genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82269461--82269588	64	2.0	64	93	0	220	35	13	19	32	1.90
82273019--82273056	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
82274028--82274073	19	2.4	19	85	7	58	43	10	23	21	1.84
82277554--82277586	12	2.8	12	86	13	50	0	9	24	66	1.20
82277902--82277949	20	2.4	21	82	10	64	77	6	10	6	1.13
82278376--82278411	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
82285848--82285971	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
82285858--82285965	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
82289450--82289494	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
82291396--82291444	20	2.5	20	89	0	71	18	46	26	8	1.76
82293131--82293190	30	2.0	30	96	0	111	35	23	11	30	1.90
82296797--82296860	33	1.9	33	84	6	85	57	0	4	37	1.19
82304571--82304621	23	2.2	23	80	16	61	58	3	5	31	1.40
82307387--82307433	24	2.0	24	83	8	60	46	6	12	34	1.67
82334906--82334943	18	2.1	18	85	9	51	21	2	10	65	1.35
82335310--82335386	30	2.6	29	81	8	91	32	9	10	48	1.69
82349014--82349071	27	2.1	27	90	0	89	24	27	37	10	1.88
82349158--82349205	17	2.8	17	84	9	62	68	0	29	2	1.01
82353344--82354520	284	4.1	286	88	6	1605	27	6	7	58	1.50
82354198--82354238	20	2.0	20	86	13	57	9	4	14	70	1.30
82354243--82354283	13	3.2	13	82	0	55	21	2	4	70	1.18
82353344--82354520	146	8.1	145	85	6	1531	27	6	7	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82354950--82355002	26	2.0	26	100	0	106	0	41	0	58	0.98
82355016--82355052	6	6.2	6	93	0	56	0	21	0	78	0.75
82354994--82355044	18	2.8	18	88	5	68	0	31	0	68	0.90
82355013--82355055	14	3.3	13	84	9	52	0	23	0	76	0.78
82355007--82355050	18	2.4	18	92	0	70	0	27	0	72	0.85
82355076--82355163	3	29.3	3	86	4	124	0	36	0	63	0.95
82355287--82355339	27	2.0	27	96	0	97	9	37	32	20	1.85
82356078--82356133	5	11.0	5	88	3	85	41	0	1	57	1.09
82356768--82356792	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
82357619--82357661	3	14.7	3	86	13	63	72	0	0	27	0.85
82358892--82358940	20	2.3	22	79	6	57	57	0	0	42	0.99
82362109--82362154	22	2.1	21	84	4	56	6	15	8	69	1.34
82362131--82362163	17	1.9	17	88	11	50	9	9	3	78	1.05
82362167--82362216	8	6.4	8	76	4	57	40	2	0	58	1.10
82364897--82364924	13	2.2	13	100	0	56	42	7	28	21	1.79
82368746--82368841	44	2.2	45	96	3	178	44	23	2	29	1.65
82369533--82369590	16	3.9	15	76	15	57	43	1	0	55	1.10
82371063--82371170	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
82374006--82374039	10	3.4	10	91	0	50	29	0	20	50	1.49
82376595--82376677	41	2.0	41	97	0	157	32	6	14	46	1.69
82386179--82386220	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
82386797--82386916	42	2.9	42	88	2	179	28	8	18	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82390270--82390325	28	2.1	26	81	15	62	26	1	7	64	1.29
82390524--82390728	102	2.0	101	96	0	374	35	18	15	30	1.92
82397759--82397797	19	2.1	19	85	0	51	43	0	2	53	1.14
82397884--82397924	22	1.9	21	85	5	55	51	2	0	46	1.14
82398304--82398342	5	7.8	5	100	0	78	82	0	0	17	0.68
82409615--82409708	40	2.5	37	79	8	100	30	27	23	18	1.97
82410885--82410971	3	29.3	3	97	2	167	66	0	0	33	0.92
82413449--82413473	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
82420568--82420598	12	2.6	12	89	0	53	58	6	0	35	1.24
82426051--82426110	30	2.0	30	96	0	111	35	20	10	35	1.86
82428911--82428963	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
82430448--82430557	26	4.2	26	96	0	184	35	23	6	34	1.80
82431081--82431157	27	3.0	25	75	7	91	25	2	3	67	1.21
82431082--82431173	27	3.5	25	74	18	80	27	3	5	64	1.31
82431291--82431460	24	7.1	24	73	13	102	28	5	5	60	1.42
82431210--82431351	29	5.1	29	71	16	88	28	5	4	61	1.38
82431325--82431367	22	2.0	22	85	0	59	27	6	6	58	1.50
82431383--82431467	26	3.4	25	81	6	91	30	3	5	60	1.38
82431291--82431461	91	1.8	93	82	6	220	28	5	5	60	1.42
82431291--82431486	91	2.1	92	78	10	195	27	6	5	60	1.43
82435162--82435203	19	2.2	19	83	8	50	26	21	4	47	1.70
82443546--82443666	44	2.7	43	82	2	125	31	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82445203--82445284	29	2.8	30	78	10	107	23	2	6	68	1.24
82445203--82445300	28	3.5	26	78	14	97	24	3	7	65	1.32
82445215--82445397	97	1.9	96	79	13	205	28	3	6	61	1.37
82445416--82445585	24	7.1	24	73	13	102	28	5	5	60	1.42
82445450--82445492	22	2.0	22	85	0	59	27	6	6	58	1.50
82445508--82445592	26	3.4	25	81	6	91	30	3	5	60	1.38
82445416--82445603	91	2.0	92	79	9	195	28	5	5	60	1.44
82448810--82448869	29	2.1	29	81	12	70	45	5	3	46	1.41
82460331--82460393	25	2.5	25	84	0	81	12	23	22	41	1.88
82460505--82460572	24	2.8	23	84	8	91	13	29	25	32	1.93
82464379--82464446	28	2.4	29	80	9	77	36	2	1	58	1.22
82464438--82464491	21	2.3	23	87	12	76	31	5	0	62	1.18
82464800--82464843	22	2.0	22	83	12	56	27	6	6	59	1.49
82475534--82475614	20	4.2	20	76	16	73	85	6	6	2	0.82
82475534--82475641	8	13.4	8	78	12	80	83	4	10	1	0.87
82475534--82475622	1	89.0	1	70	0	61	85	5	6	2	0.81
82475570--82475641	31	2.4	30	84	13	87	83	2	13	0	0.76
82475591--82475641	17	2.7	19	82	17	63	80	0	19	0	0.71
82476599--82476958	180	2.0	180	90	2	562	31	17	22	29	1.96
82479381--82479428	16	3.1	15	93	6	78	66	2	0	31	1.03
82479377--82479432	24	2.3	24	84	6	78	67	1	0	30	1.01
82479377--82479428	8	6.5	8	84	8	70	67	1	0	30	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82479543--82479596	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
82479559--82479644	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
82479666--82479799	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
82479633--82479724	29	3.3	28	69	14	66	59	2	5	32	1.32
82480276--82480450	30	5.8	30	88	1	219	20	4	49	26	1.68
82480921--82481011	37	2.5	37	87	0	137	13	21	20	43	1.86
82481122--82481526	88	4.6	88	79	7	410	37	20	16	25	1.93
82481333--82481366	15	2.3	15	89	0	50	64	5	8	20	1.43
82481122--82482300	176	6.8	171	73	18	689	36	20	17	25	1.94
82481424--82481452	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
82481358--82481855	164	3.1	158	79	15	468	33	21	18	26	1.96
82481515--82481763	89	2.8	89	96	0	453	31	21	20	27	1.98
82481689--82481856	75	2.2	76	88	4	259	34	21	16	27	1.94
82481836--82481883	14	3.4	14	91	0	69	60	6	14	18	1.55
82481760--82482062	104	3.1	101	79	13	351	39	18	15	26	1.90
82481850--82482133	89	3.2	88	84	6	340	38	18	16	25	1.92
82482028--82482062	14	2.5	14	90	0	52	62	5	17	14	1.49
82481962--82482272	159	1.9	164	85	5	436	36	21	18	24	1.95
82482305--82482346	19	2.2	19	95	0	75	28	28	26	16	1.97
82482426--82482756	75	4.4	74	88	3	425	29	20	19	30	1.97
82482426--82482756	151	2.2	148	88	3	468	29	20	19	30	1.97
82482477--82482756	75	3.7	76	90	1	438	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82484905--82484966	9	6.3	10	77	18	51	3	4	6	85	0.82
82488769--82488808	15	2.6	15	88	11	55	65	5	0	30	1.14
82488769--82488808	8	5.3	7	93	6	53	65	5	0	30	1.14
82488771--82488815	16	2.9	15	83	6	54	64	4	2	28	1.25
82488944--82489013	25	2.9	25	78	4	72	55	4	7	32	1.46
82489049--82489110	14	4.6	14	75	16	60	59	0	3	37	1.13
82489053--82489185	22	5.5	25	66	22	70	58	2	3	35	1.28
82489663--82489791	30	4.3	30	87	3	127	21	4	45	27	1.71
82489706--82489859	30	5.4	30	86	10	205	20	3	48	28	1.65
82489745--82489854	53	2.1	53	96	0	202	20	1	50	26	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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