Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 91122320
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 2661692 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 110 of 279
Found at i:34833847 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 34833804--34833864 Score: 113
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
34833794 CAAGTAGCCG
34833804 AAGCTAGTTAAATCGCACACTTAGTGCCA
1 AAGCTAGTTAAATCGCACACTTAGTGCCA
34833833 AAGCTAGTTTAAATCGCACACTTAGTGCCA
1 AAGCTAG-TTAAATCGCACACTTAGTGCCA
34833863 AA
1 AA
34833865 ACTTCCAACT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 7 0.23
30 24 0.77
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
AAGCTAGTTAAATCGCACACTTAGTGCCA
Found at i:34837523 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 34837500--34837536 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
34837490 TTTATTTAAC
*
34837500 TAAT-ATAATA
1 TAATAATAAAA
34837510 TAATAATAAAA
1 TAATAATAAAA
34837521 TAATAATAAAA
1 TAATAATAAAA
34837532 TAATA
1 TAATA
34837537 TTTACTTAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.16
11 21 0.84
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (11 bp):
TAATAATAAAA
Found at i:34841932 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 34841889--34841945 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
34841879 TATAAATCGT
*
34841889 AATCCAAGTTTTATGTA-TATAATTACACTA
1 AATCAAAGTTTTATGTATTA-AATTACACTA
34841919 AATCAAAG-TTTATGTATTAAATTACAC
1 AATCAAAGTTTTATGTATTAAATTACAC
34841946 ATGAAAATAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.64
30 9 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
AATCAAAGTTTTATGTATTAAATTACACTA
Found at i:34842057 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34842017--34842056 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
34842007 AAATTTAAAT
34842017 ACATTAATTATATATGTTTTCG
1 ACATTAATTATATATGTTTTCG
34842039 ACATTAA-TATAT-TGTTTT
1 ACATTAATTATATATGTTTT
34842057 TATGTAAAGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.33
21 5 0.28
22 7 0.39
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
ACATTAATTATATATGTTTTCG
Found at i:34850060 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34850031--34850085 Score: 65
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
34850021 TATTATAATT
34850031 TTTATATGTTAGATTAAAAAGTAAA
1 TTTAT-TGTTAGATTAAAAAGTAAA
* ** *
34850056 TTTATTTTTTTATTAAAAAGTACA
1 TTTATTGTTAGATTAAAAAGTAAA
34850080 TTTATT
1 TTTATT
34850086 TTTATTGTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.81
25 5 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (24 bp):
TTTATTGTTAGATTAAAAAGTAAA
Found at i:34850071 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34850043--34850098 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
34850033 TATATGTTAG
34850043 ATTAAAAAGTAAATTTATTTTT-TT
1 ATTAAAAAGTAAATTTATTTTTATT
*
34850067 ATTAAAAAGTACATTTATTTTTATT
1 ATTAAAAAGTAAATTTATTTTTATT
*
34850092 GTTAAAA
1 ATTAAAA
34850099 GTTGGTCCAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.72
25 8 0.28
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
ATTAAAAAGTAAATTTATTTTTATT
Found at i:34850530 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 34850509--34850543 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
34850499 TTATTTTTTA
*
34850509 AAAAATAAATTTAATTAT
1 AAAAATAAATATAATTAT
*
34850527 AAAAATATATATAATTA
1 AAAAATAAATATAATTA
34850544 ATAATTTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAAAATAAATATAATTAT
Found at i:34852405 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34852359--34852405 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
34852349 TTATAAACCC
**
34852359 TAAAAAATTTAATCTAAAAAA
1 TAAAAAATAAAATCTAAAAAA
*
34852380 T-AAAAATAAAAT-TAAAAAT
1 TAAAAAATAAAATCTAAAAAA
34852399 TAAAAAA
1 TAAAAAA
34852406 GCTGAAAACT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.32
20 14 0.64
21 1 0.05
ACGTcount: A:0.72, C:0.02, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
TAAAAAATAAAATCTAAAAAA
Found at i:34860008 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 34859929--34860008 Score: 81
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
34859919 TAAAATAATT
34859929 ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
1 ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
* * * * *
34859964 ATCGTAATATATAGTTTATAAGTA-ATTGATTAATAAA
1 AT-ATAATATATAATATAAAAGTATATGGATT--TAAA
34860001 ATATAATA
1 ATATAATA
34860009 GTTAAGGATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 5
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.22
36 22 0.61
37 6 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
Found at i:34860109 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34860078--34860112 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
34860068 TAATACATGA
34860078 AATAATATATGAAAAGT
1 AATAATATATGAAAAGT
34860095 AATAATATA-GAAAAGT
1 AATAATATATGAAAAGT
34860111 AA
1 AA
34860113 AACAATTTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
17 9 0.50
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
AATAATATATGAAAAGT
Found at i:34862272 original size:206 final size:207
Alignment explanation
Indices: 34861916--34863083 Score: 1603
Period size: 206 Copynumber: 5.7 Consensus size: 207
34861906 AAATCTGCTT
* * *
34861916 CTTCGATTTGTTTTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCA---T--ATTTACTTCAGCGTAAGCAC
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
* * * * * * *
34861976 GCGAAAACCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGCTCCTTGTAAGCACAAGGATACCAAACCATATT
66 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCTT
* * * * * *
34862041 TGATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGTTAGATCTGCTATGTGTCTACCT-TCCGTCGAATAT
131 GGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTAGCTCTCCGTCGAATAT
*
34862105 GGAGACGCAAAA
196 GGAGATGCAAAA
*
34862117 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAAAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
* * * *
34862182 GTGAAGGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACGACGATGCCAAATCATATT
66 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCTT
*
34862247 GGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTA-CTCTCCGTCAAATAT
131 GGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTAGCTCTCCGTCGAATAT
*
34862311 GGAGATGCCAAA
196 GGAGATGCAAAA
* *
34862323 CTTCGATTTGTTCTTTGACAATACAGAGATGCCGAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
*
34862388 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGAT-TTTGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCT
66 GTGAAAGCCAAATCAGCTATG-TCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCT
* * * *
34862452 TGGATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTCT-GCTCTCCGTCGAATA
130 TGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTAGCTCTCCGTCGAATA
* *
34862516 TAGAGATGC-AGA
195 TGGAGATGCAAAA
* * * *
34862528 CTTCAATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGCAAACAT
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
** * * *
34862593 GTGAAAGCCAAATTGGCTATGTCTTTGATTTGTTTCTTGTAAACACAAAGATGCCAAATCATCTT
66 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCTT
* *
34862658 GGATCTGTTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCT-GCTCTCCATCGAATAT
131 GGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTAGCTCTCCGTCGAATAT
34862722 GGAGATGCCAAAA
196 GGAGATG-CAAAA
* * * * *
34862735 -TTTGATTTGTTCTCTAACAGTACAGAGATGCCAAATTATCTAAGATTTGCTTCATCGTGAA-CA
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGT-AAGCA
* * * *
34862798 CGTGAAAGCCAAATCAGCTATATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACGAGGATGCCAAACCATCT
65 CGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCT
* * * *
34862863 TGGATCTACTTCAGTATAAACATCTGAAGACCAAATCTGCTATGTA-C-ATGCTCTCCGTCGAAT
130 TGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTA-GCTCTCCGTCGAAT
*
34862926 ATGGAGATGCCAAA
194 ATGGAGATGCAAAA
* * *
34862940 CTTCGATTTATTCTCTAACAATACAGAAATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
1 CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
* *
34863005 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGATACCAAA-CTATCT
66 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATC-ATCT
34863069 TGGATCTTGCTTCAG
130 TGGATC-TGCTTCAG
34863084 CCAGATCTAT
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 88, Indels: 30
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
201 37 0.04
204 2 0.00
205 194 0.23
206 616 0.72
207 12 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (207 bp):
CTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
GTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCTT
GGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTAGCTCTCCGTCGAATAT
GGAGATGCAAAA
Found at i:34862730 original size:411 final size:409
Alignment explanation
Indices: 34861916--34863083 Score: 1663
Period size: 411 Copynumber: 2.8 Consensus size: 409
34861906 AAATCTGCTT
* * * *
34861916 CTTCGATTTGTT-TTCTGACAATACAGAGATGCCAA-ATC-ATATTTACTTCAGCGTAAGCACGC
1 CTTCGATTTGTTCTT-TGACAATACAGAGATGCCAATATCTAGATTTGCTTCATCGTAAGCACGT
* * * * *
34861978 GAAAACCAAATCAGCTATG-TCTTCGATTTGCTCCTTGTAAGCACAAGGATACCAAACCATATTT
65 GAAAGCCAAATCAGCTATGATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGATGCCAAACCATCTTG
** *
34862042 GATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGTTAGATCTGCTATGTGTCTAC-CTTCCGTCGAATATG
130 GATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTCTGCTC-TCCGTCGAATATG
* *
34862106 GAGACGCAAAACTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAAAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTC
194 GAGATGC-AAACTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTC
* * *
34862171 ATCGTAAGCACGTGAAGGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACGACGATGC
258 ATCGTAAGCACGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAAGATGC
*
34862236 CAAATCATATTGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTACTCTC
323 CAAATCATCTTGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTACTCTC
*
34862301 CGTCAAATATGGAGATGCCAAA
388 CATCAAATATGGAGATGCCAAA
34862323 CTTCGATTTGTTCTTTGACAATACAGAGATGCCGAATCATCTTAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
1 CTTCGATTTGTTCTTTGACAATACAGAGATGCC-AAT-ATC-TAGATTTGCTTCATCGTAAGCAC
* * *
34862388 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGAT-TTTGATTTGTTCCTTGTAAACACAAGGATGCCAAATCATCT
63 GTGAAAGCCAAATCAGCTATGATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGATGCCAAACCATCT
34862452 TGGATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTCTGCTCTCCGTCGAATAT
128 TGGATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTCTGCTCTCCGTCGAATAT
* * *
34862517 AGAGATGCAGACTTCAATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTC
193 GGAGATGCAAACTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTC
* * * ** * *
34862582 ATCGCAAACATGTGAAAGCCAAATTGGCTATGTCTTTGATTTGTTTCTTGTAAACACAAAGATGC
258 ATCGTAAGCACGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAAGATGC
* *
34862647 CAAATCATCTTGGATCTGTTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTGCTCTC
323 CAAATCATCTTGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTACTCTC
*
34862712 CATCGAATATGGAGATGCCAAA
388 CATCAAATATGGAGATGCCAAA
* * * * *
34862734 ATTTGATTTGTTCTCTAACAGTACAGAGATGCCAAATTATCTAAGATTTGCTTCATCGTGAA-CA
1 CTTCGATTTGTTCTTTGACAATACAGAGATGCC-AA-TATCT-AGATTTGCTTCATCGT-AAGCA
*
34862798 CGTGAAAGCCAAATCAGCTAT-ATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACGAGGATGCCAAACCATC
62 CGTGAAAGCCAAATCAGCTATGATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGATGCCAAACCATC
* * * * * *
34862862 TTGGATCTACTTCAGTATAAACATCTGAAGACCAAATCTGCTATGT-ACATGCTCTCCGTCGAAT
127 TTGGATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTC-TGCTCTCCGTCGAAT
* * *
34862926 ATGGAGATGCCAAACTTCGATTTATTCTCTAACAATACAGAAATGCCAAATCATCTTAGATTTGC
191 ATGGAGATG-CAAACTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGC
* *
34862991 TTCATCGTAAGCACGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGA
255 TTCATCGTAAGCACGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAAGA
*
34863056 TACCAAA-CTATCTTGGATCTTGCTTCAG
320 TGCCAAATC-ATCTTGGATC-TGCTTCAG
34863084 CCAGATCTAT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 68, Indels: 26
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
407 30 0.04
408 4 0.01
410 7 0.01
411 364 0.54
412 263 0.39
413 9 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (409 bp):
CTTCGATTTGTTCTTTGACAATACAGAGATGCCAATATCTAGATTTGCTTCATCGTAAGCACGTG
AAAGCCAAATCAGCTATGATCTTCGATTTGTTCCTTGTAAGCACAAGGATGCCAAACCATCTTGG
ATCTGCTTCAGTCTAATCATCTGAAGGCCAGATCTGCTATGTGTCTGCTCTCCGTCGAATATGGA
GATGCAAACTTCGATTTGTTCTCTGACAATACAGAGATGCCAAATCATCTTAGATTTGCTTCATC
GTAAGCACGTGAAAGCCAAATCAGCTATGTCTTCGATTTGTTCCTTGTAAACACAAAGATGCCAA
ATCATCTTGGATCTGCTTCAGTATAAACATCTGAAGGCTAGATCTGCTATGTATCTACTCTCCAT
CAAATATGGAGATGCCAAA
Found at i:34875030 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 34874951--34875030 Score: 81
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
34874941 TAAAATAATT
34874951 ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
1 ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
* * * * *
34874986 ATCGTAATATATAGTTTATAAGTA-ATTGATTAATAAA
1 AT-ATAATATATAATATAAAAGTATATGGATT--TAAA
34875023 ATATAATA
1 ATATAATA
34875031 GTTAAGGATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 5
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.22
36 22 0.61
37 6 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ATATAATATATAATATAAAAGTATATGGATTTAAA
Found at i:34875131 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34875100--34875134 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
34875090 TAATACATGA
34875100 AATAATATATGAAAAGT
1 AATAATATATGAAAAGT
34875117 AATAATATA-GAAAAGT
1 AATAATATATGAAAAGT
34875133 AA
1 AA
34875135 AACAATTTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
17 9 0.50
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (17 bp):
AATAATATATGAAAAGT
Found at i:34880607 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34880565--34880607 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
34880555 ATTTTCGTTA
*
34880565 ATATTTATATTGTATTATTAT
1 ATATTTATATTGTATTAATAT
*
34880586 ATATTTA-ATTTTATGTAATAT
1 ATATTTATATTGTAT-TAATAT
34880607 A
1 A
34880608 AAATCACATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.32
21 13 0.68
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.05, T:0.58
Consensus pattern (21 bp):
ATATTTATATTGTATTAATAT
Found at i:34880737 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 34880721--34880745 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
34880711 TTTTAAGCGA
34880721 TTTTGTTTTTT
1 TTTTGTTTTTT
34880732 TTTTGTTTTTT
1 TTTTGTTTTTT
34880743 TTT
1 TTT
34880746 CCTTAAGTTC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.08, T:0.92
Consensus pattern (11 bp):
TTTTGTTTTTT
Found at i:34884385 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34884336--34884385 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
34884326 AAAATTTGAT
34884336 TAAAAATTAAAAAAATAGAAA
1 TAAAAATTAAAAAAATAGAAA
* *
34884357 CAAAATATTAAAATAA-A-AAA
1 TAAAA-ATTAAAAAAATAGAAA
34884377 TAAAAATTA
1 TAAAAATTA
34884386 CCTCCTAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.16
20 7 0.28
21 5 0.20
22 9 0.36
ACGTcount: A:0.74, C:0.02, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
TAAAAATTAAAAAAATAGAAA
Found at i:34889681 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 34889666--34889698 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 3.3 Consensus size: 10
34889656 GGCTAATGAG
*
34889666 AATGAAGAAA
1 AATGAAGAGA
34889676 AATGAAGAGA
1 AATGAAGAGA
34889686 AATGAAGAGA
1 AATGAAGAGA
34889696 AAT
1 AAT
34889699 CTAAATATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 22 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.24, T:0.12
Consensus pattern (10 bp):
AATGAAGAGA
Found at i:34893390 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 34893226--34893416 Score: 373
Period size: 96 Copynumber: 2.0 Consensus size: 96
34893216 AATTTTGCAC
*
34893226 CGTTGGATTTGGGGAGGCTCAACTATAAATAAGAGACCTCTTCCCTTATTGTAGATCACTTGAGT
1 CGTTGGATTTGGGGAGGCTCAACTATAAATAAGAGACCTCTTCCCTCATTGTAGATCACTTGAGT
34893291 TTTGAGTAAGAAGAATCCTTGAGAGCATTCG
66 TTTGAGTAAGAAGAATCCTTGAGAGCATTCG
34893322 CGTTGGATTTGGGGAGGCTCAACTATAAATAAGAGACCTCTTCCCTCATTGTAGATCACTTGAGT
1 CGTTGGATTTGGGGAGGCTCAACTATAAATAAGAGACCTCTTCCCTCATTGTAGATCACTTGAGT
34893387 TTTGAGTAAGAAGAATCCTTGAGAGCATTC
66 TTTGAGTAAGAAGAATCCTTGAGAGCATTC
34893417 ACTCAAACTT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
96 94 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (96 bp):
CGTTGGATTTGGGGAGGCTCAACTATAAATAAGAGACCTCTTCCCTCATTGTAGATCACTTGAGT
TTTGAGTAAGAAGAATCCTTGAGAGCATTCG
Found at i:34904164 original size:42 final size:36
Alignment explanation
Indices: 34904064--34904135 Score: 144
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
34904054 TTATAAGTTC
34904064 ATATAATCTATATTTTTTATTTAAAATTAAAAGTAT
1 ATATAATCTATATTTTTTATTTAAAATTAAAAGTAT
34904100 ATATAATCTATATTTTTTATTTAAAATTAAAAGTAT
1 ATATAATCTATATTTTTTATTTAAAATTAAAAGTAT
34904136 GTATTATAAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (36 bp):
ATATAATCTATATTTTTTATTTAAAATTAAAAGTAT
Found at i:34907038 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34906977--34907063 Score: 122
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
34906967 ATTATTAGTG
*
34906977 GGTTATTGAGTTGTTAATTATAATAATTAAAT-GATTAAGAAAT
1 GGTTATTGAGTTATTAATTATAATAATTAAATAG-TTAAGAAAT
* * *
34907020 GGTTATTGGGTTATTAATTATAATAGTTAAGTAGTTAAGAAAT
1 GGTTATTGAGTTATTAATTATAATAATTAAATAGTTAAGAAAT
34907063 G
1 G
34907064 ATTAAGGGCC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 38 0.97
44 1 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (43 bp):
GGTTATTGAGTTATTAATTATAATAATTAAATAGTTAAGAAAT
Found at i:34911161 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 34910845--34911161 Score: 411
Period size: 128 Copynumber: 2.5 Consensus size: 127
34910835 CCTTAAGACG
* * *
34910845 AAGACAATGTTTGATGTTTGGAAATTTGGGAAATCGTGCCCTACCGTGCTAGGTTTCGTTTTCTC
1 AAGACAATGTTTGATGTTTGGAAATTCGGG-AATCGTGCCCTACCGTGCTGGGTTTCGATTTCTC
* * ** * *
34910910 GTTTGTTCAAAATAATCGAATTTTCCTTTAGAATTTCACTCGTGTTTTTCTAAATTCTAAAAC
65 GTTTGTTCAAAATAATCAAATATTCCTTTAGAATTTCACTCGCATTCTTCTAAATCCTAAAAC
* * * **
34910973 AAGGCAACGTTTGATGCTTGGAAATTCGGGGAATCGTGCCCTATTGTGCTGGGTTTCGATTTCTC
1 AAGACAATGTTTGATGTTTGGAAATTC-GGGAATCGTGCCCTACCGTGCTGGGTTTCGATTTCTC
*
34911038 GTTTGTTCAAAATAATCAAATATTCCTTTAGAATTTCATTCGCATTCTT-TAAATCCTAAAAC
65 GTTTGTTCAAAATAATCAAATATTCCTTTAGAATTTCACTCGCATTCTTCTAAATCCTAAAAC
** * * * *
34911100 AAGACAATGTTCAATGTTTAGAAGTTCGAGGAATCGTGCCCTACCGTGTTGGGTTTTGATTT
1 AAGACAATGTTTGATGTTTGGAAATTCG-GGAATCGTGCCCTACCGTGCTGGGTTTCGATTT
34911162 TTTTGTTGGA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 26, Indels: 5
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
126 1 0.01
127 61 0.38
128 96 0.60
129 3 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (127 bp):
AAGACAATGTTTGATGTTTGGAAATTCGGGAATCGTGCCCTACCGTGCTGGGTTTCGATTTCTCG
TTTGTTCAAAATAATCAAATATTCCTTTAGAATTTCACTCGCATTCTTCTAAATCCTAAAAC
Found at i:34922897 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 34922651--34924186 Score: 2498
Period size: 137 Copynumber: 11.2 Consensus size: 137
34922641 AGTCATCAAT
* * * * * *
34922651 CTTATCTCCCTGAAGTCGCAGTGGAGCAGACTGAAGATAGCAAATTTTATTTTCCTGAAGTTGCA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
* * * * *
34922716 GCAGAACAGATCGAAGCTATAAATTACAGATCCTATCTCTCTAAAGTTGCAGTAGAGCAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34922781 AACAAGC
131 AACAAGC
* * **
34922788 CTTATCTCTCTGAAGTCGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTACA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
* * * * * *
34922853 GTGGAACAGATTGAAGCTATAAATTACAGATCCTATCTCTCTAAAGTTGCAGTAGAGCAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34922918 AACAAGC
131 AACAAGC
* * **
34922925 CTTATCTCTCTGAAGTCGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTACA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
* * * * * *
34922990 GTGGAACAGATTGAAGCTATAAATTACAGATCCTATCTCTCTAAAGTTGCAGTAGAGCAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923055 AACAAGC
131 AACAAGC
* * **
34923062 CTTATCTCTCTGAAGTCGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTACA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
* * * * * *
34923127 GTGGAACAGATTGAAGCTATAAATTACAGATCCTATCTCTCTAAAGTTGCAGTAGAGCAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923192 AACAAGC
131 AACAAGC
* *
34923199 CTTATCTCTCTGAAGTCGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923264 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923329 AACAAGC
131 AACAAGC
34923336 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923401 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923466 AACAAGC
131 AACAAGC
34923473 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923538 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923603 AACAAGC
131 AACAAGC
34923610 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923675 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923740 AACAAGC
131 AACAAGC
34923747 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923812 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34923877 AACAAGC
131 AACAAGC
34923884 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
34923949 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
34924014 AACAAGC
131 AACAAGC
* *
34924021 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTTCCTGAAGTTGCA
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
* * * * * ** * * *
34924086 GTGGAACAAATTGAAGCTATGAATCGCAGATCTTATCTCTTTGAAGTTGCAGTGGA-TCAGGTCG
66 GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGT-AGGTC-
*
34924150 AAATTACAAAC
129 AAA--ACAAGC
* **
34924161 CTCATCTTTCTGAAGTTGTAGTGGAG
1 CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAG
34924187 TAGGTTAAAA
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 35, Indels: 5
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
136 1 0.00
137 1328 0.98
138 3 0.00
140 28 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (137 bp):
CTTATCTCCCTGAAGTTGTAGTGGAGCAGACTGAATATAGCAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGTA
GTAGAACAGATCGAAGCTGTCAATTACAGATCCTATCTCTCTGAAGTTGCAGTAGAGTAGGTCAA
AACAAGC
Found at i:34924184 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 34924127--34924230 Score: 129
Period size: 44 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
34924117 CTTATCTCTT
* **
34924127 TGAAGTTGCAGTGGA-TCAGGTCGAAATTACAAACCTCATCTTTC
1 TGAAGTTGCAGTGGAGT-AGGTCAAAATTACAAACCTCATCTCCC
* * *
34924171 TGAAGTTGTAGTGGAGTAGGTTAAAATTACAAGCCTCATCTCCC
1 TGAAGTTGCAGTGGAGTAGGTCAAAATTACAAACCTCATCTCCC
*
34924215 TGAAGTTACAGTGGAG
1 TGAAGTTGCAGTGGAG
34924231 CGGACTGGAG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 50 0.98
45 1 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (44 bp):
TGAAGTTGCAGTGGAGTAGGTCAAAATTACAAACCTCATCTCCC
Found at i:34926462 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34926433--34926651 Score: 179
Period size: 21 Copynumber: 10.4 Consensus size: 22
34926423 TCATATTTTA
* *
34926433 CTTTCTGTTTAGCTCTTTCGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
34926455 CTTT-TGTTCAGCTCTTACGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* * **
34926476 -TTTCTGTTAAACTCTTATAAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* * *
34926497 -TTTCTATTCAGCTATGACGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* *
34926518 C-TTCTGTTCAACTCTTATGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
34926539 -TTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* * * *
34926560 C-TTCTATTTAACTCTTATGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* * *
34926581 -TTTCTGTTAAGCTTTTACAAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
* *
34926602 C-TTCTGTTCAACTCTTACAAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
*
34926623 C-TTCTGTTCAGCTCTTATGAG
1 CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
34926644 C-TTCTGTT
1 CTTTCTGTT
34926652 AATGATGTAC
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 36, Indels: 13
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.02
21 148 0.95
22 4 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.21, G:0.15, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
CTTTCTGTTCAGCTCTTACGAG
Found at i:34926507 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 34926459--34926653 Score: 246
Period size: 42 Copynumber: 4.6 Consensus size: 42
34926449 TTCGAGCTTT
*
34926459 TGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
1 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
* * * * *
34926501 TATTCAGCTATGACGAGCTTCTGTTCAACTCTTATGAGTTTC
1 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
* * *
34926543 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTTAACTCTTATGAGTTTC
1 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
* * * * * *
34926585 TGTTAAGCTTTTACAAGCTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTC
1 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
*
34926627 TGTTCAGCTCTTATGAGCTTCTGTTAA
1 TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAA
34926654 TGATGTACTC
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 24, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 129 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.15, T:0.43
Consensus pattern (42 bp):
TGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTC
Found at i:34926526 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 34926443--34926651 Score: 229
Period size: 63 Copynumber: 3.3 Consensus size: 63
34926433 CTTTCTGTTT
* * * * *
34926443 AGCTCTTTCGAGCTTTTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTTCTATTC
1 AGCTCTTACGAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTATTC
* * * * * * *
34926506 AGCTATGACGAGCTTCTGTTCAACTCTTATGAGTTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTT
1 AGCTCTTACGAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTATTC
* * * * * * * *
34926569 AACTCTTATGAGTTTCTGTTAAGCTTTTACAAGCTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTC
1 AGCTCTTACGAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTATTC
*
34926632 AGCTCTTATGAGCTTCTGTT
1 AGCTCTTACGAGCTTCTGTT
34926652 AATGATGTAC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 29, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 117 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (63 bp):
AGCTCTTACGAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTATTC
Found at i:34926576 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 34926435--34926653 Score: 267
Period size: 84 Copynumber: 2.6 Consensus size: 84
34926425 ATATTTTACT
* * * * * * *
34926435 TTCTGTTTAGCTCTTTCGAGCTTTTGTTCAGCTCTTACGAGTTTCTGTTAAACTCTTATAAGTTT
1 TTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTAAACTCTTATAAGTTT
* *
34926500 CTATTCAGCTATGACGAGC
66 CTATTAAGCTATGACAAGC
** * * *
34926519 TTCTGTTCAACTCTTATGAGTTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTTAACTCTTATGAGTTT
1 TTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTAAACTCTTATAAGTTT
* * *
34926584 CTGTTAAGCTTTTACAAGC
66 CTATTAAGCTATGACAAGC
* *
34926603 TTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTCAGCTCTTATGAGCTTCTGTTAA
1 TTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTAA
34926654 TGATGTACTC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 21, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
84 114 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (84 bp):
TTCTGTTCAACTCTTACAAGCTTCTGTTCAGCTCTTACGAGCTTCTATTAAACTCTTATAAGTTT
CTATTAAGCTATGACAAGC
Found at i:34929278 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 34929149--34929287 Score: 172
Period size: 48 Copynumber: 2.9 Consensus size: 48
34929139 TACCATGGTT
* *
34929149 ATACGTGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTA
* * * * *
34929197 ATACATGTAACGTAGTGCTAAGTAGATATGCCACGGTTACATATATTA
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTA
* * * *
34929245 ATTCAT-TAATGTGGTGCTAAATGGATATACCACGATTAAACAT
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACAT
34929288 GTAATGTGGT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 16, Indels: 1
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 29 0.39
48 46 0.61
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTA
Found at i:34929355 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 34929255--34929365 Score: 150
Period size: 38 Copynumber: 2.9 Consensus size: 38
34929245 ATTCATTAAT
* * * *
34929255 GTGGTGCTAAATGGATATACCACGATTAAACATGTAAT
1 GTGGTGTTAAATGGATATACCATGGTTAAACATGTAAC
* *
34929293 GTGGTGTTAAGTGGATATATCATGGTTAAACATGTAAC
1 GTGGTGTTAAATGGATATACCATGGTTAAACATGTAAC
* *
34929331 GTGGTGTTAAATGGATATGCCATGGTTATACATGT
1 GTGGTGTTAAATGGATATACCATGGTTAAACATGT
34929366 TAATTTGAAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 10, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 63 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (38 bp):
GTGGTGTTAAATGGATATACCATGGTTAAACATGTAAC
Found at i:34938709 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 34938689--34938735 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
34938679 TAAATAAGTT
34938689 TAAAAAAATTAT-AAAAA
1 TAAAAAAATTATAAAAAA
* *
34938706 TAAAAATATTTTTAAAAAA
1 TAAAAA-AATTATAAAAAA
34938725 TAAAGAAAATT
1 TAAA-AAAATT
34938736 GGTTCAACTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 4
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.25
18 4 0.17
19 12 0.50
20 2 0.08
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.02, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
TAAAAAAATTATAAAAAA
Found at i:34939042 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34939017--34939087 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
34939007 ATAAACAAAG
34939017 AATAAAGGAAAAAAAATAGAAA
1 AATAAAGGAAAAAAAATAGAAA
* *
34939039 AATAAAGAGAGAAATAAT-GTAAA
1 AATAAAG-GAAAAAAAATAG-AAA
*
34939062 AGGA-AAAGGAAAAAAATTA-AAA
1 A--ATAAAGGAAAAAAAATAGAAA
34939084 AATA
1 AATA
34939088 CTTTTAAAAG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 13
0.68 0.09 0.23
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 1 0.03
22 12 0.32
23 19 0.50
24 4 0.11
25 1 0.03
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.15, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
AATAAAGGAAAAAAAATAGAAA
Found at i:34939937 original size:75 final size:79
Alignment explanation
Indices: 34939814--34940032 Score: 293
Period size: 83 Copynumber: 2.8 Consensus size: 79
34939804 ACCAAATAGA
* * * *
34939814 TATGTATATTTTAGGAAAATCCTCCATGAAGAGTTATCAGAGAAGCTTTTAGGTAGTGATGTAGC
1 TATGTATATATTAGGAAAATCCGCCATGAAGGGTTATCAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATGTAGC
34939879 -AT-TA-TA-TATG
66 AATATAGTAGTATG
* *
34939889 TATGTACATATTAGGAAAATCCGCCATGAAGGGTTATTAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATGTAGC
1 TATGTATATATTAGGAAAATCCGCCATGAAGGGTTATCAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATGTAGC
34939954 ATAATATATGTATGTATG
66 --AATATA-GTA-GTATG
* * *
34939972 TATGTATATATTCGGACAATCCGCCATGAAAGGTTATCAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATG
1 TATGTATATATTAGGAAAATCCGCCATGAAGGGTTATCAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATG
34940033 ATGTAGCTGC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 11, Indels: 8
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
75 59 0.47
78 2 0.02
79 2 0.02
81 2 0.02
83 60 0.48
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (79 bp):
TATGTATATATTAGGAAAATCCGCCATGAAGGGTTATCAGTGAAGCTTTTAGGTAGTGATGTAGC
AATATAGTAGTATG
Found at i:34953631 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 34953615--34953652 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
34953605 GTTAATTTAG
34953615 TAAACTA-ATAATA
1 TAAACTATATAATA
34953628 TAAACTATTATAATA
1 TAAACTA-TATAATA
*
34953643 TAAAATATAT
1 TAAACTATAT
34953653 CATAAAATAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.32
14 3 0.14
15 12 0.55
ACGTcount: A:0.58, C:0.05, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (14 bp):
TAAACTATATAATA
Found at i:34957200 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34957180--34957231 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
34957170 ACTACAAAAC
34957180 ATTTATTATTAATAT
1 ATTTATTATTAATAT
*
34957195 ATTTATAATTGTAATAAAT
1 ATTTATTA-T-TAAT--AT
*
34957214 ATTTATTATTAAAAT
1 ATTTATTATTAATAT
34957229 ATT
1 ATT
34957232 AATATTGAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 8
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.40
16 1 0.03
17 7 0.23
18 1 0.03
19 9 0.30
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
ATTTATTATTAATAT
Found at i:34957341 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34957312--34957353 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
34957302 AATAAAATTG
*
34957312 AAATATTAAA-TA-ATTTATTA
1 AAATAATAAATTATATTTATTA
34957332 AAATAATAAATTATATTTATTA
1 AAATAATAAATTATATTTATTA
34957354 TATTAACAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.47
21 2 0.11
22 8 0.42
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
AAATAATAAATTATATTTATTA
Found at i:34957367 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34957324--34957367 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
34957314 ATATTAAATA
*
34957324 ATTTATTAAAATAATAAATTAT
1 ATTTATTAAAATAACAAATTAT
* * *
34957346 ATTTATTATATTAACAATTTAT
1 ATTTATTAAAATAACAAATTAT
34957368 TATATGAATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 18 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (22 bp):
ATTTATTAAAATAACAAATTAT
Found at i:34961833 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 34961824--34961853 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
34961814 AGTGTGCAGA
*
34961824 GGCTGG GGCTGT GGCTGG GGCTGG GGCTGG
1 GGCTGG GGCTGG GGCTGG GGCTGG GGCTGG
34961854 TGAAGTCAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 22 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.63, T:0.20
Consensus pattern (6 bp):
GGCTGG
Found at i:34968084 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34968024--34968085 Score: 52
Period size: 23 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
34968014 AGAGATGATT
*
34968024 TTTTATTTATTTTAAATTTAAA
1 TTTTATTTA-ATTAAATTTAAA
* *
34968046 TTTTATTGAATCTTAATTTTAAATA
1 TTTTATTTAA--TTAAATTT-AA-A
34968071 TTTTATTTAATTAAA
1 TTTTATTTAATTAAA
34968086 AATCATATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 7
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.26
23 11 0.35
24 2 0.06
25 10 0.32
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATTTAATTAAATTTAAA
Found at i:34971798 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 34971777--34971828 Score: 86
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
34971767 TTTGGTTCGC
*
34971777 TGTATTGAATTAGAGG
1 TGTATTGGATTAGAGG
34971793 TGTATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGATTAGAGG
*
34971809 TATATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGATTAGAGG
34971825 TGTA
1 TGTA
34971829 ATAGCTAATC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 33 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.33, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
TGTATTGGATTAGAGG
Found at i:34971916 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 34971814--34971922 Score: 112
Period size: 44 Copynumber: 2.6 Consensus size: 40
34971804 AGAGGTATAT
*
34971814 TGGATTAGAGGTGTAATAGCTAATCCACTGTTTGGTTGAA
1 TGGAATAGAGGTGTAATAGCTAATCCACTGTTTGGTTGAA
* ***
34971854 TGTAATGAAATAGAGGCGTAATAG-TAATCTTGTGTTTGGTTGAA
1 TG----G-AATAGAGGTGTAATAGCTAATCCACTGTTTGGTTGAA
34971898 TGGAATAGAGGTGTAATAGCATAAT
1 TGGAATAGAGGTGTAATAGC-TAAT
34971923 GGAAAAAATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 13
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.27
40 3 0.05
41 4 0.07
44 20 0.36
45 14 0.25
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.28, T:0.34
Consensus pattern (40 bp):
TGGAATAGAGGTGTAATAGCTAATCCACTGTTTGGTTGAA
Found at i:34972085 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34972064--34972098 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
34972054 TTATTATTAA
*
34972064 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
34972082 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
34972099 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:34975583 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 34975563--34975597 Score: 63
Period size: 9 Copynumber: 4.0 Consensus size: 9
34975553 ATATTACAAC
34975563 AAAAATTTA
1 AAAAATTTA
34975572 AAAAATTTA
1 AAAAATTTA
34975581 AAAAATTT-
1 AAAAATTTA
34975589 AAAAATTTA
1 AAAAATTTA
34975598 GAAGAGTGGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.32
9 17 0.68
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (9 bp):
AAAAATTTA
Found at i:34975586 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34975563--34975597 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
34975553 ATATTACAAC
34975563 AAAAATTTAAAAAATTTA
1 AAAAATTT-AAAAATTTA
34975581 AAAAATTTAAAAATTTA
1 AAAAATTTAAAAATTTA
34975598 GAAGAGTGGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.53
18 8 0.47
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATTTAAAAATTTA
Found at i:34986847 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 34986780--34986903 Score: 169
Period size: 46 Copynumber: 2.7 Consensus size: 46
34986770 ATAATCTCAC
* *
34986780 CCATAATGAACTCGAAACACAACTCAACGAGCTCGGGTG-TTCGCAT
1 CCATAATGAACTCGGAACACAACTCAACGAGCTCGGATGCTT-GCAT
*
34986826 CCATAATGAACTCGGAACACAACTCAACGAGTTCGGATGCTTGCAT
1 CCATAATGAACTCGGAACACAACTCAACGAGCTCGGATGCTTGCAT
* * *
34986872 CCATAGGTGAACTCAGAACGCAACTCAACGAG
1 CCATA-ATGAACTCGGAACACAACTCAACGAG
34986904 TTTGGATGAC
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 6, Indels: 3
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
46 45 0.64
47 25 0.36
ACGTcount: A:0.34, C:0.27, G:0.20, T:0.19
Consensus pattern (46 bp):
CCATAATGAACTCGGAACACAACTCAACGAGCTCGGATGCTTGCAT
Found at i:34991663 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 34991593--34991665 Score: 92
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
34991583 CATTAAATTC
* * *
34991593 CAACCAAATACAACAAATATAGTATAAAATG
1 CAACCAAAAACAACAAATATAGCATAAAATA
* *
34991624 CAGCCAAAAACAACAAATTTAGCATAAAAATA
1 CAACCAAAAACAACAAATATAGCAT-AAAATA
34991656 CAACCAAAAA
1 CAACCAAAAA
34991666 ATTAATTCTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 1
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 21 0.60
32 14 0.40
ACGTcount: A:0.60, C:0.19, G:0.05, T:0.15
Consensus pattern (31 bp):
CAACCAAAAACAACAAATATAGCATAAAATA
Found at i:34992426 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 34992368--34992462 Score: 172
Period size: 46 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
34992358 TGATGAATTG
*
34992368 AATTAAACAATTATAATTAAAGATTATAAATATTTAGAATAAATCA
1 AATTAAAAAATTATAATTAAAGATTATAAATATTTAGAATAAATCA
*
34992414 AATTAAAAAATTATCATTAAAGATTATAAATATTTAGAATAAATCA
1 AATTAAAAAATTATAATTAAAGATTATAAATATTTAGAATAAATCA
34992460 AAT
1 AAT
34992463 ATTATTAAGT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 47 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.04, G:0.04, T:0.35
Consensus pattern (46 bp):
AATTAAAAAATTATAATTAAAGATTATAAATATTTAGAATAAATCA
Found at i:34997610 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 34997598--34997656 Score: 82
Period size: 9 Copynumber: 6.6 Consensus size: 9
34997588 TCTGTAAGTT
*
34997598 GTTATGTAC
1 GTTATGTAA
*
34997607 GTTATGTGA
1 GTTATGTAA
34997616 GTTATGTAA
1 GTTATGTAA
*
34997625 ATTATGTAA
1 GTTATGTAA
*
34997634 GTTATGTGA
1 GTTATGTAA
34997643 GTTATGTAA
1 GTTATGTAA
34997652 GTTAT
1 GTTAT
34997657 TTTTTAAGAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 43 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.24, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
GTTATGTAA
Found at i:34997630 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 34997599--34997656 Score: 98
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
34997589 CTGTAAGTTG
*
34997599 TTATGTACGTTATGTGAGTTATGTAAA
1 TTATGTAAGTTATGTGAGTTATGTAAA
*
34997626 TTATGTAAGTTATGTGAGTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGTGAGTTATGTAAA
34997653 TTAT
1 TTAT
34997657 TTTTTAAGAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 29 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.02, G:0.22, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
TTATGTAAGTTATGTGAGTTATGTAAA
Found at i:34998078 original size:241 final size:241
Alignment explanation
Indices: 34997655--34998331 Score: 1336
Period size: 241 Copynumber: 2.8 Consensus size: 241
34997645 TATGTAAGTT
*
34997655 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAAGATCCATTATATCTTACAGCT
1 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
34997720 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
66 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
34997785 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAAAAAATA
131 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAAAAAATA
34997850 TTCAATAGTAAATGAGCTCGATAGAACTTTTTTCAAGTCTTTTTGA
196 TTCAATAGTAAATGAGCTCGATAGAACTTTTTTCAAGTCTTTTTGA
34997896 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
1 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
34997961 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
66 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
34998026 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAAAAAATA
131 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAAAAAATA
34998091 TTCAATAGTAAATGAGCTCGATAGAACTTTTTTCAAGTCTTTTTGA
196 TTCAATAGTAAATGAGCTCGATAGAACTTTTTTCAAGTCTTTTTGA
34998137 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
1 ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
34998202 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
66 CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
34998267 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAATAAAAT
131 GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAA-AAAAT
34998332 TAATTCATAC
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 1, Indels: 1
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
241 429 0.99
242 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (241 bp):
ATTTTTTAAGATTCATCATACGTGGCGTTGTTACACCTAGGGAGGATCCATTATATCTTACAGCT
CGATATAAGGCAACCCGTCAGGTTTCCAGCCTATATACTTTGAATCTTTAAAATATTTAAAAAAA
GGTTGGAGAGAAGGTCAGCTATTGTTGTAATTTTAATGGACAAGCAAGCTACATGGTAAAAAATA
TTCAATAGTAAATGAGCTCGATAGAACTTTTTTCAAGTCTTTTTGA
Found at i:35000753 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35000708--35000745 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
35000698 GAAAGGCTGA
*
35000708 GAAAGAAAAGGGAATTGG
1 GAAAGAAAAGGGAATGGG
35000726 GAAAGAAAAGGGAATCGGG
1 GAAAGAAAAGGGAAT-GGG
35000745 G
1 G
35000746 GAGAGAAATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.83
19 3 0.17
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.42, T:0.08
Consensus pattern (18 bp):
GAAAGAAAAGGGAATGGG
Found at i:35000768 original size:62 final size:60
Alignment explanation
Indices: 35000701--35000815 Score: 160
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
35000691 AGTCAGAGAA
*
35000701 AGGCTGAGAAAGAAAAG-GGAATTGGGAAAGAAAAGGGAATCGGGGGAGAGAAATAGAAGTAC
1 AGGCTGAGAAAG-AAAGTGGAATCGGGAAAG--AAGGGAATCGGGGGAGAGAAATAGAAGTAC
* * *
35000763 AGGCTGAGAAAGAGAGTGGAATCGGGAAAGAAGGGAATTGGGGGGGAGAAATA
1 AGGCTGAGAAAGAAAGTGGAATCGGGAAAGAAGGGAATCGGGGGAGAGAAATA
35000816 AAACGGCGTC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 4
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
60 21 0.44
61 3 0.06
62 24 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.42, T:0.10
Consensus pattern (60 bp):
AGGCTGAGAAAGAAAGTGGAATCGGGAAAGAAGGGAATCGGGGGAGAGAAATAGAAGTAC
Found at i:35000966 original size:38 final size:40
Alignment explanation
Indices: 35000897--35001005 Score: 186
Period size: 38 Copynumber: 2.8 Consensus size: 40
35000887 ATAAATTACT
35000897 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGCC
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGCC
* *
35000937 TTTTGCGGCG-TTTTAT-ATAAACGCCGCTATTGCTTGTC
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGCC
35000975 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTA
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTA
35001006 ATTTTTGACT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 4
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
38 30 0.46
39 12 0.18
40 23 0.35
ACGTcount: A:0.17, C:0.22, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (40 bp):
TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGCC
Found at i:35001018 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 35000897--35001018 Score: 178
Period size: 38 Copynumber: 3.1 Consensus size: 40
35000887 ATAAATTACT
*
35000897 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGCC
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGAC
* *
35000937 TTTTGCGGCG-TTTTAT-ATAAACGCCGCTATTGCTTGTC
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGAC
*
35000975 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTAATT-TTTGAC
1 TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCT-ATTGATTGAC
35001015 TTTT
1 TTTT
35001019 TTATAATTTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 4, Indels: 6
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 30 0.40
39 12 0.16
40 30 0.40
41 3 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.19, T:0.43
Consensus pattern (40 bp):
TTTTGCGGCGTTTTTATCATAAACGCCGCTATTGATTGAC
Found at i:35001041 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35001016--35001073 Score: 73
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
35001006 ATTTTTGACT
35001016 TTTTTATAATTTTTATATTGAA
1 TTTTTATAATTTTTATATT-AA
35001038 TTTTTAT-ATCTTTTATATTAA
1 TTTTTATAAT-TTTTATATTAA
*
35001059 TTTTAAATAATTTTT
1 TTTT-TATAATTTTT
35001074 TTTAAAAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 6
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.25
22 22 0.69
23 2 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.02, T:0.66
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATAATTTTTATATTAA
Found at i:35001671 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 35001644--35001692 Score: 89
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
35001634 TTAAAATAAC
*
35001644 AATTAATTTTTATATAGACTTTTA
1 AATTAATTTTTATATAAACTTTTA
35001668 AATTAATTTTTATATAAACTTTTA
1 AATTAATTTTTATATAAACTTTTA
35001692 A
1 A
35001693 TAAATATACG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
AATTAATTTTTATATAAACTTTTA
Found at i:35002365 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 35002308--35002476 Score: 225
Period size: 41 Copynumber: 4.1 Consensus size: 41
35002298 AGTTATATGA
35002308 CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
1 CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
* *
35002349 CTTTTAGCGACGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAAAGCTCTGT
1 CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
* * *
35002390 CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGTTATTGCTCAGT
1 CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
*** *
35002431 -TTTTAGCGGCGTTTTTGGTAAAA-CGCCGCTATTGCTCTGT
1 CTTTTAGCGGCG-TTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
*
35002471 GTTTTA
1 CTTTTA
35002477 CAATTTTTGC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 12, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 26 0.23
41 88 0.77
ACGTcount: A:0.20, C:0.24, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (41 bp):
CTTTTAGCGGCGTTTTACCAAAAGCGCCGCTAATGCTCTGT
Found at i:35006153 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35006132--35006168 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
35006122 CATGGCTTAG
35006132 CTAATACACAAGATATAC
1 CTAATACACAAGATATAC
35006150 CTAATACACAAGATATAC
1 CTAATACACAAGATATAC
35006168 C
1 C
35006169 AAAAGCATAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.24, G:0.05, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
CTAATACACAAGATATAC
Found at i:35006782 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 35006713--35006782 Score: 97
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24
35006703 AAACTCCTCC
*
35006713 TGAGTTGATAAACAATAAGCTCTAT
1 TGAGTTGAT-AACAGTAAGCTCTAT
*
35006738 TGAGTTGA-AACGGTAAGCTCTAT
1 TGAGTTGATAACAGTAAGCTCTAT
*
35006761 TGAGCTGATAACAGTAAGCTCT
1 TGAGTTGATAACAGTAAGCTCT
35006783 TACAAGCTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 3
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.50
24 12 0.30
25 8 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
TGAGTTGATAACAGTAAGCTCTAT
Found at i:35006790 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 35006763--35006817 Score: 87
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
35006753 AGCTCTATTG
*
35006763 AGCTGATA-A-CAGTAAGCTCTTACA
1 AGCTGATATATCAGTAAGCTCATACA
35006787 AGCTGATATATCAGTAAGCTCATACA
1 AGCTGATATATCAGTAAGCTCATACA
35006813 AGCTG
1 AGCTG
35006818 TGGTGAGTCC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.29
25 1 0.04
26 19 0.68
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
AGCTGATATATCAGTAAGCTCATACA
Found at i:35011332 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 35011304--35011341 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
35011294 TTATTTATTT
*
35011304 TTTTCTTTTCTTTCTTTTTA
1 TTTTATTTTCTTTCTTTTTA
35011324 TTTTATTTTCTTTCTTTT
1 TTTTATTTTCTTTCTTTT
35011342 CTTTTCTAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.13, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATTTTCTTTCTTTTTA
Found at i:35012130 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 35012112--35012250 Score: 97
Period size: 3 Copynumber: 47.3 Consensus size: 3
35012102 ATTAATTCAA
* * * * * *
35012112 TAT TAT TAC TAC TAT TAT TAT TAC TAT T-G TAT TAT TAT TAT TAC TAC
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
* * * * * * * **
35012159 TAT TAG TAT TAT TTT TAT AAC TAT TAT T-T TAT TAC TGT TAC TGC TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
*
35012206 TAT TAT TA- TAT TAT TAT TAC TAT TA- TAT TAT TAT TAT TAT ATAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT -TAT
35012250 T
1 T
35012251 TTTACCTATT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 26, Indels: 10
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 7 0.07
3 95 0.90
4 3 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:35012150 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 35012124--35012245 Score: 126
Period size: 23 Copynumber: 5.4 Consensus size: 23
35012114 TTATTACTAC
*
35012124 TATTATTATTACTATTGTATTAT
1 TATTATTATTACTATTATATTAT
*
35012147 TATTATTACTACTATTAGTATTA-
1 TATTATTATTACTATTA-TATTAT
* *
35012170 T-TT-TTATAACTATTATTTTAT
1 TATTATTATTACTATTATATTAT
* * * *
35012191 TACTGTTACTGCTATTATTATTA-
1 TATTATTATTACTATTA-TATTAT
35012214 TATTATTATTACTATTATATTAT
1 TATTATTATTACTATTATATTAT
35012237 TATTATTAT
1 TATTATTAT
35012246 ATATTTTTAC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 14, Indels: 12
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.05
21 11 0.14
22 8 0.10
23 47 0.59
24 9 0.11
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (23 bp):
TATTATTATTACTATTATATTAT
Found at i:35013563 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 35013538--35013575 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
35013528 TTTCATCCGT
35013538 TTTTGTTACGATTTTCGTCA
1 TTTTGTTACGATTTTCGTCA
* *
35013558 TTTTGTTCCTATTTTCGT
1 TTTTGTTACGATTTTCGT
35013576 TACTGCTTTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.16, G:0.13, T:0.61
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGTTACGATTTTCGTCA
Found at i:35017107 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 35017065--35017137 Score: 146
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
35017055 TCATCCTTAG
35017065 AATCATTTATTCTTTGGAATCTGCCTTCAACAGGTTAA
1 AATCATTTATTCTTTGGAATCTGCCTTCAACAGGTTAA
35017103 AATCATTTATTCTTTGGAATCTGCCTTCAACAGGT
1 AATCATTTATTCTTTGGAATCTGCCTTCAACAGGT
35017138 CCCTAGATAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 35 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (38 bp):
AATCATTTATTCTTTGGAATCTGCCTTCAACAGGTTAA
Found at i:35019539 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 35019434--35020233 Score: 1016
Period size: 88 Copynumber: 9.1 Consensus size: 88
35019424 GCCACCATCC
* * *
35019434 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGGTGAGCCTTAACCTCCTAAGCAGTTGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
* **
35019499 AACAGACTGAAGATTACAGGCCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* * * * * **
35019522 TATCTCCCTAAACAGTAGTGCAGCAGATCGAAGACGACGAGCCTTAACCCCTTAAATAGTAGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
* *
35019587 AACAAGCTAAAGATTACAGATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* * * * * * *
35019610 CATCTCTCTAAGTAGTAATGGAGTAGATCAAAGACGGTGAGCCTTAACCACCTAAGCAGTAGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
*
35019675 AACAGGCTGAAGATTACGGATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* * * * *
35019698 TATCTCCATAAGCAGTAGTGGAG-AGATCAAAGACGACGAGCTTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
* *
35019762 AACAGGGTAAAGATTACAGATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
** * * *
35019785 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCGGATCGAAGACGACGAACCTTAACCCCCTAAGCAATAGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
35019850 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* * * *
35019873 TATCTCCTTAAGTAGTAGTGGAGTAGATCGAAAATGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
*
35019938 AACAGGCTGCAGATTACAGATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* * *
35019961 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGA--ACGAATCGAAGACGACGAGCCTTAATCCCCTAAGTAGTAGG
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTA-G-ATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGG
*
35020024 GAAACAGGCTGAAGATTACATATCT
64 GAAACAGGCTGAAGATTACAGATCT
* *
35020049 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGGGTAGATCGACA-ACGGTGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGG
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGA-AGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGG
* * *
35020113 CAATAGGCTGGAA-ATTACAAATCT
65 AAACAGGCT-GAAGATTACAGATCT
* * * * *
35020137 TATCTCCCTAAGCAGTTGTGGAGTAGATCGAAGACAATGAGTCTTAATCCCCTAAGCAGTAGGGC
1 TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
* *
35020202 AACAGGCTGGAGATTACAAATCT
66 AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
*
35020225 TATTTCCCT
1 TATCTCCCT
35020234 GAAGTTTTAG
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 90, Indels: 18
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.00
87 82 0.13
88 524 0.85
89 5 0.01
90 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (88 bp):
TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGATGAGCCTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGA
AACAGGCTGAAGATTACAGATCT
Found at i:35019566 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 35019346--35020110 Score: 194
Period size: 44 Copynumber: 17.5 Consensus size: 44
35019336 ATTTATAGAT
* * * * * **
35019346 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGTAGATCAAAAATGGCGAAT
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * *
35019390 CTTATCTCTCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATTC-AAG-CCACCATC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGA-TCGAAGACGACGAGC
* * **
35019433 C-TATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGTAGATCGAAGACGGTGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * **
35019476 CTTAAC-CTCCTAAGCAGTTGGGAAACAGA-CTGAAGATTAC-AGGC
1 CTTATCTC-CCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGA-GC
* *
35019520 CTTATCTCCCTAAACAGTAGTGCAGCAGATCGAAGACGACGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* ** * * * * ** *
35019564 CTTAAC-CCCTTAAATAGTAGGGAAACA-AGCTAAAGATTAC-AGAT
1 CTTATCTCCC-TAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGAG-C
* * * * * * * **
35019608 CTCATCTCTCTAAGTAGTAATGGAGTAGATCAAAGACGGTGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * ** *
35019652 CTTAAC-CACCTAAGCAGTAGGGAAACAG-GCTGAAGATTACG-GAT
1 CTTATCTC-CCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGAG-C
* * *
35019696 CTTATCTCCATAAGCAGTAGTGGAG-AGATCAAAGACGACGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * * * * * ** *
35019739 TTTAACCCCCTAAGTAGTAGGGAAACAGGGT-AAAGATTAC-AGAT
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCA-GATCGAAGACGACGAG-C
* * *
35019783 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCGGATCGAAGACGACGAAC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * * * ** *
35019827 CTTAACCCCCTAAGCAATAGGGAAACAG-GCTGAAGATTAC-AGAT
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGAG-C
* * * * * * *
35019871 CTTATCTCCTTAAGTAGTAGTGGAGTAGATCGAAAATGATGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
* * * * * * ** *
35019915 CTTAACCCCCTAAGCAGTAGGGAAACAG-GCTGCAGATTAC-AGAT
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGAG-C
35019959 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAA-C-GAATCGAAGACGACGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGT-GAAGCAG-ATCGAAGACGACGAGC
* * * * ** **
35020003 CTTAATC-CCCTAAGTAGTAGGGAAACAG-GCTGAAGATTAC-ATAT
1 CTT-ATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATC-GAAGACGACGA-GC
** * **
35020047 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGGGTAGATCGACA-ACGGTGAGC
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGA-AGACGACGAGC
* *
35020091 CTTAACCCCCTAAGCAGTAG
1 CTTATCTCCCTAAGCAGTAG
35020111 GGCAATAGGC
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 182, Indels: 92
0.64 0.24 0.12
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.00
42 28 0.06
43 64 0.13
44 368 0.75
45 31 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (44 bp):
CTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCAGATCGAAGACGACGAGC
Found at i:35020146 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 35020098--35020233 Score: 120
Period size: 44 Copynumber: 3.1 Consensus size: 44
35020088 AGCCTTAACC
35020098 CCCTAAGCAGTAGGGCAATAGGCTGGAAATTACAAATCTTATCT
1 CCCTAAGCAGTAGGGCAATAGGCTGGAAATTACAAATCTTATCT
* * * * *
35020142 CCCTAAGCAGTTGTGG-AGTA-GATCG-AA-GACAATGAGTCTTAATC-
1 CCCTAAGCAGTAG-GGCAATAGGCTGGAAATTACAA--A-TCTT-ATCT
* * *
35020186 CCCTAAGCAGTAGGGCAACAGGCTGGAGATTACAAATCTTATTT
1 CCCTAAGCAGTAGGGCAATAGGCTGGAAATTACAAATCTTATCT
35020230 CCCT
1 CCCT
35020234 GAAGTTTTAG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 20
0.68 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.06
42 2 0.03
43 8 0.12
44 41 0.59
45 9 0.13
46 1 0.01
47 4 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (44 bp):
CCCTAAGCAGTAGGGCAATAGGCTGGAAATTACAAATCTTATCT
Found at i:35020424 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 35020273--35020621 Score: 226
Period size: 45 Copynumber: 7.9 Consensus size: 44
35020263 GAATAAACAG
** * *
35020273 ATCTTATCTATCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGA-TCAA-A-ACAA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACACAA
* * * * * * * *
35020314 ACCTTACCTCTCTGAAGTTACAGAGGAGCAG-TTGAAGTCGCTA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACACAA
* * *
35020357 GTCTTATCTCCCTGAAGATGCAGTGGAGCAGACTGAAGACAGCAA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACA-CAA
* * * ** *
35020402 ATCTTATTTCCCTAAAGTTGCAGTAGAATAGATTGAAGCTATAAATAAACAA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAG--------ACACAA
* * * *
35020454 ATCTTATCTCTCTGAAGTTGCAATAGAGCAGA-TCAA-A-ACAA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACACAA
* * * * *
35020495 ACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTTGAAGTCACTA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACACAA
* * * *
35020539 GTTTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTGAAGATAGCAA
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACA-CAA
* * *
35020584 ACCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAG
1 ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAG
35020622 CCATAAATAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 61, Indels: 30
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 58 0.25
42 4 0.02
43 26 0.11
44 42 0.18
45 66 0.29
51 3 0.01
52 29 0.13
53 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (44 bp):
ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGACACAA
Found at i:35020576 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 35020451--35020621 Score: 165
Period size: 44 Copynumber: 3.9 Consensus size: 45
35020441 TATAAATAAA
* * * * *
35020451 CAAATCTTATCTCTCTGAAGTTGCAATAGAGCAGA-TCAA-A-A-
1 CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGATAG
* *
35020492 CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTTGAAG-TCA-
1 CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGAT-AG
* *** *
35020536 CTAGTTTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTGAAGATAG
1 CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGATAG
* *
35020581 CAAACCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAG
1 CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAG
35020622 CCATAAATAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 21, Indels: 8
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 29 0.28
42 3 0.03
44 36 0.35
45 35 0.34
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (45 bp):
CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGATTGAAGATAG
Found at i:35020606 original size:89 final size:85
Alignment explanation
Indices: 35020457--35020621 Score: 222
Period size: 89 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
35020447 TAAACAAATC
*
35020457 TTATCTCTCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGA
1 TTATCTCCCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGA
* *
35020522 GCAGGTTGAAGTCACTAGTT
66 ACAGATTGAAGTCACTAGTT
* * * *
35020542 TTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTGAAGATAGCAAACCTTATTTCCCTGAAGTTGCAG
1 TTATCTCCCTGAAGTTGCAATAGAGCAGA-TCAA-A-A-CAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAG
*
35020607 TGGAACAGATTGAAG
62 AGGAACAGATTGAAG
35020622 CCATAAATAA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 8, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 26 0.38
86 3 0.04
87 1 0.01
88 1 0.01
89 37 0.54
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.23, T:0.27
Consensus pattern (85 bp):
TTATCTCCCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGA
ACAGATTGAAGTCACTAGTT
Found at i:35020630 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 35020218--35020713 Score: 724
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 182
35020208 CTGGAGATTA
** * * * *
35020218 CAAATCTTATTTCCCTGAAGTTTTAGTGGAACATATTAAAGCTATGAATAAACAGATCTTATCTA
1 CAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAGCTATAAATAAACAGATCTTATCTC
* * * *
35020283 TCTGAAGTTGCAGTAGAGCAGATCAAAACAAACCTTACCTCTCTGAAGTTACAGAGGAGCA-GTT
66 TCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTT
*
35020347 GAAGTCGCTAGTCTTATCTCCCTGAAGATGCAGTGGAGCAGACTGAAGACAG
131 GAAGTCACTAGTCTTATCTCCCTGAAGATGCAGTGGAGCAGACTGAAGACAG
* * * *
35020399 CAAATCTTATTTCCCTAAAGTTGCAGTAGAATAGATTGAAGCTATAAATAAACAAATCTTATCTC
1 CAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAGCTATAAATAAACAGATCTTATCTC
35020464 TCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTT
66 TCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTT
* * *
35020529 GAAGTCACTAGTTTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTGAAGATAG
131 GAAGTCACTAGTCTTATCTCCCTGAAGATGCAGTGGAGCAGACTGAAGACAG
* * *
35020581 CAAACCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAGCCATAAATAAACAGACCTTATCTC
1 CAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAGCTATAAATAAACAGATCTTATCTC
* * * * * * * *
35020646 TCTAAAGTTGCTATAGAGCAGATCATAACAAACTTTATCTTCCTAAAGTTGCAGTGGAGCAGGAT
66 TCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTT
35020711 GAA
131 GAA
35020714 AACTACAAAC
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 33, Indels: 1
0.89 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 112 0.40
182 169 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (182 bp):
CAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAACAGATTGAAGCTATAAATAAACAGATCTTATCTC
TCTGAAGTTGCAATAGAGCAGATCAAAACAAACCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGAGGAGCAGGTT
GAAGTCACTAGTCTTATCTCCCTGAAGATGCAGTGGAGCAGACTGAAGACAG
Found at i:35021404 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 35021372--35021418 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
35021362 CTGTTATTTA
*
35021372 TTTTTTTTCTTTTCTTTCT
1 TTTTTTTTATTTTCTTTCT
35021391 TTTTATTTTATTTTCTTTCT
1 TTTT-TTTTATTTTCTTTCT
35021411 TTTCTTTT
1 TTT-TTTT
35021419 CGAATCTATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.16
20 20 0.80
21 1 0.04
ACGTcount: A:0.04, C:0.13, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTTTATTTTCTTTCT
Found at i:35022141 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 35022135--35022249 Score: 78
Period size: 3 Copynumber: 40.0 Consensus size: 3
35022125 TTACTACTAC
* * * * *
35022135 TAT TAT TAC TAT T-G TAT TAT TAT TAT TAC TAC TAT TAG TAT TAT T-T
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
* * ** * * *
35022181 TAT AAC TAT TAT T-T TAT TGC TAT TAC TAC TAT TTT TAT TA- TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
*
35022227 TAT TAC TAT TA- TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
35022250 GTTTTTTTAC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 22, Indels: 10
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 9 0.11
3 76 0.89
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:35022160 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 35022135--35022249 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 5.3 Consensus size: 20
35022125 TTACTACTAC
35022135 TATTATTACTATTGTATTATTAT
1 TATTATTACTA-T-TA-TATTAT
*
35022158 TATTACTACTATTAGTATTAT
1 TATTATTACTATTA-TATTAT
* *
35022179 T-TTATAACTATTATTTTATT
1 TATTATTACTATTATATTA-T
* *
35022199 GCTATTACTACTATTTTTATTATAT
1 --TATTATTACTA-TTATA-T-TAT
35022224 TATTATTACTATTATATTAT
1 TATTATTACTATTATATTAT
35022244 TATTAT
1 TATTAT
35022250 GTTTTTTTAC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 11, Indels: 17
0.73 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.05
20 20 0.27
21 10 0.14
22 6 0.08
23 27 0.36
24 3 0.04
25 2 0.03
26 2 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TATTATTACTATTATATTAT
Found at i:35022189 original size:43 final size:46
Alignment explanation
Indices: 35022135--35022249 Score: 146
Period size: 43 Copynumber: 2.6 Consensus size: 46
35022125 TTACTACTAC
*
35022135 TATTATTACTATTGTATTATTATTATTACTACTATTAGTA-T-TAT
1 TATTATTACTATTATATTATTATTATTACTACTATTAGTATTATAT
* * ** **
35022179 T-TTATAACTATTATTTTATTGCTATTACTACTATTTTTATTATAT
1 TATTATTACTATTATATTATTATTATTACTACTATTAGTATTATAT
35022224 TATTATTACTATTATATTATTATTAT
1 TATTATTACTATTATATTATTATTAT
35022250 GTTTTTTTAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 4
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 31 0.54
44 2 0.04
45 4 0.07
46 20 0.35
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.03, T:0.59
Consensus pattern (46 bp):
TATTATTACTATTATATTATTATTATTACTACTATTAGTATTATAT
Found at i:35022527 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 35022513--35022543 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 3.6 Consensus size: 9
35022503 TTATTTTAGC
35022513 TTATTCGTT
1 TTATTCGTT
35022522 TTATTC-TT
1 TTATTCGTT
35022530 TTATTCGTT
1 TTATTCGTT
35022539 TTATT
1 TTATT
35022544 TTCTTTTTTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.38
9 13 0.62
ACGTcount: A:0.13, C:0.10, G:0.06, T:0.71
Consensus pattern (9 bp):
TTATTCGTT
Found at i:35022557 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 35022513--35022559 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
35022503 TTATTTTAGC
35022513 TTATTCGTTTTA--TTCTT
1 TTATTCGTTTTATTTTCTT
35022530 TTATTCGTTTTATTTTCTT
1 TTATTCGTTTTATTTTCTT
35022549 TT-TTC-TTTTAT
1 TTATTCGTTTTAT
35022560 CATTATCGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.64
18 3 0.11
19 7 0.25
ACGTcount: A:0.11, C:0.11, G:0.04, T:0.74
Consensus pattern (19 bp):
TTATTCGTTTTATTTTCTT
Found at i:35028102 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 35028069--35028137 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
35028059 TATATCTTTC
*
35028069 AAAATAAAAT-AATAAT
1 AAAATTAAATGAA-AAT
35028085 AAAATTGAAATGAAAAT
1 AAAATT-AAATGAAAAT
*
35028102 AAAAATTAAAAGAAAAT
1 -AAAATTAAATGAAAAT
*
35028119 AAAATAAAAT-AAAAT
1 AAAATTAAATGAAAAT
35028134 AAAA
1 AAAA
35028138 ATAAGACTAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.20
16 13 0.28
17 16 0.35
18 8 0.17
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.04, T:0.20
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTAAATGAAAAT
Found at i:35028140 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 35028069--35028141 Score: 78
Period size: 11 Copynumber: 6.6 Consensus size: 11
35028059 TATATCTTTC
35028069 AAAATAAAATA
1 AAAATAAAATA
* *
35028080 ATAATAAAATT
1 AAAATAAAATA
*
35028091 GAAATGAAAATA
1 AAAAT-AAAATA
*
35028103 AAAATTAAAA-G
1 AAAA-TAAAATA
35028114 AAAATAAAAT-
1 AAAATAAAATA
35028124 AAAATAAAATA
1 AAAATAAAATA
35028135 AAAATAA
1 AAAATAA
35028142 GACTAAATAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 7, Indels: 8
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
10 15 0.29
11 23 0.45
12 12 0.24
13 1 0.02
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.04, T:0.21
Consensus pattern (11 bp):
AAAATAAAATA
Found at i:35028141 original size:6 final size:5
Alignment explanation
Indices: 35028069--35028137 Score: 75
Period size: 5 Copynumber: 12.8 Consensus size: 5
35028059 TATATCTTTC
* *
35028069 AAAAT AAAAT AATAAT AAAATT GAAAT GAAAAT AAAAATT AAAAG AAAAT
1 AAAAT AAAAT AA-AAT AAAA-T AAAAT -AAAAT -AAAA-T AAAAT AAAAT
35028119 AAAAT AAAAT AAAAT AAAA
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAA
35028138 ATAAGACTAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 8
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 33 0.60
6 21 0.38
7 1 0.02
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.04, T:0.20
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:35029740 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 35029656--35029767 Score: 181
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 55
35029646 TGGCGATCAC
*
35029656 GGGCGTGTGACGCGGAGAGGAAGCCATGTGG-AGGAAAAATAGAGGGTATAGAGA
1 GGGCGTGTGACGCGGAGAAGAAGCCATGTGGTAGGAAAAATAGAGGGTATAGAGA
* * *
35029710 GGGCGTGTGACGCGGAGAAGAAGCCGTGTGGTGGGAAAAATTGAGGGTATAGAGA
1 GGGCGTGTGACGCGGAGAAGAAGCCATGTGGTAGGAAAAATAGAGGGTATAGAGA
35029765 GGG
1 GGG
35029768 AAAAGTGGGG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
54 29 0.55
55 24 0.45
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.46, T:0.14
Consensus pattern (55 bp):
GGGCGTGTGACGCGGAGAAGAAGCCATGTGGTAGGAAAAATAGAGGGTATAGAGA
Found at i:35030443 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 35030374--35030488 Score: 176
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
35030364 GTGTTGCTTC
* *
35030374 CCCTGTTTGGCCATGGCTTTAGGCACGCCCGTGTGCCTAGCTGTGTGTGCTAAAATCTTT
1 CCCTGTTTGGCCACGGCTTTAGGCACGCCCGTGTGCCTAGCCGTGTGTGCTAAAATCTTT
* * * *
35030434 CCCTGTTTGGCCACGGCTTTAGGCATGCCTGTGTGTCTGGCCGTGTGTGCTAAAA
1 CCCTGTTTGGCCACGGCTTTAGGCACGCCCGTGTGCCTAGCCGTGTGTGCTAAAA
35030489 ATTTTGCAAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 49 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.26, G:0.29, T:0.32
Consensus pattern (60 bp):
CCCTGTTTGGCCACGGCTTTAGGCACGCCCGTGTGCCTAGCCGTGTGTGCTAAAATCTTT
Found at i:35032657 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 35032604--35032872 Score: 261
Period size: 46 Copynumber: 5.8 Consensus size: 46
35032594 TGGTTGAGCA
35032604 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* * *
35032650 TCTGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-GTGA--GA--CGTAACTAGG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCG-AA-T--G
*
35032695 CATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
1 --TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* * *
35032743 TCTGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-GTGA--GA--CGTAACTAGG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCG-AA-T--G
* *
35032788 CATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACG
1 --TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
* *
35032836 CCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGG
1 TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGG
35032873 GCGGGTTACA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 17, Indels: 44
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.02
42 4 0.02
43 6 0.03
45 6 0.03
46 91 0.49
47 54 0.29
48 6 0.03
50 5 0.03
51 4 0.02
52 4 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.30, T:0.29
Consensus pattern (46 bp):
TCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATG
Found at i:35032725 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 35032656--35032818 Score: 203
Period size: 47 Copynumber: 3.5 Consensus size: 47
35032646 AATGTCTGAA
35032656 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAGGCATCCGAG
1 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAGGCATCCGAG
* * * *
35032703 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCG-AA-T--G--TCTGAA
1 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC-GTGA--GA--CGTAACTAGGCATCCGAG
35032749 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAGGCATCCGAG
1 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAGGCATCCGAG
35032796 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC
1 CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTC
35032819 ACTTATGGAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 8, Indels: 22
0.76 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.02
42 2 0.02
43 3 0.03
45 3 0.03
46 27 0.28
47 50 0.52
48 3 0.03
50 3 0.03
51 2 0.02
52 2 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.20, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (47 bp):
CTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAGGCATCCGAG
Found at i:35032760 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 35032601--35032864 Score: 483
Period size: 93 Copynumber: 2.8 Consensus size: 93
35032591 GGATGGTTGA
*
35032601 GCATCCGAACTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
1 GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
35032666 TGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAG
66 TGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAG
35032694 GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
1 GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
35032759 TGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAG
66 TGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAG
* * * *
35032787 GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAACGCCCGAGCTCGTTGAGT
1 GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
35032852 TGAGTCCGAGTTC
66 TGAGTCCGAGTTC
35032865 ACTTATGGGC
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 166 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (93 bp):
GCATCCGAGCTCGTTGAGTTGAGTCCGAGTTCACTTATGGATGCGAATGTCTGAACTCGTTGAGT
TGAGTCCGAGTTCGTGAGACGTAACTAG
Found at i:35037292 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 35037166--35037318 Score: 261
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
35037156 AGATCTTCAG
35037166 TCTTGGAGTAGCTCCAGCTTTTGAGATGGATCGTCTGACTTTCTTCAAGTAATTCCTAGCGTGTG
1 TCTTGGAGTAGCTCCAGCTTTTGAGATGGATCGTCTGACTTTCTTCAAGTAATTCCTAGCGTGTG
35037231 GTTCTGTATTC
66 GTTCTGTATTC
* * * *
35037242 TCTTGGAGTAGCTCCGGCTTTTGAGATGGATCGTCTGGCTTTCTTCAAGTAATTCTTGGCGTGTG
1 TCTTGGAGTAGCTCCAGCTTTTGAGATGGATCGTCTGACTTTCTTCAAGTAATTCCTAGCGTGTG
*
35037307 TTTCTGTATTC
66 GTTCTGTATTC
35037318 T
1 T
35037319 AGAAAAGTTC
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 5, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 72 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.19, G:0.25, T:0.41
Consensus pattern (76 bp):
TCTTGGAGTAGCTCCAGCTTTTGAGATGGATCGTCTGACTTTCTTCAAGTAATTCCTAGCGTGTG
GTTCTGTATTC
Found at i:35057063 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 35057038--35057078 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
35057028 TAATTTCGGC
*
35057038 TATTCCGCTCA-TTTCATAAAG
1 TATTCCGCTCAGTTTAATAAAG
*
35057059 TATTCTGCTCAGTTTAATAA
1 TATTCCGCTCAGTTTAATAA
35057079 CAACTACCCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.59
22 7 0.41
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
TATTCCGCTCAGTTTAATAAAG
Found at i:35061967 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 35061934--35061967 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
35061924 GGAGATTGTT
* *
35061934 AACATTAATGGGAGAC
1 AACATTAATGGCAAAC
35061950 AACATTAATGGCAAAC
1 AACATTAATGGCAAAC
35061966 AA
1 AA
35061968 ATCCAAGTGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.15, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (16 bp):
AACATTAATGGCAAAC
Found at i:35064801 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35064775--35064815 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
35064765 AGACGAGCAA
* *
35064775 TACTCCACAGCAGGTGGAGTG
1 TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
35064796 TACTCCAAAACAGGTGGAGT
1 TACTCCAAAACAGGTGGAGT
35064816 TTGAGCTGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.29, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
TACTCCAAAACAGGTGGAGTG
Found at i:35066294 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35066273--35066307 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35066263 TTATTATTAA
*
35066273 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35066291 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35066308 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35066656 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35066635--35066669 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35066625 TTATTATTAA
*
35066635 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35066653 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35066670 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35066773 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 35066253--35076154 Score: 18114
Period size: 120 Copynumber: 82.2 Consensus size: 120
35066243 GTAGCTGTGT
35066253 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35066318 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35066373 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35066438 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35066494 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35066559 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35066615 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35066680 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35066735 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35066800 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35066855 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35066920 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35066976 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35067041 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067097 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067162 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067217 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067282 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35067337 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35067402 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35067458 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35067523 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067579 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067644 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067699 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067764 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35067819 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35067884 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35067940 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35068005 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068061 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068126 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068181 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068246 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35068301 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35068366 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35068422 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35068487 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068543 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068608 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068663 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068728 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35068783 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35068848 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35068904 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35068969 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069025 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069090 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069145 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069210 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35069265 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35069330 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35069386 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35069451 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069507 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069572 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069627 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069692 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35069747 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35069812 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35069868 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35069933 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069989 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070054 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070109 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070174 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35070229 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35070294 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35070350 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35070415 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070471 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070536 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070591 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070656 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35070711 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35070776 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35070832 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35070897 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070953 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071018 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071073 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071138 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35071193 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35071258 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35071314 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35071379 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071435 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071500 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071555 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071620 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35071675 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35071740 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35071796 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35071861 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071917 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071982 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072037 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072102 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35072157 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35072222 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35072278 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35072343 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072399 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072464 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072519 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072584 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35072639 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35072704 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35072760 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35072825 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072881 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072946 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073001 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073066 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35073121 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35073186 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35073242 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35073307 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073363 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073428 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073483 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073548 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35073603 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35073668 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073724 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073789 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073844 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073909 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35073964 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35074029 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35074085 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35074150 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074206 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074271 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074326 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074391 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074446 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074511 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35074566 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35074631 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35074687 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074752 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35074807 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074872 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074927 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074992 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35075047 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35075112 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35075167 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35075232 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35075287 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35075352 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35075407 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTACAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35075472 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35075527 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35075592 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35075648 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35075713 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* * *
35075769 ATTAACATAATTATTATTAAATGTATTTTAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
*
35075834 TAATATTCTTATATTAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35075889 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAA-AAAATTTCTTAATAA
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAA-TTCTTAATAA
*
35075953 TTAATATTCTTATATTAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
65 TTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35076009 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
*
35076074 TAATATTCTTATATTAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35076129 ATTAACATAATTATTATTAAATATAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATAT
35076155 AACTTGAAAA
Statistics
Matches: 9634, Mismatches: 89, Indels: 118
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
119 23 0.00
120 5329 0.55
121 4263 0.44
122 19 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (120 bp):
ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
Found at i:35066776 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35066755--35066789 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35066745 TTATTATTAA
*
35066755 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35066773 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35066790 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35067138 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35067117--35067151 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35067107 TTATTATTAA
*
35067117 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35067135 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35067152 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35067158 original size:482 final size:482
Alignment explanation
Indices: 35066253--35076154 Score: 19391
Period size: 482 Copynumber: 20.6 Consensus size: 482
35066243 GTAGCTGTGT
35066253 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35066318 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35066383 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35066448 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35066513 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35066578 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35066643 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35066708 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35066735 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35066800 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35066865 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35066930 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35066995 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35067060 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35067125 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35067190 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067217 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067282 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35067347 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35067412 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35067477 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35067542 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35067607 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35067672 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35067699 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35067764 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35067829 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35067894 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35067959 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35068024 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35068089 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35068154 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068181 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068246 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35068311 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35068376 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35068441 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35068506 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35068571 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35068636 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35068663 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35068728 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35068793 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35068858 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35068923 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35068988 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35069053 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35069118 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069145 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069210 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35069275 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35069340 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35069405 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35069470 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35069535 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35069600 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35069627 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35069692 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35069757 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35069822 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35069887 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35069952 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35070017 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35070082 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070109 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070174 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35070239 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35070304 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35070369 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35070434 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35070499 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35070564 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35070591 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35070656 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35070721 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35070786 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35070851 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35070916 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35070981 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35071046 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071073 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071138 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35071203 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35071268 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35071333 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35071398 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35071463 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35071528 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35071555 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35071620 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35071685 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35071750 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35071815 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35071880 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35071945 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35072010 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072037 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072102 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35072167 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35072232 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35072297 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35072362 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35072427 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35072492 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35072519 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35072584 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35072649 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35072714 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35072779 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35072844 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35072909 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35072974 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073001 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073066 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35073131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35073196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35073261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
35073326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
35073391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35073456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35073483 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35073548 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35073613 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35073678 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
* *
35073743 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-AATTAATATTCTTATATTAA
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATTCTTATATTAA
35073806 TTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATT
325 TTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATT
35073871 TTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAA
390 TTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAA
35073936 TCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
455 TCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
* *
35073964 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGG
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-A
35074029 A-TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACAT
64 ATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACAT
35074093 AATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATT
129 AATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATT
35074158 CTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTAT
194 CTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTAT
* *
35074223 TAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-AATTAATATTCTTATATT
259 TAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATTCTTATATT
35074286 AATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATA
323 AATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATA
35074351 TTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGA
388 TTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGA
35074416 AATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
453 AATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074446 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074511 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35074576 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35074641 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
*
35074706 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAA-T-AATTAATATTCTTATATTAA
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATTCTTATATTAA
35074769 TTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATT
325 TTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATT
*
35074834 TTAATTAAACTATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAA
390 TTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAA
35074899 TCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
455 TCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
35074927 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35074992 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
* ** *
35075057 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAA-T-AATTAATATTC
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATTC
35075120 TTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATT
195 TTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATT
* *
35075185 AAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAA-T-AATTAATATTCTTATATTA
260 AAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATTCTTATATTA
35075248 ATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATAT
324 ATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATAT
35075313 TTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAA
389 TTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAA
35075378 ATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
454 ATCATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35075407 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTACAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
35075472 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
66 TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
35075537 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
131 TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
35075602 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
196 TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
35075667 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
261 AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
*
35075732 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATGTATTT
326 TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
* * *
35075797 TAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTCAAAT
391 TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
35075862 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
456 CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
*
35075889 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAA-AAAATTTCTTAATAA
1 ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAA-TTCTTAATAA
*
35075953 TTAATATTCTTATATTAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATA
65 TTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATA
* ** *
35076018 ATTATTATTAAATATATTTTAATTAAACTATATAATTTAAAAAAATTCTTAA-T-AATTAATATT
130 ATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGA-TAATATT
*
35076081 CTTATATTAATTTACTCAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTAT
194 CTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTAT
35076146 TAAATATAT
259 TAAATATAT
35076155 AACTTGAAAA
Statistics
Matches: 9376, Mismatches: 33, Indels: 23
0.99 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
479 1 0.00
480 474 0.05
481 1030 0.11
482 7869 0.84
483 2 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (482 bp):
ATTAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAAT
TAATATTCTTATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAA
TTATTATTAAATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCT
TATATTAATTTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTA
AATATATTTTAATTAAAATATATAATTTAATGAAATTCTTAATTGGATAATATTCTTATATTAAT
TTACTGAAATCATAATATATGATACTGTAAAATATAAATTAACATAATTATTATTAAATATATTT
TAATTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATAATTAATATTCTTATATTAATTTACTGAAAT
CATAATATATGATACTGTAAAATATAA
Found at i:35067258 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35067237--35067271 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35067227 TTATTATTAA
*
35067237 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35067255 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35067272 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35067620 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35067599--35067633 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35067589 TTATTATTAA
*
35067599 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35067617 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35067634 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35067740 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35067719--35067753 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35067709 TTATTATTAA
*
35067719 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35067737 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35067754 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35068102 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35068081--35068115 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35068071 TTATTATTAA
*
35068081 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35068099 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35068116 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35068222 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35068201--35068235 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35068191 TTATTATTAA
*
35068201 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35068219 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35068236 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35068584 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35068563--35068597 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35068553 TTATTATTAA
*
35068563 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35068581 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35068598 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35068704 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35068683--35068717 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35068673 TTATTATTAA
*
35068683 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35068701 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35068718 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35069066 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35069045--35069079 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35069035 TTATTATTAA
*
35069045 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35069063 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35069080 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35069186 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35069165--35069199 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35069155 TTATTATTAA
*
35069165 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35069183 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35069200 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35069548 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35069527--35069561 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35069517 TTATTATTAA
*
35069527 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35069545 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35069562 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35069668 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35069647--35069681 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35069637 TTATTATTAA
*
35069647 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35069665 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35069682 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35070030 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35070009--35070043 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35069999 TTATTATTAA
*
35070009 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35070027 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35070044 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35070150 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35070129--35070163 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35070119 TTATTATTAA
*
35070129 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35070147 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35070164 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35070512 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35070491--35070525 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35070481 TTATTATTAA
*
35070491 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35070509 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35070526 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35070632 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35070611--35070645 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35070601 TTATTATTAA
*
35070611 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35070629 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35070646 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35070994 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35070973--35071007 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35070963 TTATTATTAA
*
35070973 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35070991 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35071008 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35071114 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35071093--35071127 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35071083 TTATTATTAA
*
35071093 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35071111 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35071128 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35071476 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35071455--35071489 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35071445 TTATTATTAA
*
35071455 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35071473 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35071490 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35071596 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35071575--35071609 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35071565 TTATTATTAA
*
35071575 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35071593 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35071610 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35071958 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35071937--35071971 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35071927 TTATTATTAA
*
35071937 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35071955 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35071972 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35072078 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35072057--35072091 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35072047 TTATTATTAA
*
35072057 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35072075 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35072092 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35072440 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35072419--35072453 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35072409 TTATTATTAA
*
35072419 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35072437 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35072454 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35072560 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35072539--35072573 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35072529 TTATTATTAA
*
35072539 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35072557 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35072574 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:35072922 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35072901--35072935 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35072891 TTATTATTAA
*
35072901 ATATATTTTAATTAAAAT
1 ATATAATTTAA-TAAAAT
35072919 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
35072936 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.38
18 10 0.62
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Done.