Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1550000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 88 of 199
Found at i:24536035 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24535969--24536038 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 4.1 Consensus size: 17
24535959 TATAAATCTA
24535969 AAAAAT-AAA-ATAAA-
1 AAAAATAAAACATAAAT
* *
24535983 AACAAATAACAAGAAAAAT
1 AA-AAATAA-AACATAAAT
24536002 AAAAATAAAACATAAAT
1 AAAAATAAAACATAAAT
24536019 AAAACATAAAATC-TAAAT
1 AAAA-ATAAAA-CATAAAT
24536037 AA
1 AA
24536039 TTCAAAATAA
Statistics
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0.78 0.05 0.17
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19 3 0.07
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Consensus pattern (17 bp):
AAAAATAAAACATAAAT
Found at i:24541909 original size:624 final size:624
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Indices: 24540702--24544065 Score: 5931
Period size: 624 Copynumber: 5.4 Consensus size: 624
24540692 TAATGTTTAA
* *
24540702 ATAATTAATTAAGTAAAAATGACTAAATTGAAAAATGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
* *
24540767 AGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCGCCAAATGAACTTAG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
*
24540832 AGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA-TTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
*
24540896 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATC-CCTTTTAATTTGCTAT
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCC-TCTAATTTGCTAT
* * * * *
24540960 TTTGCAAACTGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGAAGTTTTTACATGCATGATCAAG
260 TTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAG
* * *
24541025 AAATGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTT
325 AAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTT
* * *
24541090 TTACAACTATATTTGCCAAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
390 TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
* *
24541155 TGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATATGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTTTT
455 TGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATT
* * * *
24541220 AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTCGGTCATGGTAAATCTTGTGGCTTCACA
520 AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACA
*
24541285 ATTTTGAAATGAATGTACCAGATTTATATTATGTGTACAG
585 ATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
* *
24541325 ATAATTAATTAAGTAAAACTCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTACGTAAAG
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
24541390 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
*
24541455 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTT
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
24541520 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
* * * * * *
24541585 TTGCAAACCGAATAACAGAAAGGAAGAAGCTTCCAGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACA
261 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
* * *
24541650 AACGAACCAAACGGATCTAAACAGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTT
326 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
* *
24541715 TACAACTATATTTGCCGAGGTAAGTTTGTATTATATTATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
391 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
24541780 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
456 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
*
24541845 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATGTTGTGGTTTCACAA
521 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
*
24541910 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTAATATTATGTGTACAG
586 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
*
24541949 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAA
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
* * *
24542014 GGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAACGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
*
24542079 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAATGGAAAAATTGTAAATTTG
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
*
24542144 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAATAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
24542209 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
261 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
*
24542274 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGTGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
326 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
* * *
24542339 TACAACTATATTGGTGGAGGTAAGTTTGAATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
391 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
* *
24542404 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAAATTCATTGTTTCCTTGTAAATTATTA
456 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
24542469 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
521 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
*
24542534 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAA
586 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
24542573 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
* *
24542638 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAGCTTTG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
* *
24542703 AGTGGATGGTTTTGGGTAATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTCAGGGAAAAATTGTAAATTTG
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
*
24542768 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTGGCTATT
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
*
24542833 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGT
261 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
*
24542898 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGTGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
326 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
* *
24542963 TACAACTATATTGGTGGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
391 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
* * *
24543028 GTATATCAATTGCTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAAATTCATTGTTTCCTTGTAAATTATTA
456 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
24543093 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
521 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
*
24543158 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAA
586 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
24543197 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
* *
24543262 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAGCTTTG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
* *
24543327 AGTGGATGGTTTTGGGTAATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTCAGGGAAAAATTGTAAATTTG
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
*
24543392 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTGGCTATT
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
* * *
24543457 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTTCGGTCATGAAGCTTTTACATGCATGATCAAGA
261 TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
24543522 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
326 AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
*
24543587 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
391 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
* * *
24543652 GTATAACAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTAATTTTTTGCTTGTAAATTATTA
456 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
*
24543717 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGTAAATCTTGTGGTTTCACAA
521 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
*
24543782 TTTTGAAATGAGTGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
586 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
* *
24543821 ATAATTAATTAAGTAAAAATTACTAAATTGAAAAAGGTGAAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
1 ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
* *
24543886 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTGAATGGTAAATGCACCAAATGCACTTAG
66 GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
*
24543951 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTT
131 AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
*
24544016 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACTAAAATGTTATCATCTC
196 TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTC
24544066 TGTAATAACA
Statistics
Matches: 2642, Mismatches: 97, Indels: 3
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
623 161 0.06
624 2479 0.94
625 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (624 bp):
ATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAG
GGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAG
AGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTG
TAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATT
TTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAACAAACTTGCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGA
AACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATGAGTCAGCTGCTTCATTTT
TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTA
AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
TTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAG
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24544959 TCCGTGCATC
24544969 GACCCGGACCCA
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24544981 GACCCGGACCCA
1 GACCCGGACCCA
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1 G
24544994 GATCCGCGTG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.48, G:0.28, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
GACCCGGACCCA
Found at i:24552299 original size:21 final size:22
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24552248 GATACAAGCC
*
24552258 AGATAGAGGAAGAGAAGGAAAG
1 AGATAGAGGAAAAGAAGGAAAG
*
24552280 AGATAGA-GAAAAGCAGGAAAG
1 AGATAGAGGAAAAGAAGGAAAG
24552301 A
1 A
24552302 AGAAGGGCGC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
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AGATAGAGGAAAAGAAGGAAAG
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24557465 GATCATGTCA
* * * * * *
24557475 AATCTTGTCTTCCTGAAGTTGTAGTGGAGCTGATTAAAGCGAT
1 AATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCGGATTAAAACCAT
* *
24557518 AATCTTATCTCCCTGAAATTGCAGTGGAGCGGATTAAAACCTT
1 AATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCGGATTAAAACCAT
*
24557561 AGATCTTATCTCTCTGAAGTTGCAG
1 A-ATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAG
24557586 AGAGCAGATC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 10, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (43 bp):
AATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCGGATTAAAACCAT
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Indices: 24557604--24557999 Score: 159
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24557594 TCGCATCTAG
* * *
24557604 TCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGTAAGCAAG
1 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAAACTAAGTAAGCAAA
* *
24557648 TCTTATC-CTCCTCAAGTTGCAGT-GAGGCAAACTGAAG-ATGGCAAA
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* * * * **
24557693 TTTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGTAGATTAAAGCCGAGAGTAGATCTCATCT
1 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGT-G-G-AG--CAAA--CTA-AGTA-A--GCA-AA
* * * *
24557749 AGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTCGAGCAGACTAATTAAGCAAG
1 --TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAAACTAAGTAAGCAAA
* * * * * *
24557795 TCTTATC-CTTCTGAAGTTGTAG-CGAGGCAGACTGAAG-ATGGTAAA
1 TCTTATCTC-CCTGAAGTTGCAGTGGA-GCAAACT-AAGTA-AGCAAA
* * * *
24557840 TCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAATTAAGCAAG
1 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAAACTAAGTAAGCAAA
* * *
24557884 TCTTATC-CTCCTGAAGTTGCAG-CGAGGCAGACTGAAG-ATGGCAAA
1 TCTTATCTC-CCTGAAGTTGCAGTGGA-GCAAACT-AAGTA-AGCAAA
* * *
24557929 TCTTATCTCCCTGAAATTGCAGTGGAGCAGA-TTA--AAGCCGACAA
1 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAAACTAAGTAAG-C-A-AA
*
24557973 TCCTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAG
1 TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAG
24558000 TAGATTAAAA
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 48, Indels: 72
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Matches are distributed among these distances:
41 1 0.00
42 2 0.01
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44 112 0.42
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TCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAAACTAAGTAAGCAAA
Found at i:24557812 original size:44 final size:44
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Period size: 44 Copynumber: 3.5 Consensus size: 44
24557751 TCTTATCTCC
24557761 CTGAAGTTGCAGTCGA-GCAGACTAATTAAGCAAGTCTTATCCTT
1 CTGAAGTTGCAG-CGAGGCAGACTAATTAAGCAAGTCTTATCCTT
* * * * *
24557805 CTGAAGTTGTAGCGAGGCAGACTGAA-GATGGTAAATCTTAT--TT
1 CTGAAGTTGCAGCGAGGCAGACT-AATTA-AGCAAGTCTTATCCTT
* *
24557848 CCCTGAAGTTGCAGTG-GAGCAGACTAATTAAGCAAGTCTTATCCTC
1 --CTGAAGTTGCAGCGAG-GCAGACTAATTAAGCAAGTCTTATCCTT
24557894 CTGAAGTTGCAGCGAGGCAGACT
1 CTGAAGTTGCAGCGAGGCAGACT
24557917 GAAGATGGCA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 13, Indels: 20
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
43 5 0.06
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Consensus pattern (44 bp):
CTGAAGTTGCAGCGAGGCAGACTAATTAAGCAAGTCTTATCCTT
Found at i:24557852 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 24557585--24557866 Score: 447
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
24557575 TGAAGTTGCA
* *
24557585 GAGAGCAGATCGCATCTAGTCTTATTTCCCTGAAGTTGCAGTGGAGCAGACTAAGTAAGCAAGTC
1 GAGAGCAGATCGCATCTAGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTCGAGCAGACTAAGTAAGCAAGTC
* *
24557650 TTATCCTCCTCAAGTTGCAGTGAGGCAAACTGAAGATGGCAAATTTTATCTCCCTGAAGTTGCAG
66 TTATCCTCCTCAAGTTGCAGCGAGGCAAACTGAAGATGGCAAATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAG
24557715 TGGAGTAGATTAAAGCC
131 TGGAGTAGATTAAAGCC
* * *
24557732 GAGAGTAGATCTCATCTAGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTCGAGCAGACTAATTAAGCAAGTC
1 GAGAGCAGATCGCATCTAGTCTTATCTCCCTGAAGTTGCAGTCGAGCAGACTAAGTAAGCAAGTC
* * * * * *
24557797 TTATCCTTCTGAAGTTGTAGCGAGGCAGACTGAAGATGGTAAATCTTATTTCCCTGAAGTTGCAG
66 TTATCCTCCTCAAGTTGCAGCGAGGCAAACTGAAGATGGCAAATCTTATCTCCCTGAAGTTGCAG
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* * *
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*
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*
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GCGAGGCAGACTGAAGATGGCAAA
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*
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* * ** *
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* **
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* * ** *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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*
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*
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*
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*
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*
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* * * ** *
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64 CAG
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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**
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** *
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* *
24562448 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
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* * *
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* *
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*
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326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
* *
24562705 AATTAAATAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGTAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
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* * *
24562770 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTGAATGCACCAAATGAACTTTAACTGGA
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*
24562938 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAATAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAG-
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
*
24563002 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
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* *
24563067 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
131 TTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * *
24563132 CTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAAGTGAAAATTTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
*
24563197 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
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* * * *
24563262 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTCTGAAATGAATATAACAGATTAATATTATGTGTACAAATAATT
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**
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* *
24563626 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
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* *
24563691 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
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* * *
24563756 CTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAAGTGAAAATTTCAT
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* *
24563821 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTTG
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*
24563886 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAA-GGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
* *
24563950 AATTAAATAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGTAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
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* * *
24564015 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTGAATGCACCAAATGAACTTTAACTGGA
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24564144 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
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*
24564183 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAATAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
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*
24564248 TTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTGAGA
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* *
24564313 TTAGTCAGCTGCTTAATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
131 TTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATAT
* * *
24564378 CTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAAGTGAAAA-TTCAT
196 GTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCAA
*
24564442 TGTTTGGTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT-G
261 TGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
*
24564506 CAAATCTTGTGGTTTCACAA-TTTGAAA-GGATGTAACAGA-TTATATTATGTGTACAGATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
*
24564568 AATTAA-TAAAAATCACGAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
24564632 ATTTATTATGGATTATCAAACTAAT-GACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAG-GGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
*
24564695 TGGTTTTGGGTGATTAAATGCAAGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTA
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24564760 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
586 AATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATC
*
24564799 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGTAGT
1 ATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGT
*
24564864 TTTTACATGCATGATCAAGAAATGAACCAAACGGATC-AAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGA
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* * * * *
24564928 TTAGTCGGCTGCTTGAGTTTTAGAACTATATTTGTCGAGGAAAGTTTGTAGTATATAATATATAC
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* * ** *
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* * *
24565121 TAACTCTTGTGGATTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACA-ATAATT
326 CAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATT
* *
24565185 AATTAAGTAAAAATCAGTAAATTGAAAAAGG-GC-AAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGCCA
391 AATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCA
24565248 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
456 ATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGA
*
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*
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*
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*
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* * *
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*
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*
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131 TTAGTCG
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1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
24588695 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
24588760 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
24588825 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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456 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
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521 TATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAA
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586 TTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
24589251 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTC-AAGTTCATTTGGTGCATTTAC
1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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261 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAAC-ATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
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325 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
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390 ACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGA
24589705 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
455 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
24589770 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
520 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
*
24589835 ATTTCCATTTGATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
585 ATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
24589873 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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454 ATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCT
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520 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
*
24591705 ATTTCCATTTGATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
585 ATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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261 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAAC-ATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
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325 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
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390 ACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGA
24592196 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
455 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
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520 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
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585 ATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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324 CTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTC
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389 GACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAG
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454 ATCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCT
24592881 GTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTT
519 GTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTT
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584 AATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
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1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
24593245 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
261 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAAC-ATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
24593310 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
325 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
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390 ACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGA
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455 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
24593505 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
520 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
24593570 ATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
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1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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261 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACT
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326 AACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
24594062 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
456 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
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521 TATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAA
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586 TTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
24594229 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
24594294 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
24594359 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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24594554 AACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGA
326 AACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
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521 TATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAA
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586 TTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
24594851 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
24594916 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
24595046 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
24595111 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACT
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326 AACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
24595306 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
456 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
24595371 TATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAA
521 TATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAA
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586 TTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
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1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
24595538 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
24595603 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
131 TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
24595668 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
24595733 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
261 CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAAC-ATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAAC
24595798 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
325 TAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTACCTCG
24595863 ACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGA
390 ACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGA
24595928 TCCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTG
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520 TTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTA
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1 AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
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66 CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
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456 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
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196 TACATCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTA
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391 CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
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456 CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
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*
24616776 TACATTCATTTCAAAATTGTTAAACCACAAGATTTCGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTG
196 TACA-TCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTT-GCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTG
*
24616841 TACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAAATTTCACATTAATTATAATTTA
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*
24616966 CGACAAATATAG-CGTAAAAA
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24616986 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 29513, Mismatches: 6, Indels: 155
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Consensus pattern (622 bp):
AAAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTAC
CATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTT
TTGCACCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGT
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CTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACT
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CAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGAT
CCGTTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGT
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TTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAA
Found at i:24632681 original size:619 final size:621
Alignment explanation
Indices: 24627032--24639404 Score: 23569
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*
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*
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*
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1 TTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATA
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586 TTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACATGAAAT
24639343 TTT-ACATTAA-TATAA-TTAACTAA-AA-TGATATACATAATCATAA-GAAACAAACATATAT-
1 TTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATA
24639401 TTAT
66 TTAT
24639405 CACTCCTCAA
Statistics
Matches: 11649, Mismatches: 9, Indels: 228
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Matches are distributed among these distances:
597 4 0.00
598 15 0.00
599 18 0.00
600 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (621 bp):
TTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATA
TTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACA
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GACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA
TTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAA
TCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTT
AAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCA
CCTTTTTCAATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTTACAT
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TTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACATGAAAT
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Alignment explanation
Indices: 24639563--24652063 Score: 22909
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24639553 TTTTTTTTTT
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24639625 ATGTT-GAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG-AAATCTTGTGGTTTCACAAT
66 ATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAAT
24639688 TTTGAAATGAATGTAACA-A-TTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAA
131 TTTGAAATG-ATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAA
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*
24639816 TAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTTGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC
260 TAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC
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325 ATGAAATTTGA-TTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTA
24639946 AAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGA
389 AAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGA
24640011 AGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGG
454 AGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGG
24640076 AAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTT
519 AAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTT
24640141 GTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATG
584 GTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATG
24640180 TATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTG-AAATTTCA-TGTTTGCTTGTAAATTATTAA
1 TATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAA
24640243 ATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG-AAATCTTGTGG-TTCACAA-
66 ATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAAT
24640305 TTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAA
131 TTTGAAATG-ATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAA
24640370 TTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAAC
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24640435 TAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTT-GAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC
260 TAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC
24640499 ATGAAATTTGATTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAA
325 ATGAAATTTGATTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAA
24640564 AAGAC-AAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAA
390 AAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAA
24640628 GCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGA
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* ** * *
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* * *
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* * ** * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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* *
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**
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* *
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* **
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* * * *
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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GGATTCAGCACACAGCAACCACCTTATAATCAACGATACCGGTG
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*
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* * * * * *
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* *
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*
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TAGCCTGCACATAGTACTACACATCGTGACCATCACTATTCGGTACACGTAG
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24809609 TACCGGTTCA
*
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* * *
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*
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ATAGTACTACAAACGTGATTGAAGCTATCCGGTACG
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24809601 ATTAACGATA
*
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*
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* * * *
24809713 CCGGTACGCATAGTAGCCTGCACATAGTATTACACATGC-GACCTAT-A-ATTCTGGTACACGTA
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* *
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24809804 CCATCACTTT
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CCGGTTCACATAGTAGCCTGCACATAGTACTACACATCTGACCATCACATTCGATACACGTAGTA
GCCTGCACATAGTACTACAAACGTGAATGAAGCTAT
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* * * *
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AGACTGTATCTGAATGGGCTAAGGCCC
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*
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*
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1 TTTA
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TTTAGGG
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* *
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*
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* *** *
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1 CCCTATAAGGTAAAATGAT-CGTAATAC
* * *
24817309 TCCC-ATAGGGTAAAATGACCGTAATGC
1 -CCCTATAAGGTAAAATGATCGTAATAC
* *
24817336 CCCTATAGGGTAAAATGA-CTATAATA-
1 CCCTATAAGGTAAAATGATC-GTAATAC
* * *
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1 CCCT-ATAAGG-TAAAATGATCGTAATAC
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CCCTATAAGGTAAAATGATCGTAATAC
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* *
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* * * * *
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1 CCCTATAGGGTAAAATGACT---ATAATC-CCCTTAAGGTAAAATGACCGTAATAC
* * * *
24817336 CCCTATAGGGTAAAATGACTATAATACCCTCATAGGTTTAAATGACCGAAATAC
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*
24817390 CCCTAAAGGGT-AAATGACTAT
1 CCCTATAGGGTAAAATGACTAT
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CCCTATAGGGTAAAATGACTATAATCCCCTTAAGGTAAAATGACCGTAATAC
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24817252 GCCCCTGTAA
*
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1 GGTAAAATGACCGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACT--AAAAAAC-CCTCATAG
* * *
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1 GGTAAAATGACCGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACTAAAAAACCCTCATAG
* * * *
24817371 GTTTAAATGACCGAAATACCCCTAAAGGGT-AAATGACTA
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24817410 TTTTGCCTTT
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GGTAAAATGACCGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACTAAAAAACCCTCATAG
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24817416 CTTTCGAGTG
* * *
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1 TAAATGACTGATTTGTCTGTGATT
*
24817450 TAAAAGACTGATTTGTCTGTGATT
1 TAAATGACTGATTTGTCTGTGATT
* *
24817474 TAAATGATTGATTTGTTTGTGATT
1 TAAATGACTGATTTGTCTGTGATT
*** *
24817498 GGTATGACTAATTTGTCTGTGATT
1 TAAATGACTGATTTGTCTGTGATT
24817522 T
1 T
24817523 GTATGACTAA
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TAAATGACTGATTTGTCTGTGATT
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24817445 TAATGTAAAA
* **
24817455 GACTGATTTGTCTGTGATTTAAAT
1 GACTAATTTGTCTGTGATTTGTAT
* * * *
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1 GACTAATTTGTCTGTGATTTGTAT
24817503 GACTAATTTGTCTGTGATTTGTAT
1 GACTAATTTGTCTGTGATTTGTAT
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1 GACTAATT
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GACTAATTTGTCTGTGATTTGTAT
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24817640 TTGGCCACAT
*
24817650 ATACTATTACAGGCACCTTTGCTGTG
1 ATACTATTACAGGCACCTTTGCTGCG
* * * **
24817676 ATACTGTTGCTGGCAGTTTTGCTGCG
1 ATACTATTACAGGCACCTTTGCTGCG
24817702 ATACTA
1 ATACTA
24817708 CTGATGGCTT
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24817618 CACAATCGCT
* * *
24817628 GTTACTGGAGGCTTGGCCACATATACTATTACAGGCACCTTTGCTGTGATACTGTTGCTGGCAGT
1 GTTACTGGAGGCTTGGCCACATATACTATTACAGGCACCTTTGCTGCGATACTGTTACTGGCAGC
* *
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* ** ** * *
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* *
24817801 TTTGCTACGATGCTATTGATGGCTTTGTGCCGATCATAATACC
66 TTTGCTACGATACTACTGATGGCTTTGTGCCGATCATAATACC
*
24817844 ATTACTG
1 GTTACTG
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Statistics
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GTTACTGGAGGCTTGGCCACATATACTATTACAGGCACCTTTGCTGCGATACTGTTACTGGCAGC
TTTGCTACGATACTACTGATGGCTTTGTGCCGATCATAATACC
Found at i:24817902 original size:32 final size:31
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Indices: 24817811--24817908 Score: 99
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24817801 TTTGCTACGA
*
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1 TGCTACTGATGGCTTTGTGCCGATCAT-ATAC
*** *
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*
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24817907 TG
1 TG
24817909 TATTTATGAC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 10, Indels: 8
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* *
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* * *
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1 GGTAAAATGACT-GAAATACCCCTATAG
* * * * *
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* *
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* *
24821147 GGTAAAATGACTGTAATACCTCTATAG
1 GGTAAAATGACTGAAATACCCCTATAG
* *
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* * * *
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1 GGTAAAATGACTGAAATACCCCTATAG
* * * *
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1 GGTAAAATGACTGAAATACCCCTATAG
*
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1 GGTAAAATGACT
24821266 ATTTTGCCTA
Statistics
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Indices: 24821039--24821240 Score: 179
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24821029 CCTCAAAATA
* * * * ** * *
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1 GGTAAAATGACTGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACCG-AAAACCCCCATAG
* * * *
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1 GGTAAAATGACTGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACCGAAAA-CCCCCATAG
* * * * *
24821147 GGTAAAATGACTGTAATACCTCTATAGGGTAAAATAATCGCAATACCCTCATAG
1 GGTAAAATGACTGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACCG-AAAACCCCCATAG
* ** * *
24821201 GGTTAAATGACTAAAATACCCCTGTAAGGTAAAATGACCG
1 GGTAAAATGACTGTAATACCCCTATAGGGTAAAATGACCG
24821241 TAATGCCCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 24821039--24821260 Score: 232
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24821029 CCTCAAAATA
* * * *
24821039 GGTATAATGACTGAAAAACCCCTATAGGGTAAAATGATCGTAATGCCCCTATAATGTAAAATGTC
1 GGTAAAATGACT-AAAAACCCCTATAGGGTAAAATGACCGTAATGCCCCTATAGTGTAAAATATC
* *
24821104 CGTAATACCCCTGTAG
65 CGCAATACCCCTATAG
* * * * * * *
24821120 GGTAAAATGACCGAAAACCCCCCATAGGGTAAAATGACTGTAATACCTCTATAGGGTAAAATAAT
1 GGTAAAATGA-CTAAAAACCCCTATAGGGTAAAATGACCGTAATGCCCCTATAGTGTAAAAT-AT
24821185 -CGCAATA-CCCTCATAG
64 CCGCAATACCCCT-ATAG
* * * *
24821201 GGTTAAATGACTAAAATACCCCTGTAAGGTAAAATGACCGTAATGCCCCTAGAGTGTAAA
1 GGTAAAATGACTAAAA-ACCCCTATAGGGTAAAATGACCGTAATGCCCCTATAGTGTAAA
24821261 TGACTATTTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 24, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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GCAATACCCCTATAG
Found at i:24821297 original size:26 final size:25
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Indices: 24821248--24821321 Score: 73
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24821238 CCGTAATGCC
*
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* * *
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*
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*
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* *
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*
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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CGTTACTGGT
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* * *
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* * *
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1 AA
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1 GGCAG
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*
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*
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*
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*
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TAAA
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*
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*
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66 GCAACAAGAAGGGGAAAAATATCACTCAAGGGTGTGCTAAGGTAACAATACCCTCCCAATGTCTT
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196 CAAGGTAAAGAGCAGCACACCCTCGTAGGCTGCCAAATGCCAAGAGTCAACAACAACAACAAAAA
*
24854139 ATGAACAAGGAAAAGGGACATAAACAAATATCTCCACTGGAATGATGGTACTATTACTCTTTTCT
261 ATGAACAAGGAAAAGGGACATAAACAAATATCTCCACTGGAATGATGATACTATTACTCTTTTCT
24854204 AGTAATACGGAAAAGACAATATATACATGTTAAACTACATTTACAATTCGGATTTGATCTT
326 AGTAATACGGAAAAGACAATATATACATGTTAAACTACATTTACAATTCGGATTTGATCTT
24854265 GTTACTTTAA
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* * *
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1 TA
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1 AAATAAATAAATACAT
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24855880 TATAGGTATC
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* *
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*
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* *
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1 TAAA
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24856030 TAGTGTATGT
* *
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*
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Consensus pattern (26 bp):
ATATATAAATTATAAAATATGAAAAC
Found at i:24856268 original size:3 final size:3
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24856250 ATATGTAGGT
*
24856260 ATA ATA ATA TATA AT- ATA ATA ATA ATT ATA ATA ATA ATA ATA A
1 ATA ATA ATA -ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA A
24856303 CAAACAATAC
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ATA
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*
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*
24860563 TAATTTTATTA
1 TAATTATATTA
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1 TAATTATATTA
* *
24860583 TTATTTTATTA
1 TAATTATATTA
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1 TAATTATATTA
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1 TAAT
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TAATTATATTA
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24860537 TTTAATTCAT
* **
24860547 ATAATAATTATATTAATAATTTTATTAAATTATTTATTATTTTATTAAATTATATTTA
1 ATAATAATTATATTAA-AATATGGTTAAATTATTTATTATTTTATTAAATTATATTTA
*
24860605 ATAATAATTATGTTAAAATATGGTTAAATTATTTATTATTTTTATTAAATTAT-TTTA
1 ATAATAATTATATTAAAATATGGTTAAATTATTTATTA-TTTTATTAAATTATATTTA
24860662 ATAATAATCT-TATTAAAAT
1 ATAATAAT-TATATTAAAAT
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ATAATAATTATATTAAAATATGGTTAAATTATTTATTATTTTATTAAATTATATTTA
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24860763 ATTACAACAT
24860773 CATTCCATTCAACCAAACATAAGAATACTATTACAGTTTTATTC
1 CATTCCATTCAACCAAACATAAGAATACTATTACAGTTTTATTC
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1 CATT
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CATTCCATTCAACCAAACATAAGAATACTATTACAGTTTTATTC
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24860838 TGAATTACTG
* * *
24860848 ATTACAGTTTTATTCC
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* *
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1 ATTACAGCTCTATTCA
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1 ATTA
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ATTACAGCTCTATTCA
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24874202 TATCCCTAGC
*
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* *
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1 AAAATTTTGA
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AAAATTTTGATGATTTTGACCCTGGT
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1 AAAAATA
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1 AAAAATA
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1 AAAAAT
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Consensus pattern (7 bp):
AAAAATA
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24889072 ATATTTGGCA
* * * * *
24889082 ATTTGGTTAAACGAG-AAATCGAAACCCAGCACCTTAGGGCACGTTCT-TCGAATTTCCAAACGC
1 ATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATGC
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66 AAAACATTGCCTCATTGTAAAATTTTTAAAAGGATATTAAGCT
24889187 CATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATG
1 -ATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATG
24889252 CAAAACATTGCCTCATTGTAAAATTTTTAAAAGGATATTAAGCT
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24889296 ATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATGC
1 ATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATGC
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ATTTGGTTAAACGAGAAAAACGACACCCAGCACCTTAGGGCATGTTTTCTCGAATTTCCAAATGC
AAAACATTGCCTCATTGTAAAATTTTTAAAAGGATATTAAGCT
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24889824 TAAGGAAAAT
* *
24889834 ATATATAG-ATCT-AAATGTATATATAA
1 ATATATAGAATATAAAATATATATATAA
24889860 AT-TATAGAATATAAAATATATATATAA
1 ATATATAGAATATAAAATATATATATAA
24889887 AT
1 AT
24889889 GGGTACATGC
Statistics
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ATATATAGAATATAAAATATATATATAA
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24891701 TACATCGCCT
* * * * * *
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*** * * * * ** * * *
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1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCT-TTTAATTGCAATGTCA
24891810 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
*
24891859 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTGATTGCAATGTCA
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
*
24891908 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATATCA
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
* ** * * *
24891957 TGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAG-CC
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCT-TTTAATTGCAATGTCA
** * ** * * * *
24892006 TCGAAATAAGATTTGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTTGATTGCAATGTCA
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
* ** *
24892055 GGGAAGTGAGATTTGCCGTTGTAGCTTCAATCT
1 GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCT
24892088 GTTCCGCTGC
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GGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTTTAATTGCAATGTCA
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Period size: 147 Copynumber: 2.8 Consensus size: 148
24891671 GTTTAACGTC
* * * ** *
24891681 GTAGCTTCAATCTGTTGCGCTACATCGCCTGGGAAGTAAGATTCGCCGTTATGGCCTCAATCTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCT-GGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTT
* * * * * * * *
24891746 TAATTGCAATGTCGGGGAAGCGTGATTCGCCGATGTAGCCTCAATCTGTTCCATTGCATTGCCTG
65 TGATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTCGCCGTTGTAGCTTCAATCTGTTCAATTGCATTGCATG
24891811 GGAAGTAAGATCCGCTGTT
130 GGAAGTAAGATCCGCTGTT
** * * ** * * * *
24891830 GTAGCTTCAATCT-TTTAATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAG-CCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTT
* * * *
24891894 TGATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCT-TTTAATTGCAATAT-CA
65 TGATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTCGCCGTTGTAGCTTCAATCTGTTCAATTGC-AT-TGCA
24891957 T-GGAAGTAAGATCCGCTGTT
128 TGGGAAGTAAGATCCGCTGTT
* * *
24891977 GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCTCGAAATAAGATTTGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
*
24892042 GATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTTGCCGTTGTAGCTTCAATCTGTTC
66 GATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTCGCCGTTGTAGCTTCAATCTGTTC
24892092 CGCTGCACCG
Statistics
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0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
147 110 0.52
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149 15 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (148 bp):
GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
GATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTCGCCGTTGTAGCTTCAATCTGTTCAATTGCATTGCATGG
GAAGTAAGATCCGCTGTT
Found at i:24892098 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 24891681--24892148 Score: 454
Period size: 98 Copynumber: 4.7 Consensus size: 98
24891671 GTTTAACGTC
* * * *
24891681 GTAGCTTCAATCTGTTGCGCTACATCGCCTGGGAAGTAAGATTCGCCGTTATGGCCTCAATCTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAACGCCT-GGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTT
* *** * *
24891746 TAATTGCAATGTCGGGGAAGCGTGATTCGCCGAT
65 TAATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCCGTT
* ** ** * * * *
24891780 GTAGCCTCAATCTGTTCCATTGCATTGCCTGGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAACGCCT-GGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTT
*
24891845 TAATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCTGTT
65 TAATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCCGTT
* * * ** * * * *
24891879 GTAGCTTCAATCT-TT-TGATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCTGTTGTAGCTTCAATCTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCG-CTGCAACG-CCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTT
* * *
24891942 TTAATTGCAATATCATGGAAGTAAGATCCGCTGTT
64 TTAATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCCGTT
* * * * *
24891977 GTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCTCGAAATAAGATTTGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAACGCCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
* * **
24892042 GATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTTGCCGTT
66 AATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCCGTT
* * * * * *
24892075 GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCACCGCTTCGAAATAAGATTTGCCGTTGTGACCTCAATCTTTT
1 GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAACGCCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
24892140 AAATTGCAA
66 -AATTGCAA
24892149 ACTATGGTTA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 52, Indels: 10
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
98 203 0.65
99 109 0.35
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (98 bp):
GTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAACGCCTGGAAGTAAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCTTTT
AATTGCAATGTCAGGGAAGTAAGATCCGCCGTT
Found at i:24892116 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 24891974--24892125 Score: 146
Period size: 49 Copynumber: 3.1 Consensus size: 49
24891964 AAGATCCGCT
* *
24891974 GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCACTGCAAAGCCTCGAAATAAGATTTGCC
1 GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAAAGCATCGAAATAAGATTTGCC
* * * * * ** * *
24892023 GTTGTGGCCTCAATCT-TT-TGATTGCAATGTCAGGGAAGTGAGATTTGCC
1 GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCG-CTGCAAAG-CATCGAAATAAGATTTGCC
** *
24892072 GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCACCGCTTCGAAATAAGATTTGCC
1 GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAAAGCATCGAAATAAGATTTGCC
24892121 GTTGT
1 GTTGT
24892126 GACCTCAATC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 22, Indels: 8
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
48 8 0.10
49 61 0.79
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51 1 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (49 bp):
GTTGTAGCTTCAATCTGTTCCGCTGCAAAGCATCGAAATAAGATTTGCC
Found at i:24903599 original size:3 final size:3
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Indices: 24903593--24903641 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 16.3 Consensus size: 3
24903583 TTAAACTAAC
** *
24903593 TAT TAT TAT TAT GGT TAT CT-T TGT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT -TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
24903638 TAT T
1 TAT T
24903642 TTACTATGGT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 4
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.03
3 37 0.95
4 1 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.06, T:0.65
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Done.