Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 111961792
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Warning! 4980000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 344 of 344
Found at i:111824169 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 111824117--111824385 Score: 299
Period size: 46 Copynumber: 5.6 Consensus size: 46
111824107 TTTGAGTACT
* **
111824117 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGGTAGCTTTAGCTACACTTA
1 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
* * *
111824163 TCTGATCAAGTGACAAGTGGAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
1 TCTGATCAAATGAC------AAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
*
111824215 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
1 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
* *
111824261 TCTGATCAAGTGACAAGTGAAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTATACTTA
1 TCTGATCAAATGAC------AAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
**
111824313 TCTGATCAAGA-GACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTA
1 TCTGATCAA-ATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
111824359 TCTGATCAAGA-GACAAAGTGATAAGTG
1 TCTGATCAA-ATGACAAAGTGATAAGTG
111824386 GCTACACTTG
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 13, Indels: 26
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
46 113 0.57
52 84 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (46 bp):
TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
Found at i:111824238 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 111824117--111824385 Score: 448
Period size: 98 Copynumber: 2.7 Consensus size: 98
111824107 TTTGAGTACT
* *
111824117 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGGTAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
*
111824182 GAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
66 AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
**
111824215 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
*
111824280 AAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTATACTTA
66 AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
* *
111824313 TCTGATCAAGAGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGAGACAAAGT
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGAC-AAGT
*
111824378 GATAAGTG
65 GAAAAGTG
111824386 GCTACACTTG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 11, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
98 148 0.93
99 11 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (98 bp):
TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
Found at i:111824393 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 111824349--111824494 Score: 233
Period size: 37 Copynumber: 4.0 Consensus size: 37
111824339 GATAGCTTTA
*
111824349 GCTACACTTATCTGATCAAGAGACAAAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
*
111824386 GCTACACTTGTCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
*
111824423 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAGGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
**
111824460 GCTACACTTATCTGATC-AGGGAC-AAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
111824495 ATCACACGTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 7, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 11 0.11
36 4 0.04
37 87 0.85
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
Found at i:111825810 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 111825749--111825892 Score: 225
Period size: 49 Copynumber: 2.9 Consensus size: 49
111825739 ATGTGAACAT
* *
111825749 GTGATTATGTGATTCCGTGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATCGGTAA
1 GTGA-TATGTGATTACGTGTAAGACCATAGTTGGGCTATGGCATCGGTAA
* *
111825799 GTGATATGTGATTTCGTGTAAGACCATAGTTGGGCTATGGCATCGGTAT
1 GTGATATGTGATTACGTGTAAGACCATAGTTGGGCTATGGCATCGGTAA
* *
111825848 GTGATTTGTGATTACGTGTAAGACCATAGTTGGACTATGGCATCG
1 GTGATATGTGATTACGTGTAAGACCATAGTTGGGCTATGGCATCG
111825893 AGAAAACGAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 6, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
49 84 0.95
50 4 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (49 bp):
GTGATATGTGATTACGTGTAAGACCATAGTTGGGCTATGGCATCGGTAA
Found at i:111829069 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 111829017--111829285 Score: 299
Period size: 46 Copynumber: 5.6 Consensus size: 46
111829007 TTTGAGTACT
* **
111829017 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGGTAGCTTTAGCTACACTTA
1 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
* * *
111829063 TCTGATCAAGTGACAAGTGGAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
1 TCTGATCAAATGAC------AAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
*
111829115 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
1 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
* *
111829161 TCTGATCAAGTGACAAGTGAAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTATACTTA
1 TCTGATCAAATGAC------AAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
**
111829213 TCTGATCAAGA-GACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTA
1 TCTGATCAA-ATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
111829259 TCTGATCAAGA-GACAAAGTGATAAGTG
1 TCTGATCAA-ATGACAAAGTGATAAGTG
111829286 GCTACACTTG
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 13, Indels: 26
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
46 113 0.57
52 84 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (46 bp):
TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTA
Found at i:111829138 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 111829017--111829285 Score: 448
Period size: 98 Copynumber: 2.7 Consensus size: 98
111829007 TTTGAGTACT
* *
111829017 TCTGATCAAATGACAAAGTGATAAGTGGTAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
*
111829082 GAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
66 AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
**
111829115 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
*
111829180 AAAAGTGATAAGTGATAGCTTCGGCTATACTTA
66 AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
* *
111829213 TCTGATCAAGAGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGAGACAAAGT
1 TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGAC-AAGT
*
111829278 GATAAGTG
65 GAAAAGTG
111829286 GCTACACTTG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 11, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
98 148 0.93
99 11 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (98 bp):
TCTGATCAAGTGACAAAGTGATAAGTGATAGCTTTAGCTACACTTATCTGATCAAGTGACAAGTG
AAAAGTGATAAGTAATAGCTTCGGCTATACTTA
Found at i:111829293 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 111829249--111829394 Score: 233
Period size: 37 Copynumber: 4.0 Consensus size: 37
111829239 GATAGCTTTA
*
111829249 GCTACACTTATCTGATCAAGAGACAAAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
*
111829286 GCTACACTTGTCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
*
111829323 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAGGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
**
111829360 GCTACACTTATCTGATC-AGGGAC-AAGTGATAAGTG
1 GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
111829395 ATCACACGTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 7, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 11 0.11
36 4 0.04
37 87 0.85
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
GCTACACTTATCTGATCAAGAAACAAAGTGATAAGTG
Found at i:111835358 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 111835346--111835410 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 6.6 Consensus size: 10
111835336 AAGAAACTTT
*
111835346 AAAAATATTT
1 AAAAATATTA
111835356 AAAAAT-TATA
1 AAAAATAT-TA
**
111835366 AAAAATACAA
1 AAAAATATTA
*
111835376 AAAAATATTT
1 AAAAATATTA
*
111835386 AAAATTATTA
1 AAAAATATTA
*
111835396 AAAAAT-TAA
1 AAAAATATTA
111835405 AAAAAT
1 AAAAAT
111835411 TATACAAACA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 10, Indels: 5
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
9 9 0.21
10 34 0.79
ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (10 bp):
AAAAATATTA
Found at i:111835380 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 111835346--111835410 Score: 96
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
111835336 AAGAAACTTT
111835346 AAAAATATTTAAAAATTA-TAAAAAATACAA
1 AAAAATATTT-AAAATTATTAAAAAAT-CAA
*
111835376 AAAAATATTTAAAATTATTAAAAAATTAA
1 AAAAATATTTAAAATTATTAAAAAATCAA
111835405 AAAAAT
1 AAAAAT
111835411 TATACAAACA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 3
0.89 0.03 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.45
30 18 0.55
ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (29 bp):
AAAAATATTTAAAATTATTAAAAAATCAA
Found at i:111835708 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 111835686--111835724 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
111835676 TATGATTTAT
111835686 AAATTTC-AA-AAATATTA
1 AAATTTCTAATAAATATTA
*
111835703 AAATTTCTAATATATATTA
1 AAATTTCTAATAAATATTA
111835722 AAA
1 AAA
111835725 GTTTTAGTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.37
18 2 0.11
19 10 0.53
ACGTcount: A:0.56, C:0.05, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AAATTTCTAATAAATATTA
Found at i:111835833 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 111835783--111835833 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
111835773 TTTTCTATTT
111835783 TTAAT-TATTTTTGTAATTA
1 TTAATATATTTTTGTAATTA
*
111835802 TTAAATAAATTTTTGTAATT-
1 TT-AATATATTTTTGTAATTA
111835822 TT-ATATATTTTT
1 TTAATATATTTTT
111835834 TCATTTTTTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 5
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.32
19 2 0.07
20 5 0.18
21 12 0.43
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.04, T:0.63
Consensus pattern (20 bp):
TTAATATATTTTTGTAATTA
Found at i:111839119 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 111839067--111839164 Score: 160
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
111839057 GTATAATAAT
* * *
111839067 AACAAGATAACACTGTTGTGTACGTGTAACTAGTAAATTAAC
1 AACAAAATAACACTGTTGTGTAAGTGTAACCAGTAAATTAAC
*
111839109 AACAAAATAACACTGTTGTGTAAGTGTAACCAGTAAATTAAT
1 AACAAAATAACACTGTTGTGTAAGTGTAACCAGTAAATTAAC
111839151 AACAAAATAACACT
1 AACAAAATAACACT
111839165 TCTATTGGCA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 52 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
AACAAAATAACACTGTTGTGTAAGTGTAACCAGTAAATTAAC
Found at i:111851366 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 111851341--111851375 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
111851331 ATTCACTATG
111851341 CATTTATATTATTAA
1 CATTT-TATTATTAA
111851356 CATTTTATTATTAA
1 CATTTTATTATTAA
111851370 CATTTT
1 CATTTT
111851376 CTAGACAGCT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.75
15 5 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (14 bp):
CATTTTATTATTAA
Found at i:111859006 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 111858981--111859009 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
111858971 AACAATCAAC
111858981 AGAACAAAAAGAAAA
1 AGAACAAAAAGAAAA
111858996 AGAAC-AAAAGAAAA
1 AGAACAAAAAGAAAA
111859010 GAGCTAAATA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.64
15 5 0.36
ACGTcount: A:0.79, C:0.07, G:0.14, T:0.00
Consensus pattern (15 bp):
AGAACAAAAAGAAAA
Found at i:111861288 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 111861263--111861287 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9
111861253 ATTTCTAAGT
111861263 TTTTTTTTA
1 TTTTTTTTA
111861272 TTTTTTTTA
1 TTTTTTTTA
111861281 TTTTTTT
1 TTTTTTT
111861288 AACTTAGGCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 16 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.00, G:0.00, T:0.92
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTTTA
Found at i:111892064 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 111892010--111892109 Score: 173
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
111892000 TAAATTTCGC
* * *
111892010 TGCATGCATCTGTAAGTGAAATGTGTATGTATATATTCTTTTGATATATT
1 TGCATGCATCTGTAAGTGAAATGTGCATATATATATTATTTTGATATATT
111892060 TGCATGCATCTGTAAGTGAAATGTGCATATATATATTATTTTGATATATT
1 TGCATGCATCTGTAAGTGAAATGTGCATATATATATTATTTTGATATATT
111892110 CTTTCTTTCT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 47 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (50 bp):
TGCATGCATCTGTAAGTGAAATGTGCATATATATATTATTTTGATATATT
Found at i:111892152 original size:50 final size:52
Alignment explanation
Indices: 111892093--111892219 Score: 177
Period size: 50 Copynumber: 2.5 Consensus size: 52
111892083 TGCATATATA
* *
111892093 TATTATTTTGATATATTCTTTCTTTCTATCTGTTTGTGTGTGTATATGT-TT
1 TATTATTTTGATATATTCTTTCTTTCTATCTGTATGTGTGTATATATGTATT
* * *
111892144 T-TTCTTTTGATATATTCTTTCTTTCTATCTGTATGTGTGTATTTGTGTATT
1 TATTATTTTGATATATTCTTTCTTTCTATCTGTATGTGTGTATATATGTATT
*
111892195 TATTATTTTGATATAATTCTATCTT
1 TATTATTTTGATAT-ATTCTTTCTT
111892220 CCACATAAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 4
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
50 42 0.64
51 4 0.06
52 11 0.17
53 9 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.09, G:0.12, T:0.62
Consensus pattern (52 bp):
TATTATTTTGATATATTCTTTCTTTCTATCTGTATGTGTGTATATATGTATT
Found at i:111893792 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 111893716--111893821 Score: 203
Period size: 51 Copynumber: 2.1 Consensus size: 51
111893706 GTTCGATTCT
111893716 GAAATTGACCACCAAACCATTATAAAGAAAGTTAATTATAATAATTTTTCA
1 GAAATTGACCACCAAACCATTATAAAGAAAGTTAATTATAATAATTTTTCA
*
111893767 GAAATTGACCACCAAACCATTATAAAGAAATTTAATTATAATAATTTTTCA
1 GAAATTGACCACCAAACCATTATAAAGAAAGTTAATTATAATAATTTTTCA
111893818 GAAA
1 GAAA
111893822 GATCCTTTCT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 54 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.13, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (51 bp):
GAAATTGACCACCAAACCATTATAAAGAAAGTTAATTATAATAATTTTTCA
Found at i:111923092 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 111923067--111923093 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 2.5 Consensus size: 11
111923057 TTTCCGATTT
111923067 AAAAATATTGC
1 AAAAATATTGC
111923078 AAAAATATTGC
1 AAAAATATTGC
111923089 AAAAA
1 AAAAA
111923094 GATATAAGGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 16 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.07, G:0.07, T:0.22
Consensus pattern (11 bp):
AAAAATATTGC
Found at i:111925068 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 111925014--111925068 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
111925004 TCCTATTCCA
* *
111925014 GTTCAGTATTTTTATTGCCCG
1 GTTCAGCAGTTTTATTGCCCG
*
111925035 GTTCAGCATTTTTATTGCCCG
1 GTTCAGCAGTTTTATTGCCCG
*
111925056 GTTCAGCGGTTTT
1 GTTCAGCAGTTTT
111925069 GGTAACCGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 31 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.20, G:0.22, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
GTTCAGCAGTTTTATTGCCCG
Found at i:111925068 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 111925014--111925062 Score: 89
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
111925004 TCCTATTCCA
*
111925014 GTTCAGTATTTTTATTGCCCG
1 GTTCAGCATTTTTATTGCCCG
111925035 GTTCAGCATTTTTATTGCCCG
1 GTTCAGCATTTTTATTGCCCG
111925056 GTTCAGC
1 GTTCAGC
111925063 GGTTTTGGTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.22, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
GTTCAGCATTTTTATTGCCCG
Found at i:111928041 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 111927985--111928084 Score: 141
Period size: 47 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
111927975 TAGAGTCCTA
*
111927985 ATGT-ACAAAGCTTGATTAGGTGAG-CTGAATCAGGTAGAGATATTGT
1 ATGTAACAAAGCTTGATTAGGTG-GTCTGAATCAGGTAAAGATATTGT
* * *
111928031 ATGTAACAAAGCTTGATTATGTGGTTTGAATTAGGTAAAGATATTGT
1 ATGTAACAAAGCTTGATTAGGTGGTCTGAATCAGGTAAAGATATTGT
111928078 ATGTAAC
1 ATGTAAC
111928085 TTTATTGAAG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
46 5 0.10
47 43 0.90
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (47 bp):
ATGTAACAAAGCTTGATTAGGTGGTCTGAATCAGGTAAAGATATTGT
Found at i:111929508 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 111929452--111929552 Score: 184
Period size: 48 Copynumber: 2.1 Consensus size: 48
111929442 CTGAGGTTGA
* *
111929452 AATTTTTAGCTTTTTAACCTCTTAGTTTGATTTCTATTTGTGAATGTT
1 AATTTTTAGCTTTTTAACCTATTAGTTTGATTTCTATTTGCGAATGTT
111929500 AATTTTTAGCTTTTTAACCTATTAGTTTGATTTCTATTTGCGAATGTT
1 AATTTTTAGCTTTTTAACCTATTAGTTTGATTTCTATTTGCGAATGTT
111929548 AATTT
1 AATTT
111929553 ATGTTATTGT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 51 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.12, T:0.55
Consensus pattern (48 bp):
AATTTTTAGCTTTTTAACCTATTAGTTTGATTTCTATTTGCGAATGTT
Found at i:111952299 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 111952229--111952345 Score: 182
Period size: 58 Copynumber: 2.0 Consensus size: 58
111952219 GGCTTAAACT
* * *
111952229 GTGTCATTTTCCGA-TTCGGAATAAGCTATTCCACGGATACTTTGCCCTTTCTTATTCC
1 GTGTCATATTCCGAGTT-GGAATAAGCTATTCCAAGGATACTCTGCCCTTTCTTATTCC
*
111952287 GTGTCATATTCCGAGTTGGAATAAGCTATTCCAAGGATACTCTGCCTTTTCTTATTCC
1 GTGTCATATTCCGAGTTGGAATAAGCTATTCCAAGGATACTCTGCCCTTTCTTATTCC
111952345 G
1 G
111952346 GTTCTGAATT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 52 0.96
59 2 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (58 bp):
GTGTCATATTCCGAGTTGGAATAAGCTATTCCAAGGATACTCTGCCCTTTCTTATTCC
Found at i:111952553 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 111952518--111952627 Score: 96
Period size: 20 Copynumber: 5.5 Consensus size: 19
111952508 TCCCGGTTTG
*
111952518 GGTTTTTTGTGACTCCGGTTC
1 GGTTTTTTG-AAC-CCGGTTC
*
111952539 GGTTTTTTGAATCCGGTTC
1 GGTTTTTTGAACCCGGTTC
*
111952558 GGTTTTTTTAGGACCTCGGTTC
1 GG-TTTTTT-GAACC-CGGTTC
* *
111952580 -ATTTTTTAAACCCGGTTC
1 GGTTTTTTGAACCCGGTTC
*
111952598 GGTTTTGTTGACCCCGGTTC
1 GGTTTT-TTGAACCCGGTTC
*
111952618 GATTTTTTGA
1 GGTTTTTTGA
111952628 CCTCATTTTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 11, Indels: 12
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.08
19 20 0.27
20 29 0.40
21 12 0.16
22 6 0.08
ACGTcount: A:0.11, C:0.18, G:0.25, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
GGTTTTTTGAACCCGGTTC
Found at i:111952585 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 111952522--111952627 Score: 126
Period size: 40 Copynumber: 2.7 Consensus size: 39
111952512 GGTTTGGGTT
* * *
111952522 TTTTG-TGACTCCGGTTCGGTTTTTTGAATCCGGTTCGG
1 TTTTGTTGACCCCGGTTCGATTTTTTGAACCCGGTTCGG
* * *
111952560 TTTTTTTAGGACCTCGGTTC-ATTTTTTAAACCCGGTTCGG
1 TTTTGTT--GACCCCGGTTCGATTTTTTGAACCCGGTTCGG
111952600 TTTTGTTGACCCCGGTTCGATTTTTTGA
1 TTTTGTTGACCCCGGTTCGATTTTTTGA
111952628 CCTCATTTTA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 9, Indels: 7
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 14 0.25
39 9 0.16
40 23 0.42
41 9 0.16
ACGTcount: A:0.11, C:0.19, G:0.24, T:0.46
Consensus pattern (39 bp):
TTTTGTTGACCCCGGTTCGATTTTTTGAACCCGGTTCGG
Found at i:111952646 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 111952634--111952985 Score: 287
Period size: 7 Copynumber: 49.0 Consensus size: 7
111952624 TTGACCTCAT
111952634 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952641 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952648 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952655 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952662 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952669 TTTAGGGG
1 TTTA-GGG
111952677 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
111952685 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952692 TTTAGGG
1 TTTAGGG
111952699 TTTAGGGG
1 TTTA-GGG
111952707 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
111952715 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
111952723 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
111952731 -TTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952737 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952744 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952751 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952758 GTTATGGG
1 TTTA-GGG
111952766 TTT-GGG
1 TTTAGGG
*
111952772 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952779 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952786 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952793 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952800 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952807 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952814 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952821 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952828 CTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952835 CTTAGGG
1 TTTAGGG
111952842 -TTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952848 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952855 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952862 GTTAGGG
1 TTTAGGG
*
111952869 GTTAGGG
1 TTTAGGG
111952876 TTTTAGGG
1 -TTTAGGG
*
111952884 GTTAGGGG
1 TTTA-GGG
*
111952892 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
111952899 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
111952906 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
111952913 TTTGGGG
1 TTTAGGG
*
111952920 TTTGGGGG
1 TTT-AGGG
*
111952928 TTTGGGG
1 TTTAGGG
111952935 TTTCAGGG
1 TTT-AGGG
**
111952943 TTCGGGG
1 TTTAGGG
111952950 TTTCAGGG
1 TTT-AGGG
**
111952958 TTCGGGG
1 TTTAGGG
*
111952965 TTCAGGG
1 TTTAGGG
*
111952972 TTCAGGG
1 TTTAGGG
*
111952979 TTCAGGG
1 TTTAGGG
111952986 GTCAGGGGTC
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 14, Indels: 26
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
6 17 0.05
7 232 0.73
8 61 0.19
9 8 0.03
ACGTcount: A:0.11, C:0.05, G:0.48, T:0.36
Consensus pattern (7 bp):
TTTAGGG
Found at i:111952990 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 111952952--111953237 Score: 150
Period size: 7 Copynumber: 40.9 Consensus size: 7
111952942 GTTCGGGGTT
*
111952952 TCAGGGT
1 TCAGGGG
111952959 TC-GGGG
1 TCAGGGG
*
111952965 TTCAGGGT
1 -TCAGGGG
*
111952973 TCAGGGT
1 TCAGGGG
111952980 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111952987 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111952994 TCAGGGG
1 TCAGGGG
*
111953001 TCCGGGG
1 TCAGGGG
*
111953008 TCCGGGG
1 TCAGGGG
*
111953015 TCCGGGG
1 TCAGGGG
*
111953022 TCCGGGG
1 TCAGGGG
* *
111953029 GCCGGGG
1 TCAGGGG
*
111953036 -CCGGGG
1 TCAGGGG
*
111953042 GC-GGGG
1 TCAGGGG
* *
111953048 GCCGGGTG
1 TCAGGG-G
*
111953056 TCCGGGGG
1 T-CAGGGG
*
111953064 TCCGGGGG
1 T-CAGGGG
*
111953072 TCGGGGG
1 TCAGGGG
*
111953079 TCCGGGGG
1 T-CAGGGG
111953087 TC-GGGG
1 TCAGGGG
111953093 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953100 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953107 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953114 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953121 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953128 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953135 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953142 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
111953149 TTC-GGGG
1 -TCAGGGG
*
111953156 TTAGGGG
1 TCAGGGG
*
111953163 TTA-GGG
1 TCAGGGG
111953169 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111953176 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111953183 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111953190 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111953197 TCAGGGG
1 TCAGGGG
111953204 TCAGGGG
1 TCAGGGG
*
111953211 TCAGGGT
1 TCAGGGG
*
111953218 TCAGGGT
1 TCAGGGG
*
111953225 TCAGGGT
1 TCAGGGG
111953232 TCAGGG
1 TCAGGG
111953238 TTTTAGGGTT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 10, Indels: 20
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
6 25 0.10
7 209 0.81
8 21 0.08
9 4 0.02
ACGTcount: A:0.06, C:0.17, G:0.57, T:0.20
Consensus pattern (7 bp):
TCAGGGG
Found at i:111952990 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 111952931--111953330 Score: 208
Period size: 14 Copynumber: 28.3 Consensus size: 14
111952921 TTGGGGGTTT
*
111952931 GGGGTTTCAGGGTTC
1 GGGG-TTCAGGGGTC
*
111952946 GGGGTTTCAGGGTTC
1 GGGG-TTCAGGGGTC
*
111952961 GGGGTTCAGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGGTC
*
111952975 AGGGTTCAGGGGTC
1 GGGGTTCAGGGGTC
111952989 AGGGG-TCAGGGGTCC
1 -GGGGTTCAGGGGT-C
*
111953004 GGGG-TCCGGGGTCC
1 GGGGTTCAGGGGT-C
* * *
111953018 GGGGTCCGGGGGCC
1 GGGGTTCAGGGGTC
* *
111953032 GGGG--CCGGGGGC
1 GGGGTTCAGGGGTC
* *
111953044 GGGG-GCCGGGTGTCC
1 GGGGTTCAGGG-GT-C
* *
111953059 GGGGGTCCGGGGGTC
1 -GGGGTTCAGGGGTC
* *
111953074 GGGGGTCCGGGGGTC
1 -GGGGTTCAGGGGTC
111953089 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953103 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953117 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953131 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
*
111953145 GGGGTTC-GGGGTTA
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953159 GGGGTT-A-GGGTC
1 GGGGTTCAGGGGTC
111953171 AGGGG-TCAGGGGTC
1 -GGGGTTCAGGGGTC
111953185 AGGGG-TCAGGGGTC
1 -GGGGTTCAGGGGTC
111953199 AGGGG-TCAGGGGTC
1 -GGGGTTCAGGGGTC
* *
111953213 AGGGTTCAGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGGTC
* * *
111953227 AGGGTTCAGGGTTTTA
1 GGGGTTCAGGG--GTC
* * *
111953243 GGGTTTTAGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGGTC
* *
111953257 GGGGTTTTAGGGTTC
1 GGGG-TTCAGGGGTC
111953272 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953286 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
111953300 GGGGTTC-GGGGTTC
1 GGGGTTCAGGGG-TC
*
111953314 GGGGTTC-GGGGTT
1 GGGGTTCAGGGGTC
111953327 GGGG
1 GGGG
111953331 GTTGGGGTTT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 26, Indels: 38
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
12 12 0.04
13 28 0.08
14 222 0.65
15 59 0.17
16 16 0.05
17 4 0.01
ACGTcount: A:0.06, C:0.15, G:0.56, T:0.24
Consensus pattern (14 bp):
GGGGTTCAGGGGTC
Found at i:111953235 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 111952881--111953339 Score: 227
Period size: 21 Copynumber: 21.6 Consensus size: 21
111952871 TAGGGTTTTA
* ** *
111952881 GGGGTTAGGGGTTTGGGGTTT
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* ** *
111952902 GGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGG-TTC
*
111952924 GGGGTTTGGGGTTTCAGGGTTC
1 GGGGTTCGGGG-TTCAGGGTTC
* *
111952946 GGGGTTTCAGGGTTCGGGGTTC
1 GGGG-TTCGGGGTTCAGGGTTC
* * *
111952968 AGGGTTCAGGGTTCAGGGGTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* * *
111952989 AGGGG-TCAGGGGTCCGGGGTCC
1 -GGGGTTC-GGGGTTCAGGGTTC
* * * **
111953011 GGGGTCCGGGGTCCGGGGGCC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* * * **
111953032 GGGG-CCGGGG-GCGGGGGCC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* * * *
111953051 GGGTGTCCGGGGGTCCGGGGGTC
1 GGG-GTTC-GGGGTTCAGGGTTC
* * *
111953074 GGGGGTCCGGGGGTCGGGGTTC
1 -GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
*
111953096 GGGGTTCGGGGTTCGGGGTTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
*
111953117 GGGGTTCGGGGTTCGGGGTTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* *
111953138 GGGGTTCGGGGTTCGGGGTTA
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* *
111953159 GGGGTT-AGGG-TCAGGGGTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
*
111953178 AGGGG-TCAGGGG-TCAGGGGTC
1 -GGGGTTC-GGGGTTCAGGGTTC
111953199 AGGGG-TCAGGGG-TCAGGGTTC
1 -GGGGTTC-GGGGTTCAGGGTTC
* * *
111953220 AGGGTTCAGGGTTCAGGGTTTTA
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGG--TTC
* ** * *
111953243 GGGTTTTAGGGTTCGGGGTTTT
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGG-TTC
* *
111953265 AGGGTTCGGGGTTCGGGGTTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
*
111953286 GGGGTTCGGGGTTCGGGGTTC
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
* *
111953307 GGGGTTCGGGGTTCGGGGTTG
1 GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
111953328 GGGGTT-GGGGTT
1 GGGGTTCGGGGTT
111953340 TTAGGGTTTT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 49, Indels: 37
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 18 0.05
20 26 0.07
21 211 0.57
22 76 0.20
23 37 0.10
24 3 0.01
ACGTcount: A:0.05, C:0.13, G:0.56, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
GGGGTTCGGGGTTCAGGGTTC
Found at i:111953276 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 111953251--111953339 Score: 135
Period size: 7 Copynumber: 12.7 Consensus size: 7
111953241 TAGGGTTTTA
111953251 GGGTTCG
1 GGGTTCG
**
111953258 GGGTTTTA
1 GGG-TTCG
111953266 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953273 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953280 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953287 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953294 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953301 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953308 GGGTTCG
1 GGGTTCG
111953315 GGGTTCG
1 GGGTTCG
*
111953322 GGGTTGG
1 GGGTTCG
111953329 GGGTT-G
1 GGGTTCG
111953335 GGGTT
1 GGGTT
111953340 TTAGGGTTTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 5, Indels: 3
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.08
7 65 0.86
8 5 0.07
ACGTcount: A:0.01, C:0.10, G:0.57, T:0.31
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTCG
Found at i:111953331 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 111952839--111953482 Score: 202
Period size: 14 Copynumber: 45.4 Consensus size: 14
111952829 TTAGGGCTTA
* *
111952839 GGGTTAGGGGTTAG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111952853 GGGTTAGGGGTTAG
1 GGGTTGGGGGTTCG
** *
111952867 GGGTTAGGGTTTTAG
1 GGGTT-GGGGGTTCG
* *
111952882 GGGTTAGGGGTTTG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111952896 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111952910 GGGTTTGGGGTTTGG
1 GGG-TTGGGGGTTCG
* *
111952925 GGGTTTGGGGTTTCA
1 GGG-TTGGGGGTTCG
* *
111952940 GGGTTCGGGGTTTCA
1 GGGTT-GGGGGTTCG
* *
111952955 GGGTTCGGGGTTCA
1 GGGTTGGGGGTTCG
**
111952969 GGGTTCAGGGTTCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
**
111952984 GGGTCAGGGG-TCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
** *
111952998 GGGTCCGGGGTCCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
** *
111953012 GGGTCCGGGGTCCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*** *
111953026 GGGGCCGGGG-CCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
** *
111953039 GGGGCGGGGG-CCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111953052 GGTGTCCGGGGGTCCGG
1 GG-GT-TGGGGGTTC-G
* *
111953069 GGGTCGGGGGTCCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111953083 GGGGTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953097 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953111 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953125 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953139 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
* *
111953153 GGGTTAGGGGTT-A
1 GGGTTGGGGGTTCG
**
111953166 GGGTCAGGGG-TCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
**
111953180 GGGTCAGGGG-TCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
**
111953194 GGGTCAGGGG-TCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
** *
111953208 GGG-TCAGGGTTCA
1 GGGTTGGGGGTTCG
**
111953221 GGGTTCAGGGTTCAG
1 GGGTTGGGGGTTC-G
* * * **
111953236 GGTTTTAGGGTTTTA
1 GG-GTTGGGGGTTCG
* **
111953251 GGGTTCGGGGTTTTA
1 GGGTT-GGGGGTTCG
*
111953266 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953280 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953294 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953308 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTCG
111953322 GGGTTGGGGGTT-G
1 GGGTTGGGGGTTCG
** *
111953335 GGGTTTTAGGGTTTTAG
1 GGG--TT-GGGGGTTCG
* ** *
111953352 GGTTTTAGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953366 GGGTTGGGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTCG
*
111953380 GGGTTGGGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTCG
111953394 GGGTTGGGGGCTT-G
1 GGGTTGGGGG-TTCG
*
111953408 GGGCTTGGGGCTT-G
1 GGG-TTGGGGGTTCG
*
111953422 GGGCTTGGGGCTT-G
1 GGG-TTGGGGGTTCG
*
111953436 GGGCTTGGGGCTT-G
1 GGG-TTGGGGGTTCG
*
111953450 GGGCTTGGGGCTT-G
1 GGG-TTGGGGGTTCG
*
111953464 GGGCTTGGGGCTT-G
1 GGG-TTGGGGGTTCG
111953478 GGGTT
1 GGGTT
111953483 TTAGGGCTTG
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 64, Indels: 45
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 1 0.00
13 38 0.07
14 383 0.70
15 101 0.19
16 15 0.03
17 6 0.01
ACGTcount: A:0.05, C:0.11, G:0.56, T:0.28
Consensus pattern (14 bp):
GGGTTGGGGGTTCG
Found at i:111953348 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 111953335--111953363 Score: 58
Period size: 8 Copynumber: 3.6 Consensus size: 8
111953325 TTGGGGGTTG
111953335 GGGTTTTA
1 GGGTTTTA
111953343 GGGTTTTA
1 GGGTTTTA
111953351 GGGTTTTA
1 GGGTTTTA
111953359 GGGTT
1 GGGTT
111953364 GGGGGTTGGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 21 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.41, T:0.48
Consensus pattern (8 bp):
GGGTTTTA
Found at i:111953371 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 111953362--111953502 Score: 201
Period size: 7 Copynumber: 19.9 Consensus size: 7
111953352 GGTTTTAGGG
*
111953362 TTGGGGG
1 TTGGGGC
*
111953369 TTGGGGG
1 TTGGGGC
*
111953376 TTGGGGG
1 TTGGGGC
*
111953383 TTGGGGG
1 TTGGGGC
*
111953390 TTGGGGG
1 TTGGGGC
111953397 TTGGGGGC
1 TT-GGGGC
111953405 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953412 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953419 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953426 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953433 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953440 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953447 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953454 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953461 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953468 TTGGGGC
1 TTGGGGC
*
111953475 TTGGGGTT
1 TTGGGG-C
*
111953483 TTAGGGC
1 TTGGGGC
111953490 TTGGGGC
1 TTGGGGC
111953497 TTGGGG
1 TTGGGG
111953503 TTTTTGGGGT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 5, Indels: 4
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
7 116 0.91
8 11 0.09
ACGTcount: A:0.01, C:0.09, G:0.60, T:0.30
Consensus pattern (7 bp):
TTGGGGC
Found at i:111953384 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 111953266--111953556 Score: 179
Period size: 21 Copynumber: 13.6 Consensus size: 21
111953256 CGGGGTTTTA
* * *
111953266 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* * *
111953287 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* *
111953308 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* ** *
111953329 GGGTTGGGGTTTTAGGGTTTTAG
1 GGGTTGGGG-GTT-GGGGGTTGG
* **
111953352 GGTTTTAGGGTTGGGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
111953373 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
*
111953394 GGGTTGGGGGCTTGGGGCTTGG
1 GGGTTGGGGG-TTGGGGGTTGG
* * *
111953416 GGCTTGGGGCTTGGGGCTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* * *
111953437 GGCTTGGGGCTTGGGGCTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* * *
111953458 GGCTTGGGGCTTGGGGCTTGG
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* * * *
111953479 GGTTTTAGGGCTTGGGGCTTGG
1 GG-GTTGGGGGTTGGGGGTTGG
* * *
111953501 GGTTTTTGGGGTTTAGGGGTTAGG
1 GG--GTTGGGGGTTGGGGGTT-GG
* * * *
111953525 GGTTTAGGGGTTAGGGGTT-A
1 GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
*
111953545 GGGTTAGGGGTT
1 GGGTTGGGGGTT
111953557 TAGGGGTTTA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 30, Indels: 13
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.05
21 138 0.59
22 56 0.24
23 25 0.11
24 4 0.02
ACGTcount: A:0.03, C:0.07, G:0.57, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
GGGTTGGGGGTTGGGGGTTGG
Found at i:111953525 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 111953509--111961792 Score: 14083
Period size: 7 Copynumber: 1163.7 Consensus size: 7
111953499 GGGGTTTTTG
111953509 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
111953516 GGGGTTA
1 GGGTTTA
111953523 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
*
111953531 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
111953538 GGGGTTA
1 GGGTTTA
111953545 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111953551 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111953559 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111953567 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111953573 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953580 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111953588 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953595 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953602 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953609 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953616 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953623 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953630 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953645 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953660 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953667 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953674 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953681 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
111953690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953697 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953733 GGGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
****
111953743 GGGGGGGGGG
1 ---GGGTTTA
****
111953753 GGGGGGG
1 GGGTTTA
*
111953760 GGGTTTGGGG
1 GGGTTT---A
*
111953770 GGGGTT-
1 GGGTTTA
*
111953776 GGGTTTGGG
1 GGGTTT--A
111953785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953799 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953807 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953814 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953828 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953836 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953843 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
111953853 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953860 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953867 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953874 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953882 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953889 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111953897 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953904 GGGTTT-
1 GGGTTTA
***
111953910 TTTTTTA
1 GGGTTTA
111953917 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953924 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953931 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953938 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953945 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953953 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111953961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111953989 GGGTTT-
1 GGGTTTA
111953995 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111954001 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954008 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954015 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954022 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954029 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954036 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954044 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954051 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954058 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954066 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954073 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954137 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111954146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954167 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954175 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954182 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954189 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954197 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954204 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954218 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954226 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954233 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954255 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954262 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954269 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
111954279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954293 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
111954299 --TTTTA
1 GGGTTTA
111954304 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954311 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954325 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954333 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954340 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954347 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954354 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954361 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954376 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954384 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954391 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954398 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954405 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954413 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954420 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954441 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954449 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954456 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954463 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111954471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954478 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111954486 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954493 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954507 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111954515 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954529 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954537 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954544 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954551 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954558 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954635 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954642 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954649 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954671 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954678 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954685 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954692 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954699 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954706 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954713 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954720 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954727 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954734 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954741 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954756 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954763 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954770 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954799 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954806 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954813 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954891 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954899 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954906 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954913 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954927 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954941 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954949 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954956 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954963 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111954971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954978 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954985 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954992 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111954999 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955006 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111955015 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955022 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955030 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955037 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955044 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111955053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955081 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955089 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955096 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955103 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955110 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955117 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955131 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955139 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955188 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955209 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
111955216 GGGTTTTTT
1 GGG--TTTA
***
111955225 TTTTTTA
1 GGGTTTA
111955232 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955240 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111955246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955253 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955268 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955276 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955283 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955290 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955304 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955326 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955397 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955405 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955412 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955419 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955426 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955433 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955440 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955448 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955455 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955462 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111955468 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955475 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955482 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955489 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
111955499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955520 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955528 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
111955538 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955545 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955552 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955559 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955566 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955573 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955581 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955588 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955595 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955602 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955609 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955616 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955631 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955639 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955646 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955660 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955668 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955675 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955682 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955689 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955703 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955710 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955738 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955745 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955752 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955759 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955766 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955809 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955816 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955830 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111955838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955894 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955902 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955909 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955916 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955924 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955931 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955938 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955945 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955953 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955960 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955967 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955974 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955981 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111955989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111955996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956038 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956102 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956110 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956117 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956131 --G-TTA
1 GGGTTTA
111956135 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956164 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956172 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956180 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956187 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956194 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111956202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956209 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956216 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956223 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956230 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956237 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956244 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956251 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956258 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956265 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956272 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956279 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956286 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956293 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111956302 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956330 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956337 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956344 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956351 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956373 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956380 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956388 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956395 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956402 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956409 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956423 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956430 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956437 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956444 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956451 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956458 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956465 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956472 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956494 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956502 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956509 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111956518 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956525 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956532 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956539 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956582 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111956590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956597 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111956606 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956613 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956620 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956641 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956677 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956685 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956692 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956700 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956707 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956715 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111956723 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956738 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956753 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956782 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956790 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956797 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956804 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956811 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956818 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956825 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956832 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956839 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956846 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956853 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956860 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111956866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956894 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111956900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956907 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111956913 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956927 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956948 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956955 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
111956961 -TGTTTA
1 GGGTTTA
111956967 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956974 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956981 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111956988 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111956996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957031 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957067 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957075 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957082 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957089 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111957095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957137 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957145 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957152 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957159 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957166 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957173 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957180 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957188 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111957194 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111957203 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957210 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957217 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957224 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111957233 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957241 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111957249 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957256 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957263 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957270 -GG-TTA
1 GGGTTTA
111957275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957289 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957303 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111957309 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957316 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957323 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957330 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957337 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957345 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957352 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957360 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957367 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957374 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111957382 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957389 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957396 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957403 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957410 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957417 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957424 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957431 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957452 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957460 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957467 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957474 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957481 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957495 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111957503 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957510 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957517 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957524 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957531 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957538 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957545 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957552 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957559 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957566 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957573 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957580 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957587 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957594 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957601 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957608 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957615 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957622 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957629 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957636 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957643 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957650 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957657 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957664 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957671 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111957677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957782 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957789 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957796 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957803 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957817 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111957823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957830 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111957836 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957843 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957850 GGG-TT-
1 GGGTTTA
111957855 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111957861 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957868 -GG--TA
1 GGGTTTA
111957872 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957879 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957907 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957914 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957921 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111957927 GGG--TA
1 GGGTTTA
111957932 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957939 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957946 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111957954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111957996 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111958005 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958012 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958019 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111958025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958046 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111958054 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958061 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958068 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958075 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111958081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958102 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111958108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958115 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958122 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958129 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958136 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
111958171 GGTTTTA
1 GGGTTTA
111958178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958199 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111958208 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958215 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958222 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958229 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958236 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958250 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111958256 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958263 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958270 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958277 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111958285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958292 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958299 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958306 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111958312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958326 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958333 -GG-TTA
1 GGGTTTA
111958338 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958345 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958352 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958373 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958380 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111958386 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958393 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958400 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958407 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958414 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958421 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958428 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958435 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958442 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111958451 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958458 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111958466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958515 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111958523 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958530 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958537 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958544 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958551 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958558 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958635 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958642 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958782 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958789 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958796 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958803 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958824 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958831 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958908 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958922 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958929 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958936 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958943 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958950 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958957 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958964 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958978 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958985 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958992 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111958999 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959006 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959013 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959020 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959027 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959034 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959041 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959049 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959056 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959064 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959071 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959078 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959086 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959115 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959122 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959129 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959136 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959165 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959172 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959179 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959187 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959194 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959202 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111959211 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959218 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959225 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959232 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959239 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959246 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959253 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
111959289 GGTTTATA
1 GGGTT-TA
111959297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959304 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959311 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959319 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959362 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959370 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959385 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959392 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959399 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959406 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959413 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959420 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959427 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959434 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959441 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959449 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959456 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959463 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959470 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959477 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959485 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959492 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959527 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959534 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111959540 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111959546 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959553 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111959559 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959567 GGGTTTA
1 GGGTTTA
**
111959574 GGGGTGGA
1 -GGGTTTA
111959582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959596 GGGTTT-
1 GGGTTTA
** *
111959602 -TTTTTT
1 GGGTTTA
***
111959608 TTTTTTA
1 GGGTTTA
111959615 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959622 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959629 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111959638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959659 GGGTTATA
1 GGGTT-TA
111959667 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
111959675 GGTTTTA
1 GGGTTTA
111959682 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959689 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111959695 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959702 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959709 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111959718 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959726 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
111959735 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959742 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959749 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959756 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959764 GGGGTTTAA
1 -GGGTTT-A
111959773 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959780 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959802 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959824 TGGGTTTAA
1 -GGGTTT-A
111959833 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959841 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959848 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959855 -GG-TTA
1 GGGTTTA
111959860 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959868 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959875 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959883 GTGGGGTTTA
1 ---GGGTTTA
111959893 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111959901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959908 -GGTTGTA
1 GGGTT-TA
111959915 GGGTATTA
1 GGGT-TTA
111959923 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
111959931 -GGTATTA
1 GGGT-TTA
111959938 GGGTTTGTA
1 GGG-TT-TA
*
111959947 GGGTGTA
1 GGGTTTA
111959954 GGGTGTTA
1 GGGT-TTA
111959962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111959990 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111959996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960038 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960045 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960052 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960059 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960066 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960073 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960080 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960087 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960115 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111960121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960149 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960156 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960163 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960170 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960177 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960184 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960191 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960198 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960205 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960212 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960219 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960226 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960233 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960240 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960247 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960254 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960289 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960303 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960317 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960324 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960331 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960338 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960345 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960352 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960373 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960380 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960387 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960408 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960415 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960422 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960429 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960436 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960443 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960450 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960457 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960464 GGGGGTTTA
1 --GGGTTTA
111960473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960515 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960536 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960543 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960557 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
111960565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960635 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960642 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960782 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960789 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960796 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960803 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960824 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960831 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960908 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960922 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960929 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960936 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960943 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960950 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960957 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960964 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960978 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960985 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960992 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111960999 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961006 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961013 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961020 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961027 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961034 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961041 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961048 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961055 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961062 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961069 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961076 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961083 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961097 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961104 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961111 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961118 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961132 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961139 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961146 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961153 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961160 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961167 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961174 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961181 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961188 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961195 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961202 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961209 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961216 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961223 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961230 GGG-TTA
1 GGGTTTA
111961236 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961250 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961257 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961264 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961271 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961278 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961292 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961299 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961306 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961313 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961320 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961446 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961453 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961460 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961467 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961474 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961481 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961495 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961502 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961509 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961516 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961523 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961530 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961537 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961544 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961551 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961558 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961635 -GGTTTA
1 GGGTTTA
111961641 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961648 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961655 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961662 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961669 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
111961788 GGGTT
1 GGGTT
Statistics
Matches: 7987, Mismatches: 50, Indels: 480
0.94 0.01 0.06
Matches are distributed among these distances:
4 10 0.00
5 33 0.00
6 184 0.02
7 6700 0.84
8 839 0.11
9 166 0.02
10 52 0.01
11 3 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.42, T:0.44
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:111953769 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 111953750--111953787 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
111953740 TTAGGGGGGG
*
111953750 GGGGGGGGGGGGGTTT
1 GGGGGGGGTGGGGTTT
*
111953766 GGGGGGGGTTGGGTTT
1 GGGGGGGGTGGGGTTT
111953782 GGGGGG
1 GGGGGG
111953788 TTTAGGGTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.79, T:0.21
Consensus pattern (16 bp):
GGGGGGGGTGGGGTTT
Done.