Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_2113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25292
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Found at i:278 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 106--1482 Score: 2201
Period size: 47 Copynumber: 29.4 Consensus size: 47
96 ATGTATGGTG
106 AGTGTATATATGTGA-AAGG--T-ATGG-CGATGTGA-GAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
147 A--GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
192 AGTGTATATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
238 AGTGTATATATGTGATATGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
285 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
332 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
379 AGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCC-ATGTGATGAATGTGAA
1 AGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
427 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
473 AGTGTATATATATGTGATAAGGCC-AATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 AGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
521 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
568 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
615 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
662 AGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTG-A
1 AGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
710 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
757 AGTGTATATATGTGATAA-GCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
803 AGTGTATATATGTGATATGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * *
850 AGTGTATATATGTGATATGGCCTAATAGCCGATGTGATGATTGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
897 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
944 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
991 AGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCTATGTGATGAATGTGAA
1 AGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * *
1040 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1087 AGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
1136 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTTATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1183 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
1230 AGTAG-ATATATGTGATATGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGT-GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* *
1277 AGTGTATAT-TGTGATATGGCCTAATAGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
1323 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATAAATGTGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * *
1370 AGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
* * * * * * * *
1417 AGTGTATATATGGGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGGGAA
1 AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
*
1464 AGTGTATAAATGTGATAAG
1 AGTGTATATATGTGATAAG
1483 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 1254, Mismatches: 56, Indels: 46
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.01
40 4 0.00
41 1 0.00
42 1 0.00
43 4 0.00
44 8 0.01
45 10 0.01
46 239 0.19
47 758 0.60
48 64 0.05
49 153 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
Found at i:681 original size:283 final size:284
Alignment explanation
Indices: 5--1482 Score: 2346
Period size: 283 Copynumber: 5.3 Consensus size: 284
1 GCAA
5 TGATGAATGTGAAAGTGTATATTATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATA-TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG
70 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGT-ATG---GTG--AGTG--TATATATGTGA-AAGG
65 TATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGG
125 --T-ATGG-CGATGTGA-GAATGTGAAA--GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
130 CCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGAT
183 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGAT-AGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
195 GAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT
* *
247 ATGTGATATGGCCTAATAGCCGATG
260 ATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
272 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
337 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
66 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
*
402 CTAATGGCC-ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCC-ATGTGATG
131 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
465 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCC-AATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
196 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
529 TATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATG
259 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
555 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
620 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
66 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
*
685 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTG-AAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTGATG
131 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
749 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAA-GCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
196 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
*
813 TGTGATATGGCCTAATGGCCGATG
261 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
* * *
837 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATATGGCCTAATAGCCGATGTGATGATTGTGAAAGTGT
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
* *
902 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGC
66 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
* * *
965 CGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCTATGTGA
131 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGA
* * *
1030 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATATGAAAGTGTATA
194 TGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTG--TA
1095 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
257 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
* *
1123 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATAGCCGATGTTATGAATGTGAAAGTGT
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
* * * *
1188 ATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAA--GTAGATATATGTGATATGGC
66 ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
* *
1251 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATAT-TGTGATATGGCCTAATAGCCGATGTGATG
131 CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
1315 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATAAATGTGAAAGTGTATATA
196 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
* *
1380 TGTGATAAGGCCGAATGGCCAATG
261 TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
* * * * * * * * *
1404 TGATGAATATGAAAGTGTATATATGGGATAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATGGATGGGAAAGTGT
1 TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
*
1469 ATAAATGTGATAAG
66 ATATATGTGATAAG
1483 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 49, Indels: 48
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
266 69 0.06
267 25 0.02
268 3 0.00
271 3 0.00
273 4 0.00
275 11 0.01
276 4 0.00
278 1 0.00
279 10 0.01
280 50 0.04
281 123 0.11
282 201 0.18
283 376 0.33
284 74 0.07
286 177 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (284 bp):
TGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGT
ATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGC
CTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCGATG
Found at i:3134 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3060--3134 Score: 63
Period size: 23 Copynumber: 3.5 Consensus size: 23
3050 TGCTAGTGAT
3060 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
* * *
3083 GCATTCGTGCT-AG--T-G-A-T
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
*
3100 GTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGA
1 GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
*
3123 GTATTCGTGCTA
1 GTATTCGGGCTA
3135 GTGATGTATC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 9, Indels: 12
0.64 0.16 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.22
18 3 0.08
19 1 0.03
20 2 0.05
21 1 0.03
22 3 0.08
23 19 0.51
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
GTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGA
Found at i:3257 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2895--3245 Score: 551
Period size: 40 Copynumber: 8.8 Consensus size: 40
2885 GAGAATTGAG
*
2895 AGTGATGTATCCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
2935 AGTGATGTATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
2974 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
*
3014 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCAAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
3054 AGTGATGTATTCGGGCTAAGTCTCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
3094 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCTCGAAGAGTATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* *
3134 AGTGATGTATCCGGACTAAGTTCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * **
3174 AGTGATATATCCGTGCTAAACCCCGAAGAGCATTCGTGCT
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
* * * *
3214 GGTGTTATATCCGGGCTAGGTCCCGAAGAGCA
1 AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
3246 ATCATGCTGG
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 23, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
39 39 0.14
40 248 0.86
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCT
Found at i:7396 original size:96 final size:94
Alignment explanation
Indices: 7268--7603 Score: 556
Period size: 96 Copynumber: 3.6 Consensus size: 94
7258 TATTTGAATA
*
7268 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
7333 TGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
66 TGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
7362 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
7427 TATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
*
7458 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATA
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATA
*
7523 TATGTGATAA-G-CTAAT-G-CGATGTGATG
64 TATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
*
7550 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAA
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAA
7604 TTTATTTGTT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 7, Indels: 9
0.94 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
89 6 0.03
90 34 0.15
92 21 0.09
93 1 0.00
94 16 0.07
95 1 0.00
96 154 0.66
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATA
TGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
Found at i:7407 original size:49 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7268--7603 Score: 547
Period size: 47 Copynumber: 7.2 Consensus size: 47
7258 TATTTGAATA
7268 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7315 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7362 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
7411 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7458 AATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCTAATGACCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
*
7507 AATATGAAAGTGTATATATGTGATAA-G-CTAAT-G-CGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7550 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
7597 -ATGTGAA
1 AATGTGAA
7604 TTTATTTGTT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 12, Indels: 17
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 35 0.13
44 1 0.00
45 10 0.04
46 9 0.03
47 126 0.47
49 88 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.28, T:0.30
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:7595 original size:161 final size:164
Alignment explanation
Indices: 7428--7760 Score: 471
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
7418 AAGTGTATAT
7428 ATGTGATAAGGCCGAA-T-GGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATATGTGATAAGGCCT
1 ATGTGATAAGG-CGAATTAGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTG--TATATATGTGATAAGGCCT
7491 AATGACCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAA-G-CTAAT-G-CGATGTGATGAA
63 AATGACCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAA
* *
7552 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCG
128 TGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
* * * ******
7589 ATGTGATGATGTGAATTTATTTGTTTGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
1 ATGTGATAAGGCGAA-TTAGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAA
* *
7654 TGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
65 TGACCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATG
7719 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
130 TGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
7754 ATGTGAT
1 ATGTGAT
7761 GAATGTGAAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 13, Indels: 10
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
161 68 0.45
162 2 0.01
163 24 0.16
164 1 0.01
165 54 0.36
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (164 bp):
ATGTGATAAGGCGAATTAGGCCAATGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAAT
GACCGATGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGT
GAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCA
Found at i:7620 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 7543--7675 Score: 259
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 72
7533 GCTAATGCGA
7543 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAATTT
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAATTT
7607 ATTTGTT
66 ATTTGTT
7614 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
7676 AGTGTATATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
71 54 0.89
72 7 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.29, T:0.35
Consensus pattern (72 bp):
TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAATTT
ATTTGTT
Found at i:7667 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7614--7835 Score: 336
Period size: 47 Copynumber: 4.7 Consensus size: 47
7604 TTTATTTGTT
* *
7614 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* *
7661 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
7708 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * * *
7755 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATGTGGGATAGGGCCGAGTGGCCAA
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
* * * *
7802 CGTGATGGATGGGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
7836 TCTCAAAGGG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 13, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 162 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.08, G:0.32, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCGAATGGCCAA
Found at i:7690 original size:118 final size:115
Alignment explanation
Indices: 7500--7722 Score: 394
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 115
7490 TAATGACCGA
7500 TGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGCTAATGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
1 TGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGCTAATGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
7565 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG-ATGTGAATTTATTTGTT
66 ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAATTTATTTGTT
*
7614 TGTGATGAATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGT
1 TGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAA-G-CTAAT-G-CGATGTGATGAATGTGAAAGT
7679 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
62 GTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAA
7723 AGTGTATATA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 1, Indels: 5
0.94 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
114 32 0.31
115 1 0.01
116 5 0.05
117 1 0.01
118 57 0.55
119 7 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (115 bp):
TGTGATGAATATGAAAGTGTATATATGTGATAAGCTAATGCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTAT
ATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAATTTATTTGTT
Found at i:9917 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9878--9936 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
9868 GTAGCCGAAG
*
9878 CTAGTTAAATCGCACACTTAGTGCCAAAA
1 CTAGTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
9907 CTAGTTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
1 CTAG-TTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
9937 AATCCTTTTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.14
30 24 0.86
ACGTcount: A:0.39, C:0.22, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
CTAGTTAAATCGCACAATTAGTGCCAAAA
Found at i:18410 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 18347--18530 Score: 203
Period size: 40 Copynumber: 4.6 Consensus size: 40
18337 TATTATAATG
*
18347 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCTTTTATGCTAGTGACT
1 ATATCCGGGCTAAGAT-CCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
* * * *
18387 ATATCCGGACTAAGATCCAAAGGCATTTGTG-TGAGTTACT
1 ATATCCGGGCTAAGATCCGAAGGCATTTATGCT-AGTGACT
* * * * * *
18427 ATCTCTGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGATT
1 ATATCCGGGCTAAGATCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
*
18467 ATATCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACC
1 ATATCCGGGCTAAGAT-CCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
*
18507 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGATCCGAAGGC
18531 CTTGTGCGAG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 21, Indels: 10
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 115 0.97
41 2 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
ATATCCGGGCTAAGATCCGAAGGCATTTATGCTAGTGACT
Found at i:18490 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 18347--18562 Score: 240
Period size: 80 Copynumber: 2.7 Consensus size: 79
18337 TATTATAATG
* * * *
18347 ATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTTATGCTAGTGACTATATCCGGACTAAGAT-CCAAAGGC
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGC-TTTGTGCTAGTGATTATATCCGGGCTAAG-TCCCAAAGGC
* * *
18411 ATTTGTG-TGAGTTACT
64 ATTTATGCT-AGTGACC
* * * *
18427 ATCTCTGGGCTAAGACCCGAAGGCATTTGTGCTAGCGATTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCA
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGC-TTTGTGCTAGTGATTATATCCGGGCTAAGTCCCAAAGGCA
18492 TTTATGCTAGTGACC
65 TTTATGCTAGTGACC
* * * *
18507 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCCTTGTGCGAGTGGTTATATCC-GGCTAAATCCC
1 ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCTTTGTGCTAGTGATTATATCCGGGCTAAGTCCC
18563 TAAGATACTT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
78 10 0.09
79 18 0.16
80 86 0.75
81 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.25, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
ATATCCGGGCTAAGACCCGAAGGCTTTGTGCTAGTGATTATATCCGGGCTAAGTCCCAAAGGCAT
TTATGCTAGTGACC
Done.