Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64473564
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Warning! 1880000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 68 of 213
Found at i:18371106 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18371082--18371120 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
18371072 GTTTAGTCCC
* *
18371082 TAGAGTTTTTTGGTT
1 TAGAGTTTTTAGGGT
*
18371097 TAGGGTTTTTAGGGT
1 TAGAGTTTTTAGGGT
18371112 TAGAGTTTT
1 TAGAGTTTT
18371121 GTTAAATAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.31, T:0.54
Consensus pattern (15 bp):
TAGAGTTTTTAGGGT
Found at i:18371295 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18371277--18371317 Score: 66
Period size: 7 Copynumber: 6.0 Consensus size: 7
18371267 ATAATATTGT
18371277 GTTTA-G
1 GTTTAGG
*
18371283 GTTTAGA
1 GTTTAGG
18371290 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18371297 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18371304 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18371311 GTTTAGG
1 GTTTAGG
18371318 AAAAATTATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.16
7 27 0.84
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.39, T:0.44
Consensus pattern (7 bp):
GTTTAGG
Found at i:18371572 original size:125 final size:124
Alignment explanation
Indices: 18371349--18371741 Score: 531
Period size: 125 Copynumber: 3.1 Consensus size: 124
18371339 GATTTTATTT
* *
18371349 TTTTTCTACAGTAGTTCCTGAAAAAATAATTTTGAGAATAC-TGTTCTGAACAAATAGTGTGAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTG-AAAAATAATTTTGAGAAGACGT-TTCTGAACAAATAGTGTGAAA
* * *
18371413 AACACTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATTGAAAAAAGCTCCCACTTGGACACTC
64 AACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
*
18371475 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAATAAATAGTGTGAAAAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
*
18371540 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTTAGCAAAATTACTGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
66 CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTA-TGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
* * * *
18371600 TTTTTCTACAGAAG-TTCTTGAAAAATTAATTTTGAGAAGACGATTAT-AAGCAAATAGTGTCAA
1 TTTTTCTACAGTAGTTTC-TGAAAAA-TAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAA-CAAATAGTGTGAA
* * * * * * *
18371663 AAACGATTCAAGCAGTATGCACTGTCAGCAAAACTGATGAAAAAAGCTCCCACGTCGATGCTC
63 AAACGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAA-TTATGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
18371726 TTTTTCTACAGTAGTT
1 TTTTTCTACAGTAGTT
18371742 CATTTTTGGC
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 22, Indels: 11
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
124 3 0.01
125 118 0.49
126 115 0.48
127 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (124 bp):
TTTTTCTACAGTAGTTTCTGAAAAATAATTTTGAGAAGACGTTTCTGAACAAATAGTGTGAAAAA
CGCTTCAAGTAGGATGCACTGTCAGCAAAATTATGAAAAAAGCTCCCACATGGACGCTC
Found at i:18374112 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18374056--18374112 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
18374046 AAGAACTTCT
18374056 ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
1 ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
18374079 ATTTACTATT-AAAATATTAAAAATAA
1 ATTT--TATTAAAAATA-TAAAAAT-A
18374105 ATTTTATT
1 ATTTTATT
18374113 TTATTAAATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.13
24 10 0.33
25 11 0.37
26 5 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
ATTTTATTAAAAATATAAAAATA
Found at i:18374545 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18374503--18374545 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
18374493 GACTGGGAAA
* *
18374503 AGGAAACATATAAGGGTT
1 AGGATACATATAAGGGCT
*
18374521 AGAATACATATAAGGGCT
1 AGGATACATATAAGGGCT
18374539 AGGATAC
1 AGGATAC
18374546 GCACCTGGCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
AGGATACATATAAGGGCT
Found at i:18375141 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 18375131--18375155 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
18375121 TTATATACAT
18375131 AATACTA
1 AATACTA
18375138 AATACTA
1 AATACTA
18375145 AATACTA
1 AATACTA
18375152 AATA
1 AATA
18375156 TGAAACGACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.12, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (7 bp):
AATACTA
Found at i:18376336 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18376302--18376371 Score: 113
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
18376292 ATTAATTAAA
18376302 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
* *
18376332 GAGAGCTTTAAGAAATTTAGGGAGAAATTT
1 GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
*
18376362 GAGAGTTTTT
1 GAGAGCTTTT
18376372 TGCCAAAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 36 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.26, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
GAGAGCTTTTAGAAATTTAAGGAGAAATTT
Found at i:18381342 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18381316--18381356 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18381306 GAACATTTGG
*
18381316 TGTATAGGCTAAAAAAGGCCT
1 TGTATAGCCTAAAAAAGGCCT
*
18381337 TGTATAGCCTAAAACAGGCC
1 TGTATAGCCTAAAAAAGGCC
18381357 CCTCGAGCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
TGTATAGCCTAAAAAAGGCCT
Found at i:18383829 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18383791--18383822 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
18383781 ATTTCATAGT
18383791 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
18383806 TTCTATTTAAAAAGA
1 TTCTATTTAAAAAGA
18383821 TT
1 TT
18383823 TTTTTTACTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
TTCTATTTAAAAAGA
Found at i:18389489 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18389446--18389503 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
18389436 AGAGGGTATC
* *
18389446 TACAAATTAAATC-TCTAAGAT
1 TACAAATCATATCTTCTAAGAT
18389467 TACAAAATCATATCTTCTAAGAT
1 TAC-AAATCATATCTTCTAAGAT
* *
18389490 TGCATATCATATCT
1 TACAAATCATATCT
18389504 AAGATTGCAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.10
22 18 0.58
23 10 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TACAAATCATATCTTCTAAGAT
Found at i:18390438 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18390384--18390439 Score: 67
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
18390374 CTTATAGATA
* * *
18390384 AGCCCCTGTTGCGAACGCCTATAGGTG
1 AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
*
18390411 AGCCCCTGTATTCAAACACCTAAAGGTG
1 AGCCCCTGT-TGCAAACACCTAAAGGTG
18390439 A
1 A
18390440 ACCTTGAATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.38
28 15 0.62
ACGTcount: A:0.27, C:0.29, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
AGCCCCTGTTGCAAACACCTAAAGGTG
Found at i:18394346 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18394324--18394413 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 19
18394314 AAAGGAGAAG
18394324 TAATTTTTAAATTTTTTAA
1 TAATTTTTAAATTTTTTAA
*
18394343 TAATTTATATAAATTTTCCT-A
1 TAATTT-T-TAAATTTT-TTAA
** *
18394364 TAAGTTTCAAAATTTTTTTA
1 TAA-TTTTTAAATTTTTTAA
* *
18394384 TAA-TTCTATAATATTTTAA
1 TAATTTTTA-AATTTTTTAA
18394403 TAATTTTTAAA
1 TAATTTTTAAA
18394414 AAAATTAATA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 14
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.07
19 20 0.36
20 16 0.29
21 12 0.21
22 4 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TAATTTTTAAATTTTTTAA
Found at i:18395015 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18394987--18395030 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
18394977 TATAATTTTC
* *
18394987 TAATTTTTATAGT-TTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
18395006 TAATTCTTATAATATTTTAA
1 TAATTCTTATAATATTTTAA
18395026 TAATT
1 TAATT
18395031 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.50
20 11 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TAATTCTTATAATATTTTAA
Found at i:18395017 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 18394976--18395033 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 6.2 Consensus size: 9
18394966 TTATACAAAA
18394976 TTATAA-TT
1 TTATAATTT
*
18394984 TTCTAATTT
1 TTATAATTT
*
18394993 TTATAGTTT
1 TTATAATTT
*
18395002 TTAATAATTC
1 TT-ATAATTT
18395012 TTATAATATT
1 TTATAAT-TT
18395022 TTAATAATTT
1 TT-ATAATTT
18395032 TT
1 TT
18395034 GGACTTAAAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 6
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.12
9 16 0.40
10 14 0.35
11 5 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (9 bp):
TTATAATTT
Found at i:18395025 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18394976--18395030 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
18394966 TTATACAAAA
18394976 TTATAATTTTCTAAT--TT-
1 TTATAATTTT-TAATAATTC
*
18394993 TTATAGTTTTTAATAATTC
1 TTATAATTTTTAATAATTC
18395012 TTATAATATTTTAATAATT
1 TTATAAT-TTTTAATAATT
18395031 TTTGGACTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.12
17 9 0.28
18 2 0.06
19 6 0.19
20 11 0.34
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.02, T:0.60
Consensus pattern (19 bp):
TTATAATTTTTAATAATTC
Found at i:18397137 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 18397128--18397153 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 6.5 Consensus size: 4
18397118 GGATATTAGC
18397128 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
1 TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TTAA TT
18397154 TTAGATTAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 22 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (4 bp):
TTAA
Found at i:18400705 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 18400687--18400719 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
18400677 AATTTTGAAT
18400687 TATTTAGTGATAA
1 TATTTAGTGATAA
*
18400700 TATTTAGTGGTAA
1 TATTTAGTGATAA
18400713 TATTTAG
1 TATTTAG
18400720 GAAAAATCTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 19 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TATTTAGTGATAA
Found at i:18410296 original size:124 final size:125
Alignment explanation
Indices: 18410074--18410421 Score: 601
Period size: 125 Copynumber: 2.8 Consensus size: 125
18410064 TTTCGAGTTT
*
18410074 ACGTTTCTG-GTCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTAAA
1 ACGTTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAA
* *
18410138 ATCGCGCCCTCGTGGACTCGATTTTGCTATAGTAGGTCATGTAAAAAAT-AAATTTTTTTG
65 ATCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
*
18410198 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCCTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
1 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
* *
18410263 TCGCGCCCTCGTGGACGCAATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAGAAATAAAATTTTTTTG
66 TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
18410323 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
1 ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
* *
18410388 TCGTGCCCTCATGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
66 TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAG
18410422 CAAGTTTGGG
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 10, Indels: 3
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
124 105 0.50
125 107 0.50
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
ACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTGAAA
TCGCGCCCTCGTGGACGCGATTTTGCTACAGTAGGTCATGTAAAAAATAAAATTTTTTTG
Found at i:18411156 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 18411122--18411186 Score: 112
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
18411112 GAAGGGATGA
18411122 CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
1 CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
18411155 GTCGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGG
1 --CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGG
18411187 ATGATTGTGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 30 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.29, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
CGTACTACCTACAACGTCAACCGGTAAGGGGAC
Found at i:18413618 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18413595--18413629 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18413585 AATTTTAATT
18413595 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
18413613 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
18413630 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18413618 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 18413557--18413751 Score: 273
Period size: 56 Copynumber: 3.3 Consensus size: 56
18413547 ACACTATGTA
*
18413557 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
18413613 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
18413669 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 ----------AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
18413734 C
56 C
*
18413735 AAATTATGTAAACTTAT
1 AAATTATGTAAAATTAT
18413752 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 4, Indels: 20
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
56 70 0.56
66 55 0.44
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18413665 original size:66 final size:63
Alignment explanation
Indices: 18413603--18413940 Score: 326
Period size: 66 Copynumber: 5.3 Consensus size: 63
18413593 TTAAATTAGG
* *
18413603 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAATTTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
1 TAAAATTATAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAA-ATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
*
18413667 TCAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATT
1 TAAAATTA--TAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAA-TTTTAATTAAATTAGGTAAAA-T
18413732 ATCAAA
62 -T---A
18413738 TTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTA-G--
1 -TA---AAA-TTA--TAAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTTAATTAAATTAGGTA
18413800 -----A
58 AAATTA
* *
18413801 TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAA-T-
1 TAAAATTATAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
* *
18413862 T---A-TGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
1 TAAAATTATAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
*
18413922 TCAAATTATGTAAAATTAT
1 TAAAATTA--TAAAATTAT
18413941 TAAGTCCCAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 9, Indels: 58
0.78 0.03 0.19
Matches are distributed among these distances:
55 19 0.08
56 25 0.11
57 23 0.10
58 33 0.14
59 4 0.02
60 1 0.00
61 1 0.00
62 2 0.01
63 2 0.01
64 8 0.03
66 59 0.25
67 1 0.00
68 1 0.00
71 1 0.00
72 1 0.00
75 4 0.02
76 44 0.19
77 6 0.03
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (63 bp):
TAAAATTATAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTAATTAAATTAGGTAAAATTA
Found at i:18413666 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18413651--18413695 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 4.7 Consensus size: 10
18413641 TTTTTTAATT
*
18413651 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
*
18413661 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
18413669 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18413679 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18413689 AAATTAT
1 AAATTAT
18413696 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.23
10 24 0.77
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:18413674 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18413651--18413685 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18413641 TTTTTTAATT
18413651 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
18413669 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
18413686 GTAAAATTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18413732 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18413717--18413771 Score: 69
Period size: 10 Copynumber: 5.7 Consensus size: 10
18413707 ATTTTTAATT
*
18413717 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
*
18413727 AAATTA--TC
1 AAATTATGTA
18413735 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
*
18413745 AACTTATGTA
1 AAATTATGTA
18413755 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18413765 AAATTAT
1 AAATTAT
18413772 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
8 7 0.18
10 32 0.82
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:18413752 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 18413669--18413827 Score: 291
Period size: 76 Copynumber: 2.1 Consensus size: 76
18413659 TAAAATTATC
* *
18413669 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTTTAATTAAATTAGGTAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
18413734 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
*
18413745 AACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
1 AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
18413810 CAAATTATGTA
66 CAAATTATGTA
18413821 AAATTAT
1 AAATTAT
18413828 TAAGCCAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 79 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
AAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTAT
CAAATTATGTA
Found at i:18413861 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18413848--18413884 Score: 65
Period size: 10 Copynumber: 3.7 Consensus size: 10
18413838 AAATTTAATT
*
18413848 AAATTAGGTA
1 AAATTATGTA
18413858 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18413868 AAATTATGTA
1 AAATTATGTA
18413878 AAATTAT
1 AAATTAT
18413885 TAAGCCCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 26 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
AAATTATGTA
Found at i:18413863 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 18413755--18414004 Score: 348
Period size: 56 Copynumber: 4.5 Consensus size: 56
18413745 AACTTATGTA
*
18413755 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTAGATAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
*
18413811 AAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATGTA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTA--TC
*
18413868 AAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
* ** *
18413924 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTTTGTTAATGGTTA-GTAAAATTATC
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAA--ATTAGGTAAAATTATC
*
18413979 AAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAA
18414005 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 9, Indels: 13
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 11 0.06
55 56 0.31
56 57 0.32
57 22 0.12
58 32 0.18
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (56 bp):
AAATTATGTAAAATTATTAAGTCCAAAAAAATTTAATTAAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18413865 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 18413735--18413944 Score: 377
Period size: 113 Copynumber: 1.9 Consensus size: 113
18413725 TAAAATTATC
* *
18413735 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
18413799 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
65 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
18413848 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
*
18413913 GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
66 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG
18413945 TCCCAAAATT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 3, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 84 0.90
114 9 0.10
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (113 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAATTTAATTAAATTAG
ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
Found at i:18413929 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18413906--18413940 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18413896 AAATTTAATT
18413906 AAATTAGGTAAAATTATC
1 AAATTAGGTAAAATTATC
*
18413924 AAATTATGTAAAATTAT
1 AAATTAGGTAAAATTAT
18413941 TAAGTCCCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAGGTAAAATTATC
Found at i:18413972 original size:113 final size:112
Alignment explanation
Indices: 18413735--18414004 Score: 370
Period size: 113 Copynumber: 2.4 Consensus size: 112
18413725 TAAAATTATC
* *
18413735 AAATTATGTAAACTTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
18413800 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTAATT
66 ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCC-AAAAAATTTAATT
18413848 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCCAAAAAAA-TTTAATTAAATTA
1 AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATTTTAATTAAATTA
* * **
18413912 GGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC-CAAAATTTTGTT
65 GATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAATTTAATT
* * *
18413960 AATGGTTA-GTAAAATTA--TCAAATTATGTTAAATTATTAAGTCCAA
1 AA--ATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAA
18414005 CAATTGTGTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 10, Indels: 10
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
111 25 0.17
112 11 0.08
113 93 0.65
114 14 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (112 bp):
AAATTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAAATTTTAATTAAATTAG
ATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGCCAAAAAATTTAATT
Found at i:18414015 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 18413796--18414031 Score: 225
Period size: 55 Copynumber: 4.2 Consensus size: 55
18413786 TTTAATTAAA
* * *
18413796 TTAGATAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCAAAAAAATT-TAATTAA--A
1 TTAG-TAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCC--CAAAATTGT-GTTAATGG
* *** **
18413851 TTAGGTAAAATTATGTAAAATTATGTAAAATTATTAAG-CCCAAAAAAAT-TTAATTAAA
1 TTA-GTAAAATTA--TCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAA-T-GG
*
18413909 TTAGGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTTTGTTAATGG
1 TTA-GTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGG
*
18413965 TTAGTAAAATTATCAAATTATGTTAAATTATTAAGT-CCAACAATTGTGTTAATGG
1 TTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAA-AATTGTGTTAATGG
18414020 TTAGTAAAATTA
1 TTAGTAAAATTA
18414032 AGTTAGGGTT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 12, Indels: 22
0.82 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 8 0.05
55 72 0.46
56 27 0.17
57 33 0.21
58 18 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
TTAGTAAAATTATCAAATTATGTAAAATTATTAAGTCCCAAAATTGTGTTAATGG
Found at i:18414050 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18414027--18414103 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 4.7 Consensus size: 18
18414017 TGGTTAGTAA
18414027 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
18414045 AATTAAGTTA-GG---TT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
** *
18414059 -A--GGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
18414074 AATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTT
*
18414092 AATTAAATTAGG
1 AATTAAGTTAGG
18414104 TTAGGGTTAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 14
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.07
12 2 0.04
13 1 0.02
14 2 0.04
15 2 0.04
16 1 0.02
17 2 0.04
18 32 0.71
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATTAAGTTAGGGTTTTT
Found at i:18414070 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18414033--18414254 Score: 207
Period size: 29 Copynumber: 7.8 Consensus size: 29
18414023 GTAAAATTAA
18414033 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414062 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTA-GGTTAGG
* * * *
18414089 TTTA----ATTAAATTAGGTTAGG-----
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414109 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18414138 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AG-TTAG-GTTAGG
* *
18414173 GTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414202 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414231 GTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
18414255 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 19, Indels: 32
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.02
22 2 0.01
23 11 0.07
24 12 0.08
27 2 0.01
29 91 0.58
30 7 0.04
31 3 0.02
33 3 0.02
34 3 0.02
35 21 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.27, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
Found at i:18414096 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18414027--18414500 Score: 471
Period size: 47 Copynumber: 9.3 Consensus size: 47
18414017 TGGTTAGTAA
* *
18414027 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
18414074 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT
*
18414125 AAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGGGTTAGGATTTTTAATT
1 AA-TTA----A--GTTAGGGTTTTTAATT-A---A-ATTAG-GTTAGGGTTAGG--GTTT--TT
18414189 AAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
1 AA-TTA----A--GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
* * *
18414243 ATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
18414290 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGG--TTT--TT
*
18414341 AAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTT
1 --A--A--TTAA-GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
* * * *
18414395 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
* *
18414442 AATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTT
1 AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
*
18414489 AATTAAATTAGG
1 AATTAAGTTAGG
18414501 TTAGAGTTAG
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 21, Indels: 60
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
47 208 0.55
48 4 0.01
49 7 0.02
50 1 0.00
51 6 0.02
52 4 0.01
53 4 0.01
54 5 0.01
55 1 0.00
56 7 0.02
57 4 0.01
58 63 0.17
59 6 0.02
60 1 0.00
62 1 0.00
63 6 0.02
64 48 0.13
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (47 bp):
AATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTT
Found at i:18414125 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 18414033--18414792 Score: 707
Period size: 76 Copynumber: 10.3 Consensus size: 76
18414023 GTAAAATTAA
*
18414033 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
18414098 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* *
18414109 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA--G------ATT--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414164 A-GA-GTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* * * *
18414173 GTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GGTTAGGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---TTTA--
* * * *
18414237 GTT--TTTA-TTTA-A
61 ATTAAATTAGGTTAGG
*
18414249 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
18414314 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* * * *
18414325 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GGTTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTT---TTTA--
* * * *
18414389 GTT--TTTA-ATTA-A
61 ATTAAATTAGGTTAGG
* * * *
18414401 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTAAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
18414466 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
* * *
18414477 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
18414542 GTTAGGATAGA
66 ATTAGGTTAGG
* ** * * * *
18414553 GTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATT----TTA-AATTAAATTAGGTTAGGTTTACGGTTTTTA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG-TTAGGGTTAGGGTT--TTTA-ATTAAG-TTAGGGTTTTTA
*
18414613 ATTAAATTAGGTTAGA
61 ATTAAATTAGGTTAGG
* * *
18414629 GTTAGGGTTTTCAATTAAGTTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GG-------TT--
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414684 A--GGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
18414693 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
18414758 ATTAGGTTAGG
66 ATTAGGTTAGG
*
18414769 GTTAGGGTTTTTAATTAAGATAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
18414793 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 75, Indels: 100
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
64 109 0.19
65 4 0.01
66 2 0.00
68 5 0.01
72 8 0.01
73 3 0.01
74 16 0.03
75 18 0.03
76 358 0.64
77 20 0.04
78 9 0.02
79 3 0.01
80 4 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (76 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
ATTAGGTTAGG
Found at i:18414192 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 18414092--18414239 Score: 251
Period size: 64 Copynumber: 2.3 Consensus size: 63
18414082 TAGGGTTTTT
* *
18414092 AATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AATTAGATTAGGTTAGGGTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
18414155 AATTAGATTAGAGTTAGGGTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
1 AATTAGATTAG-GTTAGGGTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
*
18414219 AATTAGGTTAGGGTTAGGGTT
1 AATTAGATTA-GGTTAGGGTT
18414240 TTTATTTAAG
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 3, Indels: 3
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 10 0.12
64 69 0.86
65 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.27, T:0.45
Consensus pattern (63 bp):
AATTAGATTAGGTTAGGGTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTA
Found at i:18414254 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18414231--18414547 Score: 104
Period size: 18 Copynumber: 20.3 Consensus size: 18
18414221 TTAGGTTAGG
*
18414231 GTTAGGGTTTTTATTTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414249 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
**
18414267 GTTA-GG---TT-A--GG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414278 GTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414296 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
* **
18414314 ATTA-GG---TT-A--GG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414325 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
18414343 ATTA-GG---TT-A--AG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414354 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
18414372 ATTA-GG---TT-A--GA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414383 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414401 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414419 GTTA-GG------A-TAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTA-A
*
18414430 GTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414448 GTTAGGGTTTTAAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
* **
18414466 ATTA-GG---TT-A--GG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414477 GTTACGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
18414495 ATTA-GG---TT-A--GA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414506 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414524 GTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAA
18414542 GTTAGG
1 GTTAGG
18414548 ATAGAGTTTG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 35, Indels: 102
0.61 0.10 0.29
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.01
11 26 0.12
12 14 0.07
13 6 0.03
14 11 0.05
15 12 0.06
16 6 0.03
17 14 0.07
18 120 0.56
19 2 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:18414301 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18414080--18414254 Score: 242
Period size: 29 Copynumber: 5.8 Consensus size: 29
18414070 TTTTAATTAA
*
18414080 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414109 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
18414138 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGATTAGAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATT--A--AG-TTAG-GTTAGG
* *
18414173 GTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414202 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
*
18414231 GTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
18414255 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 10, Indels: 12
0.86 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 97 0.75
30 3 0.02
31 3 0.02
33 3 0.02
34 3 0.02
35 21 0.16
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGG
Found at i:18414328 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18414296--18414406 Score: 195
Period size: 29 Copynumber: 3.8 Consensus size: 29
18414286 TTTTAATTAA
18414296 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
*
18414325 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
*
18414354 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
*
18414383 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
18414407 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 78 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.26, T:0.45
Consensus pattern (29 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
Found at i:18414409 original size:123 final size:122
Alignment explanation
Indices: 18414080--18414745 Score: 587
Period size: 123 Copynumber: 5.4 Consensus size: 122
18414070 TTTTAATTAA
* * *
18414080 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTATGTTAGGGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
* * ** * * * *
18414145 TTTTTAATTAAATTA--GATTAGAGTTAGGGTTAGGATTTTTAATTAAGTTATGTTAGG
66 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GTTAGG
* * ** *
18414202 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTATTTAAGTTAGGGTTTTTAATTA-
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GG-TTAGAGTTAG
* * * *
18414266 AG---TTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGG
64 GGTTTTTA-ATTA-AGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GTTAGG
*
18414325 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAAGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
* *** * * *
18414390 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTT--TTTAATTA-A
66 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG---G-TTTTTAATTAAATTAGTTAGG
* *
18414448 GTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
* *** * * *
18414513 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTT--TTTAATTA-A
66 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGG---G-TTTTTAATTAAATTAGTTAGG
* * * *
18414571 GTTAGGATTTTAAATTAAATTAGGTTAGGTTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
* *
18414636 TTTTCAATTAAGTTA-GG---TT-A--GAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGG
66 TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATT-AA--A--TTA--GTTAGG
* * *
18414693 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
18414746 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 57, Indels: 48
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
112 5 0.01
113 1 0.00
116 7 0.02
118 1 0.00
119 5 0.01
120 3 0.01
121 12 0.03
122 103 0.22
123 296 0.64
124 18 0.04
125 6 0.01
126 1 0.00
127 5 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.26, T:0.46
Consensus pattern (122 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGG
TTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGTTAGG
Found at i:18414480 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18414447--18414745 Score: 210
Period size: 29 Copynumber: 9.9 Consensus size: 29
18414437 TTTTTAATTA
*
18414447 AGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
* *
18414476 GGTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
* **
18414505 AGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGGTTTTT
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTA-GG-TTAG
* * *** * * *
18414536 AATTA-AG-TTAGGA-TAGAGTTTGGGTTTTTAATTA
1 AGTTAGGGTTTTTAATTA-A-ATTAGG---TT-A--G
* *
18414570 AGTTAGGATTTTAAATTAAATTAGGTTAG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
*
18414599 -GTTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
1 AG-TTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
* *
18414628 AGTTAGGGTTTTCAATTAAGTTAGGTTAG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
18414657 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTA--G
*
18414688 TTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAG
1 --A--GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
* * *
18414721 GGTTTGGGTTTTTAATTAAGTTAGG
1 AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGG
18414746 GTTTTTAATT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 37, Indels: 40
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.01
29 149 0.70
30 6 0.03
31 11 0.05
32 2 0.01
33 2 0.01
34 4 0.02
35 30 0.14
36 4 0.02
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.01, G:0.26, T:0.45
Consensus pattern (29 bp):
AGTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAG
Found at i:18414533 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18414477--18414623 Score: 206
Period size: 47 Copynumber: 3.1 Consensus size: 47
18414467 TTAGGTTAGG
*
18414477 GTTACGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
18414524 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGATAGAGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
* * *
18414571 GTTAGGATTTTAAATTAAATTAGGTTAG-GTTTACGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAG-TTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414618 ATTAGG
1 GTTAGG
18414624 TTAGAGTTAG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 11, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 1 0.01
47 87 0.99
ACGTcount: A:0.30, C:0.01, G:0.22, T:0.46
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGAGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:18414581 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18414560--18414594 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
18414550 AGAGTTTGGG
* *
18414560 TTTTTAATTAAGTTAGGA
1 TTTTAAATTAAATTAGGA
18414578 TTTTAAATTAAATTAGG
1 TTTTAAATTAAATTAGG
18414595 TTAGGTTTAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.14, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
TTTTAAATTAAATTAGGA
Found at i:18414720 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18414687--18414771 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 23
18414677 TTAGGTTAGG
18414687 GTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTA-GGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414711 GTTAGGTTAGGGTTTGGGTT-TTTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTT---TTAATTAA
*
18414736 -TTAAGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
*
18414758 ATTAGGTTAGGGTT
1 GTTAGGTTAGGGTT
18414772 AGGGTTTTTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.04
22 4 0.08
23 23 0.44
24 17 0.33
25 4 0.08
26 2 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.29, T:0.47
Consensus pattern (23 bp):
GTTAGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:18414749 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18414726--18414853 Score: 144
Period size: 18 Copynumber: 7.5 Consensus size: 18
18414716 GTTAGGGTTT
18414726 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
*
18414744 GGGTTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
**
18414762 -GG---TT-A--GGGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
*
18414773 GGGTTTTTAATTAAGATA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
* *
18414791 GGATTTTTAATTAAATTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
*
18414809 GAGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
18414827 GGGTTTTTAATTAAGTTA
1 GGGTTTTTAATTAAGTTA
18414845 GGGTTTTTA
1 GGGTTTTTA
18414854 TTACATCAAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 14, Indels: 14
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.03
12 2 0.02
13 1 0.01
14 2 0.02
15 2 0.02
16 1 0.01
17 2 0.02
18 76 0.85
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.22, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
GGGTTTTTAATTAAGTTA
Found at i:18414763 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 18414693--18414809 Score: 198
Period size: 47 Copynumber: 2.5 Consensus size: 47
18414683 TAGGGTTAGG
* *
18414693 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTTAGGTTAGGGTTTGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
18414740 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
* *
18414787 GATAGGATTTTTAATTAAATTAG
1 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAG
18414810 AGTTTTTAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 66 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTTAATTAA
Found at i:18414902 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18414849--18414912 Score: 94
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
18414839 AAGTTAGGGT
18414849 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
* * *
18414875 TTTTATTATATTAAATA-AACTTCTA
1 TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
18414900 TTTTATTACATCA
1 TTTTATTACATCA
18414913 GATAATAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.55
26 15 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATTACATCAAATAGAACTTCCA
Found at i:18417147 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18417122--18417175 Score: 81
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
18417112 TGAAAATATA
18417122 AAAAAAAATAAAATTATTTT
1 AAAAAAAATAAAATTA-TTT
*
18417142 AAAAAATATAAAATTATTT
1 AAAAAAAATAAAATTATTT
*
18417161 AAAAAAAATGAAATT
1 AAAAAAAATAAAATT
18417176 GAGGGGAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.52
20 15 0.48
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.02, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAAAATAAAATTATTT
Found at i:18417245 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18417203--18417246 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
18417193 ATATATGGAT
*
18417203 TTGAGAGAATTTTGAAAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
*
18417225 TTGAGAGAA-TTAGAGAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
18417246 T
1 T
18417247 ATTAGATAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.55
22 9 0.45
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
TTGAGAGAATTTAGAAAGGAAA
Found at i:18433092 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18433050--18433093 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
18433040 CGATTTTCAT
* * * *
18433050 ACAGGCGTGTGCCTTGGTCAC
1 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
18433071 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
1 ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
18433092 AC
1 AC
18433094 GGGCCTGTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.36, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ACAGCCGTGTCCCTTAGCCAC
Found at i:18446496 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 18446472--18446519 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
18446462 GATTTATCGA
18446472 AAAAATTAACATAATT
1 AAAAA-TAACA-AATT
18446488 AAAAATAACGAAAATAT
1 AAAAATAAC--AAAT-T
18446505 AAAAATAACAAATT
1 AAAAATAACAAATT
18446519 A
1 A
18446520 CCATTGCTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
14 2 0.07
15 8 0.28
16 8 0.28
17 11 0.38
ACGTcount: A:0.69, C:0.06, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATAACAAATT
Found at i:18459904 original size:369 final size:369
Alignment explanation
Indices: 18459225--18459948 Score: 1286
Period size: 369 Copynumber: 2.0 Consensus size: 369
18459215 TTTGCACGTA
* *
18459225 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGTATAATTCTCGAAAGCTCATCG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
*
18459290 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGGAAGGTAGCATGAAC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
*
18459355 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTTAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
*
18459420 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACATATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
18459485 GATCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTTGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
* *
18459550 TTCGATGCTCCCTTAGTTGTCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
* *
18459594 TACTATTAGGAGTTGGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTTGAAAGCTCATAG
1 TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
*
18459659 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAGC
66 AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
* *
18459724 TGAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCGGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
131 TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
* *
18459789 GTACAAACATGCACAATTCTGTTCGTAAGTTCATCTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
196 GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
* *
18459854 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGTCATGCTACAATTCGTATGGTTT
261 GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
18459919 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
326 TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTC
18459949 AAAATATAAT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 18, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
369 337 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (369 bp):
TACTATTAGGAGTTAGTTCTAGAACCATTTCTGTAGGGTTTTGCATAATTCTCGAAAGCTCATAG
AGTACCTCTTTACTCCGAGGTTTGAAGTCATTCATGTAACTTTCTTCAAGAAAGGTAGCATGAAC
TAAGATCATAACAGTTTGCTCTTTCAGGTTATAAAATAAACCACCCTTTGTTCTCTTTAGATATT
GTACAAACATGCACAATTCTATTCGTAAGTTCAACTTCCTCACAAATTTATCCAATACGTTGGTC
GAGCATCCCCAAATCCTAAAATGATTAAGATTCGACTTCCTGACATGCTACAATTCGTATGGGTT
TTCGATGCTCCCTTAGCTGGCACATCATTCCTGTCATACAGGTC
Found at i:18464549 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 18464508--18464747 Score: 137
Period size: 36 Copynumber: 7.5 Consensus size: 37
18464498 TAATATGAGA
18464508 TATTAAATTTAAT-TTAATATTCAGATAGATATTATTT
1 TATT-AATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
*
18464545 TATTAATTTAATATTAATA-T--G--CG--A-TA--T
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
18464572 TA--AATTTAAT-TTAATATTCAGATAGATATTATTT
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
**
18464606 TATTAATTTAATATTAATA-T--G-T-GATATTA-AA
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
*
18464637 T-TTAATTTAATA-T--T---CAGATAGATAGTATTT
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
*
18464667 TATTAATTTAATATTAATA-T--G--CG--A-TA--T
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
*
18464694 TA--AATTTAAT-TTAATATTCAGATAGATAGTATTT
1 TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
18464728 TATTAATTTAATATTAATAT
1 TATTAATTTAATATTAATAT
18464748 GCGATATTAA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 9, Indels: 76
0.65 0.04 0.32
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.08
25 18 0.12
27 10 0.06
28 1 0.01
29 13 0.08
30 14 0.09
31 14 0.09
32 14 0.09
33 1 0.01
34 10 0.06
36 26 0.17
37 23 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (37 bp):
TATTAATTTAATATTAATATTCAGATAGATATTATTT
Found at i:18464555 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 18464545--18464747 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 33.5 Consensus size: 6
18464535 GATATTATTT
** *
18464545 TATTAA T-TTAA TATTAA TATGCGA TATTAA -ATTTAA T-TTAA TATTCA
1 TATTAA TATTAA TATTAA TAT-TAA TATTAA TA-TTAA TATTAA TATTAA
* * *
18464592 GA-TAGA TATTATTT TATTAA T-TTAA TATTAA TATGTGA TATTAA -ATTTAA
1 TATTA-A TATTA--A TATTAA TATTAA TATTAA TAT-TAA TATTAA TA-TTAA
* * * **
18464642 T-TTAA TATTCAGA TAGATAG TATT-T TATTAA T-TTAA TATTAA TATGCGA
1 TATTAA TATT-A-A TA-TTAA TATTAA TATTAA TATTAA TATTAA TAT-TAA
* * *
18464691 TATTAA -ATTTAA T-TTAA TATTCAGA TAGATAG TATT-T TATTAA T-TTAA
1 TATTAA TA-TTAA TATTAA TATT-A-A TA-TTAA TATTAA TATTAA TATTAA
18464739 TATTAA TAT
1 TATTAA TAT
18464748 GCGATATTAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 27, Indels: 54
0.64 0.12 0.24
Matches are distributed among these distances:
5 47 0.33
6 60 0.42
7 21 0.15
8 13 0.09
9 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (6 bp):
TATTAA
Found at i:18464559 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 18464494--18464806 Score: 572
Period size: 61 Copynumber: 5.1 Consensus size: 61
18464484 ATTTATCTAG
* *
18464494 ATATTAATATGAGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATATTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
*
18464555 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATATTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
*
18464616 ATATTAATATGTGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
18464677 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
* *
18464738 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTTAGATAGATAGTATTTTGTTAATTTA
1 ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
18464799 ATATTAAT
1 ATATTAAT
18464807 GTGATTAATT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 6, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 246 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (61 bp):
ATATTAATATGCGATATTAAATTTAATTTAATATTCAGATAGATAGTATTTTATTAATTTA
Found at i:18465865 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18465821--18465907 Score: 97
Period size: 28 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
18465811 AATAAAAATC
*
18465821 AATAAAAAATATAAAAATTATTAAATTTT
1 AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
*
18465850 AATAAAAAATAT-AAAAATATTTAATTTT
1 AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
* * *
18465878 TATTAAAAAT-TAGAAAAAGATTATAATTTT
1 AATAAAAAATATA-AAAAATATTA-AATTTT
18465908 TTTTAAAAAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 5
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 22 0.45
29 20 0.41
30 6 0.12
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (29 bp):
AATAAAAAATATAAAAAATATTAAATTTT
Found at i:18465907 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18465823--18465924 Score: 109
Period size: 29 Copynumber: 3.5 Consensus size: 29
18465813 TAAAAATCAA
* * *
18465823 TAAAAAATAT-AAAAATTATTAAATTTTAA
1 TAAAAATTATAAAAAATTA-TAATTTTTAT
*
18465852 TAAAAAATATAAAAATATT-TAATTTTTAT
1 TAAAAATTATAAAAA-ATTATAATTTTTAT
* *
18465881 TAAAAATTAGAAAAAGATTATAATTTTTTT
1 TAAAAATTATAAAAA-ATTATAATTTTTAT
18465911 TAAAAATTATAAAA
1 TAAAAATTATAAAA
18465925 TTTTATAAAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 5
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 34 0.54
30 26 0.41
31 3 0.05
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (29 bp):
TAAAAATTATAAAAAATTATAATTTTTAT
Found at i:18465928 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18465892--18465954 Score: 54
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
18465882 AAAAATTAGA
** *
18465892 AAAAGATTATAATTTTTTTT
1 AAAA-ATTATAAAATTTTAT
18465912 AAAAATTATAAAATTTTAT
1 AAAAATTATAAAATTTTAT
** *
18465931 AAAAAATCGTAAAAATTTAT
1 -AAAAATTATAAAATTTTAT
18465951 AAAA
1 AAAA
18465955 TATATAGAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 3
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.44
20 20 0.56
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
AAAAATTATAAAATTTTAT
Found at i:18465953 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18465911--18465982 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 7.4 Consensus size: 10
18465901 TAATTTTTTT
18465911 TAAAAA-TTA
1 TAAAAATTTA
*
18465920 TAAAATTTTA
1 TAAAAATTTA
* **
18465930 TAAAAAATCG
1 TAAAAATTTA
18465940 TAAAAATTTA
1 TAAAAATTTA
*
18465950 T-AAAATATA
1 TAAAAATTTA
* *
18465959 TAGAAATATA
1 TAAAAATTTA
*
18465969 GAAAAATTTA
1 TAAAAATTTA
18465979 TAAA
1 TAAA
18465983 GCCGTAAGAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 14, Indels: 3
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 13 0.28
10 34 0.72
ACGTcount: A:0.61, C:0.01, G:0.04, T:0.33
Consensus pattern (10 bp):
TAAAAATTTA
Found at i:18465960 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18465911--18465982 Score: 89
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
18465901 TAATTTTTTT
* *
18465911 TAAAAA-TTATAAAATTTTATA-AAAAATCG
1 TAAAAATTTATAAAATTATATAGAAAAATAG
*
18465940 TAAAAATTTATAAAA-TATATAGAAATATAG
1 TAAAAATTTATAAAATTATATAGAAAAATAG
18465970 -AAAAATTTATAAA
1 TAAAAATTTATAAA
18465983 GCCGTAAGAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
29 24 0.63
30 14 0.37
ACGTcount: A:0.61, C:0.01, G:0.04, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
TAAAAATTTATAAAATTATATAGAAAAATAG
Found at i:18466026 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18465985--18466041 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
18465975 TTTATAAAGC
18465985 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
1 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
*
18466005 -GTAAG-AAAT-ATAAAATT
1 CGTAAGAAAATGATAAAAAT
*
18466022 CGTAA-AATAATTATAAAAAT
1 CGTAAGAA-AATGATAAAAAT
18466042 GATCATACCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 8
0.76 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.23
18 9 0.29
19 8 0.26
20 7 0.23
ACGTcount: A:0.60, C:0.04, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
CGTAAGAAAATGATAAAAAT
Found at i:18466239 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 18466226--18466305 Score: 62
Period size: 10 Copynumber: 8.4 Consensus size: 10
18466216 TTTTGATGAA
18466226 TTTTATAATTT
1 TTTTATAA-TT
*
18466237 TTTTATGATT
1 TTTTATAATT
**
18466247 TTTTATAAAA
1 TTTTATAATT
18466257 TTTTAT-A-T
1 TTTTATAATT
18466265 TTTTAT-ATT
1 TTTTATAATT
***
18466274 TTTT-TACGA
1 TTTTATAATT
18466283 TTTTAT-ATT
1 TTTTATAATT
18466292 TTTTATAATT
1 TTTTATAATT
18466302 TTTT
1 TTTT
18466306 TGTCACATGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 11, Indels: 9
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.15
9 16 0.30
10 23 0.43
11 7 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (10 bp):
TTTTATAATT
Found at i:18466240 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18466215--18466295 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 21
18466205 TTAAAGGACC
*
18466215 TTTTTGATGA-ATTTTATAAT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
*
18466235 TTTTTTATGATTTTTTATAA-
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
**
18466255 AATTTTAT-AT-TTTTAT-AT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
*
18466273 TTTTTTACG--ATTTTAT-AT
1 TTTTTTATGATATTTTATAAT
18466291 TTTTT
1 TTTTT
18466296 ATAATTTTTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 10
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 24 0.48
19 2 0.04
20 15 0.30
21 8 0.16
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.05, T:0.68
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTATGATATTTTATAAT
Found at i:18466278 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18466226--18466304 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 19
18466216 TTTTGATGAA
*
18466226 TTTTATAATTTTTTTATGATT
1 TTTTAT-ATTTTTTTAT-AAT
***
18466247 TTTTATAAAATTTTAT-AT
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
**
18466265 TTTTATATTTTTTTACGA-
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
18466283 TTTTATA-TTTTTTATAAT
1 TTTTATATTTTTTTATAAT
18466301 TTTT
1 TTTT
18466305 TTGTCACATG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 10, Indels: 7
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.17
18 24 0.52
19 1 0.02
20 7 0.15
21 6 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.03, T:0.70
Consensus pattern (19 bp):
TTTTATATTTTTTTATAAT
Found at i:18466719 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18466696--18466743 Score: 73
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
18466686 CATTTGATTC
18466696 GCTGTAATGGAATAGAA
1 GCTGTAATGGAATAGAA
*
18466713 G-TGTAATGAAATAG-A
1 GCTGTAATGGAATAGAA
18466728 GCTGTAATGGAATAGA
1 GCTGTAATGGAATAGA
18466744 TGCGTAATAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.07
16 24 0.89
17 1 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.29, T:0.25
Consensus pattern (17 bp):
GCTGTAATGGAATAGAA
Found at i:18466750 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18466699--18466751 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
18466689 TTGATTCGCT
*
18466699 GTAATGGAATAGAAGT
1 GTAATGGAATAG-AGC
*
18466715 GTAATGAAATAGAGC
1 GTAATGGAATAGAGC
18466730 TGTAATGGAATAGATGC
1 -GTAATGGAATAGA-GC
18466747 GTAAT
1 GTAAT
18466752 AGTATTTCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.06
16 28 0.88
17 2 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
GTAATGGAATAGAGC
Found at i:18466781 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 18466730--18466825 Score: 131
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
18466720 GAAATAGAGC
* * *
18466730 TGTAATGGAATAGATGCGTAATAGTATTTCAAT-TGTTTGGTTGAA
1 TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATA-TTC-ATGTGTTTAGTTGAA
18466775 TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
1 TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
*
18466819 TGGAATG
1 TGTAATG
18466826 ATGTTGTAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 3
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 2 0.04
44 20 0.43
45 24 0.52
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (44 bp):
TGTAATGGAATAGAGGCGTAATAATATTCATGTGTTTAGTTGAA
Found at i:18467025 original size:22 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18466982--18467016 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
18466972 ATTATTATTA
18466982 AATATAATTTAATAAAAT
1 AATATAATTTAATAAAAT
18467000 -ATATAATTTAATAAAAT
1 AATATAATTTAATAAAAT
18467017 TCTTAATATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AATATAATTTAATAAAAT
Found at i:18467093 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 18467072--18467111 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
18467062 TATAATACTA
18467072 AAAATATAATTT
1 AAAATATAATTT
18467084 AAAATAATAATTAT
1 AAAAT-ATAATT-T
*
18467098 TAAATATAATTT
1 AAAATATAATTT
18467110 AA
1 AA
18467112 TAAAATATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.29
13 12 0.50
14 5 0.21
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
AAAATATAATTT
Found at i:18467118 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18467073--18467172 Score: 82
Period size: 26 Copynumber: 3.7 Consensus size: 26
18467063 ATAATACTAA
18467073 AAATATAATTTAA-AATAATAATTATT
1 AAATATAATTTAATAA-AATAATTATT
*
18467099 AAATATAATTTAATAAAATATATAATT
1 AAATATAATTTAATAAAATA-ATTATT
* *
18467126 TAATAAAATTCTTAATATTAAAT-ATTATT
1 AAATATAA-T-TTAATA--AAATAATTATT
18467155 --ATATGAATTTAATAAAAT
1 AAATAT-AATTTAATAAAAT
18467173 CATAATATAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 16
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.06
26 23 0.37
27 17 0.27
28 3 0.05
29 11 0.18
31 4 0.06
ACGTcount: A:0.55, C:0.01, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (26 bp):
AAATATAATTTAATAAAATAATTATT
Found at i:18467269 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 18466963--18468515 Score: 2611
Period size: 120 Copynumber: 13.0 Consensus size: 120
18466953 TTAATCATAT
*
18466963 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18467027 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAATATATAATACTA-AAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18467081 TTTAAAATAATAATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* *
18467145 AAATATTATTATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18467200 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATACTTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* *
18467265 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATTATAATATATAATACTA-AAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
18467319 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* *
18467384 AAATATTATTATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467439 TTTAAAACAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTTAATAAAATT-TTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18467503 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467558 TTTAAAATAATAATTATTAAAAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
1 TTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
18467622 TTAAATATTC-T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
64 TTAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467676 TTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18467741 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467796 TTTAAAATAATAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
1 TTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
18467861 TTAAATATTC-T-TA-GAATTTACTAAAAAT-ATAATATATAATACTATAAAATATAA
64 TTAAATATTCTTATATGAATTTACT-AAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18467915 TTTAAATTAATTATT-TTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* * * *
18467978 AAATATTCTTAAATGAATTTGCTAAAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18468033 TTTAAAATAATTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
1 TTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
18468098 TTAAATATTC-T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
64 TTAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18468152 TTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18468217 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
** *
18468272 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTGTTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18468337 AAATATTCTTATATGAATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18468392 TCTAAAATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18468457 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
18468512 TTTA
1 TTTA
18468516 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 1346, Mismatches: 65, Indels: 46
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
115 40 0.03
116 27 0.02
117 100 0.07
118 210 0.16
119 338 0.25
120 493 0.37
121 44 0.03
122 94 0.07
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (120 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:18467327 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18467286--18467327 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
18467276 TATGAATTTT
* *
18467286 CTAAAATTATAATATATAATA
1 CTAAAAATATAATATAAAATA
*
18467307 CTAAAAATATAATTTAAAATA
1 CTAAAAATATAATATAAAATA
18467328 ATTATTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.05, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
CTAAAAATATAATATAAAATA
Found at i:18467344 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18467311--18467469 Score: 83
Period size: 26 Copynumber: 6.5 Consensus size: 26
18467301 ATAATACTAA
18467311 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
*
18467337 AAATATAATTTAATAA-AAATA-TA-T
1 AAATATAATTTAA-AATAATTATTATT
* ** *
18467361 -AATTTAA--TAAAATTCTTAATATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
* * * *
18467384 AAATATTA-TT-ATATGAATT-TAATA
1 AAATATAATTTAAAAT-AATTATTATT
* * *
18467408 AAATCATAA--T-ATATAA-TACTATA
1 AAAT-ATAATTTAAAATAATTATTATT
*
18467431 AAATATAATTTAAAACAATTATTATT
1 AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
18467457 AAATATAATTTAA
1 AAATATAATTTAA
18467470 TAAAAATAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 20, Indels: 26
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.02
21 5 0.05
22 7 0.07
23 16 0.16
24 21 0.21
25 12 0.12
26 35 0.35
27 2 0.02
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
AAATATAATTTAAAATAATTATTATT
Found at i:18467555 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 18467532--18467613 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 5.5 Consensus size: 14
18467522 TACTAAAATC
* *
18467532 ATAATATATAATACT
1 ATAAAATATAAT-TT
18467547 ATAAAATATAA-TT
1 ATAAAATATAATTT
18467560 -TAAAATAATAA-TT
1 ATAAAAT-ATAATTT
18467573 ATTAAAAATATAATTT
1 A-T-AAAATATAATTT
18467589 AGTAAAATATATAATTT
1 A-T-AAA-ATATAATTT
18467606 AATAAAAT
1 -ATAAAAT
18467614 TCTTAATATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 3, Indels: 14
0.77 0.04 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 6 0.11
13 7 0.12
15 17 0.30
16 16 0.28
17 10 0.18
18 1 0.02
ACGTcount: A:0.59, C:0.01, G:0.01, T:0.39
Consensus pattern (14 bp):
ATAAAATATAATTT
Found at i:18467711 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 18466963--18468515 Score: 2593
Period size: 357 Copynumber: 4.3 Consensus size: 360
18466953 TTAATCATAT
*
18466963 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18467027 AAATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAATATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
*
18467091 TAATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTATT
131 TAATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTT
* *
18467155 ATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAA
196 ATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAA
*
18467220 ATATAATTTAATAAAAATATATACTTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTT
261 ATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTT
* *
18467285 TCTAAAATTATAATATATAATACTA-AAAATATAA
326 ACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
18467319 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
* * *
18467384 AAATATTATTATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAACAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
* *
18467449 TTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTTAATAAAATT-TTAATATTAAATATTCTT
131 TAATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTT
*
18467513 AAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAA
196 ATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATT--
*
18467578 AAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-T-TA-GAAT
259 AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAAT
18467639 TTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
324 TTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467676 TTTAAATTAATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18467741 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
*
18467806 TAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
131 TAATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
* *
18467871 -T-TA-GAATTTACTAAAAAT-ATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATT-T
194 TTATATGAATTTACT-AAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTAT
*
18467931 TAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAA
258 TAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAA
* * *
18467995 TTTGCTAAAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAA
323 TTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18468033 TTTAAAATAATTATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
1 TTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
*
18468098 TTAAATATTC-T-TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATT
64 TTAAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAAT
* *
18468160 AATTATTTTTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
129 AATAATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC
*
18468225 TTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATT
194 TTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATT
** *
18468290 AAATATAATTTGTTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAAT
259 AAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAAT
*
18468355 TTACTATAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
324 TTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18468392 TCTAAAATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18468457 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
66 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
18468516 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 1121, Mismatches: 52, Indels: 44
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
354 107 0.10
355 2 0.00
356 126 0.11
357 421 0.38
358 139 0.12
359 252 0.22
360 74 0.07
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
TAATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTT
ATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAA
ATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTT
ACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:18467820 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18467799--18467843 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
18467789 AATATAATTT
*
18467799 AAAATAATAATTATTA
1 AAAATAATAATTAGTA
18467815 AAAAT-ATAATTTAGTA
1 AAAATAATAA-TTAGTA
18467831 AAAATATATAATT
1 AAAATA-ATAATT
18467844 TAATAAAATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.16
16 15 0.60
17 2 0.08
18 4 0.16
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAATAATTAGTA
Found at i:18467839 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18467814--18467851 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18467804 AATAATTATT
*
18467814 AAAAATATAATTTAGTA
1 AAAAATATAATTTAATA
18467831 AAAATATATAATTTAATA
1 AAAA-ATATAATTTAATA
18467849 AAA
1 AAA
18467852 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATTTAATA
Found at i:18467880 original size:476 final size:476
Alignment explanation
Indices: 18466963--18468515 Score: 2676
Period size: 476 Copynumber: 3.3 Consensus size: 476
18466953 TTAATCATAT
*
18466963 TTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTA
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTA
* *
18467028 AATATTCTTATATGAATTTTCTAAAATCATAATATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAAT
66 AATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAAT
* *
18467092 AATTATT--AAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTATT
131 AATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-CT
* * *
18467155 ATATGAATTTAATAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAA
195 -TA-GAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAA
*
18467220 ATATAATTTAATAAAAATATATACTTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTT
258 ATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTT
* *
18467285 TCTAAAATTATAATATATAATACTA-AAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTA
323 ACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTA
* * *
18467349 ATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTATTATATGAATTTAATAAAATCA
388 GTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATT-CTATATGAATTTACTAAAATCA
18467414 TAATATATAATACTATAAAATATAA
452 TAATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18467439 TTTAAAACAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATAAATAATTTAATAAAATT-TTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
18467503 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
65 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAA
18467568 TAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
130 TAATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
18467633 TAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAAT
195 TAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAAT
*
18467698 ATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTAAATGAATTTAC
260 ATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTAC
*
18467763 TAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATAATTATTAAAAATATAATTTA
325 TAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATT--AAATATAATTTA
18467828 GTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT-TA-GAATTTACTAAAAAT-A
388 GTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATATGAATTTACT-AAAATCA
18467890 TAATATATAATACTATAAAATATAA
452 TAATATATAATACTATAAAATATAA
*
18467915 TTTAAATTAATTATT-TTAAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTA
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTA
* * *
18467979 AATATTCTTAAATGAATTTGCTAAAATCATAATATATAACACTATAAAATAAAATTTAAAATAAT
66 AATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAAT
*
18468044 TATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
131 AATTATTAAAAATATAATTTAGT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT
18468109 TAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAAT
195 TAGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAAT
18468174 ATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTAC
260 ATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTAC
18468239 TAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTT-GT
325 TAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAG-
* *
18468303 TAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTACTATAATCAT
389 TAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATATGAATTTACTAAAATCAT
18468368 AATATATAATACTATAAAATATAA
453 AATATATAATACTATAAAATATAA
* *
18468392 TCTAAAATAATTATTATTAAATATAATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
1 TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAAT-AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATT
*
18468457 AAATATTCTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
65 AAATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTA
18468516 TAATCTACTT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 36, Indels: 31
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
473 1 0.00
474 74 0.07
475 110 0.11
476 498 0.49
477 132 0.13
478 17 0.02
479 192 0.19
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.01, T:0.42
Consensus pattern (476 bp):
TTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTA
AATATTCTTAAATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAAT
AATTATTAAAAATATAATTTAGTAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTT
AGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAATTAATTATTTTTAAATA
TAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATGAATTTACT
AAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAAAATAATTATTATTAAATATAATTTAGTA
AAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATATGAATTTACTAAAATCATAAT
ATATAATACTATAAAATATAA
Found at i:18467974 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18467934--18467967 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
18467924 ATTATTTTAA
18467934 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
18467951 ATATAATTTAATAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAT
18467968 TCTTAATATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
ATATAATTTAATAAAAT
Found at i:18468076 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18468051--18468088 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
18468041 AATTATTATT
*
18468051 AAAAATATAATTTAGTA
1 AAAAATATAATTTAATA
18468068 AAAATATATAATTTAATA
1 AAAA-ATATAATTTAATA
18468086 AAA
1 AAA
18468089 TTCTTAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.21
18 15 0.79
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATAATTTAATA
Found at i:18468123 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 18468059--18468483 Score: 207
Period size: 56 Copynumber: 7.2 Consensus size: 54
18468049 TTAAAAATAT
*
18468059 AATTTAGTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCT-TAG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATAG
* * * *
18468112 AATTTACT-AAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATTTAA-ATTAATTATTTTTAAATA
1 AATTTACTAAAAAT-AT-ATA-AT-TTA--ATAAAAT-T--CTTAATATTAAATA-TTCT--ATA
*
18468175 T
54 G
*
18468176 AATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
* * * **
18468232 AATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATAATT-TAAAATAATT-ATTATTAAATA
1 AATTTACT--AA--A-AATATATAAT--T-T--AATAAAATTCT-TAAT-ATTAAATATTCTATA
*
18468295 T
54 G
** *
18468296 AATTTGTTAAAAATAAATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
* * * **
18468352 AATTTACTATAATCATAATATATAATACTATAA-AATATAATCTAAAATAATT-ATTATTAAATA
1 AATTTAC--TAA--A-AATATATAAT--T-TAATAA-A-ATTCT-TAAT-ATTAAATATTCTATA
*
18468415 T
54 G
* *
18468416 AATGTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTTATATG
1 AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTC-TATA-G
18468472 AATTTACTAAAA
1 AATTTACTAAAA
18468484 TCATAATATA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 47, Indels: 95
0.66 0.11 0.23
Matches are distributed among these distances:
52 5 0.02
53 15 0.05
54 27 0.10
55 16 0.06
56 35 0.13
57 12 0.04
58 13 0.05
59 27 0.10
60 11 0.04
61 28 0.10
62 7 0.03
63 7 0.03
64 27 0.10
65 16 0.06
66 24 0.09
67 6 0.02
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (54 bp):
AATTTACTAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATATTAAATATTCTATAG
Found at i:18469973 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 18469901--18470004 Score: 172
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
18469891 GAAAAAAAAC
* * * *
18469901 AAATTAAAATTAAGTTTAATATCATGAATCAAAAGGTGAACACTTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
18469950 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
18469999 AAATTA
1 AAATTA
18470005 TAACACATGA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 51 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (49 bp):
AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAGCTCAACACTGTATA
Found at i:18472332 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18472313--18472352 Score: 73
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
18472303 TAATAAATTG
18472313 AAATATTAAAAATAAA
1 AAATATTAAAAATAAA
18472329 AAATATTAAAAATAAA
1 AAATATTAAAAATAAA
18472345 AAAT-TTAA
1 AAATATTAA
18472353 TTTAATTTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.17
16 20 0.83
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (16 bp):
AAATATTAAAAATAAA
Found at i:18472504 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 18472285--18472709 Score: 529
Period size: 116 Copynumber: 3.5 Consensus size: 117
18472275 TAAATATATA
* * * ***
18472285 ATTTAATTATTTTTATTTTAATAAATTGAAATA-TTAA-AAATAAAAAATATTAAAAAT--AAAA
1 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAA-TGCATTATTTAATAAAT-TGGAATATTAAAAATAAAAAA
* * * *
18472346 AATTTAAT-TTAATTTAATTAATTTGTTAACACATAATTTAATTAGTTTTATGC
64 AATATAATATTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGC
18472399 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAAA
1 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAAA
18472464 TATAATATT-ATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGC
66 TATAATATTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGC
**
18472515 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAGCTGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAATA
1 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAAT----AA-A
*
18472580 TTAAAAATAAATAAAATTTAATTTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTATTTTTAT
61 --AAAAAT--AT--AA--T-ATT-AATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTTTTAT
18472645 GC
116 GC
*
18472647 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAA
1 ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAA
18472710 TATTCAAACT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 14, Indels: 31
0.86 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
113 5 0.02
114 40 0.14
115 4 0.01
116 105 0.38
117 2 0.01
120 2 0.01
121 1 0.00
123 6 0.02
125 5 0.02
127 3 0.01
128 2 0.01
129 1 0.00
130 3 0.01
132 97 0.35
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (117 bp):
ATTTAATTATTTTTATTTTAACAAATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAAAAAAAA
TATAATATTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTTTTATGC
Found at i:18472579 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18472560--18472590 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
18472550 AATAAATTGG
18472560 AATATTAAAAATAAAA
1 AATATTAAAAATAAAA
18472576 AATATTAAAAATAAA
1 AATATTAAAAATAAA
18472591 TAAAATTTAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
AATATTAAAAATAAAA
Found at i:18472590 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 18472444--18472713 Score: 488
Period size: 132 Copynumber: 2.0 Consensus size: 132
18472434 AATAAATTGG
18472444 AATATTAAAAATAAAAAAAATATAATATT-ATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGT
1 AATATTAAAAATAAAAAAAATATAAT-TTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGT
*
18472508 TTTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGCTGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATA
65 TTTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATA
18472573 AAA
130 AAA
* * *
18472576 AATATTAAAAATAAATAAAATTTAATTTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTATTT
1 AATATTAAAAATAAAAAAAATATAATTTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTT
18472641 TTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAA
66 TTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAA
18472706 AA
131 AA
18472708 AATATT
1 AATATT
18472714 CAAACTTTAC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 4, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
131 2 0.02
132 131 0.98
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (132 bp):
AATATTAAAAATAAAAAAAATATAATTTAATTTAATTAATTTGTAAATATATAATTTAATTAGTT
TTATGCATTTAATTATTTTTATTTTAACAGATGCATTATTTAATAAATTGGAATATTAAAAATAA
AA
Found at i:18473606 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 18473591--18473617 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
18473581 ACTTAACAGA
18473591 AACCAAAACATG
1 AACCAAAACATG
18473603 AACCAAAACATG
1 AACCAAAACATG
18473615 AAC
1 AAC
18473618 TTAACAGAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.26, G:0.07, T:0.07
Consensus pattern (12 bp):
AACCAAAACATG
Found at i:18473623 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18473597--18473708 Score: 102
Period size: 23 Copynumber: 4.9 Consensus size: 22
18473587 CAGAAACCAA
18473597 AACATGAACCAAAACATGAACTT
1 AACA-GAACCAAAACATGAACTT
* * * *
18473620 AACAGAAACATGAACAT-TA-TA
1 AACAGAACCA-AAACATGAACTT
*
18473641 ACACATAAACCAAAACATGAACTT
1 A-ACA-GAACCAAAACATGAACTT
*
18473665 AATAGAAACCAAAACATGAACTT
1 AACAG-AACCAAAACATGAACTT
18473688 AACAGAAACCAAAACATGAAC
1 AACAG-AACCAAAACATGAAC
18473709 ATTATAACAC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 12, Indels: 12
0.75 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.03
22 14 0.20
23 53 0.75
24 2 0.03
ACGTcount: A:0.56, C:0.21, G:0.08, T:0.15
Consensus pattern (22 bp):
AACAGAACCAAAACATGAACTT
Found at i:18473681 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 18473596--18473708 Score: 133
Period size: 45 Copynumber: 2.5 Consensus size: 46
18473586 ACAGAAACCA
* * *
18473596 AAACATGAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACATGAACAT-TA-T
1 AAACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACATAAACATGAACT
*
18473640 AACACATAAACCAAAACATGAACTTAATAGAAACCA-AAACATGAACT
1 AA-ACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAA-CATAAACATGAACT
* *
18473687 TAACAGAAACCAAAACATGAAC
1 AAACATAAACCAAAACATGAAC
18473709 ATTATAACAC
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 6
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.03
45 33 0.56
46 22 0.37
47 2 0.03
ACGTcount: A:0.57, C:0.20, G:0.08, T:0.15
Consensus pattern (46 bp):
AAACATAAACCAAAACATGAACTTAACAGAAACATAAACATGAACT
Found at i:18475812 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18475787--18475837 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
18475777 TAATTAATCC
18475787 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
* * *
18475809 ATATTTT-GAAGTTTAATAATA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
18475830 A-ATTTTAA
1 ATATTTTAA
18475838 TTTTTTTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 3
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.21
21 12 0.50
22 7 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
ATATTTTAAAAGTTCAATAAAA
Found at i:18475826 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18475787--18475832 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
18475777 TAATTAATCC
18475787 ATATTTTAAAAGTTCAATAA-AA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
* *
18475809 ATATTTT-GAAGTTTAATAATAA
1 ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
18475831 AT
1 AT
18475833 TTTAATTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.48
22 11 0.52
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
ATATTTTAAAAGTTCAATAATAA
Found at i:18476299 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18476262--18476354 Score: 84
Period size: 32 Copynumber: 2.8 Consensus size: 32
18476252 TTTATATGGT
* *
18476262 ATTATACTATATATTTAAAT-TTATGTAATATAA
1 ATTATA-TATATATTTAAATATAATATAATAT-A
*
18476295 ATTATATA-ATATATAAATATAATATAATATA
1 ATTATATATATATTTAAATATAATATAATATA
18476326 A-TATAATATATATTATAAAAATATAATAT
1 ATTAT-ATATATATT-T--AAATATAATAT
18476355 GGATCAAAGT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 10
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.06
31 14 0.28
32 15 0.30
33 7 0.14
35 11 0.22
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (32 bp):
ATTATATATATATTTAAATATAATATAATATA
Found at i:18476318 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 18476287--18476354 Score: 74
Period size: 5 Copynumber: 14.2 Consensus size: 5
18476277 TAAATTTATG
*
18476287 TAATA TAA-A TTATA TAATA T-ATA -AATA TAATA TAATA TAATA TAATA
1 TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA TAATA
18476334 TATATTA TAA-A -AATA TAATA T
1 TA-A-TA TAATA TAATA TAATA T
18476355 GGATCAAAGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 2, Indels: 14
0.77 0.03 0.20
Matches are distributed among these distances:
3 2 0.04
4 11 0.20
5 35 0.65
6 2 0.04
7 4 0.07
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (5 bp):
TAATA
Found at i:18476690 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18476654--18476714 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
18476644 TTTTATATTT
* *
18476654 TAAATTTATCAATTTTTATTTATGTACTTTA
1 TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTTA
* *
18476685 TAAATTGGTCAATTTTAATTTTTGTACTTT
1 TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTT
18476715 TCAAAATTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (31 bp):
TAAATTGATCAATTTTAATTTATGTACTTTA
Found at i:18478316 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18478281--18478321 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
18478271 GAAAATTTGC
*
18478281 ATTTTTTGTCCCTTTCATAT
1 ATTTTTGGTCCC-TTCATAT
18478301 ATTTTTGGTCCC-TCATAT
1 ATTTTTGGTCCCTTCATAT
18478319 ATT
1 ATT
18478322 AAAATTTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.45
20 11 0.55
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGGTCCCTTCATAT
Found at i:18478630 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 18478620--18478655 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
18478610 ACACACACAC
*
18478620 AG AG GG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
18478656 TATAAATATC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.53, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:18480167 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18480148--18480180 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
18480138 GAAAAGCAAC
18480148 TAACAACAA-AATAAAT
1 TAACAACAACAATAAAT
*
18480164 TAACAAGAACAATAAAT
1 TAACAACAACAATAAAT
18480181 GAGATTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.67, C:0.12, G:0.03, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
TAACAACAACAATAAAT
Found at i:18487901 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18487872--18487924 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
18487862 TTTCTAGTTA
*
18487872 TTTTATTTTATTT-TATTGTGAGACAT
1 TTTTATGTTATTTCTATTGTGA-ACAT
*
18487898 TTTTATGTTATTTCTATTTTGAACAT
1 TTTTATGTTATTTCTATTGTGAACAT
18487924 T
1 T
18487925 GCTATTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.71
27 7 0.29
ACGTcount: A:0.23, C:0.06, G:0.09, T:0.62
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATGTTATTTCTATTGTGAACAT
Found at i:18493586 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18493556--18493600 Score: 81
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
18493546 TAGAGATAAA
*
18493556 ATCATGTGCTTTATTTATATCT
1 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
18493578 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
1 ATCACGTGCTTTATTTATATCT
18493600 A
1 A
18493601 GAATGTTTCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
ATCACGTGCTTTATTTATATCT
Found at i:18497872 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18497849--18497895 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
18497839 TTATTATTAA
18497849 ATATAATTTAATAAAAAT
1 ATATAATTTAATAAAAAT
*
18497867 ATATAATTTAATAAAATT
1 ATATAATTTAATAAAAAT
18497885 AT-TAATATTAA
1 ATATAAT-TTAA
18497896 ATATTCTTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.15
18 23 0.85
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATATAATTTAATAAAAAT
Found at i:18497960 original size:121 final size:122
Alignment explanation
Indices: 18497827--18498060 Score: 443
Period size: 121 Copynumber: 1.9 Consensus size: 122
18497817 ATTTAATCAT
18497827 ATTTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATA
1 ATTTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATA
*
18497892 TTAAATATTC-TTATATGAATTTATTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATA
66 TTAAATATTCTTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATA
*
18497948 ATTTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTCTTAATA
1 ATTTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATA
18498013 TTAAATATTCTTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTA
66 TTAAATATTCTTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTA
18498061 CAATACCAAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
121 74 0.67
122 36 0.33
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (122 bp):
ATTTTAACATAATTATTATTAAATATAATTTAATAAAAATATATAATTTAATAAAATTATTAATA
TTAAATATTCTTTATATGAATTTACTAAAATCATAATATATAATACTATAAAATATA
Found at i:18498175 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18498156--18498188 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
18498146 CTTTATTATT
*
18498156 AAAATTCAAAAA-TA
1 AAAATTAAAAAACTA
18498170 AAAATTAAAAAACTA
1 AAAATTAAAAAACTA
18498185 AAAA
1 AAAA
18498189 ATTTGAACAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.65
15 6 0.35
ACGTcount: A:0.76, C:0.06, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (15 bp):
AAAATTAAAAAACTA
Found at i:18499945 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 18499854--18499957 Score: 154
Period size: 49 Copynumber: 2.1 Consensus size: 49
18499844 AGAAAAAAAC
* ** * *
18499854 AAATTAAAATTAAGTTTAATATCATGAATCAAAAGGGGAACACTTTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
*
18499903 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACTCAACACTGTATA
1 AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
18499952 AAATTA
1 AAATTA
18499958 TAACACATGA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 49 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (49 bp):
AAATTAAAATTAAGTTCAATATCATGAATCAAAAACGCAACACTGTATA
Found at i:18502655 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 18502631--18502675 Score: 63
Period size: 9 Copynumber: 4.8 Consensus size: 9
18502621 GAATGCAAGC
18502631 TTTATTATATA
1 TTTATTA-A-A
18502642 TTTATTAAA
1 TTTATTAAA
18502651 TTTATTAAA
1 TTTATTAAA
*
18502660 TTTATTATA
1 TTTATTAAA
18502669 TTTATTA
1 TTTATTA
18502676 TGTATGTAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
9 25 0.76
10 1 0.03
11 7 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (9 bp):
TTTATTAAA
Found at i:18503432 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 18503403--18503440 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.0 Consensus size: 13
18503393 ATGTACATTT
18503403 TTCAATTATAACA
1 TTCAATTATAACA
18503416 TTCAATT-TAAC-
1 TTCAATTATAACA
18503427 TATCAATTATAACA
1 T-TCAATTATAACA
18503441 AGTCTTGTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 5
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.05
12 10 0.45
13 11 0.50
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (13 bp):
TTCAATTATAACA
Found at i:18504105 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18504063--18504105 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
18504053 CCAGTATTAC
*
18504063 AATTGAAAAAAATAAGGTAA
1 AATTGAAAAAAATAAGCTAA
18504083 AATTGAAAAAACATGAAGCTAA
1 AATTGAAAAAA-AT-AAGCTAA
18504105 A
1 A
18504106 GATCTATTGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.55
21 2 0.10
22 7 0.35
ACGTcount: A:0.63, C:0.05, G:0.14, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
AATTGAAAAAAATAAGCTAA
Found at i:18506261 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18506215--18506266 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
18506205 TTAATTTAGC
* *
18506215 CATTTTATATTTTAATTTTTT
1 CATTTT-TAATTTAATTTTTA
**
18506236 TGTTTTTAATTTAATTTTTA
1 CATTTTTAATTTAATTTTTA
18506256 CA-TTTTAATTT
1 CATTTTTAATTT
18506267 TTCTTTTGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 2
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.36
20 12 0.48
21 4 0.16
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.02, T:0.69
Consensus pattern (20 bp):
CATTTTTAATTTAATTTTTA
Found at i:18509233 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18509209--18509254 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
18509199 AAAACATGGC
* *
18509209 CGTGTGGCCATTCCACATGCT
1 CGTGTGGCCATTACACACGCT
18509230 CGTGTGGCCATTACACACGCT
1 CGTGTGGCCATTACACACGCT
18509251 CGTG
1 CGTG
18509255 CCCCTAGACC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.33, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
CGTGTGGCCATTACACACGCT
Found at i:18512731 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18512675--18512844 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 8.1 Consensus size: 21
18512665 CGAAGGCTGC
* * * *
18512675 ACAGAAGCACATAAGTGCTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* * *
18512696 ACAGAAAC-CTGTAAGGGTTGA
1 ACAGAAACTC-ATAAGAGTTAA
* *
18512717 ACAGAAGCTCATAAGAACTT-A
1 ACAGAAACTCATAAG-AGTTAA
* * * *
18512738 ACAAAAACCCATAAGGGTTGA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* * *
18512759 ATAGAAGCTCA-ATAGAGCTAA
1 ACAGAAACTCATA-AGAGTTAA
* * *
18512780 ACGGAAACCCATAAGGGTTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
*
18512801 ACAGAAACTCATATGAGTTAA
1 ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
* *
18512822 ACA-AAAGCTCATGAGAGCTAA
1 ACAGAAA-CTCATAAGAGTTAA
18512843 AC
1 AC
18512845 TAAAAGTAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 34, Indels: 14
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.06
21 97 0.90
22 4 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.18, G:0.19, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
ACAGAAACTCATAAGAGTTAA
Found at i:18512746 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 18512675--18512824 Score: 167
Period size: 42 Copynumber: 3.6 Consensus size: 42
18512665 CGAAGGCTGC
* * **
18512675 ACAGAAGCACATAAGTGCTAAACAGAAACCTGTAAGGGTTGA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
18512717 ACAGAAGCTCATAAGAACTTAACAAAAACCCATAAGGGTTGA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
18512759 ATAGAAGCTCA-ATAGAGCTAAACGGAAACCCATAAGGGTTAA
1 ACAGAAGCTCATA-AGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
* * *
18512801 ACAGAAACTCATATGAGTTAAACA
1 ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACA
18512825 AAAGCTCATG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 18, Indels: 4
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 86 0.98
43 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.19, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
ACAGAAGCTCATAAGAGCTAAACAGAAACCCATAAGGGTTGA
Found at i:18512931 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 18512904--18512968 Score: 94
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
18512894 GGGTAATTTG
18512904 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
1 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
* *
18512928 CCGTCAATTCATCCTTTGCATTTA
1 CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
**
18512952 CTATCAATTCATCCTTT
1 CCGTCAATTCATCCTTT
18512969 TCCATAGAAC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 37 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.29, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (24 bp):
CCGTCAATTCATCCTTTACATATA
Found at i:18518590 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 18518577--18518601 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
18518567 CATTTACAAA
18518577 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
18518585 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
18518593 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
18518601 A
1 A
18518602 TACAAAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAAAT
Found at i:18530862 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 18530784--18530864 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.9 Consensus size: 29
18530774 TATAACATTT
*
18530784 AATAAATTTAGATACCAAATT-GAACCAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
* *
18530812 AA-AAAATTAAATACCAAATTAGACCCAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
* *
18530840 AATAGATTTAAATACCAATTTAGAA
1 AATAAATTTAAATACCAAATTAGAA
18530865 AAAAGTATTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 3
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 16 0.36
28 10 0.23
29 18 0.41
ACGTcount: A:0.56, C:0.14, G:0.06, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
AATAAATTTAAATACCAAATTAGAACCAA
Found at i:18536105 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18536074--18536131 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
18536064 TAATTAATTA
**
18536074 ATTTTTAAAAAATAT
1 ATTTTTAAAATTTAT
18536089 ATTTTTATAAATTTAT
1 ATTTTTA-AAATTTAT
* *
18536105 ACTTTTAATAATTTTT
1 ATTTTTAA-AATTTAT
18536121 AATTTTTAAAA
1 -ATTTTTAAAA
18536132 ATATTTTTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 5
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.23
16 20 0.57
17 7 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
ATTTTTAAAATTTAT
Found at i:18536154 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18536107--18536157 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
18536097 AAATTTATAC
*
18536107 TTTTAATA-ATTTTTAATTT
1 TTTTAATATTTTTTTAATTT
**
18536126 TTAAAAATATTTTTTTAATTT
1 TT-TTAATATTTTTTTAATTT
18536147 TTTTAATATTT
1 TTTTAATATTT
18536158 AAAAAATTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.08
20 11 0.44
21 12 0.48
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAATATTTTTTTAATTT
Found at i:18537862 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18537832--18537865 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
18537822 TAACAAACAA
18537832 ATATGAATATCATAGAT
1 ATATGAATATCATAGAT
*
18537849 ATAT-AATATGATAGAT
1 ATATGAATATCATAGAT
18537865 A
1 A
18537866 GTCATTTCCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.75
17 4 0.25
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATATGAATATCATAGAT
Found at i:18540301 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18540277--18540317 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
18540267 ACTTAAATGG
*
18540277 TTAATTAACATAATTAACC
1 TTAATTAACATAATAAACC
* *
18540296 TTAATTTACTTAATAAACC
1 TTAATTAACATAATAAACC
18540315 TTA
1 TTA
18540318 TTATTAAATC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTAACATAATAAACC
Found at i:18541792 original size:57 final size:58
Alignment explanation
Indices: 18541686--18541799 Score: 153
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 58
18541676 GAAAATGGCC
* *
18541686 GAGAAATGAGAAATATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAATATGAAAATGAAAAAG
1 GAGAAATGAGAAACATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAAG
* *
18541744 GAGAAATG-GAAACATTTGTAAATG-AATGTGG-TCTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAA
1 GAGAAATGAGAAACA-TTGGAAATGAAATATGGAT-TTCTCCAAAATGAAAATGAAAAA
18541800 TGACCTGGAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 5
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 1 0.02
57 33 0.66
58 16 0.32
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (58 bp):
GAGAAATGAGAAACATTGGAAATGAAATATGGATTTCTCCAAAATGAAAATGAAAAAG
Found at i:18544043 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18544005--18544054 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
18543995 TGTAATTCAG
**
18544005 AATATTATAAAAATTGTAA
1 AATATTATAAAAATTACAA
18544024 AATATTAT-AAAATTACAA
1 AATATTATAAAAATTACAA
*
18544042 AATAATA-AAAAAT
1 AATATTATAAAAAT
18544055 ACTAACAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.70
19 8 0.30
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.02, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AATATTATAAAAATTACAA
Done.