Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold12382.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2259
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.10, T:0.22
Warning! 469 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:472 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 449--1002 Score: 214
Period size: 18 Copynumber: 34.3 Consensus size: 18
439 TTAACCCTAA
449 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* ****
467 CCTAACCCTAA-CCCTAAC
1 CCTAA-CTTAATTAAAAAC
* *
485 CCTAATTTAATTAAAACC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
503 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* **
521 TCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
532 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
550 TCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
568 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
579 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
597 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* **
615 TCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
626 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* ****
644 CCTAACCCTAA-CCCTAA-
1 CCTAA-CTTAATTAAAAAC
*
661 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
679 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
697 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* **
715 ACTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
726 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
744 CCCAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
762 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
* *
773 CCTAATTTAATTAAAGAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
791 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
802 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
820 CCTAACTAAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
838 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
849 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
867 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
885 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
896 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
914 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
**
932 CCTAAC---CCT---AA-
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
943 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
961 TCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
979 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
997 CCTAAC
1 CCTAAC
1003 CCTAACCTAA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 91, Indels: 136
0.62 0.15 0.23
Matches are distributed among these distances:
11 44 0.12
12 17 0.05
14 9 0.02
15 9 0.02
16 3 0.01
17 27 0.07
18 261 0.69
19 7 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.26, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
CCTAACTTAATTAAAAAC
Found at i:475 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 464--489 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
454 CTTAATTAAA
464 AACCCT AACCCT AACCCT AACCCT AA
1 AACCCT AACCCT AACCCT AACCCT AA
490 TTTAATTAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.46, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
AACCCT
Found at i:544 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 470--984 Score: 604
Period size: 47 Copynumber: 11.2 Consensus size: 47
460 TAAAAACCCT
*
470 AACCCTAACCCTAACCCTAATTTAATTAAAACCCCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAA-CCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
* *
518 AACTCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
*
565 AACCCTAACCCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
*
612 AACTCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAA-CC---C-----T---
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
647 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
* * ** * *
694 AACCCTAA-CTTAA-TTAA-AAACACTAACCCTAA-CCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTA-ATTAA---AAACCCTAACTTAATTAAA
* * * * * * *
741 AACCCCAA-CTTAA-TTAA--AAACCCTAACCCTAA-CCTAATTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAA--TTAA---AAACCCTAACTTAATTAAA
* *
788 GACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTAAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
835 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
882 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
*
929 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAACTTAATTAAA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
976 AACCCTAAC
1 AACCCTAAC
985 TTAATTAAAA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 29, Indels: 47
0.85 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 30 0.07
36 2 0.00
38 1 0.00
39 1 0.00
43 1 0.00
44 2 0.00
45 8 0.02
46 10 0.02
47 333 0.80
48 19 0.05
49 6 0.01
51 2 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.26, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
Found at i:555 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 333--484 Score: 241
Period size: 29 Copynumber: 5.2 Consensus size: 29
323 CCACGCAAAC
*
333 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACTCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* *
362 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAACCCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
*
391 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACTCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* *
420 CCTAATTTAATTAAAAACCTTAACCCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
449 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
478 CCCTAAC
1 -CCTAAC
485 CCTAATTTAA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 11, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
29 105 0.95
30 6 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.28, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
Found at i:583 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 551--745 Score: 120
Period size: 29 Copynumber: 6.7 Consensus size: 29
541 ATTAAAAACT
551 CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
1 CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
*
580 CTAACTTAATTAAAAACCCTAA-CTTAA-
1 CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
* * * ** *
607 TTAA--AAACT-CTAACCCTAA-CCTAAT
1 CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
*
632 TTAA-TTAA--AAACCCTAACCCTAACCCTAAC
1 CTAACTTAATTAAA----AACCCTAACCCTAAC
* **
662 CTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACC
1 CTAACTTAATTAAAAACCCTAAC---CCT---AA-C
*
698 CTAACTTAATTAAAAACACTAACCCTAAC
1 CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
727 CTAACTTAATTAAAAACCC
1 CTAACTTAATTAAAAACCC
746 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 36
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.09
25 7 0.05
26 2 0.02
27 3 0.02
28 4 0.03
29 58 0.45
30 10 0.08
31 4 0.03
32 1 0.01
33 4 0.03
35 2 0.02
36 22 0.17
ACGTcount: A:0.47, C:0.27, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
CTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
Found at i:591 original size:94 final size:93
Alignment explanation
Indices: 470--1044 Score: 602
Period size: 94 Copynumber: 6.2 Consensus size: 93
460 TAAAAACCCT
* *
470 AACCCTAACCCTAACCCTAATTTAATTAAAACCCCTAACTTAATTAAAAACTCTAACCCTAACCT
1 AACCCTAACCCTAA-CCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
535 AATTTAATTAAAAACTCTAACTTAATTAAA
65 AATTTAATTAAAAAC-CTAACTTAATTAAA
* *
565 AACCCTAACCCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACTCTAACCCTAACCTA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
630 ATTTAATTAAAAACC---C-----T---
66 ATTTAATTAAAAACCTAACTTAATTAAA
* *
647 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAA-CTTAA-TTA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
** * *
710 A-AAACACTAACCCTAACCTAACTTAATTAAA
66 ATTTA-ATTAA---AAACCTAACTTAATTAAA
* * * * * * * *
741 AACCCCAA-CTTAA-TTAA--AAACCCTAACCCTAA-CCTAATTTAATTAAAGACCCTAACCCTA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAA--TTAA---AAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTA
*
801 ACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTAAATTAAA
61 ACCTAATTTAATTAAAAA-CCTAACTTAATTAAA
835 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
900 ATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAA
66 ATTTAATTAAAAA-CCTAACTTAATTAAA
* * *
929 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACTCTAACTTAATTAAAAACCCTAA-CTTAA-TTA
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
* * *
992 A--AAACCCTAACCCTAACCTAACTTAATTAAA
66 ATTTAA--TTAA---AAACCTAACTTAATTAAA
1023 AACCCTAACCCTAACCTAATTT
1 AACCCTAACCCTAACCTAATTT
1045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 40, Indels: 69
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 7 0.02
81 4 0.01
82 53 0.13
83 4 0.01
85 1 0.00
86 1 0.00
90 5 0.01
91 1 0.00
92 12 0.03
93 13 0.03
94 262 0.65
95 26 0.06
96 13 0.03
97 1 0.00
98 2 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.26, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (93 bp):
AACCCTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
ATTTAATTAAAAACCTAACTTAATTAAA
Found at i:655 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 616--737 Score: 140
Period size: 35 Copynumber: 3.5 Consensus size: 35
606 ATTAAAAACT
616 CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
651 CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAA-C
1 CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
* **** * *
685 TTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAACACTAACC
1 CTAA-CCCTAA-CCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
*
722 CTAA-CCTAACTTAATT
1 CTAACCCTAACCTAATT
738 AAAAACCCCA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 13, Indels: 7
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 9 0.13
35 37 0.52
36 21 0.30
37 4 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.27, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (35 bp):
CTAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
Found at i:792 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 750--825 Score: 143
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
740 AAACCCCAAC
750 TTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAAT
1 TTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAAT
*
779 TTAATTAAAGACCCTAACCCTAACCTAAT
1 TTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAAT
808 TTAATTAAAAACCCTAAC
1 TTAATTAAAAACCCTAAC
826 TAAATTAAAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 45 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.26, G:0.01, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
TTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAAT
Found at i:946 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 914--1041 Score: 157
Period size: 29 Copynumber: 4.2 Consensus size: 29
904 AATTAAAAAC
914 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* * **
943 CCTAATTTAATTAAAAACTCTAACTTAATTAAAAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAAC---CCT---AA
978 CCCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1 -CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1008 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1037 CCTAA
1 CCTAA
1042 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 8, Indels: 14
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
29 56 0.67
30 2 0.02
32 1 0.01
33 1 0.01
35 2 0.02
36 22 0.26
ACGTcount: A:0.46, C:0.27, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
CCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
Done.