Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 58101237
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Warning! 1550000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 120 of 199
Found at i:34209532 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 34209513--34209542 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
34209503 ATGATTGTTT
*
34209513 TAATCTAAATTTAC
1 TAATCTAAATTAAC
34209527 TAATCTAAATTAAC
1 TAATCTAAATTAAC
34209541 TA
1 TA
34209543 CGAACGCAAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (14 bp):
TAATCTAAATTAAC
Found at i:34210424 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34210382--34210415 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
34210372 GTTGACAGCC
*
34210382 CATGTGGCTCACACGGG
1 CATGTGGCCCACACGGG
34210399 CATGTGGCCCACACGGG
1 CATGTGGCCCACACGGG
34210416 TGTGTGGCCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.35, T:0.15
Consensus pattern (17 bp):
CATGTGGCCCACACGGG
Found at i:34214893 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34214852--34214893 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
34214842 AGAAAAGGAC
*
34214852 TAAATTGGAAATTAAATTAAT
1 TAAATTGGAAATTAAACTAAT
*
34214873 TAAATATGGAAA-TAAGCTAAT
1 TAAAT-TGGAAATTAAACTAAT
34214894 ATCATCTTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.67
22 6 0.33
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TAAATTGGAAATTAAACTAAT
Found at i:34218732 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34218673--34218746 Score: 98
Period size: 24 Copynumber: 3.0 Consensus size: 25
34218663 TCATTCTGTG
34218673 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
* *
34218698 GCAAAGGATGAATTGATGGT-ATAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
* *
34218722 GCAAAGAATGAATTGA-GGGAAAAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
34218746 G
1 G
34218747 TGCCCAAGTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 3
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.05
24 22 0.51
25 19 0.44
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.30, T:0.22
Consensus pattern (25 bp):
GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAAT
Found at i:34226431 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34226403--34226470 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
34226393 TCGTTCTGTG
*
34226403 GCAAAGGATGAATTGATGGTAAAAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGT-AAAT
*
34226428 GCAAAGGATGAATTGACGGTATAT
1 GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAT
*
34226452 GAAAAGGATGAATTGACGG
1 GCAAAGGATGAATTGACGG
34226471 AGAATATACC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.52
25 19 0.47
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
GCAAAGGATGAATTGACGGTAAAT
Found at i:34228933 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 34228889--34228936 Score: 60
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
34228879 TAGCAGTGGG
* * *
34228889 ATCTGAATCTTTATTTGATATGC
1 ATCTGAATATGTATCTGATATGC
*
34228912 ATCTGAATATGTATCTGCTATGC
1 ATCTGAATATGTATCTGATATGC
34228935 AT
1 AT
34228937 TGATGTCTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
ATCTGAATATGTATCTGATATGC
Found at i:34231107 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 34231075--34231140 Score: 87
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
34231065 ACTATAATTG
34231075 CATATATATTATATATAATAAAACCCACA
1 CATATATATTATATATAATAAAA-CCACA
* * * *
34231104 CATATATATTATGTATAGTAGAACCACG
1 CATATATATTATATATAATAAAACCACA
34231132 CATATATAT
1 CATATATAT
34231141 GTACTATGTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 1
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 13 0.39
29 20 0.61
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
CATATATATTATATATAATAAAACCACA
Found at i:34240586 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 34240571--34240604 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 3.5 Consensus size: 10
34240561 TTTCATACCG
34240571 TTGGACTGTT
1 TTGGACTGTT
34240581 TTGGACT-TT
1 TTGGACTGTT
*
34240590 TGGGACTGTT
1 TTGGACTGTT
34240600 TTGGA
1 TTGGA
34240605 TTTTTGGGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.38
10 13 0.62
ACGTcount: A:0.12, C:0.09, G:0.32, T:0.47
Consensus pattern (10 bp):
TTGGACTGTT
Found at i:34240595 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 34240573--34240613 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
34240563 TCATACCGTT
34240573 GGACTGTTTTGGACTTTTG
1 GGACTGTTTTGGACTTTTG
*
34240592 GGACTGTTTTGGATTTTTG
1 GGACTGTTTTGGACTTTTG
34240611 GGA
1 GGA
34240614 TTATTTTTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.07, G:0.34, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
GGACTGTTTTGGACTTTTG
Found at i:34240620 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 34240573--34240620 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
34240563 TCATACCGTT
*
34240573 GGACTGTTTTGGACTTTTG
1 GGACTATTTTGGACTTTTG
* *
34240592 GGACTGTTTTGGATTTTTG
1 GGACTATTTTGGACTTTTG
*
34240611 GGATTATTTT
1 GGACTATTTT
34240621 TAATTCTGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 26 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.06, G:0.29, T:0.52
Consensus pattern (19 bp):
GGACTATTTTGGACTTTTG
Found at i:34243498 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 34243479--34243542 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 4.7 Consensus size: 14
34243469 GATGAATGAT
34243479 TTTATGATTATATG
1 TTTATGATTATATG
34243493 TTTATGATTA-ATG
1 TTTATGATTATATG
* * **
34243506 -ATATAAATTCGAT-
1 TTTAT-GATTATATG
*
34243519 TTTATGATTGTATG
1 TTTATGATTATATG
34243533 TTTATGATTA
1 TTTATGATTA
34243543 ATGATATAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 8
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.08
13 11 0.29
14 24 0.63
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TTTATGATTATATG
Found at i:34243520 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 34243476--34243556 Score: 153
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
34243466 ATGGATGAAT
34243476 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
1 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
*
34243516 GATTTTATGATTGTATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
1 GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
34243556 G
1 G
34243557 CAGATGATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 40 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.15, T:0.49
Consensus pattern (40 bp):
GATTTTATGATTATATGTTTATGATTAATGATATAAATTC
Found at i:34244866 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34244831--34244868 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
34244821 CGTTTTGTTT
*
34244831 AAAAATATTTTTATTTC
1 AAAAATATTTTTATATC
34244848 AAAAATATTTTT-TAATC
1 AAAAATATTTTTAT-ATC
34244865 AAAA
1 AAAA
34244869 GTGCTTTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.05
17 18 0.95
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
AAAAATATTTTTATATC
Found at i:34250231 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 34250216--34250243 Score: 56
Period size: 10 Copynumber: 2.8 Consensus size: 10
34250206 AGCAATGATT
34250216 TTATTATTTA
1 TTATTATTTA
34250226 TTATTATTTA
1 TTATTATTTA
34250236 TTATTATT
1 TTATTATT
34250244 ATTTTGGAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 18 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (10 bp):
TTATTATTTA
Found at i:34250239 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 34250223--34250247 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
34250213 ATTTTATTAT
34250223 TTATTATTATTTA
1 TTATTATTATTTA
34250236 TTATTATTATTT
1 TTATTATTATTT
34250248 TGGAATTTTT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (13 bp):
TTATTATTATTTA
Found at i:34253554 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 34253161--34255460 Score: 2516
Period size: 143 Copynumber: 16.1 Consensus size: 143
34253151 TTTCGAGGTA
* * *
34253161 AAGTTCTTATGTCTTATGACTTTTTTTTTCAATTCCATTTTTAAATAATGAAACTCGAATTTTGA
1 AAGTTCTTATGTCTTATGA--TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGA
* *
34253226 GGCGCAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA-GGAAATTTGC
63 GGCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * *
34253290 CATGTGATGCGTACCA
128 CATGTGATGCATAGCG
* *
34253306 AAGTTCTTATGTCTTGTGATT-TTTTTAAATTTAATTTTTAAATATT-AAGACTCGAATTTTGAG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAA-ACTCGAATTTTGAG
* ** * * * *
34253369 GCGAAATTGGTTACTGAATCAAAAATAAAGTATAAACTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTACC
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
34253434 ATGTGATGCA-AGCA
129 ATGTGATGCATAGCG
* * * * *
34253448 AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTGTTAAAATATTGAAGCTCGAATTTTAAAG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATT-TTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * * * ** *
34253513 TGAAGCCCGTTATAGAA-CTAAAGATAAAGTATACATATTTAAGAGGTTACAATAAAAATTTATC
65 CGAAGTCCGTTACAGAATC-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
34253577 ATGTGATGCATAGTG
129 ATGTGATGCATAGCG
* * * * * * * *
34253592 AAGTTCTTATGTCTTATAATTTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGGACTTCGAA
1 AAGTTCTTATGTCTTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
* * * * * *
34253657 GCAAAG-CCTTTACGGAATAAAAAATAAAGTA-AAATTTTTGAAGAGGTAAAAATGGAAATTTA-
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
34253719 C-----ATG--T---G
128 CATGTGATGCATAGCG
* * *
34253725 AAGTTCTTATGTCTTATGATTGTTTTCCAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* ** * *
34253790 CAAAGTCCGTTATGGAATCAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGCA-GTTAAAATGGAAATTTAAC
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAATTTACC
34253854 ATGTGATGCATAGCG
129 ATGTGATGCATAGCG
* * *
34253869 AAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAGCTCAAATTTTGGGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * * * * *
34253933 TGAAGCCCGTTACGGAATCAAAGATCAAGTATAATTTTTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAA
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
34253998 TGTGATGCATAGCG
130 TGTGATGCATAGCG
* * *
34254012 AAGTTCTTGTGTCTTATGATT-TTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGACACTCAAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * * *
34254076 TGAAGTCCGTTAC-GAAATCAAAAATAAAATATAAATTATTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACC
65 CGAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
34254140 ATGTGATGCATAGCG
129 ATGTGATGCATAGCG
*
34254155 AAGTTCTTATGTCTTATGATGT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGAT-TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
* * * *
34254219 CGAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
* *
34254284 TGTGATGCACAACG
130 TGTGATGCATAGCG
** * * * * * *
34254298 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
34254363 GAAGT-CGATTACAAAATCTAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAA
66 GAAGTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
34254427 TGTGATGCATAGCG
130 TGTGATGCATAGCG
** * * ** *
34254441 AAGTTCTCGTATCTTATAATTCTTACTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * *
34254506 CAAGTTCGTTACGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAGGGAAATTTACCAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
*
34254571 CTGATGCATAGCG
131 GTGATGCATAGCG
* * * * *
34254584 AAGTTCCTATGTCTTATGA-TGTTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAAACCCGAATTTGGAGG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA-TTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGG
** * * * * *
34254648 CGAAGTTGGTTACAAAAACAAAGATATATTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
65 CGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA
* *
34254713 TGTGATGCACAACG
130 TGTGATGCATAGCG
* * * * * *
34254727 AAGTTCTCGA-GTCGTATGATTCTTTTTAATTTCAATTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCT-AG
1 AAGTTCT-TATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT-TGAG
* * * *
34254790 GCGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACA
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
*
34254855 ATGTGATGAATAGCG
129 ATGTGATGCATAGCG
** * * * * *
34254870 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTACGTTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * **
34254935 CAAGTCTGTTACAGAGTCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAATTTGGAAATTTACCAT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
34255000 GTGATGCATAGCG
131 GTGATGCATAGCG
* * * * * *
34255013 AAGTTTTTATGTCATATGAATTTTTTTTCAATTCCATTTTTAGATATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAGTTCTTATGTCTTATG-ATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
* * * * * * * *
34255078 ACAAAGTCTGTTACGGTATCAAAAATAAAGTATATATTTTTAAGAGATTAAAATGGAAATTTACC
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
* *
34255143 ATGTGATGCACATG-A
129 ATGTGATGCATA-GCG
* * * *
34255158 AAGTTC-TATGTCGTATGATTTTTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTTGTG
1 AAGTTCTTATGTCTTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
* * * * * * *
34255222 GTGAAGTCAGTTACAGAATGAAAGATATAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTAACC
64 GCGAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACC
* *
34255287 ATGTGATGCACAGAG
129 ATGTGATGCATAGCG
** *
34255302 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
* * * * * * *
34255367 AAAGTCTGTTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACCTT
66 GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
**
34255432 GTGATGCATAATG
131 GTGATGCATAGCG
*
34255445 AAGTTCTTATATCTTA
1 AAGTTCTTATGTCTTA
34255461 GCATTGTAAA
Statistics
Matches: 1815, Mismatches: 294, Indels: 94
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
132 41 0.02
133 58 0.03
134 10 0.01
136 1 0.00
138 3 0.00
139 3 0.00
141 3 0.00
142 127 0.07
143 1163 0.64
144 236 0.13
145 160 0.09
146 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
AAGTTCTTATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
GAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCAT
GTGATGCATAGCG
Found at i:34255628 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 34255302--34255632 Score: 472
Period size: 178 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
34255292 ATGCACAGAG
* *
34255302 AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGC
1 AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
** **
34255367 AAAGTCTGTTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACCTT
66 AAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTACCTT
*
34255432 GTGATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAAA
131 GTAATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAAA
*
34255479 AAGTTCTTATGTCTTATGATT-TTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
1 AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTT--ATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAG
** * *
34255543 GCGCAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAGTATA-ATTTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAATTTA-
64 GCAAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATA-TTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTAC
*
34255606 CTATGTAATGTAT-ATCGAAGTTCTTAT
128 CT-TGTAATGCATAAT-GAAGTTCTTAT
34255633 GATACATGCA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 13, Indels: 9
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.04
177 24 0.18
178 106 0.78
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGC
AAAGTCCATTACGGAATCAAAGATAAAATATATATTTTTAAGAGGTTAAAAAAGAAACTTACCTT
GTAATGCATAATGAAGTTCTTATATCTTAGCATTGTAAAAAAAAAAA
Found at i:34257305 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 34257047--34263319 Score: 2117
Period size: 143 Copynumber: 43.1 Consensus size: 143
34257037 TAACAGATTC
* * * * * * *
34257047 ATGTGATGCATGGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * *
34257112 TTCAAATTTTGAGGCGAAAT-TCGGTACGGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAATAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34257176 AATAGAAATTTACA
130 AATGGAAATTTACA
* *
34257190 ATGTGATGCAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
34257255 CTTGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTAAAGAGGTTACA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* * *
34257319 ATCGATATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* * ** *
34257332 ATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTCTTATGATAT-TTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTT--AATTTCATTTTTAAATATTG
* * * * * * * *
34257396 AAACTCGAATTTAT-AGGCAAATTCGGCTACAGAAATCATAGATATAGTATAAAGTTTTATGAGG
63 AAACTCGAATTT-TGAGGCGAAGTCTGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG
* *
34257460 TTAAAATTGAAATTTACC
126 TTAAAATGGAAATTTACA
* * * ** *
34257478 ATTTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTTTTATGA-TAATTTT--TTT-ATTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
34257539 TTCGAATTTCGAGGCAAAGTCAGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
34257604 ATGGAAATTTACA
131 ATGGAAATTTACA
** * *
34257617 ATGTGATGCATAGATAAGTTCT--TG-----TG--T-TTTATGA-TTC-TTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *
34257670 CTC-AATTTTGAGGC-ACAATCCGTCACAGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTGA
66 CTCGAATTTTGAGGCGA-AGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34257733 AATGGTAATTTACA
130 AATGGAAATTTACA
* *
34257747 ATGTGATGCTTAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * ** * * * * * *
34257812 CTCAAACTTTAAGGCTAAGTCCATTACGGAATTAAAGTTAAAATATAAAGTGTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* *
34257877 GTGGTAATTTACA
131 ATGGAAATTTACA
* * * *
34257890 ATGTGATGCGTAGTGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTA-TTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
34257954 CTCGAACTTTGAGGCGAAGT-TCATTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
* * *
34258018 ATTGGAAATATACC
130 AATGGAAATTTACA
* ** * * *
34258032 ATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * *
34258096 ACTCAAATTTCGTGGCGAAGT-TGATTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
34258160 AAATGAAAATTTACA
129 AAATGGAAATTTACA
* * * * *
34258175 ATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATAT-TTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAA-TTTCATTTTTAAATATTGA
* * * * *
34258239 AACTCGAATCTTGTGGCAAAGT-TGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTGAGAGGTT
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
* * *
34258303 CAAATAGAAATTTACC
128 AAAATGGAAATTTACA
* * * * * *
34258319 ATGTGATGCATAGCGAAGCTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTAAATATTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *** * *
34258384 TTTAC-AATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTAATATGAATC--TTTTTAA-T-TACATTTTT
66 -CT-CGAAT-T-TTG-A-GGCGAAG-TCT-GT-T-ACA-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT
* * * *
34258444 ATATA--TTGAAACTAGAATTTTGAGACA
120 A-AGAGGTT-AAAATGGAAATTT---ACA
* ** * * * * *** ** *** *
34258471 AAGT-CCG-TTA-CGAAATTATAGATGAAGTAT-A-AATTTTTAA----AAGGTTAAA-ATGGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCG-TGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * ** * * * ** ** * * *
34258526 ATTTACCATATGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTTTTATTGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAAT
65 A-CT-CGA-ATTTTG-A-GGCGAA-GTCT---G--TTACAG--AATC-AAAGATAAAGTATAAAT
* *
34258591 TTTTAATAAGTTAAAATGGAAATTTACA
116 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* * * *
34258619 ATGTGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * * *
34258684 CTCGAATTTTAAGGCAAATTCCGTTACGGAATTATAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
* *
34258749 ATAGAAATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* * * * * *
34258762 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAAT-TTTTTTATTTAATTTCATTTTTAAATATTAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTT-ATGATTCTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTGA
* * * * * * * * * *
34258826 AATTCAAATTTCGAGACTAAGT-TGGGTACAAAAT--AATATAAAGTATAATTTTTTAAAAGGTT
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
**
34258888 AAAACAGAAATTTACCA
128 AAAATGGAAATTTA-CA
** * * * * * *
34258905 A-GTGACACATAACAAACTTCTCTTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTCACTATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *
34258969 CTCGAATTTTGCGGCGAACTCCGTTACAAAATGAATGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
*
34259034 ATGGAAATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* * * * *
34259047 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATAT-TTTTAAATTTCATTTTTAAATA-TGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG-A
* * * * * * * * **
34259110 AATTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTGACTGGTTA
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
34259175 AAATGGAAATTTAAA
129 AAATGGAAATTTACA
* * * * * * *
34259190 ATGTGATGCATAGCAAAGTTCTTGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * *
34259254 CTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
*
34259319 ATGGAAATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* ** * * *
34259332 ATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * * *
34259396 ACTCAAATTTCGTGGCGAAGTCGGTTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34259461 AATGAAAATTTACA
130 AATGGAAATTTACA
* * * * *
34259475 ATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATAT-TTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAA-TTTCATTTTTAAATATTGA
* * * * ** * *
34259539 AACACGAATTTTGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTC
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
34259604 AAATGGAAATTTACC
129 AAATGGAAATTTACA
* *** * * * * * *** *
34259619 ATGTGATGCATAGCTAAGTTC-AAAG-ATAAAGTATATATTTTTAA---GA-GGCTAAA-ATGGA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG-AT-TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGA
* ** * ** * *** * * *
34259677 AATTTATAATTTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGTGTTATGATTC--TTTTTAA-TCTAACTTTT
64 AA-CTCGAATTT--TG-A-GGCGAAG-TCT-GT-T-ACA-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTT
* * * *
34259739 TAATA--TTAAAACTCGAATTTTGAAGGGA
119 TAAGAGGTTAAAA-TGGAAATTT--A--CA
* * ** ** * * ** ***
34259767 AGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTT-TAAATAT-TTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCAT
1 A---TGTGAT-GCA-T--AG-CGAAGTTCT-CGTGTCTTATGA--TT--CTTTTTAATTT--CAT
** ** ** * * ***** * * * *** * * *
34259830 GTGATGCATA--GCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAAT
51 -TTTTAAATATTG-AAAC-TCGAAT-TTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGA-TAAAGT
** * * * **
34259893 -TCAAATTTCGAGGCAACGTCGGTTATAGAT-CAAAGATA-A
110 AT-AAATTT----TTAA-G-AGGTTA-AAATGGAAATTTACA
* * *** * **** * * *** *
34259932 AGTATAAATTTTTA-AGAAGTTAAAATGAAAATTTATATGTGATGTATTGCAAACTTCTCGTGTT
1 A-TGT-GATGCATAGCGAAGTTCTCGTG----TCT-TA--TGAT-TCTTTTTAA-TT-TCAT-TT
* * ** ** *** * * * * *
34259996 TTATGATTTTTTTAATTTAATTA-TTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGTCAAGTCGGTTATC
53 TTA--A-----AT-ATTGAA--ACTCGAAT-TT-TGAGGCGAAGTCT---GT-TA--CAG-AATC
* *
34260060 GAATCAAAGTTAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
99 -AA--AGA--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* * * * *
34260110 ATATGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTATTATGAATCTTTTTACTTTTATTTTTAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* *** * * * * *
34260175 CTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCAATACGGAATTATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
*
34260240 ATGGAAATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* * * * * * *
34260253 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGATTATTCTTCTTAAGATATTCTAAATTTTTAAGAC
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTT-TTTA-AT-TTC---ATTTTTAA-AT
* * * * * * * **** **** **
34260318 GTT-AAAATGGAAATTT-A--C-AATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCG-TGTCTTATGATTCTTT
59 ATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAA-GT-CTG-TTACAGAA-TCAAAGATAAAGTAT-A-AATTT
* ** * * *
34260377 TTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCA-A
118 TTAA---GA-GGTTAAA-ATGGAAATTTACA
* * * * * ** * ** * ** * ***
34260407 ATATTGAGGCAAAGTC--CGTT-ACG-GAATAATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAA-
1 AT-GTGATGCATAG-CGAAGTTCTCGTGTCTTAT-GAT--TCTTTTTAA-TTTCA-TTTTTAAAT
* * * * * * ** *****
34260467 ATGGAAATTTAC-CA-TGTGATGCATAGCATACTTCTTGTGTTTTATG-AT-TTTTTTAAA-T-T
59 ATTGAAA-CT-CGAATTTTGAGGC---G-A-A-GTC---TGTTACA-GAATCAAAGATAAAGTAT
** ** **
34260526 TCATTTTTAA-ATATTAAAATTCAAATTT-CGA
112 AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-A
* * ** *** * ** * * * * ** **
34260557 GA-CTAAGTCGGGTA-CAGAA--TCAAATAT-AAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGAAA
1 -ATGTGA-T-GCATAGC-GAAGTTCTCGTGTCTTATG-ATTC-TTTTT--AA-TTTCATTTTTAA
* * * * * *
34260617 AT-TTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTAC-GAAATTAAAGATATAGTATAAATTTTTA
57 ATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTA
* * *
34260680 AGAGTTTAAAATAGAAATTTACC
121 AGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* * * * * *
34260703 GTGTGATGCATAGC-AATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAA-GTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * ** * * *
34260767 ATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34260832 AATGGAAATTTAAA
130 AATGGAAATTTACA
* * * * * *
34260846 ATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * * * * * *
34260910 TTTGAATTTTGAGCCGAACTCCGGTATAGAATTAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGTGGTTAAG
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
*
34260975 ATGGAAATTTACC
131 ATGGAAATTTACA
* * ** * * ** * * *
34260988 ATGTAATGCATGGAAAACTTCTCATGTAATATAAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * * *
34261053 CTCAAATGTCGAGGCGAAGTCGGTTAAAAAATCAAAGAAAAACTTAAAGAATATATTTTTAAGAG
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAG
*
34261118 GTTAAAATGGAAATTTATA
125 GTTAAAATGGAAATTTACA
* * * * *
34261137 ATTTGATGAATAGCGAAGTTCTCGTGT-TTATGATTCTTTTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* ** * * * * *
34261201 CTTGAATTTTGAAGG-GAAGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAATATTTAAGAGTTTAA
66 CTCGAATTTTG-AGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
* *
34261265 AATGAAAATTTACC
130 AATGGAAATTTACA
* * * * *
34261279 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCA-TTTTTAAATATTGAA
* * ** * * *
34261343 ATTCAAATTTCAAGGC-AATGTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAA-GTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
34261407 AAATGGAAATTTA-T
129 AAATGGAAATTTACA
* * * * * * * * *
34261421 ATGTGATGCATTGCAAACTTCTTGTGTTTTATG-TTTTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * ** * *
34261485 ATTCAAATTTCGAGGTAAAGTCGGTTATCA-AATCAAA-ATAAAAATTCCGTGTTATGAATCTTT
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTA-CAGAATCAAAGAT--AAA------G-TAT-AA-ATTT
** ** * *
34261548 TTACTTTCATTTTTAAATATTGAAA-CT-CGA
118 TTA---AGA-GGTTAAA-ATGGAAATTTAC-A
** * * * **** * * *
34261578 AT-T--T-TTTGGC-AAATT-TCAT-TACAAAATTATAGATAAAGTATAAATTC-TTAAAAGGTT
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT-C----TTAT-GATTCTTTTTAATTTCATT-----TTT
* * * * * * **** *
34261635 AAA-ATGGAAATTTAC-CATGTGATGCATGGCAAACTTCTCGGGTCTTATTCTTCTTCTTAAGAT
55 AAATATTGAAA-CT-CGAAT-T-TTG-A-GGCGAA-GTCT---G--TTA--CAGAATC-AAAGAT
* * *
34261698 ATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACA
105 AAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* *
34261737 ATGTGATGCATAGAGAA-TTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTT-CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * * *
34261801 ACTCAAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACAGAATTATAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
* *
34261866 AAAGGAAATTTACC
130 AATGGAAATTTACA
* *
34261880 ATGTGATGCATAGC-ACACTTCTCGTGAT-TTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAA
1 ATGTGATGCATAGCGA-AGTTCTCGTG-TCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGA
* * * * * * * * *
34261941 AATTCGCATTTCGAGACTAAGT-TGGATACAGAATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTT
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCT-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
*
34262005 AAAATGGAAATTTACC
128 AAAATGGAAATTTACA
* * * *
34262021 ATGTGATGCATAG-GAAACTTCTTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAA
1 ATGTGATGCATAGCG-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * * * * *
34262085 ACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTAC-GAAATTAAATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTTTA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
* *
34262149 AAATGGAAAATTACC
129 AAATGGAAATTTACA
* * * * * * *
34262164 GTGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-T-TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * * *
34262227 TTTGAATTTCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCAAAGATACAA-TATAGATTTTTAACAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34262291 AATGGAAATTTAGA
130 AATGGAAATTTACA
** * * * *
34262305 ATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTGC-TTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAA
* * ** * * *
34262368 ACTCGAATTTTGAGGCGAACTCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTCTTAAGTGGTTAA
65 ACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34262433 AATGAAAATTTA-A
130 AATGGAAATTTACA
** * * * *
34262446 CATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATT-TTTTAAATTT--TTTTATGAATATTGA
1 -ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTT-TAAATATTGA
* * ** * * * *
34262508 AACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTA
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
*
34262573 AAATGGAAATTTACC
129 AAATGGAAATTTACA
** * * *
34262588 ATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAA
1 ATGTGATGCATAG-CGAAGTTCTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGA
* * * *
34262651 AACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAG
64 AACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAG
*
34262716 AGGTTAAAATGGAAATTTATA
123 AGGTTAAAATGGAAATTTACA
* ** * * * * * * * *
34262737 ATTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * ** * * * * *
34262802 CTCGATTTTTGAAG-GAATGTCTGTTATGGAATTAAAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAA-GTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34262866 AATGGAAATTTACC
130 AATGGAAATTTACA
* * * * * *
34262880 ATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * *
34262944 TTTGAATTTCGAGGC-AACGTCAGTTATAGAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAA-GTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAA
*
34263008 AATGGAAATTTA-T
130 AATGGAAATTTACA
* * * * * * * * * *
34263021 ATGTGATGCATTGCAAACTTCTCATATTTTATGATT-TTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * ** * * * * * * *
34263085 TTCAAATTTCAAGGAC-AATTCGGTTAGC-GGATCAAA-ATTAAAGTAAAAACTTTTAGGAGTTT
66 CTCGAATTTTGAGG-CGAAGTCTGTTA-CAGAATCAAAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT
*
34263147 AAAATGGGAATTTACA
128 AAAATGGAAATTTACA
* * * * * * *
34263163 ATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAA
1 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
* * * * * * *
34263228 CTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTA-TGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTA
66 CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTA
* *
34263291 AAAAGGAAATTTACC
129 AAATGGAAATTTACA
34263306 ATGTGATGCATAGC
1 ATGTGATGCATAGC
34263320 AAACTTCTTA
Statistics
Matches: 4587, Mismatches: 1152, Indels: 782
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
129 1 0.00
130 85 0.02
131 20 0.00
132 4 0.00
137 4 0.00
138 6 0.00
139 73 0.02
140 53 0.01
141 503 0.11
142 956 0.21
143 1382 0.30
144 360 0.08
145 52 0.01
146 116 0.03
147 9 0.00
148 99 0.02
149 233 0.05
150 58 0.01
151 76 0.02
152 48 0.01
153 20 0.00
154 18 0.00
155 41 0.01
156 37 0.01
157 35 0.01
158 24 0.01
159 25 0.01
160 28 0.01
161 13 0.00
162 11 0.00
163 32 0.01
164 19 0.00
165 14 0.00
166 19 0.00
167 7 0.00
168 4 0.00
169 4 0.00
170 10 0.00
171 7 0.00
172 15 0.00
173 10 0.00
174 3 0.00
175 1 0.00
176 7 0.00
177 21 0.00
178 4 0.00
179 4 0.00
180 2 0.00
182 2 0.00
183 11 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAA
CTCGAATTTTGAGGCGAAGTCTGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
ATGGAAATTTACA
Found at i:34257599 original size:285 final size:281
Alignment explanation
Indices: 34257075--34259631 Score: 1370
Period size: 285 Copynumber: 8.9 Consensus size: 281
34257065 TTCTTGTGTT
* * *
34257075 TTATGATTATTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCGAAATTCGG-TA
1 TTATGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTT-AGGC-AAATTCGGCTA
* * * * * *
34257138 CGGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAATAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCAGAG
63 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * ** *
34257203 CGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAG
128 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAG
* * * * * *
34257268 GCGAAGTTGTTACGGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTAAAGAGGTTACAATCGATATTTACCA
191 GCGAAGTAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACAA
34257333 TGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
255 TGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
*
34257360 TTATGATATTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTATAGGCAAATTCGGCTA
1 TTATGAT-TTTTTT-AAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT-TAGGCAAATTCGGCTA
* * * * *
34257425 CAGAAATCATAGATATAGTATAAAGTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATTTGATGCATA
63 CAG-AATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * ** * *
34257490 GTGAAGTTCTCGTGTTTTATGATAATTTT-TTT-ATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGG
127 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGATCTTTTTATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGG
* * *
34257553 CAAAGTCAGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAA
192 CGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACAA
34257618 TGTGATGCATA--G-A--TA--A-GTTC
255 TGTGATGCATAGTGAAGTTATTATG-TC
* * * * *
34257638 TTGTG--TTTTAT-GA-TTC-TTTTTAAATATTGAAACTC-AATTTTGAGGCACAATCCGTC-AC
1 TTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTT-AGGCA-AATTCGGCTAC
* * * * * * * * *
34257696 AGAATTAAAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTGAAATGGTAATTTACAATGTGATGCTTAGT
64 AGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* *
34257761 GAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAACTTT-AAG
129 GAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAA-TTTCGAG
* * * * * * * * *
34257825 GCTAAGTCCA-TTACGGAATTAAAGTTAAAATATAAAGTGTTAAGAGGTTAAAGTGGTAATTTAC
191 GCGAAGT--AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTAC
* * *
34257889 AATGTGATGCGTAGTGAAGTTCTCATGTC
253 AATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * * **
34257918 TTATGATTCTTTTT-AATTTTA-TTTTAAATATTGAAACTCGAACTTTGAGGCGAAGTTC-ATTA
1 TTATGATT-TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAA-TTTTAGGC-AAATTCGGCTA
* * * * * *
34257980 CGGAATTAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAATTGGAAATATACCATGTGATGCATGG
63 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAG
** * *
34258045 AAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGT
128 CGAAGTTCTCGTGTCT-TATG-ATCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGA
* * * *
34258109 GGCGAAGTTGATTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTAC
190 GGCGAAGTAG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATG-AAATTTAC
* * * * * *
34258174 AATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTC
253 AATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * *
34258203 TTATGATATTTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGAAACTCGAATCTTGT-GGCAAAGTT-GGTT
1 TTATGAT-TTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAAT-TT-TAGGCAAA-TTCGGCT
* * *
34258266 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTGAGAGGTTCAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
62 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * * * *
34258331 GCGAAGCTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTAAATATTAAATATTAAAATTTACAATAT-G
127 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTCG
* * * * * *** * * * ** *
34258395 ATGC-ATAGCAAAGTTCTCGTGTAAT--ATGA-ATCTTTTTAATTACATTTTTATATATTGAAAC
189 AGGCGA-AG--TAGTT-AC-AG-AATCAAAGATA-AAGTATAA--A-ATTTTAAGAGGTT-AAAA
* * ** * * * * **
34258456 TAGAATTTTGAGACAAAGT-CCG-TTA-CGAAATTATAGATGAA
243 T-GAAATTT---ACAATGTGATGCATAGTGAAGTTAT-TATGTC
* * * * * * ** ** **
34258497 GTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAAT-TT-ACCATA-T-G-ATGCATA-GCAAACTTCTC
1 TTATGATTTTTTTAAA-TTTCATTTTTAAATATTGA--A-ACTCGAAT-TTTAGGCAAA--T-TC
* ** ** * * * * * * * *
34258556 GGGTTTTATTGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAATAAGTTAAAATGGAAATTTACAAT
58 -GG--CTACAG--AATC-AAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCAT
* * * * *
34258621 GTGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAACT
117 GTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACT
* ** * * * * * * * *
34258686 CGAATTTTAAGGCAAATTCCGTTACGGAATTATAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAT
180 CAAATTTCGAGGCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT
* ** * * **
34258751 AGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-
244 -GAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * * * * * * *
34258789 TT-TAATTTTTTTATTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTT-GGG
1 TTATGATTTTTTTA---AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT-TAGGC-AAATTCGGC
* * ** * * * **
34258852 TACAAAAT--AATATAAAGTATAATTTTTTAAAAGGTTAAAACAGAAATTTACCAAGTGACACAT
61 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * * * * *
34258915 AACAAACTTCTCTTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTCACTATTGAAACTCGAATTTTG
126 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGA-TCTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCG
* * * * * * *
34258980 CGGCGAACTCCGTTACAAAATGAATGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
189 AGGCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTA
* ** * * *
34259045 CCATGTGATGCATAGCAAACTT-CTAGTGTT
252 CAATGTGATGCATAGTGAAGTTATTA-TGTC
* * * * * *
34259075 TTATGATATTTTTAAATTTCATTTTTAAATA-TGAAAATTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTAC
1 TTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTG-AAACTCGAATTT-TAGGCAAATTCGGCTAC
* * * * ** * **
34259139 AAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTGACTGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGC
64 AGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * * * *
34259204 AAAGTTCTTGTGTCTTCTGAT-TGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAG
129 GAAGTTCTCGTGTCTTATGATCT-TTTT--ATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAG
* * * * * * *
34259267 GCGAACTCCGTTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACC
191 GCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACA
* ** * * **
34259332 ATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGT-
254 ATGTGATGCATAGTGAAGTTATTATGTC
* * * * * *
34259359 TATATGAATCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGT-GGCGAAGTCGGTT
1 T-TATG-ATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTT--TAGGCAAATTCGGCT
* * * * * * *
34259422 ACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAAT-GAAAATTTACAATGTGAAGTAG
62 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAG-AAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * * *
34259486 AGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATATTTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGAAACACGAATTTT
126 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-CTTTTT-A-TTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTC
* * * * * *
34259551 GTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTCAAATGGAAATTT
188 GAGGCGAAGT-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTT
*
34259616 ACCATGTGATGCATAG
251 ACAATGTGATGCATAG
34259632 CTAAGTTCAA
Statistics
Matches: 1781, Mismatches: 373, Indels: 234
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
269 71 0.04
270 19 0.01
271 24 0.01
272 6 0.00
273 86 0.05
274 5 0.00
275 6 0.00
276 1 0.00
277 1 0.00
278 8 0.00
280 9 0.01
281 1 0.00
282 2 0.00
283 10 0.01
284 102 0.06
285 681 0.38
286 105 0.06
287 282 0.16
288 80 0.04
289 9 0.01
290 3 0.00
291 23 0.01
292 17 0.01
293 41 0.02
294 40 0.02
295 17 0.01
296 11 0.01
297 7 0.00
298 8 0.00
299 10 0.01
300 95 0.05
301 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (281 bp):
TTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTAGGCAAATTCGGCTACAG
AATCAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGA
AGTTCTCGTGTCTTATGATCTTTTTATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGGCGAA
GTAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAATTTACAATGTGAT
GCATAGTGAAGTTATTATGTC
Found at i:34258542 original size:214 final size:218
Alignment explanation
Indices: 34258157--34258784 Score: 641
Period size: 229 Copynumber: 2.8 Consensus size: 218
34258147 TTTTAAAAGG
* * * * * *
34258157 TTAAA-ATGAAAATTTACAATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATAT-TTTTTAAT
1 TTAAATATTAAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGA-ATCTTTTTAA-
* * * * ** * *
34258220 TTTCATTTCTAAATATTGAAACTCGAATCTTGTGGCAAAGTTGGTTAC-AGAATCAAAGATAAAG
64 CTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGA-AATTATAGATAAAG
* * * * *
34258284 TATAAAATTTTGAGAGGTTCAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGC-TCTCATGTCT
128 TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-AAACTTCTCAGGTCT
34258348 TA-TGATTCTTT-TT-A-AT-T-TAAATA
192 TATTG-TT-TTTCTTAATATATGTAAATA
* **
34258371 TTAAATATTAAAATTTACAATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTAATATGAATCTTTTTAA-T
1 TTAAATATTAAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAACT
* * * *
34258435 TACATTTTTATATATTGAAACTAGAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAATTATAGATGAAGTA
66 T-CATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATAGATAAAGTA
* * * * *
34258500 TAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTTTTAT
130 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCAGGTCTTAT
*
34258565 TGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAATT
195 TGTTTTTCTT-A-ATATA-TGTAAATA
* * *
34258592 TTTAATAAGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTC
1 TTAAAT-A-TT---A---AAATTTACAATGTGATGCATAGCA-AAGTTCTCGTGTCTTATGAATC
* * * *
34258656 TTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAACTCGAATTTTAAGGCAAATTCCGTTACGGAATTATAG
57 TTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATAG
*
34258721 ATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
122 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
34258785 GTGTTTTAAT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 49, Indels: 33
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
213 8 0.02
214 111 0.33
215 48 0.14
217 1 0.00
218 2 0.01
220 1 0.00
221 10 0.03
222 1 0.00
223 2 0.01
226 1 0.00
228 1 0.00
229 153 0.45
230 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (218 bp):
TTAAATATTAAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAACT
TCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATAGATAAAGTAT
AAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCAGGTCTTATT
GTTTTTCTTAATATATGTAAATA
Found at i:34259129 original size:428 final size:428
Alignment explanation
Indices: 34257046--34259632 Score: 1457
Period size: 428 Copynumber: 6.0 Consensus size: 428
34257036 GTAACAGATT
* * * * * * * * *
34257046 CATGTGATGCATGGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAA
1 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATATTAAA
* * * * * ** * * *
34257111 ATTCAAATTTTGAGGCGAAATTCGGTACGGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAATAGGTTAA
65 ACTCAAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAA
* ** ** * * *
34257176 AATAGAAATTTA-CAATGTGATGCA-GAGCGAAGTTCTTGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTC
130 AACAGAAATTTACCAA-GTGACACATGA-AAAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTC
* ** * * * * **
34257238 ATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCGAAGT-TGTTACGGAATCAAAGATAAAGTATAA
192 ATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGAACTCCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAA
* * * * * ** *
34257302 A-ATTTAAAGAGGTTACAATCGATATTTACCATGTGATGCATAGTGAAGTTATTA-TGTCTTATG
257 ATTTTTAAA-AGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT-CTAGTGTCTTATG
* *
34257365 ATATTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATT-AAAACTCGAATTTAT-AGGCAAATTCGGCTACAG
320 ATA-TTTTT-AAATTTCATTTTTAAATATTGAAAA-TCGAATTT-TGAGGCAAAGTCGGTTACA-
* * * *
34257428 AAATCATAGATATAGTATAAAGTTTT-ATGAGGTTAAAATTGAAATTTAC
380 AAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGA-GAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* ** * * * * ** * *
34257477 CATTTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTTTTATGATAATTTT---TTTATTTTTAAATATTAAAA
1 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAAGTTATTTATAAATATTAAAA
* * * * * * * * * * *
34257539 TTCGAATTTCGAGGCAAAGTCAGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAA
66 CTCAAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAA
** ** * * * *
34257604 ATGGAAATTTA-CAATGTGATGCAT-AGATAAGTTCT--TG-----TG--T-TTTATGA-TTC-T
131 ACAGAAATTTACCAA-GTGACACATGA-AAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCAT
* * * * * * * *
34257655 TTTTAAATATTGAAACTC-AATTTTGAGGC-ACAATCCGTCACAGAATTAAAGATAAAATATAAA
194 TTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGA-ACTCCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAA
* * * * ** *
34257718 TTTTTAAGAGGTTGAAATGGTAATTTACAATGTGATGCTTAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGAT-
258 TTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTAGTGTCTTATGATA
* * * * * * ** ** *
34257782 TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAACTTTAAGGCTAAGTCCATTACGGAATTAA
323 T-TTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAAATCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAA
* * * * * * *
34257847 AGTTAAAATATAAAGTGTTAAGAGGTTAAAGTGGTAATTTAC
387 AGATAAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * ** * * * * * ** *
34257889 AATGTGATGCGTAGTGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTTATTT-TAAATATTGAA
1 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATT-GTTTTAAAGTTATTTATAAATATTAAA
* * * * ** ** * *
34257953 ACTCGAACTTT-GAGGCGAAGTTCATTACGGAATTAAAGATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTA
65 ACTC-AAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTA
*** * * ** *
34258017 AATTGGAAATATACCATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCAT
129 AAACAGAAATTTACCAAGTGACACATGAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCAT
* * * * *
34258082 TTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGT-TGATTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAA
194 TTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGAACTCCG-TTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAA
* * * * * * *
34258146 CTTTTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATA
258 TTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTAGTGTCTTATGATA
* * * * * * *
34258211 TTTTTTAATTTTCATTTCTAAATATTGAAACTCGAATCTTGTGGCAAAGTTGGTTACAGAATCAA
323 -TTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAAATCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAA
* * *
34258276 AGATAAAGTATAAAATTTTGAGAGGTTCAAATAGAAATTTAC
387 AGATAAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * * * * * * **
34258318 CATGTGATGCATAGCGAAGC-TCTCATGTCTTATGATTCTTTTTAATTTAAATATTAAATATTAA
1 CATGTGATGCATAGC-AAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAAGTTATTTA-TAAATATTAA
* * * * * * * *** * *
34258382 AATTTACAATATGAT-GCATAGCAAAGTTCTCGTGT--AATATGAATCTTTTTAA-T-TACATTT
64 AA-CT-CAA-AT-TTCG-AGA-CGAA-CTC-CG-GTACAAAATTAA--AGATAAAGTATAAATTT
* * * * * * * * * *
34258442 TTATATA--TTGAAACTAGAATTTTGAGACAAAGT--C-CGTTACGAAA-TTATAGATG-AAGTA
118 TTA-AAAGGTTAAAAC-AGAAATTT---ACCAAGTGACACATGA-AAAACTTCTCG-TGTTA-TA
* * * * ** ** * * * *
34258500 TAAAT-TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAAT-TT---AC-CATATGAT-GCATAGCAAACTTCTCGG
175 TGAATCTTTT-TAA-TTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAAT-TTCGC--GGCGAAC-TC-C--
***** * * *
34258558 GTTTTATTGTTTTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTAATAA-GTTAAAATGGAAATTTACAATG
231 G--TTA--CAAAATC-AAAGATAAAGTATAAATTTTTAA-AAGGTTAAAATGGAAATTTACAATG
* * * * * *
34258622 TGATGCATAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATGAT-TCTTTTTAACTTCATTTTTAAACATTGAAAC
290 TGATGCATAGCA-AAGTTCTAGTGTCTTATGATAT-TTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAAA
* * * ** * * * *
34258685 TCGAATTTTAAGGCAAATTCCGTTACGGAATTATAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAA
353 TCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAA
*
34258750 TAGAAATTTAC
418 TGGAAATTTAC
* * *
34258761 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TT-TAATTTTTTTATTTAATTTCATTTTTAAATATT
1 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTA---AAGTT-ATTTATAAATATT
* * * ** * *
34258824 AAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACAAAA-T-AATATAAAGTATAATTTTTTAAAAGGT
62 AAAACTCAAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGT
* *
34258887 TAAAACAGAAATTTACCAAGTGACACAT-AACAAACTTCTCTTGTCT-TATGATTCTTTTTAATT
127 TAAAACAGAAATTTACCAAGTGACACATGAA-AAACTTCTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATT
* * * * * * *
34258950 TCATTTTTCACTATTGAAACTCGAATTTTGCGGCGAACTCCGTTACAAAATGAATGATAAAGTAT
190 TCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGAACTCCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTAT
* * * *
34259015 AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATG
255 AAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTAGTGTCTTATG
* *
34259080 ATATTTTTAAATTTCATTTTTAAATA-TGAAAATTTGAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTACAAAAT
320 ATATTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAAA-TCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAAT
* ** *
34259144 CAAAGATACAGTATAAATTTTTGACTGGTTAAAATGGAAATTTAA
384 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
* * * * *
34259189 AATGTGATGCATAGCAAAGTTCTTGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTTATTTATAAATATTGAAA
1 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAAGTTATTTATAAATATTAAAA
* * * * **
34259254 CTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAA
66 CTCAAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAA
** * ** *
34259319 ATGGAAATTTACCATGTGATGCATGGAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTT
131 ACAGAAATTTACCAAGTGACACATGAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTT
* * * * * *
34259384 TTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGTCGGTTACAGATTCAAAGATAAAGTATAAACTT
196 TTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGAACTCCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
* * * * * *
34259449 TTAAAAGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGAAGTAGAGCGAAGTTCTTGTGTCTTATGATATTT
261 TTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTAGTGTCTTATGATA-TT
* * * *
34259514 TTTAATTTTCATTTCTAAATATTGAAACA-CGAATTTTGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAG
325 TTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAA-ATCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAG
** *
34259578 ATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTCAAATGGAAATTTAC
389 ATAAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
34259618 CATGTGATGCATAGC
1 CATGTGATGCATAGC
34259633 TAAGTTCAAA
Statistics
Matches: 1667, Mismatches: 378, Indels: 224
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
412 69 0.04
413 43 0.03
414 21 0.01
415 171 0.10
416 21 0.01
417 7 0.00
418 1 0.00
420 2 0.00
422 2 0.00
424 1 0.00
425 7 0.00
426 40 0.02
427 133 0.08
428 453 0.27
429 217 0.13
430 27 0.02
431 42 0.03
432 2 0.00
433 14 0.01
434 14 0.01
435 31 0.02
436 59 0.04
437 31 0.02
438 19 0.01
439 13 0.01
440 4 0.00
441 14 0.01
442 9 0.01
443 114 0.07
444 82 0.05
445 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (428 bp):
CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTCTAATTGTTTTAAAGTTATTTATAAATATTAAAA
CTCAAATTTCGAGACGAACTCCGGTACAAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAA
ACAGAAATTTACCAAGTGACACATGAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATCTTTTTAATTTCATTT
TTAAATATTAAAACTCAAATTTCGCGGCGAACTCCGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTT
TTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTTCTAGTGTCTTATGATATTT
TTAAATTTCATTTTTAAATATTGAAAATCGAATTTTGAGGCAAAGTCGGTTACAAAATCAAAGAT
AAAGTATAAATTTTTGAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC
Found at i:34259666 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 34259572--34259705 Score: 169
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
34259562 GGTTACAAAA
* * * * * *
34259572 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTGAGAGGTTCAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCTAAG
1 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
34259637 T
66 T
* ** * *
34259638 TCAAAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATAGCGAAG
1 TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
34259703 T
66 T
34259704 TC
1 TC
34259706 TCGTGTGTTA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
66 57 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (66 bp):
TCAAAGATAAAGTATAAAACTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGAATAGCGAAG
T
Found at i:34260374 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 34260220--34260380 Score: 207
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
34260210 AGATAAAGTA
* * *
34260220 TAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTGAT
1 TAAACTTTTAAAACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTGCTCGGGTCTGAT
*
34260285 TATTCTTCTTAAGATATTC
66 GATTCTTCTTAAGATATTC
* * * * * *
34260304 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTGGTCGTGTCTTA
1 TAAACTTTTAAAACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCA-AACTGCTCGGGTCTGA
*
34260368 TGATTCTTTTTAA
65 TGATTCTTCTTAA
34260381 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 11, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.02
84 64 0.98
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (84 bp):
TAAACTTTTAAAACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTGCTCGGGTCTGAT
GATTCTTCTTAAGATATTC
Found at i:34260477 original size:227 final size:227
Alignment explanation
Indices: 34260077--34260501 Score: 681
Period size: 227 Copynumber: 1.9 Consensus size: 227
34260067 AGTTAAAGTA
* * *
34260077 TAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTATTAT
1 TAAACTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTATTAT
* * *
34260142 GAATCTTTTTACTTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCAATACGGAAT
66 GAATCTTTTTACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCAATACGGAAT
* *
34260207 TATAGATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT
131 AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT
34260272 TCTCGGGTCTGATTATTCTTCTTAAGATATTC
196 TCTCGGGTCTGATTATTCTTCTTAAGATATTC
* * * *
34260304 TAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTAT
1 TAAACTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTATTAT
* **
34260369 GATTCTTTTTAAC-TTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAA
66 GAATCTTTTT-ACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCAATACGGAA
* *
34260433 TAATAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCATAC
130 TAATAGATAAAGTATAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAC
34260498 TTCT
195 TTCT
34260502 TGTGTTTTAT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 17, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
227 178 0.99
228 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (227 bp):
TAAACTTTTAAGACGTTAAAATGGAAATTTACAATATGATGCATAGAGAAGTGCTCGTGTATTAT
GAATCTTTTTACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCAATACGGAAT
AATAGATAAAGTATAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT
TCTCGGGTCTGATTATTCTTCTTAAGATATTC
Found at i:34260681 original size:223 final size:222
Alignment explanation
Indices: 34260391--34260842 Score: 638
Period size: 223 Copynumber: 2.0 Consensus size: 222
34260381 CTTCATTTTT
* *
34260391 AAATATTGAAACTCAAATATTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATAATAGATAAAGTATAAAATTTT
1 AAAT-TTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAATAATAGATAAAGTATAAAATTTT
* *
34260456 AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-ATACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTT
65 AAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAT-CTTCTAGTGTTTTATGATTTTTT
* ** *
34260520 TAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTCGGGTACAGAATCAAATATA
129 TAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAAGTACAGAATCAAAGAT-
*
34260585 AAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
193 AAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
* ** * *
34260615 AAATTTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGAAATTAA-AGATATAGTATAAATTTTT
1 AAATTTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAA-TAATAGATAAAGTATAAAATTTT
* *
34260679 AAGAGTTTAAAATAGAAATTTACCGTGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTT
65 AAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTT
* * * * * *
34260744 TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGCAAAGTCAATTACATAATCAAAGATAC
130 AAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAAGTACAGAATCAAAGATAA
* *
34260809 AGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGG
195 AGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
34260837 AAATTT
1 AAATTT
34260843 AAAATGTGAT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 24, Indels: 6
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
222 32 0.16
223 161 0.80
224 9 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (222 bp):
AAATTTGAAACTCAAATATTGAGGCAAACTCCGTTACGAAATAATAGATAAAGTATAAAATTTTA
AGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAATCTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTA
AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAAGTACAGAATCAAAGATAAA
GTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGA
Found at i:34261775 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 34261608--34261780 Score: 215
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
34261598 ACAAAATTAT
* * *
34261608 AGATAAAGTATAAATTCTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATGGCAAACTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCT
**
34261673 CGGGTCTTATTCTTCTTCTTA
66 CGGGTCTTATGATTCTTCTTA
* * * *
34261694 AGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTG
1 AGATAAAGTATAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCA-AACTT-
* *
34261757 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTA
64 CTCGGGTCTTATGATTCTTCTTA
34261780 A
1 A
34261781 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 11, Indels: 4
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.04
86 71 0.96
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (86 bp):
AGATAAAGTATAAATTCTTAAAAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCT
CGGGTCTTATGATTCTTCTTA
Found at i:34262028 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 34261693--34263327 Score: 1436
Period size: 141 Copynumber: 11.5 Consensus size: 141
34261683 TCTTCTTCTT
* * * *
34261693 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * *
34261756 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAAG
65 -CTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAG
34261821 TCCGTTACAGAATTA
127 TCCGTTACAGAATTA
* * * *
34261836 TAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * **
34261901 TCGTGAT-TTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAATATTAAAATTCGCATTTCGAGACTAAGTTG
66 TCGTG-TCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCC
* *
34261965 GATACAGAATCA
130 GTTACAGAATTA
* * * *
34261977 AATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
34262042 TTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-TATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTC
34262107 CGTTAC-GAAATTA
129 CGTTACAG-AATTA
* * * * *
34262120 AATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAAATTACCGTGTGATGCATAGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * * *
34262185 TAGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCA
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCC
*
34262249 GTTACAGAATCA
130 GTTACAGAATTA
* * ** * *
34262261 AAGATACAA-TATAGATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATGCATAGAAAAGTT
1 AAGATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * *
34262325 ATCGTGTCTTCTGATTGCTTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAATTTCATTT-TTAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGT
** **
34262389 CTATTATGGAATTA
128 CCGTTACAGAATTA
* * * * * * *
34262403 AAGATAAAGTATAAATTCTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGATGCATAGAAAAGTTA
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * *
34262468 TCGTGTCTTCTGATTTTTTAAATTT--TTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTT-T-AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
34262531 CATTACTGAATTA
129 CGTTACAGAATTA
* * *
34262544 AAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTT
* *
34262608 CTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCGAAG
65 CTCGTGTCT-TATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAG
* *
34262672 TCGGTTACAGAATCA
127 TCCGTTACAGAATTA
* * ** * ** * *
34262687 AAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATTAATAACG
1 AAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * * * *
34262752 AAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGATTTTTGAAG-
60 AACTTCTCGTGTCTTATG-ATTTTTTTAATTTCA-TTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGC
* **
34262816 GAATGTCTGTTATGGAATTA
123 GAA-GTCCGTTACAGAATTA
* * * * *
34262836 AAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * *
34262901 TCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGC-AACGTC
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAA-GTC
* * *
34262965 AGTTATAGAATCA
129 CGTTACAGAATTA
* * *
34262978 AAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * * ** *
34263042 TCATATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-AATTC
66 TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATT-TTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAGG-CGAAGTC
* * *
34263106 GGTTAGC-GGATCA
129 CGTTA-CAGAATTA
* * * * * * * * *
34263119 AA-ATTAAAGTAAAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTT
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * *
34263183 CTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGT
65 CTCGTGTCTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAA-TATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGT
*
34263248 CCGTTA-TGAAATTA
128 CCGTTACAG-AATTA
* * *
34263262 TAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
34263326 CT
65 CT
34263328 TAGGTCTTAT
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 233, Indels: 90
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.00
140 7 0.01
141 440 0.36
142 280 0.23
143 360 0.30
144 9 0.01
145 1 0.00
147 1 0.00
148 3 0.00
149 106 0.09
150 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
TCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCCG
TTACAGAATTA
Found at i:34262484 original size:283 final size:284
Alignment explanation
Indices: 34261693--34263327 Score: 1559
Period size: 284 Copynumber: 5.7 Consensus size: 284
34261683 TCTTCTTCTT
* * * *
34261693 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAA-TTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT-
* * * * *
34261757 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
* * * *
34261822 CCGTTACAGAATTATAGATAAAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGAT
130 CCGTTACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGAT
* * * *
34261887 GCATAGCACACTTCTCGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTT-AATATTAAAATTCGCATT
195 GCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* ** *
34261951 TCGAGACTAAGTTGGATACAGAATCA
259 TCGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCA
* * * * *
34261977 AATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTC
* * *
34262042 TTGTATCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
* * * * * *
34262107 CGTTAC-GAAATTAAATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAAATTACCGTGTGAT
131 CGTTACAG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGAT
* ** *
34262171 GCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTT
195 GCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
34262236 CGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCA
260 CGAGACAAAGTCAGTTACAGAATCA
* * * *
34262261 AAGATACAA-TATAGATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAGAATGTGATGCATAGAAAAGTT
1 AAGATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT
* * * *
34262325 ATCGTGTCTTCTGATTGC-TTTAAATTT-ATTTATAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC
65 CTCGTGTCTTATGATT-CTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC
** ** * * *
34262388 TCTATTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTCTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTAACATGTGA
129 TCCGTTACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGA
* * * * * * * * *
34262453 TGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTTTAAATTT--TTTTATGAATATTGAAACTCAAA
194 TGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTT-AATTTAATTTT-TAAATATTAAAATTCGAA
* * * * * *
34262516 TTTTGAGGCGAACTCCA-TTACTGAATTA
257 TTTCGAGACAAAGT-CAGTTACAGAATCA
* * *
34262544 AAGATAAAGTATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AAAACTT
* * * *
34262608 CTCGTGT-TATATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCGAAG
65 CTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC
* * * *
34262672 TCGGTTACAGAATCAAAGAAAAACTTAATGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATA
129 TCCGTTACAGAATTAAAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-A
* ** * * * * * * *
34262737 -ATTTGATTAATAACGAAGTTCTCATGTGTTATGAATCTATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAA
187 CATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-AT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAA
* * * * * * ** *
34262801 ACTCGATTTTTGA-AGGAATGTCTGTTATGGAATTA
250 ATTCGAATTTCGAGA-CAAAGTCAGTTACAGAATCA
* * * * * * *
34262836 AAGAAAAAGTTTAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTC
* * * * * *
34262901 TCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGC-AACGT
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-T
* * * * *
34262964 CAGTTATAGAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT-ATATGTGAT
130 CCGTTACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGAT
* * * * *
34263028 GCATTGCAAACTTCTCATATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATT
195 GCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTT-AATTTAATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* * * *
34263093 TCAAGGAC-AATTCGGTTAGC-GGATCA
259 TCGA-GACAAAGTCAGTTA-CAGAATCA
* * * * * * *
34263119 AA-ATTAAAGTAAAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGA-ACAAAGT
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGA-AAACT
* * * * * * *
34263182 TCTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAG
64 TCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC
* * * * *
34263247 TCCGTTA-TGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCA-AGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGT
129 TCCGTTACAG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGT
34263310 GATGCATAGCAAACTTCT
192 GATGCATAGCAAACTTCT
34263328 TAGGTCTTAT
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 202, Indels: 83
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
282 14 0.01
283 338 0.31
284 458 0.41
285 64 0.06
287 1 0.00
288 1 0.00
290 58 0.05
291 65 0.06
292 102 0.09
293 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (284 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTC
TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
CGTTACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATG
CATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTC
GAGACAAAGTCAGTTACAGAATCA
Found at i:34263552 original size:233 final size:233
Alignment explanation
Indices: 34263136--34263561 Score: 642
Period size: 233 Copynumber: 1.8 Consensus size: 233
34263126 AGTAAAAACT
* * * * *
34263136 TTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAACAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
* * *
34263201 TTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGA
66 TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
* *
34263266 TAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
131 TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
34263331 GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
196 GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
* * *
34263369 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGA-GAAGTGCTCGTGTCTTAT-AATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACA-ACAAAGTGCTCGTGTATTATGAA-T
* * *
34263432 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
64 CTTTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATA
* *
34263497 GATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCT
129 GATAAAGTATAAATTTTTGAA-AGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT
34263561 T
193 T
34263562 GCGTTTTATG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 18, Indels: 6
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
232 3 0.02
233 168 0.98
234 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (233 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAACAAAGTGCTCGTGTATTATGAATCT
TTTTAACTTCATTTTCAAATATTGAAACTAGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGAAATTATAGA
TAAAGTATAAATTTTTGAAAGGTTAAAAAGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAG
GTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTTTA
Found at i:34263834 original size:521 final size:515
Alignment explanation
Indices: 34262851--34263847 Score: 1218
Period size: 521 Copynumber: 1.9 Consensus size: 515
34262841 AAAGTTTAAA
* * * * *
34262851 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT
1 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCACAGCAAACTGCTCGTGTCTTATAATT
* * * *
34262916 TTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACGTCAGTTATAGAATCAAAG
66 TTTTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGCCAGTTATAGAATCAAAG
* * * * *
34262981 ATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATATGTGATGCATTGCAAACTTCTCAT
131 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACATGTGATGCATAGCAAACTTCTCAC
*
34263046 ATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGTTA
196 ATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGGTA
* ** * *
34263111 GCGGATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAGGAGTTTAAAATGGGAATTTACAATGTGATGCAGAA
261 GCGAATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAA
* * *
34263176 CAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAATTATTGAAACTAGAATTTTGAG
326 CAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAACTATTGAAACTAGAATTTTGAG
* * * * * *
34263241 GCAAAGTCCGTTATGAAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTGCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACC
391 ACAAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACTTTT-CAAGGTTAAAAAGGAAATTTACC
34263306 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
455 ATGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
* *
34263367 TATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATAA
1 TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCACAGCA-AACTGCTCGTGTCTTATAA
* * * * * *
34263430 TTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTA
64 TT-TTTTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGCCAGTTATAGAATCA
* *
34263495 TAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTC
128 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAACTTC
** * * * * ** *
34263560 TTGCGTTTTATGATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGA-GACTAA
192 TCACATTTTATGA---TTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGAC-AA
* * * * *
34263624 GTT-GGGTA-CATAATC-AAATATAAAGTATACATTTTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCA
253 -TTCGGGTAGC-GAATCAAAAT-TAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGG-AAATTTACAA
* ** * * * *
34263685 TGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAAC
314 TGTGATGCAGAACAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAACTATTGAAAC
* *
34263750 TCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACTTTT-AAGGGTGTAAA
379 TAGAATTTTGAGACAAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACTTTTCAA-GGT-TAAA
* **
34263814 ATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC
442 AAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
34263848 CAGTGTTTTA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 65, Indels: 23
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
515 3 0.01
516 53 0.13
517 91 0.23
518 28 0.07
519 2 0.00
520 13 0.03
521 210 0.52
522 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (515 bp):
TATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCACAGCAAACTGCTCGTGTCTTATAATT
TTTTTAACTTAATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCAAAGCCAGTTATAGAATCAAAG
ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACATGTGATGCATAGCAAACTTCTCAC
ATTTTATGATTTTTTAAATTTAATTATTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGACAATTCGGGTA
GCGAATCAAAATTAAAGTAAAAACTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAA
CAAACTTCTCGTATATTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTCAACTATTGAAACTAGAATTTTGAG
ACAAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGTATAAACTTTTCAAGGTTAAAAAGGAAATTTACCA
TGTGATGCATAGCAAACTTCTTAGGTCTTATTATTCTTCTTAAGATATAGTGTAAATTTT
Found at i:34263938 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 34263369--34264868 Score: 1301
Period size: 143 Copynumber: 10.5 Consensus size: 142
34263359 TAAATTTTTA
* * * * *
34263369 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATTGTGATGCACAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATAATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGCA-AACTTCTCGTGTTTTATGATT
* * * * * *
34263432 CTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGCCCGTTATGGAATTATA
64 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAA
34263497 GATAAAGTATAAATT
128 GATAAAGTATAAATT
* * * *
34263512 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTTGCGTTTTATGATTTT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA---T
* * * * ** * **
34263577 TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACATAATCAAA
63 TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAA
* *
34263642 TATAAAGTATACATT
128 GATAAAGTATAAATT
* * *
34263657 TTTAAAAGGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTT-TGATT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGG-AAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGT-TTTATGATT
* * * * * * * *
34263720 CTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTACGAAATGAAA
64 -TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAA
*
34263785 GATAAAGTATAAACT
128 GATAAAGTATAAATT
**
34263800 TTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTTTATGATT
1 TTTAAGAGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC-GTGTTTTATGATT
* * * * * **
34263863 TTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAAG
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAG
*
34263928 ATACAGTATAAATT
129 ATAAAGTATAAATT
* * * ** * * * * *
34263942 TTTAACAAGTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
* ** * * * * *
34264007 TTTAAATTT--TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTGAATTAAA
66 TTT-AATTTCATTTTTA--AATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAA
*
34264070 GATAAAGTATAAAAT
128 GATAAAGTATAAATT
* * * *
34264085 TTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTATATGAATC
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATT
* * * *
34264149 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
64 TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAG
* **
34264214 AAAAACTTAATGTATTTATT
129 ----A--TAAAGTATAAATT
** * * * * * * *
34264234 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAGTTCTCGTGTGTTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTT
* * * * * * * * * * *
34264299 ATTTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGAAGG-GATGTCTGTTATGAAATTAAAG
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTG-AGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAG
* * *
34264363 AAAAAGTTTAAATA
129 ATAAAGTATAAATT
* *
34264377 TTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
* * * * * * **
34264442 TTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGA-GCAATGTCTGTTATAGAATCAAAGAT
66 TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAGAT
* **
34264506 ACAGTATTGATT
131 AAAGTATAAATT
* * ** * *
34264518 TTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTA-TATGCAATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
* * * * * * * *
34264582 TTTAATTTAATTATTAAATAGTAAAA-TTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAATA
66 TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTT-GAATTTTGAGGCAAAGTCCGTT-ACGGAATCAA-A
34264645 G-TAAAGTATAAATT
128 GATAAAGTATAAATT
* * * * * *
34264659 TTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTATGAATCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATG-ATTT
* * * * *
34264724 TTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATAGA
65 TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAGA
* *
34264785 TAAAGTAAAAAAT
130 TAAAGTATAAATT
* * * *
34264798 TTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGAGTCTTATTATTCT
1 TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-T
34264863 TTTTAA
65 TTTTAA
34264869 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 231, Indels: 84
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
138 8 0.01
139 93 0.09
140 66 0.06
141 101 0.09
142 195 0.18
143 374 0.34
144 13 0.01
145 117 0.11
146 5 0.00
147 1 0.00
149 110 0.10
150 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
TTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTT
TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGTCCGTTACGGAATCAAAGAT
AAAGTATAAATT
Found at i:34264032 original size:285 final size:282
Alignment explanation
Indices: 34263377--34264868 Score: 1414
Period size: 285 Copynumber: 5.2 Consensus size: 282
34263367 TATTTAAGAG
* * * * *
34263377 GTTAAAATGGAAATTTACATTGTGATGCACAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATAATTCTTTTTAACT
1 GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAA-T
* * * * * *
34263442 TCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTGAGGCAAAGC-CCGTTATGGAATTATAGATAAAGTA
64 TTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAA-CTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTA
* * * *
34263506 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCACACTTCTTGCGTTTTAT
128 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAT
* * * *
34263571 GATTTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACTAAGTTGGGTACATA
193 GA---TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAA
* * *
34263636 ATCAAATATAAAGTATACATTTTTAAAA
255 ATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAAA
* * * * *
34263664 GGTTAAAA-GGAAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTTTGATTCTTTTTAA
1 -GTTAAAATGG-AAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAA
* * *
34263728 TTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGACGAACTCCGTTACGAAATGAAAGATAAAGT
63 TTT-ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGT
* **
34263793 ATAAACTTTTAAG-GGTGTAAAATGGAAATTTACTGTGTGATGCATAGCAAACTTC-CAGTGTTT
127 ATAAATTTTTAAGAGGT-TAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC-GTGTTT
*
34263856 TATGATTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAA
190 TATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAA
34263921 ATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAA
255 ATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAA-AA
* * * *
34263950 GTTAGAATGGAAATTTAAAATGTGATGCATAGAAAAGTTATCGTGTCTTCTGATTTTTTTAAATT
1 GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTT-AATT
* *
34264015 T-TTTTTATGAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTACTG-AATTAAAGATAAAGT
65 TATTTTTA--AATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTAC-GAAATTAAAGATAAAGT
* * * *
34264078 ATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT-GAAAAACTTCTCGTGTTAT
127 ATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTCGTGTTTT
* * * * *
34264142 ATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTACAGA
191 ATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAA
* ** *
34264207 ATCAAAGAAAAACTTAATGTATTTATTTTTAAGAG
255 ATCAAAG--ATAC---A-GTATAAATTTTTAA-AA
* * * *** * * *
34264242 GTTAAAATGGAAATTTATAATTTGATGAATATCGAAGTTCTCGTGTGTTATGAATCTATTTAATT
1 GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATG-ATTTTTTTAATT
* * * ** * * * *
34264307 TAATTTTTTAATATTAAAACTCGAGTTTTGAAGG-GATGTCTGTTATGAAATTAAAGAAAAAGTT
65 T-ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTG-AGGCGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTA
* * *
34264371 TAAATATTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAT
128 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAT
* * * * * *
34264436 GATTTTTTTAATTTAATTTTTAAATATTAACATTTGAATTTCGAG-CAATGTCTGTTATAGAATC
193 GATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATC
** *
34264500 AAAGATACAGTATTGATTTTTAAGAG
258 AAAGATACAGTATAAATTTTTAA-AA
* * ** * * * * *
34264526 GTTAAAATGAAAATTTA-TATGCAATGCATTGCAAACTTCTCATGTTTTATGATTTTTTTAATTT
1 GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTT
* * * * * * * * * * *
34264590 AATTATTAAATAGTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAATTCGGTTGGCGGAA-CAATAG-TAAAGTA
66 -ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTT-ACGAAATTAA-AGATAAAGTA
* * * * *
34264653 TAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
128 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTAT
* * * ** * * *
34264718 GAATCTTTTTAATTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTACGAAAT
193 G-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAAT
* * * * *
34264779 TATAGATAAAGTAAAAAATTTTAAAA
257 CAAAGATACAGTATAAATTTTTAAAA
* * * * *
34264805 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGAGTCTTATTATTCTTTTTAA
1 -GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTAA
34264869 GATATAGTGT
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 170, Indels: 76
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
279 12 0.01
280 47 0.05
281 33 0.03
282 114 0.11
283 52 0.05
284 38 0.04
285 229 0.23
286 71 0.07
287 8 0.01
288 163 0.16
290 19 0.02
291 42 0.04
292 156 0.16
293 10 0.01
294 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (282 bp):
GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAGTTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTAATTT
ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAA
ATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTTTTATGAT
TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAAAGTCGGTTACAAAATCAAA
GATACAGTATAAATTTTTAAAA
Found at i:34264894 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 34264797--34264954 Score: 248
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
34264787 AAGTAAAAAA
* *
34264797 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT-CTCGAGTCTTATTAT
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGAGTCTTATGAT
34264860 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
64 TCTTTTTAAGATATAGTGTAAAT
* *
34264883 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGTGTCTTATGATTC
1 TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
34264948 TTTTTAA
66 TTTTTAA
34264955 CTTCATTTTT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 4
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.05
86 63 0.95
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (86 bp):
TTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGCTCGAGTCTTATGATTC
TTTTTAAGATATAGTGTAAAT
Found at i:34265068 original size:229 final size:225
Alignment explanation
Indices: 34264653--34265073 Score: 648
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 225
34264643 TAGTAAAGTA
*
34264653 TAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
* *
34264718 GAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTTAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
66 GAATCTTTTTAACTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
*
34264783 GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
131 GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAACTTCTC
34264848 GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
196 GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
* *
34264878 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TTGCTCGTGTCTT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCA-AAGTT-CTCGTGTATT
* * * *
34264941 ATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTTCGTTATGGA
64 ATGAATCTTTTTAACTTCATTTTT-AA-A-T-AAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAA
* * * *
34265006 ATTATAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAA
125 ATTATAGATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAA
34265071 CTT
190 CTT
34265074 GTCGTGCTTT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 14, Indels: 8
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
224 3 0.02
225 77 0.44
226 2 0.01
227 1 0.01
228 1 0.01
229 92 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (225 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCAGAGCAAAGTTCTCGTGTATTAT
GAATCTTTTTAACTTCATTTTTAAATAAACTAGAATTTTAAGGCAAAGTCCGTTACGAAATTATA
GATAAAGTAAAAAATTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATACATAGCAAACTTCTC
GAGTCTTATTATTCTTTTTAAGATATAGTG
Found at i:34265334 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 34264867--34266793 Score: 1720
Period size: 143 Copynumber: 13.6 Consensus size: 143
34264857 TATTCTTTTT
* * *
34264867 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAA-TT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * * *
34264930 GCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAA
65 -CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTTGAGGCGAA
* * * *
34264994 GTTCGTTATGGAATTA
128 GTCCGTTACGAAATCA
* * * * *
34265010 TAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
34265075 TCGTG-CTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAATTCACATTTCGAGACTAA
66 TCGTGTC-TTATGA-TTCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAA
* *
34265139 GTCGGGTAC-AAATCA
128 GTCCGTTACGAAATCA
* * * * * *
34265154 AATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAAAACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * * * * * *
34265218 CTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATTTGTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* *
34265283 CCATTACGAAATGA
130 CCGTTACGAAATCA
* * *
34265297 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA-AACTT
* * * **
34265361 GTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* *
34265426 CCGTTACGGAATTA
130 CCGTTACGAAATCA
* * * *
34265440 TAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * *
34265504 TCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
34265568 GGGTAC-AAATCA
131 CGTTACGAAATCA
* * * * *
34265580 AATATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* *
34265644 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAACT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* * *
34265709 CCATTATGAAATGA
130 CCGTTACGAAATCA
* * *
34265723 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAACAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * ** *
34265788 TAGTGT-TGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAGT
66 TCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
*
34265852 -CGTTTACAAAATCA
130 CCG-TTACGAAATCA
* * ** * * *
34265866 AAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTAAAGTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * * * *
34265931 TCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
34265995 CGTTACGGAATTA
131 CGTTACGAAATCA
* * * * * *
34266008 AAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * *
34266073 TTGTGT-TATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAG
66 TCGTGTCT-TATGATTC-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAG
* *
34266137 TCGGTTACAAAATCA
129 TCCGTTACGAAATCA
* * * ** *
34266152 AAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA
1 AAG----A--TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
* * * * * * *
34266217 AAGTTCTTGTGTGTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG
60 AACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTG-AGG
* ** * * *
34266282 -GATGTTTGTTATGGAATTA
124 CGAAGTCCGTTACGAAATCA
* * * *
34266301 AAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * * * * *
34266366 TCGCGTTTTATGATT-TTATTTAATTTTATTTTTAAACATTAAAATTCGAATTTTGAGG-AAACG
66 TCGTGTCTTATGATTCTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAA-G
* *
34266429 TCGGTTACAAAATCA
129 TCCGTTACGAAATCA
* * * * * *
34266444 AAGATAAATTATAAATTTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
* * * ** * * * * *
34266508 TCGTGTTTTATGA---TTTTTAATTTAATTATTAAATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAATC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
* *
34266570 GGTTATTG--ATCA
131 CGTTA-CGAAATCA
* * * * *
34266582 AA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAA---
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
* * * * *
34266643 ---GT-TC-------TCGTTTTAATTTCATTTTTAATTATTAAAACTCGAATTTTTAGGCAAAGT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGT
* * *
34266697 CCATTACGGAATTA
130 CCGTTACGAAATCA
* * *
34266711 TAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
*
34266775 CTCGGGTCTTATGATTCTT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTT
34266794 CGTAAGATAT
Statistics
Matches: 1433, Mismatches: 293, Indels: 116
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 1 0.00
128 42 0.03
129 54 0.04
130 1 0.00
132 1 0.00
133 2 0.00
135 1 0.00
136 2 0.00
137 1 0.00
138 38 0.03
139 56 0.04
140 19 0.01
141 102 0.07
142 288 0.20
143 548 0.38
144 115 0.08
145 43 0.03
146 1 0.00
148 1 0.00
149 49 0.03
150 67 0.05
151 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC
TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGGCGAAGTC
CGTTACGAAATCA
Found at i:34265683 original size:426 final size:427
Alignment explanation
Indices: 34264867--34266790 Score: 1931
Period size: 426 Copynumber: 4.5 Consensus size: 427
34264857 TATTCTTTTT
* * *
34264867 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAATTGC
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
* * *
34264932 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAAGT
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTTAAGGCAAAGT
* * * *
34264996 TCGTTATGGAATTATAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGAT
130 CCGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGAT
* * * *
34265061 ACATAGCAAACTTGTCGTGCTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAATTCAC
195 GCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGA--TTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA
* * *
34265126 ATTTCGAGACTAAGTCGGGTAC-AAATCAAATATAAAGTACAAATTTTTTAAAGGTTAAAACGGA
257 ATTTCGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAA-TTTTTAAATGTTAAAATGGA
* * * * * * * *
34265190 AATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTTCTCGTATCTTATGGTTCCTTTTAGTTTCATTTGTAAC
321 AATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAA
* * *
34265255 TATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
386 TATTAAAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
*
34265297 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGG
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
* * * *
34265362 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGTC
66 TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGTC
* *
34265427 CGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATA
131 CGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
34265491 CATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
196 CATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
* *
34265556 CGAGACTAAGTCGGGTAC-AAATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAAATGTTAAAATGGAAATT
261 CGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTT-AAATGTTAAAATGGAAATT
*
34265620 TACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATT
325 TACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT
* *
34265685 AAAACTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGA
390 AAAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
* * * * * *
34265723 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTACCATGTGATGTATA-ACAAACTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGA-GAAGTG
* * * *
34265787 CTAGTGT-TGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAAAG
65 CTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAG
** * * * * **
34265851 T-CGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTG
129 TCCG-TTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTG
* * * * * * * * * * * * *
34265915 AGGCATAGTAAAGTTCTCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT-ATTTATAAATGTTGAAACTCGA
193 ATGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA
* * * * * * ** * * * * *
34265979 ATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAA
257 ATTTCGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAAT-GTTAAAATGGA
* * * * * *
34266044 AATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTCTTGTGT-TATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTA
321 AATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCT-TATGATTC-TTTTTAATTTCATTTTTA
* * ** *
34266108 AATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGTCGGTTACAAAATCAAAGAAA
384 AATATTAAAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAAT----G--A
* * * * * * *
34266158 AAGTTAAAGTATACATTTTTAAGATGTTAAAATGAAAATTTATAATTTGATGCATAGCA-AAGTT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG-AGAAGTG
* * * * * * * *
34266222 CTTGTGTGTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAATATTAAAACTCGAATTTTGAAGG-GATG
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTT-AAGGCAAAG
** * * * *
34266286 TTTGTTATGGAATTAAAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
129 TCCGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * * * *
34266351 TGCATAGAAAACTTGTCGCGTTTTATGATTTTATTTAATTTTATTTTTAAACATTAAAATTCGAA
194 TGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTT-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA
* * * * *
34266416 TTTTGAGGA--AACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAATTATAAATTTTTAAGA-GATTGAAATG
258 TTTCGA-GACTAA-GTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAA-ATG-TTAAAATG
* * * * * * *
34266478 GAAATTTA-TATGTGATGCATTGCAAACTTGTCGTGTTTTATGA---TTTTTAATTTAATTATTA
319 GAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTA
** * * * * ** * *
34266539 AATATTAAAGTTCGAATTTCGAGACCAAATCGGTTATTG--ATCA
384 AATATTAAAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTA-CGAAATGA
* * * *
34266582 AA-ATTAAGGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGT-
1 AAGA-TAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTG
* * *
34266645 -TC---TC----G-----TTTTAATTTCATTTTTAATTATTAAAACTCGAATTTTTAGGCAAAGT
65 CTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGT
* * *
34266697 CCATTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAA
130 CCGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA
* * *
34266761 TGCATAGCAAACTTCTCGGGTCTTATGATT
194 TGCATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATT
34266791 CTTCGTAAGA
Statistics
Matches: 1264, Mismatches: 196, Indels: 88
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
409 4 0.00
410 115 0.09
415 1 0.00
419 1 0.00
422 1 0.00
424 52 0.04
425 9 0.01
426 309 0.24
427 97 0.08
428 77 0.06
429 113 0.09
430 148 0.12
431 46 0.04
433 1 0.00
434 2 0.00
435 210 0.17
436 76 0.06
437 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (427 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGC
TCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTAAGGCAAAGTC
CGTTACGGAATTATAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
CATAGCAAACTTGTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
CGAGACTAAGTCGGGTACAAAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAATGTTAAAATGGAAATTT
ACCATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTA
AAACTCAAATTTCGAGGCGAACTCCATTACGAAATGA
Found at i:34266337 original size:578 final size:569
Alignment explanation
Indices: 34264867--34266485 Score: 1568
Period size: 578 Copynumber: 2.8 Consensus size: 569
34264857 TATTCTTTTT
* * * * * * *
34264867 AAGATATAGTGTAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAA-TTG
1 AAGATAAAGTATAAA-TTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTT-
* * * ** * *
34264931 CTCGTGTCT-TATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAAGATTGAAACT-AGAATTTTAAGGCAAA
64 CTCGTGT-TATATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCA-AATTTCGAGACGAA
* ** * * * * * * * *
34264994 GTTC-GTTATGGAATTATAGATAAAGTACAAATTTTT-AAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATG
126 G-TCGGGTA-CAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTTAAAATGAAAATTTACAATG
* * * * * * * *
34265057 TGATACATAGCAAACTTGTCGTG-CTTTATGATTTTTTTTTAAATTTCATTTCTAAATATTAAAA
188 TAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTC-TTATGA-TTCTTATT-AATTTAATTTTTAACTATTAAAA
* * * * * * *** * * * * *
34265121 TTCACATTTCGAGACTAAGTCGGGTA-CAAATCAAATATAAAGTACAAATTTTTTAA-AGGTTAA
250 CTCAAATTTTGAGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAA-TATTTAAGAGGTTAA
* * * * * * * *
34265184 AACGGAAATTTACCATGTAACGCATAGGAAACTTCT--CGTATCTTATGGTTCCT-TTTAGTTTC
314 AATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAGCGT-T-GTATGATT-TTATTTAATTTC
* * * * ** * ** * *
34265246 ATTTGT-AACTATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-TCCATTACGAAATGAAAGATAAAGTAT
376 ATTTTTAAAC-ATTAAAATTCAAATTTCAAGG-AAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTAT
* * *
34265309 AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAGAAGTGGTCGTGTCTTATG
439 AAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATG
* * * *
34265374 ATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTAAAGTCCGTTACGGAATT
504 ATTCTTTTAAACTTCATTTATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATT
34265439 A
569 A
* * * * * *
34265440 TAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAGTTTACCATGTGATACATAGCAAACTTGT
1 AAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTCT
* * *
34265505 CGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTCGG
66 CGTGTTATATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGTCGG
* * *
34265570 GTACAAATCAAATATAAAGTACACATTTTTCAAATGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
131 GTACAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAAATGTTAAAATGAAAATTTACAATGTAATGCAT
* *
34265635 AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
196 AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
* *
34265700 AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAGAATGGAAATTTA
261 AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * * *
34265765 CCATGTGATGTATA-ACAAACTTCTAGTGTTGTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTA
326 CCATGTGATGCATAGA-AAACTTCTAGCGTTGTATGATTTTATTTAATTTCATTTTTAAACATTA
* * *
34265829 AAATTCAAATTTCAAGGCAAA-GTCGTTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAACAGGT
390 AAATTCAAATTTCAAGG-AAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGT
* * * *
34265893 TAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGTA-AAGTTCTCGTGTCTTCTGATTGTTTTAAAGTT
454 TAAAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAG-AGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAACTT
* * *
34265957 -ATTTATAAATGTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTCCGTTACGGAATTA
518 CATTTATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
* * * *
34266008 AAGATAAAGTATACATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATGCATGGAAAACTTC
1 AAGATAAAGTATA-AATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTC
* * *
34266073 TTGTGTTATATGAATCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGTGGCGAAGT
65 TCGTGTTATATG-AT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGT
* * *
34266138 CGGTTACAAAATCAAAGAAAAAGTTAAAGTATACATTTTT-AAGATGTTAAAATGAAAATTTATA
128 CGGGTAC-AAATC----AAAAA--TAAAGTACACATTTTTCAA-ATGTTAAAATGAAAATTTACA
* * * * *
34266202 ATTTGATGCATAGCAAAGTTCTTGTGTGTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTTAA-TATTAAA
185 ATGTAATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAA-TTTTTAACTATTAAA
* ** *** * * *
34266266 ACTCGAATTTTGAAGG-GATGTTTGTTATGGAATTAAAGATAAAGTTTAAATATTTAAGAGGTTA
249 ACTCAAATTTTG-AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTA
* * * *
34266330 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTGTCGCGTTTTATGATTTTATTTAATTTTAT
313 AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAGCGTTGTATGATTTTATTTAATTTCAT
* ** *
34266395 TTTTAAACATTAAAATTCGAATTTTGAGGAAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAATTATAAAT
378 TTTTAAACATTAAAATTCAAATTTCAAGGAAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAAT
* *
34266460 TTTTAAGAGATTGAAATGGAAATTTA
443 TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
34266486 TATGTGATGC
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 141, Indels: 55
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
568 103 0.12
569 241 0.28
570 77 0.09
571 97 0.11
572 59 0.07
573 14 0.02
576 4 0.00
577 5 0.01
578 264 0.30
579 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (569 bp):
AAGATAAAGTATAAATTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCACGTGATACATAGAAAACTTCT
CGTGTTATATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTCGAGACGAAGTCGG
GTACAAATCAAAAATAAAGTACACATTTTTCAAATGTTAAAATGAAAATTTACAATGTAATGCAT
AGCAAACTTCTCGTGTCTTATGATTCTTATTAATTTAATTTTTAACTATTAAAACTCAAATTTTG
AGGCGAACTCCATTATGAAATGAAAGATAAAGTATAAATATTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
CCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAGCGTTGTATGATTTTATTTAATTTCATTTTTAAACATTAA
AATTCAAATTTCAAGGAAACGTCGGTTACAAAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA
AAATGGAAATTTAAAATGTGAGGCATAGAGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTAAACTTCAT
TTATAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAACTCCGTTACGGAATTA
Found at i:34266857 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 34266712--34266877 Score: 262
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
34266702 ACGGAATTAT
* *
34266712 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTAATGCATAGCAAACTTCT
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
34266777 CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
66 CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
* * *
34266798 AGATATAGTGTAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAAGTGC
1 AGATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGC
*
34266862 TCGTGTCTTATGATTC
65 TCGGGTCTTATGATTC
34266878 CTTTTAACTT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 2
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
86 72 0.99
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (86 bp):
AGATAAAGTATAAATTTTTAAATGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAACTGCT
CGGGTCTTATGATTCTTCGTA
Found at i:34267262 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 34266808--34267328 Score: 623
Period size: 143 Copynumber: 3.7 Consensus size: 142
34266798 AGATATAGTG
* * * *
34266808 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTAATGCATAGCAAAGTGCTCGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * *
34266873 GATTCCTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTTTGAGGCAAAGTCTGTTACGAAAT
66 GATT-CTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAAT
* * *
34266938 TATAGATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * *
34266951 TAAACTTTTAAGAGGTTAAAAT-GAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCATGTTTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * * * * * *
34267015 GATTCTTTTAATTTTACTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTCGAGACTAAGTCCGATAC-AGAAT
66 GATTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGA-AAT
*
34267079 CAAATATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * * * * *
34267092 TAAAATTTTAAAAGGGTAAAACAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTTTTGTGTCTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* * * * * *
34267157 GATTGTTTTTAATTTCATTTTTAACTATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAACTCCGTTACGAAAT
66 GATT-CTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAAT
*
34267222 GAAACATAAAGTA
130 CAAACATAAAGTA
* * *
34267235 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTAT
1 TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
* *
34267300 GATTTTTTTTAATTTCGTTTTTAAATATT
66 GA-TTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATT
34267329 TAAATTTGAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 54, Indels: 10
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 1 0.00
141 74 0.23
142 82 0.26
143 159 0.50
144 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (142 bp):
TAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGTCTTAT
GATTCTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGACAAAGTCCGTTACGAAATC
AAACATAAAGTA
Found at i:34269900 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 34269825--34269933 Score: 132
Period size: 50 Copynumber: 2.2 Consensus size: 50
34269815 TGTGTGGCTT
* * *
34269825 GCCCGTGTGACCCAAATCCGAAGTCAATGAGTTACACT-ACCTGGACACGC
1 GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACA-TGACCTGGACACAC
* * *
34269875 GCCCGTGTGATCCAAAAT-CAAAGTCAGTGAGTTACATGGCCTGGGCACAC
1 GCCCGTGTGA-CCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
34269925 GCCCGTGTG
1 GCCCGTGTG
34269934 TCAGCCCGTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 4
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
49 1 0.02
50 44 0.86
51 6 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.29, G:0.26, T:0.19
Consensus pattern (50 bp):
GCCCGTGTGACCAAAATCCAAAGTCAATGAGTTACATGACCTGGACACAC
Found at i:34272801 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 34272304--34274331 Score: 1669
Period size: 143 Copynumber: 14.4 Consensus size: 141
34272294 AGCGAAGTTG
* * * * *
34272304 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * *
34272369 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATTCTTTTTTAA
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTTAA
34272434 TTTCATTTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * *
34272448 ATTGAAACTCAAATTTTGA-GCCAAAGTCCGTTACGGAATTATAA-ATAAAGTATAAATTTTTAC
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCC-AAGTCCGTTACAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTA-
* * ** * *
34272511 A-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTTTTTTTA
63 AGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTT-
* * *
34272575 AAAATTTTATTTTTATAT
125 -TAATTTCATTTTTAAAT
** ** * * *
34272593 ATTAAAATTCAAATTTCAAGG-C-AGCATTGGTTACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAG--TCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAA
*
34272656 GAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGACGCATAGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAG-TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
34272721 ATTTCATTTTTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
* ** *
34272736 ATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * * *
34272801 GGTTAAAATGGAAA-TTACAATGTGATACATAGCGAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAA-
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
* *
34272864 TTCATTGTTAGAT
129 TTCATTTTTAAAT
* * * * * ** *
34272877 ATTGGAAATT-GAATTTTGA-TCGAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * *
34272940 TGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-A-A-C---TTTTCTTGTTTTATGATTTTTTATAAT
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
34272999 TTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * *
34273012 ATTAAAATTTGAATTTCGACG-CAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *** ** **
34273076 AGGATAAACTGGAAATTTACAATGTGATGTGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGA-TTGCTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
34273140 TTT-A-----AAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* ** ** * * * * * * *
34273148 ATTGAAACCCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * * ** * *
34273213 GGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAATGTTTTATGAGTTTTTATAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
34273278 GTCATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * * * *
34273291 ATTAAAATTTGAATTTCGAGG-CAACATCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAA-GTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * * * * * *
34273355 AAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTTTTAG
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
34273420 TTTCATTTTTAAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * *
34273434 ATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* *
34273497 ATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTTTT-
65 A-GGTTAAAATGGAAATTT-ACATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
** *
34273560 ATTTTGTTATTAAAT
127 ATTTCATTTTTAAAT
* * * * * * * *
34273575 ATTAAATTTCGAATTTTGAGGCCAGGT-CGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAG
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *
34273639 AGGTTAAGATGGAAATTGACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAA
65 AGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAGC-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAA
*
34273704 TTT-ATTTTTCAAT
128 TTTCATTTTTAAAT
* * * *** * * *
34273717 ATTGAAACTCACATTTTGAGATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * *
34273782 GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTAT-A-ATTTTTTAAT
66 GGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
34273845 TTCATGTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
* ** * * * * * * * *
34273858 TTTAAAATTTGAATTTTGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTAAGA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
* * ** * *
34273923 GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTAAG
66 GGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAAT
*
34273988 TTGATTTTTAAAT
129 TTCATTTTTAAAT
** * * * * * *
34274001 ATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTTTAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAA
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAG-AATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAA
* * * *
34274064 GAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTT
64 GAGGTTAAAATGGAAATTTAC-ATGTGATGCATAG-CAAGTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTT
34274129 AATTTCATTTTTAAAT
126 AATTTCATTTTTAAAT
* * * * * **
34274145 ATTGAAACTT-GAATTTTGTGGCAAAGTCCGATAC-G-A--AATTATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATT-AAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
* * *
34274205 A-GTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TGTTTTT-
65 AGGTTAAAATGGAAATTTA-CATGTGATGCATAG-C-AAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTA
34274266 ATTTC-TTGTTTAAAT
127 ATTTCATT-TTTAAAT
** * * **
34274281 ATTAAAATTCCTATTTTGAGGCCACGTCGGCAACAGAATCAAAGATAAAGT
1 ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGT
34274332 GTAACTCCCT
Statistics
Matches: 1498, Mismatches: 312, Indels: 152
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
134 25 0.02
135 32 0.02
136 175 0.12
137 17 0.01
138 7 0.00
139 45 0.03
140 94 0.06
141 238 0.16
142 173 0.12
143 425 0.28
144 151 0.10
145 115 0.08
146 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
ATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA
GGTTAAAATGGAAATTTACATGTGATGCATAGCAAGTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTT
CATTTTTAAAT
Found at i:34273794 original size:283 final size:284
Alignment explanation
Indices: 34272335--34274283 Score: 1799
Period size: 283 Copynumber: 6.9 Consensus size: 284
34272325 CGAACTCGGC
* * *
34272335 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * **
34272400 AGCGAAGTTCTCA-TGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTT
66 AGCAAACTTCT-AGTGTTTTATGATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTT
* * * *
34272464 TGAGCCAAAGTCCG-TTACGGAATTATAAATAAAGTATAAATTTTTACA-AGGTTAAAATGGAAA
129 TGAGGCAAAGT-CGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTA-AGAGGTTAAAATGGAAA
* ** * ** * * * *
34272527 TTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGTTTTATGCTT-TTTTTAAAAATTTTATTTTTAT
192 TTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTT---AA-TTTATTTTTAA
* * * * * * **
34272591 ATATTAAAATTCAAATTTCA-AGGCAGCATTGGT
253 ATATTGAAACTCAATTTTGAGATGAAG--TCCGT
* * * * * * *
34272624 TACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGACGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * ** *
34272689 AGCAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCG
66 AGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTG
* * * * *
34272754 AGGCCAAGTCAATTACAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-TTA
131 AGGCAAAGTCGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* * * * * * * *
34272818 CAATGTGATACATAGCGAAATTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAATTCATTGTTAGATATTGGA
196 CAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATT-GA
* * *
34272883 AATTGAATTTT--GATCGAACTCCGT
260 AACTCAATTTTGAGAT-GAAGTCCGT
** *
34272907 TATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-A-
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * *
34272970 A-C--TTTTCT--TGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
66 AGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTG
* * * * * * * *
34273030 ACGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGATAAACTGGAAATTTA
131 AGGCAAAGTCGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
*** * *
34273095 CAATGTGATGTGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGATTGC--TTTAATTTA-----AAATATTGA
196 CAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-CTTTTTAATTTATTTTTAAATATTGA
* * *
34273153 AACCCAAATTTTGAGGTGAACTCCGT
260 AACTC-AATTTTGAGATGAAGTCCGT
* * * * *
34273179 TACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTTTCAAGTGGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * *
34273244 AGAAAACTTCTAATGTTTTATGAGTTTTTATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCG
66 AGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTG
* * * * *
34273309 AGGCAACA-TCGGTTACAGAATAAAAAATAAACTATAATTTTTTAAGAAGTTAATATGGAAATTT
131 AGGCAA-AGTCGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* * *
34273373 ACAATGTGATGCATAG-TGAAGTTCTTGTGTCTTATGATTGTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATT
195 ACAATGTGATGCATAGCT-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATT
***
34273437 GAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGT
258 GAAACTC-AATTTTGAGATGAAGTCCGT
* * *
34273465 TAC-GAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCA
1 TACAG-AATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
** *
34273529 TAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TTTTTTT-ATTTTGTTATTAAATATT-AAATTTCGAATTT
65 TAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTT-GAATTT
* * * * * *
34273591 TGAGGCCAGGTCGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTAAGATGGAAATT
129 TGAGGCAAAGTCGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATT
* * *
34273656 GACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTCAATATTG
194 TACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTG
34273721 AAACTCACATTTTGAGATGAAGTCCGT
259 AAACTCA-ATTTTGAGATGAAGTCCGT
*
34273748 TACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
1 TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * *
34273813 AGAAAACTTCTCGTGTTTTAT-A-ATTTTTTAATTTCATGTTTAAATTTTAAAATTTGAATTTTG
66 AGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTG
* * * * * * * *
34273876 AGGCGAATTC-AGTTATAGAATCAAATACAAAGCATAGATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
131 AGGCAAAGTCGA-TTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTT
* ** *
34273940 ACAATGTGATGCATAG-TGAAGTACTCGTGTAATATGATTCTTTTTAAGTTGATTTTTAAATATT
195 ACAATGTGATGCATAGCT-AAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATT
* *** *
34274004 GGAACTCGAATTTTGAGGCAAAGTCCTT
258 GAAACTC-AATTTTGAGATGAAGTCCGT
* * * * * *
34274032 TAC-GAAATCATAA-ATAAAGTATAACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGC
1 TACAG-AATTA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
** * * * * * *
34274095 ATAGTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATT
64 ATAGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATT
* **
34274160 TTGTGGCAAAGTCCGA-TAC-G---AAATTATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAA
128 TTGAGGCAAAGT-CGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA
* * * * * *
34274219 TTTATC-ATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGA-TGTTTTT-ATTTCTTGTTTAAA
192 TTTA-CAATGTGATGCATAG-CTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATT-TTTAAA
34274280 TATT
254 TATT
34274284 AAAATTCCTA
Statistics
Matches: 1388, Mismatches: 220, Indels: 113
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
270 4 0.00
271 12 0.01
272 65 0.05
273 3 0.00
274 1 0.00
276 109 0.08
277 38 0.03
278 5 0.00
279 138 0.10
280 19 0.01
281 9 0.01
282 53 0.04
283 308 0.22
284 242 0.17
285 26 0.02
286 109 0.08
287 76 0.05
288 92 0.07
289 79 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (284 bp):
TACAGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
AGCAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTG
AGGCAAAGTCGATTACAGAATAAAAAATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
CAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTAATTTATTTTTAAATATTGAA
ACTCAATTTTGAGATGAAGTCCGT
Found at i:34273986 original size:698 final size:688
Alignment explanation
Indices: 34272304--34274309 Score: 1649
Period size: 698 Copynumber: 2.8 Consensus size: 688
34272294 AGCGAAGTTG
* * * * * *
34272304 ATTAAAAT-TCAAATTTCGAGGCGAACTCGGCTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAG
1 ATTAAAATCTC-AATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAG
* * * * ** * * * *
34272368 AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCATGTCTTATGATT-CTTTTTT
65 AGGATAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAGAAAACTTCTCGTGTCGTATAATTGC---TTT
* * * * * * * * *
34272432 AATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGCCAAAGTCCGTTACGGAATTATAA-ATAA
127 AATTT-A-----AAATATTAAAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCA-AAGACAA
* * * * * * **
34272496 AGTATAAATTTTTACA-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGT
185 AGCATAACTTTTCA-AGAGGTTAAAATGGAAACTTACAATGTGATGCATAGAAAACT-ACTACGT
* * * * * * ** * * *
34272560 TTTATGCTTTTTTTAAAAATTTTATTTTTATATATTAAAATTCAAATTTCAAGGCAGCATTGGTT
248 TGTA-G-----ATT-ATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTT
* * *
34272625 ACAGAATCAAACATAAAGTATAACTTTTAAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGACGCAT
306 ACAGAATCAAAAATAAAGTATAACTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCAT
* * * * *
34272689 AG-CAAGTTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTC
370 AGTGAAG-TTCTCGTGTCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTT
** * * *
34272753 GAGGCCAAGTCAATTAC-AGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAA-T
434 GAGGCCAAGTCCGTTACGA-AATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAA-AGGTTAAAATGGAAATT
* * * * * * *
34272816 T-ACAATGTGATACATAGCGAAA-TTCTCGTGTCTTATTATTGTTTTTAATTCATTGTTAGATAT
497 TAAC-ATGTGATGCATAGC-AAACTTCTAGTGTTTTATGATT-TTTTT-ATT-TTTTTTAAATAT
* * * * ** * * * *
34272879 TGGAAATT-GAATTTTGA-TCGAACTCCGTTATGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTG
557 T--AAATTCGAATTTTGAGGCCAAGT-CGTAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAG
* * *
34272942 ATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGAACTTTTCTTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTT
619 ATTAAAATGGAAATTGACAATGTGATGAACTTTTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTT
34273007 TAAAT
684 TAAAT
* * * *
34273012 ATTAAAATTTGAATTTCGACGCAATGTCGGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGA
1 ATTAAAATCTCAATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGA
* ** ** * *
34273077 GGATAAACTGGAAATTTACAATGTGATGTGCAGCGAAGTTCTCGTGTCGTATGATTGCTTTAATT
66 GGATAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAGAAAACTTCTCGTGTCGTATAATTGCTTTAATT
* * * * * * **
34273142 TAAAATATTGAAACCCAAATTTTGAGGTGAACTCCGTTACGGAATTAAAGATAAAGTGTAACTTT
131 TAAAATATTAAAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAGCATAACTTT
* * * * *
34273207 TCAAGTGGTTAAAATGGAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTAATGTTTTATGAGTTTT
196 TCAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACAATGTGATGCATAGAAAACTACT-ACGTTGTA-GA----T
*
34273272 TATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATAAAAAAT
255 TATAATGTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATCAAAAAT
* * * * *
34273337 AAACTATAATTTTTTAAGAAGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTTGTG
320 AAAGTATAACTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTG
* *
34273402 TCTTATGATTGTTTTTAGTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTA
385 TCTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTA
34273467 CGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAATGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAG
450 CGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAA-GGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAG
34273532 CAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTTGTTATTAAATATTAAATTTCGAATTTTGAGGC
514 CAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTT-TT-TTAAATATTAAA-TTCGAATTTTGAGGC
* * *
34273597 CAGGTCGATAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTGACAAT
576 CAAGTCG-TAACCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGATTAAAATGGAAATTGACAAT
*
34273662 GTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGTTTTATGATTCTTTT-TAATTT-ATTTTTCAAT
640 GTGATG-A-A-CT---TT-TCGTGTTTTATGATT-TTTTATAATTTCATTTTTAAAT
* * * * *
34273717 ATTGAAA-CTCACATTTTGA-G-ATGAAGTCCGTTACAGAATTAAAGATAATGTATAAATTTTTA
1 ATTAAAATCTCA-ATTTCGACGCA--AAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTA
* * * * ** *
34273779 AGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATAATT-TTTTA
63 AGAGGATAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAGAAAACTTCTCGTGTCGTATAATTGCTTTA
* **** * * *
34273843 ATTTCATGTTTAAATTTTAAAATTTGAATTTTGAGGCGAATTCAGTTATAGAATCAAATACAAAG
128 ATTT-A-----AAATATTAAAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAG
* * ** *
34273908 CATAGA-TTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACT-CGTGTA
187 CATA-ACTTTTCAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACAATGTGATGCATAGAAAACTACTACGT-T-
* * * ** * * * **
34273971 ATATGATTCTTTTTAA-GTTGATTTTTAAATATTGGAACTCGAATTTTGAGGCAA-AGTCCTTTA
249 GTA-GA----TTATAATG-TCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACA-TCGGTTA
* * *
34274034 C-GAAATCATAAATAAAGTATAACTTCTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATCTGATGCATA
307 CAG-AATCAAAAATAAAGTATAACTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATA
* **
34274098 GTGAAGTGCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTTG
371 GTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTG
* * * *
34274163 TGGCAAAGTCCGATACGAAATT----ATAAAGTAT-AAATTTTTAAGAGTTAAAATGGAAATTTA
435 AGGCCAAGTCCGTTACGAAATTAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAAG-GTTAAAATGGAAATTTA
* *
34274223 TCATGTGATGCAT-GTCAAACTTCTAGTGTTTTATGATGTTTTTATTTCTTGTTTAAATATTAAA
499 ACATGTGATGCATAG-CAAACTTCTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTT-TT-TTTAAATATT-AA
** *
34274287 ATTCCTATTTTGAGGCCACGTCG
560 ATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCG
34274310 GCAACAGAAT
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 167, Indels: 104
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
696 4 0.00
697 8 0.01
698 227 0.21
699 95 0.09
700 105 0.10
701 1 0.00
702 2 0.00
703 1 0.00
704 11 0.01
705 107 0.10
706 126 0.12
707 18 0.02
708 105 0.10
709 6 0.01
710 208 0.19
711 56 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (688 bp):
ATTAAAATCTCAATTTCGACGCAAAGTCCGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAACTTTTAAGA
GGATAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCACAGAAAACTTCTCGTGTCGTATAATTGCTTTAATT
TAAAATATTAAAACCCAAATTTTGAGGCGAACTCAGTTACAGAATCAAAGACAAAGCATAACTTT
TCAAGAGGTTAAAATGGAAACTTACAATGTGATGCATAGAAAACTACTACGTTGTAGATTATAAT
GTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAACATCGGTTACAGAATCAAAAATAAAGTA
TAACTTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTAT
GATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCCAAGTCCGTTACGAAAT
TAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAAGGTTAAAATGGAAATTTAACATGTGATGCATAGCAAACTT
CTAGTGTTTTATGATTTTTTTATTTTTTTTAAATATTAAATTCGAATTTTGAGGCCAAGTCGTAA
CCGAATAAAAAATAAAGTATAAATTCTTAAGAGATTAAAATGGAAATTGACAATGTGATGAACTT
TTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAAT
Found at i:34276672 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 34276385--34279568 Score: 2883
Period size: 142 Copynumber: 22.4 Consensus size: 141
34276375 AGGGTGTTAC
* * ** * * *
34276385 ATAAAGCATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAAAATGTGATGCATAGCGAAGTGCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34276450 TGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGT
66 TGTTTTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
* * *
34276515 TACAAAATTATAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * *
34276528 ATGAAGTATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * *
34276593 TGTTTTTATGAATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGTCAAAGTCAGTT
66 TG-TTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTT
*
34276658 ATAGAATCAAAG
130 ACAGAATCAAAG
** * * * * * * * * * * *
34276670 ATGCAGTATAAATTTTAAAGAAGTT-AGATGCAAATTTGCAATGTGATGTATAACGAAGTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34276734 TGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGCGGCTAATTC-GA
66 TGTTTTATG-AT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAG-
* *
34276798 TTATA-AGGTCAAAG
128 TTACAGA-ATCAAAG
* * ** * * **
34276812 ATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTCAAAATAAAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTTA
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
** * * * * *
34276877 CATCTTATGATTGTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTTTGAGTCGAAGTTC-
66 TGTTTTATGA-T-TTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAG-TCA
*
34276941 GTTACGGAATCAAAG
127 GTTACAGAATCAAAG
* * * ** *
34276956 ATAAAGTATTACTTTTTAAGTA-GTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * ** ** * *
34277020 GTTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGAT
65 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTT
*
34277085 ATAGAATCAAAG
130 ACAGAATCAAAG
* *
34277097 ATAAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATGCATAGCAAACTTCTC
1 AT-AAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * *
34277162 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAGGCCAAGTCGGCT
65 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTT
34277227 ACAGAATCAAAG
130 ACAGAATCAAAG
* * * * *
34277239 ATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTCTC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * ** * *
34277303 ATGTCTTATG--------A-TTC-TTTTTATATATTGAAACACGAATTTTGAGCCGAAGTCCA-T
65 GTGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGT-CAGT
*
34277357 TACA-AATTTAAAG
129 TACAGAA-TCAAAG
* * * *
34277370 ATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATCAAACTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * ** *
34277435 TGTTTTATTACTTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAAGTGAAGTCGGTT
66 TGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTT
* *
34277499 AGAGAATCAAAT
130 ACAGAATCAAAG
* * * *
34277511 ATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * * **
34277576 TGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGGCAAA-TTTGT
66 TGTTTTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
* * *
34277640 T-CCGAAGTTATAG
129 TACAGAA-TCAAAG
* * * ** *
34277653 ATAAAGTATAAATTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGCATAGGAAACTAATTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* *
34277718 TGTTTTATGCTTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCT-AGGCAACA-
66 TGTTTTATG----ATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT-TGAGGCAA-AG
**
34277781 TTGGTTACAGAATCAAAG
124 TCAGTTACAGAATCAAAG
* *
34277799 ATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * *
34277864 TGTTTTATGATTTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAATTTGAATTTCGAAGCCAAGTCAGTT
66 TGTTTTATGATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTT
*
34277929 ACAGAATCAAAT
130 ACAGAATCAAAG
* * * * * ** *
34277941 ATAAAGAATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATACTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34278006 TGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTCGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGGTCA
66 TGTTTTATGATT--TTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCGAATTTTGAGGC-AAAGTCA
** * *
34278071 -TTATGGAATTATAG
127 GTTACAGAATCAAAG
* * * * ** *
34278085 ATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTT-AAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
** * * * * * *
34278150 GTGTTTTGCGCTTTTTTGAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAATGTCGGT
65 GTGTTTTATGATTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
* *
34278215 TAAAAAAAATCAAAG
129 T--ACAGAATCAAAG
* * * * * *
34278230 AT-ACGATAAAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTTATCATGTGATTCATAGCAAACATCTC
1 ATAAAG-TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * ** * * *
34278294 ATGTTCTATTGTTTTTTTAATTTCAAATTTAGATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCTAAGTCGGT
65 GTGTTTTA-TGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
*
34278359 TATAGAATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * ** *
34278372 ATAAATTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * **
34278437 T-TTCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAAATACTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTTTG
66 TGTT-TTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAG
* *
34278500 TGAC-GAAATTAAAG
128 TTACAG-AATCAAAG
* * * * *
34278514 ATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATCGAAATTTACCTTGTGATGCATCGAAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * ** *
34278579 TGTTTTATGATTTTTTATAATTTCCTTATTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTC-GT
66 TGTTTTATGA-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
34278643 TACAGAATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * *
34278656 ATAAAGTATAAA-GTTTAAGAGGTTAAAATCGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAACTTC-CC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * ** *
34278719 T-TTTTATGATTTTTTTTAATTTTAATTTTAAATATTAAATTTCGAATTTCGAGGCGCAGTCAAT
66 TGTTTTATGA--TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
34278783 TACAGAATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * * *
34278796 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
** * * * * * **
34278861 TGTCGTATGATTGTTTTAAATTT-ATATTTAAATATTGAAACTCAAATTTTAAGGTGAAGTCTAG
66 TGTTTTATGATT-TTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTC-AG
* *
34278925 -TACAAAATTAAAG
128 TTACAGAATCAAAG
* **** * * ** *
34278938 GTAAAGTGGGCATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34279003 TGTCTTATGATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGT
66 TGTTTTATGATT-T-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
*
34279068 TACAGAATTAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * *
34279081 ATAATGTATAGATTTTTAAGAGGTTTAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* ** *
34279146 TGTTTTATGATTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCCAAGTCAGT
66 TGTTTTATGA-T-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGT
**
34279211 TACATTATCAAAG
129 TACAGAATCAAAG
* * * * *** * *** *
34279224 ATAAATTATAAATTTTTAAGTGGTTTAAATTGAAATTTTTAATGTGATACATATTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * ** * *
34279289 TGTCTTCTGATTCTCTTTAATTTAATTTTTAAATATTGCAACTCGAATTTTGAGGCAATGTCCA-
66 TGTTTTATGATT-T-TTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGT-CAG
**
34279353 TTATGGAATCAAAG
128 TTACAGAATCAAAG
* * *
34279367 ATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTGAAATGGAAATTTACCATGTGATGAATAGCAAACTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * *
34279432 TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCAAAGTCGGTTA
66 TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTTA
*
34279497 CATAATCAAAG
131 CAGAATCAAAG
* *
34279508 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTT
34279569 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 2458, Mismatches: 503, Indels: 162
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
130 2 0.00
131 99 0.04
132 4 0.00
133 1 0.00
139 45 0.02
140 47 0.02
141 455 0.19
142 792 0.32
143 556 0.23
144 259 0.11
145 117 0.05
146 77 0.03
147 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
TGTTTTATGATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCAAAGTCAGTTA
CAGAATCAAAG
Found at i:34277106 original size:286 final size:281
Alignment explanation
Indices: 34276385--34279568 Score: 2792
Period size: 286 Copynumber: 11.2 Consensus size: 281
34276375 AGGGTGTTAC
* * * * * *
34276385 ATAAAGCATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTAAAATGTGATGCATAGCGAAGTGCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34276450 TGTCTTATGATTCTTTTTAACTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGCAAAGTCCGT
65 TGTCTTATGA-T-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGT-CGA
* * * * * * * *
34276515 TACAAAATTATAGATGAAGTATAAATTTTTAAAAAGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCAT
127 TATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* *
34276580 AGCAAACTTCTTGTGTTTTTATGA-ATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTG
192 AGCAAACTTCTTGTG-TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTG
* * * *
34276644 AGTCAAAGTCAGTTATAGAATCAAAG
256 AGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
** * * * * * * * * *
34276670 ATGCAGTATAAATTTTAAAGAAGTT-AGATGCAAATTTGCAATGTGATGTATAACGAAGTTCTTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34276734 TGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGCGGCTAATTCGAT
65 TGTCTTATG-AT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGA-
* * * **
34276799 TATA-AGGTCAAAGATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTCAAAATAAAAATTTACCATGTGATGCA
127 TATAGA-ATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
* * *** * * *
34276863 TAGCGAAGTTCTTACATCTTATGATTGTTTTTCAATTTCATTTTTAAATATTAAAACTCAAATTT
191 TAGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATT-TTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* *
34276928 TGAGTCGAAGTTC-GTTACGGAATCAAAG
254 TGAGGCGAAG-TCGGTTACAGAATCAAAG
* * * * ** *
34276956 ATAAAGTATTACTTTTTAAGTAGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * * **
34277021 TTTTTTATGCTTTTTTTATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAAAACCGGATA
65 TGTCTTATGATTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTC-GATA
* *
34277086 TAGAATCAAAGATAAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATGCATA
129 TAGAATCAAAGAT-AAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* *
34277151 GCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGAG
193 GCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAG
* *
34277215 GCCAAGTCGGCTACAGAATCAAAG
258 GCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* * * *
34277239 ATAAAGTATAAATTTTTAA-ATGGTTAAAATAGAAATTTACAATCTGATGCATAGCGAAGTTCTC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA--GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * * * * *
34277303 ATGTCTTATGA--TTCT--TTTTA----T--ATATTGAAACACGAATTTTGAGCCGAAGTCCAT-
64 GTGTCTTATGATTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGATA
* * * *
34277357 TACAAATTTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGATTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
129 TA-GAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * *
34277422 ATCAAACTTCTTGTGTTTTATTACTTTTTT-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTGA
192 AGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGA
* * * *
34277486 AGTGAAGTCGGTTAGAGAATCAAAT
257 GGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* * *
34277511 ATAAAGTATAAAATTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * * *
34277576 TGTCTTATTATTCTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGTGGCAAATTTG-T
65 TGTCTTATGA-T-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGAT
* * * * *
34277640 -TCCGAAGTTATAGATAAAGTATAAATTTTTATGAGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGCA
128 AT-AGAA-TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
* ** * *
34277704 TAGGAAACTAATTGTGTTTTATGCTTTTTTTTTTAAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAT
191 TAGCAAACTTCTTGTGTTTTATG---ATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAAT
* *
34277769 TTCT-AGGC-AACATTGGTTACAGAATCAAAG
252 TT-TGAGGCGAA-GTCGGTTACAGAATCAAAG
*
34277799 ATAAAGTATAAAGTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * * * * * *
34277863 GTGTTTTATGATTTTTTAAATTTCATTTATAAATATTAAAATTTGAATTTCGAAGCCAAGTCAGT
64 GTGTCTTATGATTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTC-GA
* * * * * * *
34277928 TACAGAATCAAATATAAAGAATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATACTTACAATGTGATGCAT
127 TATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * * * ** * * *
34277993 AGTGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCCGTTTAATTTTATTTTTAAATATTCGAAACTCGAATTTT
192 AGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCGAATTTT
* ** * *
34278058 GAGGCGAAGGTC-ATTATGGAATTATAG
255 GAGGCGAA-GTCGGTTACAGAATCAAAG
* * * * * ** *
34278085 ATAAAGTATAAACTTTTAAAAGGTTAAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTT-AAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* ** * * * *
34278150 GTGTTTTGCGCTTTTTTGAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCAATGTCGGT
64 GTGTCTTATGATTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTC-G-
* * * * * * * *
34278215 TAAAAAAAATCAAAGAT-ACGATAAAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAATTTATCATGTGATT
126 -ATATAGAATCAAAGATAAAG-TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* ** * ** *
34278279 CATAGCAAACATCTCATGTTCTATTG-TTTTTTTAATTTCAAATTTAGATATTAAAATTCGAATT
189 CATAGCAAACTTCTTGTGTTTTA-TGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATT
* *
34278343 TTGAGGCTAAGTCGGTTATAGAATCAAAG
253 TTGAGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* * * ** *
34278372 ATAAATTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * * ** *
34278437 TTTCTTATGATTGTTTTTAA-TTTATTTTTAAATACTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAACTTTG-
65 TGTCTTATGA-T-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGC-AAAGTCGA
* * * * *
34278500 TGA-CGAAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATCGAAATTTACCTTGTGATGC
127 T-ATAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGC
* * * * *
34278564 ATCGAAAACTTCTCGTGTTTTATGATTTTTTATAATTTCCTTATTAAATATTAAAATTCGAATTT
190 ATAGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
**
34278629 CAAGGC-AATGTC-GTTACAGAATCAAAG
254 TGAGGCGAA-GTCGGTTACAGAATCAAAG
* *
34278656 ATAAAGTATAAA-GTTTAAGAGGTTAAAATCGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAACTTC-C
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAACTTCTC
* * * ** ** *
34278718 CT-TTTTATGATTTTTTTTAATTTTAATTTTAAATATTAAATTTCGAATTTCGAGGCGCAGTCAA
64 GTGTCTTATGA--TTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGA
* * * *
34278782 TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAAGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGCA
127 -TATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
* * ** * * * * *
34278847 TAGCGAAGTTCTCT-TGTCGTATGATTGTTTTAAATTT-ATATTTAAATATTGAAACTCAAATTT
191 TAGCAAACTTCT-TGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTT
* * * * *
34278910 TAAGGTGAAGTCTAG-TACAAAATTAAAG
254 TGAGGCGAAGTC-GGTTACAGAATCAAAG
* **** * ** *
34278938 GTAAAGTGGGCATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * * *
34279003 TGTCTTATGATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCGGT
65 TGTCTTATGATT-T-TTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTC-GA
* * * * *
34279068 TACAGAATTAAAGATAATGTATAGATTTTTAAGAGGTTTAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
127 TATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * **
34279133 AGCAAACTTCTCGTGTTTTATGATTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCA
192 AGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTG
* * **
34279198 AGGCCAAGTCAGTTACATTATCAAAG
256 AGGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* * * * ** * *** *
34279224 ATAAATTATAAATTTTTAAGTGGTTTAAATTGAAATTTTTAATGTGATACATATTGAAGTTCTCG
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAG-AGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCG
* * ** * * *
34279289 TGTCTTCTGATTCTCTTTAATTTAATTTTTAAATATTGCAACTCGAATTTTGAGGCAATGTCCAT
65 TGTCTTATGATT-T-TTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGA-
* * * *
34279354 TATGGAATCAAAGATAAAGTATAAATTCTTAAGAGGTTGAAATGGAAATTTACCATGTGATGAAT
127 TATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * *
34279419 AGCAAACTTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGA
192 AGCAAACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGA
* *
34279483 GGCAAAGTCGGTTACATAATCAAAG
257 GGCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAG
* *
34279508 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGTATAGCAAACTT
1 ATAAAGTATAAATTTTTAAGAG-TTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTT
34279569 GTAACACCCC
Statistics
Matches: 2350, Mismatches: 461, Indels: 177
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
271 2 0.00
272 191 0.08
273 35 0.01
275 1 0.00
276 3 0.00
278 5 0.00
279 5 0.00
281 46 0.02
282 133 0.06
283 283 0.12
284 379 0.16
285 275 0.12
286 499 0.21
287 219 0.09
288 203 0.09
289 69 0.03
290 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (281 bp):
ATAAAGTATAAATTTTTAAGAGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGT
GTCTTATGATTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCAAAGTCGATATA
GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA
AACTTCTTGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTTGAGGCG
AAGTCGGTTACAGAATCAAAG
Found at i:34279992 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34279967--34280008 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
34279957 AAAATAGAGA
* *
34279967 ATATCATATATAGATGCAGAAC
1 ATATCAGATACAGATGCAGAAC
*
34279989 ATATCAGATACAGGTGCAGA
1 ATATCAGATACAGATGCAGA
34280009 TTCCTACCCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
ATATCAGATACAGATGCAGAAC
Found at i:34280377 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 34280326--34280393 Score: 82
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
34280316 TATAGATATA
* *
34280326 CAGATTATAATCACTTAAAAGTTATTGCGT
1 CAGA-TATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
* **
34280356 CAGATATAATCATTTAGCAGTTATCGCAT
1 CAGATATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
34280385 CAGATATAA
1 CAGATATAA
34280394 GCACAGATAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 29 0.88
30 4 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
CAGATATAATCACTTAAAAGTTATCGCAT
Found at i:34287442 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 34287424--34287449 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
34287414 TAGAAACAAC
34287424 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AA
34287450 CATAGTGCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.85, C:0.00, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (6 bp):
AATAAA
Found at i:34287713 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 34287693--34287750 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 3.9 Consensus size: 14
34287683 GATTAGTAAA
34287693 ATAAAAATAAATAAT
1 ATAAAAATAAA-AAT
34287708 ATAAAAATAAAAAT
1 ATAAAAATAAAAAT
34287722 AATAAAGAAATAAAGAA-
1 -AT-AA-AAATAAA-AAT
34287739 ATAAAAATAAAA
1 ATAAAAATAAAA
34287751 GATAATAAAG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 10
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.03
14 10 0.26
15 15 0.38
16 4 0.10
17 7 0.18
18 2 0.05
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.03, T:0.19
Consensus pattern (14 bp):
ATAAAAATAAAAAT
Found at i:34287733 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 34287697--34287763 Score: 109
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
34287687 AGTAAAATAA
*
34287697 AAATAAATAATATAAAAATAAAA-ATAATAAAG
1 AAATAAAGAA-ATAAAAATAAAAGATAATAAAG
34287729 AAATAAAGAAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
1 AAATAAAGAAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
34287761 AAA
1 AAA
34287764 AGGGTAAAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 12 0.36
32 21 0.64
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.06, T:0.18
Consensus pattern (32 bp):
AAATAAAGAAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
Found at i:34287740 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34287691--34287763 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
34287681 TAGATTAGTA
34287691 AAATAAAAAT--AA-ATAATATAA-
1 AAATAAAAATAAAAGATAATA-AAG
34287712 AAATAAAAATAATAAAGA-AATAAAG
1 AAATAAAAAT-A-AAAGATAATAAAG
34287737 AAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
1 AAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
34287761 AAA
1 AAA
34287764 AGGGTAAAAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 11
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.22
23 5 0.11
24 13 0.29
25 16 0.36
26 1 0.02
ACGTcount: A:0.77, C:0.00, G:0.05, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
AAATAAAAATAAAAGATAATAAAG
Found at i:34288171 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 34288090--34288231 Score: 164
Period size: 64 Copynumber: 2.2 Consensus size: 64
34288080 CTCTCTCACA
* * * * *
34288090 CCTATGTGATATCCCACAC-CCC-TGTGTAGCCCGGCTGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCCAT
1 CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTG-A-CCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAAC
34288153 G
64 G
* * * *
34288154 CCTATGTTAGATCCCACACGCCCGTGTGACTCGACCGTGTGTGATCTCCTTTGCTTCTCCAACG
1 CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTGACCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAACG
34288218 CC-ATGTGAGATCCC
1 CCTATGTGAGATCCC
34288232 TCATGCTCGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 10, Indels: 5
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
63 11 0.17
64 47 0.71
65 4 0.06
66 4 0.06
ACGTcount: A:0.15, C:0.35, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (64 bp):
CCTATGTGAGATCCCACACGCCCGTGTGACCCGACCGTGTCTGATCTCCATTGCTTCTCCAACG
Found at i:34302403 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 34302386--34302415 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
34302376 GTCACACGAG
34302386 CGTGTGGTCGGC
1 CGTGTGGTCGGC
*
34302398 CGTGTGGTTGGC
1 CGTGTGGTCGGC
34302410 CGTGTG
1 CGTGTG
34302416 AGGGACACGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.20, G:0.50, T:0.30
Consensus pattern (12 bp):
CGTGTGGTCGGC
Found at i:34306799 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 34306775--34306813 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
34306765 AAGCTTACAC
*
34306775 TCGGAACTTAGGATAGGGG
1 TCGGAACATAGGATAGGGG
34306794 TCGGAACATAGGATAGGGG
1 TCGGAACATAGGATAGGGG
34306813 T
1 T
34306814 TTAGGCTATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.41, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
TCGGAACATAGGATAGGGG
Found at i:34315990 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 34315732--34318665 Score: 2733
Period size: 142 Copynumber: 20.5 Consensus size: 143
34315722 TACACCTCCC
* * * * *
34315732 ATTTTTTATAATTTCATTTTTTAATATTAAAATTTGAATTTCAAGG-CAACGTTGGTTACAGAAT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGTTACAGAAT
*
34315796 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAG
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAG
34315860 TTCTCGTGTTTTATG
129 TTCTCGTGTTTTATG
* * * ** * *
34315875 ATTTTTTTTAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGGCCAAGTCAATTATAGAACC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * *
34315940 AGAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATGGCGAAGTT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
* * *
34316005 CACGTCTGTTATG
131 CTCGTGTTTTATG
* * * * * * * * * * *
34316018 ATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACGGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * * * * * *
34316083 AAAGATAAAATATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATATACAATGTGATACATAGAAAACTA
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
* *
34316148 ATTGTGTTTT-TCG
131 CTCGTGTTTTAT-G
* * * * * *
34316161 -CTTTTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCGAAATTCGAGG-CAACGTCAGTTACAAAAT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGTTACAGAAT
* * * * *
34316224 CAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATC-ATGTGATGCATAGAAAAC
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAG
* *
34316288 TTATTGTGTTTTATG
129 TTCTCGTGTTTTATG
* * * * * ** *
34316303 ATTTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTACATAA
1 A--TTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAA
* * * * *
34316368 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAAATAGAAATTTACAATGTGATACATAACGAAG
64 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAG
* *
34316433 TTCCCGTGTCTTATG
129 TTCTCGTGTTTTATG
* * * * * **
34316448 ATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAACA-T-GAATTTTGAGGCGAACTCCATTAC-GCA
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAA-ATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAG-A
* * * * ** *
34316509 ATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGTGGTT-AAATGGAAATTCACCTTGTGATGCATAGAAAA
63 ATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAA
*
34316573 CTTCTCGTGTTTTATG
128 GTTCTCGTGTTTTATG
* * * * * *
34316589 ATTTTTTATAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTAGAACTTCGAGG-CAACGTTGGTTTCAGAAT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGTTACAGAAT
* * *
34316653 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGAAAAC
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAAG
34316717 TTCTCGTGTTTTATG
129 TTCTCGTGTTTTATG
* * *
34316732 A-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTCCAAGGCCAAGTTC-GTTACAGAAT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAG-TCGGTTACAGAAT
* * * * *
34316795 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGATATTTACCATGTGATGCTTAGCGAAGT
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGT
*
34316860 TCTCGTGTCTTAT-
130 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * * * * * * * *
34316873 AATCTTTTGACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCAAAGTCCGTTACGGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * * * *
34316938 ATAGATAAGAATATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACT
66 AAAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGT
** *
34317003 AATTGTG-TTT-TG
130 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * * * *
34317015 CA-CTTTTTTAATTTTACTTTTAAATATTAAAATTTGAGTTTCGA-GACAACGTCAGTTACAAAA
1 -ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGTTACAGAA
* * **
34317078 TAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTATGATGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAA
64 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGCAAA
* * *
34317142 CTTTTCGTATTTTATG
128 GTTCTCGTGTTTTATG
* * * * * *
34317158 A-TTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAATTTTGAATTTTGAATTTTGAGGCAAATTCGGATA
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AA-----AA-TTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTA
*
34317222 -ATGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATA
59 CA-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATA
* *
34317286 GCGAAA-TTCTCATGTCTTATG
123 GC-AAAGTTCTCGTGTTTTATG
** * * * * * ** ** ** *
34317307 ATTGCTTTTAATTT-ACTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGGTGAAGTCTATTATGGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * * *
34317371 AAAGATAAAGTGTAAATTTCTAA-ATGGTTAAAATGGAAATTTTCAATATGATGCATAGCGAAGT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGT
* * *
34317435 TCTTGTGTCTAATG
130 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * ** ** *
34317449 ATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCCAATTAAGTTTTAAAATC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * *
34317514 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATGTTATAATGTGATGCATAACAAAGT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACAATGTGATGCATAGCAAAGT
* *
34317579 TTTCGTGTCTTATG
130 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * * ** ** ** *
34317593 ATTGTTTTTAA-TT-ATTTTGAATTATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAAGTCCATTATGGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
** * * * * *
34317656 AAAGATAAAGTGGAAATTTCTAAGTGGATAAAATGGAAATTTTCAATGTGATGCGTAGCAAAGTT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
34317721 CTCGTGTCTTATG
131 CTCGTGTTTTATG
* * * * * * *
34317734 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTCAAGGCGAAGTCGGCTACAGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* *
34317799 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG-TAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAAGTT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
34317863 CTCGTGTTTTATG
131 CTCGTGTTTTATG
* * * * * *
34317876 A-GTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGACCAAGTCGATTATAGAATC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * * * *
34317940 AAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGCGTAGCGAATTT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
34318005 CTCGTGTCTTATG
131 CTCGTGTTTTATG
* * * * * *
34318018 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * * *
34318083 AAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATCAAAATT
66 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
*
34318148 CTCGTATTTTATG
131 CTCGTGTTTTATG
* * * *
34318161 ATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAAGTCGGTTATAGAAT
1 ATTTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAAT
* * * **
34318226 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGTGAAGT
65 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGT
*
34318291 TCTCGTGTCTTATG
130 TCTCGTGTTTTATG
* * * * * * * ** *
34318305 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAAGTCTGTTATTGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
* * * *
34318370 ATAA-ATAATA-TATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAAC
66 A-AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAG
* *
34318433 TAT-TTGTGTTTTGTG
129 T-TCTCGTGTTTTATG
** * * * * * * *
34318448 -CCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAATTTCAAAATTT-GTGG-CAACATTGATTACAGAA
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-GAATTTCGAGGCCAA-GTCGGTTACAGAA
* * * *
34318510 TAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTT-CTCATGTGATGCATAGCACA
64 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-AATGTGATGCATAGCAAA
*
34318574 CTTCTC--GTTTTATG
128 GTTCTCGTGTTTTATG
* * * * *
34318588 ATTTTTTCTAATTTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTACAGAATT
1 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
34318653 AAAGATAAAGTAT
66 AAAGATAAAGTAT
34318666 TGATAAGTCA
Statistics
Matches: 2269, Mismatches: 454, Indels: 138
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 13 0.01
141 301 0.13
142 824 0.36
143 726 0.32
144 175 0.08
145 113 0.05
146 2 0.00
148 5 0.00
149 95 0.04
150 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (143 bp):
ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGGCCAAGTCGGTTACAGAATC
AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCAAAGTT
CTCGTGTTTTATG
Found at i:34316263 original size:285 final size:283
Alignment explanation
Indices: 34315732--34318665 Score: 2775
Period size: 285 Copynumber: 10.3 Consensus size: 283
34315722 TACACCTCCC
* * * * * **
34315732 ATTTTTTATAATTTCATTTTTTAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGC-AACGTTGGTTACAGAAT
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCCGTTACAGAAT
* * *
34315796 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATC-ATGTGATGCATAGCAAAG
64 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGAAAAC
*
34315860 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTTAATTTTATTTTAAAATATTAAAATTC-AAATTTCGAGGCCA
128 TTCTCGTGTTTTATGA-TTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAA-TTCGAGG-CA
* * * *
34315924 AGTCAATTATAGAACCAGAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGT
190 AGTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGT
* * * *
34315989 GATGCATGGCGAAGTTCACGTCTGTTATG
255 GATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * *
34316018 ATTGTTCTCAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGATGCGAAGTCCGTTACGGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* * * * * *
34316083 AAAGATAAAATATAAAATTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATATACAATGTGATACATAGAAAACTA
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT
* * * *
34316148 ATTGTGTTTT-TCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAAAATTAAAATTCGAAATTCGAGGCAACGT
130 CTCGTGTTTTAT-GATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGGCAA-GT
* * * *
34316212 CAGTTACAAAATCAAAGATACAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATGGAAAGTTATC-ATGTGA
193 CAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGA
** * * * *
34316276 TGCATAGAAAACTTATTGTGTTTTATG
257 TGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * * * ** *
34316303 ATTTTTTTTTTAATTTCAATTTTAGATGTTAAAATTCGAATGTCGAGGCAAAGTCAATTACATAA
1 A---TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAA
* * * *
34316368 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAAATAGAAATTTACAATGTGATACATA-ACGAA
63 TCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGA-AAA
* * * * * *
34316432 GTTCCCGTGTCTTATGATTGTTTTTAA-TATATTTTTAAATATTGAAACA-T-GAATTTTGAGGC
127 CTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAA-ATTCGAAATTCGAGGC
* * * * * *
34316494 GAACTCCA-TTAC-GCAATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGTGGTT-AAATGGAAATTCACC
189 -AAGT-CAGTTACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACA
* ** * *
34316556 TTGTGATGCATAGAAAACTTCTCGTGTTTTATG
251 ATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * ** *
34316589 ATTTTTTATAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTAGAACTTCGAGGC-AACGTTGGTTTCAGAAT
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAA-GTCCGTTACAGAAT
*
34316653 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTATC-ATGTGATGCATAGAAAAC
64 CAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGATGCATAGAAAAC
* *
34316717 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AAATTCCAAGGCCAA
128 TTCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATT-CGAGG-CAA
* * *
34316781 GTTC-GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGACGTTAAAATGGATATTTACCATGT
191 G-TCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGT
* *
34316845 GATGCTTAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATA
255 GATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * * * *
34316874 ATCTTTTGACTTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCAAAGTCCGTTACGGAATTA
1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATCA
* * * * *
34316939 TAGATAAGAATATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTA
66 AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT
* * * * * ** *
34317004 ATTGTG-TTT-TGCACTTTTTTAATTTTACTTTTAAATATTAAAATTTGAGTTTCGAGACAACGT
130 CTCGTGTTTTATG-ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGGCAA-GT
* * * **
34317067 CAGTTACAAAATAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTATGATGGAAATTTATC-ATGTGA
193 CAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA-CAATGTGA
* * * * *
34317131 TGCATAGCAAACTTTTCGTATTTTATG
257 TGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * * * * *
34317158 ATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTGAATTTTGAATTTTGAATTTTGAGGCAAATTCGGATA-
1 ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTG-A-----AA-CTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTAC
*
34317222 ATGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG
59 A-GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAG
* * * * * * * *
34317287 CGAAA-TTCTCATGTCTTATGATTGCTTTTAA-TTTACTTTTAAATATTGAAACTC-AAATTTTG
123 -AAAACTTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAA-TTCG
* ** * * *
34317349 AGGTGAAGTCTA-TTATGGAATTAAAGATAAAGTGTAAATTTCTAA-ATGGTTAAAATGGAAATT
185 AGG-CAAGTC-AGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGAAATT
* * * *
34317412 TTCAATATGATGCATAGCGAAGTTCTTGTGTCTAATG
247 TACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * ** ** *
34317449 ATTCTCTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCCAATTAAGTTTTAAAATC
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* * *
34317514 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATGTTATAATGTGATGCATA-ACAAAG
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAAT-TTACAATGTGATGCATAGA-AAAC
* * * * * * * * *
34317578 TTTTCGTGTCTTATGATTGTTTTTAA--TTATTTTGAATTATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAA
128 TTCTCGTGTTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGG-CAA
** * ** * * * *
34317641 GTCCA-TTATGGAATTAAAGATAAAGTGGAAATTTCTAAGTGGATAAAATGGAAATTTTCAATGT
191 GT-CAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGT
* *
34317705 GATGCGTAGCAAAGTTCTCGTGTCTTATG
255 GATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * * *
34317734 ATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTCAAGGCGAAGTCGGCTACAGAATT
1 A-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* * * *
34317799 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGG-TAAAATGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAAGTT
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTT
* * * * * *
34317863 CTCGTGTTTTATGAGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGACCAAGTC
130 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAG-GCAAGTC
* * * *
34317928 -GATTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGAT
194 AG-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGAT
* *
34317992 GCGTAGCGAATTTCTCGTGTCTTATG
258 GCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
*
34318018 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* * * *
34318083 AAAGATAAAGTATAAATTTTTGATAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATCAAAA-T
65 AAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATA-GAAAACT
* * * *
34318147 TCTCGTATTTTATGATTTTTTTAAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCGAA
129 TCTCGTGTTTTATGATTTTTTT--AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGGC-AA
* * * * *
34318212 GTCGGTTATAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGCTAAAATGGAAATTTACCATATG
191 GTCAGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG
*
34318277 ATGCATAGTGAAGTTCTCGTGTCTTATG
256 ATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
* * * ** *
34318305 ATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGTCGAAGTCTGTTATTGAATT
1 ATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATC
* *
34318370 ATAA-ATAATA-TATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAAC
65 A-AAGATAA-AGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAAC
* * ** * * * *
34318433 TAT-TTGTGTTTTGTGCCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAATTTCAAAATTTGTGGCAA-
128 T-TCTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGGCAAG
* * *
34318496 -CATTGATTACAGAATAAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAAAGGTTAAAATGGAAATTT-CTCAT
192 TCA--G-TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTAC-AAT
*
34318559 GTGATGCATAGC-ACACTTCTCGT-T-TTATG
253 GTGATGCATAGCGA-AGTTCTCGTGTCTTATG
* * * *
34318588 ATTTTTTCTAATTTCATTTTTAAATATT-AAATTTTGAATTTCGAGGCCAAGTCTGTTACAGAAT
1 ATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTGAAA-CTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAAT
*
34318652 TAAAGATAAAGTAT
64 CAAAGATAAAGTAT
34318666 TGATAAGTCA
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 355, Indels: 187
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
282 19 0.01
283 128 0.06
284 552 0.25
285 629 0.29
286 209 0.09
287 415 0.19
288 23 0.01
289 1 0.00
290 55 0.02
291 136 0.06
292 34 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (283 bp):
ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTCGAGGCGAAGTCCGTTACAGAATCA
AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGAAAACTTC
TCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAAATTCGAGGCAAGTCAG
TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCA
TAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG
Found at i:34317195 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 34317183--34317207 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
34317173 TTTTTAAATA
34317183 TTGAATT
1 TTGAATT
34317190 TTGAATT
1 TTGAATT
34317197 TTGAATT
1 TTGAATT
34317204 TTGA
1 TTGA
34317208 GGCAAATTCG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.16, T:0.56
Consensus pattern (7 bp):
TTGAATT
Found at i:34320633 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 34319908--34327785 Score: 5260
Period size: 143 Copynumber: 55.7 Consensus size: 141
34319898 AGTGACCATC
* *
34319908 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAA-TTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-AAACTTCTTGTG
* * * * *
34319971 TATTATGATTTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAC-TCCGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGGTTA
* *
34320034 CGGAATTAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * *
34320048 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAGAAAACTTCTAT-TG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT-TGTG
* * * *
34320112 TTTTATGAATTTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTCAAGGCAATGTCGGTTA
65 TTTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
*
34320177 CAGAATCAAATATA
128 CAGAATCAAAGATA
34320191 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-------CATAGCAAACTT
* * * * *
34320256 CTTGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATGTTAAAATTCGATTTTCTAGGCAAAGTC
59 CTTGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTC
*
34320321 GGTTACAAAATCAAAGATA
123 GGTTACAGAATCAAAGATA
** * ** * * * * *
34320340 CTGTATAATTTTTTAAGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * *
34320405 CTTATGAATCTTTTTAATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATTTTGAGTTG-AA-GTCCGTT
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAG--GCAACGTCGGTT
* * *
34320468 ACGGAATTATAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * ** *
34320483 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * *
34320548 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAGTTTCGAGACAACTTCGGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* *
34320613 AAATCAAAGTTA
130 GAATCAAAGATA
* * * * *
34320625 AAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTG
* * * * * ** * ** *
34320689 TCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGAAAATGTTTGTTT
65 TTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
* * *
34320754 CGGAATTATAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* *
34320768 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * *
34320833 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAACTTCGGT
66 TTTATG----ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGT
* *
34320898 TACAAAATCAAAGTTA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * * * *
34320914 AAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAAAGGAAGTTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * ** * **
34320979 CTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGAAAATGTTTGTTAC
66 TTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* * *
34321044 GGAATTATAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* *
34321057 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * *
34321122 TTTATGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAGTTTCGAGACAACTTCGGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* *
34321187 AAATCAAAGTTA
130 GAATCAAAGATA
* * * * * *
34321199 AAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAAAGGAAGTTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * ** * **
34321264 CTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGAAAATGTTTGTTAC
66 TTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* * *
34321329 GGAATTATAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* *
34321342 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * ** * *
34321407 TTTATGCTTCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTCAACGTCGATT
66 TTTATG---ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTT
34321472 ACAGAATCAAAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * * * * *
34321487 AAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAGCTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * ** *** *
34321552 TATATGA-TTTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGACACCAA-GTCTAATAG
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGA-GGCAACGTCGGTTAC
*
34321615 AGAATCAAAGTTA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * * * * *
34321628 GAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34321693 CTTATGATTGTTTTAAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAAC-TCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AA-TTTCGAGGC-AACGTCGGT
* *
34321754 TAC-GAAATTAAAGTTA
126 TACAG-AATCAAAGATA
** * ** *
34321770 AAGTATAAATTTTTAATTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCATATAAAACTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * *
34321835 TTTTTGATTTTTTGTAATTTCATTTTTAGATATTAAAATTTGAATTTAGAGGCAACGTCGGTTA-
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
*
34321899 ACGAAT-AAGAAATA
129 A-GAATCAA-AGATA
* * * * * * *
34321913 AAGTTTGAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * ** *
34321978 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAATTT
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTC-GAGGCAACGTCGGTTA
*
34322042 GAGAATCAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * *
34322056 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * *
34322121 CTTATGATTGTCTTTAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAC-TCCGTT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGGTT
* *
34322183 ACGGAATTAAAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * * * * *
34322198 GAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTATCATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * *
34322263 TTTATGAGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAA-GTCGATTAT
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGG-CAACGTCGGTTAC
34322327 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * ** * *
34322340 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34322405 CTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAATTATGAAATTCGAGGTGAA-GTCGGTT
66 TTTATGA-T-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAAT-TCAATTTCGAGG-CAACGTCGGTT
*
34322469 ATAGAATCAAAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * * * * **
34322484 AAGTATAATTTTTTAAGAGATTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * ** * *
34322549 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAA-GTCCGATA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCAATTTCGAGGC-AACGTCGGTTA
* *
34322612 CGGAATTATAA-ATA
128 CAGAATCA-AAGATA
* * * *
34322626 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAT-TAGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACT-TCTTGTG
** * * *
34322690 TTTTGCG-CTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTT-GAAGGCAACGTCGGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCG-AGGCAACGTCGGTTA
*
34322753 TAGAATC------A
128 CAGAATCAAAGATA
* * * *
34322761 AA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * **
34322825 TTTATGATATTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCAATGTCAATTAC
66 TTTATGAT-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
34322890 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * *
34322903 AAGTATAAATTTTTAGGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATACCGAAGTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34322968 CTTATGATTCTTTTGAATTTCATTTTGAAAAATTGAAATTCGAAATTT-GAGTTG-AA-GTCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC--AATTTCGAG--GCAACGTCGGT
* **
34323030 TAC-GCAATTATGGATA
126 TACAG-AATCAAAGATA
* * * * * * **
34323046 GAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTAATCATGTGATGCATAGAAAAGTAATTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34323111 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTCGAGGCAACATCAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* *
34323176 GAATAAAAGTTA
130 GAATCAAAGATA
* * * *
34323188 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAAATT-TTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTT-GTG
* * * **
34323252 TTTTATGA-TTTCTTATATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGACAAAGTCAATTA
65 TTTTATGATTTTTTTA-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
*
34323316 C-G----GAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * ** *
34323325 AAGTATACAA-TTTTAAGAGTTTTAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGGAA-TTCTCGT
1 AAGTATA-AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAACTTCTTGT
* * * * *
34323388 GTCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTGGAGGCTAACTTC-GT
64 GTTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATT-AAAATTCAATTTCGAGGC-AACGTCGGT
* *
34323451 TACGGAATTAAAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * ** * *** * *
34323467 AAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTAAAATG-GAT--TTTTTAAATTTCACT-T-
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTC-TTGTG
** * * ** * * *
34323527 TTAAAT-ATTAAAATTTGAATTTCATGGTCAAGTCAATTATAGAA-TCAAATAT--A---AA-GT
65 TTTTATGATT---TTTTTAATTTCATTTTTAAAT--ATTA-A-AATTC-AATTTCGAGGCAACGT
* * *** * *
34323584 ---ATAAATTTTTAAGAGGTTA
122 CGGTTACAGAATCAA-A-GATA
*** ** * * * * * **
34323603 AAGCGGAAA--TTTACCATGTGTT-ACATAGAAAACTT--CTTGTGTTTTAT-G----CTT-TT-
1 AAGTATAAATTTTTAAGA-G-GTTAAAAT-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTG
* * * ** * * *
34323656 T-TTAATT-TCA-TTTTTAAATATTAAAATTT-GA-A-T----TTC-A-----AGGTAACGTCGA
63 TGTT--TTATGATTTTTTTAAT-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTCGAGGCAACGTCGG
*
34323705 TTACAGAGTCAAAGATA
125 TTACAGAATCAAAGATA
* * * * * * * * *
34323722 GAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATAGCAAGCTACTCGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * *
34323787 TTTATGA-CTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCGAGCCCAA-GTCAGTTAG
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAG-GCAACGTCGGTTAC
*
34323850 AGAATCAAAAATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * * *
34323863 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATACATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34323928 CTTATGATTGTTTTCAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCAAACTTT-GAGGCAAAC-TCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AA-TTTCGAGGC-AACGTCGGT
* *
34323989 TACGGAATTAAAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * * ** * *
34324005 AAGTGTAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT-----TCT--C-T-TGTTTTAT-G---A-GTCTT-TAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * * ** * * *** * **
34324055 AATT-TCA-TTTTTAAATATTAAATTTTGAAT-TT-CAAGGCAACGTTGGTTACAGA-ATCAAAT
66 -TTTATGATTTTTTTAAT-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCA-ACGTC-GGT
* * * **
34324115 ATAAAGCATAAAATTTTTA
126 -TACAGAATCAAA--GATA
* ** * * ** * * ** ** *
34324134 AGAGCT-TAAA-ATGGAA-A-TTTACCATATGGTGCA--TAGCGAAGTTCT-CA-AGTCTTA-TG
1 A-AG-TATAAATTTTTAAGAGGTTA--AAATGG-AAATTTA-CCATGTGATGCATAG-CAAACTT
* * * *** * * * ** *
34324190 ATTCT-TTTTA--ATTTCATTTTTAAGTATTGAAACTCAAATTTTGAGTCAAAGTCCGTTACGAA
59 CTTGTGTTTTATGA-TT--TTTTTAA-T-TTCATTTTTAAATATT-A---AAATTCAATTTCG-A
*** ** * *** * *
34324252 ATTATA-GATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTA
114 GGCA-ACG-T-CGGT-TACAGAATCAA-A-GATA
* ** ** * * ** * ** * *
34324285 AAATGGAAATTTACCATGA-GAT-GCATAGAAA---ACCACT-TG-TGTTTTGC--GCTT-TT-T
1 AAGTATAAATTT-TTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCA-TGTGATGCATAGCAAACTTCTTGT
** * * * * *
34324339 -TTAAAT--TTTATTTTAA----AATATTAAA-ATTCAAA-T---TTT-GAGGCAGCTTCGGTTA
64 GTTTTATGATTT-TTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
*
34324391 CAGAATAAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * **
34324405 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATACATTGCAAACTTCTCGTAC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
*
34324470 TTTATGATTTATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGT
66 TTTATGA--T-TTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGG-CAACGTCGGT
*
34324534 TATAGAATCAAAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * * *
34324550 AAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCATAG-AGTAA-TTCTGGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCA--AACTTCTTGT
* * * * * **
34324613 GTCTTATGA-TTTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-TCCATT
64 GTTTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGGTT
* *
34324675 ACGGAATTAAAGATA
127 ACAGAATCAAAGATA
* * * * *
34324690 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCTTCTGATGCATAGAAAACTTCTCT-TG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCT-TGTG
* * * * * *
34324754 TTTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAGGCGACATCTGTTA
65 TTTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
* *
34324819 TAGAATCAAATATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * *
34324833 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCATACTTCTCGTGA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* *
34324898 TTTATGATTGTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTTCTAGGCAAAGTCGGTTA-
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
*
34324962 AGAAATCAAAGACA
129 AG-AATCAAAGATA
* * * * * * * * *
34324976 CAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAGATGGAAATTTACAATGTGTTGCATAGCGAAGTTCTAGTGC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * * * **
34325041 CTTGTGAATCTTTTTAATTTCTTTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGTTCAA-GTCCATTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAG-GCAACGTCGGTTA
* * * *
34325105 CGGAATTATATATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * **
34325119 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
** * * * * ** **
34325184 TTTCCGCTTTTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGGCAACGTTAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
*
34325249 AAATCAAAGATA
130 GAATCAAAGATA
* ** ** *
34325261 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGTGATGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * * * *
34325326 CTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGGGGCAAAGTTC-GTTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACG-TCGGTTA
* *
34325390 C-GAAATTATAGATA
128 CAG-AATCAAAGATA
* *
34325404 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34325469 TCTATGCTTTTTTTTTATTTCATTTTTAAATTATTAAAATTCGAATTTCAAGGCAATGTCGATTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAA-TATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
34325534 CAGAATCAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * * *
34325548 AAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTATCATATGATGCATAGCAAGCTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * *
34325613 TTTATGA--TTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCTAAATAT-AAGGCAACGTTGGTTAC
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC--AATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
34325675 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * ** * * * *
34325688 AAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * *
34325753 CTTATGATTGTTTTTAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAA-TTCTGAGGCAAAC-TCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AATTTC-GAGGC-AACGTCGGT
* *
34325814 TACGGAATTAAAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * * **
34325830 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * *
34325895 TTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTAC
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* *
34325960 AGAATGAAATATA
129 AGAATCAAAGATA
* * * *
34325973 AAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTCGTGA
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * *
34326038 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTAATTTTCTAAGCGAA-GTCGGTTAC
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGC-AACGTCGGTTAC
*
34326102 AGAATCAAAGATTC
129 AGAATCAAAGA-TA
* * *
34326116 AA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTTCTTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAA--ACTTCTTG
* * * * * * * *
34326180 TGTCTTATTAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGATACTCAAATCTCGAGGCGAA-GTCCG
63 TGTTTTA-TGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGG
34326244 TTACAGAATCAAAGATA
125 TTACAGAATCAAAGATA
* * * * **
34326261 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAATTAGAAATTTACCATGTGATGCGTAGAAAACTAATTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
** * * * **
34326326 TTTGCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTAAGGCAACGTCGGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
34326391 -AAGTCAAAGATA
130 GAA-TCAAAGATA
* * * * * * ** *
34326403 GAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGATGCATAGCGATGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTG
* * * * * *
34326467 TCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGT-GGGGCAAAGTTC-GT
65 TTTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATT-TCGAGGCAACG-TCGGT
* *
34326530 TACAGAATTATAGATA
126 TACAGAATCAAAGATA
* * * *
34326546 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGTAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
*
34326611 TTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT-GAAGGCAACGTCGGTTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCG-AGGCAACGTCGGTTA
34326675 CAGAATCAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * *
34326689 AAGTATAAATTTTGAAGATGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCAAGCTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * ** *
34326754 TATATGA-TTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCCAA-GTTAGTTAG
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGG-CAACGTCGGTTAC
34326817 AGAATCAAAGATA
129 AGAATCAAAGATA
* * ** * * *
34326830 GAA-TATAATTTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTG
1 -AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTG
** * * * * *
34326894 CCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAGATTTTGAAACTCGAATTTTGAGGCGAAC-T--GTT
65 TTTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGGTT
*
34326955 ACTA-AATTAAAGATA
127 AC-AGAATCAAAGATA
* * * **
34326970 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGTATATAAAACTTCTTGTG-
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* **
34327034 TTTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATTTCGAGGCAACGTTAGTTA
66 TTTATGAT-TTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
34327099 CAGAATCAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * * *
34327113 AAGTATAAATTTTT-AGTGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCATAGTTCTCGCGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * *
34327177 TTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTTGAGGCCAA-GTCGATTA
66 TTTATGA-TTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGG-CAACGTCGGTTA
34327241 CAGAATCAAAGATA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * * *
34327255 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATGGCGAAGTTCTCGTCT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * * * *
34327320 GTTATGATTGTTTTCAATTTCATTTTTGAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAA-GCCTGTTA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGG-CAACGTCGGTTA
* * *
34327384 CGGAATGAAAGAAA
128 CAGAATCAAAGATA
* * * * * * * ***
34327398 AAATATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGAATGGAAAACTAAATGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * * * *
34327463 TTTGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATGTTAAAATTTGAAATTCGAGGCAACCTCGATTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
*
34327528 GAATTAAAGATA
130 GAATCAAAGATA
* * * * * * * *
34327540 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTTAGATGGAAGTTTATCATGTGATGCATAGCAAATTTGTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * * * *
34327605 TTTATGATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATGTCAAGGTAAAGTCAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
*
34327670 AAATCAAAGATA
130 GAATCAAAGATA
* ** * * * *
34327682 AAGTAAAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAAAAATTTACAATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
* * * *
34327747 CTTATAATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAATT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT
34327786 GGCAAACTCT
Statistics
Matches: 6042, Mismatches: 1339, Indels: 712
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
114 1 0.00
117 3 0.00
118 2 0.00
119 21 0.00
120 19 0.00
121 27 0.00
122 7 0.00
123 3 0.00
124 13 0.00
125 23 0.00
126 9 0.00
127 32 0.01
128 28 0.00
129 18 0.00
130 15 0.00
131 6 0.00
132 4 0.00
133 7 0.00
134 80 0.01
135 14 0.00
136 76 0.01
137 97 0.02
138 34 0.01
139 47 0.01
140 354 0.06
141 498 0.08
142 1692 0.28
143 2002 0.33
144 299 0.05
145 221 0.04
146 221 0.04
147 7 0.00
148 2 0.00
149 106 0.02
150 34 0.01
151 16 0.00
152 2 0.00
153 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAACTTCTTGTGT
TTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTACAG
AATCAAAGATA
Found at i:34320680 original size:285 final size:282
Alignment explanation
Indices: 34319908--34327785 Score: 5236
Period size: 285 Copynumber: 27.9 Consensus size: 282
34319898 AGTGACCATC
*
34319908 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTG-TGCATAGCGAAA-TTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC-AAAGTTCTCGTG
* * * * *
34319971 TATTATGATTTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGCAAAC-TCCGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGGTTA
* * * * *
34320034 CGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCTTGTGTTGCATAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
** * ** * * **
34320099 AAAACTTCTATTGTTTTATGAAT-TTTTATAATTTCATTTTTAAATATAAAAATTCAAATTTCAA
193 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGA
* * * * *
34320163 GGCAATGTCGGTTACAGAATCAAATATA
257 GG-AA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
*
34320191 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATATTACATAGCAAACTT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG-------CATAGCAAAGTT
* * * * * * *
34320256 CTTGTGATTTATGATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATGTTAAAATTCGATTTTCTAGGCAAAGTC
59 CTCGTGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTC
* ** * ** * *
34320321 GGTTACAAAATCAAAGATACTGTATAATTTTTTAAGAGACTAAGATGGAAATTTACAATGTGATG
123 GGTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATG
* * * *
34320386 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTACATTTTAAAATATTAAAACTCGAATT
188 CATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
34320451 TTGAGTTGAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
253 TTGAG--GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * ** * *
34320483 AAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTAATTGTAT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * *
34320548 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAGTTTCGAGACAACTTCGGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* * * *
34320613 AAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAGAAA-GGAAGTTTACCATGTGATGCATAGC
130 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * *
34320677 GAAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGA
194 GAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAG-
* ** *
34320742 AAATGTTTGTTTCGGAATTATAGATA
258 GAA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * *
34320768 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * *
34320833 TTTATGCTTCTTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGACAACTTCGGT
66 TTTATG----ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGT
* * * * *
34320898 TACAAAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAAAGGAAGTTTACCATGTGATGCAT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * *
34320963 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTG
191 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTG
* **
34321028 AGAAAATGTTTGTTACGGAATTATAGATA
256 AG-GAA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * *
34321057 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * *
34321122 TTTATGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAAGTTTCGAGACAACTTCGGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAA-TTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* * * * *
34321187 AAATCAAAGTTAAAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAAAGGAAGTTTACCATGTGATGCATAGCG
130 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCG
* * * * *
34321252 AAGTTCTCGTGTCTTATGAGTATTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGAA
195 AAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAG-G
**
34321317 AATGTTTGTTACGGAATTATAGATA
259 AA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * *
34321342 AAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGAAAACTTCTTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * ** * *
34321407 TTTATGCTTCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTTAAGTCAACGTCGATT
66 TTTATG---ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTT
* * * *
34321472 ACAGAATCAAAGATAAAGTATACATTTTAAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATCATGTGATGCATA
127 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * *
34321537 GC-AAGCTTCTCGTGT-TATATG-AT-TTTCTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTC
192 GCGAAG-TTCTCGTGTCT-TATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTT
** *** * * *
34321598 GACACCAAGTCTAATA-GAGAATCAAAGTTA
255 G--AGGAAGTCCGTTACG-GAATTATAGATA
* * * * * *
34321628 GAGTATAAATTTATAAGAGGTTAAAATGGAGACTTACAATGTGATGCATAGCTAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * *
34321693 CTTATGATTGTTTTAAATTTA-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTC-AGGCGAAC-TCCGTT
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AA-TTTCGAGGC-AACGTCGGTT
* * ** *
34321755 AC-GAAATTAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAATTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTAATGCAT
127 ACAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
*** * * * * * ** *
34321819 ATAAAACTTCTCGTGTTTTTTG-ATTTTTTGTAATTTCATTTTTAGATATTAAAATTTGAATTTA
191 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTT
* * * *
34321883 GAGGCAACGTCGGTTAAC-GAATAAGAAATA
255 GAGG-AA-GTCCGTT-ACGGAATTATAGATA
* * * * *
34321913 AAGTTTGAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTATCATGGGATACATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * ** *
34321978 TTTATGATTTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCAAAGCCAA-GTCAATTT
66 TTTATGATTTTTTT-AATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTC-GAGGCAACGTCGGTTA
* * *
34322042 GAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTAATGCATAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * *
34322107 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGATTGTCTTTAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTTTGA
193 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTCAAATTTTGA
* *
34322170 GGCAAACTCCGTTACGGAATTAAAGATA
257 GG--AAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * *
34322198 GAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTATCATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * *
34322263 TTTATGAGTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAA-GTCGATTAT
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGG-CAACGTCGGTTAC
* * * * **
34322327 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTACAATGCGATGTGTAGC
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * *
34322392 AAAGTTCTCGTGTCTTATGATTCTTTTTTAATTTCATTTTCAAATATTAAATTATGAAA-TTCGA
194 GAAGTTCTCGTGTCTTATGAATC-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAAT-TCAAATTTTGA
* ** * *
34322456 GGTGAAGTCGGTTATAGAATCAAAGATA
257 -G-GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * *
34322484 AAGTATAATTTTTTAAGAGATTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * ** * *
34322549 CTTATGATTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCCAATTT-GACTCGAA-GTCCGATA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAAATTCAATTTCGAGGC-AACGTCGGTTA
* * * *
34322612 CGGAATTATAA-ATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATA
128 CAGAATCA-AAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
** * * ** * * *
34322676 GAAAACTAT-TAGTGT-TT-TG-CGCTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-GAGTTT
192 GCGAAGT-TCTCGTGTCTTATGAATC-TTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTT
34322736 GAAGGCAA---CG-T-CGG--TTATAGAATCA
255 G-AGG-AAGTCCGTTACGGAATTATAG-AT-A
* *
34322761 AA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATATGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * **
34322825 TTTATGATATTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCAAGGCAATGTCAATTAC
66 TTTATGAT-TTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* * *
34322890 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAGGAGGTTAAAATAGAAATTTACCATGTGATGCATACC
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * *
34322955 GAAGTTCTTGTGTCTTATGATTCTTTTGAATTTCATTTTGAAAAATTGAAATTCGAAA-TTTGAG
194 GAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AAATTTTGAG
* *
34323019 TTGAAGTCCGTTACGCAATTATGGATA
258 --GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * * ** *
34323046 GAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTAATCATGTGATGCATAGAAAAGTAATTGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * *
34323111 TTTGTGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTCGAGGCAACATCAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* * * * * *
34323176 GAATAAAAGTTAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAGATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGCA
130 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCG
* * * * *
34323241 AAATTTTCGTGTTTTATG-AT-TTCTTATATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTCGAGA
195 AAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTA-ATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAG-
* **
34323304 CAAAGTCAATTACGG----A-AGATA
258 -GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * **
34323325 AAGTATACAA-TTTTAAGAGTTTTAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGGAA-TTCTCGT
1 AAGTATA-AATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAAAGTTCTCGT
* * * * *
34323388 GTCTTATGATTGTTTTTAA-TTTATTTTTAAATATTGAAACTTGAATTTGGAGGCTAACTTC-GT
64 GTTTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATT-AAAATTCAATTTCGAGGC-AACGTCGGT
* * * * ** ***
34323451 TACGGAATTAAAGATAAAGTATAAATTTGTAAGAGGTTAAAATGGATATTTAAAATG-GATTTTT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGA-TGCA
* * * * ** * ** * ** * *
34323515 TA---AATTTCACTTTTAAATATTAA-AATTTGAATTTCATGGTCAAGTCAATTATAGAA-TCAA
190 TAGCGAAGTTCTCGTGT-CTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAAT--ATTA-A-AATTCAA
* * *
34323575 A-TAT-A--AAGT---ATA---AATTTTTAAGAGGTTA
250 ATTTTGAGGAAGTCCGTTACGGAA-TTAT-AGA---TA
*** ** * * * * * **
34323603 AAGCGGAAA--TTTACCATGTGTT-ACATAGAAAACTT--CTTGTGTTTTAT-GC-----T-T--
1 AAGTATAAATTTTTAAGA-G-GTTAAAAT-GGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCG
* ** * * * *
34323654 T-TTTTA--A----TTTCATTTT-TAA----ATATTAAAATTTGAATTTCAAGGTAACGTCGATT
63 TGTTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTT
* * * * * *
34323707 ACAGAGTCAAAGATAGAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATGGAAATTTATCATGTGATGTATA
127 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * *
34323772 GC-AAGCTACTCGTATTTTATG-A-CTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCGAATTTCG
192 GCGAAG-TTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTG
* * * * *
34323834 AGCCCAAGTCAGTTA-GAGAATCAAAAATA
256 AG--GAAGTCCGTTACG-GAATTATAGATA
* * *
34323863 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATACATAGCGAAGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
34323928 CTTATGATTGTTTTCAA-TTTA-TTTTAAGATTTTGAAACTCAAACTTT-GAGGCAAAC-TCCGT
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAA-ATATTAAAATTC-AA-TTTCGAGGC-AACGTCGGT
* * * * * **
34323989 TACGGAATTAAAGATAAAGTGTAAATTTTTAAGTGGTTAAAAT-----TCT--C-T-TG-T-TTT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * * * * ** **
34324043 A-TG-AG-TCT--T-TATAAT--TTCATTTTTAAATATTAAATTTTGAAT-TT-CAAGGC-AACG
191 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATC-TTTTT-AAT-TTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATT
** * * * *
34324097 TTG-GTTA--CAG-AATC-AAATATAAAGCATAA
253 TTGAGGAAGTCCGTTA-CGGAAT-TATAG-AT-A
* * ** * ** * * * * * **
34324126 AATTTTTAAGA-GCTTAAAATGG---AAATTTACCATATGGT-GCATAGCGAAG-TTCTC-AAG-
1 AA-GTATAA-ATTTTTAAGA-GGTTAAAATGGA--A-AT-TTACCAT-GTGATGCATAGCAAAGT
** * * * * * * * * ** * * *
34324183 TCTTATGATTCTT-T--TTAATTTCATTTTTAAGTATTGAAA-CTCAAATTTTGA-GTCAAAGTC
58 TCTCGTG-TT-TTATGATT-TTTTTAATTTT-A-TTTTTAAATATTAAAATTCAATTTC-GAGGC
* * *
34324243 --CGTTACGAAATTATAG-AT-AAAG-T--A-TA-AAC-TTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
117 AACG-T-CG--GTTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTA
* ** *** * ** * * *
34324298 CCATGAGATGCATAGAAAACCACTTGTGT-TT-TGCGCTTTTTTTAAATTTTATTTTAAAATATT
178 CCATGTGATGCATAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG-AATCTTTTT-AATTTCATTTTTAAATATT
* * * * *
34324361 AAAATTCAAATTTTGAGGCAGCTTCGGTTACAGAATAAAAGATA
241 AAAATTCAAATTTTGAGGAAG--TCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * * **
34324405 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATACATTGCAAACTTCTCGTAC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* *
34324470 TTTATGATTTATTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTGAATTTCGAGGCCAA-GTCGGT
66 TTTATGA--T-TTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGG-CAACGTCGGT
* * * * *
34324534 TATAGAATCAAAGATAAAGTATTAATTTTTAAGAGGTTAAAATAGAAATTTACAATGTGATTCAT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
* * * * * *
34324599 AGAGTAA-TTCTGGTGTCTTATG-AT-TTTTTAATTT-ATTTTTAAATTTTGAAACTCGAATTTT
191 AGCG-AAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTT
* * *
34324660 GAGGCGAACTCCATTACGGAATTAAAGATA
255 GA-G-GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * * * *
34324690 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACCTTCTGATGCATAGAAAACTTCTCTTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * * *
34324755 TTTATGATTTTTTATAATTTCATTTTTAAACATTAAAATTTGAATTTTGAGGCGACATCTGTTAT
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAA-TTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* *
34324820 AGAATCAAATATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTGAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * *
34324885 -ATACTTCTCGTGAT-TTATGATTGTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTTCT
194 GA-AGTTCTCGTG-TCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTT-G
* * * * * *
34324947 AGGCAAAGTCGGTTAAGAAATCAAAGACA
256 AGG--AAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * * * * *
34324976 CAGTATAAATTTTTAAGAGATTAAGATGGAAATTTACAATGTGTTGCATAGCGAAGTTCTAGTGC
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * * **
34325041 CTTGTGAATCTTTTTAATTTCT-TTTTTAAATATTGAAACTCAAATTTTGAGTTCAA-GTCCATT
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTT-TATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAG-GCAACGTCGGTT
* * * * * * *
34325104 ACGGAATTATATATAAAGTATAAACTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAACTTACCATGTGATGCATA
127 ACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
** * ** * * ** * * * * *
34325169 GAAAACTAATTGTGTTTTCCG-CT-TTTTGTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTTTA
192 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTT-TAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTG
** ** * *
34325232 AGGCAACGTTAGTTACAAAATCAAAGATA
256 AGG-AA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
* ** *
34325261 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAAAGGAAATTTACCATGTGATGCATAGTGATGTTCTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * * * * *
34325326 CTTATGAATCTTTTTACTTTCATTCTTAAATATTGAAACTCGAATTTTGGGGCAAAGTTC-GTTA
66 TTTATG-ATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACG-TCGGTTA
* * *
34325390 C-GAAATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
128 CAG-AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
** * * ** * * * *
34325454 GAAAACTTCTTGTGT-TCTATGCTTTTTTTTTATTTCATTTTTAAATTATTAAAATTCGAATTTC
192 GCGAAGTTCTCGTGTCT-TATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAA-TATTAAAATTCAAATTTT
* * * *
34325518 AAGGCAATGT-CGATTACAGAATCAAAGATA
255 GAGG-AA-GTCCG-TTACGGAATTATAGATA
* * * * *
34325548 AAGTATAAATTTTAAAGAGGCTAAAATAGAAATTTATCATATGATGCATAGC-AAGCTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAG-TTCTCGTG
* * * *
34325612 TTTTATGA--TTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAATTCTAAATAT-AAGGCAACGTTGGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC--AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
* * **
34325674 CAGAATCAAAGATAAAGTACAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTATAATGTGATGCATAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * * * * *
34325739 CGAAGTTCTCGTGGCTTATGATTGTTTTTAATTT-A-TTTTAAGATTTTGAAACTCGAATTCTGA
193 CGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAA-ATATTAAAATTCAAATTTTGA
* *
34325802 GGCAAACTCCGTTACGGAATTAAAGATA
257 GG--AAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * * * *
34325830 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATTGAAATTTACCATGTGATGAATAGAAAACTTCTCATGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * *
34325895 TTTATGATTTTTTATAATATCATTTTAAAATTTTAAAATTCGAATTTCGAGGCAATGTCGGCTAC
66 TTTATGATTTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTAC
* * * *
34325960 AGAATGAAATATAAAGTATAAATTTTGAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
129 AGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGC
* * * * * *
34326025 AAACTTCTCGTGAT-TTATG-ATTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTTAATTTTCTAA
194 GAAGTTCTCGTG-TCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT-TGA
* * * * *
34326088 GCGAAGTCGGTTACAGAATCAAAGATTC
257 G-GAAGTCCGTTACGGAATTATAGA-TA
* * * * *
34326116 AA-TATAAATTTTTAAGAGGTTAATATGGAAATTTACAATGTGATGCATAGTGAAGTACTTCTTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG-CAA--AGTTCTCG
* * * * * * * * *
34326180 TGTCTTATTAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGATACTCAAATCTCGAGGCGAA-GTCCG
63 TGTTTTA-TGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGC-AACGTCGG
* * *
34326244 TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAATTAGAAATTTACCATGTGATGCG
125 TTACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCA
** * ** * ** * * * *
34326309 TAGAAAACTAATTGTGT-TT-TGCGCTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCGAGTTT
190 TAGCGAAGTTCTCGTGTCTTATG-AATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTT
* * * * *
34326372 TAAGGCAACGTCGGTTAC-AAAGTCAAAGATA
254 TGAGG-AA-GTCCGTTACGGAA-TTATAGATA
* * * * * * *
34326403 GAGTATAAGTTTTTAAGAGGCTAGAAA-GGAAGTTTGCCATGTGATGCATAGCGATGTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTA-AAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTG
* * * * * * *
34326467 TCTTATGAGTCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTGAAACTCGAATTGT-GGGGCAAAGTTC-GT
65 TTTTATGA-TTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATT-TCGAGGCAACG-TCGGT
* * * * *
34326530 TACAGAATTATAGATAAAGTATATATTTTTAAGAGGTTAAAATGAAAATTTACCATGTGATGCGT
126 TACAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCAT
** * * * ** *
34326595 AGAAAACTTCTTGTGTTTTATGCTTTTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAA-TTTG
191 AGCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTG
* * * *
34326659 AAGGCAACGTCGGTTACAGAATCAAAGATA
256 -AGG-AA-GTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * *
34326689 AAGTATAAATTTTGAAGATGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAGC-AAGCTTCTCGTG
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAG-TTCTCGTG
* * * **
34326753 TTATATGA-TTTTTTAATTTGATTTTTAAATATTAAAACTCGAATTTCGAGGCCAA-GTTAGTTA
65 TTTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGG-CAACGTCGGTTA
* * * **
34326816 GAGAATCAAAGATAGAA-TATAATTTTTTAATAGGTTAAAATGGAAATTTATAATGTGATGCATA
128 CAGAATCAAAGATA-AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATA
* * * * * * * *
34326880 GCGAAGTTCTCGTGCCTTATGATTGTTTTTAATTT-ATTTTTAGATTTTGAAACTCGAATTTTGA
192 GCGAAGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGA
* ** *
34326944 GGCGAA--CTGTTACTAAATTAAAGATA
257 -G-GAAGTCCGTTACGGAATTATAGATA
* * * ** * *
34326970 AAGTATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGGAAATTTACCATGGGATGTATATAAAACTTCTTGTG-
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * **
34327034 TTTATGATATTTTTATAATTTCATTTTTAAATAGTAAAATTCGAATTTCGAGGCAACGTTAGTTA
66 TTTATGAT-TTTTT-TAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTA
* * *
34327099 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTT-AGTGGTTAAAATAGAAATTTATCATGTGATGCATAG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
* * * * *
34327163 C-ATAGTTCTCGCGTTTTATGATTTTTTTTAATTTCATTTTTAAGTATTAAAATTCAAATTTTGA
193 CGA-AGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGA
* * *
34327227 GGCCAAGT-CGATTACAGAATCAAAGATA
257 GG--AAGTCCG-TTACGGAATTATAGATA
* * * * *
34327255 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACAATGTGATGCATGGCGAAGTTCTCGTCT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * * * * *
34327320 GTTATGATTGTTTTCAATTTCATTTTTGAATATTGAAACTCGAATTTTGAGGTGAA-GCCTGTTA
66 TTTATGATT-TTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGG-CAACGTCGGTTA
* * * * * * * * *
34327384 CGGAATGAAAGAAAAAATATAAATTTTTAAGTGGTTAAAATGAAAATTTACAATGTGATGAATGG
128 CAGAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAG
** * ** * * * * * * * *
34327449 AAAACTAAAT-GTGTTTTGTG-TTTTTTTTAATTTTATTTTTAAATGTTAAAATTTGAAA-TTCG
193 CGAAGT-TCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAA-TTCAAATTTTG
* * *
34327511 AGGCAA-CCTCGATTACAGAATTAAAGATA
256 AGG-AAGTC-CG-TTACGGAATTATAGATA
* * * * * * *
34327540 AAATATAAATTTTTAAGAGGTTTAGATGGAAGTTTATCATGTGATGCATAGCAAATTTGTCGTGT
1 AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
* * * * * * *
34327605 TTTATGATTTTTTAAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCGAATGTCAAGGTAAAGTCAGTTACA
66 TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTC-AATTTCGAGGCAACGTCGGTTACA
* * ** *
34327670 AAATCAAAGATAAAGTAAAAATTTTTAAGAGGTTAAAATAAAAATTTACAATGTGATGCATAGCG
130 GAATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCG
* * *
34327735 AAGTTCTCGTGTCTTAT-AATTGTTTTTAATAT-ATTTTTAAATATTGAAATT
195 AAGTTCTCGTGTCTTATGAA-TCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATT
34327786 GGCAAACTCT
Statistics
Matches: 6097, Mismatches: 1126, Indels: 744
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
252 2 0.00
253 5 0.00
254 13 0.00
255 69 0.01
256 17 0.00
257 21 0.00
258 7 0.00
259 10 0.00
260 26 0.00
261 11 0.00
262 32 0.01
263 25 0.00
264 25 0.00
265 20 0.00
266 22 0.00
267 11 0.00
268 8 0.00
269 14 0.00
270 2 0.00
271 7 0.00
272 8 0.00
273 12 0.00
274 19 0.00
275 16 0.00
276 127 0.02
277 111 0.02
278 43 0.01
279 182 0.03
280 60 0.01
281 89 0.01
282 217 0.04
283 475 0.08
284 603 0.10
285 1819 0.30
286 851 0.14
287 210 0.03
288 375 0.06
289 292 0.05
290 9 0.00
291 30 0.00
292 195 0.03
293 6 0.00
294 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (282 bp):
AAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCAAAGTTCTCGTGT
TTTATGATTTTTTTAATTTTATTTTTAAATATTAAAATTCAATTTCGAGGCAACGTCGGTTACAG
AATCAAAGATAAAGTATAAATTTTTAAGAGGTTAAAATGGAAATTTACCATGTGATGCATAGCGA
AGTTCTCGTGTCTTATGAATCTTTTTAATTTCATTTTTAAATATTAAAATTCAAATTTTGAGGAA
GTCCGTTACGGAATTATAGATA
Found at i:34329577 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34329557--34329586 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
34329547 GTATCCATCT
34329557 CTCCTCCTCCTCGTC
1 CTCCTCCTCCTCGTC
34329572 CTCCTCCTCCTCGTC
1 CTCCTCCTCCTCGTC
34329587 ATCATCATCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.60, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
CTCCTCCTCCTCGTC
Found at i:34334319 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34334284--34334330 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
34334274 TTTAGGTGAT
34334284 TTAACAAATAATATAAAT-TTAAATG
1 TTAACAAATAATA-AAATATTAAATG
34334309 TTAA-AAA-AATAAAATATTAAAT
1 TTAACAAATAATAAAATATTAAAT
34334331 AAAAAATTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.19
23 10 0.48
24 3 0.14
25 4 0.19
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
TTAACAAATAATAAAATATTAAATG
Found at i:34344431 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 34344329--34344571 Score: 271
Period size: 50 Copynumber: 4.7 Consensus size: 51
34344319 GGGAATGAGA
*
34344329 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGATTATGAGAGGC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-C--CGAG---ATGAGAGGC
* *
34344386 -CCCATGTAAGACCATGTCTGGAACATGGCATTGGCATCGAGATGAGAGG-
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
* * *
34344435 TCCCATGCAATACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGATGAGAGGTC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGG-C
** * * *
34344487 TCCCA--TAAGACCATGTCTGGGACATGGTGTGGGCACCGATATGAGA-AC
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
* *
34344535 TCCCATGTAAGACCATATCTGGGATATGGCATTGGCA
1 TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA
34344572 ATACAGAAAA
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 19, Indels: 17
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
48 6 0.04
50 113 0.70
52 5 0.03
53 3 0.02
56 35 0.22
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.29, T:0.23
Consensus pattern (51 bp):
TCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATGAGAGGC
Found at i:34344836 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 34344819--34344857 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
34344809 ATGAGTTATA
34344819 TAAGTAAGCAAG
1 TAAGTAAGCAAG
*
34344831 TAAGTAAACAAG
1 TAAGTAAGCAAG
* *
34344843 TAAGTGAGTAAG
1 TAAGTAAGCAAG
34344855 TAA
1 TAA
34344858 AGAAGTGAGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 23 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (12 bp):
TAAGTAAGCAAG
Found at i:34344845 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 34344820--34344863 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
34344810 TGAGTTATAT
34344820 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
1 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
** *
34344840 AAGTAAGTGAGTAAGTAAAG
1 AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
34344860 AAGT
1 AAGT
34344864 GAGTAAAGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.25, T:0.18
Consensus pattern (20 bp):
AAGTAAGCAAGTAAGTAAAC
Found at i:34347991 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 34347977--34348004 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 3.1 Consensus size: 9
34347967 GGCCCCGTTG
34347977 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
34347986 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
34347995 GAATTGAAA
1 GAATTGAAA
34348004 G
1 G
34348005 CTCAGTTGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 19 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (9 bp):
GAATTGAAA
Found at i:34358140 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 34358115--34358165 Score: 102
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
34358105 CCTTAGACAA
34358115 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
1 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
34358135 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
1 CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
34358155 CGAAAACCCAA
1 CGAAAACCCAA
34358166 AAAAGTCACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 31 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.31, G:0.14, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
CGAAAACCCAAGCGTTTCAT
Found at i:34361243 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 34361224--34361551 Score: 89
Period size: 23 Copynumber: 13.8 Consensus size: 24
34361214 TGTACAGCTC
*
34361224 TTATACATC-AAAGTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
*
34361247 TTATACACCAAAATTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* ** *
34361271 TTATACA-CTAATTTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * * * *
34361294 ATATATATC-AAATTGAACAACATTTT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCA---T
* * * * *
34361320 TTTTACACCAAAATTTGATAGCAA
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * *
34361344 ATATACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
34361367 ATATATATATC-AAATTGTACAGCAT
1 -T-TATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * *
34361392 TTTTACATCAAAATTGGACAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * * *
34361416 ATAGACACC-AAATTGGGCGGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
34361439 TTTTACACAAAAAATTGGATAGCAT
1 TTATACAC-CAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
34361464 ATAGACACC-AAATTGGATAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
34361487 ATAGACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* * * *
34361510 ATAGACACC-AAATTGGGCAGCAT
1 TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
* *
34361533 TTTTACACCAAAATTGGAC
1 TTATACACCAAAAGTGGAC
34361552 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 57, Indels: 23
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 132 0.56
24 55 0.23
25 34 0.14
26 6 0.03
27 9 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (24 bp):
TTATACACCAAAAGTGGACAGCAT
Found at i:34361333 original size:73 final size:70
Alignment explanation
Indices: 34361225--34361551 Score: 271
Period size: 72 Copynumber: 4.6 Consensus size: 70
34361215 GTACAGCTCT
* * * * * * * *
34361225 TATACATCAAAGTGGACAGCATTTATACACCAAAATTGGACAGCATTTATACACTAATTTGGGCA
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
34361290 GCATA
66 GCATA
* * *
34361295 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTTTTACACCAAAATTTGATAGCAAATATACACCAAATTGG
1 TATATATCAAATTGAACAACA---TTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGG
34361360 GCAGCATATA
63 GCAGC--ATA
* * * * *
34361370 TATATATCAAATTGTACAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAGCATATAGACACCAAATTGGGCG
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
*
34361435 GCATT
66 GCATA
* * * * * * ** * *
34361440 TTTACA-CAAAAAATTGGATAGCATATAGACACC-AAATTGGATAGCATATAGACACCAAATTGG
1 TATATATC---AAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGG
34361503 GCAGCATA
63 GCAGCATA
* * * ** *
34361511 TAGACACCAAATTGGGCAGCATTTTTACACCAAAATTGGAC
1 TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGAC
34361552 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 39, Indels: 20
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
69 19 0.09
70 31 0.15
71 39 0.19
72 58 0.28
73 39 0.19
75 22 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (70 bp):
TATATATCAAATTGAACAACATTTTTACACCAAAATTGGACAGCATATATACACCAAATTGGGCA
GCATA
Found at i:34361380 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34361225--34361512 Score: 115
Period size: 23 Copynumber: 12.0 Consensus size: 25
34361215 GTACAGCTCT
*
34361225 TATACATCAAAGTGGACAGCAT-T-
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
*
34361248 TATACACCAAAATTGGACAGCAT-T-
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* *
34361272 TATACA-CTAATTTGGGCAGCATATA
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* * * *
34361297 TAT--ATCAAATTGAACAACATTTTT
1 TATACATCAAATTGGACAGCA-TATA
* * * *
34361321 TTTACACCAAAATTTGATAGCA-A-A
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* *
34361345 TATACACCAAATTGGGCAGCATATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* *
34361370 TATATATCAAATTGTACAGCAT-T-
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
*
34361393 TTTACATCAAAATTGGACAGC--ATA
1 TATACATC-AAATTGGACAGCATATA
* * * * * *
34361417 TAGACACCAAATTGGGCGGCATTTT
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* ** *
34361442 TACACAAAAAATTGGATAGC--ATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* * *
34361465 TAGACACCAAATTGGATAGC--ATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
* * *
34361488 TAGACACCAAATTGGGCAGCATATA
1 TATACATCAAATTGGACAGCATATA
34361513 GACACCAAAT
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 50, Indels: 32
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 96 0.48
24 51 0.26
25 40 0.20
26 2 0.01
27 9 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
TATACATCAAATTGGACAGCATATA
Found at i:34361532 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 34361232--34361551 Score: 201
Period size: 48 Copynumber: 6.7 Consensus size: 46
34361222 TCTTATACAT
* * * *
34361232 CAAAGTGGACAGCATTTATACACCAAAATTGGACAGCATTTATACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * * * * * **
34361279 TAATTTGGGCAGCATATATATATC-AAATTGAACAACATTTTTTTTACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCA---TATAGACAC
* * * * * * * *
34361328 CAAAATTTGATAGCAAATATACACCAAATTGGGCAGCATATATATATAT
1 C-AAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGC--ATATAGACAC
* * *
34361377 CAAATTGTACAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * * *
34361424 CAAATTGGGCGGCATTTTTACACAAAAAATTGGATAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACAC--AAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * * *
34361472 CAAATTGGATAGCATATAGACACCAAATTGGGCAGCATATAGACAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGCATATAGACAC
* * *
34361518 CAAATTGGGCAGCATTTTTACACCAAAATTGGAC
1 CAAATTGGACAGCATATATACA-CAAAATTGGAC
34361552 TTGAATCGAA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 55, Indels: 22
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
46 49 0.24
47 52 0.25
48 54 0.26
49 27 0.13
50 24 0.12
52 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (46 bp):
CAAATTGGACAGCATATATACACAAAATTGGACAGCATATAGACAC
Found at i:34362436 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34362386--34362483 Score: 164
Period size: 42 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
34362376 TCTCGGTATC
34362386 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTT-T
1 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
* *
34362428 GCACACTTAGTGCCTATTATTCAACATTATCATTTTAATTTCT
1 GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
34362471 -CACACTTAGTGCC
1 GCACACTTAGTGCC
34362484 GTTCATATAG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 52 0.98
43 1 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (43 bp):
GCACACTTAGTGCCCATTATTCAACATCATCATTTTAATTTCT
Found at i:34371457 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 34371302--34371458 Score: 206
Period size: 48 Copynumber: 3.3 Consensus size: 47
34371292 TGCACATCGT
* *
34371302 CACATATCACACACCGAAGCCATAGCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
1 CACATAT--CACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
** *
34371351 CACATATCACACCGATGCCATATCCCATATATGGTCTTACACGAAAA
1 CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
* * *
34371398 TCACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTATATGGAAG
1 -CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
34371446 CACATAGTCACAC
1 CACATA-TCACAC
34371459 TTTGACATGT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 11, Indels: 5
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
47 41 0.43
48 47 0.49
49 7 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.31, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (47 bp):
CACATATCACACCGATGCCATATCCCAGCTATGGTCTTACACGGAAA
Found at i:34373641 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 34373619--34373668 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
34373609 TTAAATAATA
*
34373619 TTAAGGTTTTT-AATAGGGT
1 TTAAGGTTTTTAAAAAGGGT
34373638 TTAAGGTTTTTCAAAAAGGGT
1 TTAAGGTTTTT-AAAAAGGGT
*
34373659 TCAAGGTTTT
1 TTAAGGTTTT
34373669 CGACTGAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.41
21 16 0.59
ACGTcount: A:0.28, C:0.04, G:0.24, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGGTTTTTAAAAAGGGT
Found at i:34376628 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 34376585--34376718 Score: 119
Period size: 27 Copynumber: 5.0 Consensus size: 27
34376575 CCGTTCAGGT
* * *
34376585 AGACT-ACCCTATTTTTATTGTCTTGGC
1 AGACTAACCC-ATGTTTATTGTCCTAGC
* * *
34376612 AGACTATCCCATGTTTACTGCCCTAGC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
* *
34376639 AGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAAC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
* * ** *
34376666 GGACTATCCCATGTTTATCATCCTGGC
1 AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
34376693 AGACTAACCCACT-TTTATTGTCCTAG
1 AGACTAACCCA-TGTTTATTGTCCTAG
34376719 TGGATTATCC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 23, Indels: 4
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 78 0.95
28 4 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
AGACTAACCCATGTTTATTGTCCTAGC
Found at i:34376671 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 34376613--34376733 Score: 163
Period size: 54 Copynumber: 2.2 Consensus size: 53
34376603 TGTCTTGGCA
34376613 GACTATCCCATGTTTACTGC-CCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
1 GACTATCCCATGTTTA-T-CACCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
* * **
34376667 GACTATCCCATGTTTATCATCCTGGCAGACTAACCCACTTTTATTGTCCTAGTG
1 GACTATCCCATGTTTATCA-CCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
*
34376721 GATTATCCCATGT
1 GACTATCCCATGT
34376734 CTGTCGTCTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 5, Indels: 4
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
52 1 0.02
53 1 0.02
54 58 0.97
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (53 bp):
GACTATCCCATGTTTATCACCTAGCAGACTAACCCACGTTTATTGTCCTAACG
Found at i:34395602 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34395577--34395619 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
34395567 TGATAAACTT
34395577 TAATATATA-ATTATATTATTTA
1 TAATATATATATTA-ATT-TTTA
*
34395599 TAATTTATATATTAATTTTTA
1 TAATATATATATTAATTTTTA
34395620 CCAACTTAGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.21
22 11 0.58
23 4 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (21 bp):
TAATATATATATTAATTTTTA
Found at i:34397134 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 34397111--34397151 Score: 66
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
34397101 TTCTTGTTGA
34397111 AAAATAATTAAA-TATTAT
1 AAAATAATTAAATTATTAT
*
34397129 AAAATAATTAAATTATTTT
1 AAAATAATTAAATTATTAT
34397148 AAAA
1 AAAA
34397152 ATATGAACAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.57
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATTAAATTATTAT
Found at i:34403726 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 34403524--34403744 Score: 212
Period size: 40 Copynumber: 5.6 Consensus size: 39
34403514 GAATGCTGTT
* * * * * *
34403524 CGGGCTAAGTCCCGAAGGCTTTGTGCTAAGTGAATATATC
1 CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGTGC-GAGTTACTAAATC
** *
34403564 CGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATAC-AAATTC
1 CGGGTTAAG-TCCCGAAGGCA-TTGTGCGAGTTACTAAA-TC
* * *
34403604 CGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATC
1 CGGGTTAAGTCCCGAAGG-CATTGTGCGAGTTACTAAATC
*
34403644 CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATC
1 CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT-GTGCGAGTTACTAAATC
* * *
34403684 CGGGTTAAGTCCCAAAGGCATTGTGTGAGTTACTAAAAC
1 CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTAAATC
* *
34403723 CGGGCTATGTCCCGAAGGCATT
1 CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATT
34403745 TGAACGAGGA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 22, Indels: 15
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 38 0.25
40 103 0.68
41 11 0.07
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.27, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGTGCGAGTTACTAAATC
Found at i:34403764 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 34403602--34403779 Score: 191
Period size: 79 Copynumber: 2.2 Consensus size: 80
34403592 AGATACAAAT
* * * *
34403602 TCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTC
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
** * *
34403667 GTGCGAGTTATTAAA
66 GAACGAGTGACTAAA
* * * * *
34403682 TCCGGGTTAAGTCCCAAAGG-CATTGTGTGAGTTACTAAAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTT
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
*
34403746 GAACGAG-GAGCTATA
66 GAACGAGTGA-CTAAA
*
34403761 TCC-GGTTAAATCCCGAAGG
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG
34403780 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 16, Indels: 4
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
78 15 0.19
79 48 0.59
80 18 0.22
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
GAACGAGTGACTAAA
Found at i:34410566 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 34410529--34410706 Score: 198
Period size: 40 Copynumber: 4.5 Consensus size: 39
34410519 ATATCCGGAC
34410529 TAAGATCCGAAGGCATTTGTGCGAGATAC-AAATTCCGGGT
1 TAAG-TCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAA-TCCGGGT
* *
34410569 TAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
1 TAAG-TCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
* * *
34410609 TAAGTCCCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGT
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
* * * *
34410649 TAAGTCCCGAAGGCA-TTGTGTGAGTTACTAAAACCGGGC
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
*
34410688 TATGTCCCGAAGGCATTTG
1 TAAGT-CCGAAGGCATTTG
34410707 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 33 0.27
40 85 0.70
41 3 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
TAAGTCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGT
Found at i:34410619 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 34410535--34410706 Score: 229
Period size: 80 Copynumber: 2.2 Consensus size: 79
34410525 GGACTAAGAT
*
34410535 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATA-CAAATTCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACT
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAA-TCCGGGTTAAGCCCCGAAGG-CATTGTGCGAGATACT
* *
34410599 AAATCCGGGTTAAGTC
64 AAAACCGGGCTAAGTC
* * * * * *
34410615 CCGAAGGCATTCGTGCGAGTTATTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTGTGTGAGTTACTAA
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAATCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAA
*
34410680 AACCGGGCTATGTC
66 AACCGGGCTAAGTC
34410694 CCGAAGGCATTTG
1 CCGAAGGCATTTG
34410707 AACGAGGAGC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 11, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
79 38 0.47
80 39 0.49
81 3 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGATATCAAATCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCATTGTGCGAGATACTAA
AACCGGGCTAAGTC
Found at i:34410724 original size:79 final size:80
Alignment explanation
Indices: 34410562--34410739 Score: 200
Period size: 79 Copynumber: 2.2 Consensus size: 80
34410552 AGATACAAAT
* * * *
34410562 TCCGGGTTAAGCCCCGAAGGCCTTTGTGCGAGATACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTC
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
** * *
34410627 GTGCGAGTTATTAAA
66 GAACGAGTGACTAAA
* * * *
34410642 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG-CATTGTGTGAGTTACTAAAACCGGGCTATGTCCCGAAGGCATTT
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
*
34410706 GAACGAG-GAGCTATA
66 GAACGAGTGA-CTAAA
*
34410721 TCC-GGTTAAATCCCGAAGG
1 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGG
34410740 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 14, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
78 16 0.19
79 48 0.58
80 19 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (80 bp):
TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCCATTGTGCGAGATACTAAAACCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTC
GAACGAGTGACTAAA
Found at i:34423651 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34423599--34423654 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
34423589 TAAAAAAAAT
*
34423599 TAAAATA-AATAACTAAGATCAA
1 TAAAATAGAACAA-TAA-ATCAA
34423621 TAAAATAGAACAATAAATCAA
1 TAAAATAGAACAATAAATCAA
*
34423642 -AAATTAGAACAAT
1 TAAAATAGAACAAT
34423655 TGTAACATCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.39
21 5 0.16
22 10 0.32
23 4 0.13
ACGTcount: A:0.64, C:0.09, G:0.05, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATAGAACAATAAATCAA
Found at i:34424449 original size:56 final size:50
Alignment explanation
Indices: 34424363--34424661 Score: 271
Period size: 50 Copynumber: 5.9 Consensus size: 50
34424353 CATTTGGGTA
* *
34424363 AAGAGATCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGGTTAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATC---GA-G--AT
*
34424419 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTTTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* * * *
34424469 GAGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* * * * *
34424519 GAGAGGTCCCCCGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATGGGCACCGATAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
* ** * * * * * *
34424569 GAGAACTCCCATGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATTGGTAGTACAAGA-
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-T-CGAGAT
* * * * *
34424620 AATA--TCCCATGTAAGACCATGCCTGGGACATAGCTTTGGCAT
1 AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCAT
34424662 GTTATTATCA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 34, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 1 0.00
49 30 0.14
50 126 0.61
51 2 0.01
52 4 0.02
53 2 0.01
56 42 0.20
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
AAGAGGTCCCACGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCGAGAT
Found at i:34424476 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 34424364--34424609 Score: 294
Period size: 50 Copynumber: 4.8 Consensus size: 50
34424354 ATTTGGGTAA
* * *
34424364 AGAGATCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCATCATTGAGGTTATA
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCA-C--CGA-G--ATG
* * *
34424420 AGAGGTCCCACGTAAGACCATGTTTGGGACATGGCATTGGCATCGAGATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
*
34424470 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCGTTGGCACCGAGATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
** * *
34424520 AGAGGTCCCCCGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATGGGCACCGATATG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
** * * *
34424570 AGAACTCCCATGTAAGACCATATTTGGGATATGGCATTGG
1 AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGG
34424610 TAGTACAAGA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 23, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
50 125 0.75
52 1 0.01
53 2 0.01
56 39 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (50 bp):
AGAGGTCCCATGTAAGACCATGTCTGGGACATGGCATTGGCACCGAGATG
Found at i:34430668 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34430643--34430684 Score: 70
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
34430633 AAGTTTCTCG
34430643 ATTCAATT-TATA-AACCAATT
1 ATTCAATTATATATAACCAATT
34430663 ATTCAATTATATATAACCAATT
1 ATTCAATTATATATAACCAATT
34430685 CATCAACCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.40
21 4 0.20
22 8 0.40
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATTCAATTATATATAACCAATT
Found at i:34432711 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34432693--34432722 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
34432683 TACATGTTTT
*
34432693 TATATATTATAGATA
1 TATACATTATAGATA
34432708 TATACATTATAGATA
1 TATACATTATAGATA
34432723 CAATAATAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TATACATTATAGATA
Found at i:34434807 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34434778--34434829 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
34434768 TTCATTTATA
34434778 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
* *
34434803 TTTCACCGGTCCCGTCTGTTTAAGT
1 TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
34434828 TT
1 TT
34434830 ACTGATTCTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TTTCACCAGTCCCGTCTATTTAAGT
Found at i:34436343 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 34436293--34436476 Score: 122
Period size: 38 Copynumber: 4.7 Consensus size: 37
34436283 ATAGTATTAT
*
34436293 ATATTATG-ATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTA
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATT-ATATAAGAATATTTA
* **** *
34436330 ATATTAAGAATTTTATTACATTATATATTTTTATTAAATT
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATAAGAATATT---TA
* * * * *
34436370 ATATTTAATAATAATTATTTTAAATTTTATTA-TATAGTATTA
1 ATA-TTAAGAAT--TT-TATTAAATTATATAAGAATA-T-TTA
*
34436412 TATATTATG-ATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTA
1 -ATATTAAGAATTTTATTAAATT-ATATAAGAATATTTA
34436450 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATA
1 ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATA
34436477 TTTTTATTAA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 22, Indels: 28
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
37 28 0.25
38 36 0.32
39 7 0.06
40 7 0.06
41 9 0.08
42 4 0.04
43 8 0.07
44 11 0.10
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (37 bp):
ATATTAAGAATTTTATTAAATTATATAAGAATATTTA
Found at i:34436417 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 34436275--34436633 Score: 646
Period size: 120 Copynumber: 3.0 Consensus size: 120
34436265 ATTATTAATC
34436275 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
* *
34436340 TTTTATTACATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATTTTAAAT
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
*
34436395 TTTATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
34436460 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
* * ** *
34436515 TATATTTTATAGTATTATATATTATGATATTAGAAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAAAA
1 TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
34436580 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAA
66 TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAA
34436634 ATATGATAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 9, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
120 230 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (120 bp):
TATATTATATAGTATTATATATTATGATTTTATTAAATTCATATAAGAATATTTAATATTAAGAA
TTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATGTTAAAT
Found at i:34444769 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 34444695--34444769 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 4.7 Consensus size: 16
34444685 ATAATATTAT
34444695 TTTAATAAATTTAATA
1 TTTAATAAATTTAATA
* *
34444711 TTAAATTTAATTTAATA
1 TTTAA-TAAATTTAATA
34444728 TTTATATAAA--TAATA
1 TTTA-ATAAATTTAATA
* *
34444743 TTTTATTAATTTAATA
1 TTTAATAAATTTAATA
34444759 -TTAATGAAATT
1 TTTAAT-AAATT
34444770 AATTCTAATC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 10
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.09
15 12 0.26
16 13 0.28
17 16 0.35
18 1 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.01, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTTAATAAATTTAATA
Found at i:34448487 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34448469--34448498 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
34448459 AAGTTATAAA
34448469 AATTAAAAATGAAAT
1 AATTAAAAATGAAAT
*
34448484 AATTAAACATGAAAT
1 AATTAAAAATGAAAT
34448499 GGCTTAAAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.03, G:0.07, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAAAATGAAAT
Found at i:34458273 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 34458171--34458276 Score: 158
Period size: 41 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
34458161 ACTGGCAATT
* * **
34458171 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCCGAAATATTTCACCGGTGTCA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
34458212 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
* *
34458253 AGTCTGCTAGACATAAAGTCTGAA
1 AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
34458277 TTATCTCATT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 59 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
AGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCA
Found at i:34466134 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 34466035--34466137 Score: 170
Period size: 41 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41
34466025 AGCAATTAGT
* * *
34466035 CTGCTAGACGTAAAGTCCGAAATATTTCACCGGCGTCAAGC
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
*
34466076 TTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
34466117 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
1 CTGCTAGACGTAAAGTCTGAA
34466138 TTATCTCATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 57 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
CTGCTAGACGTAAAGTCTGAAACATTTCACCGGCATCAAGC
Found at i:34470052 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 34470019--34470056 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
34470009 GCATGAATAA
34470019 ATATTATATGATACTAG
1 ATATTATAT-ATACTAG
34470036 ATATTATAT-TA-TAG
1 ATATTATATATACTAG
34470050 ATATTAT
1 ATATTAT
34470057 GGATGCTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.48
15 2 0.10
17 9 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATATATACTAG
Found at i:34482632 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 34482602--34482727 Score: 135
Period size: 27 Copynumber: 4.7 Consensus size: 26
34482592 AAATTGTACA
34482602 GCACTAAGTGTGCGATTCGACTATGTT
1 GCACTAAGTGTGCGATT-GACTATGTT
* * *
34482629 GCACTAAGTGTGCGAAATGAATATGAT
1 GCACTAAGTGTGCG-ATTGACTATGTT
* **
34482656 GCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCG
1 GCACTAAGTGTGCG-ATTGACTATGTT
* *
34482683 GCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGTA
1 GCACTAAGTGTGCGA-T-TGACTATGTT
34482711 GCACTAAGTGTGCGATT
1 GCACTAAGTGTGCGATT
34482728 TGATTGTATA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 12, Indels: 7
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.02
27 59 0.70
28 23 0.27
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
GCACTAAGTGTGCGATTGACTATGTT
Found at i:34482666 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 34482601--34482727 Score: 152
Period size: 54 Copynumber: 2.3 Consensus size: 54
34482591 TAAATTGTAC
* **
34482601 AGCACTAAGTGTGCGATTCGACTATGTTGCACTAAGTGTGCGAAAT-GAA-TATG-
1 AGCACTAAGTGTGCGATT-GACCATGCGGCACTAAGTGTGCG-AATCGAACTATGT
* *
34482654 ATGCACTAAGTGTGCGAATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAGTCTAACTATGT
1 A-GCACTAAGTGTGCG-ATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAATCGAACTATGT
34482710 AGCACTAAGTGTGCGATT
1 AGCACTAAGTGTGCGATT
34482728 TGATTGTATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 9
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.05
54 39 0.61
55 21 0.33
56 1 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (54 bp):
AGCACTAAGTGTGCGATTGACCATGCGGCACTAAGTGTGCGAATCGAACTATGT
Found at i:34485747 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 34485620--34485731 Score: 179
Period size: 49 Copynumber: 2.3 Consensus size: 49
34485610 TACGCCACTT
*
34485620 TGGTTAGCAACTAACATGCCCTACCAGTGGCCCATCTTATTTGCCTACC
1 TGGTTAGCAACTAACATGCCCTACCAGTGGCCCATCTTATTTGCCCACC
* * * *
34485669 TGGTTAGCAGCTAACATGCCCTACTAGTGGCCCATCTTATTTTCCCATC
1 TGGTTAGCAACTAACATGCCCTACCAGTGGCCCATCTTATTTGCCCACC
34485718 TGGTTAGCAACTAA
1 TGGTTAGCAACTAA
34485732 TGTACCCTAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 57 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (49 bp):
TGGTTAGCAACTAACATGCCCTACCAGTGGCCCATCTTATTTGCCCACC
Found at i:34504496 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 34504331--34504480 Score: 214
Period size: 27 Copynumber: 5.6 Consensus size: 27
34504321 GGGTATAACA
*
34504331 GTCATTTTACCCTATG-GGGTATTTTG
1 GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCG
*
34504357 GTCATTTTACCGTATG-GAGGTATTTCG
1 GTCATTTTACCCTATGAG-GGTATTTCG
* *
34504384 ATCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCG
1 GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCG
*
34504411 GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTTG
1 GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCG
*
34504438 GTCATTCTACCCTATGAGGGTATTTCG
1 GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCG
*
34504465 GTCATTTTACCTTATG
1 GTCATTTTACCCTATG
34504481 TTGTTATTTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 12, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.15
27 93 0.85
28 1 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.18, G:0.21, T:0.42
Consensus pattern (27 bp):
GTCATTTTACCCTATGAGGGTATTTCG
Found at i:34506827 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 34506799--34506852 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
34506789 CAATTAGTAT
*
34506799 AAAATATTAAA-AATCCAAT-AAATTG
1 AAAA-ATTAAATAATCAAATAAAATTG
*
34506824 AAAAATTAAATAATTAAATAAAATTG
1 AAAAATTAAATAATCAAATAAAATTG
34506850 AAA
1 AAA
34506853 TTTAGGAGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.24
25 10 0.40
26 9 0.36
ACGTcount: A:0.65, C:0.04, G:0.04, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATTAAATAATCAAATAAAATTG
Found at i:34508744 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 34508701--34508769 Score: 111
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
34508691 GGAGCGCTTT
*
34508701 AGTCAGAATAGATATGAAACGCTGCTGAACTGAGTC
1 AGTCAGAATAAATATGAAACGCTGCTGAACTGAGTC
* *
34508737 AGTCAGAATAAATCTGAAAGGCTGCTGAACTGA
1 AGTCAGAATAAATATGAAACGCTGCTGAACTGA
34508770 ATAGAGTTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 30 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (36 bp):
AGTCAGAATAAATATGAAACGCTGCTGAACTGAGTC
Found at i:34510220 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34510195--34510228 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
34510185 AAAGTCGATA
*
34510195 ATAATTAATATACATT
1 ATAATAAATATA-ATT
34510211 ATAATAAATATAATT
1 ATAATAAATATAATT
34510226 ATA
1 ATA
34510229 TATTAGTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.35
16 11 0.65
ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
ATAATAAATATAATT
Found at i:34515119 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 34515074--34515350 Score: 374
Period size: 40 Copynumber: 6.9 Consensus size: 40
34515064 CGAATACACG
* * * * *
34515074 TCACCAGCATGATTACTCTTCGGGACCTAGCCCGGATATA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* * * * ** * *
34515114 ACACCAGCACGAATGCTCTTTGGGGTTTAGCACGGATATA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* *
34515154 TCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
**
34515194 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
* *
34515234 TCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
34515274 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
*
34515314 TCGCTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
1 TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGAT
34515351 TTAGTAACTC
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 24, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 213 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (40 bp):
TCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACA
Found at i:34515391 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 34515140--34515383 Score: 355
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
34515130 TCTTTGGGGT
* *
34515140 TTAGCACGGATATATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
1 TTAGCCCGGATACATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
* *
34515205 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAAC
66 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
* * *
34515260 TTAGCCCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACATCGCTAGCATG
1 TTAGCCCGGATACATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
** ** * *
34515325 AATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGC-CTTCGGATC
66 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACA-TAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
34515380 TTAG
1 TTAG
34515384 TCTGGATATG
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 13, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 97 0.88
121 13 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (120 bp):
TTAGCCCGGATACATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
Found at i:34515415 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 34515140--34515429 Score: 350
Period size: 120 Copynumber: 2.4 Consensus size: 119
34515130 TCTTTGGGGT
* * *
34515140 TTAGCACGGATATATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
1 TTAGCCCGGATACATCACTAGCAC-AATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
* *
34515205 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATCACTAGCACGAATGCTCTTCGGAAC
65 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
* *
34515260 TTAGCCCGGATACATCACTAGCATGAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACATCGCTAGCATG
1 TTAGCCCGGATACATCACTAGCA-CAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATG
** ** * *
34515325 AATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATTTAGTAACTCGCACCAATGC-CTTCGGATC
65 AATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACA-TAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
* * ** * *
34515380 TTAGTCTGGATATGGTCACTTAGCACAAAGC-CTTCGGGACTTAGCTCGGA
1 TTAGCCCGGATA-CATCAC-TAGCACAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGA
34515430 CATCGTTCGA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 20, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
120 120 0.82
121 21 0.14
122 5 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (119 bp):
TTAGCCCGGATACATCACTAGCACAATGCTCTTCGGGACTTAGCCCGGATACATCACTAGCATGA
ATGCTCTTCGAAACTTAGCCCGGATACATAACTAGCACCAATGCTCTTCGGAAC
Found at i:34515777 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 34515743--34515815 Score: 103
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 29
34515733 AATCAACCAT
* *
34515743 GCACACTTAGTGCCATGTACTTT-AAACTC
1 GCACACTTAGTGCCATGCA-TTTCAAACCC
*
34515772 GCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAGCCC
1 GCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACCC
34515801 GCACACTTAGTGCCA
1 GCACACTTAGTGCCA
34515816 ATCTCACAAC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.08
29 37 0.93
ACGTcount: A:0.26, C:0.32, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
GCACACTTAGTGCCATGCATTTCAAACCC
Found at i:34515858 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 34515797--34515899 Score: 206
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
34515787 TGCATTTCAA
34515797 GCCCGCACACTTAGTGCCAATCTCACAACCGTGAACACTTATT
1 GCCCGCACACTTAGTGCCAATCTCACAACCGTGAACACTTATT
34515840 GCCCGCACACTTAGTGCCAATCTCACAACCGTGAACACTTATT
1 GCCCGCACACTTAGTGCCAATCTCACAACCGTGAACACTTATT
34515883 GCCCGCACACTTAGTGC
1 GCCCGCACACTTAGTGC
34515900 TGAAAACCAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 60 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.36, G:0.16, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
GCCCGCACACTTAGTGCCAATCTCACAACCGTGAACACTTATT
Found at i:34517817 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 34517766--34517845 Score: 115
Period size: 37 Copynumber: 2.2 Consensus size: 37
34517756 CTTATTACGA
* * *
34517766 AGTCTTACCCGGACATAATCTCCACACGAAGTTATCG
1 AGTCTTACCCGGACAAAATCCCCACACGAAGTCATCG
* *
34517803 GGTCTTACCCGGACAAAATCCCCACACGTAGTCATCG
1 AGTCTTACCCGGACAAAATCCCCACACGAAGTCATCG
34517840 AGTCTT
1 AGTCTT
34517846 TAGAGCTCGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 37 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.31, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
AGTCTTACCCGGACAAAATCCCCACACGAAGTCATCG
Found at i:34518040 original size:49 final size:48
Alignment explanation
Indices: 34517963--34518120 Score: 273
Period size: 49 Copynumber: 3.2 Consensus size: 48
34517953 GCCCTTCGGG
34517963 ACTTATCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATACAC
1 ACTT-TCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATA-AC
34518013 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATATAC
1 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATA-AC
*
34518062 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCTTATCACATATAT-AC
1 ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATAAC
34518109 ACTTTCACATTC
1 ACTTTCACATTC
34518121 TCAAAGTAAG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 2, Indels: 3
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 14 0.13
49 88 0.83
50 4 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.31, G:0.08, T:0.31
Consensus pattern (48 bp):
ACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGCCCTATCACATATATAAC
Found at i:34518439 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 34518391--34518448 Score: 66
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
34518381 TAATCAAACA
34518391 TTATTATATATATATCATATCATT
1 TTATTAT-TATATATCATATCATT
*
34518415 TTATTATTAT-TATCATTATTTATT
1 TTATTATTATATATCA-TA-TCATT
34518439 TTATT-TTATA
1 TTATTATTATA
34518449 CTTTTCAACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 6
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.17
23 9 0.30
24 16 0.53
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (23 bp):
TTATTATTATATATCATATCATT
Found at i:34520737 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 34520477--34520799 Score: 585
Period size: 144 Copynumber: 2.2 Consensus size: 144
34520467 GGCTGTTACA
34520477 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTCAGGATCATTCGATTCTTCCTCAGATTCTACCTCTTCA
1 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTCAGGATCATTCGATTCTTCCTCAGATTCTACCTCTTCA
* *
34520542 GTCTCAGTAAATGAGTTAGCTTCTATTTTAGATTTGTTCGATGACTCATTTATCAGTTCAGACTT
66 GTCTCAGTAAATGAGTTAGCTTCCATTTCAGATTTGTTCGATGACTCATTTATCAGTTCAGACTT
34520607 GTTTCAGACTGGTT
131 GTTTCAGACTGGTT
*
34520621 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTTAGGATCATTCGATTCTTCCTCAGATTCTACCTCTTCT
1 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTCAGGATCATTCGATTCTTCCTCAGATTCTACCTCTTC-
*
34520686 A-TCTCAGTAACTGAGTTAGCTTCCATTTCAGATTTGTTCGATGACTCATTTATCAGTTCAGACT
65 AGTCTCAGTAAATGAGTTAGCTTCCATTTCAGATTTGTTCGATGACTCATTTATCAGTTCAGACT
34520750 TGTTTCAGACTGGTT
130 TGTTTCAGACTGGTT
*
34520765 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTTTCAGTTCAGGATCA
1 CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTCAGGATCA
34520800 CTCAGTTTAG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 6, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
144 171 0.99
145 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (144 bp):
CAGAGACTTTTGGTTCCTTTATCAGTTCAGGATCATTCGATTCTTCCTCAGATTCTACCTCTTCA
GTCTCAGTAAATGAGTTAGCTTCCATTTCAGATTTGTTCGATGACTCATTTATCAGTTCAGACTT
GTTTCAGACTGGTT
Found at i:34522248 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 34522227--34522274 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
34522217 GGCAAAGATA
34522227 AAAATGAAAAATAGAAAT
1 AAAATGAAAAATAGAAAT
*
34522245 AAAACT-TAAAATAGAAAT
1 AAAA-TGAAAAATAGAAAT
34522263 AGAAATAGAAAA
1 A-AAAT-GAAAA
34522275 TTTAAAATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 6
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 17 0.71
19 4 0.17
20 3 0.12
ACGTcount: A:0.71, C:0.02, G:0.10, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
AAAATGAAAAATAGAAAT
Found at i:34536402 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 34536315--34536904 Score: 901
Period size: 47 Copynumber: 12.5 Consensus size: 47
34536305 CCCTTCAGGA
* * * * * * * *
34536315 CTTATCACATTTATGCACTTTCACATCCATCGCGTTGGCCACTCGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* * *
34536362 CCTGTCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCACTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
34536409 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* * *
34536456 CTTATTACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGTCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* * *
34536503 CTTATCACACATATACACTTTCACATTCATTACATCGGCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* * *
34536550 CTTATAACACATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
*
34536597 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
*
34536646 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
* *
34536693 CTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACATCAGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
*
34536740 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
*
34536789 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
*
34536836 CTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
34536883 CTTATCACATATATACACTTTC
1 CTTATCACATATATACACTTTC
34536905 TTGGCTGAAT
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 38, Indels: 8
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
47 413 0.82
49 88 0.18
ACGTcount: A:0.30, C:0.29, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGGCCATTAGGC
Found at i:34536653 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 34536315--34536904 Score: 946
Period size: 143 Copynumber: 4.2 Consensus size: 141
34536305 CCCTTCAGGA
* * * * * * * * * * *
34536315 CTTATCACATTTATGCACTTTCACATCCATCGCGTTGGCCACTCGGCCCTGTCACATATATACAC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
* * *
34536380 TTTCACATTCATCACATCGGCCACTAGGCCTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATC
66 TTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACATC
34536445 GGCCATTAGGC
131 GGCCATTAGGC
* * * *
34536456 CTTATTACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGTCTATTAGGCCTTATCACACATATACAC
1 CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
* *
34536521 TTTCACATTCATTACATCGGCTATTAGGCCTTATAACACATATACACTTTCACATTCATCACATC
66 TTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACATC
*
34536586 GGCTATTAGGC
131 GGCCATTAGGC
34536597 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATAC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATAC
34536662 ACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACA
64 ACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACA
*
34536727 TCAGCCATTAGGC
129 TCGGCCATTAGGC
34536740 CTTATCACATATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATAC
1 CTTATCAC--ATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATAC
34536805 ACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACA
64 ACTTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACA
34536870 TCGGCCATTAGGC
129 TCGGCCATTAGGC
34536883 CTTATCACATATATACACTTTC
1 CTTATCACATATATACACTTTC
34536905 TTGGCTGAAT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 29, Indels: 4
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
141 142 0.34
143 276 0.66
ACGTcount: A:0.30, C:0.29, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (141 bp):
CTTATCACATATATACACTTTCACATTCATCACATCGACCATTAGGCCTTATCACATATATACAC
TTTCACATTCATCACATCGGCTATTAGGCCTTATCACACATATACACTTTCACATTCATCACATC
GGCCATTAGGC
Found at i:34565764 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 34565667--34565808 Score: 132
Period size: 40 Copynumber: 3.6 Consensus size: 40
34565657 AATGATGTCT
* * *
34565667 GGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTA-AGTGACCATATCC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGA-T-ACAATAACC
* * *
34565707 AGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGATACCAAT-TCC
1 GGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATA-CAATAACC
* *
34565747 GGGCTAAG-CCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAACC
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACAATAACC
*
34565786 GGGCTATGTCCCGAAGGCATTTG
1 GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
34565809 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 10, Indels: 14
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 3 0.04
39 30 0.35
40 38 0.45
41 13 0.15
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (40 bp):
GGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGATACAATAACC
Found at i:34566102 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 34566033--34566200 Score: 246
Period size: 47 Copynumber: 3.6 Consensus size: 47
34566023 AAGGGTTGGT
*
34566033 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGCCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
34566080 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* * * * * * *
34566127 AATGTGAAAGTGTATATATGTAACAGGGCCGAGTGGCCAACGTGATG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
* *
34566174 GATGTGAAAGTGTATAAATGTGATAAG
1 AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAG
34566201 TCCCGAAGGG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 13, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 108 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
AATGTGAAAGTGTATATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATG
Found at i:34582053 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 34581996--34582181 Score: 252
Period size: 40 Copynumber: 4.7 Consensus size: 40
34581986 TTGAATGATG
* * *
34581996 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGC-TTTGTGCTAAGTGACTATA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGC-GAGTTACTAAA
*
34582036 TCCGGACTAAGAT-CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAG-TCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
34582076 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
*
34582116 TCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AA
* *
34582157 -CCGGGCTATGTCCCGAAGACATTTG
1 TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTG
34582182 AACGAGTAGC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 9, Indels: 8
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 122 0.92
41 10 0.08
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TCCGGGCTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAA
Found at i:34582188 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 34582049--34582214 Score: 219
Period size: 80 Copynumber: 2.1 Consensus size: 79
34582039 GGACTAAGAT
* * **
34582049 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGTTAAGTCCCGAAGGCATTTGTGCGAGTTA-CT
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGCTAAGTCCCGAAGACATTTGAACGAG-TAGCT
*
34582113 AAATCCGGGTTAAGTC
65 AAATCC-GGTTAAATC
*
34582129 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTATAA-CCGGGCTATGTCCCGAAGACATTTGAACGAGTAGCT
1 CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTA-AATCCGGGCTAAGTCCCGAAGACATTTGAACGAGTAGCT
* *
34582193 ATATCCGGTTAAATT
65 AAATCCGGTTAAATC
34582208 CCGAAGG
1 CCGAAGG
34582215 TACGTGATTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 8, Indels: 5
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
79 16 0.21
80 58 0.76
81 2 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (79 bp):
CCGAAGGCATTTGTGCGAGTTACTAAATCCGGGCTAAGTCCCGAAGACATTTGAACGAGTAGCTA
AATCCGGTTAAATC
Found at i:34594742 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 34594714--34594763 Score: 100
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
34594704 TCCTTTTCAC
34594714 TTTCCTTCCCTACCAACCCTACCAA
1 TTTCCTTCCCTACCAACCCTACCAA
34594739 TTTCCTTCCCTACCAACCCTACCAA
1 TTTCCTTCCCTACCAACCCTACCAA
34594764 GTATACTCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.48, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
TTTCCTTCCCTACCAACCCTACCAA
Found at i:34596793 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 34596770--34596807 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
34596760 AAAGCACCAC
*
34596770 CACCAAAGCCACCATAAT
1 CACCAAAGCCACCAAAAT
*
34596788 CACCAAATCCACCAAAAT
1 CACCAAAGCCACCAAAAT
34596806 CA
1 CA
34596808 TCATGATATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.39, G:0.03, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
CACCAAAGCCACCAAAAT
Done.