Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64473564
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Warning! 1880000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 36 of 213
Found at i:9545910 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9545898--9546460 Score: 551
Period size: 9 Copynumber: 63.0 Consensus size: 9
9545888 CATAAATAAA
9545898 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9545907 ATAACTTAT
1 ATAACTTAC
*
9545916 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
9545925 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9545934 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9545943 ATAAACTT-C
1 AT-AACTTAC
*
9545952 ATAA-TTAA
1 ATAACTTAC
9545960 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9545969 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9545978 ATAA--TAC
1 ATAACTTAC
*
9545985 ATAA-TTAA
1 ATAACTTAC
9545993 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546002 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546010 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546019 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
9546028 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546037 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546045 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
*
9546055 -GAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546063 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
**
9546072 ATAACCCA-
1 ATAACTTAC
9546080 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
9546089 GTAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546097 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
9546107 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546116 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
* *
9546125 ATAA-ATAA
1 ATAACTTAC
9546133 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546142 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546151 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
*
9546160 ATAAGTTAC
1 ATAACTTAC
9546169 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546178 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
9546188 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
9546197 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546206 GTAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546215 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
9546225 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
9546234 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546243 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546252 ATAACGTAC
1 ATAACTTAC
* *
9546261 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
9546270 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546279 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546288 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546296 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
*
9546306 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546314 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
9546324 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546333 ATAAACTTGC
1 AT-AACTTAC
* *
9546343 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
9546352 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546361 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546370 ATAACCTAC
1 ATAACTTAC
* *
9546379 ATAAATTTC
1 ATAACTTAC
***
9546388 AATGGGTTAC
1 -ATAACTTAC
9546398 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
* *
9546407 ATAACCTAT
1 ATAACTTAC
* *
9546416 ATAAATTAA
1 ATAACTTAC
9546425 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
9546434 ATAACTTAC
1 ATAACTTAC
*
9546443 ATAAATTA-
1 ATAACTTAC
9546451 AGTAACTTAC
1 A-TAACTTAC
9546461 CCGTGCAAAT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 83, Indels: 45
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
7 9 0.02
8 42 0.09
9 360 0.80
10 37 0.08
ACGTcount: A:0.48, C:0.18, G:0.03, T:0.32
Consensus pattern (9 bp):
ATAACTTAC
Found at i:9546339 original size:155 final size:151
Alignment explanation
Indices: 9545881--9546446 Score: 467
Period size: 155 Copynumber: 3.7 Consensus size: 151
9545871 TGAGCACCTC
* ** * * * *
9545881 TAACCTACATAAATAAAATAACTTACATAACTTATATAACCTACATAACTTACATAACTTACATA
1 TAACTTACATAAATTCAATAACTTACATAACTTACATAA-CTTCATAAATTAAATAACTTACAT-
* * *
9545946 AACTT-CATAATTAAATAACTTACATAACTTACATAA--TACATAA-TTAAAT-AACTTACATAA
64 AACTTACATAATTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAAACTTGCATAA
*
9546006 ATT-AATAACTTACATAACCTACA
129 ATTAAATAACTTAC-TAACTTACA
* *** *
9546029 TAACTTACATAAATT-AAGTAACTTAC-GAACTTACATAACTTACAT-AACCCAATAACTTACGT
1 TAACTTACATAAATTCAA-TAACTTACATAACTTACATAACTT-CATAAATTAAATAACTTACAT
* * * * *
9546091 AAATTA-AGTAACTTACATAACTTACATAACCTACATAA-ATAAATAACTTACAT-AACTTACAT
64 AACTTACA-TAA-TTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAAACTTGCAT
** * *
9546153 AACCTACATAAGTTACATAACTTACA
127 AAATTAAATAACTTAC-TAACTTACA
* * *
9546179 TAAACTTGCATAAATTAAATAACTTACGTAACTTACATAAACTTGCATAAATTAAATAACTTACA
1 T-AACTTACATAAATTCAATAACTTACATAACTTACAT-AACTT-CATAAATTAAATAACTTACA
* * * * *
9546244 TAACTTACATAACGTACATAAATTAAATAACTTACATAACTTACATAAATTA-AGT-AACTTACA
63 TAACTTACATAA-TTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACA-TAAACTTGCA
*
9546307 TAAATTAAGTAACTTACATAACTTACA
126 TAAATTAAATAACTTAC-TAACTTACA
* * * * ***
9546334 TAAACTTGCATAAATTAAATAACTTACATAACTTACATAACCTACATAAATTTCAATGGGTTACA
1 T-AACTTACATAAATTCAATAACTTACATAACTTACATAA-CTTCATAAA-TTAAATAACTTACA
* * * *
9546399 TAACTTACATAACCTATATAAATTAAATAACTTACATAACTTACATAA
63 TAACTTACATAA-TTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAA
9546447 ATTAAGTAAC
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 49, Indels: 29
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
145 5 0.01
146 16 0.05
147 39 0.11
148 27 0.08
149 17 0.05
150 18 0.05
151 21 0.06
152 11 0.03
153 8 0.02
154 53 0.15
155 136 0.39
ACGTcount: A:0.48, C:0.18, G:0.03, T:0.32
Consensus pattern (151 bp):
TAACTTACATAAATTCAATAACTTACATAACTTACATAACTTCATAAATTAAATAACTTACATAA
CTTACATAATTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAACTTACATAAACTTGCATAAAT
TAAATAACTTACTAACTTACA
Found at i:9551885 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 9551814--9551949 Score: 209
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
9551804 GACTACAGTT
* * * * *
9551814 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCTACAACTTAGAGCAGATGTGGCAGCGAGAGAAGC
1 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCGACAACTTAAAGCAGATGCGACAGCCAGAGAAGC
9551879 A
66 A
* *
9551880 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCGACAACTTAAAGCTGATGCGACATCCAGAGAAGC
1 GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCGACAACTTAAAGCAGATGCGACAGCCAGAGAAGC
9551945 A
66 A
9551946 GAGG
1 GAGG
9551950 CTGCAGCGAG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 63 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.26, T:0.15
Consensus pattern (66 bp):
GAGGTTCAAAAGAAATATGAAGAACTCCAGCGACAACTTAAAGCAGATGCGACAGCCAGAGAAGC
A
Found at i:9552358 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 9552297--9552472 Score: 289
Period size: 43 Copynumber: 4.1 Consensus size: 43
9552287 AACAAAAAGT
* *
9552297 GGCGTTTGTGTTAGAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
*
9552340 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTGCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
* *
9552383 GGCGGTTGTGTAAAAAGCGCCGGTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
* *
9552426 GGCGTTTGTATAAAATGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
9552469 GGCG
1 GGCG
9552473 CTTTTAAAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 10, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 123 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.28, T:0.27
Consensus pattern (43 bp):
GGCGTTTGTGTAAAAAGCGCCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
Found at i:9552700 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 9552626--9552785 Score: 225
Period size: 41 Copynumber: 3.9 Consensus size: 41
9552616 TGGTGTTGTG
*
9552626 GCATTAGCGGTGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
*
9552667 GAATTAGCGGCGCTTATT-AAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
* * *
9552707 GCATTAGTGGCGCTTATTTAAAAACGCCGCTAAAGACCTAA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
* * *
9552748 GCATTAGCGGCGCTT-TTCAGAAAATGCTGCTAAAGACC
1 GCATTAGCGGCGCTTATT-AAAAAACGCCGCTAAAGACC
9552786 CCAAAAAACT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 10, Indels: 4
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 40 0.37
41 67 0.63
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGA
Found at i:9552711 original size:81 final size:82
Alignment explanation
Indices: 9552626--9552785 Score: 234
Period size: 81 Copynumber: 2.0 Consensus size: 82
9552616 TGGTGTTGTG
* *
9552626 GCATTAGCGGTGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTGAGAATTAGCGGCGCTTATT-A-AAA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTAAGAATTAGCGGCGCTT-TTCAGAAA
9552689 ACGCCGCTAAAGACCTGA
65 ACGCCGCTAAAGACCTGA
* * *
9552707 GCATTAGTGGCGCTTATTTAAAAACGCCGCTAAAGACCTAAGCATTAGCGGCGCTTTTCAGAAAA
1 GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTAAGAATTAGCGGCGCTTTTCAGAAAA
* *
9552772 TGCTGCTAAAGACC
66 CGCCGCTAAAGACC
9552786 CCAAAAAACT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 7, Indels: 3
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
80 2 0.03
81 52 0.74
82 16 0.23
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (82 bp):
GCATTAGCGGCGCTTATTAAAAAACGCCGCTAAAGACCTAAGAATTAGCGGCGCTTTTCAGAAAA
CGCCGCTAAAGACCTGA
Found at i:9556631 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9556606--9556640 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
9556596 ATTAATGGTG
9556606 ATTAAGTTTAATTA
1 ATTAAGTTTAATTA
9556620 ATTAAGGTTTAATTA
1 ATTAA-GTTTAATTA
9556635 AGTTAA
1 A-TTAA
9556641 ATAAGTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.26
15 10 0.53
16 4 0.21
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
ATTAAGTTTAATTA
Found at i:9562716 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 9562469--9562784 Score: 431
Period size: 125 Copynumber: 2.5 Consensus size: 125
9562459 ATAAAATCAA
* * * * * * * * *
9562469 AGCATGATGATTTATCAGAAGGATTTTTGCAGTCGCGCCCATGTGTACGCGTTTTTGCTACAGTA
1 AGCAGGATGCTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGTTTTTGCTACAGTA
9562534 GGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTT-T
66 GGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTCT
* * * *
9562593 AAGCAGGATG-TTATATGCGAAGAATTTGTGAAATTGCGCCCTCGTGGACGCGCTTTTGCTACAG
1 -AGCAGGATGCTT-TATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGTTTTTGCTACAG
* * * *
9562657 TTGGTCCTGGAAGAAATAATTTTGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATTGTAT-AAAATCGCTTCT
64 TAGGTCCTGGAA-AAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTCT
9562719 AGCAGGATGCTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGTTTTTGCTACAGTA
1 AGCAGGATGCTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGTTTTTGCTACAGTA
9562784 G
66 G
9562785 CATGTTTGGG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 21, Indels: 8
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
124 2 0.01
125 126 0.76
126 38 0.23
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
AGCAGGATGCTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCGTTTTTGCTACAGTA
GGTCCTGGAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAAAACGCTTCT
Found at i:9565992 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9565972--9566053 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 5.6 Consensus size: 15
9565962 AACTTAAGGG
9565972 TTAGGGTTTTAAAGT
1 TTAGGGTTTTAAAGT
* * **
9565987 TAAGGG-TCTAGGGT
1 TTAGGGTTTTAAAGT
*
9566001 TTAGGGTTTTTAAGT
1 TTAGGGTTTTAAAGT
*
9566016 TTAGGG-TTTAAGGT
1 TTAGGGTTTTAAAGT
* *
9566030 TT-GTAGTTTTTAAGT
1 TTAG-GGTTTTAAAGT
9566045 TTAGGGTTT
1 TTAGGGTTT
9566054 GTGGTTTTTA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 15, Indels: 8
0.68 0.21 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.02
14 19 0.40
15 27 0.56
16 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.01, G:0.30, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
TTAGGGTTTTAAAGT
Found at i:9566006 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9565968--9566031 Score: 85
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
9565958 ATTTAACTTA
9565968 AGGG-TTAGGGTTTTAAAGTTAAGGGTCT
1 AGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAGGGTCT
* * *
9565996 AGGGTTTAGGGTTTTTAAGTTTAGGGTTT
1 AGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAGGGTCT
*
9566025 AAGGTTT
1 AGGGTTT
9566032 GTAGTTTTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.13
29 27 0.87
ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.34, T:0.42
Consensus pattern (29 bp):
AGGGTTTAGGGTTTTAAAGTTAAGGGTCT
Found at i:9566046 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9566021--9566205 Score: 212
Period size: 22 Copynumber: 8.5 Consensus size: 22
9566011 TAAGTTTAGG
* *
9566021 GTTTAAGGTTTGTAGTTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
9566043 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
* * *
9566065 GTTAAGGGTTAGT-GTTTTTAG
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
* *
9566086 GTTTAGGGTTTATGATTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
* *
9566108 GTTTAAGG-TTGTGGTTTTTAG
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
* *
9566129 GTTTAGGGTCTATGGTTTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGG-TTTTTAA
*
9566152 GTTTAGGGTTTGGGGTTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
* *
9566174 GTTTAGGGTTTATGATTTTTAA
1 GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
*
9566196 GTTAAGGGTT
1 GTTTAGGGTT
9566206 ACCCTTTTTG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 25, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 34 0.25
22 83 0.61
23 18 0.13
ACGTcount: A:0.18, C:0.01, G:0.29, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
GTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAA
Found at i:9566081 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9566035--9566248 Score: 143
Period size: 22 Copynumber: 9.9 Consensus size: 21
9566025 AAGGTTTGTA
* *
9566035 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTGT
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
9566056 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
1 -GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
* *
9566078 GTTTTTAGGTTTAGGGTTTA-T
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGT
9566099 GATTTTTAAGTTTAA-GGTT-GT
1 G-TTTTTAAG-TTAAGGGTTAGT
* *
9566120 GGTTTTTAGGTTTAGGGTCTA-T
1 -GTTTTTAAGTTAAGGGT-TAGT
* * *
9566142 GGTTTTTTAAGTTTAGGGTTTGGG
1 -G-TTTTTAAGTTAAGGG-TTAGT
*
9566166 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-T
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGT
**
9566187 GATTTTTAAGTTAAGGGTTACC
1 G-TTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
* * *
9566209 CTTTTTGATTTAAGGGTTAAG-
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTT-AGT
9566230 GTTTTTAAGTTAAGGGTTA
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTA
9566249 ATATTAGGGT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 22, Indels: 30
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.03
21 63 0.40
22 69 0.44
23 19 0.12
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.28, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
Found at i:9566082 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 9566035--9566248 Score: 229
Period size: 43 Copynumber: 5.0 Consensus size: 43
9566025 AAGGTTTGTA
*
9566035 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTGTGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
1 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
* *
9566078 GTTTTTAGGTTTAGGGTTTATGATTTTTAAGTTTAA-GGTT-GT
1 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGGTTTTTAAG-TTAAGGGTTAGT
* * * * *
9566120 GGTTTTTAGGTTTAGGGTCTATGGTTTTTTAAGTTTAGGGTTTGGG
1 -GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGG-TTTTTAAGTTAAGGG-TTAGT
* **
9566166 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGATTTTTAAGTTAAGGGTTACC
1 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
* * *
9566209 CTTTTTGA-TTTAAGGG-TTAAGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA
1 GTTTTTAAGTTT-AGGGTTTATGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA
9566249 ATATTAGGGT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 18, Indels: 15
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 27 0.18
43 68 0.47
44 28 0.19
45 22 0.15
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.28, T:0.50
Consensus pattern (43 bp):
GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGT
Found at i:9566249 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9566035--9566248 Score: 173
Period size: 21 Copynumber: 9.9 Consensus size: 21
9566025 AAGGTTTGTA
* *
9566035 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTGTG
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTATG
9566057 GTTTTTAAGTTAAGGGTTA-G
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTATG
* *
9566077 TGTTTTTAGGTTTAGGGTTTATG
1 -GTTTTTAAGTTAAGGG-TTATG
* *
9566100 ATTTTTAAGTTTAA-GGTTGTG
1 GTTTTTAAG-TTAAGGGTTATG
* *
9566121 GTTTTTAGGTTTAGGGTCTATG
1 GTTTTTAAGTTAAGGGT-TATG
*
9566143 GTTTTTTAAGTTTAGGGTT-TGGG
1 G-TTTTTAAGTTAAGGGTTAT--G
*
9566166 GTTTTTAAGTTTAGGGTTTATG
1 GTTTTTAAGTTAAGGG-TTATG
* **
9566188 ATTTTTAAGTTAAGGGTTACC
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTATG
* * * *
9566209 CTTTTTGATTTAAGGGTTAAG
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTATG
9566230 GTTTTTAAGTTAAGGGTTA
1 GTTTTTAAGTTAAGGGTTA
9566249 ATATTAGGGT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 25, Indels: 23
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.03
21 66 0.42
22 62 0.40
23 23 0.15
24 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.28, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
GTTTTTAAGTTAAGGGTTATG
Found at i:9566554 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9566530--9566573 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
9566520 TCCAGCTTTT
9566530 GGCGACGG-TTGTGGTTCCTCC
1 GGCGA-GGATTGTGGTTCCTCC
* *
9566551 GGCGAGGATTTTGGTTCTTCC
1 GGCGAGGATTGTGGTTCCTCC
9566572 GG
1 GG
9566574 TAGGGCATCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.10
21 18 0.90
ACGTcount: A:0.07, C:0.23, G:0.39, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
GGCGAGGATTGTGGTTCCTCC
Found at i:9568786 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 9568770--9568824 Score: 80
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 12
9568760 ATTAAATATG
9568770 AATTTGAGA-GA
1 AATTTGAGAGGA
*
9568781 AATTTGAAAGGA
1 AATTTGAGAGGA
9568793 AA-TTGAGAGGA
1 AATTTGAGAGGA
9568804 AA-TTGAGAGGA
1 AATTTGAGAGGA
9568815 AATTTGAGAG
1 AATTTGAGAG
9568825 AGGATTTGTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 3
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 29 0.73
12 11 0.28
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (12 bp):
AATTTGAGAGGA
Found at i:9569881 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9569861--9569896 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
9569851 TCTTCTTTTT
*
9569861 TTCTTCATCCTCTTC
1 TTCTTCATCCTCGTC
*
9569876 TTCTTCATCGTCGTC
1 TTCTTCATCCTCGTC
9569891 TTCTTC
1 TTCTTC
9569897 TTCTCCTTCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.36, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (15 bp):
TTCTTCATCCTCGTC
Found at i:9574439 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9574410--9574450 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
9574400 AAGAAAAACT
9574410 TAATA-ATA-ACATAAA
1 TAATATATATACAT-AA
9574425 TAATAATATATACATAA
1 TAAT-ATATATACATAA
9574442 TAATATATA
1 TAATATATA
9574451 AAAGTTGAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 5
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.17
16 6 0.26
17 9 0.39
18 4 0.17
ACGTcount: A:0.61, C:0.05, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
TAATATATATACATAA
Found at i:9574443 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9574410--9574452 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 14
9574400 AAGAAAAACT
*
9574410 TAATAATAACATAAA
1 TAATAAT-ATATAAA
*
9574425 TAATAATATATACA
1 TAATAATATATAAA
9574439 TAATAATATATAAA
1 TAATAATATATAAA
9574453 AGTTGAAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
14 18 0.72
15 7 0.28
ACGTcount: A:0.63, C:0.05, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (14 bp):
TAATAATATATAAA
Found at i:9574913 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9574872--9574935 Score: 119
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
9574862 AACGCACTTA
9574872 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
1 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
*
9574904 ATATTAGGGATTAAAAAGGGAAATAATCCCTT
1 ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
9574936 TCCCTAAAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 31 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
ATATTAGGGATTAAAAAGGAAAATAATCCCTT
Found at i:9576692 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 9576645--9576781 Score: 98
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
9576635 CAACCGATAG
9576645 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGTAGGA
1 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACG-AGGA
* * * * * * * * * *
9576688 AGGCAAGATCTACTATCTTCAACCAGCTCCACTA-CAACCGATGG-
1 AGGCAAG-GCT-TTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAA-CGA-GGA
* *
9576732 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGA
1 AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACG-AGGA
9576775 AGGCAAG
1 AGGCAAG
9576782 ATCTGCTATC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 22, Indels: 14
0.64 0.22 0.14
Matches are distributed among these distances:
42 16 0.25
43 19 0.29
44 12 0.18
45 18 0.28
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (42 bp):
AGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGAGGA
Found at i:9576719 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 9576574--9577187 Score: 903
Period size: 87 Copynumber: 7.1 Consensus size: 87
9576564 ACTTGTAATC
* ** * *
9576574 TTCGATCTGCTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
*
9576638 CCGATAGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * *
9576660 TTCGATCTGCTTCGCTATTAACGTAGGAAGGCAAGATCTACTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
9576725 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
9576747 TTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
*
9576812 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * * * * * *
9576834 TCCGATCTGCTTCACTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACTTAT-TT-AACCAGCTCTACTGCA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGC-TATCTTCAACCAGCTCCACTACA
9576897 ACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
65 ACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * *
9576920 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
9576985 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * * * * * *
9577007 TTCGATATGCTTCGCAGTCAATGCATGAAGGCAAGATCTGCT-TCTTTAACCAACTCCACTGCAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
9577071 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
9577093 TTCGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
9577158 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
9577180 TTCGATCT
1 TTCGATCT
9577188 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 55, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.01
86 177 0.38
87 285 0.61
88 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (87 bp):
TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
Found at i:9576912 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 9576574--9577187 Score: 944
Period size: 173 Copynumber: 3.5 Consensus size: 173
9576564 ACTTGTAATC
* ** * *
9576574 TTCGATCTGCTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* * * * *
9576638 CCGATAGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGTAGGAAGGCAAGATCTAC-T
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTACTT
*
9576702 ATCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
131 AT-TT-AACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
9576747 TTCGATCTGCTTTGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* * * *
9576812 CCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTCCGATCTGCTTCACTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTACTT
*
9576877 ATTTAACCAGCTCTACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
131 ATTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
* * * *
9576920 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
* * * *
9576985 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAATGCATGAAGGCAAGATCTGCTT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTACTT
* *
9577050 CTTTAACCAACTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
131 ATTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
*
9577093 TTCGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
1 TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
9577158 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
66 CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
9577188 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 39, Indels: 4
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
173 313 0.78
174 84 0.21
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (173 bp):
TTCGATCTGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAA
CCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTCAATGCAGGAAGGCAAGATCTACTT
ATTTAACCAGCTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTT
Found at i:9577039 original size:260 final size:259
Alignment explanation
Indices: 9576576--9577187 Score: 904
Period size: 260 Copynumber: 2.4 Consensus size: 259
9576566 TTGTAATCTT
* * *
9576576 CGATCTGCTTCACTGTCGACGCAGGAGGGCAAG-TCTGCTATCTTTAACCAGCTCCACTACAACC
1 CGATCTGCTTCACTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCT-TATTTAACCAGCTCCACTACAACC
* ** * *
9576640 GATAGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACGTAGGAAGGCAAGATCTACTATC
65 GATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTACTATC
* * * *
9576705 TTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTTGCTGTTAACG
130 TTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAACG
*
9576770 CAGGAAGGCAAGATCTGCTATCTTCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTT
195 CAGGAAGGCAAGATCTGCT-TCTTCAACCAACTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTT
9576835 C
259 C
* * * * *
9576836 CGATCTGCTTCACTGTCAATGCAGGAAGGTAAGATCTACTTATTTAACCAGCTCTACTGCAACCG
1 CGATCTGCTTCACTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTATTTAACCAGCTCCACTACAACCG
* * *
9576901 ATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTGTTAACACAAGAAGACAATATCTGCTATCT
66 ATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTACTATCT
*
9576966 TCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAATGC
131 TCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAACGC
* * * * *
9577031 ATGAAGGCAAGATCTGCTTCTTTAACCAACTCCACTGCAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTT
196 AGGAAGGCAAGATCTGCTTCTTCAACCAACTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTC
* * *
9577095 CGATATGCTTCGCTGTTAACGCAGGAAGGCAAGATCTGC-TATCTTCAACCAGCTCCACTACAAC
1 CGATCTGCTTCACTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTAT-TT-AACCAGCTCCACTACAAC
9577159 CGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
64 CGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCT
9577188 TCACTGATCT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 35, Indels: 6
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
258 3 0.01
259 76 0.24
260 230 0.73
261 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (259 bp):
CGATCTGCTTCACTGTCAACGCAGGAAGGCAAGATCTGCTTATTTAACCAGCTCCACTACAACCG
ATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATCTGCTTCGCTATTAACACAAGAAGACAAGATCTACTATCT
TCAACCAGCTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGGCTTTGTTTTCGATATGCTTCGCAGTCAACGC
AGGAAGGCAAGATCTGCTTCTTCAACCAACTCCACTACAACCGATGGAGGCAAGACTTTGTTTC
Found at i:9578867 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 9578837--9578958 Score: 86
Period size: 24 Copynumber: 4.8 Consensus size: 25
9578827 TCTTTTCATA
9578837 TTTTATTTTGACTTTGATTGATTTCT
1 TTTTATTTTGACTTTGATT-ATTTCT
* *
9578863 CTTTTGCTTTTGACTTTGATTTTTTCT
1 -TTTT-ATTTTGACTTTGATTATTTCT
* **
9578890 TTTCTATCTTTGATTTTGATT-TTGAT
1 TTT-TAT-TTTGACTTTGATTATTTCT
* * **
9578916 TTTGATTTTGATTTTGATT-TTGAT
1 TTTTATTTTGACTTTGATTATTTCT
* *
9578940 TTTGATTTTGATTTTGATT
1 TTTTATTTTGACTTTGATT
9578959 TTGATTTTTT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 7, Indels: 9
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 37 0.44
25 2 0.02
26 10 0.12
27 22 0.26
28 14 0.16
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.13, T:0.66
Consensus pattern (25 bp):
TTTTATTTTGACTTTGATTATTTCT
Found at i:9578907 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 9578898--9578966 Score: 138
Period size: 6 Copynumber: 11.5 Consensus size: 6
9578888 CTTTTCTATC
9578898 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT
1 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTTGAT
9578946 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTT
1 TTTGAT TTTGAT TTTGAT TTT
9578967 TTTTTGAATC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 63 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.16, T:0.68
Consensus pattern (6 bp):
TTTGAT
Found at i:9587876 original size:15 final size:13
Alignment explanation
Indices: 9587843--9587889 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
9587833 TTTTAAGGTG
*
9587843 CACACGGCCTTGC
1 CACACGGCCTTGA
9587856 CACACGGCCATGTGA
1 CACACGGCC-T-TGA
*
9587871 CACACGGCCTAGA
1 CACACGGCCTTGA
9587884 CACACG
1 CACACG
9587890 ACCATATGTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 17 0.57
14 2 0.07
15 11 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.40, G:0.23, T:0.11
Consensus pattern (13 bp):
CACACGGCCTTGA
Found at i:9588000 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9587958--9588008 Score: 77
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
9587948 ACAGTCTGAT
*
9587958 CACACGGGCATGTGGGTAAGC
1 CACACGGCCATGTGGGTAAGC
*
9587979 CACACGGCCATGTGTG-AAGC
1 CACACGGCCATGTGGGTAAGC
9587999 CACACGGCCA
1 CACACGGCCA
9588009 AGACTATTCC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.50
21 14 0.50
ACGTcount: A:0.25, C:0.31, G:0.31, T:0.12
Consensus pattern (21 bp):
CACACGGCCATGTGGGTAAGC
Found at i:9591564 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 9591554--9591613 Score: 57
Period size: 5 Copynumber: 11.2 Consensus size: 5
9591544 TATCTTATAA
* *
9591554 CATAT CATAT CATATTT CATAT CATGT CATATCT CATAT CATAT CGTAT
1 CATAT CATAT CATA--T CATAT CATAT CATA--T CATAT CATAT CATAT
*
9591603 CATAT CTTAT C
1 CATAT CATAT C
9591614 CTACCCCTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 8
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 36 0.78
7 10 0.22
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (5 bp):
CATAT
Found at i:9591564 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9591542--9591598 Score: 69
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 17
9591532 TGTAATGGGG
* *
9591542 CATATCTTATAACATAT
1 CATATCATATATCATAT
*
9591559 CATATCATATTTCATAT
1 CATATCATATATCATAT
* *
9591576 CATGTCATATCTCATAT
1 CATATCATATATCATAT
9591593 CATATC
1 CATATC
9591599 GTATCATATC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 34 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
CATATCATATATCATAT
Found at i:9591567 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9591542--9591612 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
9591532 TGTAATGGGG
9591542 CATATCTTATAACATATCATAT
1 CATATCTTAT-ACATATCATAT
*
9591564 CATA--TT-T-CATATCATGT
1 CATATCTTATACATATCATAT
* *
9591581 CATATCTCATATCATATCGTAT
1 CATATCTTATA-CATATCATAT
9591603 CATATCTTAT
1 CATATCTTAT
9591613 CCTACCCCTA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 10
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.33
19 2 0.05
20 3 0.08
22 21 0.54
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
CATATCTTATACATATCATAT
Found at i:9591603 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9591554--9591603 Score: 73
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
9591544 TATCTTATAA
*
9591554 CATATCATATCATATTT
1 CATATCATATCATATCT
*
9591571 CATATCATGTCATATCT
1 CATATCATATCATATCT
*
9591588 CATATCATATCGTATC
1 CATATCATATCATATC
9591604 ATATCTTATC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 29 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
CATATCATATCATATCT
Found at i:9594372 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 9594126--9594395 Score: 434
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 137
9594116 TTCAGAAAAT
* * *
9594126 GGCATGTCTTTCATATTGCACTTTCATGTGAACTTGTTACTACATGACATTGTTAAATTACTTTT
1 GGCATATCTTTCATATTGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTTT
* * *
9594191 GTAGTTAGTGTTATATCCATCTTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACTCATGCCATAAATGATT
66 GTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGATT
9594256 TCATTTG
131 TCATTTG
*
9594263 GGCATATCTTTCATATCT-CACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGATATTGTTAAATTACTTT
1 GGCATATCTTTCATAT-TGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTT
* * *
9594327 TGTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTTTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATTCCATAATTGAT
65 TGTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGAT
9594392 TTCA
130 TTCA
9594396 ATTTTAAGTT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 10, Indels: 2
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 121 0.99
138 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (137 bp):
GGCATATCTTTCATATTGCACTTTCAGGTGAACTTGTTACCACATGACATTGTTAAATTACTTTT
GTAGCTAGTGTTATATCCATATTTTGTTATTGTTATTTTGAATGTAACACATGCCATAAATGATT
TCATTTG
Found at i:9594524 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 9594496--9594547 Score: 104
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
9594486 TTCATTTATA
9594496 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
9594521 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
9594546 TT
1 TT
9594548 ACTGATTCTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 27 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTTCACCAGTCCCGTCTGTTTAAGT
Found at i:9596154 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 9596089--9596276 Score: 156
Period size: 61 Copynumber: 3.1 Consensus size: 61
9596079 TTATAGTATC
*
9596089 ATATATTATGATTTTAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
* * * * * * * ** *
9596150 ATATATTTTAATTAAAATATATTTA-ATAATAAT-TATG-TTA--AATTATCTTT-TATAGTATC
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATAT-TGATTATTAAGAAT-TTTAT-TA-AAT-
9596209 T
61 T
* * *
9596210 -TATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTAGGAATTTTATTAAATT
1 ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
9596270 ATATATT
1 ATATATT
9596277 TTAATTATAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 24, Indels: 24
0.65 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
57 5 0.05
58 5 0.05
59 23 0.25
60 19 0.21
61 30 0.33
62 5 0.05
63 4 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (61 bp):
ATATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAATT
Found at i:9596165 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9596137--9596171 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
9596127 ATTATTAAGA
*
9596137 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAAATATAT
9596154 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTT-ATTAAAATATAT
9596172 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.31
18 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTAAAATATAT
Found at i:9596273 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 9596090--9596273 Score: 146
Period size: 64 Copynumber: 3.1 Consensus size: 58
9596080 TATAGTATCA
* *
9596090 TATATTATGATTTTAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTAAGAATTTTATTAAAT
1 TATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATT-AGAATTTTATTAAAT
* * ** * *
9596149 TATA-TAT--TTTAATTAAAAT-ATAT-TTAATAATAATTATGTTA-AATTATCTTTTATAGTAT
1 TATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTA--TTAGAATT-T-TATTA-A--A-
9596208 CT
58 -T
*
9596210 TATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTAGGAATTTTATTAAAT
1 TATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA-GAATTTTATTAAAT
9596269 TATAT
1 TATAT
9596274 ATTTTAATTA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 15, Indels: 32
0.67 0.11 0.23
Matches are distributed among these distances:
54 13 0.14
55 6 0.06
56 15 0.16
57 1 0.01
58 3 0.03
59 11 0.12
61 6 0.06
62 3 0.03
63 1 0.01
64 16 0.17
65 5 0.05
66 14 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (58 bp):
TATATTATGATTTAAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTAGAATTTTATTAAAT
Found at i:9596282 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 9596069--9596313 Score: 429
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 121
9596059 TTTTGACAAG
* *
9596069 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTTAGTAAATTCATATAAGAATATTGATTATTA
1 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
9596134 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATG-TT
66 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
* *
9596189 AAATTATCTTTTATAGTATCTTATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
1 AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
* *
9596254 GGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTT
66 AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
9596310 AAAT
1 AAAT
9596314 ATGATTAAAT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 6, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
120 112 0.95
121 6 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (121 bp):
AAATTATATTTTATAGTATCATATATTATGATTTGAGTAAATTCATATAAGAATATTAATTATTA
AGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
Found at i:9596291 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9596270--9596311 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
9596260 TTATTAAATT
*
9596270 ATATATTTTAATTATA
1 ATATATTTTAATAATA
9596286 ATATA-TTTAATAATA
1 ATATATTTTAATAATA
9596301 AT-TATGTTTAA
1 ATATAT-TTTAA
9596312 ATATGATTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.09
15 11 0.48
16 10 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
ATATATTTTAATAATA
Found at i:9596296 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9596261--9596302 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
9596251 TTAGGAATTT
*
9596261 TATTAAATTAT-ATA
1 TATTTAATTATAATA
9596275 T-TTTAATTATAATA
1 TATTTAATTATAATA
*
9596289 TATTTAATAATAAT
1 TATTTAATTATAAT
9596303 TATGTTTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.33
14 5 0.21
15 11 0.46
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (15 bp):
TATTTAATTATAATA
Found at i:9596409 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 9596245--9596561 Score: 589
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
9596235 ATAAGAATAT
* *
9596245 TAATTATTAGGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTT
1 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
*
9596310 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATATTAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
66 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
*
9596375 TAATAATTTACCAAAACAAATTTCTGC
131 TAATAATTTACCAAAACAAATTTATGC
9596402 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
1 TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
9596467 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
66 AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
*
9596532 TAATCATTTACCAAAACAAATTTATGC
131 TAATAATTTACCAAAACAAATTTATGC
9596559 TAA
1 TAA
9596562 AGGTATTCTA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
157 155 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
TAATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTT
AAATATGATTAAATTATTTATTATTGATAATAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATAACAA
TAATAATTTACCAAAACAAATTTATGC
Found at i:9596442 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9596414--9596448 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
9596404 ATTATTAAGA
*
9596414 ATTTTATTAAATTATAT
1 ATTTTATTAAAATATAT
9596431 ATTTTAATTAAAATATAT
1 ATTTT-ATTAAAATATAT
9596449 TTAATAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.31
18 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTAAAATATAT
Found at i:9596482 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 9596246--9596484 Score: 182
Period size: 75 Copynumber: 3.1 Consensus size: 75
9596236 TAAGAATATT
* *
9596246 AATTATTAGGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTATAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
1 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
9596311 AATATGATTA
66 AATATGATTA
* ** * * * * *
9596321 AATTATTTATTATTGATATTAATAATCTTATTAAAATTTAAATAACAATA-A--CAATAATAATT
1 AATTATTAAGAATT-TTATT-A-AA--TTA-TATATTTTAATTAA-AATATATTTAATAATAATT
**** * * *
9596383 -TACCAAAACAAAT-TTCTGCT
59 AT-GTTTAA-ATATGAT-T--A
9596403 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
1 AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
9596468 AATATGATTA
66 AATATGATTA
9596478 AATTATT
1 AATTATT
9596485 TATTATTGAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 32, Indels: 34
0.64 0.18 0.19
Matches are distributed among these distances:
75 21 0.18
76 16 0.14
77 8 0.07
78 16 0.14
79 16 0.14
80 8 0.07
81 15 0.13
82 15 0.13
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (75 bp):
AATTATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTAATTAAAATATATTTAATAATAATTATGTTTA
AATATGATTA
Found at i:9596639 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 9596596--9596700 Score: 113
Period size: 44 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
9596586 TTCTATTATG
9596596 CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACACAAGA-TTA
1 CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACACAAGATTTA
* *** *
9596635 CTATTACGCCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACAGTTGATTTG
1 CTATTACACCTCTATT-C----CATTCAACCAAACACAAGATTTA
9596680 CTATTACACCTCTATTCCATT
1 CTATTACACCTCTATTCCATT
9596701 ACACCTCTAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 11
0.76 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.28
40 5 0.09
44 17 0.31
45 17 0.31
ACGTcount: A:0.31, C:0.30, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (40 bp):
CTATTACACCTCTATTCCATTCAACCAAACACAAGATTTA
Found at i:9596694 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 9596594--9596703 Score: 131
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
9596584 TTTTCTATTA
9596594 TGCTATTACACCTCTATT-C----CATTCAACCAAACACAAGAT
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACAAGAT
* * ***
9596633 TACTATTACGCCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACAGTTGATT
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACAAGA-T
9596678 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACA
1 TGCTATTACACCTCTATTCCATTACA
9596704 CCTCTAATCC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 7, Indels: 6
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 16 0.28
40 1 0.02
44 16 0.28
45 25 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.29, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (44 bp):
TGCTATTACACCTCTATTCCATTACATTCAACCAAACACAAGAT
Found at i:9596703 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9596682--9596719 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
9596672 TTGATTTGCT
*
9596682 ATTACACCTCTATTCC
1 ATTACACCTCTAATCC
9596698 ATTACACCTCTAATCC
1 ATTACACCTCTAATCC
*
9596714 AATACA
1 ATTACA
9596720 GCGAACCAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 20 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.34, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (16 bp):
ATTACACCTCTAATCC
Found at i:9599884 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9599845--9599897 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
9599835 TTCTCTTAAA
9599845 CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
1 CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
* *
9599867 CTCTCAATTTCCTTCAAAAAAT-
1 CTCTCAAATTCCTTC-CAAAATC
9599889 CTCTCAAAT
1 CTCTCAAAT
9599898 CCATATTAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 22 0.81
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.34, C:0.32, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
CTCTCAAATTCCTTCCAAAATC
Found at i:9599962 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9599931--9599984 Score: 83
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
9599921 TCAATTTCAT
*
9599931 TTTTTAAGAA-AATTTTAAATATTTTTA
1 TTTTTAAAAATAATTTTAAA-ATTTTTA
9599958 TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
1 TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
9599985 AAATTTTCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.64
28 9 0.36
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTAAAAATAATTTTAAAATTTTTA
Found at i:9600105 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9600076--9600109 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
9600066 AAATTTAAAA
9600076 TTTTATTTAAGATAT
1 TTTTATTTAAGATAT
*
9600091 TTTTATTTATG-TAT
1 TTTTATTTAAGATAT
9600105 TTTTA
1 TTTTA
9600110 GATAATTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.44
15 10 0.56
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.06, T:0.68
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATTTAAGATAT
Found at i:9601081 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 9601069--9601098 Score: 60
Period size: 7 Copynumber: 4.3 Consensus size: 7
9601059 TGGATTGATG
9601069 TTTAGTA
1 TTTAGTA
9601076 TTTAGTA
1 TTTAGTA
9601083 TTTAGTA
1 TTTAGTA
9601090 TTTAGTA
1 TTTAGTA
9601097 TT
1 TT
9601099 ATGTATATAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 23 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.13, T:0.60
Consensus pattern (7 bp):
TTTAGTA
Found at i:9601783 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9601750--9601784 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9601740 AGGTATGTTT
* *
9601750 CCTAACCCTTATATGTAC
1 CCTAACCCGTACATGTAC
9601768 CCTAACCCGTACATGTA
1 CCTAACCCGTACATGTA
9601785 TCCTTTTCCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.34, G:0.09, T:0.29
Consensus pattern (18 bp):
CCTAACCCGTACATGTAC
Found at i:9602006 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 9601950--9602006 Score: 96
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
9601940 GCATGGCTTT
* *
9601950 CAAACTCCGTCGCCGTTCATGATG
1 CAAACACCTTCGCCGTTCATGATG
9601974 CAAACACCTTCGCCGTTCATGATG
1 CAAACACCTTCGCCGTTCATGATG
9601998 CAAACACCT
1 CAAACACCT
9602007 CCACATACAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 31 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.35, G:0.16, T:0.23
Consensus pattern (24 bp):
CAAACACCTTCGCCGTTCATGATG
Found at i:9602441 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9602379--9603667 Score: 1098
Period size: 28 Copynumber: 45.1 Consensus size: 29
9602369 TTGTATTAAA
* *
9602379 AACCCTAAATTAATTTAATTAAAAACTCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9602408 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9602436 GAA-CCTAACCCATTTTAATT-AAAACCCT
1 -AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9602464 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9602492 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9602520 AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAGCCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** * *
9602550 AAACCCTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACCCT
1 -AACCCTAA-TTTAATTTA--ATTAA----AAACCCT
* *
9602587 AAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCTT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* * * *
9602616 AACCCTAACTCATTTTAATTAAAATCCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9602645 AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
**
9602674 AACCCTAA-CCAATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAA-TTTAATTAAAAACCCT
*
9602703 AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** * *
9602733 AAACCCTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACCCT
1 -AACCCTAA-TTTAATTTA--ATTAA----AAACCCT
**
9602770 AAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCC-
1 -AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *** *
9602799 -ACTCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9602827 -A----AA-CTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9602850 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9602878 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9602907 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9602935 TA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9602963 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9602992 AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** ***
9603022 AAACCCTAACCCTAATTTGCCCT--AAACCCT
1 -AACCCTAA-TTTAATTT-AATTAAAAACCCT
**
9603052 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAAATCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603080 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603109 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603137 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603165 AA-CCTAATTTGATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603193 AACCCTAACCCTT--TTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAA--TTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603222 -A----AA-CTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603245 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603273 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9603302 AA-CATAATTTAATTTAATTTAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603330 AA-ACTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
** * *
9603358 AACCCTAACCTATTTTAATTAAAAACCTT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9603387 AACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAATCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
* *** *
9603417 AAACCCTAACCTTAATTTGCCCT--AAACCTT
1 -AACCCTAA-TTTAATTT-AATTAAAAACCCT
**
9603447 AAACCCTAACCTAATTTAATT-AAAACCCT
1 -AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603476 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603505 AA-CC-----TAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603528 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCTT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603556 AACCCTAACCCATTTTAATT-AAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603584 AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603612 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603641 AACCC--A--T--TTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603664 AACC
1 AACC
9603668 ATTAATAAAA
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 157, Indels: 134
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
23 75 0.07
24 6 0.01
26 1 0.00
27 63 0.06
28 364 0.35
29 347 0.33
30 64 0.06
31 34 0.03
32 29 0.03
33 9 0.01
34 3 0.00
35 7 0.01
36 16 0.02
37 20 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.24, G:0.01, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AACCCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
Found at i:9602739 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 9602727--9602778 Score: 61
Period size: 7 Copynumber: 7.1 Consensus size: 7
9602717 TTAATTTAAG
9602727 AACCCTA
1 AACCCTA
9602734 AACCCT-
1 AACCCTA
9602740 AACCCTA
1 AACCCTA
9602747 ATTTACCCTA
1 A---ACCCTA
*
9602757 AACCTTA
1 AACCCTA
9602764 AACCCTA
1 AACCCTA
9602771 AACCCTA
1 AACCCTA
9602778 A
1 A
9602779 CCTAATTTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 8
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.15
7 26 0.67
10 7 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.38, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (7 bp):
AACCCTA
Found at i:9602744 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9602696--9602793 Score: 119
Period size: 37 Copynumber: 2.7 Consensus size: 36
9602686 TTTTAATTAA
* *
9602696 AAACCCTAACCCTAATTTAATTTAA-TTTAAGAACCCT
1 AAACCCTAACCCTAATTTAATTAAACCTT-A-AACCCT
**
9602733 AAACCCTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACCCT
1 AAACCCTAACCCTAATTTA-ATTAAACCTTAAACCCT
9602770 AAACCCTAA-CCTAATTTAATTAAA
1 AAACCCTAACCCTAATTTAATTAAA
9602794 AACCCACTCT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 6, Indels: 6
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 4 0.08
36 9 0.17
37 34 0.64
38 4 0.08
39 2 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.29, G:0.01, T:0.29
Consensus pattern (36 bp):
AAACCCTAACCCTAATTTAATTAAACCTTAAACCCT
Found at i:9603060 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9603018--9603061 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
9603008 AATTTAAGAA
9603018 CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
1 CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
9603041 CCCTAAACCCTAA-CCTAATTT
1 CCCTAAACCCTAACCCTAATTT
9603062 AATTTAATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.38
23 13 0.62
ACGTcount: A:0.32, C:0.39, G:0.02, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
CCCTAAACCCTAACCCTAATTTG
Found at i:9603535 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9603490--9603536 Score: 51
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
9603480 CTAACCCATT
9603490 TTAATTAAAAACCCTAACC
1 TTAATTAAAAACCCTAACC
9603509 TAATTTAATTAAAAACCCTAACC
1 ----TTAATTAAAAACCCTAACC
9603532 -TAATT
1 TTAATT
9603537 TAATTTAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 5
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.21
23 19 0.79
ACGTcount: A:0.47, C:0.21, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTAAAAACCCTAACC
Found at i:9603560 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9603522--9603645 Score: 114
Period size: 29 Copynumber: 4.2 Consensus size: 33
9603512 TTTAATTAAA
*
9603522 AACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCTT
1 AACCCTAACC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603556 AACCCTAACCCA--T--TTTAATT-AAAACCCT
1 AACCCTAACCAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603584 AA-CCT----AATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAACCAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*
9603612 AACCCTAACCCA--T--TTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCTAACCAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603641 AACCC
1 AACCC
9603646 ATTTTAATTA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 4, Indels: 25
0.72 0.04 0.24
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.01
25 1 0.01
27 10 0.13
28 19 0.25
29 31 0.41
31 2 0.03
33 2 0.03
34 10 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.27, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (33 bp):
AACCCTAACCAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
Found at i:9603652 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 9602379--9603667 Score: 941
Period size: 57 Copynumber: 22.6 Consensus size: 56
9602369 TTGTATTAAA
* *
9602379 AACCCTAAATTAATTTAATTAAAAACTCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *** *
9602436 GAACCTAACCCATTTTAATT-AAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 -AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* * *
9602492 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAGCCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** * * *
9602550 AAACCCTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACCCTAAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCT
1 -AACCC-AA-TTTAATTTA--ATTAA----AAACCCT-AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCC
9602615 T
56 T
* * * * * *
9602616 AACCCTAACTCATTTTAATTAAAATCCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGACCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
** *
9602674 AACCCTAA-CCAATTTTAATTAAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCT
1 AACCC-AATTTAA-TTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** * * **
9602733 AAACCCTAACCCTAATTTACCCTAAACCTTAAACCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACC
1 -AACCC-AA-TTTAATTTA--ATTAA----AAACCCT-AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACC
9602798 C-
55 CT
* *** * *
9602799 -ACTCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT-A---AA-CTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AAC-CCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *** *
9602850 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9602907 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTTACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** * *
9602963 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAACCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
** *** **
9603022 AAACCCTAACCCTAATTTGCCCT--AAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAAATCT
1 -AACCC-AA-TTTAATTT-AATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603080 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9603137 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTGATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *
9603193 AACCCTAACCCTT--TTTAATTAAAAACCCT-A---AA-CTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCC-AA--TTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *** *
9603245 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
** * *
9603302 AACATAATTTAATTTAATTTAAAACCCTAAACTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
** * * * *
9603358 AACCCTAACCTATTTTAATTAAAAACCTTAACCCTAATTTAATTTAATTTAAGAATCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAA-TTAAAAACCCT
* *** * **
9603417 AAACCCTAACCTTAATTTGCCCT--AAACCTTAAACCCTAACCTAATTTAATT-AAAACCCT
1 -AACCC-AA-TTTAATTT-AATTAAAAACCCT-AA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
*** *
9603476 AACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCTAACC-----TAATTTAATTAAAAACCCT
1 AACCC-AATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* * *** *
9603528 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCTTAACCCTAACCCATTTTAATT-AAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
* *** *
9603584 AACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCCATTTTAATTAAAAACCCT
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
9603641 AACCC-A--T--TTTAATTAAAAACCCTAACC
1 AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACC
9603668 ATTAATAAAA
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 136, Indels: 149
0.78 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.00
50 19 0.02
51 73 0.07
52 58 0.06
53 2 0.00
54 1 0.00
55 17 0.02
56 215 0.21
57 259 0.25
58 134 0.13
59 54 0.05
60 44 0.04
61 42 0.04
62 8 0.01
63 13 0.01
64 10 0.01
65 9 0.01
66 8 0.01
67 38 0.04
68 18 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.24, G:0.01, T:0.32
Consensus pattern (56 bp):
AACCCAATTTAATTTAATTAAAAACCCTAACCTAATTTAATTTAATTAAAAACCCT
Found at i:9607082 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 9606861--9607141 Score: 424
Period size: 124 Copynumber: 2.3 Consensus size: 124
9606851 CCACGAGGGC
* * *
9606861 GCGATTTGACACTATTTGCTCAGAAACGTCAAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGG
1 GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTC-AAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGA
* * **
9606926 GAAATCGCGTCCACGAGGGCGCAATTTCACAATTTCTTCTCAT-ATAGCATCCTGGTATCA
65 GAAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTC-TGATAGCATCCTAGTAGAA
*
9606986 GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAAACGTCAAAAA-AATTATTTCTTACATGACCAACTGTAGA
1 GCGATTTTATACTATTTGCTCAG-AAACGTCAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGA
*
9607050 GAAATCGCGTCCACGAGGGCACGATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTAGTAGAA
65 GAAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTAGTAGAA
9607110 GCGATTTTATACTATTTGAC-CAGAAACGTCAA
1 GCGATTTTATACTATTTG-CTCAGAAACGTCAA
9607142 CTCGAAATAA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 9, Indels: 8
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
123 10 0.07
124 100 0.69
125 27 0.19
126 7 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (124 bp):
GCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAAAAATAATTATTTCCTACATGACCAACTGTAGAG
AAATCGCGTCCACGAGGGCACAATTTCACAATTTCTTCTCTGATAGCATCCTAGTAGAA
Found at i:9608199 original size:123 final size:124
Alignment explanation
Indices: 9607980--9608294 Score: 533
Period size: 123 Copynumber: 2.5 Consensus size: 124
9607970 TAATTTCGAG
* * *
9607980 TTGACGTTTCTGATCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAACAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTG
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
* *
9608045 AAATCGCGCCTTCGTGGACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCATGGAAGAAAT-AATTTTT
66 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAAATTTTT
*
9608103 TTGACGTTTCTGAGCACATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
* *
9608168 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTGCTACAGTCGGTCATGTAAGAAATAAATTTTT
66 AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAAATTTTT
* *
9608227 TTGACGTTTCTGAGTAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGAATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
1 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
9608292 AAA
66 AAA
9608295 ATCGGGCGCG
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 11, Indels: 1
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
123 108 0.60
124 72 0.40
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (124 bp):
TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTAGCAGGATGCTATTTGAGAAGAATTTGTA
AAATCGCGCCCTCGTGAACGCGCTTTTGCTACAGTAGGTCATGGAAGAAATAAATTTTT
Found at i:9611649 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 9611597--9612238 Score: 210
Period size: 44 Copynumber: 14.4 Consensus size: 43
9611587 AATTAACTTA
* * *
9611597 GTTATGGTTTTAAAGTTAAGGGTGATGGTTTTTAAGTTAA-GGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGGG
*
9611640 TTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGGGG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG-GTTTTTAAGTTAAGGGG
* ***
9611684 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGGG
* * ***
9611728 GTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--GGGTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGGG
* * ***
9611774 GTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AAGGGG
** ***
9611820 GTTAGGGTTTTTGGGTT-AGGAGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGG-GTTA-GGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* * ***
9611864 GTTAGAG-TTTTAGGGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTA-AGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* * * ***
9611908 GTTTGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTTGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT--A--AGGGTTAGGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* ** ***
9611954 GTTAGGG-TTTTAGGGTTCGGGGTTAGGATTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTA-AGTTAAGGGTTAGG-TTTTTAAGTT-AAGGGG
* *
9611998 GTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTAAGGTTAA--GG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTT-AA--GGGTTAGGTTTTTAA-GTTAAGGGG
* ***
9612042 GTTAGGGGTTTTAAGGTTAAGGGTTAAGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAA-GTTAAGGGTT-AGGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* ***
9612087 GTTAGGG-TTTTAGGGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTA-AGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* * * * ***
9612131 GTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAAGGTTTTT-ATTTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTT-AGGTTTTTAAGTT-AAGGGG
* ***
9612177 GTTAGGG-TTTTAGGGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTA-AGTTAAGGGTTA-GGTTTTTAAGTT-AAGGGG
9612221 GTTAGGGTTTTTAA-TTAA
1 GTTAGGGTTTTTAAGTTAA
9612239 ATTAGGTTAG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 50, Indels: 84
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.01
43 63 0.12
44 233 0.46
45 55 0.11
46 141 0.28
47 12 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (43 bp):
GTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGTTTTTAAGTTAAGGGG
Found at i:9611781 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 9611565--9613383 Score: 1738
Period size: 90 Copynumber: 20.3 Consensus size: 90
9611555 AAGTAAAATT
* * * * * * * *
9611565 ATTAACTTAGTTTAGGGTTTTTAATTAACTTA-GTTATGGTTTTAAAGTTAA-GGGTGATGGTTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAATAGGTTAGGGTTT
* *
9611628 TTAAGTTAA--GGGTTTAGGGTTTTTA
65 TTAATTTAATTAGG-TTAGGGTTTTTA
* * *** *
9611653 AGTT-AA--GGGTTAGAGTTTTTAAGTT-AAGGGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA-GGGTTAGGGT
1 A-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAATAGGTTAGGGT
9611713 TTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
63 TTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9611741 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAA-TAGGTTAGGGTT
* *
9611806 TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTGG
64 TTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTT-A
* ** * * *
9611834 GTT--AGGA-GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG-TTTTAGGGTTAA-GGGTTAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTT
* *
9611894 TTTAATTAAATTAGGTTTGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *** *
9611921 ATTAAATTAGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-CGGGGTTAGGATT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTT
*
9611984 TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
9612011 ATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAAGGTT-AA--GGGTTAGGGGTTTTAAGGTTAA-GGGTTAAGG
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA--TTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA--TTAATAGGTTAGGG
*
9612071 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTA
62 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
9612099 GGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAAGG
1 --ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAA-TAGGTTAGGG
9612161 TTTTT-ATTTAAATTAGGTTAGGG-TTTTA
62 TTTTTAATTT-AATTAGGTTAGGGTTTTTA
* *
9612189 GGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG
1 --ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGG
* *
9612251 TTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTA
62 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *
9612280 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-T
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTT
** **
9612344 TTTAGGGTT-A-GGGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *
9612370 ATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTT
*
9612435 TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9612462 ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG----T--TT--TAGGTTAGGG-TTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAATAGGTTAGGGTTTT
9612518 TAA-TTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
66 TAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * * * **
9612542 ATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AGGGGTTAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTT
9612605 TTTAA-TTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAA-TTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9612632 ATTAAATTAGGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-T
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTT
** * *
9612696 TTTAGGGTTAA--GGGTTAGTGTTTTTA
64 TTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * * *
9612722 ATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAGTTAAATTAGGTTAGAG
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGG
**
9612783 TTTTTAATTTAATTAGGTTAACGTTTTTA
62 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *
9612812 TTTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGG
*
9612873 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
62 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * * * **
9612902 ATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTACGGTT-AGGGGTTAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTT
9612965 TTTAA-TTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAA-TTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9612992 ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAATTAGGTTAGGGTTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA-TAGGTTAGGGTTT
*
9613057 TTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
65 TTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *
9613083 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-T
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTT
** **
9613147 TTTAGGGTT-A-GGGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
* * *
9613173 ATTAAGTTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTT
*
9613238 TTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
64 TTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9613265 ATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGG
9613326 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
62 TTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
*
9613355 ATTAAATTAGGTTAGGATTTTTAAGTTAA
1 ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAA
9613384 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 154, Indels: 167
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
80 58 0.04
81 6 0.00
82 9 0.01
83 1 0.00
86 18 0.01
87 53 0.04
88 117 0.08
89 106 0.07
90 757 0.51
91 154 0.10
92 203 0.14
93 10 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (90 bp):
ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAATAGGTTAGGGTTTT
TAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA
Found at i:9611800 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 9611683--9613383 Score: 1740
Period size: 113 Copynumber: 15.0 Consensus size: 113
9611673 AAGTTAAGGG
*
9611683 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAA-GGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTAATAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAA
* *
9611747 TTAGGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
65 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*** **
9611796 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTGGGTT-AGGA-GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
9611859 ATTAGGTTAGAG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * *
9611907 GGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT
1 GGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATT
*** *
9611971 ---CGGGGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
62 AAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * * *
9612020 GGTTAGGG-TTTTAAGGTTAA-GGGTTAGGGGTTTTAAGGTTAA--GGGTTAAGGTTTTTAATTA
1 GGTTAGGGTTTTTAA--TTAATAGGTTAGGGTTTTTAA-TTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTA
* *
9612081 AATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
63 AATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * *
9612130 GGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAAGGTTTTT-ATTTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGT
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTAA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTT-AATTAGGTTAGGGTTTTTA--AT
*
9612193 T-AA--GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
61 TAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * * *
9612243 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAA-TTAA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * * **
9612308 ATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
9612356 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAA--TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
9612421 ATTAGGTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
*
9612471 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAGGTTAGGGTTTTAATTAATTAGGTTAGGG
1 GGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGG-TTT---TTA-------ATTTAATTAGGTTAGGG
* * * * **
9612536 TTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
53 TTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
* *
9612595 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGATTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAA--TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
9612660 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-AA--G
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
* ** * *
9612708 GGTTAGTGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTTAA--GGGTTAGGGTTTTTAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTTTTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTA
* * ** *
9612770 AATTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAACGTTTTTATTTAAATTA
63 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * *
9612821 GGTTAGGG-TTTTAGGGTTAA-GGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
9612884 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTA
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* ** *
9612934 GGTTAGGG-TTTTACGGTT-AGGGGTTAGGGTTTTTAA-TTAAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTT
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTTTTTAATTTAA-TTAGGTTAGGGTTTTTAATTA
9612996 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATT-AATTA
63 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* *
9613046 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATT-AA-TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * * **
9613111 ATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT--A-GG
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAATTA
*
9613159 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTAA--TAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
9613224 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
* * *
9613274 GGTTAGGG-TTTTAGGGTTAA-AGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTA--ATTAATAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
9613337 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGATTTTTAAGTTAA
64 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAA-TTAA
9613384 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 1358, Mismatches: 140, Indels: 179
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
109 2 0.00
110 49 0.04
111 170 0.13
112 107 0.08
113 707 0.52
114 120 0.09
115 85 0.06
116 11 0.01
119 3 0.00
120 3 0.00
123 5 0.00
124 28 0.02
125 6 0.00
126 60 0.04
127 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (113 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTAATAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAAT
TAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
Found at i:9612509 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 9612491--9612519 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
9612481 TTTAATTAAA
9612491 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
9612504 TTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTT
9612517 TTA
1 TTA
9612520 ATTAATTAGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.34, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TTAGGTTAGGGTT
Found at i:9612532 original size:34 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9612468--9612539 Score: 130
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
9612458 TTTAATTTAA
9612468 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
9612504 TTAGGTTAGGG-TTTTAATT-AATTAGGTTAGGGTT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
9612538 TT
1 TT
9612540 TAATTTAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 17 0.47
35 8 0.22
36 11 0.31
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
Found at i:9612535 original size:57 final size:59
Alignment explanation
Indices: 9612376--9613387 Score: 359
Period size: 67 Copynumber: 15.2 Consensus size: 59
9612366 TTTAATTAAG
9612376 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTTAAT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG-------T
9612441 T
59 T
*
9612442 AAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTT
* *
9612504 TTAGGTTAGGG-TTTTAA-TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGTTTAGAGTTTTTAAT
1 TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG-------T
9612567 T
59 T
** ** *
9612568 AAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTT-A-GGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTA-ATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G----
*
9612630 TAATT
56 -AGTT
* * *
9612635 AAATTAGGTTAGGATTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTT
* * *
9612697 TTAGGGTTAAGGGTTAGTGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTTAAGGGTTAGGGT
1 TTA-GGTT-A--G---G-GTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAA--ATTA-GG-
**
9612761 TTTTAGTT
52 TTAGAGTT
* ** * *
9612769 AAATTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAACGTTTTTATTTAAATTAGGTTAGGGTTTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG--TT
*
9612833 AGGGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 ----TT-A-GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G--
*
9612898 TTTAATTT
56 ----AGTT
* * * * ** ** *
9612906 AATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTACGGTTAGGGGTTAGGGTTTTTAA
1 --TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTA--AATTA-GG-TTAGAG
9612970 TT
58 TT
9612972 AAGTTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G-----
*
9613037 AATT
56 AGTT
*
9613041 AATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTTA
1 --TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G------
*
9613106 ATTT
56 AGTT
* * * * ** ** *
9613110 AATTAGTTTAGAGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTTAGGGGTTAGGGTTTTTAA
1 --TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTA--AATTA-GG-TTAGAG
9613174 TT
58 TT
*
9613176 AAGTTAGGTTAGAGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G-----
*
9613241 AATT
56 AGTT
* * **
9613245 AAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG-TTTTAGGGTTAAAGGTTAGGGTTTTTA
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTA--ATTAAA--TTA-GG-TTAGA
*
9613309 ATT
57 GTT
*
9613312 AAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGATTT
1 ---TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA-GAGTT
*
9613375 TTAAGTTAAGGGT
1 TTAGGTT-AGGGT
9613388 ATTAATGGTT
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 96, Indels: 194
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
57 35 0.05
58 6 0.01
59 14 0.02
60 10 0.01
61 6 0.01
62 13 0.02
63 12 0.02
64 16 0.02
65 2 0.00
66 28 0.04
67 253 0.34
68 103 0.14
69 199 0.26
70 15 0.02
71 5 0.01
72 14 0.02
73 9 0.01
74 11 0.01
75 3 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.25, T:0.48
Consensus pattern (59 bp):
TTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTT
Found at i:9613391 original size:28 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9611704--9613383 Score: 1220
Period size: 23 Copynumber: 73.8 Consensus size: 23
9611694 TTAAGTTAAG
* *
9611704 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9611727 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9611750 GGTTAGGGTTTTTAAGTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9611773 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9611796 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* ** **
9611819 GGTTAGGGTTTTTGGGTT--AGGA
1 GGTTAGGATTTTT-AATTAAATTA
*
9611841 -GTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9611863 GGTTA-GAGTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
*
9611884 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9611907 GGTTTGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9611930 GGTTTGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* * ***
9611953 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT---CGG
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
9611974 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9611997 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9612020 GGTTAGG-GTTTTAAGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTAA--TTAAATTA
** *
9612041 GGTTAGGGGTTTTAAGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTAA--TTAAATTA
9612063 GGTTAAGG-TTTTTAATTAAATTA
1 GGTT-AGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612086 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
*
9612107 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612130 GGTTA-GAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
*
9612153 GGTTAAGG-TTTTTATTTAAATTA
1 GGTT-AGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612176 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
*
9612197 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612220 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9612243 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612266 GTTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* *
9612289 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612312 GTTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* * **
9612335 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
* *
9612356 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9612379 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612402 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
9612425 GGTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* *
9612448 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612471 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612494 GGTTAGGGTTTTAGGTTAGGGTTTTAATTA
1 GGTTA-GGATTT---TTA---ATTAAATTA
* *
9612524 -ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGG--A---TTTTTAATTAAATTA
*
9612551 GTTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* * **
9612574 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
* *
9612595 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612618 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
9612641 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612664 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612687 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
9612708 GGTTAGTG-TTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAG-GATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612731 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
* *
9612752 GGTTAGGGTTTTTAGTTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612775 GGTTA-GAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* *
9612798 GGTTAACG-TTTTTATTTAAATTA
1 GGTT-AGGATTTTTAATTAAATTA
* * *
9612821 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--G
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
*
9612842 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612865 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9612888 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9612911 GTTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* * **
9612934 GGTTAGG-GTTTTACGGTT--A-GG
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
* *
9612955 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9612978 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613001 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613024 GGTTAGGGTTTTTAATT-AATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613046 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613069 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9613092 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613115 GTTTA-GAGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
* * **
9613138 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT--A-GG
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
* *
9613159 GGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613182 GGTTA-GAGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGA-TTTTTAATTAAATTA
*
9613205 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613228 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613251 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9613274 GGTTAGG-GTTTTAGGGTT-AA--A
1 GGTTAGGATTTTTA--ATTAAATTA
*
9613295 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
* *
9613318 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
*
9613341 GGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
9613364 GGTTAGGATTTTTAAGTTAA
1 GGTTAGGATTTTTAA-TTAA
9613384 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 168, Indels: 233
0.77 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 29 0.02
21 117 0.09
22 200 0.15
23 944 0.69
24 46 0.03
25 3 0.00
27 12 0.01
28 5 0.00
29 3 0.00
30 10 0.01
33 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GGTTAGGATTTTTAATTAAATTA
Found at i:9613432 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9613414--9613450 Score: 58
Period size: 9 Copynumber: 4.2 Consensus size: 9
9613404 ATTCTCAAAT
9613414 AATA-TCAA
1 AATATTCAA
9613422 AATATTCAA
1 AATATTCAA
9613431 AATATTCAA
1 AATATTCAA
*
9613440 AATATTTAA
1 AATATTCAA
9613449 AA
1 AA
9613451 ATTTCTATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.15
9 23 0.85
ACGTcount: A:0.59, C:0.08, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (9 bp):
AATATTCAA
Found at i:9613481 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 9613453--9613569 Score: 122
Period size: 25 Copynumber: 4.9 Consensus size: 25
9613443 ATTTAAAAAT
9613453 TTCTATTTTATTACATCAAATAAAC
1 TTCTATTTTATTACATCAAATAAAC
9613478 TTCTATTTTATTACATCAAAT-AA-
1 TTCTATTTTATTACATCAAATAAAC
** * * *
9613501 TATC-A--AAATAAC-T-AAAAAAAA
1 T-TCTATTTTATTACATCAAATAAAC
*
9613522 TTCTATTTTATTATATCAAATAAAC
1 TTCTATTTTATTACATCAAATAAAC
9613547 TTCTATTTTATTACATCAAATAA
1 TTCTATTTTATTACATCAAATAA
9613570 TATTCAAAAT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 11, Indels: 16
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.04
20 5 0.07
21 6 0.08
23 5 0.07
24 5 0.07
25 49 0.67
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTCTATTTTATTACATCAAATAAAC
Found at i:9613530 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 9613431--9613580 Score: 243
Period size: 69 Copynumber: 2.2 Consensus size: 70
9613421 AAATATTCAA
** *
9613431 AATATTCAAAAT-A-TTTAAAAATTTCTATTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACAT
1 AATATTCAAAATAACTAAAAAAAATTCTATTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACAT
9613494 CAAAT
66 CAAAT
*
9613499 AATA-TCAAAATAACTAAAAAAAATTCTATTTTATTATATCAAATAAACTTCTATTTTATTACAT
1 AATATTCAAAATAACTAAAAAAAATTCTATTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACAT
9613563 CAAAT
66 CAAAT
9613568 AATATTCAAAATA
1 AATATTCAAAATA
9613581 TTTGTACAAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 4, Indels: 4
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
67 7 0.09
68 5 0.07
69 55 0.73
70 8 0.11
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (70 bp):
AATATTCAAAATAACTAAAAAAAATTCTATTTTATTACATCAAATAAACTTCTATTTTATTACAT
CAAAT
Found at i:9614014 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9613992--9614028 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
9613982 CTCGGAGAAT
9613992 GATACATATAA-GGCTAG
1 GATACATATAAGGGCTAG
9614009 GATACATATAAGGGCTAG
1 GATACATATAAGGGCTAG
9614027 GA
1 GA
9614029 AACGCACCTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.58
18 8 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
GATACATATAAGGGCTAG
Found at i:9614689 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 9614679--9614703 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
9614669 TTATATACAT
9614679 AATACTA
1 AATACTA
9614686 AATACTA
1 AATACTA
9614693 AATACTA
1 AATACTA
9614700 AATA
1 AATA
9614704 TCAATCGACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.12, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (7 bp):
AATACTA
Found at i:9615915 original size:53 final size:51
Alignment explanation
Indices: 9615842--9615967 Score: 162
Period size: 51 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
9615832 TATTTTAAAA
* * * *
9615842 AAGGAAATTGAGAGCAAATTGAAATTAATTGTTAGTATTTGAGAGAATTTTGG
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAAT-AT-GGATTTGAGAGAATTTTGG
* *
9615895 AAGGAAAATGACAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTTGAGAGAATTTTGG
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTTGAGAGAATTTTGG
* *
9615946 AGGGAAATTGAGAGGAAATTGA
1 AAGGAAATTGAGAGAAAATTGA
9615968 GTGGAAATAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 10, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
51 36 0.57
52 1 0.02
53 26 0.41
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.26, T:0.29
Consensus pattern (51 bp):
AAGGAAATTGAGAGAAAATTGAAATTAAATATGGATTTGAGAGAATTTTGG
Found at i:9615962 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 9615948--9615982 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.1 Consensus size: 11
9615938 AATTTTGGAG
9615948 GGAAATTGAGA
1 GGAAATTGAGA
*
9615959 GGAAATTGAGT
1 GGAAATTGAGA
9615970 GGAAATATGAGA
1 GGAAAT-TGAGA
9615982 G
1 G
9615983 AGGATTAGTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 16 0.76
12 5 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (11 bp):
GGAAATTGAGA
Found at i:9616446 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9616412--9616449 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
9616402 TTCTAAGAAA
9616412 TATTTTTGAGATAAAAAG
1 TATTTTTGAGATAAAAAG
9616430 TATTTTTGA-AT-AAAAG
1 TATTTTTGAGATAAAAAG
9616446 TATT
1 TATT
9616450 CTTAAATAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.45
17 2 0.10
18 9 0.45
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TATTTTTGAGATAAAAAG
Found at i:9616457 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9616425--9616458 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
9616415 TTTTGAGATA
* *
9616425 AAAAGTATTTTTGAAT
1 AAAAGTATTCTTAAAT
9616441 AAAAGTATTCTTAAAT
1 AAAAGTATTCTTAAAT
9616457 AA
1 AA
9616459 GTTACTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAAAGTATTCTTAAAT
Found at i:9623830 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9623798--9623858 Score: 122
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
9623788 TAATGTAACC
9623798 TAATATTAATTAAACATTAGTGTTGAG
1 TAATATTAATTAAACATTAGTGTTGAG
9623825 TAATATTAATTAAACATTAGTGTTGAG
1 TAATATTAATTAAACATTAGTGTTGAG
9623852 TAATATT
1 TAATATT
9623859 CTCTTGTGTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 34 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
TAATATTAATTAAACATTAGTGTTGAG
Found at i:9629761 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9629738--9629791 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
9629728 ATTAATTATT
*
9629738 TATAAAATTTAATTAGAATA
1 TATAAAATATAATTA-AATA
*
9629758 TATAAAATATATTTTAAATA
1 TATAAAATATA-ATTAAATA
9629778 T-TAAAATATAATTA
1 TATAAAATATAATTA
9629792 TTAAATATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.10
19 9 0.30
20 15 0.50
21 3 0.10
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TATAAAATATAATTAAATA
Found at i:9629797 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9629749--9629800 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
9629739 ATAAAATTTA
9629749 ATTAGAATATATAAAATATATT
1 ATTA-AATAT-TAAAATATATT
9629771 -TTAAATATTAAAATATAATT
1 ATTAAATATTAAAATAT-ATT
9629791 ATTAAATATT
1 ATTAAATATT
9629801 TATAATTAGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 5
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.29
20 8 0.29
21 12 0.43
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
ATTAAATATTAAAATATATT
Found at i:9629843 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9629821--9629856 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
9629811 TCTTAATATA
9629821 TTTTTA-TTATTTTAAAT
1 TTTTTATTTATTTTAAAT
*
9629838 TTTTTATTTATTTTTAAT
1 TTTTTATTTATTTTAAAT
9629856 T
1 T
9629857 AATAATTTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.35
18 11 0.65
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTATTTATTTTAAAT
Found at i:9631167 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9631132--9631200 Score: 88
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
9631122 ATTCAAAACA
*
9631132 TAATAGAGATAGCTAAG-CCAATTCAAAGTAC-
1 TAATAGAGATAGCTAAGTCCAATTCAAAATACT
* * *
9631163 TAATAGATATGGCTAAGTCCAGTTCAAAATACT
1 TAATAGAGATAGCTAAGTCCAATTCAAAATACT
9631196 TAATA
1 TAATA
9631201 AAATAACAGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 15 0.47
32 12 0.38
33 5 0.16
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (33 bp):
TAATAGAGATAGCTAAGTCCAATTCAAAATACT
Found at i:9637353 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9637325--9637367 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
9637315 TTTAAAAATA
* *
9637325 TTTATAAAATAATATTATTTAT
1 TTTATAAAACAATAATATTTAT
9637347 TTTATAAAACAATAATATTTA
1 TTTATAAAACAATAATATTTA
9637368 ATCATTATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (22 bp):
TTTATAAAACAATAATATTTAT
Found at i:9638666 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9638648--9638722 Score: 64
Period size: 10 Copynumber: 7.7 Consensus size: 9
9638638 TCTATTTTTA
9638648 TAAT-ATTT
1 TAATAATTT
9638656 TAATAAGTTT
1 TAATAA-TTT
9638666 TAATAATTT
1 TAATAATTT
9638675 CTAATAACTTT
1 -TAATAA-TTT
9638686 TCAATCAATTT
1 T-AAT-AATTT
9638697 TAA-AATTAT
1 TAATAATT-T
9638706 TCAATAATTGT
1 T-AATAATT-T
9638717 TAATAA
1 TAATAA
9638723 CATTTAAATA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 1, Indels: 16
0.77 0.01 0.22
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.14
9 6 0.11
10 25 0.44
11 16 0.28
12 2 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
TAATAATTT
Found at i:9659813 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9659789--9659828 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
9659779 ATTATACAAC
* *
9659789 TTAAAATATATATATAATAAG
1 TTAAAATATAAATACAATAAG
*
9659810 TTAACATATAAATACAATA
1 TTAAAATATAAATACAATA
9659829 TAAACCATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.05, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TTAAAATATAAATACAATAAG
Found at i:9661135 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9661086--9661135 Score: 57
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
9661076 TAAAGTTAGT
* *
9661086 TATATATTATTTTTATAATATTA
1 TATATATGATTTTTATAATATCA
9661109 TATATTATGATTTTTATGAAT-TCA
1 TATA-TATGATTTTTAT-AATATCA
9661133 TAT
1 TAT
9661136 TTTAATAATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.17
24 16 0.70
25 3 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.04, T:0.58
Consensus pattern (23 bp):
TATATATGATTTTTATAATATCA
Found at i:9661175 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 9661093--9661176 Score: 91
Period size: 40 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
9661083 AGTTATATAT
* * *
9661093 TATTTTTATAATATTATATATTATGATTTTTATGAATTCA
1 TATTTTAATAATAATATATATTAAGATTTTTA-GAATTCA
9661133 TATTTTAATAATAAT-TATATTAAGAATTTATTA-AATTACA
1 TATTTTAATAATAATATATATTAAG-ATTT-TTAGAATT-CA
9661173 TATT
1 TATT
9661177 ATTTTATTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.32
40 23 0.61
41 3 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (39 bp):
TATTTTAATAATAATATATATTAAGATTTTTAGAATTCA
Found at i:9662670 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 9662551--9662705 Score: 310
Period size: 73 Copynumber: 2.1 Consensus size: 73
9662541 TGCTTCCTTT
9662551 TCTGGGTTTGTTTTGGCATTACTTCTTTTGTTGGAAACCAATTCTGGTTTTTGATTGTTGATTGA
1 TCTGGGTTTGTTTTGGCATTACTTCTTTTGTTGGAAACCAATTCTGGTTTTTGATTGTTGATTGA
9662616 GATTTATA
66 GATTTATA
9662624 TCTGGGTTTGTTTTGGCATTACTTCTTTTGTTGGAAACCAATTCTGGTTTTTGATTGTTGATTGA
1 TCTGGGTTTGTTTTGGCATTACTTCTTTTGTTGGAAACCAATTCTGGTTTTTGATTGTTGATTGA
9662689 GATTTATA
66 GATTTATA
9662697 TCTGGGTTT
1 TCTGGGTTT
9662706 TGGGTTTTAT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 82 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.10, G:0.23, T:0.51
Consensus pattern (73 bp):
TCTGGGTTTGTTTTGGCATTACTTCTTTTGTTGGAAACCAATTCTGGTTTTTGATTGTTGATTGA
GATTTATA
Found at i:9671645 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9671611--9671652 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
9671601 AACTATTTAA
** *
9671611 ATAATATTATTTGAATAGTT
1 ATAATATTAAATGAATAATT
9671631 ATAATATTAAATGAATAATT
1 ATAATATTAAATGAATAATT
9671651 AT
1 AT
9671653 GTGTTTATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
ATAATATTAAATGAATAATT
Found at i:9675514 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 9675449--9675576 Score: 145
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 42
9675439 TAGGATTTCT
9675449 GATATGTGTTATCGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATC
1 GATATGTGTTA-CGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATC
*
9675492 GACT-TGTGTTTACGTGTAAGACC-CTGTCTGGGATAG-TGGCATC
1 GA-TATGTG-TTACGTGTAAGACCAC-GTCTGGGA-CGTTGGCATC
* * *
9675535 GATATGCGATTACATATAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
1 GATATGTG-TTACGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
9675577 TGTACAAGTT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 6, Indels: 14
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.04
43 63 0.88
44 6 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (42 bp):
GATATGTGTTACGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATC
Found at i:9676517 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9676491--9676610 Score: 123
Period size: 23 Copynumber: 5.1 Consensus size: 23
9676481 TGATGCTTAA
*
9676491 ATGCTGCCCAATTTGTTACATAT
1 ATGCTGCCCAATTTGTTGCATAT
* * * *
9676514 ATGCTGTCCAATTTTGATGCTTAA
1 ATGCTGCCCAA-TTTGTTGCATAT
9676538 ATGCTGCCCAATTTGTTGCATAT
1 ATGCTGCCCAATTTGTTGCATAT
* * * * *
9676561 ATGCGGTCCAATTTTGATGCTTAA
1 ATGCTGCCCAA-TTTGTTGCATAT
*
9676585 ATGCTGCCCAATTTGTTGTATAT
1 ATGCTGCCCAATTTGTTGCATAT
9676608 ATG
1 ATG
9676611 TTGTCCGGTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 20, Indels: 4
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 39 0.52
24 36 0.48
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
ATGCTGCCCAATTTGTTGCATAT
Found at i:9676541 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 9676477--9676598 Score: 140
Period size: 24 Copynumber: 5.2 Consensus size: 24
9676467 ATATATACAT
9676477 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
* * * * *
9676501 A-TTTGTTACATATATGCTGTCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
9676524 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
* * * * *
9676548 A-TTTGTTGCATATATGCGGTCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
9676571 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
9676595 ATTT
1 ATTT
9676599 GTTGTATATA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 20, Indels: 4
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 36 0.47
24 40 0.53
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCA
Found at i:9676623 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 9676477--9676616 Score: 244
Period size: 47 Copynumber: 3.0 Consensus size: 47
9676467 ATATATACAT
*
9676477 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTACATATATGCTGTCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGCATATATGCTGTCCA
*
9676524 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGCATATATGCGGTCCA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGCATATATGCTGTCCA
* *
9676571 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGTATATATGTTGTCC
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGCATATATGCTGTCC
9676617 GGTTTTGGTG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 5, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 88 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (47 bp):
ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGCATATATGCTGTCCA
Found at i:9676649 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 9676477--9676658 Score: 240
Period size: 94 Copynumber: 1.9 Consensus size: 94
9676467 ATATATACAT
* *
9676477 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTACATATATGCTGTCCAATTTTGATGCTTAAATGC
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTACATATATGCTGTCCAATTTTGATGCTAAAATAC
**
9676542 TGCCCAATTTGTTGCATATATGCGGTCCA
66 TGCCCAAACTGTTGCATATATGCGGTCCA
** * ** *
9676571 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTGTATATATGTTGTCCGGTTTTGGTG-TAAAAATA
1 ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTACATATATGCTGTCCAATTTTGATGCT-AAAATA
* *
9676635 CTGCTCAAACTGTTGTATATATGC
65 CTGCCCAAACTGTTGCATATATGC
9676659 TACCCAAATT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 12, Indels: 2
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
93 1 0.01
94 74 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (94 bp):
ATTTTGATGCTTAAATGCTGCCCAATTTGTTACATATATGCTGTCCAATTTTGATGCTAAAATAC
TGCCCAAACTGTTGCATATATGCGGTCCA
Found at i:9679992 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 9679933--9680054 Score: 146
Period size: 42 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43
9679923 ATTTCTGATA
*
9679933 TGTGTTCTCGTGTAAGACCACGTC-GGGACGTTGGCATCGA-C
1 TGTGTTTTCGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATCGATC
9679974 TTGTGTTTTCGTGTAAGACC-CTGTCTGGGACAG-TGGCATCGATC
1 -TGTGTTTTCGTGTAAGACCAC-GTCTGGGAC-GTTGGCATCGATC
* * *
9680018 TGTG-ATACATGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
1 TGTGTTTTCGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCAT
9680055 TGTACAAGCT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 4, Indels: 12
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.03
42 47 0.67
43 19 0.27
44 2 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.21, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (43 bp):
TGTGTTTTCGTGTAAGACCACGTCTGGGACGTTGGCATCGATC
Found at i:9685908 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 9685868--9685931 Score: 121
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
9685858 TGAATATTGT
9685868 ATTT-TTAATTTTGTTATTATTTTAAAGGC
1 ATTTGTTAATTTTGTTATTATTTTAAAGGC
9685897 ATTTGTTAATTTTGTTATTATTTTAAAGGC
1 ATTTGTTAATTTTGTTATTATTTTAAAGGC
9685927 ATTTG
1 ATTTG
9685932 CTTGTTAAGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.12
30 30 0.88
ACGTcount: A:0.27, C:0.03, G:0.12, T:0.58
Consensus pattern (30 bp):
ATTTGTTAATTTTGTTATTATTTTAAAGGC
Found at i:9700027 original size:116 final size:116
Alignment explanation
Indices: 9699823--9700049 Score: 366
Period size: 116 Copynumber: 2.0 Consensus size: 116
9699813 GTCAAAACCC
*
9699823 CAGTAAGATCTTCCAATACGTCCACTAAAATACTAAATCAGCAAGAACTACTTATCTTCTGACAT
1 CAGTAAGATCTTCCAATACGTCCACTAAAATACTAAATCAGCAAGAACTACTTATCTTCTAACAT
*
9699888 CACAATCCAGACCGATTTAGGGTTAAGGTGTTCACAGATAAGCCATTACCT
66 CACAATCCAGACCAATTTAGGGTTAAGGTGTTCACAGATAAGCCATTACCT
*
9699939 CAGTAAGATCTTCCAATATGTCCACTAAAATACTAAATC-GACAAGAACTACTTATCTTCTAACA
1 CAGTAAGATCTTCCAATACGTCCACTAAAATACTAAATCAG-CAAGAACTACTTATCTTCTAACA
* * * * *
9700003 TCACAGTCTAGATCAATTTAGGGTTAAGGTGTTTACGGATAAGCCAT
65 TCACAATCCAGACCAATTTAGGGTTAAGGTGTTCACAGATAAGCCAT
9700050 ACCGAATTTG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 8, Indels: 2
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 1 0.01
116 101 0.99
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (116 bp):
CAGTAAGATCTTCCAATACGTCCACTAAAATACTAAATCAGCAAGAACTACTTATCTTCTAACAT
CACAATCCAGACCAATTTAGGGTTAAGGTGTTCACAGATAAGCCATTACCT
Found at i:9705017 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9704973--9705019 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
9704963 GATGACTAAA
9704973 TAAAAAT-A-TTAAATAATT
1 TAAAAATAATTTAAATAATT
9704991 T-AAAATAATTTAAA-AATTT
1 TAAAAATAATTTAAATAA-TT
9705010 TAAAAATAAT
1 TAAAAATAAT
9705020 ATGGACGGGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.20
18 4 0.16
19 8 0.32
20 8 0.32
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAATAATTTAAATAATT
Found at i:9705830 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9705807--9705852 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
9705797 ATTTACAGTT
*
9705807 TTATTACTTTATC-AATAA
1 TTATTA-TTTATCAAAAAA
9705825 TTATTAATTT-TCAAAAAA
1 TTATT-ATTTATCAAAAAA
9705843 TTATTATTTA
1 TTATTATTTA
9705853 AATATTTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 6
0.77 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.25
18 17 0.71
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
TTATTATTTATCAAAAAA
Found at i:9708266 original size:10 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9708239--9708271 Score: 57
Period size: 9 Copynumber: 3.6 Consensus size: 9
9708229 TGAAAATTTT
9708239 AAATATTAA
1 AAATATTAA
9708248 AAATATTAA
1 AAATATTAA
9708257 AAATATTTAA
1 AAATA-TTAA
9708267 AAATA
1 AAATA
9708272 ATAAGAAAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.61
10 9 0.39
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (9 bp):
AAATATTAA
Found at i:9708381 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 9708364--9708389 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
9708354 ATTTTAGTGT
9708364 AAAATTATAAAA
1 AAAATTATAAAA
9708376 AAAATTATAAAA
1 AAAATTATAAAA
9708388 AA
1 AA
9708390 TAAAAATGTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (12 bp):
AAAATTATAAAA
Found at i:9709415 original size:92 final size:90
Alignment explanation
Indices: 9709257--9709467 Score: 250
Period size: 92 Copynumber: 2.3 Consensus size: 90
9709247 CACTCTAGTT
* * * * *
9709257 TGTGGATAAACCACCAGTGTTGT--AGGTTAATACGCTGCCAGTAGTTGTGAGTACACAACGGGT
1 TGTGGATAAACCACTAGTGTT-TACAAGTTAATACGCTGCCAGTAGTTGTGAATACACAACAGAT
*
9709320 TTGCAGATTAAAA-CTTCCAGCAAAAATA
65 TTGCAGA-TAAAAGCTGCCAG--AAAATA
* * *
9709348 TGTGGTTGAACCACTAGTGTTTACAAGTTAATACGCTGCCAGTGGTTGTGAATACACAACAGATT
1 TGTGGATAAACCACTAGTGTTTACAAGTTAATACGCTGCCAGTAGTTGTGAATACACAACAGATT
* **
9709413 TGCAGATAAAAGCTGCCAGTAGGTA
66 TGCAGATAAAAGCTGCCAGAAAATA
9709438 TGTGGATAAACCACTAGTGTTTACAA-TTAA
1 TGTGGATAAACCACTAGTGTTTACAAGTTAA
9709468 ACTGCCAGTA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 14, Indels: 8
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
89 4 0.04
90 28 0.27
91 23 0.22
92 48 0.47
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (90 bp):
TGTGGATAAACCACTAGTGTTTACAAGTTAATACGCTGCCAGTAGTTGTGAATACACAACAGATT
TGCAGATAAAAGCTGCCAGAAAATA
Found at i:9711761 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9711721--9711772 Score: 68
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
9711711 AATAACTAAT
*
9711721 TTTTATATATTTATTTTTATAAA
1 TTTTATAAATTTATTTTTATAAA
*
9711744 TTTTATAAATTATATTTTTTAAAAA
1 TTTTATAAATT-TA-TTTTTATAAA
9711769 TTTT
1 TTTT
9711773 TGCACTCATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 10 0.40
24 2 0.08
25 13 0.52
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (23 bp):
TTTTATAAATTTATTTTTATAAA
Found at i:9713537 original size:26 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9713496--9713542 Score: 67
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
9713486 TTACTGAGAA
9713496 ATATTTATTTTAATATTTTTAGT
1 ATATTTATTTTAATATTTTTAGT
9713519 ATATTTAATTATTATATATTTTTA
1 ATATTT-ATT-TTA-ATATTTTTA
9713543 ATTTTTTATA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 6 0.29
24 3 0.14
25 3 0.14
26 9 0.43
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.02, T:0.64
Consensus pattern (23 bp):
ATATTTATTTTAATATTTTTAGT
Found at i:9713553 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9713501--9713554 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
9713491 GAGAAATATT
9713501 TATTTTAATATTTTTAGTA
1 TATTTTAAT-TTTTTA-TA
*
9713520 TA-TTTAA-TTATTATA
1 TATTTTAATTTTTTATA
9713535 TATTTTTAATTTTTTATA
1 TA-TTTTAATTTTTTATA
9713553 TA
1 TA
9713555 AAAAATAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 7
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.13
16 5 0.17
17 5 0.17
18 14 0.47
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.02, T:0.65
Consensus pattern (17 bp):
TATTTTAATTTTTTATA
Found at i:9714060 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 9714053--9714080 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
9714043 AATAATGCAA
9714053 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
9714081 CAAGAGTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:9721633 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 9721624--9721667 Score: 88
Period size: 6 Copynumber: 7.3 Consensus size: 6
9721614 ACACACACAC
9721624 ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT AT
1 ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT ATCTAT AT
9721668 TGCGAGACAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 38 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
ATCTAT
Found at i:9727168 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 9727116--9727208 Score: 132
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
9727106 ACCTTGCTTA
* *
9727116 TAAACCAGACATGTAAGACTACAACCTTAACATATCAAGAATCT
1 TAAA-CAGACATCTAAGACTACAACCTTAAAATATCAAGAATCT
* *
9727160 TAAACAGACATCTAAGACTACAGCCTTAAAATGTCAAGAATCT
1 TAAACAGACATCTAAGACTACAACCTTAAAATATCAAGAATCT
*
9727203 TCAACA
1 TAAACA
9727209 TGGAATAAGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 40 0.91
44 4 0.09
ACGTcount: A:0.45, C:0.23, G:0.10, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
TAAACAGACATCTAAGACTACAACCTTAAAATATCAAGAATCT
Found at i:9731099 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 9731084--9731115 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.4 Consensus size: 10
9731074 GACCATAACC
9731084 CCAATTTTGA
1 CCAATTTTGA
9731094 CCAA-TTT-A
1 CCAATTTTGA
9731102 CCAATTTTGA
1 CCAATTTTGA
9731112 CCAA
1 CCAA
9731116 CACAATATCC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.25
9 6 0.30
10 9 0.45
ACGTcount: A:0.34, C:0.25, G:0.06, T:0.34
Consensus pattern (10 bp):
CCAATTTTGA
Found at i:9736560 original size:11 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9736544--9736579 Score: 54
Period size: 9 Copynumber: 4.0 Consensus size: 9
9736534 TTGAGAGGGT
9736544 TTGAGAGAA
1 TTGAGAGAA
9736553 TTGAGAGAA
1 TTGAGAGAA
*
9736562 TTGAGAGAG
1 TTGAGAGAA
*
9736571 TTGATAGAA
1 TTGAGAGAA
9736580 GGATGTGAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 24 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.33, T:0.25
Consensus pattern (9 bp):
TTGAGAGAA
Found at i:9737815 original size:82 final size:84
Alignment explanation
Indices: 9737687--9737881 Score: 308
Period size: 82 Copynumber: 2.4 Consensus size: 84
9737677 CTTTAGCGGC
* * *
9737687 GTTTTTGTCTAAGCGTCGCTAATGCTCGTATCATTAGTGGCGTTTTTATCTGAGGGCCACTAATT
1 GTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTATCATTAGTGGCATTTTTATCTGAGCGCCACTAATT
9737752 CTCTGTTCTTTAGC-AC-T
66 CTCTGTTCTTTAGCGACAT
9737769 GTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTATCATTAGTGGCATTTTTATCTGAGCGCCACTAATT
1 GTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTATCATTAGTGGCATTTTTATCTGAGCGCCACTAATT
*
9737834 CTCTGTTCTTTAGCGGCAT
66 CTCTGTTCTTTAGCGACAT
* *
9737853 -TTTTTG-CTAAGCGCCGCTAAAGTTCGTAT
1 GTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTAT
9737882 TTTATATGTA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 6, Indels: 4
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
82 97 0.92
83 7 0.07
84 1 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.22, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (84 bp):
GTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTATCATTAGTGGCATTTTTATCTGAGCGCCACTAATT
CTCTGTTCTTTAGCGACAT
Found at i:9737852 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 9737677--9737885 Score: 167
Period size: 41 Copynumber: 5.1 Consensus size: 41
9737667 TTTTTTAAAC
* * *
9737677 CTTTAGCGGCGTTTTTGTCTAAGCGTCGCTAATGCTCGTAT
1 CTTTAGCGGCGTTTTTATCTAAGCGCCACTAATGCTCGTAT
* * * * *
9737718 CATTAGTGGCGTTTTTATCTGAGGGCCACTAATTCTCTGT-T
1 CTTTAGCGGCGTTTTTATCTAAGCGCCACTAATGCTC-GTAT
* * *
9737759 CTTTAGC-ACTGTTTTTGTCTAAGCGCCGCTAATGCTCGTAT
1 CTTTAGCGGC-GTTTTTATCTAAGCGCCACTAATGCTCGTAT
* * * * *
9737800 CATTAGTGGCATTTTTATCTGAGCGCCACTAATTCTCTGT-T
1 CTTTAGCGGCGTTTTTATCTAAGCGCCACTAATGCTC-GTAT
* * * *
9737841 CTTTAGCGGCATTTTT-TGCTAAGCGCCGCTAAAGTTCGTAT
1 CTTTAGCGGCGTTTTTAT-CTAAGCGCCACTAATGCTCGTAT
9737882 -TTTA
1 CTTTA
9737886 TATGTATCAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 31, Indels: 15
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 10 0.08
41 115 0.88
42 5 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.22, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (41 bp):
CTTTAGCGGCGTTTTTATCTAAGCGCCACTAATGCTCGTAT
Found at i:9739028 original size:8 final size:10
Alignment explanation
Indices: 9739006--9739038 Score: 57
Period size: 10 Copynumber: 3.3 Consensus size: 10
9738996 TATTTTTACT
9739006 TATATATGGA
1 TATATATGGA
*
9739016 TATATATGAA
1 TATATATGGA
9739026 TATATATGGA
1 TATATATGGA
9739036 TAT
1 TAT
9739039 CTATATATAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 21 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (10 bp):
TATATATGGA
Found at i:9739153 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9739112--9739163 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
9739102 AATAAACAAA
* *
9739112 TAAATAAGTTAGTAATTATTTATTTGT
1 TAAATAAATTAGTAATTAATTATTTGT
*
9739139 TAAATAAATTGGTAATTAATTATTT
1 TAAATAAATTAGTAATTAATTATTT
9739164 AAAAGTAAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
TAAATAAATTAGTAATTAATTATTTGT
Found at i:9741727 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9741693--9741763 Score: 133
Period size: 29 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
9741683 TACTTCAAAT
9741693 TAATGAATAATTATCGATCTTAACTTACA
1 TAATGAATAATTATCGATCTTAACTTACA
*
9741722 TAATGACTAATTATCGATCTTAACTTACA
1 TAATGAATAATTATCGATCTTAACTTACA
9741751 TAATGAATAATTA
1 TAATGAATAATTA
9741764 AAATTATATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 40 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
TAATGAATAATTATCGATCTTAACTTACA
Found at i:9742029 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 9742011--9742794 Score: 106
Period size: 9 Copynumber: 92.1 Consensus size: 9
9742001 CTTATATTTA
*
9742011 AACTTTCAT
1 AACTTACAT
9742020 AACTTACAT
1 AACTTACAT
*
9742029 AA-TAACAT
1 AACTTACAT
9742037 ATGGACTTACAT
1 A---ACTTACAT
*
9742049 TA--TACAT
1 AACTTACAT
* *
9742056 AGCATACAT
1 AACTTACAT
9742065 AACTTACAT
1 AACTTACAT
*
9742074 AA--TACAA
1 AACTTACAT
9742081 AACTTACAT
1 AACTTACAT
*
9742090 AACTTAAAT
1 AACTTACAT
* *
9742099 ATCTTACAC
1 AACTTACAT
*
9742108 AACTTACAC
1 AACTTACAT
*
9742117 AACTTAAAT
1 AACTTACAT
* *
9742126 AATTTAAAT
1 AACTTACAT
9742135 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742144 AA--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742151 AATATGATACAT
1 AA-CT--TACAT
*
9742163 AAATTACATT
1 AACTTACA-T
*
9742173 AATATGATACAT
1 AA-CT--TACAT
*
9742185 AAATTACAT
1 AACTTACAT
9742194 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742203 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
9742210 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742216 AAGTTACAT
1 AACTTACAT
**
9742225 AACTTAGTT
1 AACTTACAT
9742234 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
9742241 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742247 AAGTTACAT
1 AACTTACAT
9742256 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742265 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
9742272 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742278 AAGTTACATT
1 AACTTACA-T
9742288 AA-TTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742296 AA-TATACAT
1 AACT-TACAT
*
9742305 AAGTTACATT
1 AACTTACA-T
*
9742315 AATATGATACAT
1 AA-CT--TACAT
*
9742327 AAATTACAT
1 AACTTACAT
9742336 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742345 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
9742352 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742358 AAGTTACAT
1 AACTTACAT
**
9742367 AACTTAGTT
1 AACTTACAT
9742376 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
9742383 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742389 AAGTTACAT
1 AACTTACAT
9742398 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742407 AA-TTAACAT
1 AACTT-ACAT
* * *
9742416 -CCATAAAT
1 AACTTACAT
*
9742424 TACATTA-AT
1 AAC-TTACAT
*
9742433 -ATTATACAT
1 AACT-TACAT
*
9742442 AAATTACAT
1 AACTTACAT
9742451 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742460 AA-TTA-AT
1 AACTTACAT
*
9742467 -A--TACTT
1 AACTTACAT
*
9742473 AAGTTACAT
1 AACTTACAT
9742482 AACTTAC--
1 AACTTACAT
9742489 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742498 AACTTAC--
1 AACTTACAT
*
9742505 AACTTAAAT
1 AACTTACAT
9742514 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742523 AACTTACATT
1 AACTTACA-T
***
9742533 TTTTTA-AT
1 AACTTACAT
*
9742541 TA-TT-CAT
1 AACTTACAT
*
9742548 AAATTACAT
1 AACTTACAT
9742557 AACTTA-AT
1 AACTTACAT
* *
9742565 TAGTTA-AT
1 AACTTACAT
9742573 -A--TACAT
1 AACTTACAT
*
9742579 AAATTACAT
1 AACTTACAT
9742588 AACTTA-ATT
1 AACTTACA-T
9742597 AA-TTAC-T
1 AACTTACAT
*
9742604 CAGTATTATACAT
1 -A--ACT-TACAT
*
9742617 AAATTACAT
1 AACTTACAT
***
9742626 AACTTTGTT
1 AACTTACAT
*
9742635 AA--TAAAT
1 AACTTACAT
**
9742642 -GTTATACAT
1 AACT-TACAT
9742651 AACTTAC--
1 AACTTACAT
9742658 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742667 AACTTAC--
1 AACTTACAT
9742674 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742683 AACTTACAAT
1 AACTTAC-AT
***
9742693 TTTTTA-AT
1 AACTTACAT
* *
9742701 TA-TT-CGT
1 AACTTACAT
*
9742708 AAATTACAT
1 AACTTACAT
*
9742717 AACTTACTT
1 AACTTACAT
* *
9742726 AATTTTCAT
1 AACTTACAT
*
9742735 AA--TAAAT
1 AACTTACAT
9742742 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742751 AACTTAC--
1 AACTTACAT
9742758 AACTTACAT
1 AACTTACAT
* *
9742767 AACTTATAC
1 AACTTACAT
*
9742776 GA-TATACAT
1 AACT-TACAT
9742785 AACTTACAT
1 AACTTACAT
9742794 A
1 A
9742795 GCATAATTTG
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 88, Indels: 200
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
5 14 0.02
6 19 0.03
7 84 0.14
8 70 0.12
9 328 0.56
10 30 0.05
11 11 0.02
12 22 0.04
13 9 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (9 bp):
AACTTACAT
Found at i:9742071 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 9742041--9742095 Score: 74
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
9742031 TAACATATGG
* * *
9742041 ACTTACATTATACATAGCATACATA
1 ACTTACATAATACAAAACATACATA
*
9742066 ACTTACATAATACAAAACTTACATA
1 ACTTACATAATACAAAACATACATA
9742091 ACTTA
1 ACTTA
9742096 AATATCTTAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 26 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.20, G:0.02, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
ACTTACATAATACAAAACATACATA
Found at i:9742214 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 9742158--9742487 Score: 375
Period size: 31 Copynumber: 11.4 Consensus size: 31
9742148 CATAATATGA
* *
9742158 TACATAAATTACATTAA-T-ATGATACATAAAT
1 TACATAACTTA-ATTAATTAAT-ATACATAAGT
9742189 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
*
9742220 TACATAACTTAGTTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
9742251 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
9742282 TAC---A-TTAATTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
* *
9742309 TAC---A-TTAA-T-A-T--GATACATAAAT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
9742331 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
*
9742362 TACATAACTTAGTTAATTAATATACATAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
* * *
9742393 TACATAACTTAATTAATTAACATCCATAAAT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
*
9742424 TAC---A-TTAA-T-A-T--TATACATAAAT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
*
9742446 TACATAACTTAATTAATTAATATACTTAAGT
1 TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
9742477 TACATAACTTA
1 TACATAACTTA
9742488 CAACTTACAT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 17, Indels: 40
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 24 0.09
24 2 0.01
25 4 0.02
26 10 0.04
27 37 0.14
28 4 0.02
29 2 0.01
30 5 0.02
31 172 0.66
32 2 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGT
Found at i:9742242 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 9742102--9742450 Score: 443
Period size: 142 Copynumber: 2.5 Consensus size: 142
9742092 CTTAAATATC
9742102 TTACACAACTTACACAACTTAAATAATT-TA-A-ATAACTTACA-TAA-TACATAATATGATACA
1 TTACACAACTTACACAACTTAAATAATTATATACATAACTTACATTAATTA-ATAA-AT-ATACA
9742162 TAAATTACATTAATATGATACATAAATTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATAA
63 TAAATTACATTAATATGATACATAAATTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATAA
9742227 CTTAGTTAATTAATA
128 CTTAGTTAATTAATA
* * * * * *
9742242 -TACATAAGTTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATTAATTAATTAATATACATA
1 TTACACAACTTACACAACTTAAATAATT-ATATACATAACTTACATTAATTAATAAATATACATA
*
9742306 AGTTACATTAATATGATACATAAATTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATAACT
65 AATTACATTAATATGATACATAAATTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATAACT
9742371 TAGTTAATTAATA
130 TAGTTAATTAATA
* * * * * * *
9742384 -TACATAAGTTACATAACTTAATTAATTAACATCCATAAATTACATTAA-T-AT---TATACATA
1 TTACACAACTTACACAACTTAAATAATT-ATATACATAACTTACATTAATTAATAAATATACATA
9742443 AATTACAT
65 AATTACAT
9742451 AACTTAATTA
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 11, Indels: 15
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
137 15 0.08
139 23 0.12
140 2 0.01
141 3 0.02
142 130 0.68
143 11 0.06
144 6 0.03
145 2 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.03, T:0.37
Consensus pattern (142 bp):
TTACACAACTTACACAACTTAAATAATTATATACATAACTTACATTAATTAATAAATATACATAA
ATTACATTAATATGATACATAAATTACATAACTTAATTAATTAATATACATAAGTTACATAACTT
AGTTAATTAATA
Found at i:9742327 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9742251--9742405 Score: 86
Period size: 22 Copynumber: 7.0 Consensus size: 23
9742241 ATACATAAGT
*
9742251 TACATAACTTA-ATTAATTAATA
1 TACATAAGTTACATTAATTAATA
9742273 TACATAAGTTACATTAATTAATTAATA
1 TACATAAGTTAC----ATTAATTAATA
9742300 TACATAAGTTACATTAA-T-ATGA
1 TACATAAGTTACATTAATTAAT-A
*
9742322 TACATAAATTACA-TAACTTAAT-
1 TACATAAGTTACATTAA-TTAATA
*
9742344 TA-ATTAA-TATACA-T-A--AGT-
1 TACA-TAAGT-TACATTAATTAATA
* *
9742362 TACATAACTTA-GTTAATTAATA
1 TACATAAGTTACATTAATTAATA
9742384 TACATAAGTTACA-TAACTTAAT
1 TACATAAGTTACATTAA-TTAAT
9742406 TAATTAACAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 7, Indels: 39
0.70 0.05 0.26
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.09
19 3 0.03
21 10 0.09
22 47 0.44
23 11 0.10
24 2 0.02
27 23 0.22
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.04, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
TACATAAGTTACATTAATTAATA
Done.