genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  90  of  185  ( 22116 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28254931--28255217	68	4.2	68	86	1	344	26	22	14	36	1.93
28255560--28255727	68	2.5	68	84	1	212	26	23	13	36	1.92
28255026--28256058	519	2.0	519	95	0	1850	28	25	11	33	1.92
28260041--28260069	13	2.2	13	100	0	58	27	6	6	58	1.50
28261566--28261600	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
28261593--28261691	47	2.1	47	100	0	198	34	10	18	37	1.84
28262066--28262090	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
28262986--28263022	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28263347--28263480	18	6.9	18	70	22	85	57	1	1	39	1.17
28263398--28263453	15	4.0	15	73	17	57	55	0	1	42	1.10
28263408--28263586	26	7.3	25	67	22	85	53	3	1	41	1.26
28263406--28263601	59	3.3	59	71	14	204	54	3	1	41	1.25
28263381--28263623	120	2.0	120	97	0	459	51	4	2	42	1.32
28267560--28267602	9	4.8	9	97	0	77	44	18	11	25	1.84
28267978--28268016	20	2.0	20	90	5	62	23	30	0	46	1.53
28267979--28268024	20	2.3	20	85	7	58	21	36	0	41	1.54
28268629--28268654	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
28271760--28271802	21	2.0	21	81	0	50	13	2	11	72	1.22
28271767--28271816	21	2.5	20	78	15	57	16	2	6	76	1.08
28271767--28271824	20	2.9	19	78	14	62	17	1	5	75	1.06
28272096--28272127	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
28277986--28278029	22	2.0	22	87	12	65	38	4	9	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28281559--28281723	43	3.9	42	73	9	145	25	19	26	28	1.99
28290798--28290850	25	2.2	24	83	6	63	35	9	11	43	1.73
28293573--28293711	50	2.8	50	82	0	170	23	28	20	27	1.99
28297615--28297668	25	2.3	23	78	15	56	37	9	11	42	1.73
28309294--28309319	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
28310338--28310374	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28313747--28313778	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28314719--28314968	43	5.8	43	88	0	331	26	33	19	20	1.97
28314719--28314968	129	1.9	129	87	0	365	26	33	19	20	1.97
28315164--28315202	19	2.1	19	95	0	69	58	2	10	28	1.44
28320757--28321273	9	61.7	9	65	19	201	33	1	20	45	1.58
28320759--28321277	16	34.1	16	65	21	153	32	1	19	46	1.58
28320757--28320890	25	5.4	25	73	10	105	32	0	22	44	1.53
28320753--28321271	41	12.9	40	71	15	254	33	1	20	45	1.59
28320775--28321277	25	20.7	25	70	15	178	33	1	19	45	1.58
28320947--28321096	30	4.8	30	69	23	121	33	0	20	46	1.56
28321209--28321274	34	1.9	34	90	0	105	31	1	18	48	1.57
28321272--28321300	12	2.4	12	100	0	58	41	0	0	58	0.98
28321408--28321686	17	16.5	17	67	21	110	43	1	11	43	1.50
28321365--28321817	35	12.2	38	73	15	324	43	1	11	43	1.52
28321509--28321563	13	4.2	13	73	13	58	45	0	10	43	1.39
28321365--28321825	114	4.1	114	85	8	644	43	1	11	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28321531--28321860	104	3.1	104	84	10	491	43	1	11	43	1.50
28321393--28321860	218	2.1	218	98	0	900	42	1	11	43	1.51
28321718--28321781	13	4.8	13	78	17	69	40	1	14	43	1.54
28321751--28321800	18	2.9	17	79	5	64	38	2	14	46	1.56
28321634--28321858	114	2.0	114	87	3	328	42	1	11	44	1.51
28323043--28323084	16	2.5	17	84	3	50	2	26	2	69	1.13
28323122--28323822	336	2.1	335	91	2	1129	35	19	16	27	1.94
28328103--28328163	22	2.8	22	79	0	77	39	31	0	29	1.57
28328103--28328156	15	3.7	15	80	9	58	38	31	0	29	1.57
28328400--28328433	15	2.4	14	85	9	50	44	29	0	26	1.55
28328547--28328743	41	4.8	41	88	5	265	30	24	22	22	1.99
28328784--28328878	39	2.4	39	86	6	122	22	17	21	38	1.93
28348566--28348596	15	2.1	15	93	0	53	22	29	19	29	1.98
28353055--28353081	12	2.2	12	100	0	54	0	62	0	37	0.95
28353143--28353204	25	2.4	27	76	17	69	4	35	3	56	1.37
28353697--28353722	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
28357106--28357158	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
28364553--28364599	18	2.6	18	83	6	60	10	0	14	74	1.07
28366139--28366163	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
28367978--28368021	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
28368066--28368159	45	2.1	45	89	0	143	30	22	19	27	1.98
28368180--28368349	51	3.4	50	81	5	209	32	29	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28369627--28369674	22	2.2	22	100	0	96	16	4	16	62	1.48
28369742--28369770	10	2.7	11	89	10	51	17	0	10	72	1.11
28375968--28376007	21	2.0	20	85	5	53	30	2	10	57	1.45
28377797--28377827	11	2.8	11	100	0	62	19	29	25	25	1.99
28396479--28396523	21	2.1	22	83	4	56	40	6	0	53	1.27
28397324--28397935	317	1.9	317	98	0	1197	33	9	16	39	1.82
28398943--28398998	25	2.2	25	100	0	112	10	46	21	21	1.81
28399893--28399986	35	2.6	36	89	1	145	23	17	15	43	1.87
28399899--28399986	36	2.5	35	90	1	140	23	18	17	40	1.90
28403071--28403112	21	2.0	21	85	4	57	30	2	16	50	1.58
28408858--28408909	20	2.6	20	87	6	79	48	0	0	51	1.00
28419721--28419772	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
28422367--28422980	137	4.6	137	79	4	592	30	23	19	25	1.98
28422575--28422784	68	3.1	67	70	9	181	30	25	19	24	1.98
28438447--28438504	22	2.6	22	80	0	71	36	18	12	32	1.88
28438945--28439047	5	20.4	5	91	5	136	56	1	0	41	1.10
28439282--28439505	112	2.0	110	87	5	317	48	6	12	32	1.67
28439632--28439677	14	3.4	13	82	11	56	34	4	2	58	1.30
28448847--28448898	24	2.2	24	89	0	77	51	5	3	38	1.44
28461436--28461469	13	2.6	13	95	0	59	14	35	23	26	1.94
28464885--28464922	20	1.9	20	100	0	76	36	0	0	63	0.95
28479719--28480445	44	16.5	45	77	4	566	29	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28479722--28480445	133	5.5	133	91	0	1128	29	16	24	29	1.96
28480479--28480595	44	2.7	44	93	0	198	30	20	20	28	1.98
28482734--28482764	15	2.1	15	93	0	53	22	12	16	48	1.80
28484969--28485054	41	2.1	42	88	2	129	52	6	19	20	1.69
28503839--28504125	140	2.0	141	88	6	422	57	4	6	30	1.46
28503875--28504130	140	1.8	139	95	4	471	57	5	5	32	1.44
28503878--28504165	140	2.1	141	90	5	460	57	4	5	32	1.41
28504187--28504230	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
28504688--28504767	22	3.7	21	74	15	56	40	16	5	38	1.70
28504725--28504772	21	2.4	20	93	6	80	37	14	10	37	1.81
28504759--28504784	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
28505573--28505782	44	4.8	44	83	3	262	30	25	17	26	1.97
28510552--28510799	88	2.8	88	88	0	370	18	23	27	29	1.98
28510877--28511423	44	12.3	43	75	10	453	29	27	15	27	1.96
28510881--28511423	132	4.1	133	91	2	860	29	27	15	27	1.96
28510878--28511423	267	2.1	265	92	1	896	29	27	15	27	1.96
28513018--28513057	16	2.5	16	95	0	71	7	20	12	60	1.56
28516613--28516690	28	2.8	28	82	5	77	56	5	3	34	1.40
28516729--28516778	24	2.1	24	85	7	66	64	0	8	28	1.22
28516854--28516897	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
28517026--28517061	3	12.0	3	87	0	54	63	2	2	30	1.22
28517364--28517421	22	2.7	21	76	10	53	41	15	5	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28517413--28517438	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
28520186--28520359	48	3.6	48	88	0	186	21	29	21	27	1.99
28522713--28522743	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
28534890--28534940	3	17.0	3	76	8	50	33	7	0	58	1.27
28540788--28540816	10	2.9	10	100	0	58	79	10	10	0	0.94
28540789--28540849	10	5.7	10	76	14	50	83	9	4	1	0.86
28540791--28540850	16	3.6	16	77	13	59	83	10	5	1	0.87
28540791--28540850	17	3.6	16	80	8	66	83	10	5	1	0.87
28541280--28541400	46	2.5	51	85	8	153	42	21	26	9	1.84
28542983--28543190	44	4.5	44	69	14	139	27	23	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185