Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: D04
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Warning! 1600000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 185 of 185
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56496157 TTTAACTTCA
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1 AAATTTAAATTTAATATCC
* * *
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AAATTTAAATTTAATATCC
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56505056 ACTAATTTTG
* *
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1 ATATTTAAATTTACCAAGTA
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1 AT
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ATATTTAAATTTACCAAGTA
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56505210 CGACTTTTTG
*
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1 CATTAAATA-T-ATTTAAAATTAA
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1 CATTAAATATATTTAAAATTAA
56505266 TTTTTGTCCA
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CATTAAATATATTTAAAATTAA
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56508815 TAAATTTAAT
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1 TATAAAAAATAGTAAA
*
56508841 TATAAAAAATATTAAA
1 TATAAAAAATAGTAAA
56508857 T
1 T
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TATAAAAAATAGTAAA
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56544568 GAATTTTAAA
*
56544578 AAAATAATT-AAAAGGTATAATTAAAAATTTTC-
1 AAAAT-ATTGAAAAGATATAATT-AAAATTTTCT
* *
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1 AAAA
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AAAATATTGAAAAGATATAATTAAAATTTTCT
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56544595 TAATTAAAAA
* * * * *
56544605 TTTTCAAAATTTTGAAAAGATCTAATTAAAATTTTCTAAAAGCTTCAGAAAAAAAATGAT
1 TTTTCAAAATTTTGAAAAGACCTAAATAAAAATTTCTAAAAACTTCAAAAAAAAAATGAT
* * *
56544665 TTTTTAAAATTTTGGAAA-ACCTAAATAAAAATTTCTAAAAATTTCAAAAAAAAAAT
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56544721 CAAAATTTCC
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TTTTCAAAATTTTGAAAAGACCTAAATAAAAATTTCTAAAAACTTCAAAAAAAAAATGAT
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56544974 ATACAATGCT
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1 TTCTCACGTTCAAAAATTCTC
56545027 AAGATAATCC
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TTCTCACGTTCAAAAATTCTCC
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56545063 AGCAAGTATC
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1 GTACACAAACTAATTATTGAA
*
56545115 GTAGCACCAACT
1 GTA-CACAAACT
56545127 TCATGCGAGA
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GTACACAAACTAATTATTGAA
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56550235 TTAAAATGAT
*
56550245 AAAATTTATAAAA
1 AAAAATTATAAAA
56550258 AAAAATTATAAAA
1 AAAAATTATAAAA
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1 AAAAA
56550276 GAGTAGCAAA
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AAAAATTATAAAA
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56558051 AAAATTTAGA
*
56558061 ATTTATTAACATAATATATTTGTT
1 ATTTATTAACATAATATATTTATT
* *
56558085 ATTTATTAGCAT-ATAATCTTTATT
1 ATTTATTAACATAAT-ATATTTATT
56558109 ATTT
1 ATTT
56558113 CTTTCCATAG
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56560061 AACCTATGTC
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1 GAAGGGGAGTTAT
56560084 GAAGGGGAGTTAT
1 GAAGGGGAGTTAT
56560097 GAA
1 GAA
56560100 TACAACAAAA
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GAAGGGGAGTTAT
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56561554 TGTTGATTTA
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1 CATTTTTGAATTAC
56561578 CATTTTTGAATTAC
1 CATTTTTGAATTAC
*
56561592 CATTCTTGAAT
1 CATTTTTGAAT
56561603 CCCCTACAAT
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CATTTTTGAATTAC
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56566971 AAACCCCAAA
*
56566981 TTTTCTTTCTTTCCTTCCCT-TTTTCT
1 TTTTCTTTCTTTCCTCCCCTGTTTTCT
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1 TTTTCTTT-CTTTCCTCCCCTGTTTTC
56567033 GTTTGCCTAT
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TTTTCTTTCTTTCCTCCCCTGTTTTCT
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56569064 ATTCTAGGAC
* *
56569074 ATCCCGGCTTGGGAT
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*
56569089 ATCCCTCCATAGGGAT
1 ATCCCGCC-TAGGGAT
*
56569105 ATCCCGGCCTAGGTAT
1 ATCCC-GCCTAGGGAT
*
56569121 ATCCCGCTCTTGGGAT
1 ATCCCGC-CTAGGGAT
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1 ATCC
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ATCCCGCCTAGGGAT
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56569210 AAAAACACAT
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1 AAAACAAGCTCAAAAAC
* *
56569237 AAAACAGGCTCAAAGA-
1 AAAACAAGCTCAAAAAC
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1 AAAACAA
56569260 AAGCTTAGAA
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AAAACAAGCTCAAAAAC
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56569625 ATCATTAATC
*
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1 AAATATTGTAATAATAATTT
* *
56569654 AAAAATTATAAATAATAAATTT
1 AAATATTGT-AATAAT-AATTT
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1 AAATATTGTAATAA
56569690 ATTCAGCGTA
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AAATATTGTAATAATAATTT
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56570996 GTGTGTGCGT
56571006 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA G
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA G
56571045 CATATGAAGT
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GA
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56572349 GTTGCCTGCC
56572359 AAATATATAA
1 AAATATATAA
*
56572369 AAAAATATTAA
1 AAATATA-TAA
56572380 AAATATATAA
1 AAATATATAA
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1 AAAT
56572394 CATAGAAATT
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10 13 0.59
11 9 0.41
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AAATATATAA
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56573915 CGAAAATATT
56573925 AAATAT-ATA-TTTTTTATTTTTA
1 AAATATAATAGTTTTTTATTTTTA
56573947 AAATATAATAGTTTTTTATTTT
1 AAATATAATAGTTTTTTATTTT
56573969 AAGTTTATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
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22 6 0.30
23 3 0.15
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ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.61
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AAATATAATAGTTTTTTATTTTTA
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56574025 TCAAGTTTGT
*
56574035 TTTACTAATCAAATGTTAGATTTTGTTACAA
1 TTTACTAATCAAATGTTAGA-TTTGATACAA
* * * **
56574066 -TAATTAATACAATTAATA-ATTTGATA-AA
1 TTTACTAAT-CAAATGTTAGATTTGATACAA
56574094 TTTACTAATCAAATGTTAGATTT
1 TTTACTAATCAAATGTTAGATTT
56574117 TATTACAACA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 11, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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56574146 AATAATTTGA
*
56574156 TAATTTTACTAACAAT
1 TAATTTTAATAACAAT
56574172 TAATTTTAATAACAAT
1 TAATTTTAATAACAAT
*
56574188 TAGTTTTAAT
1 TAATTTTAAT
56574198 TTTATTAAAA
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Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
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16 24 1.00
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TAATTTTAATAACAAT
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Indices: 56574171--56574226 Score: 69
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56574161 TTACTAACAA
* * *
56574171 TTAATTTTAAT-AACAATTAGTT
1 TTAATTTTAATAAAAAAATAATT
*
56574193 TTAATTTTATTAAAAAAATAATT
1 TTAATTTTAATAAAAAAATAATT
56574216 TTAATTTTAAT
1 TTAATTTTAAT
56574227 TTTAATTAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.36
23 18 0.64
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.52
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TTAATTTTAATAAAAAAATAATT
Found at i:56578602 original size:229 final size:229
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Indices: 56578184--56578707 Score: 725
Period size: 229 Copynumber: 2.3 Consensus size: 229
56578174 TAGCAGAATA
*
56578184 ATTTTTGTAATATCCGCTGAGCAGAATACTTTTCCTCTCTGTTTTTAGTTGATATATTCTTCTTT
1 ATTTTTGTAATATTCGCTGAGCAGAATACTTTTCCTCTCTGTTTTTAGTTGATATATTCTTCTTT
* **
56578249 TCTTGTTTTTGCTTAGCAGAGTAATTTTGGGGTTTGGTGTTTTTGAGCCTGAATCACGATTAGAT
66 TCTTGTTTTTGCTTAGCAGAATAATTTTGGGGTTTGGTGTTTTTGAGCCCAAATCACGATTAGAT
* * * *
56578314 TTTGGCTTTTCATTTATATTTTTGTCATTATAGTTACTTTTCCAATTAACATGACACTAGTT-CT
131 TTCGGCTTATCATTTATATTTTTGTCATTATAATTACTTTTCCAAATAACATGACACTAGTTCCT
*
56578378 ATTGCTCCCA-ACACTGAAGAAAATATCTATATTAAG
196 -TTGCTCCCAGA-ACTCAAGAAAATATCTATA-TAAG
* *
56578414 ATTTTT-TAATATTCGCTGAGCAGAATAATTTTCCTCTCTGTTTTTAGTTAATATATTCTTCTTT
1 ATTTTTGTAATATTCGCTGAGCAGAATACTTTTCCTCTCTGTTTTTAGTTGATATATTCTTCTTT
* * * * *
56578478 TCTTGTTTTTGCTTAGTAGAATAATTTTGTGGTTTGGTTTTTTTGGGCCCAAATCACGCTTAGAT
66 TCTTGTTTTTGCTTAGCAGAATAATTTTGGGGTTTGGTGTTTTTGAGCCCAAATCACGATTAGAT
*
56578543 TTCGGCTTATCATTTATATTTTTGTCATTATAATT-CATTTTCCAAATAACATTACACTAGTTCC
131 TTCGGCTTATCATTTATATTTTTGTCATTATAATTAC-TTTTCCAAATAACATGACACTAGTTCC
* * * * * *
56578607 TTTGCTCTCAGAACTCAGGATAGTATCTTTATAAT
195 TTTGCTCCCAGAACTCAAGAAAATATCTATATAAG
* * * *
56578642 ATTTTTGTAAT-TTCTGCTTAGCAGAATACTATTCCTCTCTGTTTTTAGTTGACATATGCTTCTT
1 ATTTTTGTAATATTC-GCTGAGCAGAATACTTTTCCTCTCTGTTTTTAGTTGATATATTCTTCTT
56578706 TT
65 TT
56578708 TGCTAATATG
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 29, Indels: 11
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
228 13 0.05
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1 AT
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1 TAATATTATGCAAT
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1 TAATAT
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*
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*
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*
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1 TTAGGGT
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1 TT
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* *
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*
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*
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56588710 TAGGGTTTTA
* * * *
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* * *
56588770 GGTTGGG GGTTGG GGTTGG GGTTCG GTTTGG GGTTAGG GGTTAG GGTT
1 GGTT-GG GGTTGG GGTTGG GGTTGG GGTTGG GGTT-GG GGTTGG GGTT
56588818 AAGGTTACGG
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GGTTGG
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* *
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**
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* *
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* *
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* *
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*
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56588845 AGGGTTCAGG
56588855 TTAGGGCTTGGGGTT
1 TTAGGGCTT-GGGTT
56588870 TTAGGGCTTGGTGTT
1 TTAGGGCTTGG-GTT
56588885 TTA------GGG-T
1 TTAGGGCTTGGGTT
56588892 TTAGGGCTTGGG-T
1 TTAGGGCTTGGGTT
56588905 TTAGGGCTTGGGTT
1 TTAGGGCTTGGGTT
56588919 TTAGGGCTTGGGGTT
1 TTAGGGCTT-GGGTT
*
56588934 TTAGGGTTTGGG-T
1 TTAGGGCTTGGGTT
* *
56588947 TT-GGGGTTGGGGT
1 TTAGGGCTTGGGTT
*
56588960 TTAGGG-TTGGGGCT
1 TTAGGGCTT-GGGTT
56588974 TT-GGGCTTGGG
1 TTAGGGCTTGGG
56588985 GCTTGGGGTT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 3, Indels: 28
0.76 0.02 0.22
Matches are distributed among these distances:
7 4 0.04
8 1 0.01
9 2 0.02
12 8 0.08
13 30 0.30
14 26 0.26
15 28 0.28
ACGTcount: A:0.06, C:0.05, G:0.48, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TTAGGGCTTGGGTT
Found at i:56591938 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 56591932--56591974 Score: 50
Period size: 1 Copynumber: 43.0 Consensus size: 1
56591922 TAGGGTTTAG
*** *
56591932 TTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
56591975 AGGGTTTAGG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 38 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.00, G:0.07, T:0.91
Consensus pattern (1 bp):
T
Done.