genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89181077--89181135	24	2.6	23	76	7	68	32	22	3	42	1.70
89183356--89183410	26	2.1	26	96	0	101	27	25	10	36	1.89
89186131--89186297	88	1.9	87	83	1	217	37	19	7	34	1.81
89186325--89186379	19	2.9	18	76	7	56	63	0	3	32	1.12
89186325--89186382	18	3.2	19	82	4	66	65	0	3	31	1.09
89186413--89186468	18	3.1	19	70	17	55	66	3	1	28	1.19
89186663--89186716	19	2.9	19	83	2	74	37	1	0	61	1.07
89186670--89186741	18	3.9	18	76	7	65	36	2	0	61	1.11
89186726--89186774	18	2.6	19	78	18	57	24	4	0	71	1.03
89186663--89186752	47	1.9	47	84	4	119	34	3	0	62	1.12
89186768--89186801	10	3.4	10	100	0	68	55	0	0	44	0.99
89188919--89188957	18	2.1	18	85	9	51	48	5	0	46	1.24
89191668--89191696	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
89194369--89194394	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
89195094--89195156	5	12.6	5	98	0	117	41	20	38	0	1.53
89200331--89200368	20	1.9	20	88	0	58	31	10	2	55	1.48
89206138--89206358	35	6.2	35	81	10	232	22	21	16	39	1.92
89206148--89206358	71	2.9	70	83	6	246	22	21	16	39	1.91
89207065--89207091	13	2.1	13	100	0	54	22	14	7	55	1.64
89211685--89212045	46	7.7	47	74	12	187	26	17	30	25	1.98
89212988--89213078	42	2.2	42	95	0	164	16	20	42	19	1.89
89214710--89214811	28	3.5	27	71	19	80	23	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89214711--89214847	60	2.3	59	83	8	161	24	24	21	29	1.99
89214852--89214894	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
89215497--89215527	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
89217782--89217826	21	2.1	21	84	8	56	26	28	20	24	1.99
89230030--89230096	33	2.0	33	97	0	125	29	25	17	26	1.98
89233425--89233450	5	5.2	5	100	0	52	0	23	0	76	0.78
89234100--89234155	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
89235712--89235765	22	2.5	22	96	0	99	14	14	20	50	1.78
89241171--89241226	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
89244205--89244237	9	3.8	9	88	4	50	69	6	0	24	1.10
89245410--89245469	29	2.1	29	100	0	120	38	16	18	26	1.92
89246029--89246331	56	5.4	56	88	0	426	34	24	13	26	1.93
89248303--89248371	24	3.0	23	72	20	63	33	14	13	39	1.85
89248638--89248737	40	2.5	40	83	0	137	49	12	13	26	1.76
89248638--89248749	40	2.8	39	81	6	134	49	11	12	26	1.75
89250476--89250518	16	2.6	16	81	3	50	9	16	0	74	1.06
89252670--89252781	40	2.8	40	84	4	136	50	13	8	28	1.70
89255960--89255989	16	1.9	15	93	6	51	46	0	23	30	1.52
89257422--89257462	17	2.3	18	87	4	57	34	21	7	36	1.82
89260621--89260805	40	4.6	40	89	4	266	24	20	29	25	1.99
89260620--89260846	80	2.8	80	84	3	287	25	19	28	26	1.99
89260620--89260846	40	5.7	40	82	7	232	25	19	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89261830--89261923	27	3.6	25	84	8	116	35	13	14	36	1.86
89265296--89265398	26	4.0	26	80	9	122	33	7	18	39	1.79
89265296--89265398	53	2.0	50	84	5	134	33	7	18	39	1.79
89277245--89277269	7	3.6	7	100	0	50	84	0	16	0	0.63
89276908--89277341	211	2.0	214	90	6	678	49	6	23	20	1.72
89278033--89278064	12	2.7	12	95	0	55	31	9	3	56	1.47
89278181--89278341	62	2.6	61	85	2	205	19	19	30	30	1.97
89289499--89289553	22	2.5	22	100	0	110	21	34	34	9	1.85
89296965--89297064	35	2.8	35	77	14	98	40	0	7	53	1.28
89297261--89297313	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
89301591--89301762	48	3.6	48	87	3	249	19	16	27	35	1.94
89301582--89301762	96	1.9	96	89	4	285	20	16	27	35	1.94
89306325--89306403	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
89306521--89306886	47	7.7	47	96	0	624	30	29	9	31	1.89
89306699--89306826	25	5.4	24	62	11	75	32	26	7	33	1.83
89310298--89310454	40	3.9	40	82	0	161	26	27	21	24	1.99
89310325--89310495	80	2.1	80	82	2	200	26	26	21	25	2.00
89310384--89310533	80	1.9	81	81	6	189	24	28	23	24	1.99
89310839--89310917	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
89310899--89311001	43	2.4	43	98	0	197	25	36	15	22	1.93
89312855--89312933	37	2.1	37	88	0	113	25	30	20	24	1.98
89313051--89313371	47	6.7	48	97	1	549	30	30	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89313233--89313311	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
89314493--89314618	47	2.6	48	82	8	141	24	30	16	28	1.97
89314594--89314759	47	3.6	46	78	8	167	25	29	16	28	1.97
89314585--89314759	94	1.9	93	89	2	271	25	29	17	28	1.97
89326195--89326453	46	5.7	45	76	13	169	23	31	19	25	1.98
89326238--89326453	92	2.4	90	80	9	233	22	31	19	25	1.98
89331842--89332106	47	5.7	46	75	12	208	23	29	18	27	1.98
89331937--89332109	94	1.9	92	84	9	235	22	29	19	28	1.98
89331841--89332106	46	5.7	45	72	17	190	23	29	19	27	1.98
89332239--89332363	62	2.0	63	95	1	225	42	13	8	36	1.74
89342922--89343067	37	3.9	37	92	0	229	26	32	18	22	1.97
89343229--89343620	47	8.1	47	86	5	523	26	29	12	32	1.92
89343229--89343620	94	4.1	98	90	4	584	26	29	12	32	1.92
89343255--89343620	100	3.8	98	91	3	587	26	28	12	32	1.92
89346092--89346217	47	2.7	47	91	0	198	26	26	11	34	1.91
89352853--89352996	57	2.5	58	78	5	168	34	16	18	30	1.93
89354806--89354887	43	1.9	43	97	0	155	26	21	17	34	1.95
89363007--89363052	15	3.1	14	81	9	56	4	10	4	80	0.99
89368445--89368659	38	5.7	38	89	5	319	20	22	24	32	1.98
89368445--89368692	76	3.2	76	86	5	340	19	21	25	33	1.97
89376230--89376437	38	5.4	38	85	1	263	18	20	26	33	1.96
89378924--89378980	19	2.9	19	78	14	62	5	17	0	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89383982--89384038	27	2.1	27	100	0	114	31	14	15	38	1.87
89391461--89391503	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
89391454--89391503	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
89392757--89392813	30	1.9	30	88	0	87	33	12	26	28	1.92
89393199--89393359	46	3.5	44	82	9	164	29	16	29	24	1.97
89393199--89393369	92	1.8	94	80	12	210	29	18	28	23	1.98
89395533--89395607	27	2.8	27	71	16	75	30	20	8	41	1.81
89397458--89397528	31	2.3	31	87	4	99	47	12	12	26	1.77
89400708--89400759	17	3.1	16	81	8	59	17	0	15	67	1.24
89400708--89400746	16	2.4	16	91	0	60	12	0	15	71	1.14
89401136--89401181	25	1.9	25	86	8	69	34	6	0	58	1.24
89401236--89401324	27	3.3	28	67	19	73	29	5	5	59	1.43
89401286--89401394	22	4.9	22	71	19	66	30	6	6	56	1.49
89418595--89418761	73	2.3	73	88	1	235	28	17	19	33	1.95
89418741--89418785	13	3.4	13	84	6	63	15	11	4	68	1.34
89418742--89418779	14	2.8	13	88	7	58	15	13	5	65	1.43
89418681--89418949	100	2.7	101	90	1	409	24	18	19	37	1.94
89418953--89419236	75	3.9	74	84	6	371	30	14	20	33	1.93
89418953--89419765	146	5.4	145	87	6	965	30	15	20	33	1.94
89418953--89419795	73	11.3	72	73	14	663	29	16	20	34	1.94
89419262--89419761	148	3.4	148	94	0	824	30	16	20	33	1.94
89419867--89419899	14	2.4	14	100	0	66	18	9	6	66	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89419702--89420243	92	6.0	90	79	10	423	27	16	18	37	1.92
89419810--89420212	95	4.4	93	80	10	370	29	16	18	36	1.92
89419810--89420240	183	2.4	181	80	9	468	28	16	18	36	1.93
89421038--89421085	15	3.3	15	76	5	53	18	0	14	66	1.25
89421050--89421086	14	2.6	14	86	0	56	18	0	13	67	1.23
89421458--89421539	23	3.5	23	72	12	62	35	6	3	54	1.43
89421601--89421667	25	2.9	22	78	10	71	29	5	5	58	1.46
89421819--89421866	16	3.1	15	87	6	60	31	4	2	62	1.26
89421819--89421870	8	6.5	8	78	8	52	30	3	1	63	1.23
89425109--89425192	38	2.2	39	86	2	116	32	5	11	50	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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