genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold2167.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287528

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1413--2416	39	25.6	39	98	0	1927	25	30	25	18	1.98
6834--6877	18	2.3	20	81	18	58	31	15	0	52	1.44
10440--10573	65	2.0	66	90	8	209	29	26	5	38	1.78
16362--16436	32	2.3	33	86	4	116	28	6	9	56	1.56
22295--22321	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22372--22400	14	2.1	14	100	0	58	48	6	0	44	1.29
22416--22529	61	1.9	59	85	7	160	46	16	13	23	1.82
25412--25436	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
25990--26167	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25991--26146	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25987--26167	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26072--26178	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
28638--28679	20	2.1	20	100	0	84	33	14	9	42	1.78
30108--30364	132	1.9	132	84	0	343	35	19	18	26	1.95
30747--30783	14	2.6	14	95	0	65	48	0	27	24	1.51
34237--34344	26	4.2	26	91	0	180	35	25	7	32	1.84
51126--51300	70	2.5	69	85	2	217	28	14	22	33	1.94
51318--51655	76	4.5	74	86	4	430	31	14	20	32	1.93
52066--52263	73	2.7	72	88	5	281	32	17	17	32	1.94
52948--53008	23	2.7	23	80	10	72	39	37	6	16	1.75
58049--58156	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
66411--66446	16	2.2	16	90	0	54	55	0	11	33	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68613--68666	21	2.6	19	76	18	63	53	9	3	33	1.50
68862--68901	21	1.9	21	94	0	71	70	0	2	27	1.01
68898--68954	24	2.4	24	80	11	64	50	5	7	36	1.52
69101--69143	23	1.9	22	90	4	68	48	0	11	39	1.40
69176--69210	14	2.6	13	86	8	52	60	2	0	37	1.12
69328--69381	23	2.3	24	87	9	76	53	11	0	35	1.36
69328--69372	21	2.1	21	88	12	65	53	11	0	35	1.37
71051--71454	88	4.6	88	80	7	403	37	19	15	27	1.92
71348--71382	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
71373--71820	73	6.1	73	88	2	668	32	22	15	29	1.95
71362--72069	146	4.6	147	81	12	845	33	21	15	29	1.95
71373--72069	219	3.0	218	85	10	930	33	21	15	29	1.95
71732--71996	88	3.0	88	87	2	388	36	18	16	27	1.93
71889--71923	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
71914--72069	73	2.1	73	95	2	278	32	22	14	30	1.94
72054--72083	14	2.1	14	93	0	51	70	6	6	16	1.31
71820--72137	160	2.0	161	88	4	482	33	21	16	28	1.95
71981--72154	87	2.0	87	87	4	255	37	20	14	27	1.91
81843--81889	18	2.7	17	78	12	51	27	8	21	42	1.81
81843--81889	17	2.7	18	75	18	55	27	8	21	42	1.81
83101--83162	26	2.3	28	86	8	85	62	4	3	29	1.31
83238--83311	27	2.7	29	80	18	86	67	2	1	28	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83367--83437	25	2.8	24	72	18	63	60	1	8	29	1.35
83340--83426	25	3.5	24	77	11	68	56	1	12	29	1.44
85214--85848	317	2.0	318	99	0	1254	33	15	20	30	1.94
86255--86299	21	2.1	22	84	12	58	35	0	11	53	1.37
86223--86304	32	2.6	31	78	17	80	34	0	10	54	1.35
86246--86299	23	2.3	24	87	9	76	35	0	11	53	1.36
86417--86451	14	2.6	13	86	8	52	37	0	2	60	1.12
86484--86526	23	1.9	22	90	4	68	39	11	0	48	1.40
86726--86765	21	1.9	21	94	0	71	27	2	0	70	1.01
86961--87013	21	2.5	20	77	16	63	33	3	9	52	1.52
94368--94420	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
95690--95937	54	4.6	54	99	0	487	26	18	23	31	1.98
96016--96129	59	1.9	59	94	0	201	42	17	9	29	1.81
102645--103541	54	16.6	54	99	0	1785	27	18	22	31	1.97
116761--116826	31	2.2	31	86	2	89	45	12	4	37	1.62
118839--118869	16	1.9	16	100	0	62	41	19	12	25	1.87
127589--127652	6	11.3	6	80	12	66	14	1	0	84	0.70
127599--127647	8	6.2	8	81	13	66	12	2	0	85	0.68
127589--127647	23	2.6	23	84	10	86	13	1	0	84	0.69
127589--127652	28	2.3	29	84	10	80	14	1	0	84	0.70
127589--127653	16	4.3	15	81	13	80	15	1	0	83	0.73
128610--128822	118	1.8	118	94	0	381	22	16	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132194--132344	42	3.6	39	78	13	142	17	19	18	43	1.88
134618--134660	22	2.0	22	86	8	63	58	4	6	30	1.45
134852--134926	19	4.3	18	76	10	75	60	1	4	34	1.24
140501--140534	17	2.0	17	88	0	50	32	8	11	47	1.71
145672--145775	3	34.7	3	71	11	52	28	6	0	63	1.26
145705--145819	27	4.3	25	73	16	88	26	5	2	66	1.26
145970--146020	18	2.8	18	82	11	59	29	15	3	50	1.62
146427--146674	133	1.9	134	86	4	360	34	16	16	33	1.91
148454--148542	46	1.9	46	97	0	169	41	8	10	39	1.70
150396--150438	18	2.3	18	88	11	61	37	13	25	23	1.92
153070--153112	21	2.0	21	100	0	86	13	32	9	44	1.76
154491--154530	3	13.3	3	83	0	53	65	0	2	32	1.06
154482--154512	12	2.6	12	94	0	53	61	3	6	29	1.37
155625--155655	16	1.9	16	93	0	53	74	0	25	0	0.82
156035--156185	77	2.0	77	92	5	252	34	14	19	31	1.92
162900--163019	60	2.0	60	95	0	213	40	25	5	29	1.76
163873--163982	56	2.0	56	92	0	184	42	10	8	39	1.68
166076--166136	31	2.0	31	83	6	79	40	4	9	44	1.59
167128--167173	23	2.0	23	82	0	56	69	2	17	10	1.27
167499--167563	21	3.0	21	84	4	85	27	1	1	69	1.07
173011--173048	6	6.5	6	87	3	51	2	21	31	44	1.66
172991--173057	27	2.5	27	80	9	75	4	17	32	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173026--173065	15	2.7	15	84	0	53	7	22	32	37	1.82
173665--173722	30	1.9	30	89	0	89	50	10	10	29	1.70
174727--174900	15	12.0	14	79	3	113	0	17	34	47	1.48
174740--174894	6	25.3	6	80	3	175	0	17	33	49	1.47
174755--174906	9	17.6	9	77	8	127	0	15	33	50	1.45
174755--174906	21	7.2	21	86	0	187	0	15	33	50	1.45
174944--175002	6	9.8	6	84	0	55	5	15	35	44	1.68
174950--175010	9	6.8	9	73	0	50	4	16	34	44	1.69
174944--175010	12	5.8	12	75	6	50	4	16	34	44	1.68
180565--180655	31	3.0	30	79	4	101	41	12	12	34	1.79
190860--190897	19	2.0	19	85	10	51	50	7	13	28	1.69
191643--191676	15	2.3	15	89	0	50	52	2	14	29	1.56
195298--195339	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
207004--207057	27	2.0	27	100	0	108	33	14	18	33	1.92
211673--211734	29	2.1	29	88	5	90	54	3	4	37	1.38
215564--215592	14	2.1	14	100	0	58	79	0	6	13	0.93
223062--223099	19	2.0	19	85	10	51	18	13	13	55	1.69
224782--224838	9	6.3	9	78	8	62	24	22	33	19	1.97
225810--225839	9	3.3	9	100	0	60	90	10	0	0	0.47
230701--230747	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
237286--237333	25	1.9	25	82	0	60	56	0	6	37	1.25
247771--247827	30	1.9	30	88	0	87	49	14	8	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252865--253000	53	2.8	48	75	11	134	25	16	27	30	1.96
253876--253993	59	2.0	59	98	0	227	45	0	19	34	1.51
253883--253975	28	3.2	28	62	14	71	45	0	18	36	1.50
256970--256994	3	8.3	3	100	0	50	36	32	32	0	1.58
257120--257154	6	5.8	6	86	0	52	31	0	54	14	1.40
257727--257768	21	2.0	21	95	0	75	11	23	14	50	1.76
264395--264447	26	2.1	24	83	16	63	73	1	0	24	0.93
265918--265954	16	2.3	16	90	0	56	54	0	5	40	1.24
279324--279365	21	1.9	23	90	9	70	19	0	11	69	1.19
280134--280171	20	1.9	20	94	0	67	39	7	10	42	1.69

Tables:   1   2