genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76292811--76293357	27	20.3	27	86	2	428	27	16	19	35	1.94
76292857--76293572	54	13.3	54	82	5	338	28	13	20	37	1.91
76293153--76293573	27	15.6	27	87	0	574	30	9	20	38	1.85
76295551--76295591	19	2.1	20	86	4	57	14	4	12	68	1.36
76300112--76300238	42	3.0	42	75	13	125	25	18	23	33	1.97
76313335--76313386	25	2.1	25	100	0	104	57	7	11	23	1.59
76313849--76313897	24	2.0	24	100	0	98	55	8	4	32	1.48
76319393--76319435	7	6.1	7	100	0	86	58	0	13	27	1.37
76321764--76321862	49	2.0	49	98	0	189	48	6	25	20	1.72
76322472--76322783	27	11.6	26	80	6	259	38	18	9	32	1.84
76322472--76322773	81	3.8	80	83	3	322	39	18	9	32	1.84
76322522--76322825	27	11.3	27	78	8	112	39	17	9	33	1.83
76322764--76322855	27	3.4	27	83	4	87	38	15	15	31	1.88
76325664--76325727	28	2.3	28	86	0	83	20	17	37	25	1.93
76326045--76326293	27	9.4	27	80	8	253	38	19	11	30	1.87
76329810--76329864	26	2.1	26	86	0	74	38	0	0	61	0.96
76329692--76329861	61	2.9	59	77	14	172	41	1	3	53	1.25
76330018--76330089	16	4.6	16	82	1	92	27	23	5	43	1.76
76330131--76330182	27	1.9	27	92	0	86	32	19	21	26	1.97
76334393--76334472	15	5.4	15	77	7	74	10	20	13	56	1.66
76334384--76334480	30	3.2	30	77	13	83	10	19	14	55	1.67
76336848--76337028	46	3.9	46	77	4	193	21	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76336850--76337020	93	1.8	93	89	0	270	21	21	29	27	1.98
76338759--76338784	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
76341097--76341214	42	2.8	44	82	11	138	25	13	25	35	1.93
76341079--76341228	43	3.5	43	77	9	146	26	16	25	32	1.96
76352218--76352442	80	2.8	80	82	6	278	26	27	21	24	1.99
76352218--76352442	119	1.9	120	82	8	289	26	27	21	24	1.99
76352218--76352442	40	5.7	40	82	10	239	26	27	21	24	1.99
76353522--76353546	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
76359197--76359245	15	3.3	15	80	5	55	16	10	14	59	1.61
76364714--76364861	41	3.6	41	75	12	144	25	21	26	27	1.99
76372519--76373123	49	12.6	49	93	3	975	33	7	29	29	1.86
76372519--76373123	145	4.2	145	95	1	1038	33	7	29	29	1.86
76377622--76377781	41	3.9	41	78	12	177	22	23	28	26	1.99
76382169--76382355	38	4.9	38	90	1	277	32	19	24	24	1.98
76388721--76388919	38	5.2	38	88	1	292	33	18	22	25	1.97
76388721--76388913	76	2.6	76	94	2	336	34	18	22	25	1.96
76390389--76390519	49	2.7	49	79	2	138	28	20	29	22	1.98
76392620--76392669	25	2.0	25	84	0	64	44	20	8	28	1.79
76395351--76395459	36	3.0	37	77	8	141	37	29	15	17	1.91
76395272--76395465	73	2.7	73	85	1	255	39	31	12	16	1.86
76395328--76395443	36	3.2	36	78	7	135	37	27	16	18	1.92
76398693--76398745	25	2.1	25	85	0	70	15	26	32	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76399497--76399528	16	1.9	17	93	6	57	31	9	18	40	1.83
76399812--76399994	94	1.9	94	88	2	278	36	24	14	25	1.93
76399854--76399997	47	3.1	47	67	4	128	36	24	14	24	1.93
76401115--76401139	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
76404679--76404860	40	4.6	40	90	1	267	26	28	21	23	1.99
76404679--76404860	79	2.3	80	89	0	267	26	28	21	23	1.99
76404679--76404902	40	5.6	39	81	8	213	26	28	21	22	1.99
76404679--76404901	80	2.8	77	80	9	236	26	28	21	22	1.99
76412711--76412893	39	4.7	40	89	4	264	27	27	21	22	1.99
76412711--76412931	40	5.6	39	86	5	214	27	28	21	22	1.99
76418934--76418985	25	2.1	25	100	0	104	46	15	7	30	1.74
76428337--76428539	54	3.8	54	75	4	187	18	25	16	38	1.92
76444965--76445072	43	2.5	43	79	7	112	35	24	15	25	1.94
76450059--76450170	27	4.2	26	81	12	127	17	24	21	36	1.95
76450059--76450170	54	2.1	54	86	3	154	17	24	21	36	1.95
76457931--76458042	27	4.2	26	76	7	98	17	21	23	37	1.94
76461857--76461914	25	2.3	25	82	11	66	65	1	12	20	1.34
76461857--76461921	26	2.4	25	82	15	67	66	1	12	20	1.32
76477389--76477555	43	3.9	44	80	6	164	34	23	14	27	1.94
76481736--76481785	25	2.0	25	84	0	64	30	4	16	50	1.63
76485009--76485090	28	3.0	28	83	15	116	29	26	14	29	1.95
76492811--76492957	41	3.6	41	83	1	206	19	23	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76499176--76499345	40	4.3	40	83	1	198	25	30	21	23	1.99
76499218--76499398	80	2.3	80	79	3	186	24	29	22	23	1.99
76507062--76507324	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
76510051--76510162	56	2.0	55	84	1	143	32	21	18	27	1.97
76511443--76511495	6	8.7	6	78	12	54	49	13	15	22	1.79
76511634--76511694	27	2.3	26	83	5	77	39	19	19	21	1.93
76512352--76512436	27	3.2	27	83	3	102	29	21	15	34	1.94
76512422--76512511	26	3.7	24	75	11	76	27	10	20	42	1.84
76528127--76528428	39	7.6	39	89	4	387	25	27	21	25	2.00
76536164--76536398	39	5.9	39	87	5	296	25	27	20	25	1.99
76541546--76541666	64	1.9	64	91	3	199	39	14	10	34	1.81
76541546--76541686	64	2.2	64	87	2	194	37	17	11	33	1.86
76543622--76543736	43	2.7	43	87	2	160	24	17	24	33	1.96
76543622--76543770	43	3.5	42	81	7	131	26	16	24	32	1.96
76545217--76545260	18	2.4	19	80	3	54	40	2	18	38	1.63
76546739--76546914	42	4.0	42	80	12	169	31	26	12	28	1.93
76546822--76546991	47	3.6	48	84	6	204	30	27	14	27	1.95
76547014--76547100	31	2.8	31	82	6	122	25	31	16	27	1.96
76547076--76547252	50	3.5	50	92	2	275	26	23	15	34	1.94
76550796--76550843	20	2.4	20	100	0	96	18	35	29	16	1.93
76553053--76553193	64	2.2	64	87	5	196	39	14	9	35	1.80
76555857--76555927	33	2.1	34	84	2	90	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76557672--76557736	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
76565015--76565104	27	3.2	27	82	7	110	32	24	24	18	1.97
76565212--76565272	28	2.2	28	88	8	90	29	8	29	32	1.86
76566340--76566372	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
76587238--76587295	26	2.2	27	81	3	73	15	22	20	41	1.90
76590021--76590081	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76595707--76595944	48	4.9	48	93	1	368	36	6	26	30	1.81
76596074--76596176	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
76602482--76602821	47	7.1	47	86	5	437	31	10	30	27	1.90
76602482--76602821	98	3.5	98	91	1	508	31	10	30	27	1.90
76602482--76602821	145	2.4	141	87	5	500	31	10	30	27	1.90
76602795--76602931	46	3.0	46	84	4	186	35	8	30	25	1.85
76606146--76606221	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
76606342--76606747	47	8.6	47	91	1	623	29	30	8	31	1.87
76614537--76614588	25	2.1	25	96	0	95	50	9	11	28	1.70
76615414--76615530	24	4.6	24	80	14	144	47	14	17	19	1.82
76615437--76615560	55	2.4	51	83	12	164	46	13	18	20	1.83
76615414--76615533	6	19.8	6	76	17	115	48	14	17	20	1.81
76616060--76616141	27	3.1	26	87	5	110	37	20	21	19	1.94
76616341--76616484	27	5.3	27	84	0	180	25	19	18	36	1.94
76618017--76618084	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
76618191--76618258	29	2.3	29	80	9	77	27	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76618367--76618438	29	2.5	29	79	0	81	31	30	12	25	1.92
76617906--76618408	174	2.9	174	97	0	954	30	24	14	30	1.95
76625725--76625776	27	1.9	27	96	0	95	30	21	15	32	1.94
76625794--76626201	27	15.1	27	85	4	493	39	9	23	27	1.85
76627936--76628061	6	20.8	6	76	16	118	50	15	16	18	1.79
76627936--76628061	30	4.2	30	83	9	157	50	15	16	18	1.79
76628179--76628237	27	2.2	26	85	5	82	37	23	23	15	1.93
76628179--76628261	27	3.1	27	79	8	73	36	25	22	15	1.94
76628562--76628645	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
76628843--76629038	27	7.3	27	79	0	212	26	17	18	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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