Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_2699
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22173
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.20, T:0.33
Found at i:12005 original size:41 final size:44
Alignment explanation
Indices: 11958--12155 Score: 236
Period size: 43 Copynumber: 4.5 Consensus size: 44
11948 TATATATGTG
*
11958 TGTGGTAAGCGAATGGCTA-TG-GAATATTATATGAGATAT-T-TA
1 TGTGGTAAGCGAATGGCTAGTGTGAATA--GTATGAGATATGTATA
12000 T-TGGTAAGCGAATGGCTAGTGTGAATAGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAGCGAATGGCTAGTGTGAATAGTATGAGATATGTATA
*
12043 TGTGGTAAAGCCGAATGGC-AATGTGAATAGTA-GAGATATG-ATA
1 TGTGGT-AAG-CGAATGGCTAGTGTGAATAGTATGAGATATGTATA
12086 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGT-AAG-CGAATGGCTAGTGTGAATA-GTATGAGATATGTATA
12133 TGTGGTAAGCCGAA-GGC-AGTGTG
1 TGTGGTAAG-CGAATGGCTAGTGTG
12156 TAAATTAGGA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 3, Indels: 20
0.86 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
41 27 0.19
42 4 0.03
43 30 0.21
44 27 0.19
45 21 0.15
46 24 0.17
47 9 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.31, T:0.30
Consensus pattern (44 bp):
TGTGGTAAGCGAATGGCTAGTGTGAATAGTATGAGATATGTATA
Found at i:12340 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 12293--12378 Score: 156
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 37
12283 TGGAAATATA
12293 GGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGG-GATTATGTCC
1 GGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCC
*
12329 GGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTTTGTCC
1 GGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCC
12366 GGGTAAGACCCGA
1 GGGTAAGACCCGA
12379 ACTTCGTGTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 26 0.54
37 22 0.46
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.34, T:0.23
Consensus pattern (37 bp):
GGGTAAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGTCC
Found at i:13671 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 13582--13879 Score: 371
Period size: 40 Copynumber: 7.7 Consensus size: 40
13572 GAGTTATATA
13582 TATCC-GGCTAAGT-CCGAAGAG-ATT-GTG-TAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
*
13617 TAT-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCATGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * *
13656 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
13696 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * * * *
13736 TATCC-AGCT-AGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
13774 TATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
* * * *
13813 TACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGGCTGGTGTTA
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGT-GCTAGTGATG
* * * *
13854 CATCCAGGCTAAGTCCTGAAGGGCAT
1 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
13880 CATGCCGGTG
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 27, Indels: 14
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.00
35 11 0.05
36 8 0.04
37 3 0.01
38 32 0.14
39 51 0.23
40 92 0.41
41 28 0.12
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATG
Found at i:13709 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 13582--13893 Score: 415
Period size: 80 Copynumber: 4.0 Consensus size: 79
13572 GAGTTATATA
* * *
13582 TATCCGGCTAAGT-CCGAAGAG-ATT-GTG-TAGTGATGTAT-CGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
1 TATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
13642 TCATGCTAGTGATG
66 TCATGCTAGTGATG
13656 TATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
1 TATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCA
*
13721 TTCGTGCTAGTGATG
65 TTCATGCTAGTGATG
* *
13736 TATCCAGCT-AGTCCCAAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCAT
1 TATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
*
13799 TCGTGCTAGTGATG
66 TCATGCTAGTGATG
* * * * *
13813 TACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGGCTGGTGTTACATCCAGGCTAAGTCCTGAAGGGC
1 TATCC-GGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGT-GCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
**
13878 A-TCATGCCGGTGATG
64 ATTCATGCTAGTGATG
13893 T
1 T
13894 GTAATCAGGC
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 16, Indels: 14
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
74 5 0.02
75 8 0.04
76 8 0.04
77 32 0.15
78 48 0.23
79 29 0.14
80 74 0.35
81 8 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (79 bp):
TATCCGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCAT
TCATGCTAGTGATG
Found at i:13829 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 13579--13843 Score: 371
Period size: 117 Copynumber: 2.3 Consensus size: 118
13569 ATTGAGTTAT
* ** *
13579 ATATATCC-GGCTAAGT-CCGAAGAG-ATT-GTGTAGTGATGTATCGGGCTAAGTCCCGAAGAGC
1 ATATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGTAGTGATGTATCCAGCTAAGTCCCAAAGAGC
* *
13640 ATTCATGCTAGTGATGTATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTGGTG
66 ATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
* *
13693 TTATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTGATGTATCCAGCT-AGTCCCAAAGAG
1 ATATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG-TAGTGATGTATCCAGCTAAGTCCCAAAGAG
* * *
13757 CATTCGTGCTGGTGTTATATCCGGGCTAAGT-CCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
65 CATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
*
13810 ATGTACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
1 ATATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTG
13844 GCTGGTGTTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 12, Indels: 7
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
114 7 0.05
115 8 0.06
116 8 0.06
117 55 0.41
118 41 0.31
119 15 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (118 bp):
ATATACCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGTAGTGATGTATCCAGCTAAGTCCCAAAGAGC
ATTCATGCTAGTGATATATCCGGGCTAAGTCCCGAAGAGCATTCGTGCTAGTG
Found at i:14081 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 14051--14101 Score: 77
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
14041 ATGTGTATAA
14051 CGAATGAATAT-AGGCACTATGTGTG
1 CGAATGAAT-TGAGGCACTATGTGTG
*
14076 CGAATGAATTGAGGCACTGTGTGTG
1 CGAATGAATTGAGGCACTATGTGTG
14101 C
1 C
14102 AGATTTCGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.04
25 23 0.96
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (25 bp):
CGAATGAATTGAGGCACTATGTGTG
Found at i:17495 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 17396--17626 Score: 371
Period size: 47 Copynumber: 4.9 Consensus size: 48
17386 TATGTATGTG
* *
17396 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTG-AA-ATATGTATGAGATATGTATA
*
17446 TGTGGTAAAG-CGAATGGCTAGTTTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
17493 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
17541 TGTGGTAAAGCCGAAT-GCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
*
17588 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGT--AATATGTAGGAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGAT
17627 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 7, Indels: 8
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
46 13 0.08
47 75 0.44
48 61 0.35
49 13 0.08
50 10 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (48 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Found at i:17561 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 17396--17626 Score: 378
Period size: 95 Copynumber: 2.4 Consensus size: 95
17386 TATGTATGTG
*
17396 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATATATATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCGAAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTG-AA-ATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCGAAT
*
17461 GGCTAGTTTGAAATATGTATGAGATATGTATA
64 GGCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
17493 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCCGAAT-
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAG-CGAATG
17557 GCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
65 GCTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
* *
17588 TGTGGTAAAGCCGAATGGCT-A-GTGTAATATGTAGGAGAT
1 TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGAT
17627 GTGTGTATAT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 4, Indels: 6
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
93 16 0.12
94 1 0.01
95 79 0.61
96 7 0.05
97 26 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (95 bp):
TGTGGTAAAGCCGAATGGCTAATGTGAAATATGTATGAGATATGTATATGTGGTAAAGCGAATGG
CTAGTGTGAAATATGTATGAGATATGTATA
Done.