genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67973905

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25704704--25705036	81	4.1	80	79	4	321	44	20	16	19	1.87
25704704--25705036	27	12.4	27	78	6	275	44	20	16	19	1.87
25717683--25717728	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
25718289--25718348	26	2.3	26	91	0	93	36	11	15	36	1.83
25720260--25720291	16	2.0	16	100	0	64	12	18	31	37	1.88
25720834--25721257	27	15.7	27	83	4	367	38	17	19	24	1.93
25721257--25721308	26	2.0	26	84	0	68	21	15	21	42	1.89
25721294--25721350	23	2.4	23	85	2	78	26	5	17	50	1.67
25721442--25721506	27	2.4	27	78	14	73	26	24	18	30	1.98
25721494--25721547	26	2.1	26	92	0	90	20	22	22	35	1.96
25721504--25721559	26	2.2	26	86	0	76	16	23	28	32	1.96
25721550--25721802	32	7.9	32	76	5	197	22	20	19	36	1.95
25734413--25734484	29	2.4	29	86	2	90	54	15	9	20	1.69
25735171--25735454	41	6.9	41	85	1	363	20	19	30	29	1.97
25735799--25735847	14	3.4	14	80	5	62	26	0	34	38	1.57
25735947--25735977	15	2.1	15	94	5	55	22	0	32	45	1.53
25735961--25736053	22	4.2	22	73	16	66	19	1	43	36	1.58
25738430--25738460	6	5.3	6	96	3	55	0	12	0	87	0.55
25741300--25741389	42	2.1	43	87	4	130	33	11	10	45	1.73
25741769--25742054	85	3.4	84	84	6	335	27	19	28	24	1.98
25741792--25742029	127	1.9	129	88	3	365	27	19	28	23	1.99
25741757--25742061	43	7.2	43	82	3	357	26	19	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25749831--25749887	27	2.2	26	83	3	69	36	22	0	40	1.55
25751678--25751723	21	2.2	20	85	11	58	4	13	32	50	1.61
25755390--25755468	3	27.3	3	81	7	92	64	1	2	31	1.15
25757019--25757486	44	10.7	45	73	11	246	25	22	22	29	1.99
25757066--25757222	45	3.7	43	79	7	140	25	24	21	28	1.99
25756969--25757497	217	2.4	218	84	3	665	25	22	21	30	1.99
25757852--25757973	44	2.8	44	82	5	149	28	23	17	30	1.97
25757992--25758123	44	3.0	44	69	4	122	21	21	25	30	1.99
25758037--25758171	44	3.1	43	68	4	126	18	25	28	27	1.98
25757984--25758550	88	6.4	88	92	0	900	20	24	26	27	1.99
25762531--25762561	16	1.9	16	100	0	62	25	22	19	32	1.97
25763919--25763975	26	2.2	26	84	3	71	36	5	15	42	1.70
25768575--25768610	17	2.1	17	100	0	72	22	36	16	25	1.94
25769087--25769129	10	4.1	10	81	6	50	72	13	2	11	1.22
25769385--25769423	14	2.8	14	81	14	53	28	0	5	66	1.12
25770065--25770124	5	12.4	5	83	13	81	58	0	0	41	0.98
25770316--25770382	24	2.6	26	88	6	93	38	8	1	50	1.43
25770529--25770663	4	33.2	4	72	18	77	68	1	29	0	0.98
25770531--25770663	18	6.8	18	68	22	74	69	1	29	0	0.98
25770557--25770727	82	2.1	81	87	9	240	70	1	28	0	0.95
25770557--25770691	44	3.2	44	79	12	165	70	1	28	0	0.96
25770613--25770732	39	3.5	33	78	16	102	70	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770529--25770731	110	1.8	112	80	14	249	68	0	30	0	0.96
25775202--25775245	22	2.0	22	90	0	70	56	2	4	36	1.32
25808082--25808121	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25808292--25808342	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
25821794--25821869	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
25830530--25830884	27	13.2	27	79	4	319	44	20	14	20	1.86
25838049--25838282	40	5.9	40	77	2	211	40	24	19	15	1.90
25858636--25858669	15	2.3	15	89	0	50	26	5	0	67	1.13
25869769--25869836	31	2.2	31	89	10	104	27	23	8	39	1.84
25869789--25869846	31	1.9	31	89	3	91	25	24	8	41	1.83
25878768--25878806	11	3.6	11	79	6	53	28	2	0	69	1.02
25878766--25878805	21	2.0	20	95	5	71	32	2	0	65	1.06
25879257--25879335	23	3.4	23	80	14	92	20	0	5	74	1.00
25879326--25879384	23	2.5	22	78	10	73	37	0	3	59	1.14
25879581--25879620	18	2.2	18	86	0	53	22	0	2	75	0.93
25879830--25879884	17	3.4	16	74	18	51	20	1	5	72	1.13
25879874--25879940	25	2.6	26	81	13	84	35	0	2	61	1.12
25879874--25879939	26	2.5	27	75	20	77	34	0	3	62	1.11
25880926--25880985	15	3.8	15	74	10	57	50	28	0	21	1.49
25885022--25885092	35	2.0	35	94	0	124	32	9	16	40	1.82
25887993--25888017	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
25891064--25891118	21	2.6	21	80	11	76	27	9	34	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25891768--25891800	12	2.8	12	90	4	50	6	18	33	42	1.75
25899061--25899181	63	1.9	63	85	6	165	27	27	21	23	1.99
25899163--25899209	12	3.9	12	85	0	58	23	42	19	14	1.88
25899163--25899223	24	2.5	24	83	0	77	22	40	21	14	1.90
25909106--25909170	22	2.9	22	82	8	78	50	6	6	36	1.52
25909542--25909581	20	2.0	20	85	0	53	47	22	0	30	1.52
25920812--25920861	22	2.4	21	78	18	52	32	6	6	56	1.48
25924570--25924633	33	1.9	33	100	0	128	34	32	12	20	1.90
25925595--25925635	8	5.1	8	81	18	50	73	0	2	24	0.96
25925587--25925635	24	2.1	23	88	11	73	75	0	2	22	0.90
25932282--25932338	18	3.2	17	80	9	51	26	5	3	64	1.30
25934743--25935213	211	2.2	211	95	0	843	26	29	21	22	1.99
25935534--25935732	92	2.2	92	93	0	335	45	23	9	22	1.80
25940793--25940818	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
25944005--25944043	19	2.1	19	90	4	62	33	5	2	58	1.33
25952286--25952314	12	2.4	12	100	0	58	34	17	10	37	1.84
25958802--25958855	25	2.2	25	93	0	90	48	9	9	33	1.67
25964192--25964276	21	3.9	22	71	15	77	41	14	20	24	1.89
25964362--25964442	34	2.4	34	87	0	108	43	14	9	32	1.79
25964378--25964448	34	2.1	34	94	0	124	42	15	11	30	1.82
25964386--25964459	34	2.2	34	90	4	114	41	17	10	29	1.83
25969090--25969147	16	3.7	15	86	6	80	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25969095--25969157	18	3.8	18	74	23	57	50	1	0	47	1.10
25969123--25969267	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
25969121--25969243	44	2.7	43	71	17	106	48	2	2	46	1.28
25969245--25969278	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
25969519--25969649	66	2.0	66	93	0	226	35	20	10	32	1.87
25976006--25976042	14	2.6	15	79	12	51	75	2	21	0	0.92
25979567--25979678	47	2.4	48	84	1	127	25	22	16	35	1.95
25979579--25979678	47	2.1	47	84	1	128	25	23	17	35	1.95
25983462--25983492	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
25987184--25987269	46	1.9	44	83	4	109	29	5	25	39	1.79
25987413--25988011	120	5.0	120	94	1	992	50	4	2	42	1.36
25990182--25990225	6	7.2	6	86	2	61	0	59	0	40	0.98
25990182--25990225	18	2.4	18	96	3	79	0	59	0	40	0.98
25993331--25993529	59	3.3	59	72	14	210	40	1	3	54	1.24
25993451--25993585	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
25993309--25993551	120	2.0	120	96	0	450	42	1	3	51	1.29
25993466--25993524	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
25993479--25993534	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
25993387--25993570	41	4.6	40	67	23	118	41	1	3	53	1.29
25993749--25993803	21	2.6	21	88	8	85	29	38	9	23	1.85
25996874--25997059	50	3.7	51	81	3	207	25	16	25	32	1.96
25996874--25997059	101	1.8	101	86	4	268	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25997066--25997153	45	2.0	45	90	0	140	27	18	21	32	1.96
26002527--26002651	51	2.5	51	86	2	162	25	16	24	32	1.96
26002796--26002839	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
26009104--26009312	43	4.9	43	85	0	292	29	29	17	23	1.97
26009689--26009818	66	2.0	65	85	8	174	15	27	15	41	1.87
26015449--26015515	35	1.9	35	93	0	116	37	5	10	46	1.63
26016516--26016701	99	1.9	99	88	2	284	43	13	7	36	1.72
26016626--26016848	72	3.1	72	72	3	225	47	12	5	34	1.65
26018880--26019014	41	3.4	38	83	5	128	16	22	17	42	1.88
26018900--26019014	41	2.8	41	87	0	158	18	22	17	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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