Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 96304692
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 2448173 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 313 of 313
Found at i:96292540 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 96292523--96292600 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 6.8 Consensus size: 12
96292513 AACTAATCCT
96292523 CTCTCAAATTTC
1 CTCTCAAATTTC
*
96292535 CTCTC-AATTTT
1 CTCTCAAATTTC
* *
96292546 TTTTCTAAATTTC
1 CTCTC-AAATTTC
*
96292559 CTCTC-AATTTG
1 CTCTCAAATTTC
96292570 CTCTCAAA-TTC
1 CTCTCAAATTTC
96292581 CT-TCAAAATTT-
1 CTCTC-AAATTTC
96292592 CTCTCAAAT
1 CTCTCAAAT
96292601 CCATATTTAT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 13
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.04
11 31 0.60
12 11 0.21
13 8 0.15
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (12 bp):
CTCTCAAATTTC
Found at i:96292626 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 96292562--96292659 Score: 126
Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51
96292552 AAATTTCCTC
* *
96292562 TCAATTTGCTCTCAAATTCCT-TCAAAATTTCTCTCAAATCCATATTTATTT
1 TCAATTTACTCTCAAATTCCTCT-AAAATATCTCTCAAATCCATATTTATTT
* * * *
96292613 TCAATTTACTCTCAAGTTCCTCTTAAATATCTCTTAAATCCCTATTT
1 TCAATTTACTCTCAAATTCCTCTAAAATATCTCTCAAATCCATATTT
96292660 TTAAATAATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 39 0.98
52 1 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (51 bp):
TCAATTTACTCTCAAATTCCTCTAAAATATCTCTCAAATCCATATTTATTT
Found at i:96294461 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 96294434--96294473 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
96294424 CATGTGCGTT
* *
96294434 TCCTATCCCTTTTATGTA
1 TCCTAACCCTTATATGTA
*
96294452 TCCTAACCCTTATATGTT
1 TCCTAACCCTTATATGTA
96294470 TCCT
1 TCCT
96294474 TTTTCGAGTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TCCTAACCCTTATATGTA
Found at i:96294994 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 96294969--96295574 Score: 677
Period size: 22 Copynumber: 28.0 Consensus size: 22
96294959 TTTAATTGAC
* *
96294969 AAACCTTAAACCCTTAACCTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96294991 AAACTCT-AACCCTTAAAC-TAA
1 AAACCCTAAACCCTT-AACTTAA
* *
96295012 AAACCCTAAACCTTTAACCTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295034 AAACTCTAAACCCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* * *
96295056 AAACCTTAACCCCTTAACCT-A
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295077 AAACCCT-AACCATTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295098 AAACCATAAACCCTTAATTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295120 GAACCCT-AACCCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295141 AAACCCTAAACCCTTAAATTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
96295163 AAACCCTAAACCCTTAACTT-A
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295184 AAACCCATAAACCCTTAACCTAA
1 AAACCC-TAAACCCTTAACTTAA
*
96295207 AAACCCT-AACCCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
** * *
96295228 AAACTTTAAACTCTTAATTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295250 AAACCCTAAACCATTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295272 AAGCCCT-AACCCATTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCC-TTAACTTAA
*
96295294 AAACCCT-AACCTTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
96295315 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295337 AAACCCT-AACTCTTTAAATTAA
1 AAACCCTAAAC-CCTTAACTTAA
*
96295359 AAACCCT-AACCCTTAACTCAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295380 AAACCCTAAACCCTAAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295402 AAACCCT-AACTCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295423 AAACCCTAAACCTTTAAATTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295445 AAACCCTAAACCCTTAAATT-A
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295466 AAACCCATAAACCCTTAACATAA
1 AAACCC-TAAACCCTTAACTTAA
*
96295489 AAACCCT-AACTCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* * *
96295510 AAA-CTTTAACCCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
* *
96295531 AAACCCTAAACTCTTAAATTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
*
96295553 AAATCCT-AACCCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
96295574 A
1 A
96295575 TATAATTTGA
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 75, Indels: 37
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.02
21 181 0.37
22 285 0.58
23 14 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.29, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
AAACCCTAAACCCTTAACTTAA
Found at i:96295028 original size:65 final size:67
Alignment explanation
Indices: 96294969--96295574 Score: 623
Period size: 65 Copynumber: 9.3 Consensus size: 67
96294959 TTTAATTGAC
* * * *
96294969 AAACCTTAAACCCTTAACCTAAAAACTCT-AACCCTTAAAC-TAAAAACCCTAAACCTTTAACCT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACTT
96295032 AA
66 AA
* * * * *
96295034 AAACTCTAAACCCTTAACTTAAAAACCTTAACCCCTT-AACCT-AAAACCCT-AACCATTAACTT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACTT
*
96295096 TA
66 AA
* * * * * *
96295098 AAACCATAAACCCTTAATTTAAGAACCCT-AACCCTT-AACTTTAAAACCCTAAACCCTTAAATT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACTT
96295161 AA
66 AA
* *
96295163 AAACCCTAAACCCTTAACTT-AAAACCCATAAACCCTT-AACCTAAAAACCCT-AACCCTTAACT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCC-TAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACT
*
96295225 TTA
65 TAA
** * * * * * *
96295228 AAACTTTAAACTCTTAATTTAAAAACCCTAAACCATT-AACTTAAAAGCCCTAACCCATTAACTT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACTT
96295292 AA
66 AA
* *
96295294 AAACCCT-AACCTTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTT-AACTTAAAAACCCT-AACTCTTTAAAT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAAC-CTTTAACT
96295356 TAA
65 TAA
*
96295359 AAACCCT-AACCCTTAACTCAAAAACCCTAAACCC-TAAACTTAAAAACCCT-AA-CTCTTAACT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCT-TTAACT
*
96295420 TTA
65 TAA
* * * *
96295423 AAACCCTAAACCTTTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAAA-TT-AAAACCCATAAACCCTTAACA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCC-TAAACCTTTAACT
96295486 TAA
65 TAA
* * * * *
96295489 AAACCCT-AACTCTTAACTTAAAAA-CTTTAACCCTT-AACTTTAAAACCCTAAA-CTCTTAAAT
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCT-TTAACT
96295550 TAA
65 TAA
*
96295553 AAATCCT-AACCCTTAACTTAAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAA
96295575 TATAATTTGA
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 66, Indels: 39
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
63 15 0.03
64 115 0.25
65 256 0.56
66 69 0.15
67 1 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.29, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (67 bp):
AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAACCCTTAAACTTAAAAACCCTAAACCTTTAACTT
AA
Found at i:96295030 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 96294969--96295574 Score: 679
Period size: 43 Copynumber: 14.0 Consensus size: 43
96294959 TTTAATTGAC
* * *
96294969 AAACCTTAAACCCTTAACCTAAAAACTCTAACCCTTAAAC-TAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTT-AACTTAA
* * *
96295012 AAACCCTAAACCTTTAACCTAAAAACTCTAAACCCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAA
* * * * *
96295056 AAACCTTAACCCCTTAACCT-AAAACCCTAACCATTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
* * * *
96295098 AAACCATAAACCCTTAATTTAAGAACCCTAACCCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
*
96295141 AAACCCTAAACCCTTAAATTAAAAACCCTAAACCCTTAACTT-A
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAA
* *
96295184 AAACCCATAAACCCTTAACCTAAAAACCCTAACCCTTAACTTTA
1 AAACCC-TAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
** * * *
96295228 AAACTTTAAACTCTTAATTTAAAAACCCTAAACCATTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAA
* *
96295272 AAGCCCT-AACCCATTAACTTAAAAACCCTAACCTTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCC-TTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
* *
96295315 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACTCTTTAAATTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAAC-CCTTAACTTAA
* *
96295359 AAACCCT-AACCCTTAACTCAAAAACCCTAAACCCTAAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAA
* * * *
96295402 AAACCCT-AACTCTTAACTTTAAAACCCTAAACCTTTAAATTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCT-AACCCTTAACTTAA
* *
96295445 AAACCCTAAACCCTTAAATT-AAAACCCATAAACCCTTAACATAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCC-T-AACCCTTAACTTAA
* ** *
96295489 AAACCCT-AACTCTTAACTTAAAAACTTTAACCCTTAACTTTA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
* * *
96295531 AAACCCTAAACTCTTAAATTAAAAATCCTAACCCTTAACTTAA
1 AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
96295574 A
1 A
96295575 TATAATTTGA
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 60, Indels: 30
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 47 0.10
43 285 0.58
44 156 0.32
ACGTcount: A:0.45, C:0.29, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
AAACCCTAAACCCTTAACTTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAA
Found at i:96299089 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 96298741--96299307 Score: 658
Period size: 125 Copynumber: 4.5 Consensus size: 125
96298731 CCTAAACATG
* *
96298741 CTACTGTAGCAAAAGCACGTCCACATGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
* * * * *
96298806 TAGAAGCGA--TTTCATACTATTTACTCAGAAACGTCAAGTCAAAATTATTTTTCCAGGAC
66 TTGAAGC-ATTTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGAC
* * * * * ** **
96298865 CTACTGTCGTAAAAGCGCGTCTACGAGGGTGCAATTTCACAAATTCTTCTCA-AATAGCAAGCTG
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAA-AGCATCCTG
* * * * * * *
96298929 TTTGCAGCGTTGTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTTCAGGAC
65 CTTGAAGCATT-TTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGAC
* * * * *
96298991 CTACTGT-GCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGCGACTTCACAAATTATTCTTATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
*
96299055 TTGAAGCATTTTTTTAAACTATTTGCTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTCTTCCAGGAC
66 TTGAAGCA-TTTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTT-TTCCAGGAC
* * * *
96299117 CAACTGTAGCAAAAGCGCGTCCATGAGGGCATGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
* * *
96299182 TTGAAGCATTTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAAGTCGAAATTATTTTTCCAAGAC
66 TTGAAGCATTTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGAC
* * * ** * * *
96299242 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTACACGTGGGCGTGACTTCA-AAAACCTTCTGATAAATCATCTTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
96299306 TT
66 TT
96299308 TGATTTTATC
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 61, Indels: 16
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
123 2 0.01
124 77 0.21
125 127 0.34
126 111 0.30
127 57 0.15
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
TTGAAGCATTTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGAC
Found at i:96299280 original size:252 final size:249
Alignment explanation
Indices: 96298741--96299280 Score: 694
Period size: 252 Copynumber: 2.2 Consensus size: 249
96298731 CCTAAACATG
** * * *
96298741 CTACTGTAGCAAAAGCACGTCCACATGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGTGACTTCACAAATTATTCTCATAAAGCATCCTGC
* * * *
96298806 TAGAAGCGATTTCATACTATTTACTCAGAAACGTCAAGTCAAAATTATTTTTCCAGGACCTACTG
66 TAGAAGCGATTTCAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGACCAACTG
* * * * * *
96298871 TCGTAAAAGCGCGTCTACGAGGGTGCAATTTCACAAATTCTTCTCAAATAGCAAGCTGTTTGCAG
131 TAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGTG-AATTTCACAAATTCTTCTCAAATAGCAACCTGCTTGAAG
* * * * * *
96298936 CGTTGTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTTCAGGAC
195 CATTGTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAAGAC
* *
96298991 CTACTGT-GCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGCGACTTCACAAATTATTCTTATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGTGACTTCACAAATTATTCTCATAAAGCATCCTGC
* * *
96299055 TTGAAGC-ATTTTTTTAAACTATTTGCTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTCTTCCAGGACCA
66 TAGAAGCGA---TTTCAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTT-TTCCAGGACCA
* *
96299119 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCATGAGGGCATG-ATTTCACAAATTCTTCTCATAA-AGCATCCTGC
127 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGG--TGAATTTCACAAATTCTTCTCA-AATAGCAACCTGC
* *
96299182 TTGAAGCATT-TTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAAGTCGAAATTATTTTTCCAAGAC
189 TTGAAGCATTGTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAAGAC
*
96299242 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTACACGTGGGCGTGACTTCA
1 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGTGACTTCA
96299281 AAAACCTTCT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 32, Indels: 14
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
248 1 0.00
249 56 0.22
250 7 0.03
251 86 0.34
252 96 0.38
253 2 0.01
254 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (249 bp):
CTACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCGTGACTTCACAAATTATTCTCATAAAGCATCCTGC
TAGAAGCGATTTCAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAGGACCAACTG
TAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGTGAATTTCACAAATTCTTCTCAAATAGCAACCTGCTTGAAGC
ATTGTTTTAAACTATTTACTCAAAAACGTCAACTCAAAATTATTTTTCCAAGAC
Done.