Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold12478.1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2210
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.12, T:0.40


Found at i:528 original size:46 final size:46

Alignment explanation


    Indices: 468--1426  Score: 1830
    Period size: 46  Copynumber: 20.8  Consensus size: 46

        458 TTCGACATGA

                  *  *         *         *              *  
        468 TGCCATAGTGTCTTTCAACTATGGTCTTACTCACTTTC-TGTCATGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCA-TTTCATGTCACGT

                                        *                 
        514 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTGTTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        560 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        606 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        652 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        698 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        744 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        790 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        836 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        882 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        928 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
        974 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1020 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1066 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1112 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1158 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1204 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1250 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1296 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                                          
       1342 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

                                         **        
       1388 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTACACATTTCAT
          1 TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCAT

       1427 TTCAGATAAC


Statistics
Matches: 903,  Mismatches: 9, Indels: 2
        0.99            0.01        0.00

Matches are distributed among these distances:
  45    4  0.00
  46  899  1.00

ACGTcount: A:0.19, C:0.24, G:0.15, T:0.41


Consensus pattern (46 bp):   
TGCCATGGTATCTTTCAACCATGGTCTTATTCATTTCATGTCACGT

Done.