TTACATGCGATG-CATA-GCAAAGTTCTCGTGTTTTA
** * * * * * ** * * * *
66578500 --ATTTCATT--TTTAAATATTGAA-ACTCGAA-T---TTTGAGGCAAACTCCG-TTACG-GAAT
630 TGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTCAAGCCAAGT-CGATTA-GAGAAT
* * * * * *
66578554 TAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACT
693 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGT
* * * * ** **
66578619 TCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATG
758 TCTCGTGTTTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAAATG
*** * * *
66578684 TCGGCTACAGAATGAAATATA
822 TCAATTACGGAATCAAAGATA
* * * *
66578705 AAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAATTCTCGTGT
* * * * *
66578770 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-TAATTTTCTAAGCGAA-GTCGGTTA
65 TTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTT-TAAGCCAACGTCGATTA
* *
66578833 CAGAATCAAAGATTCAA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATA
128 CAGAATCAAAGA-TAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATA
* * * * * * *
66578897 GTGAAGTACTTCTTGTGTCTTATTAATCTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGATACTCAAATC
190 G-CAAG--CTTCTCGTGT-TTA-TGAT-TTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
* * * * * * *
66578961 TCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAATTAGAAAT
249 TCGA-ACCAAGTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAAT
* * * * ** * * ** * *
66579026 TTACCATGTGATGCGTAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATT
313 TTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT
* * * * * * * *
66579091 AAAATTCGAGTTTTAAGGC-AACGTCGGTTAC-AAAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAG
378 GAAACTCGAATTTTCAGGCGAA-GTCCGTTACGAAA-TTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAG
* * * ** ** * *
66579154 GCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGATGCATAGCGATGTTCTCGTGTCTTATGAGTCTTTTTAAT
441 GTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAAT
* * * * *
66579218 TTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGTGGGGCAAAGTTC-GTT-ACAGAATTATAGATAAAG
504 TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT-TGAGGCAACG-TCGGTTAAC-GAA-TAAAGATAAAG
* * * * * * *
66579281 TATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGTAGAAAACTTCTTGTGTTTT
565 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTT
* * * *** * *
66579346 ATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGTGGGGCAAAGTTCG-TTACAG
629 ATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATT-TCAAGCCAAG-TCGATTAGAG
* * * * * *
66579410 AATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGTAGAAA
690 AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAA
* * * * * **
66579475 ACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTGAAGGCA
755 AGTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAA
* ** *
66579540 ACGTCGGTTACAGAATCAAAGATA
819 ATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
* * * * **
66579564 AAGTATAAATTTTGAAGATGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAGCTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAATTCTCGTGT
* * * * * * *
66579629 TATATG-ATTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCCAA-GT-TAGTTA
65 TTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-TAAGCCAACGTCGA-TTA
* * * *
66579691 GAGAATCAAAGATAGAA-TATAATTTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATA
128 CAGAATCAAAGATA-AAGTATAA-ATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATA
* * * * * * * *
66579755 GCGAAG-TTCTCGTGCCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAGATTTTGAAACTCGAATTTTG
190 GC-AAGCTTCTCGTG-TTTATGATT-TTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG
* * * * * * *
66579818 AGGCGAA--CTGTTACTA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTT
252 A-ACCAAGTCGGTTAC-AGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* * * ** * * *
66579880 ACCATGGGATGTATATAAAACTTCTTGTGT-TTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGT
315 ACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATT
* * ** * *
66579944 AAAATTCGAA-TTTCGAGGC-AACGTTAGTTAC-AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGT
378 GAAACTCGAATTTTC-AGGCGAA-GTCCGTTACGA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * *
66580006 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGTATATAAAACTTCTTGTG-TTTATGATATTTTTATAA
440 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGAT-TTTTT-TAA
* **
66580070 TTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATTTCGAGGCAACGTTAGTT-ACAGAATCAAAGATAAAG
503 TTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-GAGGCAACGTCGGTTAAC-GAAT-AAAGATAAAG
* * * * *
66580134 TATAAATTTTT-AGTGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCATAGTTCTCGCGTTTT
565 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTT
* * * *
66580198 ATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCGATTACAGA
629 ATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AA-TTTCAAGCCAAGTCGATTAGAGA
* * * *
66580263 ATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATGGCGAA
691 ATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAA
* * * * * * * * **
66580328 GTTCTCGTCTGTTATGATTGTTTTCAATTTCATTTTTGAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGA
756 GTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTAAAGAAA
* ** * *
66580393 A-GCCTGTTACGGAATGAAAGAAA
819 ATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
* * * * * * **
66580416 AAATATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGAATGGAAAACTAAAT-GTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA-T-TCTCGTG
* * * * ** * *
66580480 TTTTGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATGTTAAAATTTGAAATTCGAGGCAACCTCGATTAC
64 TTTTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGATTAC
* * * * *
66580545 AGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTTAGATGGAAGTTTATCATGTGATGCATAGC
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC
** * * *
66580610 AAATTTGTCGTGTTTTATGATTTTT-TAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATGTC-AAG
192 AAGCTTCTCGTG-TTTATGATTTTTAT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAA-
** * * * * * **
66580673 GTAAAGTCAGTTACAAAATCAAAGATAAAGTAAAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAAAAATTTACA
254 -CCAAGTCGGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* * *
66580738 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATAATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAA
318 ATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
66580802 TTGGCAAACT
Statistics
Matches: 6004, Mismatches: 1418, Indels: 1156
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
773 6 0.00
774 101 0.02
775 7 0.00
779 1 0.00
780 4 0.00
781 9 0.00
782 2 0.00
783 4 0.00
785 4 0.00
786 1 0.00
787 1 0.00
790 2 0.00
791 2 0.00
792 4 0.00
793 2 0.00
794 1 0.00
795 1 0.00
796 7 0.00
797 6 0.00
798 8 0.00
800 2 0.00
801 3 0.00
802 3 0.00
803 6 0.00
805 1 0.00
807 1 0.00
809 8 0.00
810 2 0.00
811 10 0.00
812 87 0.01
813 55 0.01
814 122 0.02
815 40 0.01
816 255 0.04
817 127 0.02
818 98 0.02
819 5 0.00
820 6 0.00
821 26 0.00
822 57 0.01
823 117 0.02
824 8 0.00
825 108 0.02
826 9 0.00
827 114 0.02
828 174 0.03
829 21 0.00
830 9 0.00
831 3 0.00
832 4 0.00
833 4 0.00
834 26 0.00
835 31 0.01
836 35 0.01
837 61 0.01
838 32 0.01
839 47 0.01
840 42 0.01
841 24 0.00
842 23 0.00
843 38 0.01
844 21 0.00
845 25 0.00
846 32 0.01
847 12 0.00
848 9 0.00
849 5 0.00
850 25 0.00
851 136 0.02
852 399 0.07
853 507 0.08
854 385 0.06
855 310 0.05
856 188 0.03
857 304 0.05
858 617 0.10
859 247 0.04
860 57 0.01
861 20 0.00
862 3 0.00
864 93 0.02
865 28 0.00
866 97 0.02
867 3 0.00
869 9 0.00
870 8 0.00
872 1 0.00
873 1 0.00
874 1 0.00
876 6 0.00
877 7 0.00
878 1 0.00
879 2 0.00
881 12 0.00
882 16 0.00
883 28 0.00
884 15 0.00
885 6 0.00
886 13 0.00
887 8 0.00
888 14 0.00
889 28 0.00
890 19 0.00
891 35 0.01
892 31 0.01
893 31 0.01
894 38 0.01
895 46 0.01
896 36 0.01
897 24 0.00
898 18 0.00
899 7 0.00
900 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (842 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAATTCTCGTGTT
TTATGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTAAGCCAACGTCGATTACAG
AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATGTGATGCATAGCAAGC
TTCTCGTGTTTATGATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAACCAAGTC
GGTTACAGAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
CATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT
TCAGGCGAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATT
TACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTA
AAATTCGAATTTGAGGCAACGTCGGTTAACGAATAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
AATGGAAATTTACATGCGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTT
TAAATATTAAAATTCAATTTCAAGCCAAGTCGATTAGAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTA
AGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTA
ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTAAAGAAAATGTCAATTACGGAATCAAAGATA
Found at i:66574479 original size:283 final size:281
Alignment explanation
Indices: 66571945--66574511 Score: 2346
Period size: 283 Copynumber: 9.0 Consensus size: 281
66571935 AGTGACCATC
66571945 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAA-TTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGC-AAAGTTCTCGTG
* * * * *
66572008 TATTATGATTTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAACTCCGTTAC
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAA-TTTGAGGCGAAGTCCGATAC
* * * * *
66572072 GGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAGA
129 GGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
** * * * *
66572137 AAACTTCTATTGTTTTATGAATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTCAAGG
194 AAACTTCTCGTGTTTTGTG-ATTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTGAAGG
* *
66572202 CAATGTCGGTTACAGAATCAAATATA
257 CAA-GTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* *
66572228 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG-------CATAGCAAAGTT
* * * * * * *
66572293 CTTGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATGTTAAAATTCGATTTTCTAGGCAAAGTC
59 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTT-GAGGCGAAGTC
* * ** ** * ** * *
66572358 GGTTACAAAATCAAAGATACTGTATAATTTTTTAAGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATG
123 CGATACGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * * * * *
66572423 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATT
188 CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTGTG-AT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-T
* ** * *
66572488 TTG-AGTTG-AAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
250 TTGAAG--GCAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* * * * ** * *
66572520 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * * *
66572585 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AAGTTTCGAGAC-AACTTCGGTTA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAA-TTT-GAGGCGAA-GTCCGATA
** * * *
66572648 CAAAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATA
128 CGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * * *
66572712 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTG-
192 GCAAACTTCTCGTGTTTTGTGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTGA
** ** ** * *
66572776 AGAAAATGTTTGTTACGGAATTATAGATA
254 AGGCAA-GTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* * * * *
66572805 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
66572870 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTC-AACGT-CG
66 TTTATG----ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAA-TTTGAGGCGAA-GTCCG
* * * * *
66572933 ATTACAGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGC
125 A-TACGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * * *
66572998 ATAGCAAGCTTCTCGTGTTATATGATTTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG
189 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTGTGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-G
* *** * *
66573063 ACA-CCAAGTCTAATAGAGAATCAAAGTTA
253 A-AGGCAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* * * * *
66573092 GAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * *
66573157 CTTATGATTGTTTTAAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTCAGGCGAACTCCGTTA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAACTCGAA-TTTGAGGCGAAGTCCGATA
* * * ** * *
66573220 CGAAATTAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAATTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAT
128 CGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * *
66573285 AAAACTTCTCGTGTTTTTTGATTTTTTGTAATTTCATTTTTAGATATTAAAATTTGAATTT-AGA
193 CAAACTTCTCGTGTTTTGTGA-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTGA-A
*
66573349 GGCAACGTCGGTTA-ACGAAT-AAGAAATA
255 GGCAA-GTCGGTTATA-GAATCAA-AGATA
* * * *
66573377 AAGTTTGAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG
* * * * * *
66573441 TTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGT-CAATT
65 TTTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTT-GAGGCGAAGTCCGATA
* * * *
66573505 TGAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATA
128 CG-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * *
66573570 GCAAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAA
192 GCAAACTTCTCGTGTTTTGTGA-TTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-GA
* **
66573635 AGCCAAGTCAATT-TGAGAATCAAAGATA
254 AGGCAAGTCGGTTAT-AGAATCAAAGATA
* *
66573663 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG
* * * * * *
66573727 TTTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAAGT-CAATT
65 TTTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTT-GAGGCGAAGTCCGATA
* * * * * **
66573791 TGAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTA
128 CG-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* ** * * *
66573856 GCAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATT-AAATTATGAAATTC
192 GCAAACTTCTCGTGT-TT-TG-TGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-CG-AATTT
*
66573920 G-AGGTGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
252 GAAGG-CAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* * * **
66573950 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * **
66574015 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTTGACTCGAAGTCCGATACG
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTGAGGCGAAGTCCGATACG
* * * *
66574080 GAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
130 GAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * *
66574144 AAACTAT-TAGTGTTTTGCGCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGC
194 AAACT-TCTCGTGTTTTGTGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTGAAGGC
66574208 AACGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
258 AA-GTCGGTTATAGAATCAAAGATA
* * * **
66574233 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * **
66574298 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTTGACTCGAAGTCCGATACG
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTGAGGCGAAGTCCGATACG
* * * *
66574363 GAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGA
130 GAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * *
66574427 AAACTAT-TAGTGTTTTGCGCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTGAAGGC
194 AAACT-TCTCGTGTTTTGTGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTGAAGGC
66574491 AACGTCGGTTATAGAATCAAA
258 AA-GTCGGTTATAGAATCAAA
66574512 CTTTTTAATT
Statistics
Matches: 1954, Mismatches: 262, Indels: 136
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
282 12 0.01
283 467 0.24
284 42 0.02
285 376 0.19
286 417 0.21
287 261 0.13
288 25 0.01
289 112 0.06
290 8 0.00
291 34 0.02
292 190 0.10
293 9 0.00
294 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (281 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTGAGGCGAAGTCCGATACGG
AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAA
ACTTCTCGTGTTTTGTGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTGAAGGCAAG
TCGGTTATAGAATCAAAGATA
Found at i:66574748 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66574513--66577899 Score: 1605
Period size: 142 Copynumber: 24.3 Consensus size: 141
66574503 AGAATCAAAC
* * * ** * * * *
66574513 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAAGTCCGATACGGAATTATAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTACAGAATCA-AA
* **
66574577 -ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTT
* * *
66574641 GTATTTTGTGCTT
129 GTGTTTTATGATT
* * * *
66574654 TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCAATGTCAATTACAGAATCAAAG
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAG
* * *** *
66574719 ATAAAGTATAAATTTTTAGGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATACCGAAGTTCTTG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTG
*
66574784 TGTCTTATGATT
130 TGTTTTATGATT
* * * * * *
66574796 CTTTTGAATTTCATTTTGAAAAATTGAAATTCGAAATTT-GAGTTG-AAGTCCGTTAC-GCAATT
1 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCG-AATTTCGAG--GCAAGTCAGTTACAG-AATC
** * * * * * *
66574858 ATGGATAGAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTAATCATGTGATGCATAGAAAAGTA
61 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTT
* * *
66574923 ATTGTGTTTTGTGCTT
126 CTTGTGTTTTATGATT
* * * *
66574939 TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTCGAGGCAACATCAGTTACAGAATAAAAG
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAG
* * * *
66575004 TTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAA-TT-TT
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAACTTCTT
66575067 CGTGTTTTATGA-T
129 -GTGTTTTATGATT
* * * * *
66575080 TTCTTATATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAATTAC-G----GAA
1 TTTTTA-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGTCAGTTACAGAATCAAA
* * * **
66575140 GATAAAGTATACAA-TTTTAAGAGTTTTAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGGAA-TTC
64 GATAAAGTATA-AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-AAAACTTC
* *
66575203 TCGTGTCTTATGATT
127 TTGTGTTTTATGATT
* * * * *
66575218 GTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTT-GAATTTGGAGGCTAACTTC-GTTACGGAATTA
1 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCGAATTTCGAGGC-AA-GTCAGTTACAGAATCA
* * ** * *** *
66575280 AAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTAAAATG-GAT--TTTTTAAATTTC
62 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTC
* **
66575342 ACT-T-TTAAAT-ATT
127 -TTGTGTTTTATGATT
* * ** * * * * * ***
66575355 AAAATTTGAATTTCATGGTCAAGTCAATTATAGAA-TCAAATAT--A---AAGT-A--TAAATTT
1 ---TTTTTAATTTCATTTTTAAAT--ATTA-A-AATTCGAATTTCGAGGCAAGTCAGTTACAGAA
* * *** ** * * * * * **
66575411 TTAAGAGGTTAAAGCGGAAA--TTTACCATGTGTT-ACATAGAAAACTT--CTTGTGTTTTAT-G
59 TCAA-A-GATAAAGTATAAATTTTTAAGA-G-GTTAAAAT-GGAAATTTACCATGTGATGCATAG
*
66575470 ----CTT-TT-T-TTAATT-TCA-T
119 AAAACTTCTTGTGTT--TTATGATT
* * ** * * ** * *
66575486 TTTTAAATATTAAAATTTGAAT-TTCAAGGT--AA---C--GTC--G--A-TTACAGAGTCAAAG
1 TTTTTAAT-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAGTCAGTTACAGAATCAAAG
* * * * * * * * *
66575538 ATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCAAGCTACTCG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTG
* *
66575603 TATTTTATGA-C
130 TGTTTTATGATT
* * * *
66575614 TTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAAGTCAGTTAGAGAATCAAAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG-GCAAGTCAGTTACAGAATCAAAG
** * *
66575679 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAGCGGAAATTTACCATGTGTTACATAGAAAACTTCTTG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTG
*
66575744 TGTTTTATGCTT
130 TGTTTTATGATT
* * * *
66575756 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGTAACGTC-GATTACAGAGTCAAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCAG-TTACAGAATCAAA
* * * * * * * * *
66575820 GATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCAAGCTACTC
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTT
* *
66575885 GTATTTTATGA-C
129 GTGTTTTATGATT
* * * *
66575897 TTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAAGTCAGTTAGAGAATCAAAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG-GCAAGTCAGTTACAGAATCAAAG
* * ** * *
66575962 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATACATAGCGAAGTTCTCG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTG
*
66576027 TGTCTTATGATT
130 TGTTTTATGATT
* * * * * * * * *
66576039 GTTTTCAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCAAACTTT-GAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
1 -TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTCGAA-TTTCGAGGC-AAGTCAGTTACAGAATCA
* * **** *** * ** * *
66576101 AAGATAAAGTGTAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT-TCTCTTGTTTTATGAG-T-C-TTTATAATTT
62 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATT-TACCATGTGATGCATAGAAAACTT
**
66576162 CATT-T-TTAAAT-ATT
126 C-TTGTGTTTTATGATT
* **** * * * * * * **
66576176 AAATTTTGAATTTCA-AGGCAACGTTGGTTACAGAA-TCAAATAT--A---AAG-CA-TAAAATT
1 ---TTTTTAATTTCATTTTTAA--AT-ATTA-A-AATTCGAATTTCGAGGCAAGTCAGTTACAGA
* * * * ** *** * ** * * * * *
66576232 TTTAAGAGCTTAAAATGGAAATTTACCATATGGTGCATA-GCG-AAGTT-CTCAAGT-CT-TAT-
58 ATCAA-AG-ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATG-GAAATTTAC-CATGTGATGCATA
*
66576291 G---A-TTC-T-T-TTTAAT--TT
118 GAAAACTTCTTGTGTTTTATGATT
* *** * ** * * * * * *
66576306 CATTTTTAAGTATTGAAACTCAAAT-TT-TGAGTCAAAGTCCGTTACG-AA---A-TTATAG-AT
1 --TTTTTAA-T-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG--AGGCAAGTCAGTTACAGAAT
* ** * * ** * *
66576363 AAAGTATAAACTTTTAAGA-GGTTAA-AA-------TGGAAATTTACCATGAGATGCATAGAAAA
60 CAAAGATAAA-GTATAA-ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAA
** ** *
66576419 CCACTTGTGTTTTGCGCTT
123 CTTCTTGTGTTTTATGATT
* * * * * *
66576438 TTTTTAAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGC-AGCTTCGGTTACAGAATAAA
1 TTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAG--TCAGTTACAGAATCAA
* * * * *
66576502 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATACATTGCAAACTTCT
63 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCT
* **
66576567 CGTACTTTATGATTTAT
128 TGTGTTTTATGA--T-T
* * *
66576584 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTATAGAATCAAAG
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCAGTTACAGAATCAAAG
* * * * * *
66576649 ATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAGAGTAA-TTCTG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA-AAACTTCTT
*
66576713 GTGTCTTATGA-T
129 GTGTTTTATGATT
* * * * * * *
66576725 TTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCA-TTACGGAATTAAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGT-CAGTTACAGAATCAAA
* * * *
66576788 GATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCTTCTGATGCATAGAAAACTTCTC
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCT-
66576853 T-TGTTTTATGATT
128 TGTGTTTTATGATT
* * * * *
66576866 TTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAGGCGACA-TCTGTTATAGAATCAA
1 TTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-A-AGTCAGTTACAGAATCAA
* * * *
66576930 ATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCATACTTCT
63 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCT
* *
66576995 CGTGATTTATGATT
128 TGTGTTTTATGATT
* * *
66577009 GTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTATAGAATCAAA
1 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG-CAAGTCAGTTACAGAATCAAA
* * * * *
66577074 GATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAGAGTAA-TTCT
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGA-AAACTTCT
* *
66577138 GGTGTCTTATGA-T
128 TGTGTTTTATGATT
* * * * * * *
66577151 TTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCA-TTACGGAATTAAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGC-AAGT-CAGTTACAGAATCAAA
* * * *
66577214 GATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTC
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTT
*
66577279 ATGTTTTATGATT
129 GTGTTTTATGATT
* * * * * *
66577292 TTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTACAGAATGAAA
1 TTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCAGTTACAGAATCAAA
* * * * *
66577357 TATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTT
*
66577422 GTGATTTATGATT
129 GTGTTTTATGATT
* *
66577435 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTTCTAGGCAAAGTCGGTTA-AGAAATCAA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAA-TTTCGAGGC-AAGTCAGTTACAG-AATCAA
* * * * * * ** *
66577498 AGACACAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAGATGGAAATTTACAATGTGTTGCATAGCGAAGTTCT
63 AGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCT
* ** * *
66577563 AGTGCCTTGTGAATC
128 TGTGTTTTATG-ATT
* * * * * * * * *
66577578 TTTTTAATTTCTTTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGTTCAAGTCCA-TTACGGAATTATA
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAG-GCAAGT-CAGTTACAGAATCAAA
* * * * **
66577642 TATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
64 GATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTT
** *
66577707 GTGTTTTCCGCTT
129 GTGTTTTATGATT
* * * ** * *
66577720 TTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGGCAACGTTAGTTACAAAATCAAAG
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAA-GTCAGTTACAGAATCAAAG
* ** ** *
66577785 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGTGATGTTCTCG
65 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTG
* *
66577850 TGTCTTATGAATC
130 TGTTTTATG-ATT
* * * *
66577863 TTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTT
1 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
66577900 TGGGGCAAAG
Statistics
Matches: 2440, Mismatches: 608, Indels: 394
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
119 17 0.01
120 14 0.01
121 22 0.01
122 3 0.00
123 3 0.00
124 1 0.00
125 3 0.00
126 10 0.00
127 18 0.01
128 28 0.01
129 31 0.01
130 26 0.01
131 22 0.01
132 11 0.00
133 4 0.00
134 14 0.01
135 27 0.01
136 33 0.01
137 117 0.05
138 32 0.01
139 40 0.02
140 215 0.09
141 300 0.12
142 671 0.28
143 636 0.26
144 21 0.01
145 110 0.05
146 9 0.00
147 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCAAGTCAGTTACAGAATCAAAGA
TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGT
GTTTTATGATT
Found at i:66576448 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 66576129--66577919 Score: 1558
Period size: 143 Copynumber: 12.6 Consensus size: 141
66576119 TTAAGTGGTT
* * * * * **
66576129 AAAA-TTCTCTTGTTTTATGAGTCTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAATTTCAAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTAT--GTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* ** * * *
66576193 GCAACGTTGGTTAC-AGAATCAAATATAAAGCATAAAATTTTTAAGAGCTTAAAATGGAAATTTA
64 GCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTAT-AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* *
66576257 CCATATGGTGCATAG
127 CCATGTGATGCATAG
** * ** * * * * *
66576272 CGAAGTTCTCAAGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* * * *
66576337 TCAAAGTCCGTTACGAAATTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
64 GCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
66576402 ATGAGATGCATAG
129 ATGTGATGCATAG
** * ** * * *
66576415 AAAACCACTTGTGTTTTGCGCTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTTGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
*** * * * *
66576480 GCAGCTTCGGTTAC-AGAATAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTAT
64 GCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* *
66576544 CATGTGATACATTG
128 CATGTGATGCATAG
* * * * *
66576558 CAAACTTCTCGTACTTTATGATTTATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
1 AAAACTTCTCGT-GTTT-T-ATGT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTG
* * * * *
66576623 AGGCCAAGTCTGTTA-TAGAATCAAAGATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTT
62 AGGCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* *
66576687 ACAATGTGATTCATAG
126 ACCATGTGATGCATAG
* * * * * * *
66576703 AGTAA-TTCTGGTGTCTTATGATTTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGG
1 A-AAACTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGG
* * * * * * * *
66576766 CGAACTCCATTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCT
65 CAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
*
66576831 TCTGATGCATAG
130 TGTGATGCATAG
* * *
66576843 AAAACTTCTCTTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* * * * *
66576908 GCGACA-TCTGTTA-TAGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTA
64 GC-AAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
66576971 CCATGTGATGCATAG
127 CCATGTGATGCATAG
* * * * *
66576986 CATACTTCTCGTGATTTATGATTGTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* * * * *
66577051 GCCAAGTCGGTTA-TAGAATCAAAGATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTAC
64 GCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* *
66577115 AATGTGATTCATAG
128 CATGTGATGCATAG
* * * * * * *
66577129 AGTAA-TTCTGGTGTCTTATGATTTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGG
1 A-AAACTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGG
* * * * * * *
66577192 CGAACTCCATTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCA
65 CAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
*
66577257 TGTGATGAATAG
130 TGTGATGCATAG
* * * * *
66577269 AAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* * * * * * *
66577334 GCAATGTCGGCTAC-AGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTAC
64 GCAAAGTCCGTTACGA-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
66577398 CATGTGATGCATAG
128 CATGTGATGCATAG
* * *
66577412 CAAACTTCTCGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTTCTAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT-GAG
* * * * * * *
66577476 GCAAAGTCGGTTAAGAAATCAAAGACACAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAGATGGAAATTTACA
64 GCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
66577541 ATGTGTTGCATAG
129 ATGTGATGCATAG
** * * ** * * * * * *
66577554 CGAAGTTCTAGTGCCTTGTGAATCTTTTTAATTTCTTTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG--TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* * * * * * * * *
66577619 TTC-AAGTCCATTACGGAATTATATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTAC
64 -GCAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
66577683 CATGTGATGCATAG
128 CATGTGATGCATAG
** * ** * * * *
66577697 AAAACTAATTGTGTTTTCCGCTTTTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGG
* ** * *
66577762 CAACGTTAGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCA
65 CAAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
66577827 TGTGATGCATAG
130 TGTGATGCATAG
** ** * * * * * * *
66577839 TGATGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGGG
1 AAAACTTCTCGTGTTTTATG--TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
*
66577904 GCAAAGTTCGTTACGA
64 GCAAAGTCCGTTACGA
66577920 GAAATTTACC
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 301, Indels: 70
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 4 0.00
140 202 0.15
141 37 0.03
142 231 0.18
143 640 0.49
144 84 0.06
145 106 0.08
146 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (141 bp):
AAAACTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGC
AAAGTCCGTTACGAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
GTGATGCATAG
Found at i:66578000 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 66577816--66578003 Score: 227
Period size: 104 Copynumber: 1.8 Consensus size: 104
66577806 GGTTAAAAAG
* ** ** * * *
66577816 GAAATTTACCATGTGATGCATAGTGATGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTA
1 GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGTCTTATGAATCTTTTTAATATCATTCTTA
*
66577881 AATATTGAAACTCGAATTTTGGGGCAAAGTTCGTTACGA
66 AATATTAAAACTCGAATTTTGGGGCAAAGTTCGTTACGA
* *
66577920 GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGTTTTATG-ATTTTTTATAATATCATT-TT
1 GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGTCTTATGAATCTTTT-TAATATCATTCTT
* *
66577983 AAAATTTTAAAATTCGAATTT
65 -AAATATTAAAACTCGAATTT
66578004 CGAGGCAATG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 4
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
103 8 0.12
104 61 0.88
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (104 bp):
GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGTCTTATGAATCTTTTTAATATCATTCTTA
AATATTAAAACTCGAATTTTGGGGCAAAGTTCGTTACGA
Found at i:66578180 original size:144 final size:143
Alignment explanation
Indices: 66577920--66578369 Score: 550
Period size: 144 Copynumber: 3.2 Consensus size: 143
66577910 TTCGTTACGA
* * * * *
66577920 GAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAA
1 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTTTTAATTTCATTTTTA
* * * * *
66577985 AATT-TTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTACAGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTG
65 AATTATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTA
*
66578049 AAGTGGTTAAAATG
130 AAGAGGTTAAAATG
* * *
66578063 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGTTCTATGCTTTTTTTTTATTTCATTTTTA
1 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATG-TTTTTTTTAATTTCATTTTTA
*
66578128 AATTATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTA
65 AATTATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTA
* *
66578193 AAGAGGCTAAAATA
130 AAGAGGTTAAAATG
* * * * * *
66578207 GAAATTTATCATATGATGCATAGCAAGCTTCTCGTGTTTTATG--ATTTTTAATTTGATTTTTAA
1 GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
* * * * * *
66578270 A-TATTAAAATTCTAAATAT-AAGGCAACGTTGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTT
66 ATTATTAAAATTC-GAATTTCAAGGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTA
66578333 AAGAGGTTAAAATG
130 AAGAGGTTAAAATG
* **
66578347 AAAATTTATAATGTGATGCATAG
1 GAAATTTACCATGTGATGCATAG
66578370 CGAAGTTCTC
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 39, Indels: 7
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
140 82 0.31
141 22 0.08
143 60 0.23
144 102 0.38
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
GAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATGTTTTTTTTAATTTCATTTTTAA
ATTATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTAA
AGAGGTTAAAATG
Found at i:66578478 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 66578300--66578490 Score: 251
Period size: 100 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
66578290 AGGCAACGTT
* *
66578300 GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATAATGTGATG
1 GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGAAAATTTACAATGTGATG
66578365 CATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTCGTC
66 CATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTCGTC
* * * * * * *
66578400 GGTTACA-AAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGA
1 GGTTACAGAA-TCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGCTA-AAATGAAAATTTACAATGTGA
* *
66578463 TGCATAGCGATGTTCTCGTGTCTTATGA
64 TGCATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGA
66578491 GTCTTTTTAA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 11, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
99 2 0.03
100 73 0.94
101 3 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.24, T:0.32
Consensus pattern (100 bp):
GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGAAAATTTACAATGTGATG
CATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTCGTC
Found at i:66578597 original size:243 final size:240
Alignment explanation
Indices: 66578157--66578612 Score: 562
Period size: 243 Copynumber: 1.9 Consensus size: 240
66578147 TCAAGGCAAT
*
66578157 GTCGATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTATCATATG
1 GTCGATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTACCATATG
* * * *
66578222 ATGCATAGCAAGCTTCTCGTGTTTTATGATTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCTAAAT
66 ATGCATAGCAAGCTTCTCGTGTCTTATGATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAAAT
**
66578287 ATAAGGCAACGTTGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAAT
131 ATAAGGCAACGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAAT
* *
66578352 TTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTC
196 TTACAATGTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTC
* * * * * * * *
66578397 GTCGGTTACA-AAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATG
1 GTCGATTACAGAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTAAAGAGGCTA-AAATAGAAATTTACCATA
* *
66578460 TGATGCATAGCGATG-TTCTCGTGTCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACT
64 TGATGCATAGC-AAGCTTCTCGTGTCTTATGA---TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACT
* * * * * * *
66578524 CGAATTTTGAGGCAAAC-TCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAA
125 CGAAATATAAGGC-AACGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
*
66578588 TTG-AAATTTACCATGTGATGAATAG
189 -TGAAAATTTACAATGTGATGAATAG
66578613 AAAACTTCTC
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 27, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
239 2 0.01
240 73 0.40
241 5 0.03
243 96 0.53
244 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (240 bp):
GTCGATTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTACCATATG
ATGCATAGCAAGCTTCTCGTGTCTTATGATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAAAT
ATAAGGCAACGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAAT
TTACAATGTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTC
Found at i:66578670 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 66578401--66580803 Score: 2291
Period size: 143 Copynumber: 16.9 Consensus size: 142
66578391 TTGTTCGTCG
* * * * *
66578401 GTTACA-AAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGAT
1 GTTACAGAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGAT
* ** * * * *
66578464 GCATAGCGATGTTCTCGTGTCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAAT
64 GCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAAT
66578529 TTTGAGGCAAACTCC
128 TTTGAGGCAAACTCC
* * * * *
66578544 GTTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGA
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * *
66578609 ATAGAAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* ** *
66578674 CGAGGCAATGTCG
130 TGAGGCAAACTCC
* * * * *
66578687 GCTACAGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* *
66578752 ATAGCAAACTTCTCGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT-TAATTTT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT
* * * * *
66578816 CTAAGCGAAGTCG
131 -GAGGCAAACTCC
* * *
66578829 GTTACAGAATCAAAGATTCAA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATG
1 GTTACAGAATCAAAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * * * * * * *
66578893 CATAGTGAAGTACTTCTTGTGTCTTATTAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGATACTCAA
65 CATAG-CAA--ACTTCTCGTGTTTTA-TGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGA
* * * *
66578958 ATCTCGAGGCGAAGTCC
126 ATTTTGAGGCAAACTCC
* *
66578975 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAATTAGAAATTTACCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * ** * ** * * *
66579040 GTAGAAAACTAATTGTGTTTTGCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT
* *
66579105 AAGGC-AACGTCG
131 GAGGCAAAC-TCC
* * * * *
66579117 GTTACA-AAGTCAAAGATAGAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGAT
1 GTTACAGAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGAT
* ** * * * *
66579180 GCATAGCGATGTTCTCGTGTCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAAT
64 GCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAAT
* * * *
66579245 TGTGGGGCAAAGTTC
128 TTTGAGGCAAACTCC
* * * *
66579260 GTTACAGAATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * * * *
66579325 GTAGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTG
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* * *
66579390 TGGGGCAAAGTTC
130 TGAGGCAAACTCC
* * * *
66579403 GTTACAGAATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * *
66579468 GTAGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AAATT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
*
66579532 TGAAGGC-AACGTCG
130 TG-AGGCAAAC-TCC
* * * *
66579546 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTGAAGATGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * *
66579611 ATAGCAAGCTTCTCGTGTTATATGA-TTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTC
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT
* * **
66579675 GAGGCCAAGTTA
131 GAGGCAAACTCC
* * * **
66579687 GTTAGAGAATCAAAGATAGAA-TATAATTTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATG
1 GTTACAGAATCAAAGATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * ** * * * *
66579751 CATAGCGAAGTTCTCGTGCCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAGATTTTGAAACTCGAATT
65 CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
*
66579815 TTGAGGCGAACT--
129 TTGAGGCAAACTCC
* * *
66579827 GTTACTA-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATG
1 GTTAC-AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* ** * *
66579891 TATATAAAACTTCTTGTG-TTTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAAT
65 CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGAT-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAAT
* **
66579955 TTCGAGGC-AACGTTA
128 TTTGAGGCAAAC-TCC
* * *
66579970 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGT
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
** * *
66580035 ATATAAAACTTCTTGTG-TTTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGAT-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* **
66580099 TCGAGGC-AACGTTA
129 TTGAGGCAAAC-TCC
* * *
66580113 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AGTGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * *
66580177 ATAGCATAGTTCTCGCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* *
66580242 TGAGGCCAAGT-C
130 TGAGGCAAACTCC
* *
66580254 GATTACAGAATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATG
1 G-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * * * * * * *
66580319 CATGGCGAAGTTCTCGTCTGTTATGATTGTTTTCAATTTCATTTTTGAATATTGAAACTCGAATT
65 CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* * *
66580384 TTGAGGTGAAGC-CT
129 TTGAGG-CAAACTCC
* * * * * * * *
66580398 GTTACGGAATGAAAGAAAAAATATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGA
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * ** * * * * * *
66580463 ATGGAAAACTAAAT-GTGTTTTGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATGTTAAAATTTGAAATT
66 ATAGCAAACT-TCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* *
66580527 CGAGGCAACCT-C
130 TGAGGCAAACTCC
* * * * * *
66580539 GATTACAGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTTAGATGGAAGTTTATCATGTGATG
1 G-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * *
66580604 CATAGCAAATTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATGT
65 CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
** * * *
66580669 CAAGGTAAAGTCA
130 TGAGGCAAACTCC
* * ** *
66580682 GTTACAAAATCAAAGATAAAGTAAAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAAAAATTTACAATGTGATGC
1 GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * * *
66580747 ATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATAATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAATT
66 ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT
66580804 GGCAAACTCT
Statistics
Matches: 1886, Mismatches: 325, Indels: 99
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 13 0.01
140 73 0.04
141 152 0.08
142 592 0.31
143 927 0.49
144 10 0.01
145 17 0.01
146 98 0.05
147 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
ATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTT
GAGGCAAACTCC
Found at i:66582595 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 66582575--66582604 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
66582565 GTATCCATCT
66582575 CTCCTCCTCCTCGTC
1 CTCCTCCTCCTCGTC
66582590 CTCCTCCTCCTCGTC
1 CTCCTCCTCCTCGTC
66582605 ATCATCATCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.60, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
CTCCTCCTCCTCGTC
Found at i:66585532 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 66585497--66585543 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
66585487 TTTAGGTGAT
66585497 TTAACAAATAATATAAAT-TTAAATG
1 TTAACAAATAATA-AAATATTAAATG
66585522 TTAA-AAA-AATAAAATATTAAAT
1 TTAACAAATAATAAAATATTAAAT
66585544 AAAAAATTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.19
23 10 0.48
24 3 0.14
25 4 0.19
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
TTAACAAATAATAAAATATTAAATG
Found at i:66595644 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 66595542--66595784 Score: 271
Period size: 50 Copynumber: 4.7 Consensus size: 51
66595532 GGGAATGAGA
*
66595542 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGATTATGAGAGGC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-C--CGAG---ATGAGAGGC
* *
66595599 -CCCATGTAAGACCATGTCTGGAACATGGCATTGGCATCGAGATGAGAGG-
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
* * *
66595648 TCCCATGCAATACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGATGAGAGGTC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGG-C
** * * *
66595700 TCCCA--TAAGACCATGTCTGGGACATGGTGTGGGCACCGATATGAGA-AC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
* *
66595748 TCCCATGTAAGACCATATCTGGGATATGGCATTGGCA
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA
66595785 ATACAGAAAA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 19, Indels: 17
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
48 6 0.04
50 113 0.70
52 5 0.03
53 3 0.02
56 35 0.22
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (51 bp):
TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
Found at i:66596049 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 66596032--66596070 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
66596022 ATGAGTTATA
66596032 TAAGTAAGCAAG
1 TAAGTAAGCAAG
*
66596044 TAAGTAAACAAG
1 TAAGTAAGCAAG
* *
66596056 TAAGTGAGTAAG
1 TAAGTAAGCAAG
66596068 TAA
1 TAA
66596071 AGAAGTGAGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 23 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (12 bp):
TAAGTAAGCAAG
Found at i:66596058 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66596033--66596076 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
66596023 TGAGTTATAT
66596033 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
1 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
** *
66596053 AAGTAAGTGAGTAAGTAAAG
1 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
66596073 AAGT
1 AAGT
66596077 GAGTAAAGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.25, T:0.18
Consensus pattern (20 bp):
AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
Found at i:66599204 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 66599190--66599217 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 3.1 Consensus size: 9
66599180 GGCCCCGTTG
66599190 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
66599199 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
66599208 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
66599217 G
1 G
66599218 CTCAGTTGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 19 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (9 bp):
GAATTGAAA
Found at i:66609354 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66609329--66609379 Score: 102
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
66609319 CCTTAGACAA
66609329 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
1 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
66609349 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
1 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
66609369 CGAAAACCCAA
1 CGAAAACCCAA
66609380 AAAAGTCACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 31 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.31, G:0.14, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
Found at i:66612457 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 66612438--66612765 Score: 89
Period size: 23 Copynumber: 13.8 Consensus size: 24
66612428 TGTACAGCTC
*
66612438 TTATACATC-AAAGTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
*
66612461 TTATACACCAAAATTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* ** *
66612485 TTATACA-CTAATTTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * * * *
66612508 ATATATATC-AAATTGAACAACATTTT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCA---T
* * * * *
66612534 TTTTACACCAAAATTTGATAGCAA
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * *
66612558 ATATACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
66612581 ATATATATATC-AAATTGTACAGCAT
1 -T-TATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * *
66612606 TTTTACATCAAAATTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * * *
66612630 ATAGACACC-AAATTGGGCGGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
66612653 TTTTACACAAAAAATTGGATAGCAT
1 TTATACAC-CAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
66612678 ATAGACACC-AAATTGGATAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
66612701 ATAGACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
66612724 ATAGACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* *
66612747 TTTTACACCAAAATTGGAC
1 TTATACACCAAAAGTGGAC
66612766 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 57, Indels: 23
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 132 0.56
24 55 0.23
25 34 0.14
26 6 0.03
27 9 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (24 bp):
TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
Found at i:66612547 original size:73 final size:70
Alignment explanation
Indices: 66612439--66612765 Score: 271
Period size: 72 Copynumber: 4.6 Consensus size: 70
66612429 GTACAGCTCT
* * * * * * * *
66612439 TATACATCAAAGTGGACAGCATTTATACACCAAAATTGGACAGCATTTATACACTAATTTGGGCA
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
66612504 GCATA
66 GCATA
* * *
66612509 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTTTTACACCAAAATTTGATAGCAAATATACACCAAATTGG
1 TATATATCAAATTGAACAACA---TTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGG
66612574 GCAGCATATA
63 GCAGC--ATA
* * * * *
66612584 TATATATCAAATTGTACAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAGCATATAGACACCAAATTGGGCG
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
*
66612649 GCATT
66 GCATA
* * * * * * ** * *
66612654 TTTACA-CAAAAAATTGGATAGCATATAGACACC-AAATTGGATAGCATATAGACACCAAATTGG
1 TATATATC---AAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGG
66612717 GCAGCATA
63 GCAGCATA
* * * ** *
66612725 TAGACACCAAATTGGGCAGCATTTTTACACCAAAATTGGAC
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGAC
66612766 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 39, Indels: 20
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
69 19 0.09
70 31 0.15
71 39 0.19
72 58 0.28
73 39 0.19
75 22 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (70 bp):
TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
GCATA
Found at i:66612594 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 66612439--66612726 Score: 115
Period size: 23 Copynumber: 12.0 Consensus size: 25
66612429 GTACAGCTCT
*
66612439 TATACATCAAAGTGGACAGCAT-T-
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
*
66612462 TATACACCAAAATTGGACAGCAT-T-
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* *
66612486 TATACA-CTAATTTGGGCAGCATATA
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* * * *
66612511 TAT--ATCAAATTGAACAACATTTTT
1 TATACATCAAATTGGACAGCA-TATA
* * * *
66612535 TTTACACCAAAATTTGATAGCA-A-A
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* *
66612559 TATACACCAAATTGGGCAGCATATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* *
66612584 TATATATCAAATTGTACAGCAT-T-
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
*
66612607 TTTACATCAAAATTGGACAGC--ATA
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* * * * * *
66612631 TAGACACCAAATTGGGCGGCATTTT
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* ** *
66612656 TACACAAAAAATTGGATAGC--ATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* * *
66612679 TAGACACCAAATTGGATAGC--ATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* * *
66612702 TAGACACCAAATTGGGCAGCATATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
66612727 GACACCAAAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 50, Indels: 32
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 96 0.48
24 51 0.26
25 40 0.20
26 2 0.01
27 9 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
TATACATCAAATTGGACAGCATATA
Found at i:66612746 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 66612446--66612765 Score: 201
Period size: 48 Copynumber: 6.7 Consensus size: 46
66612436 TCTTATACAT
* * * *
66612446 CAAAGTGGACAGCATTTATACACCAAAATTGGACAGCATTTATACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * * * * * **
66612493 TAATTTGGGCAGCATATATATATC-AAATTGAACAACATTTTTTTTACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCA---TATAGACAC
* * * * * * * *
66612542 CAAAATTTGATAGCAAATATACACCAAATTGGGCAGCATATATATATAT
1 C-AAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGC--ATATAGACAC
* * *
66612591 CAAATTGTACAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * * *
66612638 CAAATTGGGCGGCATTTTTACACAAAAAATTGGATAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACAC--AAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * *
66612686 CAAATTGGATAGCATATAGACACCAAATTGGGCAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * *
66612732 CAAATTGGGCAGCATTTTTACACCAAAATTGGAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGAC
66612766 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 55, Indels: 22
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
46 49 0.24
47 52 0.25
48 54 0.26
49 27 0.13
50 24 0.12
52 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (46 bp):
CAAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGCATATAGACAC
Found at i:66613650 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 66613600--66613697 Score: 164
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
66613590 TCTCGGTATC
66613600 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTT-T
1 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
* *
66613642 GCACACTTAGTGCCTATTATTCAACATTATCATTTTAATTTCT
1 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
66613685 -CACACTTAGTGCC
1 GCACACTTAGTGCC
66613698 GTTCATATAG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 52 0.98
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (43 bp):
GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
Found at i:66622671 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 66622516--66622672 Score: 206
Period size: 48 Copynumber: 3.3 Consensus size: 47
66622506 TGCACATCGT
* *
66622516 CACATATCACACACCGAAGCCATAGCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
1 CACATAT--CACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
** *
66622565 CACATATCACACCGATGCCATATCCCATATATGGTCTTACACGAAAA
1 CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
* * *
66622612 TCACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTATATGGAAG
1 -CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
66622660 CACATAGTCACAC
1 CACATA-TCACAC
66622673 TTTGACATGT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 11, Indels: 5
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
47 41 0.43
48 47 0.49
49 7 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.31, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (47 bp):
CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
Found at i:66624855 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66624833--66624882 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
66624823 TTAAATAATA
*
66624833 TTAAGGTTTTT-AATAGGGT
1 TTAAGGTTTTTAAAAAGGGT
66624852 TTAAGGTTTTTCAAAAAGGGT
1 TTAAGGTTTTT-AAAAAGGGT
*
66624873 TCAAGGTTTT
1 TTAAGGTTTT
66624883 CGACTGAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.41
21 16 0.59
ACGTcount: A:0.28, C:0.04, G:0.24, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGGTTTTTAAAAAGGGT
Found at i:66627842 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 66627799--66627932 Score: 119
Period size: 27 Copynumber: 5.0 Consensus size: 27
66627789 CCGTTCAGGT
* * *
66627799 AGACT-ACCCTATTTTTATTGTCTTGGC
1 AGACTAACCC-ATGTTTATTGTCCTAGC
* * *
66627826 AGACTATCCCATGTTTACTGCCCTAGC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
* *
66627853 AGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAAC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
* * ** *
66627880 GGACTATCCCATGTTTATCATCCTGGC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
66627907 AGACTAACCCACT-TTTATTGTCCTAG
1 AGACTAACCCA-TGTTTATTGTCCTAG
66627933 TGGATTATCC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 23, Indels: 4
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 78 0.95
28 4 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
Found at i:66627885 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 66627827--66627947 Score: 163
Period size: 54 Copynumber: 2.2 Consensus size: 53
66627817 TGTCTTGGCA
66627827 GACTATCCCATGTTTACTGC-CCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
1 GACTATCCCATGTTTA-T-CACCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
* * **
66627881 GACTATCCCATGTTTATCATCCTGGCAGACTAACCCACTTTTATTGTCCTAGTG
1 GACTATCCCATGTTTATCA-CCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
*
66627935 GATTATCCCATGT
1 GACTATCCCATGT
66627948 CTGTCGTCTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 5, Indels: 4
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
52 1 0.02
53 1 0.02
54 58 0.97
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (53 bp):
GACTATCCCATGTTTATCACCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
Found at i:66646816 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 66646791--66646833 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
66646781 TGATAAACTT
66646791 TAATATATA-ATTATATTATTTA
1 TAATATATATATTA-ATT-TTTA
*
66646813 TAATTTATATATTAATTTTTA
1 TAATATATATATTAATTTTTA
66646834 CCAACTTAGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.21
22 11 0.58
23 4 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (21 bp):
TAATATATATATTAATTTTTA
Found at i:66648348 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66648325--66648365 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
66648315 TTCTTGTTGA
66648325 AAAATAATTAAA-TATTAT
1 AAAATAATTAAATTATTAT
*
66648343 AAAATAATTAAATTATTTT
1 AAAATAATTAAATTATTAT
66648362 AAAA
1 AAAA
66648366 ATATGAACAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.57
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATTAAATTATTAT
Found at i:66654781 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 66654750--66654959 Score: 242
Period size: 40 Copynumber: 5.3 Consensus size: 39
66654740 GGACTAAGAT
* *
66654750 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACAAATTCCGGGTTAAGCC
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGATACAAA-TCCGGGTTAAGTC
* *
66654790 CCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGATAC-AAATCCGGGTTAAGTC
* *
66654830 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGTTAAGTC
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGATA-CAAATCCGGGTTAAGTC
* * *
66654870 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGTTATGTC
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGATA-CAAATCCGGGTTAAGTC
* * * * *
66654910 CCGAAGGCATT-GTGTGAGTTACTAAAACCGGGCTATGTC
1 CCGAAGGCATTCGTGCGAGATAC-AAATCCGGGTTAAGTC
66654949 CCGAAGGCATT
1 CCGAAGGCATT
66654960 TGAACGAGGA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 11, Indels: 7
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 34 0.22
40 119 0.76
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (39 bp):
CCGAAGGCATTCGTGCGAGATACAAATCCGGGTTAAGTC
Found at i:66654913 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 66654697--66654959 Score: 309
Period size: 120 Copynumber: 2.2 Consensus size: 120
66654687 TTGAATGCTG
* *
66654697 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGAATATATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCTAAGTGAATAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
* *
66654761 TGTGCGAGATACAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAA
66 CGTGCGAGATACAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGG-CATTGTGCGAGATACTAAA
* * * * **
66654817 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGC-GAGTTATTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCAT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCTAAGTGAATAAATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCAT
* * * * * *
66654880 TCGTGCGAGTTATTAAA-TCCGGGTTATGTCCCGAAGGCATTGTGTGAGTTACTAAA
65 TCGTGCGAGATA-CAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAAA
* *
66654936 ACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATT
66654960 TGAACGAGGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 19, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 38 0.31
120 74 0.61
121 9 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (120 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCTAAGTGAATAAATCCGGACTAAGATCCGAAGGCATT
CGTGCGAGATACAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAAA
Found at i:66654979 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 66654698--66654994 Score: 230
Period size: 80 Copynumber: 3.7 Consensus size: 80
66654688 TGAATGCTGT
* ** * * * **
66654698 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGAATATATCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATT
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGAAC-GAGTGACTAAATCCGGGTTAAG-TCCCGAAGGCATT
* * *
66654761 TGTGCGAGATAC-AAATT
64 CGTGCGAGTTACTAAA-A
* * * * **
66654778 CCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGAT-ACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTC
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGAACGAG-TGACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTC
* *
66654842 GTGCGAGTTATTAAAT
65 GTGCGAGTTACTAAAA
* ** * * *
66654858 CCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGTTATGTCCCGAAGGCATT-G
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGAACGAGTGACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCG
*
66654922 TGTGAGTTACTAAAA
66 TGCGAGTTACTAAAA
* * * *
66654937 CCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTTGAACGAG-GAGCTATATCC-GGTTAAATCCCGAAGG
1 CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGAACGAGTGA-CTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGG
66654995 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 28, Indels: 14
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 15 0.08
79 47 0.26
80 110 0.60
81 11 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (80 bp):
CCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTCGAACGAGTGACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCG
TGCGAGTTACTAAAA
Found at i:66664464 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 66664427--66664604 Score: 198
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 39
66664417 ATATCCGGAC
66664427 TAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATAC-AAATTCCGGGT
1 TAAG-TCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAA-TCCGGGT
* *
66664467 TAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
1 TAAG-TCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
* * *
66664507 TAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGT
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
* * * *
66664547 TAAGTCCCGAAGGCA-TTGTGTGAGTTACTAAAACCGGGC
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
*
66664586 TATGTCCCGAAGGCATTTG
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTG
66664605 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 33 0.27
40 85 0.70
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
TAAGTCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
Found at i:66664517 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 66664433--66664604 Score: 229
Period size: 80 Copynumber: 2.2 Consensus size: 79
66664423 GGACTAAGAT
*
66664433 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATA-CAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACT
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAA-TCCGGGTTAAGCCCCGAAGG-CATTGTGCGAGATACT
* *
66664497 AAATCCGGGTTAAGTC
64 AAAACCGGGCTAAGTC
* * * * * *
66664513 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGTGTGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAATCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAA
*
66664578 AACCGGGCTATGTC
66 AACCGGGCTAAGTC
66664592 CCGAAGGCATTTG
1 CCGAAGGCATTTG
66664605 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 11, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 38 0.47
80 39 0.49
81 3 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAATCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAA
AACCGGGCTAAGTC
Found at i:66664622 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 66664460--66664637 Score: 200
Period size: 79 Copynumber: 2.2 Consensus size: 80
66664450 AGATACAAAT
* * * *
66664460 TCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTC
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
** * *
66664525 GTGCGAGTTATTAAA
66 GAACGAGTGACTAAA
* * * *
66664540 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG-CATTGTGTGAGTTACTAAAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTT
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
*
66664604 GAACGAG-GAGCTATA
66 GAACGAGTGA-CTAAA
*
66664619 TCC-GGTTAAATCCCGAAGG
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG
66664638 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 14, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
78 16 0.19
79 48 0.58
80 19 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
GAACGAGTGACTAAA
Found at i:66677549 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 66677497--66677552 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
66677487 TAAAAAAAAT
*
66677497 TAAAATA-AATAACTAAGATCAA
1 TAAAATAGAACAA-TAA-ATCAA
66677519 TAAAATAGAACAATAAATCAA
1 TAAAATAGAACAATAAATCAA
*
66677540 -AAATTAGAACAAT
1 TAAAATAGAACAAT
66677553 TGTAACATCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.39
21 5 0.16
22 10 0.32
23 4 0.13
ACGTcount: A:0.64, C:0.09, G:0.05, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATAGAACAATAAATCAA
Found at i:66678347 original size:56 final size:50
Alignment explanation
Indices: 66678261--66678559 Score: 271
Period size: 50 Copynumber: 5.9 Consensus size: 50
66678251 CATTTGGGTA
* *
66678261 AAGAGATCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGGTTAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATC---GA-G--AT
*
66678317 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTTTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* * * *
66678367 GAGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* * * * *
66678417 GAGAGGTCCCCCGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATGGGCACCGATAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* ** * * * * * *
66678467 GAGAACTCCCATGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATTGGTAGTACAAGA-
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-T-CGAGAT
* * * * *
66678518 AATA--TCCCATGTAAGACCATGCCTGGGACATAGCTTTGGCAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCAT
66678560 GTTATTATCA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 34, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 1 0.00
49 30 0.14
50 126 0.61
51 2 0.01
52 4 0.02
53 2 0.01
56 42 0.20
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
Found at i:66678374 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 66678262--66678507 Score: 294
Period size: 50 Copynumber: 4.8 Consensus size: 50
66678252 ATTTGGGTAA
* * *
66678262 AGAGATCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGGTTATA
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-C--CGA-G--ATG
* * *
66678318 AGAGGTCCCACGTAAGACCATGTTTGGGACATGGCATTGGCATCGAGATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
*
66678368 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
** * *
66678418 AGAGGTCCCCCGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATGGGCACCGATATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
** * * *
66678468 AGAACTCCCATGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATTGG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGG
66678508 TAGTACAAGA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 23, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 125 0.75
52 1 0.01
53 2 0.01
56 39 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
Found at i:66684566 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 66684541--66684582 Score: 70
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
66684531 AAGTTTCTCG
66684541 ATTCAATT-TATA-AACCAATT
1 ATTCAATTATATATAACCAATT
66684561 ATTCAATTATATATAACCAATT
1 ATTCAATTATATATAACCAATT
66684583 CATCAACCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.40
21 4 0.20
22 8 0.40
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATTCAATTATATATAACCAATT
Found at i:66686609 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 66686591--66686620 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
66686581 TACATGTTTT
*
66686591 TATATATTATAGATA
1 TATACATTATAGATA
66686606 TATACATTATAGATA
1 TATACATTATAGATA
66686621 CAATAATAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TATACATTATAGATA
Found at i:66688705 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 66688676--66688727 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
66688666 TTCATTTATA
66688676 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
* *
66688701 TTTCACCGGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
66688726 TT
1 TT
66688728 ACTGATTCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
Found at i:66689904 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 66689854--66690037 Score: 122
Period size: 38 Copynumber: 4.7 Consensus size: 37
66689844 ATAGTATTAT
*
66689854 ATATTATG-ATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTA
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATT-ATATAAGAATATTTA
* **** *
66689891 ATATTAAGAATTTTATTACATTATATATTTTTATTAAATT
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATAAGAATATT---TA
* * * * *
66689931 ATATTTAATAATAATTATTTTAAATTTTATTA-TATAGTATTA
1 ATA-TTAAGAAT--TT-TATTAAATTATATAAGAATA-T-TTA
*
66689973 TATATTATG-ATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTA
1 -ATATTAAGAATTTTATTAAATT-ATATAAGAATATTTA
66690011 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATA
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATA
66690038 TTTTTATTAA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 22, Indels: 28
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
37 28 0.25
38 36 0.32
39 7 0.06
40 7 0.06
41 9 0.08
42 4 0.04
43 8 0.07
44 11 0.10
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (37 bp):
ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATAAGAATATTTA
Found at i:66689978 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 66689836--66690194 Score: 646
Period size: 120 Copynumber: 3.0 Consensus size: 120
66689826 ATTATTAATC
66689836 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
* *
66689901 TTTTATTACATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATTTTAAAT
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
*
66689956 TTTATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
66690021 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
* * ** *
66690076 TATATTTTATAGTATTATATATTATGATATTAGAAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAAAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
66690141 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAA
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAA
66690195 ATATGATAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 9, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 230 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (120 bp):
TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
Found at i:66698330 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 66698256--66698330 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 4.7 Consensus size: 16
66698246 ATAATATTAT
66698256 TTTAATAAATTTAATA
1 TTTAATAAATTTAATA
* *
66698272 TTAAATTTAATTTAATA
1 TTTAA-TAAATTTAATA
66698289 TTTATATAAA--TAATA
1 TTTA-ATAAATTTAATA
* *
66698304 TTTTATTAATTTAATA
1 TTTAATAAATTTAATA
66698320 -TTAATGAAATT
1 TTTAAT-AAATT
66698331 AATTCTAATC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 10
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.09
15 12 0.26
16 13 0.28
17 16 0.35
18 1 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.01, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTTAATAAATTTAATA
Found at i:66702083 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 66702065--66702094 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
66702055 AAGTTATAAA
66702065 AATTAAAAATGAAAT
1 AATTAAAAATGAAAT
*
66702080 AATTAAACATGAAAT
1 AATTAAAAATGAAAT
66702095 GGCTTAAAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.03, G:0.07, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAAAATGAAAT
Found at i:66711865 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 66711763--66711868 Score: 158
Period size: 41 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
66711753 ACTGGCAATT
* * **
66711763 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCCGAAATATTTCACCGGTGTCA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
66711804 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
* *
66711845 AGTCTGCTAGACATAAAGTCTGAA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
66711869 TTATCTCATT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 59 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
Found at i:66719435 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 66719336--66719438 Score: 170
Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41
66719326 AGCAATTAGT
* * *
66719336 CTGCTAGACGTAAAGTCCGAAATATTTCACCGGCGTCAAGC
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
*
66719377 TTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
66719418 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
66719439 TTATCTCATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 57 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
Found at i:66725663 original size:42 final size:40
Alignment explanation
Indices: 66725604--66725688 Score: 125
Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 40
66725594 ATCATTACTT
*
66725604 CTTTTTTCCTCTAATTTAAGAGTACAAAGAGACTTAGGAG
1 CTTTTTTCCTCTAATTTAAGAGTACAAAGAGACTTAAGAG
* *
66725644 CTTTCTTTCCCTCTAATTTACGAGTACATAGAGACTTAAGAG
1 CTTT-TTT-CCTCTAATTTAAGAGTACAAAGAGACTTAAGAG
66725686 CTT
1 CTT
66725689 ACCAGATTAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.10
41 3 0.08
42 33 0.82
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
CTTTTTTCCTCTAATTTAAGAGTACAAAGAGACTTAAGAG
Found at i:66735091 original size:35 final size:32
Alignment explanation
Indices: 66734903--66735149 Score: 129
Period size: 33 Copynumber: 7.4 Consensus size: 32
66734893 CAACTATTCA
* * *
66734903 GATGTAAGACCATAGTTGGACCATGGCAGTGTAT
1 GATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCA-T-TAT
* *
66734937 AAATGTAAGACCATAGCTAGGCTATGGCA-TACT
1 -GATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTA-T
* *
66734970 GATGATAAAACCATAGCTGGGCTATGGCATTCT
1 GATG-TAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTAT
* * * * *
66735003 GATGATAAGACCGTAACT-AGTTATGGCACTAT
1 GATG-TAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTAT
* * * *
66735035 GGACGTAAGACCATGGTTGGGCCATGGCAGTGTAT
1 -GATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCA-T-TAT
* * * * *
66735070 ACATGTAAGACCATAGCTGGGCTAAGACGTTCT
1 -GATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTAT
** * *
66735103 GATGATAAGACCATAAATGGGTTATGACATTATT
1 GATG-TAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTA-T
* *
66735137 AACGTAAGACCAT
1 GATGTAAGACCAT
66735150 GGCAGAGCCA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 44, Indels: 20
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 27 0.17
33 81 0.51
34 5 0.03
35 46 0.29
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (32 bp):
GATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTAT
Found at i:66735145 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 66734906--66735147 Score: 324
Period size: 133 Copynumber: 1.8 Consensus size: 133
66734896 CTATTCAGAT
* *
66734906 GTAAGACCATAGTTGGACCATGGCAGTGTATAAATGTAAGACCATAGCTAGGCTATGGCATACTG
1 GTAAGACCATAGTTGGACCATGGCAGTGTATAAATGTAAGACCATAGCTAGGCTAAGACATACTG
** * * *
66734971 ATGATAAAACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGATGATAAGACCGTAACTAGTTATGGCACTATG
66 ATGATAAAACCATAAATGGGCTATGACATTCTAACGATAAGACCGTAACTAGTTATGGCACTATG
66735036 GAC
131 GAC
* * * * * *
66735039 GTAAGACCATGGTTGGGCCATGGCAGTGTATACATGTAAGACCATAGCTGGGCTAAGACGTTCTG
1 GTAAGACCATAGTTGGACCATGGCAGTGTATAAATGTAAGACCATAGCTAGGCTAAGACATACTG
* * *
66735104 ATGATAAGACCATAAATGGGTTATGACATTATTAACG-TAAGACC
66 ATGATAAAACCATAAATGGGCTATGACATT-CTAACGATAAGACC
66735148 ATGGCAGAGC
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 16, Indels: 2
0.84 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 89 0.97
134 3 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (133 bp):
GTAAGACCATAGTTGGACCATGGCAGTGTATAAATGTAAGACCATAGCTAGGCTAAGACATACTG
ATGATAAAACCATAAATGGGCTATGACATTCTAACGATAAGACCGTAACTAGTTATGGCACTATG
GAC
Found at i:66740717 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66740676--66740720 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
66740666 GGCTATGGGA
*
66740676 ACGGGCATGTGGAGGGTCAC
1 ACGGGCATGTGGAGAGTCAC
*
66740696 ACGGGCATGTGGAATAGTCAC
1 ACGGGCATGTGG-AGAGTCAC
66740717 ACGG
1 ACGG
66740721 CAGTGTGCCC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.55
21 10 0.45
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.40, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
ACGGGCATGTGGAGAGTCAC
Found at i:66747760 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66747733--66747805 Score: 110
Period size: 19 Copynumber: 3.8 Consensus size: 19
66747723 AATCATATAT
66747733 TCTAAGATTGCATATCATA
1 TCTAAGATTGCATATCATA
* ** *
66747752 TCCAAGATTATATATCATC
1 TCTAAGATTGCATATCATA
66747771 TCTAAGATTGCATATCATA
1 TCTAAGATTGCATATCATA
66747790 TCTAAGATTGCATATC
1 TCTAAGATTGCATATC
66747806 CTCAAAAATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 46 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
TCTAAGATTGCATATCATA
Found at i:66748123 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 66748019--66748649 Score: 387
Period size: 44 Copynumber: 14.6 Consensus size: 43
66748009 CTTCAATCTA
*
66748019 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAGGACTTGCCATCTTCAGTCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTG-CATCTT-AGTCTG
* *
66748064 C-CTCACTGCAGCTTCA-GGAGGATAAGACTTGCTTCCTTAGTCTG
1 CTC-CACTGCAACTTCAGGGA-GATAAGACTTGCAT-CTTAGTCTG
* *
66748108 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTAG-ATGC-GA-TCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCAT-CTTAGTCTG
* * * * *
66748149 CT-CTCTGCAACTTCAGAGAGATAAGATCTGTG-ATTTTAATCCG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGA-CT-TGCATCTTAGTCTG
* * * *
66748192 CTCTACTGCAACTTCAGGGAGATAGGATTATCGGC-T-TTAATCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACT-T--GCATCTTAGTCTG
* *
66748236 CTCCACTGCAACTTTAGGGAGATAAGATTTGCCATCTTCAGTCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTG-CATCTT-AGTCTG
* *
66748281 C-CTCACTGTAACTTCA-GGAGGATAAGACTTGCTTACTTAGTCTTG
1 CTC-CACTGCAACTTCAGGGA-GATAAGACTTGCAT-CTTAGTC-TG
* * *
66748326 -TCCACCGCAACTTCAGGGAGATAAGACTAG-A--TGAGATCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCATCTTAG-TCTG
* * ** * * * *
66748366 CT-CTCTGTAACTTCAAAGAGATAAGA-TCTGTAATTTTAATCCG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACT-TG-CATCTTAGTCTG
* * *
66748409 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAGGA-TTGTCAGCTTTAATCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTG-CATC-TTAGTCTG
* *
66748453 CTCCACTGCAACTTCAGGAAGATAAGATTTGCCATCTTCAGTCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTG-CATCTT-AGTCTG
* *
66748498 C-CTCACTGTAACTTCA-GGAGGATAAGACTTGCTTACTTAGTCTTG
1 CTC-CACTGCAACTTCAGGGA-GATAAGACTTGCAT-CTTAGTC-TG
* * *
66748543 -TCCACCGCAACTTCAGGGAGATAAGACTAG-ATGC-GA-TCTG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCAT-CTTAGTCTG
* * * * * * *
66748583 CT-CTCTGTAACTTCAGAGAGATAAGA-TCTGTAATTTTAATCCG
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACT-TG-CATCTTAGTCTG
66748626 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATA
1 CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATA
66748650 GGATTGTCGN
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 78, Indels: 95
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.00
40 70 0.15
41 15 0.03
42 11 0.02
43 27 0.06
44 225 0.49
45 111 0.24
ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (43 bp):
CTCCACTGCAACTTCAGGGAGATAAGACTTGCATCTTAGTCTG
Done.