genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  1  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2996--3053	22	2.6	21	76	10	53	58	3	25	12	1.49
3444--3539	47	2.0	47	88	4	140	31	25	9	34	1.87
5336--5468	35	3.9	35	71	13	114	27	29	10	33	1.90
7995--8200	105	2.0	105	90	1	324	43	35	8	11	1.72
13307--13463	35	4.5	35	82	7	196	23	29	14	32	1.94
13303--13470	70	2.4	68	82	5	221	24	29	13	32	1.94
13380--13436	18	3.2	18	67	5	53	19	29	15	35	1.93
17443--17476	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
22224--22257	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
23332--23360	15	1.9	15	100	0	58	34	6	0	58	1.25
32321--32406	21	4.1	21	86	0	100	36	25	22	16	1.94
35005--35049	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
35212--35436	44	5.1	44	87	1	288	28	16	30	24	1.96
35206--35436	89	2.6	88	81	2	293	29	16	29	25	1.96
38355--38667	131	2.4	130	82	5	371	28	18	17	35	1.94
41283--41315	12	2.8	12	95	0	57	27	39	12	21	1.88
43850--43890	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
48326--48376	16	3.3	16	69	20	54	47	21	11	19	1.81
48322--48383	30	2.1	30	96	0	115	43	24	11	20	1.85
48582--48624	20	2.2	20	88	8	63	41	16	4	37	1.69
48968--49014	22	2.1	22	100	0	94	25	19	19	36	1.95
50639--50792	78	2.0	77	85	1	209	30	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55882--55945	26	2.4	26	76	2	65	57	18	4	18	1.57
55985--56113	28	4.6	28	72	8	93	52	15	13	17	1.74
56365--56442	28	2.7	27	90	9	120	50	11	14	24	1.75
59212--59297	21	4.1	21	83	0	91	36	24	22	17	1.95
71768--71794	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
80900--80939	21	2.0	20	85	14	55	42	5	5	47	1.47
92231--92269	13	3.3	11	83	16	51	53	2	0	43	1.14
92392--92536	72	2.0	74	80	8	163	44	3	4	47	1.41
94178--94217	15	2.7	15	92	0	62	45	10	0	45	1.37
94262--94333	32	2.3	31	81	13	85	36	5	0	58	1.22
94262--94329	33	2.1	32	81	13	77	36	5	0	57	1.23
95300--95730	131	3.3	130	80	4	388	25	18	20	35	1.95
107267--107773	44	11.5	44	83	1	613	26	14	28	29	1.95
107267--107773	88	5.8	88	89	0	782	26	14	28	29	1.95
109491--109530	15	2.7	15	92	0	62	45	10	0	45	1.37
109575--109646	32	2.3	31	81	13	85	36	5	0	58	1.22
109575--109642	33	2.1	32	81	13	77	36	5	0	57	1.23
110606--111050	131	3.4	130	80	3	394	25	18	20	35	1.95
116803--116829	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
118510--118545	14	2.6	14	86	0	54	52	8	2	36	1.46
120585--120632	3	15.7	3	95	4	87	64	0	0	35	0.94
121155--121223	15	4.6	15	75	13	63	17	5	0	76	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121176--121229	17	3.2	16	77	12	56	14	5	0	79	0.90
121156--121232	21	3.6	21	73	16	68	16	6	0	76	0.98
123778--123820	23	1.9	23	85	4	61	55	20	6	16	1.64
123859--123921	32	2.0	32	93	0	108	38	11	14	36	1.81
130045--130218	84	2.0	87	83	5	221	32	6	21	39	1.80
132861--132910	24	2.1	24	100	0	100	20	16	14	50	1.78
140676--140717	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
147815--147879	21	3.2	21	74	12	82	12	26	21	40	1.88
147797--147889	39	2.4	39	100	0	186	12	25	22	38	1.90
149341--149419	26	3.1	25	80	7	88	39	17	24	18	1.92
163706--163798	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
168003--168095	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
173655--173679	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
175990--176078	42	2.1	42	91	0	142	30	5	13	50	1.64
182625--182688	33	2.0	32	84	3	83	32	15	14	37	1.87
184051--184125	24	3.2	24	62	17	57	18	22	16	42	1.88
184017--184330	46	6.8	46	89	0	403	20	23	14	41	1.89
194230--194280	4	13.2	4	91	8	88	49	25	0	25	1.51
199999--200174	37	4.8	37	92	2	282	39	13	21	26	1.90
200137--200260	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
213038--213076	18	2.1	19	90	4	62	28	2	0	69	1.02
214716--214747	15	2.1	15	100	0	64	53	18	21	6	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218182--218222	14	2.7	16	88	7	59	48	2	0	48	1.14
220660--220694	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
227290--227332	16	2.8	16	78	3	52	41	2	2	53	1.26
230803--230864	30	2.0	30	81	9	72	45	12	3	38	1.59
241257--241283	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
266938--266988	25	2.0	25	100	0	102	23	25	23	27	2.00
267161--267224	31	2.1	31	96	0	119	35	14	29	20	1.92
268213--268270	29	2.0	29	100	0	116	41	20	17	20	1.90
274100--274158	31	1.9	31	85	0	82	50	3	5	40	1.41
284639--284700	29	2.1	30	84	3	81	30	20	11	37	1.88
293455--293493	17	2.3	17	86	8	53	69	2	0	28	1.02
294106--294139	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
295845--295971	6	19.0	6	75	20	94	33	1	50	14	1.52
295845--295971	13	9.5	13	76	15	109	33	1	50	14	1.52
296059--296385	30	11.1	30	82	9	390	51	0	10	37	1.43
296111--296216	23	4.0	23	74	25	95	44	0	12	42	1.48
296124--296385	61	4.4	60	84	6	334	51	0	10	37	1.42
296792--296844	21	2.5	21	87	0	70	32	33	9	24	1.87
301350--301384	13	2.7	13	95	0	61	28	0	25	45	1.54
302019--302086	22	3.0	23	68	23	72	45	4	10	39	1.58
303054--303078	12	2.1	12	100	0	50	64	20	8	8	1.46
304323--304367	14	3.2	14	78	9	56	35	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304323--304378	15	3.9	15	74	6	53	35	1	0	62	1.06
304323--304386	30	2.2	28	86	5	83	39	1	0	59	1.07
306087--306154	30	2.2	32	82	10	88	48	20	10	20	1.78
306087--306155	31	2.3	30	85	7	86	47	20	10	21	1.79
307046--307089	21	2.2	20	83	4	52	25	25	20	29	1.99
310587--310612	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
315113--315323	81	2.6	81	95	0	370	35	12	12	38	1.82
320227--320299	30	2.4	31	84	9	87	32	2	5	58	1.35
338410--338691	143	2.0	143	95	1	503	23	17	13	46	1.83
349750--349790	3	13.7	3	94	0	73	0	2	31	65	1.05
354722--354772	23	2.2	24	86	10	70	72	0	0	27	0.85
354726--354770	17	2.6	18	85	7	74	77	0	0	22	0.76
354727--354770	18	2.6	16	86	13	61	79	0	0	20	0.73
362808--362868	5	12.2	5	94	0	77	37	6	22	32	1.80
362845--362872	5	5.6	5	100	0	56	42	17	17	21	1.89
365171--365218	16	2.9	16	72	6	51	35	4	4	56	1.38
374162--374207	25	1.9	23	91	8	74	63	6	0	30	1.20
374746--374801	23	2.4	23	100	0	112	17	17	17	46	1.85
375886--375986	47	2.1	49	83	7	127	36	5	1	55	1.36
378187--378217	15	2.1	15	93	0	53	61	22	3	12	1.46
378789--378849	30	2.0	30	90	0	95	36	36	3	24	1.72
378859--379036	92	1.9	92	98	0	347	53	12	16	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383005--383244	132	1.8	132	87	0	363	37	21	18	23	1.94
383547--383597	3	16.7	3	87	4	75	66	1	0	31	1.03
383799--383838	21	1.9	21	84	0	53	57	7	0	35	1.27
383931--383963	12	2.8	12	95	0	57	51	9	0	39	1.34
384072--384128	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
386707--386763	18	3.2	18	87	0	87	26	22	17	33	1.96
388879--388912	14	2.5	14	85	4	52	47	5	0	47	1.26
391240--391384	72	2.0	72	85	5	195	44	7	21	26	1.78
397352--397524	86	2.0	86	97	0	328	28	23	12	35	1.91
397784--397874	33	2.8	33	98	0	173	29	41	9	18	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356